3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
4CGDA 2Q3SA 4CECA 4IKFA 3MXMA 1NOYA 1RDCA 1X9MA 4E1MA 5CY4A 1HYZA 4IG0A 3HPHA 1BIZA 2B6AA 1QTMA 1HPZA 4C8NA 4F3OA 2YNIA 4CJLA 2B5JA 3KKRA 3QEIA 1NJZA 3PUFA 4KB0A 4DFMA 3NGZA 1VK0A 1VSIA 3SUOA 3LP1A 5KRTA 3AO4A 1X9WA 2Z1GA 4CHQA 1REVA 2NUBA 3HK2A 4CGFA 3P5JA 4H4OA 1RBSA 4M3UA 3O3GA 2IC3A 2G8UA 2VWKA 2BGGA 3I0SA 4M45A 1BL3A 2YKMA 2YKNA 4M3WA 4DU3A 3OJUA 1JLCA 4C8LA 4GVMA 3EYZA 1SKRA 2AJQA 5DMRA 5HP1A 1UA1A 2X74A 3DLKA 1IG9A 1U04A 1J5OA 4C8KA 4B9LA 3OYKA 3IS9A 1XWLA 2VWJA 4B8AB 4LSNA 1C1AA 2PYLA 1HQEA 3QIPA 4ZTFA 3VQQA 3V1OA 3NCIA 1NK7A 3NHGA 4RW8A 4GMJB 4UQGA 4KAZA 3CYMA 4F2RA 4HCBA 3OYEA 1KLMA 1VSDA 1J53A 2A1RA 4CIGA 3OYBA 2R7YA 1S6PA 3V1RA 2D5RA 4CGIA 2KTQA 2RPIA 1T05A 4PA1A 3ZT4A 3DLHA 1VSFA 5SZTA 1XHZA 3QEPA 4FYDA 2IAJA 1RCHA 3U3YA 2Y1JA 1RBRA 3SYZA 4FJNA 4DQIA 3HO1A 3S3MA 3AO3A 4DTMA 3TANA 4M3RA 3ZSVA 3OYGA 4CFCA 4FLZA 4KPYA 2WOMA 3HVRA 4F4KA 3V9WA 1EETA 5KI6A 5CZ2A 4K8XA 4CEAA 2HHWA 2P51A 3LDSA 4KREA 4FLVA 3ZT1A 3LP3A 4M3YA 3NE6A 3DMJA 1BQNA 4DTJA 3V4IA 1C1BA 4KHQA 1JL1A 3VQDA 3M8RA 4F2SA 4Z4GA 2QK9A 4F3TA 3VQ9A 4KHWA 1FXXA 4B9NA 3A2FA 3MECA 3RTVA 4RG8A 4DG1A 1LAVA 1B9DA 1YTAA 3AVKA 5EU7A 4B9VA 4FJ9A 4ELTA 2G8VA 3DOKA 4I7FA 4IFVA 1HQUA 1RT7A 2FBVA 4KHSA 1VSKA 1HRHA 4HTUA 5JS2A 3QO9A 3D0PA 4M41A 4I9QA 4OVLA 4MQ3A 3ZCMA 3KK1A 4ZHRA 2Z1JA 4DTUA 3AVNA 1IKYA 1IKXA 4CJRA 5HROA 3MEGA 1ASWA 1W0HA 3B6OA 3VQ7A 1S9EA 5KGXA 4CJSA 3H08A 3SQ4A 4AHVA 1EP4A 1NOZA 3DLGA 4CJWA 3K59A 4HHTA 3O3HA 4CEBA 1FKPA 3IAYA 4CK1A 3AVGA 2EHGA 1JL2A 3HPOA 3SCXA 1J9AA 3K5LA 4FJXA 3B6PA 5FRMA 4OLBA 1TV6A 1S9GA 1HYSA 3LWLA 1QE1A 2B4JA 2O4GA 3LAMA 1C1CA 3LP2A 5KRSA 1JKHA 4O0JA 1LAWA 3BDPA 4B3OA 4FW2A 2X78A 4CJUA 3K5MA 4CJ4A 1A5WA 2OPQA 1TL1A 4N5SA 4FJ8A 4PUOA 2Y1IA 4JLHA 2YHBA 4O55A 3KK2A 2E4LA 4B9MA 1BGXT 3HYFA 4RW7A 1TKXA 5CZ1A 1UA0A 3K5OA 3OS1A 1RT4A 4O44A 4O5BA 1D9DA 1CLQA 3ITHA 4N47A 2P5GA 4AHTA 2YNGA 3TAQA 2QKBA 4FVMA 3WNHA 3KK3A 4ICLA 5C24A 1U49A 1ZBHA 1D5AA 1UOCA 2D0BA 1L3SA 1KFSA 1TK5A 4DTPA 