3L3UA

Crystal structure of the hiv-1 integrase core domain to 1.4a
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase core domain in complex with sucrose reveals details of an allosteric inhibitory binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l3uA00
2Z1HA 3RTVA 1S1VA 3T19A 1UA1A 1EXQA 1EX4A 2IGIA 2W42A 1CXUA 4ELUA 1ZBUA 3MXIA 4F8RA 2WONA 4EP4A 4HCBA 3IG1A 4F2RA 2BE2A 1TKZA 3QIPA 3M8RA 4CJTA 4KRFA 2HHWA 1CLQA 3VQ8A 2B4JA 4FLVA 3OS0A 2XO7A 3V1RA 2O4IA 4I9LA 1LWFA 4DF8A 1U45A 1S6QA 5J2QA 4CF9A 2D5RA 1A5XA 1TGOA 4RW8A 4HUFA 3OS2A 1N5YA 3PO4A 4FJJA 4FK0A 3EYZA 5DMRA 4AH9A 4DSEA 1RBTA 1VSEA 1U48A 1X9SA 4KI6A 2OZSA 4PWDA 4DTSA 4YFUA 4BE1A 1IKWA 1IH7A 1IKXA 1Z26A 4BDYA 3CFRA 4FJKA 3K5LA 2QXFA 1T05A 1BQNA 3SQ1A 1R0AA 4J2DA 4PY5A 1TL1A 4DU1A 1G15A 2BGGA 4DTXA 3L3VA 4LH4A 4DG1A 1C0MA 2F96A 1BGXT 1VSIA 4OKEA 3OYDA 2HNYA 1I3AA 1VSMA 3D0PA 4BE2A 3QEXA 1TKDA 2DY4A 2HW3A 4LSLA 3LP0A 1NJWA 1SKSA 4E19A 1L3SA 4DMNA 3VQAA 3NH2A 3SPZA 1XC9A 4CEEA 4FLWA 1NK8A 3HT3A 3G10A 4KPYA 2HVIA 1BL3A 1KFSA 3OVNA 3L2RA 4JLHA 3S3MA 4DF4A 1T8EA 3A2FA 3OYIA 3MAQA 3U3YA 3LZIA 2XY7A 1B9DA 1J9AA 4W5TA 4DQSA 4M42A 1RBSA 3AO4A 4DFMA 2OA8A 3D45A 3AO5A 4XIUA 1D5AA 3ZT4A 3DYAA 4DS5A 1C6VA 4OKKA 3H08A 2O4GA 2B6AA 3V81A 2OYQA 3QEPA 4CK3A 4DSJA 3VN5A 4CEAA 4CIEA 4NCGA 4AHRA 2FBXA 4RG8A 3KLGA 3L2WA 4GVMA 4F3TA 5C25A 3ASMA 4G1QA 3K59A 3L3UA 2RF2A 4N5SA 4BACA 3MXMA 1KVBA 1LV5A 2OZMA 3LPTA 3VQEA 3U3GA 4KI4A 1RILA 2HNZA 4PUOA 1RTHA 3OYNA 1F21A 3NGYA 3OYCA 4J2EA 2KZMA 3WNHA 3NF6A 3RMDA 3O4NA 1S1XA 4DTNA 2FBTA 1UOCA 3RMCA 3PY8A 1GOAA 3K5OA 5KI6A 2Z1GA 3HVTA 1IG9A 3WNEA 4M41A 4CF1A 1HYZA 3T1AA 4IG0A 2KW4A 3KKSA 1VSFA 