3LP3A

P15 hiv rnaseh domain with inhibitor mk3
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
SYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Structural basis for the inhibition of RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase by RNase H active site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords p15
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lp3A00
1RT4A 1JXEA 2NUBA 3OVNA 1HRHA 1NKEA 3AVCA 1L3SA 1B9DA 1JLGA 3LWMA 1WLJA 3AA2A 1T05A 3MEDA 4CJRA 4LH4A 3I8DA 1JLBA 4CGIA 2A1RA 4OGEA 3VQCA 1HYSA 4CGJA 1KVAA 2D5RA 3TAPA 3HT3A 4DLEA 5HRSA 4L8RB 3HP6A 4Z4EA 3L2UA 4AHTA 2XY8A 1NOZA 4CIFA 4FJLA 2IS3A 2VG6A 4I2QA 1S5JA 4QAGA 4DTMA 3L3UA 1J54A 1RNHA 3HXMA 1BGXT 3CM6A 4CHPA 1LAVA 4N41A 4IFVA 1ZBLA 4AILC 3P1GA 1ZBIA 3L2RA 1NK7A 1RT7A 1ZBFA 5E41A 2B6AA 4CHZA 3AVIA 2DFHA 3OS0A 2Y1JA 1BQNA 1HYVA 3T19A 3V81A 3NF7A 5DK5A 1W9HA 4EP4A 1ZBUA 3KK1A 1FKOA 4DTPA 2ITGA 1IKVA 3SV3A 3CFRA 4J2DA 1MU2A 4ICLA 2RKIA 4ZHRA 3DLBA 3V9XA 4DTUA 5C42A 3AVAA 2GV9A 1KTQA 3PV8A 5HRRA 2AJQA 4AHRA 4CJFA 1BL3A 1I39A 4B8CA 2HNZA 3D45A 4N47A 4CJPA 1D9FA 3B6PA 3ALYA 3AO2A 3V9WA 4JRPA 4E19A 3QIPA 4CJWA 3LDSA 2BGGA 3VN5A 1VSKA 5K14A 1X9MA 3MEGA 1RBUA 3NGZA 3ZSQA 3VA0A 1IG9A 1NKBA 1CZ9A 3ZT1A 1NJXA 5KGXA 5FROA 1C1BA 3NDKA 3SUOA 3HJFA 4CJQA 4W5QA 4NYFA 5KGWA 3OYNA 3KLIA 4EP5A 1D9DA 4M3ZA 1IKYA 3E01A 3NH1A 1TK5A 1VSEA 1S6QA 1TK0A 1WNSA 5CZ1A 2HB5A 4CJKA 3NHGA 4B9MA 1YTUA 1QHTA 2Z1IA 4IDKA 3OYGA 1TKTA 3LAMA 4CJSA 3KLHA 4CHYA 4PY5A 3K5LA 3SZ2A 3SJJA 3TAMA 4IG0A 3P5JA 1RT1A 1U4BA 3PY8A 2GUIA 3ZCMA 4FLUA 4F8RA 4M45A 1JL1A 1J5OA 3NGIA 1ASWA 4HUFA 1GOAA 4YFUA 4B3OA 3AO3A 1YVUA 3K5NA 1C6VA 4CK3A 4CFCA 3VQ5A 4BDZA 4I2PA 