3GG4A

The crystal structure of glycerol kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
542
structure length
537
Chain Sequence
LASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of glycerol kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
molecule keywords glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 167
structure length 537
sequence length 542
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A02
2FSNA 2I7PA 4FSVA 4BVPA 4IWVA 4A62A 5AZIB 2GTDA 4BC2A 4K43A 4BVOA 1SQKA 3ULEA 3UE5A 4CD1A 2J4RA 3M6GA 4FWKA 1BOTO 1QHAA 5KPTA 3D2EB 4M63C 3IUCA 4BRGA 4JHDA 1GLJO 4AM7A 2QWMA 1NGFA 4XEIA 2P9UB 3ENHA 2HF4A 4CZJA 3H1VX 3D2FB 1HPMA 3JXUA 3ZETB 5AQSA 3MN9A 3AAPA 3WXIA 1ESVA 5BPMA 3SMPA 3IDHA 4O8KA 4CZFA 4FOEA 5CE3A 1JCFA 2E88A 4YDUC 2I7NA 2QWNA 4BRLA 3R8EA 2E2QA 4K42A 1HJOA 4CBXA 4E1JA 3KZBA 5AQTA 1YVNA 2QM1A 2Q2RA 3LDQA 1KAYA 1RFQA 2P9NA 4FO0A 3MN5A 3HBTA 4H0YB 4PL8A 1T44A 4CZKA 1KAXA 3C7NB 3H45C 2ASMA 3IFRA 1X3NA 1J6ZA 4FWPA 1GLBG 4J8FA 3VETA 4Z94A 4I6MA 2E2PA 3GE1A 4FWNA 3VPZA 3M3ZA 4FWRA 1SAZA 2A40A 2A6AA 4H5RA 2P9PA 3H3OB 3VEXA 3LDPA 3VEOA 5EXWA 5JMVA 1Z05A 3A8YA 2BTFA 4B1XB 3CI5A 3UKUB 4BC4A 4WQ5C 2CH6A 3LM2A 5AQXA 1HX1A 1HKCA 2YI1A 5EOYA 2YJFA 1X3MA 3DWLA 4AM6A 3DJCA 1E4FT 3DXKA 3A0IX 1XC3A 2QWRA 1U2VB 5EVZA 1NWKA 2P9IB 5AQHA 5LJWA 3HZ6A 1ZBSA 5F0XA 2Q36A 4IXCA 4H03B 1NGDA 2CGLA 5AQWA 4K25A 2GELA 4K41A 3VGMA 3BF1A 2GEMA 5AR0A 1TYQB 3VOVA 2NLXA 3R9PA 3ATUA 4FPAA 4H5TA 4DB3A 3LDOA 1NGEA 4B1VA 3A5LC 2CGJA 3LM9A 1NLVA 1QQMA 2E1YA 2NZTA 3U9ZA 5BRHA 2E8AA 1T6CA 2YHYA 2PAVA 4CJ7A 5AQFA 1XUPO 4BRKA 3ULEB 3H6EA 3AY9A 3QBXA 4MO5A 3DAWA 2YJEA 1K8KA 3KHYA 4H0VB 4YDUA 4RWTA 3JS6A 1YAGA 3OHRA 1BA1A 4BRNA 1NM1A 4BRDA 4XH4A 5KPRA 1LCUA 5AZJA 4JHDB 2HOEA 2E1ZA 3L6QA 3EZWA 