3L3VA

Structure of hiv-1 integrase core domain in complex with sucrose
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase core domain in complex with sucrose reveals details of an allosteric inhibitory binding site
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l3vA00
4N56A 3NF9A 4DFPA 4CJWA 1MU2A 3AV9A 1L3SA 1RT2A 4CECA 1YTUA 1TGOA 2IOCA 4LD0A 4DTPA 4AHRA 2HVHA 4JS5A 1BQNA 3AO5A 3OYLA 4FK4A 3LP2A 2GUIA 3AVJA 1XHXA 3NCIA 3DLBA 4E3SA 4QOZB 3ZT0A 2KFNA 2DFFA 1K6YA 1QSSA 3KLIA 3NF8A 4CJLA 3HM9A 1WSEA 1RTHA 1WSJA 1XC9A 5I3UA 3BGRA 3QESA 2G8UA 4DFMA 4PUOA 4CHZA 4CHOA 3LWMA 3K57A 4FLZA 4FLYA 1L3VA 3OYJA 3EYZA 3NAEA 1NK7A 4FZXC 3MEEA 2DFEA 1JLQA 1QQCA 4CJ5A 2AJQA 1SKRA 4B9LA 1UA0A 4ELUA 1NOZA 4CFBA 2XY7A 3H08A 3EY1A 1FKOA 3AVBA 5HRNA 1HMVA 2XHBA 1VSFA 1XWLA 4H4OA 4CJ3A 2VG7A 1YVUA 4M3ZA 3HL8A 5T7BA 4CGHA 4FK2A 3ZT1A 3NHGA 4HCCA 3S3MA 1BL3A 3PV8A 3QETA 3PO5A 4O4GA 3SUNA 3VQBA 5C42A 4FLUA 2HHWA 1NJXA 2XO7A 3DMJA 3AVFA 1KCFA 1BQMA 4W5TA 3VQ4A 4DTSA 1IH7A 4LY7A 1L3UA 1C0UA 2YNHA 4O44A 2ZD1A 1UOCA 4FM0A 1SV5A 1LV5A 3HP9A 3OYIA 2PYLA 4FJ8A 2D0CA 4KB0A 1EXQA 4CGGA 3EZ5A 4HHTA 3VQ8A 3C95A 1RDAA 3QLHA 3DLHA 3G0ZA 2X78A 1S9GA 3SQ0A 4CGIA 1BISA 2HNDA 1CLQA 1EKEA 5C25A 2YNFA 1J54A 3OYFA 2VWJA 3VQCA 4MFBA 4W5RA 5CYMA 3SUPA 3NFAA 1ASUA 1NK8A 3U6FA 4PWDA 2HHVA 3VN5A 3ULDA 4B9MA 3RR8A 2OPPA 4NCBA 4AHUA 4DS5A 1U48A 2KQ2A 3P1GA 2QXFA 3SQ2A 1TL3A 2FBTA 4DLGA 4DU1A 1NJZA 2GBZA 3IG1A 3CM6A 3O3GA 3K2PA 2B6AA 4BDZA 4KKOA 2X6NA 3QIOA 4BE2A 3SV4A 2KFZA 3CQ8A 1LWFA 1X1PA 1ZBIA 1RBUA 1NK0A 4OJRA 4W5OA 4EP4A 2DFHA 2HB5A 1Z25A 3KD1E 1KFDA 1DTQA 3OJUA 1WAJA 3QO9A 4DS4A 4C8LA 5JS1A 1TAQA 2ITGA 1VSIA 3OYKA 3P5JA 4RW6A 1CXUA 1VRTA 1B92A 4HUEA 1D9FA 5DMRA 1JLEA 5HLFA 2DTUA 1RT4A 5SZTA 1J9AA 1WN7A 5FRMA 4KV8A 3OYHA 1RBSA 4CCHA 1T03A 2HNZA 1DLOA 1TKZA 2Y1IA 4YNQA 3M8PA 2P5GA 2G8KA 2KTQA 3NGZA 