3HYFA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and active site inhibitor
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
149
structure length
143
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKRGWPVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title RNase H active site inhibitors of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase: design, biochemical activity, and structural information.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/RNaseH
total genus 46
structure length 143
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hyfA00
1XWLA 4DLGA 4AILC 4GVMA 3LZJA 1JXEA 3HT3A 1D9DA 1LV5A 2OPQA 4FJIA 4HHTA 1XHXA 4DQPA 2VG7A 4QCLA 1BQNA 4CHOA 4UQGA 2YNHA 3AVAA 2Y1JA 3AVCA 3CYMA 3AVKA 4J2AA 4FJ5A 3C95A 2YHAA 3WNGA 1ITGA 4OPKA 3AO4A 1EETA 1WAFA 4B8AB 1RDAA 4CJWA 4N56A 3SUOA 3KLIA 3ALYA 1SKSA 1TKXA 3AO2A 4I2PA 5EU7A 4E19A 4FJHA 3AA3A 3EY1A 3LPUA 4CGGA 3O3FA 2KQ2A 1Q9XA 3HP6A 4ELVA 3K5NA 3QNOA 4NCAA 4PUOA 1X9WA 3OJUA 4EZ9A 1ASVA 4CJPA 3V1OA 2XRIA 4ID5A 3O3GA 2HHSA 4RW8A 1KVCA 4I7FA 3VQBA 4AHCA 2YKNA 1S1VA 1U45A 4KFBA 1EKEA 2GUIA 4CIEA 3OYAA 3G0ZA 5J2PA 4GMJB 2KW4A 2DFHA 1TKZA 3MEEA 3PV8A 4J2BA 3QLHA 3IS9A 3VN5A 4FLWA 1NK0A 2AJQA 3L3UA 1FXXA 2HHVA 3ZT4A 4DG1A 1L3SA 3SQ1A 1TV6A 2OZMA 2B5JA 4CF2A 3TI0A 2G8KA 1N5YA 3SUNA 2VWKA 4CIFA 1W0HA 3VQ4A 3RR7A 1IKVA 3NAEA 1DTTA 3WNFA 3DOLA 3OJSA 5HP1A 3S3MA 1NK8A 3QIPA 3TAGA 1CXQA 1CZBA 4FLYA 1G15A 2G8HA 1TL1A 2KZZA 1I39A 3NCIA 3C94A 4DTXA 1ZBFA 4N76A 1YTUA 1RBSA 4FW2A 1QQCA 2X6SA 4PA1A 4E1NA 3ASMA 4YNQA 3OYIA 4B9TA 4W5OA 1VSEA 3K5LA 2D5RA 1B9FA 2JGUA 4IFYA 2G8WA 4DF8A 2HNZA 3OYLA 4PY5A 1WSEA 4R5PA 5E41A 4JLHA 4CEQA 4FLTA 1LWEA 4CJKA 1RDCA 4AHUA 2W42A 3VQCA 4DF4A 2G8UA 