3L3VA

Structure of hiv-1 integrase core domain in complex with sucrose
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase core domain in complex with sucrose reveals details of an allosteric inhibitory binding site
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 53
structure length 144
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l3vA00
1BCOA 4F3OA 4KRFA 2HHVA 4Z4GA 2XY8A 3CFOA 4CJPA 3V9SA 2OPQA 4FW1A 3LPUA 4KHWA 1S5JA 4G1QA 1BCMA 5HRSA 2GUIA 3O3FA 1ASUA 1RTJA 1QE1A 3OYMA 4B8CA 3HPOA 3QIOA 4W5TA 2HHQA 4FJHA 4W5OA 1SL0A 4KHSA 2BGGA 3KLEA 3PX6A 4KAZA 2YKMA 3TR8A 3PX4A 1SV5A 2Z1GA 2HMIA 4CHNA 1XC9A 1CZ9A 4F4KA 3OVNA 4CJUA 4FM1A 1CXQA 1JXBA 4KHNA 2PYJA 3ASMA 1TGOA 5CZ2A 3NAEA 4E19A 4M3WA 2IDOA 3JYTA 3QIPA 1LAVA 3TARA 1VRTA 5C25A 3OYNA 3DM2A 5KGWA 1TK0A 2G8HA 4C8LA 1VSDA 3HT3A 4DS4A 2RKIA 4CK3A 3RTVA 1QSYA 3KLHA 4ELUA 2ZD1A 4IG0A 1KSPA 4BWMA 4RW7A 1YTAA 2XHBA 4DF4A 3HPHA 4CEAA 3L2UA 3CQ8A 4C8KA 1IKXA 3MXIA 1LW0A 3B6PA 4CK2A 4IBNA 1QQCA 3WNEA 5FDLA 1TKZA 1EKEA 3KD5E 1YTUA 4B8AB 4CJVA 3ULDA 4DTXA 3TABA 1VSLA 4Y1CA 4CCHA 3NF6A 4PWDA 4HCCA 2KZZA 3ZSWA 3AVNA 1KFDA 3CG7A 4B9SA 4DQPA 4KI6A 3U3YA 2E4LA 2YHBA 3IRXA 1TVRA 1C6VA 1GOCA 3QNNA 3M8QA 1HYVA 1UA1A 1RDCA 3V9WA 3CM6A 2XO7A 4FM0A 3EZ5A 3KKRA 3U6FA 1LAWA 2FBTA 4OLBA 1S1WA 3AO4A 4OGCA 4B9LA 2OYQA 3CFPA 1JLCA 4CEZA 4DU1A 4CIFA 2F8SA 1NJXA 1IKVA 1YT3A 3OYAA 2JGUA 4DU3A 3LDSA 4I2PA 3QO9A 2XY6A 2OZMA 3MAQA 1EETA 4C8OA 2FBXA 2IOCA 1BIZA 4I2QA 4CJWA 3OJSA 1FK9A 4ICLA 3K5NA 1BIUA 5FROA 3RMDA 1SL2A 4B9VA 3RRGA 4Z0UA 4C8NA 4L8RB 3ZT2A 1U47A 3A2FA 3HVTA 4CF9A 2Z1HA 3T1AA 4E7KA 3PO4A 3NE6A 4FJJA 2HW3A 4LY7A 1UWBA 5DMRA 1TKTA 4CJ4A 2OPRA 3V1OA 3AVMA 