1QSYA 2RPIA 4Z0UA 1BISA 4TSXA 3HK2A 3NDKA 4BWJA 4KHSA 4FJNA 3CM5A 2B5JA 3JYTA 4DFPA 4Z4FA 1HPZA 1SKRA 4CJFA 3SYZA 3NBPA 3HJFA 1C1BA 1VSJA 4KB1A 2G8IA 2A1RA 3UIQA 3O3FA 1CZ9A 3VQ4A 1LWEA 3RR8A 2F8SA 1BI4B 1C1CA 4H8KA 3OYFA 1KLNA 4IBNA 3AA3A 1DLOA 3AO2A 2OPSA 3LANA 5HBMA 4CJ3A 4CHYA 4FLUA 1ASUA 1WNSA 1YVUA 3AVIA 3T3FA 4CGIA 4K8ZA 4FJ9A 2DTUA 4CHNA 5I3UA 4OLBA 1L3UA 1U47A 4N56A 1SL2A 3CFOA 3QINA 3AVHA 3B6PA 3ZT2A 4HUEA 4B9VA 5JS2A 4AHCA 4RW9A 4KHQA 1B9FA 1SL1A 3ZSZA 4FXDA 4QCLA 4FLTA 4DTJA 1YTAA 4MFBA 3QIOA 3HXMA 1KVCA 4CIGA 4DU3A 5CZ2A 1L5UA 2RKIA 3AVCA 1DTTA 3P5JA 4CK2A 1ZBFA 4LY7A 5CY4A 4CJRA 4KKOA 4OPKA 4FJGA 3EZ5A 1JL1A 4CJKA 3QEIA 1TKXA 4O5BA 3OYHA 4B8AB 1TAUA 4RW4A 3NF9A 2DFEA 4ZHRA 4E3SA 3PX6A 3KK1A 3DOKA 1C1AA 3KTQA 4BE0A 1NJXA 1L3TA 3NCIA 4B9MA 1RT2A 3DLBA 3HO1A 3TAQA 1IKVA 1S5JA 2ITGA 3P83D 3TARA 4B3OA 1KVAA 1GOCA 3MXJA 1QE1A 1ZBIA 4C8OA 3G0ZA 3MEDA 2Y1IA 3AVMA 5CYMA 2DFFA 4ELVA 4YNQA 3HL8A 1TAQA 3TI0A 3LAKA 3DOLA 3NFAA 1KSPA 4DTPA 3K5NA 1S1TA 2ZQBA 5J2PA 3C6TA 3CM6A 4CESA 3SV4A 3S9HA 1W0HA 4I2QA 4QAGA 1HQUA 3IS9A 3M8SA 3E01A 1KFDA 3M8PA 1J53A 3HPOA 3LALA 4IFVA 4CJWA 3C6UA 4B9NA 3SV3A 4O44A 4OGEA 4BWMA 3TR8A 3KJVA 1NK9A 1NK6A 4EZ6A 1BIZA 1QQCA 1S6PA 2Q3SA 3AVKA 3TAPA 3BDPA 2HVHA 1ASVA 1QSLA 3QEWA 3OYMA 3WNFA 1VRUA 4Z4GA 1NKBA 1KCFA 2HHXA 1EKEA 4H4OA 5J2MA 1VSKA 2G8HA 3V1QA 3OYKA 1HNVA 4CECA 3NF8A 3LWMA 5HP1A 1NOYA 3QEVA 1JLBA 1LW2A 3DMJA 4C8NA 3ZT1A 4AHTA 4CGHA 3OY9A 4FM2A 2PYLA 4CK1A 4Z4HA 2BDPA 3NGZA 4M3RA 2E4LA 4KTZA 1JKHA 4KFBA 2YNHA 4CJPA 3LP3A 1NJZA 1HQEA 1LAWA 3B6OA 2E6LA 1JLGA 4CGGA 4W5QA 4DLGA 2XHBA 4QOZB 4M3TA 5KRSA 1MU2A 2KFNA 4FJLA 1FXXA 3AVFA 4IG3A 3V9XA 4OVLA 2VG5A 