5KGWA 4M45A 3VQ6A 1T8EA 4DQRA 4DTPA 1BI4A 1SV5A 1WSGA 3TARA 1CLQA 4RW7A 2FBYA 1JXBA 2EX3A 5CYQA 4J2EA 1VRUA 2FBXA 4M3RA 2HHXA 1FKPA 1C0TA 4NYNA 1IKYA 1R0AA 3O4QA 4DSEA 4EP4A 2VG5A 2IC3A 3CFPA 3LZIA 4B8CA 1CXUA 1LAVA 3SV3A 4DSLA 4CJ5A 1S1TA 3KKSA 4CGDA 1BL3A 4WE1A 4CCHA 4DSFA 4NCBA 4I9LA 1C1CA 4BE1A 4PQUA 5I42A 1ZYQA 4F4KA 4FJ7A 3ULDA 3RMDA 4IDKA 1Z26A 3KJVA 4FLZA 4C8KA 1TK5A 4ELTA 4KHUA 4CEEA 2RF2A 1NOYA 4HUGA 1NJXA 1NK7A 1WSIA 4BDYA 4C8MA 3U6FA 1NJZA 1Z25A 1SL0A 4K8ZA 3OS0A 3V1RA 1WSJA 3DM2A 3K5MA 1A5WA 1HJRA 3T3FA 1HYSA 1EX4A 3PUFA 3TAMA 1HYZA 4CJFA 3DI6A 4HVJA 3B6OA 3ZSZA 3SUQA 4BDPA 3D45A 3NH1A 4YFUA 2HHWA 1RT4A 3BDPA 1KFDA 1J5OA 1NKEA 2Z1GA 4E7KA 2PYLA 3MXMA 4MQ3A 1IG9A 3V9SA 4Y1DA 4OLAA 1BQMA 3IG1A 4LY7A 3QIOA 2XO7A 1RTIA 3NDKA 4KREA 3ZT1A 4CEDA 4OVLA 3HYFA 3V9WA 4GW6A 4EZ6A 1RCHA 1T03A 3KK3A 3L2UA 3SI6A 2VG6A 1ASUA 1S1UA 3LAMA 3L3VA 4JRQA 3EYZA 3OYKA 4BACA 3S9HA 4DSKA 3PX6A 2OPPA 1O1WA 1NOZA 4L8RB 4CECA 4CGFA 2VWJA 1RDDA 4KRFA 4OKJA 5CYMA 5C42A 1WSHA 3CM6A 3NF8A 2G8FA 1Y97A 2G8IA 3OYDA 4EP5A 4KKOA 4KAZA 4FJJA 1BI4B 1JL2A 1BCOA 2A1RA 3AVGA 1VSHA 5SZTA 3HL8A 4KTZA 3OS1A 4JS4A 4B08A 4NYFA 3OYBA 3L2VA 1FKOA 3LDSA 4HCBA 1IKWA 4RW4A 5JS2A 4CJSA 4FK0A 1RTJA 4DMNA 5HRPA 2KZMA 3PY8A 4B9LA 1IO2A 3LWMA 1JLQA 3ZSOA 4CEFA 3BGRA 1B92A 2KTQA 1HNIA 2BDPA 3L2WA 4CFDA 2E6LA 3ZT2A 3AVIA 1VSFA 4CGJA 2Z1HA 1JLEA 4QAGA 4E1MA 4FZYA 1JLAA 1WSFA 1D8YA 2YNIA 2P5OA 1SL1A 1A5VA 1LW2A 3OYNA 4DWIA 1Q9YA 1TKTA 3HXMA 4E3SA 1J53A 1RBRA 4O0JA 4KO0A 2Y1IA 4FJKA 3B6PA 1KLMA 3VQEA 3C6UA 1X1PA 2YHBA 1KSPA 3RRGA 1HQEA 2Q3SA 2RKIA 2IOCA 4FK4A 4CHQA 1NK6A 4Z0UA 3PX4A 4CK3A 3SQ0A 4E0DA 3HJFA 3A2FA 3QNNA 2LSNA 1RNHA 5FRMA 2HVIA 1JLCA 4KI6A 1VSLA 5CY4A 3HM9A 4CFCA 3S3NA 3HPHA 4O55A 