The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
SQVFGVARIFASFNDTFVHVTDLSGRETIARVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVAAKCKEVGITAVHIKIRATGGTRSKTPGPGGQAALRALARSGLRIGRIEDVTPVPSDSTRKKGGRRGRRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural changes enable start codon recognition by the eukaryotic translation initiation complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
18S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
24
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| structure length |
127
|
| sequence length |
127
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQE K; 2UUC K; 1IBL K; 4JV5 K; 3OTO K; 5A2Q O; 4LF5 K; 4JI1 K; 2UUA K; 4DV7 K; 4JI0 K; 4JYA K; 4LF8 K; 5LMN K; 1HNX K; 1XMQ K; 4YHH K; 3J80 O; 4NXM K; 1HR0 K; 1IBM K; 4DR4 K; 3J81 O; 2UXC K; 4JI8 K; 1XNR K; 4DV4 K; 4LF9 K; 4DR3 K; 4DV0 K; 4V19 S; 2UUB K; 4LFB K; 4CVN E; 2ZM6 K; 5LL6 Z; 4DUY K; 1HNW K; 4DR5 K; 4JI2 K; 3J7Y P; 4JI4 K; 1XMO K; 2UU9 K; 4DV1 K; 1FJG K; 4B3T K; 4LF7 K; 4KHP K; 4B3R K; 4DV6 K; 5IT9 O; 3JAM O; 4LF6 K; 5IWA K; 4LFA K; 2E5L K; 4X64 K; 2HHH K; 4B3M K; 4OX9 K; 4GKJ K; 4X66 K; 1HNZ K; 2UXD K; 2VQF K; 5FLX O; 5BR8 K; 3T1H K; 4DR6 K; 4DV3 K; 4YY3 K; 4NXN K; 1N32 K; 4DV2 K; 1N34 K; 4LF4 K; 3J7A P; 4CW7 B; 2UXB K; 5LMU K; 4JI3 K; 4DR7 K; 1IBK K; 4B3S K; 4JI6 K; 4DV5 K; 1N33 K; 5AJ3 K; 1I94 K; 4X62 K; 1J5E K; 2F4V K; 1N36 K; 4JI7 K; 4LFC K; 4X65 K; 4AQY K; 4DR2 K; 3T1Y K; 4GKK K; 4DUZ K; 4JI5 K; 1XNQ K; 4DR1 K; 4K0K K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MMV A; 1K6Y A; 3ZSQ A; 4A2B A; 1WUA A; 1NU0 A; 1HNX K; 3AAP A; 3RR7 A; 4CED A; 4E7I A; 3LZJ A; 3CQ8 A; 3SMP A; 3ATV A; 3FZK A; 2UYT A; 3DOL A; 1KD1 O; 2QXL A; 4DTP A; 4DTJ A; 1P8Z A; 4BRG A; 4L8R B; 3VF2 A; 4WF9 L; 5HLF A; 5LJV A; 4FJK A; 1WSI A; 