The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
138
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structure length |
133
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Chain Sequence |
AVAPEFTNRNPRNLELLSVARKERGWRTVFPSREFWHRLRVIRTQHHVEALVEHQNGKVVVSASTREWAIKKHNVVACESIGRVLAQRCLEAGINFMVYQPTPWEAASDSMKRLQSAMTEGGVVLREPQRIYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
133
|
| sequence length |
138
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| P | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XNR K; 3J81 O; 4OX9 K; 2VQE K; 4NXM K; 4JV5 K; 3J80 O; 2VQF K; 4LFB K; 5FLX O; 4JI2 K; 1N34 K; 4NXN K; 4X65 K; 1XMO K; 2E5L K; 3JAM O; 4YY3 K; 5LMN K; 4JI3 K; 5AJ3 K; 4GKJ K; 2UUB K; 5IT9 O; 4JYA K; 2UXB K; 4CVN E; 4B3T K; 4DR4 K; 5LL6 Z; 3J7A P; 4AQY K; 5LMU K; 1HNZ K; 1XMQ K; 4B3S K; 1N32 K; 2UUC K; 3T1Y K; 5IWA K; 1HR0 K; 1N36 K; 4JI7 K; 1FJG K; 1XNQ K; 1N33 K; 4DV7 K; 4CW7 B; 4DR3 K; 4LF8 K; 4DR6 K; 1J5E K; 2UUA K; 1HNX K; 4DR2 K; 4B3M K; 4JI4 K; 4KHP K; 4LF4 K; 2UXD K; 4LFC K; 1I94 K; 4DR5 K; 4X66 K; 4DV3 K; 4LFA K; 4DR7 K; 4X64 K; 4DV4 K; 4DUY K; 2HHH K; 4DR1 K; 4DV2 K; 4LF5 K; 3OTO K; 4LF9 K; 5A2Q O; 1IBL K; 1IBM K; 4V19 S; 4GKK K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 4X62 K; 4DV6 K; 2UU9 K; 4B3R K; 4K0K K; 4JI0 K; 4YHH K; 2UXC K; 4LF6 K; 2F4V K; 4DV5 K; 1HNW K; 4JI5 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 3J7Y P; 4LF7 K; 1IBK K; 5BR8 K; 3T1H K; 4JI8 K; 4DUZ K; 4JI6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M7Y A; 5J2M A; 3CJB A; 4B9U A; 2PAV A; 2ITM A; 1ITG A; 2VQE K; 4BDZ A; 3P1G A; 4MO5 A; 3AV9 A; 1VQ5 N; 4GY2 B; 1TKD A; 1RT1 A; 4JI2 K; 3NGZ A; 1K6Y A; 2RN2 A; 1ESV A; 4JI3 K; 5AJ3 K; 2D4W A; 3RMD A; 1M1K O; 5LJW A; 3AO1 A; 4CEF A; 1TL3 A; 4KFB A; 3EE8 A; 1IKY A; 4FWS A; 1NJW A; 3VPZ A; 3AO4 A; 2P9P B; 4M7X A; 4DWI A; 1VSD A; 3DAW A; 1YXQ A; 4DSF A; 1C6V A; 3U6F A; 4JI7 K; 4BC5 A; 1O13 A; 1BIU A; 3ZEU A; 4FK2 A; 4CFC A; 3HOT A; 