4CJ4A 3D0PA 5C24A 1F21A 2KW4A 1RCHA 4FYDA 1JLBA 4Z4EA 1U4BA 2OPSA 3VQDA 4CJUA 4CF9A 3L2VA 5KI6A 2XRIA 2JGUA 1X9MA 1IG9A 2BGGA 3HO1A 4JS4A 3SPYA 2I5JA 4HTUA 1ASWA 1JLCA 4CFAA 3S9HA 1LAVA 1NJWA 1EX4A 5SWMA 5K14A 3SUQA 4CEAA 3OS2A 3HSTB 2FBXA 4FK0A 3OYGA 2P1JA 3SPZA 3O4NA 4N76A 4RW9A 3KK1A 3AVLA 1G15A 3DM2A 1VSEA 4GW6A 4FJMA 4M42A 2HW3A 1XHZA 3DLGA 4Y1DA 3K59A 3LZJA 3ZSVA 1RT1A 2D0BA 3QNNA 1JXEA 4E7KA 1KSPA 1RDBA 3IRXA 4CF2A 3BDPA 2OA8A 2BDPA 3F9KA 3G10A 1QHTA 3ISNC 5HBMA 4DTJA 1SKSA 4TSXA 3VA3A 2W42A 3NH1A 1BI4A 1RBVA 1L5UA 1TKDA 1D8YA 4F2RA 3DLKA 3ZT4A 3SV3A 2PYJA 1KVCA 3LAMA 4DWIA 1S1UA 3SQ4A 1RT6A 2NUBA 3B6PA 5J1EA 4NYNA 3I8DA 1S1VA 4HUGA 3RMCA 1NKEA 3AVIA 4DQRA 4CJPA 1GOBA 1EP4A 1RDDA 5DK5A 4E7IA 4OLAA 5J2QA 4C8NA 3TANA 3OJSA 2PZSA 2P5OA 3TAEA 1KRPA 1HYVA 3ZSOA 1S5JA 4RG8A 4CJSA 4DTMA 1QTMA 4F4KA 4LSLA 3AVAA 3VQEA 1CZ9A 2LSNA 4Z4CA 1SL2A 4QCLA 4FVMA 1ZBFA 3L2UA 4JLHA 1GOCA 2FBVA 3B6OA 3VQAA 4FCYA 3HP6A 2E6LA 4B8CA 1B9DA 3DOKA 3MEGA 3AO4A 3RRGA 1A5XA 3TABA 1WSIA 5FDLA 3V1QA 1RILA 3QEIA 3TAQA 1UA1A 2ATQA 3LAKA 4FJGA 4G1QA 4OGCA 4Q5VA 3T1AA 3VQPA 2B5JA 2B4JA 2IS3A 3L3UA 3AVNA 3ZT3A 1N5YA 2Z1JA 4O0JA 3THVA 3QEWA 1VSJA 4K8XA 1C6VA 3DLEA 3DRSA 2WOMA 2YHAA 2Z1IA 3LP0A 3IAYA 4CGJA 1U47A 4E7JA 1KLNA 3QIPA 5FROA 4OLBA 4FXDA 4B9TA 1ZBLA 1T8EA 3C94A 1Q9XA 5CZ2A 5KGXA 3RMAA 1S1TA 1JLFA 4AHSA 1LW0A 4OKJA 2ZQBA 4CEFA 1SUQA 4CESA 3M8RA 1SKWA 3AVKA 3QERA 1BCMA 2E6MA 3SI6A 4LH5A 3V81A 4Z4GA 2EHGA 4B9NA 3OYCA 3MXJA 4PY5A 2BE2A 1T7PA 4FJIA 3ZT2A 4LSNA 1X9WA 1IKYA 2RKIA 4BACA 2FBYA 1ZYQA 2F96A 1REVA 1LW2A 1W9HA 3TAPA 5J2MA 2A1RA 2BANA 1KFSA 4ELTA 4M3UA 4O5BA 3ZSQA 1RDCA 5HRPA 4UQGA 3HVRA 3TR8A 4CIFA 3RRHA 1JL2A 2FC0A 4M45A 3QNOA 4KFBA 5E41A 2ZE2A 3TAFA 2HHTA 1HNIA 4OPJA 3L8BA 4DSLA 1CXQA 4FJKA 2E4LA 1I39A 4HUFA 1HQEA 4KTWA 4I2QA 2EX3A 3SYZA 5HROA 1D9DA 2OZMA 3NBPA 4DSEA 2RPIA 4ID5A 