3HYFA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and active site inhibitor
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
149
structure length
143
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKRGWPVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title RNase H active site inhibitors of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase: design, biochemical activity, and structural information.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/RNaseH
total genus 46
structure length 143
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hyfA00
1BIZA 4CF9A 3AV9A 4KHQA 2D0BA 2XY7A 4C8OA 1IH7A 2HMIA 2ZD1A 5J2MA 3LPUA 4DFJA 4C8NA 3M8RA 1NK7A 4KTZA 3NDKA 3AA3A 2E4LA 3VQ7A 3V9WA 1KVAA 4W5QA 4FM0A 3TAPA 4CFDA 4C8KA 3CFOA 1SL0A 4CESA 5E41A 3AVKA 2IC3A 4DTXA 2OA8A 4Q0BA 1UOCA 4M42A 1JLEA 4F3TA 1RT5A 4I9LA 1EKEA 2KW4A 4N76A 3AVGA 2QKKA 1HMVA 3QO9A 3T1AA 3D0PA 4W5TA 2I5JA 4J2AA 4OLAA 4ELVA 1DLOA 4DTJA 2Y1IA 2FBYA 4MFBA 3QEWA 2E6MA 2RF2A 4IG0A 4DQQA 4PUOA 4CHPA 4J2EA 1JLBA 4KFBA 4M3ZA 3L2WA 3U3GA 1U4BA 3LWMA 1I39A 4BE2A 4ZTFA 5JS2A 4AH9A 4HTUA 3H08A 4UQGA 1L3SA 3VQDA 3KK3A 1Q9XA 4IG3A 4DQPA 3V1RA 5CZ2A 4AHCA 4HUGA 3KTQA 3G0ZA 4KHUA 3EY1A 4BWMA 4I2PA 3CQ8A 3P83D 3LDSA 3V1QA 2O4GA 4KV8A 3DLRA 3AO3A 4LD0A 2FBXA 3KIOA 1ZBHA 3TABA 1TKZA 4I9QA 1TV6A 4BWJA 1HRHA 3THVA 4JRPA 5HBMA 2BANA 1NJXA 3LALA 4Z4HA 3L8BA 3OYBA 3L3UA 1D9FA 1CZBA 4O44A 1KTQA 3OYFA 4CEDA 3WNHA 3L2VA 3NHGA 1QSSA 3SV4A 2OYQA 4FJLA 4CFCA 3VQCA 3KK2A 4O4GA 3KLFA 4DTPA 1J53A 4PWDA 1REVA 1QQCA 4AHUA 2EX3A 2Z1JA 1KVBA 3MAQA 3PO5A 2HHVA 3QESA 1LAVA 4RW6A 4CEAA 3MXJA 3LANA 1KFSA 2KFNA 2VG7A 1LV5A 1FK9A 2NUBA 3K57A 4M3RA 4DF8A 1Z25A 1CZ9A 3HT3A 4CEFA 4DTSA 4NCAA 3CFRA 