3MCPA

Crystal structure of glucokinase (bdi_1628) from parabacteroides distasonis atcc 8503 at 3.00 a resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
363
structure length
355
Chain Sequence
MMYTNDNRIVMTLDAGGTNFVFSAIQGGKEIADPVVLPACADCLDKCLGNLVEGFKAIQAGLPEAPVAISFAFPGPADYQAGIIGDLPNFPSFRGGVALGPFLEDIFGIPVFINNDGSLFAYGEALTGVLPEINRRLREAGSTKRYKNLLGVTLGTGFGAGVVIDGELLRGDNAAGGYVWCLRNKKYPEYIVEESVSIRAVMRVYAERSGDAGARTPKEIFEIAEGIRPGNREAAIAAFEELGEMAGDALASAITLIDGLIVIGGGLSGASKYILPVLLKEMNAQTGMMQKEVYDLDEEKSFAGFARGEAVEVLVPGTNRKVGYDPCKRIGVTFSKQGANRSIAMGAYVFALNHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Glucokinase (BDI_1628) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 3.00 A resolution
rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Parabacteroides distasonis
total genus 100
structure length 355
sequence length 363
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mcpA02
2E1YA 5AZIB 3G25A 3A5LC 4JN4A 2CH6A 5ELZA 2P9PB 1YXQA 4CZMA 1GLBG 3CJCA 3UKRA 1V4SA 2YHWA 4FL9A 2YJEA 4CZKA 3QDKA 4H5TA 3CJ9A 4CZJA 1XC3A 1RDWX 2J4RA 3TPQA 4MO5A 4HTLA 1NBWA 1HKCA 3C7NA 4H0YB 2QWNA 5AZIA 3SMPA 1BG3A 4CZIA 2QWPA 1XQSC 4FSVA 4H0OA 2P9PA 3FR0A 1HPMA 3AY9A 3WXLA 5B8HA 4BGAA 3QMLA 2I7NA 3BF3A 4RTFD 5AQFA 5JLFA 2PBDA 4K43A 1CZAN 3MDQA 4IJNA 1NGFA 1KXPA 4EFHA 2UYTA 4CZGA 3VOVA 4CBWA 2CGLA 2EWSA 2P9NB 3L4IA 4PKIA 5FPNA 1NGIA 1BWFO 1IJJA 3CJBA 3O6WA 1JCEA 4DB3A 3H46O 4FWMA 2QWQA 2NLXA 5AQWA 5AQSA 2V7YA 1NLVA 1MWKA 2ZGZA 3BUZB 3BEXA 4O8KA 3P4IA 1GLFO 2P9NA 4BRDA 2YI1A 3F9MA 1WUAA 2I7PA 3ATUA 1TYQB 1E4GT 2Q0UA 2ZF5O 2GWJA 3AAPA 3MN9A 1X3MA 3HTVA 4M63C 4BRGA 3WQUA 3R8EA 4BQZA 3O08A 2IIRA 4RWTA 3CIPA 1BO5O 3GDQA 2NRHA 1HLUA 4LC9B 2FSKA 1GLAG 1HX1A 3EKUA 3LDPA 1TYQA 3KHYA 2IVOA 3VPZA 3WEEB 1KAXA 3S41A 4IWVA 5EY4A 