3J7ZO

Structure of the e. coli 50s subunit with ermcl nascent chain
Total Genus 33

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
DKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (4-21)S4 (91-93)EMPTYS1 (25-31)TI'1 (94-97)TI1 (31-34)TVIII1 (62-65)S2 (34-41)TIV1 (52-55)TI2 (41-44)AH3 (68-85)AH2 (56-60)AH4 (103-113)TIV3 (100-103)S3 (46-50)TIV2 (64-67)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Drug Sensing by the Ribosome Induces Translational Arrest via Active Site Perturbation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L32
total genus 33
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3j7zO00
5DM7L 3CCUN 1VQ4N 1YITN 3PIPL 3CPWM 1W2BM 3J7ZO 5DM6L 5GAEP 3CCQN 3I55N 4U67L 1KC8O 2OTLN 1VQON 3CC7N 3OW2M 1YI2N 3CC4N 1QVGM 4UY8O 3G6EN 2ZJQL 3CF5L 4IO9L 1Q7YO 5GAGP 4WFAL 4WCEL 3CMEN 3CCRN 5H1SQ 1YJWN 1VQ7N 1N8RO 1Q86O 1VQMN 1M1KO 1M90O 2OTJN 3CCMN 1S72N 1Q82O 3CCJN 1VQ8N 3CXCM 4IOCL 3CCEN 3CCLN 1K8AO 5GADP 1VQ5N 4WFNL 1YIJN 1VQ9N 1K9MO 1NJIO 3I56N 5JVHL 3G4SN 1KD1O 3CMAN 4IOAL 1QVFM 3CD6N 3CCSN 1OVYA 1VQLN 3DLLL 2ZJPL 2QA4N 5JVGL 5GAHP 1VQ6N 1YJ9N 1JJ2M 1VQNN 3G71N 2QEXN 1VQKN 1ILYA 3CCVN 1KQSM 1YHQN 4WFBL 2ZJRL 5MLCQ 3CC2N 1K73O 5HL7L 4WF9L 3PIOL 1YJNN 1Q81O 1VQPN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QFPA 3NH1A 1U2VB 2G8KA 3A2FA 3HSCA 3J7ZO 1W2BM 3VQ7A 4DQSA 2FBVA 1BWFO 3H46O 3L2QA 3K0SA 2D0OA 1ESVA 2E1ZA 4Z4EA 4Z4CA 1TK5A 1XHZA 1TYQB 2GV9A 3SI6A 2P9SA 2XY5A 1C0MA 5ELZA 1LCUA 2HSTA 3E9LA 3LM9A 4Y0WA 5GAGP 3QNOA 1NLVA 5I9EB 4DQIA 3O9RA 1NBWA 3L2WA 3WT0A 3V1RA 4CZHA 3L4IA 1EX4A 1QS4A 4DFJA 5M1FA 3NGIA 3L2VA 2PBDA 2OTJN 1Q82O 2G8IA 5J1EA 2BH1A 4O8KA 3OYEA 4JKBA 4AHTA 1CZBA 1CZAN 2IC3A 4EZ6A 1WNSA 4YOWA 4CFDA 1K8AO 3C7NB 3RWUA 1VQ9N 1UAXA 4WQ4A 