3K2PA

Hiv-1 reverse transcriptase isolated rnaseh domain with the inhibitor beta-thujaplicinol bound at the active site
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Structure of HIV-1 reverse transcriptase with the inhibitor beta-Thujaplicinol bound at the RNase H active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse Transcriptase
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3k2pA00
1RDBA 4IBNA 4CEAA 4O0IA 4ELUA 3VQDA 1BI4B 1UAXA 3LZJA 4FJIA 3OYNA 4OGEA 2YHAA 3WNEA 3DOLA 3MXJA 5HP1A 4KHQA 2PYLA 4KO0A 1HPZA 3NH1A 2QXFA 3ASMA 1SKWA 4CIEA 2DFHA 4HUFA 4F2SA 2O4IA 4AHTA 4OKKA 4G1QA 4FVMA 3KKRA 3QINA 3HP9A 5DK5A 4HCBA 1WSJA 1IH7A 3P5JA 3B6OA 4BE2A 2F8TA 4KHWA 3O3FA 2GBZA 2IGIA 1EKEA 1BIUA 3V9WA 3PY8A 4CGDA 5HBMA 4KHNA 5HRSA 3AVHA 3NBPA 4O5BA 5KGXA 1YTAA 4KTQA 1QSYA 4FJMA 4ZTJA 3MEDA 4B9LA 1ASWA 4RW6A 1U45A 1XWLA 5FDLA 2YV0X 3AVGA 3O4QA 1J54A 1KLNA 3NF7A 2D0CA 3OS1A 1HQEA 2KW4A 1KCFA 1RBTA 1YVUA 3NGZA 3LWMA 3K58A 3LAMA 1U47A 4W5OA 1TAUA 3AA2A 3TARA 3AO3A 3L2RA 4DSKA 4DTSA 3AV9A 5I3UA 4KAZA 3QLHA 5HLFA 1U48A 2BANA 2RPIA 4RW4A 3PX6A 1CZ9A 4Z4CA 1TAQA 4NYNA 2EHGA 1UA0A 2YNGA 4FXDA 1WN7A 3SV4A 2PY5A 3QEVA 1IO2A 4LD0A 3ZT0A 1WSGA 4KKOA 3C6TA 3KLIA 3LPUA 3LP0A 3OVNA 1Q8IA 4OPJA 2OPRA 2R7YA 4FM1A 3TAFA 4B9VA 4CHOA 5T7BA 3G10A 5KTQA 3OYJA 5CZ2A 4H4MA 4I9LA 1I3AA 1QTMA 2ATQA 1TKTA 4IKFA 4GMJB 4CESA 3HSTB 4CFBA 2F8SA 2HHXA 4W5TA 3K5MA 3SUNA 4BDZA 3V9ZA 1RNHA 1NJWA 3CM6A 4F3OA 4DQSA 4PWDA 2VG7A 4R5PA 4DU3A 4E19A 1F21A 3HVRA 1SKSA 2F96A 3HPGA 3VQCA 4FLYA 4CCHA 1B92A 1KTQA 1S1UA 4H4OA 4O44A 4B08A 3L8BA 4W5QA 3SQ1A 3SQ0A 4C8OA 1RBVA 2XRIA 1BI4A 1W0HA 4BWMA 1T05A 3VQAA 3NDKA 1YTUA 1IKYA 1BIZA 1BQNA 1NKBA 