3H08A

Crystal structure of the ribonuclease h1 from chlorobium tepidum
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
144
structure length
139
Chain Sequence
EKTITIYTDGAASGNPGKGGWGALLMYGSSRKEISGYDPATTNNRMELMAAIKGLEALKEPARVQLYSDSAYLVNAMNEGWLKRWVKNGWKKPVENIDLWQEILKLTTLHRVTFHKVKGSDNPYNSRADELARLAIKEN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (4-13)S3 (31-42)TIV1 (15-18)S2 (18-28)TII'1 (28-31)TIV6 (123-127)AH1 (44-58)TIV3 (91-98)AH2 (72-80)TIV5 (99-102)AH4 (102-114)AH3 (82-89)TIV2 (89-92)TIV4 (92-99)S5 (115-121)AH5 (129-144)S4 (63-69)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Chlorobaculum tepidum
publication title Structure, stability, and folding of ribonuclease H1 from the moderately thermophilic chlorobium tepidum: comparison with thermophilic and mesophilic homologues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Rnh (Ribonuclease H)
total genus 47
structure length 139
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3h08A00
1UA0A 1C0TA 4B9LA 2KFNA 3VQ9A 1S9GA 1IKWA 4CJVA 3AV9A 1RTIA 4LSNA 4BWMA 3ZT2A 3L2VA 5HLFA 1N6QA 1WAJA 2OPRA 4FLTA 3VQDA 1S1TA 4B9SA 3ZT1A 4N56A 3DOKA 3VQ5A 4KB1A 3K5LA 4FLWA 1WSGA 4FJHA 4HHTA 4FJ5A 3KLEA 2F8TA 3LWLA 4DTJA 3NF7A 3AVGA 4PWDA 3SQ4A 2P5GA 1NK0A 4FZYA 4KI6A 4CGFA 2X78A 2ZD1A 2XO7A 4BACA 3HPGA 1FK9A 1CXQA 3O4QA 4Y1CA 4CJWA 2FBYA 1DLOA 1BIZA 4FJ7A 4AHSA 1RT3A 3AO3A 3LPTA 3ZSWA 3K59A 4JS5A 4B9UA 4TSXA 2HMIA 4DTSA 3V6DA 2IC3A 4KTWA 4XIUA 3SQ2A 1JXBA 3KK2A 4HCCA 3AO5A 4KREA 3IG1A 4E7HA 3MECA 2G8KA 2OPQA 4PQUA 1JXEA 3IRXA 3QESA 4CECA 4Z4EA 1YTUA 1QHTA 1S5JA 4CF2A 3EZ5A 5CZ2A 1SKRA 1XI1A 1W0HA 1RT7A 4C8MA 4FJIA 3K5MA 4B9MA 2KFZA 3HJFA 1QE1A 1SKSA 4F4KA 3OVNA 3O3FA 1IKVA 1KLMA 1EKEA 2YV0X 2Z1IA 4KTZA 4CFAA 1HPZA 3OS2A 3V1OA 4CFBA 4DLEA 3TARA 2RPIA 1LAWA 4OKJA 