1KTQA 4DU4A 4BDZA 3ZSWA 1C0UA 1I3AA 1RT3A 3SCXA 2XY7A 4FJNA 4CEBA 4KTWA 1L3VA 1TK0A 2WONA 4LSNA 1C1AA 3HSTB 2XY5A 1NJWA 3QO9A 4E89A 4E7LA 4MFBA 4FJMA 3RMCA 4CJQA 1UA1A 1L5UA 4FZZA 3TAQA 1D5AA 1RBTA 3LP0A 4Z4HA 3RTVA 3OYFA 2NUBA 1XHZA 3DLBA 4Z4IA 5HLFA 4FJXA 3ZSYA 1HMVA 1ZBIA 4CHYA 1WAJA 2YKMA 1KLNA 2Z1JA 3LP1A 4FVMA 1Q8IA 3I8DA 4OGCA 3JYTA 3QEIA 4B9SA 3SUPA 4M3UA 1HPZA 1NK4A 1RTDA 4CHNA 1C6VA 3P83D 1YT3A 1RT2A 3AV9A 1NJYA 2PY5A 4KHSA 3M8RA 4KV8A 4W5NA 3O4NA 4CE9A 1KRPA 3T19A 3FFIA 4CF0A 3I0SA 4CJ3A 4KB0A 4OLBA 3T1AA 4DS5A 2IAJA 1RBUA 1C1BA 2F8TA 1RBVA 3K58A 1LAWA 4W5RA 3NH2A 4ZHRA 4O5BA 4FYDA 3VQPA 3ZCMA 1CZ9A 4OKEA 4AHRA 1BIUA 1KVBA 5KTQA 3AVNA 2OYQA 1BCMA 1S9GA 3DRPA 4W5TA 4AH9A 4E7JA 4DTOA 3S3OA 3ZSQA 3RMAA 2HMIA 3TAEA 4M3YA 2DTUA 1D9FA 2D0AA 3P5JA 4CEOA 3SV4A 3I0RA 4DQIA 4HTUA 4FK2A 4IKFA 5HRRA 4O0IA 2ZD1A 2Z1IA 4E7HA 1BGXT 1C0MA 3OYMA 4M42A 4AHTA 2HNYA 2ITGA 3LP3A 3VQ7A 3K5OA 3VQ9A 2D0CA 4I2QA 4O44A 4FCYA 3PO4A 4DQQA 1TGOA 2E4LA 1VK0A 4CJUA 2JLEA 3KIOA 1GOBA 2IGIA 1UWBA 3KLGA 3NGIA 3NFAA 1ZBLA 1X9MA 1JLBA 4DS4A 1L3UA 2O4GA 1N6QA 4B9UA 4AHVA 3NH0A 3L2RA 1HYVA 1W9HA 4IG0A 1K6YA 3SNNA 3IRXA 3EZ5A 4FJGA 1KFSA 5I3UA 2FBTA 2DFFA 3MAQA 1VSKA 4ZTFA 1QS4A 3C6TA 2P5GA 4CGIA 4CJLA 1ZBHA 3WNHA 3ZT3A 1A5XA 4CGHA 4CF9A 3D0PA 1TL3A 3V81A 2BGGA 3DLKA 1U04A 2I5JA 3KKRA 3V1QA 1YVUA 5HRNA 2QKBA 4AHSA 1S1XA 4E7IA 1JKHA 5C25A 4KHQA 2QK9A 3TAPA 3TAFA 3MXJA 1XC9A 4KTQA 2XY8A 4FLXA 3V9UA 3MXIA 2BANA 4ZTJA 4CJ4A 3U3GA 3DLHA 3ITHA 2ZE2A 1S1WA 4M3TA 3NF9A 4F2RA 4CJEA 1TK8A 2E6MA 3DLGA 1IH7A 2GBZA 3G10A 3KK1A 1DLOA 1EXQA 3NE6A 1XI1A 3OYJA 1U4BA 2QKKA 2OZSA 4CF8A 4Q0BA 4CHPA 3F9KA 3TABA 4FXDA 2FBVA 3HPOA 3AO3A 5T7BA 1S6QA 4DTUA 3OYGA 4JS5A 1NKCA 1QSSA 3HK2A 1QHTA 