1KRPA 4I9LA 1B9DA 1L3UA 3LP0A 5KRSA 1WSIA 5CYMA 3SI6A 1NK8A 1TK8A 4FK2A 5FRNA 5I42A 1NK5A 1HQUA 4CEBA 4KREA 3TWHA 3AVGA 4DFMA 5CZ1A 2KZMA 1O1WA 4CJLA 4CJKA 5HRPA 1VRUA 3AO1A 4AHVA 5FRMA 3OS2A 2D0BA 4Z4FA 2RN2A 3L2VA 3NCIA 2E6LA 2B4JA 4CHPA 4J2AA 4DSIA 1ASWA 4DQRA 4CJSA 3G0ZA 1U45A 1DTQA 3NGIA 2GBZA 4K8ZA 4FXDA 4FCYA 4ID1A 1TAQA 4ZHRA 1T7PA 5SWMA 4W5NA 3CYMA 3AV9A 4EP4A 5D3GA 4OGEA 5JS2A 4DSKA 2F96A 1HJRA 4E1NA 4NYNA 3ZSQA 3HXMA 1QS4A 1QSSA 1RTHA 1KLMA 4NCGA 3KIOA 4BDZA 4Y1DA 5KGXA 1RDDA 4IFVA 1Q9XA 1D5AA 1L3TA 2E6MA 1VSKA 4LH4A 1LW2A 1GOAA 1T8EA 4QCLA 3C95A 3QEPA 3NHGA 4CGJA 4E7IA 4FLTA 3ZSVA 1WAFA 4W5RA 3L2QA 2A1SA 3K5MA 4J2EA 3HK2A 1EXQA 3K5OA 3M8RA 1RNHA 2X74A 3DI6A 1U4BA 4M3RA 3DRRA 3O3GA 3OYIA 4DFKA 4CJRA 4OKJA 1NK0A 4DLGA 4M3UA 4LSNA 3SUOA 3ZSRA 3SCXA 4HVJA 3KK3A 4FM2A 3SPYA 3THVA 4HHTA 3VN5A 4AHTA 4CHOA 3CFRA 4RG8A 4DLEA 1ASVA 4E7JA 1F21A 3QERA 4JRPA 5JS1A 3M8PA 1J5OA 1FXXA 1QTMA 4B9MA 4FYDA 4O55A 3HVRA 2X6SA 2P51A 1WSGA 4CERA 4HUEA 4BDYA 4UQGA 3S3NA 4ZTJA 3JSMA 2G8WA 3O3HA 3T3FA 2X78A 5KRTA 4N5SA 3OYFA 4N76A 1ZBUA 2VWJA 4QOZB 3ALYA 3DOKA 1A5VA 4AH9A 1GOBA 1Q9YA 2YNIA 4MQ3A 2X6NA 2WONA 2VG7A 1A5XA 4KTQA 1FKOA 3B6OA 1SUQA 4DTSA 4Q0BA 4JLHA 1T05A 1L3SA 4PUOA 1RTIA 1XHXA 3F9KA 1QSLA 3KD1E 4GVMA 3AVCA 2HHXA 2BE2A 4IFYA 3L2WA 4JS4A 3QEVA 2P5GA 3OS1A 1JLGA 1X9WA 1Q8IA 3TAPA 3SJJA 4N56A 4FLYA 3P1GA 1CXUA 1WAJA 2QKKA 1BQNA 4YNQA 1HNVA 3LANA 1U49A 4FJKA 1S1TA 4E1MA 3VQ8A 3RMCA 4FJNA 4E89A 1RBSA 4DWIA 2YNGA 1I3AA 4FK4A 2HB5A 3DYAA 4FLXA 3P83D 4BDPA 4FJIA 3NH0A 1VK0A 5J2PA 4EZ6A 4E0DA 3TAMA 1TL3A 1ZBLA 3SUNA 4CIGA 2OPPA 1S1VA 5C42A 4HTUA 4M3TA 1D9FA 4DTPA 4IKFA 3OYLA 3QNOA 4M41A 1KCFA 1EX4A 1Z25A 3LPTA 