3G6E N; 3THX B; 4MO4 A; 1ZBU A; 4CJU A; 5DM6 L; 2D0A A; 1RNH A; 3NGI A; 4K25 A; 4CFD A; 4ELU A; 1B9D A; 4B9T A; 4CGG A; 2P9P B; 2ASM A; 4Y0W A; 4JI4 K; 2VGN A; 4IFV A; 3VQ9 A; 2Z1H A; 3NHG A; 2W6L A; 3V9W A; 5SWM A; 3QEX A; 4MFB A; 3OS1 A; 1NK5 A; 4B3T K; 1JLE A; 2O8E B; 1QZ5 A; 3M8Q A; 4I9Q A; 3T1A A; 3K0S A; 3LDN A; 1IG9 A; 1O13 A; 3THW A; 2E5L K; 4F8R A; 4OX9 K; 4FLY A; 1ZBL A; 1QQC A; 3E01 A; 4BDY A; 1Q81 O; 1YT3 A; 2P9N B; 2YJE A; 4DF4 A; 4IDH A; 1D9F A; 2A41 A; 1D5A A; 1OH7 A; 4CJV A; 4YY3 K; 3TU5 A; 2HF3 A; 4K8X A; 1GLJ O; 2FSN A; 3AVC A; 1QS4 A; 5H1S Q; 3VPZ A; 3K57 A; 4CW7 B; 3WXL A; 1FK9 A; 5LMU K; 3WNH A; 4A57 A; 1S1X A; 4HVJ A; 4PUO A; 2GWK A; 3MN5 A; 4RW8 A; 1SUQ A; 3JXU A; 1QVG M; 3EY1 A; 2D5R A; 3O8M A; 3H08 A; 5BRF A; 4BVO A; 5AQF A; 1NJI O; 3MK6 A; 4QOZ B; 2IVN A; 5GIP A; 4GY2 B; 5AQT A; 4GNI A; 4GKK K; 4MLE A; 3I55 N; 5JIC A; 2OPR A; 4K0K K; 3AVA A; 1B9F A; 4A61 A; 3NF8 A; 3THY B; 2I7N A; 1SAZ A; 2EX3 A; 4MDB A; 3LAN A; 1NK0 A; 3LM2 A; 4AH9 A; 4EHU A; 1S1U A; 3CJ9 A; 3OYN A; 3SQ2 A; 2RPI A; 1MWM A; 3VQC A; 2GX9 A; 1IKX A; 2UXC K; 4M3X A; 1QHT A; 4FOI A; 4HUE A; 1UWB A; 5TKY A; 4KHQ A; 3KKS A; 3RSE B; 3K5M A; 4FLV A; 4QAG A; 1YIJ N; 4JLH A; 1NJY A; 1TKX A; 3V9U A; 5AQQ A; 3PX0 A; 1X9W A; 1W7A A; 4C23 A; 3SJJ A; 3AAR A; 4H5T A; 2ZM6 K; 2IAJ A; 3BF1 A; 3QBW A; 1U45 A; 1M1K O; 1XC3 A; 3A8Y A; 2AP1 A; 1S1V A; 1C6V A; 4FWP A; 2WOM A; 5ELZ A; 3HO1 A; 3CET A; 3L2U A; 5LY3 A; 5AQN A; 3G10 A; 3QIO A; 1I39 A; 4W5R A; 4KH4 A; 1RDB A; 1UA1 A; 3CCU N; 4KAZ A; 5IT9 O; 3LP0 A; 4FLT A; 4CFA A; 1C0T A; 1HMV A; 2HOE A; 3IAY A; 4J2D A; 2YJF A; 2UXD K; 3PY8 A; 3PX4 A; 1TK0 A; 4BE0 A; 4KRE A; 3O3G A; 3SV4 A; 4CZE A; 4FJG A; 2HHX A; 3VF6 A; 4BG9 A; 3CJ1 A; 1QZ6 A; 4O0J A; 4DU1 A; 1KVC A; 3AA5 X; 4LD0 A; 3MEC A; 2KFZ A; 3JSM A; 2RF2 A; 4C1N I; 1Z26 