3L0QA

The crystal structure of xlylulose kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
541
structure length
541
Chain Sequence
ASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYFKLVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVTGENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Yersinia pseudotuberculosis
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
molecule keywords xylulose kinase
total genus 172
structure length 541
sequence length 541
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3l0qA02
4WQ4C 4DCHA 4H5WA 2FXUA 5AR0A 3DXMA 4BVPA 2W40A 2YJEA 2P9SA 3MMVA 4IZ9A 4QS7A 5AQUA 3TU5A 3I33A 5BN8A 3CQYA 3A5OC 3WQTA 2ASOA 1NGGA 3DWLA 4I6MA 2F9WA 1IJJA 3GE1A 3RSEA 5KPRA 3J8AA 4FL9A 3W0LA 3QFUA 4K25A 1K8KB 4WQ5A 2E1YA 3FE1A 5EXWA 5AQFA 3IDHA 4NO7A 2AP1A 2YHWA 3MN9A 4CD3A 4FPAA 3VERA 4BREA 1MWMA 4FWOA 4PL8A 4CZEA 3O1WA 4PKHA 1TYQB 5BN9A 5JLFA 1G99A 3WXKA 2WUSA 4YDUA 3FZFA 2I7PA 4BG8A 4BRPA 4BRFA 1JCFA 1GLLO 3GL1A 3DXKA 3FZKA 5F0XA 3BP8A 4FWNA 4A62A 5AQWA 3LM2A 2V7YA 2E2PA 4BR2A 3CJ1A 3FZHA 4IJNA 4RTFD 3D2EB 1QHAA 3P4IA 1YVNA 4BC3A 1BOTO 2P9IA 4CI6A 2HF4A 4PKGA 3HI0A 2W41A 3DAWA 4WQ4A 2ASPA 2H3GX 4BR5A 3M6GA 4CBUA 2Q31A 3MN6A 3WEEB 1ZXOA 2J4RA 4FWPA 4AM7A 3O5BA 1NBWA 4BRKA 1IG8A 4CBWA 1RDWX 2P9UA 1TUYA 3ZETA 2E20A 3R9PA 3VESA 3VPZA 1U6ZA 1T44A 3SJHA 3H46O 4MLEA 3HZ6A 1V4TA 4XH1A 5KQ8A 2ZF5O 3H3OB 3WXJA 2YCHA 1NGHA 3A5NC 4QS8A 3U8XA 1XUPO 4CJ7A 1RFQA 1JCEA 4BRNA 5BPMA 2IVOA 4FWKA 1YUWA 4BG9A 3CJ7A 5AQVA 1ATNA 2V7ZA 4JHDB 1MA9B 3VEVA 1NGIA 3CJ9A 3KZBA 3QFPA 4M7YA 1X3MA 4B1UB 2KHOA 4IJAA 4CZJA 3DXMB 3U9ZA 1YAGA 1HKBA 2P9SB 3O4WA 3EKUA 2GTDA 4H5TA 5KPTA 4FWRA 3EN9A 5F2RA 3H45C 5AQNA 5ADXA 3SLCA 1C0GA 2ZGYA 4I6MB 3MN7A 3RSEB 3FGUA 2Q1NA 3WXIA 4CZHA 4H0VB 2E2NA 2P9KA 1C0FA 3ZX0A 3MN5A 3LDPA 4DQ8A 3EO3A 1HX1A 3O08A 3QICA 3ID8A 4H0TB 1ATSA 3BUZB 2GWKA 3MK6A 2IVPA 5B8HA 5AQYA 1J6ZA 1TUUA 2GEMA 4H0OA 4BROA 3VETA 1NGFA 1RGIA 3DXKB 3G25A 3MDQA 3EKSA 3VGKA 1NGJA 3A0IX 2GWJA 3C7NA 3MCPA 