4Z4FA 1HYZA 4NCGA 4M3UA 2Z1GA 2P5OA 1ITGA 1RDDA 1KLMA 4CE9A 4OLAA 4QCLA 3M8QA 4RW7A 3SPZA 5J2NA 4B9VA 1ZBHA 2BE2A 4B08A 2ZD1A 5J2PA 1KFSA 3SYZA 4DU4A 1UAXA 3TAQA 1RTDA 3KD1E 4FLVA 3QESA 3AV9A 3ITHA 3MXIA 4CEEA 4JS4A 1S1XA 2DFEA 4CEQA 4KTWA 2O4GA 4CF0A 2KW4A 2YKMA 4IFYA 4CFAA 3MXMA 3L3VA 3S3OA 1BISA 3DOKA 3G10A 3DM2A 3THVA 3BDPA 4H4MA 4O0IA 5KTQA 3CYMA 1SL2A 2A1SA 4FM1A 3AVJA 2VWKA 4CFBA 1R0AA 1S1TA 4PA1A 4FLTA 4E7HA 2BDPA 4M3WA 2HHVA 2FBXA 4DSEA 3ZT3A 3M8SA 1WSGA 4ID5A 3RWUA 2HHXA 3RRHA 2FBTA 2BANA 3ZT2A 3UIQA 1RTIA 4O5BA 1NK9A 1RBVA 1LWFA 1YTAA 3ISNC 5HROA 3OYIA 2QKBA 1NOYA 3DI6A 4JRQA 3IS9A 5EU7A 4CIGA 1KVCA 3ZSYA 4CJTA 3VA3A 3KIOA 3K59A 3OYCA 4DFMA 3RMAA 4DSJA 4KREA 1CXUA 4E7KA 1ASUA 4FCYA 4KAZA 4F2RA 4M41A 2HHQA 3KK2A 4DLGA 4FLXA 4O55A 1TGOA 2IC3A 1N6QA 1QSYA 4E7LA 1VSLA 4DFPA 1WSEA 2G8FA 2IAJA 4CJVA 3OYBA 4DTOA 3DLEA 4DWIA 4M3YA 1S6PA 4OGCA 3TAGA 1BIUA 4KB0A 2HNDA 3ZT0A 3IG1A 3AVFA 1FKPA 1FK9A 3CG7A 3DLKA 3KLFA 4IKFA 1T8EA 3V1OA 3I0RA 4KPYA 4Z4IA 3SNNA 3TI0A 1W0HA 1UWBA 5CYMA 5CZ2A 4FJ9A 3HSTB 4LY7A 4CJUA 5I3UA 1NJWA 3PO5A 4EZ9A 3SPYA 1B9FA 4KFBA 4RW9A 2DTUA 3HVTA 3HL8A 3QEVA 3ZSZA 2D0BA 2F8TA 1JLCA 1U47A 1Y97A 3NF9A 3QIOA 4Y1DA 2Q3SA 2OPSA 4OKKA 4E0DA 1GOCA 3OS1A 4N76A 3KJVA 1HQEA 1VK0A 3G0ZA 4OKJA 2KZZA 3KLEA 2X6SA 2IDOA 3AO4A 3AVBA 4CJEA 4FJHA 4J2EA 3AA4A 4OPKA 2VWJA 4KHNA 4M42A 2XY6A 1JLEA 1NKCA 3S9HA 2XRIA 2YNIA 4RW6A 3QERA 4K8XA 1FXXA 2D0AA 4OPJA 2HHUA 4ID1A 4HCBA 3OYHA 4I9LA 3KKRA 1S1UA 4CF1A 4O0JA 1CLQA 3TANA 4TSXA 2Y1IA 4LSNA 4CJ5A 1C0MA 4BDPA 2O4IA 3ZSOA 1JL2A 3DOLA 3O3FA 2XY7A 4FK0A 3SQ4A 1RILA 2OPQA 1TV6A 3DYAA 3NFAA 2G8IA 2KFZA 4CK2A 4CF2A 3KK3A 1BQMA 1VRTA 4NCBA 2Z1JA 3NH0A 4LH5A 5FDLA 