The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
126
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structure length |
126
|
Chain Sequence |
HMTIASVPTSRYLSDMTLEEMSRDWFMLMPRQKIIGPLCVRLDQAIMEKNIVLKANFSVIFNRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTYEDVKNAVGVLIGGLEWNGNTVRVSENIQRFAW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 Effector Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
38
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| structure length |
126
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| sequence length |
126
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| chains with identical sequence |
B, D, E, F, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RVC A; 2KKZ A; 3EE9 A; 3L4Q A; 3EE8 A; 3KWG A; 4OPH A; 3O9U A; 3M5R A; 2RHK A; 3O9Q A; 4OPA A; 3O9R A; 3P31 A; 3O9S A; 3O9T A; 2GX9 A; 3P39 A; 3P38 A; 3F5T A; 3KWI A; 3OA9 A; 3D6R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JI4 K; 3QEX A; 3K5L A; 1VQ9 N; 4OJR A; 2FSK A; 1YIT N; 2LSN A; 2W42 A; 3O9U A; 3UKR A; 2P5G A; 5AQK A; 3K9K A; 3U6F A; 2VGM A; 3FGU A; 3ZSQ A; 2HVH A; 3ZX0 A; 2FLO A; 4DU3 A; 4DCH A; 1BA1 A; 1U6Z A; 3ULD A; 1S1T A; 5AFU H; 1J9A A; 3C6U A; 5KGW A; 1XMQ K; 3ZCM A; 5HL7 L; 5KPZ A; 3GDQ A; 1K8K A; 5DM7 L; 5FPD A; 1NKE A; 4DWI A; 3VQC A; 3OYF A; 4MDB A; 5GIP A; 3SQ1 A; 2F9T A; 3KVG A; 4JLH A; 2E5L K; 2PFU A; 3AVK A; 3FE1 A; 3KJV A; 1FW6 A; 4X64 K; 3U3Y A; 4DSK A; 4CI6 A; 4OLA A; 4BDZ A; 3K58 A; 4I9Q A; 1ZBI A; 4I6M B; 4BR5 A; 3QES A; 2YHX A; 2B5J A; 3MWP A; 4DV0 K; 1JCF A; 4NYN A; 1TUY A; 3HL8 A; 2F7T A; 1RDC A; 1YUW A; 4PWD A; 1NJW A; 4CZI A; 3O9Q A; 1RT7 A; 4I7F A; 1S9E A; 3T69 A; 4KRE A; 3O9T A; 1OVQ A; 3F2K A; 4JKF A; 1C1B A; 2HST A; 3LP3 A; 3SI6 A; 3TSU A; 1M90 O; 4PL8 A; 4JKE A; 4N47 A; 4LC9 B; 4J2E A; 4OPJ A; 4BDY A; 1EWQ A; 4KH5 A; 2HMI A; 4PHT X; 1Y64 A; 1FJG K; 3ZLJ A; 3MEG A; 5A2Q O; 3ID6 A; 4WFA L; 3SYZ A; 5AQX A; 3MN9 A; 5AQM A; 4IO9 L; 4DHY A; 2HBJ A; 2XO7 A; 2E20 A; 