3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
molecule keywords Gluconate kinase
molecule tags Transferase
source organism Lactobacillus acidophilus
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
4BROA 4FL9A 5AQSA 1SQKA 1BDGA 5JLHA 5E84A 1HUXA 1QQNA 2NZTA 5BRHA 3EKUA 3VEYA 3LDNA 2IIRA 3CHWA 1HPMA 3VESA 4CZKA 1RGIA 4DQ8A 4JNEA 1NBWA 3F9MA 5BPNA 1BU6O 3WXLA 4GY2B 1NLVA 4JD2B 2BTFA 1JCFA 2QWLA 2ASMA 3DAWA 1NGHA 2HMPA 2FSKA 4FWOA 4FWPA 5KPTA 4BRMA 1Z05A 2IVOA 1E4GT 3O08A 3CJ1A 4Y0WA 1T6CA 5LJWA 3AAPA 3KHYA 1BO5O 1XQSC 4H5NA 5BPMA 1J6ZA 4BVOA 1MWKA 3C7NB 5ADXA 3M3ZA 5AQJA 1ZC6A 1BOTO 1DEJA 3ULEB 4BRLA 3BF1A 3SLCA 2FXUA 2IVPA 4Z94A 2P9IA 3CQYA 4IZ9A 4B1ZA 3FZKA 1MWMA 4JD2A 1ZXOA 2GELA 4CZEA 2VCPA 4BR9A 3WXKA 2DPNA 1JCEA 3CIPA 3SMSA 4FPBA 3D2EB 4H0VB 1WOQA 5ADXH 5KPRA 4FWQA 4CZJA 3H3NO 4CD1A 1NGJA 3H1VX 4XH1A 4H5WA 3GDQA 3UKRB 1LCUA 2AP1A 1CZAN 3R6MA 3BEXA 3VEZA 3A5OC 2W41A 4A61A 3I8BA 3VF2A 2YJEA 4NB4A 5AQHA 3VETA 3U9ZA 1SAZA 3LDLA 3VF4A 3ULEA 3AY9A 3MN5A 3DXKB 3L4IA 3FFKB 4PL7A 1TYQB 1NGEA 1IG8A 4BR2A 3CETA 4YDUC 2P9UB 1QZ5A 3D2EA 2YCHA 3HTVA 2YHYA 3H1QA 4A2BA 5BPLA 1HLUA 3U9DA 4BRGA 4PKIA 3EL2A 1QQMA 3IUCA 5TKYA 5FPEA 3WUHA 4FO0A 3DXMA 5AQTA 4B1UB 1X3NA 3WXJA 4CD3A 3MCPA 3ID8A 4XH5A 3A0IX 3W0LA 3ENOA 3UKUA 2FSJA 4L3QA 5F0XA 4CBWA 1NGCA 2HOEA 2F9TA 4IXCA 4HWIA 2W40A 1GLEG 3ZX3A 3LM2A 1HKCA 4O8KA 1Z6RA 3QFUA 1QQOA 1TYQA 1HX1A 1BUPA 1NGDA 2YJFA 4JN4A 3QMLA 1NGFA 4FWRA 3M6GA 3EO3A 4BC2A 3M1FA 4MLEA 5AQZA 2P9KA 2QM1A 1NMDA 4CBXA 2PAVA 3UB5A 3CERA 4FSVA 4E1JA 3A5MC 3O4WA 4RTFD 3U8XA 3W3DA 2GEMA 1NWKA 4WQ5A 3IDHA 4K43A 3BF3A 4H0XB 2ITMA 1WUAA 2CGJA 2ZF5O 3FZHA 3R8EA 2A40A 2PBDA 3VGLA 2GWJA 4CZMA 3U4LA 5AQVA 4QS9A 3MMVA 5AZIA 3TU5A 1U6ZA 2A3ZA 3AARA 3GBTA 2BUPA 1GLLO 3GG4A 5JLFA 3VGMA 1ATSA 4B1XB 2ASOA 2WUSA 2P9SB 4LC9B 4BG9A 2QWQA 1K8KB 2Q31A 3MN7A 2NLXA 2VYPA 2Q2RA 2GUPA 3A8YA 4C23A 3J8AA 2V7ZA 5F1XA 2QWMA 3DWLA 4WQ4A 4CZIA 