1I3AA 2D0AA 4FM1A 3LZIA 3AVHA 5CYQA 3K5NA 3VA0A 1NJYA 1X9SA 4B3OA 3OY9A 2YV0X 1RTJA 4NCGA 4HCBA 4OPKA 3V9ZA 2YKNA 5HP1A 1JLGA 4KHYA 3AA5X 4F3TA 1VSHA 2Q3SA 1TKTA 3S3OA 1C0TA 4H8KA 3V6DA 4KTQA 3V9UA 2X6SA 3KJVA 3NH0A 4Y1CA 3KIOA 3ZSZA 3VQ6A 3CYMA 3UIQA 4DU3A 3KTQA 3K5LA 1ITGA 3KLFA 2XY8A 4BE0A 4I7FA 4ZHRA 1WNSA 4CIGA 4ZTJA 4FJNA 3V9XA 1BGXT 4DTOA 4O0IA 3QEVA 4JRPA 2PY5A 4KAZA 1TK5A 3V1RA 2ETJA 3L2RA 4KI4A 1C1CA 3DRPA 3I0RA 4KTZA 4C8OA 3OYMA 1TVRA 1NK4A 3E01A 5JS2A 3LWLA 3OYBA 1RTIA 1L3TA 3HVTA 1A5VA 4KO0A 3S3NA 4DFJA 1QE1A 3AA2A 4FJHA 3MXMA 3C6UA 4E7LA 1LWEA 1IO2A 3KK2A 3LPUA 4JRQA 1VSKA 1HRHA 2F8TA 3HPOA 3VQQA 1S6PA 5KTQA 4RW8A 3OYDA 4M3WA 3D45A 1SL0A 2KZMA 2YNIA 3SJJA 5CZ1A 4CF8A 4W5NA 4I9QA 1HJRA 3KK3A 2G8FA 4E0DA 4CHQA 1HYSA 1XI1A 4CJKA 1HYZA 2OYQA 4IFYA 1IKWA 2VG5A 3DI6A 2GV9A 3KKRA 3M8QA 4OKKA 3U3GA 1TKXA 3OYEA 4DTXA 4FJ9A 4M3TA 2IGIA 3L2WA 1C1BA 4K8ZA 3DYAA 4GVMA 4DSFA 1HQUA 4PQUA 1A5WA 3QEPA 1TL1A 4R5PA 1RNHA 3WNFA 4E1NA 1FXXA 4AH9A 3KLHA 3CFPA 1HPZA 1TV6A 4CK3A 4FJ5A 4FLXA 4KHWA 2HHXA 4DTNA 3AVCA 2XY5A 4J2BA 2IAJA 2O4GA 3K5OA 4IG0A 5HRRA 1JLAA 2OPRA 4CK1A 1W0HA 3MEDA 1QSLA 3A2FA 4AHVA 3ASMA 1NK5A 3OS1A 3LALA 1VSLA 4N41A 4B9SA 1R0AA 2F8SA 3SUOA 4FZYA 4B9VA 3LANA 4I2PA 3NH2A 3M8SA 5D3GA 3OYNA 4I9LA 3L2QA 1WAFA 3JYTA 4LH4A 1J53A 1RBRA 1IKXA 4H4MA 4M3YA 4FZZA 2QK9A 4OKEA 4MQ3A 4DSJA 4OGEA 1RT7A 5J2PA 1BHLA 3AVMA 4W5QA 1RBTA 4N5SA 3HK2A 2D5RA 3AVGA 4IFVA 3F73A 4CEEA 4QAGA 3AA3A 4CF1A 1KLMA 3LP3A 1TK8A 2HHQA 2P51A 1VSDA 1BCOA 4KB1A 4CJEA 3NDKA 1S6QA 3VQ7A 4BDYA 4DTRA 2A1SA 3K5MA 4AILC 4DFKA 1NKBA 1LAWA 4HVJA 3PO4A 1S1WA 4FJJA 3PY8A 1IKVA 4B9UA 3CFOA 3HXMA 4F2SA 1BI4B 4C8KA 3V9WA 1TAUA 3HYFA 4Z4IA 4AHTA 4Z0UA 4CEQA 4CJQA 3TAGA 3IS9A 4Z4FA 1VSMA 2HNYA 5KGWA 3CM5A 2VWKA 3DRRA 4KHNA 3HPHA 1KVAA 4NYFA 3CG7A 2WONA 1T05A 2VG6A 3KKSA 3V1OA 4DQPA 3PX4A 1EETA 3RTVA 1UAXA 