4JKB A; 3C6T A; 4EHU A; 1I3A A; 1WAF A; 4W5N A; 3GL1 A; 4WYB A; 4KHP K; 1K9M O; 5BRD A; 1ILY A; 4YOU A; 1VQM N; 3TU5 A; 3AA5 X; 3L6Q A; 3OYG A; 4GY2 B; 3OYJ A; 3L8B A; 1SL1 A; 2O8F A; 3JS6 A; 2V7Z A; 4Z0U A; 1SZ2 A; 3RMC A; 2B6A A; 3LDO A; 1TVR A; 4DSJ A; 2IC3 A; 1HMV A; 4DTM A; 1S1W A; 3O9S A; 2NRH A; 3SAF A; 4M63 C; 3H3N O; 3ULE A; 3J7Z O; 2W41 A; 3BF3 A; 2JLE A; 1T7P A; 1UOC A; 5EXW A; 4KTQ A; 4DV4 K; 2YHA A; 4YY3 K; 2QWQ A; 2UUC K; 4MDA A; 1TK8 A; 1LV5 A; 1TL3 A; 4JI3 K; 1KLN A; 3MN5 A; 1NJI O; 2QI2 A; 4LF5 K; 4AHS A; 3LDN A; 3IDH A; 3LDL A; 4IBN A; 2NRZ A; 1HNW K; 2XRI A; 1NK7 A; 3OA9 A; 3IKM A; 4ID5 A; 3MK6 A; 4DR2 K; 5BRE A; 1KQS M; 2AA4 A; 2VWJ A; 4FO0 A; 3I0S A; 3ULE B; 1X9S A; 2KLA A; 4LF7 K; 2DPN A; 4CEC A; 3P38 A; 3TTD A; 1VQL N; 4UQG A; 4DLG A; 4B1W B; 4NB4 A; 3DLR A; 2HNY A; 1JLE A; 5CZ2 A; 4JN4 A; 2WON A; 1WSJ A; 4W5R A; 4F4K A; 1BHL A; 3KKS A; 4B1V A; 4DSI A; 5C24 A; 3FZF A; 1K6Y A; 2X6S A; 2CH5 A; 1NGI A; 2GX9 A; 3AA3 A; 3NCI A; 1OH6 A; 3CCV N; 3KWI A; 3P5J A; 4B8A B; 5BR8 K; 4E7I A; 4CFB A; 1VRT A; 4CJR A; 4K8Z A; 3NF9 A; 3K59 A; 2WTU A; 1JLB A; 4DFP A; 1HKG A; 1T05 A; 3AVH A; 4AM6 A; 2GWK A; 4X66 K; 3AO3 A; 3OHR A; 5LJV A; 4Z4I A; 1BGX T; 2WC9 A; 1CXU A; 3LDQ A; 3V1R A; 1U49 A; 2OPQ A; 3JSM A; 2OYQ A; 2QXF A; 3RRG A; 3AVA A; 2E4L A; 5AQF A; 2FC0 A; 2PYL A; 1NK8 A; 3OYH A; 3DOL A; 5CYQ A; 3U8X A; 2HBK A; 2NRX A; 2HF4 A; 3O4W A; 5GAG P; 1KSP A; 5CR4 A; 2P9U A; 3BP8 A; 1JKH A; 3BY5 A; 2CH6 A; 3VEZ A; 3M1F A; 4QAG A; 3CQ8 A; 3MEE A; 1VHX A; 4CE9 A; 3THY A; 4O8U A; 1KRP A; 4ZTJ A; 3K57 A; 4LF6 K; 3DLE A; 4FOE A; 4XEI A; 1FKO A; 3KLI A; 4CJU A; 4FWO A; 3JYT A; 3VES A; 4E7H A; 1NK5 A; 4UY8 O; 4FM0 A; 4XH5 A; 1YHQ N; 4IG0 A; 2QKB A; 2VGN A; 1KVC A; 5H1S Q; 1Q18 A; 3D2E B; 4M45 A; 3O5B A; 4CJL A; 2QK9 A; 3TAM A; 3HVR A; 2UUA K; 4DLE A; 3LP1 A; 3WQU A; 5C42 A; 2O8D A; 3SV3 A; 1RDU A; 4FWS A; 3QDK A; 4DQI A; 4FVU A; 3MXJ A; 1YJN N; 3LAM A; 3CQX A; 4MFB A; 3VEN A; 3ZSX A; 5C0Y A; 3NH1 A; 1RTH A; 1QHA A; 3WXM B; 1Y97 