3JS6A

Crystal structure of apo psk41 parm protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
342
structure length
321
Chain Sequence
SNVYVMALDFGNGFVKGKINDEKFVIPSRIGRKTNENNQLKGFVDNKLDVSEFIINGNNDEVLLFGNDLDKTTNTGKDTASTNDRYDIKSFKDLVECSIGLLAREVPEEVVNVVIATGMPSNEIGTDKQAKFEKLLNKSRLIEIDGIAKTINVKGVKIVAQPMGTLLDLNMENGKVFKAFTEGKYSVLDFGSGTTIIDTYQNMKRVEEESFVINKGTIDFYKRIASHVSTPRMIEKGLEFKDEFYKEQDSLIEEVMSNFEITVGNINSIDRIIVTGGGANIHFDSLSHYYSDVFEKADDSQFSNVRGYEKLGELLKNKVEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and filament dynamics of the pSK41 actin-like ParM protein: implications for plasmid DNA segregation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uncharacterized ParM protein
molecule tags Unknown function
source organism Staphylococcus aureus
total genus 98
structure length 321
sequence length 342
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17989 ALP_N Actin like proteins N terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3js6A01
3R6MA 4B1ZA 1X3NA 3AY9A 2VCPA 4CZMA 3HZ6A 5AQRA 3UE5A 1OKJA 3H3NO 3M3ZA 3WEEB 3W3DA 4B1WB 3FZMA 2D0PA 4ISFA 1BA0A 3VEVA 3VEYA 3HM8A 4FPBA 2F9WA 1CZAN 4XH4A 1TUUA 3WEEA 3ZX0A 3VEZA 1Z05A 2GEMA 4WQ5C 5BN8A 3EZWA 2E2QA 4RWTA 5AZIB 2FF3B 3HBTA 3MN5A 3P4IA 1GLFO 3ZETB 1EQYA 2V7YA 1ZC6A 5ADXH 2P9LB 1SAZA 4H5TA 5AZIA 5F1XA 1GLLO 3L0QA 2PBDA 2H3GX 2A42A 1ATSA 2ASOA 2QWQA 5AQHA 2ZWHA 3FZHA 1HKBA 1DEJA 5BR9A 2P9LA 4WQ4C 1DGKN 3VEXA 1MA9B 2HOEA 3VERA 3WXLA 3UKUB 2Q1NA 3LDLA 1HUXA 5BPMA 4HTLA 5JLHA 4JHDA 1BOTO 1SQKA 3EKUA 3QFUA 2IVOA 2AA4A 3J8AA 1RGIA 4IWVA 4AM7A 3A5OC 4K25A 2V52B 4H0VB 4A2AA 1T6CA 2F9TA 3GE1A 3LDPA 2YCHA 4CBUA 4CZEA 4IO8A 4M7YA 5EY4A 2HF3A 1G99A 1ZBSA 2FSJA 1KAXA 3EN9A 3RSEB 1C0FA 4LC9B 5BRDA 4JNEA 2DPNA 4BRNA 2E1ZA 2Q97A 1RDWX 4C23A 1NGIA 3MMVA 4BQLA 5AQXA 1HJOA 1NGHA 4M7XA 2P9SB 3RSEA 3HSCA 3KZBA 2QWPA 3CI5A 3FZLA 1S3XA 4Y0WA 3FZFA 3M6GA 3QFPA 3ZX3A 4AM6A 1U2VA 2GWJA 5KPTA 3GDQA 5AQFA 1Q18A 1YVNA 2YHYA 3GBTA 1H1VA 2ZGZA 2ZF5O 3WXIA 2HMPA 2P9SA 1QQNA 2ASPA 3UKRB 3H46O 3R9PA 4DB3A 1XUPO 5JICA 2P9UB 2QWOA 2J4RA 3C7NB 4BG9A 3CHWA 4CZLA 3UKRA 3EO3A 4GY2B 3WUHA 