3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
molecule keywords Gluconate kinase
molecule tags Transferase
source organism Lactobacillus acidophilus
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
4BRCA 3GDQA 3I33A 3QFPA 2YI1A 1QZ6A 1ATRA 2IVOA 3M3ZA 1T6CA 2A41A 3VEZA 1BU6O 3H1QA 4AM6A 5AFUA 5JLFA 1NMDA 5AQZA 1YAGA 2W41A 2W40A 3H46O 3MN6A 4CZKA 3O8MA 3UKRB 3U9DA 1MWMA 5AQHA 4MLEA 5AQJA 1E4FT 2I7PA 2CGLA 3L4IA 2D0PA 3B8AX 5B8HA 3ZX0A 1GLEG 3CJ7A 4JAXA 4BG9A 1JCEA 5F0XA 1NM1A 3VGKA 3IDHA 2Q36A 3VEYA 3UKRA 2QWNA 4BR5A 3QFUA 4WQ4C 4H0XB 1TYQB 1Y64A 2CGKA 5AQWA 1WUAA 3D2FB 4H0VB 4DCHA 4EFHA 4Y0WA 1KAXA 5BRHA 1KAZA 1U2VA 3ZETB 1EQYA 2ASOA 2QWMA 1XQSC 4B1ZA 3CQYA 4RTFD 4CD1A 5FPDA 2GEMA 1BUPA 4FWOA 4BRAA 1BOTO 3O6WA 3RSEB 3LDLA 1IG8A 4BQLA 4CJ7A 1SAZA 3VEWA 3S41A 3H1VX 5BN8A 2FLOA 4PKGA 1TUUA 4WQ5A 3D2EB 4JD2B 3WXJA 5JLHA 3O4WA 5KQDA 3H6EA 2P9IA 3U4LA 4O8KA 5AQKA 1DGKN 4FSVA 2HOEA 3ATUA 1NGCA 4XH5A 5ADXA 2CH6A 2GTDA 1HKBA 3D2EA 5AQFA 5FPNA 3WT0A 3ZX3A 3P4IA 2OANA 3CHWA 4BQZA 2VCPA 2NRHA 3GBTA 4NO7A 3FZKA 3SK3A 4FO0A 2ZGYA 3SMPA 1MA9B 3TU5A 3CJBA 4FWMA 2NLXA 1HX1A 2IVNA 3WXLA 3JXUA 5AQOA 4JNEA 3VF4A 2E88A 1DKGD 3M6GA 4BR0A 4BRKA 4QS9A 3ZX2A 4BR7A 1BA0A 5AQLA 3HI0A 3KVGA 3DXMB 5AFUH 3ULEB 3VEVA 1NWKA 4DQ8A 5BPLA 2A42A 4BRMA 4PL7A 4QS8A 1E4GT 3TPQA 1ESVA 3FZHA 4BC5A 3C7NA 4A62A 3UKUB 3QMLA 4WQ4A 3IMXA 5AQPA 3HBTA 3VETA 1YVNA 3D7EO 5FPEA 3DXMA 5BR9A 5BPMA 3KHYA 4K43A 1NGEA 3LL3A 3SJHA 5KPZA 4B9QA 4BR9A 2E2NA 3BF1A 4B1WB 2VYPA 4B1VA 2D0OA 1C0FA 3VF6A 2BUPA 3WEEB 3MK6A 3ENHA 5BRDA 2A40A 2P9KB 3A5LC 2Q2RA 2YJEA 4EIAA 3BEXA 2QWRA 4BRDA 2Q0UA 5AQVA 1GLBG 1V4TA 2E1YA 4GNIA 1S22A 4RCHA 4FWNA 3FGUA 3A8YA 4BRPA 4FWKA 4CD3A 1BG3A 2H3GX 3L6QA 4BG8A 4E1JA 4XH4A 1Z6RA 3LDNA 4DB3A 4BVPA 3BF3A 3FZFA 3QBWA 2V52B 2V7ZA 2FF6A 3O08A 1GLJO 4PKIA 5CE3A 1HUXA 4WYBA 4ISGA 4IXCA 2ASMA 3WXKA 2ZWHA 4H5RA 4H5NA 4FWSA 3VERA 5AQXA 4RWTA 3ATVA 5BPNA 2J4RA 