3HZ6A

Crystal structure of xylulokinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
500
structure length
497
Chain Sequence
SLAFYIATFDIGTTEVKAALADRDGGLHFQRSIALETYGDGNGPVEQDAGDWYDAVQRIASSWWQSGVDARRVSAIVLSGQMQNFLPLDQDHEPLHRAVLYSDKRPLKEAEEINARHGADNLWSALENPMTAASILPKLVFWRASFPQAFGRLRHVVLGAKDYVVLRLTGRHATDRTNASTTGLYRPKDDAWHVELLADYGFSLDLMPRLLEPGEQVGGVSALAARQTGFVSGTPVLCGLGDAGAATLGVGVLDDEDAYLHLGTTGWLARLTQTDPVGDMPVGTIFRLAGIIAGKTLQVAPVLNAGNILQWALTLVGHRPGEDCAEYFHMAAAEVQGVTVPDGLLFVPYLHAERCPVELPAPRGALLGVTGATTRAQILLAVLEGAALSLRWCAELLGMEKVGLLKVVGGGARSEAWLRMIADNLNVSLLVKPDAHLHPLRGLAALAAVELEWSHSIQDFLREADLRSNILHPQPCDEGRRRRKFERFKQCVETLGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xylulokinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Xylulokinase
molecule tags Transferase
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 162
structure length 497
sequence length 500
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2009-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hz6A01
3D2FB 3BP8A 4GNIA 3HM8A 1J6ZA 4FWKA 4FWMA 4A2BA 3IFRA 3VF2A 5AQMA 3SMSA 5EOYA 3MN6A 4FWSA 1S3XA 3BUZB 4CZFA 2IVOA 1RDWX 3O6WA 4DHYA 4CBWA 4H0PA 2HF4A 1EQYA 1Z6RA 3ATVA 5EVZA 3RSEB 2QWOA 3JXUA 4HWIA 3U9DA 4E1JA 3D2EB 4FSVA 2ZGYA 3ATUA 2QWRA 4H0TB 3H6EA 3R8EA 3M1FA 4QS8A 3QMLA 1NGBA 3O80A 5AZIA 3WQTA 2FF3B 2A6AA 2CGLA 3I8BA 2CGJA 3CJ7A 4WQ4C 4BR9A 1V4SA 2ZWHA 4FL9A 3QDKA 4QS9A 2FXUA 4JHDB 4Y0WA 1HPMA 3DXMB 3VENA 3VGLA 2QWQA 4EHTA 4BRHA 1BO5O 4FPBA 3QFPA 3FZMA 3O08A 3UE5A 5BPNA 3SJHA 3WUHA 4MO5A 3ZEUA 3LDLA 4JN4A 1QQOA 4B1WB 4PKIA 3EKSA 5JICA 1NM1A 4FWLA 2EWSA 3HSCA 1NMDA 3CJ9A 3FR0A 3J8AA 1DKGD 4PKHA 4BRQA 4IJAA 4CZMA 2Q0RA 2NLXA 1TUYA 3VGMA 2UYTA 3G25A 2P9PB 1JCEA 3O1BA 5FPNA 2QWLA 4BRGA 5B8HA 2P9SB 4WQ5C 5FPEA 1QHAA 4IO8A 5KPRA 5AQQA 2BUPA 2A42A 4BC5A 5KQ8A 4CZGA 4XH1A 4IXCA 3F9MA 4BVOA 1LCUA 1QZ5A 4H0XB 4H03B 3FFKB 1NGFA 2GWKA 3DJCA 1SAZA 3EL2A 1YVNA 1U2VB 2P9UA 2GEMA 2HMPA 5AFUH 3R6MA 4NO7A 1K8KB 1JCFA 3HI0A 1GLLO 5ELZA 2I7NA 4CZJA 2YJEA 3WQUA 4JAXA 5BRHA 1MA9B 3EN9A 4H5NA 1R59O 5KPTA 2HOEA 2QM1A 4FOEA 2ASOA 3QICA 3ZETB 4BREA 1GLDG 2CH5A 