3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k-12
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
1RT6A 3ALYA 1T05A 4JS4A 2P5OA 1RBSA 3LP1A 3SPZA 4FXDA 4OJRA 3AO3A 4FW1A 1KVCA 2DFEA 3AA5X 1VSEA 1JLEA 3O4QA 1JLFA 2P1JA 2Z1HA 3VQEA 1ASUA 3M8PA 4JRQA 3RRGA 1Q9YA 4OVLA 4CJ4A 3NH0A 5J2QA 4H4MA 4LH4A 4FM1A 2G8WA 3DLHA 3D45A 1HPZA 4LD0A 3QIPA 4AILC 4FK2A 3LPTA 5HRRA 3RTVA 3VA3A 2OPQA 4F2RA 3I0SA 3HXMA 4CJWA 1RT3A 2IGIA 4QOZB 4DTMA 1KLMA 3AVNA 5DMRA 4C8NA 1QSSA 3ZSOA 4PWDA 3HL8A 3KLEA 3L3VA 4KV8A 4BDZA 3NAEA 4M42A 3ULDA 1EP4A 1O1WA 3LDSA 1DTTA 4HHTA 1VSJA 3OJUA 4K8ZA 1Y97A 1QE1A 3G0ZA 1GOAA 4BWMA 3ZT2A 1T7PA 1BQMA 4F2SA 3NGZA 3S3MA 4CJ5A 4CEQA 3NF6A 4M45A 1CZ9A 4AHTA 3RR8A 3HVTA 1X1PA 1VSKA 1GOBA 4N76A 3CFPA 3LWLA 3HPOA 4FM0A 3NH2A 1CZBA 2XHBA 1C1BA 4IKFA 2HHSA 2QK9A 3SV4A 3K58A 2B5JA 5DK5A 4FLYA 1U45A 1XI1A 1IO2A 4EP4A 1NK0A 1UA0A 1S6PA 4CF1A 4KAZA 1S6QA 4PA1A 5JS2A 4CJPA 2DFHA 3MECA 3VN5A 4QAGA 3M8SA 1KFSA 4AHCA 4FLZA 4DSIA 4N41A 4FZZA 4E7JA 4RW4A 1U4BA 2KW4A 2OYQA 1J9AA 3DOLA 4FJNA 4E7HA 3KK2A 3K5NA 3TR8A 4ELUA 3SYZA 4CFBA 4DQSA 2VWJA 1BIZA 4DSEA 2ETJA 4W5QA 2HB5A 3ZT1A 4OKEA 2HHXA 4CF8A 4CIFA 1IKWA 4FM2A 1DLOA 3AO4A 3OYMA 1REVA 5JS1A 1QQCA 3K5LA 2RKIA 3QEIA 1C0UA 3BGRA 1NKBA 4DG1A 3L2QA 4CGDA 4W5NA 4NYFA 2DTUA 3NE6A 4BE0A 4Z4IA 3VQ4A 2WOMA 2GUIA 1S1VA 1HYVA 3LANA 2GV9A 3LZIA 3SV3A 1N6QA 3ZT0A 4JS5A 1RDBA 4KPYA 3K5MA 2PYJA 3ZSYA 2YNFA 5I3UA 4CEAA 1BGXT 4TSXA 1MU2A 1JXBA 4E19A 1ASWA 5D3GA 3KD1E 4O55A 5FDLA 3L2VA 2F8TA 2P51A 1LWFA 1LWCA 4CGGA 3L8BA 3PO5A 4Q0BA 2OPSA 2O4IA 4FLUA 2QKBA 2RN2A 3CYMA 4MQ3A 4AHSA 1ITGA 1RBTA 3LP0A 1RT4A 3TAMA 3HM9A 4KRFA 1WNSA 2Z1GA 4B9VA 3DLBA 4FW2A 2HMIA 2R7YA 1J53A 2BDPA 1FKOA 2KZMA 1S1XA 3M8QA 4ID5A 2YNHA 5EU7A 4CESA 3S9HA 3QIOA 2G8VA 4B9MA 3HPGA 1I3AA 4B9NA 3MEGA 4E7LA 1RDDA 3C94A 4LH5A 4AHUA 2Y1JA 5KGXA 5HLFA 4LY7A 3VQPA 4R5PA 2HHWA 3CQ8A 1NK6A 1A5WA 1RTJA 3AVBA 4CJUA 4ZHRA 3EYZA 4E7KA 3TAEA 2QKKA 1W9HA 3MEEA 3U3GA 2G8HA 4OPJA 3HP6A 3PY8A 4E89A 4ZTFA 4FJKA 3OYCA 3PX0A 3F73A 2HHUA 2AJQA 4CGIA 2YHBA 