A; 3C6H A; 4IWV A; 2HHU A; 2XY8 A; 4BE2 A; 4JV5 K; 4IFY A; 1NKC A; 4DF8 A; 3HT3 A; 5KI6 A; 2OAN A; 1BI4 B; 1VSK A; 4JKG B; 3TWH A; 4EZ6 A; 4IEE A; 4O0J A; 1J5O A; 1NMD A; 4KHS A; 5AZJ B; 4C1N I; 3VGL A; 3OS2 A; 3RSE A; 4GVE A; 4J2D A; 4CGH A; 4FSV A; 1HUX A; 3SMP A; 4EP5 A; 3G4S N; 4FM2 A; 1BL3 A; 5F1X A; 3MMV A; 4C8O A; 1HKC A; 3ENB A; 1SQK A; 3QB0 A; 3PY8 A; 3MN7 A; 1NGB A; 3VTH A; 3B6O A; 4A5A A; 2D0B A; 4NCG A; 2GV9 A; 1NGE A; 2YCH A; 3L2U A; 4C8N A; 3NHG A; 4JD2 A; 3E9P A; 4A62 A; 4DSF A; 4ELV A; 3DRP A; 4GW6 A; 2HB5 A; 3VMF B; 1QHT A; 5JLH A; 3D2F B; 3ZEU B; 1X9J A; 5B8H A; 3AO2 A; 3MAQ A; 3QNO A; 3MN6 A; 4YOT A; 3A5O C; 2V52 B; 2F9W A; 1BOT O; 3NE6 A; 3KK2 A; 4H8K A; 1QQM A; 4FPA A; 1BG3 A; 4DUZ K; 1HLU A; 1IV0 A; 2IVO A; 2W6L A; 5BPN A; 1L3V A; 1YXQ A; 3G0Z A; 2QA4 N; 3KZB A; 4JK8 A; 1RTJ A; 4PA1 A; 4DB3 A; 4DV5 K; 1JLF A; 3NH2 A; 3WXL A; 4OVL A; 4CHY A; 3NGZ A; 4KHQ A; 5DM6 L; 2BH1 A; 4KO0 A; 1I94 K; 1S5J A; 3P4I A; 3J81 O; 1N36 K; 4CVN E; 2F96 A; 4ISG A; 3ZT1 A; 3V4I A; 1HX1 A; 3VN5 A; 4JKC A; 1RBV A; 4FLX A; 3S41 A; 4B08 A; 3B6P A; 3V6D A; 4DQP A; 4KV8 A; 4DR3 K; 2ZM6 K; 1GLL O; 3E9L A; 4FZZ A; 1B9F A; 3D6R A; 3DJC A; 2VG5 A; 4ILG B; 3EE9 A; 1NWK A; 1TYQ A; 2NRW A; 2G8V A; 4ILJ A; 2RPI A; 1GLA G; 3OVN A; 4CF2 A; 2ZJP L; 3THX B; 2QWM A; 3AA2 A; 1Z6R A; 4AHC A; 1ZYQ A; 4BGB A; 5CY4 A; 1NK6 A; 5AQH A; 3S3N A; 2G8H A; 5DMR A; 4FJJ A; 3LAN A; 4A2A A; 3M6G A; 4FJX A; 3OS0 A; 4FWQ A; 4BG8 A; 2YX6 A; 4GKJ K; 2ASM A; 4LFB K; 2AJQ A; 1JXE A; 3AY9 A; 1MDU B; 3VF2 A; 4WCE L; 2CGJ A; 4IO8 A; 2OTL N; 2P9K B; 1HQE A; 4BE0 A; 1DKG D; 4JRQ A; 4AHV A; 1E4F T; 4FJ7 A; 4KHN A; 3DI6 A; 1TK5 A; 1S72 N; 3EY1 A; 1TYQ B; 4KI4 A; 4C8L A; 3ZSW A; 3S9H A; 4H0O A; 5AJ3 K; 4FK0 A; 3T7Z A; 5T7B A; 1N33 K; 3CJ7 A; 4E1N A; 1HNV A; 3ZSR A; 4NXM K; 4DR1 K; 2G8I A; 4OO1 J; 4GMJ B; 1BIU A; 4WFB L; 4CES A; 3T1A A; 4CJF A; 4CER A; 1D9F A; 3CCR N; 4OKK A; 2PBD A; 3V9X A; 4HHT A; 5LJW A; 1R59 O; 3EN9 A; 3HTV A; 1Q9X A; 1Q8I A; 2GEM A; 4FLV A; 2JGU A; 