3LP3A

P15 hiv rnaseh domain with inhibitor mk3
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
SYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for the inhibition of RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase by RNase H active site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords p15
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lp3A00
2HHUA 4HVJA 1X1PA 4CK2A 4FLUA 3QEXA 1X9SA 4DFKA 5CY4A 3QNOA 2OYQA 3DI6A 4DTJA 2F8SA 1RT6A 5KI6A 5SZTA 4CFBA 3AVJA 1JLGA 3DYAA 3VQPA 4K8XA 4JS5A 1S1XA 3AO5A 3VQCA 4CJSA 4CEQA 1LAVA 1KRPA 1C0MA 4B9VA 3LPTA 4LY7A 1SL0A 4CGHA 3CM6A 1ZBFA 2PYJA 1WSEA 1TKTA 4RW9A 3ZSYA 3NH1A 3TANA 1REVA 4FJ9A 4M3UA 5I42A 4M3TA 3ZSVA 3ZSRA 4E7LA 4FJXA 3NGZA 2ITGA 1W9HA 2FBYA 3IRXA 1NJXA 3PV8A 4DTRA 2HMIA 4CHZA 4Z4GA 4C8NA 1L3TA 4M41A 1S1TA 4RG8A 4J2BA 4DTNA 3T3FA 5J2PA 1I3AA 1RBRA 4YFUA 4IG3A 4O5BA 4CJLA 3NF9A 4E0DA 3NBPA 4N76A 3OVNA 4FLVA 1O1WA 4PA1A 4M3ZA 1XI1A 1T05A 4I9LA 4HUEA 4E3SA 3ASMA 2IAJA 1BL3A 2WONA 3DLEA 4CJRA 1KFDA 1RDCA 4FM1A 1IKYA 1TGOA 1F21A 2IS3A 2VG7A 4CFDA 1BIUA 1RBUA 3HVTA 4H4MA 4CK3A 4LH5A 1BHLA 3QINA 4OKJA 1Z25A 2X6NA 5KRTA 3NE6A 5EU7A 4CJUA 4CK1A 3TAGA 3L2VA 1IO2A 4DFPA 3RRGA 1C1CA 4N41A 4CJEA 4CJ3A 4CGGA 2G8KA 3G0ZA 2Z1JA 1WAJA 3CFPA 4HUFA 4FW2A 3SQ2A 4FJMA 4CEBA 1J9AA 4I2QA 1HYSA 3DOKA 3V9WA 2RKIA 4B08A 2B6AA 4I9QA 3RRHA 3OS0A 1VRUA 3OYDA 2E6LA 1NJZA 4CJ5A 4Y1DA 1WLJA 3AO3A 4B8AB 3NGIA 1LAWA 3AVIA 3SPYA 1RBSA 3RMAA 2IGIA 3QIOA 1B9DA 1TKXA 3A2FA 4KHNA 1N5YA 4AH9A 3IS9A 4E19A 2PY5A 1VSJA 3S3MA 4CEFA 2EX3A 4DQPA 3NF7A 4W5OA 1UA1A 3TAFA 1N6QA 4CJ4A 2YNGA 3OJSA 2OZSA 4I2PA 3VQDA 2DTUA 3MECA 5HRNA 3OY9A 2YHBA 3C6UA 4CFAA 2OPSA 4FJJA 1W0HA 3LWLA 2P5GA 3HK2A 1D9FA 3M8PA 4DQQA 1HPZA 4CF2A 4CGJA 4CGFA 4CHPA 4IDKA 4LSNA 3O3HA 1HNIA 4C8OA 1RT1A 4J2EA 2KZZA 4JRPA 3AA3A 4OJRA 1B92A 3T1AA 1YVUA 4CHYA 3LANA 3VA3A 2KTQA 4FM2A 3FFIA 4M3XA 4CF9A 3EY1A 1U49A 1TK5A 2HHXA 3V1RA 4M3RA 1FK9A 4C8LA 4JS4A 3THVA 1RDAA 3C6TA 1KLNA 3ZCMA 3QLHA 4KRFA 3CFRA 1S9EA 1JL2A 1EETA 1A5VA 1VSKA 2G8UA 4FK2A 1LWCA 4B9LA 4F4KA 4KI6A 4Z4HA 5T7BA 3U3YA 3DM2A 3V4IA 5J1EA 