3H6EA

The crystal structure of a carbohydrate kinase from novosphingobium aromaticivorans
Total Genus 122
50100150200250300350400020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
462
structure length
458
Chain Sequence
TIVIDLGKTLSKVSLWDLDGRMLDRQVRPSIPLEIDGIRRLDAPDTGRWLLDVLSRYADHPVTTIVPVGHGAGIAALTDGRLAFPPLDYEQSIPEAVMADYRSQRDPFARTGSPALPDGLNIGSQLWWLDQLHPDVMANATLLPWAQYWAWFLTGRAVSEVTSLGCHSDLWDPQDGDFSPMAKRLGWAARFAPIVRAGDTVGALLPAIAERTGLSPDVQVLAGLHDSNAALLAARGFAEIADNEATVLSTGTWFIAMRLPATPVDTATLPEARDCLVNVDVHGRPVPSARFMGGREIETLIEIDTRRVDIKPDQPALLAAVPEVLRHGRMILPTLMRGFGPYPHGRFAWINRPEDWFERRAAACLYAALVADTALDLIGSTGRILVEGRFAEADVFVRALASLRPDCAVYTANAHNDVSFGALRLIDPGLRPQGELVRIEPLDTDLDTYRNRWQAEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
source organism Novosphingobium aromaticivorans
publication title The crystal structure of carbohydrate kinase from Novosphingobium aromaticivorans
rcsb
molecule keywords Carbohydrate kinase, FGGY
total genus 122
structure length 458
sequence length 462
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h6eA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h6eA03
4FOEA 4FWPA 1DKGD 4BC2A 1BOTO 2Q2RA 3DXMA 5BRFA 5AQOA 4CZLA 1BG3A 2W41A 4FWRA 1GLJO 4CZKA 3QBXA 3GE1A 2ZGYA 2H3GX 2P9UA 3L0QA 3MMVA 4HWIA 3TPQA 3UKUB 3VF6A 3SLCA 4BR4A 2HF4A 1EQYA 3GDQA 4BRFA 4KBOA 4H5WA 1GLAG 5ADXA 5AQHA 2VYPA 4XH1A 4CZHA 4BRMA 2CGKA 4FWLA 4MLEA 4A62A 4PL8A 2F9WA 1ATNA 3D2EB 3D2EA 4CBWA 2Q1NA 2YI1A 5EXWA 4FSVA 4K25A 3UB5A 5EY4A 5LJVA 3O6WA 4QS9A 1T44A 4BROA 4LC9B 2A41A 4B1UB 3M1FA 2E2QA 2PAVA 2Q0UA 5AFUA 2P9LB 3VEXA 2WUSA 1TYQB 4M63C 3VESA 4FPAA 2YHXA 2P9KA 4B1XB 3AY9A 3HSCA 3G25A 3A5OC 3H1VX 3IMXA 3LDOA 1XUPO 4PKGA 4DCHA 3BF1A 1KAYA 4RWTA 3WT0A 3O4WA 3C0BA 4B9QA 3QICA 4PKHA 4QS7A 3O08A 4WQ4C 3EKUA 3CIPA 1QQMA 4FO0A 4K41A 2D4WA 3ZETA 3CJ7A 4H5VA 4J8FA 2ASOA 1YAGA 1NBWA 1BU6O 1ATSA 5KPZA 3CJ9A 4CD3A 2P9SB 2AA4A 1ESVA 3W0LA 3O80A 4FL9A 1Z05A 5E84A 4FWQA 5AQVA 3DXKB 1QZ6A 3DXKA 2W40A 5AZIB 5AZIA 4WQ5A 3JS6A 5BPMA 2QWPA 4BREA 1P8ZA 3VGMA 1NGDA 3KZBA 4BR7A 1QQOA 5AQNA 4H03B 1JCGA 1DGKN 1SAZA 1NGAA 4C23A 5AQWA 4H5TA 2AP1A 4BR2A 2E2NA 1MWMA 4ISEA 1NGEA 