3LP3A

P15 hiv rnaseh domain with inhibitor mk3
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
SYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for the inhibition of RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase by RNase H active site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords p15
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lp3A00
4N5SA 4ID1A 5JS1A 2B4JA 3OYIA 2I5JA 4DS4A 2NUBA 4KHWA 3VQEA 4OKJA 3EY1A 3V6DA 5E41A 4IG0A 4CF2A 1FK9A 3S3NA 4KHYA 5HBMA 1SKSA 4FJXA 3HPGA 5CYMA 1BGXT 4KV8A 1HNIA 2EX3A 1JXBA 1YT3A 2YNGA 3F9KA 4ELVA 4FJ8A 1LWFA 1BCMA 3V1OA 1IKXA 1LW0A 3ZT1A 3AO5A 3C6TA 4MQ3A 1J9AA 2WOMA 4E1NA 4JRQA 1KLNA 1YTUA 3MXJA 2P51A 3AV9A 3NFAA 2D0CA 4CHNA 4N47A 2X78A 3OYNA 3K5MA 3KLHA 1C0MA 2RF2A 4DFJA 3I0SA 1D5AA 3K5LA 4BACA 1RCHA 1RT7A 1UWBA 1RDCA 2ZE2A 4Q0BA 2HHSA 4CEEA 1ASWA 2Q3SA 2BGGA 5JS2A 3RWUA 4CJ3A 4FLTA 3M8RA 3OYLA 3VA0A 1LV5A 1TKTA 4HCBA 1LAWA 4E89A 4JS5A 2IOCA 1HNVA 3AVJA 4AHSA 2QKKA 1HQUA 1SL0A 4BE0A 4CHZA 3LP3A 3QEVA 4CJUA 2R7YA 3S9HA 1JLEA 1DTTA 4HCCA 3ZSXA 3RR7A 1HYSA 2HHVA 1KTQA 1JL1A 3HSTB 4W5TA 1RDAA 2WONA 3AVFA 1BL3A 1JLCA 4E7LA 4FJMA 1J54A 4M3YA 4CGFA 1SUQA 2IGIA 3LWMA 3T1AA 3JYTA 3TWHA 2HNDA 4PQUA 5EU7A 1HRHA 3G10A 2Z1HA 2YKNA 3LAMA 4FLVA 4DF8A 1UA0A 3RRGA 3NBPA 3OYAA 4CJRA 3VQPA 4M41A 1BI4B 2GBZA 3OYFA 1KFSA 4FLUA 4AILC 3LAKA 4CJKA 3L8BA 2QK9A 4Y1CA 1JLQA 3ZCMA 1BIZA 3VQAA 4CJ4A 4K8ZA 4CF1A 3NF9A 1NJZA 1D8YA 3AO4A 3V81A 3TAQA 4KRFA 3VQ9A 4M42A 4EP4A 3CFRA 1TAQA 4FJ9A 1NKEA 1KCFA 4DSEA 4B9NA 3PY8A 1S5JA 4QCLA 3AA4A 3S3OA 3V4IA 3OVNA 2G8IA 1HYVA 3SV4A 1FXXA 4HHTA 4ELTA 1XWLA 2YHBA 4DTPA 3DOKA 3P5JA 1NJWA 1RNHA 4B9MA 4KI4A 3F73A 1T7PA 3KLEA 3AA5X 4EP5A 2FC0A 3B6PA 1F21A 4KREA 3C95A 1QS4A 4QAGA 4KHQA 4B9TA 1HQEA 4B08A 4FJKA 3HO1A 3DYAA 4FJ7A 3D45A 4M3UA 4KHNA 3MECA 3BGRA 4FJGA 3L3VA 2P5OA 4K8XA 4FJ5A 2GV9A 3SQ2A 4ICLA 5KRTA 3HJFA 3DLBA 4O0JA 3S3MA 1NOYA 4JRPA 3U6FA 1L5UA 2Y1JA 3QNOA 3SUPA 3DRSA 3KD5E 1XI1A 5FDLA 1Y97A 4FLWA 3SUNA 3M8SA 4C8LA 4QOZB 3KD1E 1NK6A 3AA3A 1ITGA 3NH0A 3LP1A 4DQIA 4CGDA 1RT2A 4F3OA 3HXMA 2HNZA 3L3UA 4Q5VA 3L2UA 