2D4WA 3LDLA 4ISFA 4BR9A 1QQNA 3O6WA 4FOIA 1QQMA 1HJOA 3EZWA 3O80A 3LM9A 5LY3A 4A2BA 2QWPA 2P9IB 5AQMA 4BRQA 4BRIA 2A40A 5BPNA 5EX5A 1ATRA 4O8KA 1KAZA 3HSCA 2OANA 1Q18A 3ENOA 1U2VA 4IXCA 5JMVA 3L0QA 3CJBA 3JXUA 5AQXA 4BRCA 2VCPA 4ISEA 4FWLA 3C0BA 5FPDA 2A42A 4FWQA 2IIRA 2ASMA 2P9UB 3ZETB 1GLAG 2HF3A 4BRHA 2PAVA 4J8FA 5AQLA 3SMSA 5EVZA 4AM6A 4RWTA 2YHXA 1R59O 3UKUA 3AY9A 3WXLA 1S22A 5EOYA 4BC5A 5BRHA 5BREA 1BWFO 3VEXA 2QW9A 1OKJA 1XC3A 2QWQA 5JICA 1NLVA 4Y0WA 4K43A 2I7NA 3O1BA 4LC9B 4CZMA 3B8AX 5JLHA 4EHUA 2QM1A 1BO5O 3D7EO 3UE5A 4EAHD 5AQSA 3QB0A 4CZKA 2EWSA 2F9TA 3IMXA 1HLUA 2YHYA 2UYTA 5I9EB 2ITMA 5AFUH 4FPBA 4EFHA 2QWLA 3CI5A 1NGEA 1SAZA 4NB4A 2QWNA 2FSKA 3SK3A 1GLBG 3LDOA 3R6MA 1KAXA 4FWMA 2BUPA 4Z94A 4BR0A 5LJVA 3M1FA 3QBWA 3ZX2A 4BRDA 5BR9A 1LCUA 2FLOA 1BU6O 1HKCA 3BF1A 4B1ZA 3VEYA 2Q2RA 2V52B 2P9KB 1T6DA 5AQIA 3U4LA 1X3NA 1DKGD 3GOIA 1MDUB 3LL3A 2A5XA 2A41A 4IWVA 2P9PA 1WOQA 1BG3A 2CGJA 1Y64A 3L6QA 4H0XB 4H03B 5ADXH 3H1VX 3GBTA 2A3ZA 4BVOA 3D2FA 5E84A 4CZGA 3IUCA 1HPMA 2E1ZA 3CETA 3LDQA 2E8AA 2D0OA 4MO4A 2FF6A 3C7NB 4C23A 4DB3A 4A61A 3CERA 1BUPA 3CIPA 4L3QA 3H1QA 3EL2A 3GDQA 4K42A 5AZIA 1QZ6A 5AQHA 4B1XB 2P9LA 1QQOA 2NZTA 4XH5A 2FSNA 4K41A 2QWOA 4ISGA 3FR0A 1H1VA 1U2VB 3VGLA 4BRLA 5LJWA 4CD1A 4O5FA 4BRGA 1E4FT 5FPEA 3M3ZA 4GY2B 4M63C 1BA0A 5EY4A 2ZWHA 3ZEUA 2A6AA 4GNIA 3ENHA 1QZ5A 4CZLA 4H5VA 3A5MC 2P9NA 1BA1A 4M7XA 3UKUB 4RCHA 2YI1A 2Q36A 3VEZA 3QBXA 2QWRA 5KQDA 4FOEA 2E88A 2Q97A 1NGCA 2Q0UA 4JNEA 5KPZA 1DEJA 3QMLA 4BRAA 5AQZA 2VWBA 1D4XA 2VYPA 2IVNA 4DHYA 3ZX3A 3BF3A 5AQRA 2ZGZA 5AZJA 3UKRA 3ULEA 4B1VA 1S3XA 4JAXA 4E1JA 4BGBA 3FZLA 4H5RA 4PL7A 1P8ZA 1ZBSA 2CH5A 4BGAA 5BPLA 2NLXA 1SQKA 3A8YA 5FPNA 4BR4A 1GLDG 4CZIA 1NGDA 3HM8A 4BRMA 4BC2A 5CE3A 1GLEG 4JD2A 3U9DA 4B1WB 4FO0A 2GELA 5AQKA 3DJCA 2E2OA 2PBDA 4EHTA 1HKGA 3IFRA 5AQTA 3LDNA 5AQGA 3WUHA 2HOEA 4BR7A 4MLHA 4WYBA 2P9PB 2NRHA 4A2AA 1NGAA 1CZAN 1KAYA 3GG4A 4MO5A 1LOTB 3D2FB 1HUXA 3ATUA 4HTLA 2V51B 4BQZA 1T6CA 3CJAA 1NMDA 3CJCA 2HMPA 1Z05A 1KXPA 5TKYA 