1GLLO 5AQOA 4DQRA 3H1VX 3GL1A 3IAYA 5AQKA 1NK7A 4B3SK 2UUBK 4EZ9A 3QIPA 5JICA 4DG1A 3RRHA 4E7IA 1O13A 4GNIA 4CJTA 2A5XA 3VQ6A 4FJ9A 1ZBFA 5GIOA 1CLQA 1U48A 4YNQA 1RT6A 3O9SA 4DR6K 1JLBA 4XH1A 4AHRA 1C0GA 3KK1A 5CZ2A 2VQFK 1S3XA 4QCLA 1LW0A 4EAHD 1ATSA 4FPBA 3LWLA 3D2EB 1VQKN 2EHGA 3NFAA 5AQXA 4DV5K 3SLCA 4QOZB 3CC2N 3DRPA 1Q9YA 2P9UA 2OA8A 3PIOL 1Y97A 2YV0X 3HM9A 3QLHA 5DM7L 2Z1JA 1VQ4N 1OVQA 2CGJA 3FR0A 1E3MA 2OPQA 2P9IA 4FWNA 3D45A 4FWLA 3MCAB 4LD0A 4B9NA 3RMBA 4IEIA 1EKEA 4H5TA 4CZGA 5F1XA 2QWRA 4A57A 1ATNA 1IO2A 4FWSA 4CIEA 1L3SA 3K2PA 4B9MA 5AQJA 4H5VA 3BGRA 4CESA 3H45C 4YOYA 5J2QA 4LY7A 2OZSA 3KKRA 3VGKA 3CM5A 4MDAA 3Q7CA 3A5MC 4IO9L 5AR0A 1S9EA 3V9SA 3NMUA 1TV6A 3WEEB 3DOLA 5C15A 3DYAA 3DLGA 4BGAA 4Z4HA 3F73A 3VF2A 2D0AA 2F8SA 4JI6K 3HI0A 4W5NA 3OYNA 1S1WA 1VQ8N 3VA3A 1T8EA 3IG1A 4IOCL 4I6MB 3OJUA 3CCEN 3CCLN 3NF6A 4WFNL 4PQUA 2GWJA 5EU7A 4CI6A 4CJLA 3OYGA 4FPAA 1BI4B 2NZTA 2GEMA 1NK4A 4QS9A 1OVYA 2P9LB 2F7TA 1HJRA 1IKYA 2BTFA 2GUPA 1BA1A 3L3UA 3SQ2A 2W41A 2X74A 2ZQBA 5GAHP 1GLJO 2O8BA 3HPGA 4FJKA 1D9DA 3AGRA 4PL7A 4CJSA 4IG0A 3ZX3A 2YNHA 1ASUA 4DF8A 1BL3A 1S1XA 2CGLA 4DKWA 5AQLA 1GLEG 1NGIA 2KFZA 2B6AA 2DY4A 3HSTB 4M3TA 1W0HA 4AQYK 3E01A 4WE1A 5CYMA 1I39A 4YDUC 1NK5A 3TAMA 2UUAK 4DTNA 3BEXA 3AO1A 4ZHRA 3D6RA 5LMNK 5M1QA 3ZSRA 3A5OC 4NXMK 1SKWA 3DM2A 1BISA 3I8BA 3CI5A 4E7KA 3QDKA 3E9PA 4J2EA 3AY9A 5BN9A 2HVIA 3LANA 2FF6A 3EL2A 3JXUA 4FM2A 4LF7K 3AGKA 3OTOK 3KIOA 1QZ6A 4EHTA 1Q7YO 5JS1A 3F9MA 4JS4A 5TKYA 1I94K 2O8FA 3HXMA 2IS3A 4DSIA 4JI2K 4E19A 3KTQA 4PL8A 2P5GA 2KZZA 2G8HA 4M7YA 3PX4A 3IFRA 4BWJA 3MXMA 4W5QA 4CGIA 3MXJA 5CE3A 4BR5A 4BRQA 4F2RA 4ZTJA 1FKPA 2YCHA 1T6CA 1VHXA 3SMPA 3VPZA 1VQ5N 5FLXO 5BRDA 3O4WA 2NLXA 5CY4A 1VSEA 5AQUA 4KHSA 4BRCA 3FZLA 3D0PA 1KVBA 3JS6A 1MWMA 3V9ZA 1QSSA 