4DQPA 4DSKA 4DLGA 4GVMA 5J2NA 1C1AA 3LAMA 4Z4FA 1ZBHA 2ZD1A 3ZT4A 3OYBA 3WNEA 3OYAA 4CJFA 4DF8A 1NK5A 4KKOA 4M3RA 5C24A 1BISA 2OA8A 4PY5A 3ZSQA 1NOZA 4YNQA 2YKMA 4OLAA 1X9MA 2FC0A 1HYSA 3VQ9A 1EXQA 2X74A 3RMBA 5FROA 4B8CA 3B6PA 3RRHA 2G8UA 2RF2A 1KLNA 4CHNA 3K2PA 4FLTA 1NKCA 1JLGA 3DM2A 2YKNA 3SUNA 1HQUA 3C6TA 2IS3A 3KLIA 4HCCA 4M3WA 1I39A 2Z1JA 3TAFA 1R0AA 4CJ3A 1ZBUA 3HK2A 1WSGA 3CM6A 2I5JA 4DWIA 1LW2A 5CZ1A 4DTJA 4CEEA 1U48A 3NFAA 3T3FA 1TK5A 1WSJA 4CHZA 4CFDA 4FJMA 1VRUA 3CM5A 1KTQA 3SPYA 1G15A 4B08A 2HNZA 4CGFA 3VQ8A 1RT1A 1RT7A 1TL3A 1VRTA 2FBYA 3NF7A 5T7BA 3K57A 1IG9A 4E1MA 4RW7A 1BCOA 3WNFA 4BE2A 3TAQA 2D0CA 3O3GA 4BDPA 3MXJA 1JLQA 4DQIA 4HTUA 3NHGA 1D9DA 4CGJA 3D0PA 1D8YA 3QEPA 1TAQA 1VK0A 3V81A 3TABA 2EX3A 4QCLA 1C1CA 1FXXA 1WSFA 4JRPA 3ZSVA 4N47A 1RT5A 3DOKA 4IDKA 3LWMA 1RBUA 2Y1IA 3IAYA 1GOCA 1XWLA 3TI0A 2B6AA 4FJJA 1DTQA 4J2BA 4C8LA 3A2FA 5HROA 1UWBA 1T8EA 2FBTA 1S9GA 3NBPA 3U3YA 5KRSA 4Q5VA 3HVRA 3AVFA 3OYEA 3SZ2A 1HNIA 1QS4A 1SL2A 3V9XA 1EETA 2E6LA 4CIGA 4DFPA 4CJEA 4NCBA 1KVBA 4CJQA 4CF9A 3V9WA 2XO7A 1Q9XA 4DFJA 3LP3A 2BGGA 4PQUA 1TVRA 1SV5A 4DSLA 4N5SA 3L2RA 2KQ2A 3S3NA 5FRNA 3OY9A 1LW0A 2QXFA 4DS4A 1XC9A 2PZSA 4O0IA 4CEBA 1TKDA 3V4IA 2P5GA 4F4KA 2KFNA 2KZZA 3SUPA 4HVJA 5K14A 1RDAA 5CYMA 4O4GA 4RG8A 4E3SA 1L3SA 3DYAA 3VA0A 3HO1A 5C42A 5C25A 3PX4A 1KSPA 3LALA 4FJXA 3VQBA 4BWJA 2XRIA 4CK1A 4H4OA 3V1QA 4KHQA 1QHTA 4Y1DA 3ZSXA 4AH9A 2Q3SA 4DFKA 3AVKA 4H8KA 1Q8IA 3KK1A 1QSLA 1YTUA 2F8SA 2HHTA 4HUFA 1HQEA 2A1SA 1QSYA 4CE9A 1HJRA 1S1UA 3QLHA 3DRRA 4CHOA 4CIEA 3RWUA 4W5OA 1WSHA 4C8MA 3E01A 2ZE2A 3VQ6A 4DQQA 3HT3A 1LWEA 4DSJA 4O0JA 3C95A 4ICLA 5HP1A 4B9UA 1ASVA 3AVCA 1TKXA 4CJVA 3WNGA 1FK9A 4GW6A 1CXUA 1IKXA 4OGCA 3OJSA 4CECA 1S9EA 1RCHA 3L3UA 4IFYA 2HVHA 4KREA 3HSTB 4HCBA 3O3HA 5KTQA 1WN7A 3QERA 1C0TA 3K5OA 3M8RA 4HUGA 3G10A 4OKKA 3DRSA 1NK4A 4NCGA 3AA2A 4CCHA 4IFVA 4FJGA 4NCAA 4FJ8A 3SCXA 1K6YA 1Z26A 3DLEA 1IKVA 2NUBA 1HMVA 4DU3A 1TL1A 1C0MA 4XIUA 3AO2A 4AHVA 5KGWA 5HRSA 4G1QA 3MXIA 4M41A 1BHLA 1BI4B 1CXQA 1X9WA 1VSLA 4OKJA 