5J2NA 3HJFA 4KHUA 1YTAA 4DF4A 1TK0A 4CERA 3MECA 3OVNA 4N47A 3SQ1A 2G8IA 4KHSA 2OPQA 1WSHA 4C8MA 4FJLA 4Q0BA 3WNHA 5I42A 3L3VA 4FW1A 4OVLA 3TWHA 4BE1A 3WNEA 4ID1A 4CFDA 3LPTA 2JLEA 1VRUA 2X74A 3LP1A 3ZSRA 1KTQA 3VQ9A 3OYAA 3CFRA 1QSYA 3NF6A 4J2DA 1NK6A 1U04A 3NGIA 4F3OA 1UWBA 1Y97A 2G8VA 3AO3A 2QKKA 2XY6A 3U3YA 4M3XA 3K58A 4RW4A 3T19A 1WLJA 3O3FA 4DQQA 4PA1A 1SL1A 4O55A 1C0MA 4DMNA 1ZBHA 3ZCMA 2Y1JA 3TAMA 4L8RB 4ICLA 2R7YA 3SCXA 1RTDA 1VK0A 4CJVA 3AO1A 1GOAA 3JSMA 3VQ5A 4DQIA 4GMJB 1ASVA 5KRTA 1HNVA 4E89A 4ZTFA 1B9FA 1S1XA 1N6QA 4J2EA 4CEBA 2Z1HA 3V9SA 4FLTA 3MXIA 3PX6A 1J5OA 3AO2A 3ZSYA 1WSFA 4CHNA 3V4IA 4CE9A 1D5AA 3NE6A 2Z1GA 3RR7A 1WSGA 1LWCA 4KPYA 4KRFA 4AHCA 2HHUA 1C1AA 4DG1A 5HRSA 3HPGA 4B08A 3O3HA 4E7HA 3ALYA 2HVIA 4IG3A 4E1MA 2YKMA 4DSIA 3FFIA 1BIZA 4M3RA 4CEDA 3P83D 3QINA 3PX0A 4DQSA 4FW2A 3WNGA 1DTTA 4DTUA 4DF8A 4CIEA 1NOYA 4BDPA 4ELVA 4CGDA 4CJTA 4F8RA 3RMDA 4CK2A 4FM2A 4KI6A 4B8AB 1FKPA 2IC3A 4WE1A 3ZSWA 4FLWA 2IDOA 3NGYA 3RMBA 3SNNA 3TI0A 2G8HA 1RT5A 4CF0A 4FJ7A 4KREA 3O4QA 2O4IA 3SZ2A 4DSKA 1FK9A 1QS4A 1KVBA 3DOLA 3I0SA 3PUFA 4XIUA 4EZ9A 4NCAA 4E19A 3TARA 5KRSA 3AA4A 4EZ6A 2YNGA 4CJRA 1Q9YA 2HMIA 1CZBA 4BWJA 3KD5E 1NK9A 3MAQA 4DLEA 1O1WA 1Z26A 4M41A 4RW7A 1ZBUA 3HT3A 3KLEA 1JKHA 1JXBA 2G8WA 1Q8IA 4CEZA 1JL1A 3QEXA 4IDKA 3KLGA 4BWMA 4CJFA 3LDSA 2KZZA 4CGFA 4CHYA 4DU4A 2YHBA 3DLRA 4J2AA 3NF7A 5EU7A 2RF2A 3RWUA 2HHSA 3T3FA 1BIUA 1YT3A 1U49A 4FJXA 5CY4A 3C6TA 4EP5A 4FLVA 2QKBA 4Z4HA 4YFUA 1S9EA 3OS0A 4IBNA 1U45A 5FRNA 4CEOA 4IKFA 4CFCA 4KHQA 2OZSA 2DY4A 2RN2A 1RT3A 3ITHA 1NKCA 3ZSXA 4CHPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HWIA 1U2VB 2QXLA 3NF9A 4A2BA 4CJWA 1YTUA 2IOCA 1W7AA 3I55N 4DTPA 2HVHA 3AO5A 2BTFA 1NJIO 3DLBA 3ZT0A 2DFFA 1VQKN 1QSSA 3KWIA 1VQ8N 1WSEA 2A40A 2QWLA 2UUBK 3BGRA 3K57A 3LWMA 1L3VA 3OYJA 1E3MA 1JLQA 4JEPA 2AJQA 1UA0A 4CZEA 