3GG4A

The crystal structure of glycerol kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
542
structure length
537
Chain Sequence
LASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of glycerol kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
molecule keywords glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 167
structure length 537
sequence length 542
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A02
2V7YA 5KQDA 2Q31A 1ATRA 3GG4A 4B1VA 3GDQA 3LDQA 5BN9A 3ATVA 3HSCA 2Q0RA 4MLEA 4H0YB 1T44A 2ASMA 3CETA 2P9UA 3WXLA 3O6WA 4CZKA 3A5MC 2VCPA 4HWIA 2QWOA 2WUSA 2BUPA 4PL8A 2NZTA 2W40A 3IMXA 3W3DA 4BRCA 2ZGZA 3CJ1A 1SZ2A 2E1ZA 3KHYA 4H03B 4RWTA 2P9UB 3UKUA 2E88A 3MN6A 4O8KA 4BC3A 3VPZA 1CZAN 1K8KA 1TUYA 3QBWA 3ZX2A 1C0GA 5JLHA 3HI0A 3VGKA 1H1VA 3UKUB 4CI6A 3CI5A 4BVOA 1K8KB 3WT0A 2ZWHA 2PAVA 1YAGA 2QWRA 1NGDA 3MK6A 4CJ7A 2ZGYA 3BUZB 3UKRA 4I6MA 1ZBSA 2Q0UA 4IXCA 2A3ZA 1IJJA 5BR9A 4FWMA 3H45C 4FWPA 4B1YB 4BR5A 1RFQA 4BR4A 1DKGD 2P9NA 2A5XA 3EL2A 3VGLA 1QQOA 5JICA 1XQSC 3WXIA 4CD1A 1YVNA 2HF3A 4GNIA 4I6MB 4QS7A 1BWFO 3IUCA 1T6DA 2DPNA 4XH4A 3LM2A 4H0VB 5EY4A 3CIPA 4LC9B 3M1FA 4YDUC 4XH1A 3P4IA 1Z05A 5FPDA 2FF6A 2P9NB 1TUUA 3C7NA 2A41A 3AY9A 1NGAA 4M7XA 4B1UB 1QZ6A 4BQLA 4BRGA 5ADXH 2HF4A 1S22A 1SQKA 1KAXA 5F1XA 5AFUH 3FE1A 4A2AA 3C7NB 2P9PA 3F9MA 3VGMA 3A5NC 3ATUA 3O5BA 1QQMA 1GLDG 4H0XB 2GELA 5I9EB 2V51B 4WQ5A 4CZMA 4PL7A 1ZC6A 2GEMA 2Q2RA 3LDLA 2E2QA 3U9DA 2P9PB 3IDHA 4BRLA 4BQZA 5AQRA 1SAZA 5TKYA 5BPNA 1GLCG 4IJAA 4PKGA 1HX1A 3SLCA 4ISGA 5AQKA 5BRDA 5AQMA 3ZX3A 1ATSA 5AQPA 4JD2A 3CJAA 1QQNA 4CBWA 4MO5A 1ESVA 4RTFD 4B9QA 3HBTA 3MDQA 3FLCO 1DEJA 2D0PA 5AQYA 3VEZA 3IFRA 3QFPA 4JD2B 3HM8A 4BC4A 3UKRB 3ZX0A 1JCEA 3CERA 4YDUA 5AR0A 3EZWA 1Q18A 5EOYA 2QXLA 3R9PA 5B8HA 3FZHA 4BG9A 1NMDA 3J8AA 4A2BA 2P9LB 4CZEA 1V4TA 3VEYA 1GLAG 1NM1A 2CH6A 3SJHA 3VEVA 4FOEA 5AQZA 4BGAA 4DB3A 3CQYA 2IVPA 2EWSA 2FXUA 3VENA 4F9OA 1D4XA 2E2OA 3ENOA 3A0IX 3SMPA 4BROA 3A5OC 3ID8A 2YHYA 4WQ5C 