3I55N

Co-crystal structure of mycalamide a bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 49
2040608010012014016018001020304050
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (11-15)EMPTYS4 (101-103)S2 (44-49)AH3 (78-94)TIV1 (57-60)AH7 (169-180)TII'1 (104-107)TII1 (110-113)3H2 (133-135)AH4 (114-125)AH5 (139-143)AH6 (145-152)TIV3 (157-160)TIV6 (181-184)S1 (33-37)3H1 (64-69)AH2 (20-29)TI2 (39-42)S3 (56-59)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i55N00
5DM6L 5GADP 1S72N 3CCVN 3CMAN 1Q81O 5JVHL 1QVGM 1N8RO 1VQ7N 5DM7L 3CCUN 3J7ZO 4WCEL 1VQPN 2OTLN 4IOAL 1ILYA 4WFBL 3CD6N 1VQ6N 2QA4N 3G6EN 4WFNL 1K8AO 4WFAL 3CC4N 1KC8O 1VQKN 5GAHP 1M1KO 5H1SQ 5GAEP 1Q7YO 1K9MO 5MLCQ 3OW2M 1YJ9N 4WF9L 1YITN 1KD1O 3CCRN 1YJWN 1YHQN 1VQ8N 4U67L 3CCJN 3G4SN 3CCMN 3CCQN 2ZJQL 3CCSN 3I56N 1YI2N 3CCEN 1OVYA 1K73O 1Q82O 1VQLN 5HL7L 1VQ4N 2OTJN 4IOCL 5JVGL 1YJNN 1VQNN 3G71N 1QVFM 3CMEN 1VQON 1VQ9N 4UY8O 3I55N 3CXCM 1Q86O 4IO9L 2QEXN 1VQMN 3PIPL 1M90O 3CC2N 1YIJN 1JJ2M 3CC7N 3CF5L 5GAGP 3CCLN 3PIOL 1VQ5N 1KQSM 3DLLL 1W2BM 2ZJRL 1NJIO 2ZJPL 3CPWM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K5NA 4DTNA 1L5UA 2D0AA 5BN8A 3O9UA 4ELTA 2P9KA 4MDAA 4BG8A 1ASUA 3CERA 1SL2A 3ID6A 4IJAA 4DV6K 4Z4EA 5LJVA 3VA0A 4BGBA 1VSEA 2GUIA 1NK6A 2UUAK 2Q0UA 2VWKA 3CJAA 1T8EA 2QI2A 5BRFA 3SQ4A 2JWLA 5GIOA 3SAGA 4YDUC 3VEYA 3B6PA 3SYZA 3KLIA 3EN9A 4KHSA 3G25A 1T44A 2HSTA 1LWEA 3VA3A 2YHBA 3R8EA 3PX4A 3LPTA 1NKBA 3DXMA 1RBTA 4B1XB 2VGNA 3WNGA 3CI5A 2OPSA 2NLXA 3NDKA 4H5VA 1I94K 3N4QA 5F1XA 3EEQA 3KD5E 1ZBUA 5ELZA 5AR0A 3WNFA 2IS3A 2DTUA 1KVAA 2OTJN 1J5EK 4AHUA 5T7BA 5AQFA 4GMJB 4G1QA 1DLOA 5GINA 4EP4A 2P9PB 1IO2A 4O0JA 5HOOA 1L3TA 4BR0A 3O4QA 3TAGA 4H03B 4JKCA 3O5BA 4CZKA 3I55N 4FPBA 2Q36A 2D4WA 2FBTA 4RW4A 3CJCA 1JLFA 1TYQB 1JJ2M 1N36K 3DM2A 3QESA 3QFPA 1R59O 4H5RA 3JAMO 4OPHA 3T1HK 3CPEA 3AO1A 1XHZA 2IVNA 