3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
molecule keywords Gluconate kinase
molecule tags Transferase
source organism Lactobacillus acidophilus
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
3GL1A 5AZJB 4PKHA 3D2FB 1WUAA 4BQLA 2AA4A 3QFPA 4H5RA 4QS9A 3SMSA 4NB4A 4MO4A 3VF4A 4B1YB 4H5NA 3A5NC 2YJEA 2H3GX 3EN9A 1ESVA 3HI0A 3R6MA 3DXKA 1OKJA 4BVPA 4BRNA 2P9IA 4H5WA 3JS6A 1S3XA 1NGCA 2P9PB 3IFRA 2VWBA 1U2VA 3FR0A 4BR5A 2A5XA 3FE1A 2GEMA 3QBXA 3SK3A 4B1WB 3ZETA 2YI1A 2A40A 2YJFA 4BC4A 3H3OB 3ZX2A 5AQHA 4WQ5C 2V52B 2QW9A 2IVNA 3I8BA 1NLVA 5FPEA 2E20A 3A0IX 3D2EA 3H1VX 5BRDA 3M1FA 1HUXA 1NGFA 3C0BA 3HBTA 5F2RA 2GWKA 3L6QA 2P9UA 3H3NO 1TYQB 3LDQA 4FWRA 4O8KA 3VGKA 1NGDA 4JNEA 3WXJA 3VEWA 3R8EA 3SLCA 4PL8A 2FSKA 3O1BA 4FWOA 5AQPA 3LM2A 3DWLA 4FWNA 4H0PA 3VGMA 2Q1NA 1GLDG 1X3NA 1GLJO 3FZKA 1YXQA 3CHWA 1NM1A 3CIPA 3LDNA 5BN8A 3O6WA 2VYPA 1BUPA 4A2AA 5F1XA 4FWMA 4WQ4C 2ZGYA 3HSCA 1ZC6A 1G99A 1GLLO 3A5LC 3EL2A 1MWMA 2IVOA 3ATVA 4H0VB 2Q97A 3WQUA 1GLCG 5EOYA 1U6ZA 1BU6O 4B9QA 4FL9A 4MO5A 3EO3A 3O80A 4LC9B 1LOTB 1ATNA 3VEOA 1NMDA 2YHXA 2FF3B 4F9OA 2E2OA 3SMPA 5AZJA 3QFUA 4IZ9A 1YAGA 4XH1A 3D2FA 3VEYA 5AFUA 3WXIA 1EQYA 2QWRA 4GY2B 1SAZA 4CZFA 1P8ZA 3ULEB 3O4WA 2E2NA 3FGUA 4A61A 2A3ZA 5F0XA 5BN9A 3LDOA 4XH4A 1HPMA 1HLUA 5BREA 4BRMA 2E1YA 3I33A 3TU5A 3EKSA 1NWKA 3C7NA 3M6GA 4L3QA 2ZGZA 3VENA 3DXMB 2PBDA 5KQDA 1T6DA 2CH5A 5AQLA 3S41A 2FSJA 3UE5A 4FPAA 2GELA 1MDUB 4CBUA 2CGJA 3CJBA 1HKCA 4DQ8A 4HWIA 3RSEB 1IJJA 2E88A 3CI5A 4HTLA 3D7EO 5JMVA 4QS7A 2Q36A 4CZEA 3ZEUB 1R59O 3CJ9A 4IJAA 1GLBG 1WOQA 4BRDA 3BF3A 3CJAA 2YHWA 2HF3A 5AQVA 4BRGA 1BO5O 1YVNA 4H0XB 3ZX0A 4BG9A 1SQKA 5JICA 3M3ZA 3H1QA 4I6MB 5AQIA 5EVZA 1NGEA 1QZ6A 5AZIA 4BGBA 4FWLA 4ISFA 3DAWA 3UKRB 5AQOA 1HX1A 4DHYA 5BPLA 2D1KA 2I7PA 4FOIA 1QQOA 4BRKA 2FXUA 5AQMA 3MDQA 2QWMA 3HTVA 4ISGA 5BPNA 1Y64A 3BEXA 5AQRA 3QICA 1BA0A 1X9JA 2ASMA 4BC2A 2FF6A 1Z6RA 4WYBA 1C0GA 4CZKA 2P9NA 