3I55N

Co-crystal structure of mycalamide a bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i55N00
3J7ZO 1YJWN 2OTLN 5GAHP 5GAEP 3CCUN 1Q86O 5HL7L 4WFNL 1VQON 1VQ7N 1VQ8N 3CC7N 3I55N 3CCQN 3CCJN 1S72N 1YHQN 1QVGM 5JVGL 1KQSM 4U67L 3CPWM 1YJ9N 1YITN 1YIJN 3CF5L 2QA4N 1NJIO 4UY8O 1VQMN 1VQLN 3CCLN 1OVYA 4IO9L 1JJ2M 1W2BM 1YJNN 1VQ4N 1Q82O 3CXCM 3OW2M 5DM7L 2QEXN 1Q7YO 1Q81O 4WFAL 1YI2N 4WCEL 3CCMN 5JVHL 1VQPN 3G71N 3CC4N 1M90O 1VQNN 5GAGP 2ZJQL 3G4SN 4IOCL 3DLLL 1N8RO 2OTJN 5GADP 4WFBL 3PIPL 1K9MO 5MLCQ 3CC2N 1QVFM 1KD1O 3I56N 5H1SQ 5DM6L 3CMEN 1ILYA 3CCEN 1KC8O 2ZJRL 1K73O 3PIOL 1VQ6N 4IOAL 3CMAN 3CD6N 3CCSN 3CCRN 1VQ5N 1K8AO 1M1KO 3G6EN 1VQ9N 1VQKN 2ZJPL 4WF9L 3CCVN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6QA 1C0MA 4B9MA 1KAZA 1YJWN 1WSFA 4KHUA 4BR0A 4K0KK 5HP1A 2VYPA 3CCUN 3DWLA 1BGXT 5E84A 1TYQB 1ZXOA 3AO2A 1OH7A 4X66K 4Y0WA 4CEFA 4LC9B 5E26A 4A59A 5JVGL 4K41A 3O6WA 2XRIA 3NBPA 1UWBA 1RBVA 4BRFA 1NJIO 4BC4A 1L3UA 3KD1E 2O8FA 5KRSA 2O4GA 4CHNA 3C7NB 3CERA 3ZSWA 3E1YA 4DQ8A 4YFUA 2VWJA 2E88A 1DTTA 3VA0A 3SNNA 2QWLA 4DV6K 1NOZA 2QWRA 4RW4A 5F1XA 3THVA 1EWRA 5FRMA 3S3NA 4FJIA 1A5WA 5I42A 3E9PA 1TKTA 3MXIA 1KLNA 5D3GA 1YI2N 2Z1HA 1C1CA 1KAYA 1U2VB 2HBJA 1L3VA 4C8NA 4CF1A 1XWLA 4FJJA 3SJHA 5AZJB 5KI6A 1HNVA 1WAJA 3DLLL 3B8AX 3RTVA 2F7TA 1K9MO 5MLCQ 5TKWA 3CETA 4IFYA 1NMDA 1HKBA 3DXKA 4IG3A 2A1RA 3MECA 3V4IA 5M1PA 4F9OA 4CIFA 4O0IA 3RMAA 3IG1A 1JCEA 3ZYYX 1HMVA 1GLFO 4CGHA 4IOAL 4CJQA 3AVLA 1N6QA 3GG4A 4DUZK 2BTFA 1RT7A 3CCSN 4JS4A 3THXA 1Q9YA 4FWKA 3L2VA 2FBXA 1OVQA 4Z4IA 3HRGA 1M1KO 3CJ1A 3RSEB 3VEZA 5A2QO 2RE2A 4XIUA 2O8CA 2D5RA 4CK2A 1Q86O 1LOTB 4JLHA 3LAMA 4WFNL 4FJMA 2FSKA 3MAQA 4G1QA 2IOCA 4CBUA 3TI0A 2UU9K 4BRHA 2HHTA 5C12A 4DLEA 4U67L 3ZSOA 4YOTA 3OHRA 3J81O 3FFKB 2YNIA 1D5AA 5C15A 2FSJA 4O4GA 4R5PA 3CM6A 4DV2K 3LZIA 3SCXA 1W97L 4CBXA 4CHQA 4B1XB 3DXMB 4CK1A 4QS8A 4CJ5A 4AHRA 1F21A 2VCPA 2QEXN 2FC0A 1NGJA 1H1VA 1HNWK 1NKCA 3J8AA 1J6ZA 1V4TA 3LDNA 3KIOA 5AQPA 4WCEL 1L3SA 4FLUA 3ZX2A 4F2SA 1J5EK 