1FJG K; 1NK0 A; 2B6A A; 4JRQ A; 1HNI A; 1HNV A; 1UAX A; 1TAQ A; 3AA2 A; 3MX2 A; 4DHY A; 4CGH A; 3OYB A; 1L3T A; 3FLC O; 4H5N A; 3HST B; 1NMD A; 5C2F A; 2VWK A; 2CGJ A; 3NVK A; 4LF4 K; 3CCE N; 1QVF M; 1LW2 A; 4H5R A; 4CEC A; 3VGL A; 1KLN A; 1QQN A; 2Y1I A; 3CM6 A; 1Z6R A; 4XH1 A; 3FFI A; 1NGA A; 3KD1 E; 1JLC A; 4K43 A; 4LF5 K; 4DTX A; 1WNS A; 5C25 A; 4CGG A; 3QER A; 4DQR A; 3B8A X; 4KB1 A; 4CK2 A; 4BRA A; 2HHQ A; 1EXQ A; 2P9I A; 1S1W A; 4CD3 A; 3H1V X; 2YHY A; 4MO4 A; 3CCV N; 3C6U A; 2OAN A; 4DV5 K; 4AIL C; 3O1W A; 2WFB A; 1U6Z A; 3AVB A; 3T7Z A; 4J2A A; 2O4I A; 5BRH A; 3CCS N; 3A8Y A; 5H1S Q; 1YIJ N; 3EYZ A; 4RW7 A; 3LDO A; 1J53 A; 2CGL A; 3H3O B; 3ZT1 A; 3ZX3 A; 3LPT A; 2JLE A; 2F9T A; 3SAF A; 5HRR A; 4KI6 A; 2CGK A; 5M1O A; 1NGI A; 1A5X A; 3J81 O; 3CF5 L; 4FWL A; 4B9V A; 4J2B A; 1YVN A; 4Y1C A; 4LFB K; 3QIC A; 2WBN A; 3H6E A; 1P90 A; 4BC4 A; 4Y1D A; 1IG9 A; 2VG5 A; 3EZW A; 1C1B A; 5AQV A; 5LMN K; 4FJ9 A; 3ENB A; 3F9K A; 1Z25 A; 5IT9 O; 3TTF A; 4JS5 A; 2KHO A; 3DXM B; 3KVG A; 1ZBF A; 1SL1 A; 3J7A P; 2A6A A; 1D4X A; 3VEN A; 3L6Q A; 5BRF A; 3V81 A; 1C0F A; 1SL2 A; 4C1N I; 3C0B A; 1JLG A; 4O4G A; 1NKE A; 1KVC A; 2Z1J A; 3SBT A; 4ELT A; 1N36 K; 4DQS A; 1T7P A; 4CGF A; 1NK9 A; 4IDH A; 4BDP A; 2HMI A; 5JLH A; 4DTP A; 4DV7 K; 2P9S A; 4CEZ A; 5JVH L; 4MQ3 A; 3BZC A; 4GMJ B; 2XHB A; 4LH5 A; 3T3F A; 4R5P A; 4JI4 K; 5JS2 A; 3G4S N; 4CCH A; 3UIQ A; 4WFN L; 4FJG A; 5KPZ A; 3QIN A; 2FBV A; 4ISF A; 2F8S A; 3M8P A; 3MK6 A; 1S1U A; 1YI2 N; 1JCF A; 4F2S A; 4FLV A; 3THV A; 4B1Z A; 1W2B M; 2HVH A; 3H46 O; 2F7T A; 4KHN A; 3S41 A; 1BDG A; 3TSQ A; 4H0V B; 1X9J A; 3PX6 A; 5D3G A; 3WT0 A; 1RDA A; 1Y64 A; 3AVM A; 3OYF A; 4W5O A; 1HPZ A; 4I9Q A; 1RBR A; 1EP4 A; 4IFY A; 1OH6 A; 3S9H A; 4A57 A; 3SCX A; 5AQY A; 5E41 A; 3P38 A; 3V1Q A; 1JL1 A; 3L2U A; 2PYJ A; 4CEA A; 3CCL N; 5CZ2 A; 4CJU A; 4Z4H A; 1ATS A; 1NWK A; 2ASO A; 2OTJ N; 1U48 A; 2FSN A; 4AM6 A; 1EQY A; 1QZ6 A; 3CJA A; 4CZM A; 4NLC A; 3PUF A; 2NUB A; 2YCH A; 3I0R A; 