The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
126
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structure length |
126
|
Chain Sequence |
HMTIASVPTSRYLSDMTLEEMSRDWFMLMPRQKIIGPLCVRLDQAIMEKNIVLKANFSVIFNRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTYEDVKNAVGVLIGGLEWNGNTVRVSENIQRFAW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Swine Flu Virus NS1 Effector Domain from H1N1 Influenza A/California/07/2009
rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| total genus |
38
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| structure length |
126
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| sequence length |
126
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| chains with identical sequence |
B, D, E, F, G
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KKZ A; 3O9U A; 4OPH A; 3D6R A; 3M5R A; 2RHK A; 3L4Q A; 3EE9 A; 3P39 A; 3F5T A; 3OA9 A; 2GX9 A; 3O9S A; 3EE8 A; 3KWG A; 3KWI A; 4OPA A; 3O9Q A; 3P31 A; 3P38 A; 3RVC A; 3O9T A; 3O9R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B9Q A; 1V4T A; 4N56 A; 2PYJ A; 3J7A P; 3FZH A; 3V9Z A; 3BUZ B; 3U3Y A; 2F9T A; 3VGL A; 2G8U A; 4CZH A; 5KPR A; 3OW2 M; 5JVH L; 4QCL A; 2KTQ A; 1BHL A; 2OTL N; 4ELT A; 4LSL A; 3A0I X; 4K42 A; 3PUF A; 1B9F A; 3P83 D; 2PY5 A; 3AO4 A; 2A42 A; 3O9S A; 3SUO A; 1K9M O; 4C1N I; 2YKN A; 4PQU A; 2G8H A; 1BOT O; 3FGU A; 4A61 A; 4DKW A; 1SL1 A; 3SZ2 A; 3OJU A; 3TAQ A; 4CVN E; 3S3N A; 5BRF A; 3PX6 A; 4YOX A; 1K8K A; 3MX5 A; 4RW6 A; 5M1P A; 2G8I A; 1Z25 A; 5I9E B; 4CJU A; 4R5P A; 2OZM A; 4I7F A; 2FF6 A; 4PWD A; 4CFC A; 3CJB A; 3D2E A; 3RRG A; 1KVC A; 4FJX A; 4RW4 A; 2O8F A; 2P9K A; 1BI4 A; 1RDW X; 3MCA B; 1VQ8 N; 1TKD A; 1DGK N; 3ZSZ A; 3IRX A; 4DQS A; 5GIP A; 2YNF A; 3HTV A; 3CYM A; 2HHU A; 2RKI A; 1JXB A; 4YHH K; 4H03 B; 3MK6 A; 1JLE A; 1TYQ B; 4LF4 K; 3IDH A; 3LAM A; 4DCH A; 4DTJ A; 4F8R A; 4BRC A; 5FPD A; 4BE0 A; 2HBM A; 1MWM A; 4JD2 B; 5KGX A; 1SKR A; 3WNE A; 5KPT A; 1N6Q A; 4FCY A; 4X62 K; 3I56 N; 4L8R B; 4B9M A; 1YVN