1TKDA 3SNNA 2JLEA 4FZZA 3C6UA 3LAKA 4H8KA 4OPKA 3SV4A 4FJXA 2HVIA 2ETJA 4DSJA 1C0MA 1WSEA 3AVBA 2ZE2A 1CZBA 1HMVA 1MU2A 3PUFA 4O5BA 5DK5A 3I8DA 1NJYA 2IC3A 2PZSA 3RRHA 3LP2A 1SKWA 3UIQA 2A1RA 2G8IA 5C24A 3HO1A 2DY4A 4KTZA 1G15A 2VWKA 3KKSA 1RBVA 2QXFA 4DSEA 2IGIA 4CEDA 3O4QA 3OS0A 4E3SA 2XY7A 3SUPA 3MXMA 1NK7A 4CGDA 3OYKA 3V9ZA 4CGHA 3SQ1A 4B9NA 4KHQA 2HNDA 1WSHA 4PQUA 4M3ZA 1XWLA 1WSJA 3QETA 5SZTA 3QESA 1NKBA 3SYZA 2D5RA 3DLKA 1S9EA 4FJ8A 3QINA 3VQ6A 1CLQA 2GV9A 1JL2A 3TAGA 3DRSA 3VQ4A 1XI1A 4DQSA 4CEOA 3ZSYA 4FJ5A 4DTMA 2HNZA 4FVMA 3PO5A 2HHTA 1NKCA 2Z1JA 3HJFA 4CHZA 1S6PA 1TV6A 4CJQA 2DFFA 3VA0A 4NCAA 3ISNC 2FC0A 3NBPA 3ZT4A 3OY9A 4KKOA 4OLAA 4H4OA 1RT3A 2HNYA 1DLOA 2Y1IA 3L8BA 1WN7A 1ZBFA 3AVIA 3MEEA 4CECA 1U48A 2KQ2A 4N47A 3AA2A 2DFEA 4Q5VA 2YV0X 3KJVA 2DFHA 5CYQA 3BGRA 4JS5A 3VA3A 4KI4A 1ZBIA 5K14A 3VQ5A 4DTNA 4CJTA 2HHWA 4OKKA 3ZSXA 1TAUA 4RW8A 1RDAA 2EHGA 1X1PA 4CFDA 1NKEA 4FZYA 1KTQA 1WNSA 2KW4A 3ZCMA 4CEFA 4O4GA 4CJFA 1DTTA 1NJZA 3AVHA 3I0SA 3EY1A 4DFPA 3NF8A 3E01A 3HM9A 3NDKA 4IDKA 3MEDA 1L3VA 4QAGA 2KTQA 4N41A 3AA3A 5HRRA 1RT1A 4DS5A 3LWLA 4ID5A 3SQ2A 4ELTA 3DLHA 1BHLA 4B9TA 2Q3SA 2RPIA 4CESA 3OYJA 3DMJA 4CHYA 1HRHA 2DTUA 3AA5X 2LSNA 1TK5A 1SKRA 2B5JA 1IG9A 4DQIA 4Z4IA 4CGIA 2XRIA 3S9HA 3V4IA 3VQ7A 2KFZA 3ZT1A 3KLIA 3VQBA 3HSTB 3M8SA 1RT2A 4RW9A 1BQMA 1S6QA 3KK2A 3G10A 4CFAA 2P1JA 3RWUA 1X9MA 1TL1A 3D0PA 1B9FA 3K2PA 5EU7A 4KB1A 4KHYA 4Z4HA 3KTQA 2XY5A 1RT7A 3V9UA 3LWMA 2RF2A 1EP4A 4I9QA 5I3UA 3V9XA 1JLEA 1ITGA 3NF7A 4DF8A 5T7BA 3AO2A 2B6AA 3D45A 4Z4CA 3BDPA 3IG1A 3HPGA 3PY8A 4ELVA 4CF0A 3CM5A 4OKEA 4AHRA 4LSLA 1A5WA 3OYGA 4HUGA 5HLFA 1LV5A 4F2RA 4BE2A 4F8RA 3VQPA 4B3OA 2OZSA 2Y1JA 1VSIA 