1L3VA 1B9FA 5CY4A 4OPKA 3OS2A 1EKEA 1B92A 2ITGA 3NDKA 1WSEA 1KRPA 4WE1A 4KTZA 3QEVA 1UA1A 4N56A 1VSFA 3OYDA 4KHYA 1B9DA 4DLEA 1ZYQA 3TANA 4FJ5A 2DFFA 3OS1A 3NH1A 3CFRA 4FK0A 1TAUA 2VG7A 1NOYA 3NCIA 3RMCA 2WONA 3AVHA 3JSMA 1TKTA 5CZ2A 3JYTA 3SQ0A 1NK7A 2O4GA 2IAJA 4FJ7A 2X6SA 5HRPA 4CGHA 3SQ4A 4KHUA 2OPRA 1RTHA 2RPIA 1NJZA 3KTQA 3PV8A 4K8XA 2HNDA 1C6VA 4JLHA 4I2QA 2DY4A 2YHAA 1UAXA 3I8DA 4FYDA 3VQ7A 1RILA 1XHXA 4DU1A 3THVA 4FZYA 4DFMA 1UOCA 2XY5A 3MXMA 1D9FA 1U04A 1EX4A 3SUOA 3AVLA 4DU4A 4KFBA 3LPUA 5SWMA 3B6OA 3QNNA 3S3OA 5KI6A 1NJXA 4DTXA 2FBVA 4FJHA 3CFOA 4CK3A 3HP9A 4IG0A 4B8AB 1SUQA 3TAPA 3RMDA 4NYNA 3OYFA 5SZTA 2E4LA 3K59A 4M3XA 1HRHA 3TWHA 2D5RA 3ASMA 3LAKA 4DTPA 4FZXC 1WLJA 2PYLA 1RTDA 3HJFA 1JL1A 2IDOA 3QO9A 3KD5E 1KVAA 4O5BA 3HYFA 5FRMA 1TV6A 1VSDA 1J5OA 4EZ6A 2PY5A 4DTRA 2BE2A 3T1AA 3KK3A 1RDCA 2VWKA 1WAJA 3AA4A 4CFCA 4DMNA 1U47A 4OLBA 5HRNA 3QEWA 1SKRA 2VG6A 2E6MA 4IG3A 1A5XA 1ZBFA 1L5UA 4KHSA 1JKHA 1LAWA 4RW6A 3NF8A 4CJRA 3QNOA 1IH7A 1SL0A 3C6UA 4B9SA 4CF0A 2BANA 3IRXA 4W5RA 2GBZA 4UQGA 1NJWA 3WNHA 5J2MA 3SUQA 3FFIA 4M3UA 3AVGA 3V6DA 3ISNC 3KKSA 3F9KA 3AVMA 4CHQA 4DTOA 1VSIA 4FJ9A 1LV5A 4OGEA 3OS0A 4FLVA 4FJLA 4CEFA 3O4NA 1U49A 4C8KA 3AV9A 4F8RA 2Z1IA 1NK9A 1L3UA 1F21A 4KHWA 3PO4A 3ZSZA 1WSIA 1JL2A 3I0RA 3QEXA 3SQ1A 3V9SA 4DTNA 4Y1CA 4Z4HA 1A5VA 1BI4A 1D5AA 3V9UA 3O3FA 4ZTJA 2XY6A 3VQAA 4B3OA 2HVIA 1JLBA 4F3TA 4I7FA 3SNNA 4B9LA 4C8OA 4ELVA 2IC3A 4KI4A 4CEDA 1SL1A 1BL3A 3PUFA 1NKEA 4J2DA 4KI6A 3T19A 2JGUA 3IS9A 4Z4CA 4J2AA 1RBVA 2HHVA 2XY8A 1J54A 4CJKA 4CK2A 4M3ZA 4EZ9A 4CF2A 2G8KA 3SJJA 4DF4A 3VQ5A 5E41A 2OZSA 2XY7A 1SKSA 4LSNA 3AA3A 4O44A 1JLCA 2YV0X 4CHYA 3SQ2A 3BDPA 1QTMA 4F3OA 1JXEA 1TGOA 3LZJA 3TARA 2B4JA 4ID1A 2KTQA 1XHZA 3UIQA 3HPHA 4CERA 4E7IA 4B9TA 1T03A 1RT2A 2YNIA 1BCMA 4KTWA 5CYQA 4BE1A 4FLWA 4I2PA 4FLXA 4MFBA 2X78A 4IBNA 2HNYA 2JLEA 3V1OA 3OYIA 1YTAA 3DLGA 1S1TA 1CLQA 4W5TA 3LP2A 2EHGA 2G8FA 2OPPA 2HHQA 3ITHA 3VQQA 4FCYA 1N5YA 4L8RB 4Z4GA 4CJTA 4FJIA 4LSLA 4E1NA 3MAQA 3TAGA 4FVMA 3RMAA 5I42A 4RW9A 1NJYA 1RNHA 4KTQA 