3HSTB

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
SVKVVIEADGGSRGNPGPAGYGAVVWTADHSTVLAESKQAIGRATNNVAEYRGLIAGLDDAVKLGATEAAVLMDSKLVVEQMSGRWKVKHPDLLKLYVQAQALASQFRRINYEWVPRARNTYADRLANDAMDAAAQSAA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS1 (2-11)AH4 (119-136)AH1 (45-63)TIV1 (11-14)TIV2 (12-15)S2 (16-26)TI1 (26-29)S3 (32-43)AH2 (75-82)S5 (108-113)TIV4 (83-86)AH3 (90-104)3H1 (116-118)TVIII2 (106-109)S4 (67-72)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k-12
publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 45
structure length 139
sequence length 139
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hstB00
4K8ZA 5KGXA 1EKEA 4DF8A 3ZSZA 2ITGA 4BWMA 3DMJA 3RR7A 4CERA 3L3VA 1LW0A 3AO2A 1QE1A 1NK4A 3SPYA 2ZQBA 5DK5A 4M3WA 4FM2A 5HP1A 2HHUA 1IKWA 4F2SA 3LZJA 2YNIA 1Z26A 4FLYA 1RT3A 4AHCA 5FRMA 3VQCA 1HNIA 3ZT0A 4CEEA 4ZHRA 1TAUA 4CK3A 1BL3A 1KLMA 1RCHA 3WNFA 3CM5A 3CYMA 2BE2A 4MFBA 2BANA 4CGHA 1JLAA 2G8VA 2B4JA 2YNFA 3KLIA 3V81A 3SPZA 4I9QA 1ZBIA 4CFBA 3JYTA 1JLGA 3OVNA 4WE1A 1HMVA 2YNHA 5C24A 3G10A 4LY7A 1RT5A 1Y97A 3L2RA 3V1QA 5SZTA 4CCHA 4FJ9A 3OJSA 2IS3A 4DQSA 3EYZA 4C8LA 1WLJA 3AVHA 1L3SA 4M3YA 3KKSA 4B8CA 1WAJA 1A5WA 3ZCMA 1LW2A 4OGCA 1VSMA 3PX6A 3S9HA 4YNQA 1XC9A 2GUIA 2HVHA 1BCOA 4RW4A 3U3YA 1FK9A 1NK5A 3O3HA 1S6PA 4XIUA 1S1WA 3S3MA 3TAQA 4Z0UA 3ZT4A 1VSEA 4HVJA 1BHLA 4CJUA 3DOLA 3ZSRA 1JLBA 3LP3A 4ID1A 3AVFA 4CJQA 4Q5VA 3HXMA 3NCIA 2Y1JA 2IAJA 4PQUA 4J2BA 2KQ2A 2P51A 3JSMA 4FLZA 4I2PA 1Z25A 4H4OA 3C94A 4OJRA 1NKEA 4F4KA 3HYFA 1RTDA 1WSHA 3ZSWA 1VSLA 3ZSVA 4CF9A 1TGOA 4TSXA 4OKEA 3AVAA 1UA1A 1JXBA 3SQ4A 2G8UA 4F3OA 1U47A 1HPZA 3HP9A 1TKZA 4DTNA 4ZTJA 3SZ2A 1VK0A 4N5SA 3U6FA 3HSTB 5KRSA 3V1RA 3SUNA 4FZZA 3DI6A 1SKSA 1NK6A 