3LPUA

Hiv integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rational design of small-molecule inhibitors of the LEDGF/p75-integrase interaction and HIV replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lpuA00
3OS1A 1L3TA 3AO4A 3I0RA 3DM2A 4CHOA 4I9QA 2WOMA 1W9HA 1SL2A 4B9SA 4KRFA 4DS4A 3AVGA 1EETA 1JLAA 1BIUA 5CYMA 3PY8A 4HCCA 4CK2A 3V4IA 2QK9A 4LSLA 3AVKA 2NUBA 1L3UA 5J2NA 3WNHA 4PA1A 1SKRA 3DRSA 5HRPA 4DLEA 4DQRA 4RW9A 1WN7A 1B92A 2JGUA 2RF2A 3NF8A 4CF2A 4W5TA 3BDPA 4XIUA 3ZT3A 3SUNA 4JLHA 1LW0A 1DLOA 3NH2A 2YNIA 4CGHA 1X1PA 2D0BA 4E19A 1A5VA 1IKWA 3LZIA 4M45A 1KCFA 1Q8IA 1J53A 4Z4GA 3KTQA 1B9DA 3HL8A 3ZT1A 1SKWA 3LAMA 3ZCMA 1DTTA 3AA2A 5FRNA 4BWMA 2G8IA 3KIOA 4B8CA 4OKJA 3KLFA 1MU2A 3HSTB 4CFAA 3HK2A 4ID5A 2R7YA 3VQEA 1FXXA 4M41A 4NCGA 4DQPA 4FJLA 1NK6A 3MEEA 4E1NA 4CEEA 3VQ7A 2I5JA 2P51A 4O44A 1TL1A 3NF9A 4CJ5A 4CJRA 2XHBA 2OYQA 4M3RA 1BI4B 3K58A 3V1QA 3LPUA 3SQ0A 1JLEA 1IH7A 1TKZA 2D5RA 3TAMA 1C1CA 4Z4CA 1XC9A 2Q3SA 4EZ6A 4FK0A 5HBMA 1NK7A 1HJRA 4DFKA 3RRHA 5HROA 1VSHA 2BANA 4IG0A 5KI6A 3EYZA 2Z1IA 5J1EA 1VSFA 3CFRA 1BL3A 4F8RA 3AO2A 3SPYA 3VQ6A 1C0TA 3VQ5A 3RMDA 1C0UA 1S9EA 4RW6A 5I42A 1RTJA 3OYEA 2RPIA 5KTQA 4OPKA 4FK2A 4B9MA 2F8SA 2AJQA 2PYJA 3QETA 3NBPA 1UA1A 4FJNA 1SKSA 2B6AA 2E6MA 4CJPA 3NFAA 4FCYA 3QIOA 2KFNA 4FLUA 5HRNA 1KLNA 4ELUA 1BGXT 3I0SA 4PQUA 5SZTA 4IG3A 1CXUA 2RN2A 1U47A 5DMRA 1BQMA 3RTVA 3QLHA 1EP4A 4CEAA 4FLXA 4DU4A 2BDPA 4J2AA 2BE2A 2FBTA 2DFFA 1RTHA 3CFPA 2P5OA 4CIFA 3OYKA 4E7LA 1KFDA 3OYMA 3VA0A 3K5MA 1DTQA 1RTIA 3M8RA 4IDKA 3HVTA 1EX4A 1Z26A 3V81A 2DTUA 3LPTA 3TAGA 2PYLA 4Z4EA 1ASVA 3M8PA 1W0HA 1IG9A 4B9LA 1BI4A 4KKOA 4F2SA 4KPYA 4Y1CA 1D9FA 2HB5A 3DI6A 4OPJA 3V9ZA 4OLAA 3VQ8A 1RDBA 4CJ3A 1HYZA 4CJLA 3OYHA 1IKVA 5FDLA 3L2VA 1RILA 4B9VA 4KI6A 1NOZA 4KTZA 3NE6A 3AVAA 1JXBA 3VQBA 3O4NA 4CJVA 3NGIA 2XY6A 4F2RA 3U3YA 2XO7A 2HHWA 2HW3A 4CIEA 4DSEA 3HJFA 1BIZA 3MEGA 3C94A 1TKXA 4KHWA 4F4KA 1WSIA 1C6VA 4F3OA 4E7HA 1KSPA 2E4LA 4CJTA 3SQ2A 2DY4A 1WSHA 1ASUA 2YHBA 4O4GA 4RW8A 2QKKA 4DTXA 1TAQA 4EP4A 3D0PA 3MXJA 4CEDA 4DWIA 2GV9A 2KQ2A 