3R3LA 5AQGA 5HLFA 1RDUA 2EWSA 2YHXA 1OH5A 4CZIA 3RMAA 5TKYA 1NMDA 4BRMA 2YNHA 1S3XA 4AHRA 4KTWA 1VSJA 3P31A 2Z1IA 3J81O 2E2OA 3DRRA 4DTXA 3QBWA 3SPYA 1D5AA 4Z4GA 3OY9A 3L2QA 3QETA 3LZIA 1KFSA 3P38A 4M3YA 3TSPA 1HJOA 4FJ7A 2ZM6K 1I3AA 4HCCA 1CXUA 1XNQK 1WBBA 2D0CA 2KTQA 3LP3A 3WXIA 4DU1A 2HVHA 2HHTA 4DFKA 1RT5A 4KI4A 3QB0A 4DTUA 4B9MA 3LDOA 4H0TB 4E7JA 5TKWA 4IFEA 4NYFA 3DRSA 1GLAG 3BF3A 3OYKA 3VTHA 3L2RA 1S1XA 4IJNA 3CCQN 3TSQA 4PKHA 1NGHA 3RMCA 3EO3A 4O55A 2OPRA 2YNFA 3OS2A 3M3ZA 2QWLA 3FZKA 3VQ6A 5GIPA 4F3OA 4JI4K 5FPNA 2HHQA 1GOAA 4H4MA 2QW9A 2DFEA 2HMIA 4A57A 1TAQA 3TABA 2E2NA 3THYA 5HROA 2KQ2A 4CZEA 1GLDG 1S6QA 4IEIA 1EX4A 2EX3A 3BZCA 5M1KA 4LF4K 3OJSA 1TGOA 5HP1A 1YIJN 2KZMA 1L3SA 5M1QA 3I8DA 1C0FA 3I8BA 4BR9A 3HI0A 5C2DA 5J2QA 4XEIA 1K6YA 3OBWA 1W2BM 3I0RA 4Q5VA 1DKGD 3MEGA 1SL0A 3VQCA 4BC5A 1C0GA 2RPIA 3HXMA 5EVZA 2NUBA 2LSNA 5I3UA 4RWTA 3QEXA 2EHGA 3HSTB 5BPNA 4IFVA 3DXKB 2HF4A 2P9SA 4B08A 2F8TA 3A5OC 3VETA 4KAZA 4N76A 4DSIA 2P9NA 1RNHA 1WSIA 1LOTB 3MCAB 3SI6A 3H3NO 5C12A 1U2VB 4CIEA 4NXNK 2E20A 4FWPA 3HBTA 4BQZA 4PUOA 3QICA 3WXKA 4OKJA 1VAZA 3OS1A 4OVLA 1O1WA 3MEDA 2IDOA 4NB4A 3ZT2A 1WOQA 4M3ZA 1IKVA 1XMOK 2ZGZA 3FFIA 1SL1A 4B1WB 1ASVA 4ZHRA 3OW2M 1FJGK 4FPAA 3CIPA 4KRFA 4BQLA 3ZEUA 5BRHA 1VSDA 3THVA 4O44A 4F2SA 1KFDA 2ZJQL 2IAJA 3O80A 4C8KA 2VWBA 4N5SA 3M5RA 3O08A 2B6AA 4PL7A 4FOEA 5AQMA 1VSFA 1VSHA 4JKAA 4B3TK 5HL7L 3KVGA 2G8HA 1XNRK 3ASMA 4CFAA 3GOIA 2G8FA 5E84A 4M3RA 3HM9A 4FM1A 4B9SA 4GVMA 2HMPA 2HHXA 1VRTA 2JLEA 4LF9K 4K8ZA 4FK4A 4WQ5C 3FZMA 1XQSC 4KHPK 4B1UB 3PO5A 4G9ZA 3O9TA 4I6MA 3QEWA 4C1NK 3S3NA 3KTQA 3FZLA 3NVMA 4U7BA 2WFBA 1RDDA 4DQRA 3VQAA 4J2DA 1J9AA 3HOSA 2NZTA 4Y0WA 4PL8A 3K5OA 3WQUA 3HPOA 3AY9A 5HRRA 1NM1A 3QIPA 1ATNA 2WBNA 1NJIO 3EZ5A 3CPWM 3CYMA 1BOTO 4LSLA 2KW4A 4CJPA 2V52B 3L3UA 2P5GA 2XY8A 3OVNA 3ZSZA 1HUXA 1WSGA 1GLFO 1SAZA 3DOLA 2P5OA 3EZWA 1HNXK 2BE2A 4J2AA 