4RG8 A; 3CCL N; 1VRU A; 2P9L A; 4FYD A; 1RBT A; 1LWF A; 2OPR A; 1XWL A; 4Z4C A; 2A6A A; 3NGI A; 1RT1 A; 2Q2R A; 1NJY A; 3LAL A; 3WNE A; 1T8E A; 3TSQ A; 1XHX A; 2FBT A; 4U7B A; 1VQO N; 4GV6 A; 1SKW A; 3VQ4 A; 4CJ4 A; 3M8S A; 1NGF A; 1YF5 L; 3L3V A; 5KPT A; 3HPO A; 4BVO A; 2Y1I A; 2AP1 A; 4CHN A; 3AVN A; 1YTU A; 1NJZ A; 3ATU A; 1ASU A; 1CZ9 A; 2WUS A; 4FLW A; 4OX9 K; 2E1Y A; 3ZX2 A; 4AHR A; 3OYB A; 4H5V A; 4DS5 A; 5C12 A; 2DY4 A; 4AHT A; 3ZT4 A; 3CCS N; 4PL7 A; 4GV9 A; 2IIR A; 2E2O A; 4WF9 L; 2HHX A; 1VQ5 N; 3A5M C; 1YVN A; 4BY9 C; 3CCJ N; 5JS2 A; 3EYZ A; 2VG6 A; 1HKB A; 1TK0 A; 1NK0 A; 4DQR A; 4PKI A; 3WUH A; 2D0P A; 5GAE P; 3LPU A; 5AQZ A; 5BPL A; 3C65 A; 3HOT A; 1Q81 O; 3CJB A; 1TV6 A; 3F5T A; 1DLO A; 5E26 A; 1LOT B; 2KFN A; 1HJO A; 3I55 N; 4GKK K; 3L4I A; 4B3M K; 1IH7 A; 3DXM B; 1NK4 A; 2HHV A; 1BDG A; 3NGY A; 3KWG A; 1EQY A; 3N4P A; 4DF4 A; 3VQE A; 3I0R A; 2BGG A; 4HTU A; 3PX6 A; 3ATV A; 3CF5 L; 3QEV A; 3P31 A; 2NRR A; 4A59 A; 5GAD P; 3A2F A; 4EZ9 A; 5AR0 A; 4LY7 A; 3WNH A; 4M7Y A; 1KVB A; 3O3G A; 3CCM N; 2A1R A; 4KHY A; 2OPP A; 4DU1 A; 2NRT A; 2O4I A; 2RE2 A; 1S1V A; 4K8X A; 3BGR A; 3A8Y A; 2QWR A; 2Z1J A; 4G9Z A; 1M1K O; 4FW1 A; 3CM6 A; 1J6Z A; 3SQ2 A; 1UAX A; 4DTX A; 3CPW M; 4BE1 A; 4JS4 A; 3BF1 A; 3LWL A; 2YNG A; 5HRR A; 1YJW N; 3VEW A; 3OYD A; 3W0L A; 3V9U A; 4BRF A; 4YDU C; 3C95 A; 5GAH P; 1KAY A; 2HHH K; 2XY5 A; 3CIP A; 4Z4E A; 3S3O A; 1WBB A; 3FZL A; 2ZJR L; 3AO1 A; 4G1Q A; 3L2V A; 2G8K A; 4CIF A; 2DFH A; 4F8R A; 1VQN N; 1LW2 A; 1RT6 A; 2O8B A; 2DFE A; 4B9T A; 1IKX A; 3UKR B; 2HND A; 4F2S A; 3CFP A; 3HZ6 A; 2VQE K; 1BO5 O; 2A5X A; 3GBT A; 1WBD A; 1C6V A; 3M8P A; 1XC9 A; 5EU7 A; 4EAH D; 3K2P A; 4QOZ B; 4MO4 A; 4DR7 K; 5TKW A; 4AIL C; 4JYA K; 1SUQ A; 1BCO A; 1IKW A; 1K8K B; 4CIG A; 3IAY A; 3CM5 A; 1IO2 A; 3CPE A; 4IDK A; 4KTW A; 4E3S A; 2ASO A; 4CZK A; 1JLA A; 3KK7 A; 1EKE A; 4BRC A; 3DAW A; 1S6P A; 2HHW A; 1SKS A; 3AVM A; 3AA4 A; 1D8Y A; 4MLH A; 3MXI A; 1RCH A; 3SPY A; 5FRN A; 1VSJ A; 3PLA A; 1SAZ A; 3K5N A; 2ZWH