3ITH A; 3KTQ A; 5HL7 L; 3RSE A; 3I8B A; 3VF2 A; 4PA1 A; 1M90 O; 5AQI A; 1ZBS A; 3MED A; 5C24 A; 3H1Q A; 1U45 A; 3ZSW A; 2E4L A; 3OYC A; 3D2F B; 3VA3 A; 4JHD A; 3OBY A; 4B3S K; 3ZSZ A; 5AQT A; 1Q8I A; 3O4Q A; 1S3X A; 2NNW A; 4CEB A; 4FW2 A; 5HP1 A; 3M8Q A; 1KC8 O; 2P9U B; 5AQJ A; 3T19 A; 2HBM A; 3SLC A; 3W3D A; 1RBU A; 3EKS A; 3CCM N; 4C8M A; 3OYM A; 4K8X A; 1S1V A; 2HB5 A; 2WOM A; 1HNX K; 4DR2 K; 3A5N C; 5CYM A; 3SUO A; 2E1Z A; 2QTD A; 1ASV A; 1VSH A; 4FO0 A; 4OLA A; 1S72 N; 5SWM A; 3CCU N; 5JMV A; 4CJS A; 3SJH A; 4QS7 A; 1C0M A; 4DV3 K; 2KKZ A; 4BQZ A; 1GLJ O; 4JKA A; 5C0Y A; 4LH4 A; 4DTN A; 5I42 A; 5AQP A; 3GOI A; 4DLE A; 2AA4 A; 2E6M A; 3OTO K; 4FZY A; 1QHA A; 4DF8 A; 1E4G T; 3QES A; 4A2B A; 1WUA A; 4HCB A; 3ZSX A; 4FL9 A; 3MXI A; 4B3R K; 2GTD A; 2RE2 A; 2HOE A; 1TKX A; 5J1E A; 4DQQ A; 3OYN A; 3V1R A; 3FFK B; 4DV1 K; 2B4J A; 3VEW A; 1FK9 A; 4BG9 A; 2WON A; 3A5O C; 4EFH A; 4MFB A; 2Q97 A; 5AQU A; 3V1O A; 4QAG A; 3SAG A; 3OS2 A; 1MWM A; 5AZI B; 4RWT A; 1OKJ A; 5BR8 K; 1RDW X; 3KWI A; 3KHY A; 3VQ5 A; 4H0Y B; 3QEX A; 1BQM A; 4LC9 B; 1NGJ A; 3CQY A; 3UKU A; 4BRD A; 1R59 O; 1U04 A; 3A5L C; 3MXJ A; 2IIR A; 1S6P A; 3IG1 A; 3JS6 A; 2OPR A; 4L3Q A; 4IOX A; 4E1M A; 4W5R A; 3E9L A; 2O8C B; 2RF2 A; 4OVL A; 2YHB A; 3S3O A; 1YAG A; 4CHY A; 5GIN A; 4HUG A; 4FWM A; 3RR8 A; 5LL6 Z; 1XWL A; 2HF3 A; 4BAC A; 4DKW A; 4BRP A; 2OYQ A; 3U9D A; 4CJ5 A; 2FBT A; 1N32 K; 4IG0 A; 3ZT0 A; 4DS4 A; 4DTS A; 3O4N A; 3T1Y K; 2Q0R A; 4E1N A; 3KLG A; 4DF4 A; 1W0H A; 1OH7 A; 3I33 A; 3OYG A; 1YTA A; 4OJR A; 1N5Y A; 3QNN A; 1XC9 A; 4KRE A; 4H0X B; 3ZSQ A; 3PIO L; 5CY4 A; 5CZ1 A; 2QA4 N; 4FWN A; 3SQ2 A; 4F2R A; 1JCG A; 1IJJ A; 1NJY A; 3CHW A; 3OYI A; 3RRG A; 3GL1 A; 2F9W A; 4DR5 K; 2IS3 A; 3K9J A; 3MN6 A; 1NGC A; 3LDP A; 4FWK A; 3VF6 A; 1KVA A; 1V4S A; 3E01 A; 4PKG A; 3O08 A; 1IBM K; 3VEX A; 4BR9 A; 3ZX2 A; 1RFQ A; 4CJP A; 1TUU A; 3GE1 A; 4BRQ A; 5AQK A; 4CHO A; 2Q3S A; 1TK8 A; 3TAG A; 3O80 A; 3TSU A; 3J7Y P; 2IVP A; 3THX A; 3THY B; 4C8L