3L3UA

Crystal structure of the hiv-1 integrase core domain to 1.4a
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase core domain in complex with sucrose reveals details of an allosteric inhibitory binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l3uA00
4W5OA 4J2EA 3DLGA 3TANA 3AVMA 2ATQA 3AA2A 4CJVA 1BQNA 4N56A 1KLNA 4ICLA 3LANA 1W0HA 3S9HA 3NDKA 3VQDA 4AH9A 4CECA 4E19A 3SQ2A 3AVJA 2IAJA 4RW8A 4CHOA 4HUGA 1G15A 3I0RA 4GMJB 3DLEA 4Y1CA 2B4JA 3ZSWA 1BISA 1C0TA 1RDDA 3OY9A 3RMAA 4ZTJA 3RRGA 4IDKA 1TKDA 1JLQA 3NH2A 1VSDA 3QEXA 5KTQA 3AO2A 3DMJA 3LZIA 4NYNA 4KB0A 2HW3A 1B9FA 1UWBA 4FJXA 1I3AA 1K6YA 1ASWA 4CGDA 2AJQA 3HXMA 4KHQA 1J53A 1C0UA 2QK9A 4Z4CA 3NF7A 3VQ5A 4EZ6A 3SQ0A 3RR7A 1JLEA 5CYQA 2YNGA 2OA8A 1ZBIA 2HHVA 2VG5A 3P83D 3AV9A 4EP5A 3KD5E 4K8XA 3DLRA 3AVGA 4B8CA 3KLIA 1IO2A 3PO4A 4M3YA 1QHTA 4CE9A 3OS1A 4Y1DA 4DTSA 2QKKA 2LSNA 2XO7A 4K8ZA 1HYVA 2RN2A 4TSXA 4W5RA 4B9NA 4KV8A 3L2QA 1X9MA 4CEQA 4DU4A 1QSLA 2HHWA 1L3VA 1C0MA 3VQ8A 3M8QA 4BE0A 4FLWA 4CGJA 5EU7A 4AILC 2G8HA 4LSLA 4N47A 1J5OA 1I39A 1T05A 5KI6A 3V1OA 4F8RA 2DFFA 4FVMA 4CIFA 4KI6A 4CK3A 4W5TA 1S1UA 1TL1A 5CY4A 4E1NA 2YNIA 3TAPA 4F2RA 3ZSQA 3WNGA 1X9WA 2QXFA 4LSNA 2DTUA 1W9HA 4PUOA 2A1RA 2D5RA 4BWJA 3EY1A 1LAVA 3TAGA 1WSGA 4FLXA 3QERA 3SI6A 4OLBA 1CLQA 1KLMA 4OKJA 2YHBA 4CFAA 3T19A 3V1QA 3ISNC 1IH7A 3LP2A 3OYIA 3LDSA 1FXXA 3A2FA 4DG1A 3O3FA 2PZSA 1SL0A 2ZQBA 1RT1A 4DTRA 4M42A 3ZT2A 1JXEA 3JSMA 3MXMA 2DY4A 1DTTA 1KVCA 4CEOA 3S3NA 1RT6A 2KFNA 4J2AA 3IS9A 2FBVA 4CJ4A 3I0SA 5E41A 1KFSA 1TL3A 1BIUA 3H08A 4CHPA 2IDOA 3ULDA 5HLFA 3PY8A 3VQAA 1RBTA 1VRUA 3AVLA 1LW0A 4CJQA 1KVBA 4NCGA 1SKWA 1HNVA 3LAKA 1RDBA 1B92A 