3H08A

Crystal structure of the ribonuclease h1 from chlorobium tepidum
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
144
structure length
139
Chain Sequence
EKTITIYTDGAASGNPGKGGWGALLMYGSSRKEISGYDPATTNNRMELMAAIKGLEALKEPARVQLYSDSAYLVNAMNEGWLKRWVKNGWKKPVENIDLWQEILKLTTLHRVTFHKVKGSDNPYNSRADELARLAIKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure, stability, and folding of ribonuclease H1 from the moderately thermophilic chlorobium tepidum: comparison with thermophilic and mesophilic homologues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Rnh (Ribonuclease H)
molecule tags Hydrolase
source organism Chlorobaculum tepidum
total genus 47
structure length 139
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3h08A00
4M3YA 1QSYA 1J9AA 4B9VA 3L2WA 3SYZA 4DU1A 4AH9A 4CJUA 4YNQA 2DTUA 3VQ7A 2X6NA 2DFHA 4CIEA 4FM1A 2X6SA 1U04A 3K59A 3CFRA 2KTQA 5HRPA 3QEWA 2YNFA 1HNIA 4N41A 4FJKA 4H8KA 4C8NA 2HNDA 1L3VA 3AVAA 3M8QA 4DTSA 4AHVA 1JLFA 1RDCA 1RT3A 4DSEA 4J2AA 4IDKA 4CESA 4PWDA 3OYCA 3V9ZA 4FK4A 4DLGA 1RDBA 1SUQA 3AVBA 1RTIA 4CF0A 4CJFA 3QEIA 4B9MA 3DLKA 1T03A 2E6LA 4CEZA 3LAMA 4BWJA 2QK9A 2B4JA 2IAJA 1RBRA 4CJVA 1BCMA 3KIOA 2ZE2A 1CLQA 1GOCA 4RG8A 2YHBA 3V9SA 1SKSA 2HB5A 4CEFA 4M3RA 1U49A 4KO0A 3EY1A 4NYFA 3ULDA 3OYKA 1RDAA 1TKZA 2BE2A 3U6FA 4KAZA 3AVGA 5DK5A 4JRQA 4M41A 3D45A 1S1UA 4F4KA 4FCYA 2O4IA 4TSXA 4CF2A 4W5NA 3OYFA 1T8EA 5J2PA 2DFEA 2HMIA 3CQ8A 1UWBA 3OYEA 1QQCA 5FRMA 1T05A 3JSMA 4DQSA 3QEXA 1BGXT 4KB0A 5KRTA 1NK5A 3MECA 4E1NA 3SI6A 3SJJA 3F9KA 3KJVA 1QS4A 3HVTA 4O44A 2YNIA 4FXDA 1N6QA 4HCCA 4O4GA 1TV6A 4KHNA 3HM9A 4M3TA 5T7BA 4M45A 3MXJA 2FBYA 4W5RA 3OYAA 3RRHA 3SQ2A 1R0AA 4FJ7A 1KLMA 1EETA 1C1AA 2P51A 3CG7A 3OYGA 3RWUA 4C8MA 3MAQA 3SUQA 1YVUA 2HVIA 1S1VA 