4HWIA 2AA4A 3UKRA 2OANA 5BN8A 4IJNA 4FPBA 3SK3A 3WQUA 2FSKA 3FZLA 1ATRA 4FOIA 3FZFA 4H5WA 5EY4A 3VGKA 1ATSA 1GLCG 2ASPA 4B9QA 3W3DA 4BREA 2BUPA 4WQ4A 3CJBA 4MLHA 3ZX0A 2F9WA 1BG3A 2D0PA 2P9NB 2NRHA 3MCPA 4GNIA 4BQZA 2P9SA 1GLAG 2W41A 3W0LA 5LY3A 4H5NA 1NGBA 4WQ5A 1GLEG 2QWOA 3I8BA 2YHXA 3CJ7A 4O5FA 2Q0UA 2P9KA 1U6ZA 3FLCO 1T6DA 4I6MB 1BU6O 4BR5A 4BG8A 3WXJA 3BP8A 1G99A 1D4XA 4PKGA 1QZ5A 2P9PB 4FL9A 3C0BA 1RDWX 3FZKA 3QFPA 5KPZA 3DXMA 3VF2A 2D0OA 3O80A 4H5VA 3ATVA 2ASOA 4CBWA 5ADXH 1E4GT 3CJ9A 3S41A 4ISGA 4CI6A 4PL7A 1MA9B 3DXKB 4BC5A 3MN7A 5F2RA 3CQXA 4PKHA 2UYTA 5BREA 5AFUH 1QQNA 4WQ4C 5AFUA 3BUZB 4FWQA 3VEYA 2VCPA 4A2BA 4BG9A 3AARA 1NGIA 3VEZA 5AQUA 2F9TA 2ITMA 4BRQA 1LOTB 2ZF5O 1Z6RA 2GWKA 1MWKA 3WXKA 3FZHA 2IIRA 3ZEUA 3FE1A 3QFUA 5FPDA 5AQKA 3GG4A 1P8ZA 1JCEA 2V51B 3VGLA 2FSJA 4BRCA 3LL3A 4B1ZA 4PKIA 3A5NC 2IVOA 2ZWHA 4Y0WA 4F9OA 3VF4A 5KQ8A 1DGKN 2GWJA 3I33A 4M7YA 3CERA 1NGCA 1K8KB 3O1WA 3A5MC 5ELZA 3VEWA 4JNEA 3WQTA 4BRAA 3WXLA 5AQPA 2HMPA 2YHWA 2FXUA 5AZJB 3GL1A 3H1QA 3GDQA 4RTFD 3U4LA 4EFHA 3HI0A 3L4IA 3UKRB 5BPLA 4CZHA 1KAZA 3ZX3A 5E26A 5EX5A 3G25A 2D1KA 3O5BA 1NGGA 3ZX2A 5AQIA 4CZMA 1Y64A 3FGUA 2P9LA 3MDQA 3CJ1A 1NBWA 1OKJA 5TKYA 2YCHA 3J8AA 3BF3A 3SLCA 2A41A 4BC3A 4BRMA 2VWBA 3MN6A 5BRDA 4H0XB 3CETA 2E2OA 3RSEA 4BRHA 1BO5O 3QICA 2P9SB 4B1WB 4EAHD 3VEVA 1WOQA 4FWOA 2P9IA 3EN9A 2DPNA 3KVGA 2P9KB 3WT0A 4BGAA 2A42A 5BPNA 4BGBA 4KBOA 4M7XA 3QB0A 4ISEA 4XH1A 4JD2A 5FPMA 4DQ8A 2FLOA 3WEEA 4BRPA 1WUAA 4BRFA 4CBUA 1DEJA 1YXQA 2W40A 2QXLA 3QMLA 3DXMB 2EWSA 1QZ6A 4FWSA 3VENA 1GLLO 1RGIA 1HLUA 1EQYA 3QDKA 4IO8A 2ZGYA 3U8XA 1HKBA 2AP1A 3O08A 5E84A 3GBTA 4FWLA 3MMVA 4BQLA 4JN4A 2QWQA 5B8HA 2ZGZA 3CIPA 5FPEA 4A61A 5F1XA 1BWFO 3CHWA 3D7EO 3WUHA 4RCHA 1BDGA 4WYBA 3EKUA 2FF6A 3EO3A 3H46O 3SJHA 