4B9MA 3OS2A 3KLFA 2XHBA 1LWFA 1VSMA 1WLJA 3LALA 4O4GA 5CZ1A 5FRNA 2RPIA 5HBMA 2IS3A 4C8NA 3NF7A 3LANA 4Y1CA 4DTSA 5J2MA 3K59A 1WNSA 1UA0A 1LWCA 3M8QA 1VSDA 3VQDA 1HNVA 4CESA 3LAKA 3OY9A 4DTJA 4TSXA 5KI6A 3TANA 4CEZA 4F2SA 2O4IA 1GOCA 2D0BA 3THVA 1JLGA 2GV9A 3HPGA 4Q5VA 3TWHA 2EHGA 3KD1E 1LW0A 4N41A 4CJVA 3LPTA 2HHTA 1UAXA 3KD5E 3H08A 3CG7A 1L3TA 1QTMA 3AO5A 5J2QA 4FJ8A 5D3GA 3L8BA 4M3WA 4B3OA 4OKKA 3KLEA 1T05A 3RMBA 4G1QA 2KFNA 2HB5A 4LD0A 3DLRA 1U47A 4DU1A 4IG3A 1U48A 3ZSRA 2A1SA 1RT1A 5DK5A 4FLVA 1HQUA 5KRTA 4F3TA 4BWJA 4ID1A 2HW3A 1S6PA 5C24A 1J9AA 1VRTA 2PZSA 4DSIA 4RG8A 3ZT0A 4CFAA 1ZBUA 1UOCA 3QETA 1QSYA 1EP4A 1B9DA 2RN2A 1X9SA 4CEAA 4BWMA 3AVLA 4B9VA 4N47A 3JSMA 3SYZA 3CFRA 5J1EA 1IKXA 1TVRA 1RT6A 3LP2A 4CJTA 4JRPA 4Z4GA 2OPRA 5KGXA 3M8SA 4BE2A 3AVBA 4FM2A 4RW9A 3V9ZA 3P1GA 1SKRA 1SKWA 3RWUA 3KLHA 3AVMA 3CFOA 4CK1A 1KCFA 2WOMA 3ZSXA 4N5SA 4DQSA 2HHUA 1FK9A 3VA0A 4NCGA 3CQ8A 1DTQA 1J54A 4M3XA 4KHYA 3DMJA 3DYAA 1BISA 4HUFA 1U49A 2PYJA 4FM0A 3L2QA 3E01A 1S9EA 1JLFA 2QXFA 3AVJA 3NF6A 3VQAA 4W5QA 2X74A 3KK2A 5KRSA 3O3HA 3RRHA 1NK9A 3AO1A 5JS1A 4HCCA 3M8PA 2R7YA 4FW1A 1TAQA 3AVHA 3MEGA 4DFKA 1RDBA 5J2NA 3SPZA 3HVRA 1HRHA 4F3OA 2ZQBA 4KI4A 4FZXC 2ETJA 3DOKA 3TR8A 1F21A 1MU2A 2OPSA 3F73A 3PO5A 4KHNA 3V9XA 2XY6A 1RILA 4C8LA 1BIZA 5FROA 4J2DA 4HUEA 2B4JA 2DY4A 5HRSA 3VQQA 4Z4CA 3AA2A 3NGZA 3ZSVA 2YV0X 3HVTA 3UIQA 1JL1A 3DRRA 4ICLA 3WNEA 4CHZA 4FM1A 4FLUA 4Z4FA 1RT5A 4XIUA 4B9NA 3OYHA 4CFBA 4M3ZA 4Z4EA 4OJRA 3NHGA 2X6NA 2OA8A 4DSJA 3ISNC 4CIGA 3NGYA 3NBPA 3QEWA 4ELUA 3SJJA 1KVAA 3MECA 5DMRA 4DFMA 5K14A 4DFPA 3VQ8A 4H8KA 2FC0A 1BHLA 4C8OA 4H4MA 3QEXA 3SQ4A 2P51A 2B6AA 4OGEA 3VQ5A 4I9QA 2X78A 3SZ2A 3K2PA 5HROA 2F8SA 4DTRA 3QESA 4K8XA 3IAYA 2YNFA 3AA4A 