3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
4DG1A 4PWDA 5CYQA 4QOZB 1A5XA 2E6LA 5HRNA 1X9SA 2NUBA 3RRGA 4BDPA 3LZJA 1L5UA 4KKOA 3AO4A 4NCBA 3FFIA 2KQ2A 3VQAA 1LAWA 1EETA 2BE2A 3K5NA 1I39A 1RBRA 4FVMA 2A1RA 1WSFA 3TR8A 4FLXA 2VG7A 4CERA 4CJ3A 4AILC 4EZ6A 2Y1JA 4CFBA 4TSXA 1NK5A 3A2FA 4N47A 4CHQA 4CEAA 1LWFA 3D0PA 4OKJA 3WNGA 3OYBA 4CK1A 3OYJA 3LWMA 2ETJA 2HHTA 1ZBIA 3ZSQA 3T19A 4DTOA 3V4IA 4O4GA 4GVMA 4AHRA 4M3TA 4OGEA 1KFDA 2B6AA 3VA3A 3P5JA 4CJEA 3OYDA 2KTQA 3AA5X 4CEEA 4FM2A 4YFUA 4K8XA 2FBYA 4CHNA 3CM6A 4Z4FA 3AA3A 3LAMA 1DLOA 3KLIA 3SYZA 1JL2A 2D5RA 3CFRA 5J2QA 4KAZA 1NKBA 1X9WA 2QXFA 3BGRA 3AVAA 3QESA 3QNNA 3PO4A 4BE2A 2HHWA 1KTQA 2XO7A 1NK4A 3DOKA 2VWKA 3OVNA 4JLHA 4W5RA 1KRPA 5FRNA 5DMRA 1QHTA 3OS2A 4CJ5A 1RTDA 3PO5A 5E41A 4FW2A 3L2VA 4DFMA 3SPYA 3KKRA 4I7FA 4C8MA 3SV4A 3L2RA 2GBZA 5SWMA 1XHZA 1X1PA 2GV9A 4OPKA 3V9WA 3M8PA 3NF6A 2WONA 4KHUA 1CZ9A 4DSJA 4W5QA 4FJ9A 4DTUA 1HRHA 3I8DA 4FLVA 2RF2A 3QEPA 2YNGA 1VRTA 5KGWA 4M3WA 3OYAA 4J2EA 4HCCA 2G8UA 4DTRA 2YNFA 1NJWA 1FXXA 3CYMA 2XY7A 3K5LA 4NCGA 4FJHA 2KZZA 3ZSOA 3L2UA 3HP6A 1HQEA 2DFEA 4E89A 4L8RB 4W5NA 3RMAA 2HNZA 4CJUA 3K59A 5JS1A 2O4IA 2IOCA 1C1CA 3MXMA 2BGGA 2EX3A 1JLBA 4F2SA 1S1XA 5JS2A 1YVUA 1Y97A 4H8KA 4CGIA 1KCFA 4EP4A 3OYFA 1BIUA 1UA0A 1WLJA 3HJFA 1GOCA 1T7PA 4ZTFA 1I3AA 1ZBLA 3KD5E 3F9KA 2ATQA 4M3RA 2F8SA 1WAFA 2DTUA 3ZT0A 3NE6A 3MECA 2A1SA 1EXQA 3DM2A 3NGYA 1VRUA 3QEXA 1UOCA 2WOMA 4M42A 3NH1A 4DQRA 3K5MA 1L3UA 1RT7A 4CECA 3DLGA 3PX4A 4JRPA 1NK0A 3ASMA 1TKTA 2FBTA 3ZT2A 1KVBA 3SNNA 3PX6A 4DTPA 4CGDA 4DSKA 3KK1A 4DU1A 3P1GA 4DLEA 1D8YA 4KTZA 3CFPA 1KLMA 1HYZA 3QETA 4FJMA 4KB0A 1TL3A 3HPHA 3TAQA 4CF9A 4OVLA 3HSTB 2IGIA 3V9XA 1HPZA 4OKKA 4R5PA 1RNHA 3OYCA 3TI0A 4FJIA 4CJKA 4LSNA 4J2DA 1YT3A 3RMDA 3VN5A 1JXEA 4F8RA 4PY5A 3V9ZA 4RW7A 4DSFA 4DQQA 1SKSA 4Z0UA 1HQUA 1VSKA 3OJSA 5J2NA 1CXQA 1IKVA 2HB5A 4W5TA 3QEVA 3HVRA 1U45A 4CJQA 3TWHA 3QERA 2IC3A 4AHSA 3SUPA 3G10A 3SQ4A 5SZTA 3VQ9A 2YV0X 2JLEA 1LWEA 3V6DA 5D3GA 4DTJA 3RR8A 4C8OA 1JL1A 1WAJA 2OYQA 3KKSA 