A; 2QWR A; 2E4L A; 2P9S B; 4A62 A; 1NJZ A; 2F4V K; 4LFC K; 4RW9 A; 3A5O C; 3QFU A; 5BN8 A; 5AQO A; 3T1Y K; 4CHO A; 2KKZ A; 3WQT A; 4CF9 A; 3GE1 A; 3QIP A; 4BR7 A; 4E89 A; 4JD2 B; 1YI2 N; 4CZL A; 4BR4 A; 2YHW A; 4IBN A; 4QS8 A; 3V9X A; 1ATS A; 2QEX N; 4RCH A; 3RMB A; 3C0B A; 1RDA A; 2PZS A; 4FVU A; 3AO3 A; 4YOR A; 3OJS A; 2YKN A; 3U3G A; 4C8L A; 3NDK A; 1U2V B; 4YFU A; 3U9Z A; 3IG1 A; 5FPD A; 3F2K A; 5FPM A; 5HOO A; 2HHQ A; 1S1W A; 4DR4 K; 2YV0 X; 4F2R A; 3SMS A; 1YXQ A; 5CYQ A; 3R8E A; 4GVM A; 4FCY A; 2DPN A; 3ZT0 A; 1NGE A; 3V1Q A; 3OYJ A; 4KPY A; 3L0Q A; 4CGI A; 4L3Q A; 3ZLJ A; 3TSP A; 2GBZ A; 4XH1 A; 1BGX T; 3VF4 A; 3L2R A; 3CF5 L; 4FZY A; 3H1V X; 4JKD A; 3RTV A; 3C6T A; 3KIO A; 1NNE A; 3B6O A; 3THX A; 3CIP A; 1CZA N; 4Z4E A; 3VQ4 A; 3FR0 A; 4PHT X; 4JS5 A; 3Q7C A; 4HUG A; 3CCV N; 1NMN A; 2W6K A; 3E9L A; 3RR8 A; 1L3S A; 3CPE A; 3S9H A; 2P9P A; 4Y1D A; 1D8Y A; 5IWA K; 3HM9 A; 2WBN A; 3OYM A; 4EIA A; 3RMC A; 2O8E A; 1OH8 A; 5AQR A; 3ZT2 A; 1O1W A; 3OS0 A; 3L4Q A; 5MLC Q; 1W97 L; 3R1X A; 4R79 A; 4CHN A; 1DTT A; 1TL1 A; 5BPM A; 4DWI A; 3SJH A; 4Q0B A; 2ZJQ L; 2ATQ A; 5J2M A; 4DV2 K; 4CEB A; 5KQD A; 3I33 A; 4WYB A; 2P9N A; 3MX5 A; 4CK2 A; 3MED A; 2E2Q A; 3HJF A; 1QHA A; 1UOC A; 4IWV A; 4E19 A; 4E7K A; 4NYF A; 3SZ2 A; 3EE8 A; 3AO1 A; 3IKM A; 1NBW A; 1TV6 A; 2IVP A; 4CEC A; 3VQA A; 4HCB A; 4IFE A; 1JLC A; 3N4Q A; 4OPA A; 5AQP A; 2B4J A; 1NGA A; 1WLJ A; 4DFM A; 3AA3 A; 4CBW A; 3OTO K; 3VGK A; 2HHU A; 4DKW A; 3O5B A; 3V81 A; 4LF8 K; 2XO7 A; 3TAR A; 4FJI A; 3TSU A; 3J80 O; 4M3Y A; 3THY A; 3VET A; 2DFE A; 2I5J A; 3CCJ N; 2XY8 A; 4AIL C; 1OVQ A; 1HPZ A; 2F9W A; 1WSF A; 4B9V A; 1CZ9 A; 4M7Y A; 3UE5 A; 2UUB K; 1IO2 A; 4H5N A; 3KZB A; 3GG4 A; 3VQP A; 3RSE A; 2P9U B; 3ZT4 A; 1J9A A; 1C1A A; 4DSK A; 2VWK A; 1BCO A; 1QE1 A; 5KI6 A; 3O08 A; 4BRQ A; 3AO5 