2CGLA 4BQLA 3ATUA 4NO7A 3I33A 2I7PA 2ZGZA 3D2FB 4H5RA 5AQUA 5ELZA 4O5FA 3O6WA 2Q36A 4BRQA 4DCHA 3TPQA 4H0PA 1Y64A 4B1VA 3GL1A 3SJHA 3A5NC 4EFHA 5JMVA 3VF6A 4BRIA 1NGAA 2OANA 3ENHA 5AQMA 1NGGA 2P9SA 4XEIA 2H3GX 4BVPA 4EHUA 1K8KA 5AFUA 4K25A 4RCHA 3QICA 4B1YB 5BR9A 4IJNA 2QWPA 3KZBA 3VEXA 1ATNA 3MN6A 3WEEB 4K41A 5AR0A 4EIAA 3C7NA 3D2FA 1TUUA 1V4SA 5AQQA 4M7YA 3VOVA 4DB3A 1KAXA 2ASPA 3FZLA 5AFUH 5AQPA 5AZJB 2A5XA 4MO4A 4MO5A 4QS8A 2FF3B 3QDKA 2E88A 3HI0A 1ESVA 1IJJA 1U2VB 3CJAA 5CE3A 5LY3A 1RDWX 2ZWHA 5AQLA 5BREA 4J8FA 3WQTA 3ZETB 1YUWA 2ZGYA 3R9PA 4FOEA 3FLCO 1EQYA 4IWVA 1GLAG 3UKRA 4FWNA 1C0GA 5AQGA 1GLFO 5FPNA 1GLBG 4EHTA 1RFQA 1ZBSA 4ISEA 2A42A 5EVZA 3HM8A 4BC4A 4WQ5C 5KPZA 4FWKA 3MN9A 2QWRA 2D0PA 3O1BA 3O1WA 3DXKA 4BRCA 1DGKN 3HBTA 1HKBA 1S3XA 4BRPA 2IVNA 4BG8A 1R59O 4EAHD 2E2OA 4B9QA 2P9UA 5BRDA 3BP8A 3CI5A 4ISGA 1H1VA 1OKJA 4H0TB 2E1ZA 4PL8A 4BRDA 3FGUA 3VPZA 4BRAA 2E8AA 3VGKA 3O5BA 3ZETA 3DJCA 2E1YA 3RSEB 2YHXA 2I7NA 2UYTA 3AAQA 4FWLA 4IO8A 3GOIA 2P9LB 2NRHA 3IMXA 1BWFO 4A2AA 3VENA 3CJBA 3JXUA 5AQWA 5EX5A 4H03B 1YVNA 2V51B 5AQXA 2D0OA 4KBOA 3VEOA 4BR4A 4RWTA 4BQZA 2E2QA 4H5VA 4BGAA 3H45C 4PKGA 2YI1A 3EZWA 1KXPA 2VWBA 1S22A 4QS7A 3SK3A 5FPDA 3MK6A 3WQUA 3H3OB 4BRNA 4M63C 2P9IB 3FE1A 4FOIA 4H0OA 3RSEA 4CZLA 5BN8A 3L6QA 3KVGA 1P8ZA 2P9LA 3WXIA 4B1WB 1T6DA 1E4FT 1YXQA 5EXWA 4F9OA 4MLHA 3IFRA 3LL3A 1HJOA 4DHYA 1GLJO 5AQYA 4BR5A 1QZ6A 2AA4A 2FSNA 3UE5A 2A6AA 3VEWA 1NGIA 2Q0UA 5EOYA 1SZ2A 1X9JA 3D7EO 3FR0A 5AQRA 3CJ9A 1YAGA 3ZX0A 4A62A 2EWSA 2J4RA 1MDUB 5JICA 2FF6A 4CJ7A 5KQDA 5I9EB 1ATRA 3LDPA 4BGBA 2CGKA 2A41A 1BG3A 5AQFA 2QWNA 5BRFA 1MA9B 3ZEUB 2HF4A 4BR7A 1JCGA 4BRFA 3GE1A 4M7XA 3G25A 4CI6A 4PKHA 5KQ8A 4FPAA 4BC5A 2V7YA 4JAXA 2GWKA 4WYBA 2E20A 4H0YB 5LJVA 3CJCA 4AM6A 4IJAA 3SMPA 3B8AX 3CQXA 5EY4A 5B8HA 2GTDA 4I6MB 2Q0RA 3EKSA 3QFPA 4HTLA 1XC3A 3ZX2A 1NM1A 4H5TA 3DXMB 3QB0A 3BUZB 4JHDB 3VEVA 1DKGD 3H6EA 3QBXA 3OHRA 3UKUB 1GLCG 