1NK9A 4KB1A 4IG0A 3C6UA 3SPZA 4F3TA 1KRPA 4CEOA 4M41A 3O3HA 1XHXA 4CJKA 4CEQA 3U3GA 4DSIA 1D8YA 1CXQA 1QQCA 4GVMA 2YNFA 3K59A 3RR7A 3AVCA 3K57A 1Q9XA 1VSDA 3V9XA 2HHUA 4CHPA 1K6YA 3TANA 2E6MA 1TK5A 1N5YA 1EXQA 2G8VA 4NCBA 4M3TA 4EP5A 4DF8A 3SUPA 5DMRA 4Z4IA 4DTRA 1TL1A 3AO5A 1QS4A 4H8KA 4CF0A 3L2VA 3HP6A 1RBSA 2VWJA 1HNIA 1ASVA 1LW0A 1C1CA 3AO4A 4ICLA 4CFDA 4FLXA 4HUGA 3AA5X 3OYDA 1TV6A 3OYFA 4E7KA 4DSFA 4BDPA 4HHTA 3S3NA 3DLHA 4XIUA 2PZSA 4KV8A 4DTMA 4CJQA 3MEGA 5KI6A 1DLOA 2IC3A 3HM9A 3QETA 3KD5E 1UWBA 4YFUA 1C6VA 4B8CA 4CJSA 1RILA 1VK0A 3RWUA 1HNVA 4AHCA 2W42A 2G8HA 5HRPA 2HVHA 2JLEA 4E0DA 2G8IA 1WAJA 5FROA 3ULDA 2VG5A 3ZT1A 3CFPA 2HHTA 3AO2A 3DRPA 4FJXA 4JLHA 4DFJA 4F2RA 4J2BA 2XY8A 4M3WA 4B9UA 3MECA 4E7HA 1R0AA 4DWIA 1JLCA 1EX4A 4M3XA 2D0AA 1GOCA 1RT4A 1YT3A 3E01A 3DRSA 5FRNA 2GUIA 2XO7A 3TR8A 4CJUA 2IOCA 3V1QA 4FJJA 2B6AA 1TKZA 2O4GA 1UOCA 3AA4A 3IS9A 4FW1A 4EP4A 4DF4A 3SUQA 3OYMA 2WONA 3ZSVA 4C8KA 4OLBA 4CECA 2G8WA 2HB5A 4LSLA 2DFEA 1A5WA 1NJXA 5K14A 3M8SA 4WE1A 4PQUA 3KK3A 3D45A 4PA1A 4DFMA 2ZE2A 1RTIA 4FLZA 4FK2A 1NK4A 4CGIA 4FK0A 4CJTA 1LWEA 4CF1A 3TAEA 3PUFA 4BDYA 2B5JA 3MEEA 3NCIA 3WNGA 3PX4A 4FW2A 2LSNA 4CJWA 3VA3A 2HHSA 3SCXA 1TVRA 1JL2A 4CE9A 4E3SA 1J5OA 2DY4A 1ZBLA 3L3UA 1NOYA 4CFCA 3EYZA 3ZT2A 1JLAA 4LSNA 3P83D 3ZT3A 3KKSA 3AVLA 4W5NA 1VSLA 4DS5A 2QK9A 3ZSZA 5C24A 5KRSA 5HRRA 1JXEA 1X9WA 1VSKA 4GW6A 3DLEA 1FKOA 5J2NA 4ELVA 2P5OA 1D9FA 3HXMA 1VSHA 1LAVA 4CHNA 1T03A 1X1PA 1ITGA 3V9UA 2FBTA 2FBVA 4DLGA 3NH0A 3TABA 3SI6A 4OLAA 3HL8A 3C95A 4FJGA 1RDDA 4FCYA 3THVA 4I2QA 1BHLA 4CERA 1VSFA 3T19A 3VQ7A 4CF2A 4Z4HA 1Z25A 4LH5A 4W5RA 3V9SA 2HNZA 4E7JA 1DTTA 4CF9A 2G8FA 4JS5A 4FZXC 4AILC 2XY5A 4OJRA 1S9EA 