3I56N

Co-crystal structure of triacetyloleandomcyin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i56N00
1VQKN 1JJ2M 1K8AO 3CMAN 1KC8O 3CC7N 1K9MO 1S72N 3CCRN 1K73O 3I56N 5DM6L 1YHQN 1NJIO 3CMEN 1VQ8N 1YITN 2ZJRL 1VQMN 4U67L 3DLLL 4IOCL 1VQ9N 1M1KO 1VQ4N 1YJWN 5H1SQ 5JVHL 3G71N 3CXCM 1KD1O 2QA4N 4WF9L 1YIJN 3CCMN 3CF5L 1Q81O 1Q86O 3G6EN 3PIPL 3CCSN 4WFBL 1VQ6N 3CCVN 1YJ9N 5GAHP 3CCLN 3CCUN 4IOAL 5GADP 3CCQN 3CD6N 3CPWM 1VQ5N 3PIOL 5GAGP 4WFAL 1VQPN 1Q82O 2QEXN 2ZJPL 3G4SN 1YJNN 4UY8O 1W2BM 1ILYA 3I55N 1Q7YO 3CCJN 5HL7L 2OTLN 1N8RO 3CC2N 4IO9L 1YI2N 1OVYA 1QVFM 4WFNL 1VQ7N 5MLCQ 2ZJQL 5DM7L 1QVGM 2OTJN 1VQON 3CC4N 5GAEP 1VQLN 5JVGL 3OW2M 1KQSM 1VQNN 3CCEN 4WCEL 3J7ZO 1M90O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TL1A 4RW4A 3C95A 3GE1A 4BRHA 3QERA 1QZ5A 1J6ZA 1NKEA 1QQCA 1NK0A 1NGHA 4LF5K 3VERA 5IT9O 4KHQA 3D45A 3PV8A 3VMFB 2E8AA 3I56N 3AVJA 3EKUA 1Z05A 4Q0BA 1SL2A 3L2WA 4M42A 4B1ZA 1HNXK 4YOUA 1VQ9N 1NGGA 3U6FA 2I5JA 3RWUA 2FSKA 1VSDA 5JLFA 3CIPA 3AAPA 4CF2A 3KK2A 1NJYA 4NB4A 1HYSA 2QWNA 3P5JA 2VQEK 1DGKN 4DB3A 3CCSN 4E0DA 5LY3A 3EO3A 1HUXA 2E20A 5GAHP 2E2OA 2QXLA 4M45A 3QMLA 4FLYA 2FXUA 3DI6A 3V9SA 3BZCA 2XY7A 2VCPA 4FWNA 1RDUA 4OKEA 1U45A 3THXA 3CPWM 4LH4A 3UKRB 5M1FA 1NK9A 3CQ8A 3L3UA 4GKKK 3L4IA 4FVMA 1K6YA 5J1EA 4BRPA 4JI7K 4DG1A 1RDDA 3WEEA 3G4SN 4J8FA 2DTUA 1GLCG 1C0GA 1HX1A 3TAGA 1N6QA 1NGEA 5HL7L 1VSJA 4CZEA 4DR3K 2IAJA 3AVKA 5JS1A 4IO9L 1N33K 4CF8A 4CF1A 3RMDA 5AQGA 4NXMK 1U2VA 1X3NA 2IVPA 4QCLA 2E6LA 5J2MA 3M6GA 4FM1A 3VF4A 2HF4A 1HKGA 3RMBA 2B6AA 3TAPA 3E9PA 5KGWA 2HHTA 1LV5A 4CGIA 4OGCA 4CGFA 3V9WA 2UYTA 2NRXA 4CJSA 3VQ5A 2DY4A 5FPNA 4AHTA 1BQMA 2KW4A 3ZSVA 1SL1A 3DLKA 4HWIA 1GOAA 1S1UA 1W9HA 2YNHA 4JI2K 3MCAB 3OS2A 3MN6A 2HMIA 4ZTFA 4Z0UA 4HCCA 1NJIO 4RG8A 4PY5A 3H1QA 2O8FA 3LM2A 2E2PA 4PQUA 3DLLL 4C1NI 3ULEB 5AJ3K 2VGNA 2P9LB 3QB0A 3QNOA 3VQEA 1YUWA 3NH0A 4JKAA 3CJ7A 2A42A 1HQUA 5I9EB 4IXCA 3LANA 4JAXA 1XHZA 1D5AA 3R8EA 3QEVA 4CF9A 2JWKA 4DR7K 4Y1CA 3BEXA 4FPAA 1NGIA 3ZLJA 4FCYA 2VG5A 4BROA 