3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k-12
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
1U48A 1WAJA 3AA3A 1BQMA 3O4QA 1JKHA 3QNNA 4KHSA 2HHSA 4CEZA 3HSTB 4FJ5A 1IKWA 2W42A 3K59A 4O5BA 3E01A 5EU7A 1DLOA 3AA2A 4CIGA 5SZTA 1KLMA 3NGZA 2IDOA 4FM0A 1SKRA 3HK2A 1W0HA 1I39A 2XHBA 4DTMA 3ULDA 3DRPA 5J1EA 4FCYA 2RN2A 2I5JA 1T05A 3DLGA 4MQ3A 2B6AA 3DLBA 4M3YA 1RCHA 2BGGA 1FK9A 2HHUA 4ZHRA 3AVMA 1BIUA 3O3FA 3QIPA 4LH4A 3LPUA 3DOKA 2F96A 3KLIA 4IKFA 1NOZA 3IS9A 1UA0A 1NJXA 4DG1A 4LY7A 4CGDA 3O4NA 1RDCA 1Q8IA 3MAQA 3OYBA 3SV3A 2DFFA 4BE0A 2OZSA 1ZBUA 3TWHA 4HCBA 4B9LA 3NGYA 4FJMA 4IDKA 3ZSOA 3RMCA 4ZTFA 2VG7A 4PY5A 3EZ5A 2DTUA 5J2MA 3CYMA 3LAKA 3NF7A 1VSHA 4N5SA 1WSEA 1T8EA 3L2RA 1ITGA 1EKEA 1O1WA 5HROA 1KVCA 2Z1JA 2X6NA 1X9SA 2OPQA 2Z1GA 2IS3A 3I0RA 3CQ8A 1L3UA 2QKBA 3VQPA 3AO4A 1ASUA 4HCCA 2DFEA 1TAQA 1HPZA 1NJYA 4O55A 3DRRA 4CJVA 3VQQA 5FRMA 1S1XA 4DTRA 5JS2A 3THVA 4LD0A 1U4BA 4FLVA 4CK2A 5KTQA 4FJIA 4EP4A 1NJZA 1L3VA 3SCXA 4OVLA 3DLKA 1C1BA 2Y1JA 1JXBA 1S1VA 4DTJA 2HW3A 4O4GA 4DMNA 3VQ9A 3OYAA 1Z26A 3IG1A 5DK5A 3QIOA 3LWMA 1NK5A 2OPRA 1TK5A 3RR8A 3PO4A 3CM6A 1NKEA 3HP6A 4KI4A 3KK1A 1JLCA 1TGOA 4KB1A 4Z4FA 2ZD1A 2E4LA 2RF2A 1X9MA 2YKNA 4QCLA 1QE1A 3O3GA 5HRSA 4Z0UA 1G15A 4AHCA 3G0ZA 4E7JA 3NF6A 5J2QA 1J53A 3OYCA 4F3OA 3P83D 3VQ7A 2G8HA 3AA4A 1LAVA 4PUOA 4OPJA 2YKMA 1RTJA 3SI6A 4FJKA 2E6LA 3V81A 3SQ2A 1LV5A 1WSIA 3OJSA 3L3UA 2X78A 4CJ5A 4IBNA 1IH7A 1RTIA 3ZT4A 4AHVA 2XY7A 4BWJA 4E89A 3KLGA 2HB5A 4FZXC 3AO5A 2PYLA 4KO0A 4BACA 4FK2A 5HRPA 3PX0A 3T1AA 1TL1A 3VQAA 1CXQA 4I2PA 1HQEA 3M8QA 5JS1A 2HHVA 1XC9A 1SL1A 3S3MA 4FLUA 4FJGA 4CHOA 1HYSA 3NBPA 2JLEA 4CFCA 3ZT2A 3KLEA 3QEWA 1U47A 4QOZB 2D5RA 2XRIA 4Y1CA 4CERA 3LP0A 4DS5A 3S9HA 1NKBA 3K58A 4FJNA 1REVA 3DMJA 3DI6A 4WE1A 4OGEA 1QSYA 4B3OA 1RDDA 3KIOA 1C0MA 1T03A 4KV8A 1BL3A 3P1GA 5CYQA 1KVBA 3TAGA 2OZMA 2WOMA 4CJLA 4CJRA 4EZ9A 2E6MA 4XIUA 2JGUA 3HVTA 1KSPA 4DU4A 2IC3A 5HRNA 4YNQA 2KZZA 1VSFA 3NFAA 3TAEA 1RDAA 4Q5VA 2HNDA 4E7HA 1VSIA 2FBYA 1RT7A 4BWMA 3OYKA 3NAEA 4F2RA 1SV5A 1X1PA 