4H4MA 1T7PA 4JS4A 1A5WA 1EP4A 1RDAA 1RCHA 3PX0A 2OPQA 4AHUA 1Q9XA 1LAVA 2DFHA 3HSTB 4E1NA 2GUIA 2ETJA 4KO0A 1BHLA 2G8VA 1WSFA 3KKRA 3ZSYA 3SQ0A 2KFZA 1HYSA 4OGCA 4M45A 4W5RA 2KZZA 3KLHA 1J54A 2XY8A 2RN2A 4FCYA 1RNHA 1U4BA 4KB0A 4MQ3A 4FYDA 2YHBA 4B8CA 1TVRA 3ZSQA 4AHVA 4BDPA 4EP5A 2XY5A 3O3HA 4HVJA 3SNNA 2Z1JA 2AJQA 5HROA 1U49A 1RTDA 3AA2A 3ZSOA 3V9WA 3KK2A 5J1EA 1SL0A 1KRPA 4FZZA 4F2SA 4Y1CA 4O4GA 3VA0A 1RBRA 4CHQA 2XRIA 1QTMA 1RT7A 4PQUA 1HYVA 2WOMA 4FJHA 4DTOA 4CHPA 3LWLA 2G8WA 4NCBA 3DRRA 3OYBA 1RT6A 4LD0A 3KK3A 2E6MA 4CJ4A 3RMBA 1S1UA 4Z4EA 3ZT0A 2D0AA 2QK9A 2HHSA 4Q0BA 3RWUA 4DTUA 3TABA 3SQ4A 1ZBLA 1NK4A 4N47A 1XI1A 2D0BA 4DU4A 1BCOA 1XWLA 4OPJA 2FC0A 1IO2A 3DLEA 3DRPA 3LPUA 3PUFA 2R7YA 4HTUA 3QERA 1HJRA 4CF8A 2EHGA 1JXEA 4FLYA 5FROA 4DWIA 4BDZA 1D9FA 2KTQA 4CIFA 2VG6A 2HB5A 1REVA 3DLKA 4Z4IA 2YNIA 4M3WA 3F9KA 2P5GA 5FRNA 3OYLA 3DLGA 4E7LA 4O0JA 1IKYA 1Z25A 4JS5A 4DFJA 1DTQA 1J5OA 4M3ZA 4GMJB 3ZSRA 2YNGA 4C8KA 3SUOA 3TAFA 3AVNA 1KTQA 2VWJA 2A1SA 2G8KA 2EX3A 1FKOA 3LZJA 1I39A 1JLEA 1RBUA 1S9GA 2YV0X 4UQGA 3HM9A 3MECA 4ID1A 4KTWA 1NK0A 1X9WA 1HNIA 3IRXA 1RTIA 4I7FA 2HNDA 5CYQA 4DTRA 4DLEA 4E7JA 3SQ2A 5I42A 4DSFA 4CEOA 4RW7A 3TANA 3K5MA 5HLFA 2IAJA 2G8FA 1CZBA 3VQDA 2HHUA 4Z4CA 2IC3A 3ZCMA 3OS1A 1BI4A 1TK0A 4OKJA 1NK7A 3OYJA 2PY5A 3RRGA 2IOCA 1ZYQA 4FJMA 3SZ2A 4FJ5A 1WLJA 4DQIA 2OPPA 5KGWA 4FM1A 4HCCA 3NHGA 4N41A 3K2PA 3VQ7A 3L2VA 3QESA 4O0IA 3OYGA 2GV9A 2YKMA 4KHUA 4DFKA 4F4KA 3OYEA 3OJUA 1HRHA 4CCHA 4O55A 3C95A 3LP1A 3ULDA 1U04A 4C8MA 3NAEA 3KIOA 2FBYA 2ZE2A 3S3NA 2NUBA 1XHZA 2JLEA 3I0RA 3ITHA 4DTMA 1RBVA 4K8XA 4PA1A 5SZTA 3RRHA 2PYJA 4M3XA 5SWMA 3O4QA 3RR7A 1SUQA 3TAMA 1Y97A 