5HRRA 2OPSA 2ASPA 4KO0A 5B8HA 3K5LA 3WT0A 3ZSVA 1NK5A 3R1XA 4CE9A 3LAKA 3F5TA 3OYFA 1NMNA 3U3YA 4BRPA 4I9QA 4YDUA 4N76A 2FBYA 1WSEA 2O8DB 1I3AA 2KQ2A 1WSJA 3DRRA 3HPOA 4FM2A 5AQZA 4B1WB 3WXMB 1RDAA 4JRPA 2W42A 4NXNK 4JD2B 3OBYA 1JCGA 3KVGA 3CMAN 5JLFA 3ALYA 4H03B 1FJGK 2WFBA 4NB4A 4FVMA 4JN4A 4KREA 3CHWA 4BWJA 2HHVA 4M3WA 3K57A 1N33K 3JS6A 3ZT4A 3HXMA 4AILC 3VENA 3J7ZO 4CIEA 4O55A 1MWMA 3THWA 2WOMA 4GVMA 5AQRA 2G8IA 1I39A 2ZQBA 3SPZA 3E9OA 2X6SA 2IC3A 1ASVA 3M6GA 4AHVA 1VQON 1XI1A 3OYDA 1KCFA 5JS2A 2P9LB 4FL9A 4CF0A 3W3DA 4FLXA 4CZJA 3P31A 3D2FA 1S72N 5C2FA 4LF9K 4C8LA 2IVNA 1GOCA 4B9VA 1HJRA 2QKKA 2OYQA 3F2KA 3OYNA 3L2RA 3MEEA 1IH7A 4CFAA 2D0AA 3DLHA 3D45A 3KLIA 3D2EB 1ASUA 1ASWA 4OJRA 1C0UA 4AHUA 4IEIA 1X9SA 4M3TA 3AVIA 3NF7A 4BWMA 5J2NA 3VQCA 3OYIA 2HBLA 3VEVA 3H45C 4CEQA 1P90A 2XO7A 3U9ZA 5DM7L 1FKPA 5AQKA 2QWNA 1NK7A 3OYKA 4DR5K 4CJRA 4BR2A 3KK1A 2QWMA 2YHWA 4FWOA 3K5NA 3PO5A 3FZHA 4DSFA 5AR0A 4KPYA 1NKEA 1N32K 4E1NA 1ZBIA 3M8QA 4A61A 3OA9A 3CG7A 3KLEA 1M90O 4IOCL 3O3HA 3NH2A 4IWVA 4IZ9A 1BQNA 1QQOA 4OX9K 4FOIA 4BR7A 4C1NI 4WQ5C 3P38A 1DGKN 3FFIA 3O9SA 3DM2A 1R0AA 2OZSA 3EZWA 2EHGA 5C42A 1V4SA 1N5YA 2O8BB 5C10A 4ISFA 4KH6A 3U8XA 1EQYA 3T1HK 3TAPA 4DR3K 3ZX0A 4CEBA 3ENHA 4RG8A 4X62K 3G10A 4CD1A 1LAVA 3L2UA 3I0SA 3KKRA 5AQSA 4KHSA 3VQEA 3S3OA 4M42A 3PLAA 1ITGA 3UKRA 4CF2A 4QS9A 4FWLA 1BDGA 3T1YK 1RBTA 4FPAA 4CZLA 4DHYA 5F0XA 1TYQA 1IBMK 1S6PA 2HHWA 3RVCA 1RT4A 3AVNA 1IV0A 1NGGA 1FKOA 1VQ7N 4KB1A 1J53A 3TTCA 4IJAA 4CEDA 5FROA 3I55N 4B9NA 1HLUA 4F4KA 4B8AB 4CW7B 2P9KB 5GIPA 4B9TA 3QEPA 2HF3A 4DQIA 4DG1A 3ZSYA 3EKUA 3C7NA 3MCPA 4CZHA 3RRGA 2E1ZA 4LH5A 3QEXA 3MEDA 3QERA 1VQ4N 4CZIA 4BE0A 2NLXA 2YKNA 2G8UA 4FLVA 3PO4A 1HX1A 4KTWA 2D0OA 5HRSA 4AHTA 2Q0UA 3QIPA 3CI5A 3VTHA 3E66A 2YHYA 4YHHK 2HW3A 1ZBUA 4YY3K 4IOXA 3O4QA 1XC3A 3SYZA 2FXUA 4XEIA 4E3SA 4NCAA 1U2VA 3T1AA 3CC4N 2E1YA 3HPHA 3V1QA 4YOVA 4B9UA 3LDQA 5AZJA 3DOLA 5GAGP 3G4SN 5AFUH 1Z6RA 1TV6A 2VWKA 4FJNA 1S1WA 4LF5K 1SS6A 3HOSA 4EHUA 1S1VA 4JEPA 3G0ZA 2X74A 2QW9A 4E7JA 