3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
4CJRA 4B8CA 3NE6A 1T8EA 3OYIA 5JS2A 4DFJA 4B9LA 2D0AA 1S6PA 3AO3A 2FBVA 4KFBA 5J1EA 1NOZA 3V81A 3SQ0A 1MU2A 2RN2A 3VQ8A 1Q8IA 3DLGA 4CJTA 4O0IA 4CJ4A 3RR7A 1ITGA 2Z1IA 1N5YA 3NGIA 4NYFA 4CHOA 1X1PA 4F3TA 3ZSOA 1UWBA 2IOCA 1VSHA 3SI6A 1NK7A 2R7YA 5EU7A 1C0MA 3AVAA 1U47A 3NBPA 1BIUA 3ZSZA 2HHWA 3TAGA 1SL0A 3LP1A 5DK5A 1Q9XA 4FZZA 4Z4EA 1WSJA 2ZQBA 1WSFA 2KZMA 2HHSA 1C1BA 1BISA 2P5OA 2OZMA 3QIPA 3QETA 3H08A 4W5OA 4IKFA 3LALA 1TK8A 4DG1A 3I0SA 4G1QA 4Q5VA 3PO4A 3VQ5A 1BQMA 2QXFA 4CEEA 4HVJA 3OYNA 1LWFA 4O44A 2KFNA 4KTWA 4JS4A 2G8FA 2B4JA 3OYBA 2OPPA 3KJVA 3VQ4A 1NKCA 1RT5A 1KLMA 1Y97A 1QE1A 4CGIA 5CY4A 1NK5A 2HNZA 1SL2A 2OYQA 3SYZA 1UAXA 3ALYA 4LD0A 4DSLA 4HHTA 1C0UA 3IG1A 4AHSA 4FM2A 2F96A 4OKKA 2VWKA 3RMAA 3DLHA 4EP5A 1R0AA 3OYLA 3HPGA 3PUFA 4CFCA 1C6VA 1HMVA 2G8HA 1BL3A 4MFBA 1JLCA 4M41A 1KVBA 3TWHA 3LDSA 2PYLA 3IS9A 4CEQA 4M3WA 3PX4A 4O5BA 4K8ZA 4DQRA 3FFIA 3JYTA 3CYMA 1VRUA 3HYFA 4AHUA 3S3NA 4F8RA 4M3TA 3EY1A 3L8BA 3SPZA 4CECA 1GOAA 4DWIA 3RRHA 4HCCA 4M42A 3HVRA 3HJFA 4DTXA 2HB5A 4LSNA 3SQ4A 4DQSA 3HPHA 1I3AA 4J2AA 4DU4A 1GOBA 1S1WA 4KREA 2X6SA 4CESA 5FRNA 1WNSA 2FBTA 3OY9A 1VSMA 1TKZA 1L3SA 4TSXA 1B9FA 3T19A 4CJ3A 2Y1IA 2OA8A 1QTMA 4M3XA 1SL1A 4KHNA 4DU1A 3THVA 1DTQA 3NGYA 4I2PA 1EKEA 2E4LA 2HHXA 1TKXA 4O55A 4OKEA 4DTPA 4RW6A 4FLYA 4E0DA 3LP2A 4KTQA 3LWLA 1GOCA 4KHSA 3C94A 1KTQA 5C42A 2HVHA 1KFDA 3SCXA 2B5JA 3AVIA 4O4GA 4CK3A 3NH1A 3JSMA 3RMDA 1NK9A 3AVBA 4FJMA 4KHWA 4J2DA 2X6NA 3HK2A 1BGXT 1RDBA 3NHGA 3DLBA 1I39A 3K2PA 4Y1CA 4O0JA 5HP1A 3P83D 1SV5A 4E1MA 3ULDA 4ID1A 5DMRA 1HYVA 4CEOA 3O3HA 3D0PA 4FLZA 3QEPA 3ISNC 3PY8A 3DMJA 4KRFA 2G8WA 1TKDA 2HHTA 3DRPA 4IBNA 3WNFA 1RT1A 4CJVA 2XO7A 2AJQA 3QESA 1D9DA 1ASWA 4BE0A 4DSKA 3CFPA 1UOCA 1X9WA 2WONA 4KAZA 4J2BA 3SUPA 2YNFA 3NCIA 3TAQA 3KKSA 4Z4HA 3CFRA 3V1OA 4FXDA 1HJRA 1HYZA 3OVNA 4CJUA 1S1TA 2DY4A 3V6DA 3CFOA 4FLVA 5KRTA 3SPYA 3TAPA 4E89A 1TL3A 4KHUA 4CF2A 1QHTA 4CHNA 1YTUA 3OYEA 3QEIA 2YKMA 4B08A 4JLHA 1JLBA 4CJFA 1XC9A 