3GG4A

The crystal structure of glycerol kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
542
structure length
537
Chain Sequence
LASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The crystal structure of glycerol kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
molecule keywords glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 167
structure length 537
sequence length 542
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A02
1YAGA 1NGBA 3H3NO 3GBTA 3WXLA 4A62A 5BPMA 4EIAA 4B1WB 2F9WA 3DXKA 3MMVA 3D2FA 2GELA 4JN4A 4NB4A 3B8AX 2ITMA 2P9UA 2KHOA 5KPZA 3TPQA 2A41A 2Q1NA 4PKHA 2J4RA 3QMLA 1C0GA 5BN9A 2IVPA 5F2RA 4BRGA 1KAZA 1NMDA 3HZ6A 2A3ZA 3LL3A 5FPNA 3ULEA 3BF1A 2W40A 5AZIA 3FZKA 4CZEA 4BREA 3CETA 3MN6A 3AY9A 4AM7A 3WQTA 4CZFA 2CGJA 3CIPA 3ZEUA 1S3XA 2YHWA 2QWRA 1BU6O 1R59O 3DXMB 4HTLA 3R6MA 2Q0UA 3A5MC 3BP8A 3ZX2A 1HUXA 2ZF5O 5AQTA 3U9ZA 4H0PA 4BRFA 1QQMA 5AQQA 1K8KB 4WQ4A 4O8KA 3KZBA 4JHDB 1NM1A 1BUPA 2GUPA 2VYPA 4H5TA 2P9PA 5KPTA 2GTDA 5ELZA 3KVGA 2FXUA 1Z05A 3CJ9A 5BRHA 4IJNA 4JAXA 3VEXA 2E1ZA 4DCHA 3C7NB 3IMXA 5FPEA 3FZMA 3QFPA 3QB0A 3H46O 2HOEA 1ZBSA 2QWMA 4H0VB 4XH4A 1EQYA 1NWKA 3LDLA 4FO0A 4IJAA 3A8YA 3MK6A 3D2EA 1NGAA 5AQMA 2QW9A 4M7YA 5AQYA 4QS8A 4BQLA 4CZIA 4CD1A 5JICA 1SZ2A 4GNIA 4WYBA 4BR2A 4BR7A 2CH6A 3LDNA 4K25A 3AAPA 3VGKA 4WQ5A 1H1VA 3O5BA 4H0OA 2FLOA 5JMVA 3VEYA 3ENOA 4PL7A 3QDKA 4EFHA 3GE1A 2P9IA 3BUZB 1HX1A 4YDUA 2H3GX 3ATVA 3H6EA 1MA9B 1SAZA 3SMSA 1BA0A 2YJFA 5EY4A 4B1VA 2YI1A 2D1KA 3O1BA 2P9NA 3CJAA 4FWMA 5BPLA 1E4FT 3J8AA 5AQIA 1D4XA 5AQOA 3G25A 4PL8A 3DWLA 3VGLA 5FPDA 4WQ5C 4MLHA 1V4TA 5AQNA 3CI5A 4MO5A 2QWPA 3SMPA 3KHYA 2HF4A 2F9TA 3DJCA 2P9KB 3H45C 3VENA 3R9PA 3HBTA 5AQLA 3QBWA 1XQSC 3HSCA 4ISFA 5KPRA 4LC9B 1HJOA 5AFUH 4DQ8A 4NO7A 5AZJB 2W41A 2Q0RA 4Y0WA 3UKRA 2HMPA 4FWPA 3JS6A 3LDPA 4CBWA 1XC3A 4BVOA 4FWOA 3LM2A 3UKUA 1V4SA 2AA4A 2E1YA 3EKSA 4A61A 4B1YB 3FR0A 3RSEB 3I33A 4BR4A 5LJWA 3L4IA 1YUWA 4I6MB 1JCGA 4JD2B 1DEJA 3O4WA 4BRKA 3A5NC 