2LSNA 3KIOA 4CJLA 2HW3A 4CHPA 3EY1A 2YNGA 3AVJA 3ZT3A 3EZ5A 4BDYA 3QESA 1BQNA 1BIUA 4Z4EA 1HYZA 3KLFA 4M3YA 1SKWA 2ATQA 2FBXA 4BACA 3PX6A 4FK4A 3OYLA 3ZSWA 3DMJA 3OYNA 3DI6A 1YT3A 3V9ZA 2G8IA 3KKRA 3OYHA 3VQDA 4GMJB 4HUEA 4DSFA 4KB0A 2D0BA 1S1WA 3MEDA 2KFZA 3NGYA 3AVAA 3DLRA 1X9SA 4M3TA 1TK8A 3U6FA 4CFAA 1JLAA 1WAFA 3H08A 3NF9A 3SI6A 4E0DA 4RW8A 3KLGA 1VSMA 3DLKA 3OYKA 4DS5A 1IKYA 4KB1A 3RR7A 4J2EA 4PUOA 1ZBIA 3IG1A 4CEZA 1HNVA 3KJVA 4DQRA 3VQCA 4ELTA 2OZMA 2VG5A 5J1EA 3OYJA 3NGIA 1ZBLA 4AHRA 1VSHA 2IOCA 4CEOA 1KCFA 3ZCMA 3OYGA 3ZSRA 3AO5A 4I9QA 4DTUA 2D0AA 3V1RA 4DTSA 3AO1A 4I9LA 1L3TA 1KFDA 3QETA 5J2PA 2X6NA 4Z0UA 4KO0A 2W42A 4EP5A 3P83D 5HBMA 2ZQBA 3P1GA 4CJSA 3L2WA 3P5JA 1TKZA 1LAVA 3OVNA 5KRTA 1YVUA 1Z25A 4YFUA 3AVIA 1RBRA 2A1RA 3KLHA 4KHNA 1W0HA 3DRPA 1RTIA 1TK0A 2F96A 1S5JA 1NK8A 1FKPA 3L2UA 3CG7A 3QINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KHYA 1RT6A 1C0GA 3ALYA 3THXA 1RBSA 3TPQA 1NGIA 3CJ9A 3VEVA 1KVCA 2DFEA 1VSEA 3BP8A 2P1JA 2Z1HA 3VQEA 4OVLA 4H0YB 3NH0A 4H4MA 2G8WA 1HPZA 3LPTA 4OX9K 2OPQA 3A5LC 4IZ9A 1RT3A 4BRHA 4QOZB 1KLMA 5LJWA 3CCEN 2NRXA 4PWDA 4BRQA 3VEOA 5LY3A 4BDZA 4B1ZA 1O1WA 3OJUA 2E1ZA 2F7TA 1GOAA 3ZT2A 5AQYA 4CJ5A 3NF6A 3VEZA 4YOUA 1X1PA 1GOBA 1RFQA 4N76A 3HPOA 4FM0A 3FLCO 3NH2A 2XHBA 3B8AX 1U45A 1IO2A 4EP4A 4KAZA 3M8SA 3UB5A 4JI3K 3KK2A 3F9MA 2DPNA 3CCUN 2NNWA 2V51B 4CIFA 1DLOA 3AO4A 4H0OA 3OYMA 5JS1A 1QQCA 3BGRA 1NKBA 4YDUA 2A5XA 4W5NA 4GV6A 4NYFA 2DTUA 3TSQA 3NE6A 1QQOA 1N6QA 4KHUA 4JS5A 1RDBA 3ID6A 1NM1A 4TSXA 4IWVA 3ENBA 5M1KA 1JXBA 4DCHA 4O55A 5FDLA 2P51A 1GLCG 3L8BA 3PO5A 2O4IA 2RN2A 3CYMA 3K5MA 1JJ2M 3ZETA 1RBTA 1RT4A 4KRFA 3DLBA 1SQKA 5EOYA 2QTDA 3FFKB 3M3ZA 2BDPA 1FKOA 3M8QA 3S9HA 3BZKA 3CCJN 2G8VA 1I3AA 1FJGK 4JI0K 1RDDA 4LH5A 5HLFA 4A5AA 3SJHA 3I56N 4F9OA 1NK6A 4ZHRA 2VQFK 5D3GA 4E7KA 1VQNN 3MEEA 2G8HA 2O8DA 1NG9A 3QMLA 4E89A 3EKUA 5TKYA 3PX0A 2AJQA 2A3ZA 3UKRB 4K41A 3ATUA 1ZBSA 3CETA 4K0KK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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