1LAVA 3ITHA 1QSLA 4PY5A 3SZ2A 3F73A 1K6YA 4KHYA 1ZBUA 3ZT1A 4C8OA 4YFUA 3MAQA 3M8QA 1U04A 4FW1A 2HNDA 4E1NA 1QSYA 1ZYQA 4CJLA 3RR8A 3NF6A 3P1GA 1RNHA 3EZ5A 4FJNA 3A2FA 1VSEA 4H4OA 5CZ2A 1SKRA 1WAFA 2ZD1A 3DOLA 1RBSA 3NFAA 3QO9A 3S3MA 2P1JA 3K58A 3OJUA 1U4BA 4C8KA 4FJ7A 2A1SA 2B6AA 1NK4A 4F2SA 3CG7A 4FJKA 4JRQA 1FKOA 2EHGA 4RW7A 4NCGA 4W5TA 3QINA 4FM0A 1C0TA 4CGHA 1HQEA 3DLRA 3QERA 1Z26A 2WOMA 4N76A 4FLXA 4KHQA 1HNVA 1WSGA 3AVJA 3NF8A 4CJPA 3V4IA 2KZZA 4FVMA 4CF0A 2G8IA 1REVA 3MECA 3KLIA 2BGGA 3NH0A 2G8UA 5KGXA 1VSJA 2OPQA 3VQAA 3QLHA 3VN5A 5HRRA 2HMIA 5T7BA 3E01A 4J2EA 4FJ9A 1ASUA 2RF2A 2YKNA 4CJQA 1ZBIA 3KK1A 3KLFA 1HNIA 4AILC 1S9EA 3VQDA 2ZE2A 3C6TA 1RILA 1IKVA 4CGJA 5FRMA 1RT6A 3L2VA 3HT3A 1J9AA 4CHPA 3K5MA 4BE1A 3TI0A 3PV8A 3RRGA 1YTAA 4B9NA 4CCHA 3OYHA 5FDLA 1IKYA 3AVKA 4DF4A 3OS2A 4K8XA 1RDDA 3NF9A 2IDOA 4UQGA 4BDZA 3I8DA 3VQ9A 3KD5E 2QK9A 2YHBA 3OYCA 4DFKA 4DSJA 1A5XA 1C1CA 1F21A 3WNEA 3I0RA 4DQPA 4RW8A 3K5OA 5I42A 2FC0A 2ETJA 2YNGA 2Y1JA 1JL1A 4EP4A 3LPUA 2X74A 1EP4A 4EZ6A 1HYSA 1SKSA 1DTTA 3QNOA 4BDYA 3QNNA 4DTOA 5J2PA 4DTRA 4E3SA 5KI6A 4KKOA 4KI4A 1X9MA 1J53A 1RBTA 5CZ1A 2XY6A 4ELTA 4NCAA 4FK2A 2VG7A 2KTQA 4WE1A 1TKTA 4FJLA 1D5AA 1L3UA 1TVRA 1ASVA 1W0HA 2HHQA 1JXEA 1CXUA 4DLGA 1YVUA 3CQ8A 4GW6A 1WSIA 1L3TA 1IO2A 1KFSA 3ASMA 1S6QA 1RCHA 3AO4A 4RG8A 3OS0A 1TK5A 1KLNA 3KLGA 2HW3A 2DFEA 3CM5A 3MEGA 1IH7A 2GUIA 2PY5A 4FLWA 3K59A 3KK3A 1NKEA 4E7IA 2FBXA 4B3OA 5C24A 1T05A 1LW2A 3U6FA 3S3OA 4DQIA 3SQ1A 2I5JA 5HBMA 4CF1A 3AVMA 4N47A 3DOKA 4AHCA 4W5RA 3OYKA 4B9UA 5CYMA 2OPRA 1A5WA 4LH4A 3TABA 4HUGA 3VA0A 5SWMA 3T3FA 4BWJA 1D8YA 3QEWA 1JXBA 4B9SA 1B92A 1HPZA 1S9GA 4CJEA 3AA5X 2YNIA 2A1RA 4Z4FA 4DSIA 1NOYA 1S1XA 1Z25A 4XIUA 3HPOA 3AVLA 1EXQA 1RBVA 4Z4CA 3V9ZA 2XRIA 1U45A 4HUEA 4ZTFA 1BQNA 1TAUA 2GV9A 4GVMA 3O3GA 4CF8A 1KSPA 2XY7A 4CJSA 4FJGA 5J2NA 1WAJA 2YNHA 3AA3A 4KV8A 1BIZA 2RPIA 3ZT2A 1FK9A 3L2RA 4I9LA 4DS5A 4FK4A 4Z4GA 4OPKA 1RT7A 4QOZB 1TL1A 2ATQA 5C25A 3T1AA 2GBZA 2YHAA 3AVGA 4AH9A 4CGGA 3ZT4A 4E19A 4CF9A 3NF7A 4IG3A 