1VQLN 2UXCK 4FWOA 1KLNA 2QKBA 2XY8A 4IKFA 3ASMA 3WXIA 4XH4A 5AQRA 4CZJA 2E4LA 2FF3B 3IDHA 3O3FA 1BO5O 2GBZA 3ZYYX 1WSHA 4CJQA 4OKKA 4JEPA 3BUZB 1N6QA 3KVGA 3EKSA 5FROA 4CEAA 1XUPO 2E88A 2YI1A 4F4KA 3PLAA 5C0YA 4JKAA 5EX5A 4DTJA 4DWIA 3QBXA 4KBOA 4Q0BA 3L4QA 1U45A 4IXCA 4Y1DA 4ICLA 1X9MA 4WQ4C 2E2NA 4KTQA 3OS1A 4KH4A 3OYDA 5AFUA 3I55N 2QWLA 2GWKA 5F2RA 1NGBA 4FWPA 1RNHA 3A8YA 2A3ZA 3ENHA 1MU2A 1IG8A 1XNRK 5C2DA 4DS4A 5I3UA 1L3UA 3THWA 1RDCA 5AQPA 2ZJQL 4H0TB 4CJRA 1NK0A 3VEXA 4CF9A 3PSFA 4H0XB 1DTTA 3DOKA 2A1SA 5KQDA 1LWCA 4BR2A 1Q18A 3DXKA 3PO5A 1MA9B 4OGCA 4CJEA 4YOTA 3CCMN 2A41A 1RT4A 4PHTX 1D4XA 1ZBUA 1NJXA 4DLEA 1YT3A 4GVMA 5M1PA 4CBUA 1DEJA 2HHXA 3KKSA 3MWPA 3AVIA 3DLHA 5KI6A 4N56A 3QICA 1LV5A 4J2DA 3MEGA 1HNXK 4FL9A 3AVFA 1VSIA 3HPOA 3NGZA 1K8KB 3UB5A 3NF9A 4DHYA 4JS5A 4IFVA 2GX9A 5SWMA 4F8RA 5FRMA 1WSJA 3VQDA 2NRRA 2YJFA 4NYNA 2ZJPL 1EQYA 3IMXA 2Y1JA 5BRFA 3WNEA 2CH6A 1BOTO 5JVGL 3LALA 3FZKA 1EO1A 1E4GT 2YKMA 3TAGA 2YHAA 3KLEA 3FFIA 4JHDA 2OPSA 1T6DA 3PV8A 1KQSM 4YORA 3CJBA 4DR4K 1HUXA 2NUBA 2WTUA 4FJ8A 2P9KB 3VEVA 3AA3A 4N5SA 4Z94A 4LF6K 3K5MA 3CCUN 5J2PA 1IBLK 3CQYA 3K5OA 1KCFA 1EWRA 5C2FA 3OYHA 4GY2B 2JWKA 4RWTA 1RFQA 4FW2A 2OPPA 3KD5E 2O8DA 3K58A 3EZ5A 3CC7N 1RTJA 3AA4A 1G99A 5AQWA 4FCYA 1TAUA 4H5RA 3AVJA 1E4FT 1RBVA 3VEOA 1QE1A 4C8MA 4YOXA 4GMJB 4B8CA 2DTUA 3V9WA 3B6PA 1NKEA 2ASPA 2A42A 3TSUA 3RMDA 4JRPA 1YJWN 3O3GA 4FJ5A 3LPTA 1YVUA 1Q86O 1J53A 3ZT1A 3FE1A 1HYVA 4BC3A 1M1KO 3PUFA 2RHKA 3VEZA 3VEWA 3ZSYA 5HOOA 3AO5A 4RG8A 1C0UA 3O5BA 3SQ0A 1Q9XA 5LJVA 3BF1A 4JKGB 2RE2A 4G1QA 4DTRA 2EWSA 3AA2A 3P5JA 3QBWA 1EP4A 4OKJA 4OX9K 1JL2A 3T1YK 4M42A 2A40A 4B1VA 5LY3A 2PAVA 1ZC6A 1WSEA 1NGDA 4B9LA 4CHQA 1JCEA 4LF5K 3LP0A 4FK4A 3I56N 4NXNK 4LH4A 3G4SN 1KAZA 5HRPA 2VG5A 3CD6N 3AAPA 4CERA 