4FLXA 3KLGA 3SV3A 1B9FA 3I0RA 1RT3A 1TV6A 4IBNA 1L3SA 3VQAA 1QTMA 3L2QA 3TI0A 4ZTJA 3S3NA 4CEAA 4C8KA 2BGGA 5CYMA 4F3OA 4NYNA 2VWKA 5HRPA 4QAGA 2D0CA 1T03A 3C95A 5KTQA 1XHXA 3NGYA 4Z4CA 1JXEA 4CEOA 4DU4A 5FROA 3JYTA 4FJNA 3D0PA 2FC0A 1U48A 3ZSXA 1RT7A 4DTSA 1LW2A 3AO1A 5K14A 3TAMA 1FKPA 1CXQA 3OYNA 4FZZA 4KO0A 5C24A 4FVMA 4HHTA 1QE1A 1Y97A 1WAFA 2LSNA 4AHSA 3QO9A 4AHTA 4BDYA 1FXXA 3DRPA 2HNDA 4LH4A 4Y1CA 3QESA 2HHSA 3KK2A 4H4OA 4KAZA 3DLRA 1JLEA 3NAEA 3SUOA 3WNHA 1BCMA 3CG7A 1L3UA 1FKOA 3IAYA 4QOZB 3L3VA 4CF1A 4K8ZA 1C0TA 3VQ6A 3OS1A 3TARA 3LALA 1T7PA 4CIGA 5I3UA 1DTTA 3NF8A 1I39A 3O3FA 1G15A 3K59A 2E6MA 1TK0A 3HT3A 2KZMA 1UOCA 3V9SA 2HHQA 1XC9A 3LAMA 4CERA 3HO1A 3BGRA 1T8EA 2OPPA 1CZ9A 4W5NA 3TABA 3VQ4A 3TAQA 1IKXA 3HL8A 1S9GA 3AVBA 3K5OA 3K5NA 2BE2A 1A5WA 4DTPA 4DF8A 4GW6A 3S9HA 3TAPA 4DSLA 1SL2A 4DTUA 1KCFA 2HB5A 3OYIA 1RT4A 1SL1A 1RDBA 3P5JA 3NH0A 1SKRA 2DFEA 2X6SA 4B9UA 5HRSA 4DSKA 2XO7A 4FLTA 4B8CA 4DQRA 5HBMA 3UIQA 5KGWA 1EXQA 1JLBA 4CJPA 3OS2A 4FLWA 2G8HA 4ELVA 1YTUA 4ELTA 4DQIA 2R7YA 1WSIA 2D0BA 1UA0A 4NCAA 3AVFA 2YKMA 3KKSA 1J54A 2E4LA 3ITHA 4OGEA 4E1NA 3SPZA 1HJRA 4FLYA 3AA5X 2A1RA 1QSSA 1DTQA 1JLQA 2O4IA 5FDLA 5CZ1A 3QEVA 4DSIA 1CXUA 1VSEA 2X78A 4KHWA 2AJQA 4E7JA 1SUQA 1R0AA 2G8FA 1S5JA 3SCXA 4FJGA 4N47A 3ZT2A 4Z4IA 1NOYA 3NCIA 3O4NA 4DLEA 4DS5A 1U4BA 3KIOA 4FYDA 3NF6A 4W5TA 2ZQBA 3P1GA 1WSFA 1TKDA 3ZSQA 1UAXA 4WE1A 2QKKA 4G1QA 3AVHA 1IKWA 1KVCA 3IG1A 3ZT1A 4CIEA 4JRQA 3QEPA 4M3WA 4F3TA 4OLBA 4DMNA 4GMJB 3CQ8A 4O55A 1GOCA 2I5JA 3K58A 3I8DA 4CJTA 3RMDA 1RDDA 1ITGA 5HP1A 1RILA 3HYFA 1LWFA 1S6PA 4EZ9A 3M8QA 2PZSA 4EP4A 3P83D 3EZ5A 1VRTA 3QEIA 3QERA 2XY6A 2DY4A 3MEEA 4QCLA 1KFSA 3KJVA 4FJIA 4BWMA 2X74A 4KTQA 3SUPA 2HW3A 5E41A 1X9MA 3WNGA 1VSMA 1NK0A 4DS4A 1QS4A 4PWDA 4B9SA 4MFBA 2IC3A 3SQ0A 3DMJA 3U6FA 2W42A 2QKBA 3DLBA 1JLFA 1RTJA 1LV5A 4LD0A 1EP4A 2XY7A 4CGDA 1NK7A 1NKEA 2FBVA 1Z26A 3LP0A 3SYZA 4TSXA 1NJWA 3CFOA 1QHTA 3D45A 3E01A 3HJFA 4M45A 2JLEA 5J2MA 3TAEA 4DLGA 3TR8A 3RR8A 4KV8A 1BCOA 3AVGA 3V9UA 1SV5A 3OYGA 3AO2A 4GVMA 3RMCA 2YKNA 1D5AA 2BANA 3OYFA 4RW6A 4FW1A 3AO4A 3VQ9A 1J53A 1HQEA 3DRRA 