3VEZA 2FF6A 3FFKB 4NB4A 4H5NA 1MA9B 3GL1A 3EL2A 4H0VB 4WQ4A 5F0XA 1BUPA 5EX5A 4B1WB 2KHOA 1X9JA 4DQ8A 4DCHA 4BC4A 3BP8A 3WXJA 4IZ9A 3WEEA 3W0LA 5KPTA 4YDUC 3CI5A 4PKGA 5BN9A 4FOEA 2V52B 2ZWHA 5F1XA 3L6QA 4JD2B 4K41A 2DPNA 4F9OA 3D2EB 1QHAA 4CJ7A 5FPEA 4BC2A 3FZHA 4CD3A 2GWKA 3VEXA 2IVPA 1Y64A 2P9IB 3JS6A 5AQRA 2GELA 2A42A 2Q31A 3DJCA 4IO8A 4B1VA 3FZMA 5AQPA 3CJAA 1V4TA 3MN5A 4XH1A 2FLOA 4JD2A 4RCHA 4J8FA 3D2EA 4BRKA 1NGAA 2GEMA 3HSCA 5AQYA 4BR2A 3MCPA 3QFUA 4B1YB 2P9IA 4K25A 1E4FT 3O5BA 4FWSA 5E84A 4H03B 3WUHA 4JNEA 1GLDG 2CH5A 2QWLA 5AQOA 4B1UB 1ATRA 1NGJA 5AQHA 3LDQA 3H1QA 5E26A 5TKYA 4BRNA 2P9SB 4CD1A 4HWIA 3JXUA 5BN8A 4IXCA 4CI6A 3QBXA 1J6ZA 3O1WA 3H3OB 4I6MB 2E2PA 3ZETB 3FLCO 3WT0A 1BA0A 2E2OA 3WXIA 3MN6A 3CERA 4BRQA 3QICA 4C23A 4MO4A 2HF4A 3A5NC 2FSNA 2P9SA 3A0IX 1IG8A 4EHUA 4EHTA 4FWOA 5JLHA 2GTDA 4FOIA 1ATSA 4BRPA 4I6MA 2YHXA 3ZETA 3M1FA 1KAZA 2A3ZA 3LM9A 3HI0A 5AZJB 1U2VB 3H1VX 5AR0A 3FZLA 5LJVA 1C0GA 3HBTA 3M6GA 2E20A 4A2AA 4B1ZA 4BRMA 1G99A 3CQXA 2V51B 1ESVA 1HUXA 4WYBA 4BRCA 5I9EB 3CJ1A 2PAVA 3U9DA 4XEIA 3LM2A 2WUSA 5KQ8A 2HMPA 4M7YA 5BPLA 3FGUA 3QB0A 4Y0WA 5AZJA 5AQZA 3EO3A 1U2VA 3VEWA 3CHWA 1ZXOA 1QQOA 5JICA 4CZFA 1GLEG 2BUPA 2D4WA 1NMDA 3VGMA 2A6AA 1OKJA 3UE5A 4AM6A 4EAHD 3LL3A 5EXWA 2E88A 2V7ZA 2QXLA 1NGBA 2D1KA 1QQMA 3ZEUB 1HJOA 4BR5A 5AQVA 1NGGA 4MLEA 1ATNA 1NGHA 3LDOA 3VERA 4BC3A 5LJWA 1QZ6A 3O80A 5BRHA 1SQKA 4FWPA 2Q0RA 3I33A 3LDNA 3WQTA 3ATVA 4M7XA 2IVNA 4H5WA 4BR7A 4BRLA 1EQYA 3ZEUA 4FWRA 4BRHA 5KPZA 4BR9A 4JAXA 2P9UB 3KVGA 1LCUA 3EKSA 2HOEA 3DXMB 3AAQA 3U8XA 3VETA 4QS7A 3VGKA 1YUWA 3GOIA 1KAYA 3VEYA 1BDGA 1NM1A 4FWNA 5BPMA 2ASPA 2ZGYA 2HF3A 2QW9A 1MWMA 3H45C 2P9LB 4FPAA 3W3DA 1DGKN 3FE1A 2W40A 2QWMA 3FZFA 3O4WA 3J8AA 1Z05A 2OANA 2P9UA 3EZWA 4MLHA 3ULEB 4BR4A 4XH4A 1U6ZA 