1T7PA 4CJKA 1WSGA 1SZ2A 2VG7A 4K8ZA 3NHGA 3ZLJA 2IGIA 5C12A 4OVLA 4CGHA 3AO2A 1WOQA 1ITGA 1KVCA 4B9UA 4FJ7A 3O1WA 3K57A 4YDUA 3SUQA 2KKZA 1RCHA 1OH8A 4BR9A 1B9FA 2CH5A 2H3GX 2QXLA 5JMVA 1TKXA 2YX6A 4HWIA 1YHQN 3RRGA 1YF5L 4A2AA 4B9TA 4CJ3A 3HYFA 2B4JA 4HHTA 1WAFA 3GE1A 4H5NA 1LWFA 3O9QA 2YNIA 3EKUA 4FJGA 4BRDA 5JS2A 4BR7A 3GG4A 4FJJA 3MXIA 2G8VA 2YHYA 3ZT0A 1NJYA 4DF4A 3PO4A 4KHPK 3TARA 4M45A 3T7ZA 1NGHA 1NGAA 1S9GA 4ISFA 2O4GA 3KK3A 1BCOA 1G15A 1SAZA 1QHTA 3THXB 1TL1A 3JAMO 5KGXA 1REVA 5KGWA 1F21A 2Z1HA 2HNZA 2O8CB 2O8BB 4AHSA 1OH6A 4X66K 3HO1A 4FJMA 3OYKA 1BIUA 4AM7A 4BRFA 1YTUA 4XH5A 2E8AA 3O08A 3R1XA 2ASOA 4E1NA 3MEEA 2HBKA 2KW4A 3OY9A 2B5JA 2QWNA 4B08A 3CM6A 2HW3A 3ITHA 4FLUA 4H4MA 5JLHA 3QEIA 5C25A 3SUOA 3LDNA 2YNGA 2KLAA 4MFBA 1TUYA 3DWLA 4IZ9A 1MWKA 4FOEA 1XMQK 3R9PA 4IOXA 4E3SA 1KD1O 4ELTA 2QWMA 1IKWA 2VGNA 4DTOA 1NMDA 2W6KA 4O8UA 3TAFA 3QIOA 3TANA 3RMAA 4K8XA 3O4QA 1IJJA 2BDPA 2OPRA 2BGGA 2ATQA 3AA5X 3ZETA 1HQUA 2RF2A 4HUFA 3O9TA 1YVNA 4EP5A 4BRHA 3THYB 4JI8K 1ASVA 2FSKA 2QEXN 4M3XA 1ASWA 4Q5VA 5AZIB 1TL3A 4PUOA 5ADXH 4BACA 1TKDA 1XWLA 2PYJA 4WFBL 5MLCQ 3TAEA 4AF1A 3I0SA 3SPYA 1IG9A 3D7EO 1CXQA 3M8QA 2D5RA 4NO7A 1VSLA 3QB0A 2HHTA 2V52B 1X9WA 4CEFA 1C0TA 3NBPA 3I8DA 1FK9A 1SS6A 5CZ1A 3C95A 1GLFO 2FSJA 1LWEA 3SUPA 3LDLA 4M3YA 3CJCA 5TKWA 4CK2A 3U4LA 3MECA 1JCGA 3UE5A 3KWGA 4BVOA 5HRNA 1KXPA 1D8YA 1BGXT 4DSKA 1VRUA 1S1TA 4WCEL 3OYIA 2E20A 2D0PA 3RTVA 4CIFA 4CZMA 3EZWA 1TGOA 5C42A 4W5RA 3U9ZA 4BDYA 3CJ1A 2IDOA 2P9NA 3KLHA 3CJ9A 1HR0K 1HX1A 5BPMA 3QO9A 3CIPA 1UA0A 2WFBA 1NGFA 4CFBA 1U47A 3DAWA 3QERA 4BE2A 3P1GA 5C24A 1FJGK 1LAWA 3AV9A 3KJVA 2HHWA 5IWAK 4JI1K 3IUCA 4CGDA 4CEEA 4CIGA 1HYZA 3T69A 1RT1A 3VF4A 4B3RK 3ALYA 3PSIA 5AQQA 4KV8A 1BHLA 5E84A 3WXKA 4JD2A 3UKRA 2QXFA 3KLIA 1SQKA 