1KXPA 5AZIA 5ADXA 3QBWA 4QS9A 3L0QA 2HF3A 3ZEUB 4A2AA 2PBDA 4JAXA 5FPNA 5BRFA 4BR2A 4ISFA 1DKGD 4EIAA 1CZAN 3D2EA 4QS7A 1JCGA 1TUYA 5AQRA 1NGHA 4GY2B 3U9DA 2CGKA 2P9UA 3FFKB 4BR4A 5JICA 1MDUB 3D2FA 3ZETA 3TU5A 4H0PA 3TPQA 1SZ2A 4EHTA 2Q0RA 2H3GX 3AAQA 3H3NO 3VERA 4CZIA 5AQYA 4DHYA 4BROA 1TUUA 2Q1NA 2Q97A 3IMXA 3GOIA 3O6WA 4QS8A 3VF6A 4H0OA 1V4SA 1H1VA 4BRIA 1ATNA 1GLFO 5AQZA 2V52B 2P9LB 3F9MA 1BUPA 1YUWA 2E20A 3FR0A 1X9JA 1ZXOA 3CJAA 5BR9A 3A5OC 3R6MA 4EHUA 2VYPA 4C23A 1C0FA 1R59O 5JLHA 3C7NA 4LC9B 2IVNA 3RSEB 1MWMA 3LDNA 3CJCA 5AQLA 2WUSA 4IJAA 1BA0A 3ID8A 4CD3A 1V4TA 5AQMA 4CZGA 4BR7A 1NGAA 3UB5A 3O8MA 1XQSC 4HTLA 3M1FA 5AQNA 1S3XA 3EL2A 2V7ZA 4CZEA 5JLFA 5AQOA 5KQDA 3UKUA 2A3ZA 4JD2B 1C0GA 1NMDA 3WEEB 3B8AX 4CZLA 5LJVA 4BR9A 2A5XA 2CH5A 5AQGA 3CQYA 3O4WA 3P4IA 4NO7A 2QWLA 3LDLA 1ZC6A 5AQVA 3SMSA 4H0TB 1U2VA 2IVPA 2V7YA 4MO4A 3BEXA 3MK6A 5I9EB 2KHOA 1HKGA 3O1BA 4BR0A 1GLDG 4FWMA 4NB4A 5AQJA 4B1YB 3EKSA 2FF3B 1Q18A 1TYQA 3HM8A 1QQOA 4IZ9A 3VESA 2GUPA 4MLEA 1IG8A 3HTVA 3ENOA 4L3QA 2QWPA 2E2NA 1IJJA 2Q31A 1NGJA 5BN9A 3FZMA 5AQQA 4DCHA 3HSCA 4XH5A 1S22A 1HUXA 4B1UB 2D4WA 2QW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSNA 3EEQA 4FSVA 1QTMA 4IWVA 4BC2A 3L2WA 3P31A 4FJ5A 4FK0A 4O55A 1SQKA 4B9UA 1VQ9N 2J4RA 3K5LA 4KHQA 1YIJN 1KC8O 5J2QA 4IFEA 1HYZA 4JHDA 1GLJO 3D6RA 2P9UB 3ENHA 4FVMA 5FRNA 3DM2A 1XMQK 2OPRA 4YORA 4K8XA 3O9UA 2GBZA 1JCFA 2VQEK 3ZCMA 4YDUC 2I7NA 4CGHA 1NK9A 3R8EA 4K42A 1QS4A 3KZBA 1WSJA 1BI4B 4OVLA 3M5RA 3LDQA 1RFQA 3MEDA 2P5GA 5SZTA 4LSLA 3HBTA 2JLEA 4PL8A 1IV0A 4CZKA 5GINA 2ZE2A 3RRHA 3LALA 2UUBK 2NRTA 1RTJA 2ASMA 3IFRA 3OS0A 4CFCA 3TAFA 3VPZA 4ZTFA 1D9DA 3P39A 2P9PA 3VEXA 3LDPA 2AJQA 1Y97A 2W6LA 4AHCA 3CI5A 3SQ1A 3VQBA 4LF5K 1TKTA 1NKBA 3DWLA 1JJ2M 4E1MA 3DXKA 2ZJRL 