3VQ4A 2E6LA 2G8UA 3O4NA 1XHZA 5J2PA 3LP1A 3OJUA 3K5LA 2XY6A 3G0ZA 3RMDA 4KB0A 4OVLA 2OZMA 1HQUA 1RT5A 3AVJA 4JRQA 4Z4FA 2RF2A 1NJZA 4DQQA 4I2PA 3NFAA 4DG1A 3JSMA 4FLWA 3LP2A 2Y1IA 3RMBA 1SL1A 4B9MA 4HUEA 3U6FA 2HNYA 2P5GA 4M42A 1KVCA 2KFZA 4M3UA 5D3GA 4HTUA 3RR8A 4FJKA 3OYLA 3KLHA 3I0RA 1CZBA 4CK2A 1KVAA 1Y97A 1U04A 1X9SA 4Q0BA 5SWMA 3K5NA 3H08A 1HYVA 4I7FA 3K5OA 4AHUA 1RDCA 4DTUA 4OPKA 1HMVA 1N6QA 3LZIA 3WNHA 1ZYQA 4CEFA 3DLBA 3EY1A 3ZT4A 3SQ2A 1FK9A 4JS4A 5CZ1A 3F73A 3MAQA 3L2QA 3L2WA 4CK1A 3ZSOA 1QE1A 1WSFA 3DI6A 4CEZA 4F8RA 1WAFA 2HNDA 1NK0A 3SPYA 1Q9YA 4DS4A 1UA1A 5FRMA 1JLGA 1W9HA 2KZMA 3OYGA 3OS2A 2XY7A 3SV3A 3HPHA 1BGXT 2VWKA 1LWFA 1S1VA 5KGWA 1RDAA 3ZSRA 3NE6A 1SL0A 2X78A 4B9TA 2OYQA 5JS1A 4E1NA 1VRTA 2Z1IA 3V1OA 4CJFA 1RT7A 5HRNA 4DTXA 1JKHA 3QIPA 3PV8A 1NK6A 2HHWA 1B9FA 3TAQA 3AVMA 1JLEA 1SL2A 2IAJA 1ZBUA 3P1GA 3KD1E 3VA0A 3QERA 4FJLA 1J9AA 3VQ5A 2KFNA 3TI0A 4K8XA 2HMIA 3VQ8A 3SYZA 1NOZA 3T1AA 1C1AA 3HJFA 1S1XA 3HYFA 2OPPA 3WNFA 2QKKA 3KIOA 2FBYA 4NCGA 4IDKA 4KPYA 3OS0A 2DFFA 2HHQA 3M8QA 4DLEA 3OYBA 4RW7A 4NYFA 3LANA 3TAMA 4B9SA 4EZ6A 4QOZB 4CIGA 2OZSA 5HROA 4KRFA 1XI1A 4I9QA 3PX0A 3AVFA 4MFBA 4FJ9A 1T8EA 4FZYA 2IS3A 1LV5A 3V6DA 4CEEA 2P1JA 3KLEA 4DU4A 4DTPA 1L3VA 1L5UA 3LALA 4LH4A 3QEXA 1X9MA 2X6NA 2BDPA 3EZ5A 3OYCA 4FJ8A 1JLFA 4RW9A 3IAYA 2ZD1A 1BCMA 4C8LA 1QHTA 3VN5A 2OPQA 1B9DA 4N5SA 1NK8A 3QO9A 4CGGA 1SKRA 2YNIA 3IRXA 3L2UA 1WSHA 2E4LA 1O1WA 3AA3A 4CJVA 1Z26A 1JL1A 2YNHA 1DTQA 4CFAA 4CJ5A 3QNOA 1L3SA 1J53A 2G8KA 4FJHA 4CEDA 4B3OA 4CHZA 4N76A 4CHQA 1RT3A 3ZCMA 3AVBA 3OY9A 3RTVA 4JRPA 4HVJA 1REVA 4DSEA 2Y1JA 4E1MA 1FXXA 1EP4A 4O55A 3NGYA 5C25A 2YKNA 1ZBFA 4KI4A 1LWCA 3DM2A 3HK2A 2VG6A 4LY7A 4KHUA 