2E2QA 1HJRA 4B1YB 4DS5A 1W0HA 1W9HA 3MN6A 4DU3A 3I33A 2PYJA 4CD3A 4KHYA 2D5RA 5E41A 5GAHP 5H1SQ 5GAEP 3M1FA 4ELUA 5K14A 4DF4A 4KB1A 3VOVA 3AV9A 4OO1J 1BU6O 1RTDA 1UA1A 3FZFA 3ISNC 4F2RA 3DRPA 1NGGA 4CJEA 1W97L 2YJFA 3E01A 4ISFA 4PWDA 2HHWA 1GLCG 4CJSA 2D1KA 2AP1A 1B92A 3HL8A 1QSLA 3NGYA 4CEDA 3K57A 3OYAA 1J5OA 4FWSA 1LAVA 4YHHK 4JK8A 4M63C 1Z6RA 3D0PA 3ZX3A 5JMVA 3K58A 4GKKK 2V7ZA 4E7IA 4BRAA 5M1FA 3VF2A 4FCYA 4XIUA 3VQEA 1BDGA 3SLCA 3NF9A 5BRDA 4H0YB 5M1PA 2V51B 3JYTA 1V4TA 5C2FA 4NCAA 3KJVA 1HMVA 2QWPA 4CGGA 4B1ZA 3AA5X 1XC3A 2X6NA 3HSCA 2YNIA 4C8MA 4E1JA 1VQ5N 3HO1A 4FWQA 4CJUA 5CYQA 5FDLA 2HBLA 2ZJRL 1KAZA 1NG9A 4BR7A 3VPZA 4X66K 2YI1A 2WOMA 4F3TA 4LC9B 2ETJA 1BISA 3TR8A 4BG9A 3IDHA 4FO0A 5DM6L 2BTFA 4IXCA 4CK2A 2FBVA 5DM7L 4B9QA 3LWLA 2O8CB 4MDBA 4TSXA 4JN4A 2BGGA 2FXUA 3VGLA 3HJFA 1RDWX 1WSFA 3A0IX 4N41A 1D9DA 1QQOA 3AO2A 3LALA 4HTUA 2ZQBA 4AHVA 1LCUA 4CZGA 4DB3A 3DI6A 3O6WA 1KLMA 3T7ZA 3KD1E 5AQQA 3CFOA 3AVJA 2Y1JA 2PY5A 4DCHA 4E0DA 2V7YA 3IUCA 4LH4A 4FJMA 3OYJA 2UXBK 3VERA 1X3MA 2FBYA 2H3GX 4H0VB 3R1XA 4HVJA 4B3OA 3RSEB 1TL3A 2G8VA 2ATQA 3V4IA 1K73O 2E1YA 5AQHA 1RFQA 3C6UA 4AH9A 3O3GA 4DSEA 4BE1A 3I0SA 4FLXA 3M8PA 1IKYA 2A5XA 2W6KA 4RG8A 4K8XA 1XUPO 2P9UB 3TAFA 3THYB 3DAWA 1LW0A 5LMNK 3E9LA 3LDLA 3OYNA 3Q7CA 3KHYA 4FWRA 3CJ1A 4CJ5A 4JI1K 4CF9A 1TL1A 3AAQA 3L6QA 4DUZK 1VSKA 2BANA 4LH5A 1QQCA 2O8FB 1NGAA 4EZ9A 1JLEA 4AM6A 5AZJA 2VQFK 3WNEA 3PX6A 5HRSA 4ISGA 1TAUA 4JKBA 3CC2N 2O8DA 1CZBA 2Y1IA 3E9PA 4JHDA 4FJHA 1S9EA 3LM2A 3CG7A 1D8YA 2A1SA 2X74A 3VQPA 2A3ZA 4FM0A 5LMUK 4CERA 4X65K 5KPRA 5B8HA 2W40A 1XC9A 1NU0A 2FSNA 4ID1A 3W3DA 5GADP 3L8BA 2CGLA 4FYDA 2X78A 3ENBA 4IZ9A 4BDPA 1RBUA 3MDQA 4CZMA 1XI1A 4MQ3A 3RTVA 3V1OA 3WEEA 4C8LA 3THWB 1HR0K 1W7AA 4RW9A 1JXBA 4AHCA 3M8SA 1VHXA 1BQNA 3G6EN 4HCBA 1RT2A 3QNOA 1ESVA 3OYIA 4WFAL 4OKKA 3CC4N 4M41A 4HHTA 2Z1GA 1Z05A 4X64K 1VSLA 2W6LA 1M1KO 