2BH1A 2NRXA 5CYMA 1J9AA 2G8KA 4E7HA 3S3OA 4DQIA 2P9IB 5LJWA 1J53A 5F0XA 4GV6A 1WN7A 3ZSYA 2X74A 4FLXA 4CGGA 3LP3A 3BF1A 4JKHA 1TYQB 3R9PA 1HNWK 4DFPA 4DU4A 3T1HK 3ATUA 4KAZA 2VWKA 2KFNA 4H5TA 4M45A 4FZXC 3A5LC 4OPJA 1NLVA 1QQMA 3I56N 1BL3A 5FDLA 3CMAN 3SAGA 2YHYA 4JKDA 5HBMA 1VQPN 3HM9A 4IOAL 4CF0A 4HUFA 3CCQN 2IC3A 3DAWA 2YJEA 1K8KA 4H0VB 4KH4A 3S3NA 3OHRA 2Z1IA 4BRNA 4O0IA 4KTWA 4OGEA 4XH4A 3PY8A 3NGYA 1S9EA 2HOEA 1W97L 2E1ZA 2NNWA 5JVGL 2HVHA 2OANA 4IJNA 1KVAA 3Q7BA 3DLLL 3SK3A 5D3GA 2OTLN 4NCGA 3LZIA 4RW4A 3ZSXA 3L8BA 1ATSA 3O9QA 1X9MA 4N5SA 2BUPA 4ILJA 1FK9A 3S3MA 4Z4EA 2PYLA 4FJNA 4K8ZA 2F8TA 2NRHA 3CCSN 3OTOK 1L3UA 3F73A 3AO1A 3V9SA 4LY7A 3I8BA 2HHSA 4LSNA 2Q0UA 3T19A 4DTRA 4C8LA 3M8RA 3ZSOA 4G9ZA 3SPZA 4I6MB 4MQ3A 4DUZK 1IKYA 3BP8A 4DSLA 3ZSQA 4CJ3A 1QZ5A 2WONA 3AVLA 1S1XA 3C0BA 3DYAA 4JKGB 3SBGA 3E1YA 4FM2A 1O13A 3DXMA 1TKZA 3VF2A 4A59A 4H5VA 2XY8A 3THYB 3THXB 3S41A 2ZM6K 3CCVN 4CI6A 1ITGA 1GOCA 3MN7A 2NRVA 3FFIA 2OYQA 3OJSA 3KK2A 2IGIA 5BREA 3E9LA 1ASWA 2YHBA 5CZ2A 3CPEA 4DSIA 3VEYA 4M3YA 4OKEA 4E7IA 1VK0A 4OLBA 4C8MA 1TL3A 3MWPA 1U49A 2ZF5O 3D45A 1M1KO 3VQ8A 3FE1A 3QFUA 5FPDA 4J2AA 2OPSA 3HVRA 4AF1A 1P8ZA 2QEXN 2HNZA 4JRPA 4B1ZA 1D8YA 2DTUA 3OYMA 4F9OA 2FBTA 4AHTA 3H08A 3A5MC 4F2SA 4CJSA 4BRAA 2HMPA 4DKWA 4DV1K 3H1QA 1A5WA 4RTFD 3AGRA 4CHOA 3CCLN 5J2PA 3CQ8A 3ZX3A 5E26A 1HYSA 2QXFA 3O5BA 1RNHA 3BDPA 3K0SA 3AVBA 3MX2A 1N6QA 3CJ1A 4CJ5A 4KI4A 3D0PA 2O4IA 5TKYA 1JLCA 4JRQA 1B9FA 3SLCA 1VQ4N 2VWBA 3MN6A 5BRDA 4H0XB 5I42A 4BRHA 3QIOA 1JLQA 4FJLA 2P9SB 4B1WB 4EAHD 4DTUA 2DFFA 1WOQA 1VQKN 4BDPA 4FWOA 4YHHK 1XMOK 2DPNA 3E9OA 4WFBL 3WT0A 2A42A 5E41A 1N5YA 3QLHA 4K0KK 4CJFA 4F4KA 4Z4GA 3M8QA 5C25A 2FLOA 3WEEA 3G4SN 3DRRA 1SKRA 1RDDA 1DEJA 2HBKA 2W40A 4CIEA 4C8KA 1ZBHA 5GAEP 2PFUA 4OGCA 