1RT2A 4IOAL 2YKMA 2KFZA 4KHPK 1NK7A 5M1NA 4DTNA 3T1HK 1ATNA 3CCQN 3AARA 4C23A 4JEPA 3OYBA 3MEGA 4FWSA 4CJWA 3KKRA 4NLBA 3AGRA 3U4LA 5ADXA 3OYAA 3T7ZA 4LF4K 2G8KA 1MU2A 3PY8A 4LF9K 4Z4HA 1NK8A 1T3VA 4A57A 3I55N 1MA9B 5HRPA 3L2VA 3D2EB 4ISGA 4FOIA 2F96A 4A2AA 3C94A 2E1ZA 4K8ZA 1RBUA 2EHGA 1OVYA 4O8UA 3VEOA 3KK1A 3L8BA 1NKCA 2YHWA 3THYB 1VQON 4B1VA 4BRFA 1NOYA 1RDWX 3LAMA 4DFPA 4CZIA 1KAZA 3TARA 5FLXO 3OW2M 1L3UA 1BG3A 4M63C 3OJSA 3EZ5A 4DLGA 1GOBA 1RBSA 4JKGA 1JL1A 4M3YA 4ZHRA 4H0VB 3VF6A 3AA5X 1WSIA 3DLHA 3TU5A 5J2NA 4RCHA 3KLEA 4DU1A 1T03A 3VTHA 4OPHA 5EXWA 4KH6A 2HSTA 1A5XA 4CJQA 2NRRA 4FM0A 3LM9A 3I8BA 3VQ6A 2ITGA 3VA0A 1LAWA 4U67L 3N4PA 1S9GA 4JKDA 2P51A 3ID6A 3KLFA 2IS3A 5C25A 5C2FA 2OPPA 5BR8K 1ATRA 4JI6K 1LOTB 2OPSA 4DTPA 3QEPA 3ENBA 1P8ZA 1IH7A 3QLHA 1HNVA 4WQ5A 4CHYA 4BWMA 3FZFA 4KH5A 4M3XA 2HNZA 2VWBA 2HF3A 3HTVA 3AVMA 4FLTA 4ID5A 1J54A 3SAFA 4FWPA 1EP4A 5AQWA 3EN9A 1Z25A 1B9DA 3A5MC 3WNGA 3MN7A 4BDZA 3H1VX 3RVCA 4N41A 4X62K 1RILA 3A5LC 4WFAL 3K5NA 5IWAK 3WNFA 4KB1A 3HK2A 1Q82O 3QFPA 3WEEB 1U49A 3SAGA 3FZMA 4WQ4C 4CGHA 4DU3A 1CZ9A 3MWPA 3KK3A 2J4RA 2NNWA 3AA4A 3KLIA 1UA1A 2FLOA 1U6ZA 3TAMA 2NZTA 4CESA 1X9WA 4NCGA 3MAQA 3GL1A 4DSFA 3VQPA 1RT7A 3MEDA 1LW0A 5EY4A 3V1QA 5HLFA 2FBYA 3PX4A 3SYZA 3G25A 2ZE2A 4OKJA 4H0PA 3NVKA 4FWMA 2E6MA 1EWRA 4IJNA 2GBZA 1VQLN 3U8XA 5AFUH 4K25A 4YOVA 4CJ4A 4BRIA 4Q5VA 5KRTA 4CJPA 3AVNA 4JD2A 2Q0UA 4FW1A 4CEZA 1GLEG 5BPNA 4BRGA 1WSGA 5AQXA 3DMJA 3CM5A 4H03B 4K42A 2W6KA 1SS6A 2A1SA 3HVTA 3HBTA 2O8FB 4C1NK 2ZF5O 3O9SA 4LF7K 4EFHA 1VSMA 3NH2A 3EKSA 4ID1A 3TR8A 1BIUA 1GLBG 2ASPA 1E4FT 2RHKA 1CXQA 5FPDA 5T7BA 5AZJA 1FK9A 1ZYQA 4JI5K 3G6EN 3I0SA 2FBTA 4DMNA 2Z1GA 1W97L 4CZFA 4H5WA 3SQ0A 3HPGA 1NG9A 2PZSA 3FFIA 5FRMA 3PIOL 4EZ9A 2VYPA 1FJGK 4JI4K 4JLHA 1S1TA 3IG1A 3MK6A 1TVRA 3LZJA 4O0IA 4DS4A 1RBVA 5HOOA 3L6QA 1XHXA 2QK9A 5FROA 2P9PA 3NF6A 3JYTA 3H3NO 3HM8A 1JLCA 4B9NA 4JKHA 1TYQA 2VQFK 3TAEA 1NGFA 3VGLA 1HPZA 1ZBSA 1C0FA 3LWLA 3FGUA 4BE1A 1ESVA 3SQ2A 4B1YB 1IBKK 1TK5A 5LMUK 2P9IA 1YF5L 4I2PA 