3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
molecule keywords Xylulose kinase
molecule tags Transferase
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
5KQDA 4H5NA 3BUZB 3HSCA 1H1VA 5JICA 1HUXA 2I7NA 4FL9A 5EXWA 3BP8A 3QDKA 4K25A 5BPMA 3EL2A 3FZHA 2ITMA 4L3QA 1IJJA 1HKBA 5B8HA 3G25A 3HI0A 5BPNA 1NGHA 2V52B 3VGMA 3VEZA 1LCUA 5AZIB 5BRDA 3GG4A 3FFKB 2QWQA 1RFQA 1GLCG 3LDQA 5AR0A 1T44A 4ISGA 3LL3A 1BA1A 2W41A 1NGEA 2HF3A 3DWLA 3BF3A 3I8BA 5AQOA 2E1YA 3VF4A 3ENOA 4JNEA 1KAZA 4BRQA 5F1XA 3LM9A 3WXJA 3SLCA 1ATRA 2VWBA 3RSEA 1TUUA 1NWKA 1NGJA 1NGDA 2YJFA 4CBUA 1YUWA 3FZMA 5EOYA 2BUPA 3H45C 5AQYA 5BN8A 2CH5A 1LOTB 2P9IB 5AQMA 2ZF5O 2PAVA 3VGLA 3C0BA 3GOIA 1NLVA 1RGIA 2FSKA 4BR5A 4EFHA 4CZLA 2P9PA 3A5LC 2IVPA 3U9ZA 3A0IX 3CJCA 4H5VA 5FPNA 3IMXA 1NGBA 3D2FA 4AM7A 3EZWA 1U2VA 3A5NC 4CD3A 2D4WA 5AQLA 3O8MA 4IXCA 2E1ZA 4BR4A 1NGGA 4CZIA 3M6GA 5KQ8A 3KZBA 2CGLA 2Q2RA 4K41A 3WT0A 3O1WA 4FWMA 4YDUA 4EHUA 3ZEUA 4HTLA 2OANA 3QFPA 3TPQA 1BDGA 4DHYA 3W3DA 3UKUB 2Q0UA 1SAZA 2QW9A 2AA4A 1HX1A 1E4FT 3S41A 3GBTA 3D2EB 3ZX3A 3VGKA 4FO0A 2E2PA 1NMDA 3MCPA 5AQSA 1XC3A 2E88A 2H3GX 3SMSA 4FWNA 4CZMA 3JS6A 3L6QA 1MWMA 5ADXH 3ZX2A 3QFUA 5AZJB 4IWVA 2VCPA 1TYQA 1NBWA 4PKGA 4BQZA 2BTFA 4GY2B 1DGKN 3AAQA 2QWNA 4XH1A 3O5BA 2Q0RA 2PBDA 2AP1A 3LDPA 3WEEA 3MN7A 1ZBSA 4K43A 1GLAG 4FWQA 1JCFA 4Y0WA 2P9LA 1MA9B 3CIPA 4JHDA 4H0OA 1IG8A 5I9EB 1ZXOA 2NLXA 5LJWA 4QS9A 5ELZA 1JCEA 4E1JA 4EHTA 4B1XB 1ESVA 2KHOA 1HJOA 4BRKA 3TU5A 2NZTA 4M7XA 2A42A 4O8KA 3VETA 4C23A 2FXUA 3DAWA 3MDQA 1HPMA 3DXKA 1GLFO 3EKUA 1WUAA 4BGBA 5AQZA 3GE1A 2ASOA 2F9TA 1X9JA 1WOQA 3DJCA 4H0PA 4MO5A 2YCHA 1Q18A 5BRFA 1QZ6A 4FOEA 1BG3A 1XUPO 2GTDA 5BR9A 5BREA 2P9LB 2P9NB 2D0PA 5E84A 3O08A 3QBWA 4A2BA 4FWSA 1TUYA 3VEVA 1NGAA 3KVGA 3ULEA 2WUSA 3EN9A 4ISEA 2ASMA 1KAXA 3HTVA 3IDHA 3U9DA 4H5WA 3MMVA 2HMPA 3UKRA 1RDWX 1BUPA 3UE5A 2P9UB 3HBTA 4YDUC 2GWKA 3IFRA 5KPTA 3JXUA 4BC5A 3LDLA 