4LY7A 1NJXA 4CEFA 5J2MA 2QKKA 1EX4A 4M3YA 3ZT0A 5KGWA 3L3UA 4QAGA 4YNQA 1RT2A 3M8SA 4FK0A 3L2QA 1WSHA 1VRTA 3AA4A 4MQ3A 3HSTB 4BACA 2W42A 4JS5A 1ZBLA 3KLEA 1JLGA 1DLOA 4RW9A 2OPSA 2QKBA 4PWDA 3ZSVA 4OLBA 4R5PA 4DTUA 3SUNA 4E7KA 4FJJA 4FYDA 3G0ZA 4N41A 3LZIA 4DU3A 4M45A 3ZSWA 3AVHA 4CHYA 5HRPA 1D9FA 2HHUA 4DSEA 3VQCA 1XWLA 1LWEA 2Z1HA 3HVTA 1L3VA 2G8VA 2DTUA 1ZBHA 1YT3A 3G10A 4B8AB 4BDPA 3AV9A 1SUQA 1VSKA 2Z1GA 1RT4A 3LP0A 3LANA 3KTQA 2HVIA 4DSFA 1NJYA 1IG9A 4CEDA 3MEDA 3TARA 1ZBFA 3U3YA 3BDPA 1NKBA 4DMNA 4F2RA 2D5RA 2LSNA 3AO5A 4C8MA 5SZTA 4FZXC 1KRPA 3NAEA 3LWMA 1NK6A 3HXMA 4CGFA 1LV5A 4IG0A 4DTJA 4CJ5A 3DRSA 4KB0A 3AO1A 3VQEA 1NJWA 4CE9A 1EETA 4DTNA 4FLTA 2RKIA 4OLAA 1S1UA 3RMBA 3RMCA 4W5NA 4F4KA 4PUOA 4AHVA 2D0CA 1Q9YA 3ZT3A 4ELUA 4I7FA 4FJXA 2FBYA 2DFHA 1BHLA 4M3ZA 1LWCA 1U49A 4L8RB 2NUBA 2DFFA 1RTIA 3OS1A 4CK2A 4H4MA 4M3UA 1XHXA 1JLEA 3M8PA 4FLUA 3ZCMA 4CGDA 4FCYA 4I2QA 4IDKA 1X9SA 1UA0A 1C1AA 3WNHA 5CYQA 1RT3A 4C8NA 3VQQA 4FJHA 1S5JA 3V9XA 3ZSYA 1W9HA 4Z0UA 3M8RA 4BE2A 5KRSA 3MEEA 2KFZA 4PQUA 1XI1A 4OJRA 4EZ9A 4DS4A 3B6PA 3K5NA 2JGUA 1T03A 4KPYA 3U3GA 3VQBA 1S1VA 2IS3A 4OPJA 4CERA 3L2WA 4KB1A 2D0BA 4OGEA 4W5QA 1UA1A 3V1QA 1BI4B 4Z4IA 5I3UA 4DTSA 3KK2A 1KVAA 3TAMA 2XY8A 4B9TA 2Z1JA 4IFYA 1KVCA 3O3FA 4OKJA 3HP9A 4GMJB 3AO2A 1VK0A 4BWMA 2VWJA 3DLEA 4N5SA 1HQUA 4ID5A 3QEVA 3NH2A 4CIFA 5HRNA 1CXQA 1T7PA 4DFMA 4CFDA 3IAYA 3DYAA 3KKRA 3PX0A 2IAJA 3SQ2A 3RTVA 5J2QA 3VQPA 2VG5A 4FW2A 1RDCA 4CHZA 4CK1A 1QSSA 2O4GA 4NCBA 1IKWA 1BCMA 3AVFA 3B6OA 1G15A 3P5JA 4IFVA 1HRHA 3VQ7A 4FJ8A 2BDPA 3PO5A 4FJ5A 4PA1A 1TGOA 4Y1DA 5HRSA 4ZTJA 2Q3SA 3HM9A 2P51A 4DQQA 1U48A 5FROA 2E6MA 3NDKA 3LZJA 3NGZA 4FZYA 1N6QA 4C8LA 4ZHRA 3O4NA 4KTZA 4DTMA 2P5GA 4N56A 3OYJA 4B9VA 4DLEA 1J5OA 4CJKA 4B9MA 5KTQA 4CEAA 3HP6A 2BANA 4LSLA 4Q0BA 2G8KA 1CLQA 4QCLA 1JLQA 3KLHA 1RTDA 3KD1E 1BI4A 3AVNA 1NJZA 3ZSRA 3LAKA 1RBRA 3KIOA 3VA3A 4HUFA 3AA2A 3SJJA 4F3OA 1JL2A 3V9UA 3LPTA 2PZSA 1BCOA 3K57A 2E6LA 4OGCA 3OYFA 1WLJA 3UIQA 2KQ2A 2PYJA 2F8TA 1RTJA 3WNGA 3ZSQA 3K5LA 