A; 1VSH A; 1VSK A; 3L4I A; 1BG3 A; 3QIO A; 2NNW A; 3KK1 A; 2P9S B; 5F0X A; 2HOE A; 1DT9 A; 5AQP A; 1KAY A; 1BGX T; 4JV5 K; 5EOY A; 3A5O C; 3CM5 A; 4H0O A; 4CJS A; 2KKZ A; 4CGF A; 2O8B A; 4OPH A; 1XI1 A; 3K9J A; 4O5B A; 4AIL C; 5J2Q A; 2P9L B; 3LAK A; 1D9D A; 4I6M A; 2HHT A; 3L2R A; 2G8K A; 3ZT0 A; 4DV3 K; 3U8X A; 3UKR A; 1HPZ A; 4FOE A; 4BRN A; 4BR5 A; 1ATR A; 4BGB A; 4FW2 A; 4BQL A; 3JYT A; 1GLE G; 4DB3 A; 1XC3 A; 3N4Q A; 3C7N A; 1BIU A; 4IG3 A; 4M3T A; 2HBL A; 3H1V X; 2QWN A; 4E7L A; 1QZ5 A; 4C23 A; 4FK0 A; 1RT3 A; 3HBT A; 5HRR A; 5I3U A; 3IAY A; 1TAQ A; 4CEZ A; 2FBY A; 3JS6 A; 4EHT A; 1NGI A; 3LDS A; 2PBD A; 2UYT A; 4EIA A; 5ADX A; 5AQW A; 5C2F A; 3CCQ N; 4JHD B; 4FLW A; 3MXM A; 4GV9 A; 1CZA N; 3QEV A; 4IXC A; 2P9U A; 4CE9 A; 3ID6 A; 1VSD A; 4JKE A; 3QEI A; 3V9S A; 4NCB A; 3HVR A; 4HTU A; 2HNY A; 4FWK A; 4CJL A; 4FWN A; 1S1X A; 1DLO A; 3A8Y A; 2R7Y A; 3ZT3 A; 3NF9 A; 2NRZ A; 3C94 A; 1V4S A; 3PX0 A; 4MLE A; 4DR4 K; 5C42 A; 4FWM A; 2UU9 K; 4CJ3 A; 1QSS A; 5CYQ A; 5SWM A; 4ILH A; 1NM1 A; 3C0B A; 3ZCM A; 4DLE A; 3TTF A; 3SQ1 A; 2VG7 A; 3LDL A; 5FPM A; 4ZHR A; 4DV1 K; 4JK7 A; 4CJV A; 3DXM A; 3ATV A; 1EO1 A; 1QQC A; 1D4X A; 3K0S A; 2YHW A; 4LD0 A; 3SBG A; 1VQL N; 4BVP A; 2OTJ N; 3VQ4 A; 2VCP A; 3K5N A; 1W2B M; 4FK2 A; 1VRT A; 3MXI A; 1YJW N; 3OA9 A; 3RR8 A; 1EWR A; 1HLU A; 1N33 K; 2KZZ A; 2A5X A; 3TAG A; 5LY3 A; 2PAV A; 1OH8 A; 2BAN A; 4O8K A; 4DR2 K; 4IFV A; 1KTQ A; 4EP4 A; 4FK4 A; 1D5A A; 1WSJ A; 1T05 A; 3U4L A; 2X74 A; 3QNN A; 3ENH A; 2XY6 A; 2GUP A; 4MDB A; 3LDO A; 1ESV A; 1JLA A; 3KLH A; 3HL8 A; 4A5A A; 4BRM A; 2FBX A; 3ZT2 A; 1EQY A; 4G9Z A; 4B9T A; 4OLB A; 1NGC A; 3MN9 A; 3CME N; 1YJ9 N; 3QIN A; 1QQN A; 2QEX N; 3EKU A; 4F4K A; 3OYD A; 4KB1 A; 1A5V A; 5AQM A; 2ASM A; 4KTW A; 2XY5 A; 1C0T A; 2UUA K; 2BGG A; 4OPK A; 3NMU A; 1TVR A; 3OYH A; 3ZSR A; 2EWS A; 3QEW A; 3CM6 A; 4ISG A; 1K8K B; 3HJF A; 1BCM A; 4FJ7 A; 1WSE A; 3EZ5 A; 5CZ1 A; 4C8O A; 4CF8 A; 4GV6 A; 4BDY A; 1EWQ A; 4DF8 A; 5JMV A; 3CCR N; 1OVY A; 3LAL A; 2V51 B; 5J2P A; 4GV3 A; 