2G8WA 4J2AA 3LWMA 2F8TA 1XHZA 1ASUA 3VQ7A 3MEDA 3K57A 3PX0A 4ID5A 4O0JA 2HNZA 4IKFA 2P5OA 4FJ5A 4MQ3A 1NK4A 4CFCA 1S6QA 3OYBA 2XY8A 2PYLA 1TK8A 5FRNA 4PQUA 3LP2A 4CEDA 2RPIA 1BQMA 1C6VA 3I0SA 3LZIA 2XY5A 5HLFA 4EZ6A 1GOBA 3AVMA 3VQQA 4AHUA 1U04A 4CF8A 1ZBLA 1NK9A 3G10A 4DWIA 4AHCA 1BGXT 3AVLA 3H08A 5C25A 2FBXA 4BE2A 3PX6A 4F2RA 4I7FA 4ELUA 3T19A 3HXMA 3VQEA 4XIUA 3LDSA 2DFHA 3VA0A 5HROA 1KSPA 4W5RA 3KLIA 4J2DA 4DG1A 4Q5VA 2Z1GA 3K2PA 1NK6A 3ZT4A 1QSLA 1JXBA 3MXJA 3KD1E 4FK0A 4DFJA 4FJLA 5JS1A 2HNYA 4FJKA 1RBTA 4AILC 1RT2A 4E1MA 3HVRA 3RMBA 3EYZA 1LW0A 2YNHA 3AA2A 3LPUA 3HP6A 1VK0A 3AVNA 3OYLA 2QK9A 4FK4A 3K5MA 4IFVA 3SUNA 4BACA 4B9MA 3WNEA 3HPGA 3M8SA 4PY5A 4NCGA 3SI6A 4OKEA 2B5JA 4OKKA 1JLAA 3KK3A 3MEGA 3ZT0A 2DFFA 4CIFA 1NK8A 4B9NA 1CLQA 4DTXA 2ZE2A 2OZMA 2KFNA 3MAQA 2KQ2A 2JGUA 1IH7A 1RBVA 5CYQA 3K5LA 5J2NA 4HUGA 2D5RA 3B6OA 4IFYA 2RN2A 3HPOA 3LP1A 3QEWA 3AV9A 1SKSA 4FJ8A 4LSLA 1CZBA 3KLFA 1JLCA 3RTVA 4OPKA 1VSFA 1WSHA 3AVKA 4KHQA 1RTDA 3KTQA 4L8RB 3QETA 1Q9YA 3ZSWA 1JKHA 2G8IA 2EHGA 3V6DA 1SKWA 3HP9A 4AHVA 4Q0BA 1VSHA 3PO5A 1RTHA 1NK5A 4Z4FA 4R5PA 4CHQA 1BI4B 1U45A 1GOAA 2B4JA 1HYZA 4KB1A 3WNFA 1HQUA 4KPYA 4E7HA 4OLAA 2VG5A 3NHGA 4KHUA 4Z0UA 4H8KA 3M8RA 4RW4A 3TWHA 3AVCA 1TKZA 2A1SA 4KKOA 4DSEA 2FBTA 4CESA 3OYEA 1QSYA 4BDPA 3DLHA 3B6PA 3AVAA 2WOMA 2OPQA 1EX4A 3L8BA 4W5QA 4N5SA 1WNSA 3HM9A 4FCYA 4B3OA 4KTWA 4ZTFA 4CEZA 2XRIA 4NYFA 4OPJA 1NJYA 3PO4A 1MU2A 2F96A 1BI4A 1NOZA 4EP5A 5J2QA 3LZJA 1XWLA 3HSTB 4DF4A 2VG6A 4CGIA 3JSMA 4BWJA 3OJUA 2QXFA 3VQ8A 2VWJA 2YHAA 2KW4A 3PUFA 3C94A 4CJFA 4N56A 1UWBA 1VSDA 3MXIA 3SJJA 1ZYQA 1KLMA 3HPHA 1NKBA 2Q3SA 3VQBA 3SV4A 4FJHA 1WSJA 2GUIA 2XHBA 4KHYA 5C42A 1L3VA 1HNVA 1HRHA 2IDOA 3F73A 1TVRA 3SQ1A 3QNNA 4O4GA 1ASWA 3ISNC 1YTAA 4HTUA 1S1VA 4NCBA 1BISA 1TL3A 4CF0A 5HRRA 4CJQA 4JLHA 4DTOA 4F2SA 4FXDA 3MXMA 4FM0A 3LAKA 1TAUA 3DLGA 3AA4A 4ZHRA 3OYAA 3OYKA 3ULDA 1RT5A 5JS2A 4M3YA 1BIZA 2KFZA 1EKEA 3O4QA 1WN7A 3KLHA 3L3UA 4FLZA 4DU3A 3SNNA 2G8VA 4CCHA 1KVAA 1KVBA 4CECA 3F9KA 1L5UA 4HCCA 1C1BA 4KREA 2HHWA 1IKVA 1DLOA 4OVLA 3ZSOA 3LP3A 4FZYA 5FRMA 4UQGA 1J5OA 5KGXA 2IOCA 3VN5A 