3EY1A 3AVBA 4FWPA 5HRNA 3CPEA 2XHBA 1XWLA 4YHHK 1HR0K 3NMUA 3ZEUB 4BGAA 4FK2A 4HCCA 2WTUA 2QEXN 1NJXA 3AVFA 1KCFA 1BQMA 2F4VK 3VQ4A 2I7NA 4IDHA 2YNHA 4O44A 2Q36A 3HP9A 4PKHA 3OYIA 4CGGA 4HHTA 3VQ8A 2P9UB 3SBTA 3G0ZA 1BDGA 1C0FA 1BISA 3SMSA 4CGIA 1CLQA 1J54A 5CYMA 3NFAA 2OCEA 4PWDA 3ULDA 4B9MA 3RR8A 2OPPA 4AHUA 1U48A 2KQ2A 3FGUA 4DU1A 1NJZA 1DT9A 5C10A 1N8RO 3E66A 4BDZA 3QIOA 2KFZA 1LWFA 1X1PA 3E9LA 2YJEA 3WT0A 2HB5A 3KZBA 1KFDA 1DTQA 4DS4A 1VSIA 3R3LA 4HUEA 1D9FA 4KH4A 3T1YK 1VQLN 3CD6N 5SZTA 1J9AA 1RBSA 1T03A 4UY8O 2HNZA 1MA9B 4YNQA 2P5GA 5C24A 1F21A 5ADXA 1RCHA 4C1NI 4Z4EA 4CF9A 4H5NA 1X9MA 5AFUA 4Z94A 4BRFA 2W6LA 4IOXA 5F1XA 2UUAK 2AA4A 4H0YB 1DKGD 1EX4A 1NU0A 5K14A 1BOTO 4BRKA 2FXUA 4B3TK 1I94K 5BN8A 3O4NA 3TSQA 1G15A 3DM2A 4FJMA 4M42A 2HW3A 3QNNA 1JXEA 1YVNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2YCH A;  1ZBH A;  2E1Z A;  3CQY A;  4EHU A;  1RTD A;  4U67 L;  1HNV A;  4ZTF A;  1B9F A;  4CEB A;  3CC4 N;  3MXI A;  1WOQ A;  3G25 A;  3PX6 A;  1QVG M;  1J5O A;  3V4I A;  4CHN A;  1D5A A;  2O8D A;  3LL3 A;  4DKW A;  4KRF A;  4JYA K;  3HPG A;  3QBW A;  1ZC6 A;  3ALY A;  3R6M A;  2YKM A;  3FFI A;  4M3R A;  3QIN A;  1WUA A;  2KLA A;  4DQS A;  4DTU A;  3PX0 A;  2HBL A;  4CIE A;  4BDP A;  4BRO A;  4FM2 A;  3M5R A;  3NVK A;  5C2D A;  3ZSW A;  1VQ4 N;  1RT5 A;  4O8U A;  4CD1 A;  2F9T A;  3VEX A;  1J5E K;  4DSK A;  3I0S A;  4XIU A;  1IBK K;  5I9E B;  3HTV A;  4X66 K;  5CR4 A;  4EZ6 A;  2YNG A;  1NLV A;  2QWP A;  1Q9Y A;  4IWV A;  1ZBU A;  5EX5 A;  2ASO A;  4GY2 B;  2UUC K;  4LF4 K;  1NGF A;  2YHB A;  3DXK A;  4OX9 K;  1QQO A;  1BIU A;  2IVO A;  4FJX A;  5CY4 A;  4EP5 A;  2QW9 A;  2QKB A;  2QWO A;  4IBN A;  2WFB A;  2DY4 A;  2RN2 A;  4AM7 A;  1NKC A;  4CHP A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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