A; 3R3L A; 1U4B A; 3V9Z A; 1WSJ A; 3QIO A; 4LF7 K; 2GWK A; 3FZF A; 1X9W A; 3KLI A; 4FLX A; 1JXE A; 3BEX A; 4DQI A; 3V9S A; 2X6N A; 2P51 A; 4NCA A; 4CJR A; 4CZE A; 5B8H A; 4BR0 A; 3LAK A; 4CZF A; 2ZQB A; 2E2O A; 3MN7 A; 3HI0 A; 3L3V A; 3A0I X; 4BVO A; 3FR0 A; 2QWN A; 4JKB A; 4YOV A; 3H08 A; 4F9O A; 3VQ6 A; 1NKC A; 4GKJ K; 3DMJ A; 3CC2 N; 1LAW A; 2ZJP L; 4DR4 K; 4J8F A; 3MX5 A; 2Q31 A; 1I39 A; 3SQ4 A; 3HTV A; 1QVG M; 3TAR A; 4BE1 A; 3QET A; 4NB4 A; 4O0J A; 4M3Y A; 5C10 A; 3CM5 A; 1NM1 A; 4WE1 A; 1NGF A; 3D0P A; 3E9P A; 3C6H A; 4CJ3 A; 1QQC A; 2BUP A; 4EIA A; 4AHT A; 3HOS A; 3LDS A; 4B3O A; 2Z1I A; 1TAU A; 4IG3 A; 4B3M K; 5EVZ A; 5HRO A; 1QHT A; 1RDD A; 4RW6 A; 1TYQ B; 4B9L A; 4DMN A; 4WYB A; 1NBW A; 1WAJ A; 3CI5 A; 1R0A A; 5FRN A; 4CZG A; 3OYL A; 2IVN A; 1SQK A; 1P8Z A; 3BGR A; 1QSY A; 2A1S A; 5FRO A; 3TU5 A; 2V51 B; 5AQM A; 3CFP A; 4I7F A; 1KFD A; 3RWU A; 2LSN A; 3DLB A; 4X62 K; 5KI6 A; 4ISE A; 4CK1 A; 2A5X A; 3CQ8 A; 1IV0 A; 2GEL A; 4LF6 K; 2KZM A; 1WSE A; 4BE2 A; 1Q82 O; 1BOT O; 5M1N A; 3HSC A; 2FSK A; 3Q7C A; 1CZB A; 2YKM A; 3NDK A; 4BGA A; 3LPU A; 4BR4 A; 1Q9X A; 4OLB A; 1BCO A; 4CJ4 A; 2NLX A; 3HK2 A; 1Q9Y A; 4XH5 A; 5AZJ A; 3OY9 A; 5CR4 A; 1KVB A; 3AGR A; 4DU4 A; 3VQ9 A; 4HUF A; 3UE5 A; 4JI8 K; 1VQO N; 3F5T A; 1KTQ A; 4YOU A; 1DT9 A; 4BRF A; 3HVR A; 5AQQ A; 2HHS A; 3Q7B A; 5FPD A; 4DFM A; 3KLF A; 1V4T A; 3NVM A; 3IDH A; 1DTT A; 3BY5 A; 4RCH A; 5FLX O; 1J54 A; 2YJF A; 3KK7 A; 4B8C A; 3SAH A; 4O5B A; 1T8E A; 1QZ5 A; 3MCA B; 3G25 A; 4X65 K; 4CFB A; 2WUS A; 1BGX T; 4AHC A; 1JLE A; 4JK8 A; 4B3T K; 2IGI A; 3NF7 A; 3LDN A; 3CME N; 5HOO A; 5K14 A; 4W5T A; 1YUW A; 3FZK A; 3AVK A; 5KQD A; 1Q18 A; 3VF4 A; 5KPR A; 2ASM A; 1G15 A; 3C95 A; 1VQ9 N; 2NRW A; 5KGX A; 1QSS A; 3AVC A; 2GBZ A; 4IFE A; 4IZ9 A; 1MWK A; 4BG8 A; 5KTQ A; 5C12 A; 3I55 N; 4M3R A; 4BRI A; 4IOC L; 4W5Q A; 5M1F A; 3CCJ N; 3AO2 A; 3AAR A; 1KXP A; 3QEI A; 2HF4 A; 4JD2 A; 3JSM A; 1HJR A; 3MAQ A; 1OVY A; 2HND A; 4IDK A; 5I9E B; 3K57 A; 3NGY A; 