3QESA 4IG0A 3SPYA 2KZZA 3VQ7A 3PUFA 3SV4A 3MEEA 3P1GA 4BE1A 4EZ9A 3C95A 4CJLA 3V81A 4FM2A 4H4MA 1KCFA 4Z4EA 1RCHA 4E0DA 4OKEA 1YT3A 4C8OA 1WSJA 4KHUA 4I9LA 2D0CA 1HMVA 2O4GA 3DM2A 3TARA 1XC9A 2IGIA 5CZ2A 1KTQA 3NF6A 3K5LA 3THVA 4CFCA 5HRSA 3MXIA 4KHWA 3QEIA 4CJKA 4H8KA 4HCCA 1TAUA 1RTHA 1YVUA 2HVIA 3K58A 4I2PA 5C42A 1BCMA 4IBNA 4CGHA 4DTPA 4F2SA 1RBUA 4DSIA 1RT5A 1EX4A 4M3WA 1LV5A 4FK2A 3OYAA 1NKEA 5C25A 2F8SA 3HJFA 1WSFA 5CZ1A 4CK1A 4BACA 1QTMA 3SNNA 3M8RA 3QEPA 5D3GA 4CJUA 5KGXA 3DOLA 1KVAA 3EZ5A 1C1AA 5J2NA 4B9VA 1SV5A 2PYLA 2NUBA 4FJGA 1S6PA 4C8NA 4CJWA 3MAQA 4B9SA 4CHZA 3K59A 4B3OA 1X1PA 3QNNA 1VK0A 3DRPA 2FBTA 4DTJA 1D8YA 2HNDA 1XWLA 3VN5A 3RR8A 4RG8A 4CIEA 4E7LA 3TABA 3ZSVA 4RW6A 4KRFA 5FRNA 3KK1A 3SUNA 3TR8A 3PX6A 3OYKA 3OYMA 3SUQA 4F3OA 1SL1A 4ID5A 4W5QA 4KO0A 2P1JA 4WE1A 1UA1A 1JL1A 1GOCA 5HRPA 3LP3A 3NHGA 3L8BA 2YHAA 3V9WA 4HCBA 4IKFA 4RW7A 1YTUA 2P51A 3CFOA 5SZTA 1NK5A 3E01A 4FLVA 1T8EA 3HP6A 1XI1A 2GBZA 2HHXA 4FM0A 5HRRA 4M3TA 3IG1A 1HNIA 4C8MA 2OZSA 2HVHA 4FZYA 1QE1A 1RDAA 3ITHA 2OPRA 3O4QA 2XHBA 3TAMA 4CJRA 4DMNA 3V9XA 1QSSA 4KKOA 3VQEA 3WNHA 3OYDA 1NK0A 1BHLA 1WSIA 4FW1A 1BL3A 1D5AA 2I5JA 2OPPA 2D0AA 4YNQA 1WLJA 4FJNA 4G1QA 2O4IA 3VQCA 3HYFA 1L3TA 1Q9XA 1JXBA 4H4OA 4ELVA 4N76A 2F96A 4OPKA 1NKBA 3C6TA 2Z1IA 4DQPA 4Z4HA 3DOKA 3F73A 4DU1A 1FKPA 3HSTB 4CEAA 4BDZA 2BANA 3U6FA 4OGCA 1L3SA 2OZMA 4HUEA 2GV9A 4DTOA 1JL2A 1S6QA 1KRPA 3DLKA 2HHTA 3L2UA 1VSIA 3K2PA 2DFEA 5I42A 3LZJA 3TAQA 4BDYA 4DQQA 2WOMA 3NBPA 5DK5A 4IFVA 4KHSA 3CM6A 3TWHA 1WNSA 4LH4A 5HRNA 2Q3SA 4DSEA 3SCXA 2RF2A 3OJSA 4E7HA 3AVIA 1IKWA 3JYTA 1IKXA 4FXDA 3B6PA 3LP0A 4Z0UA 4CK2A 3BGRA 2VWKA 4QOZB 3VQPA 4ELUA 