3H45C

Glycerol kinase h232e with ethylene glycol
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
500
structure length
500
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYEFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 169
structure length 500
sequence length 500
chains with identical sequence D, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
C PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h45C01
3O08A 4BQLA 3CIPA 1YVNA 1H1VA 2VYPA 4CZMA 3IMXA 4B1WB 1BWFO 3CQXA 1ATNA 2IVPA 3LM2A 1NGFA 3OHRA 1NM1A 4ISFA 4XH4A 5AZIA 4BRAA 2W41A 5AQXA 3AY9A 5BN8A 5BRFA 4BRKA 1D4XA 1BA1A 3ZETA 5AQJA 4I6MA 3VEOA 4DB3A 1HX1A 5AQFA 3GE1A 5EXWA 4CZIA 3LDQA 4BRLA 4C23A 3C7NA 2ASPA 1NGHA 3WXIA 3G25A 4BRDA 3A5MC 3VF4A 4Z94A 4MLEA 2FXUA 3UKRA 3TPQA 4CD1A 2WUSA 1QQMA 3O1WA 5TKYA 5LY3A 2FSNA 3QBWA 3VPZA 5FPDA 2NLXA 4CZGA 4BRCA 1BOTO 3SK3A 3FZHA 4K42A 1DKGD 3QICA 4XEIA 3ZX0A 3VESA 2HMPA 1GLFO 2Q36A 3GBTA 3A5NC 1OKJA 3EZWA 4FWSA 4YDUA 3VENA 3O6WA 3AAQA 4IXCA 4FWMA 5BPLA 5CE3A 4IJNA 2A40A 1K8KA 1CZAN 2E88A 2A6AA 2GTDA 3DAWA 2P9PA 1T44A 4CZFA 1EQYA 1BDGA 1IG8A 1HKBA 2E2PA 5ELZA 4ISGA 5AQMA 5AQRA 2YJFA 3BF1A 2EWSA 4DQ8A 3O80A 4HTLA 1SQKA 5KPZA 2QXLA 1SAZA 1E4FT 5BPMA 3D2FA 1MWKA 3TU5A 5AQZA 2P9UA 3H3OB 1BUPA 1P8ZA 1BG3A 5FPMA 4BC4A 2DPNA 3FR0A 3IFRA 2W40A 2P9NB 4CZJA 1NGAA 4FOIA 4B9QA 2ASMA 2UYTA 3LDNA 3S41A 3U4LA 4BR0A 4IO8A 2H3GX 3VEXA 1Y64A 2E2QA 4FWRA 3U9ZA 2E2OA 4BROA 1JCFA 3VOVA 1RGIA 3EKSA 1G99A 5BN9A 4QS7A 1R59O 2YHYA 1T6DA 3HSCA 5BRDA 5AQWA 2P9SB 3DWLA 3WQTA 2ZF5O 3DXMA 3MCPA 5AR0A 1JCEA 2QW9A 4FOEA 1DGKN 1XUPO 2YJEA 3EO3A 4PKIA 5AQQA 4MO4A 5AFUA 3KZBA 4B1XB 4CZEA 1ATSA 1ZBSA 3L4IA 5F2RA 2GWKA 3H1VX 4FL9A 3VEYA 3LDPA 3MN5A 4FWKA 2QM1A 3CHWA 4BRHA 4EHUA 3VEZA 5EY4A 3MN6A 1GLDG 3HBTA 4A61A 2FF3B 1Q18A 4CI6A 5AZIB 3U9DA 4BRFA 3QFUA 3GL1A 2YI1A 4M63C 5EVZA 1KAZA 3MMVA 3ZETB 4I6MB 5AQTA 2IVNA 3ZEUA 2Q97A 3VETA 3WXLA 3CJCA 1NLVA 3GG4A 3C7NB 3JS6A 3SMSA 4ISEA 4BVOA 5EOYA 1U6ZA 4JHDA 