3ZX3A 3H45C 5KPRA 3CJ7A 3BP8A 3WQTA 4NO7A 3H46O 2P9LA 2KHOA 1BWFO 3MN6A 1S22A 4E1JA 4YDUC 3MK6A 3ULEA 3BUZB 3A8YA 4BVOA 3W0LA 3LDPA 3IUCA 4IO8A 4Y0WA 4H5VA 3KHYA 5BPMA 3FZFA 1NGGA 2A42A 5ADXH 1K8KB 3DXMA 4EHTA 4C23A 3VGLA 4CZMA 2FSNA 4CI6A 1RDWX 4BR2A 3CJ1A 3GE1A 2QWQA 3VERA 4JHDA 4JAXA 1XC3A 1RGIA 4K25A 1ATRA 4B1VA 1BG3A 5LJVA 4BQZA 2Q0UA 2OANA 2P9SB 1HKBA 4J8FA 1HJOA 2F9TA 4BRPA 4K41A 3MN7A 4M63C 3B8AX 3ZEUA 3WXKA 1TUUA 2QWPA 3SJHA 3AY9A 2P9IB 4KBOA 5FPDA 3FLCO 1NGAA 5KPZA 1QQMA 2I7NA 4B1ZA 4EHUA 1NGHA 1U2VB 4B1XB 4EFHA 1KAZA 4WQ5A 5ADXA 4CD3A 3IMXA 3G25A 1IG8A 3UKRA 4JN4A 3W3DA 2W40A 4M7XA 4FWPA 4IWVA 4BRHA 1H1VA 1MA9B 1V4TA 3D2EB 3P4IA 4YDUA 1BA1A 3VESA 4PL7A 1JCEA 2HF4A 3GOIA 3GDQA 3CERA 2D0OA 2P9PA 5KPTA 4H0YB 3FZMA 4Z94A 4FO0A 1KAYA 3H6EA 3L0QA 3O5BA 1XQSC 3QDKA 3UKUB 5I9EB 5AQGA 3WT0A 1BOTO 4FWSA 5AQTA 5E26A 1T6CA 3LL3A 4WQ4A 5BRHA 1RFQA 4CJ7A 3A5OC 2VCPA 4CBXA 3ID8A 2EWSA 2ASPA 1TYQA 4BR7A 1E4FT 3GG4A 2NZTA 3CQXA 4FWQA 4BR4A 3VPZA 3OHRA 5FPNA 3JXUA 4CZHA 2P9KB 3WEEB 2D0PA 4A62A 3ENOA 1J6ZA 3FZLA 4EAHD 1TUYA 2PAVA 1NBWA 3GBTA 1JCGA 5JLFA 3QBWA 4A2BA 4BRAA 5AQNA 2ITMA 2GTDA 3CJCA 4K43A 2GWJA 3VEXA 2P9SA 5LJWA 4BC3A 2QM1A 5KQ8A 2QWNA 2D4WA 4BRLA 4H0TB 4RCHA 3LDLA 3R9PA 3BF1A 2E1ZA 4IXCA 5AQXA 1HKGA 4QS8A 4AM7A 3C7NB 2IVPA 3O8MA 1DEJA 4H5TA 2J4RA 4FWKA 2YCHA 2GUPA 2Q31A 3O08A 4JD2B 4K42A 3MCPA 3LM9A 4XH5A 4B1UB 3QMLA 4DB3A 5B8HA 3F9MA 4BREA 4M7YA 5AQQA 3AARA 1DGKN 3WXLA 1GLAG 3A5MC 1D4XA 3VEVA 5AQUA 2CGLA 1C0FA 1DKGD 4FSVA 2Q2RA 3VF2A 1BDGA 5AQZA 4AM6A 3MMVA 1JCFA 4MLEA 4BGAA 5EX5A 4RWTA 3WUHA 2CGKA 2YHYA 3RSEA 1QQNA 4PKIA 2ZWHA 3UKUA 1CZAN 5AZIB 3ATUA 5BR9A 1YUWA 2BTFA 5AQYA 2E8AA 3FZHA 4PKGA 5AFUH 3DXKB 5ELZA 4BRCA 1E4GT 5TKYA 2DPNA 2IIRA 3HZ6A 3EKUA 2NRHA 3KVGA 4FOEA 2Q0RA 2F9WA 2HMPA 3O1WA 5EY4A 2V51B 5AR0A 1NGJA 1GLFO 4CD1A 2FLOA 1LCUA 3HM8A 3CETA 4BC5A 4I6MA 4BROA 1SZ2A 3MN9A 4BRQA 5AQSA 1Z05A 2P9KA 2QWLA 3ZETB 3WEEA 