3EZ5A 4FJ5A 1ZBUA 3E01A 4B8AB 1RBVA 3DRPA 1LAVA 4CF1A 3U3GA 1HYVA 1QHTA 3HPOA 3LWLA 4CCHA 3L3UA 4M3XA 3QEPA 1TKDA 5E41A 3SZ2A 1LWCA 3OVNA 3SQ1A 1Q9XA 2P1JA 5CZ1A 4C8MA 3SNNA 1YTAA 3L2WA 1D8YA 3UIQA 3ISNC 3HM9A 1TK0A 1VSLA 1RT1A 1ASWA 1VSIA 1A5XA 1K6YA 1VSJA 2VG7A 2YV0X 3VQAA 4CHPA 4YFUA 4HUFA 4ZTJA 4M3UA 1CZ9A 2HHVA 3O3FA 3L2QA 2IAJA 1S1TA 3KKRA 4OJRA 3DLEA 4O0JA 3DYAA 4CECA 4AHSA 4B9UA 1JLBA 4KHSA 1X9MA 3OYDA 2Z1GA 1S1XA 1I3AA 3AVFA 1XHXA 1YVUA 1ZBFA 2VG6A 4E7KA 4FK4A 1RBRA 3AVBA 4N76A 3RMBA 4FLVA 4IFVA 4Z0UA 3V1OA 1NK5A 3IRXA 2G8UA 4W5OA 2FC0A 4G1QA 4CFDA 5CY4A 4FM2A 3LDSA 4FZXC 4CEFA 5JS1A 4Y1DA 4ICLA 1QQCA 4I9LA 2A1SA 3K2PA 3JYTA 3CG7A 4C8NA 3ULDA 4CJFA 2OA8A 3TAPA 3LAKA 2OPPA 3AVHA 1SUQA 4IBNA 4HUEA 3OJSA 1ZBLA 1NOYA 4FJ7A 1LV5A 2GUIA 3HPHA 3MECA 3NF7A 3L2RA 3HO1A 2YHAA 1L5UA 4WE1A 3HPGA 3VN5A 4FLTA 1HRHA 1JL2A 1LWFA 4M3YA 2Y1IA 4ZTFA 3CFOA 4L8RB 3DOLA 4FLZA 3CYMA 1LWEA 4OGCA 3T3FA 5KGXA 1KVCA 4CE9A 2FBYA 1C1BA 3RMCA 1CXQA 3V6DA 1S6PA 4W5QA 4R5PA 3TANA 4CFCA 1G15A 1T03A 2JLEA 4CJUA 4DTMA 3MXIA 1Z25A 1FK9A 2DFEA 4DF8A 2KW4A 1HYSA 1ITGA 4CF8A 2KZZA 3ZT4A 4NCAA 4M42A 4J2DA 4CK3A 4DSKA 3TR8A 2GBZA 4O55A 1T7PA 1S9GA 4KHUA 4BE1A 3WNFA 4HTUA 1YT3A 3THVA 1C1AA 1TK8A 4FJGA 4PWDA 4O0IA 2HHQA 1JLFA 4I7FA 1HNIA 1R0AA 1JLCA 1I39A 4LH4A 3SV4A 4KREA 4OKEA 1IKYA 4YNQA 2ZE2A 3KJVA 3SPZA 2OPQA 2YKMA 4E7JA 3QNOA 3QEIA 3TARA 4DSJA 3RRGA 3C6UA 4DG1A 3KK2A 3OY9A 4JRPA 4BACA 3LP0A 4DSLA 5D3GA 5C24A 3ZSVA 4CIGA 1RBSA 2D0AA 3MAQA 1SL0A 1X9WA 4Q0BA 1VSMA 4K8ZA 4BDYA 4CJWA 4FVMA 4FXDA 1Y97A 3KLHA 1A5WA 3D45A 3F9KA 1QSYA 4IKFA 1UAXA 3OJUA 2KTQA 2ZD1A 4B9TA 1EKEA 3V9XA 3CM6A 1HNVA 5DK5A 1HQUA 3L2UA 4KB1A 2BGGA 4CEOA 2QXFA 4EZ9A 1U04A 1U49A 3S3MA 3B6OA 2IGIA 1RTDA 2ITGA 4MQ3A 4CERA 5C25A 3SV3A 1JXEA 3TAEA 4OLBA 3DLRA 3G0ZA 3ITHA 1VRTA 1GOAA 3OS0A 3ZT0A 1T8EA 4CGFA 4DQIA 4H4MA 5C42A 2YNHA 3PX0A 1KFSA 3ASMA 3BGRA 4DMNA 1QS4A 1RDCA 5I3UA 3DLBA 3RR8A 4M3TA 3KD5E 2HVIA 3MXMA 4BE0A 1ZBIA 4C8OA 5CZ2A 3LWMA 3SJJA 4BE2A 4Z4IA 3SUOA 3L8BA 3TAQA 3G10A 4CEZA 3V9UA 2VWJA 3WNGA 4PY5A 2VG5A 1T05A 3KLEA 