3VQBA 3I0SA 1KFSA 4PQUA 1WNSA 3VQEA 4RW7A 1TKDA 4DSFA 5CZ2A 5HP1A 4FLTA 2ETJA 3AVNA 4CE9A 3NH1A 2HHQA 1W9HA 1TAUA 1HNVA 1RNHA 1XWLA 1IO2A 3NF8A 3SV4A 4I2QA 1XI1A 1SUQA 3QNOA 3V6DA 1S5JA 4J2AA 4L8RB 1ZBIA 1TL3A 3QEPA 3U6FA 2HHWA 4CJ4A 4F2SA 1R0AA 2VG6A 4AHUA 3V9ZA 4B8CA 3OYHA 4E7LA 1J5OA 4FJ8A 2FC0A 1YTAA 4NYFA 4E1NA 5J2NA 3H08A 1UOCA 3SQ4A 3MXIA 3T3FA 1GOAA 4HVJA 4CGJA 4DSEA 3ZT3A 3TI0A 3KTQA 3MXJA 4OKJA 3PV8A 4BE2A 1RILA 3KD5E 4ELVA 1RT1A 3HYFA 4M3TA 1YTUA 3CFOA 3F73A 3G10A 3PUFA 4K8XA 2P51A 5KRTA 1GOCA 4B9VA 4AHTA 1WSGA 1ZBHA 4E7KA 3CG7A 1ASVA 2WONA 1RBUA 3VQCA 5C42A 1QS4A 1QHTA 4CHZA 4DF8A 3ZSYA 3U3YA 2HHTA 3ZT0A 4CGHA 4QAGA 2DFHA 1NK8A 4ZTJA 3AO3A 3KLHA 1WN7A 4CJQA 4KI6A 2D0BA 4ELTA 4NYNA 4N76A 4FLXA 1ZYQA 4G1QA 2D0CA 3ASMA 3S3OA 3NCIA 2FBVA 3AVFA 3OYEA 4C8OA 4ELUA 4KB0A 1S9GA 2AJQA 2DY4A 5FRNA 1IG9A 1J54A 1A5XA 1BCOA 1Q9YA 1RT4A 3HVRA 3TABA 4DS4A 3RMBA 5D3GA 1KTQA 1VSKA 4Y1DA 4M3XA 2ZE2A 3HPOA 2HHXA 2KW4A 3UIQA 1KRPA 4CF0A 3LP2A 3V9SA 2HNYA 3AO2A 4B08A 2KFZA 1VSEA 1RBSA 4BE1A 1RTDA 2OA8A 4B8AB 3V1RA 4DLEA 2VG5A 1UWBA 3QEXA 5I42A 3L3VA 3DLHA 1NK6A 2HVIA 3SYZA 4O44A 4PWDA 2KFNA 1NK9A 4HTUA 3DOLA 4I9QA 3NE6A 4DSKA 4B9NA 3K5NA 4E7IA 1SKSA 3K5MA 5T7BA 2YNGA 4RW4A 4CHQA 2NUBA 3C6UA 4KTZA 1EX4A 4CGIA 3OYJA 3NH0A 1RBVA 5C25A 2G8VA 1LWCA 1ZBFA 4YFUA 3L2WA 2XY5A 5CYMA 4Z4IA 1TV6A 1J9AA 1KCFA 4KKOA 1RBRA 1RT5A 3OYIA 4CESA 4FM1A 4K8ZA 3K57A 4BDZA 2R7YA 3QEIA 3VN5A 1VSDA 2LSNA 4CFDA 3JSMA 3QERA 2ATQA 3KJVA 4CJPA 3QLHA 4DQIA 4BDYA 4J2DA 2D0AA 4DTSA 4CEAA 3AVIA 1HNIA 2EHGA 3WNHA 1WSFA 3MECA 3ZT1A 3SPYA 1QSLA 3L2QA 4KAZA 3RR7A 3PO5A 1BISA 4M3RA 3AVLA 4FJLA 3KK3A 3I8DA 4CIFA 3MXMA 1WLJA 3RRGA 4N56A 3ZSRA 3OYGA 1C0TA 3IRXA 3OVNA 3NDKA 4LSNA 4FVMA 3V4IA 3TAQA 2PYJA 1TVRA 4FJ9A 2FBTA 4DSLA 3LP1A 3OYNA 4OKEA 4RW6A 4GMJB 1JL1A 4DU3A 3PX4A 2XY8A 2OPPA 4FJ7A 3VA3A 4DWIA 1T7PA 3VQDA 3NH2A 4RG8A 4NCAA 3SJJA 4DSJA 3MEEA 3IAYA 2BANA 4M45A 5DMRA 4FLWA 1XHZA 2Q3SA 3HL8A 4C8NA 3M8SA 2P5GA 4DTOA 4C8KA 4M3UA 4JRPA 4DSIA 5SWMA 1S1TA 1IKYA 1S1WA 4FW2A 3SZ2A 3HPGA 