4PKHA 3L4IA 3SMPA 5AQZA 4MO5A 4PKIA 2P9UA 4BVOA 2P9PA 2CGJA 3MK6A 3C7NA 4BRDA 4A62A 2D4WA 3TU5A 3ENHA 3H6EA 5E84A 3QMLA 4B1UB 4BROA 3H45C 4MLHA 3CQXA 5AQMA 1K8KB 3SLCA 3M1FA 5AQKA 3DJCA 3QB0A 5FPEA 1R59O 3VF4A 4CZJA 3BF1A 4B1YB 4K42A 3FLCO 3CQYA 5BPLA 2ITMA 5BN9A 4BGBA 4IXCA 1K8KA 3LDNA 3VESA 2E1YA 2W40A 5AQNA 4I6MB 1MWKA 2NRHA 1SZ2A 5AQVA 4K41A 3ZEUB 4WYBA 4BC2A 3O1WA 2FSKA 3IUCA 4FWKA 3U9ZA 4BR0A 1T44A 4I6MA 3DAWA 4BR2A 4CD3A 4BRKA 4CZHA 3ZEUA 3A5LC 1GLCG 3MN9A 3HTVA 4K43A 5AZJB 2NLXA 5EVZA 5AQQA 3BP8A 3HI0A 4BRMA 2ZGYA 3AAPA 2Q2RA 2I7PA 3SJHA 4JD2B 4FWLA 1LCUA 5EX5A 5KQDA 2E2PA 2FF6A 3U8XA 3VF2A 3ZETA 5AQPA 2P9KB 5AFUH 4BC4A 3MN6A 5AZJA 2D1KA 3U4LA 1Y64A 4PL7A 1BO5O 1GLEG 1NGJA 1YXQA 4JD2A 2YJEA 1BDGA 2GTDA 1E4GT 5TKYA 5JLFA 3D2EB 3H1VX 2P9KA 2VWBA 3VEWA 2VYPA 1WUAA 3A0IX 1HKGA 4BRAA 3LL3A 4PKGA 4BGAA 1ESVA 4BC3A 2CGLA 4FPAA 1QHAA 3D2EA 5BPNA 3UKUA 1V4TA 4CZFA 5AQIA 2Q36A 2V7ZA 1Z6RA 2CH5A 3H3OB 3FGUA 3MCPA 4EIAA 5AQUA 3CJ9A 2FSNA 2E2OA 3A5MC 1XC3A 3W0LA 4FSVA 5ELZA 2ASMA 1NM1A 5FPNA 5EOYA 3VPZA 4MO4A 1P8ZA 3OHRA 4BG8A 1D4XA 5EXWA 3A8YA 4EHUA 4O8KA 4YDUA 3WQTA 5BREA 3AAQA 2PAVA 2AP1A 4IZ9A 4PL8A 2Q31A 1HLUA 2V51B 4DCHA 4YDUC 3JS6A 3VEOA 4FL9A 4H0PA 4QS8A 5LY3A 2QW9A 3CJ1A 1S22A 4BRIA 3U9DA 5B8HA 2GELA 2E2NA 2YHWA 3CJ7A 4BR9A 3VGMA 2FXUA 2Q0RA 3IFRA 3ULEB 1QQOA 4FWRA 4RTFD 2IIRA 1GLJO 1LOTB 3IMXA 3O08A 1NGEA 5JMVA 2CH6A 3VENA 1BG3A 2QWRA 3LM2A 4NO7A 4B1XB 4M63C 3ULEA 3KVGA 4H03B 3VF6A 4A2BA 3D2FB 4GNIA 5ADXA 3CIPA 4H5WA 3SK3A 3ENOA 4IJAA 4BRHA 3WQUA 3D7EO 3ATUA 1YUWA 4CJ7A 1XQSC 1DKGD 4FOEA 4H0YB 3WXKA 3MN7A 2QWMA 1J6ZA 4FWPA 3D2FA 1ATRA 4XH5A 2EWSA 4B1VA 1KAZA 4FWSA 3B8AX 3ATVA 4Z94A 4XH1A 5AR0A 3SMSA 3QBWA 1QZ5A 1ZXOA 2E8AA 1ATNA 1MWMA 2A6AA 4B9QA 4ISGA 3FE1A 2GUPA 3G25A 5AQYA 4CZGA 4FOIA 2CGKA 3A5NC 2QXLA 2WUSA 1U6ZA 5AQTA 1GLBG 2E88A 4A61A 4H5NA 4BRLA 4MLEA 1QZ6A 1HPMA 4BREA 1KXPA 1NMDA 5F0XA 4BR4A 1NGAA 3VOVA 3DXMB 1IJJA 1BUPA 1BWFO 3BEXA 4FWQA 5AQJA 1BA1A 4ISEA 4WQ5A 3DXKB 2Q0UA 3O8MA 1GLDG 4DHYA 1TYQB 1GLAG 1NLVA 4CI6A 3KHYA 2QWLA 3DXMA 3VETA 3BF3A 3O80A 1HKCA 2YJFA 1MDUB 5FPDA 1T6DA 1NWKA 3DXKA 1X3MA 