4BRFA 3U8XA 2P9NB 3DJCA 5LY3A 4ISEA 2QXLA 3IDHA 4IJNA 4H03B 2QWOA 3CQYA 3ENHA 4GNIA 5BRFA 4BR9A 3TPQA 1ZXOA 5AQKA 1GLEG 2P9LB 2P9UB 1KAXA 5JLHA 1MWKA 2V7YA 2A6AA 3AAQA 3U4LA 4CZIA 5AQWA 3VF6A 4CZGA 4BR0A 4RTFD 1KXPA 3U9ZA 4CZLA 3KZBA 5E84A 4FPBA 2E2PA 2W41A 2WUSA 3J8AA 4O5FA 1NGBA 4DCHA 5AQJA 5AQFA 4BG8A 2BUPA 5FPMA 2ASOA 2NLXA 4CBWA 3VOVA 2UYTA 1QZ5A 2V7ZA 5CE3A 3U9DA 1ATSA 1QHAA 1T44A 1ZBSA 3VETA 3VEZA 4JHDB 1Q18A 3L4IA 4JD2A 4XEIA 1NGIA 2HOEA 4BRIA 1V4SA 2AP1A 4CZJA 5EXWA 2CH6A 4MLHA 3AAPA 2A41A 3FFKB 3UB5A 3QB0A 4H0OA 1K8KA 1XUPO 1X3MA 2ZF5O 4EIAA 3MN5A 2E2QA 3EZWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DM6L 1NG9A 4MDBA 5AZJB 3RMBA 1S5JA 3VMFB 3QFPA 4DV6K 4NB4A 3VF4A 2OTLN 4LY7A 4JKEA 1ESVA 2FBVA 3NF6A 4CJPA 1BI4B 1NJYA 1RDCA 4BVPA 2IAJA 3AVNA 4H5WA 4LF7K 4B9VA 3AV9A 4JRPA 1NGCA 1EP4A 4WFBL 4CJWA 1WNSA 3FR0A 4B9NA 2XY6A 3QESA 1VK0A 2JWKA 3FE1A 2GEMA 3SK3A 4EP5A 4CE9A 3OYNA 3PO5A 4JI7K 4B1WB 3ZETA 4E1NA 1QS4A 2YI1A 3LALA 1FW6A 3AA4A 5HOOA 4BE1A 3CMEN 5T7BA 3D2EA 3NVMA 1K9MO 3C0BA 2GWKA 3AA3A 3R8EA 3SLCA 4GVMA 1ZBLA 1CXQA 3O1BA 4B08A 4IG3A 4H0PA 4B9SA 4FWNA 1GLDG 3L2QA 3QIPA 4FZYA 3SJJA 3G0ZA 1VQMN 2Q3SA 3LDNA 1K8AO 4HUFA 3THWA 4IOAL 4JS5A 2VYPA 1BUPA 2JGUA 1SL2A 1IKVA 4DG1A 4WQ4C 3SUPA 1LV5A 3IG1A 4FJNA 4F2RA 4IDKA 3CCEN 1FJGK 5TKWA 3CPWM 1MWMA 4CCHA 2IVOA 1W7AA 3LWLA 4LF6K 3AVBA 1GLCG 1BU6O 4JKHA 4JLHA 4OPAA 3VQ8A 4B9QA 3V6DA 1RTJA 4FL9A 2KFZA 3NCIA 1NMDA 3SMPA 3CFOA 3QFUA 4XH1A 4DU3A 1ZYQA 3D2FA 4CF9A 2XRIA 3AVGA 1SAZA 4DQQA 4J2DA 5HRPA 3DLHA 2E2NA 3FGUA 4IKFA 1NK5A 1RBRA 3T19A 4DKWA 1JXBA 4DV2K 1XC9A 3O3FA 1C1BA 1HPMA 1HLUA 5BREA 5J2QA 3TU5A 3MX5A 1NWKA 3C7NA 3A2FA 5KQDA 1T6DA 4GMJB 3UE5A 5M1FA 2Y1IA 2CGJA 3CJBA 1YTAA 1HKCA 2Z1JA 2OPRA 1UOCA 2E88A 1RT5A 3CI5A 3D7EO 1JLBA 2UUAK 3HPOA 3T3FA 2Q36A 4IFVA 5I3UA 3IS9A 3SZ2A 1XI1A 4JKGB 1GLBG 1WOQA 4DSEA 4KHNA 2HF3A 3TAQA 1BO5O 1SKRA 1YVNA 4LF5K 2PYLA 3O9RA 5JICA 