3H08A

Crystal structure of the ribonuclease h1 from chlorobium tepidum
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
144
structure length
139
Chain Sequence
EKTITIYTDGAASGNPGKGGWGALLMYGSSRKEISGYDPATTNNRMELMAAIKGLEALKEPARVQLYSDSAYLVNAMNEGWLKRWVKNGWKKPVENIDLWQEILKLTTLHRVTFHKVKGSDNPYNSRADELARLAIKEN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS1 (4-13)S3 (31-42)TIV1 (15-18)S2 (18-28)TII'1 (28-31)TIV6 (123-127)AH1 (44-58)TIV3 (91-98)AH2 (72-80)TIV5 (99-102)AH4 (102-114)AH3 (82-89)TIV2 (89-92)TIV4 (92-99)S5 (115-121)AH5 (129-144)S4 (63-69)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Chlorobaculum tepidum
publication title Structure, stability, and folding of ribonuclease H1 from the moderately thermophilic chlorobium tepidum: comparison with thermophilic and mesophilic homologues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Rnh (Ribonuclease H)
total genus 47
structure length 139
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3h08A00
2HNYA 5J1EA 1NKBA 2GV9A 4DTOA 3P5JA 4FW2A 4FK2A 5J2QA 5FRNA 5HRSA 2VG5A 4AHTA 4CJKA 4FJXA 4CFDA 4KHUA 2JGUA 3NGZA 4RW7A 3QEWA 5I3UA 1QHTA 3CYMA 1U4BA 4W5RA 3KLEA 2YHBA 2P5OA 1ASVA 3NDKA 1X1PA 4G1QA 3KK3A 4LH4A 3NGIA 2KZMA 4B9VA 2PYJA 1JLGA 3M8PA 4CGFA 3VQ9A 1WLJA 4AHRA 4E1MA 5HP1A 1QQCA 5HRRA 4NCBA 4OKEA 1RDBA 3DRPA 4J2EA 3MEEA 2XHBA 3SV3A 4IDKA 1NJWA 3K58A 4ZTJA 4DTXA 3IG1A 3TR8A 2O4GA 3M8SA 4DSLA 3RRHA 3QLHA 1WSFA 3DLHA 4DS4A 1T03A 1I39A 2YNGA 4CEAA 2VWKA 1YTUA 3E01A 2G8IA 3MEGA 2XO7A 2P5GA 4FJ8A 5CZ1A 1F21A 3K5MA 3ZSWA 3KJVA 3V9WA 3M8QA 1BQMA 3DLGA 4DMNA 2XY6A 1SL1A 1SL0A 1LV5A 1QSYA 4C8KA 2GUIA 4CJSA 1HNIA 3KKSA 2HHTA 4LSNA 2ITGA 4FLXA 3PX6A 3S9HA 3UIQA 2HHVA 3AA3A 4PA1A 5CZ2A 4ELVA 2HHSA 4BWMA 4CJVA 4F3TA 4DQSA 4FK0A 4E7KA 2HMIA 1S9GA 3I0SA 2OZSA 1UOCA 