5FROA 4CEZA 2GV9A 5FRMA 4ELTA 3SQ1A 3S3OA 1QSYA 2HHUA 4Z4IA 3VQ4A 1RT5A 1BGXT 1Q9XA 1RT4A 1JLQA 3LZIA 4ID5A 1QSLA 1ASUA 2D0AA 2FBTA 3QETA 3VQPA 4CJTA 3OYMA 4DQIA 3KKRA 1BQMA 3QEXA 3E01A 3TAGA 2ZE2A 2KW4A 3NCIA 4E7LA 2P5OA 1EXQA 2QKKA 4CEBA 4ICLA 1ZBLA 3D0PA 2I5JA 1RNHA 3RRHA 1F21A 2ATQA 3RMDA 3PUFA 4YFUA 3L2RA 2EHGA 3KIOA 3ZCMA 4F3OA 4JRQA 1ZBFA 5KRTA 1NOYA 4FK0A 3OYLA 5C25A 1S1VA 4B3OA 4DFMA 2EX3A 4QCLA 1S1WA 2P1JA 3K2PA 4LH5A 3H08A 4M3RA 4N5SA 4C8OA 3V9UA 4FLZA 2WOMA 4CFDA 3DOLA 1HYVA 3QLHA 1NOZA 3TAMA 1ZBHA 4FJ9A 3RR7A 4NCBA 4W5NA 3WNGA 3DYAA 3OYIA 1KVBA 1VSJA 3OYNA 3VQQA 1QQCA 3TANA 3KK3A 3NAEA 2HW3A 5J2MA 1KLNA 4I9QA 4F3TA 1FKPA 3L8BA 2A1SA 2B6AA 1QSSA 1WSHA 1WSFA 3S3NA 1LAVA 2E6MA 4C8LA 4ZHRA 1HNIA 4DMNA 4MFBA 4AH9A 3HPOA 3TABA 4Z4HA 2YNIA 4NCGA 3OJUA 4KKOA 3NDKA 4PY5A 1RBRA 1MU2A 4CEAA 2D0CA 4J2AA 2GUIA 4CERA 3TI0A 3V9WA 4KHYA 2P51A 3M8PA 2QK9A 4CJEA 4H8KA 3M8SA 4K8XA 3CFRA 4DF8A 1VSKA 2XY5A 4M3UA 1Q9YA 1J9AA 3V81A 3ZSZA 1S9EA 1Z25A 4DU4A 1HYZA 2VG7A 3NHGA 4DTXA 4L8RB 4ELVA 3NF9A 1TKXA 5SWMA 4I2PA 2ETJA 1VSMA 1I3AA 1BHLA 1Q8IA 3RMCA 4CEFA 5KRSA 3EYZA 2G8IA 4I7FA 5I3UA 3C94A 2Y1JA 4KRFA 1I39A 1VSLA 3HYFA 2Y1IA 3VQBA 3SUPA 4E19A 3P5JA 4E0DA 4RW6A 3AVIA 3SNNA 2YNFA 3KLFA 3G0ZA 4Z4CA 3RTVA 3QEPA 3DLBA 3DLHA 4M3XA 3B6PA 3K58A 1EP4A 1IG9A 2OYQA 1TGOA 5C42A 4CJQA 4FJGA 4M3WA 1J53A 2JLEA 5K14A 1TKDA 2G8WA 3L2WA 4ZTJA 4CF0A 4AHCA 1S6QA 4DTMA 1TV6A 2BANA 1XC9A 3HT3A 3QERA 1QS4A 2Q3SA 3AVFA 3OS1A 3PO4A 4DQPA 2R7YA 4J2BA 5CZ1A 2ZQBA 3T1AA 4OKEA 4CEOA 3QNNA 3OYBA 1BI4B 1JLFA 3AVKA 4FW1A 3T3FA 2G8HA 4CJPA 4AHTA 3UIQA 1JKHA 3VQ8A 3LAMA 4B8AB 3WNEA 4DSEA 1WSIA 4FJMA 1WSEA 3AA4A 2Z1HA 1U04A 4CK1A 4CF9A 3VQEA 2QXFA 3ZT4A 1YTAA 3TAFA 2IDOA 4ZTFA 2G8VA 4N76A 3ZSRA 4BE0A 1VSFA 1XWLA 2VG5A 4CJFA 1T8EA 4DSIA 3QIPA 4FJLA 4FYDA 1CLQA 3RWUA 