2Z1GA 3LZIA 4W5OA 4Y1DA 3AO3A 2KFZA 3AVNA 4E0DA 1U47A 3RMAA 5HRPA 1WNSA 4DTSA 2KW4A 4R5PA 3BDPA 3CM6A 2XO7A 1U49A 2X74A 1A5WA 1VSEA 4O55A 3LP0A 3KJVA 2D0AA 3HVTA 4FJIA 4H8KA 5FROA 1D9FA 3OYDA 1TAUA 1IO2A 1O1WA 1R0AA 1LW2A 2HVHA 1BCOA 4LH4A 5C24A 4FM2A 1REVA 4FM0A 4DTRA 5J2NA 3KLFA 1VSFA 4EZ6A 4FK0A 1CLQA 4GW6A 4CK2A 4BWJA 5SZTA 3V9WA 5HLFA 1Z26A 1I39A 2LSNA 1U45A 4DS5A 1CXUA 1N5YA 1RTDA 1VSKA 1NKBA 4J2BA 2OPSA 1S1VA 2DFEA 3O4QA 4CIEA 2HVIA 4RW9A 3TAGA 1C1BA 3V9XA 1S6QA 3SQ4A 2OPPA 1X9SA 3HK2A 5K14A 3LP2A 1RDDA 3DI6A 1TL3A 1RBUA 4CGIA 4F2RA 1QSSA 4Z4EA 3O3GA 4DU1A 2F8SA 1XHZA 2Y1IA 1HYZA 2QXFA 4AHUA 2D5RA 2JLEA 3OS0A 1C1AA 4N56A 3HVRA 5HRRA 2OA8A 3HP9A 4DTJA 3ZSQA 3L2WA 3ZSRA 3T19A 3NAEA 3OJUA 1WSIA 3EYZA 1LAVA 2G8KA 4CF0A 3K58A 3ISNC 2E6MA 4E7HA 1ZBLA 1TK8A 3B6OA 3CM5A 2YNHA 5T7BA 3WNGA 3OYBA 1A5VA 1RILA 3AVLA 1S1UA 1FKPA 1IH7A 2OPQA 1SKRA 4B8CA 1TV6A 4CE9A 1VSJA 3ASMA 4CEDA 2B5JA 3NH1A 4ZTJA 4FK2A 1UA1A 4DWIA 2HHWA 1RT1A 4I9LA 4C8NA 4CJEA 3ZSZA 1BQNA 4DTUA 4PUOA 4DFPA 1JKHA 4OPKA 3ZSYA 3V9UA 3L2RA 3WNHA 1BQMA 1CZBA 1EETA 2OPRA 4B8AB 5SWMA 4CEZA 3IS9A 2RKIA 3AVAA 1JLGA 4FM1A 3QEXA 4CJLA 1XC9A 4HUGA 3RR8A 4E7IA 1NK9A 4LH5A 4FLXA 3QEWA 1C0TA 1RTIA 2IAJA 4CEFA 1TK0A 1WAFA 1HPZA 1WAJA 4CFDA 4C8KA 2HW3A 4CHOA 1RBVA 1NJYA 4CK3A 3HYFA 3SNNA 4DTXA 4LSLA 3OS2A 5KI6A 3KTQA 1WSFA 2ETJA 3KLGA 1VSMA 2KQ2A 3VQQA 1FKOA 3OJSA 3JSMA 3VQ6A 2E4LA 3KKSA 3CQ8A 3QERA 3DLEA 2XY6A 3QESA 3CFPA 1TKDA 4FW2A 3K5OA 3AO1A 3MEGA 4CFCA 3K5NA 4AH9A 4DQQA 4B9LA 2HHUA 4OVLA 4FLYA 1TKXA 4RW6A 4DFKA 2DFFA 3PV8A 3MEEA 3PX4A 2PY5A 5D3GA 1ZYQA 1SL1A 4H4MA 2G8FA 3SPZA 4XIUA 4CESA 4I2PA 3U3GA 1GOBA 4PY5A 3TAFA 2F8TA 1VK0A 1S1WA 1HJRA 1S9EA 3NH2A 5CZ1A 1JLFA 3SCXA 2O4GA 1Q9XA 3IAYA 3QIOA 1LWCA 3SQ0A 1RT4A 1RTJA 1L3VA 1B92A 1XHXA 4Z4CA 4UQGA 1QTMA 5KGXA 1NKCA 2FBTA 4DLGA 4FW1A 1TGOA 1EXQA 4F4KA 3MEDA 2G8WA 2VG5A 1RTHA 4DMNA 4J2DA 1NK7A 3I8DA 1QSLA 4DLEA 4Z0UA 4FJNA 3HPOA 1KVAA 1WSHA 1X9MA 4ZTFA 2XRIA 4CJWA 3DLRA 3FFIA 4I2QA 1VSDA 3TI0A 3V1QA 1QQCA 4DTOA 3DMJA 4H4OA 2ATQA 3LPUA 3AA2A 1TKZA 1VSLA 1C6VA 2X6NA 3OYEA 4ELUA 3E01A 3DLGA 4HUFA 3DLHA 3LPTA 