1QSLA 2G8HA 2D0BA 4C8OA 4BE2A 4E1NA 3C6TA 3TR8A 4DU1A 1ASWA 1C0MA 2BDPA 3AO3A 4AHUA 1UAXA 3V9XA 4FJGA 3AVLA 3V1OA 1R0AA 3SV3A 3VA0A 4W5RA 3DLGA 3UIQA 2QKBA 3HO1A 4KAZA 1D9FA 3NH0A 3OYFA 3KLFA 3OYNA 4FJJA 4KTQA 1YT3A 3TAGA 3KK2A 3P83D 4OVLA 1RT6A 4FJMA 4FYDA 3V6DA 1ZBLA 2IOCA 3L8BA 3NF6A 1W0HA 3KLHA 3AA3A 1REVA 2A1RA 1JLCA 3O3GA 1TKDA 3O4QA 3SUPA 4FJKA 2P5GA 4DLEA 2IGIA 1CXQA 4CIFA 4KI4A 3CG7A 2KFZA 4ZTFA 4GW6A 3OS0A 3DLHA 2QXFA 2RPIA 3PV8A 5EU7A 1T7PA 1I39A 4YFUA 2HHQA 3KD1E 3L2UA 1IH7A 1RNHA 1RBVA 3BGRA 3SI6A 1NJXA 1A5VA 4DFPA 2HVIA 2XY6A 3AVNA 5HRRA 3QIPA 3VQAA 1D9DA 3TABA 4FJ8A 3ZSYA 3L2WA 2Q3SA 3LALA 5CZ2A 1IO2A 1CLQA 4DSEA 3K57A 4B3OA 1BISA 1A5XA 4CHPA 4CHOA 3HP6A 2YV0X 5SWMA 3H08A 3M8QA 1J53A 1I3AA 4LSLA 4H8KA 4B08A 1NJWA 2HHSA 4DTOA 5FDLA 1QHTA 1QSSA 5E41A 4DTUA 4F2RA 3V9SA 3L2VA 1WAFA 3MXMA 3L3UA 3VQQA 1LWCA 3PY8A 4W5NA 3LAKA 4LSNA 4M3TA 2HMIA 2PZSA 3TWHA 4CEZA 2OA8A 3P1GA 1EXQA 4DTXA 3MECA 4FLTA 2F96A 4B9SA 3D45A 3MXIA 5HROA 4CJPA 4NYNA 4C8NA 3HPGA 4DF4A 2WOMA 1RILA 4Q0BA 3DYAA 2ZE2A 4FLUA 2HB5A 4FK2A 5KGWA 1B92A 4CEFA 1KFSA 3OS1A 2Z1IA 4NCGA 1L5UA 1VSHA 1WNSA 2E6LA 2HW3A 1G15A 1J54A 1QQCA 3IRXA 3K2PA 4DTRA 3ULDA 3NFAA 1RBRA 3QERA 4FW1A 3TANA 3KK3A 1XI1A 4N76A 1DTQA 3QNOA 1SKRA 4FW2A 5JS1A 3CM6A 1KLNA 2G8KA 1RT7A 3SQ2A 1BIZA 1VRUA 4DFJA 4OLAA 3ASMA 3OYEA 4E1MA 1XHZA 2OZSA 4CJWA 3ZSQA 1J5OA 1BQNA 1L3VA 2KZMA 1S1UA 4M45A 4DSIA 3SV4A 1RTHA 1T05A 3RMDA 4CJKA 3NDKA 3DRSA 1MU2A 3LDSA 4O5BA 2OPSA 3AO4A 1BQMA 3AVCA 4CJ3A 3DOKA 1HYSA 4DQRA 3VA3A 3FFIA 4FJ5A 3I0SA 1C0UA 3VQPA 4RW9A 4CHNA 1VSFA 5JS2A 4CEDA 1HYZA 2JLEA 4DU4A 1NKCA 3RRGA 4DWIA 4EZ9A 4EP5A 3HJFA 1GOBA 3HK2A 3AO5A 4OLBA 4CFDA 1U04A 2X78A 4DSLA 3G0ZA 2HHTA 3MEEA 4M3RA 1BGXT 1EETA 4G1QA 3HPHA 