3S3OA 1S6QA 1FXXA 1DTTA 4OKJA 3KKRA 2HHTA 3AA4A 2F8TA 1B92A 4CGDA 4CJ5A 2EHGA 1TL3A 3AA5X 3DLEA 3RTVA 2HHUA 2A1SA 4CGIA 4I7FA 3PX4A 1IKVA 1TAQA 3SQ1A 3S9HA 4DFMA 2YKNA 3OJSA 3DYAA 1A5WA 1SL1A 2AJQA 3QERA 3L3VA 2XHBA 2QKBA 1VRTA 3ZT0A 2PYLA 1VSEA 4E7HA 3RR8A 2A1RA 1ZBLA 2VG5A 4KI6A 1S9EA 1T8EA 1QSLA 4YNQA 3OS2A 1NKCA 3A2FA 2YNFA 4CJWA 4JS5A 3RR7A 4Z4FA 3LP1A 3OYKA 3O4QA 3VQQA 3DLGA 4CJ3A 1TKDA 3AO2A 1C0TA 1NK4A 1ZBUA 4FJ5A 1JLGA 3NF7A 1C0MA 4FJXA 2HHQA 4BDPA 5C42A 4CJUA 4CIEA 1QS4A 4E7IA 4F4KA 1WSHA 3K2PA 1IO2A 1ASWA 1BL3A 3P1GA 4FM1A 4B3OA 5C25A 2RKIA 1J9AA 3JSMA 5HLFA 1IKYA 1IKWA 5HP1A 3K59A 1WSEA 4NYFA 1FKPA 4CGHA 1NJYA 3TI0A 4IKFA 2G8HA 4F3OA 4ICLA 1RDAA 3M8SA 3TANA 2BGGA 4PY5A 4Q5VA 3VQ9A 2YNHA 3JYTA 3PV8A 3HSTB 3ZSZA 1RBTA 1QTMA 3AVIA 4RW4A 4DTOA 2WOMA 1S1WA 3SUNA 3V1OA 1TL1A 2IAJA 3AVMA 4ELUA 4EZ9A 4DSKA 2XY8A 1F21A 3AVBA 4CEZA 3DRSA 1NOYA 4HHTA 3LP0A 3IAYA 4HUEA 4DSIA 4FZYA 3VQ8A 2RPIA 1U45A 3SUQA 3HP9A 4FJGA 4KI4A 4IFVA 1O1WA 4CHOA 3NE6A 4M3XA 3FFIA 3LP2A 4B9MA 2LSNA 1U04A 5KGXA 3O3GA 3OYAA 1QSYA 3AA2A 3ZSQA 1JXBA 4B9VA 1UA0A 1TAUA 1DTQA 3IRXA 1JLCA 1JXEA 2IDOA 2ATQA 3ALYA 3QIPA 3VQ4A 3PX0A 1JL2A 3K5LA 4CJLA 4HCBA 2F8SA 5HRRA 2IGIA 4DU4A 1SKWA 2Z1GA 4OGCA 4OVLA 1S5JA 3V9SA 4KTQA 3HP6A 4E19A 4CIGA 1G15A 1YTAA 5KI6A 5C24A 4DSEA 3NF9A 3HM9A 1XWLA 1NK8A 1ASUA 2HHSA 1JLQA 1N5YA 4M3WA 3VQPA 2HW3A 3SPYA 1HYSA 1Q9YA 2Z1IA 5KRSA 1J54A 1EX4A 1KLMA 4DQRA 5J2PA 1KVCA 3PX6A 1LWFA 1RILA 3OYLA 3HK2A 3NBPA 4ELTA 1T05A 1C1AA 2WONA 4ID5A 3LWLA 4B9TA 4FJ8A 3VN5A 4FK4A 4H4OA 4DQSA 1RCHA 3ZSRA 4RG8A 3VA0A 2PYJA 2KZMA 1BGXT 4BDZA 3MEDA 4FJHA 4KREA 3HXMA 1BHLA 1RT1A 2OPSA 4CEOA 2DY4A 4FCYA 3SQ2A 3DLBA 3QNOA 2E6LA 2IS3A 3VQEA 5FRNA 4PQUA 2KTQA 1BISA 1U49A 3QEXA 