3HT3A 4JK9A 1NJZA 2RHKA 3O9QA 2E20A 2W40A 5AQMA 4CF8A 1VSIA 3TPQA 1QSSA 2X78A 4IBNA 4JKGA 3ZT2A 1LW2A 2KHOA 3OTOK 3R8EA 4DWIA 3TAMA 4E7KA 4GY2B 4YORA 4Z4CA 4DTRA 4I7FA 3QNOA 4CJTA 3RSEA 1HUXA 4E7LA 4BRDA 5ADXH 3VEOA 1IKWA 3QLHA 4KKOA 4MLEA 4CJFA 4RW6A 2IS3A 4LF7K 1KVCA 4J2DA 2E6LA 3R3LA 2OTLN 1YVUA 3ATVA 5IWAK 2A42A 1J5OA 2YHBA 3T7ZA 3RWUA 3J7YP 3TTDA 4B1ZA 3EY1A 4DQPA 1RCHA 1S9EA 4CHYA 5CY4A 4CCHA 4CJSA 2OA8A 3VPZA 4BROA 2PYJA 1WN7A 3C6HA 1DT9A 1DEJA 3RMBA 3WNGA 3A2FA 1TK0A 4KH4A 3CPWM 2P5GA 3CF5L 1WUAA 5LJWA 3PV8A 3VQAA 2GEMA 4OKJA 1KAXA 2KLAA 1QHTA 5BRDA 5KTQA 5JS1A 2P1JA 4NCGA 2WUSA 1TL3A 4Y1CA 1SAZA 3DXMA 5EOYA 2F8SA 3VA3A 3MWPA 4DV5K 3HSTB 3SV3A 4M3RA 4DCHA 2RPIA 3VEWA 4B9LA 3A0IX 3DLBA 3BGRA 5CZ1A 2ITMA 4XH5A 4GNIA 1QZ6A 2KKZA 4WFAL 1SQKA 2RKIA 1VHXA 2H3GX 3U3GA 1CZ9A 3L8BA 4CJWA 1FXXA 1WBDA 4FWMA 4R79A 3CM5A 3KK3A 4FW1A 4LFAK 3QINA 1BCOA 2O8DA 4ILJA 2GTDA 3HPGA 5GIOA 1N36K 4CJ7A 1HYSA 1CZBA 4JD2A 3MCAB 3THYB 4DFPA 3CD6N 4O44A 3NFAA 1QHAA 4CF9A 5HRNA 2DFFA 3MX5A 1VSFA 4A57A 4ID5A 1FW6A 3OYGA 1K8AO 5BRHA 3EO3A 1NGDA 2F96A 2PBDA 3HM9A 3G6EN 3CYMA 3C0BA 1YT3A 2A41A 1RTHA 2YKMA 5KQDA 2AA4A 1GLAG 3VN5A 5GAHP 1U48A 4L3QA 3OYCA 3KK2A 2O4IA 1XQSC 1EWQA 1RT5A 4M3ZA 4IXCA 3O1WA 3CCJN 1XMQK 1X3NA 3C94A 2F4VK 2BE2A 5J1EA 2YJFA 1LWEA 3R6MA 1REVA 2BANA 3D2EA 3L0QA 2DTUA 2Z1IA 4HCBA 2GUIA 3AVHA 4BY9C 4IO9L 2Z1GA 4H5TA 1B9DA 2HNZA 3KLFA 5JICA 1EX4A 3JXUA 3NMUA 3SJJA 3WEEB 3WXLA 1K6YA 4JI8K 2DPNA 2AJQA 1NGEA 3HM8A 2YNFA 3EEQA 3NGIA 2UUBK 3K2PA 2R7YA 5AQUA 2G8HA 4OPAA 3OS1A 4EHTA 1VSMA 3LDOA 4C8MA 3LWLA 3O4NA 3IS9A 3LZJA 3AGRA 3V6DA 2IVPA 4CZKA 3QB0A 2CGJA 4JK7A 3LPUA 1BWFO 3WQUA 1NU0A 4CEEA 1LCUA 4CZFA 4JRQA 1GOBA 3VQBA 4DSKA 3HJFA 3LPTA 5GADP 4B3TK 4I6MB 4JKHA 4H8KA 3VQ5A 3O5BA 2YHXA 1NNEA 2A1SA 4DR1K 4DTPA 1HRHA 2HVIA 1GLBG 3PY8A 1IO2A 2YI1A 4OPHA 2HF4A 2NZTA 4FM0A 3CCEN 2O8BA 4YOXA 4DS5A 4EAHD 4EP4A 4CJEA 5J2QA 4M45A 3PIOL 1C1BA 4GVEA 3SQ4A 3HL8A 1RT6A 1RBRA 1BQMA 2DFHA 1NKBA 5BPLA 4RCHA 1HNZK 4OLAA 4A2AA 3J80O 3AA2A 5M1NA 