4FJNA 1IKXA 3DLRA 3C6UA 4CI6A 3CQXA 3AVLA 3D0PA 1CLQA 4CHOA 3LPUA 4Z94A 2NRVA 4FLVA 3TTDA 3CCEN 4JKGB 1O1WA 5EOYA 3KWIA 2YHAA 3VEWA 4FJ9A 4O5FA 3CJAA 4KTWA 1K8AO 2F8SA 3CC7N 4PUOA 5HRRA 2HBMA 4CE9A 4HTUA 4B9MA 5DM6L 4EHUA 4AHRA 4ILJA 4X64K 4DV6K 1YITN 1VQMN 2Q31A 3OA9A 3OYKA 3ZX0A 1IKWA 1E4GT 4H5TA 3DLGA 3D7EO 4R79A 4AHUA 2R7YA 5AZIA 3U9DA 1NGBA 3NF7A 2YJFA 3H08A 4E7JA 3EYZA 2QXFA 4GNIA 1YIJN 1Q8IA 3OTOK 3CCMN 4Z4EA 3E1YA 3KJVA 1S1VA 3FZLA 3QICA 1JLAA 3A5NC 1L3TA 3DYAA 4QAGA 1SZ2A 4FW2A 3UE5A 1YAGA 2CGLA 1QSYA 2OA8A 1EWQA 4YHHK 2JWLA 2HBKA 4HVJA 4KB0A 2KTQA 3DOKA 4EP5A 2KLAA 3FR0A 3RSEA 2E2QA 3ZSYA 4Y0WA 3AO1A 4M3UA 1S5JA 4MO4A 3O8MA 3PLAA 4FJXA 1TK0A 3E9OA 1BWFO 3PX0A 3SUOA 4JKEA 5I42A 4AH9A 1BUPA 3ZT0A 3SAHA 1WBDA 3LL3A 4FWOA 1YI2N 1NBWA 4JRQA 4DSEA 4GMJB 1R0AA 3T19A 2A3ZA 3OHRA 2YKNA 3JXUA 3LDOA 4QS7A 2OTJN 4W5TA 4FLXA 4JV5K 3DAWA 3DLBA 2CGKA 2W6LA 3P39A 3ZT3A 4OJRA 2BGGA 4GV9A 1VQNN 4A2BA 2BTFA 4FO0A 4CERA 4JD2B 1VQKN 4MFBA 4CZMA 3EZWA 5BRHA 3O4NA 4GV3A 3HT3A 1YTAA 1K9MO 1S1WA 3ATVA 4FK2A 1U04A 1V4TA 4Z4GA 3TWHA 3MCPA 5AQYA 1KFDA 4NYFA 3F5TA 2LSNA 4Z4IA 1P90A 4DHYA 4BQZA 2I7NA 3L4QA 4L8RB 4EIAA 4L3QA 1C1BA 3ZSXA 4M41A 3F73A 3CYMA 3OYMA 1Q18A 4CEAA 3CJCA 3OBYA 1IBMK 1ASUA 4YOXA 5F2RA 1NM1A 1N34K 3O4WA 4IG0A 5AZJB 3ZSQA 4BRDA 4WQ4A 2ZD1A 1BI4A 4CEDA 4B3TK 3SBTA 4ILHA 4DV1K 4N76A 3MMVA 1K8KA 4E7KA 1OH7A 4BGBA 1HNZK 2P5OA 4CJFA 3NCIA 1TUUA 4LF8K 5JMVA 3RRGA 3TANA 1DEJA 2NRWA 4LSLA 1QZ6A 4DS5A 3ZCMA 3VQ4A 3BF3A 3ZX2A 2HBLA 4BRCA 3SQ4A 1NGCA 5BPMA 3CPEA 4CHQA 1KTQA 4BVPA 2VWJA 4E7LA 2UXDK 2WFBA 4BR7A 2P9PB 3PSFA 2UUCK 4PWDA 4KRFA 1TYQB 2P5GA 3OYJA 4FOEA 2IGIA 2DFHA 4RW6A 3LDPA 3PUFA 4YOTA 4JKFA 5LMNK 3R3LA 2HHUA 3I33A 4BR2A 3CQYA 4JKCA 1RTDA 2P9IB 4DQSA 1FKPA 3K59A 1E3MA 3VESA 3RMCA 4KPYA 3J7YP 2NLXA 1XUPO 1KQSM 3HZ6A 4CGDA 3D6RA 1C0TA 1BHLA 2PY5A 5EVZA 1XNQK 4I9QA 3V9ZA 4KO0A 4QS8A 4IG3A 3F2KA 3MXJA 4C8OA 4AM7A 1K73O 4DUYK 4BC2A 2VGMA 1BU6O 2KQ2A 2UU9K 5CYQA 1MDUB 2E1YA 5FRNA 2V7YA 3NDKA 5M1KA 3SPYA 3O1BA 5AZIB 2YNIA 1NNEA 