3JS6A

Crystal structure of apo psk41 parm protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
342
structure length
321
Chain Sequence
SNVYVMALDFGNGFVKGKINDEKFVIPSRIGRKTNENNQLKGFVDNKLDVSEFIINGNNDEVLLFGNDLDKTTNTGKDTASTNDRYDIKSFKDLVECSIGLLAREVPEEVVNVVIATGMPSNEIGTDKQAKFEKLLNKSRLIEIDGIAKTINVKGVKIVAQPMGTLLDLNMENGKVFKAFTEGKYSVLDFGSGTTIIDTYQNMKRVEEESFVINKGTIDFYKRIASHVSTPRMIEKGLEFKDEFYKEQDSLIEEVMSNFEITVGNINSIDRIIVTGGGANIHFDSLSHYYSDVFEKADDSQFSNVRGYEKLGELLKNKVEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and filament dynamics of the pSK41 actin-like ParM protein: implications for plasmid DNA segregation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uncharacterized ParM protein
molecule tags Unknown function
source organism Staphylococcus aureus
total genus 98
structure length 321
sequence length 342
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17989 ALP_N Actin like proteins N terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A01
5AR0A 2ASPA 2P9KA 2IVPA 2E1ZA 2I7PA 2A6AA 2Q36A 2P9IA 2E2QA 4B1YB 1GLJO 2YI1A 4BVOA 3G25A 4LC9B 1NGFA 3VGKA 5BRDA 2F9WA 4HWIA 3CJ9A 3ZX2A 1YUWA 4FWMA 4NO7A 3GDQA 5I9EB 2QWOA 5E84A 4F9OA 3WXKA 4WYBA 3EKUA 4CZKA 1J6ZA 2V7ZA 2E1YA 2GELA 2P9UB 2QWMA 3C7NB 2PBDA 2V51B 3CHWA 4BRGA 3F9MA 4M7YA 4RTFD 2KHOA 4JD2A 2ZGZA 3FZKA 3JS6A 3DXKB 3L6QA 5AQQA 3U4LA 3M3ZA 3J8AA 3GE1A 3VEXA 3A0IX 1YXQA 4H0OA 1XUPO 4H5WA 3VESA 1V4TA 1GLBG 1NWKA 3BF1A 3H3NO 5KQDA 5EX5A 4JN4A 3O08A 4BGBA 4FWPA 3I8BA 2P9SB 3MN7A 1MA9B 4A62A 2E8AA 3ZETA 4BRKA 1BG3A 4HTLA 2BTFA 3H46O 1NMDA 4B1UB 1KAZA 4BREA 2CGKA 3ULEB 1TUUA 2AP1A 4H5TA 3EZWA 4BRLA 3U9ZA 3W3DA 1E4FT 5B8HA 4BROA 4EAHD 2D4WA 5EXWA 3VETA 3B8AX 3CJAA 1GLDG 3KZBA 1P8ZA 4CD3A 5BN9A 1K8KB 4EHTA 4FOEA 2Q1NA 2YJEA 4E1JA 4BGAA 3A5LC 4BRHA 4ISFA 3O5BA 4CZHA 5JMVA 2D1KA 2ASMA 1DKGD 1BA1A 2QWRA 4BRMA 3WEEA 4BRNA 1TYQB 1YVNA 4BRIA 4BVPA 1RGIA 3D2EA 4H03B 2ITMA 2PAVA 1V4SA 3D2FA 3O1BA 5AZJB 3VEYA 1OKJA 4DQ8A 2A40A 3QB0A 4CBXA 1T6CA 2P9PA 5KPRA 2Q97A 1HX1A 1BWFO 4XEIA 5AQLA 2CH5A 3EN9A 3A8YA 4O8KA 4Y0WA 4JNEA 1XC3A 4H0YB 3LDQA 1U6ZA 