3HZ6A

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 162
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
500
structure length
497
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRSNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Chromobacterium violaceum
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Xylulokinase
total genus 162
structure length 497
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A01
5AQFA 5TKYA 3WQUA 4K25A 1JCFA 2Q0RA 1BUPA 3MN9A 4A2AA 5AQPA 3MN7A 3CERA 3HBTA 1NWKA 2A6AA 3ENHA 3DJCA 2P9SA 4BR4A 1MWMA 2FLOA 3EKUA 4A62A 3O1BA 2Q97A 2Q2RA 3VGMA 5BREA 2P9NA 2P9UB 4BC3A 3LDLA 1S3XA 2QWMA 4JD2B 4H5WA 2HF4A 4BVPA 3A0IX 1NLVA 3BUZB 1CZAN 2YHWA 3VEWA 2E8AA 1HKBA 3WXKA 2UYTA 4CZFA 2AP1A 1GLFO 1GLBG 2E2PA 3ZEUA 4BRQA 3I8BA 3IFRA 1X3NA 4CI6A 3SMSA 4BR9A 2E1ZA 3W0LA 1BA0A 2D0OA 4JN4A 1P8ZA 2FSJA 2H3GX 3FR0A 3DXKB 4FWPA 4M7XA 2ASOA 4RTFD 2AA4A 3EL2A 3CIPA 4XH1A 3D7EO 4YDUA 3OHRA 3JXUA 2ZGYA 5ADXA 4YDUC 4BRPA 1BWFO 5F1XA 4WQ5A 3L4IA 1BDGA 5AQUA 1T6CA 4LC9B 1U6ZA 1QQMA 1GLAG 1HKGA 2CGJA 3FE1A 3UKUB 3H1QA 5AQTA 3MDQA 1MA9B 3UE5A 3WXLA 4BR7A 2Q31A 2A3ZA 1HKCA 4K43A 1U2VB 2YI1A 1NGIA 1GLCG 2IIRA 1QHAA 4K41A 5KPZA 4J8FA 3FLCO 2E88A 3IDHA 1QZ5A 2YJFA 2HF3A 4PKIA 3O5BA 1DEJA 1K8KB 1YXQA 3M6GA 4B1YB 4BRLA 4BRNA 4FOEA 4O8KA 1BG3A 2Q36A 3U9DA 4CBUA 5AFUA 3U9ZA 1DGKN 4H5TA 3LDQA 3VPZA 4FWNA 1C0GA 1RDWX 4CZIA 4FWSA 4RCHA 3ZETB 4CZMA 5KPRA 3BF3A 2V7ZA 5BRHA 2P9LB 2QWRA 3A5OC 5ADXH 5AQXA 3UKRA 3H3NO 2QWNA 3VGLA 5AZJB 4B1WB 4I6MB 3HM8A 5BRDA 4ISGA 4CZLA 1C0FA 4BQZA 3QFUA 2GUPA 3CQXA 3J8AA 2YJEA 3DXMA 1NGFA 1V4SA 3MN6A 3VEYA 1GLDG 2KHOA 4Y0WA 1Z05A 5BPNA 2D4WA 4B1ZA 2QWQA 5BN9A 4CD3A 4H5NA 3ULEA 1E4FT 3I33A 1TUYA 2J4RA 3IMXA 5BN8A 5AQGA 1ZXOA 1WOQA 2WUSA 3GL1A 4RWTA 1QQOA 3WUHA 4MO4A 2CH5A 3QB0A 3FZKA 4ISEA 2DPNA 5FPNA 4O5FA 1ATRA 2P9NB 3O08A 3C0BA 2IVPA 2CGKA 4BRHA 4IO8A 4XEIA 5FPEA 1WUAA 4BRFA 1NGBA 2ASMA 4BG8A 5AFUH 1RGIA 3H1VX 4CJ7A 1NMDA 3VENA 3ZEUB 5AQIA 