4RW6A 5FDLA 3ALYA 4Q5VA 3PX4A 1ASWA 4CFAA 4CGFA 3SUNA 4M3UA 4FLXA 2QKKA 3VQ6A 1D9DA 4C8LA 3AVLA 4B9UA 1UWBA 4CGJA 2KQ2A 1VSHA 3NGIA 5HRRA 3SCXA 1WAJA 3CG7A 3AVAA 4CJQA 4KAZA 2YKNA 2YHAA 2X74A 1LW0A 1WSGA 3AVGA 4ICLA 4NYFA 2Z1IA 5CZ1A 4CJSA 4LSNA 5HRPA 3L2QA 4WE1A 1NK5A 3O3GA 3DI6A 5HRSA 4JRQA 4FZYA 4GW6A 3V9ZA 4CEQA 4OLAA 4CFBA 4ELTA 3THVA 4CJUA 3TAGA 2X78A 3AA5X 1RT4A 4R5PA 2BANA 3AV9A 2IDOA 4CHZA 4KHYA 1JLFA 4Y1DA 4CGDA 4FW2A 4FK4A 4W5NA 3KD5E 1C0TA 2PZSA 4CEDA 1WAFA 3HYFA 3V6DA 4KTQA 4CEBA 4B9TA 1WN7A 4NYNA 1RT5A 1QHTA 3KLFA 4CJLA 4I9QA 4CERA 4EZ9A 4E0DA 4KREA 2VG7A 1JLAA 3DRSA 1VK0A 4NCAA 2QKBA 1B92A 1JL2A 5KRTA 3CFPA 1TK5A 4FJ8A 1JLCA 3V9UA 4HUGA 3TWHA 3LP2A 4E89A 1NOZA 2X6SA 4HHTA 5KTQA 3S3OA 3NF7A 3F73A 3QLHA 1X1PA 5C24A 1NKCA 5C42A 4E7HA 1FK9A 1TK8A 1ITGA 1HMVA 4FJXA 2OPRA 3VQQA 4DQRA 2XY6A 3TAEA 3QETA 4M3YA 4B08A 3MEGA 4CJVA 1GOBA 3LDSA 3HPGA 3VQBA 4LH5A 1RDCA 3HVRA 1RDBA 1N6QA 2FBVA 3DLHA 4ZTFA 1D8YA 3QNOA 3SJJA 3V9SA 3I8DA 3SI6A 1X9MA 3DLRA 3AO3A 4FZXC 2IS3A 3QO9A 1JLQA 4JRPA 1K6YA 4IDKA 3OYAA 4KV8A 3OJSA 4AILC 3PV8A 3DM2A 3LAMA 4CEFA 1SV5A 2P51A 4CFCA 3CQ8A 4DQPA 5HRNA 1A5VA 4CJ5A 4DSIA 1YT3A 1NJYA 1TKTA 2GBZA 3AO1A 3CYMA 2P1JA 5J2NA 1L3VA 4B9SA 3SUQA 3KLIA 3EY1A 3SPYA 1FKPA 4DSLA 1C0UA 3ZSXA 1BQMA 4FJIA 1Q9YA 1LWCA 2LSNA 3P1GA 1WSJA 5DK5A 4FVMA 1Q8IA 2HHVA 4FLZA 1YTUA 4CHOA 1S1WA 3AVBA 1UAXA 1SKWA 2G8UA 4ZTJA 2HHTA 3JSMA 1CXQA 4IKFA 3MEEA 3VA3A 3ZT3A 3HP9A 1TL3A 5FRMA 4OJRA 3V1OA 3V4IA 3C94A 3SUPA 2ATQA 3NH0A 4FM0A 4L8RB 4DQQA 3L2UA 1RT3A 3KLEA 4F3OA 3NH1A 4FK2A 4CFDA 1WSEA 3M8QA 4FW1A 4J2BA 1RTJA 3U6FA 3IAYA 5JS1A 2HMIA 4AHSA 1EETA 2F8TA 1QSSA 2HHQA 1NKEA 3HP6A 1TV6A 