1EQYA 4PL8A 5AQIA 1P8ZA 4WQ5A 5BRHA 1DEJA 3CHWA 3LDOA 1CZAN 4J8FA 3GL1A 1HKCA 3VOVA 4CJ7A 4AM6A 4KBOA 5CE3A 2D0OA 1DKGD 4BR7A 3ID8A 4B1VA 1T6DA 4CZHA 2EWSA 1QQOA 1OKJA 4CI6A 2A6AA 3ULEB 4PL7A 3QMLA 3O6WA 2P9SA 1BU6O 1KAYA 5AQVA 2ZGZA 4RCHA 2FLOA 1V4SA 2QWMA 3SJHA 4BR9A 2V7YA 1C0FA 4BREA 4CZGA 4MO4A 4PKHA 2HOEA 4BROA 3WXIA 3MK6A 3RSEB 5F0XA 3FZKA 4WQ4C 5FPDA 5LY3A 4CD1A 1ZC6A 3SK3A 3ZETA 1GLJO 4BC2A 1HLUA 3VF2A 3BEXA 3R6MA 4ISFA 3R8EA 2A5XA 4BC4A 3DXMA 3QBXA 3CJ9A 1BWFO 1SZ2A 2ZWHA 3H6EA 2E2QA 5JLFA 4BRIA 1GLLO 5JLHA 3U4LA 3VEWA 4IJAA 5AQQA 2P9PB 4NB4A 4BC3A 3M3ZA 1JCGA 4DQ8A 1QQNA 1NGFA 1YVNA 4FWLA 4JD2A 3D2FB 1E4GT 1U2VB 3VEOA 4JN4A 3O80A 4IZ9A 1ATNA 2I7PA 3HM8A 4FOIA 5AFUA 3VF6A 4EIAA 3GDQA 1Z6RA 2CGKA 4A61A 3CJAA 3AAPA 4CZKA 3CI5A 4BRGA 5EY4A 2QWPA 4QS7A 2V7ZA 3ZEUB 4CZEA 4I6MA 1MWKA 3LDNA 5AQJA 3FZFA 3W0LA 1BA0A 3L4IA 3ZETB 1D4XA 1QZ5A 1ATSA 3DXMB 4MLEA 3CJBA 2NRHA 4RTFD 1R59O 1G99A 2A40A 5AQXA 4A2AA 5KPRA 1YXQA 2IVOA 4JD2B 4BGAA 3O4WA 5AZIA 1TYQB 3M1FA 4IO8A 3LM2A 2FSNA 2IIRA 3ENHA 2A3ZA 2FSJA 4BVPA 4BRCA 3WEEB 4BRMA 3A5OC 3QICA 4FWPA 3VERA 1Z05A 3H3NO 5E26A 5FPEA 2QWRA 3UB5A 3EKSA 5AQUA 4A62A 4CZJA 1GLEG 4I6MB 4H5RA 3CQYA 1YAGA 2FF3B 2J4RA 3EO3A 1MDUB 4JHDB 1GLBG 3C7NA 5FPMA 4DCHA 2W40A 3I33A 4LC9B 5JMVA 5EX5A 1GLDG 4BG8A 4BRDA 1NGCA 2QM1A 3CERA 1X3NA 1C0GA 2GUPA 2P9IA 3BF1A 3DXKB 1V4TA 4H0TB 4BQLA 1S22A 2GWJA 2YHXA 5AQNA 3KHYA 3MN9A 2V51B 2ZGYA 4H0XB 3FE1A 3WQUA 2E8AA 3FLCO 4H0VB 1XQSC 3CETA 3ZX0A 2GEMA 4K42A 4B1YB 1NGIA 2DPNA 3VEXA 5LJVA 3A8YA 2QWLA 4XH4A 5TKYA 4B9QA 4NO7A 4XH5A 3FZLA 3SMPA 3ATVA 1U6ZA 3R9PA 1QQMA 3MN6A 2HF4A 4HWIA 2GELA 3WUHA 3C7NB 2UYTA 3WXKA 1BOTO 4B1WB 3CQXA 3UKUA 4EAHD 2FF6A 5F2RA 4DB3A 4H03B 2YHYA 4RWTA 3D2EA 3UKRB 4BG9A 3OHRA 5ADXA 2E20A 5AQGA 2P9KA 3H1QA 3IUCA 2Q31A 3A5MC 5AQPA 3WQTA 5BPLA 2Q97A 4BRNA 3F9MA 5AZJA 1NM1A 2ASPA 4FPAA 3B8AX 4WYBA 4M7YA 4BR0A 4XEIA 3VESA 4IJNA 5AQRA 5AQWA 