5BR9A 4E1JA 3EN9A 2ZWHA 3FZHA 3IDHA 4H0OA 2Q97A 1KXPA 4XH5A 3CJ1A 2CH6A 4CJ7A 1HKGA 2P9PA 5AQZA 4L3QA 3F9MA 2IVPA 1ZBSA 4CZIA 4Z94A 5AQMA 3LM2A 4DB3A 3U4LA 1HPMA 3UE5A 1WOQA 4BRHA 4A61A 1MA9B 3LL3A 4BGAA 4H5RA 3C7NA 4H0PA 3A8YA 3ULEB 3ULEA 2J4RA 4AM6A 4CZEA 4BR9A 4IJNA 3O8MA 3DAWA 3QFPA 3KVGA 4NO7A 2F9TA 1XC3A 3HTVA 5TKYA 3FR0A 3VEYA 5B8HA 1NMDA 1SQKA 3AAPA 3DXMB 5AQGA 4CZFA 5BRDA 1RFQA 3BF3A 5EX5A 5FPMA 1NLVA 4BRNA 3CJCA 2DPNA 1V4TA 2V7YA 3FZKA 2GWJA 2V51B 2FSNA 4WQ4A 2YJFA 3FZMA 3LM9A 3VEZA 1R59O 3RSEA 3RSEB 5KQ8A 2HF3A 4BC5A 4IO8A 5F0XA 1CZAN 5AQXA 4FWMA 4M7YA 3ATVA 4B1WB 2YHWA 4GNIA 4JD2A 4EIAA 4IJAA 1Z6RA 3D2FB 3D2FA 3CQXA 2E2PA 4FWOA 1H1VA 5JLHA 4ISGA 3WXLA 5ADXH 1T6DA 3WXIA 3LDNA 1NGJA 1V4SA 4HTLA 1GLCG 3GG4A 1E4FT 2D1KA 4BRIA 4AM7A 2IVNA 2P9KB 2A42A 3MN7A 3VPZA 3WQTA 4GY2B 3DJCA 2ASPA 3EZWA 2YJEA 4BRLA 2FF6A 1TUYA 4BQLA 1GLLO 4BC3A 3AAQA 4DQ8A 1LOTB 3IUCA 5AFUH 3MK6A 1BUPA 3U8XA 5BN9A 2BUPA 5KQDA 1JCFA 4NB4A 4XEIA 4XH4A 2P9IB 2P9IA 5EOYA 2E2OA 2KHOA 4BVOA 4H0TB 5ELZA 3H6EA 4CZMA 1D4XA 5AQTA 1BA0A 2QM1A 3SJHA 4BRGA 2ZGZA 3ZEUA 3D7EO 3ZEUB 5LY3A 4EFHA 3I33A 3CETA 3FGUA 4YDUC 2OANA 5FPNA 1HKBA 4B1VA 1BA1A 3H45C 1GLEG 4FWNA 3VERA 1U6ZA 4BG9A 3ATUA 2GWKA 2A3ZA 2V52B 4FWSA 2CGJA 3QMLA 3EL2A 5BREA 3ZX0A 2P9PB 1ZXOA 4BGBA 3O1WA 3H3OB 2HOEA 4RTFD 5AQJA 3VEOA 3A5MC 4BVPA 1HX1A 5CE3A 4MO4A 1YVNA 4BR5A 4CBXA 3R9PA 1NGBA 3CHWA 2P9NB 2P9NA 2Q36A 3HBTA 3CJBA 5KPRA 4FWKA 3BEXA 4RCHA 5BPLA 4EHUA 1IG8A 3KHYA 2PBDA 1NGCA 3C7NB 1WUAA 4A2AA 3UKRB 3UKRA 1NGIA 5FPDA 3CI5A 4Y0WA 1C0GA 3A5NC 2Q0RA 4I6MA 2NLXA 3HZ6A 4ISFA 1NGFA 1Q18A 4H0YB 2ITMA 2A5XA 2NRHA 1BWFO 3BP8A 3A5LC 3MN9A 2FSJA 2GTDA 3VEVA 1QQNA 4JN4A 3U9ZA 3ZX3A 4JAXA 1U2VA 3VEWA 3AARA 1NGHA 3QFUA 3B8AX 4H0XB 3DWLA 4IZ9A 2FF3B 2IVOA 1C0FA 4CZJA 2E1YA 3MDQA 2EWSA 4BC4A 1KAXA 3VOVA 4MLHA 5AQSA 3R6MA 5AQLA 5KPTA 3ZX2A 3P4IA 4BG8A 2IIRA 5AQIA 3GOIA 1S3XA 1NM1A 3VF2A 2GUPA 1DEJA 3WQUA 3A0IX 5JLFA 4BRPA 4JNEA 4JD2B 5AQYA 3JXUA 3HM8A 3H46O 3VENA 1QHAA 3UKUA 5FPEA 3U9DA 4O8KA 3H1QA 3FFKB 5AQKA 5F2RA 3ID8A 4YDUA 5AQUA 5JICA 2I7NA 2QWRA 1ATRA 4BRCA 3S41A 3MCPA 5AQPA 3WUHA 1LCUA 1MDUB 3QDKA 3WXKA 3CQYA 1E4GT 3LDPA 