1IKXA 3HP9A 3OYFA 4HCBA 1IO2A 3PV8A 4K8XA 2OZSA 1J9AA 1JKHA 4CK1A 3NHGA 4DTRA 4CESA 3LP3A 3NCIA 1RDDA 1XI1A 2IOCA 2XY8A 3K57A 2HNYA 4CJEA 4Q5VA 1BCMA 1VSDA 5CYQA 1WAJA 3V1RA 3KK1A 3JSMA 3TI0A 2ETJA 2G8VA 3OYAA 3OYGA 1B9FA 3CQ8A 4C8KA 3A2FA 4KTQA 3VQDA 4FLWA 3QESA 3T19A 1XWLA 3PO4A 3IAYA 3AO5A 4CGDA 4DSFA 2G8WA 4ZHRA 4JRQA 4CHZA 4FYDA 4KHNA 4CEQA 3NH1A 2OPRA 3KLGA 3M8QA 2X6NA 3K5NA 4KO0A 4HHTA 1TAUA 1TL3A 2HNZA 1S6QA 5FROA 4LY7A 3K59A 2X74A 2B5JA 5HRSA 4GVMA 3PUFA 2Z1HA 1QTMA 4I2PA 3ZSXA 2HHUA 4KFBA 1WLJA 4FW1A 4Z4HA 4DTUA 3I8DA 4AHUA 1L3VA 4TSXA 4FZZA 1VSKA 1NK0A 1LAWA 3OYIA 3OYJA 4GMJB 1BHLA 4RW4A 1WSJA 5KRTA 3V9WA 3LP1A 4DTPA 1CLQA 4KHYA 5HRRA 4KTWA 1WSFA 1VRUA 3NGZA 1ZYQA 2B4JA 4FJ9A 4DFJA 1N5YA 4E7IA 5HP1A 2X78A 3PO5A 3MEDA 4FZYA 3NDKA 1S5JA 1JLGA 3LANA 1TV6A 4KV8A 4CEBA 3NAEA 1KRPA 3DRRA 4KAZA 3S3OA 4J2BA 1UWBA 4IFYA 1RDAA 3LZJA 2F8TA 1TGOA 4DS5A 3C95A 4M3ZA 3VA3A 2XRIA 2YKNA 5T7BA 1S1UA 4AHRA 4HVJA 3VQPA 4E1MA 1XHZA 2KFZA 1QE1A 3OYNA 4O5BA 3S3NA 4E3SA 3TWHA 2P5GA 5KRSA 2G8FA 4DTJA 3QEVA 3QIPA 4N5SA 4B3OA 3HT3A 1NKCA 4FJMA 3F73A 5JS2A 4CJ4A 3VQQA 3HVRA 4KI4A 1GOCA 3KKSA 4LH5A 3NF6A 3QINA 3AV9A 4AH9A 1EXQA 4OKKA 3FFIA 4QAGA 4W5NA 1S1VA 3NH0A 3AVLA 4OGEA 4DF4A 4DQQA 1NKEA 3T1AA 1QSSA 2QKBA 4FM1A 1O1WA 1RT5A 1NJWA 3SUQA 1ZBHA 4PUOA 1LW2A 1GOBA 3ZSWA 1X9SA 4RG8A 2IS3A 3CM5A 1VSEA 4ELVA 1VK0A 2OPSA 3B6PA 3QO9A 4B08A 3V9SA 1JL1A 3WNEA 4CGJA 2XY7A 3O3GA 2G8KA 3U6FA 3K5OA 4NYFA 4EP5A 1Q9YA 2IDOA 2EX3A 4DFPA 1HPZA 1S1WA 3ZSRA 4KHQA 2YNGA 4LSNA 3OS2A 4DTNA 1WNSA 2WONA 1RT4A 5SWMA 2EHGA 1KTQA 3KLIA 3DLHA 3P83D 4CJKA 4H8KA 3AA5X 4CJQA 3QEWA 2ATQA 3RWUA 4DTSA 4J2EA 1KVAA 3AVMA 4RW7A 4BDPA 3RMAA 1U45A 4FJHA 2XY5A 1J54A 3OYLA 1QSLA 1FKOA 3AO3A 4F3TA 4FJJA 3O4QA 3TABA 3SCXA 3P5JA 3HP6A 4E89A 1UOCA 4GW6A 3SUPA 1KLMA 4C8LA 3QERA 1NK9A 5EU7A 3PX6A 1RNHA 4BDZA 1RCHA 1RT2A 3AO1A 4CGGA 4CFBA 3SYZA 5J2QA 2HMIA 4FJ8A 2HHXA 1RBUA 1NKBA 4OVLA 1NJXA 1JLQA 2O4IA 4N56A 2FBXA 2HHSA 3ZSOA 1HQEA 3VQ9A 3KK3A 5FRMA 3DLGA 3IS9A 4FW2A 4DU1A 3H08A 3DOKA 1REVA 4UQGA 4H4OA 2LSNA 3TAFA 2Z1JA 1BISA 