4CBXA 2YHWA 2QWOA 4BRHA 1KXPA 3CJ1A 5AQHA 1K8KA 3ATUA 4JAXA 4M63C 1S3XA 2P9SB 4MLHA 3J8AA 4FWRA 5KPZA 1Y64A 3FGUA 3VENA 4O5FA 2IVNA 2VYPA 3P4IA 5EVZA 4F9OA 2F9WA 2YJEA 1QHAA 1X3MA 2CGJA 3CJ7A 4BRPA 2E2NA 2P9KB 2Q1NA 3U8XA 4FWOA 3FR0A 4BVOA 3VPZA 3L0QA 2Q36A 3AY9A 1HKGA 3WXLA 1BO5O 5AQKA 3H3OB 4GNIA 4QS8A 3QB0A 5AQTA 4BRAA 4CZFA 4Z94A 1K8KB 4BRFA 1SQKA 3H46O 2YI1A 2P9NA 5AQFA 4WQ4A 2QXLA 4CBWA 4H0YB 4WQ5C 3VEYA 4B1ZA 3D7EO 3AARA 4H5TA 1J6ZA 4BR2A 3MN5A 5AFUH 1T6CA 2D1KA 4BRLA 2CH6A 4FPBA 2A41A 3O1BA 4PKIA 3HZ6A 2E2OA 5BN9A 4FSVA 4FWKA 4B1UB 3H1VX 2P9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H5NA 3BUZB 4H4MA 1VQKN 1HUXA 4W5RA 4B9SA 1LAVA 4HUEA 1HKBA 4GKJK 3OVNA 4Q0BA 1HJRA 3G25A 3BY5A 4C1NI 1ZBFA 3ZSYA 2E4LA 1S1TA 1C1CA 1NJIO 1GLCG 3IAYA 5JVHL 4BY9C 4ISGA 3LP2A 2UUCK 1NGEA 2HF3A 4A59A 2E1YA 3DMJA 4DFKA 3ENOA 3O9QA 5K14A 1BISA 3PV8A 3CM5A 3O9SA 3SLCA 3WXJA 3OYMA 3OYHA 3G6EN 4ZTFA 4DU1A 3JAMO 3KTQA 3B6OA 1NGJA 4LH4A 2RE2A 2HNZA 4ELUA 4CBUA 4HHTA 1E3MA 1U49A 3CC4N 4FCYA 5EOYA 3H45C 2ZF5O 2KQ2A 1UAXA 3C0BA 3GOIA 1NLVA 3ZSQA 4BR5A 1VQ6N 2G8IA 1WSGA 4CJFA 3A5LC 3F5TA 3V6DA 3K5OA 3U9ZA 1NKEA 3QNNA 3VQAA 4AM7A 1SKWA 1NMNA 1U2VA 5T7BA 1QHTA 4YHHK 3BDPA 3LDSA 4DTUA 4BE0A 2G8UA 1NGGA 2Q3SA 4CZIA 4QAGA 3HJFA 4PY5A 2EX3A 4K41A 1BGXT 1YJ9N 4CHQA 3VA0A 1ITGA 2B5JA 2G8WA 3CM6A 1XMQK 5M1QA 3QFPA 3K5NA 3K5LA 2ATQA 4DV7K 3UKUB 5LMNK 4JI8K 1HX1A 1LWCA 3OBYA 4IBNA 4Z4FA 3ZX3A 3RR8A 1KD1O 4Z0UA 2W6LA 4KH6A 3KLGA 1XC3A 1BCMA 4X62K 2E88A 3VQ4A 4K8XA 2H3GX 3SMSA 3NF7A 4AHRA 4I9QA 4F4KA 3SUPA 3D0PA 5ADXH 4WE1A 2D0CA 4IWVA 1TYQA 3T3FA 4CJLA 1TGOA 3SQ4A 4GY2B 2QK9A 3AVBA 3HVRA 3O5BA 4LFCK 4I7FA 4M45A 4YFUA 3MN7A 3I8DA 1ZBSA 2XY5A 1VQ5N 4K43A 2JLEA 4IFVA 2F8SA 1HMVA 1YJWN 1X9SA 4IFYA 1TAQA 1IG8A 1RILA 1ZXOA 5I9EB 2NLXA 5KGXA 5LJWA 5ELZA 1WBBA 1UA1A 1S1WA 4DMNA 4B1XB 4DR6K 2KFNA 2YHBA 4H4OA 4BRKA 4M7XA 3DAWA 1M1KO 4M3RA 4B3RK 5FROA 4BGBA 