3MXJA 2ITGA 1WAJA 2XY5A 2X6NA 1RT2A 1JKHA 4F4KA 1VSJA 4FJKA 4DFPA 3KIOA 1RT7A 1IG9A 2RPIA 5FROA 2WONA 4CESA 3RRHA 4DF8A 2KW4A 1FK9A 1IKVA 3ZSYA 4FLYA 2YV0X 3T1AA 4DSJA 4O0JA 2G8FA 1DTQA 3LWLA 2JLEA 4ZTFA 1NOZA 4B9MA 2KQ2A 4LH5A 4O55A 4CERA 3NH0A 1HYSA 3B6OA 2Z1JA 3SQ4A 4DFJA 4B9LA 1ITGA 4HHTA 4NCAA 4DTUA 1U48A 3QIPA 1QQCA 3L2WA 4N5SA 4W5NA 5K14A 3HP9A 3ZT4A 1XHZA 1BQMA 4I2QA 2D0BA 4FJIA 3ALYA 4CJPA 1RT4A 2XY7A 4CEEA 2YKNA 2B5JA 4I9QA 3ZT3A 3AO5A 1Y97A 3SUPA 4IFYA 2OYQA 2RKIA 1RILA 3BDPA 4FW2A 1TKZA 3CG7A 5HBMA 5I3UA 1TKXA 4CGIA 4CJ5A 1NK8A 4FZZA 3DI6A 4AHUA 1XHXA 3NGIA 3KLHA 3PX4A 1U04A 4HVJA 4OGEA 2R7YA 2YNHA 3QEWA 3SZ2A 1TV6A 4FCYA 3VQBA 5CYMA 1NK4A 1NK6A 1KSPA 3AA4A 3AVHA 3P5JA 3CFPA 1HRHA 3U3GA 4JS5A 3SYZA 4AHSA 2PY5A 4Z4FA 2KZMA 3OYGA 1HQEA 3AO4A 3OS2A 1S1VA 3LPUA 4AHCA 2YNFA 1VSFA 1RBVA 3DRSA 3NGZA 3NFAA 3O3HA 1ZBLA 3DLHA 3PO5A 4ELTA 2XY6A 3S3OA 4CEZA 1EXQA 5FDLA 1NJZA 1X9SA 1VSEA 4XIUA 1CZ9A 4AHTA 1S9EA 4Q5VA 4O44A 3NF8A 3VQ4A 3K5MA 4M3RA 5KRTA 4JLHA 3CYMA 4LY7A 3ZSRA 1JLFA 3OYBA 3QNOA 1RDCA 4HUFA 3M8SA 2HHUA 4KHNA 1KFDA 4CEFA 2HHQA 3K5OA 3IRXA 4KTWA 4OVLA 4DLGA 4DSLA 3KKRA 2E4LA 5J2PA 4OJRA 2IOCA 4KFBA 5KGWA 3T3FA 1SL2A 1TVRA 1L3UA 1S1XA 3V1RA 1NJXA 1R0AA 3KJVA 4B9UA 1F21A 2ETJA 3KLGA 1T03A 2IS3A 1B9DA 3SV3A 1WSHA 4N41A 1UOCA 4DTNA 3S3MA 4Z4IA 2DFHA 3ZSOA 5FRMA 3RMDA 4M3XA 1Z25A 3HO1A 4JRPA 4CFDA 2VWJA 1T7PA 3OVNA 1C6VA 3ZSXA 4R5PA 3V9UA 4CGGA 4FK0A 4FYDA 2Z1HA 4O0IA 3UIQA 1CXUA 3QINA 1J54A 4FLUA 1WSEA 3OYHA 3DLBA 3PV8A 1EKEA 4KB1A 3KKSA 1RTDA 3FFIA 3MEGA 1C1CA 3NAEA 2QKBA 2B6AA 3SQ1A 2G8VA 3NF9A 1S9GA 4DS4A 3D45A 1HPZA 3OYLA 1JLBA 3KLEA 3SPZA 1NJWA 4RW4A 4CJSA 3TAFA 4KTZA 3L2RA 