3VTIA 4KHQA 1TAQA 3L2WA 4H4OA 5M1QA 2ETJA 3F73A 5CYMA 1NJXA 2ZJPL 1TKXA 1JCFA 3N4QA 2YCHA 3NCIA 4FJLA 2QXLA 2V7YA 5AQWA 5IT9O 3CQ8A 1BI4B 4BRLA 4CEAA 2BGGA 2JLEA 3CJ9A 4CGFA 3LM9A 4O5BA 5M1OA 4Z4GA 2P9KA 1S9GA 4BG8A 5AQXA 1RDDA 3SMPA 3A5NC 3TAFA 4CEZA 3AY9A 2BUPA 4CJPA 2KZMA 3L3UA 3VQ8A 1XNQK 1KRPA 3OYAA 4OVLA 4MDBA 2Q3SA 3EN9A 3MXJA 4YNQA 4DTUA 1VAZA 3WNFA 3AO4A 4ZTFA 4FVUA 3OJSA 4M63C 4CESA 4W5NA 1I94K 4IKFA 2HNDA 4DU3A 3IKMA 3H3NO 4FJKA 3GE1A 1BOTO 4Q0BA 3WXKA 2HMPA 4K8XA 4FLTA 1R59O 3OYEA 4JV5K 3G71N 4H0TB 4OKKA 4CGDA 3JAMO 3DLRA 1U49A 4KHNA 4DB3A 4DTOA 1D4XA 4GV6A 1S1TA 2CGKA 2NRWA 4KBOA 3PIPL 3OBWA 1RBSA 2VWBA 4CHPA 2WTUA 4JI2K 1KD1O 1HPMA 4KAZA 3NH1A 4KI4A 1SKSA 4FK2A 4CFCA 5J2PA 3ZEUB 3NGYA 4OPJA 3SQ1A 2O8EB 1E4GT 2I5JA 4BVOA 4DV1K 3HTVA 4ILGB 3HP6A 3LL3A 2G8FA 4CGJA 3U9DA 3OYBA 1S1XA 4KFBA 5M1KA 2KZZA 3UKUB 4IDHA 3V9SA 1HJOA 3HBTA 4C1NK 1DLOA 1U45A 1CXUA 3VQ4A 4CZEA 3TANA 2OPPA 2HBKA 4W5OA 3N4PA 3ZX3A 3K9JA 1RTIA 5HROA 4DF4A 1IKXA 1QSLA 3LP3A 4NYFA 4CJ4A 5HRPA 1GOAA 1GLEG 4WYBA 4GW6A 3TR8A 5C0YA 4XH4A 4FLZA 3VEXA 5C24A 1VRTA 1YITN 3TTFA 1YIJN 2E2PA 4PY5A 1NM1A 2OCEA 3NE6A 1VK0A 1VSHA 3T19A 4FK0A 3ZSRA 3G25A 5AQQA 3O8MA 4FWSA 3M1FA 4LY7A 4H0PA 1UA0A 4WQ4C 4H0OA 2HNYA 3ZSXA 3OYMA 1QSYA 4FJ8A 4H5NA 1NJWA 4B8CA 4DF8A 2XHBA 3TABA 1RTDA 1SKRA 2FBTA 1TK8A 4HUGA 3WXIA 4J2AA 2HSTA 3VESA 2IIRA 3NH0A 4Z4EA 2KFZA 4RWTA 5JVHL 1VRUA 4H0YB 2OPQA 1NBWA 2EWSA 3E9LA 1JXBA 4XH1A 3M8RA 3AO1A 1KVBA 1ZBLA 4GKJK 3IRXA 2W6KA 3WNEA 4CFDA 4C23A 4B1YB 2UXBK 3L4IA 5CE3A 3CJCA 4IG0A 1J54A 4A62A 5H1SQ 4KB0A 5LY3A 4NXMK 1T03A 1ILYA 1QZ5A 4OGCA 2OZMA 3TSQA 3R9PA 3THYA 1KC8O 3VOVA 5SWMA 1TUUA 4C8KA 1T8EA 4K8ZA 4ELTA 2UUCK 1VQ9N 2NRHA 2GUPA 4WF9L 3CCVN 3CC2N 3OVNA 5AQFA 1X9JA 3TAQA 3NF9A 4FWPA 3A5OC 3FGUA 4W5RA 1HNXK 4FYDA 1RTJA 3QEWA 1Y97A 1IJJA 4FJXA 1JXEA 5HOOA 4F2RA 3CCQN 2QWPA 2D1KA 4KV8A 4PL8A 4HTUA 5EXWA 4LF6K 3NDKA 4E0DA 5AQOA 1SKWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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