1ASVA 3U3GA 3LP3A 2KQ2A 1R0AA 1L3SA 3MEEA 1CXUA 3LALA 4OKKA 3EY1A 4RW4A 1FXXA 1S1XA 4AHRA 4HUGA 2OPSA 1DTTA 2XY7A 4IKFA 4O0JA 5DK5A 3HXMA 4KHSA 1C0MA 3I0RA 2YHAA 3SCXA 2D5RA 4RW9A 3SYZA 3ITHA 2YKMA 4W5OA 4MQ3A 4Z4GA 4O55A 4GMJB 3SQ0A 4FJXA 4HUFA 3ASMA 4EP5A 1FKOA 3AVCA 3VQ7A 3O3HA 1SKWA 3A2FA 3HSTB 5CYMA 4JLHA 3TWHA 2G8UA 2BGGA 5HRPA 3ULDA 2OZSA 3L3VA 3DLRA 3F9KA 4O44A 4E1NA 3TAPA 1RT6A 1UWBA 4FW2A 4FVMA 3DMJA 4KO0A 3M8RA 3NH2A 4CE9A 3KKSA 5KGXA 5CYQA 1KVCA 2FBXA 3SJJA 1L3VA 1REVA 4N41A 3DRSA 3KLIA 4O0IA 3VA3A 2OPPA 2PY5A 1NKEA 3PO5A 1C0UA 4PUOA 1XHZA 3HO1A 1JL1A 4BDYA 3ZT3A 4DF4A 3K5OA 3CFOA 3KD5E 1HYSA 3BDPA 3NGYA 3KK1A 4IFYA 1X9MA 1UAXA 1RT1A 4DFKA 1TL1A 1TVRA 1Z26A 5J1EA 1RTHA 4CK2A 4DWIA 4F2RA 3AVLA 5HRNA 4BE1A 3OYEA 2HB5A 2OZMA 4W5TA 1Y97A 3DLEA 4E89A 2HHVA 4ID1A 3ISNC 5C24A 4B08A 2HNZA 3T19A 4DU1A 4KHWA 4OLAA 4M42A 4O5BA 1NK9A 5JS1A 3THVA 3NF8A 3DLKA 4HUEA 3OYFA 2O4IA 3BGRA 4Z0UA 3QO9A 2DFEA 2NUBA 1IH7A 1B9DA 2YNHA 1NK8A 2HHWA 2HHQA 3F73A 4M41A 3VQAA 4CEEA 3ZSXA 4I2QA 1KTQA 4B9VA 5I42A 3P83D 3OJSA 1HQUA 3OYHA 1LWFA 3OS0A 1ASWA 5KGWA 2Z1GA 1BCMA 2VG6A 4DTRA 1JLCA 2QKBA 1TAUA 3LPUA 3KJVA 4BWJA 3PX4A 2VWKA 4CIFA 4R5PA 4DTUA 3TAEA 3ZT0A 2HHSA 3AVMA 2F96A 4CEQA 1KSPA 4YNQA 4EZ9A 2DTUA 1U45A 3SPYA 1U49A 5HP1A 1RDBA 4OGCA 4H4MA 5HRRA 2G8FA 1W9HA 1L5UA 3HP6A 1L3UA 4IFVA 2FBVA 1L3TA 1JLBA 3NH1A 4FJJA 4KHQA 3JYTA 2IGIA 4E7KA 1HNVA 1DTQA 1LWCA 4DSFA 1U48A 1A5VA 4B9TA 4CGDA 1J54A 4KTQA 2RN2A 3MAQA 1EETA 4J2EA 4Q0BA 3AVNA 3C6UA 1WSJA 4HVJA 1WN7A 4HTUA 4M45A 3KTQA 4FZXC 1KFDA 4CF8A 3V9SA 3I8DA 4F2SA 1C6VA 3L2QA 2BDPA 1C1BA 1WNSA 2B4JA 3ZSVA 3NGIA 1EX4A 1SL1A 4CJLA 1J5OA 3KLGA 1T7PA 3AO1A 1NKCA 3K5NA 4Z4FA 3SUNA 1JLEA 2HVHA 2XY8A 3OY9A 2XHBA 1LWEA 2RKIA 5SZTA 4G1QA 4BDPA 1RDDA 4E1MA 1D9FA 1LW2A 3HVRA 3HPHA 1HMVA 4DTNA 1GOBA 