A; 1NGH A; 4IZ9 A; 3HST B; 3RMD A; 2GEL A; 4BDZ A; 1FKO A; 3JYT A; 2Q1N A; 1Q18 A; 4OPJ A; 4FLX A; 1OH6 A; 5AQU A; 1S22 A; 4CJE A; 1BA0 A; 3EKU A; 4MO5 A; 3CCL N; 4FJN A; 1GLL O; 2JWK A; 4H5R A; 3ENO A; 4JKB A; 4AHT A; 3AGK A; 4FM2 A; 4BDP A; 1RTD A; 2QW9 A; 4NLC A; 4BWJ A; 3AA2 A; 3WT0 A; 2NRH A; 1WSH A; 4BRD A; 3KTQ A; 4KHS A; 4CEQ A; 5BPL A; 4QS7 A; 3K59 A; 1HUX A; 1VQ8 N; 2E1Y A; 2ETJ A; 1C0G A; 2OPS A; 2RHK A; 3M8P A; 3WUH A; 3WNF A; 1HX1 A; 1U6Z A; 3ISN C; 4GV3 A; 4CJK A; 3VN5 A; 1YUW A; 1VQO N; 4CK1 A; 1W2B M; 1BUP A; 1YIT N; 5M1P A; 3ZT3 A; 2HHW A; 1Z25 A; 1N36 K; 4B1Y B; 1OH5 A; 3M1F A; 4O5B A; 4RG8 A; 3ZEU B; 2ZD1 A; 3QEW A; 1KFS A; 2P9S A; 4KKO A; 1SQK A; 4JS4 A; 4AHS A; 5AZJ B; 4OGC A; 2VQE K; 4FM0 A; 1EP4 A; 4RWT A; 4JV5 K; 4JHD B; 3O80 A; 3KVG A; 3VQ8 A; 4FJJ A; 2HMI A; 4JD2 A; 2YNI A; 4JYA K; 4N5S A; 1XMQ K; 2HHT A; 1SL1 A; 3CQX A; 1HR0 K; 2X78 A; 4JI8 K; 1Q8I A; 1U2V A; 3D45 A; 4EFH A; 1JL1 A; 4H5V A; 1NKB A; 3FZF A; 3NVK A; 3KLH A; 3HZ6 A; 4RTF D; 3SAH A; 4DHY A; 3NMU A; 4O8U A; 1X9M A; 3CI5 A; 4I6M B; 1NGC A; 2B6A A; 1SS6 A; 2Q31 A; 4K42 A; 3V9S A; 3E9O A; 3A0I X; 3LP2 A; 3THV A; 4CZI A; 4FWO A; 4BGB A; 3KK2 A; 4E7H A; 1LWC A; 2XHB A; 1YTU A; 4B3R K; 2WUS A; 3LPT A; 2JLE A; 2QXF A; 4LFA K; 1JXE A; 4C8M A; 3VQD A; 1VQN N; 2PFU A; 4A2A A; 4CZF A; 3SYZ A; 2FBX A; 4FWQ A; 3JS6 A; 3N4P A; 3VEY A; 2P5G A; 1A5X A; 1VQ5 N; 1QVF M; 3L8B A; 4DS5 A; 1N32 K; 3J7Z O; 4LF4 K; 4N76 A; 3L3V A; 3MX2 A; 4KH6 A; 1GLF O; 4DCH A; 4DTM A; 3BP8 A; 3SCX A; 4FK2 A; 2FF3 B; 1JL2 A; 4YOY A; 3P38 A; 1U49 A; 3O9U A; 1IBK K; 4JI6 K; 1S3X A; 4DTN A; 4DV5 K; 2IC3 A; 4AHV A; 1WBB A; 4BRE A; 2CH6 A; 4DS4 A; 4MQ3 A; 2O4G A; 1GLE G; 5GAG P; 2NZT A; 1T8E A; 4FJL A; 4FW2 A; 3TAM A; 4CIG A; 4ZHR A; 1X3N A; 3ULD A; 4JN4 A; 2NRR A; 2WON A; 3VTH A; 2HBM A; 4OKJ A; 