1U48A 4DS4A 4KHQA 4Z0UA 2VG7A 4ELUA 1SL1A 3NAEA 1NJYA 2HNYA 4DMNA 2EHGA 1EXQA 3LAKA 4DU1A 3U6FA 4RW4A 3RR8A 5JS1A 2OZMA 4FJMA 4CEBA 3HK2A 3QINA 1XHXA 4EZ6A 1Q8IA 4RW8A 4KV8A 1JXBA 1NK4A 4O4GA 1U49A 3PUFA 1TK8A 4UQGA 1BHLA 3BGRA 3AO5A 1XWLA 4E89A 1NJZA 4BWJA 4H8KA 4I9QA 2ZE2A 3SUNA 3RRGA 3OYAA 4YNQA 1Z26A 3CQ8A 2X78A 2R7YA 4DQIA 3LP1A 2Z1HA 4FLZA 3DLRA 4BE1A 4E7JA 3SQ2A 1JLFA 4CHNA 3VQPA 4DQSA 4ZTJA 1LWCA 1C1CA 3NE6A 2HHWA 4CGFA 4E1MA 4FJJA 3I0SA 4CIEA 3RMBA 1T03A 1X9WA 3AVNA 4FJNA 4Z4GA 3HP9A 4Q5VA 2YNHA 1KVBA 3PX6A 1F21A 5T7BA 4AHUA 3K5MA 2XY5A 3OYLA 3VQBA 1Q9YA 2OZSA 3S3NA 4F4KA 5SWMA 4AH9A 1RCHA 2RN2A 4OVLA 1QE1A 3JSMA 2YV0X 3K58A 1KLNA 4CEFA 4R5PA 4KHSA 1BIZA 2DY4A 5C24A 4CEDA 3NBPA 2QKKA 4ELVA 1VSIA 1EETA 3ZSWA 5KRTA 1ASVA 4CJLA 4FJIA 4FZYA 4GW6A 4M3TA 3ZT4A 4QOZB 4HUGA 1JLAA 3ZSXA 2G8HA 3VQAA 1WAFA 4DTSA 3T1AA 3LP0A 4J2BA 4AHCA 1GOBA 2HVHA 5CYQA 2KTQA 4HTUA 3AVMA 5FRMA 3AVLA 4LD0A 1RT3A 1RT5A 2JLEA 4AHVA 5HRNA 4I7FA 2PYLA 4CEZA 1DLOA 1QSSA 4Z4CA 4HUEA 1WSHA 3S3MA 1EKEA 1S1WA 3QO9A 4DU3A 4C8NA 1RDCA 3WNHA 1TKDA 3KTQA 3C6TA 4XIUA 2XO7A 2B5JA 1CXQA 3K5OA 3TWHA 4DTNA 3LANA 1NK0A 4FJXA 4HCCA 2P1JA 1RTJA 2E4LA 1RT6A 4OJRA 2E6MA 3L2QA 4BE0A 3VQDA 3NGYA 5DMRA 3L2WA 3C95A 1WSIA 3IRXA 3LPUA 4IBNA 3VQ4A 5SZTA 4BE2A 1VSFA 1J9AA 3OS2A 3HO1A 1WSJA 5HP1A 4KHUA 3AA5X 1VSJA 1QSLA 3IAYA 4NCAA 1SKWA 4M3XA 1J53A 1SV5A 4KTZA 3DMJA 3O3GA 3OJSA 4N5SA 2D0CA 3DRRA 4F3OA 1TAQA 1SL0A 4HVJA 2OPPA 4C8OA 4W5RA 2HW3A 1BI4A 1TKZA 3O4NA 4H4OA 3HVRA 3EZ5A 4W5OA 4W5TA 1KCFA 3FFIA 3JYTA 3K57A 3OYEA 1C0TA 4E7IA 3MECA 3LZIA 1JLQA 1HJRA 2KZMA 3V4IA 3CM5A 3TR8A 3VQQA 3V9SA 4DF4A 4GVMA 5J2MA 3QNNA 3NCIA 1HPZA 3PX4A 4CERA 4IG3A 4CJ4A 4FLYA 4DF8A 