4FJJA 1NK0A 3HPHA 4B9TA 1GOBA 4ID5A 2RPIA 3DRSA 4IG0A 3ZCMA 4O0IA 1C1CA 1VSLA 4HUFA 4DF4A 4KHQA 4FZZA 1BCMA 3TR8A 1RT2A 3C95A 1S6PA 1N6QA 3DLEA 3RRHA 4FJXA 4OJRA 2QXFA 4FM2A 4CHYA 2YHAA 3V9XA 3SPZA 3T19A 4H4MA 4CEOA 5KGXA 1N5YA 4AILC 4Q0BA 1QSSA 1HRHA 1WAFA 3LANA 1L3TA 1LAWA 2HMIA 2P5OA 4FZYA 4M3WA 4KTWA 1D9DA 4CFBA 3DM2A 4OPKA 1D8YA 4RW9A 2O4IA 4I9LA 3NHGA 4DFKA 1C0UA 4CCHA 1VRTA 3AVGA 5HRRA 3AA5X 1K6YA 1KVAA 3OYMA 2IAJA 4DTPA 1WSJA 4B9MA 5KRSA 4W5OA 3LDSA 4J2BA 3ZSZA 3QESA 3OYDA 3VQ5A 2OPSA 4RW8A 1IKVA 4W5QA 3SUQA 3ZSQA 2FBXA 2RKIA 3O3HA 1ZBLA 3NF9A 4M3ZA 3BGRA 5CZ1A 3JYTA 4M42A 1B92A 1L3SA 2PY5A 5I3UA 1VRUA 2HNZA 3OS1A 1DTQA 3LPTA 5CY4A 3DLRA 3L2VA 1L5UA 5K14A 5FROA 4CEBA 4FK4A 2B5JA 1DTTA 3AVKA 1SKWA 1A5WA 3TAFA 1TKXA 4HUGA 4AHSA 1FXXA 1CZBA 1LW2A 3B6OA 3F9KA 3KLFA 4CEEA 4R5PA 4CK3A 3EYZA 3RMAA 3K5LA 1BIZA 3HXMA 3CFPA 1U04A 2X74A 4JS4A 4W5TA 4OLAA 1LWFA 4AHRA 3A2FA 2OYQA 3OJUA 3QINA 2PZSA 4DQPA 4OLBA 1S6QA 3FFIA 3SQ1A 1JLQA 1B9DA 1JLFA 4JLHA 4W5RA 2BDPA 1LW0A 5E41A 2XY6A 4F8RA 4DQSA 2A1SA 4DTXA 1JLGA 1IKXA 1VSMA 1Z25A 3LAMA 1D9FA 3NGIA 3S3NA 3V9WA 4TSXA 3TANA 4MFBA 3ZSXA 3D0PA 3L8BA 4DFJA 4FLZA 3AVCA 3RMDA 1C1AA 3OY9A 1B9FA 2G8FA 4FLYA 1ASWA 1RT6A 1A5VA 3RWUA 4IG3A 4IFYA 4GVMA 3ALYA 2GBZA 3LP3A 1D5AA 4Z4GA 3HM9A 2X6SA 3TAPA 3AVAA 1RT3A 1LWEA 4E19A 4KTQA 2KZMA 4E0DA 2F8SA 1RDBA 4CEDA 4J2EA 1CLQA 3KD1E 4DTNA 3KKSA 4DU1A 4DTUA 3KK2A 1RTHA 2QKKA 4NCBA 2KTQA 3VQ4A 2XO7A 4CJTA 4NCGA 4DQQA 4N41A 1XHXA 1CXUA 1BI4A 3D45A 3MEDA 1U49A 1X9WA 1TK0A 1Y97A 1TKTA 2VWJA 4B9UA 4LSLA 4CJWA 3C6TA 4EP5A 1CZ9A 4CGGA 3HT3A 4CGFA 3M8PA 4AH9A 4CEQA 5KI6A 4CF2A 1HYVA 2YNHA 3SNNA 3V9UA 3AVHA 4DQRA 4JRQA 1Q9XA 5HBMA 3VQ8A 4CEFA 3VQ6A 4CK1A 1JLEA 2A1RA 3HP9A 1HMVA 3DYAA 4CFAA 2O4GA 2Y1IA 4C8LA 1EP4A 2YNIA 4CIEA 4FJHA 3B6PA 2P1JA 4C8MA 4UQGA 4EZ6A 3VA0A 2GUIA 3PX6A 4KRFA 1MU2A 1HQUA 3OS0A 2IGIA 1FKOA 1C6VA 3LALA 3U3GA 3WNGA 4CF9A 4CJEA 3M8RA 2HVHA 4CJ3A 3PY8A 4H4OA 4IFVA 4CF8A 3MEGA 4HUEA 1KLNA 1S9EA 1EXQA 3P5JA 4KFBA 4M41A 3SUNA 4F4KA 2VWKA 1U45A 4PA1A 4I7FA 1WSHA 