3KKSA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form ii
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
total genus 47
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kksA00
2RF2A 3K57A 2VG7A 2FBVA 3V1RA 2XHBA 1IO2A 1BCOA 1JLQA 2F96A 3T19A 3KJVA 2VG5A 4DQQA 4ICLA 3V1QA 1LV5A 4B9LA 3TAQA 4CGFA 1S1UA 4JS4A 2IAJA 1N6QA 3DM2A 4OLAA 4MQ3A 4CEAA 3QEIA 4KV8A 5KRTA 3MEEA 2R7YA 3ZSRA 4E0DA 1LWCA 4CGHA 2F8TA 4J2EA 3OY9A 1DTTA 5DMRA 1KLMA 3A2FA 4KTWA 4QCLA 1TVRA 1SKWA 5SWMA 4KB0A 3SCXA 3S3NA 1FKOA 4AH9A 3OVNA 4DFJA 4DFMA 2I5JA 3ZT4A 1NK4A 1JLEA 1FXXA 3OYEA 1T8EA 1UAXA 1O1WA 4DTMA 3V4IA 4ELUA 2ZD1A 3TABA 1Q9YA 3DRPA 3VN5A 4EZ9A 2G8VA 3AA3A 2OPPA 3VQEA 4E7IA 1BHLA 4ELTA 5FRNA 4KPYA 3I0RA 2XRIA 3HT3A 1C1CA 2QXFA 3OYKA 1HYZA 3AO3A 3DLGA 4DTJA 3PY8A 3AV9A 2HVHA 1U45A 3NAEA 3VQQA 2EX3A 4HUFA 1GOCA 4E3SA 1KFSA 3M8SA 3V1OA 1S5JA 1KVBA 3CFPA 3T3FA 4IDKA 1L3VA 3S9HA 1TV6A 4N56A 4CJ3A 3NDKA 1RDCA 4CECA 4B9SA 3DLEA 4W5TA 3DRSA 3MECA 3NF6A 4I7FA 1BIUA 5HRNA 2Y1IA 1NK8A 2HHQA 3ZSWA 4LH5A 5CYMA 1SUQA 1RCHA 2HNYA 3AO1A 1ASUA 2P1JA 4FK4A 4DU3A 2KTQA 3MXIA 4CJLA 4DS4A 1TKDA 4DG1A 4CK1A 2F8SA 3E01A 3SJJA 4W5QA 3S3OA 3TAMA 2E6MA 2A1RA 3SV4A 1UA1A 4F3TA 3AVHA 3C6TA 1ASVA 4IG3A 3ZT1A 2HHUA 1RT3A 1S1WA 3SQ2A 2Q3SA 1F21A 1U04A 4KTZA 3KLFA 3U6FA 3HPHA 1T05A 1T7PA 3MXJA 3ZSYA 1RT4A 4FLYA 2ZQBA 4DSKA 4FJMA 4GMJB 4EP4A 3OYAA 3KD1E 4KHWA 2HVIA 3SUPA 3RWUA 5HROA 1NKCA 3CYMA 2E6LA 3SQ4A 2HMIA 2RN2A 4CF9A 4Z4CA 4KO0A 4JRQA 4KHUA 2XY8A 1WAJA 4PWDA 3L2QA 5CYQA 3VQ4A 1RBVA 1ZBLA 3OYFA 1VSJA 1ZBUA 4LSNA 3LALA 3SQ1A 5J2QA 3LZJA 1KFDA 4CJSA 3L2UA 3JYTA 3K5NA 1SKRA 3CM6A 3S3MA 2EHGA 4FLXA 2BGGA 1C1AA 1VK0A 1IKXA 4I2QA 3FFIA 3ASMA 4FJ5A 2X78A 1TAUA 3KLEA 2D0BA 1VSHA 3SUOA 1LW2A 1S1VA 5CZ1A 4KHYA 3NCIA 2X6SA 4CIFA 1YVUA 3LANA 4BDYA 2G8WA 2B6AA 4YNQA 4CF1A 3AO2A 3ZCMA 4RW6A 1NJZA 1TKTA 1RTHA 3ALYA 3AVNA 4CJKA 3QLHA 4N5SA 1KLNA 1RNHA 2FBYA 2JGUA 1RT6A 1JLBA 1NK0A 3PUFA 3DLBA 4FJIA 5KGWA 1C0MA 4OPKA 4PA1A 3AA2A 1TK5A 1JLFA 2Z1JA 3OJUA 3PX6A 1W0HA 2LSNA 4CESA 1ASWA 5DK5A 3RTVA 1TAQA 4Q5VA 1NK7A 