1UA1A 2FBVA 4Q0BA 1KFDA 1C1AA 2YHBA 3NF8A 3VQ8A 2G8WA 4AHSA 4CESA 1TKXA 4FJ5A 3KD5E 1ZYQA 2I5JA 1IH7A 4FJ7A 4E3SA 4B9UA 4CGDA 4CGHA 1IKWA 2OPRA 4CGGA 5HRPA 1TVRA 2OYQA 4HHTA 4FK2A 3NH2A 3HPOA 3L8BA 4JS5A 3LP3A 3AO1A 4CCHA 1IKXA 1QS4A 1U04A 1UA0A 1X9SA 2OA8A 3RR7A 3M8PA 4CECA 3HPHA 5J1EA 2WOMA 2KFNA 5C25A 3EY1A 4BDYA 4E1NA 4MQ3A 3C6UA 2ETJA 1HQUA 2VG5A 3ZSRA 4KTQA 1NK6A 1LW0A 4DG1A 2YKNA 3CFOA 3V9UA 2HMIA 4O44A 1NK5A 4DSKA 3H08A 4CF8A 2F96A 5KI6A 4DTXA 3QEWA 2X6NA 4DQQA 1RBSA 2GBZA 3A2FA 3V1RA 1KSPA 3OYKA 3WNEA 2G8UA 3OYDA 1L3TA 4DSIA 1RTHA 3DLGA 3HM9A 2P51A 1Z25A 4DSLA 3MEEA 1WN7A 2WONA 2EX3A 1RDBA 1HMVA 4C8KA 4K8ZA 1VRUA 3KKSA 1SKSA 4KRFA 1RDAA 1IO2A 3V1QA 3O3HA 1L5UA 2ZQBA 3ULDA 2HVIA 1HNVA 3VQEA 1REVA 1TL1A 4JLHA 1O1WA 4CFDA 1RBRA 3OYJA 1S1VA 4CHOA 2YNFA 3LP2A 3OYFA 3V9ZA 1YT3A 1BCMA 3SI6A 3AVGA 4FJGA 4B9SA 2QXFA 4PUOA 4CHQA 4PWDA 1HNIA 3MAQA 2DFFA 4FJ8A 2XHBA 2QK9A 4KB1A 4FVMA 2HHTA 1L3UA 1VSMA 3HPGA 3LZJA 4KHYA 4OLBA 1TAUA 4FYDA 4WE1A 4CF9A 3B6OA 3PX0A 4KO0A 3AVKA 3LALA 4FLWA 1B92A 2PY5A 3RMDA 3LWLA 4DFJA 2W42A 4ZTFA 3LPTA 1RBTA 4Y1CA 3TABA 3RMCA 3SQ1A 3M8RA 1XI1A 1S9EA 1N5YA 1I3AA 2G8KA 2PZSA 4C8LA 4B9LA 4FZZA 1SKRA 3OY9A 4N56A 4DQRA 3QNOA 3SV4A 1UOCA 2HHSA 3AVHA 2JGUA 1D8YA 2P5GA 4W5NA 1LAWA 3CFPA 1DTTA 1SUQA 3U3GA 3VQ7A 1VSDA 5I42A 1Q9XA 3DRSA 1XC9A 1TL3A 2X74A 4KKOA 5CY4A 2PYJA 4F2SA 4KI4A 3F9KA 3C94A 4B9NA 5FRNA 1QTMA 3QEPA 3WNGA 1JKHA 1XHZA 4LSLA 4DTJA 3SUPA 3NF6A 1KRPA 5D3GA 3ASMA 4CEAA 3TAFA 1WAJA 3U3YA 4PQUA 4DS5A 3L2VA 1NK8A 1T7PA 1QQCA 3OJUA 2KQ2A 3MXJA 1K6YA 3KLGA 1A5XA 4F3TA 3QLHA 4BACA 1D5AA 4FM2A 4B8AB 4FM0A 5HLFA 4J2AA 1EX4A 1LWEA 1G15A 3SQ0A 1DTQA 5HBMA 1RT2A 1A5WA 3AA3A 4DTRA 4CK1A 