3RR7A 1KLNA 1W0HA 4F2RA 2FBVA 2G8FA 1DLOA 1SKWA 3A2FA 2RPIA 4WFBL 4FJHA 4AHCA 3OYHA 2A40A 2X74A 3ZX3A 1XC9A 1L3SA 2D0CA 1NK6A 4DQIA 3L0QA 4BQLA 5GADP 4A5AA 3C0BA 4KFBA 3LP3A 4BR5A 4DTMA 3T3FA 4RW7A 4ILGB 4IEIA 4A5BA 3H3OB 3KLGA 2HB5A 1VQPN 3SQ1A 3K57A 2QEXN 3QEWA 5HRNA 2ZJPL 4UY8O 2DFEA 4JRPA 1C0MA 1EXQA 2FC0A 3RRHA 4CJLA 1ITGA 3QBXA 4CGJA 2XY8A 4JKBA 1NGAA 3CJ1A 2XO7A 3AO5A 3ZSRA 4IKFA 1HJRA 4CFDA 4DFJA 1NK5A 4CEFA 3MECA 3CC2N 3OBWA 4FZYA 1KFSA 1C1AA 3KIOA 3R9PA 2ZJQL 1DT9A 1WSEA 4MO5A 3CERA 4BGAA 4DSJA 1HMVA 2CH6A 1ZBUA 4HTLA 1RGIA 1LCUA 4HUFA 4RTFD 4DLEA 3QINA 3K5MA 4FLZA 1SKRA 4LD0A 1HNWK 2YHYA 3VENA 3MX5A 4XIUA 3O6WA 3OS1A 4C8NA 1BQNA 2I7PA 3HO1A 1W7AA 3LP0A 4KTQA 4PA1A 3VQ7A 2DFFA 1N5YA 2GTDA 2V52B 2PFUA 5C10A 4BR0A 3G0ZA 1JCEA 3SZ2A 4IO8A 3LDQA 1BCMA 4CZHA 4U7BA 2HHVA 1NJWA 2PAVA 4PL8A 3SUQA 1TL3A 2ZJRL 3TAFA 3NF9A 4JI0K 4FWQA 1HYVA 1NGJA 3QIPA 5ADXH 2YHXA 1CZBA 1G99A 2ZGZA 4CK1A 1EKEA 5JICA 1T44A 2EX3A 4LFCK 3QEIA 4DU4A 2DPNA 4F9OA 4JI3K 3T1AA 2PYJA 2O8BA 3OY9A 3W0LA 3V6DA 1BI4B 1TUYA 1MWKA 4CBWA 3VQDA 4OPKA 2JGUA 2X6NA 2IIRA 5AQKA 3CM6A 3WT0A 4O0JA 1C6VA 1K8KB 2Q0RA 4NLCA 3JS6A 4PKIA 3MX2A 1KLMA 1RCHA 2O8CA 3H46O 1JKHA 1BA0A 1LWCA 4FJJA 1IO2A 4E7HA 4H5VA 4G1QA 3SBGA 4F2SA 3K5LA 1QQNA 2RN2A 2FF3B 1S6QA 1KVBA 4BREA 3TABA 4F3TA 3CJBA 4JK8A 3GBTA 4GV6A 2D0PA 4M3ZA 1VRTA 1WNSA 4JN4A 4E1NA 4WE1A 4B1WB 4W5NA 3L2QA 1WOQA 4DTXA 4H0OA 5BRFA 3MDQA 4W5QA 1ASVA 1X9JA 4CD1A 2HNDA 5KTQA 3THXB 4IDHA 1OH6A 1GLFO 1R59O 4JI8K 3MXIA 3KK7A 4JI1K 3RR8A 1EO1A 5AQLA 1D4XA 1HPMA 2Q3SA 5CE3A 1NJXA 1RBTA 4WCEL 1HKCA 3TTCA 5AQTA 3MN5A 4E19A 1VK0A 1OVQA 4KKOA 4DSIA 3OS0A 4IOXA 3QEXA 1HYZA 3C65A 3VA3A 1VAZA 4MLHA 1SUQA 1U2VB 1KXPA 5C0YA 1KVCA 1S6PA 4X65K 1Q9YA 4CF0A 2HHHK 2O8DA 2YNGA 1VQ8N 1EX4A 3HYFA 4IOCL 1T6CA 3MWTA 3RMAA 3IAYA 1HRHA 1SV5A 3AVHA 3OYCA 1RBRA 5H1SQ 5I3UA 1RTIA 1BGXT 3G71N 3AY9A 3C6HA 1KD1O 3VEVA 4WF9L 1D8YA 3SMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQK N;  1JJ2 M;  1K8A O;  3CMA N;  1KC8 O;  3CC7 N;  1K9M O;  