1X3MA 1NGBA 2F9WA 2P9PB 4ISFA 4BRHA 2P9NB 1XUPO 1TUYA 4FWMA 3O80A 5AQIA 1KAYA 1T44A 5FPMA 3ZEUA 3C0BA 4BC3A 3WEEA 3JS6A 1GLDG 3S41A 3MDQA 4XH4A 4BRKA 4CZHA 3A5LC 2HF3A 4CZGA 1V4TA 3VERA 1C0FA 2QW9A 3HSCA 4AM7A 3O8MA 5AQKA 2P9KB 3CJ7A 5BN9A 5AZJA 4FWSA 1Q18A 2YHWA 5AQOA 5F2RA 4GNIA 3L0QA 3ATVA 4CBUA 4I6MA 5AQNA 2Q1NA 2FLOA 1U2VA 4JHDA 1D4XA 4BR0A 3FZMA 3LM9A 1BA0A 3WT0A 2P9PA 1KAZA 3H46O 2P9NA 3HZ6A 5AZIB 4BREA 2E2PA 4YDUA 2D1KA 3FZFA 1BA1A 2V52B 3EN9A 2D4WA 3LDQA 4CZFA 2CH5A 4WQ4C 1QHAA 2QXLA 3QBWA 2KHOA 2Q97A 2QWOA 1HKGA 3LDOA 4K42A 2E2NA 1G99A 2CH6A 5E26A 3P4IA 1LOTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYAA 2DFEA 4BROA 4FL9A 3RWUA 1SQKA 4DV5K 3VQ9A 4A5AA 4AF1A 4FJKA 3F9KA 4DSIA 5CYMA 3LDNA 4NXNK 2HHQA 3PV8A 4CE9A 3CCRN 1HPMA 4CZKA 4DQ8A 4NLBA 1XHZA 3BZCA 3BY5A 1JLEA 1NLVA 4M41A 3V9XA 2QWLA 4CFAA 5HP1A 4DTRA 1RDUA 5GAEP 4LSLA 4GV6A 4FWPA 4DR3K 4LY7A 4BRMA 4F2SA 4OKEA 4OPHA 3HPOA 1OVYA 3HRGA 3P83D 2HBKA 4FM2A 1VQ4N 5I3UA 4I9QA 3QEXA 2VWJA 1ZC6A 3ULEB 3SLCA 2IVPA 4Z94A 2P9IA 3SNNA 1EKEA 4IZ9A 1K6YA 4B1ZA 3MXIA 1X9SA 1MWMA 4JK9A 2ZE2A 2VG7A 1NNEA 1FKPA 1JCEA 5CZ1A 5M1QA 3TSQA 1K8AO 3VQPA 4DSLA 4N41A 1WOQA 5ADXH 2A1SA 4FWQA 4MFBA 4CZJA 3SYZA 1NGJA 3EY1A 4M3UA 2KFZA 2R7YA 4CHPA 1L3TA 1LCUA 2AP1A 3R6MA 4AQYK 4CJUA 3HSTB 4A61A 4NB4A 1RTHA 3ZT4A 4B9NA 1SAZA 5GAGP 4QOZB 1LV5A 5A2QO 1TYQB 2PYLA 5C2FA 4ID1A 4FLVA 4YDUC 4JI4K 3D2EA 4M3ZA 2YCHA 2YHYA 1YJWN 3HP6A 3H1QA 5BPLA 4E1MA 4DV0K 4Y1CA 1RCHA 5FPEA 3V9WA 1XHXA 3DXMA 3V1QA 2G8FA 2P5GA 3ID8A 2IC3A 3A0IX 3ENOA 5FDLA 5GIPA 2FSJA 4L3QA 1X9WA 1XNQK 3OYFA 2HOEA 4FJHA 3LP2A 1KFDA 3ZX3A 2PFUA 3H08A 4ID5A 4ZTJA 2HB5A 3R1XA 1Q8IA 4C1NI 1HX1A 4CHQA 2KTQA 5M1OA 3U3YA 1T3VA 4DTPA 1I39A 3M1FA 1S1XA 2P9KA 1HNVA 1BHLA 1VSKA 4I9LA 4CBXA 2PAVA 1JL1A 4RTFD 4WQ5A 4K43A 4CK2A 2ITMA 4FJMA 3O9SA 4A57A 3R8EA 2HHVA 3QEPA 4W5QA 4E0DA 4JKGA 4CZMA 3L2RA 4FW1A 4QS9A 3CCSN 3ZLJA 3GG4A 4CGFA 1C6VA 