4BRDA 2E20A 3EKSA 5BPNA 3MN6A 1HLUA 1NGGA 3SMPA 2P9LA 4CZGA 5BRHA 1TYQA 4PL7A 1RGIA 5AZJB 5AZJA 2E1ZA 4F9OA 4BR0A 4DHYA 1HJOA 2HMPA 3IFRA 3L4IA 2GEMA 4WYBA 1GLFO 2Q31A 5E26A 3FLCO 3GBTA 3QB0A 2BTFA 2FSKA 1BDGA 5I9EB 3CERA 5AQFA 3LDLA 2UYTA 1MWKA 4M7XA 3M6GA 2E88A 4A2BA 1YXQA 2V7ZA 2I7PA 2QXLA 3CJAA 4MO5A 3R8EA 4BRAA 5BN8A 2D0PA 3VGLA 2YHYA 2P9SA 3H3NO 4IWVA 2ASMA 4FPBA 1IJJA 3LDQA 3WXJA 2D0OA 1YUWA 3QBWA 1OKJA 4JHDA 4JHDB 4QS8A 5EVZA 4O5FA 2QW9A 4BRKA 2FXUA 2NZTA 1HKCA 1K8KB 1K8KA 4EAHD 3O5BA 2QWNA 3J8AA 1TUUA 2QWLA 1ZC6A 2CH5A 1QZ5A 4K43A 2QWMA 3VETA 3GL1A 3O1BA 3ZETB 1X3NA 1HUXA 3ENHA 2QWQA 2VCPA 3W3DA 5JMVA 2A40A 3MN5A 2YCHA 2QWOA 3FE1A 4B1YB 1Y64A 4CD1A 1NWKA 4PKIA 3SMSA 3SK3A 1S22A 4I6MB 1JCEA 5F1XA 4B1ZA 4IXCA 3VGKA 5AQQA 2CGLA 3OHRA 3WEEB 3WEEA 1G99A 1J6ZA 4BQZA 2ZF5O 4CI6A 5AQRA 2VWBA 3L6QA 1XQSC 4EHTA 3M3ZA 3HI0A 1X3MA 3VF4A 2A6AA 2E8AA 3EO3A 4FOIA 4H0VB 4WQ5C 4BRQA 1RDWX 5LJWA 1U2VB 1BO5O 1SZ2A 3FZLA 2FLOA 1X9JA 4H5NA 4CBUA 1T6CA 1GLBG 3FZFA 4K42A 2GELA 3TU5A 3BUZB 1KAZA 1GLDG 3ENOA 5AR0A 3I8BA 2P9UB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GAHP 4FWPA 5KRTA 2Q2RA 4X64K 4C8KA 1RDCA 4CZLA 1OVYA 1D8YA 3QBXA 3L0QA 4HWIA 1EKEA 1M90O 4BRFA 5AQHA 4BRMA 3ULDA 2F9WA 3CM6A 5DM6L 1ATNA 3OYEA 2OPRA 1D5AA 4FSVA 3ZYYX 4FM1A 3UB5A 1MU2A 2BE2A 4E7HA 2VQFK 5J2NA 3U3GA 1T44A 4BROA 3LANA 3QIOA 2HNYA 2OPPA 2Z1JA 5DK5A 2NUBA 3RTVA 4KI6A 4CGGA 4FLVA 3VEXA 3KLGA 3RRGA 4FW2A 5M1QA 5KI6A 2YHAA 2YHXA 1LWCA 3HSCA 3PIPL 4CK3A 3BF1A 3DI6A 1KAYA 3EYZA 3QICA 1XMQK 1WNSA 3CIPA 1QQMA 2IAJA 4CECA 3CC2N 2D4WA 5E41A 5BR8K 4LSNA 3CJ9A 1ESVA 1NK7A 3O80A 3RR8A 3OYIA 1Z05A 2FBXA 2QTDA 4FJJA 2WOMA 4WQ5A 3I8DA 1KRPA 1FKPA 2HBMA 3VGMA 4C8OA 3ZSVA 4N56A 5AQNA 4H03B 1TAQA 1NK8A 4NYFA 2AP1A 4ISEA 1NGEA 4DQRA 3EN9A 3Q7BA 2VGMA 3T3FA 2HHHK 3VN5A 4CJPA 4XH5A 4DTXA 2HHQA 3RMDA 4CJ7A 2B6AA 1Q9YA 2P9PA 4R79A 1VSFA 1QE1A 4DFJA 3QESA 3CCRN 2IVPA 3LM2A 3RMAA 4CE9A 3U4LA 3UE5A 1WOQA 1BL3A 5M1NA 3D0PA 2ZJRL 3PX6A 2I5JA 3CCUN 4JV5K 3ULEB 3ULEA 2J4RA 2UXBK 2E6MA 2O8BA 2O8BB 2XHBA 1EWRA 4IJNA 4OKEA 3QFPA 4CHZA 5TKYA 4FLUA 2F7TA 4B9LA 2X78A 2YNGA 5C12A 4O55A 4L8RB 3DXMB 4CK2A 3CM5A 3MX2A 