3FE1A 4FWSA 2YCHA 1T6DA 1MWKA 2V51B 4BRPA 4BG8A 2V7ZA 1QZ6A 5ADXA 2P9LB 3S41A 4CZLA 5AQUA 5AQRA 2A40A 1KXPA 3ENHA 2Q31A 4BR0A 1ZC6A 4H0YB 1KAYA 1ZXOA 1XUPO 2YHYA 4PKIA 3LDQA 3HTVA 2VWBA 4H5WA 5EXWA 1GLBG 4FWNA 4BRQA 2E2PA 1TYQB 2P9SA 3CHWA 1Y64A 2BTFA 4KBOA 4Z94A 1E4GT 2D4WA 2E8AA 1LCUA 5B8HA 2ASPA 4AM6A 3GOIA 4XH1A 2PBDA 4FWKA 4BR9A 3WUHA 4BRAA 2IVOA 3M3ZA 5AQKA 1HKCA 4H0XB 4JNEA 3WXIA 1IJJA 2D0PA 3GL1A 3W0LA 4RWTA 3VERA 3DXKB 2ASMA 4BRMA 5AZJA 3D2FB 2QM1A 4A2BA 2Q2RA 1NGGA 3VEZA 2CGKA 1GLAG 4CZMA 1G99A 2P9UB 2V7YA 1BWFO 4FL9A 1NGHA 3CERA 2NRHA 3M1FA 3VPZA 5FPMA 5BN8A 2NZTA 5AQZA 3QBXA 4BRCA 2FSKA 4HWIA 3BF3A 1ATNA 5AQFA 1DGKN 3VF2A 1HKBA 3IFRA 5E84A 3ULEB 4CBXA 1BG3A 4BC2A 1ESVA 5AZIB 2VCPA 3L6QA 4I6MA 3SLCA 5LJVA 5BRFA 1GLEG 1BA1A 4C23A 3WXKA 4BROA 1BO5O 3SK3A 3CJ1A 3C0BA 3O6WA 2YJEA 3VOVA 1SQKA 3U8XA 3VEOA 1Q18A 3CQXA 4BRDA 1C0FA 1IG8A 2E2NA 3L0QA 3MN9A 5EX5A 4RTFD 3DXMA 3GDQA 1J6ZA 3MN5A 3TU5A 1ATSA 4K43A 3A5LC 2NLXA 2P9PB 4IZ9A 3VEWA 5F1XA 4BC4A 1K8KA 3U9DA 4JHDA 3O80A 2QWNA 5ADXH 4K42A 1NGDA 3I8BA 4CBUA 3O8MA 3CJBA 1S22A 3A0IX 5AQSA 3WEEB 3FZHA 4BRHA 4BGAA 4QS7A 3C7NA 1NBWA 4XH5A 2PAVA 4QS9A 1GLDG 3VEVA 1RFQA 3GG4A 3CJ7A 2GWJA 4MO4A 4ISEA 5EOYA 3H1QA 3MCPA 5AR0A 5AQXA 4BR5A 4MLEA 3W3DA 4PKGA 3IDHA 2FF3B 4M7XA 3AARA 2UYTA 1KAXA 4CZKA 2FF6A 3DAWA 3H3OB 5JLHA 2E2OA 4M63C 3ID8A 1GLCG 3VGMA 2IIRA 1WUAA 4FSVA 2I7PA 1U2VB 1T44A 1TUUA 2P9IB 2GWKA 3VF4A 3HI0A 3ATUA 2WUSA 4H03B 4B9QA 3ZETB 3CJCA 4H5VA 4E1JA 1X3MA 1DKGD 4FPBA 4F9OA 3ZX3A 2P9NB 3FLCO 2Q36A 1HLUA 4RCHA 1T6CA 3FZFA 3VF6A 1ATRA 4BC3A 1U6ZA 5CE3A 2BUPA 5JLFA 3O1WA 3EO3A 3HM8A 2QXLA 4IO8A 5LY3A 4A2AA 2Q97A 3FZLA 5BPNA 2A5XA 2OANA 3QICA 3OHRA 1MWMA 3FGUA 3U4LA 5AFUA 1QQNA 4GY2B 4FWRA 4CZHA 3VETA 4EHTA 2P9KA 4DB3A 1YXQA 4FWQA 3F9MA 1JCEA 2E20A 1GLLO 1Z6RA 4FWLA 3EN9A 3D7EO 1GLFO 4H0TB 3UKRB 4FPAA 4L3QA 5AQWA 3LM9A 3MN7A 1QZ5A 4K41A 4J8FA 1TUYA 2QWQA 3WEEA 4B1UB 1YVNA 4XEIA 3EZWA 3UKUB 3AAQA 2YHXA 4H5NA 3UB5A 2HF3A 3H1VX 3M6GA 5AQVA 