3HTVA

Crystal structure of d-allose kinase (np_418508.1) from escherichia coli k12 at 1.95 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
300
structure length
279
Chain Sequence
KQHNVVAGVDMGATHIRFCLRTAEGETLHCEKKRTAEVIAPGLVSGIGEMIDEQLRRFNARCHGLVMGFPALVSKDKRTIISTPNLPLTAADLYDLADKLENTLNCPVEFSRDVNLQLSWDVVENRLTQQLVLAAYLGTGMGFAVWMNGAPWTGAHGVAGEETNCSGMALRRWYEQQPRNYPLRDLFVHAENAPFVQSLLENAARAIATSINLFDPDAVILGGGVMDMPAFPRETLVAMTQKYLRRPLPHQVVRFIAASSSDFNGAQGAAILAHQRFLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of D-allose kinase (NP_418508.1) from ESCHERICHIA COLI K12 at 1.95 A resolution
rcsb
molecule keywords D-allose kinase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli k-12
total genus 82
structure length 279
sequence length 300
ec nomenclature ec 2.7.1.55: Allose kinase.
pdb deposition date 2009-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3htvA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3htvA01
2EWSA 1K8KA 3UKRA 3DWLA 4FOIA 3SK3A 4DHYA 2P9SB 4M7XA 2CH6A 4CI6A 3H46O 4XH4A 5AQHA 3TPQA 5AQXA 4DCHA 4B1VA 2GWJA 3VGLA 2E8AA 2FF3B 2QWPA 4JD2A 3HSCA 4O5FA 3VEYA 2D0OA 2IVOA 4ISFA 3CJ7A 4H5WA 1BA1A 1Q18A 3QDKA 3WT0A 5ADXA 2QW9A 5JMVA 2QWLA 4Z94A 3ULEB 1NGHA 3BUZB 1Z6RA 5AQKA 3VEOA 4ISGA 3FLCO 4BRKA 4JN4A 4H0TB 3VESA 3VOVA 3IFRA 4BREA 1U2VA 4WQ5A 3GG4A 5FPDA 3SMSA 1NGJA 4XH1A 3SMPA 5CE3A 4H03B 1V4TA 2E2QA 4C23A 1XQSC 5AQZA 4BQZA 4B1ZA 3AAQA 4H0OA 2P9KB 2E2NA 3VETA 5KPTA 5E26A 5JICA 3VGKA 4FWLA 4PKHA 4DQ8A 4JHDA 1TUYA 1C0FA 1HPMA 1QHAA 4CZEA 1HJOA 1X9JA 4M63C 4B1YB 4BRFA 3H3NO 4MO4A 1RDWX 3A8YA 2WUSA 5KPRA 3EN9A 3FZLA 1QZ5A 1NGBA 3WXJA 4WYBA 4IWVA 2A5XA 4FO0A 4IJAA 5FPEA 1T44A 4BRCA 3LDQA 4BRQA 2IVPA 3O1BA 1NLVA 3W0LA 3D2FA 2Q2RA 2ASOA 1P8ZA 4CZHA 1GLFO 3D2EB 4YDUC 3KHYA 2PAVA 2GWKA 3VERA 4BG8A 2YJEA 3A0IX 3O1WA 3QB0A 2VWBA 5BREA 3CJ9A 3GOIA 2QWMA 1SQKA 3R6MA 1Y64A 4NO7A 1GLAG 3MCPA 3LDPA 2PBDA 1ATNA 1DEJA 5KPZA 1NMDA 2D4WA 3M6GA 2CH5A 4BRDA 3WQTA 5BRDA 3L4IA 3QFPA 3QICA 3IDHA 5EOYA 2CGKA 4H0VB 1IG8A 4BRAA 3QBXA 2P9PA 2NZTA 3C7NB 3WXLA 2YJFA 4A61A 4K43A 2QWOA 3CQYA 4FSVA 4NB4A 1BUPA 4BRHA 