4IBNA 1ITGA 3AA3A 4CHNA 4FJHA 1MU2A 1NJYA 4KTZA 4OLBA 3NGIA 1QTMA 4IFVA 4CFDA 1RT6A 4M42A 3V9WA 1DTTA 4AHTA 4F3TA 2F8SA 3HYFA 4CEBA 4FJXA 3QESA 1TGOA 2VWJA 2OA8A 1A5XA 5KRSA 1Z26A 2X78A 1BQMA 3QETA 3DLEA 1BHLA 1JL2A 3ITHA 4IFYA 5SZTA 3NHGA 3K5LA 1TK8A 1JLQA 2KZMA 4KFBA 3TI0A 4DTPA 4FJ9A 1HNVA 1B9DA 1KLNA 1FK9A 2B6AA 4HHTA 1S9GA 1TKTA 3DMJA 1RTDA 1ZBLA 4E7JA 4JS5A 1DLOA 4RW9A 3SCXA 3NFAA 1D5AA 1D9FA 3HSTB 1GOAA 3KD5E 4CJ5A 4FW2A 4KREA 3LPTA 1BQNA 4WE1A 3HVRA 4B9NA 1NKCA 1JKHA 2IS3A 3VN5A 3NH0A 3V4IA 1NK6A 4BACA 1EP4A 2D5RA 3DRPA 2RF2A 3P1GA 4DTXA 4IKFA 4KI6A 2Z1JA 4OPKA 3CYMA 1I39A 4CJLA 3V1OA 3BDPA 3QLHA 1TKXA 3K58A 4DU4A 1XHZA 2HHUA 4CECA 4DSFA 2OPPA 1LW2A 5DMRA 3SZ2A 1EKEA 3H08A 3HL8A 4FM0A 4KHWA 2KFZA 1NK0A 2Z1HA 2ATQA 3OS1A 4I9QA 5SWMA 4E19A 3C6TA 3T3FA 1IKXA 2E4LA 4NCAA 3KTQA 2HHTA 4F2SA 1HYVA 1HYZA 3NF8A 3UIQA 4OVLA 3VQ5A 4CIFA 3ZT2A 3TWHA 1JXEA 3OYMA 1NK8A 4CJRA 1Q9XA 4Z4EA 1KCFA 3LPUA 1NKEA 1BCOA 1RBUA 2KFNA 2PY5A 4HUGA 4FLTA 3AVLA 3MEDA 3TAGA 5HP1A 4L8RB 1ZBFA 3TARA 2AJQA 3CFPA 1RBVA 1L3SA 3O4QA 3WNHA 4M3WA 1WN7A 1YTUA 4CCHA 1HQEA 4DTJA 4CFAA 3HT3A 4QCLA 4FZYA 4DSKA 3VA3A 1QE1A 1C1CA 1Y97A 1IKWA 4KRFA 2YHAA 3OYNA 4EZ6A 4N47A 2HHSA 3KK1A 5CYQA 1SL2A 4I7FA 1VSHA 3WNFA 1C0TA 3RR7A 4CGFA 3AA2A 3ASMA 3K5MA 5FRNA 3LWMA 1J53A 2XY8A 3TR8A 4OPJA 1VK0A 4DU3A 2W42A 3VQ9A 4F3OA 4FK2A 3DM2A 3OS2A 2YKNA 4BE1A 1ZBIA 4DS5A 2OPRA 3DRRA 2HHWA 3IG1A 3DLRA 3K5OA 2Y1IA 1BISA 4B9UA 4FJJA 4J2BA 4KKOA 1X9MA 3L3VA 5C24A 1A5VA 3P5JA 1XWLA 3AO2A 1TAUA 2OZMA 4CJKA 2KW4A 4MQ3A 4CIGA 1NOYA 4N76A 3K5NA 3BGRA 1KVBA 3S3NA 2LSNA 1S6QA 4BWMA 1EX4A 2JGUA 4CGHA 3E01A 1J5OA 3ZSVA 3DLGA 3KK2A 1HQUA 2X74A 4NYNA 3EYZA 1ZBUA 2XRIA 4LD0A 3VQAA 4M3ZA 3QO9A 4JLHA 3LZJA 3SUNA 2G8UA 3PY8A 2P5OA 1ZBHA 2BANA 2R7YA 