2D4WA 1OKJA 4QS9A 1MWMA 2P9KA 2V7ZA 4BRHA 3VETA 4FPAA 4Z94A 4H5NA 1QZ5A 3U8XA 3WXKA 4IJNA 2CGKA 4H5WA 1S3XA 1TYQA 4BVPA 2ASPA 2P9KB 1R59O 4CBUA 3I33A 3JXUA 4BR7A 3RSEA 4FL9A 4K41A 5BRHA 5FPNA 1JCFA 2I7NA 2I7PA 4BRNA 4EIAA 4H0OA 1TYQB 2FSJA 2QWMA 1RDWX 3L0QA 5KPTA 2HMPA 3CJ9A 4PKIA 3UB5A 3DJCA 5E84A 3QBXA 3RSEB 2W41A 3R6MA 2D0OA 5ADXA 1BG3A 3GE1A 4KBOA 5AQVA 5AFUA 2CH5A 2GWKA 4AM7A 5JMVA 1E4GT 1MWKA 3O4WA 2YCHA 2HOEA 2VWBA 3QMLA 4H0TB 3ZETA 2UYTA 3FZKA 2H3GX 2YJFA 5F2RA 3VEOA 3AARA 3GOIA 4HTLA 3CJ7A 2J4RA 2E2NA 3EN9A 4FOIA 1DGKN 2E1YA 1U6ZA 3ZETB 3G25A 3QFUA 3H3OB 1NLVA 5AQWA 5KQ8A 1C0FA 1ATNA 3C0BA 3FGUA 1RGIA 2GWJA 2A42A 1HPMA 1GLJO 2P9SA 5KPZA 3KVGA 2KHOA 3FZLA 3S41A 3VF2A 3KZBA 3L4IA 4FWQA 3VOVA 1YXQA 4JAXA 2ZF5O 3EO3A 1X3NA 3A5LC 2NRHA 4BREA 1E4FT 1NGCA 3VERA 5F0XA 3HTVA 4A61A 2P9SB 2A40A 4BRQA 3MN7A 1KXPA 4A62A 3FZMA 4GY2B 3CJBA 1BOTO 3D2EA 4B1XB 4BG8A 4BRIA 1GLFO 4FWOA 1BU6O 4MO4A 3UE5A 4JN4A 5AZJA 2CGLA 3QICA 1Y64A 2FLOA 4B1WB 3O1BA 4RCHA 2AA4A 2YJEA 3VEXA 3WQUA 5BREA 3D7EO 5BPMA 1BDGA 2P9LA 4JHDA 4J8FA 4BR9A 2ASOA 2IIRA 3D2EB 4CZIA 4CZGA 4BRKA 1GLLO 5AQGA 3VESA 4JNEA 5AZJB 4BC5A 4EAHD 4IWVA 3DAWA 4E1JA 4JHDB 3O1WA 4CD3A 3MN5A 3QB0A 3O8MA 4NO7A 3R8EA 4BRMA 2F9TA 1X3MA 3GBTA 2A6AA 4FSVA 1G99A 2E20A 4BR0A 1HLUA 3AAQA 1LOTB 1NGGA 3H46O 3H1QA 1X9JA 3LDNA 4AM6A 4C23A 2FSNA 3DWLA 2FSKA 5AZIA 4DHYA 5AQQA 5BPLA 4K43A 4FWRA 2IVNA 2BTFA 3B8AX 3U4LA 4CZFA 5LJWA 5AQFA 4M63C 2Q97A 3TPQA 3BP8A 4XH5A 3WXJA 5LJVA 5AQXA 5AZIB 1V4SA 4EHTA 3BEXA 5CE3A 2V52B 4BRPA 4MLHA 1NGEA 3SMSA 5AQIA 1NGJA 1NWKA 4CZLA 4IO8A 5EVZA 1MA9B 3DXMA 1NGFA 4BC2A 3LDPA 1J6ZA 3FR0A 3M6GA 2ITMA 4FWKA 4PKHA 4BRAA 4FPBA 1NBWA 4WQ4A 3A8YA 1NGIA 4L3QA 4EFHA 5KPRA 1Z6RA 3DXMB 4BR2A 3BF1A 5JLFA 3WUHA 3LDOA 3TU5A 1BA1A 4H5VA 1YUWA 3QDKA 3JS6A 4EHUA 3MMVA 4BRFA 2QWNA 4FWSA 4K42A 3AAPA 5EXWA 5AQOA 2GUPA 3H3NO 4BGBA 1WUAA 3CJCA 4DQ8A 5AQUA 3DXKA 1HKCA 2E8AA 2YI1A 2E2PA 5AQLA 3GL1A 2VYPA 3ENHA 4B1ZA 4CZHA 3SK3A 3LL3A 3EKSA 1GLEG 2D1KA 2YHXA 4XEIA 3U9ZA 1HUXA 3H1VX 3EKUA 4H5TA 1GLBG 3DXKB 2F9WA 2OANA 2QWLA 1MDUB 1ZXOA 3L6QA 1HKGA 2AP1A 5AQNA 3LM9A 3ULEA 1HKBA 1NGHA 1U2VA 5AQTA 2NLXA 4NB4A 3CQXA 3HZ6A 1LCUA 3VEWA 5BN8A 3FFKB 3H6EA 5AQJA 3ZEUA 4BRDA 1IG8A 1T6CA 5AQHA 3ULEB 4ISFA 5AQSA 3VF6A 1BO5O 4FO0A 1U2VB 3W0LA 2IVOA 5ELZA 3ZEUB 1QHAA 3I8BA 3BF3A 1NGBA 4WYBA 3MN9A 2GTDA 3O80A 2QW9A 4FWLA 4H5RA 3D2FA 5E26A 1P8ZA 1BUPA 2P9IA 2CGJA 4K25A 3CHWA 1XC3A 4DCHA 1JCGA 1KAZA 1EQYA 4WQ4C 4M7YA 3OHRA 4QS8A 2FF3B 5FPEA 2Q36A 4FWNA 3WEEA 3D2FB 4O5FA 3WQTA 5BRFA 2P9IB 3VF4A 5LY3A 1BA0A 2YHWA 1HJOA 4CZJA 2PBDA 5EX5A 3WEEB 2Q1NA 2QM1A 1KAYA 2QWQA 4H0PA 4CBXA 3FZFA 3MCPA 2QWPA 4IZ9A 4ISEA 4Y0WA 1WOQA 5FPMA 3O08A 1XUPO 3M3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V7YA 4KO0A 2Q31A 1Q81O 2HW3A 1HNVA 5M1PA 3GG4A 5BN9A 3ATVA 4B3SK 1O13A 1D5AA 1T44A 2ASMA 1KCFA 3A5MC 4I9LA 4GKJK 1RT5A 4DR2K 1ZBLA 3THXA 3NF9A 3W3DA 3IMXA 3PIOL 1TVRA 1VQ5N 3KHYA 2E1ZA 4LH4A 2E88A 3MN6A 1JLBA 3THXB 4WFAL 4XIUA 4FLWA 2E5LK 4FJIA 4C8OA 1WSHA 2P51A 3CFPA 2RN2A 3WT0A 2ZWHA 2PAVA 2QWRA 1C1BA 1NGDA 4CJ7A 2ZGYA 4U7BA 3UKRA 1QHTA 4IXCA 1IJJA 4NLCA 5CYQA 3T1AA 4E7JA 2HF3A 4GNIA 3UKRB 4QS7A 1IKVA 3CIPA 1O1WA 4GVMA 1IH7A 3MX2A 4AHSA 5FPDA 1B92A 1TUUA 1ZYQA 2GV9A 3C7NA 3VQ4A 4M7XA 1QZ6A 2DFFA 4BQLA 4LD0A 4B3MK 1S22A 5KRSA 5F1XA 3ZSXA 4C1NI 4A2AA 3C7NB 2P9PA 3ZYYX 1NK6A 3ATUA 3V1QA 5C2FA 2NRZA 4H0XB 1KVCA 5I9EB 4WQ5A 1EETA 2RPIA 3SYZA 4CJPA 2I5JA 2E2QA 1TK5A 2NRXA 4DR3K 2P9PB 3TSPA 3ZSRA 5TKYA 4J2DA 4CJWA 4PKGA 3OYNA 4AHUA 3L2VA 4W5RA 3O9RA 4DQIA 3OYDA 4HUFA 4JKGA 2G8IA 3HBTA 3MDQA 2HNYA 4YHHK 2D0PA 1EWQA 4CVNE 3WNFA 4HCBA 3HM8A 3C95A 1SL0A 1VQPN 1JCEA 4JKGB 4W5OA 4JK8A 4DTXA 4NCGA 4DTNA 3U3YA 3R9PA 1TGOA 3FZHA 4DU1A 4KTWA 4BG9A 2HHUA 4EZ6A 4DV6K 3IRXA 3LPUA 1L5UA 1ILYA 4CGIA 2O8EA 4I7FA 3VEYA 2O8FB 3VEVA 4IDHA 4FLVA 4E0DA 4DFJA 3CQYA 2IVPA 4FZZA 3I0SA 3LP3A 2FXUA 4I9QA 1W9HA 4CGJA 4JKEA 3AVFA 1W97L 1VSLA 1VSFA 3ENOA 2O8EB 2OPRA 3NFAA 5KI6A 1JKHA 4BROA 