1KFDA 4F2RA 5JS1A 1A5VA 4CE9A 3C95A 3NF8A 4I2QA 1S6PA 1S1VA 3QEVA 4CJSA 3V81A 3MEGA 4DFKA 2JGUA 2DFFA 3SUOA 1A5XA 1JL1A 4E89A 1R0AA 4CJEA 1CXUA 1TVRA 3MECA 1SKRA 4FJNA 2O4IA 2DTUA 4BE1A 4CIFA 4AILC 3VQ6A 3HPHA 3SJJA 1RT4A 4OGEA 5T7BA 4DLGA 5FRMA 2P1JA 1MU2A 4E7KA 3B6PA 2XRIA 3QLHA 3WNEA 4DS4A 1WSGA 3V6DA 1VK0A 3OS0A 4DQIA 3S3NA 2HNDA 3RMAA 5FROA 3OYNA 3MXMA 1C1BA 4FJMA 4ZTJA 5EU7A 1ZYQA 1BQMA 3SI6A 3L2RA 1NK0A 4LH4A 1RTIA 3KLHA 1D5AA 3M8PA 4HVJA 1QE1A 1Q8IA 2X74A 1U47A 5DMRA 3L2QA 3QEIA 2FBTA 2VG6A 2X6SA 4FW2A 3K5NA 3TWHA 3O4NA 4FLTA 1XHXA 4KO0A 4EP5A 3S3MA 1RBRA 2X78A 3C94A 1HNVA 4LSNA 2IOCA 4E3SA 4CFBA 1RT6A 4ZHRA 3P5JA 4K8ZA 3I8DA 3DLHA 3OYMA 3MXIA 3OYJA 2D5RA 4RW8A 4JS4A 4CERA 3VQAA 1RTHA 1L3TA 4FLVA 3LP3A 1RBUA 4DU1A 1FKOA 3AVNA 3OS1A 3ULDA 4KB0A 4NCBA 3WNFA 1X9SA 1YVUA 5J2NA 1VSMA 4CHQA 3ASMA 3V9ZA 2XY5A 1IG9A 4CECA 3SZ2A 4E7JA 3IG1A 2JLEA 1IKXA 1LWCA 1SUQA 1TKXA 4AHTA 3SQ4A 3F9KA 3U3YA 4WE1A 3NCIA 3K5OA 3TAFA 5CYQA 3ZSXA 4FJIA 1NK9A 2VWKA 1GOAA 3DRRA 1JKHA 1L3UA 3EYZA 3NFAA 3RMBA 3ZCMA 4Z4IA 1WAJA 3AO1A 4FM2A 4DS5A 3HVTA 4OKEA 4CJQA 3DOKA 1BCMA 3NF6A 3K5MA 3AVHA 4KB1A 3RRGA 2B6AA 2YNGA 3NGIA 4CJTA 3U6FA 4HCCA 1L5UA 3UIQA 5J1EA 4KHNA 2HVHA 4OJRA 4FXDA 4CF8A 4OLBA 3LZIA 2W42A 1C6VA 4DU3A 1LAWA 3AVFA 4GW6A 3ZSOA 3QIOA 4FJKA 4E7LA 4BACA 1TKTA 3V9UA 3PUFA 4Z4EA 1X1PA 1HQEA 1XC9A 3LAMA 3HL8A 4N56A 4O0IA 4C8LA 4TSXA 4M41A 4DFPA 2G8WA 1SKSA 4J2DA 4QCLA 1S1UA 3ZSWA 2FBVA 4GMJB 4FJJA 3CG7A 4DLEA 3NGYA 1VSHA 4IDKA 2VWJA 4QAGA 2XY6A 2Q3SA 3DOLA 3HYFA 3SCXA 1NKEA 1CLQA 3AVJA 4XIUA 4NYNA 4CFAA 1ZBFA 4FYDA 1BIUA 1HYZA 1RTJA 4DG1A 2KFZA 2X6NA 3TAMA 4YFUA 4F8RA 4E1MA 3TAGA 3K58A 4KAZA 1HNIA 4OKKA 3RRHA 4E0DA 5HRSA 5I3UA 4GVMA 3KJVA 3SUPA 4PA1A 4Y1DA 