1S72 N;  3CCR N;  1K73 O;  3I56 N;  5DM6 L;  1YHQ N;  1NJI O;  3CME N;  1VQ8 N;  1YIT N;  2ZJR L;  1VQM N;  4U67 L;  3DLL L;  4IOC L;  1VQ9 N;  1M1K O;  1VQ4 N;  1YJW N;  5H1S Q;  5JVH L;  3G71 N;  3CXC M;  1KD1 O;  2QA4 N;  4WF9 L;  1YIJ N;  3CCM N;  3CF5 L;  1Q81 O;  1Q86 O;  3G6E N;  3PIP L;  3CCS N;  4WFB L;  1VQ6 N;  3CCV N;  1YJ9 N;  5GAH P;  3CCL N;  3CCU N;  4IOA L;  5GAD P;  3CCQ N;  3CD6 N;  3CPW M;  1VQ5 N;  3PIO L;  5GAG P;  4WFA L;  1VQP N;  1Q82 O;  2QEX N;  2ZJP L;  3G4S N;  1YJN N;  4UY8 O;  1W2B M;  1ILY A;  3I55 N;  1Q7Y O;  3CCJ N;  5HL7 L;  2OTL N;  1N8R O;  3CC2 N;  4IO9 L;  1YI2 N;  1OVY A;  1QVF M;  4WFN L;  1VQ7 N;  5MLC Q;  2ZJQ L;  5DM7 L;  1QVG M;  2OTJ N;  1VQO N;  3CC4 N;  5GAE P;  1VQL N;  5JVG L;  3OW2 M;  1KQS M;  1VQN N;  3CCE N;  4WCE L;  3J7Z O;  1M90 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TL1 A;  4RW4 A;  3C95 A;  3GE1 A;  4BRH A;  3QER A;  1QZ5 A;  1J6Z A;  1NKE A;  1QQC A;  1NK0 A;  1NGH A;  4LF5 K;  3VER A;  5IT9 O;  4KHQ A;  3D45 A;  3PV8 A;  3VMF B;  2E8A A;  3I56 N;  3AVJ A;  3EKU A;  1Z05 A;  4Q0B A;  1SL2 A;  3L2W A;  4M42 A;  4B1Z A;  1HNX K;  4YOU A;  1VQ9 N;  1NGG A;  3U6F A;  2I5J A;  3RWU A;  2FSK A;  1VSD A;  5JLF A;  3CIP A;  3AAP A;  4CF2 A;  3KK2 A;  1NJY A;  4NB4 A;  1HYS A;  2QWN A;  3P5J A;  2VQE K;  1DGK N;  4DB3 A;  3CCS N;  4E0D A;  5LY3 A;  3EO3 A;  1HUX A;  2E20 A;  5GAH P;  2E2O A;  2QXL A;  4M45 A;  3QML A;  4FLY A;  2FXU A;  3DI6 A;  3V9S A;  3BZC A;  2XY7 A;  2VCP A;  4FWN A;  1RDU A;  4OKE A;  1U45 A;  3THX A;  3CPW M;  4LH4 A;  3UKR B;  5M1F A;  1NK9 A;  3CQ8 A;  3L3U A;  4GKK K;  3L4I A;  4FVM A;  1K6Y A;  5J1E A;  4BRP A;  4JI7 K;  4DG1 A;  1RDD A;  3WEE A;  3G4S N;  4J8F A;  2DTU A;  1GLC G;  1C0G A;  1HX1 A;  3TAG A;  1N6Q A;  1NGE A;  5HL7 L;  1VSJ A;  4CZE A;  4DR3 K;  2IAJ A;  3AVK A;  5JS1 A;  4IO9 L;  1N33 K;  4CF8 A;  4CF1 A;  3RMD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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