5EX5A 4C8NA 1NLVA 1S1XA 4CEDA 3SNNA 4LFCK 4IEIA 3TAFA 3FZMA 3LM9A 3VEZA 1R59O 4PY5A 3RSEA 3RSEB 5KQ8A 5AQXA 4B1WB 3S3MA 4JK9A 1A5XA 3NAEA 3HK2A 1QTMA 3D2FB 3D2FA 4IDHA 2G8KA 1H1VA 4Y1DA 2KTQA 3WXLA 1J53A 2VG5A 4HTLA 5J2QA 2D1KA 4CJSA 4AM7A 2IVNA 2P9KB 3V1OA 1IKYA 4GY2B 4J2AA 5IT9O 3DJCA 5CYQA 4JKEA 1EX4A 4OKKA 2FF6A 3B6OA 1DTTA 3OBYA 3IUCA 1XWLA 4CJKA 4JEPA 3JYTA 3U8XA 5BN9A 4K8XA 5HL7L 2P9IB 2P9IA 1KVBA 3SV4A 2D0AA 2KHOA 4H0TB 1RDUA 4FJNA 4DTRA 4DU1A 3Q7CA 2KFZA 1RT4A 3AGKA 3P83D 2Q3SA 4DG1A 3KD5E 2ZGZA 1ZYQA 3ZT4A 3AVNA 3I33A 4YDUC 2OANA 2OCEA 4M3UA 1BA1A 2D0BA 3KD1E 3H45C 1WAJA 2YKNA 1S6QA 3OYCA 4DR6K 2GWKA 4A59A 4FWSA 3M8RA 4V19S 2F8TA 4IOCL 3VMFB 3SUNA 1LAVA 2ETJA 3CCSN 1B92A 3HOTA 1ZXOA 2HOEA 4RTFD 5AQJA 5M1KA 2OTLN 1HX1A 4DR5K 5CE3A 5K14A 4BWJA 3N4QA 4BR5A 4CBXA 4CERA 4M3XA 1NGBA 1VK0A 4OGEA 2P9NB 2P9NA 4DS5A 3CJBA 4NCBA 4UQGA 4EHUA 4CEOA 3L2UA 1KVAA 1NGIA 4DV3K 4Y0WA 4DV6K 3P38A 3ID6A 4I6MA 4CGJA 4M41A 4PWDA 2ITMA 2NRHA 1BWFO 4CHYA 3BP8A 3MN9A 3P1GA 4E7IA 4JN4A 3U9ZA 4NXMK 3AA4A 4LH5A 3AARA 3R1XA 3M8SA 1NGHA 4QCLA 2UUCK 3C65A 3CFOA 2E1YA 4DTSA 1VQMN 1U4BA 3QETA 1QVFM 5AQSA 3R6MA 5AQLA 3KK3A 2BDPA 4O44A 5AQIA 3VQQA 3VF2A 1NM1A 3WQUA 5MLCQ 3OS2A 4IFEA 3HM8A 3H46O 4CHQA 1QHAA 5FPEA 3BDPA 3HVTA 5GADP 4DQQA 3ID8A 1NK5A 4DR7K 3VQ8A 2G8UA 2I7NA 1S1TA 3CCJN 3TARA 2HVHA 4CF8A 1XI1A 4BRCA 4CJ3A 4CEQA 4FZYA 4FJKA 3ZSXA 1TKXA 4DWIA 3QDKA 4CJTA 2W6KA 1E4GT 4E0DA 4BRDA 3AO2A 5BPNA 3MN6A 5BRHA 4PL7A 1RGIA 4F9OA 4BR0A 1HJOA 2HMPA 3WNEA 3SJJA 1D9DA 4CJUA 1JL1A 3L4IA 1HNXK 1GLFO 3BY5A 3T1YK 3TI0A 3QB0A 1ASWA 3BZCA 1X9WA 1ZBUA 3R3LA 3CERA 4BDYA 1MWKA 3M6GA 3SAHA 4Z4CA 2E88A 4A2BA 4J2EA 3CJAA 4DV1K 5BN8A 2P9SA 3LZIA 2R7YA 1VQ6N 4H8KA 1GOCA 3H3NO 4IWVA 2O8DB 3OS0A 3THWB 3HOSA 1YUWA 4QS8A 4JHDA 1IKXA 4JHDB 5EVZA 3THWA 3ENBA 4BRKA 2O8FA 2A1RA 4A5BA 4EAHD 3MWPA 1TUUA 2QWLA 1KC8O 1W97L 1HMVA 4CIFA 1KFSA 1W0HA 3O1BA 1X3NA 2G8HA 3TSPA 1HQUA 1VSMA 2HB5A 5JMVA 2A40A 5LMUK 1U48A 4M3YA 2WFBA 3O4QA 4PKIA 3NH1A 3OYGA 3DOKA 4GW6A 1JCEA 5F1XA 4F8RA 3VQBA 3NDKA 2CGLA 4LF9K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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