3LAMA 3M8PA 4CJTA 3VA3A 3L2VA 3CFRA 4Z4GA 1TAQA 1EETA 2HB5A 3CM5A 4B8AB 2Y1JA 2XY8A 4QAGA 4HTUA 4YFUA 2X74A 3KD1E 3HPGA 3AVKA 3KK2A 3RTVA 3KLFA 3QETA 4PQUA 1A5WA 1LWCA 1JLCA 4FJMA 1IKYA 1QS4A 1VSLA 3QIOA 3PX0A 2HMIA 2G8WA 3HL8A 5DMRA 4CGFA 1LWEA 3OYCA 1JLGA 3AA5X 3OYNA 3OYJA 3K57A 2X6SA 1ZBHA 4DQIA 4B08A 4CFBA 4NCBA 4KPYA 4KHYA 4CF0A 4CEDA 4E7KA 5KRSA 2KFZA 5C24A 5J2QA 4KI4A 3LALA 1NK7A 3AVFA 1U49A 4KAZA 3DYAA 3WNFA 3AVAA 1GOAA 2P5OA 3RWUA 4BWMA 4DF4A 1SKSA 2X78A 4CJ3A 3HPHA 3OS0A 4IG3A 3OJUA 3AVCA 4C8LA 4PA1A 4FZXC 1RNHA 4CHQA 1BI4A 1FKOA 4CF8A 3ZT0A 3V6DA 1ASUA 2G8KA 1HYZA 4CCHA 1REVA 3QEVA 2GUIA 1SKRA 1TGOA 1L5UA 2HHSA 4B9TA 1WAFA 1HJRA 1RBSA 1ZBUA 1Z26A 2FC0A 2VG6A 3C6UA 3ZT1A 4DS5A 1NOYA 2G8UA 4BDPA 4QCLA 2FBYA 3SUOA 4CF1A 4MQ3A 4I7FA 1LWFA 4FJLA 4DSFA 4GVMA 1VSHA 1BCOA 2HNZA 4MFBA 4FLTA 2BDPA 1EP4A 1RTJA 3MECA 3VQ6A 3VQ9A 3EYZA 3V9ZA 2BE2A 1LAWA 4DQRA 4E1MA 1D9DA 3O4NA 4E89A 1BGXT 4DWIA 1MU2A 4GW6A 1Q9YA 3TI0A 4J2DA 3AVBA 2OPQA 4O5BA 3KTQA 4PWDA 4JS4A 4NYFA 3WNEA 1BI4B 1VRTA 3OYFA 4BE2A 1DLOA 4DFKA 4DU3A 4DSKA 4CHNA 1A5XA 2A1SA 3NE6A 1NKCA 3HPOA 4JRQA 1C1BA 4RW9A 4M3UA 1QSYA 4M45A 5SWMA 3U3YA 4KTQA 4DTXA 2E6LA 1J9AA 5JS2A 1U45A 2G8IA 1RBRA 3QLHA 3LP1A 3OYEA 3LWMA 4M3ZA 1WN7A 2EHGA 2KTQA 1S1WA 3QO9A 4FM1A 1N5YA 4Q0BA 3O3GA 4PY5A 2Z1GA 4OLAA 1NJYA 4J2BA 1U47A 3I8DA 3G0ZA 1A5VA 4CJEA 4FJ9A 1S5JA 3DRRA 2Y1IA 3IAYA 3L3UA 3HM9A 4CIGA 1SUQA 1CXQA 1TKTA 3KK3A 3RMBA 4AHVA 3AA3A 4ID1A 4M41A 4CHYA 3NH1A 4DLEA 1TK0A 4FJJA 4FLZA 4CJFA 2PYJA 2YKMA 3NGYA 4C8KA 2P5GA 2VG7A 4AHRA 4O4GA 1YTAA 3SJJA 4ZHRA 1RTIA 4E7JA 4FJ7A 2F8TA 1D9FA 3HVTA 3RMCA 4DTMA 1LW2A 2FBXA 4L8RB 1Q8IA 3VA0A 1U4BA 2OPSA 