1HX1A 2W40A 3UB5A 4DHYA 4FOIA 4BROA 4CD1A 5BPMA 3VERA 1QZ6A 3H6EA 4IXCA 4IJNA 1ZC6A 4JHDA 1S22A 4WQ4A 3VESA 1KXPA 3KVGA 2YCHA 2I7NA 3R6MA 4WQ4C 3FZLA 4EHUA 2CGLA 2I7PA 2W41A 3O4WA 4PL8A 1X9JA 5AQLA 4BRIA 4JNEA 3DWLA 5B8HA 2QM1A 3ID8A 2QWPA 3D2FB 3F9MA 5KPTA 3FZMA 4CZGA 3QICA 1IG8A 4BR0A 1ZBSA 3FZFA 2VWBA 1NM1A 3QDKA 4PKHA 5BPLA 4M63C 1T44A 5F0XA 4BR2A 2E20A 3LDOA 3P4IA 1SZ2A 3BF1A 3ENOA 2A40A 4WQ5C 4WYBA 3TU5A 1LCUA 3D2FA 4EAHD 3GBTA 4FL9A 2QWOA 2EWSA 4EIAA 4QS9A 3SK3A 4MLEA 1XQSC 4BR5A 1ESVA 3ZX2A 5ELZA 2P9PA 4PL7A 1NGHA 2BUPA 3HZ6A 3CJAA 3QBWA 1EQYA 3BEXA 1E4GT 2P9KA 4FPAA 1Z6RA 2P9IB 3WT0A 4MO5A 1HUXA 3R9PA 4FWRA 3VF4A 3M3ZA 2ASPA 4BRGA 3GOIA 2GWKA 1YVNA 3VETA 4F9OA 3VEZA 3ATUA 3ATVA 3GG4A 1H1VA 2BTFA 3R8EA 3UKRB 3O80A 2P9IA 3FFKB 1YAGA 5EVZA 1J6ZA 5AQKA 4CZHA 3GDQA 5AQYA 5FPDA 2QXLA 2HOEA 3DXMB 3H46O 3VGKA 4EHTA 4BG9A 4CZKA 1KAXA 4IWVA 1GLLO 1NGJA 2ZWHA 3ULEB 5AQVA 1QQNA 4FWMA 4B1VA 3WQTA 4H03B 4BC5A 5AQQA 5AZIA 2CH6A 3WEEA 3W3DA 3O6WA 2V51B 2GEMA 4BC2A 4H0XB 5EY4A 4H0OA 2NLXA 2Q0UA 1NGAA 5E26A 2ZF5O 3D2EA 4FWLA 5F2RA 2OANA 4CZEA 3KHYA 3U8XA 3CJBA 4QS7A 3LDNA 1XUPO 5CE3A 4CZJA 1X3MA 4A61A 3C7NA 2FSKA 3EZWA 5AQJA 4B9QA 5BRFA 2HMPA 3S41A 3G25A 3VEXA 4BC4A 3CI5A 1BA1A 3CJ9A 2V52B 5AQSA 2IVOA 3VEVA 4JHDB 1NGGA 3CETA 2ITMA 5KQ8A 4GY2B 1NGCA 3VOVA 2FSNA 1NGDA 4NB4A 5LJWA 5EXWA 3LM2A 4MLHA 3RSEA 4M7YA 3EO3A 3A8YA 3CJCA 3LL3A 2F9WA 3LM9A 4DB3A 4E1JA 3CJ7A 3H3OB 2IVNA 3FZHA 1BU6O 3L6QA 3JS6A 2Q1NA 3L0QA 5JLHA 3MMVA 3BP8A 3QMLA 4BRAA 4BQLA 4PKGA 1HPMA 4H0TB 4IJAA 2A42A 1T6DA 1XC3A 4BREA 3TPQA 4H5VA 2D0PA 2PBDA 2GELA 2F9TA 4Z94A 4CBXA 2P9UA 4DCHA 3A5MC 4K42A 4JD2A 2P9PB 3WXJA 4FWQA 3AARA 5EOYA 5AQNA 3ZX3A 4DQ8A 3WXIA 2QWLA 4H0PA 4IZ9A 5AQZA 4EFHA 2P9KB 1TUUA 2FF3B 3O8MA 2YHXA 1OKJA 4JAXA 3MK6A 3DAWA 3EKSA 1MDUB 1KAZA 5E84A 1Q18A 4BGAA 1HJOA 3DXKA 3ZX0A 3MCPA 4XH4A 1ATNA 4L3QA 5LY3A 1ATSA 2FF6A 5LJVA 3O1WA 3QFPA 1V4TA 3M1FA 4KBOA 1HLUA 4AM7A 3VF6A 2A5XA 4BRDA 4HWIA 2ZGZA 5BR9A 3VF2A 5AQWA 5AQRA 