3QEIA 3QEXA 4ELTA 5JS2A 4KHWA 1CZBA 3TARA 2LSNA 4M3RA 3VQ6A 3ZSVA 2B4JA 1L3VA 1U45A 4FZXC 3EYZA 4FK4A 4NYNA 2G8VA 4DQPA 4B9TA 4FXDA 4FW2A 2E6LA 3TAEA 4C8MA 1WSFA 4FW1A 4BWMA 1BI4B 1A5VA 2ATQA 4MFBA 4G1QA 3RTVA 4DFKA 1VSHA 3VQ9A 3SCXA 4OKEA 1LV5A 2FBYA 3P83D 2IOCA 2IGIA 1LW2A 1S9GA 3QETA 3V6DA 2RPIA 3OYMA 5KRSA 3DRPA 4GMJB 4KI6A 1X1PA 4RG8A 3WNFA 3HYFA 2F8SA 1BCOA 3SUQA 1EP4A 5J2QA 3DLHA 4CJ3A 4FJKA 2RF2A 3F73A 4Z4HA 3D0PA 2YHAA 1C0UA 4CEOA 3O4QA 4DSFA 2FC0A 2YNGA 3PO4A 3K2PA 3T3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W40A 1JXEA 3OVNA 1NKEA 4X66K 1L3SA 1KD1O 3THWB 1WLJA 1T05A 3ZX3A 3I8DA 2O8FB 4CGIA 2A1RA 4OGEA 4CGJA 5AQQA 3TAPA 4DV0K 4FJLA 2IS3A 1S5JA 3L3UA 1J54A 1BGXT 3CM6A 1LAVA 4IFVA 5AQKA 4A57A 4WFAL 1ZBFA 2B6AA 2KKZA 1VQ6N 2DFHA 2HBMA 2Y1JA 3U8XA 1ZBUA 4DTPA 1IKVA 3SV3A 4BRDA 4J2DA 4ZHRA 5C42A 3JXUA 3AVAA 3PV8A 3J7AP 2AJQA 2E5LK 4JV5K 2HNZA 4N47A 4CJPA 3B6PA 3QIPA 1HUXA 1VSKA 4LF6K 3ZSQA 5KPTA 1NKBA 5LJWA 3ZT1A 4BQZA 5KGXA 3K9KA 4PKIA 3HM8A 4M63C 3NH1A 1VSEA 1TK0A 5CZ1A 3ZEUA 4XH5A 5DM6L 4EHUA 1NGAA 3LAMA 1OH7A 4WYBA 1IV0A 4JI7K 4IG0A 1SZ2A 1RT1A 3PY8A 4F8RA 4FLUA 4XH4A 4YFUA 3AO3A 1C6VA 4OO1J 4JI3K 4BDZA 2NRTA 4I2PA 1HYZA 4M3UA 1BA1A 3BF3A 4QCLA 3SPZA 1YUWA 2VGMA 3VETA 4B9VA 3VENA 1UAXA 4FLVA 5I9EB 3AV9A 3MN6A 3FE1A 4JS4A 2O4GA 4H03B 4CBXA 3MXMA 3L3VA 2PAVA 3S3OA 1BISA 4CZFA 3AVJA 3D2EA 1TYQB 2HHVA 3LL3A 1H1VA 3O80A 3MCAB 2HHXA 2FBTA 1RTIA 4O5BA 3ISNC 2A5XA 2VCPA 2QKBA 1NOYA 2NZTA 3DI6A 4JRQA 3Q7CA 1J5EK 4KREA 4H0XB 3VA3A 3KIOA 4M7YA 5H1SQ 1NGJA 3O9SA 4KAZA 4DLGA 4O55A 2E2OA 3LDOA 4FPAA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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