4QOZB 3KTQA 1TAUA 3QERA 1GOAA 4CK2A 3QEPA 1VSJA 3V4IA 4OPJA 3SPYA 1S5JA 4CF1A 2HNDA 4DFJA 3RR8A 1T7PA 1SUQA 4IFVA 4DU3A 2KFZA 3U3YA 1QSLA 2F96A 2HVHA 2ATQA 3AVFA 5SWMA 3K57A 3V6DA 4IBNA 1WN7A 4DLEA 2P1JA 3CM5A 4FJLA 4PWDA 1YTAA 1RT7A 2G8VA 2YNGA 4LH4A 4RW6A 4BE0A 4LH5A 4KB1A 4LSLA 4KHWA 1VSIA 4KPYA 3DLEA 1QE1A 2IDOA 3DRSA 4F8RA 4DTMA 3SQ2A 1NKBA 1RTHA 1TKDA 3HP9A 3QEVA 5FDLA 2DFEA 1ASWA 4CERA 3QINA 3PX0A 3MEDA 4CJRA 2BE2A 3AA5X 5CZ2A 3OYCA 4FJ9A 3HO1A 4M41A 3OYEA 4H4OA 3OVNA 1REVA 1NK5A 3VA3A 1SL2A 3LWLA 4DTNA 2HHQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C1NI 1NNEA 1JXEA 3UKRA 3CETA 4FJIA 4HHTA 4QCLA 1XNQK 1NGDA 3AVKA 3C95A 3I55N 4K42A 4OPKA 3AO4A 1RDAA 3SUOA 4JI5K 4KH4A 4FJHA 3LPUA 1YF5L 4CGGA 2KQ2A 1Q9XA 3K5NA 3QNOA 4LF6K 1Z6RA 4JI8K 4ID5A 4YOXA 3ATVA 3CJ1A 1SS6A 3ZEUA 2YKNA 1S1VA 1U45A 4KFBA 4CIEA 3J81O 5J2PA 2DFHA 3QLHA 3IS9A 4DB3A 1KAXA 4FLWA 2ZGYA 3L3UA 2HHVA 3ZT4A 4CZJA 4PKHA 3IUCA 2OZMA 2B5JA 4Z94A 5EOYA 3RR7A 3NAEA 1DTTA 3DOLA 4CZGA 4H0XB 2E5LK 3I8BA 1ZBFA 4PA1A 1BA1A 2P9NA 4B9TA 4IFYA 3TU5A 4XEIA 1WSEA 4A62A 4R5PA 3ZX3A 4FPBA 1LWEA 3M3ZA 2VQEK 4M45A 3UKRB 1EWRA 3TARA 3O6WA 3MN9A 2O8FA 2FBXA 4M3RA 3QFUA 1C0TA 4EP4A 4CZEA 3LZIA 4H5NA 3THYB 2ZJRL 4XH4A 1BL3A 4WE1A 4CCHA 1K8AO 3BY5A 4CZFA 4IDKA 3KJVA 1TK5A 3ZEUB 4ELTA 1NOYA 5AQUA 4XH5A 3TSUA 3VTIA 1NJZA 1JCGA 4K8ZA 1WSJA 4H0VB 3T3FA 4CZMA 3TAMA 4JI3K 3A0IX 4BRPA 4BRCA 1VQ6N 3NH1A 4YFUA 3CC4N 1J5OA 1IG9A 1D4XA 4OLAA 3I33A 3HYFA 3M1FA 1RCHA 5LMUK 4BGBA 3I56N 1S1UA 3LAMA 4EAHD 3S9HA 2P9NB 3PX6A 4L8RB 5BPNA 4YOYA 3MWPA 1Q86O 4JI0K 5CYMA 5C42A 1V4SA 3CM6A 3NF8A 2OTLN 4CD1A 3E9LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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