1V4SA 4BC5A 1TYQA 3O4WA 4BRFA 4XEIA 3QICA 4BRCA 3H1QA 1IG8A 2BTFA 3O6WA 1E4FT 4CZIA 2I7NA 4QS9A 3ZX2A 4WQ4A 1HX1A 4BR7A 1JCFA 3CJCA 3IDHA 4H0XB 5KPZA 1C0GA 4EAHD 1NGCA 2P9NB 3F9MA 4JHDB 2YHXA 4QS7A 2HF4A 3UB5A 2A41A 3CJBA 3CJAA 5LJWA 5BRHA 3LDOA 5AQGA 2IVPA 3TPQA 4NB4A 3I33A 1KAYA 1JCGA 4FO0A 3CETA 4EHTA 2P9NA 4EFHA 3C0BA 2P9IB 4JN4A 4CZKA 2A3ZA 2YI1A 3I8BA 3WT0A 1NBWA 3VGLA 4DQ8A 3CERA 2QM1A 3FZKA 3AARA 3EL2A 2E20A 1YAGA 2A40A 5KQ8A 4BQZA 2P9IA 2QWNA 5AQWA 4BRPA 1BU6O 2IVNA 1TUYA 4IJNA 3GOIA 3QDKA 2NZTA 3WXJA 2KHOA 5CE3A 2BUPA 2D0OA 3GL1A 3EKSA 2FLOA 3FR0A 1U2VB 4H5VA 4CBWA 5F2RA 1X9JA 4H0OA 5AQSA 3L6QA 5BRFA 2UYTA 4J8FA 1JCEA 1QQMA 3LDQA 1NGFA 3VGKA 4BR5A 3DWLA 4L3QA 5AQOA 3JXUA 5I9EB 4H0TB 1RFQA 3O5BA 3MDQA 2GWKA 4H5RA 1NGGA 3S41A 4O5FA 1NGDA 3BUZB 2OANA 2P9PB 4BVPA 4E1JA 2A5XA 4KBOA 5LJVA 1WOQA 3ID8A 3R8EA 4FWNA 4HWIA 5AQLA 4JAXA 4RCHA 4BRQA 4FWMA 5AFUA 2W41A 3O1BA 3QBXA 3GG4A 4BRGA 5E26A 4FWOA 3FFKB 4CBXA 3LM9A 4CD1A 5FPMA 4F9OA 1NGBA 5KPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R6MA 1S6QA 1N36K 1JJ2M 4M3YA 3UIQA 2E4LA 4RW6A 4IG0A 4B1WB 3FZMA 4JKEA 1IKWA 1WSGA 1YTAA 4C1NI 4FPBA 2EHGA 1HYVA 3AVCA 1RT3A 3D45A 4B9NA 1S5JA 2UXDK 4RWTA 2P1JA 3TR8A 1IG9A 3NBPA 4FK2A 3ZETB 1EQYA 4E7LA 4G9ZA 3DLLL 3HOTA 2HHUA 4H5TA 5F1XA 1VSKA 4NLBA 3L0QA 2A42A 1ATSA 2QWQA 1NK0A 3THWB 1VQ5N 1TK8A 4J2DA 4JI1K 4H4OA 3A2FA 1MA9B 2QA4N 3CCRN 2XY7A 2NRWA 3VERA 3UKUB 4DFPA 5GIPA 5BPMA 2Y1IA 3SCXA 4HTLA 4JHDA 3THXA 2IVOA 1KLMA 4AM7A 4KHSA 3VQAA 2V52B 1T6CA 2F9TA 1P90A 3AVFA 4CJQA 5C12A 2G8UA 3T1HK 3TARA 2EX3A 3IAYA 5EY4A 4DQQA 1OVQA 3NAEA 4IFYA 3CC4N 1C0FA 3CCEN 2GUIA 3IG1A 4CJSA 5BRDA 1IBLK 1RBSA 3VTIA 1RT5A 4CF2A 3C6UA 2OCEA 4XIUA 1BIUA 3N4QA 1VQ6N 5AQXA 5C15A 1HJOA 1NGHA 3RSEA 3CI5A 3M6GA 4DLGA 3KLFA 1HNZK 1Q18A 1RT6A 3J7YP 3CMEN 2P9SA 3J7ZO 3TI0A 3OA9A 2O8DA 3VQ6A 3NGIA 3CHWA 3RVCA 1ZBHA 2A1RA 4FJMA 3L2QA 4JKGA 4HCCA 4KHUA 2D0CA 2P51A 3AVBA 3WUHA 5I3UA 4KREA 2P9UA 3JSMA 3OYBA 4JI4K 4BRDA 1NOYA 3ENHA 1VSFA 1VSHA 4MLHA 3VQ8A 4LF9K 3VQPA 3DJCA 4FJKA 1RTHA 2KKZA 4CZJA 3MX2A 5BPLA 5BN9A 1I3AA 3QEPA 5HOOA 2DFFA 2OPSA 4IXCA 5T7BA 3K5NA 