1XC3A 4O5FA 1MWKA 4H0OA 4IJAA 4GY2B 3R9PA 2GUPA 3EN9A 4B1UB 1NGFA 1BDGA 3WQUA 3FZMA 3O1BA 3DJCA 1LCUA 5AZIB 3CQXA 1TYQA 5BREA 4CBXA 3D2FA 1T44A 2F9TA 3WQTA 3ZEUB 3DXKB 3ZETA 3VPZA 1V4SA 1NBWA 2QWOA 4PKHA 4L3QA 5AQYA 1BO5O 2BTFA 1HKCA 2FXUA 4A61A 4NB4A 5KPRA 3RSEA 4I6MB 5AZJB 1GLAG 3CIPA 4MLHA 5BN9A 1K8KB 2CGJA 1YXQA 3FFKB 4CBWA 1NGAA 2Q97A 3H45C 4CBUA 4JD2A 1RDWX 1TUYA 3A5OC 4B1YB 4EHUA 3C0BA 3VF2A 1ATNA 5AQGA 4BRIA 4FOEA 5E84A 5E26A 1NLVA 3ID8A 1KAYA 1X3MA 2P9PB 3MN9A 1WOQA 1GLCG 3J8AA 2FF3B 5AQNA 4FWLA 2D1KA 2IIRA 3GG4A 4CZEA 5EOYA 3GL1A 4M7XA 3HZ6A 3MN5A 1ATSA 3AARA 3EKSA 4H03B 4AM7A 4CZHA 4CZLA 2YHYA 3VENA 4DHYA 2UYTA 1QQMA 1JCFA 1LOTB 1GLDG 1XUPO 2FSJA 3R8EA 3LDOA 3BUZB 5LJVA 2ZGZA 3ENOA 3WUHA 2Q0RA 5AQMA 1D4XA 4H0YB 3MN7A 3M1FA 4A2BA 2IVPA 1R59O 1HLUA 1J6ZA 2QWLA 3FE1A 4FWRA 4CZFA 1SZ2A 4QS7A 3SMSA 2E20A 3ULEA 2YHXA 3CETA 3EO3A 3VEOA 4BRQA 2AP1A 3HSCA 3UKUA 3CI5A 4CZJA 2YJFA 3IFRA 1T6DA 5KQ8A 3MDQA 3LDQA 3O5BA 2QM1A 2ZF5O 2HF3A 4CZMA 3LM2A 1H1VA 2E2QA 2NZTA 1MDUB 4H5WA 3VGLA 4K41A 5AQIA 3OHRA 4JN4A 3WEEA 5AQUA 5EY4A 3U9ZA 2P9NB 1JCGA 4BRHA 2P9SB 3QICA 3A5MC 3LDPA 2P9KA 3DAWA 4FWQA 1QZ5A 2YCHA 1QHAA 2ITMA 1YUWA 4C23A 3EL2A 2FSNA 5TKYA 2E2OA 3VEXA 4BRLA 4PL8A 1IJJA 1ZXOA 3QBXA 2AA4A 1BWFO 2YHWA 1HPMA 4K42A 2P9NA 1GLLO 1QQOA 2P9SA 4FL9A 5AQQA 2GWKA 3MCPA 1X3NA 2D4WA 5ADXH 4H5VA 5LY3A 3VOVA 5BRFA 4ISFA 5F2RA 4BC2A 3L0QA 3WXIA 2GELA 4BRNA 2I7NA 3UE5A 4BREA 5AQRA 3H3NO 5JMVA 4F9OA 1U2VB 3FZLA 3GOIA 4IO8A 2A6AA 1SQKA 4JHDB 5EXWA 4BC3A 4FOIA 3O80A 4MO4A 4J8FA 3VGMA 3BP8A 5AQSA 1QQNA 1CZAN 1G99A 2E2PA 3LM9A 4H0PA 5AZIA 3O1WA 2KHOA 4EAHD 2F9WA 3U8XA 1RFQA 4YDUC 2PBDA 4M7YA 4EHTA 3W3DA 4JHDA 3ZEUA 4BRFA 3DXKA 4BGAA 4FWPA 3SLCA 1NGHA 3GE1A 4IZ9A 3W0LA 4B1XB 3UB5A 2E8AA 3R6MA 1NGJA 2P9IB 2V7YA 4HWIA 3G25A 1DEJA 1HKGA 5KPTA 4XEIA 4FPBA 4I6MA 5EX5A 3QB0A 5AZJA 3A0IX 1OKJA 4HTLA 4CZGA 3FR0A 1KXPA 1K8KA 4BGBA 4BVOA 3DWLA 3JS6A 3CJ9A 