3LDOA 1X3MA 3WEEA 3BF3A 3I33A 3UKRB 2A3ZA 2FF6A 4BGAA 3LM9A 1HKCA 2P9KA 5EX5A 2VCPA 3ATUA 2YCHA 5AQPA 5LJVA 1WUAA 2GEMA 2FLOA 2A5XA 3B8AX 4H03B 3ULEA 4O8KA 3LDLA 1NMDA 3CJ7A 1SZ2A 4B1YB 3F9MA 2GWJA 4GNIA 5I9EB 5LJWA 2QWPA 2P9PB 4IZ9A 2GUPA 2PBDA 3WQUA 3VEWA 4RTFD 4M7YA 4FPBA 4CD3A 2E2NA 4GY2B 4BR9A 3FE1A 3RSEA 4EAHD 4BRIA 3UB5A 5BPNA 3VGMA 2IIRA 3AARA 2E20A 2ZGZA 2A41A 3D2FB 4H5RA 4BG9A 4HWIA 3H46O 2F9TA 3U8XA 2P9UB 1HLUA 1NBWA 4H0OA 2NRHA 4H5WA 5AQLA 2QWMA 3IUCA 4XH1A 3MN9A 3DJCA 4WQ4C 1LOTB 1GLAG 4WYBA 3SJHA 4JD2A 5AQHA 2F9WA 4H0TB 1TYQA 4Y0WA 3R9PA 4H0XB 3DXKA 2P9LA 5AZJA 2V7ZA 3BUZB 1S3XA 4PL8A 4B1UB 2NZTA 3QFPA 5ADXA 4K25A 3O5BA 1IJJA 2CH5A 1YUWA 3IDHA 3GDQA 4B1VA 1C0FA 1C0GA 1QQOA 3UKUA 4FWPA 4FSVA 3M3ZA 3CQYA 4DHYA 2Q1NA 1QZ5A 3CERA 2CGKA 1U2VA 5BR9A 5JMVA 3R8EA 3DXMB 1RDWX 4H0PA 4H5NA 4BR2A 1V4SA 3EL2A 2QWQA 4QS9A 5KPRA 3D2EA 5FPNA 4E1JA 4EIAA 1YAGA 3L0QA 5AQIA 3AAPA 2OANA 3CJ1A 3CJ9A 1QZ6A 1Z6RA 4XH5A 4A62A 3HM8A 3C0BA 1HKGA 4BG8A 1YXQA 4BRMA 1ZC6A 1ZXOA 4KBOA 3KVGA 1BU6O 1NGCA 3H1QA 5AQGA 2Q2RA 4FWOA 4K43A 3QMLA 4L3QA 4BC3A 4FPAA 4YDUC 4BRPA 3EN9A 2PAVA 1GLEG 3FZFA 1V4TA 4H5VA 1MDUB 3BEXA 3ATVA 3H3NO 2P9IA 5AQUA 5AQOA 2BUPA 2E1YA 3W3DA 4BQZA 3QBXA 2D1KA 3MN7A 3MK6A 3EKUA 3O4WA 4O5FA 1GLCG 2QWLA 4WQ5C 1GLJO 3ZEUB 4IWVA 2HF4A 2AP1A 4BRNA 2QWNA 3BP8A 2ASOA 3P4IA 3WXJA 2CH6A 3VERA 3A5OC 3ZX2A 5E26A 1KXPA 4JHDB 2D4WA 1QQNA 3WEEB 1GLLO 2ZWHA 4H0VB 1KAXA 4JN4A 4WQ4A 4CZHA 3HI0A 3KHYA 2QWOA 2P9KB 2E1ZA 5ADXH 2HF3A 2ZGYA 1Z05A 2A42A 3VF2A 1NGIA 4J8FA 3VF6A 2HOEA 3FZKA 3H45C 3ULEB 5F1XA 2VWBA 3WXKA 2FSKA 3O1BA 4B1ZA 4JNEA 4H0YB 3FZLA 2FSJA 4AM7A 1X3NA 2V51B 1TUYA 4CZLA 1WOQA 2I7NA 5F0XA 3I8BA 2CGJA 1HPMA 1K8KB 3CETA 1J6ZA 3RSEB 3M1FA 4FWLA 4EHTA 1MA9B 5KQDA 3MDQA 4IJAA 5KQ8A 5AQYA 2Q0RA 1TUUA 2IVOA 3A0IX 5AFUH 3O8MA 4PKHA 3HTVA 3M6GA 1BA0A 5AQVA 5B8HA 1T6CA 3FLCO 3CJAA 3LL3A 1NGDA 2BTFA 1E4GT 4CZKA 1DEJA 4CBWA 4BREA 4BVPA 4JD2B 1TYQB 3R6MA 4A2BA 3WUHA 4BC5A 3DXKB 3CI5A 2P9LB 5KPTA 