4RWT A; 5A2Q O; 1JXE A; 3R9P A; 4BC5 A; 2HBJ A; 4DS5 A; 4LF6 K; 1UA0 A; 2W40 A; 4W5O A; 4RG8 A; 3M3Z A; 1TKZ A; 2A6A A; 3SMP A; 4CIG A; 3K58 A; 1C0U A; 4RTF D; 2A41 A; 4YY3 K; 2AJQ A; 3ZSY A; 1LWF A; 2ZJP L; 2UUC K; 3HST B; 2UXD K; 4CJF A; 1Q82 O; 3TAP A; 3NH0 A; 4B3M K; 3HO1 A; 3O1W A; 3T1Y K; 3KHY A; 4NYN A; 2CGL A; 1YVU A; 3WT0 A; 1T44 A; 1WLJ A; 4KTQ A; 3CPW M; 3BY5 A; 1VQP N; 4B1U B; 3KWG A; 4DU4 A; 1Q9X A; 4NCA A; 5AQL A; 5M1K A; 1JLQ A; 1NK6 A; 4YNQ A; 1E3M A; 4CIE A; 1WSH A; 1LOT B; 1VQM N; 4Q0B A; 4CJQ A; 4DTR A; 4KB0 A; 3M5R A; 1S3X A; 4JLH A; 3LP1 A; 3LDQ A; 3C95 A; 3PIO L; 4IJA A; 4PHT X; 4Q5V A; 2O8B B; 1NK5 A; 4WCE L; 4FSV A; 4AHT A; 4FVU A; 3E9O A; 3MN7 A; 1XNQ K; 1GLL O; 4CJ5 A; 2RF2 A; 4EZ6 A; 4I6M B; 3WEE A; 1UA1 A; 4JI0 K; 4FZZ A; 1T6D A; 3TR8 A; 3TTC A; 4BRG A; 1SZ2 A; 3ZT1 A; 2VG5 A; 3L2V A; 4CJR A; 1HUX A; 3IMX A; 5EX5 A; 1QQO A; 1DTQ A; 1RDB A; 1TYQ A; 1YTU A; 3I8B A; 3L4Q A; 3C6H A; 5AQO A; 4DUZ K; 5C15 A; 3CCV N; 3AO2 A; 3W3D A; 3FZF A; 3A5L C; 4HTL A; 4E7J A; 3VMF B; 3SAG A; 2DFF A; 3P1G A; 1YI2 N; 2YNI A; 2BE2 A; 1OH7 A; 3KWI A; 2FSN A; 3LWL A; 4NB4 A; 3QFP A; 3NCI A; 4BE2 A; 4FPA A; 4QS8 A; 4X64 K; 5GIN A; 3VQD A; 3HP9 A; 3QLH A; 3Q7B A; 2D0O A; 2B5J A; 2P9S A; 3AVC A; 3VEV A; 3NDK A; 3DJC A; 4KH6 A; 1FK9 A; 4IEE A; 4C8L A; 5J2M A; 4ELU A; 1VQ4 N; 1RTJ A; 1TKX A; 4BAC A; 1CXU A; 1BIZ A; 3QIP A; 4JI2 K; 1S72 N; 4CGG A; 2P9U B; 4Z4F A; 1N5Y A; 2O8C B; 4DV2 K; 3O8M A; 1GOB A; 3ZSV A; 3NGZ A; 4BRA A; 3NVM A; 3CQ8 A; 3UIQ A; 4KV8 A; 3V4I A; 4DSL A; 4DSF A; 2V7Y A; 3TI0 A; 3OBY A; 3TAF A; 4X65 K; 2OPP A; 4PA1 A; 4RW8 A; 4DTX A; 4DFP A; 5C10 A; 1TL3 A; 4JI6 K; 2YHB A; 4NLB A; 3CCU N; 3DXK A; 3AVN A; 4J2A A; 2E1Z A; 3GL1 A; 4BG8 A; 1DKG D; 4A2B A; 5AQZ A; 3H6E A; 2OPR A; 1I94 K; 1T8E A; 4Z94 A; 2IVN A; 4YOY A; 1ZXO A; 3DXM B; 1VSM A; 1QHA A; 4BRE A; 4FZX C; 5J2N A; 5HRP A; 3L2W A; 3ENO A; 3U9D A; 1D8Y A; 4E19 A; 2OAN A; 3QB0 A; 2E88 A; 1NKB A; 1TKT A; 2FBT A; 3CJC A; 3Q7C A; 3T19 A; 5B8H A; 4YDU C; 4H0P A; 4M63 C; 4K43 A; 