4IXCA 5KQ8A 4CD3A 1WOQA 4IWVA 4BC5A 2FSNA 1MDUB 2CH5A 1NGCA 2FSJA 4FOEA 5AQGA 1NGIA 1NLVA 2ZGZA 1LOTB 4WQ4C 3RSEA 4CJ7A 4CI6A 5EVZA 3SJHA 2ASOA 2I7NA 3UE5A 5BR9A 3O08A 4JD2A 1JCFA 1CZAN 4B1XB 2ZGYA 2GEMA 5AQPA 2EWSA 4BRNA 3EKUA 4CZJA 1QQOA 1X9JA 5BREA 4CZGA 1HKGA 5BRDA 5TKYA 3ZEUB 2A42A 1OKJA 3ZX0A 2AP1A 1P8ZA 1U2VA 2V52B 1X3NA 2QWOA 5AQHA 4EAHD 2A6AA 2ZWHA 3ZETA 5I9EB 2P9LA 4BGBA 3EL2A 2IVNA 3WXJA 2QWLA 1BDGA 3P4IA 2E2QA 4H5RA 1RDWX 3LDOA 3QFUA 1BOTO 4B1ZA 4FOIA 1HPMA 1GLJO 4EHUA 1RGIA 3R8EA 3WT0A 5KQDA 2P9SB 4BG9A 3JXUA 3FFKB 3IUCA 4O5FA 3BEXA 3CQYA 3VESA 4BQZA 4DHYA 1TYQA 5AQJA 3WQUA 3MDQA 2CGLA 2DPNA 1QHAA 2E88A 3A5OC 4YDUC 2D0OA 3D2EB 4BRIA 1NGFA 4ISGA 1NGJA 5F0XA 1NGEA 5E26A 4BVPA 4BRLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XRIA 4AHVA 1YAGA 3GBTA 4A62A 4CFCA 4JI6K 4IEIA 3DXKA 2W6LA 1RDCA 3B8AX 1HNZK 2QEXN 4OPHA 5KPZA 4CEBA 4X62K 2Q1NA 4PKHA 3QMLA 4NXNK 2IVPA 4FVUA 1KAZA 1NMDA 2A3ZA 3CCJN 4KTQA 1VSFA 1I3AA 3CPEA 3ISNC 5AZIA 3FZKA 3OY9A 4F3TA 5I3UA 3HPGA 4U7BA 3LAMA 3QERA 3WQTA 2CGJA 1ILYA 2A1RA 4JEPA 3LP0A 1RTJA 1W2BM 3R6MA 1YITN 1QSYA 3PX4A 4MFBA 2WFBA 1QQMA 5AQQA 1VSIA 3L2WA 4JHDB 5JS2A 3VTHA 4FM2A 2LSNA 2WOMA 1Q82O 3I55N 1Z05A 3Q7BA 3S9HA 4IJNA 2FBXA 3EE9A 2E1ZA 3IS9A 3QNOA 3K58A 4CK3A 3C7NB 5KRTA 3QFPA 3SAFA 1X9SA 4TSXA 2QWMA 4XH4A 1ZBUA 3TAFA 1KVCA 5GIPA 4ILJA 4B3OA 4HUEA 1SZ2A 3E66A 4J2AA 4N41A 4GNIA 2DFEA 3ZLJA 3LDNA 1VRTA 3RWUA 1D5AA 4M41A 4WQ5A 4CJQA 3O5BA 4H0OA 4DTUA 1XC9A 4YFUA 1VQ5N 4G9ZA 4FLTA 3OYHA 4HVJA 4EFHA 2Z1JA 1JJ2M 3SCXA 2X6SA 3ZT3A 5I42A 1Q81O 2O8DA 2HBKA 3WNEA 2D1KA 3DLEA 3G10A 4FWMA 3PX6A 2HNYA 2B6AA 3MX2A 1WSGA 2D0BA 3O3HA 4CF8A 3SMPA 2G8WA 5DK5A 1SS6A 4YOXA 2F9TA 2P9KB 3RMAA 1RT7A 3SYZA 5AQLA 1NG9A 1XQSC 3O9SA 1NK4A 1RT5A 3ZT0A 5AFUH 3V1QA 3ENBA 3H08A 2Q0RA 3VQQA 1REVA 4N47A 3VQCA 2HMPA 1IO2A 3LDPA 1RCHA 2JWKA 4CBWA 4WF9L 1JKHA 3OJUA 1K8AO 5HRPA 2AA4A 4CESA 3RRHA 5HL7L 3EKSA 1RTHA 1F21A 5M1OA 4QCLA 3RSEB 5LJWA 4BR4A 1EXQA 3VA0A 3OYLA 3KD1E 1JLQA 