4NO7A 4H0YB 4FWOA 1IJJA 3H45C 4H0VB 2VYPA 5JLFA 3SMPA 5AZIB 4FPBA 5I9EB 3WEEB 1LOTB 3UKUA 3AAQA 1BOTO 4GNIA 4B1XB 4BGBA 1RFQA 3CJ1A 3FGUA 4HTLA 4C23A 1NGEA 2YHYA 1TYQB 1U2VA 1GLEG 3D2EB 4A2BA 3MN5A 4B1UB 3LDPA 1JCEA 2GWJA 3VEOA 3A5LC 4ISFA 1G99A 1KAYA 1SQKA 2GTDA 3HTVA 1YUWA 3C7NB 3QBXA 2NRHA 4QS8A 1TYQA 3HI0A 5EX5A 1K8KA 2QW9A 3GE1A 3KZBA 3AAPA 2D1KA 4H5RA 4AM6A 5AR0A 3AY9A 3ZETA 2E2OA 2V7YA 1NBWA 4FWKA 2P9LA 4BVOA 2E2QA 1SAZA 2PAVA 1D4XA 5KQDA 3SLCA 2A41A 4FSVA 5JICA 1BO5O 3IUCA 1GLJO 2NZTA 5AZJA 1Y64A 4I6MA 1JCGA 1R59O 2FXUA 3RSEB 4BRCA 3A5NC 3CHWA 4FO0A 4BRMA 5JMVA 3CQYA 5AQOA 1MWKA 2P9SB 1DKGD 5AQMA 4BRKA 2E2NA 5FPMA 3HSCA 3B8AX 5AQHA 3EN9A 2E1YA 2VCPA 3SJHA 4CBWA 4XH5A 3U4LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9UA 4K25A 1JCFA 1BUPA 3SNNA 5AQPA 4O0IA 3HBTA 3EKUA 4I9LA 3K5MA 2Q2RA 3F5TA 2P9UB 4BC3A 1JLEA 1I39A 1IO2A 4BY9C 3BUZB 3HK2A 1VRUA 2F96A 2G8IA 1N33K 2P51A 1VQPN 2E8AA 1HKBA 3AGKA 1R0AA 1RDDA 3ZEUA 1XMQK 1TV6A 4QCLA 4CI6A 3SMSA 4BR9A 4CF0A 2E1ZA 3W0LA 2D0OA 3N4PA 4CESA 1A5VA 4N41A 4M7XA 4FWPA 2ASOA 1QTMA 4KTZA 3PIOL 3NCIA 2RPIA 2Y1IA 1FJGK 4AH9A 4B8CA 2ZGYA 4ZHRA 4I9QA 3OBWA 3LWLA 4BRPA 3LPUA 4DFPA 5F1XA 4DU1A 1U6ZA 3I0RA 4JK7A 2F8SA 1QSYA 2NRXA 2CGJA 3H1QA 3TABA 5DM6L 1JXBA 1CXQA 2QKBA 1HMVA 1HKCA 4K43A 1BQMA 2D0AA 3KLFA 2IIRA 1VQ8N 3Q7CA 3C6HA 4IOXA 1KLNA 2E88A 4OX9K 3AVLA 4M3XA 2RKIA 2VQFK 4OVLA 4KB1A 3OYHA 3G10A 3OYIA 1YXQA 3WNEA 4YOTA 2HHQA 2Q36A 3U9DA 4CBUA 1DGKN 1RT3A 1YJWN 1X9SA 4OPKA 2X74A 1L3SA 4M3YA 3UKRA 3H3NO 3LZJA 5KGWA 5C2DA 3AGRA 4JRQA 4BWMA 1C0FA 4BQZA 3KJVA 4KB0A 3CQXA 3DXMA 3AVBA 1NGFA 1XMOK 3JSMA 4A5AA 1QHTA 1TAQA 1Z05A 4AHSA 2D4WA 4B1ZA 2QWQA 3EEQA 5BN9A 4CD3A 4H5NA 3S3MA 4DS4A 1J5EK 1YI2N 5AQGA 5KRTA 2WUSA 4RWTA 2PYJA 1QQOA 1U4BA 3O9QA 4FLVA 3P38A 4CW7B 3N4QA 1K73O 2P9NB 4C8MA 3MWTA 2CGKA 3AVJA 4BRHA 4N47A 1T03A 1VSJA 3AA3A 4CJ4A 4E1MA 4BG8A 1N6QA 4DWIA 2IS3A 4CJ7A 5AQIA 3OJSA 1HX1A 1OH5A 4DHYA 3KK2A 4FJKA 4O8UA 4CD1A 4CJUA 3LDSA 2YNFA 