3DXMA 1Q18A 3WXKA 4BG9A 3ZX3A 1S22A 2A5XA 3AARA 2A41A 1TUUA 1H1VA 2ASMA 3C0BA 2GUPA 1JCGA 2P9LA 3ENOA 3VF6A 3VEOA 3DAWA 2QM1A 3A8YA 2VWBA 2D0PA 3HM8A 1Z6RA 3ULEA 1NGCA 4IJAA 5JMVA 4WQ4C 1S3XA 5ADXH 2F9WA 4ISGA 2CGKA 4AM7A 2E1ZA 3B8AX 4BR0A 2P9KB 3CETA 1X3NA 3M3ZA 1ZBSA 4E1JA 4CZHA 3VEVA 3L0QA 5BRFA 4ISFA 4L3QA 4PKHA 2E2QA 4A61A 1TUYA 3LDLA 4FO0A 4FWKA 4GNIA 4H5VA 5EVZA 4BROA 3VENA 1GLCG 4BRIA 3VF4A 2P9KA 2BTFA 1GLJO 5AQTA 3H3NO 4JHDB 1YAGA 4B1XB 3H6EA 4H0TB 1SZ2A 4H0XB 4BVPA 4CZEA 2QWOA 5AFUA 3SMSA 4A2BA 4NO7A 1BOTO 2QWRA 4BREA 4ISEA 2Q2RA 2YHYA 3DXKB 2Q1NA 4WQ5A 3U4LA 2E2NA 5AQGA 3MMVA 3A5MC 5AQIA 3RSEB 4JHDA 4BG8A 3UKUB 4B9QA 4CZLA 2VYPA 5LY3A 4K42A 3O1BA 5AQQA 3IMXA 1R59O 3FZKA 3QBWA 4CBUA 1ZC6A 3IUCA 5BPNA 3CQYA 1DKGD 2NZTA 3I8BA 3CJ7A 2FF3B 1P8ZA 3DXKA 5FPMA 1BA1A 1NGEA 4XH5A 2CGJA 5AQXA 3RSEA 3UKUA 1GLLO 1LOTB 5AQMA 1NGDA 1JCFA 4PL7A 2A40A 3UB5A 1QQNA 5BR9A 5AQKA 5AFUH 5AQNA 3HZ6A 3EN9A 1T6DA 4QS8A 3KZBA 4WQ5C 5AQLA 4YDUA 5KQDA 1HKBA 3ENHA 5BREA 5AQJA 4FWLA 5BRDA 3IFRA 4DHYA 1QZ5A 4H0PA 4BC5A 2VCPA 4A62A 4QS9A 2E8AA 3QFPA 3GE1A 4BRFA 2ASOA 4BRAA 1SAZA 5CE3A 5ADXA 3VF2A 4GY2B 2FSJA 3U9ZA 3ZX0A 3SJHA 2H3GX 3VGLA 2ITMA 4FWQA 4CBXA 1C0FA 1NWKA 4O5FA 2Q36A 3MN7A 3O8MA 1D4XA 5F2RA 5AQUA 1K8KB 2YJFA 5KPRA 1YVNA 3BF1A 2Q97A 3R9PA 3ZX2A 5FPDA 2AP1A 4PL8A 5EOYA 4Z94A 1DEJA 1HKGA 4KBOA 1T44A 1WOQA 2AA4A 3D2FB 3VESA 3MK6A 1RFQA 3TU5A 3SLCA 1RGIA 3GBTA 2YCHA 3SK3A 4H5RA 1T6CA 4EIAA 2F9TA 4BQLA 4BGBA 3ID8A 3UKRB 1K8KA 3A5OC 3IDHA 3R6MA 2D0OA 4FPBA 3D7EO 3OHRA 1XUPO 4BVOA 2FXUA 1MDUB 3DWLA 1BU6O 3D2FA 2W41A 3GG4A 3C7NB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E1YA 1UOCA 4Z4GA 3TARA 1LWFA 4AHRA 1NK9A 3F9KA 1NK7A 1J9AA 5GINA 4CZKA 1CXUA 3QDKA 4H5TA 4M3XA 3DMJA 1XC3A 2RKIA 2J4RA 4MO5A 3C7NA 4H0YB 