2I7NA 2WUSA 1ATRA 1EQYA 2QM1A 1X3MA 4GY2B 5AQJA 4BC2A 1NGAA 3QBXA 5CE3A 5AZIB 4BRFA 3BUZB 2AA4A 3FE1A 2D0OA 1ESVA 4I6MA 2GUPA 1SZ2A 1HKCA 3FR0A 4MLHA 4PKHA 2FLOA 1MWKA 3LL3A 5E26A 4CZJA 5AFUA 3UKRA 4J8FA 4YDUC 4A2AA 2GEMA 2IIRA 2P9LB 3L4IA 5AQXA 2W41A 3M1FA 3H6EA 4WQ5C 1MWMA 4BC5A 1YAGA 4CBUA 4CBWA 2EWSA 4FWRA 3ATVA 3VGLA 4XH1A 2HF4A 4WQ4A 4PL7A 3A5NC 3QFPA 1HJOA 2GTDA 2QXLA 5AQMA 1MDUB 2GWKA 4CZFA 4O5FA 5AQFA 5AQVA 5BN8A 2E2PA 1NGCA 5AQWA 3UKUA 2P9KB 4CZMA 4EFHA 3RSEA 2P9IB 1Q18A 1GLAG 3O80A 5AQRA 1NGBA 3VF2A 2DPNA 3ENHA 5KPTA 4K25A 2OANA 1HUXA 3CJ7A 4FOIA 4K43A 5BPNA 4H0XB 3U9DA 4JHDA 4QS7A 4M7XA 4QS9A 2QWLA 1GLEG 5BRFA 1QHAA 4BG9A 1QQNA 4JD2B 5F1XA 2CH6A 4FSVA 2J4RA 4ISEA 1GLFO 3CERA 2H3GX 3ENOA 1C0GA 2GWJA 4BRQA 1QZ6A 1KAXA 2W40A 3ZX0A 5AQUA 2D0PA 5AFUH 3QBWA 3O4WA 3WXIA 3GG4A 5F2RA 1TUYA 2FF3B 3KHYA 4XH5A 3KVGA 3ID8A 3MN6A 2E20A 4C23A 1BDGA 4BR2A 3C0BA 4H5NA 2E2NA 5ADXA 3EL2A 4H5RA 5AQNA 2Q2RA 4FWKA 3S41A 3ZETB 3EO3A 1KAYA 2IVNA 3VEZA 4BR4A 3HZ6A 4BRDA 1C0FA 2P9NA 4XH4A 3H1VX 3DJCA 3H1QA 2VWBA 5AQIA 3SLCA 4CJ7A 4IZ9A 3AAQA 4BR5A 4BR9A 5KQ8A 1BA0A 3HTVA 3WXJA 2QWPA 1IJJA 3LM9A 3FGUA 3ZX3A 1BU6O 1JCEA 4H0TB 4FL9A 3U8XA 1GLLO 3AAPA 4CI6A 1R59O 2FSNA 3FZHA 3TU5A 3ZEUA 5FPEA 3DXMA 5TKYA 4CZEA 3VPZA 4MO5A 2HMPA 1NLVA 4FWLA 1HKGA 3CQXA 3QMLA 2BUPA 3LDLA 4DHYA 1ATNA 1JCGA 3WEEB 4B1VA 2CGLA 4A61A 3FZFA 3BF3A 3D2EB 3WXLA 4ISGA 5AQYA 5BREA 1LCUA 5LJWA 3D2FB 1BOTO 1LOTB 2A41A 2V52B 5LJVA 3JXUA 1HKBA 1SQKA 2P9PB 1U2VA 4BRPA 4BG8A 2A3ZA 3SMSA 1ZXOA 3A5OC 2ZF5O 1NM1A 4KBOA 4DB3A 4RCHA 2NRHA 2FF6A 4BRCA 5ADXH 2QW9A 3VERA 3EKSA 1X3NA 4FWNA 4H0VB 5AQSA 1BUPA 4NB4A 1T44A 5AQZA 3BP8A 1NGHA 4B1ZA 1JCFA 3HM8A 3AARA 3LDPA 5AQHA 2ASOA 4I6MB 1QQMA 2P9UA 3C7NA 1D4XA 1HPMA 1RFQA 2UYTA 2ZGYA 4A2BA 1ZC6A 3DXKA 3VENA 4AM7A 1ATSA 5BRHA 4L3QA 3UKRB 1ZBSA 1X9JA 1WUAA 3FFKB 2Q0RA 4MLEA 3FLCO 3O8MA 3GL1A 1H1VA 2F9TA 4BC4A 4YDUA 4M63C 1S22A 3CJCA 3MCPA 5JLHA 3WT0A 2P9SA 3OHRA 4DCHA 3L0QA 4WQ5A 3IDHA 5F0XA 2QWQA 5BPLA 3QDKA 1G99A 3M6GA 3UKUB 3VOVA 5FPDA 1Y64A 3UE5A 1GLCG 3VEWA 3RSEB 4BQZA 3ULEA 1Z6RA 4BC3A 2YHYA 1SAZA 