4JKH A; 1NWK A; 1QQN A; 5C15 A; 4Z0U A; 5CY4 A; 3MN9 A; 3EZ5 A; 2IOC A; 4NXM K; 1C1B A; 2A6A A; 4ISG A; 1GOB A; 4CF0 A; 1ESV A; 4CF1 A; 3HI0 A; 1NLV A; 3EKS A; 4OLB A; 1J54 A; 1XNR K; 1A5V A; 4Q5V A; 4F3T A; 3HPH A; 5J1E A; 1KLN A; 4ZTF A; 4LFB K; 3OW2 M; 3KLI A; 3CME N; 3MWP A; 2DFH A; 4BE1 A; 1WNS A; 3KKR A; 1HLU A; 3ZET A; 2Q97 A; 3MXJ A; 2P9U A; 3T7Z A; 2O8B B; 3CJB A; 3AVL A; 5C0Y A; 4WFN L; 4FJ5 A; 1FXX A; 1DEJ A; 3H6E A; 4CGD A; 1EXQ A; 1TKZ A; 1VSI A; 4CJR A; 1BU6 O; 2QKB A; 3CJC A; 1HYV A; 1EWQ A; 1RGI A; 3FLC O; 3KK3 A; 4H0X B; 3M6G A; 5CZ2 A; 3LP3 A; 1X3M A; 5AQK A; 3OYL A; 4M3U A; 1K8A O; 5I3U A; 2NRV A; 3PIP L; 3SPZ A; 1LWF A; 3SAG A; 4C8N A; 1SKS A; 1RFQ A; 3C6A A; 2A1S A; 1TUY A; 2JGU A; 5E41 A; 1NK9 A; 4E1M A; 3QET A; 3HSC A; 4HUF A; 1BCM A; 3VEX A; 4FLU A; 4FM1 A; 3P1G A; 3ZEU A; 2Q2R A; 4DR1 K; 2PY5 A; 3NF6 A; 4KHN A; 3RWU A; 3AVG A; 2Q0R A; 4LF5 K; 5AQJ A; 3LWM A; 3AY9 A; 1CLQ A; 1J5O A; 1VQ7 N; 3DLL L; 5AZJ A; 4KHW A; 4JHD A; 2CGK A; 2O8F B; 4BRK A; 4M3Z A; 3DXM A; 3U3Y A; 2LSN A; 4CZH A; 2VG7 A; 4NYN A; 2FBY A; 3FZL A; 4AHU A; 1L3U A; 2FC0 A; 5M1F A; 1BQN A; 5B8H A; 2QWO A; 3I0R A; 3TSQ A; 1NGD A; 3DMJ A; 2PYL A; 3DAW A; 4CES A; 1YF5 L; 2KHO A; 3SQ0 A; 1XHX A; 4I6M A; 1NJX A; 3ITH A; 1BIU A; 3SV3 A; 4BRN A; 4AF1 A; 4BVP A; 2W42 A; 5SZT A; 1QSY A; 5JMV A; 3TAN A; 1QTM A; 1KSP A; 4BR9 A; 5AZI B; 1YHQ N; 2Q0U A; 1VSK A; 3W0L A; 2V51 B; 1HJO A; 3G0Z A; 3FFK B; 4YDU A; 4HTL A; 3NGY A; 3T1H K; 2JWL A; 4DR6 K; 2FLO A; 5CR4 A; 4DV3 K; 3G4S N; 1RBU A; 3LZI A; 4XH5 A; 3C65 A; 4H5W A; 3IDH A; 4JAX A; 2Z1I A; 4FJM A; 5ADX A; 3DLG A; 3PV8 A; 1GLA G; 4XIU A; 1KAX A; 1Q7Y O; 4BR5 A; 3O3H A; 4B3S K; 4WE1 A; 3I8D A; 2O8D B; 2XRI A; 4IOA L; 3EL2 A; 3QFP A; 1JCG A; 2F96 A; 3VGM A; 1OKJ A; 4NCA A; 3AA4 A; 3KLG A; 4M7X A; 5HRR A; 3HL8 A; 