5C24A 3IAYA 1RCHA 4CIEA 4F3OA 2ITGA 1VSLA 5HROA 3O3HA 4BE1A 4FLYA 2W42A 4Z4IA 3OYEA 3OS1A 4CJRA 3KLEA 4CCHA 1CXUA 4HHTA 1TAUA 4M3ZA 2E4LA 3T1AA 4AHUA 4CK2A 3NDKA 1HYVA 5KRSA 1GOBA 1RDDA 4DTSA 3K58A 2OPQA 4BWJA 2PY5A 4KPYA 4OKEA 3HXMA 4FJXA 4O0JA 3DI6A 3OYIA 3TAFA 4F2RA 4ID1A 1W9HA 3NF8A 3PX0A 2HHUA 4NCAA 2G8KA 3ZSYA 1T8EA 2OPRA 2KFZA 1SUQA 4DFPA 3TAEA 1L3SA 3QINA 3NHGA 3AVJA 1WSEA 3P83D 4M45A 2X78A 1CZBA 1NKCA 1U4BA 2OZMA 1RT6A 4LY7A 3U6FA 3C95A 1SL0A 1B9DA 1S9GA 2IS3A 4GW6A 4O55A 4JRQA 1NKEA 4KI6A 3VQEA 3K2PA 2O4GA 3AVIA 4CJPA 1QSSA 3UIQA 1JLQA 1JXBA 2DFFA 3HM9A 1LAVA 1BQNA 3IS9A 3V1RA 3OYHA 4DFKA 3VQ5A 2D0CA 4Z4HA 3LPUA 3ITHA 3O3GA 3QEIA 3AA4A 4I9QA 1T03A 3AA2A 2B4JA 1VSEA 5CY4A 1FK9A 4W5OA 1NK6A 1QSLA 1REVA 3HYFA 3DRRA 4FJJA 1R0AA 4FXDA 4DLGA 2LSNA 2G8VA 2DY4A 1C1AA 4CF1A 1UAXA 3E01A 1BCOA 4B08A 3VQCA 4CHOA 1KFSA 3LP0A 4FLWA 3VQDA 2XRIA 3S3NA 4FJKA 4FK0A 2AJQA 4HCBA 2G8FA 3HO1A 1BISA 2HNYA 4DS4A 1L3VA 4FZZA 2ZD1A 3OYLA 1JKHA 3KIOA 3ZT4A 1J54A 5HBMA 1RBTA 3OYGA 1RDCA 4B9VA 2HMIA 4EZ9A 3OS0A 4QAGA 3NAEA 3LWLA 2D0BA 1UWBA 1SKRA 2G8HA 1D9FA 1QS4A 3M8QA 3K57A 2DFHA 4MFBA 3DLBA 1WSGA 1KVCA 3AO3A 1BQMA 3DRPA 5I42A 5C42A 5FROA 4IG3A 5CZ1A 4B8CA 4BACA 1RTHA 4DU3A 4J2BA 1TAQA 3AO2A 3QIPA 4M3YA 4M41A 3CM5A 3HT3A 4FZYA 4B8AB 3EYZA 1S1WA 3M8RA 3SQ0A 3PV8A 3VQBA 3C6UA 3MEEA 4O44A 4WE1A 4CJSA 3DRSA 4GMJB 2VWJA 4DS5A 2Y1IA 4RW9A 3HVTA 4CFDA 3SCXA 4FJGA 4LD0A 3SUQA 4CGFA 3O3FA 3T3FA 4ZTJA 4N41A 1L3TA 3LPTA 1G15A 3L3UA 4KTWA 2P5OA 2Z1JA 3OYNA 4BWMA 1UA1A 2QK9A 1SV5A 1XWLA 3MXJA 4DFJA 3TANA 2IDOA 3V1OA 1LV5A 2BDPA 4G1QA 5J2MA 1WSIA 4CEFA 1TK5A 1S1TA 3SQ2A 3THVA 1BL3A 3RMCA 4PQUA 4OLAA 4KREA 1ZYQA 4Q0BA 3IG1A 4DQIA 1S1UA 1B92A 3LP2A 1TVRA 3AVBA 4CHZA 2IAJA 3O4NA 5C25A 3F73A 3SV3A 1TK0A 3RWUA 2HHVA 1BI4B 3K5OA 1XI1A 4C8LA 4FM1A 1VSFA 3VQ4A 3NFAA 1C6VA 1D5AA 4BDYA 1T05A 2OPSA 3AVCA 4CJLA 4E1NA 1NK7A 1S5JA 1X9MA 1ASVA 1S6PA 4E7IA 3S3OA 4B9SA 5KI6A 2EHGA 3EZ5A 2QKBA 1QE1A 1RT4A 4IBNA 1Q9YA 3OY9A 1RILA 4KO0A 1VK0A 3CFOA 1NJYA 4B9NA 4PUOA 2HHQA 