4W5QA 1IKWA 3IS9A 4B9UA 4BWJA 3AVFA 5HBMA 3QEXA 3OYDA 2PY5A 4CK1A 4DTJA 2O4GA 1N5YA 2G8FA 3NGYA 2OPSA 1N6QA 4XIUA 2YNFA 3DLGA 4O0IA 4FJLA 3PX0A 3KLGA 3AVJA 1VSHA 3T19A 3PV8A 4HCBA 2FBYA 3HP9A 4LD0A 4EP5A 3K59A 3SZ2A 4AILC 1RTDA 1C0TA 4EZ9A 3C6TA 1J9AA 3OJUA 1JXEA 4O44A 3LZJA 4JRQA 3MECA 1RT5A 4H4MA 3DRPA 4CIEA 1RBTA 3AA4A 2P5OA 4FW2A 3VQDA 4F2SA 3AVLA 4FK0A 4CF2A 3S3MA 1XHZA 1VSJA 4CHQA 3RR8A 1JLBA 4CJ3A 3OYBA 1LWFA 1RDBA 4DG1A 1C1CA 1VSEA 3AVAA 3TAEA 1RT4A 2EX3A 2YHAA 4DU4A 1WSFA 1REVA 3NGZA 4AHUA 4BE0A 1JLAA 1W9HA 4CFCA 3DLRA 3SV3A 2F8TA 1IH7A 3S3OA 1R0AA 1ZYQA 2G8VA 1YVUA 3V6DA 1IO2A 4CJEA 1SL1A 3F73A 1NJWA 4M3YA 1C0UA 3SPZA 1S1UA 4Z4EA 1JL1A 2AJQA 4DTRA 1NK9A 4MFBA 1BI4A 1U04A 3ZSZA 3LP1A 3OYCA 1HNIA 2WOMA 4DQQA 5KTQA 4IG3A 1WLJA 2G8KA 4DSLA 3RMAA 3NH1A 5HROA 3LALA 4WE1A 3OYHA 3K57A 4OJRA 4DTOA 1KVAA 4LH5A 3LZIA 3SUQA 1X9SA 5KI6A 1J54A 2IS3A 3FFIA 4J2BA 2YKNA 2VG6A 3QEWA 1LWCA 1UAXA 2ZQBA 4BE1A 2D0CA 3IAYA 3P5JA 4FLZA 5HP1A 3ZT0A 5J2NA 3NF9A 3EYZA 2I5JA 1D9DA 4DMNA 4DSFA 4BACA 4C8MA 1S9GA 3I0RA 3ZSOA 4DTUA 4FJ7A 2D0AA 4CGGA 1HQEA 3K5LA 2QK9A 1HPZA 3VQCA 3L3UA 5J1EA 3VQ9A 1D8YA 1RBUA 1LWEA 2BANA 4HUFA 1HYZA 4E7LA 4OVLA 3TI0A 3LP3A 2YNHA 4AHCA 4CF8A 2BDPA 1KVCA 3U3GA 1K6YA 3TAFA 3WNHA 3SQ0A 4NCBA 4FJ9A 4CE9A 4CEEA 2VG5A 3TANA 4KV8A 1UA0A 4CGFA 4FLUA 2G8UA 1RT6A 2IAJA 3VQQA 2O4IA 4CF1A 3H08A 1NK6A 3O4NA 3NFAA 3MXJA 4FZXC 4KTWA 3WNGA 4PA1A 1KLNA 4B08A 3HYFA 4CJ5A 3HL8A 4PY5A 4NYFA 4O0JA 2FBVA 4RW6A 5J2QA 4FJMA 1Z26A 4KB0A 4FLVA 1VSMA 3ZT3A 3QEIA 1BISA 4GW6A 5E41A 3L2RA 3QLHA 4M42A 2HHUA 1I39A 3ITHA 4TSXA 2HHSA 3C94A 1HYSA 1BGXT 4AHSA 2NUBA 2Z1IA 3VQAA 4M3XA 4ZTFA 1KFSA 1JKHA 2QKBA 3LAMA 2ATQA 3L3VA 4GMJB 