2F4VK 3OYFA 4IO8A 2ZGYA 3KWIA 3TTCA 1Q9XA 1B92A 4JKAA 5H1SQ 1U47A 2NUBA 2E4LA 5E84A 3GBTA 4FWLA 4BQLA 3O9TA 2D5RA 3O3GA 5B8HA 2ZGZA 3CIPA 2O8DA 5FPEA 4A61A 2OPPA 5F1XA 1BWFO 2ITGA 3WUHA 4RCHA 1BDGA 3NH1A 4NYNA 4M3RA 4LFBK 1ILYA 3SJHA 2YKMA 4W5OA 4QS9A 1QVFM 1LWEA 3ZEUB 4DQSA 1DKGD 1CZAN 3ZT2A 4CJVA 5LMNK 1A5VA 4DV2K 3ENBA 5AQRA 1NGHA 4GY2B 4B8CA 4DQPA 2P9UA 1SKWA 5C24A 3HOTA 4HCCA 3TTFA 5GAGP 2Q0RA 4I7FA 4HCBA 1YITN 4A57A 2G8WA 3CG7A 1YTAA 4EZ9A 3GOIA 3IS9A 1XNRK 1WSEA 2EHGA 4H0OA 3J7ZO 1RBSA 3T1YK 4W5RA 1BI4A 2V52B 1BUPA 2P51A 4M3ZA 4CFBA 3VQ9A 3AV9A 1RCHA 4DR6K 5JLHA 3LWLA 3O4NA 4OX9K 4FXDA 1S1VA 3KLFA 2XO7A 3AVFA 3OYEA 2KTQA 3MX5A 3SUNA 2HHUA 1NGAA 4DTMA 3M1FA 4CZEA 4E89A 4OKJA 5JLFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VHX A;  3F9M A;  3J7A P;  4FVU A;  4EP5 A;  3G0Z A;  1ZXO A;  1IG9 A;  4CJP A;  4CJR A;  1R59 O;  4JS4 A;  4L8R B;  3NGZ A;  3RRG A;  3C7N A;  1MWM A;  3LDN A;  1EET A;  5BR8 K;  2KLA A;  2WUS A;  3ID8 A;  4CD3 A;  1V4T A;  5AQM A;  2HHV A;  2ATQ A;  4KRF A;  3UB5 A;  1UWB A;  1UA0 A;  4HTL A;  5AQN A;  4DLG A;  3WNG A;  5KQD A;  3WEE B;  3MXI A;  4BR9 A;  5TKW A;  1VSD A;  3NF6 A;  4FLV A;  2CH5 A;  1T03 A;  1WAF A;  2KZM A;  3IRX A;  2E6M A;  4C1N I;  3L2V A;  3AO4 A;  4YOT A;  2HHQ A;  5HRP A;  1N32 K;  1S6P A;  1YT3 A;  4KHP K;  3DMJ A;  3BEX A;  3MK6 A;  3MAQ A;  1HKG A;  4E7L A;  1C1A A;  5FRO A;  1R0A A;  3N4P A;  5AQJ A;  2NRZ A;  3EKS A;  1FJG K;  1QQO A;  4CF1 A;  2GUP A;  1IG8 A;  3HTV A;  3DLK A;  2O8D B;  2RKI A;  4JKB A;  4DV3 K;  4NCB A;  3FZM A;  1WAJ A;  4ID1 A;  4DCH A;  3HSC A;  4RW8 A;  3EYZ A;  1HUX A;  3HYF A;  4CEC A;  5C2F A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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