1KTQA 2QWOA 3VERA 3VQBA 1J5EK 5FRNA 3SK3A 2VWBA 3HZ6A 4DTXA 3J81O 2A6AA 3DXKB 3MK6A 1S6PA 3N4QA 4DQPA 4N41A 2NRTA 1A5WA 4CHNA 3VTIA 4KHUA 3MDQA 2NRWA 1C0FA 3PIPL 4KAZA 3AVNA 4CJ5A 1JLQA 4DFPA 4A59A 3R3LA 1HNZK 3H3OB 2XHBA 1TVRA 1QSYA 4KH6A 3LZIA 3EY1A 1ZBHA 4MO4A 3OJSA 4RW8A 4Z4GA 4OPKA 1U2VA 2ETJA 4KPYA 4MLEA 3WXJA 3ZSXA 4YHHK 3O80A 3KK2A 3RSEB 2AP1A 3DRSA 5T7BA 3ISNC 3ZSQA 3BZCA 3O4NA 3C6AA 3SNNA 4FM0A 4M41A 2D4WA 3ZSWA 1SKSA 1V4TA 3JSMA 1I3AA 4IJNA 2HNYA 3C94A 1NM1A 3QEPA 4BROA 2NRXA 1EXQA 1RTDA 1IBMK 3DLBA 5AQFA 4KHYA 3CJ7A 1XC3A 1NOZA 4CJPA 3CETA 4X65K 4RCHA 4V19S 1HPMA 4FYDA 2ZF5O 3NF7A 2KFNA 2V7ZA 4DSFA 4E1MA 1U6ZA 2GELA 4FJNA 4B1UB 1Z6RA 2QA4N 2Q1NA 4GV3A 3M3ZA 4Y1CA 4YOUA 1WUAA 3C7NA 1OH7A 1N36K 4CF2A 1JL1A 1QSLA 3KK7A 3NVKA 1RDDA 4H0OA 2P5OA 1RBTA 2V7YA 3ZT3A 5AQYA 3G71N 3A5NC 5BN8A 1Q8IA 4I7FA 4NLBA 3ENOA 4BVPA 3PY8A 2F9TA 4IJAA 1WAJA 3DLKA 1GOAA 1TK0A 5HL7L 4IDHA 5AQGA 3CC4N 2Z1GA 3TR8A 1NK6A 2HMIA 3HOTA 3V4IA 4A2BA 3P83D 4BE1A 4LFBK 3TAPA 2A1RA 3SZ2A 5DM6L 3MN7A 4NYFA 4B1WB 2IVNA 3M6GA 2ZD1A 1KC8O 2J4RA 1W97L 3BP8A 4M63C 2DFFA 3VENA 4W5OA 3SJJA 4GVEA 5KPRA 3AVMA 3G6EN 4LF9K 4JK7A 3THVA 1Z25A 5FPMA 1JLGA 3D2FB 3LWMA 2Q97A 3U8XA 3ULEA 4NLCA 5H1SQ 3P39A 4OLAA 3G25A 4DB3A 3VQ8A 2CGKA 2Q0UA 3OYFA 3KWIA 1R59O 3OBYA 4F3OA 1JKHA 1RDBA 4EIAA 2OANA 1DT9A 4KRFA 3VESA 3IS9A 1A5XA 4M7XA 1GOBA 3WEEA 4PY5A 3OYCA 2VWKA 3ZEUB 4C8NA 1T3VA 1K9MO 4GW6A 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2W40A 4O44A 3NDKA 2PZSA 2HNDA 4CEOA 3H6EA 1TK8A 1QVFM 3VQQA 2F9WA 4FVMA 2QWPA 4QS7A 2WOMA 3TTDA 3ZT4A 3DMJA 3ZSVA 3VGMA 1V4SA 2JGUA 4BRAA 2P9UB 1BDGA 2E6LA 3MX2A 2G8WA 4QAGA 4BRGA 2EX3A 2FXUA 1JLEA 3K9JA 4FZZA 3LP2A 4Z4FA 2P9IB 3O3HA 4BRMA 1S6QA 2D1KA 1MDUB 4DR2K 3EYZA 1K73O 3U9DA 1EWQA 3LM2A 