5CY4A 3DLBA 1RILA 3DLEA 3RMBA 1JLFA 1T03A 3MEGA 4KPYA 1VSFA 4R5PA 3V1QA 1BI4B 4FJGA 2HVHA 1SKSA 4YFUA 4KFBA 1JLQA 3AVKA 2ITGA 1TKXA 1UOCA 3NH2A 3K58A 3WNFA 2R7YA 4DFJA 1ZBHA 4FLWA 3TAQA 4K8XA 1J53A 3DOLA 4KO0A 4M45A 3V1RA 4E7HA 3KLFA 3V81A 4OPJA 4RW4A 1FKPA 1S1XA 3OYEA 4CFBA 2OA8A 2PYLA 3KK1A 2KFNA 1RCHA 2W42A 1C1BA 3AO3A 1NOYA 1RBRA 4KHUA 4J2DA 1NOZA 3AO5A 5J2MA 1L5UA 3RR7A 1NK4A 1C1AA 1IKYA 3SQ4A 1KVBA 4I7FA 1Y97A 1BL3A 3HP6A 1QHTA 5HRNA 4CEQA 4F3TA 3VQEA 1B92A 1W0HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DM7L 1BCOA 4F3OA 2HHVA 2XY8A 4CJPA 2OPQA 3LPUA 1S5JA 5M1QA 5EX5A 5HRSA 3O3FA 1Q82O 2E1ZA 5AQTA 5AZJA 4BGAA 5IT9O 4KAZA 4L3QA 5F2RA 1XC9A 1CXQA 4KHNA 2HBKA 5CZ2A 4BRDA 2D0PA 1C0FA 4E19A 2HBMA 1LAVA 3TARA 4KBOA 5HOOA 4C8LA 4PKGA 1BUPA 4M7XA 3SBGA 4ELUA 4RW7A 1YTAA 3L2UA 2O8EA 1TUYA 1OH8A 1LW0A 3B6PA 3O8MA 3TABA 1VSLA 1V4TA 4HCCA 3Q7BA 3AVNA 1KFDA 2E4LA 3IRXA 2IVPA 1GOCA 3V9WA 4FWMA 3KKRA 3FLCO 1LAWA 4H03B 3NVKA 1S1WA 3CFPA 4CEZA 1NJXA 4BRKA 4BRAA 3WQTA 3E9PA 2JGUA 1QZ6A 3LDSA 3QO9A 1KQSM 5C2DA 3RMDA 4FJXA 1BIUA 3G25A 4FWKA 4C8NA 4CF9A 4DV5K 4E7KA 2Z1HA 4FJJA 3NE6A 3BZKA 4LY7A 1XC3A 1UWBA 2UU9K 1U2VB 4A2BA 3O1BA 1W2BM 1B9DA 3UKRB 2AA4A 3O80A 3VTHA 1NGJA 4KREA 5I42A 1HNZK 3HOTA 2KZMA 4CJLA 3MX2A 4AHVA 2D0BA 2RN2A 1SZ2A 4WQ5A 4CHPA 3G0ZA 3SK3A 4ZHRA 3AV9A 3BP8A 1RGIA 4DSKA 2IIRA 4NYNA 1QSSA 3CHWA 4BC5A 2CH6A 3KIOA 4WQ5C 4Y1DA 5KGXA 1RDDA 4IFVA 4QS7A 1NMNA 1VSKA 1T8EA 4GV6A 1ESVA 3WEEA 1WAFA 3ZSVA 2GWKA 1YAGA 4LF5K 4J2EA 5AR0A 3M8RA 3OYIA 5C12A 2FSJA 3ZSRA 2HSTA 4HVJA 4FM2A 3VN5A 4CHOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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