4PL8A 3MN9A 4H5VA 4FO0A 2YHWA 3GBTA 3TPQA 3GOIA 1T6DA 3LDOA 4BR0A 4FPBA 4JHDB 3H3OB 4B9QA 1K8KA 4EHUA 4B1WB 2HOEA 3R8EA 1E4GT 3BEXA 5AQOA 3SJHA 3HBTA 5FPNA 2ZWHA 1QZ5A 2VYPA 4IXCA 1TYQA 3CQYA 5JICA 4K42A 5ELZA 2YCHA 3HI0A 2E2OA 3LDNA 3IUCA 4PKIA 4FWQA 4GNIA 2QWNA 3DAWA 3WUHA 3W0LA 5AZJA 4IJAA 3SK3A 4BQLA 3R6MA 4EIAA 1KXPA 2FXUA 5JLFA 2FSKA 2YJFA 2YHXA 5KPZA 2NZTA 3WQUA 1DEJA 3VEVA 3DWLA 4CZIA 3MN5A 4QS8A 4IO8A 4MO4A 3CI5A 2CGJA 4CD1A 3P4IA 5AQTA 3IMXA 1XQSC 5EOYA 3MMVA 3VGMA 2HF3A 4JAXA 2P9NB 4H0PA 5AQPA 2E88A 1NGIA 1IG8A 3VEOA 2VCPA 1Z05A 3FZLA 4BR7A 3ATUA 5AZIA 3AY9A 4IJNA 5AQKA 4FWSA 1S3XA 3WQTA 3HSCA 1WOQA 4IWVA 4FWOA 4CZLA 1NGEA 1QQOA 1NBWA 3R9PA 5LY3A 1NGGA 4FPAA 4CZGA 4PKGA 2A5XA 3ZEUB 3QFUA 3DXMB 3D7EO 4Z94A 3A5MC 1NGDA 1BO5O 2A42A 1HLUA 5EVZA 4K41A 4WQ4C 5BR9A 1NGJA 3CJBA 4BRAA 3CETA 5EY4A 2P9LA 3UB5A 1RDWX 3SMPA 2Q31A 4RWTA 2FSJA 5AQGA 3MK6A 3QICA 2Q0UA 3MDQA 1CZAN 2NLXA 5FPMA 3O6WA 3LM2A 3CIPA 3O1WA 4AM6A 2IVOA 3CJ1A 3H45C 3I33A 1U2VB 3VF6A 2V7YA 4B1XB 3FZMA 5BPMA 1DGKN 3VF4A 3IFRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AR0A 3TANA 1W2BM 3K5OA 1CXUA 4LD0A 3NGZA 3DRPA 3EEQA 2XY8A 2E2QA 4DTUA 2PYLA 4BVOA 4Z4HA 2HW3A 4CEBA 2ZJQL 2OZSA 3ZX2A 2WFBA 2E4LA 1TL3A 3TAPA 3GDQA 2QWOA 3C6AA 3DLHA 2RHKA 3KLIA 4KAZA 3F5TA 3J7ZO 2E1YA 1W97L 3P83D 1VQ5N 4N41A 4DTXA 4RTFD 4KB1A 4B3MK 4JD2A 4EZ9A 3DXKB 4TSXA 3MX5A 3M3ZA 3E9PA 1YXQA 1V4TA 1QVFM 1NWKA 3J7AP 4CK2A 5KQDA 2XRIA 4CJLA 3NMUA 3S3NA 4CE9A 1HYZA 4FWPA 4DTOA 4K8XA 4JK9A 3OS1A 3MN7A 2BANA 3SCXA 2OA8A 1MA9B 2E8AA 1M90O 3THYA 3SUNA 3VQAA 4X65K 4FJHA 4BWMA 4CJPA 3I8DA 4BREA 4ID5A 1NOZA 5KGXA 4Q0BA 1TUUA 2AP1A 1VQMN 1G15A 3P5JA 3UIQA 3W3DA 4BROA 3Q7BA 2D4WA 3B8AX 5J2PA 4LSLA 1VQ8N 1TV6A 4WFNL 5KTQA 4FOEA 2YJEA 4BRHA 3O5BA 2D5RA 3I56N 2D1KA 4GV6A 4IDKA 2ASMA 3OS0A 1ZBUA 4YOVA 2P5OA 4J2AA 5M1QA 1VRTA 2JLEA 1KQSM 1BQMA 2RKIA 2VGNA 1RDDA 1V4SA 3AVKA 1VHXA 2A40A 1FKPA 4FM1A 3NF7A 1T6CA 2P9PA 4LFAK 4FZXC 1SL1A 4DS4A 4FLXA 2CH5A 3SUQA 4Y0WA 3CCUN 3MXIA 1XC3A 3WNGA 2X6SA 3ZSOA 1RTIA 4HCCA 1TGOA 4GY2B 1EXQA 5AQJA 3L3UA 1NGAA 5CE3A 4BRFA 3NH2A 