4F2RA 2GBZA 4CHQA 1HRHA 3EZ5A 1TAQA 3V6DA 2HNZA 1S9EA 4PY5A 4FZXC 3AO3A 1SL0A 1Q8IA 4HUEA 3SQ1A 3SQ4A 2Q3SA 1NJXA 2E6MA 4BE2A 2XY5A 1L5UA 4E3SA 1JLAA 2IC3A 4ID1A 4CEDA 3L2QA 4DS4A 4FW1A 2OPSA 4FZZA 2P1JA 1IKVA 4CHZA 3RMCA 5KGWA 2FBTA 5CYMA 2A1RA 4PA1A 3G10A 2NUBA 1CXQA 2QKBA 3QIPA 4DQPA 5HROA 4W5OA 3NAEA 1SL1A 2F96A 1LWFA 5K14A 3VQDA 4DSIA 4KHQA 3VQ8A 4CJTA 4R5PA 4OGCA 4FLWA 3RRGA 3HJFA 3ZCMA 1ASUA 2ITGA 3OYHA 4Z4FA 5E41A 4LSLA 3F73A 1WSJA 1Z25A 3SPZA 1QSSA 3HPHA 4KV8A 4LSNA 1NJWA 4LY7A 4H4OA 2KQ2A 5HBMA 4RW6A 1B9FA 1RTJA 3A2FA 3CM6A 1VSDA 3PX4A 1VRTA 3KLIA 3OS0A 2VG5A 3SV3A 2BDPA 3KLHA 3ZSYA 3ZT1A 3IAYA 4FJMA 4AHUA 4ELTA 3S3MA 1QHTA 4E7HA 1WSHA 4CE9A 3L3UA 4FJIA 4N56A 1WNSA 5FDLA 2A1SA 4O55A 5D3GA 1VSJA 3O3FA 3NGZA 4DMNA 3AVJA 3NCIA 4EZ9A 3C6UA 3HP6A 2OYQA 3VQEA 3NE6A 1KRPA 4FYDA 4AILC 1DTQA 4I2PA 4B8AB 4OKJA 1REVA 3B6OA 4CHOA 3OYDA 2HVHA 1T7PA 3M8SA 2B5JA 2Z1IA 4DTMA 1LV5A 3MXIA 1IKYA 3NDKA 3RMAA 1C0UA 4KTWA 4CJSA 3D0PA 4C8OA 4FM2A 2RPIA 4B3OA 1IO2A 4FLUA 1TKDA 1BI4B 3VQBA 4DFJA 2G8IA 4O0IA 4W5TA 1VSFA 1ZYQA 3S9HA 4CF9A 3AVFA 3AO5A 5HRNA 3DLHA 1X9SA 4HCBA 4B9TA 3DYAA 1FKOA 1RT2A 4GVMA 4Q5VA 1NOZA 3I0SA 4IG3A 3ZT0A 3OYIA 3KD1E 1X1PA 5J1EA 2XO7A 2YKMA 3IRXA 4E7LA 3O3HA 4FVMA 5CZ1A 1L3TA 4ZTJA 4C8LA 4G1QA 2KZZA 4HVJA 3O4NA 3OJUA 5C25A 3RMBA 2D0CA 4Z4GA 3T1AA 3CM5A 2ETJA 3TAEA 4FJ5A 1IH7A 1TK0A 3PV8A 3I0RA 2G8KA 4FLVA 2PYJA 4FK0A 4CK2A 5CZ2A 1U48A 4GMJB 2F8TA 1UA1A 3KK3A 3CFOA 3SQ0A 1VSMA 4ID5A 1FXXA 3AV9A 3AVKA 1C0MA 3LAKA 5J2QA 5KI6A 3LDSA 1U45A 3ISNC 4K8XA 2G8WA 2HW3A 4CJ4A 3AVNA 3ZSRA 4QOZB 3DRSA 3B6PA 3OVNA 1C1BA 4RW7A 5CY4A 1EXQA 4W5QA 3TAFA 4AHSA 3M8PA 3QERA 2WONA 2OPQA 4CJQA 4CJWA 4EP4A 4RW4A 4B9LA 1HYSA 3V81A 5HRRA 3QINA 3RMDA 1LWEA 1GOBA 2GUIA 4O0JA 2JLEA 4CJEA 1SKWA 