3F73A 2YKNA 3CM6A 4O8UA 1BQNA 1RBTA 4O0IA 4LC9B 1A5VA 1K8KB 3OYEA 3OW2M 2GUPA 3THWB 2QI2A 1NK0A 3S3MA 4FM1A 1RT2A 3UIQA 4CIEA 3L3UA 2CGLA 4NO7A 4OX9K 2ZGZA 4LD0A 3TSPA 4U67L 4H5RA 3OYDA 5ELZA 4HUEA 4CJKA 4IFVA 4DR7K 4OLAA 2OPPA 3OYHA 2ZM6K 3GL1A 5IWAK 4EFHA 5C10A 3IG1A 5AQMA 2QTDA 1E3MA 4EZ6A 4XEIA 2H3GX 4BVPA 4I2QA 5AFUA 4FLYA 3HPHA 3SQ2A 1T7PA 3DLEA 3TAMA 3T69A 4DFKA 1FKOA 1ATNA 4MDBA 4IDKA 3SUQA 4ILHA 5AR0A 1KFSA 4AHUA 3C7NA 3SZ2A 3J7ZO 4M7YA 1KAXA 2ASPA 1EXQA 2FBVA 5MLCQ 5AQPA 5AZJB 1L3VA 1DT9A 4MO5A 2FF3B 3NGIA 4WFNL 1ESVA 2KZMA 3ITHA 1JL2A 4B9MA 4Y1DA 3R9PA 1EQYA 4IWVA 3NAEA 3SPZA 2B4JA 1HR0K 1BQMA 4K8XA 1C0GA 1GLFO 5FPNA 1ZBSA 1VSFA 3S9HA 2VGMA 4BC4A 4WQ5C 4CEOA 3O1BA 1DGKN 4KKOA 1SL2A 1S3XA 2JWLA 1R59O 2P9UA 3BP8A 2HBJA 4JRPA 3VQAA 3CCJN 3BGRA 2QKKA 4ISGA 1OKJA 3J80O 2GBZA 3FGUA 3VGKA 4JLHA 4NCBA 2DY4A 4YOYA 3WXMB 3AVMA 3ZT0A 4CHZA 3GOIA 3K2PA 1KSPA 4DWIA 4ELVA 2NRHA 3AGKA 4X62K 5GADP 1HNXK 3R3LA 1WB9A 1ZBFA 4KAZA 4RW7A 2DFFA 3TANA 3VEOA 4BR4A 4IOCL 4FJJA 1KTQA 2IDOA 5J2NA 4BQZA 5AJ3K 3OJUA 4H5VA 4BGAA 1QSYA 4DSEA 2YI1A 1BL3A 3AVBA 1XMOK 3SK3A 3TI0A 1UWBA 3KK3A 2IGIA 3K57A 1JLQA 1N36K 1XWLA 3TAEA 1I94K 4H8KA 2ZJQL 2IAJA 4B1WB 1VQLN 2BDPA 4CK3A 3OYLA 4MLHA 4DSJA 1NMNA 1YHQN 4DHYA 3JSMA 4OPJA 4Z4HA 4N47A 1SZ2A 3FR0A 3WNHA 2HMIA 3ZSRA 4A62A 2J4RA 1MDUB 4W5OA 2FF6A 4CJ7A 3NGZA 4CGJA 4OJRA 5I9EB 1ATRA 3CCLN 1BG3A 4A59A 4LFBK 5AQFA 1VAZA 1JLGA 4BRFA 3ZEUB 3WNGA 2YX6A 4EP5A 5KQ8A 4DTJA 3D0PA 2UUAK 2E20A 3CJCA 1VRUA 5C42A 4AILC 1NKBA 2RKIA 3CQXA 5B8HA 2HVIA 4I6MB 1EWQA 4H5TA 3QNOA 3H6EA 4KHSA 4K8ZA 4CHOA 4CF2A 3UKUB 2XRIA 2DTUA 4HUGA 4BRHA 2KQ2A 4N56A 2QXFA 4KV8A 4B9UA 4KHNA 4M3XA 3C0BA 3LWMA 4JI6K 1WNSA 3CFRA 4E3SA 4B08A 3A5LC 4CZGA 4LF8K 2B5JA 4BDZA 1K9MO 2YHWA 3OA9A 4DFMA 4GNIA 4C1NK 1ASUA 2X6SA 4C8MA 1C0MA 5AQNA 3KWIA 1YT3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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