4OJRA 4QAGA 4BDYA 4KKOA 3OYCA 3MEDA 2OPPA 3RTVA 3I0RA 4DFMA 3NE6A 3TABA 1W9HA 3L2WA 3V9SA 3QETA 2HHQA 1HQUA 5HROA 2X74A 4H8KA 4O0JA 1DTQA 2Z1GA 3OJSA 3F9KA 3NF9A 4DS5A 3MECA 3HXMA 1C0UA 2Y1JA 4KRFA 4IG3A 1REVA 3WNGA 4W5QA 1ZBFA 4N47A 1TKDA 5E41A 4FK4A 1HJRA 4NCAA 1JLCA 3MXMA 4IBNA 1BGXT 4FJNA 1LWEA 3BGRA 3CM5A 3SZ2A 2XRIA 1C1AA 3RR7A 2G8KA 4DQPA 4DTPA 4XIUA 3OYAA 2OPRA 4HUEA 3VQ7A 3SQ0A 4O55A 3K57A 4OGEA 1L3UA 4ICLA 3LP0A 5JS2A 2OPSA 2RKIA 2IC3A 3AO5A 1J53A 2PY5A 4OKKA 4KHYA 4CE9A 4CF0A 1JLQA 4CERA 4M3YA 2EX3A 2X6NA 4K8ZA 4DFJA 2HHXA 3MAQA 3IRXA 5JS1A 4CF2A 3V9ZA 1RT1A 3AO4A 3ITHA 3HP6A 1DLOA 4KO0A 2ETJA 4JRQA 5C25A 3L8BA 3C6UA 4JLHA 1JXEA 1KFDA 2G8HA 3OYIA 1U49A 2VG7A 1QS4A 3KD1E 4F4KA 2Y1IA 1WAFA 4JS5A 3SV4A 4B9TA 4Z4IA 4CIEA 4CJQA 4B9SA 2KTQA 1RCHA 5D3GA 4FYDA 1HYSA 3AA2A 4CGJA 4CJTA 1G15A 3VQ6A 1BCMA 1NOYA 1EETA 2ZD1A 5KRSA 3HVRA 4PWDA 4N76A 4BDZA 1RDDA 4OKJA 1BISA 3SPYA 1RTIA 3G10A 3KLFA 3PO4A 1HYZA 3KKRA 4BACA 2KFNA 4FLUA 3TARA 4CESA 1Z26A 3OVNA 1KRPA 3RMBA 3HPGA 3AVNA 4Z4EA 4F3OA 4PQUA 4Z4CA 4OGCA 4CJLA 1VSDA 3CFOA 1RBUA 4DF4A 1BQNA 3K5NA 3AO1A 4EP5A 3B6PA 3LP3A 4DTMA 4CJUA 4E89A 1NJZA 4OLBA 1QSSA 3SCXA 3KTQA 1FXXA 1NKEA 4E0DA 3ASMA 4RW4A 4FLVA 1UA0A 1WSEA 4CK1A 3BDPA 4B3OA 1QE1A 2RF2A 2G8VA 2IOCA 3V1RA 3AVBA 2D0AA 3TANA 1VRTA 2EHGA 1O1WA 3DRRA 4IFYA 4KHWA 3HP9A 4CFCA 1NK4A 5KI6A 3D0PA 4Y1CA 3F73A 2A1SA 4B9UA 3KLHA 2KW4A 1XWLA 1RNHA 1D5AA 2WONA 4DWIA 3V1OA 1T05A 4RW6A 5HBMA 4QCLA 2QKKA 4DF8A 1U45A 1S6QA 4FZXC 4FJKA 4CGGA 2PZSA 3CG7A 3QIOA 3L2QA 3RRGA 1T7PA 3SYZA 3DLBA 3ZSYA 4F2RA 3SQ2A 3OYHA 3P1GA 4DLGA 4J2BA 1GOAA 4B9MA 2B4JA 3AVAA 2KZZA 4GW6A 2FBVA 4YFUA 3RMDA 3B6OA 3LALA 4C8MA 4FJ9A 4Z4FA 4CJ4A 3QO9A 1ASWA 1VSKA 3KIOA 3O3FA 1UAXA 3SQ1A 1IKVA 1A5VA 3VN5A 3AA4A 4CCHA 4F8RA 1TK5A 3SUOA 1HQEA 2YNIA 3ZT2A 4O0IA 4ELTA 