4IBNA 3H08A 4E7KA 4KPYA 3ZT3A 1EX4A 4ID5A 4O4GA 3MAQA 3NE6A 4O0IA 4F8RA 4M3RA 1RBRA 3DRPA 3KLIA 4NYFA 3EZ5A 5KTQA 4RW8A 4FYDA 4NCGA 1DTQA 2YKMA 4FLZA 4DU3A 3VQ7A 3OYJA 1SKWA 1RDBA 4B3OA 3SJJA 2P5GA 3HL8A 4HTUA 1B9FA 1Z25A 4FXDA 3PX0A 3A2FA 4CHYA 5KRSA 4E7JA 4DTNA 3V1RA 2W42A 4DTMA 4KTZA 1RT5A 3K57A 5J2QA 4M45A 1RBSA 1WSEA 3SI6A 1ASUA 1IG9A 4FK4A 3NF6A 1I3AA 4GMJB 4AHCA 5DMRA 4Z4HA 4CEBA 3AVIA 3DRRA 2PYJA 3QIPA 2G8VA 4N41A 2BE2A 4NYNA 5J2MA 1YVUA 4OLAA 1KVCA 4WE1A 4AHRA 4ZHRA 3SQ1A 1RBTA 4CJTA 4LSNA 5C42A 3OYCA 5FRMA 2A1RA 3AVCA 3D0PA 3O3FA 4HUEA 1U48A 1KFDA 2FBXA 3P1GA 4CIGA 1VSHA 1JXEA 4E1MA 3ZT2A 4DQRA 3TANA 4B9UA 1TL1A 3THVA 4L8RB 1SV5A 1CZ9A 1MU2A 1KSPA 4FZYA 2VWJA 4DQSA 3L2VA 2YNIA 4AHVA 5J1EA 2PZSA 1X9WA 4RW4A 2X6SA 1LWEA 4KKOA 2A1SA 3HT3A 4CCHA 3KK3A 4DSKA 4DU4A 2OZMA 3QEPA 4CJPA 5J2PA 3RMBA 1U4BA 1NK0A 5HRSA 3PX6A 3T3FA 3ZT0A 4F3TA 3TARA 3AVGA 4IFYA 3NGIA 2DTUA 5DK5A 3ZSOA 2YNFA 1S1XA 1ZBUA 2PYLA 4CJ5A 4I9QA 2FBVA 4Z4IA 4CJSA 1T05A 4IFVA 4KHSA 1WLJA 3HM9A 3LDSA 1J5OA 1WSGA 3LWLA 3U3YA 4C8MA 4JS4A 1BHLA 4DF4A 4GVMA 1KRPA 4KB0A 4PA1A 5KGWA 4YNQA 4E3SA 3QEIA 1D9DA 4CEAA 2ITGA 3V9SA 1QSYA 3V9ZA 4B9VA 1WN7A 2JGUA 4O5BA 4CERA 2XY7A 3WNFA 1N6QA 4CGGA 3ULDA 1S6PA 3TAMA 4Z4FA 4Z4GA 2ZQBA 5CZ2A 2O4IA 3P83D 3ZSWA 4CEOA 1GOAA 4FCYA 5CY4A 3VA3A 2YHAA 1EKEA 4OPJA 3NGYA 1VRTA 3C94A 1T8EA 1VSIA 1UAXA 1NOZA 3QINA 1HMVA 1S9GA 4AHTA 4OKEA 4W5NA 1TVRA 3AVKA 5HP1A 4DSJA 4DG1A 3MXMA 2G8UA 1RT3A 1T03A 2GUIA 1Q9YA 2RN2A 1UOCA 4KTQA 4N76A 1W0HA 2B6AA 3DM2A 3M8PA 1L3SA 3AVHA 4M3WA 4OKKA 2OZSA 4NCAA 3NF7A 4FVMA 1NJXA 4IDKA 1JLAA 4FJJA 3NDKA 2HMIA 4FJLA 4CJFA 3TAPA 4C8OA 3KIOA 1NK8A 2ZD1A 4RW7A 3VN5A 3SYZA 2HHXA 4E19A 2BDPA 3NHGA 4FZXC 2FBYA 1S1TA 3PUFA 1C1CA 4M3TA 3OYKA 3HP6A 1IKYA 3SZ2A 2DY4A 2VG6A 2OYQA 4FZZA 2XHBA 3SUOA 3SV3A 4CHQA 4OLBA 3IG1A 3G0ZA 1JLBA 2Z1IA 2DFHA 4CECA 4LY7A 5C25A 4LD0A 3VQDA 3I0RA 5CYQA 3PO4A 3QLHA 1RT6A 1ZBIA 2RPIA 4CK1A 2QKBA 2VG7A 1BISA 4MFBA 5I42A 5HROA 2E6LA 2IS3A 3ZT4A 3UIQA 4DQPA 2D0BA 3QO9A 3MXIA 3ZSVA 3K59A 4BE1A 2XY8A 3C6UA 4CJVA 2Z1JA 1NK5A 4HVJA 1CXQA 4TSXA 1QE1A 3NCIA 3LANA 2KTQA 4PWDA 