3IS9A 4O44A 2YNGA 4KPYA 3RWUA 2QK9A 3NH2A 3DRRA 3AA4A 4KREA 4Z4EA 3PX4A 1S5JA 3AVJA 4B9MA 3SQ0A 4DQQA 4PUOA 4M42A 2KTQA 1TKXA 1X9SA 1FXXA 2XRIA 3EY1A 1TAQA 2VG5A 1WN7A 2XO7A 4BACA 4KB1A 3V9ZA 4FXDA 1YTUA 4LH4A 3NF9A 4CEQA 1VSIA 4KI6A 2B6AA 4JS4A 3E01A 1EP4A 4FJLA 3I0RA 1KVBA 1LAWA 1VSJA 4O55A 5DMRA 3NH1A 4E7HA 5CY4A 2Z1JA 4CEBA 4E89A 2G8IA 2JGUA 3NF7A 4KHQA 1CXUA 3DLRA 3MEGA 3F73A 4BE1A 1SKWA 3OYDA 4CEOA 4ID5A 1KTQA 4DG1A 1C6VA 1S1XA 4KKOA 1RDCA 4LD0A 3SQ1A 3BDPA 4KHUA 1KSPA 4CHYA 2FBYA 1DTTA 2XY7A 3OYBA 1VRTA 1HNVA 2Z1HA 4CJSA 1SL2A 4MQ3A 5HLFA 3OYHA 2ATQA 4HCBA 3U3GA 4KHYA 1F21A 4B8AB 3VN5A 3RRHA 2HNZA 3C6UA 4RG8A 4DTJA 4B9UA 2DTUA 4CIGA 1TVRA 2YKNA 1RBUA 3QEWA 1JL1A 3EZ5A 4L8RB 1O1WA 1TK0A 4KO0A 2HHWA 3LZIA 5K14A 3KJVA 4FJNA 4C8KA 3QIOA 1UOCA 1RDAA 3S3NA 1NOYA 2BGGA 4PY5A 4BDPA 3SUQA 4FK4A 4CHQA 1TL3A 1KCFA 1C0TA 3A2FA 3V4IA 2D0CA 3KKRA 5T7BA 3VQDA 1NK7A 3K58A 3KTQA 3OYGA 3PO5A 3NHGA 1HQEA 1DLOA 3VQ8A 3AA2A 4AHTA 3CQ8A 1QSYA 4F3TA 1QS4A 4OGEA 1JLEA 1GOCA 1KRPA 2QKKA 1CZ9A 3ZT3A 3OYAA 2YKMA 2AJQA 3K5LA 3ITHA 2ETJA 3THVA 1RTJA 4JLHA 1S6QA 4E3SA 3HPOA 1NJYA 4KHWA 4CF0A 2GV9A 3WNGA 3SUOA 1NKBA 4PWDA 2RN2A 1ASUA 4N47A 4IDKA 4FLWA 4E7IA 2W42A 3ZSOA 3TAEA 1SL1A 3T1AA 4DTSA 4KB0A 4RW7A 2O4IA 3B6PA 4K8XA 4OKKA 1LWEA 3QLHA 3SJJA 4ELVA 1LV5A 1IKVA 4NYFA 4FCYA 1X9MA 3QEPA 3S3OA 1SL0A 4CJTA 3I8DA 4FM1A 2X6SA 1Q8IA 4B9VA 4CHZA 2HHVA 2D5RA 3KLGA 5J2QA 3K5MA 4AHVA 3MAQA 5FRNA 2FBVA 4JRQA 1HJRA 5I42A 2F8SA 1WSFA 3AO1A 4AHSA 4CJLA 1HRHA 1S1TA 1RDDA 5CYMA 3HVRA 5J2PA 3O3FA 2RKIA 3LANA 3VQ4A 4HTUA 4HUEA 2DFEA 4GVMA 2YHAA 1Q9XA 1FKOA 1HQUA 1RT1A 4CGJA 3KK1A 3CFPA 4HUGA 3T19A 2VWKA 1IG9A 2LSNA 4BDYA 5J1EA 4ELUA 1ZBHA 4DU3A 1CZBA 1RBTA 3RTVA 1BI4B 2A1SA 1L3UA 2PY5A 3CFRA 3QO9A 