3TAGA 2ATQA 2P1JA 4EZ9A 5KTQA 4L8RB 1RBRA 1L5UA 2QXFA 4M42A 4FXDA 4CK3A 1KVAA 1EP4A 3V1QA 3OYLA 1VRUA 1BL3A 4GMJB 3KLIA 4OPJA 1WSJA 3V81A 3EY1A 2VG6A 1NK6A 1NK5A 3WNFA 3WNHA 3THVA 4I2QA 3RMAA 5DMRA 4FW1A 5K14A 1BIZA 2FBTA 4HVJA 2G8UA 4DQIA 2F8TA 1NOZA 1C0TA 2HNDA 5HRPA 1Q8IA 4N41A 5SZTA 2HVHA 2HNZA 4LH5A 2A1RA 4CJ3A 4HTUA 3AO2A 2XY8A 4CECA 1NKCA 3ZSRA 3O3GA 3QIPA 2YKMA 4B08A 3AVFA 2BGGA 2HB5A 2DFFA 3DLRA 1KVBA 3DRSA 1RTHA 3P83D 1Z25A 4CEZA 5HRNA 4HHTA 4KHNA 4HCBA 1FK9A 3DYAA 4CJEA 3SNNA 3AVCA 4OLAA 3H08A 3CQ8A 4KB1A 3V9UA 1SKWA 3LPUA 1J54A 1RBSA 5J2PA 3TAQA 1RT6A 3AV9A 3OYFA 1J9AA 4I9QA 2RPIA 1DTTA 5FDLA 3VQ8A 1ITGA 1JL1A 1WAJA 4ZHRA 1TKTA 1TK8A 1QTMA 4ELUA 4QOZB 3AVJA 3SUNA 3TAMA 1N5YA 3ZT1A 1K6YA 4YNQA 1RT4A 1HNVA 3HPOA 3QNOA 2E6MA 1T8EA 3AVIA 1NK9A 1LAWA 2NUBA 1SL2A 1IKYA 4IG0A 4MQ3A 3G0ZA 2OA8A 3O3HA 3PY8A 4CHYA 3JSMA 2IDOA 4B8AB 4E1NA 1SKRA 3OS0A 1D8YA 4FVMA 1C1CA 3I8DA 3QEXA 1IKXA 4FM2A 2HVIA 3NHGA 3AO3A 3T1AA 3O4QA 3ZT4A 3LDSA 3VQCA 3PX4A 4KB0A 2FBYA 2IAJA 1KLNA 4Y1DA 1VSEA 3VQAA 3L2VA 4DSEA 4CEFA 4HCCA 4KHQA 1IO2A 3LAMA 4Q5VA 5FRMA 1C0MA 3HYFA 4ID5A 3ALYA 4KV8A 3OS1A 1JLEA 3OYMA 4JS4A 4E3SA 4KI4A 2E6LA 4M41A 3TAFA 4FJGA 3SUPA 1SKSA 3KLGA 1LW2A 4LD0A 4FZZA 4M3UA 3NAEA 3OS2A 4Z4GA 3VQPA 4CFAA 1UA1A 3ULDA 2PYLA 3NF6A 4NYNA 4F2SA 2Q3SA 1WSHA 4CGIA 4EP4A 1BIUA 4FLZA 2HHWA 3OY9A 3ZSZA 1X9SA 3OYBA 2BE2A 4FM0A 4ZTFA 4M3WA 3LP1A 3L2UA 3OYNA 4RW9A 3DLEA 1X9MA 4AHUA 4LY7A 4E7IA 3NF8A 1Q9YA 4C8NA 3PO5A 4W5OA 4KTZA 4E19A 3QINA 3OYKA 1CLQA 4KREA 4CHQA 3RR8A 2JLEA 1HPZA 5KGXA 1KCFA 5CYQA 3QEVA 1LW0A 5KGWA 4FJIA 3V4IA 2RN2A 4KFBA 4DTSA 4B8CA 2ZE2A 4CJPA 4GVMA 1X9WA 2F8SA 2X78A 3QESA 4W5NA 3IAYA 3LZJA 4DTUA 1CXUA 1W0HA 3L2RA 3SI6A 1RTJA 1BI4A 3VQEA 5SWMA 3TI0A 3DLKA 4BE0A 1C1BA 3NH0A 1YVUA 2E4LA 4CJ5A 4I7FA 3V9XA 4NCGA 4DTJA 4BDPA 