1I3AA 1RT1A 1RBSA 1SV5A 3RR8A 3M8RA 3V9UA 1L3UA 3PX6A 4CEAA 4Y1CA 4C8KA 3AA5X 3RTVA 3V9XA 4DTUA 4DFKA 1SKRA 2FBVA 3S3OA 1ASWA 4FLXA 3AVHA 4PUOA 4ICLA 4J2EA 4CHYA 4CGJA 2Z1GA 5HLFA 2FBXA 1XHXA 4HTUA 1X9WA 4Z4CA 2WOMA 1YTAA 3NH1A 1Q9YA 4H4MA 2OZSA 3VQPA 1KFSA 1JLEA 3QEPA 3QIOA 5J2NA 3K2PA 2HNYA 3T19A 1S1TA 4CGIA 2XY7A 2QKKA 4BDYA 3L2VA 5I42A 4DLEA 2XHBA 1G15A 4I9LA 3QNOA 2HHVA 4MFBA 2QXFA 2RKIA 3DI6A 1B92A 4FLZA 4ZTFA 1BL3A 3ZSZA 1O1WA 4DG1A 1NKBA 3TANA 4DF4A 1RCHA 4DTNA 5I3UA 3OY9A 4CGDA 3L8BA 3VA0A 2HHXA 1WAFA 2P5GA 3MEEA 1RT5A 3DOKA 3MEGA 3O3GA 4DFPA 1W0HA 1UAXA 3NGYA 1BI4A 3LALA 3P83D 4FJLA 1NK9A 1JXBA 4Z4IA 4ZHRA 1D9DA 3SV4A 3LANA 3VQQA 5HRSA 3DLBA 2IGIA 4DSLA 1JLBA 4DTRA 1UOCA 3ZSQA 4DQRA 2FC0A 4KHUA 4KHSA 1J54A 4OJRA 1LWCA 4CEQA 3LZIA 3SPYA 4FJ8A 4CEEA 1RT7A 1ASVA 3MXMA 3WNEA 3KLGA 2VG7A 3I8DA 3G0ZA 4AHCA 3SUOA 4CGGA 4KI4A 4Q0BA 3FFIA 3L2UA 4BDZA 4CK1A 1WAJA 1WSFA 3PX0A 1XC9A 4OLAA 5KTQA 1LW0A 1S1WA 3V1RA 4CJPA 4OKKA 3AVMA 3OJSA 1RDDA 1RILA 1S1XA 4HUFA 1C6VA 1F21A 4OKEA 1N5YA 3OYJA 3TAPA 4BDPA 4NCBA 3ZSOA 2G8VA 1FKPA 4PQUA 3AO4A 1JLGA 3LP0A 4CK3A 4KPYA 1VSKA 3HPOA 4EP5A 5J2MA 1XI1A 1CZBA 4E7KA 1HPZA 3QNNA 1VSLA 2DY4A 4M3UA 3THVA 3PUFA 1D8YA 3AO1A 3LP3A 3HO1A 3HK2A 2VWKA 3LP2A 1LAWA 3OYBA 4NCGA 4KHYA 4B8CA 4E89A 1WSIA 4Y1DA 1VSEA 3TAQA 4CEOA 2G8HA 2Y1JA 1IG9A 2BGGA 3ZSXA 2YV0X 1BIZA 3NF6A 1JLCA 2YNHA 4CFCA 4F8RA 4I2QA 1VRUA 3LWLA 3PO5A 3OYLA 3NF9A 3L2RA 4CF8A 2XY6A 4O5BA 4ELVA 1TL1A 4LH4A 1KFDA 4B08A 1NK4A 2O4GA 4DWIA 3KLFA 4E0DA 5JS1A 2IDOA 1CZ9A 4Z0UA 3AVIA 3HXMA 1K6YA 4RW8A 3VQ6A 4FJNA 4YFUA 4B9SA 1CXUA 4FJGA 4K8ZA 3KLEA 4IG0A 3V1QA 3SUPA 4DSJA 2PYLA 4AHRA 4DFMA 1A5WA 1RT4A 1S6PA 1YT3A 4GW6A 5KGXA 3NF7A 3K57A 4QAGA 3SNNA 1WSGA 5FROA 4CFBA 4DQQA 3ZT3A 4JS4A 1KTQA 