2GBZA 1RILA 3AVAA 1T05A 4F8RA 3CM6A 2F8SA 4KI4A 5HRSA 4KV8A 1CZBA 4LY7A 4CHYA 5HBMA 3S3MA 1SUQA 4RW7A 1IKYA 1BISA 1VSDA 4WE1A 4JS4A 4E3SA 1X9WA 2X6NA 3RRGA 2AJQA 2DY4A 3ZSOA 2IAJA 3L2UA 1TK5A 3LDSA 4DFPA 1TAQA 4DSLA 4FXDA 1X1PA 4CEDA 4CJKA 1VK0A 1SV5A 4OGEA 5J2QA 3V4IA 4KPYA 4CGJA 4HCBA 3CFPA 2HNYA 4W5RA 2IOCA 3V9XA 3LP1A 2X74A 3U6FA 2LSNA 3CG7A 4CJ4A 3SPZA 1TKZA 4W5QA 3KLHA 1BQNA 4IG0A 2VWJA 1U47A 3LP0A 3LP2A 1D9DA 1KFSA 4CESA 1VRTA 3C95A 1ITGA 4FK2A 4CGGA 3PX6A 4N47A 5KI6A 1S1UA 5DMRA 1O1WA 3DLGA 5FRNA 1HQEA 3CYMA 1A5XA 1RBSA 3MXJA 3IAYA 2KTQA 3AA2A 1RDCA 1G15A 1BI4A 1GOAA 1RDAA 4CHOA 3S9HA 1N5YA 4FJNA 2DFFA 2ITGA 3ZSQA 1TK0A 1D8YA 1SL0A 5CY4A 4RG8A 4B8CA 3P1GA 5JS2A 3B6OA 3G10A 3NF6A 3M8QA 2KZMA 1TL3A 3TAQA 4FK4A 3AVHA 3O3GA 3WNFA 4FLXA 3HK2A 3QEVA 5HROA 3K57A 4CJUA 5T7BA 2A1RA 3LZJA 4OLBA 4DSJA 4Y1DA 4CK3A 1NKBA 3AVJA 3QIOA 3CQ8A 3CM5A 1IO2A 3V1QA 2PZSA 2KZZA 1RBUA 1LW0A 3SV3A 1RCHA 1TK8A 4DQSA 1JLAA 3SV4A 1BIUA 3LAKA 4C8KA 1GOCA 2OA8A 2D0BA 4CFCA 2WONA 1BCOA 5J2PA 2XY6A 5J2NA 2W42A 3LWMA 4CGIA 3V9ZA 3DI6A 3TR8A 1U4BA 4K8ZA 3ALYA 4CF1A 4DLGA 1NJXA 2O4GA 3NBPA 3RMBA 3RR8A 4LSLA 4J2DA 1B9FA 3OYKA 3QINA 4ELUA 4CHNA 4AHVA 4DTOA 1NJZA 2PYJA 3OYDA 3QNOA 1B92A 3MXMA 1NJYA 1NK6A 2PYLA 5FDLA 4DQQA 5EU7A 4FZZA 3VA0A 4CIEA 1LV5A 5E41A 1ZYQA 3JSMA 1KRPA 4O4GA 1C1AA 1BL3A 4C8NA 1RT2A 4CIGA 1D5AA 3U3YA 1IKXA 1NJWA 3AO4A 1NK7A 4CJ3A 4UQGA 4BE2A 3IS9A 4OPJA 4JRPA 3PX0A 2XRIA 4FLVA 1YVUA 4FM1A 1CZ9A 2HNDA 4NYFA 1HRHA 3FFIA 4H4OA 4KAZA 2E4LA 5D3GA 1RBTA 1HJRA 2X6SA 4E7JA 2HHXA 4EZ6A 3NH0A 3NGZA 4IG3A 4DFJA 4GW6A 3QEIA 4AHUA 3DM2A 4KHUA 4RW8A 4QOZB 3VQCA 3V1RA 2BE2A 3WNHA 3SI6A 1ZBUA 3D45A 3HM9A 2YNGA 4B9NA 1ZBIA 3DRPA 4CJSA 2YKNA 4FM0A 3PY8A 4CCHA 4NCAA 3VQ6A 1JL2A 2RF2A 3MEDA 3QEWA 3O4NA 2YHBA 1WAFA 3SUQA 1C1CA 4DU3A 3L3UA 1VSHA 1NK5A 