3TAEA 3NFAA 4CEBA 3WNEA 2XY7A 3S3MA 3QEIA 1TAUA 3LP2A 3VQQA 3EZ5A 1RDCA 3QNNA 3DOKA 1ZBUA 3VQBA 3FFIA 4I2PA 1S1WA 1XHXA 4C8LA 4EZ6A 1TVRA 2I5JA 4FLYA 3ZSXA 3K5OA 3ZSQA 3CFPA 4M3TA 3DOLA 2OYQA 1WN7A 3IS9A 4WE1A 5DK5A 3NCIA 1S5JA 1B9DA 1RT7A 1WNSA 1YT3A 2G8WA 4CEQA 4M3ZA 3SJJA 1VSFA 1J5OA 4M3XA 1D9DA 3HO1A 4H4OA 3LPTA 2HW3A 2WOMA 4CGDA 1HMVA 4DSKA 4R5PA 4KHSA 3MXIA 3M8RA 4DQRA 4FJMA 4UQGA 3HM9A 1R0AA 5T7BA 3TAPA 4PY5A 3T3FA 1JL2A 4DFKA 3C6TA 3CM6A 5HLFA 3PUFA 1IKWA 3AVKA 1U04A 2F96A 4FJJA 4HUFA 1CZ9A 2G8FA 1ZBHA 2YKNA 4CJFA 1GOCA 1KTQA 3EYZA 3LWLA 1D9FA 4N56A 1N6QA 4CFBA 3KK2A 3KD5E 3PV8A 3OYJA 3QERA 4CEDA 2Z1HA 1RBTA 4DQQA 4IKFA 2FC0A 3O4NA 5C42A 2DFHA 1TKXA 2IS3A 3ISNC 4CJRA 4IFVA 4JRPA 4AILC 3S3OA 3OYEA 1HYVA 4C8OA 1VSLA 4KTWA 1NK8A 3MXJA 4H4MA 5J2MA 4FJHA 4O5BA 3DI6A 1UWBA 4DTRA 1NK7A 4ID1A 2DY4A 4DSIA 3U6FA 2D0CA 4LSLA 4CHOA 4FM1A 2YNFA 4KTQA 2KQ2A 1ZBIA 3VA3A 1RT5A 3AVLA 1XHZA 1S6PA 4I9LA 4B9LA 4J2DA 4FLTA 3U3YA 2HHUA 3C95A 1RT3A 3L3UA 1VK0A 1ZYQA 4FJ5A 2OPQA 4TSXA 4AHSA 4CEEA 4CHPA 1EKEA 3HPHA 4M45A 4CGHA 1EX4A 2DFEA 3K2PA 1L3VA 2W42A 2LSNA 1RTDA 3NH1A 3NBPA 5CY4A 1S1VA 1U48A 3L3VA 2XY5A 1L3TA 3NGYA 4CK2A 1U47A 1SV5A 4AHVA 3A2FA 1NJYA 3OJUA 3HVTA 1S1UA 1TV6A 1Y97A 3HL8A 1JLBA 1TAQA 3LWMA 1TL3A 4CIGA 4PUOA 1ZBLA 1FKOA 1MU2A 1BI4B 3RWUA 2KFZA 1CZBA 1B9FA 1L3SA 4DFPA 3HK2A 4O4GA 2ZQBA 4E7LA 1QSLA 2YV0X 1LWFA 1TGOA 3HJFA 4CEOA 3SUQA 2DTUA 4NYFA 4DU3A 3ZSOA 5EU7A 1A5XA 1IH7A 2X6SA 3ZCMA 1YTAA 4OPKA 1NK0A 1CXQA 1TK0A 3T19A 1TKZA 1WSIA 3VQDA 1S1XA 3ZT0A 3VA0A 4MFBA 1IG9A 2AJQA 1KLMA 4KAZA 1HRHA 2OZMA 1EXQA 2P51A 4BWJA 1BHLA 3NF7A 3ZT3A 3JYTA 3DMJA 3AA5X 4DG1A 1JKHA 1LWCA 4CHNA 1A5WA 3NH2A 5J2NA 3VQ5A 4N5SA 4FJLA 3OYDA 1XC9A 2B5JA 3SPZA 1B92A 3LZIA 4DSJA 5KRTA 1TL1A 3AVHA 2YNHA 3DM2A 3ZSVA 4CJWA 3AVMA 5C24A 3CFRA 4BE2A 4FCYA 