4FLYA 3TAMA 1QQCA 3C95A 5K14A 5KTQA 3VA3A 1ZBFA 1NKBA 4E3SA 4ZTJA 1L5UA 3ZT0A 1NK0A 4KRFA 2GV9A 1WSEA 3OYNA 4KTZA 4CF2A 2KFZA 4CIFA 1LV5A 3L2QA 3SUNA 5FRNA 1L3TA 2VG5A 2ZE2A 1VSLA 1WSJA 4I2QA 4CK3A 1T7PA 4E1NA 1QS4A 3V1QA 3KLFA 3T3FA 2IOCA 3AA5X 3QNOA 3M8QA 4FJ5A 4W5RA 3P1GA 1KSPA 4CE9A 4CF0A 4JS4A 4FJGA 3MAQA 4W5NA 4HUGA 3NH0A 2HNYA 4FZXC 3SJJA 3AV9A 1DLOA 1Z25A 3AVBA 3OYAA 3OS2A 2LSNA 3QERA 3OYFA 3KLEA 3V9SA 3K5NA 1ZBIA 2HHVA 5T7BA 1XHXA 1SL2A 2JLEA 3I0RA 4AHRA 3PX4A 3NBPA 1WNSA 2QXFA 3MXJA 4M3TA 1QSSA 3AVJA 1QHTA 1T8EA 2D0AA 3K57A 2F96A 3RRGA 3P83D 2F8TA 1JXEA 1NKEA 1BISA 1HNIA 2KW4A 3QESA 5J2QA 4H8KA 3DRSA 1NJXA 3NF7A 3L2RA 3VQCA 1UAXA 1C6VA 4DSFA 3L2WA 4JRPA 1WLJA 3VQAA 3OYHA 4XIUA 2XY5A 4Q5VA 4BE1A 3DI6A 1JLBA 1LWEA 1WSGA 4CHPA 1D8YA 4CEOA 4J2BA 2HHUA 1VSEA 1CZBA 2P1JA 3DLBA 2G8KA 3OYCA 1VRTA 3T1AA 4AH9A 4FLTA 1KRPA 1TAUA 1KFDA 3O3FA 4CK2A 1VRUA 3TARA 1Q9XA 3IRXA 1CXUA 3KIOA 3ZSRA 1KCFA 1NJWA 1NK8A 3AO5A 3OS0A 3DYAA 5I3UA 3KLGA 3LANA 3K58A 4DQPA 4DSLA 4EZ6A 2HVHA 4QCLA 4HCCA 3NFAA 4L8RB 2JGUA 3MEEA 1RT1A 1RTJA 3LAKA 4CJKA 2OZMA 3DLRA 2QKKA 1S1XA 4M3XA 4DSIA 1BCMA 1S1WA 1BCOA 4FLWA 4EP5A 3PY8A 3KD5E 1VSJA 1JLAA 1WAJA 4RW9A 2DFFA 2DFHA 4OGEA 1U4BA 5JS1A 3WNGA 5HRPA 3MXIA 4C8MA 3LWMA 4C8OA 3RWUA 3AVLA 4E89A 5KGWA 1BI4A 2RN2A 3NF8A 4BE2A 2OPRA 3PX6A 2FBYA 1R0AA 3HP9A 4IG3A 4LY7A 3SUPA 4FW1A 4FJLA 4FCYA 2HB5A 4Z4HA 3L2UA 1Y97A 2GUIA 2W42A 3T19A 3SQ1A 4KI4A 3LALA 4DU4A 1K6YA 3QLHA 4DF4A 3QEWA 5C25A 1TKTA 3VQBA 3HM9A 3SPZA 1U48A 1Q8IA 1Q9YA 2P5OA 2DY4A 2EX3A 4DQSA 4FK4A 3RRHA 4FJHA 2FBTA 4DSKA 4DFPA 2HHTA 1IKWA 3U6FA 1WSFA 4EZ9A 1HMVA 3SQ0A 3AA4A 4OKKA 4RW6A 1LW2A 2IDOA 3NF9A 3RMDA 2HHQA 3ZSQA 1HJRA 5J2MA 3VQ4A 4N56A 4DSJA 3ZSXA 3OY9A 4FJMA 4AILC 4OJRA 2FC0A 3PV8A 4CESA 1TK0A 1C0UA 4OKEA 4WE1A 4CHYA 5C42A 4W5QA 4DFKA 2BE2A 3JSMA 4DTSA 4DFJA 3OYIA 3TWHA 4E7HA 5I42A 4CHZA 4B9TA 2KZZA 3LPTA 3C6TA 1YTUA 2D0CA 4EP4A 1ZYQA 3HVTA 3AVCA 3V6DA 1BHLA 3RMCA 2HNZA 3CM5A 1X9SA 1U45A 2WONA 3AO2A 4I9LA 2BDPA 2OA8A 3RR8A 3HJFA 4NYFA 4CF1A 