3OYHA 3PX4A 2ZD1A 3L2WA 1NKCA 2HHTA 1KTQA 4DFMA 4C8MA 4FZXC 1RCHA 2ETJA 1U47A 3KD5E 2OPRA 3KK1A 3CM5A 3RR7A 1ZBIA 1Q8IA 3V1QA 1HMVA 3PY8A 2P51A 3NH2A 3VQ5A 1K6YA 3OYMA 3V9XA 3RWUA 4RW7A 1D9DA 1RTIA 2D0AA 2ATQA 3NFAA 3S3OA 4DSJA 4KHSA 4YNQA 3L2UA 1A5XA 4KFBA 2Y1IA 3OYCA 2GBZA 3ALYA 3QIPA 4ICLA 4RW8A 4CJWA 2GV9A 2YNFA 4O0IA 1IG9A 3DOLA 5KRSA 2Z1IA 2Z1HA 4BE0A 1S1UA 2BDPA 4CJKA 4E89A 3V1OA 4CHNA 1ASVA 1WSGA 3ZT3A 3V81A 1X9WA 4O44A 4Z4EA 3KLEA 2HVHA 4HCBA 5CZ2A 1S1WA 1BQNA 1VSLA 3ZSZA 4DU1A 1C1AA 1VSIA 3DLKA 4CEEA 4DSFA 5SWMA 4E7IA 2YNIA 5DMRA 3SQ4A 4KTZA 2RF2A 4M42A 3U3GA 4FJ7A 1HYVA 4DQSA 4IG0A 1YT3A 4CJVA 1Q9XA 4PUOA 3V9ZA 2O4GA 3CYMA 1ZBHA 2HVIA 4F8RA 4CHOA 3O3GA 3SUQA 2YV0X 3NDKA 3BDPA 1RNHA 4OGCA 5D3GA 3KKRA 4ID1A 5DK5A 3L2RA 4KI4A 1ZBUA 2Y1JA 2P1JA 1JL1A 4KB0A 1TL1A 3SZ2A 4B9TA 4CE9A 4AHRA 4BDZA 1QQCA 1LWEA 1D8YA 4DTMA 2OA8A 4BE1A 2NUBA 3DRSA 1C0UA 4E7KA 3OYJA 2HHVA 1TAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LM2A 4BROA 3K9KA 1WBDA 1X9SA 4BRAA 3MWPA 3CJAA 4DFKA 1XQSC 4DTJA 1YXQA 5SZTA 4CFBA 3DYAA 5BR8K 4CEQA 5AQHA 3BF3A 1C0MA 4B9VA 3VGMA 3LPTA 1J6ZA 2NRVA 3RVCA 3NH1A 3ZSVA 4BY9C 3IRXA 4YOTA 3PV8A 4DTRA 3HM8A 4JN4A 3T3FA 4JI8K 1J5EK 4PL7A 2EWSA 4BVPA 1NWKA 4BR0A 4M3ZA 1T05A 3OBYA 4HUEA 4E3SA 4IJAA 3DLEA 4CJRA 2VWBA 1TGOA 1F21A 4CD1A 1Q18A 4H4MA 3QINA 4OKJA 3VGLA 3NE6A 2GWKA 5EU7A 4NXMK 3L2VA 4DFPA 4JKHA 2H3GX 1FW6A 4N41A 4CGGA 4JI6K 2QTDA 4HUFA 4FW2A 4CEBA 4I2QA 4CBUA 3DOKA 3O9SA 3KWGA 2B6AA 5EX5A 1FJGK 4Y1DA 3O9TA 1B9DA 1TKXA 3IS9A 2PY5A 4H5NA 4K25A 2F7TA 3AAQA 4W5OA 1UA1A 2YNGA 1NNEA 2OZSA 4I2PA 3VQDA 2DTUA 5C15A 3OY9A 1Q82O 2OPSA 2ZJQL 3HK2A 4DB3A 3M8PA 3IMXA 4CGJA 4J2EA 2KZZA 4CZMA 4CHYA 1YVUA 3LANA 4AF1A 4FM2A 4JHDB 3FFIA 4M3XA 3SBTA 4EFHA 4M3RA 1RDAA 3MX2A 4MDBA 3CMEN 3CFRA 2P9IB 1S9EA 5C0YA 3THYB 4FK2A 2GTDA 4BR4A 4Z4HA 2QWNA 4FLXA 3T69A 2QWQA 2ITMA 5BRDA 4ZTJA 5CYMA 5IWAK 4F3OA 4JHDA 4NYNA 2VWKA 3KZBA 3CHWA 4DU4A 3D0PA 1M90O 2P9IA 3CCMN 3F2KA 3ZSXA 1U48A 5K14A 3DWLA 3OYNA 3THYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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