3VEVA 4RCHA 3ENHA 1XQSC 5AZJB 2V52B 4K41A 4MLHA 1RFQA 3ZX3A 4FWQA 3D7EO 2ITMA 3QDKA 3UKUB 3ID8A 4WQ5A 4JAXA 1U2VB 2AA4A 4BR5A 1ESVA 4F9OA 1MWMA 4AM6A 3D2EB 1S22A 1ATRA 1GLBG 4CBXA 5JICA 2YHWA 4PKGA 2KHOA 4BR4A 5BREA 1JCGA 1LCUA 4BC2A 3SLCA 3QB0A 3JXUA 2V7YA 2P9NA 5AQNA 2Q31A 4A2AA 4H5TA 1BO5O 3FFKB 3SMPA 3VGKA 3HZ6A 4FO0A 2YHXA 5BRHA 4NB4A 4NO7A 1HUXA 2P9IB 5AQSA 3VGLA 1NGGA 1NGJA 3FZMA 3CJBA 1XC3A 2D0OA 4BR7A 3W0LA 3H6EA 4LC9B 2I7PA 4DCHA 4BRGA 4FWNA 1KAYA 5E84A 4BRQA 2J4RA 5FPEA 4EFHA 3A5LC 2QWRA 1QHAA 1HJOA 2CGLA 2P9SA 4CBUA 2E8AA 1X9JA 3GOIA 4PL7A 1NWKA 1NGEA 2GELA 5JLHA 4BGBA 3J8AA 4CJ7A 3ENOA 4RWTA 2Q0UA 3UE5A 3A8YA 3L6QA 3FGUA 5AQKA 5JLFA 4QS8A 1NGBA 4M7XA 2D0PA 4MO5A 3WT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O08A 4AHUA 3CC4N 1YVNA 3ZT0A 4YHHK 3QESA 4YY3K 2BGGA 3L3UA 2UUBK 1BWFO 3LM2A 5M1OA 3I55N 5BRFA 4BRKA 5HBMA 4MDAA 3ENBA 4I6MA 4FK0A 1HX1A 2G8IA 3GE1A 1FXXA 2VG7A 5GAHP 1KFDA 1KC8O 3CM5A 1BGXT 2JWKA 2ASPA 1NK6A 1NJYA 2WUSA 4DTOA 3VPZA 2BH1A 2NLXA 4CGFA 4CZGA 4U7BA 1UAXA 4DU3A 1BOTO 1YTAA 3AVKA 3FZHA 4LY7A 4DU4A 4A59A 4GV6A 3QICA 5KI6A 3VESA 3DLHA 4FWSA 2WC9A 2O4GA 3V4IA 2W42A 1IKVA 4IJNA 3CC7N 1CZAN 1T44A 1EQYA 3NBPA 2ZM6K 1IG8A 1HKBA 4OKJA 5AQRA 3S9HA 4M3UA 4IG3A 1S1XA 4LSNA 3O80A 4CCHA 2VWKA 2QXLA 4BACA 4CECA 3NH2A 4DUYK 1VQ5N 3HO1A 1KVBA 2XHBA 1YVUA 2D5RA 4JRPA 2ETJA 3L2VA 4JK7A 1JLBA 2JGUA 1NGAA 3C6AA 4YOVA 2ASMA 2EHGA 1Q86O 3U4LA 4PA1A 3CCJN 3VEXA 3VQ7A 5CR4A 2E2QA 3TARA 2FBXA 3VQQA 4DR4K 1C1BA 4DQIA 1NK0A 1S1VA 3EKSA 4GVEA 1G99A 4KTZA 4QS7A 1R59O 4Q0BA 1TAUA 4CJWA 4F8RA 2P9SB 4E7IA 3OYEA 1VQ4N 3DWLA 4FJ8A 3LAKA 4KO0A 3DXMA 3E66A 2P5GA 4B08A 5AR0A 2B4JA 2QW9A 4FOEA 1DGKN 2VG5A 4X65K 4PKIA 4MO4A 1U04A 4CHYA 3T1HK 5AFUA 3O3FA 4CZEA 1ZBSA 3CG7A 1ZBUA 3H1VX 4OKKA 3VEYA 3SUOA 1D9FA 3RMAA 4CF9A 4NCAA 3V81A 2HBLA 2FBTA 4EHUA 1N36K 4JKBA 3M8QA 4CIFA 3DLBA 2FF3B 5I3UA 4HUEA 3VQ6A 4KREA 3T1AA 3U9DA 1C0MA 2UXDK 3WXMB 3AO3A 5EVZA 1KAZA 4CF1A 4WF9L 2BDPA 3E01A 3ZEUA 