3A5LC 1NGBA 4BQLA 4QS9A 5AQPA 1K8KA 3AAPA 4BC4A 1XQSC 3VGMA 4XH4A 1DGKN 3ATVA 2D0PA 2QWMA 4HWIA 1E4GT 5AZIB 3FFKB 4B1YB 1JCGA 2YJFA 4H5NA 3JS6A 4F9OA 2P9LB 4EIAA 1WUAA 1TYQA 2E2QA 3FZMA 1MWKA 3VENA 4CBXA 3L4IA 3WQUA 4B9QA 1GLCG 5E26A 2FSJA 3VF4A 3CHWA 1YXQA 2BTFA 2FF3B 2QXLA 3VEWA 5FPMA 3HTVA 3UB5A 4FSVA 3O8MA 3W3DA 3I8BA 3ZEUB 2Q0RA 4CZFA 1EQYA 3D2EA 5BRDA 5F1XA 3BEXA 2D1KA 5AFUA 4JN4A 2P9NB 1NM1A 1GLFO 5ELZA 4H0YB 3VF2A 1Z6RA 1NWKA 3VEOA 3OHRA 3KHYA 3H3NO 3CQXA 3WEEA 4WQ5C 3AAQA 2DPNA 3TPQA 3AARA 1SZ2A 3FLCO 4XEIA 3WT0A 4PKIA 2AA4A 1V4SA 4H0PA 2CGLA 5AZJB 2GUPA 3VF6A 3UKRB 4YDUC 3ULEB 5AQOA 4IO8A 4KBOA 5BRFA 3S41A 4FWSA 3SMPA 2CGKA 1ESVA 3KVGA 3QDKA 3F9MA 3H6EA 3VOVA 1BDGA 4JD2B 2CH6A 4JHDA 5AQJA 1ZC6A 3HBTA 5AQQA 1X9JA 1GLJO 3R8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 4H5WA 2XHBA 1D9FA 4YNQA 3L8BA 2YJEA 3MMVA 5DM6L 2IOCA 3TSUA 1BCMA 1NNEA 3A5OC 4I2PA 2F9WA 3AA4A 3KWGA 3DLHA 2VWKA 4FL9A 4FM1A 3QFUA 4J2AA 4WQ5A 2E1YA 4O0IA 3BDPA 3ZSWA 3NGIA 1WSEA 4NO7A 3PLAA 4CJ4A 5BR8K 4GV9A 4M3WA 2AJQA 3QNNA 1KLNA 4PL8A 1W7AA 1TYQB 1YIJN 1G99A 3WXKA 4YDUA 1TKZA 3FZFA 4CW7B 2I7PA 3K5OA 3HSTB 1JCFA 4DV6K 2PYJA 3D45A 3O4QA 3ZSXA 4C8LA 2V7YA 2E2PA 2VG5A 4DU3A 1IBLK 3FZHA 2F8SA 1OVQA 4DFJA 1N33K 2XY5A 4OX9K 1BOTO 2WOMA 2HF4A 4FLWA 1TK8A 2F96A 2W41A 4WQ4A 2ASPA 4CEZA 3M6GA 2QK9A 3KLFA 3MN6A 4AHRA 1NOZA 3MECA 4GVMA 3AO1A 4FWPA 1NMNA 1UOCA 4AM7A 3O5BA 4JV5K 3BZCA 4YOTA 2P9UA 1TUYA 2E20A 3VESA 3VPZA 4CJPA 4DV3K 1LAWA 3MXMA 2RN2A 2O8DB 3IG1A 1S72N 4IOXA 3BZKA 1IKWA 4DR3K 4DV2K 3QEIA 1XUPO 1JCEA 4BRNA 4KHUA 4OKKA 3U6FA 1ATNA 4JHDB 4JKBA 1MA9B 2QEXN 5DK5A 5J1EA 5DM7L 4F2SA 4M7YA 1A5WA 2KHOA 2ETJA 3ZSZA 3KIOA 3K58A 3CCUN 1DTTA 2FBXA 1BIZA 4YHHK 3T1YK 1RDCA 2F4VK 3CFOA 3EN9A 4IDKA 3H45C 4R79A 1C0GA 5FRNA 4I6MB 4DSEA 2Q1NA 3V9WA 4CZHA 2E2NA 3ZX0A 4KI4A 4DTJA 3MN5A 2PYLA 1YTAA 3EO3A 3QICA 4H0TB 1ATSA 2GWKA 3MK6A 4DTOA 4DSJA 1XC9A 5AQYA 3CC2N 3TSPA 1KC8O 2KZZA 3M8RA 1ASWA 4H0OA 1ZBIA 3CC7N 3OS2A 4B9SA 1RBVA 1RGIA 1W97L 1WSIA 