3ZSVA 4CECA 4OGCA 4E1MA 3OYLA 3LZJA 3SUPA 3SQ0A 1RBTA 5HLFA 1BHLA 4Z4CA 4HHTA 1NK7A 3QO9A 4KHWA 4O0JA 1NOYA 4B9SA 2KQ2A 3WNEA 4CF1A 3CM5A 2G8IA 3ISNC 3WNFA 3SUOA 1EETA 4OKKA 3K5OA 4DFMA 1SL0A 4W5NA 2IOCA 4CHNA 4GW6A 3TARA 1TK8A 2EX3A 3QETA 3OS2A 2F8TA 1F21A 2Z1IA 3TAMA 1YVUA 3AVBA 4ICLA 1NJWA 4Z4EA 3LWLA 4FYDA 1SL2A 2B4JA 3EY1A 1NKCA 4KHYA 2Z1HA 2YNFA 4BDPA 5C24A 4E3SA 5J2PA 2G8WA 1S1UA 4KREA 1TKZA 1BGXT 4KPYA 3AO1A 3KKRA 4FXDA 4CJFA 3OYFA 4KHNA 1UAXA 4CHPA 4KHUA 1JL2A 1BQNA 3ZSWA 4CJKA 3LZIA 1HJRA 3ITHA 2G8UA 1FKPA 1QQCA 4Z4HA 1JLBA 1KFDA 2ZQBA 3HJFA 4CJUA 4JS5A 3BDPA 4DFPA 2BE2A 3HO1A 4H8KA 1JXEA 2YHBA 3C94A 3V1QA 3AV9A 3K2PA 1NK4A 4DLGA 4LH5A 1QTMA 1I3AA 3QEVA 3RTVA 1JLAA 1HYZA 1VK0A 2YV0X 4FW1A 4ID1A 4CJSA 3V1OA 2G8KA 1BI4B 1UA1A 3L2UA 4N47A 2QK9A 2ITGA 5FDLA 1VSJA 1YT3A 2GV9A 4F3TA 4FK0A 5KGWA 3CFRA 3AVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T44A 1WAJA 3H1VX 2RE2A 4GKKK 1EQYA 1WBBA 2W42A 5SZTA 1G99A 2IDOA 2W41A 1I39A 4FCYA 3I8BA 3DLBA 2BUPA 1T05A 4M3YA 3VESA 4YOXA 1RCHA 4FWNA 4ZHRA 2P9UA 5F1XA 1NJXA 4DG1A 1RDCA 3SV3A 2DFFA 1NLVA 2OZSA 3TWHA 4B9LA 4IDKA 3ZSOA 4ZTFA 2VG7A 4BGBA 5J2MA 3CYMA 3NF7A 1KXPA 1TYQB 1WB9A 1V4SA 4H5VA 4B1VA 1O1WA 3L2RA 2JWLA 1KVCA 1X9SA 2Z1GA 3FR0A 2IS3A 3VQPA 2QI2A 1ASUA 4QS7A 1TAQA 1NJYA 3VQQA 5FRMA 2OANA 4DTRA 3THVA 4LD0A 1U4BA 3BZCA 4H0TB 4OVLA 1OH8A 1C1BA 4DTJA 3OYAA 5DK5A 1TK5A 3CM6A 4KI4A 1JLCA 4A61A 1X9MA 3JXUA 3O3GA 3ZYYX 1G15A 5J2QA 4JEPA 2E88A 3OYCA 3VQ7A 3WT0A 2YKMA 5MLCQ 4FJKA 2CH6A 3V81A 2F4VK 3L3UA 1IH7A 4AHVA 3ZT4A 4AQYK 1XNRK 4XH5A 4B3MK 4FZXC 3AO5A 2PYLA 4KO0A 4BRMA 4BACA 4FK2A 3PX0A 3HTVA 5B8HA 3UKRA 4CHOA 3JAMO 5IWAK 3KLEA 1VQ8N 1U47A 4KH5A 1N36K 4Y1CA 3LP0A 3K58A 4FJNA 3DI6A 3KIOA 4NXNK 1VQPN 3W3DA 3C7NA 3WQUA 5CHIA 3O1BA 3EN9A 4CJRA 4EZ9A 2UUCK 3FZLA 1KSPA 3TSPA 3TAEA 1RDAA 4JKDA 3R8EA 1NM1A 4JK7A 3NAEA 4BRFA 4IO9L 2VYPA 3VEVA 3QFPA 4PQUA 1GLBG 5JLHA 4DSFA 5CZ2A 3U9ZA 1HR0K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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