3U3GA 3AVCA 1KSPA 4FLYA 2GV9A 4UQGA 3HP9A 1S5JA 3NBPA 1W9HA 4M3XA 1RTHA 1NJZA 3C95A 1RBTA 5EU7A 3JYTA 3ALYA 1TL3A 1RNHA 1VSIA 2PZSA 1TVRA 2HHQA 1KVCA 2EX3A 1WLJA 4J2DA 3QEVA 1HJRA 3AA4A 4BE0A 1QSLA 4DQIA 2VG6A 4OGEA 3WNGA 2G8FA 4KB1A 4KTQA 2EHGA 2ZQBA 4CF1A 4DTOA 3U3YA 4JRPA 1UA0A 3NH2A 1BIUA 4ELUA 4CJ3A 3VQCA 2D0BA 4Z4HA 2D0AA 3VQ4A 3ZSWA 3TAMA 1NK7A 1U47A 3PO4A 2DFFA 3DOLA 1WSEA 4CERA 4LH5A 4DF8A 2ZD1A 4XIUA 1JL1A 1HMVA 2YNGA 4CHPA 3C94A 4N5SA 2I5JA 1KVAA 4E7IA 2RN2A 1TK5A 5JS2A 3ZT4A 4E1MA 5C42A 3KKRA 1LAVA 3LP1A 3HPGA 1U4BA 2IOCA 3TABA 3IS9A 3KKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3YA 1QSYA 1J9AA 4B9VA 3AGKA 5AQPA 3SYZA 4AH9A 2UYTA 5EVZA 2X6SA 1GLJO 1U04A 3IUCA 4H0VB 3CFRA 3JAMO 2ZJRL 3QEWA 1HKGA 2AA4A 3THYA 4C8NA 5LJVA 3DXMB 4JK9A 3SMPA 1NJIO 1ATNA 4J2AA 4DSEA 4FK4A 3THWB 4B9MA 4Z94A 4BVPA 3GDQA 3DLKA 1EWQA 2E6LA 2IAJA 3P38A 1RBRA 4CJVA 3KIOA 4DUYK 5AQIA 1KD1O 5E84A 2YHBA 5GAEP 3W0LA 1NLVA 1TKZA 4PKHA 4TSXA 4HWIA 4CF2A 3R6MA 1T8EA 2DFEA 3OYEA 2O8DB 1QQCA 3LDLA 3ZEUA 1T05A 5FRMA 3JSMA 3QEXA 1NK5A 4H0XB 2GEMA 4CBWA 4FJ7A 3SQ2A 2P9SB 1KLMA 3R3LA 1EETA 3CG7A 5AZIB 5C10A 5KPRA 3OYGA 3MAQA 3CCLN 1YVUA 3SMSA 3AA3A 4CHNA 4FJHA 4EHUA 1Q7YO 1QTMA 4IFVA 3UE5A 3V9WA 4AHTA 3Q7CA 1TGOA 1FW6A 3THXB 1BQMA 1BHLA 1JL2A 4IFYA 1TK8A 3K5LA 3CCVN 2QWMA 2KZMA 1WB9A 4FJ9A 1N8RO 1E4FT 1VQ7N 3O4WA 2OANA 3DJCA 4IO8A 1D5AA 1D9FA 1HX1A 5AQMA 3KD5E 4M63C 3LPTA 3EKSA 1IBKK 4LF7K 1NK6A 1EP4A 4KI6A 3P1GA 4DTXA 5BN8A 3CYMA 3CQXA 3E1YA 4CZHA 2JWKA 3BDPA 2HBKA 4K0KK 2BUPA 2HSTA 1NK0A 3OS1A 4I9QA 1TYQB 3C6TA 2E4LA 5M1PA 1HYVA 4OVLA 3VQ5A 3BUZB 3A5OC 4ILJA 1Q9XA 4CJRA 2KFNA 1P8ZA 1NKEA 3MN9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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