1HJRA 2I5JA 2WOMA 4M45A 2HW3A 4UQGA 3CFOA 4Z0UA 3KLFA 4ZHRA 4RW8A 4CJRA 4FM0A 1C0UA 3OYEA 4KFBA 4CJ3A 5J1EA 2Z1GA 3CG7A 1G15A 1KVBA 3QEPA 4FLTA 3IG1A 3DLKA 4DU1A 3DMJA 3KTQA 2OPSA 1ASUA 1S6QA 3KJVA 1C0MA 1HRHA 1RT2A 1S1TA 4E7IA 3QIOA 4ELTA 1NK7A 2NUBA 4FK4A 5EU7A 4QCLA 2JGUA 4OGCA 4IFVA 4B8AB 2X74A 4CK3A 1RCHA 1IKXA 4ID1A 3HT3A 3AVKA 2YHBA 1IG9A 2ZQBA 1U49A 3A2FA 3FFIA 1WLJA 1HYSA 2RKIA 4Q5VA 4J2AA 1RT6A 2YKMA 1MU2A 4RG8A 3I8DA 3PO5A 4N41A 3SJJA 3OYHA 3V1RA 3CYMA 2FC0A 3OYIA 3RMAA 4OKJA 1VSEA 3S3MA 1L3UA 1ZBHA 2KTQA 4CJEA 1I39A 5KRTA 4OKEA 2BE2A 3RRHA 3HO1A 4FM2A 4E7LA 1QSSA 4EZ9A 2Z1JA 3NHGA 3QEIA 1NJYA 4AH9A 4L8RB 4M3YA 4FLUA 4E89A 2KQ2A 4CGFA 4DQPA 3VQPA 1BCOA 1KFSA 2KZZA 4DMNA 1A5VA 5CYQA 3V4IA 1NKEA 1RT1A 1TKXA 3SNNA 1FKPA 1WNSA 3DLGA 4M3RA 1BISA 3ZSWA 4AHRA 4Y1DA 4BWJA 3LAKA 3VQ9A 4FLVA 1TK8A 1S6PA 3QEWA 3SUOA 3MXIA 4N56A 4CEBA 3HVTA 3OYAA 1S1WA 1VSJA 4BE1A 1TK0A 4C8MA 4B9NA 1HYZA 3KK2A 1VSIA 3OYKA 3CM5A 1IKWA 1JXBA 1S9GA 3ISNC 4KI6A 2EX3A 4MQ3A 3ZSQA 1VSMA 3LPTA 1WSEA 1A5XA 4FJ5A 1RBUA 3T3FA 3UIQA 4DQIA 1VRUA 2Z1HA 1GOAA 2PYJA 3ZSYA 2X6SA 1JLBA 1S5JA 2D5RA 3LWLA 1TL3A 4DQRA 2QKBA 3LP3A 1BQMA 3V81A 2P51A 1RTHA 4CF8A 4BE0A 4KHYA 4C8NA 1CXUA 4CJPA 3KLGA 1KFDA 4CJLA 1U4BA 4DSJA 3VQEA 4Z4GA 2OA8A 4DSLA 4CIFA 1SUQA 4O4GA 3M8RA 3KK1A 1TKDA 1IKVA 2B4JA 3VQ6A 3HPOA 4FJ7A 4CHYA 3NF8A 4Z4EA 3DOKA 5C42A 1RBRA 4KTWA 2BGGA 3QNNA 4K8ZA 2FBXA 3SQ4A 3M8PA 3NF6A 4KREA 4HCCA 3S9HA 3MXMA 2XHBA 3AVNA 1KLMA 4BACA 3RRGA 1QSLA 4Y1CA 1L3TA 3VQQA 5J2MA 1TGOA 2D0BA 3LDSA 3TAPA 3ITHA 3CQ8A 3NAEA 3CFRA 4DTNA 4DFKA 3O3GA 2A1SA 3OJSA 4FJNA 3U3YA 3TWHA 3I0SA 1NKCA 1LAWA 3AVAA 4N47A 3DYAA 4TSXA 3DRRA 4J2EA 3BDPA 4FZZA 2IDOA 2GV9A 4ID5A 