3SLCA 3FGUA 5AQFA 4BRLA 3VEXA 1HLUA 2FF6A 1G99A 2J4RA 3AY9A 3CJBA 1GLEG 2D1KA 3MCPA 1H1VA 3U8XA 3VERA 3H45C 3O4WA 3VETA 4RCHA 2A40A 3CQYA 2P9KA 4JNEA 1HJOA 4AM7A 1GLAG 5ADXA 5AQVA 1ZBSA 2YHXA 5AQSA 5AQJA 4BQZA 5CE3A 4XH5A 3FZFA 3ENOA 4B1ZA 2NZTA 3ZX0A 4FWNA 1NGHA 5EXWA 2D0PA 3UKUB 2ITMA 4BRCA 3A5MC 1CZAN 3P4IA 1IG8A 2E2OA 2E88A 4BGBA 4DQ8A 3FE1A 2P9IB 3QFUA 3RSEA 2ASMA 1HKGA 3S41A 2A5XA 4M7YA 1NGCA 2CH6A 1NGAA 3ZX2A 1BOTO 3D2EA 3QBXA 3A0IX 1QQMA 5AQIA 1QZ6A 4IJNA 2E1ZA 1C0FA 1IJJA 2Q0UA 4ISFA 5E26A 2ASPA 4A62A 3UKRB 1X3MA 1KAZA 3JS6A 3DXKB 4FPAA 5F1XA 3BF3A 3WXJA 3L0QA 2P9LB 2FSJA 5EX5A 1TUUA 4CD3A 5AZJA 1XC3A 3FZHA 1WOQA 3EZWA 4J8FA 2A41A 1BA1A 2QW9A 4BR0A 3A5NC 2GWJA 1X9JA 4LC9B 4NB4A 5AQUA 2AP1A 1T44A 3VGKA 5LJWA 3VF4A 4WQ4A 3AAPA 5E84A 3H3OB 2WUSA 4K41A 1T6DA 3VPZA 2Q1NA 4HTLA 3SMPA 4JD2B 3A8YA 3I33A 4XH4A 3IDHA 2KHOA 2P9SA 1XQSC 1KAXA 4RTFD 1ATNA 4FWQA 4BC3A 1BG3A 1GLCG 2CGKA 1U6ZA 3IMXA 4BQLA 3VF6A 5BRFA 3LM9A 3CQXA 3KZBA 3LDQA 4O5FA 1KAYA 2OANA 3M6GA 4M7XA 5AQLA 2E20A 2P9NB 3ZX3A 4BR5A 4B1YB 1K8KA 2F9TA 3CJAA 3GBTA 4BC4A 2Q36A 4I6MB 1NGGA 1S22A 3FZKA 4BG8A 1SZ2A 1ZC6A 2VWBA 3VEYA 3C7NB 3GL1A 4H5RA 5FPMA 4B1XB 1NWKA 3O5BA 1DEJA 4BR2A 5AQGA 3U4LA 1NGDA 1Q18A 3VESA 2PBDA 2A3ZA 1BWFO 1HKBA 2H3GX 3O8MA 3U9ZA 5AQOA 1SQKA 3QBWA 5AQZA 5AFUA 3MN5A 4CZEA 5BREA 1C0GA 2V7YA 3AAQA 3CIPA 3MN7A 4ISGA 4PL7A 4H5VA 4YDUC 3QB0A 3D2FA 4O8KA 5I9EB 4BRNA 5LJVA 3UKUA 5LY3A 2GUPA 2FSNA 3CERA 4K43A 3ENHA 4PL8A 4AM6A 2ZF5O 2PAVA 2YHYA 1RFQA 3H1VX 4BGAA 5F0XA 4A61A 1TYQB 1MWMA 4CZKA 5BPMA 4BVPA 4CZIA 3L6QA 4H0YB 2YHWA 4IZ9A 2QWPA 4B9QA 4MLEA 4EFHA 3UKRA 4BROA 1LOTB 3LDOA 3WEEB 4EHUA 2E1YA 2VCPA 3DXKA 3FLCO 4B1VA 4FWPA 1D4XA 2P9LA 3VEVA 3M3ZA 3LDPA 1V4TA 3ULEB 2V7ZA 3H46O 4C23A 2E2QA 2YJFA 4CZHA 4CBXA 3TPQA 4QS7A 3ID8A 4EIAA 1NGIA 3H1QA 4FOIA 4JHDA 4EAHD 3WXKA 3CHWA 3DXMA 4GY2B 1BUPA 3HTVA 3VEOA 4L3QA 4Z94A 1WUAA 2NRHA 4M63C 2BTFA 1KXPA 4BRFA 3FZLA 4B1UB 5KPZA 3IUCA 4BRDA 3LL3A 5F2RA 3A5LC 2D0OA 5TKYA 4PKGA 5BPLA 5BRDA 3VEWA 4FO0A 4BC2A 1QQNA 4K42A 4JD2A 2V52B 4BRAA 1ZXOA 3SK3A 1GLJO 4DCHA 3WXIA 2AA4A 2YCHA 4MLHA 2HF3A 3HBTA 2P9PA 1ESVA 3EKUA 