4JD2B 5FRNA 3SBTA 3K5LA 2YCHA 3AVBA 5HRSA 3KD5E 1T6DA 1MWKA 2KZZA 3LWMA 2HHVA 2QXFA 3B6OA 4CF9A 1JXBA 5AQRA 3ENHA 3AGRA 1YIJN 2Q31A 4BR0A 4ZTJA 4WFNL 1A5XA 3P38A 2BH1A 4H0YB 1KAYA 1ZXOA 1BHLA 3O4NA 2YHYA 4PKIA 3O4QA 4DV3K 3HTVA 2VWBA 2GUIA 4IFYA 2KQ2A 4I7FA 5IWAK 5CYMA 4FWNA 2E2PA 1Y64A 2BTFA 4Z94A 1E4GT 2HMIA 2D4WA 1VQ9N 4J2BA 2OCEA 3THXA 5KTQA 3DOLA 3AVAA 5AQKA 1HKCA 2RHKA 2D0PA 4RWTA 3C94A 3TAEA 1SL1A 5AZJA 3D2FB 4K8XA 4CJUA 3AA5X 3Q7CA 4CVNE 4JI0K 3OYGA 3CCUN 2VGMA 3M1FA 3LZJA 4CJTA 3E1YA 1RBRA 5AQZA 3SV4A 1HNVA 1DGKN 1HKBA 3IFRA 5E84A 4CBXA 4IFVA 4I6MA 2UUCK 3HPHA 3KTQA 2OPRA 4C23A 3MWPA 4DFPA 4O44A 3C0BA 3N4PA 4FJKA 4Y1CA 1ITGA 3VOVA 2E6MA 4DQQA 1SQKA 3U8XA 3NVKA 3KKRA 3O9RA 4YOWA 3CQXA 1TVRA 2E2NA 5EX5A 4KHQA 4RTFD 3SI6A 3EE8A 4DTJA 1VQON 3MN5A 3G6EN 4DFMA 3MEGA 3NDKA 4K43A 4JI2K 3AO5A 1XMOK 2P9PB 4IZ9A 3U9DA 2YX6A 4DV1K 1NGDA 3CPWM 3C65A 4LSNA 3CYMA 4GV3A 3AO2A 4IG0A 1DT9A 2VGNA 5EOYA 2DFFA 3CM5A 4CHNA 4LD0A 3ZT4A 4BR5A 2OPPA 2E6LA 1TGOA 3IDHA 2FBVA 4OX9K 3KLHA 2OYQA 1S5JA 4M3UA 1RT4A 1NMNA 2FF6A 2E2OA 2ZE2A 1OVYA 3THWA 2KZMA 4DU3A 2HBLA 3L4QA 1GLCG 2W6KA 2FC0A 3OA9A 1QSSA 1TUUA 4C8NA 2F4VK 1XNQK 3HI0A 3ATUA 4B9QA 4DKWA 4IEEA 4E7IA 3MEEA 4Q5VA 4DU1A 3SBGA 2P51A 3ZX3A 2P9NB 2ZQBA 3U6FA 1HLUA 3VF6A 3FZFA 1ATRA 1S6PA 2UUBK 3TARA 2BUPA 3OVNA 4OPAA 3J7ZO 5SZTA 2QXLA 1VQMN 5BPNA 3G4SN 5C42A 4DTRA 4GY2B 2XHBA 3SUOA 4M42A 1C6VA 1GLLO 1WSJA 4DU4A 3EN9A 1ASUA 3CFRA 3VA3A 3C6UA 4KHSA 3LM9A 3CCQN 4W5RA 1T8EA 3EZWA 3N4QA 2YHXA 4CD3A 1WOQA 4E7KA 2F7TA 1QTMA 2FSNA 1BGXT 2EHGA 3D6RA 2IGIA 2FSJA 3S3OA 1NGIA 2I5JA 1LOTB 1QVGM 2O8EB 4CJ7A 4PUOA 4CI6A 4EP4A 2ASOA 4B1XB 1Q86O 5AQPA 1W97L 3DMJA 4CZJA 1X9JA 5HRRA 5J2QA 4CZGA 1RBUA 4WFBL 1U49A 5BRDA 4BDYA 3WNGA 3ZEUB 4Z4EA 4LH5A 4YOVA 4X66K 1U2VA 5H1SQ 2Z1GA 4DSKA 2HNZA 4HUFA 3ZETA 4R5PA 4BGBA 1WSEA 2IVNA 2UXBK 1BOTO 4B1ZA 4F2RA 1KVAA 4BG9A 1KLNA 3FFKB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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