4CF2A 1TUYA 5DMRA 3RMBA 1BIZA 2RKIA 1G99A 1OH6A 4Z0UA 4LFAK 5C25A 1YJ9N 3Q7BA 4B1VA 4FJXA 3H1QA 2B5JA 4CFDA 4R5PA 3LP2A 2JWKA 3J80O 2QWRA 4CHNA 4Z4HA 4CBXA 3M8QA 4GV6A 3KK2A 4EP5A 3DJCA 4KO0A 1TKZA 1T03A 2HHSA 5C42A 3UIQA 2GX9A 4IEEA 1NK4A 4DFMA 3SCXA 1I39A 3A8YA 4DR5K 3IFRA 3V9WA 4I6MB 1UWBA 4JI6K 5CR4A 4H0XB 4F4KA 3C95A 5LL6Z 3B8AX 3NH0A 1NJXA 5KQ8A 1Q86O 4LD0A 2AA4A 2P9IA 2AJQA 4O5FA 3NCIA 1NK0A 3K59A 5EOYA 3NF6A 1QHTA 2OA8A 2NNWA 4CBUA 3ZT4A 1T6CA 4O4GA 1Q8IA 4CZFA 4HTLA 4RCHA 5BPLA 4L3QA 2HW3A 5BPMA 5KGXA 1ATSA 1GLEG 1VSIA 5KI6A 2GWKA 4AILC 3U6FA 1GLLO 4K41A 1DTQA 4YFUA 1T3VA 3VENA 4Z4FA 2OYQA 3QIOA 4LY7A 3AA4A 4XH1A 3T69A 3VQDA 3ZT3A 2VYPA 1VQPN 2OTLN 4DSJA 1BHLA 3ZSXA 1BCMA 3CJ9A 4BDZA 1GOCA 4WFNL 4BRCA 2NRVA 4LF7K 3VQ4A 4FJ5A 3SBGA 1HNWK 4LFBK 4JAXA 5A2QO 3O1WA 3U9DA 3S3OA 2BDPA 1Z26A 3OYMA 1KD1O 3CCRN 4KI6A 3NH2A 5CZ1A 4E1MA 3C7NB 3CCJN 1FKOA 1IBMK 2OANA 2UXCK 2QWQA 1CLQA 3V6DA 3RRHA 5FRNA 5AQRA 3ULEA 1MU2A 1NK9A 1ZBSA 5AQZA 3H1VX 3HM8A 5C0YA 2JGUA 4KHQA 3P5JA 1CXQA 4BRIA 3FZHA 4JEPA 2VWJA 1GOBA 4FWLA 3H46O 4EFHA 4I9QA 3SNNA 1OKJA 3C65A 4LFCK 3ZETB 2ITGA 2E4LA 2IGIA 4CJRA 4C1NI 1TK5A 4A5BA 3U4LA 3D2EB 3AA3A 3QERA 2HHUA 4RW7A 5JS2A 3WXLA 1NK8A 3LM9A 3P39A 1G15A 4ILGB 2IVOA 1X9SA 2VG7A 3ALYA 4M3XA 5AQPA 3THXB 4DSKA 3NVKA 2GWJA 1Q9XA 1QZ6A 2HNDA 2KLAA 1YVUA 4GW6A 4MFBA 1YT3A 3NGZA 1VSMA 4I7FA 4J2BA 1ZBHA 1WUAA 3F5TA 2QWMA 4BREA 5AZIB 4DR3K 4JKHA 3SMSA 1J53A 4E1NA 2YKNA 4J8FA 1WSJA 3LDNA 4E3SA 3CCUN 2RN2A 4OJRA 4HUGA 5ADXH 4FXDA 2KFZA 3CM6A 4EAHD 4QAGA 3A5MC 5HRPA 3MWTA 1BUPA 4JD2A 4DWIA 5AQYA 3M6GA 1TKXA 2ASOA 4Z4CA 1QSSA 1RT6A 5DK5A 3R6MA 2R7YA 1LWCA 1QHAA 4LF5K 4CZLA 1JL1A 1NBWA 2OCEA 1HX1A 3T1AA 2HOEA 4IFYA 3AGKA 3U8XA 2Z1HA 3ZT0A 2FC0A 1B9FA 4EHUA 1K9MO 1YITN 5J2PA 5JICA 3W0LA 4FJ9A 4Y1CA 3FR0A 1S22A 4A2BA 1LAWA 1ZYQA 2UU9K 4MO4A 3AO5A 2F96A 1OH7A 3CCEN 4K0KK 3D6RA 1RBSA 3LAKA 