4JLHA 2AA4A 2W42A 2D0OA 2NRXA 3VQ7A 3HL8A 3VN5A 4DR3K 4DKWA 1HKCA 4MLHA 4KKOA 4PKHA 2FLOA 1HYSA 3SAGA 1XI1A 5AFUA 2UUAK 4LF9K 4EP4A 4J8FA 1YF5L 5GIOA 3THXA 2IIRA 2W41A 3U3GA 4BDZA 4NCAA 5C24A 4CBUA 3VMFB 3VGLA 4KREA 1IKXA 3A5NC 1IBLK 3QFPA 2F8SA 4DFKA 4JKGB 2GWKA 4E89A 4DUZK 5AQFA 4DR2K 4BE1A 3SUOA 2KZMA 4C1NK 1CZ9A 4CZMA 4EFHA 5CY4A 3NBPA 3RSEA 2P9IB 3DOKA 1JLBA 4PUOA 1GLAG 3VQ5A 1NK6A 5J2NA 1NKBA 4E7HA 1U45A 1N5YA 4IEEA 2W6KA 1VQLN 4CEQA 4HUEA 2F7TA 1J9AA 4GV9A 4QS9A 3LDSA 1GLEG 4CHYA 4BG9A 3SZ2A 5MLCQ 1K8AO 2CH6A 4ISEA 1N32K 2YKMA 4JI2K 4M3TA 3CERA 1EETA 1C0GA 4BRQA 1B92A 1QZ6A 1KAXA 3TTFA 1VQ7N 1BISA 4DSFA 2XY5A 3GG4A 3OJSA 4FJ7A 1RT1A 4PHTX 1TUYA 2FF3B 1IKYA 3KHYA 3TARA 4XH5A 1QSSA 3MN6A 4OO1J 3MEDA 5SWMA 3BDPA 3T7ZA 1RBVA 2O8BB 4H5NA 1W0HA 2E2NA 3EY1A 3ZETB 3EO3A 2FBTA 2IVNA 3VEZA 4CGFA 3ZT4A 3M8QA 4JK7A 2VWBA 5GAGP 3RMDA 4BDPA 4DSIA 4FM2A 3U3YA 3HTVA 3I55N 2G8KA 3LM9A 3FGUA 1BU6O 1FKOA 4CEDA 4AHRA 4KB0A 1O13A 4FL9A 2FBYA 5M1KA 4DSKA 3U8XA 4N5SA 2XHBA 2A1SA 5C10A 1B9DA 4CI6A 2NUBA 2O4IA 4M45A 1L3VA 4FK4A 1HKGA 2RF2A 3LDLA 5JVHL 3HPHA 5HOOA 3HVTA 1JLQA 3LP3A 4ISGA 3SNNA 2OYQA 3MEGA 3TAQA 3PLAA 1DT9A 4IEIA 4DS5A 3RMAA 3L2UA 1BOTO 2IGIA 2V52B 3JXUA 3TAGA 3KIOA 4BRPA 3O9SA 4BG8A 1TAQA 3T19A 3SMSA 3DLEA 4KBOA 3HOSA 3THVA 4DQIA 1UA1A 1RDAA 3TTCA 5C42A 4OKJA 1VRUA 1OH5A 3VERA 3EKSA 3O9QA 4H0VB 1BUPA 3VQPA 5JS2A 3BP8A 4B1ZA 1R0AA 3AARA 3VQ8A 4FVMA 3OBWA 1REVA 3C7NA 2HVHA 1RFQA 4A2BA 2ZGYA 1ZC6A 3VENA 1KCFA 1S1XA 2O8CA 4AHSA 5BRHA 4L3QA 3UKRB 1ZBSA 4E7IA 1X9JA 3EE9A 1WUAA 2Q0RA 3FLCO 1VSEA 4IOCL 5DK5A 1OVYA 1SS6A 3OW2M 1H1VA 3DYAA 1WNSA 3ENBA 3RVCA 3P39A 3WT0A 2P9SA 1VQPN 3N4PA 3VEWA 4M42A 3CCLN 3DI6A 1VQ6N 4FK0A 3BGRA 3K5NA 2W6LA 4FO0A 4DQSA 3TPQA 2ZJRL 1C1AA 3LDOA 3DOLA 1I39A 3OYAA 4DQRA 1K8KA 3IRXA 3SJJA 3SJHA 3ALYA 1RDCA 4DV4K 1TYQA 3NF9A 1QTMA 1Y97A 4BWJA 1NK9A 3HI0A 3LDNA 3V81A 3QNOA 3ISNC 3VQCA 3AVIA 1IO2A 4BQLA 4EIAA 4JYAK 5JLFA 4NXMK 4HCBA 5H1SQ 3G10A 4IO8A 4JK8A 3P4IA 1JJ2M 1YVUA 5AQTA 5EOYA 2RPIA 3NVKA 2HF3A 2HBJA 4WF9L 2P9NB 3CXCM 1NGIA 3FZLA 4BR7A 1RT5A 5HBMA 3ATUA 3EE8A 4FJMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1YT3 A;  1NM1 A;  4DB3 A;  3NE6 A;  2JWL A;  3SAF A;  4DUY K;  3WNF A;  4GKK K;  1M1K O;  4RW7 A;  3T1A A;  1HRH A;  2QW9 A;  4IG0 A;  4B9U A;  4E1M A;  3KLF A;  1QQC A;  3L2R A;  1FK9 A;  5AQZ A;  4JKC A;  1NGH A;  4A57 A;  1RBU A;  3D45 A;  1JCF A;  3HM8 A;  5AQH A;  1NKE A;  2HHH K;  4RW6 A;  3RR7 A;  2HB5 A;  1D4X A;  3ITH A;  1HPM A;  2UYT A;  2Z1I A;  2HVI A;  1N36 K;  2O8E B;  4DV1 K;  2OPS A;  2G8U A;  4UQG A;  3KLG A;  3FFK B;  1HQE A;  4MLE A;  4Z4C A;  1S1W A;  3AGR A;  1JLF A;  4BE2 A;  4DTJ A;  4KI4 A;  3MCP A;  1FW6 A;  4KHW A;  2UU9 K;  1DLO A;  1NJZ A;  3HRG A;  4JI3 K;  1NNE A;  2QWQ A;  4DFM A;  4CK3 A;  3UKU B;  3VOV A;  5FPD A;  1YHQ N;  1Y64 A;  1E3M A;  4AF1 A;  3CCS N;  4JI1 K;  2YNI A;  3K59 A;  4B9V A;  2KFZ A;  3AA2 A;  1OVQ A;  4DFJ A;  4H5V A;  1SV5 A;  3HM9 A;  2YHW A;  4M3U A;  4A5B A;  3KLH A;  1VSI A;  4FPB A;  4BR0 A;  2XY6 A;  1NU0 A;  4JHD B;  3H3O B;  3NDK A;  1JXB A;  1O1W A;  3OYH A;  2KKZ A;  1HYV A;  1Z26 A;  5JIC A;  4NYF A;  5ELZ A;  2Y1I A;  4FWQ A;  4GW6 A;  3CFO A;  2QWN A;  1ASV A;  3WUH A;  3W0L A;  4IJA A;  3SK3 A;  3TR8 A;  1HNX K;  4YOR A;  1KXP A;  2FXU A;  4CIF A;  2FSK A;  4LFC K;  2NZT A;  5I3U A;  3C6T A;  2O8F B;  2OPQ A;  3MN5 A;  3OYI A;  2B5J A;  3V6D A;  2X78 A;  1OH6 A;  3AA5 X;  3SQ0 A;  1W7A A;  1TAU A;  1XQS C;  1L5U A;  4FLT A;  2E88 A;  2VCP A;  1Z05 A;  1S72 N;  4FVU A;  1S1V A;  5AZI A;  4FXD A;  4CJT A;  3VTH A;  1SKW A;  2HND A;  4EZ6 A;  1GOC A;  1KVB A;  1S3X A;  4Z4I A;  4E7K A;  4I9L A;  1XHZ A;  4A5A A;  4LSN A;  4E7J A;  5LY3 A;  2A5X A;  1YJN N;  4KO0 A;  2PY5 A;  2ZD1 A;  3D7E O;  3ASM A;  5DM6 L;  1Q81 O;  3CJB A;  3RR8 A;  3MCA B;  5EY4 A;  4DR6 K;  3PIO L;  4OPA A;  4O8U A;  2HMI A;  2VWK A;  5CR4 A;  3MDQ A;  3T69 A;  1CZA N;  3D0P A;  4E19 A;  4DU3 A;  4DV7 K;  1ASU A;  1VSF A;  4AM6 A;  3H45 C;  5AJ3 K;  3VF6 A;  3OYJ A;  2V7Y A;  3FZM A;  2VQE K;  3L2W A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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