5EVZA 2A6AA 5JLFA 2HF4A 1NGFA 2P9PB 1GLDG 2P9SA 4H5NA 1HKGA 1ZC6A 2AA4A 1GLCG 2E20A 3ZX3A 4FWKA 2J4RA 3RSEB 3M1FA 4CZLA 3C0BA 3FZHA 2W40A 4PKIA 3SJHA 4ISEA 3SLCA 5BN8A 2ZGYA 2CGLA 5AQOA 1BG3A 1XUPO 1T6DA 4MLEA 3U9DA 4FWPA 2QWRA 5AZJB 4BR0A 5BRFA 2IVNA 1DKGD 3A5MC 5TKYA 1TYQB 3ULEA 3WXKA 2I7NA 2E2OA 3ENOA 4HWIA 1H1VA 4MO5A 3CQXA 3MK6A 1BU6O 3H1VX 3FZKA 5AQQA 4IXCA 2QXLA 3FGUA 2P9IB 3CJBA 3DXMB 3VPZA 4K25A 2ZWHA 4FWOA 2GELA 5ELZA 3O5BA 2ASMA 3F9MA 3ZX2A 4WQ4C 2Q0RA 2P9KA 1WOQA 3O4WA 5AQVA 2YCHA 1RGIA 3CETA 1SZ2A 3JXUA 3B8AX 1U6ZA 1NGIA 1NBWA 4JAXA 4B1XB 4CBXA 5BPNA 4CZGA 1MWMA 2FXUA 2HMPA 4CD1A 3UE5A 1S3XA 3QFUA 1WUAA 4CBUA 1MDUB 5EXWA 3LM2A 1HX1A 1XC3A 3R9PA 4BRIA 4IO8A 2I7PA 1KAXA 2FF6A 1KXPA 2V51B 5AQWA 5AQLA 3VF6A 3A5NC 4CZIA 2FLOA 3U4LA 1IJJA 3BF1A 1JCGA 4AM6A 1HKCA 4BRGA 4L3QA 2D0PA 3MMVA 1BDGA 4GNIA 1NGEA 3D2EA 3EKUA 4QS9A 1ZBSA 2FSJA 1DGKN 3KZBA 4K42A 4MLHA 3VEVA 1BWFO 3CHWA 3L6QA 4E1JA 4BRLA 3H1QA 4CZKA 2BTFA 3DXKB 1GLBG 4FL9A 2BUPA 4EFHA 3HTVA 5ADXH 2Q31A 5AQRA 4BROA 4BR7A 4RCHA 4B1WB 2P9UB 3IMXA 3TU5A 2A41A 3ENHA 3EL2A 3CI5A 2D1KA 4WQ4A 3FE1A 4BRNA 3FFKB 5B8HA 5BR9A 2YHXA 5F0XA 5JLHA 3C7NA 1QQOA 2QM1A 1ZXOA 1OKJA 1JCFA 2F9TA 1MA9B 3HI0A 1EQYA 2VYPA 4BG9A 4CJ7A 4RTFD 4BGBA 4BR4A 3M3ZA 2P9LB 4BC5A 1NM1A 3RSEA 3O08A 4BGAA 2VCPA 4BC4A 4FWNA 3H45C 4IJNA 2V52B 1NWKA 3HBTA 5F2RA 3VEZA 1BA0A 1SAZA 4BR2A 1QZ6A 2Q0UA 5EX5A 1QQNA 1BOTO 1RFQA 3EO3A 3ZEUB 5AZJA 1MWKA 3VF4A 1TYQA 2KHOA 3WUHA 3QMLA 2Q97A 4FPAA 3U8XA 3H6EA 4F9OA 4J8FA 2QWNA 5FPMA 1JCEA 3CERA 2IIRA 2ZGZA 4BC2A 1HKBA 3O6WA 4I6MB 2P9IA 3LDOA 3DXMA 1GLEG 4KBOA 4FWQA 3AY9A 3UKUB 2ZF5O 1S22A 4YDUA 2P9NB 1ATSA 4CZFA 3WEEB 4EHTA 4PL8A 3ATUA 4BVOA 4EHUA 4CZMA 3U9ZA 2E88A 1NGGA 4JNEA 1GLLO 4B9QA 4EAHD 2F9WA 1LCUA 3ZETB 3H3OB 1G99A 3ATVA 2E1YA 3GE1A 3HM8A 5I9EB 1X3MA 5AZIB 2OANA 3CJAA 1YUWA 4QS8A 3ZX0A 1K8KB 2V7ZA 2YHYA 3UKRB 3MDQA 3L0QA 1Z05A 3FR0A 5AQJA 5LJWA 5AQTA 2QWQA 3A5LC 2A42A 4QS7A 3LDLA 4Y0WA 5AR0A 3BEXA 4BRMA 1NGDA 4JD2B 1ATRA 4IZ9A 3O80A 4A2AA 2A3ZA 4HTLA 2AP1A 3MN5A 4CD3A 2W41A 1R59O 3FZFA 5BPLA 3VEWA 3WXIA 3FZMA 5E84A 3VENA 4BQLA 5AFUA 1NGCA 