4OPKA 1S1TA 4CGHA 4BDYA 1IH7A 1I3AA 1RBVA 3AA2A 3OYMA 3SNNA 3BGRA 3DOLA 1RDDA 3O4NA 2XHBA 1TKZA 2XY8A 5FROA 4KO0A 2OZSA 4KI6A 3SZ2A 1RBUA 1RDAA 4FM2A 4DTRA 2DTUA 3AO1A 4KHNA 4I2PA 1JLFA 1IKVA 4FLUA 3S3OA 3KKSA 5HBMA 3FFIA 1LW0A 2Z1IA 4H4MA 4LH5A 4Y1DA 3NGIA 4Z4EA 4OLAA 1S6QA 1XI1A 1KVBA 4BDPA 1JLQA 3WNFA 3HT3A 2IGIA 4CJ3A 2YNFA 2HVIA 4R5PA 4QOZB 3OVNA 3HPGA 2A1SA 4Y1CA 1TAQA 1RTHA 4YFUA 5HRNA 1L3UA 2RF2A 4J2DA 1ZBLA 4JRQA 1QSYA 4KTWA 3IG1A 2BANA 4O4GA 3HP6A 4DF8A 4B9UA 4BDZA 4J2EA 3AVFA 3AVAA 3NDKA 3KJVA 5FDLA 2IS3A 3NH2A 4CF9A 1NJYA 1RDBA 3PO5A 4NYNA 3QETA 2G8WA 3OJSA 3SUQA 2KZMA 4E7LA 3D45A 1S1UA 4AHCA 4O0IA 2GBZA 3CG7A 1JXBA 2ZQBA 1FK9A 4CJQA 2G8HA 4KB1A 2VG7A 4CGJA 1YVUA 2HNDA 3CFPA 4CJTA 4CEFA 3NH1A 3QNNA 4M42A 2G8IA 5CYQA 3LPUA 1W9HA 2ZD1A 4W5TA 4DTXA 4DWIA 3TR8A 3G10A 4N41A 4KHUA 4NCBA 1KTQA 1CXQA 3JYTA 1D9FA 1NKCA 3F9KA 4FJKA 4FK0A 1WSIA 1DTTA 2E6MA 5J2PA 4CJFA 4CJVA 2XO7A 1UWBA 4HUEA 1Z26A 2VG6A 3L2VA 2E6LA 2HHSA 4DTOA 3VQ6A 3SPYA 5J2NA 2ATQA 1QSLA 4G1QA 4FLXA 5HLFA 1ZBUA 3OYLA 4HVJA 4DQRA 1N5YA 1BI4B 4CEEA 3ASMA 2XY6A 4CFAA 1J54A 1RT5A 1G15A 1SL1A 1ASVA 3V81A 1KVAA 4OPJA 3VA0A 3PX0A 4PWDA 4Z4CA 4Z0UA 4BWMA 3M8SA 3SV3A 4E7JA 4ELUA 2OYQA 4CGGA 2ETJA 2F8SA 3WNEA 4E0DA 3TI0A 3LP0A 3OYDA 4DMNA 1S1VA 2X6NA 3CM6A 4DLEA 2FBXA 4W5OA 3AVHA 4BWJA 2PZSA 4CFDA 2X6SA 2I5JA 1EKEA 1RTIA 4FM0A 3L3UA 5DK5A 3NF6A 3EY1A 3E01A 3LZIA 1TK8A 4FJIA 3KLHA 3L8BA 1KVCA 4PQUA 4KHYA 3VQEA 4Z4FA 1I39A 1RT3A 4B8CA 4J2AA 1A5VA 3DRPA 4KFBA 4NCAA 3K2PA 3RMAA 2HMIA 1SUQA 1DTQA 4CEQA 5J1EA 3QINA 4YNQA 4TSXA 3EZ5A 1BIUA 4LD0A 4DU1A 1WAFA 3HSTB 3THVA 1KLNA 4CJ5A 3ISNC 4MFBA 1B92A 4B08A 4FM1A 3DRRA 4E19A 1C0TA 4ELVA 1LWCA 3QEVA 4CHOA 1VSHA 1EXQA 4N76A 3M8PA 3NAEA 2HW3A 3TAGA 4DS5A 4GW6A 1LWFA 1N6QA 2PYJA 4CEZA 4CIEA 3VQ8A 3PO4A 3ZSWA 4DLGA 1NK6A 1TL3A 1X1PA 5D3GA 4LH4A 3KD1E 4FXDA 2YV0X 3ZSZA 4HUFA 1SKWA 3HL8A 4M3ZA 1RT6A 4CF8A 1F21A 1ASUA 3V9ZA 4PY5A 2XRIA 4BE0A 1TKDA 3ALYA 1RTDA 1MU2A 1JLEA 1O1WA 4IBNA 1VSMA 3OYJA 4Z4IA 3O4QA 3TAEA 2KFNA 4CJEA 5HRSA 