A; 1BWF O; 3R8E A; 5LY3 A; 4JK9 A; 3PX0 A; 4CJW A; 2HMP A; 3H08 A; 1BUP A; 4C23 A; 1MWM A; 1GOA A; 1C0T A; 3IG1 A; 3J7Y P; 4JK7 A; 4DG1 A; 1TKD A; 4BRA A; 3V81 A; 3LZI A; 2HW3 A; 1YAG A; 2UYT A; 1D4X A; 3OBW A; 3NBP A; 4OPA A; 4BRM A; 3UE5 A; 2QEX N; 3V9S A; 2ITG A; 1XHZ A; 4H0Y B; 3RR7 A; 2R7Y A; 4DQQ A; 2YHW A; 4E0D A; 4Z4G A; 4KPY A; 4XIU A; 3QIO A; 4B9V A; 3CYM A; 3I8B A; 5C2D A; 2WFB A; 3HYF A; 1NLV A; 2X6N A; 1TGO A; 4V19 S; 2ZJQ L; 5HRN A; 1BU6 O; 2ZF5 O; 3QIN A; 1GOC A; 1C0U A; 4YOY A; 2ATQ A; 5EX5 A; 3EZW A; 1X1P A; 3MXM A; 1U04 A; 2P9I A; 1RDA A; 3NH0 A; 3UIQ A; 4JI1 K; 4ELU A; 2O8F B; 1VSM A; 3NDK A; 3KTQ A; 2Z1G A; 3O3H A; 3ZX3 A; 2V7Y A; 1Z05 A; 4ZHR A; 4B9M A; 3U9D A; 2A42 A; 5LMN K; 3SUO A; 3VGM A; 4DFJ A; 1RT5 A; 4FJN A; 4JRP A; 3VQA A; 1N34 K; 1HJR A; 3WXI A; 1LAV A; 1KXP A; 3AVB A; 4HCB A; 5AQO A; 4YDU A; 1Q7Y O; 3SQ4 A; 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3ZSY A; 4NLB A; 4Y0W A; 5AQL A; 3RR8 A; 4CK2 A; 3LPT A; 4JI2 K; 2EWS A; 1YI2 N; 3EEQ A; 1XNQ K; 1VQ6 N; 2P9U B; 1U2V A; 4H0T B; 1T6D A; 2F4V K; 5FPN A; 4BRO A; 2HBL A; 3I8D A; 1JCG A; 3THY B; 4BDP A; 3CG7 A; 5EOY A; 3A5L C; 2D0O A; 3KLG A; 3C7N A; 4X62 K; 3VA0 A; 4ILH A; 4CEA A; 5HP1 A; 3TAP A; 3PV8 A; 1J53 A; 3I33 A; 2W40 A; 1QE1 A; 4YHH K; 1QSS A; 1JLC A; 3AO4 A; 2QWP A; 1QVG M; 3VA3 A; 2GUI A; 3LP2 A; 1QQC A; 3QFP A; 4KBO A; 1C1C A; 4ISF A; 4FXD A; 3VEO A; 2O8D B; 3J8A A; 3AVJ A; 3QML A; 3EO3 A; 5AQN A; 5ELZ A; 3QO9 A; 2HHQ A; 4FK2 A; 3HST B; 4U67 L; 4DV2 K; 4DSE A; 2IS3 A; 2BUP A; 1NG9 A; 5FRO A; 4J2A A; 4H0P A; 1U2V B; 3UB5 A; 3ZSZ A; 1LWE A; 1WLJ A; 2Z1H A; 3WXK A; 1QQO A; 2OA8 A; 4JI0 K; 2IGI A; 4RTF D; 3S3M A; 4KB0 A; 1CZB A; 1NJX A; 3ZET A; 3ALY A; 3F9M A; 1N6Q A; 3E01 A; 2O8C A; 3G6E N; 4B9S A; 1KTQ A; 4WFN L; 1DGK N; 3N4Q A; 3O1W A; 1WOQ A; 1ZC6 A; 3RSE B; 3TAF A; 4IOX A; 3THW A; 4BR7 A; 4F3O A; 4CBU A; 2P9N A; 1QTM A; 4L8R B; 4IJA A; 5JVH L; 3BZK A; 3AVG A; 2Q31 A; 1BA0 A; 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