4CZHA 3TAEA 2FBXA 5KRTA 3CHWA 1E4FT 1HNIA 2Q97A 4DQ8A 3CJBA 3MECA 1BQMA 4BWMA 3SQ2A 3NHGA 2QKKA 4YOUA 1WSHA 2P9LA 4JI5K 1HKGA 1JCGA 3KLGA 5LJWA 4KB0A 4F8RA 4CGIA 3AARA 2FF3B 2XY6A 1JCFA 1VQ9N 1YTUA 3VQBA 4CJTA 4GNIA 1E3MA 1L3VA 3BEXA 1U04A 3D2FB 3NGIA 2O8DB 4CJVA 5D3GA 3J8AA 3ZSYA 3QBXA 1LWFA 1ZXOA 1DEJA 3BGRA 3PV8A 5BREA 3VQ7A 3EKSA 4BRHA 1UOCA 2E8AA 3TANA 5ADXA 3U9ZA 4FLTA 3CCLN 3NBPA 1T6DA 4YORA 2UXDK 3SUNA 3ZSOA 2YJEA 3F73A 4JI8K 4B9TA 2UUCK 3ITHA 4O0IA 3MN5A 1HPZA 3KIOA 4JRQA 2YX6A 5C24A 3CCVN 4ISEA 4DV4K 3PY8A 3EKUA 3DLRA 3AVIA 3ZYYX 3BP8A 3VEZA 3J7ZO 1X1PA 3D45A 3E9OA 1HQEA 3M8RA 4CGFA 2PYLA 5EX5A 3V1RA 3CD6N 3KK3A 4FM2A 3LANA 3SUPA 2HNYA 1MWMA 3O9RA 4KH4A 2P9KB 2HBJA 3OYHA 3SPZA 3ZX0A 3E66A 1TK0A 2VG5A 2E88A 2NRXA 1U4BA 3HVTA 3C94A 3AVNA 4CVNE 1HNVA 1YHQN 4B9NA 5J2NA 2I5JA 3TTDA 1IBKK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DM6 L;  5GAD P;  1S72 N;  3CCV N;  3CMA N;  1Q81 O;  5JVH L;  1QVG M;  1N8R O;  1VQ7 N;  5DM7 L;  3CCU N;  3J7Z O;  4WCE L;  1VQP N;  2OTL N;  4IOA L;  1ILY A;  4WFB L;  3CD6 N;  1VQ6 N;  2QA4 N;  3G6E N;  4WFN L;  1K8A O;  4WFA L;  3CC4 N;  1KC8 O;  1VQK N;  5GAH P;  1M1K O;  5H1S Q;  5GAE P;  1Q7Y O;  1K9M O;  5MLC Q;  3OW2 M;  1YJ9 N;  4WF9 L;  1YIT N;  1KD1 O;  3CCR N;  1YJW N;  1YHQ N;  1VQ8 N;  4U67 L;  3CCJ N;  3G4S N;  3CCM N;  3CCQ N;  2ZJQ L;  3CCS N;  3I56 N;  1YI2 N;  3CCE N;  1OVY A;  1K73 O;  1Q82 O;  1VQL N;  5HL7 L;  1VQ4 N;  2OTJ N;  4IOC L;  5JVG L;  1YJN N;  1VQN N;  3G71 N;  1QVF M;  3CME N;  1VQO N;  1VQ9 N;  4UY8 O;  3I55 N;  3CXC M;  1Q86 O;  4IO9 L;  2QEX N;  1VQM N;  3PIP L;  1M90 O;  3CC2 N;  1YIJ N;  1JJ2 M;  3CC7 N;  3CF5 L;  5GAG P;  3CCL N;  3PIO L;  1VQ5 N;  1KQS M;  3DLL L;  1W2B M;  2ZJR L;  1NJI O;  2ZJP L;  3CPW M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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