3AVIA 3VQCA 4BWJA 5HLFA 3O3HA 3IG1A 5KGWA 3AA4A 2HNDA 3P1GA 4NYNA 5K14A 5J2MA 1F21A 1U4BA 1CZBA 3ZT2A 4DTOA 1RBTA 4NCBA 2X6SA 3RR7A 1NJZA 1NJYA 4QOZB 4DLGA 1RT7A 1U48A 4CGIA 4AILC 4ELTA 4KB0A 1SV5A 2G8HA 4FJKA 2HHTA 3VQ4A 2OZMA 3C6TA 1UA0A 1TK5A 1FKPA 4N47A 4JS4A 3AA3A 3QNNA 3S9HA 4JS5A 4CF0A 2D0CA 2A1RA 5J2PA 4CHYA 2F96A 4M3WA 4AHTA 2PZSA 4CJSA 2HVHA 1RT6A 4W5RA 1BCOA 1C0MA 4HUGA 1WSEA 2VWKA 3K5LA 2ZQBA 1NK8A 2O4GA 1TVRA 4FLYA 1L3SA 1HMVA 4DFMA 3ZSQA 2PY5A 4FJIA 1D5AA 3HYFA 3SI6A 3AVCA 3L3VA 4CHQA 4DSIA 2FBVA 4FJXA 4N41A 4I2QA 1RT3A 3HXMA 4QCLA 3QEXA 4ID1A 1J5OA 3LP2A 3PX4A 3DLKA 1BQNA 2Y1JA 3ALYA 2YNFA 3AVJA 4LD0A 3ZSYA 3SQ4A 1WAFA 3ZSZA 4B9NA 4Z4FA 2W42A 1SL1A 2DFHA 1N6QA 4AHCA 3OYCA 1NK4A 3M8SA 3KD1E 1D9DA 4AHVA 3OYBA 3NGYA 1KVBA 3AVNA 4FM0A 4DU3A 1YTUA 1TKTA 2E6LA 2KZMA 2IC3A 1WSGA 4CHNA 2RKIA 4CF9A 4E0DA 3DMJA 3LALA 3EY1A 4MFBA 4DQSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T1YK 4GNIA 1SL2A 4B9SA 3W0LA 4DS4A 3QBXA 1JLAA 5E84A 2EWSA 5C12A 2NUBA 5J2NA 1SKRA 4AM6A 3BZKA 1SAZA 1WN7A 2RF2A 4QS8A 3P31A 2YNIA 4M45A 2P9SB 3KTQA 3HL8A 5AQYA 1KD1O 3RVCA 4WQ4C 1VQLN 4B8CA 2F9WA 3HZ6A 4BR4A 1NK6A 2W6LA 2I5JA 1TL1A 3NF9A 4M3RA 4BRDA 3K58A 3LPUA 1CLQA 3TAMA 4FK0A 4BQLA 1R59O 2CGKA 3SMPA 4JKCA 4KH5A 4CZHA 5J1EA 3CPEA 1C0TA 1C0UA 1HKGA 3H3NO 1RTJA 3ID8A 3CJ7A 5KTQA 4BGBA 4BC2A 1QQMA 4B3MK 3NBPA 1UA1A 3T7ZA 2B6AA 4CJPA 3O9UA 3THWA 4Y0WA 4FCYA 4B3SK 1RGIA 1KLNA 4ELUA 1CXUA 2ZGYA 2CH6A 4J2AA 3O6WA 2DFFA 3CFPA 4A2BA 3VA0A 2P9NA 1GLFO 3SJHA 4GVEA 3V81A 2NZTA 4ISEA 2PYLA 2UYTA 4F2SA 1MWKA 2QWOA 4E1JA 4OPJA 4CJ3A 1HYZA 1IKVA 5FDLA 1RILA 4KTZA 3NE6A 3NGIA 3AVAA 4BRLA 1OH7A 5BREA 2HW3A 3O08A 4YOVA 4DSEA 3IDHA 3MEGA 1QVGM 3H1VX 4NB4A 1C6VA 1YUWA 1ASUA 2YHBA 4JKHA 2O8CA 4DTXA 3D0PA 4CEDA 2KQ2A 1ATSA 1HYVA 1W97L 3E9LA 3QEPA 1TKDA 2O8EA 2QWLA 3FE1A 1LWCA 3U9ZA 3ATUA 1D8YA 3UIQA 3HM9A 1TK0A 1ASWA 4DFKA 4KHWA 5AQKA 3L0QA 1CZ9A 3L2QA 4IO9L 1S1TA 3JAMO 4OJRA 3DLEA 5A2QO 2AA4A 1JLBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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