3KKSA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form ii
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
total genus 47
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kksA00
1J5OA 3AA3A 1YTAA 4OJRA 1EKEA 4CGHA 3EYZA 1NK5A 3PY8A 4Z4EA 1ZBIA 1Z26A 3ALYA 5CYMA 2VWKA 3KK3A 5HP1A 4DLGA 4DSIA 4IFVA 2KW4A 1LAWA 3ZSWA 3TABA 2VWJA 1KSPA 2RF2A 2G8FA 4TSXA 3VQBA 3AO2A 4E7KA 1L3UA 1VSLA 5KRSA 1RDAA 3QNOA 1BGXT 4H4OA 3OYMA 3QERA 1W0HA 3M8RA 3MECA 2YNIA 4BE0A 3KTQA 1RTIA 5DMRA 1BQNA 3EY1A 3SQ2A 3ULDA 1HYSA 1WSFA 2VG7A 4J2DA 1CZ9A 1NOZA 3DI6A 4NYFA 3VQAA 3JYTA 2Z1JA 4CEOA 3LZJA 2OYQA 4K8ZA 3K58A 5KI6A 1NK6A 2R7YA 4AHSA 5J2NA 1ASVA 4CJUA 4FM1A 2HHXA 1ZBHA 2BE2A 1VRTA 5J2QA 4JS5A 4FM0A 1N5YA 4KO0A 3CQ8A 4ZHRA 1C0TA 2HNDA 2IOCA 5HROA 1Q9XA 4OLAA 4CEBA 4ID5A 4DFJA 3V1OA 4FJGA 3KLIA 5T7BA 4FK2A 3B6OA 2ATQA 3O4NA 5KGWA 4Y1DA 4FCYA 4H8KA 2G8VA 4B9SA 3OVNA 1UWBA 3C94A 3KK1A 3VQDA 3IS9A 4DTNA 3KLGA 3D0PA 3CYMA 1LWFA 3SV4A 1QSLA 4DSJA 1WNSA 1BISA 2B5JA 5D3GA 1KFDA 3SQ1A 2WOMA 5CYQA 3V81A 3IG1A 1RILA 2O4GA 2HB5A 1Z25A 2PY5A 1YVUA 2G8IA 2OZMA 1VSMA 3NHGA 2O4IA 4HVJA 4LH5A 3AVFA 3QINA 4CHZA 4C8LA 4O0JA 4M3ZA 5CZ2A 4I7FA 1S1WA 2Z1HA 4KI6A 4E1MA 4I2PA 1TVRA 3AVMA 3DLHA 1WSJA 4FVMA 5KGXA 4CGIA 1T7PA 5C42A 1TGOA 2X78A 3HT3A 2BANA 4IG3A 5HRNA 4IFYA 3DLRA 2EX3A 3HVRA 1NK7A 5KRTA 1RCHA 3WNHA 3HM9A 3OYDA 4DTJA 1YTUA 4ICLA 3RMAA 1RTJA 1HYZA 2YKMA 3CFPA 4W5NA 2XY7A 3PX6A 1BHLA 5J2PA 1HRHA 2A1SA 4RW4A 4CGFA 4KREA 4LD0A 4KB1A 4E7IA 1JXEA 3KKRA 1VK0A 1HNIA 1Q9YA 3RMBA 4E7HA 4CEZA 4KHUA 1ASUA 3U6FA 1GOBA 1S5JA 3P5JA 1B9DA 4W5QA 4DSFA 3PO5A 1WN7A 3AO3A 3VN5A 4DTPA 4FZXC 2KFNA 4DQSA 1KLMA 1BL3A 5FROA 2YHBA 2G8UA 1X1PA 1VSEA 4IBNA 2PZSA 4FJKA 1FXXA 3CM5A 2BDPA 4E0DA 3CFOA 4H4MA 4CEQA 3OYNA 2KTQA 4GVMA 1WSIA 4FJLA 3OS0A 3G10A 2DFFA 4I9LA 4FJ7A 3L3VA 4E1NA 3HPOA 1LWCA 3S3OA 4F4KA 3DYAA 5HRSA 3HPGA 3ZSOA 4CEFA 4DTUA 3TAGA 4EZ9A 4RG8A 3THVA 4E3SA 2HNZA 3AVHA 3OYEA 1TL1A 3O3GA 1TK0A 3QLHA 4CJWA 4EZ6A 1U49A 2ZD1A 3MAQA 4KHWA 1CLQA 1RT3A 3SI6A 1VSIA 3C95A 4Y1CA 4DS4A 1S6PA 3K2PA 1JXBA 2P5GA 