4CGJA 3NGIA 2HHVA 1D5AA 4J2DA 2ETJA 4KTZA 1WSIA 3D0PA 3DLRA 4AHVA 3NH2A 3QESA 2AJQA 3ALYA 5SZTA 3ZSXA 4IG3A 4QAGA 4F4KA 3L3VA 2RN2A 1GOBA 3B6PA 3TAGA 4O0JA 1LW2A 1RTDA 4PUOA 4AHSA 1NK5A 3AO1A 1C1BA 4IFYA 1BL3A 4YNQA 3SZ2A 3RMCA 4ZTFA 2A1RA 5CYMA 4CJ4A 4KHSA 3VQBA 5CY4A 2DTUA 4PY5A 4DTJA 4CGHA 3F9KA 1T7PA 1CLQA 3AVIA 3NF9A 2HVIA 3BGRA 1KSPA 3PO4A 3S3OA 1XC9A 1SV5A 1C0TA 3K2PA 1ZBIA 2Q3SA 2ITGA 4NCAA 5E41A 4M3ZA 4DTOA 1RTJA 4DFPA 3C94A 5JS2A 1D9DA 4FYDA 5I42A 1JLQA 3JYTA 1EETA 5J2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDBA 3VQDA 3LZJA 4FJIA 2YHAA 3VTIA 1EQYA 4FWPA 4PL8A 4LFBK 1HPZA 4IOXA 1NGEA 2YJEA 2QXFA 3CCUN 1SKWA 3HI0A 3THYA 4HUFA 2F7TA 1EKEA 3AVHA 5KGXA 2EWSA 2DPNA 1YTAA 4FJMA 1QSYA 4BRLA 3MEDA 4ILGB 3ENOA 4NXMK 3CCVN 1X3MA 3OHRA 5HL7L 3KWIA 3NF7A 2D0CA 2P9LA 1NMNA 1RBTA 1S72N 3R9PA 3LAMA 4DSKA 3QLHA 2RPIA 4B1WB 3PX6A 1CZ9A 1VQ8N 1TAQA 1QZ6A 2EHGA 1UA0A 1NMDA 3T69A 2GTDA 4LFCK 3ZT0A 2Q97A 3NH0A 3KLIA 3LPUA 1I94K 3FR0A 1Q8IA 4FM1A 3TAFA 4Y0WA 3CERA 3VETA 3O9QA 4H4MA 3R6MA 3CCQN 1QTMA 4IKFA 4CESA 3HSTB 2F8SA 2ASOA 3WXLA 3K5MA 1RNHA 2PFUA 3D2FB 4DU3A 4E19A 3H6EA 3HPGA 1DEJA 4CCHA 1B92A 4DKWA 3CCJN 3FZFA 3BUZB 1RBVA 1W0HA 1YTUA 3IMXA 4H0PA 3MWTA 5MLCQ 4M41A 1WB9A 4LF7K 4CEQA 4AQYK 2YNFA 3BZCA 1Q9XA 1VSDA 2HHUA 1K6YA 2G8VA 1GLEG 3AARA 3SUPA 3OW2M 4CF0A 1RBSA 5AQPA 1HNIA 4ICLA 3AO4A 4CFDA 3I8BA 3OYFA 4BDPA 4DSFA 3LM2A 4XIUA 4CJQA 3MEGA 3LDQA 5F1XA 3QETA 4IO8A 5CR4A 4YFUA 5AQSA 4CJSA 1QQOA 2W42A 1OH6A 1JJ2M 4E0DA 1VQ7N 3ZT1A 3DRPA 3WUHA 3PSIA 4DHYA 3RSEB 2FSNA 3CXCM 5M1NA 2YX6A 2Q0RA 3O08A 1DGKN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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