3VQ6A 3IRXA 3L2UA 3V9SA 3O4QA 4E7JA 3OJSA 3QIOA 3S9HA 3AVCA 3LP3A 4ELVA 3SV3A 4JRPA 1CZ9A 3MXMA 2HHVA 2IGIA 2VG6A 3DLKA 1L5UA 3DM2A 4CFBA 3L3VA 4DF8A 3DRRA 3RWUA 2O4IA 4AHRA 3F9KA 5JS1A 4ICLA 1RDAA 1A5VA 3C6UA 2X78A 3DI6A 1NK0A 1XHZA 3CM6A 3TR8A 1VSDA 4KI6A 3SV4A 1VSIA 4CFAA 3OYDA 4NYNA 4KO0A 4AHTA 2OZSA 3TAFA 1TV6A 2XY5A 3TANA 4HCBA 2ITGA 1JKHA 1RTHA 1RBUA 5HROA 2EX3A 1LW0A 1VSFA 2IC3A 3OYMA 4DFPA 1WSEA 3D45A 3SUOA 5D3GA 1JLFA 3V1RA 1J54A 1QQCA 1WN7A 3HO1A 4E7HA 3HL8A 3MXJA 1FXXA 1NK8A 2JLEA 3BGRA 4OVLA 4CEBA 4CEZA 5E41A 4I9QA 1FKPA 1TK0A 1SKWA 3LAMA 3SNNA 4CJWA 2F8SA 1KCFA 3SUQA 4RW4A 2HNYA 3OYGA 1VSLA 1O1WA 1IKXA 4CHQA 3OYAA 3QEXA 4M3RA 1B9DA 4E7LA 1CZBA 4LH5A 2XHBA 1QS4A 3V9WA 2BE2A 1TAQA 2YV0X 2KW4A 4H8KA 3ZSXA 4CIEA 3TAEA 3MXIA 4FM1A 1JLAA 4FJIA 5HLFA 5K14A 3EYZA 3C95A 4HTUA 4CIGA 3PX6A 1LAWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJRA 1HR0K 3OYIA 3THWB 1VQ6N 5LJVA 3AO3A 5J1EA 3V81A 4BRKA 2A6AA 3CJ9A 1Z05A 1N5YA 1NMDA 5FLXO 4F3TA 3GBTA 1EWQA 3AVAA 4KHPK 3NBPA 2NZTA 3K9KA 3LP1A 1NWKA 1VQ7N 4Z4EA 2ZQBA 3VEYA 3A8YA 3HOSA 2KZMA 3I0SA 1VQ9N 4G1QA 4Q5VA 1BQMA 1QZ6A 1GLCG 4B1WB 4KTWA 3W3DA 3VQ4A 1RT5A 1SL2A 4LF9K 3O4WA 4DSLA 3MWPA 2YCHA 1E4FT 2F96A 4OKKA 3RMAA 3DLHA 1R0AA 3OYLA 1DT9A 4FO0A 1JLCA 1N36K 3VTIA 1BA0A 3LDSA 3IS9A 4M3WA 4DV4K 3TTDA 2IIRA 4DQRA 3ULEA 4XH4A 3S3NA 4HCCA 4DWIA 4CECA 4ILHA 3ZLJA 3J7YP 3I55N 3HJFA 3CIPA 4IZ9A 4LSNA 3SQ4A 3VGLA 3H1QA 4DU4A 1GOBA 2BH1A 4FWOA 5AQKA 4KREA 2FBTA 4B3TK 4J8FA 3WT0A 3T19A 2OA8A 2QXLA 4DB3A 1SL1A 3AAPA 2A3ZA 1XMQK 1TKXA 5TKWA 1KAZA 1GLAG 3C94A 4KH4A 3ZX2A 1KFDA 1NK9A 4O4GA 4CK3A 3RMDA 4FJMA 4DCHA 3K0SA 2X6NA 3U4LA 4J2DA 1BGXT 4YY3K 3NHGA 1I39A 3UKUB 4DV7K 5CHIA 4Y1CA 5LJWA 1NGBA 4O0JA 3HI0A 1SV5A 1QVFM 4JNEA 3O3HA 3S41A 2CGLA 4HTLA 1I94K 3JXUA 3WNFA 1RT1A 3QESA 1D9DA 4JHDA 4FWQA 3UKRB 1NM1A 2WONA 3NCIA 3CFRA 1HJOA 1HJRA 5KQ8A 3CFOA 3J7ZO 2FF6A 3SPYA 4E89A 4V19S 1YTUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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