5K14A 4DSKA 3AV9A 3ZT4A 2B4JA 2P51A 4M3WA 3LPUA 4KHYA 1KVAA 4BDYA 2E4LA 1U45A 2QKBA 3AO4A 2LSNA 4CE9A 2GBZA 3DLKA 4J2BA 1SUQA 3AVAA 1QHTA 1SV5A 1XC9A 4CJ5A 4Z0UA 2QKKA 1WSEA 4DQIA 1BI4B 1EXQA 2E6MA 3C6UA 3V9ZA 2IC3A 1JLCA 1JKHA 4Z4FA 1IKYA 4F2RA 3K5LA 2HVIA 4OLBA 3KD5E 4YNQA 3SUNA 3TAMA 1XI1A 3K57A 4RW7A 2X74A 4DU3A 1ZYQA 1O1WA 4B8CA 3P1GA 3LWMA 4C8KA 3I0RA 2YHAA 3LP1A 1DTTA 2F96A 3NBPA 2JLEA 3NGYA 1LAVA 5EU7A 1C0UA 5SWMA 3NDKA 3LDSA 4HCCA 4J2EA 1J54A 3LP2A 3K5MA 2Z1IA 3RTVA 1RDCA 4DFKA 4KB0A 3LZIA 4FJXA 4DG1A 1B92A 1QS4A 4CF1A 3ZSRA 2GUIA 1XHXA 2AJQA 3OY9A 4CIEA 1DLOA 1XHZA 1NJXA 2XY8A 4W5TA 1NK4A 4CFAA 4HHTA 1WLJA 2XY5A 4CJVA 3KLEA 3HSTB 2OPRA 4CCHA 1TK8A 4CJEA 1IKWA 3TARA 3OYLA 1TAQA 3ZSZA 4FZZA 1VSHA 1C1AA 1RT6A 1J53A 3SQ0A 4QCLA 2HNYA 4YFUA 3RMCA 1JLAA 1Q8IA 1RDBA 3HVTA 4QAGA 4QOZB 4HCBA 3AVLA 4FLXA 4BWJA 3TI0A 1SKWA 4B9NA 4FJIA 4FK4A 5DK5A 1D8YA 2PYLA 4CGJA 2YNHA 1SKSA 3H08A 1X9WA 4PUOA 3L2WA 3LAKA 4MQ3A 1T03A 4CEDA 3DOLA 1UOCA 1BCOA 1JLEA 3OJUA 3BGRA 3T1AA 1DTQA 3AVGA 3K59A 2ITGA 1ZBFA 3T3FA 4M3UA 1S9GA 4UQGA 4FLTA 2KQ2A 3SPYA 1X9MA 3PUFA 4KAZA 4AHTA 4OKEA 3OYFA 4Z4IA 1HPZA 1QE1A 1S6QA 3JSMA 4FJ8A 2RN2A 2BGGA 2HHVA 3AVNA 3TANA 4CF8A 2RKIA 3PV8A 1TKZA 4CIGA 3TAEA 3HJFA 1TKDA 3NE6A 3V1RA 3V9XA 3LWLA 1GOCA 3RR7A 3V9WA 2VG5A 1B9FA 3ISNC 3ZT0A 1QTMA 3QEWA 3PO4A 4AHCA 1GOAA 3SCXA 3CFRA 1NKCA 1C6VA 1NOYA 3ZT2A 4CJTA 4CHNA 3LPTA 1L3SA 1BQMA 2HHWA 2HHTA 4XIUA 4DTOA 4RW8A 4N56A 1JLQA 4CJKA 3QEPA 1KFSA 4O5BA 1SL1A 1S1XA 2XO7A 3NH0A 1RT5A 1BIZA 4EP4A 1XWLA 2XY6A 5JS1A 4CEEA 4CFBA 1U48A 4OKJA 4L8RB 4CK2A 1A5XA 1LW2A 3AVIA 4B3OA 4R5PA 4E89A 3RRHA 1JLFA 5J1EA 1UA0A 2FBTA 4GMJB 3L2RA 3AO5A 1NK0A 3VQ7A 2OPQA 3K5OA 3VQEA 1HQEA 5E41A 1VSFA 1HYVA 4B9LA 4FYDA 1SL0A 4E7JA 1TK5A 2FBVA 3QIOA 3KJVA 1FKPA 4OPJA 4LH4A 1REVA 4GW6A 4DTMA 1CXUA 4DU1A 3TAFA 3M8PA 5HLFA 3S9HA 1KRPA 1RT7A 1Y97A 1TKXA 2GV9A 2PYJA 4M3YA 3QO9A 1RT2A 2HMIA 3F9KA 4CF0A 2DY4A 1WSGA 1NKBA 1NJWA 3VQ4A 1L3TA 4E19A 3PX4A 4CERA 4CHPA 2IS3A 5C25A 5CY4A 4KTQA 4B08A 3TR8A 4RW6A 3SPZA 4FZYA 2RPIA 4O0IA 1J9AA 3O3HA 