4DSIA 3HYFA 3TAFA 3SUNA 1IKYA 1C0TA 5C42A 1QS4A 3BDPA 2NUBA 3TAGA 1HQEA 1NKBA 1JLAA 2ATQA 3VQCA 4CJVA 3ULDA 4IG0A 4CF8A 3K5LA 4M42A 3TR8A 2FBTA 4OKKA 4L8RB 2HW3A 3HP9A 5C24A 4FW1A 1NOYA 4HCCA 4OGCA 4FM2A 3QEXA 1CZBA 2YNFA 4CJ5A 4BE1A 5C25A 4E1NA 3CQ8A 3EY1A 4BACA 4AHSA 4CGJA 3PX4A 4NCAA 2HNZA 1S1XA 5CZ2A 3IAYA 4PY5A 5J2NA 1RT2A 4CFCA 2Z1IA 2O4GA 4HTUA 3OYJA 1KTQA 2YHBA 5E41A 1BISA 3K5MA 4IFVA 4BE2A 4DTNA 3AA4A 4KHSA 2X6NA 1BI4A 4CEFA 1LWFA 4DQPA 2RPIA 2OPRA 4CHYA 1L5UA 2YKMA 2YHAA 1NJYA 5HRPA 4FJXA 4KHQA 4W5NA 4O55A 3AVKA 2YNIA 2GV9A 1U4BA 1MU2A 3O3FA 3NF9A 4W5OA 4CJPA 2P5GA 4DLGA 4JLHA 1JXBA 3AVMA 3LWLA 3SQ0A 1Y97A 4OKJA 3NBPA 4FZZA 3MEDA 4N76A 4FXDA 4Z4HA 1DTQA 1HNVA 3BGRA 3OS0A 1BIZA 4CHPA 1C1BA 1ITGA 4M3UA 3KKRA 4B9UA 4FK2A 3QERA 4QOZB 1QSSA 2QKKA 2ITGA 2VG6A 4FJKA 4CJFA 1A5VA 3ZSOA 4DWIA 1EP4A 3PX0A 4DTOA 3NHGA 4DMNA 3L2VA 4E7JA 5I42A 1IG9A 4NYNA 3QNOA 3QNNA 1NOZA 2OPSA 3U3YA 2PY5A 4K8ZA 1IKWA 3HVRA 2XY7A 4G1QA 4FK0A 3LP1A 4CJTA 4YFUA 2D0AA 3CM5A 2FBXA 3WNEA 3QIOA 3C6UA 4ID5A 3SI6A 4DF8A 1VSLA 1SL1A 2PZSA 1DLOA 4DTRA 1VSDA 1NKEA 4WE1A 5FRMA 3DLRA 3QINA 3OYGA 3MEGA 4F8RA 1RDAA 3LAKA 1UWBA 4CK2A 4CEQA 1QQCA 3KK2A 3LDSA 2ETJA 2Y1JA 3VQ8A 4RW4A 4C8OA 1JLGA 4O44A 4EZ6A 1RILA 4BWJA 3KIOA 4BDPA 4CGIA 1UA0A 4FJ9A 3AVLA 2VWKA 1HQUA 1LAWA 4FVMA 1RBRA 1TK8A 1RTJA 3MAQA 3NFAA 1IH7A 4CE9A 1NJXA 2B5JA 4KFBA 4FJ8A 4FM0A 3D0PA 4OVLA 1HYSA 1WSEA 4K8XA 4DSFA 4AILC 3K2PA 5HLFA 4OJRA 1X9SA 3AVBA 4FLTA 4FLVA 1NK9A 4FLWA 4FZYA 4CF2A 4CGDA 4CIGA 4KRFA 2IS3A 5CY4A 4XIUA 3DOKA 3TWHA 2BDPA 4FCYA 4CEZA 1L3TA 1LW0A 1XHZA 2KZZA 3HJFA 1SL0A 3U3GA 1HRHA 4OKEA 3DYAA 3LPUA 4AHRA 4DF4A 3SZ2A 2X74A 1U47A 1S6PA 3V9WA 4KAZA 3O4QA 3ZT0A 4LSLA 1WNSA 1J53A 4CJQA 3KLGA 1VSKA 3V9SA 2WOMA 1YTAA 3WNHA 4AHCA 4CJEA 5J2MA 4IBNA 2D0CA 5HRSA 2G8HA 2BE2A 3CG7A 4CK3A 3C94A 5KRSA 2YNHA 3NH0A 4FLUA 1L3UA 2GBZA 3IG1A 1KVAA 3F9KA 3SYZA 2IGIA 4I2PA 4DS5A 1B9DA 3OS1A 4CGGA 4JRPA 1RBUA 4B8AB 4B08A 3RMAA 3KTQA 3OYIA 1X9WA 3WNFA 4AHVA 4DTUA 1RBSA 1C0UA 1J5OA 3B6OA 3L3UA 4NYFA 1J9AA 4RW9A 1J54A 4FZXC 4LD0A 4B3OA 