5AZIB 3GOIA 3H3NO 2GELA 5AQKA 1NLVA 5FPDA 2YI1A 2I7PA 3WXLA 4BR4A 5AZJB 5KQDA 2IVNA 3BEXA 2Q2RA 5EY4A 2F9WA 3R9PA 1X3NA 2P9NA 2QWMA 3CETA 4CD1A 4H0VB 3EO3A 1ATRA 1ATSA 1HUXA 3W3DA 2V51B 2Q97A 5AR0A 3MMVA 4CBUA 5AQTA 2VYPA 3KVGA 5AQPA 5AQXA 5JLFA 3ZEUB 1U2VA 3LM2A 4I6MA 3UB5A 4FWRA 1NGEA 3L4IA 3DAWA 4H5TA 2FLOA 1P8ZA 2IVPA 4IWVA 4WQ5A 4BG9A 2QWNA 3C7NA 3C0BA 4BR7A 3CJ1A 5JMVA 3DWLA 4F9OA 1DGKN 3OHRA 1GLBG 3WT0A 4CZLA 4CJ7A 3ZETA 4KBOA 2DPNA 5AQWA 1MWKA 5AQYA 4ISEA 4DB3A 3GE1A 2W41A 2FSKA 2QXLA 1E4FT 4H5WA 3LDNA 5AQHA 4A2AA 4BRIA 4CI6A 5BR9A 1YUWA 3O1WA 1Z05A 1YAGA 4H0OA 3W0LA 4BRPA 2W40A 3CI5A 2E2NA 3MK6A 1NGJA 2P9UB 4K25A 1JCGA 1BDGA 3D7EO 1Y64A 4BRMA 5ADXH 1RGIA 2Q31A 3VOVA 3GG4A 5BN8A 1GLFO 3CJCA 1YXQA 2GTDA 3KHYA 1TYQA 3TU5A 2P9IA 3MDQA 1MDUB 1XUPO 1OKJA 2IIRA 5JLHA 5AQRA 3MN9A 3HZ6A 4YDUA 3GDQA 3AARA 5AQNA 2E8AA 3BF1A 1BA0A 1HKCA 3WEEA 4MO4A 1HX1A 2D4WA 4XEIA 4BRKA 4WYBA 3ULEA 3A5OC 1BU6O 1E4GT 1T6CA 4FWOA 4RWTA 3VEZA 2E2PA 1NBWA 2P9KB 3B8AX 5BN9A 2ZGZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXBA 4EP5A 4R79A 4X66K 1HYZA 1S3XA 3BUZB 4OX9K 2GV9A 3B6PA 3RMCA 1VQ9N 4HTUA 3VQ4A 3RSEB 1WSGA 3N4QA 4DR2K 3BZCA 1IO2A 4RW4A 4LF6K 3NE6A 3U9DA 2KQ2A 3D2EB 1BCMA 2QWRA 1Z26A 3R8EA 3M1FA 4QS8A 4CF9A 3SV3A 1T3VA 4BY9C 3O80A 2A6AA 4HUEA 4NCBA 1TK8A 2CGJA 3CJ7A 4BR9A 4AF1A 2ZWHA 4JI1K 3NMUA 1IBKK 4DWIA 3M8RA 2O8BA 3O08A 3SJHA 3L4QA 5FRMA 1SKWA 4GKKK 3EKSA 4DS5A 2EX3A 3HSCA 1NMDA 3RVCA 4JKBA 1EX4A 3FR0A 3ASMA 3J8AA 1DKGD 1EETA 2FBXA 4CEDA 1RTJA 2Q0RA 2HBMA 5HRRA 1TUYA 3DLLL 3OJSA 2P9PB 3O1BA 3O4NA 5FPNA 1WAFA 4JKCA 3IG1A 4QOZB 1UA1A 1N8RO 4BRGA 2BUPA 2A42A 4BC5A 4CZGA 4XH1A 4CHZA 1FKOA 1LCUA 5HROA 2D5RA 4YOXA 1U47A 3MAQA 4FLYA 4FM0A 4AHCA 2P9UA 5AFUH 4ZTJA 4JV5K 3AVNA 1KFDA 1S5JA 1BIUA 2I7NA 3E9OA 3TAPA 4E7KA 1R59O 5KPTA 3VQ5A 2ASOA 1TL1A 3KD1E 2O8CA 3FGUA 3PY8A 1NU0A 2HSTA 3P38A 1OVQA 3QINA 2HBKA 4YOUA 1G99A 3VERA 3CJBA 1GLEG 2D1KA 3MCPA 3U8XA 3PX6A 3H45C 2UXCK 3SPYA 3VETA 4LSLA 1Q8IA 2A40A 4DU1A 3Q7CA 3CCRN 1ZBSA 3THWB 1NK9A 4PUOA 2HHQA 4BQZA 5CE3A 5M1NA 4FJ7A 4OJRA 4XH5A 3FZFA 1ZBUA 4KRFA 3ZX0A 1IKYA 4J2BA 5EXWA 4BRCA 3V81A 