4FJHA 4KAZA 4CJQA 4DSFA 4F2SA 5HRNA 4CFAA 3OYMA 1L3TA 3QNNA 2EHGA 3OY9A 4BE2A 3CFOA 4B9SA 3DLKA 3ITHA 1U04A 3K2PA 4KO0A 3TR8A 2AJQA 3ALYA 3RMDA 4M3ZA 1TK5A 2IC3A 3RMCA 4OGCA 3OS1A 1K6YA 4YFUA 2G8HA 1NK4A 4DSIA 3SPYA 4CHPA 1KVBA 3NGZA 4BDPA 3QETA 1GOCA 4KI6A 2KFNA 4BWMA 4CF9A 4W5QA 1DLOA 1G15A 4CIFA 3RRHA 3VQ4A 3IRXA 4DSLA 1JL2A 3LALA 3AO2A 1VRUA 4W5RA 1Q8IA 2IDOA 4CF8A 4NCBA 2HHTA 2XY5A 2P1JA 1BIUA 4CGJA 1L3UA 4EZ9A 1IKVA 2YV0X 3PO5A 4KFBA 3VQ8A 3TAEA 3KK2A 1B9DA 3O3HA 1KLMA 4DFMA 2KZMA 4CGHA 4G1QA 3LZJA 4BDYA 1WSJA 1IKWA 3HPHA 3VQBA 2HHQA 2F96A 3CG7A 3TABA 4M3XA 2HNYA 2KZZA 3KKRA 3M8QA 3VQCA 1X1PA 3OYGA 4KB1A 4CEQA 3KK1A 1BI4A 1ZBFA 4J2EA 5FRNA 4IG3A 4CFBA 3AVMA 4I7FA 1YTAA 5I3UA 2HB5A 3OYHA 4BDZA 3RTVA 4JLHA 4J2AA 4KHUA 3CYMA 1W9HA 3AVBA 3WNEA 4OJRA 4IKFA 3DOLA 3NF8A 1EP4A 4KTWA 1ASVA 3O4NA 1SL2A 4O44A 1QHTA 4RG8A 3SUQA 1ZBHA 1J53A 1C0UA 4OGEA 3L2QA 3VQ5A 2VWKA 2BANA 1A5XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CI5A 2P9SB 5JS1A 4IXCA 2QWPA 1EO1A 2JWLA 3VQEA 4OKJA 2EWSA 4IOCL 4CF2A 4IJAA 3H6EA 5HBMA 2IIRA 5M1FA 3HPGA 4KV8A 4B1ZA 1JXBA 4JYAK 1ILYA 1LWFA 4EIAA 4JKCA 5GIOA 1BCMA 3V1OA 5KPZA 4H5NA 1SQKA 1KLNA 1C0MA 2RF2A 4U7BA 1EWRA 4FVUA 3ZETB 4L3QA 2OANA 4GV3A 4BROA 4BACA 5I9EB 1VQ7N 3UKRB 1U6ZA 4Q0BA 2HHSA 5AFUA 4CEEA 3EE8A 4QS8A 5JS2A 1KC8O 1LV5A 3L4IA 1LAWA 4E89A 3AVJA 4AHSA 2O8EA 3CJ9A 4EFHA 3LP3A 3QEVA 3OTOK 1JLEA 1HYSA 3ZSXA 3RR7A 1JLCA 4Z94A 1J54A 2IGIA 2P9LA 3VOVA 4BR0A 3LAMA 2YKNA 4YOTA 1UA0A 4CJRA 1NM1A 2A42A 1BI4B 2O8DA 3AGRA 1JLQA 3BZKA 1HKCA 4CJ4A 2WUSA 4JKDA 3NF9A 1NJZA 4KRFA 3AO4A 3V81A 2IVPA 3VQ9A 4EP4A 4FJ9A 3V4IA 3SV4A 4CZEA 5JVHL 1T44A 4KI4A 4JV5K 1F21A 3C95A 1QS4A 4QAGA 4F9OA 1NMDA 1MWMA 3D45A 3BGRA 2E1YA 3SAHA 1NGAA 3UKRA 4MLHA 4ISFA 4ICLA 5EOYA 3CIPA 4O0JA 3S3MA 3P38A 1L5UA 3ZLJA 3QNOA 1QHAA 3GL1A 3KD5E 2HBKA 3I56N 4BGBA 3KD1E 1ITGA 1YI2N 5AQIA 3L3UA 4JI4K 3D2EB 4W5OA 4IEIA 3RMAA 3GG4A 1YAGA 1WNSA 4DTSA 2KW4A 4CZHA 3CM6A 1U49A 1A5WA 4B3MK 4O55A 4BRHA 3HVTA 5FROA 1IO2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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