2IC3A 1TK5A 3MEDA 3LPTA 1CZBA 4E7IA 1VSMA 2EX3A 1UA0A 1JLAA 3TAEA 3K5NA 3CQ8A 5HP1A 1O1WA 4CF2A 2HNYA 3HVRA 2JGUA 4LD0A 3VQQA 3C94A 4OKKA 2E6MA 1N6QA 1ASVA 1UAXA 3HK2A 4KREA 4E3SA 3V9SA 4FK4A 1GOBA 4DFMA 4FJ5A 3ZSZA 2BGGA 5T7BA 4FJHA 4CF9A 3ASMA 3ZCMA 5JS1A 4EP4A 5J1EA 1RT3A 3AO1A 2W42A 5J2MA 1VSKA 4UQGA 1NK9A 3F9KA 1BIZA 1S1TA 2ZE2A 3NCIA 4FJ8A 2ZD1A 3G10A 2XRIA 3L3VA 5HROA 1TK8A 3D0PA 4F3TA 1ZBFA 4OPJA 4CEBA 1HQUA 3HT3A 3V4IA 3AO3A 1ZYQA 4DQSA 3AVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R9PA 1U6ZA 3VTHA 1T3VA 1BQNA 4ICLA 5M1FA 3CF5L 4AH9A 4CECA 4E19A 3SQ2A 2IAJA 4RW8A 1G15A 3I0RA 4Y1CA 3OY9A 2W40A 2BH1A 4H5WA 2NRXA 3DMJA 1IJJA 3RSEA 1ASWA 3VMFB 2QEXN 3OW2M 5AQPA 2P9NB 4EZ6A 4BRDA 3RR7A 4ILJA 2GELA 2YHXA 2YNGA 3U9DA 1FJGK 2HHVA 4JI8K 3WT0A 4B8CA 1V4SA 2P9IB 3EE9A 1S72N 3HI0A 5ADXH 4DTSA 4JD2A 3VENA 2XO7A 1HYVA 4TSXA 3NVKA 3TTFA 3C0BA 4A5AA 1QSLA 3M8QA 1NBWA 4BE0A 4AILC 4BREA 4A2BA 3LL3A 4KI6A 4W5TA 4BRAA 3BZKA 1GLFO 1QHAA 3LDQA 4BWJA 1ILYA 4JHDA 3VEYA 3TAGA 1RGIA 1WSGA 4L3QA 4FLXA 1CLQA 2YHBA 1NGAA 1IH7A 5E26A 5C2DA 4DV1K 3O3FA 2ZQBA 4DTRA 5AR0A 4CEOA 1NGHA 4Z94A 3IS9A 3Q7BA 1OH8A 5E41A 4CHPA 3PY8A 3VQAA 1VRUA 1KAXA 4BC2A 3W3DA 2UUBK 4YDUC 3VGKA 1YJWN 3EL2A 3M1FA 3R1XA 4X65K 4BGBA 3C95A 3V81A 4RCHA 1KCFA 4CD3A 4Z4EA 1RCHA 4K42A 2RHKA 3HBTA 4LF6K 2NRRA 1VHXA 3I33A 4C8OA 1WSJA 3SAFA 4UY8O 4BR2A 2OANA 4IOXA 5CZ2A 2O8DB 5HRSA 5E84A 4H8KA 1YVUA 3K58A 3CMAN 4I2PA 3R8EA 3ZX3A 3CXCM 4DTPA 3KVGA 4DSIA 4E1JA 5FLXO 1NKEA 4MLEA 2E2QA 4IOCL 3QEPA 3WEEA 1ATRA 2W6KA 5D3GA 3VEVA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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