1LAVA 3D45A 4DSJA 1RTDA 4GVMA 1HJRA 1KVCA 3G0ZA 2PYJA 1YTUA 3SNNA 3V6DA 5JS1A 3VQ6A 2A1SA 3K58A 1TKXA 3QO9A 2OZSA 5KTQA 3IS9A 3CFRA 1RT5A 4RW8A 3DI6A 1ZYQA 3O3GA 4FYDA 1QSLA 4J2DA 4NCBA 1A5XA 1XWLA 2G8UA 1FKPA 1SV5A 3HPGA 4O5BA 1QSYA 3F73A 4KKOA 1X9MA 3T1AA 1I3AA 3ZT3A 3WNGA 3SUQA 4DSLA 1RBTA 1K6YA 4CFAA 4E7LA 3MXMA 3HO1A 1EKEA 4AHTA 4UQGA 2GUIA 1ZBIA 3OYHA 3ZT2A 2KFZA 1A5WA 3DMJA 3ZSVA 3PO5A 4RW7A 3HPOA 1JL1A 4DSEA 3HL8A 2DFFA 3JSMA 4ZTJA 4F2SA 1HYVA 4H4MA 3OYMA 2OA8A 2DTUA 1VSEA 3NGYA 2YV0X 3NH2A 1EXQA 1Z26A 2XO7A 1D9DA 3HSTB 4C8MA 3C95A 4F4KA 4KREA 3RR7A 4CHQA 4I9LA 4N47A 4CHOA 4J2BA 3QETA 3L2WA 3EYZA 4CEOA 3VQ7A 1CXUA 5HBMA 2BANA 1WSJA 2OYQA 4H8KA 4KB1A 4HHTA 3TAPA 3H08A 1Q9XA 3QEVA 1KSPA 2O4IA 2IOCA 3AVAA 3RMCA 4F2RA 4JS5A 4PQUA 3QEWA 4N41A 1TL1A 2XY5A 4CEBA 4IKFA 1S6QA 4EP5A 4Z4EA 1G15A 1HMVA 1D8YA 3HP6A 4QAGA 2OZMA 1WSFA 3KD5E 1FK9A 4DU1A 4HVJA 2DFEA 3ZSZA 3RMDA 4CEDA 1RT7A 4E19A 2KZMA 1JKHA 1GOAA 3KK1A 3RMBA 4OPJA 3VQBA 2RKIA 2G8KA 2KFNA 1EX4A 4BDZA 3OJSA 4FJ7A 3DLHA 3P1GA 1QHTA 2B4JA 1JL2A 4LH4A 4Y1CA 5FROA 3TI0A 3AA5X 4CFDA 1RDDA 3PV8A 4DQIA 2YNGA 5I3UA 1SKSA 4C8NA 1GOBA 4M45A 4R5PA 3QEPA 1BGXT 1TK0A 4Q0BA 1BI4B 1UOCA 3M8QA 4KHNA 1RT1A 4O0IA 1CXQA 1U49A 4CHNA 3TARA 3OYLA 1I39A 2P5OA 4Z4IA 1CLQA 4DTPA 1S1TA 3LP0A 4TSXA 4B8CA 1B9FA 4BE0A 3VQPA 4DQSA 1ZBFA 4M3RA 4W5RA 3AVGA 4PUOA 1TGOA 4M3ZA 4ID1A 1NJWA 1IKVA 4HCBA 2HHVA 1XHXA 2HNDA 1WSHA 2DFHA 3KLHA 5J2PA 3AVIA 4HUEA 4B9MA 3KK3A 4Y1DA 1CZ9A 4DQRA 3RRGA 2HHTA 3ZSXA 1W9HA 4LY7A 1B92A 4AHUA 3NGIA 3UIQA 1BQNA 1TKZA 3LPTA 4BWMA 4DFKA 2HB5A 1JLCA 1RDBA 4OLBA 3SV3A 3L2RA 4ELVA 5FDLA 1T03A 1QTMA 2HHXA 2OPQA 4Z0UA 3AVJA 4E1MA 3DLKA 4O4GA 4M3WA 4M3YA 3HVTA 1RTIA 2AJQA 4FW2A 3LP2A 3VQ5A 5J1EA 3LAMA 3OYCA 1S9EA 4E7HA 4DLEA 1VRUA 1U48A 3L3VA 4CF0A 2XY6A 3AVCA 1KCFA 4CIEA 4M41A 2E4LA 2HHSA 5HRRA 2KW4A 4FJGA 3QIPA 5HP1A 3NH1A 3SPZA 3VQAA 4CHZA 4HUGA 1SL2A 1X1PA 2YKNA 3NF7A 4F3OA 3O3HA 3THVA 4E89A 3AO5A 4CJRA 3KLIA 3K59A 2PYLA 3HM9A 1VRTA 2DY4A 1JXEA 4CJ4A 3IRXA 3I0SA 1VSMA 2QK9A 3NE6A 1Z25A 3TAEA 2KQ2A 4ZHRA 5SZTA 