4M45 A; 4OPK A; 1RT2 A; 4CGH A; 4YOV A; 3CER A; 3L6Q A; 3AV9 A; 5GAH P; 2Q36 A; 4BR0 A; 4FJ8 A; 3BF3 A; 4CJQ A; 5CZ1 A; 5HL7 L; 5KQ8 A; 1CXQ A; 1REV A; 1BL3 A; 4DUZ K; 4CF2 A; 3RVC A; 3VEW A; 1NGJ A; 3DLK A; 4XEI A; 3M3Z A; 1RTJ A; 4K8Z A; 3CFO A; 5EU7 A; 3O6W A; 5A2Q O; 3PIO L; 1X1P A; 4Z94 A; 1GOA A; 3QNO A; 4DF8 A; 4DG1 A; 4FJX A; 3OY9 A; 3QIN A; 3SUP A; 3CC2 N; 2ASO A; 4ID1 A; 3AGR A; 4PKH A; 3D0P A; 2QWM A; 2QWQ A; 2RKI A; 3CG7 A; 1FKP A; 2H3G X; 3AVN A; 3TTF A; 2Y1I A; 2G8F A; 4BRM A; 3QES A; 4XH4 A; 4I2P A; 2G8V A; 3DLE A; 2YNF A; 4CJS A; 1TL3 A; 3QML A; 4JEP A; 4A5A A; 4DUY K; 4DTU A; 1NJW A; 2IIR A; 1EQY A; 2BDP A; 3HBT A; 3SQ1 A; 4DSJ A; 4K43 A; 1XMO K; 3T3F A; 1W0H A; 3R6M A; 5CHI A; 1FJG K; 5DMR A; 1LOT B; 3HPG A; 4DU3 A; 3FZH A; 3LDQ A; 4FOE A; 3OS2 A; 4CJP A; 3RRG A; 3QEI A; 3CM5 A; 2QK9 A; 3QIC A; 2VGM A; 4DMN A; 4JK9 A; 2IGI A; 2GUI A; 2O8B A; 5C2F A; 2ITG A; 1NKE A; 4FO0 A; 3F9K A; 2A5X A; 4Z4I A; 1C1C A; 2E20 A; 1T3V A; 3FGU A; 1HKG A; 4BQL A; 3MDQ A; 3W3D A; 4FWR A; 4OO1 J; 1ASW A; 3LAM A; 4FPA A; 1QQO A; 4O44 A; 1HYS A; 3P83 D; 2YHA A; 4RW7 A; 2GEM A; 2Z1J A; 1WOQ A; 4ID5 A; 2D0O A; 2G8U A; 3WQU A; 3CC7 N; 2ZE2 A; 1GLD G; 1CXU A; 5GIN A; 1EO1 A; 3HXM A; 3O9T A; 2HMP A; 3ZSV A; 2OPP A; 1XUP O; 1T7P A; 3MN6 A; 4JKC A; 4AQY K; 3SQ4 A; 3C94 A; 4JRQ A; 1YJW N; 3V9Z A; 4CZJ A; 1DLO A; 5HRP A; 4JI5 K; 4CEF A; 2QA4 N; 3F73 A; 3U4L A; 4H8K A; 3SI6 A; 5AR0 A; 3TTD A; 1V4T A; 4Z4F A; 1BOT O; 2OYQ A; 2E88 A; 3E66 A; 4PKI A; 5C24 A; 1C0U A; 4BR2 A; 5C10 A; 4QS9 A; 3GDQ A; 1S1T A; 2WFB A; 1XWL A; 1GLC G; 1KAZ A; 2IVO A; 1WSG A; 1HQU A; 2A40 A; 1IKY A; 1UA0 A; 4LF9 K; 4BRF A; 1EX4 A; 1Q82 O; 3ZX2 A; 2AA4 A; 4CJ5 A; 2O8F A; 2GTD A; 1EKE A; 1MDU B; 1NM1 A; 1RCH A; 4AHC A; 2P1J A; 2PYJ A; 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