1YJN N; 4H0O A; 1RDC A; 3SMS A; 2ETJ A; 2DFH A; 1RT6 A; 4ILJ A; 3HT3 A; 4M63 C; 3QEP A; 3LP3 A; 4IJA A; 3TTD A; 4M45 A; 3MDQ A; 4OGC A; 3V9U A; 3HYF A; 4FWO A; 4FVU A; 2O8B A; 4DFP A; 3ULE A; 1HQU A; 4CIG A; 1IBL K; 2P9L A; 4V19 S; 2OPQ A; 4ICL A; 1DEJ A; 3AVI A; 3KJV A; 3CIP A; 3MCP A; 4Z94 A; 5JVG L; 4M3T A; 4K0K K; 2O8D B; 4FVM A; 5BPL A; 1JCE A; 3D2E B; 1HNW K; 1HKB A; 3AVJ A; 2PBD A; 5BRE A; 3AA5 X; 4NYF A; 1K8K B; 1LWE A; 2QWQ A; 1BI4 A; 2GX9 A; 1ZXO A; 2Q36 A; 2X74 A; 3PSF A; 1IBK K; 3VQP A; 1TV6 A; 4F3O A; 3KK1 A; 2HW3 A; 2B5J A; 1C0T A; 4CHZ A; 1NJZ A; 1VQN N; 2ZD1 A; 2E2P A; 1IKW A; 4DS5 A; 3VQA A; 1XNR K; 3QEW A; 3J7Z O; 2HHX A; 1GOC A; 1VK0 A; 3HL8 A; 4BVP A; 3TI0 A; 4PL8 A; 1RCH A; 1VSI A; 3DXK A; 4CGD A; 3IUC A; 1NGE A; 2BE2 A; 5DK5 A; 2OCE A; 3MWP A; 1NGD A; 3QB0 A; 3OYA A; 2P9N A; 4FW1 A; 3P39 A; 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4KHU A; 1L3U A; 3AVF A; 4A62 A; 4CEQ A; 2JWK A; 3TAF A; 4CFD A; 2I7N A; 3J8A A; 2W40 A; 4HCC A; 4ZTJ A; 3O4W A; 1HKC A; 1X9M A; 2D1K A; 3UKR A; 4ZTF A; 1IH7 A; 2QW9 A; 4OPJ A; 2HNY A; 3NCI A; 3QDK A; 3K0S A; 1JLQ A; 2FBX A; 5EU7 A; 3KKR A; 1EKE A; 3WEE A; 3OHR A; 4H5V A; 4KO0 A; 2VGM A; 4ILH A; 1KLM A; 4DFJ A; 3OYH A; 1RTD A; 4ID5 A; 4DR3 K; 4DTO A; 3VGM A; 4O8K A; 3ULD A; 1VHX A; 1T3V A; 2A40 A; 1G99 A; 1KD1 O; 1DGK N; 3WQU A; 1W9H A; 3FZL A; 4JEP A; 4ELV A; 3DRP A; 5AQR A; 4CGI A; 4BE0 A; 3WNE A; 4LFC K; 4KBO A; 4NCG A; 4BY9 C; 2QK9 A; 3KK3 A; 4X66 K; 1SKR A; 4CJQ A; 3K5M A; 4LFA K; 3DOL A; 1U49 A; 1RDU A; 3C7N B; 3AVA A; 1WB9 A; 4CF9 A; 4DFK A; 4FXD A; 3TWH A; 2UU9 K; 4CK3 A; 4YOY A; 5AQW A; 2YX6 A; 3KKS A; 5J2N A; 1VQL N; 4JI1 K; 4H5W A; 4E7J A; 3RMC A; 4ZHR A; 1K73 O; 1HLU A; 4CEE A; 2VGN A; 4FOI A; 1VQP N; 3VTI A; 3U8X A; 1ATN A; 1WSI A; 1YJ9 N; 4JI6 K; 2E1Y A; 4CF2 A; 5AR0 A; 4E7H A; 3PO5 A; 4CIF A; 4OX9 K; 1LCU A; 1D9D A; 4JKG A; 2W41 A; 4IEI A; 3SV3 A; 3E1Y A; 5CHI A; 3K58 A; 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