2D5RA 4RW9A 4IKFA 1CXQA 3QIPA 1HNVA 2OPPA 3AA2A 2IAJA 3SUPA 3AVCA 3KLHA 2P5OA 3AA4A 3NH1A 4CHYA 3WNFA 3WNEA 3ZSVA 3SQ4A 4FLWA 1NKEA 1VRUA 3NF7A 4KHNA 4G1QA 3AVBA 3DLBA 1RBUA 4FW2A 3BDPA 5FRNA 3DMJA 4FJ9A 4ID1A 3B6PA 3U3YA 3F73A 4DU4A 4FJHA 4N47A 4DTXA 2YNGA 3HYFA 3TAQA 4LSNA 3KLFA 4K8XA 4NYNA 1RDDA 4CJQA 1D9FA 1YT3A 2KFZA 1A5WA 4M3RA 1SKRA 1WAFA 4FLUA 1EP4A 3A2FA 1W9HA 4KTZA 3SNNA 3V9SA 4ZTFA 1T8EA 3SYZA 4KRFA 3HPHA 3IAYA 5KTQA 4FK0A 3VQ8A 4CGGA 3DRSA 4OGEA 4CJRA 1BI4A 2A1RA 5C24A 1C1BA 4CFDA 3NF6A 4CF9A 1JLBA 3NF8A 4CEAA 4CK1A 3L8BA 4FXDA 1HJRA 3KKSA 4PA1A 4FLYA 2HVHA 3ZSYA 1T05A 3CG7A 3LANA 4NCAA 1S9EA 1KLNA 3L3UA 3I0SA 1RTDA 2FBYA 3RMDA 4CGDA 4BACA 4CESA 4FM2A 4DQRA 2OA8A 4CJSA 3OS2A 5HBMA 3MEDA 3QEVA 5I3UA 1RBTA 3RR8A 3NF9A 3O4QA 1ZBUA 1BIUA 4HUEA 3VQ5A 4CJFA 4CJ4A 3OS1A 1BCMA 4DTRA 2G8WA 5I42A 2D0CA 3MEGA 3V4IA 3V1QA 1UA1A 2X6NA 4BDZA 1WAJA 2X6SA 3NGIA 1EETA 4HUFA 1WSHA 4EP5A 4FJ5A 4J2AA 2DTUA 2Y1IA 1HMVA 1IKVA 3C6TA 3DLGA 4LY7A 1RBRA 2ETJA 3L2VA 3DRRA 3OYKA 4BE1A 3AVJA 2Q3SA 1LV5A 4AH9A 1ASWA 2F8TA 1U4BA 3WNGA 4JRQA 3LP3A 3QEIA 1VSJA 4Q0BA 4F3OA 4ELVA 1U47A 1KVCA 2QK9A 1RNHA 3L2UA 3VQCA 3CM6A 1RBSA 1L3VA 4M3TA 4W5RA 4FLVA 4CF2A 1ITGA 4O44A 2W42A 2HHUA 4AHUA 2E6LA 3QEXA 3OYIA 4KKOA 3HP6A 3QESA 4BE2A 1JL1A 2F8SA 4O55A 4OKKA 4Z4GA 4ELUA 1IO2A 3OJSA 2OPSA 4B9VA 3M8SA 2B6AA 4NCGA 4CIFA 3QETA 4NCBA 4CECA 3NAEA 1NJZA 2VG6A 1I39A 1KCFA 2ZQBA 3LP0A 4BDPA 4CJLA 2YNFA 3ZSXA 4DSLA 2YV0X 1VSKA 5HRRA 4W5OA 3DM2A 1LW0A 2D0AA 3VQ9A 2NUBA 2HW3A 3HXMA 2G8HA 3NFAA 4I9QA 2XRIA 5FDLA 3AA5X 1K6YA 4AILC 4FJJA 2QXFA 4CK3A 4LSLA 3KK2A 3QNNA 1D9DA 2FC0A 2FBXA 4OVLA 4CHQA 4BWMA 4ELTA 4N76A 3G0ZA 1G15A 4Q5VA 2KZMA 1JLGA 4DFPA 4DF4A 5JS2A 4DTSA 4KHQA 1TAUA 1A5VA 1TL3A 3MEEA 3P83D 3L2QA 3TWHA 3RWUA 4CHOA 4PY5A 4FLZA 3OYGA 2YKNA 3OYJA 1QQCA 1RTHA 3ASMA 4CJ3A 3HL8A 4OPKA 3SUQA 4N5SA 3EZ5A 4JRPA 1C0MA 3DLEA 4OGCA 3RRGA 4CJPA 2KZZA 1JL2A 4M42A 4JLHA 4B9MA 2EHGA 4C8MA 3E01A 4KPYA 2P1JA 4PWDA 3OYAA 4I2QA 4KFBA 5CZ1A 1S1UA 4Z4HA 4PQUA 4IG0A 4F3TA 3VQQA 4AHRA 3NCIA 4O4GA 1IH7A 4HTUA 3HP9A 