5DK5A 3AO4A 4CF1A 3O3FA 3OYEA 1VSJA 1WN7A 4HUFA 2G8FA 4B9UA 4CK1A 2G8IA 1HQUA 1BCOA 4Z0UA 1ITGA 5KTQA 5I42A 3BDPA 4DSLA 5K14A 4FLUA 2YHBA 4FK2A 1S9GA 1JLFA 5SZTA 1WLJA 4Z4GA 1VSFA 1RBSA 2PZSA 4RW9A 3MEEA 3F73A 2ETJA 4B08A 1Y97A 2FC0A 4CJ4A 1XHZA 1RBVA 3B6OA 4NCGA 4RW7A 1RDCA 2F96A 4H8KA 3CFPA 1UA1A 2PY5A 4FLWA 4AHRA 2Z1HA 3NGZA 3TAQA 3NH2A 4JLHA 1XI1A 3VQBA 4OPJA 1NOZA 4W5NA 1N6QA 1KLNA 4CJKA 5CYMA 4KTWA 2R7YA 1TK5A 1KSPA 2OPPA 2B5JA 4FVMA 2YHAA 1Z26A 1LW2A 4MQ3A 3ZT3A 1ZBIA 3OYCA 2YKMA 5KGWA 4W5OA 2ZE2A 2HHXA 4CHNA 4CJPA 1U48A 4B9SA 2P51A 4DSFA 4CJFA 2G8UA 5CZ1A 4CJVA 1D8YA 1WSJA 2G8KA 4C8MA 1QHTA 3I0RA 3RMCA 4N41A 1NJWA 2BDPA 2HNZA 1VSIA 3OVNA 4B8AB 4CK2A 1RDDA 2Y1JA 3AVCA 3KLGA 3T19A 4B9LA 1NJZA 3KLEA 2OZMA 1W9HA 1C1CA 3HPOA 5J2QA 1WNSA 1C0UA 1EXQA 3VA3A 1L3VA 3TARA 1HYVA 2DFHA 2HVIA 1VSLA 4AHVA 1HPZA 1B9FA 3LPTA 1WSIA 2ITGA 3ZT4A 3ZT2A 4CGGA 3EZ5A 1KCFA 3OJUA 1J5OA 3DM2A 4FZZA 2D0CA 1YT3A 4OPKA 3VQ5A 3AVLA 4O55A 1CXQA 4CJRA 1GOBA 1RT2A 3QNNA 1K6YA 4E1NA 2OPRA 4FLZA 3T3FA 4B8CA 4DMNA 2GV9A 3O3HA 3LAKA 5HROA 5FDLA 1D9DA 3DI6A 1T7PA 4CEEA 4DTUA 4CF0A 4FLYA 3RWUA 1SV5A 2RN2A 3OYHA 4BE0A 3HO1A 1B9DA 3SV3A 1SL2A 4K8XA 4CHZA 2DFEA 3L2UA 3PY8A 1EP4A 2QXFA 4FZXC 1LW0A 2GUIA 4EP4A 3OYIA 1YTUA 3KKSA 3AVAA 2G8VA 4LSLA 2YNIA 2D0AA 1RTDA 4Y1CA 4LY7A 4KHWA 3ZSYA 4O5BA 4M45A 4N47A 3WNGA 3SNNA 1WAFA 3QEPA 3PO4A 4F2SA 3HPGA 4CEQA 4CGFA 2OZSA 1RDBA 4L8RB 4AHSA 4M3UA 1X9MA 2P5OA 4FJ7A 1UAXA 1BI4A 2XO7A 4DF4A 4KHYA 1T03A 3HJFA 4Z4CA 3KD1E 4R5PA 3ISNC 3DLKA 1UWBA 1S1TA 3CYMA 1RNHA 3G10A 3C6TA 4ID1A 4DSJA 1I3AA 3HVRA 3OYDA 1LWEA 4JRQA 3C6UA 4CEBA 1TK8A 1BI4B 4H4MA 3KK1A 3V9XA 4DTNA 3CM6A 3QETA 3SPZA 2KQ2A 1X9WA 3KD5E 4M3YA 1EETA 2YV0X 1HJRA 2BE2A 3DRPA 1ASVA 1TK0A 