4B3MK 4OPAA 2P9NB 3SCXA 4BREA 2AA4A 4ISEA 1P90A 1OH5A 3SJHA 4FLVA 3CG7A 2LSNA 4LFCK 1VSFA 5GAEP 4J8FA 2DFHA 1KFDA 4DTSA 4KB1A 4MDBA 4CJVA 3ID8A 2E1YA 4BR4A 2ITGA 2YNFA 4CJFA 1TUUA 3AVAA 1BIZA 4MQ3A 3V81A 4E0DA 4DV3K 3U6FA 1JXEA 2FSNA 3NH0A 2HOEA 2I7PA 1C1AA 2FBTA 3KZBA 4JD2B 3UKRB 5CR4A 5CYQA 1HLUA 3L2UA 4RTFD 1NWKA 3VEYA 4IG3A 1RILA 4AM6A 4CK1A 1S72N 4A5AA 5BRHA 3LAMA 4JK9A 1SL0A 2KHOA 2JWLA 4WQ5C 3SV4A 1ZYQA 1Z26A 3ZSOA 4JLHA 4Z0UA 3CXCM 4KKOA 3UIQA 3HM8A 4DR3K 4C23A 3ATUA 1FXXA 3A0IX 5AQIA 4OPJA 3OYJA 4E7HA 3OA9A 4JNEA 2I5JA 3W3DA 3DLEA 2UUCK 2E6MA 5AFUH 5HLFA 2IAJA 3SYZA 2VYPA 3C6HA 4M3WA 5AQVA 1VRTA 3TTCA 4HVJA 1NG9A 4OJRA 4B3OA 4BC4A 2BE2A 5CHIA 4DV2K 4CHYA 5LJWA 1K8KA 1XMOK 1WBDA 1KAXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DM7 L;  3CCU N;  1VQ4 N;  1YIT N;  3PIP L;  3CPW M;  1W2B M;  3J7Z O;  5DM6 L;  5GAE P;  3CCQ N;  3I55 N;  4U67 L;  1KC8 O;  2OTL N;  1VQO N;  3CC7 N;  3OW2 M;  1YI2 N;  3CC4 N;  1QVG M;  4UY8 O;  3G6E N;  2ZJQ L;  3CF5 L;  4IO9 L;  1Q7Y O;  5GAG P;  4WFA L;  4WCE L;  3CME N;  3CCR N;  5H1S Q;  1YJW N;  1VQ7 N;  1N8R O;  1Q86 O;  1VQM N;  1M1K O;  1M90 O;  2OTJ N;  3CCM N;  1S72 N;  1Q82 O;  3CCJ N;  1VQ8 N;  3CXC M;  4IOC L;  3CCE N;  3CCL N;  1K8A O;  5GAD P;  1VQ5 N;  4WFN L;  1YIJ N;  1VQ9 N;  1K9M O;  1NJI O;  3I56 N;  5JVH L;  3G4S N;  1KD1 O;  3CMA N;  4IOA L;  1QVF M;  3CD6 N;  3CCS N;  1OVY A;  1VQL N;  3DLL L;  2ZJP L;  2QA4 N;  5JVG L;  5GAH P;  1VQ6 N;  1YJ9 N;  1JJ2 M;  1VQN N;  3G71 N;  2QEX N;  1VQK N;  1ILY A;  3CCV N;  1KQS M;  1YHQ N;  4WFB L;  2ZJR L;  5MLC Q;  3CC2 N;  1K73 O;  5HL7 L;  4WF9 L;  3PIO L;  1YJN N;  1Q81 O;  1VQP N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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