4CHNA 5AQNA 1TKXA 5DM6L 2NRHA 4C8NA 2KQ2A 1QVFM 3SQ2A 3ALYA 3O1WA 1QSSA 1S9GA 3PUFA 4YHHK 1N8RO 3U9ZA 4BR2A 4BRKA 3VQQA 3J7AP 3T1AA 3A5LC 4B8CA 2D5RA 3DYAA 3MN9A 2KTQA 1TAUA 4BRMA 3B6OA 2O8FA 2WTUA 4U7BA 5EX5A 4NCAA 2YNHA 4DWIA 3U8XA 3I56N 4KV8A 5AFUH 3MN6A 5E41A 3U3GA 1GLEG 4KO0A 4F8RA 2F4VK 4LH5A 4O0IA 5JLFA 3H1VX 4FCYA 4OLBA 2VWBA 1XNRK 1BI4A 1X9WA 2HNZA 3V9SA 2FBTA 2PZSA 3LL3A 4IKFA 4PKGA 1TKTA 4BC3A 1YT3A 3OYHA 2CGLA 4FPAA 1QHAA 5FRNA 1IH7A 4CFDA 4CZFA 1LWFA 1Z6RA 2HSTA 3K5MA 2VQFK 3CC7N 5AQUA 1X9SA 2E5LK 4CERA 3W0LA 3A5MC 1E3MA 4JI6K 3VQ5A 1DT9A 3VPZA 3I55N 1BCMA 4FJXA 1RDBA 2Z1JA 3JYTA 4O4GA 4O8KA 4YDUA 5BREA 4FLTA 3AAQA 4LF4K 2AP1A 1HLUA 2V51B 4YDUC 4BACA 4IEIA 4H0PA 4BWJA 4IOCL 3NCIA 1JLCA 1VQNN 5C42A 3CCLN 3OYIA 2HHVA 3CJ7A 3T1YK 4GV3A 4BR9A 3VGMA 2FXUA 4N5SA 3TTDA 4JV5K 3PIOL 4MDAA 2IOCA 3C95A 2OPRA 5JMVA 2QWRA 1TK5A 1WNSA 2VQEK 2Z1HA 1J53A 4LSNA 4B1XB 4M63C 4CJTA 4WFAL 3ZSZA 4DQSA 3CCMN 1EX4A 3IKMA 2XY5A 4JKFA 3D2FB 4GNIA 5ADXA 3SK3A 4BRHA 4FK0A 4CJ7A 1XQSC 1DKGD 4Y1CA 4H0YB 4KH6A 4FWPA 3ZT1A 3O9UA 5GADP 1S1VA 1YITN 3M8SA 4B1VA 4FJ8A 4Z94A 1U45A 1MWMA 1LW0A 3G25A 4KTWA 2OYQA 2RN2A 3EZ5A 3AVLA 2FBXA 3E9OA 4BREA 1KXPA 1NMDA 2GV9A 3KIOA 1IJJA 4FWQA 5AQJA 3OY9A 1S1UA 4DV3K 1NJWA 3QEXA 5KGXA 1GLAG 3L3VA 2QKKA 1NLVA 3MAQA 3BZKA 3KHYA 4A59A 3LDSA 3O80A 5M1QA 4TSXA 4AHUA 1T6DA 4WCEL 1TYQA 4I2PA 3TAEA 1VSDA 2BTFA 2DFEA 2O4IA 3M8QA 4QS9A 3VMFB 3MWPA 2Q3SA 4WQ4A 4H4MA 1SKSA 4FJLA 4EAHD 3L2WA 1S1WA 4A5AA 1XHZA 4DSEA 3SAFA 3CM6A 3CJAA 5LJWA 4E89A 4DTSA 1CLQA 3LDOA 3VQBA 2WC9A 3I33A 1KAYA 1JCGA 4FLVA 4EFHA 3C0BA 4F3OA 4JN4A 3WT0A 4A57A 4DV5K 4JKBA 2QM1A 4DLEA 3J80O 3FZKA 4LF7K 3AA4A 3EL2A 3OVNA 4FJHA 4BQZA 3BZCA 3GOIA 4JEPA 3QDKA 3VTHA 2JLEA 3WXJA 2D0OA 3KK7A 2FLOA 3FR0A 4H5VA 4CBWA 1U04A 3NE6A 3L6QA 5BRFA 3CFRA 2UYTA 5IWAK 4OVLA 3SNNA 1S72N 4CF0A 5C0YA 5KTQA 4BR5A 3LPUA 4X62K 1RNHA 1WSIA 3TSUA 1I39A 3NH0A 4FJJA 3ID6A 2IDOA 1A5XA 4H5RA 4FJ5A 5HRPA 3S41A 3BUZB 1EXQA 2P9PB 4E1JA 1NU0A 1GOAA 1WOQA 4W5OA 1KCFA 3ID8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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