4CF2A 4IFYA 4LH5A 3TR8A 2HHWA 5SWMA 1WSFA 2B4JA 1JLAA 3ZSVA 4CCHA 4FJ9A 4KRFA 5HRPA 4KKOA 3IS9A 2HB5A 3D45A 2KZZA 1RT7A 4N5SA 1KRPA 4IBNA 4O0JA 3NH0A 3V4IA 1BQNA 3I0SA 3LZJA 2GBZA 2HNYA 5KRTA 3TAEA 4DWIA 2P5GA 4DTMA 3BGRA 1GOCA 1VSKA 4BDYA 1NK6A 3ITHA 3CM5A 3QINA 5CY4A 3AO5A 4FLXA 3OYGA 4B9NA 3NH1A 5D3GA 4DTRA 3KLIA 3SYZA 1W0HA 4J2BA 2QK9A 1NK5A 4W5RA 4M3TA 4QOZB 1RT3A 3E01A 2ZQBA 1NKBA 4KHSA 3ZT1A 3DMJA 4CGJA 1TGOA 3OY9A 4G1QA 4KPYA 4CHYA 4EZ6A 4FK0A 2OPQA 1VRUA 1S1XA 1VSDA 3RMDA 3NAEA 3M8QA 5HRNA 3SQ0A 4CK3A 4FW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MX2A 2XY7A 4DV2K 3W0LA 3ZYYX 4BVPA 1NK7A 1VQON 3FZLA 4JI3K 3KHYA 1KVAA 4W5QA 2HBLA 3TAPA 3LDLA 1SL0A 4CESA 4CBUA 3AVKA 1BWFO 2IC3A 4DTXA 4H0OA 4M42A 2NNWA 2P9IB 4RCHA 4BGBA 1LCUA 3AVGA 2KKZA 3CCEN 3VF4A 4MFBA 4JKEA 4IG0A 3I33A 4DQQA 5EY4A 4J2EA 1U4BA 4BE2A 5BREA 2VCPA 3H08A 1EWRA 3MN5A 3U8XA 4KHUA 3H1VX 3P83D 2ZJQL 3E1YA 4YOXA 3C0BA 3CJBA 4LD0A 5IWAK 3O5BA 2GWJA 1TKZA 4I9QA 4JRPA 1D9FA 4Z4HA 3QB0A 3L8BA 4O44A 3NHGA 1QSSA 4CEDA 5GIOA 4CFCA 3P38A 3KK2A 4IZ9A 4DTPA 4HWIA 2EX3A 2V51B 3MAQA 3QESA 4F9OA 4LC9B 2P9LA 3LANA 4JEPA 2VG7A 4DUYK 1Z25A 1CZ9A 3CCJN 3CFRA 2ASPA 1S6QA 2YJEA 3KKRA 3JAMO 1B92A 5F0XA 3AA5X 3O4WA 2A1SA 3L6QA 3CI5A 4NLCA 1A5WA 4X62K 2AJQA 3QERA 2QKBA 1VSEA 3H6EA 2VG5A 1BG3A 3OS2A 1K8KA 4CJWA 4JS5A 1QQNA 3LP1A 3OYKA 3IDHA 3VQQA 3L4QA 1ZBUA 3JS6A 4FJ5A 4FJXA 4CJUA 1S72N 4A5AA 4HTLA 5FPDA 3CMEN 1IO2A 2ZF5O 3P1GA 4A2AA 4B3OA 2F9TA 4YOTA 3THYB 4DCHA 1IV0A 5FPEA 4GKKK 3AAQA 1QVGM 4CZFA 3HBTA 4FOEA 5EVZA 3N4PA 3CCVN 4U7BA 1K73O 5LJWA 1YIJN 3DRSA 3SLCA 1NOYA 3IAYA 4FZYA 3VQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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