3ZT1A 3FFIA 1MU2A 3MXIA 3MXJA 2I5JA 2XHBA 4KV8A 3M8QA 3OYHA 4ZTJA 4M3XA 3KD1E 1KVBA 2HHSA 5SZTA 2DFHA 3OYBA 3ITHA 3MXMA 3I8DA 1FKOA 2Y1JA 2ZE2A 4DLEA 3S3MA 1CZBA 1QSYA 2HHQA 1D5AA 1F21A 3VQPA 3ZCMA 1HQUA 4M45A 3VA0A 1RBVA 1RT4A 4KHSA 1LWEA 1UAXA 3OYCA 1TKTA 3HO1A 2JGUA 3D45A 3S3NA 4N41A 4KTWA 1S1TA 1NK9A 1IG9A 4DMNA 2D0BA 3VA3A 4DWIA 3DOKA 4DSEA 1ZBLA 1R0AA 1L5UA 4F2SA 4AHVA 4CFCA 4DFMA 4M41A 4DS5A 4WE1A 3AO1A 2WONA 4C8OA 3V6DA 1TV6A 1SL2A 3NGZA 5FRMA 5HRPA 4FJNA 1U04A 3DRPA 3SJJA 4Z4CA 3VQ6A 4B8AB 3KIOA 3T19A 1IKXA 4DQPA 3LAMA 3AVKA 1FK9A 1KTQA 4FJMA 1X9SA 3IRXA 3LALA 4DQQA 1EX4A 1N6QA 4IDKA 3ZSQA 3NH2A 4HUGA 1S1VA 4DF8A 1QSSA 4F8RA 3ZT3A 1NK8A 3HK2A 4KI4A 1I3AA 2DFEA 2IDOA 2IGIA 4C8NA 4E7LA 1RT1A 2OZSA 3SZ2A 2G8KA 3TAPA 2Z1GA 3PX0A 3UIQA 4B9UA 3K5NA 3V9UA 3SUOA 3O3FA 4MFBA 1VSDA 3U3GA 4B9TA 3SV3A 1NJYA 5J2MA 4FW1A 1C1CA 4JS4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PY8A 1ZBIA 3EKUA 4JV5K 1K8KA 1HLUA 1NGDA 5HP1A 3ZSWA 1LAWA 4LF8K 1VQ6N 5CHIA 3CQXA 1VSLA 2O8CA 5KRSA 1W0HA 3M8RA 3MECA 4JI5K 3MX2A 1QZ6A 3KTQA 4JKAA 2E2PA 1WSFA 4J2DA 1CZ9A 4H0YB 3LZJA 4K8ZA 3K58A 5AQJA 3MK6A 1NK6A 1NGJA 2O8BA 3KHYA 4HWIA 3M6GA 3UKRA 4AHSA 1DEJA 5J2NA 3O1WA 4YORA 4X64K 2BE2A 3M3ZA 4YDUA 1BDGA 2PAVA 4FM0A 2UXDK 2IOCA 4OLAA 1Q9XA 3O8MA 4A2BA 1J6ZA 4YOVA 5EY4A 3H46O 5T7BA 2G8VA 5KGWA 4CBWA 3CJ1A 3C94A 3A5NC 3KK1A 3IS9A 4DTNA 1K73O 1QSLA 2B5JA 3GG4A 2ZF5O 2WOMA 1T44A 3CERA 3IG1A 2O4GA 4IWVA 2HB5A 2OZMA 2O8FA 3NHGA 4LH5A 3AVFA 4CHZA 4O0JA 3AY9A 5CZ2A 1BUPA 4I7FA 1S1WA 1E4GT 3ZLJA 4JKCA 4E1MA 3CCSN 5H1SQ 3DLHA 1S3XA 1RDUA 5BREA 2YJFA 2EX3A 1NK7A 1RCHA 3HM9A 4DTJA 2WTUA 4FSVA 2DPNA 3RMAA 1RTJA 1HYZA 1BHLA 3I33A 4RW4A 4KB1A 3THWB 2ZGYA 1YITN 3LDLA 1BOTO 5JLFA 1P8ZA 1S5JA 2KLAA 1B9DA 3P5JA 1OVYA 3G71N 4DSFA 3PO5A 1WN7A 2BDPA 3WXIA 1WSIA 2VQFK 3G10A 4I9LA 3S3OA 1MA9B 5C15A 4B9QA 4V19S 4DTUA 4LFBK 1R59O 1K8AO 1NGCA 3AVHA 3O3GA 3OYEA 4BG8A 3QICA 4OPHA 4O8KA 5M1QA 3ZX3A 3CCEN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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