3NDKA 4FM2A 4OLAA 3V9SA 1K6YA 4HVJA 1WOQA 1QVGM 3DJCA 1FJGK 1L3SA 2D5RA 1QZ6A 1BG3A 4HCBA 1JLCA 1B9DA 1XUPO 2E5LK 4LF7K 3TI0A 5FLXO 2DFEA 5LMUK 4QOZB 3KVGA 3DLGA 4PA1A 1BI4A 4KO0A 3HTVA 5HBMA 2XO7A 1XMOK 3PO5A 3ZSWA 3I0RA 5BR8K 1A5VA 3VQDA 4FXDA 4N76A 1RDWX 1BUPA 2GWKA 3RMDA 3IFRA 5E41A 1W97L 1G15A 4JKBA 4KB0A 3CD6N 5AQIA 1D9DA 4WQ5A 2O8DA 3LDOA 2YKNA 1SUQA 1HPZA 3GL1A 1HKCA 3VOVA 4FLZA 1RDUA 2UUBK 4BR7A 3ID8A 3SPYA 4CEQA 3J7ZO 5HLFA 3DLRA 1BU6O 4DR1K 1L3VA 2ZGZA 3P31A 1IBLK 5CYMA 4CJUA 3E9OA 5J2QA 5AJ3K 3PIOL 4CEOA 2V7YA 3PO4A 2I5JA 4KHNA 2O8FA 4KREA 1S1UA 3RSEB 4WQ4C 5C0YA 5FPDA 1ZC6A 4HTUA 3KKSA 3ENBA 1T7PA 4FJMA 1HLUA 3VF2A 3BEXA 4BC4A 1VSEA 1WAFA 2Z1JA 3KJVA 1ZBUA 5GAHP 1BIZA 1BWFO 1SZ2A 2OPPA 1XNQK 2HHVA 4BRIA 4GVEA 5AQQA 4M3TA 2VWKA 2QXFA 4NB4A 1LWFA 1YVNA 5KTQA 2ZD1A 3QLHA 5C25A 4CFCA 3VEOA 4IZ9A 2I7PA 4GW6A 4E7IA 4EIAA 3UIQA 4N47A 4YOUA 3QEWA 4CIGA 3OYKA 2HHTA 4CZKA 3P39A 1HNIA 4NLBA 2GUIA 2WBNA 4DFPA 4I6MA 4N5SA 1MWKA 1REVA 3LDNA 3VQPA 4FJNA 3L4IA 1D4XA 4DQIA 1TL1A 4FVMA 3CJBA 2NRHA 4DR4K 1T3VA 1G99A 3TTFA 2IS3A 1I94K 1RT7A 3G0ZA 4A2AA 3NE6A 4FJ7A 4JI4K 3M1FA 3R1XA 4E1NA 3ZSXA 2IIRA 3L3UA 2A3ZA 3PUFA 3CCMN 1N34K 2O8BB 3WEEB 4BRMA 3A5OC 2O8CB 3QICA 4Z4HA 4FWPA 1HRHA 3THWB 1VQNN 5E26A 3ZT2A 5HRSA 5AQUA 4A62A 1O13A 4I6MB 5C12A 4N41A 3CQYA 3SZ2A 1RT5A 5M1NA 1FXXA 3CG7A 2W40A 3I33A 1LW2A 5JMVA 1TAUA 2PYLA 1X3NA 5KRTA 2GUPA 4DU4A 3DXKB 1BQMA 3MEGA 2KZMA 3KHYA 1QE1A 4OO1J 4ILJA 2V51B 3FE1A 2E8AA 1QTMA 4ZTJA 5FDLA 3ZX0A 2OPRA 3SBGA 5LJVA 2DPNA 3A8YA 3LANA 1XHXA 1VQ4N 4DQQA 3OYNA 4XH5A 4YOYA 2IC3A 3NCIA 3SMPA 4X64K 4JI6K 1QQMA 1NK9A 1RTHA 4RW9A 3TAQA 4HWIA 3U6FA 3QERA 2UYTA 4ELTA 1U45A 4CJTA 4KPYA 3TAEA 4M42A 1S6QA 4KH5A 3OYCA 2W6KA 2FF6A 4F3OA 1TK5A 2Z1GA 3KK2A 3LALA 4O44A 4RWTA 4LF6K 5DM6L 3UKRB 3SV4A 4DQSA 4KI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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