1HJRA 2RKIA 4LH5A 2XY5A 4DTXA 1GOAA 3C94A 3V9SA 4E7LA 3AVFA 1J5OA 4NYFA 3ZT3A 3O4QA 3ZSRA 4CJVA 4E7KA 2YKNA 4DF4A 3NCIA 4CK3A 3LZIA 3SPZA 4K8ZA 2PYLA 1C0UA 1WN7A 4M3UA 4NYNA 4BE0A 1Q9XA 2Z1GA 2GUIA 3AVHA 1DTTA 3WNFA 1HNIA 1RT1A 4AHCA 1ITGA 3MAQA 2HHSA 4CEZA 5HRSA 1YTUA 1XHXA 2XHBA 4DSEA 1YTAA 3HP9A 2JGUA 5HRPA 1CLQA 4E7HA 1VSJA 4KHQA 3U3YA 3DLEA 4FJ8A 4N76A 4F3TA 5KTQA 5CYMA 2FBVA 1IO2A 2BANA 3B6OA 4H4MA 4FJ5A 5HP1A 4CF8A 1XC9A 4YNQA 4CGJA 1D9DA 1VSHA 4MQ3A 2YKMA 4O0IA 1HNVA 4N5SA 4CHPA 4Z4GA 3RTVA 2B5JA 3NF7A 1ASWA 3VA0A 3AVNA 3RMBA 4IFVA 4B9MA 3KD1E 4AHTA 3SUNA 2D0AA 1ASUA 2QKKA 3LDSA 1BIZA 4ELUA 1IKXA 4UQGA 4XIUA 2OPPA 1BGXT 1WSHA 4Y1CA 1SL2A 4FJLA 4OPJA 1TK8A 1IKYA 1EX4A 2OZSA 3CQ8A 4FCYA 3SQ1A 4KB1A 4OLBA 3HL8A 2VG5A 5I3UA 4KRFA 4IKFA 1S9EA 3BDPA 4DSIA 3DLKA 1HMVA 3QLHA 2HVIA 4DQPA 3MEGA 1TKZA 4KHYA 3AVGA 4DU4A 2X74A 1VSIA 4CGGA 4CJWA 3AVKA 2YNIA 3L8BA 4BDZA 1F21A 1RDAA 1U48A 1NJXA 4CF2A 4B3OA 3S3MA 3S9HA 4CF0A 4JS4A 1LWCA 5EU7A 3RR7A 3AVMA 3DOLA 4FJNA 4OJRA 1MU2A 2HHXA 1LW0A 4KV8A 3OYMA 3TAMA 4CJ4A 4DQSA 3ALYA 4C8KA 1BI4A 2HNDA 1WSJA 4HUGA 1FKPA 4DWIA 1Z26A 3KTQA 1RTIA 3HPGA 2ZE2A 3L2WA 1SL1A 3QNOA 1JLAA 5HRRA 3ZCMA 3AO1A 4E1MA 1SKWA 4OGCA 1U04A 2P5GA 4AH9A 1Q8IA 4FJ7A 4KFBA 3VQPA 4CEQA 3NH2A 3OJUA 4F4KA 3NBPA 1VSMA 4KHNA 3QIOA 1WNSA 1ZBUA 2F8TA 4FW1A 1RT5A 3VQ8A 1W0HA 4LH4A 4KHSA 3DLRA 4HVJA 2R7YA 4KTQA 2F96A 3NGZA 2OA8A 2PZSA 3AVLA 1C1BA 1TV6A 4Z4EA 3WNHA 4CEOA 4B9LA 1A5VA 3WNEA 3C6TA 3ZSWA 4CEBA 1RBUA 5J2PA 4IFYA 4CIFA 3ZT1A 3HPOA 1HYSA 3JSMA 4FK4A 3KLFA 3HK2A 3B6PA 3LAKA 4ICLA 4IG0A 2RN2A 3LP1A 5KGXA 4N56A 1IH7A 3ZSZA 3NF9A 1RBVA 2E6MA 4RG8A 3V81A 1U47A 2Q3SA 3AO5A 3KK3A 3SZ2A 3TAPA 4CESA 4M3XA 3MXIA 1IKWA 3G0ZA 4QCLA 4JS5A 1LW2A 4H4OA 4FLZA 1JLGA 2KW4A 3ZSVA 1ZBFA 4CIGA 1NJZA 3DLHA 2RPIA 1J53A 3VQ6A 1N6QA 2HVHA 4FLUA 5CZ2A 3I0RA 4Q5VA 4LSLA 5J1EA 3QO9A 1U49A 3ULDA 4FZXC 1QQCA 1N5YA 3JYTA 4CFCA 3KLGA 3M8SA 4CGHA 5KRTA 3V1QA 4ELVA 2P1JA 2KFNA 4Y1DA 1QTMA 1Z25A 1J9AA 4CE9A 4ELTA 3H08A 1IG9A 4KI4A 4I2PA 2X6SA 5T7BA 4EP5A 