4C8KA 4J2AA 3ZSQA 3L8BA 1HPZA 3VA0A 2HHWA 3NGZA 1VSFA 4E7KA 3CFOA 4M3XA 2JLEA 4MFBA 4FLZA 1WAFA 3P5JA 3AO4A 3OYDA 1BCMA 3EZ5A 2Z1HA 3SPYA 4FJHA 4O0JA 3TANA 2WONA 3DOLA 5T7BA 5EU7A 1YT3A 2D5RA 3KKSA 4IFYA 3V9XA 1KRPA 1N5YA 1NK5A 2G8IA 1VSIA 1LWEA 3HXMA 3V9ZA 3ITHA 1EETA 4CERA 4B9TA 4FJNA 4Z4FA 4KI4A 4I9QA 3M8RA 1S9GA 3DRRA 1WLJA 3B6PA 4NCGA 4FM1A 4DFPA 3LP3A 4ZTFA 5KGXA 2G8FA 3RR8A 4DTXA 4CFBA 4KTQA 3PO4A 1WSIA 4CCHA 3K5OA 2VWJA 1R0AA 1XC9A 4B9VA 4M3TA 3VA3A 2FC0A 4Z4GA 3P83D 3OYNA 4KI6A 3V81A 3LWMA 3LZIA 1QE1A 3AVFA 3HK2A 2Z1GA 3ISNC 5K14A 1WSGA 4FJJA 1TL3A 4B9NA 3G10A 3OS2A 3V9UA 4C8LA 5KI6A 4GW6A 1WN7A 1C6VA 3NF8A 3VQ9A 4CJWA 2ZE2A 1L3SA 3RRHA 4DU4A 1D9FA 3M8PA 4H4OA 1ZBHA 4CJUA 4FJLA 1NK6A 1BL3A 4RG8A 2P51A 1XI1A 1REVA 2IDOA 3I8DA 3VQDA 1BQMA 3QESA 5D3GA 4OGEA 4DTSA 1HNIA 2QKBA 2W42A 5JS2A 1Q8IA 1D5AA 2IC3A 3O4NA 3OYBA 4CEEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NXNK 3C6HA 1BG3A 3FR0A 1S1UA 2D0OA 3VEWA 4EFHA 4OLAA 4CZEA 3HM8A 1HKGA 2R7YA 4E0DA 3FGUA 2F8TA 3T1YK 4B3SK 1TVRA 2A5XA 3S3NA 2YHXA 3IUCA 4DFMA 3H3NO 1NK4A 4KH4A 3J81O 1T8EA 1IBLK 1QVGM 1Q9YA 2IIRA 4E7IA 3GOIA 3FFKB 3AO3A 3L4QA 1KFSA 3V1OA 3A8YA 1W2BM 4M7XA 3S9HA 3NDKA 1U6ZA 1RDCA 4CECA 3LM9A 3DJCA 1NGGA 3NF6A 4I7FA 5CYMA 4X64K 1SUQA 1RCHA 1ASUA 3UKUA 4FK4A 1TKDA 4DS4A 3SAHA 2NRXA 1YXQA 1VQ7N 4AF1A 4JK8A 4CK1A 2F8SA 4EAHD 1S1WA 3SQ2A 4OO1J 1SQKA 1T05A 3LL3A 4DSKA 4EP4A 4KHWA 2HVIA 3SUPA 5KPTA 2RN2A 4KO0A 5JLFA 4PWDA 2O8BB 1ZBLA 1W7AA 3KVGA 3C65A 4DR6K 3CM6A 3HTVA 4BRHA 5GIOA 3PIPL 1VSHA 4I6MA 2UYTA 5CZ1A 4KHYA 2G8WA 2B6AA 2V7ZA 3EO3A 2KHOA 2E88A 4JK9A 3U9DA 2FBYA 2HMPA 3D2FB 3DLBA 1NJIO 3BF3A 3VEOA 3SMSA 4OPKA 4BC2A 1TK5A 1JLFA 3PX6A 1K73O 4Q5VA 3H6EA 3I55N 3MDQA 1RFQA 2HSTA 3ULDA 4BR2A 4CF8A 4RTFD 2FBTA 4L8RB 4LF4K 4YOVA 4FM2A 2CGLA 1CZBA 2YNFA 4FWNA 3CJ9A 2YHWA 1N33K 4GKJK 1S1XA 4RCHA 5CZ2A 4BRKA 5HL7L 4U67L 3OYJA 3VEXA 2P9UB 4DTNA 3AA4A 2RPIA 2OPRA 4BG9A 4ISEA 4JHDB 4O55A 3IDHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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