4IJNA 1S1WA 3VESA 4ID5A 3KVGA 3SUNA 2PZSA 4WQ4C 4EHUA 1LWCA 1ASVA 2W41A 4YY3K 1X9JA 1WB9A 1C6VA 2QWPA 3D2FB 3CCUN 4CZGA 3G0ZA 1RBVA 4YOVA 4CE9A 4YHHK 4KI6A 4PKHA 1NM1A 2HB5A 5BPLA 3CCLN 3LDOA 1NK0A 1TL1A 1T05A 2ZJQL 3GBTA 2EWSA 2GBZA 3CC7N 4CFAA 4QS9A 2ATQA 3KD1E 1C1AA 1S9EA 4JRPA 4CGDA 5M1PA 4BR5A 2W42A 4FLWA 1N5YA 5ELZA 4IOCL 2NRRA 4PL7A 4JKBA 1FXXA 1IKVA 3HZ6A 3ZYYX 3CM6A 3QBWA 2O8CA 1IKWA 3BEXA 1E4GT 2P9KA 4F3OA 1Z6RA 3C6AA 3WT0A 4IDKA 4MO5A 3OYAA 3J80O 3ZT2A 3MX2A 2VGMA 4PY5A 4JYAK 3GOIA 3ATVA 1H1VA 2EHGA 3OVNA 2E6MA 3FFKB 1HNVA 3FFIA 4OJRA 5EVZA 1J6ZA 4DLGA 4FJ9A 1XHZA 3OYJA 3H46O 2HOEA 3VGKA 1VQLN 1EXQA 3HOSA 5M1NA 3HOTA 4CEFA 4I2QA 3T1AA 4BDYA 1NGJA 3ULEB 1VK0A 5AQVA 2RE2A 3VQ8A 1IKYA 3CCQN 5AQQA 5C0YA 2CH6A 3W3DA 2IC3A 1YIJN 2GEMA 4BE2A 3DOKA 3B6PA 3MEEA 4Q5VA 4H0OA 3VQBA 2ZF5O 3HVTA 3D2EA 1VAZA 3KHYA 1NOZA 4QS7A 1C0TA 3KKSA 4AHUA 2WC9A 3VQAA 2VQEK 3C7NA 3HT3A 1C0UA 3EZWA 5BRFA 2HMPA 3L2QA 4W5QA 3DRPA 4DR5K 1VRTA 2O8BB 4MDBA 2W6LA 4KHPK 3VA0A 1HRHA 3OYNA 2YNGA 5C25A 1EETA 3DLKA 4JHDB 3VEVA 2YNIA 2G8WA 1NJXA 3CETA 3K59A 1RBTA 4CF8A 4JI2K 4NCBA 3PV8A 4FJLA 3SZ2A 4E0DA 3TARA 1D9FA 3I0SA 3DYAA 3HL8A 4DR2K 3RSEA 1TAUA 3A8YA 1JLQA 3WNGA 1X9MA 3O3GA 2O8FB 3V1OA 1KFSA 3NH2A 2IVNA 5HBMA 4M42A 3O4NA 5JVGL 4FYDA 3NH0A 3L0QA 1W7AA 3NHGA 3OYKA 4BRAA 4DSFA 1YTUA 1HPMA 1UA0A 1T6DA 3TPQA 4E3SA 2PBDA 4DUYK 4Z94A 3T7ZA 2IAJA 4DSIA 2F7TA 1KCFA 3A5MC 4X66K 2UUBK 5AQNA 3LANA 3QERA 4HUFA 3OYLA 4HTUA 2E5LK 1NMNA 4A57A 4BDZA 3E9OA 5E84A 4CGHA 1W0HA 4JI3K 3RRHA 1HR0K 1REVA 1CXUA 1HJOA 4WE1A 4XH4A 5LY3A 4CGIA 2FF6A 4PWDA 3O1WA 1CLQA 3P83D 4CEDA 3QFPA 1V4TA 4KBOA 1HLUA 4JKEA 3F9KA 3ZT3A 3SJJA 4M3WA 4F4KA 2ZGZA 3HRGA 2YX6A 4RW4A 4NO7A 4H0YB 3NBPA 1TKTA 4H0VB 2VYPA 3P39A 5AZIB 4FPBA 3DRSA 1RDAA 3CG7A 1YF5L 4JI1K 2NNWA 4B1XB 1RFQA 2QTDA 3EYZA 5BR8K 4FLTA 4NXNK 3LDPA 2HHWA 1M90O 1NKEA 1SQKA 2GTDA 4KO0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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