4BR4A 3CJCA 4BC4A 5I9EB 3EZWA 1RGIA 5ELZA 3H3OB 2GWJA 3AAQA 3CERA 4M63C 1NGIA 2VWBA 2WUSA 2Q1NA 3A5NC 2P9PA 3QDKA 4H5TA 1NGGA 1S3XA 2P9UB 3CJ1A 4K25A 3AAPA 4ISEA 4CI6A 4CZIA 2HMPA 3FLCO 4H0TB 2EWSA 1Z05A 2FSKA 3MMVA 2P9LB 4XH1A 2HF4A 5FPMA 4BR2A 3KZBA 2PAVA 1U6ZA 2P9UA 5AQTA 5AR0A 2V51B 3C7NB 2QXLA 5EVZA 2ASPA 3I8BA 2Q31A 3HTVA 2P9LA 2DPNA 3F9MA 4BROA 1GLFO 4IWVA 4BRGA 1ZBSA 2A3ZA 1BA1A 5F1XA 2E1ZA 4WQ5C 5LJWA 3CJAA 2QWPA 2CH5A 1X9JA 3EKUA 5JICA 4MO5A 1HJOA 1P8ZA 1NGBA 4YDUA 4A2AA 1C0GA 1ZC6A 4LC9B 3VESA 1NGDA 1Q18A 3HM8A 2A5XA 4Z94A 4FPAA 4KBOA 2QWQA 3IUCA 3AY9A 4IJNA 2QW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRCA 3GDQA 1F21A 3O3FA 3OYCA 1J53A 3OYHA 1IV0A 4DF4A 2A41A 3VEZA 1BU6O 3H1QA 5JLFA 3KK3A 1NMDA 4GV6A 3MN6A 3O8MA 3UKRB 3U9DA 3AV9A 4FK2A 2W6LA 4CEEA 1UAXA 3LWLA 1GLEG 4JAXA 4BG9A 4IO9L 4W5OA 1HYVA 2Q36A 3QEIA 3UKRA 1XC9A 4BR5A 3PIOL 3SV4A 4ILGB 4H0VB 4EFHA 2O8BA 4DR4K 1LWEA 1U2VA 3ZETB 2PYLA 1EQYA 2ASOA 4M3UA 2HB5A 4RTFD 1X9MA 4CD1A 5FPDA 2GEMA 1BUPA 5J1EA 2A1SA 1EETA 1IG8A 3LP0A 4LFCK 2P1JA 3VEWA 1RDCA 3OY9A 3M8SA 1TUUA 3AVJA 4LD0A 3THWB 5JLHA 3O4WA 3H6EA 1BCMA 1VSHA 4E7KA 1J5EK 3CCJN 1W0HA 1NGCA 4CEQA 5ADXA 3J81O 4BDZA 3D45A 2GTDA 3WT0A 5AQFA 1JLEA 3JYTA 1RT1A 1FK9A 4X64K 3TSUA 5C0YA 4BQZA 4CEAA 2NRHA 1O13A 3GBTA 4CJVA 2BE2A 5JS1A 1JL1A 2ZGYA 1IKXA 4EP4A 1MA9B 1XHXA 3KTQA 2UXDK 3TU5A 3CJBA 4FLZA 1J9AA 2IVNA 3EY1A 3WXLA 5AQOA 3TAEA 3ZT0A 4JKBA 4FJHA 1DKGD 4OGEA 3M6GA 4FM2A 2G8KA 2VWJA 4E3SA 4DR5K 4NYFA 3NFAA 2UU9K 3OYKA 2D0AA 3RRHA 1E4GT 3TPQA 1R0AA 1CZBA 4DV2K 4A62A 5CHIA 4KREA 4WQ4A 1I94K 4B9NA 3HBTA 3NMUA 5FROA 3AO2A 4K8ZA 3OYJA 3MWPA 3VQ7A 4YFUA 1L3TA 4B9QA 1SS6A 4JI7K 4DTRA 2KZZA 3HM9A 2D0OA 3PLAA 1WSJA 3WEEB 3DLKA 3MK6A 3K57A 3ENHA 5BRDA 2KFNA 4GVMA 3VQ8A 2P9KB 3A5LC 4FW2A 5JS2A 2Q2RA 1C1BA 2NRVA 1VQ9N 2OYQA 1EXQA 3DOLA 4BRDA 4PUOA 3J7AP 2PFUA 4RCHA 4CERA 3FGUA 4NCBA 3HP6A 4MDAA 4BG8A 4E1JA 4XH4A 3LDNA 