3C6TA 1T03A 3AVBA 4QAGA 4M3TA 1WLJA 4GVMA 1RTJA 3LANA 4OPKA 4DS5A 1YT3A 4FM2A 4KHNA 1VRUA 2JGUA 4CJ5A 3AO2A 1S6PA 4DS4A 4LD0A 4EP4A 3DRRA 3HL8A 1VSEA 3ZSYA 3OYCA 1RTDA 2HHTA 4LH4A 1UOCA 2IS3A 3VN5A 4DSKA 1KVAA 4M3ZA 4PA1A 1JLGA 4DG1A 3AA3A 1VSIA 4IDKA 4BDZA 2HVIA 1XHXA 1NK4A 1UA1A 4M3YA 4DQRA 1RBVA 3SUOA 4AILC 4CHQA 4I9LA 4NYNA 4DTPA 3OYGA 3HVTA 3MEGA 3OYJA 3KD1E 3I0SA 2Z1JA 1KCFA 4CHPA 4Q5VA 1K6YA 4FLUA 2E6LA 2DFHA 3AA5X 3HP9A 1TKTA 3NE6A 4OJRA 4FCYA 4FLYA 1SL2A 4KFBA 4OVLA 4E7IA 2FC0A 4FJ8A 4CHZA 5KTQA 3PV8A 3OYAA 4FJKA 4CGHA 3NFAA 2B5JA 4IBNA 4KB0A 3SZ2A 3RMAA 3MXIA 1QTMA 1A5WA 1X9SA 4CJRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q97A 5LMUK 1NGBA 5DM7L 1BDGA 3AV9A 2OPRA 2O8DA 4B1WB 1WB9A 3DOKA 5C15A 4KB1A 3CMEN 3BF3A 3LWLA 4DTJA 3NF7A 4I6MB 4CZJA 3HPGA 4Y1CA 1GLBG 1GLJO 2E20A 1RT3A 4YDUC 4PKIA 3BZCA 3KK2A 4HCCA 3AO5A 4RCHA 2VCPA 3MECA 2G8KA 2OPQA 3IRXA 3QESA 3EZ5A 4FJIA 3LM9A 1XI1A 1W0HA 3A0IX 1SKSA 4H5VA 1E4GT 4KTZA 1XUPO 3OS2A 4DLEA 3TARA 5FROA 4CEZA 2GV9A 1YJ9N 3S3OA 1YITN 1SAZA 1WOQA 3VQ4A 4BRFA 1BGXT 4JKBA 1JLQA 4H0VB 4ID5A 4O5FA 3QETA 5LJWA 4L3QA 3OYMA 3E01A 4B3TK 4V19S 3PSFA 3NCIA 1EXQA 1NBWA 2Q0RA 4KH4A 4IEIA 1ZBLA 3CI5A 3D0PA 3RRHA 1F21A 3ZCMA 3A5OC 3MN6A 4FK0A 3WQUA 2P1JA 4LH5A 3D2FA 4CFDA 3TAMA 1HYVA 1RFQA 3EE9A 1QQNA 3WXIA 2QEXN 3DYAA 4NLCA 2HW3A 1KLNA 3CCVN 2VYPA 2FLOA 1DKGD 1LAVA 4ZHRA 1HNIA 2KKZA 5F0XA 4AH9A 5AQUA 5GAEP 4PY5A 4Z4HA 4NCGA 1RBRA 2D0CA 2GUIA 4EHTA 3TI0A 4KHYA 3M8PA 5ADXH 2QK9A 3M8SA 4YY3K 4K8XA 4M3UA 3UKUA 3V81A 2IVNA 5CR4A 4BC4A 1VSMA 5CHIA 3RMCA 5CE3A 2Y1JA 3T1YK 1VSLA 3HYFA 2Y1IA 3AGRA 3P5JA 5GADP 3SNNA 2YNFA 3G0ZA 3DLHA 3DLBA 1LOTB 4MLEA 5AQQA 4CJQA 4FJGA 4BRCA 4M3WA 1YI2N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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