4H5RA 5F1XA 1E4FT 5KQDA 3G25A 1J6ZA 5EY4A 1BO5O 3VF2A 3LM9A 3AAPA 4FWMA 2E2PA 3HZ6A 1E4GT 1U2VB 3GDQA 1T6CA 3WQUA 4A2BA 3DXKA 4K41A 2NRHA 4H0PA 5AQSA 5AQMA 3EKSA 4H5VA 4BC3A 2P9UA 2HF3A 3R8EA 4JHDB 3EZWA 3LL3A 4EIAA 4CZJA 5KQ8A 2GUPA 2H3GX 3VEXA 3CJ1A 3DAWA 2DPNA 1V4SA 3CIPA 4XH5A 4H5TA 5LY3A 2A40A 1GLJO 4XEIA 5LJVA 2V7YA 4GY2B 3GL1A 4A62A 2NLXA 3UB5A 1X3NA 5FPNA 1ESVA 3VGMA 1NGAA 4FOEA 2P9LA 3A5OC 4H0XB 1C0GA 5AQGA 1KAYA 3LDNA 5AQUA 3S41A 4CBWA 4DB3A 3D2FB 1LOTB 2YHWA 1CZAN 4BR5A 5BN9A 5AQNA 2HOEA 3D7EO 3O8MA 3ZEUA 3JS6A 2YI1A 4WQ5C 2Q1NA 2ASPA 1HLUA 3MN9A 3GBTA 4FWSA 3MN6A 5AQFA 2E1ZA 3AARA 1YAGA 2GEMA 1QQMA 3CJCA 5AFUH 4FPBA 4AM7A 4RWTA 4I6MA 1YVNA 1YXQA 5BRHA 2CGJA 3BP8A 3W3DA 4B1UB 4FWRA 5AQYA 4BVPA 4O8KA 3IUCA 1HUXA 3UKUA 4BR9A 2P9NA 2UYTA 4BRPA 3WEEA 1TUUA 2FSKA 3MN7A 3I33A 3BF3A 3I8BA 1KAZA 5AQIA 5BPMA 1D4XA 3DJCA 3QBWA 2ITMA 3ZETA 2FSNA 5AQPA 4H0YB 2GTDA 2Q36A 4LC9B 3P4IA 3OHRA 3KVGA 5AZIA 4PL7A 4PKGA 4M7YA 3J8AA 3ID8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJYA 1I39A 3DWLA 4PHTX 3SK3A 4M7XA 4YOVA 2HBLA 1J53A 3H46O 3TPQA 3NH1A 3NGIA 3VGLA 4ILHA 4FYDA 3OBYA 1TL3A 1XI1A 4H5WA 1Q18A 3WT0A 2QW9A 1JL2A 4KHYA 4IO9L 1KTQA 3DLHA 3BUZB 3OYHA 4DLEA 4ISGA 4OO1J 4JN4A 4YOYA 3RMBA 2KLAA 3V9ZA 4B9UA 4GKJK 3PV8A 4XH1A 5CE3A 3ZSWA 1BL3A 3G10A 5K14A 4C23A 4BQZA 4H0OA 2HSTA 2P9KB 1RILA 4HHTA 4FWLA 2HHSA 1TUYA 1C0MA 2NRTA 1BQMA 1HJOA 4JV5K 3V1RA 4IFEA 3J7ZO 4B1YB 2QKKA 3NBPA 2O8BA 1WAJA 4B9SA 4E7LA 4O4GA 4CJPA 5J2NA 1QZ5A 3AVFA 3QERA 1NGBA 1LW0A 4WYBA 5I3UA 5JS2A 4J2EA 1IV0A 4CVNE 4CJ3A 3I0SA 1O13A 3E1YA 3KLIA 3LDQA 4BRQA 5HBMA 3KKRA 2UUCK 1HQUA 3T7ZA 4DTUA 2ZD1A 4E7KA 4HUEA 1CZBA 2GWKA 3VERA 5IWAK 1S1TA 1VSJA 1IG9A 3QB0A 4GV6A 4PY5A 1S72N 1SQKA 5E41A 4DFKA 4OKJA 4NO7A 1GLAG 3HT3A 4JKGA 1NMDA 3AO2A 2CH5A 4BRDA 4LY7A 1ILYA 1ZBLA 2O8CB 4KH4A 4Z4CA 5BRDA 2QK9A 3P31A 2CGKA 1U04A 1JLFA 1IG8A 3AVKA 1RBUA 2HBMA 3VMFB 3C7NB 4M41A 3WXLA 4LH4A 3CM6A 4A61A 5SWMA 1O1WA 1Q82O 4KV8A 3DM2A 3CQYA 1TKDA 1RDBA 4NB4A 1BUPA 4BDZA 3LWLA 2HF4A 1GLDG 2P9SA 3CFRA 4ILJA 1ZC6A 3KLFA 1VSLA 3ZX3A 1Q9YA 1S1WA 4FLUA 3T1HK 3RSEB 4HUFA 