4FLVA 4B9NA 4CJ5A 4O0JA 1VSDA 3QETA 3VQBA 4CEAA 3QINA 1KVCA 1X1PA 3ZSXA 4BDZA 1N5YA 5D3GA 4GMJB 1WSGA 1XWLA 4KV8A 4IG3A 2R7YA 3NBPA 4PA1A 2NUBA 5C42A 3L2QA 4IG0A 3TARA 2EHGA 1W9HA 3DLEA 1N6QA 4CJ4A 1B9DA 3QESA 3SCXA 2P5OA 4DS4A 4CE9A 1EX4A 3SNNA 4CGIA 4IKFA 1C1AA 4J2AA 3NAEA 4N41A 3DLKA 2DFFA 4CFAA 4R5PA 4UQGA 3OYMA 3HT3A 2G8FA 2IDOA 1D5AA 2KZZA 2F8TA 3LPUA 1VSKA 3DM2A 4QCLA 3DRPA 1JLQA 3LWLA 4N56A 1RTIA 3OYCA 5HRSA 1SUQA 4HHTA 3LP0A 4Y1CA 2E6MA 4QAGA 4NCBA 4W5TA 4DLGA 3V9UA 1ASVA 4IFVA 3SYZA 3RR8A 4RW8A 3CFOA 1L3TA 4BE0A 5CZ1A 4CF8A 2KFNA 3VQ9A 4CJRA 1QTMA 3AVIA 2FBTA 2IC3A 1YVUA 3NE6A 4M41A 2P1JA 4CK2A 4KRFA 4M3XA 4CK1A 1BI4A 2XY5A 4E7JA 4OPKA 3PUFA 1U48A 2RF2A 4EP4A 3KIOA 3NF8A 1LAVA 3NGZA 3LP2A 5HRNA 3KD5E 4OKJA 1C1BA 4ICLA 2O4GA 3D0PA 1FKPA 2YHBA 4FM0A 1ZYQA 1X9WA 4B9TA 3LP1A 4O4GA 1T8EA 1TKTA 2B5JA 4Z4HA 4HUFA 3QEVA 2HNDA 3LWMA 2VG7A 2GBZA 3TAPA 4F8RA 3AVKA 2OPQA 3AV9A 2VWJA 3DLBA 1J9AA 3O4NA 4KFBA 1ZBFA 2FC0A 3MEDA 3LPTA 4AILC 3F9KA 1NK0A 4CECA 3IAYA 4DTPA 1D8YA 3AVMA 3VQ5A 4E0DA 4CGDA 1T03A 2OYQA 4Y1DA 2FBXA 1TV6A 2I5JA 3AVBA 2Y1IA 1JXEA 1LWFA 2X74A 1U49A 1RDBA 1UA0A 4EZ6A 4FJIA 4IBNA 3OS2A 1U45A 1TL1A 4ELTA 4AHRA 3WNEA 1IKXA 1ITGA 4CESA 2OZMA 1B9FA 3MXJA 1K6YA 4KTWA 1UWBA 1SV5A 4DQIA 5J2MA 1YTAA 3V9WA 2PYLA 4CIEA 2E4LA 3ISNC 3B6OA 4FK0A 3M8SA 3VQ6A 4J2EA 1S9GA 3HL8A 4W5OA 5HRPA 3OYLA 3QEIA 4H4MA 1TK5A 4J2DA 3T3FA 4JRPA 3C95A 3WNHA 5KRTA 1RT2A 3VQEA 4DSKA 2Z1GA 1HYVA 1NK8A 4CGGA 3QNNA 5HBMA 1KFDA 3OYJA 3M8PA 3PX0A 3HM9A 2HNYA 4NCAA 2WONA 4DMNA 3TI0A 2VG6A 4FVMA 3OJUA 3ZT1A 3K5NA 1NOZA 4FLXA 4E7KA 4RW6A 4CJEA 4DFKA 1RT4A 4QOZB 1WSJA 4DFMA 3TAFA 1WSIA 5C25A 3VQ7A 5J2NA 1S1VA 4CJFA 4DS5A 1JKHA 2OPPA 4KHNA 4KHSA 4DTMA 2X6NA 5FROA 3M8RA 1IKYA 3AVGA 4C8MA 