1TKXA 1K6YA 2HW3A 3D45A 4I2QA 4FLTA 3LP3A 3TAGA 4J2AA 3KJVA 4CHYA 4CJTA 1NK8A 2XY6A 2G8WA 3I0SA 3TARA 1RT3A 4IDKA 3PUFA 3VQQA 4HUEA 1KVAA 3VQ7A 3AV9A 1BCMA 1TGOA 4HUFA 5DK5A 4E7JA 4FYDA 2P51A 1DTQA 2ZQBA 5FDLA 3PY8A 4DMNA 3KLHA 1KSPA 4I9LA 4B9UA 2Z1IA 4C8NA 4DTNA 1C0TA 1RTJA 4AHVA 2YHAA 4O5BA 3OYKA 1JLCA 3QEWA 4DSLA 3KK2A 5FRMA 1FKOA 1C0MA 1JLFA 1S6QA 3L2QA 1B9FA 2I5JA 3EY1A 1NOZA 1KLNA 3DYAA 2Z1HA 3LALA 3DMJA 4Z4CA 1TKDA 2G8IA 3MEDA 3TABA 3ISNC 1RBSA 1A5WA 1TL1A 4CJFA 2VG6A 4FK2A 4RW6A 4RW8A 3V9UA 1RDBA 1S1VA 4E19A 4FM0A 2YNHA 3RRHA 2XY8A 4CEDA 4DTMA 4KHWA 1NOYA 1VSDA 3SUOA 1QSYA 3ZSXA 4ZHRA 2PYJA 3LANA 3U3GA 4DF8A 4B9TA 4E3SA 5HLFA 1EP4A 1ZBHA 5K14A 2KZMA 2FC0A 1O1WA 1BHLA 1JLEA 2X6NA 4CFAA 4RW4A 3NH0A 4E0DA 1EKEA 3L3VA 4ID5A 3NGIA 4HTUA 3SJJA 2FBXA 1RT2A 2YHBA 4PA1A 3SI6A 1NK9A 3CG7A 3IRXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DG1A 1CZAN 5CYQA 4JI4K 2E6LA 3MN5A 5KQ8A 1X9SA 4BDPA 3LZJA 3FFIA 2BTFA 4DUYK 3D6RA 1YITN 3CD6N 3K5NA 2YCHA 2A1RA 4CFBA 4TSXA 4CHQA 1LWFA 3D0PA 1OVYA 4OKJA 3WNGA 4CK1A 3OYJA 4XH4A 4OGEA 1GLCG 1EWRA 4A59A 2VWBA 1GLJO 3P5JA 4WYBA 3D2FA 2KTQA 3LDLA 5AQUA 4FM2A 1E3MA 3H1QA 2FBYA 3CM6A 3AA3A 3LAMA 3KLIA 2D5RA 4KAZA 1NLVA 3BGRA 3QNNA 3LDPA 4BE2A 3ENBA 2VWKA 1KRPA 3OS2A 4CJ5A 4IWVA 3L2VA 4DFMA 4PKHA 1T44A 3SV4A 3O1WA 3L2RA 2ZJPL 2GV9A 5BR8K 1VQLN 3NF6A 2WONA 2ITMA 1CZ9A 3EN9A 5ADXH 4FLVA 2WUSA 2O8FA 4H5RA 3AY9A 3CYMA 4ISFA 5AQZA 3K5LA 4FJHA 4BRLA 1HQEA 3VETA 4L8RB 5FPMA 2HNZA 3I55N 3MXMA 2BGGA 3EEQA 4YY3K 4YOYA 4F2SA 1VHXA 1S1XA 4FWQA 2OTJN 1KCFA 4JKCA 1WLJA 4PL8A 4M3RA 2ATQA 2P9KB 3MECA 4MLEA 2H3GX 2UXCK 4NLCA 1VRUA 2NZTA 1IG8A 4GKJK 3DLGA 2E2OA 3BF3A 1KVBA 3SNNA 3PX6A 4DTPA 4CGDA 4YDUA 5CHIA 1KLMA 1HYZA 4KB0A 5AQHA 4WCEL 3QMLA 1HPZA 3CQYA 4R5PA 1RNHA 3OYCA 5AQQA 4CJKA 4LSNA 3RMDA 1JXEA 4PY5A 1VSKA 3SLCA 4CBUA 3OJSA 5J2NA 1IKVA 3QEVA 1VQ9N 2KHOA 3SQ4A 4H0XB 2JLEA 1LWEA 4OPAA 3RR8A 3O08A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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