2ETJA 4CZLA 2JLEA 4ISEA 4E1MA 1W2BM 4RW6A 4O44A 1REVA 1BG3A 1T6DA 3U9DA 5M1FA 3SQ4A 1TYQB 1LW2A 3ZLJA 4FJ8A 4DTNA 3BGRA 2YNIA 4HWIA 4KTWA 1JLQA 3T1AA 5GIOA 1VQ5N 1TKXA 2BE2A 4K25A 5HRRA 1N6QA 5ELZA 5J2QA 3A2FA 4DSEA 3F9MA 2Q0RA 3O4NA 4NCGA 5HL7L 5AQVA 4PA1A 1S1XA 4FJLA 3CETA 3L8BA 1SZ2A 1U6ZA 3AA5X 2X6NA 3TI0A 1NBWA 1WSFA 3AVAA 1KVCA 4E7JA 2X74A 3AVMA 3CC4N 3THYA 1HX1A 1FJGK 4E3SA 1WBDA 4F2RA 1NKBA 4FLZA 4OGEA 4FJ5A 2E4LA 2OCEA 4AHUA 1JCGA 3NE6A 3NH0A 4LF6K 1RT3A 1M1KO 1RTDA 4L3QA 3KWIA 3MMVA 1NGEA 3D2EA 2KTQA 2QTDA 4M3RA 3AA4A 2NNWA 2B6AA 2NRVA 4K42A 5EU7A 3J7YP 4MLHA 3VEVA 3P38A 2FBYA 3L6QA 3MXJA 4FLVA 4CZKA 4N47A 3DXKB 3NHGA 4FL9A 3O3HA 4NXMK 4DV5K 4EFHA 4JEPA 3HTVA 2Q31A 4B1WB 3TU5A 2WOMA 3EL2A 3CI5A 4WQ4A 4BRNA 2O4IA 2YV0X 3PSFA 1U45A 2YHXA 4CHQA 5KRTA 3KK1A 4BG9A 2Y1IA 3I55N 2G8FA 4HTUA 3M3ZA 4K0KK 1HNWK 2OPPA 4BC5A 4KO0A 3OYNA 1C1CA 3NH2A 5CYMA 1N32K 3VEZA 2KZMA 1BA0A 4C1NI 2XY5A 2Q0UA 1BOTO 1C0TA 3C6HA 3VF4A 3WUHA 1WSJA 2Q97A 4EP5A 1BCMA 5JVHL 1RT6A 3CERA 3T1YK 3HSTB 2VG7A 3C6TA 2P9IA 1GLEG 3ULDA 5GINA 1W9HA 3AY9A 4Y1DA 4DQSA 5JVGL 4PL8A 2Z1IA 4BVOA 4CF8A 4MQ3A 3AVHA 5HRNA 1NGGA 4JK8A 1N5YA 3OY9A 2VGMA 1NKCA 1GLLO 4AHTA 2F96A 4J2DA 3M8PA 3HM8A 1HQEA 1RDAA 1X3MA 5AZIB 3CJAA 4CFDA 1YUWA 4LH5A 4JI7K 1HYSA 3ENBA 1QQCA 4QS7A 3LDLA 2A1SA 4JI3K 4CGGA 4BRMA 3F5TA 3MWPA 4IZ9A 4JYAK 1VQON 4CF1A 3C94A 3NF8A 1S9GA 3JYTA 5BPLA 3VEWA 1KFSA 3FZMA 4IKFA 2HHXA 4OKEA 4BQLA 4CJKA 3DLBA 1YITN 1RNHA 2G8VA 3KK7A 5F1XA 3HVRA 3VQCA 1E4FT 3KLGA 3RRGA 1J6ZA 1YHQN 3VF2A 3AAPA 2E2PA 3HZ6A 4I2PA 4DMNA 4DS5A 1TGOA 4NYFA 1T6CA 5LMNK 3E9PA 1RDUA 4H0PA 4Z4EA 2JWKA 4GKKK 4BC3A 2HF3A 3AO5A 4CZJA 2GUPA 2H3GX 1NJWA 3U3YA 3VEXA 3HP9A 3CJ1A 4XH5A 4CJUA 2A40A 2R7YA 3TAFA 3GL1A 1VQKN 4DQPA 2UXDK 1NGAA 4DTMA 4FM2A 5C2FA 4KFBA 2P9LA 3LDNA 1HNVA 4OVLA 4DB3A 1LOTB 5HRPA 4KTQA 1WLJA 4DSKA 1KD1O 2HOEA 3RMAA 4CHZA 3HYFA 4C8NA 5CZ1A 3THXB 3SNNA 1RT5A 3JS6A 4AQYK 2QA4N 2Q1NA 1HLUA 5GAGP 2E1ZA 3TAQA 2GEMA 5AFUH 1TV6A 2UXCK 4CK1A 3DRPA 2CGJA 3W3DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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