4Z0U A; 3MEG A; 2I7P A; 3FR0 A; 3DLH A; 4DLG A; 4CD1 A; 4CHO A; 2YNG A; 4DS4 A; 3CC4 N; 2VQF K; 3HP6 A; 3O1B A; 2F4V K; 3AAP A; 2CGK A; 4CFB A; 4DR6 K; 1KLN A; 1T6C A; 1HJR A; 2QWO A; 5AQF A; 1FKP A; 3CI5 A; 4B08 A; 1GLC G; 4FPB A; 1S1V A; 2NLX A; 4FJK A; 4FLY A; 5HRO A; 4AHS A; 3BZK A; 3EL2 A; 1A5X A; 3V6D A; 3LP0 A; 3QO9 A; 2P9N B; 1LW0 A; 4IJN A; 1J9A A; 2QWQ A; 4BRP A; 4Z4H A; 4CHN A; 3D2F B; 1SKS A; 1ITG A; 4EAH D; 5BRH A; 2YJE A; 5AQT A; 3ZX3 A; 4LF5 K; 2ETJ A; 5AQH A; 1RBV A; 1NK8 A; 3AVJ A; 2QW9 A; 4PKH A; 1M90 O; 1SQK A; 1XNR K; 3MN5 A; 3N4P A; 4B9L A; 3NVK A; 4A57 A; 3UB5 A; 3HZ6 A; 3NF7 A; 4OGC A; 2YX6 A; 3VF6 A; 1VQO N; 5BPM A; 4C8K A; 3OHR A; 2W6K A; 3AGK A; 2E2O A; 2JLE A; 3AA3 A; 1X3M A; 5E26 A; 4OJR A; 3EZW A; 4I9Q A; 2ZF5 O; 4ISE A; 3KLG A; 3D45 A; 2D0P A; 3CCJ N; 4CF9 A; 3NE6 A; 4M7Y A; 4JAX A; 5GAD P; 4YOU A; 3SPZ A; 2Q0R A; 1NNE A; 1NJX A; 1D9F A; 3FLC O; 1RCH A; 4OKJ A; 1NJI O; 3WXL A; 4JKF A; 2KLA A; 4LFC K; 1NMD A; 4FWS A; 1IBM K; 5DM6 L; 5AQJ A; 3DLG A; 3C6T A; 1YIT N; 2NRR A; 3EO3 A; 4B1W B; 4AM6 A; 2EX3 A; 3DAW A; 4HUF A; 4O8U A; 5I42 A; 1G15 A; 1NGD A; 5C12 A; 2HHW A; 4GY2 B; 4N41 A; 1GLJ O; 1RT7 A; 3UKU A; 3V1O A; 3EY1 A; 1RIL A; 2VG6 A; 3AVI A; 2BTF A; 1VK0 A; 1VQ6 N; 4JRP A; 3SUN A; 1BIS A; 3OYC A; 1ATS A; 1TK5 A; 4JKG B; 1BU6 O; 4DU3 A; 5C2D A; 1FW6 A; 4KHW A; 3KK3 A; 5CZ2 A; 3E9L A; 3GBT A; 4U7B A; 3O9U A; 3U3G A; 3D6R A; 4FJN A; 2GWK A; 3DRS A; 1GOA A; 4J2D A; 1I39 A; 5M1Q A; 3ZYY X; 3WEE B; 2WTU A; 1BQN A; 2CGJ A; 2FXU A; 4YOW A; 3AVA A; 1SKW A; 1QZ6 A; 2YNH A; 1TAU A; 2Q3S A; 3M6G A; 1JL1 A; 2GTD A; 5EY4 A; 2WFB A; 3EEQ A; 4FJM A; 3P5J A; 3NH1 A; 2EHG A; 1KVA A; 3MEC A; 3B8A X; 5FDL A; 2GBZ A; 3RVC A; 4V19 S; 3E01 A; 4I9L A; 3T7Z A; 2P9I B; 2HHH K; 2D5R A; 3BGR A; 4ISF A; 1NGJ A; 2HMP A; 2G8F A; 1DEJ A; 3EYZ A; 4HCB A; 1HKB A; 4BE1 A; 5AQS A; 3VF4 A; 3J7Z O; 3ULD A; 1A5W A; 2HBK A; 3MX2 A; 3CFO A; 3IG1 A; 1JKH A; 5BPN A; 3WXI A; 4E1M A; 3DM2 A; 3SQ4 A; 4FJH A; 2UXB K; 1WBB A; 2I7N A; 3A5N C; 1Z05 A; 3VQQ A; 4YDU A; 1XUP O; 2IIR A; 2Y1J A; 1QSL A; 1WSI A; 2A1R A; 1HNW K; 1W97 L; 1GLF O; 2FSJ A; 4DSI A; 3NFA A; 4O0I A; 4JN4 A; 4KHN A; 3JSM A; 4YFU A; 3QIC A; 2ATQ A; 1G99 A; 3OVN A; 2FC0 A; 4FLT A; 1C0M A; 4CBW A; 3G10 A; 5M1N A; 3WNF A; 5LJV A; 4DTN A; 3DXK B; 3BDP A; 2QWL A; 2ZD1 A; 5BN9 A; 4DR5 K; 5JS1 A; 1Y64 A; 4IOX A; 4Z4C A; 3OYK A; 4BWM A; 4BR2 A; 4JEP A; 3M8P A; 1U49 A; 3A5M C; 4C8N A; 4FLV A; 3SUQ A; 3VEX A; 4JKD A; 1WBD A; 2XY8 A; 3PO5 A; 4LF8 K; 4CZI A; 1HX1 A; 1NG9 A; 2BUP A; 4M3W A; 2Q0U A; 3DLK A; 3AA5 X; 3THY B; 4FJ9 A; 3S41 A; 3E9P A; 4FWP A; 2IDO A; 3SBT A; 1IKX A; 3OTO K; 3O9T A; 1NK4 A; 1TGO A; 1N32 K; 1RTI A; 3E1Y A; 2NUB A; 1HQE A; 3HPG A; 4AHU A; 1WUA A; 1C0F A; 1NMN A; 3H08 A; 3CXC M; 2O8C A; 3RTV A; 3VQC A; 1VRU A; 4B1Z A; 1TK0 A; 5KQ8 A; 4OPJ A; 1RTH A; 4IDH A; 1ASW A; 3O9R A; 1O1W A; 5AQQ A; 3AVH A; 1XHZ A; 4H0X B; 4HUE A; 1YXQ A; 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5M1F A; 3OS0 A; 5JS2 A; 3UE5 A; 3LAN A; 2UXC K; 2GEM A; 2HVI A; 3R8E A; 2HW3 A; 1BA1 A; 1NK9 A; 1U45 A; 3P38 A; 4IZ9 A; 4CI6 A; 2BDP A; 3PO4 A; 3VEW A; 3LM2 A; 3OYN A; 4OLA A; 3S3O A; 4BDP A; 2O8E A; 2Y1I A; 4CJP A; 2QA4 N; 4B8A B; 2NRT A; 4A5B A; 2IGI A; 4K25 A; 2P5O A; 4F3T A; 3CG7 A; 2E8A A; 5HBM A; 3KLI A; 3AAR A; 4DWI A; 5H1S Q; 1RT6 A; 1GOC A; 1J53 A; 3T1H K; 3AV9 A; 1L5U A; 4CFD A; 4BRD A; 3F9M A; 2VGN A; 3VES A; 5GAH P; 1EKE A; 4BQZ A; 4JI4 K; 3U9Z A; 1C1B A; 2V52 B; 2E5L K; 2FBV A; 2Z1H A; 5FRO A; 2OPQ A; 2HF3 A; 4CW7 B; 2ITG A; 5KGW A; 2VYP A; 4JK9 A; 4BC3 A; 4CEO A; 3OJS A; 2IOC A; 1RFQ A; 3ULE A; 2F8T A; 4E1N A; 4FWR A; 3L3V A; 3KIO A; 1RGI A; 3PLA A; 2PFU A; 1FJG K; 1WB9 A; 4BRI A; 4BC2 A; 2KFZ A; 2FSK A; 1U4B A; 1IKV A; 1JLG A; 4WQ5 C; 3AY9 A; 4JKG A; 4AQY K; 4JKH A; 3O4Q A; 1VQ5 N; 4CCH A; 2QXL A; 4BG9 A; 4DV6 K; 3GG4 A; 5ADX H; 3LZI A; 3OYB A; 4CES A; 3DLR A; 2A3Z A; 3RMB A; 2RPI A; 3VTH A; 4DV7 K; 3L0Q A; 2IC3 A; 3HXM A; 1IG8 A; 4BGA A; 4DMN A; 3I55 N; 3I0S A; 4F3O A; 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