4DQ8A 3NVMA 3ITHA 4FVUA 2AJQA 3FE1A 4M41A 5DMRA 3QFUA 3SAFA 4NLCA 1A5XA 2ASMA 3V9WA 3MX5A 1C0MA 3F2KA 2CH6A 1NGAA 3RMAA 4A5BA 4C1NK 5AQIA 4CGGA 2Z1JA 1HNWK 4CJEA 4DQIA 1L3VA 1JL2A 1HPZA 1O1WA 1YI2N 2ASPA 2UXDK 4IO9L 1X3MA 3MEGA 3O4QA 4JI2K 1QSYA 2F96A 4JKHA 4FPAA 3VMFB 3WXJA 1BIZA 2P9LB 1ILYA 4LFAK 2FSJA 3OS0A 5KGXA 1WOQA 3PV8A 3EZWA 2VWJA 1ZYQA 2Z1HA 4M45A 4M3UA 5AQUA 4CFAA 1T44A 2HNZA 2W6KA 4BDZA 4WQ4A 4JEPA 3CFOA 1CXUA 2WUSA 3VPZA 4HTLA 3ZSRA 4JD2B 2YNIA 3C6TA 3TANA 1Q82O 4CF8A 2KHOA 2P9SA 3AO2A 3E66A 4LH4A 4DS4A 1ITGA 4CJ5A 3HK2A 1Q9XA 4FJKA 3CCVN 4CERA 4RTFD 4CJ4A 3ZSVA 2IS3A 4CEFA 1GLCG 2CGKA 1U6ZA 4ID1A 3LM9A 3KZBA 2IAJA 3LDQA 4OPKA 1VSFA 1XMOK 2E20A 4OKJA 3KKSA 2XRIA 2VGMA 3NH0A 1K8KA 2LSNA 3E1YA 4CJLA 4DSLA 4DTRA 4KHWA 2Q36A 1I39A 1NGGA 3TAMA 4DTUA 4V19S 4CK2A 2ETJA 2UU9K 3CC2N 1NJIO 5GAHP 3K5OA 1NWKA 1U45A 1DEJA 4FJ5A 1X1PA 1NGDA 3QNOA 2PBDA 3K59A 4O5BA 5C2DA 1J54A 3OYMA 1IH7A 3CG7A 4OPJA 3K57A 3WNEA 3TWHA 4CHYA 1WSHA 1GOCA 3U9ZA 4FYDA 5AQOA 5AFUA 1VSLA 4JRPA 3CM6A 1Q81O 1C0GA 4DU4A 3I0RA 4ISGA 4YDUC 3HPOA 4DSIA 3SI6A 2GUPA 3ID6A 4PQUA 4K43A 4PL8A 4OLBA 2ZF5O 2YHBA 4E1MA 2YHYA 3H1VX 4IFVA 3PLAA 1I3AA 1HNZK 1VSIA 1K8AO 5HP1A 4DQPA 1RT6A 4NCGA 1U4BA 5FLXO 3G10A 2YHWA 4IZ9A 2QWPA 4B9QA 3CXCM 2HHVA 3SCXA 3UKRA 4BROA 3EZ5A 3RR7A 2VCPA 3DXKA 3FLCO 3C95A 3ZT2A 4Z4FA 3VQCA 3M3ZA 1NKCA 3H46O 4IKFA 2YJFA 4CZHA 4FK2A 4QS7A 1TK5A 4FOIA 3WXKA 3CHWA 1KFSA 4GY2B 3OBWA 5CHIA 3VEOA 3QEPA 1WUAA 4CEEA 1FK9A 1WLJA 4BRFA 4B1UB 3V1OA 5KPZA 3IUCA 4RW8A 2P51A 5F2RA 4CEBA 4CGHA 2G8HA 4JI0K 4DV2K 1HJRA 1QQNA 2WONA 4JKAA 4FJXA 1CLQA 4KTQA 3O9UA 4KI6A 2ZM6K 3A2FA 4YHHK 4FJGA 1GLJO 1HRHA 2AA4A 3OYNA 3DMJA 4JI7K 2ATQA 2P9PA 1ESVA 5HL7L 1XHZA 3HO1A 3VQDA 3U3GA 4FJJA 3ZT0A 1T03A 5KI6A 3IRXA 3VQAA 5KQDA 4CK1A 3SV4A 1NKEA 3T1HK 2QWMA 3TTFA 1ATRA 3AO4A 3OYBA 1HUXA 2RHKA 3W3DA 5FRNA 2V51B 3MMVA 4FW2A 1C1CA 5JLFA 3UB5A 2X6SA 1P8ZA 1IKXA 1ZBIA 1IBMK 4ZHRA 4BR7A 4LFCK 2UXBK 3O9RA 1RBSA 4OKKA 4AHSA 2PYLA 1DGKN 1GLBG 3VQ9A 2A1RA 4KBOA 4ELUA 3E9PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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