4BVPA 3BF3A 3FZFA 1X1PA 4EZ9A 3O08A 4CHNA 2OPQA 3C6UA 4DTMA 1NJZA 2ASMA 3WNEA 4H5NA 3MAQA 2JWLA 3NDKA 4LFAK 2Y1IA 4H0OA 3R9PA 2GUPA 3V4IA 1IKVA 1NGFA 3WQUA 3FZMA 4FVUA 4PQUA 4MQ3A 3S3NA 1YJWN 1NU0A 2HVHA 1IKYA 3CQXA 4NLCA 3E9PA 4CGHA 4OPKA 5SWMA 4H4MA 2F9TA 3J7ZO 3VPZA 3OJUA 1V4SA 4B9UA 2QWOA 1S9GA 5AQYA 3THVA 5JVHL 1VSFA 4A61A 4NB4A 5KPRA 1HNVA 4HHTA 1GLAG 4XIUA 3TAGA 4YOWA 3H45C 3V9UA 5D3GA 3M8RA 3A5OC 1RILA 4B1YB 4NCAA 3C0BA 3OYGA 2D0BA 4YHHK 1P90A 1JXEA 5AQGA 4BRIA 1U45A 3THYB 4DWIA 5E84A 3RRGA 3Q7CA 4KH4A 3F2KA 3ID8A 3V9WA 1XMOK 1X3MA 3SAFA 3NF9A 1T7PA 2XY7A 3HVTA 3J8AA 1U47A 4FWLA 1NK5A 4CZEA 4M7XA 3J80O 3TR8A 3K2PA 1ATSA 4AM7A 3EKSA 4A57A 3QETA 3THYA 4CZLA 4B9TA 1WB9A 1TKXA 5C2DA 1QSLA 1JJ2M 3ZT2A 4JKGB 2VQEK 1KTQA 3JSMA 5J2QA 3C95A 2ZGZA 2Q0RA 3HYFA 3V1RA 4BDPA 3LANA 3MN7A 3M1FA 2IVPA 3Q7BA 1IH7A 3FE1A 2RF2A 4QS7A 3SBTA 1LAWA 4O44A 1EWQA 3KK1A 1BIZA 3CETA 2O8EB 1LV5A 3KJVA 3ULDA 3HSCA 5GAHP 4CZJA 4IFYA 3U3GA 4DSKA 2ZD1A 4FZYA 4ILHA 4DTXA 2WFBA 1YT3A 1YJ9N 3ZLJA 1KVCA 2E2QA 2NZTA 4AHTA 3VQQA 2NRTA 1NJWA 1ILYA 2HHXA 4JN4A 5EY4A 3BDPA 5KTQA 3I8DA 1JCGA 3ZSRA 3MXMA 3C6AA 4AHSA 2O8CB 1YUWA 1JLQA 3EL2A 5TKYA 4BRLA 1BGXT 4FVMA 3QBXA 2AA4A 2KQ2A 2YHWA 4K42A 1GLLO 4LF9K 3MCPA 1IG9A 2D4WA 1RNHA 4H5VA 5LY3A 3VOVA 4Z4IA 4WFNL 5H1SQ 4JI0K 4BC2A 2F8SA 4FLUA 3A2FA 3CG7A 2BGGA 3UE5A 1JLFA 4CJ4A 1RT3A 4B8AB 4CIFA 4B3SK 4C8OA 3IRXA 3ZSXA 4Z4GA 2X6SA 4W5RA 3PY8A 4YORA 4WF9L 4FOIA 4MO4A 3SI6A 3KLEA 1VK0A 4IDKA 4FZZA 1G99A 3O1WA 2KHOA 3RR7A 3L8BA 3NH2A 4YDUC 1EX4A 2PBDA 4M7YA 4MDBA 5M1FA 1EO1A 3K5LA 2RHKA 4BGAA 4J2BA 3AA5X 1GOCA 3VQCA 3S3OA 4BE1A 1BI4A 1KC8O 3R6MA 1NGJA 2V7YA 1VSEA 3AO3A 1DEJA 1HKGA 2VGMA 2YX6A 5KPTA 4XEIA 4FPBA 1NK9A 5EX5A 4FLXA 4KI4A 3QB0A 4AHVA 2HHTA 4HTLA 1OKJA 1RBUA 3AVIA 4IOXA 2OPRA 1ITGA 3FR0A 5TKWA 4BVOA 4E1MA 3JS6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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