1BIUA 3HPHA 4CHQA 4DTMA 4O0JA 2B5JA 3NF8A 4KHYA 5HRNA 4H5NA 4DSIA 1TL3A 4FJHA 3U8XA 3OTOK 4OPJA 3SZ2A 3MEGA 4H5WA 4F3TA 1S3XA 3CQ8A 4GV3A 4JI1K 1FW6A 3SBTA 4CBUA 3HPOA 4BR7A 4ZHRA 1QVGM 2I7NA 4EIAA 4BRNA 3CYMA 3WXMB 1OH7A 2FSJA 1DLOA 2QWMA 5DMRA 5HLFA 3HXMA 3NVMA 1VQ7N 3QBXA 2YNFA 3R6MA 3OYAA 3ZSWA 5ADXA 3GE1A 4WCEL 4JLHA 1W7AA 2IAJA 4HCCA 5AFUA 2CH5A 4B9VA 1C1AA 5JMVA 4CJVA 4CF9A 2E4LA 2HB5A 2VWBA 1T8EA 2HHTA 1JLEA 2KZMA 3VEOA 4JKDA 1IO2A 3V9WA 1TAQA 4RW7A 2YHAA 1ZBFA 4FOIA 3OYHA 3CCSN 4G1QA 3T69A 4OPHA 1U6ZA 3G25A 3VQPA 3QEXA 1Y97A 1RT1A 5AQWA 3BZKA 1C0FA 3FGUA 3L3VA 5FROA 1TKXA 4JYAK 4FWQA 5MLCQ 1X3NA 3A5LC 2X6NA 1A5XA 4UY8O 4BRQA 4AH9A 4YORA 1WAJA 4B1XB 2W6KA 4M3XA 5AZJA 1K9MO 3KIOA 2P9LA 2HBLA 4CZGA 5AQGA 2ZM6K 3MXJA 2PYJA 5AZJB 3ZSQA 5H1SQ 4B3RK 1K6YA 1VHXA 3B6OA 2YHBA 3O1WA 4CD3A 4ZTJA 2HVIA 2RHKA 1SUQA 4NO7A 2F9TA 4JRQA 1X3MA 3QEWA 3EY1A 1VSDA 3G10A 1SV5A 4NYFA 3VQBA 4BR0A 4FLZA 3AAQA 1X9JA 3LDNA 4AM6A 4C23A 5AZIA 1I39A 4WE1A 3OVNA 5C42A 1NJIO 5BPLA 5JVGL 4LF7K 4K43A 4FJLA 2IVNA 2BTFA 3B8AX 3U4LA 3AVLA 4B9SA 1BISA 2KFNA 3OW2M 3R1XA 3TPQA 4LFAK 3HRGA 1VQNN 5LJVA 3WXJA 3OYFA 5AZIB 4ELVA 1V4SA 3RVCA 4BRPA 1VQMN 2Q3SA 3V81A 3SMSA 1NGJA 4OJRA 4MFBA 5GAEP 3J7YP 3EE8A 3TAFA 2FBVA 3NHGA 2YNHA 4E7IA 3AGRA 2XY5A 3NE6A 1J6ZA 3FR0A 1QQCA 2ITMA 5J2MA 1YJWN 4FWKA 4BRAA 4WQ4A 4BACA 5FDLA 1VQON 3WUHA 3K57A 1YUWA 1DTQA 3LWMA 2WONA 1ASVA 4EHUA 5I3UA 3MMVA 2O4GA 2B6AA 2GUPA 1U4BA 1TKDA 3CJCA 4KHUA 2OCEA 1WBBA 4FJXA 4B1ZA 4CZHA 4M3YA 3HK2A 2HSTA 1FKPA 1K73O 4CF1A 2X78A 2YHXA 1YT3A 1HUXA 4F4KA 1GLBG 1NOYA 1S1XA 1Z25A 1XHZA 3NDKA 1N34K 1L3TA 3THYA 3LM9A 4ID1A 2WFBA 3OYJA 1NGHA 4M3RA 2JLEA 2NLXA 1KD1O 3SAHA 1LCUA 1NU0A 5AQJA 3I8DA 3QIOA 1JXEA 1HQEA 4CJFA 3KKRA 3THYB 1CXQA 3TAPA 5AQHA 3CFOA 3HOSA 4CEFA 3NH1A 2XY6A 3SQ4A 3J81O 5ELZA 1WB9A 1ZBUA 5IWAK 4CJTA 3BF3A 3MN9A 2GTDA 1RT3A 1WSJA 5CR4A 1P8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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