2Q97A 4M3RA 3JAMO 3CFOA 3SMSA 4ISEA 4BVOA 5EOYA 1TK5A 1T03A 4NCGA 1D5AA 1X3MA 3VTIA 4W5QA 3BF3A 2O8BB 2A3ZA 1TL1A 3LM9A 3K9JA 1HKCA 1XNRK 2P9KA 2VCPA 3ATUA 1B92A 2NRXA 1HNXK 3AVAA 3O4NA 1KVAA 2PY5A 5LJVA 3CCEN 3NF6A 2FLOA 3V1OA 2I5JA 3DLGA 2A5XA 3OS1A 1HPZA 4KI6A 4Z0UA 3P31A 1NK4A 2RPIA 4JKFA 3OYAA 4JI1K 4GNIA 2QWPA 2P9PB 2GUPA 4C8MA 2A1SA 3VEWA 4GMJB 3QEWA 3TWHA 4IFYA 4G9ZA 2HHWA 3C6HA 1NKCA 5BPNA 1SV5A 3NGYA 3AVIA 2E20A 1TKZA 4DQRA 3TAEA 3LP0A 3KK7A 4BY9C 1NBWA 3MEEA 2QA4N 2QWMA 3AVNA 1SKRA 1U47A 4E19A 2OZSA 4WYBA 3SJHA 3DRPA 4JD2A 5AQHA 4H0TB 3R9PA 1WSEA 4H0XB 4FLXA 4DSFA 1RTIA 3BUZB 3NGIA 1S3XA 4YOUA 2NZTA 3QFPA 4CJ5A 4IO9L 1EX4A 1QQOA 1NJZA 2P5OA 2HHSA 2Q1NA 2IDOA 4FK2A 3CERA 2P51A 2CGKA 5H1SQ 1VRUA 3C65A 1RDWX 4H0PA 3OYGA 4H5NA 4BR2A 1V4SA 3OS0A 1QVFM 2B6AA 5FPNA 3F73A 3L0QA 4Z4FA 5AQIA 1VSMA 5C2FA 4MQ3A 3CJ1A 3NDKA 1XMQK 4DV7K 4E1NA 4BRMA 1ZC6A 1RCHA 1ZXOA 3KVGA 1NGCA 1ASVA 2Q2RA 2IOCA 4L3QA 1VSEA 1X9SA 3ZT1A 4YDUC 3K0SA 4KHQA 4OGCA 4RG8A 2PAVA 3MXMA 2QKBA 4H5VA 3BEXA 3PIOL 2P9IA 2E1YA 4I2PA 3M8RA 4ZTJA 3MN7A 3MK6A 2G8FA 3KLIA 5CYMA 4Z4HA 4LFCK 4BDPA 5J2MA 4I2QA 1L5UA 4FYDA 3O3GA 3P4IA 1BQMA 4O5BA 3VQ5A 5E26A 3NAEA 3L2RA 1C6VA 3PX0A 1NG9A 3WEEB 3MXJA 3KLHA 4H0VB 3BY5A 4FJLA 1HQUA 3HI0A 4H8KA 2E1ZA 1N5YA 1VQKN 5ADXH 1Z05A 2XY6A 2A42A 3VF2A 1CZBA 1NGIA 3QEXA 2NUBA 2FSKA 2GV9A 3FZLA 5D3GA 1X3NA 1T8EA 1VSIA 1YJ9N 1W2BM 4IOCL 2HW3A 2I7NA 3OYMA 2CGJA 4CHNA 5JVHL 1S72N 1J6ZA 3RSEB 4FWLA 1WLJA 4I7FA 5DM6L 1HNWK 2Q0RA 1TUUA 4XIUA 4PKHA 4DS4A 3HTVA 1JLEA 5AQVA 3DLEA 3LL3A 1NGDA 2BTFA 1WSHA 4CBWA 2X6NA 4BREA 1ZYQA 4BVPA 5JS2A 1N33K 4C1NK 3WUHA 3DXKB 3CI5A 2P9LB 3VEVA 3ENHA 4TSXA 3Q7BA 1KVCA 4Q5VA 4KHWA 1RFQA 3U3GA 1B9FA 3P38A 1KFSA 3DLLL 2G8UA 1KLNA 3PY8A 1VRTA 3E9PA 4KTQA 3RR7A 2NRTA 1XMOK 4BR5A 5C25A 1ESVA 3D2EB 4CERA 1XHXA 1LCUA 4BC2A 3QB0A 5M1QA 2V7YA 4NYFA 3ZSYA 1LAWA 1QSLA 4RW9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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