3DXKB 3MDQA 5KTQA 1NGJA 3C7NA 3D0PA 2D4WA 4ISFA 4BR9A 3NH1A 3N4QA 3P1GA 1QQNA 4FVMA 1QQMA 3KK3A 2QWPA 2P9IB 5AQMA 4BRIA 2O8EB 3J81O 1ATRA 3T7ZA 3TSQA 4I7FA 5HRRA 4W5QA 3O3HA 1FKPA 2Q3SA 3I0RA 1VQ6N 4BRCA 4CJUA 5TKWA 1UA0A 1OH6A 3VMFB 3VQ6A 4CHPA 4DQQA 2ASMA 4JLHA 3Q7CA 4BDPA 5GAGP 2IDOA 4DTSA 4N56A 3KTQA 2PAVA 4I2QA 4CFDA 4B9LA 3AY9A 5EOYA 2HBJA 3OTOK 1BWFO 5M1KA 2QW9A 2UXDK 2UUBK 2QWQA 4JKGB 5GINA 3DYAA 2IGIA 2I7NA 3O1BA 5JLHA 3SJJA 4KH5A 1BO5O 3UE5A 4EAHD 5AQSA 4FJGA 4KFBA 4B3MK 1T03A 4WFAL 3OYCA 2HHTA 3QEWA 2NUBA 2YHYA 5I9EB 1I3AA 4OLBA 4O44A 3VA3A 4FJNA 1WSJA 4FPBA 5FRMA 4JRPA 4J2BA 3CI5A 4KH6A 4CJQA 2PZSA 3OA9A 1R0AA 2FSKA 3SK3A 1GLBG 4CVNE 4FWMA 3KD1E 2BUPA 1TVRA 4DS4A 3L2RA 3QBWA 3ZX2A 4A5AA 1LCUA 1IG9A 1BQMA 2VWJA 2YHAA 1HKCA 4B1ZA 3J7AP 2X6NA 2P9KB 4HTUA 4FCYA 3MEGA 1WNSA 3HP6A 2XY6A 4IWVA 2OPQA 2HBLA 3AVAA 1WOQA 3ULDA 1JXEA 3GBTA 4M3RA 4BVOA 3D2FA 5C2FA 2XRIA 4B9TA 4DV1K 4JI4K 3DLRA 2HHWA 4FJKA 3QETA 2FF6A 4X62K 4TSXA 4A61A 2IC3A 4L3QA 3H1QA 1NG9A 3EL2A 3KD5E 4G9ZA 2P51A 3HM9A 1RTHA 3PSFA 4IO9L 1BI4B 4HCBA 4FK4A 4XH5A 1ITGA 3P38A 1YITN 2QWOA 4FZXC 1U2VB 2D0BA 1TAUA 5LJWA 1EWRA 1RBTA 4CD1A 3TAQA 2NRWA 1XNQK 3V81A 4KKOA 4RW8A 1HNWK 1NJWA 1L3UA 1N6QA 3RRGA 1FK9A 4DV0K 4KAZA 3PV8A 3CFRA 3ZEUA 2A6AA 3R1XA 1TK5A 3QNOA 1S6PA 3HRGA 4H5VA 5T7BA 4M7XA 1NK9A 3UKUB 4FZZA 3NMUA 3RVCA 4JS5A 1VQ4N 3M8SA 3HK2A 2E88A 4KRFA 2Q97A 2Q0UA 5GAHP 2FBYA 1HNIA 1DEJA 4H4MA 4KTZA 3K5NA 2IS3A 1D4XA 2VYPA 2HHUA 5AZJA 3UKRA 3ULEA 3DLEA 4Q5VA 4Z4EA 3P39A 2GUIA 1S3XA 4JAXA 3FZLA 3AO4A 1X9SA 1VRUA 1WSFA 4BGAA 4DV5K 3CMEN 3A8YA 3TABA 2KFNA 4M45A 1NK8A 3HM8A 1WSGA 5CE3A 1GLEG 2Y1JA 1IKXA 4PWDA 2D0AA 3NE6A 4IOAL 2E2OA 5AQTA 2QKBA 4MLHA 4AHCA 1YHQN 4JEPA 1QHTA 1CZAN 1QS4A 1T6CA 1VQLN 3RTVA 2HMPA 4ILJA 2WONA 5TKYA 3SCXA 3OYAA 4XH4A 2G8VA 1J54A 4GMJB 1C1CA 4JK8A 4E0DA 2XY8A 2P9LB 4EIAA 1TYQA 4FJHA 4N47A 4FJ8A 3FZMA 2WC9A 4CBXA 4B9QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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