3AVJA 2VWKA 4CEZA 3ZSWA 1WSIA 1BIUA 1JXBA 1RDDA 1XHXA 2YNFA 3RMAA 5D3GA 3I0SA 3VQCA 2ZD1A 3WNGA 5KGXA 3VQ9A 1QS4A 5K14A 3NE6A 3K57A 4E1MA 1VRTA 1S9EA 3L8BA 1VSLA 1KLMA 3PO5A 2I5JA 4N76A 1BCMA 3BGRA 5E41A 3QNNA 4IFYA 1VSDA 2Y1JA 2X6NA 1UA0A 4B9LA 4J2AA 1RT1A 4W5OA 3AA4A 3K58A 2D0CA 3FFIA 3KD1E 2P5OA 4E7IA 4DSKA 5T7BA 1WSHA 3ZSVA 3VQ5A 1O1WA 4KHWA 4CE9A 5EU7A 4CF2A 4DS4A 1W9HA 1ZBHA 4I2PA 4CF0A 3VQPA 3HPHA 2JGUA 4CJEA 4E7KA 4FJ7A 3ISNC 1T03A 4ID5A 4KHNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RTVA 3T19A 1EXQA 1EX4A 2IGIA 2ZJRL 3O6WA 3IG1A 3M8RA 4JYAK 5GAHP 2QW9A 2NRRA 1QQMA 3VEVA 3MK6A 2XO7A 1RDUA 1T6CA 3CCMN 1FJGK 5J2QA 4BRHA 4CF9A 1A5XA 5FPDA 4HUFA 4CZIA 1N8RO 4A59A 2JWKA 3EYZA 1VSEA 1X9SA 3HRGA 4B3TK 4YFUA 4BE1A 4BDYA 1Z26A 3FZMA 2QWRA 2VCPA 2O8EA 4PY5A 1BQNA 4MO5A 3THYA 5KPZA 1TL1A 2CGLA 4DU1A 5KPTA 4DTXA 4LH4A 3AARA 2FSKA 1VSIA 4OKEA 1TKDA 2DY4A 1VSMA 1VQON 3VQAA 3NH2A 4CEEA 4U7BA 3G10A 1BL3A 3OVNA 1ESVA 2E1YA 4LFBK 2CGJA 3U3YA 4A2BA 4NXNK 3AO4A 3UKUB 2OA8A 3AO5A 1D5AA 3A0IX 5BRDA 4O8UA 3QFUA 5C2FA 4EFHA 4CIEA 4NCGA 4GVEA 4WQ5C 4F3TA 3C7NB 3CJCA 1TUUA 5AFUA 3TPQA 3MXMA 3LPTA 3VQEA 4KI4A 2HNZA 4PUOA 3OYNA 4J2EA 3WNHA 3O4NA 4DTNA 3IDHA 3CJBA 3K5OA 1K8KA 5F0XA 3M1FA 4WQ5A 3KKSA 1T6DA 4M7XA 1WB9A 5AQGA 2RPIA 1BISA 1IBLK 2E2QA 4RCHA 5BPLA 1HPZA 3ZEUA 4Y0WA 4HTLA 1C1BA 5GAGP 1Q82O 1CZ9A 2WUSA 3CJ9A 3BF1A 3R1XA 3AA3A 1NGDA 4FLUA 1QTMA 3AGKA 1BG3A 5I3UA 1L3UA 3A5OC 2ZJQL 2JWLA 4XH1A 3AVHA 4B9VA 3O9RA 1SL1A 4DTJA 4MFBA 1L5UA 1WUAA 2RKIA 4WFBL 4OPKA 4FJGA 4KKOA 3CC4N 1DGKN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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