4Z0UA 1QZ6A 1KFDA 3KD1E 5AQOA 3D0PA 4C1NI 2E6MA 4DQIA 4BRKA 1QQOA 4CK1A 4FJMA 1LWEA 5AQMA 2QWMA 4KO0A 2VGMA 4ELVA 1VRTA 5JVGL 4OX9K 2F8TA 1KC8O 5AQRA 1M1KO 1BA0A 3TAEA 5GINA 4OLBA 3DM2A 3PUFA 1S1TA 4CZKA 4DUZK 2P9NA 4JKBA 1N32K 4DS4A 2KFNA 2HHWA 2QXFA 4AHVA 3S3MA 3H45C 2P5GA 3OS0A 3OJUA 4Z4HA 1JLEA 5CY4A 2I5JA 1IBMK 1OH7A 1JL2A 1HQUA 3U6FA 3K58A 4BVOA 3IUCA 4IO8A 1VQ6N 1WB9A 5C10A 1NGGA 2A42A 5ADXH 3G10A 1C1CA 4CW7B 4JK9A 3DXMA 1U48A 1EX4A 4C23A 4CZMA 5A2QO 1NK7A 4JI1K 4DUYK 3VERA 4JHDA 3HP9A 3NFAA 3OYCA 4B1VA 4BQZA 1IKWA 4Y1DA 2P9SB 4JI3K 3BZCA 4C8KA 2PZSA 4N56A 4CVNE 5FLXO 2VWKA 1W9HA 1L5UA 4DSJA 5KGWA 1HPZA 2P9IB 4KBOA 5H1SQ 3NGIA 1K73O 2VG7A 4B1ZA 4O44A 4CD3A 3SCXA 3IMXA 3G25A 3W3DA 2W40A 2OTJN 4FWPA 4DV5K 1BI4A 3HXMA 1HYSA 2E6LA 4DS5A 1WSFA 1Z26A 4IDHA 4H0YB 4GV6A 4CFCA 4W5OA 3MWTA 4OVLA 4JK8A 3OYMA 1VQPN 4FWSA 2IC3A 4YOTA 4YOXA 4ID1A 5BRHA 1RT3A 4X64K 1RDAA 1YJWN 4CJLA 4CBXA 1BQMA 5FROA 1CZBA 3RTVA 2VWJA 2VQEK 3SNNA 3WEEB 4W5QA 2KQ2A 3ENOA 3NDKA 1NK9A 1Q7YO 3FZLA 1W97L 1TV6A 2B4JA 5AQNA 2GTDA 1QTMA 2GWJA 4BC3A 2QM1A 5KQ8A 3CCRN 3V9SA 3F2KA 3MX2A 4BRLA 5HBMA 4RCHA 3OYIA 4OPJA 2VG5A 3LDLA 3R9PA 1ZBUA 4AM7A 4LFBK 1SUQA 3TABA 1VQ5N 1IBKK 2HBJA 3ZLJA 4IEIA 2AJQA 2P51A 4JD2B 2Q31A 1FKPA 3O08A 4K42A 3MCPA 4XH5A 3ALYA 2P5OA 4DR3K 2BDPA 1VSIA 3F9MA 4M3TA 1KVCA 4DR2K 2O8BB 3KWGA 3TANA 3AARA 1DGKN 3WXLA 4J2BA 1GLAG 4FXDA 4F8RA 1D4XA 3OYGA 4ELTA 4CESA 1Q86O 3N4QA 4KTWA 4BGAA 4MLEA 4E7KA 1Q9XA 3V9UA 2ZWHA 4WCEL 3HT3A 3L8BA 3QINA 2BTFA 4LSLA 3FZHA 3OS2A 3LZJA 2RF2A 4OLAA 2DPNA 3DOKA 4JKGA 3SI6A 3TSPA 5K14A 5EY4A 2Q0RA 3O1WA 3ASMA 3P1GA 3TAPA 4YORA 3MN9A 3ZETB 4BRFA 3U8XA 3IDHA 3HPGA 1QE1A 4H03B 2O8CB 3Q7BA 4NCAA 1TL3A 2P9LB 3NAEA 4GW6A 2A6AA 4DR6K 3CQ8A 4NYNA 4IOXA 2DTUA 4PHTX 3M8RA 4YOWA 1N34K 1FKOA 3CCSN 1NGBA 4GV9A 2RE2A 1EKEA 1EWQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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