4ID5A 4QAGA 3NGYA 4BACA 3S3NA 1SKSA 4CERA 3AA3A 1IO2A 4KV8A 2O4IA 3F73A 1HNVA 3KLIA 4RW4A 3TABA 3AVIA 4K8ZA 3MEDA 3QEXA 1TGOA 1YT3A 2DFEA 1S5JA 1NK5A 2G8FA 1TVRA 3L3VA 3VQPA 1ITGA 3ZSYA 4DSEA 3TAPA 3U3GA 3G0ZA 4OGCA 1JLGA 4E7KA 4KTQA 4FK2A 1RILA 3RMBA 4CHNA 1BQMA 1GOBA 2RKIA 4KKOA 4FJ7A 4AHSA 4NCGA 4JS5A 3VQ5A 3SI6A 3KTQA 3ZT3A 3TAFA 1U47A 1RT2A 1HYVA 3SV4A 2HHXA 5SWMA 4E7IA 4OKJA 2YHAA 3DLEA 2PY5A 4LSLA 3I8DA 4CCHA 2OPPA 3VN5A 4FZZA 1RBTA 1SV5A 3C94A 3C6UA 2OPSA 4Q0BA 3RR7A 4IFYA 2YNHA 4B9SA 2Z1HA 3UIQA 1WN7A 3CQ8A 1WSHA 5HRRA 1FKOA 3CFOA 4AHUA 1GOCA 1L3VA 3HXMA 2ITGA 3AVMA 1CZ9A 4CEDA 4IDKA 3S9HA 4DQQA 1EX4A 5CYMA 1NK4A 4CFBA 4DS4A 1C0MA 5E41A 1RNHA 1NK9A 3V9XA 1XC9A 3ZT2A 4ID1A 3QIOA 3CFRA 3SQ2A 3LZJA 1SL0A 1GOAA 1T03A 1A5XA 4FZYA 3DM2A 4F8RA 1B9FA 4DTNA 4CJPA 4FJJA 3ULDA 2KQ2A 3V9UA 2XY7A 3ZSOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RWTA 4JKBA 3RSEA 3OA9A 4E1MA 4NLCA 3MN9A 3HPHA 4JI8K 1BIZA 1D4XA 1QTMA 5LL6Z 2P9NB 4F3OA 3KKRA 3QEIA 4DFMA 1VK0A 3SUOA 5KRTA 2Z1GA 1REVA 1M1KO 2O8BA 4CGFA 2ZJRL 2IVPA 4BR4A 3O3GA 2IC3A 2G8UA 4CJ7A 4JYAK 1BL3A 3CJCA 4H0VB 3SBGA 1XNRK 1UA1A 4B3MK 4BROA 1C1AA 4B1YB 3NCIA 3V1OA 5AZIA 3DLHA 4PA1A 3ZT4A 1XHZA 4FYDA 4JKDA 2IAJA 3U3YA 5C12A 3PLAA 1RBRA 4FJNA 3ZYYX 4DV2K 3ZSVA 4FLZA 1Z6RA 3EKUA 2WUSA 5CZ2A 4K8XA 4CEAA 2HHWA 3CCMN 4KREA 4LF6K 4DTJA 1C1BA 3VEVA 2W41A 4WF9L 4DG1A 3AVKA 3CPEA 5EU7A 2CH5A 2G8VA 1EWRA 2FBVA 1HUXA 3WT0A 4KHSA 1VSKA 1HRHA 3QO9A 3OHRA 3ZCMA 4ZHRA 2NZTA 4KH5A 1J5EK 3AVNA 5HROA 3VQ7A 3LL3A 1S9EA 4JEPA 3H08A 4JK9A 4HHTA 3DLGA 3QFUA 3O3HA 2NRWA 3EEQA 4CK1A 1JL2A 5AJ3K 3K5LA 3BF3A 3B6PA 4DV0K 5CHIA 4ISFA 3RSEB 3LWLA 3N4PA 4FPBA 1TL1A 3E66A 1BGXT 3HYFA 1TKXA 5CZ1A 3K5OA 4O44A 3TAQA 2QKBA 3S41A 4AQYK 2O8BB 3KK3A 2QA4N 1ZBHA 3EE9A 4GY2B 2D0BA 4PKHA 1L3SA 1KFSA 3TAMA 5K14A 1NM1A 3U9ZA 4ZTJA 4NO7A 2GV9A 3ID6A 1L3TA 3DXMB 2OANA 4CK3A 4H0OA 3CERA 3T3FA 1DKGD 3Q7BA 4JS4A 1VHXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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