3ZT2A 2G8WA 2PYJA 3OYKA 5KI6A 1NJZA 4E19A 1NK9A 1JLFA 4Z4FA 1JL2A 2DY4A 4BWJA 4KTZA 4LH5A 3RMAA 4Z4GA 4HCCA 2EX3A 2XY8A 1TK8A 1C1CA 3OYIA 3NGYA 3QEXA 4W5QA 4CFCA 1KVAA 1RBSA 3RMBA 3IG1A 4OPJA 3NGIA 4FJHA 4Z4IA 4I2QA 4I7FA 5CYQA 4CF2A 4E7LA 5I3UA 4O0IA 3LAMA 4IFYA 3KLEA 4FZXC 1Q9YA 3OY9A 3P5JA 4Z4CA 3RMCA 4M3UA 1U4BA 4FJXA 1GOAA 4DSJA 3PO4A 2OPRA 1BIUA 4FZYA 2DFHA 1XHXA 4CJVA 4DSFA 3TAMA 3AA5X 2XHBA 2HHXA 1WSEA 2KW4A 4I9LA 5KTQA 4DQPA 1BCMA 4JS5A 4M3ZA 4FJ7A 4CF1A 3ALYA 3K5OA 3K59A 1ZBUA 2D0AA 4AH9A 4CGFA 4B9LA 2ZD1A 3HVTA 1S9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGXA 1EKEA 4BREA 2P9NA 1LW0A 2DPNA 5BR9A 5DK5A 1GLLO 4FM2A 4F2SA 3ZX0A 4FLYA 4AHCA 5FRMA 3P4IA 4CEEA 4A5BA 4ZHRA 1IV0A 4BR9A 1BL3A 4CK3A 5LMUK 4MFBA 2G8VA 1JLAA 3PLAA 2CGLA 1ZBIA 4JD2A 3JYTA 4BQZA 2YNHA 5C0YA 4BC4A 1G99A 3OJSA 4X66K 4BRCA 3EYZA 3KKSA 4B8CA 3ZCMA 2YJEA 4OGCA 1VSMA 3TSPA 3HM8A 1BCOA 4LFCK 2ASOA 3S3MA 3ZT4A 2NRRA 5AQFA 1W97L 2W6LA 4JAXA 3DOLA 5BN8A 3A5NC 3LP3A 4NLCA 3NCIA 2O8FB 4H4OA 2P9SB 4BR2A 4F4KA 4JKAA 1SS6A 1VSLA 1TYQB 4M63C 1TGOA 2E1ZA 4O8KA 1HPZA 3HP9A 4DTNA 3SZ2A 1VK0A 3U6FA 3J7YP 5KRSA 4FZZA 3CI5A 1QSLA 3KK7A 2G8HA 4C8OA 3ENBA 3TR8A 3D6RA 2BDPA 4AHUA 1P90A 2RHKA 4FJGA 2GX9A 5AJ3K 1R0AA 4W5RA 1Q7YO 1D9FA 5BRHA 3TAGA 1NGGA 1N36K 5GINA 1REVA 1JLCA 3D2EB 3O4QA 4FJKA 3G25A 2IGIA 2QTDA 5AQWA 2QXFA 3PV8A 5EU7A 1T7PA 3T69A 4YFUA 1K8AO 3KD1E 2P9SA 4GY2B 1RNHA 1RBVA 2O8EB 3SI6A 1NJXA 1A5VA 4DFPA 1P8ZA 1D9DA 3ZSYA 3L2WA 2QWMA 1OH8A 3HP6A 3F9MA 4DCHA 2UXDK 3H08A 1J53A 1EQYA 4DTOA 5FDLA 1HX1A 3BUZB 3N4PA 3O1BA 4F2RA 3V9SA 3CETA 3H3OB 4JV5K 3VQQA 1LWCA 4QS7A 4W5NA 4LSNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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