4BE1A 1VSIA 4FLWA 4W5TA 1JLAA 1RT2A 4E7HA 1Q9XA 3SQ4A 4OVLA 2O4IA 3K5LA 3RMCA 1KVCA 3VQ4A 1S1TA 4Q0BA 1NJXA 4RW8A 3HT3A 4DLEA 4J2AA 1S9EA 4K8XA 4E7JA 1JLFA 5CYMA 1XI1A 4AHCA 2QK9A 1KFSA 5FROA 1KSPA 3LANA 1VSMA 2GBZA 2Z1IA 3U3GA 1WSGA 4CHZA 4DU1A 1I3AA 1VSJA 5I42A 1GOBA 4DTNA 3OYGA 2IGIA 4FJ7A 4DSFA 1RILA 4M3RA 4DU4A 3LAKA 4O44A 3HSTB 2VWJA 1C6VA 2YHAA 1SUQA 4CF8A 1RDAA 4KPYA 4CF9A 3PX0A 4CIFA 1ASUA 1RBVA 2BDPA 1VSHA 3C94A 2Z1JA 4KI6A 2BANA 2QKBA 2D5RA 3QEPA 1BCOA 4RG8A 4Z0UA 4CF1A 4HUGA 3V6DA 4Z4HA 2B6AA 2D0BA 3K59A 2R7YA 3S3NA 4B9NA 4FZYA 1LAVA 3AVGA 3D45A 4AH9A 3KK1A 3TWHA 1FKPA 2FBXA 1JXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LOTB 2HNYA 4BRLA 3MN9A 4FK2A 1NM1A 2VG5A 4AHTA 4FJXA 3SK3A 3S41A 4BROA 5I3UA 3QEWA 3CJ9A 1QHTA 3CYMA 4ISFA 4W5RA 4GV3A 3NDKA 1X1PA 3KK3A 3NGIA 2PYJA 1K8KA 5EX5A 1E4FT 3VQ9A 5HP1A 4AHRA 1I94K 4BR5A 4IO9L 3NMUA 1QVGM 3G4SN 2XHBA 2VWBA 1NJWA 3CCMN 5M1QA 5AZJB 3RRHA 3DLHA 1I39A 4CEAA 2VWKA 2OTLN 3RSEB 3TTCA 3MWTA 2KLAA 2YJEA 2E5LK 2G8IA 4FJ8A 4JI2K 3V9WA 1F21A 3KJVA 4FPAA 1BQMA 4C8KA 4KHPK 2GUIA 4CJSA 4BR0A 1KC8O 4DQSA 4FK0A 3FE1A 4DV7K 4BDYA 2OTJN 2BTFA 5BRHA 3I0RA 4BR7A 3NE6A 3CCSN 4LF7K 4DS5A 3OHRA 1ZXOA 4JKCA 1NGJA 3PSIA 1N32K 4MLEA 1OVYA 4FJNA 1LWEA 3J8AA 2XRIA 3RR7A 4CD3A 4DQPA 2A6AA 5BRDA 3VEZA 4O55A 4JAXA 4OGEA 4KHYA 2P9KB 4CF0A 1JLQA 2A5XA 4CERA 1DEJA 4MDBA 2X6NA 4K8ZA 4CBUA 4DFJA 1E4GT 5E84A 5JS1A 3AO4A 1XUPO 2ETJA 5C25A 3L8BA 4JLHA 5AQKA 1WAFA 2PBDA 3A0IX 3SV4A 1U6ZA 4CJQA 4B9SA 1BUPA 4JKGA 5D3GA 1IG8A 1HYSA 3AA2A 4A5BA 4DV6K 1NGDA 3LL3A 4BDZA 1RDDA 1MWMA 4YHHK 1QZ5A 4BACA 4R79A 1KRPA 3O9UA 3LM2A 3RMBA 2Q0RA 4XH5A 4CJLA 2P9UA 4JKHA 3AO1A 3JAMO 1Z05A 3ENBA 5ADXH 4DTMA 3KTQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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