3QNOA 2QWNA 3L4QA 2QWPA 4LH5A 3FR0A 3PSIA 4CHPA 5B8HA 3C95A 3BF3A 2DTUA 4K43A 5C24A 3OW2M 3KK7A 2OPQA 3ZT2A 3AVCA 4FCYA 1KLMA 1KTQA 3BZCA 1WSFA 2P9NB 3AO3A 4CCHA 3L4IA 4PKIA 1HPZA 1BWFO 1JJ2M 5A2QO 4RW8A 1MU2A 1JCEA 2DY4A 1QQCA 5C0YA 4JRQA 4K8ZA 3DM2A 2OZSA 4FJGA 2V7YA 4OPKA 3RMDA 1M1KO 4DSFA 1FW6A 4O8KA 4J2DA 4W5TA 1YI2N 2E4LA 3F9MA 4IEIA 1VSKA 1TYQB 1IKVA 4FW2A 1EWRA 3AAPA 3T69A 4AF1A 4B9UA 3MXMA 1RDCA 3HTVA 4KTWA 4BRGA 3S3OA 2O8FB 3OBYA 3LAKA 3DLKA 1LWCA 3O08A 2IIRA 3H08A 3CIPA 4WFNL 2NRHA 2EX3A 4FZZA 5JVHL 1W2BM 4LC9B 3EKUA 2KZZA 4DR6K 4QAGA 3KWGA 5EY4A 5K14A 1ILYA 3FFKB 4DF8A 4W5NA 3GL1A 3JYTA 4F3OA 4H0VB 4B08A 3MECA 1NJIO 3TTFA 1QHTA 1BUPA 1S5JA 3OVNA 2KHOA 4DQ8A 1OVQA 3OTOK 5GIPA 4FLWA 4DCHA 4BC4A 3HJFA 3DLBA 3TTCA 4BY9C 4YORA 4YDUC 3CI5A 5KPTA 4E7LA 1TVRA 4BDPA 4FOEA 4PHTX 5F1XA 1N32K 2UU9K 2DPNA 3O4NA 3VQ7A 1QHAA 4BC2A 4CD3A 1X9SA 3VEXA 1LW0A 3F73A 4B9SA 4BDYA 2A42A 3DJCA 3SUPA 4IO9L 3PIPL 3VN5A 1V4TA 1S1XA 4RCHA 3D2EA 1NGAA 3VQ4A 4C8MA 3MCPA 3O3FA 2P9IA 5E84A 3O5BA 4FWSA 4QCLA 4H03B 1RDUA 3WUHA 4JNEA 2QWLA 3P39A 1YJ9N 1I39A 3ZSYA 3TWHA 4IOAL 4O0JA 3L3VA 4LFAK 1VSEA 3SQ4A 2E2PA 2R7YA 4FM1A 3FLCO 3PSFA 3CMEN 4JI3K 4DSEA 4C23A 4KHNA 1QVGM 4FJXA 1RDBA 3OBWA 4CF2A 4FWOA 3OS0A 4FVMA 4BRPA 4I6MA 2YHXA 3ZETA 1NNEA 3AVHA 1SL1A 3M1FA 1KAZA 2A3ZA 3C6HA 4FJKA 2Z1IA 4DU1A 4B1ZA 4A2AA 4JKBA 3K5MA 3HVRA 1S1VA 4JS5A 3MXIA 2G8HA 4FLXA 1TKZA 4FJJA 2HSTA 5I9EB 3CJ1A 5H1SQ 3NH2A 4DS5A 3ULDA 2OCEA 2WUSA 2HMPA 2IOCA 5BPLA 5AZJA 1U2VA 3VEWA 2QXFA 1ZXOA 1YTAA 4DTRA 1N5YA 3CCEN 1KSPA 4FVUA 3Q7BA 1XMQK 4OGCA 4G9ZA 3ZSVA 4HUEA 2VG6A 4FLUA 4NXMK 1NGBA 2QA4N 3HRGA 2JWLA 1U49A 5LJWA 4DS4A 1QZ6A 1Q8IA 5BRHA 2JLEA 4JI7K 4DV7K 2O8DA 1WSHA 4CERA 3ATVA 4DQSA 3PO5A 3LPTA 3LALA 4BR7A 4UQGA 1VHXA 5J2NA 3ZEUA 4FWRA 3ALYA 4BRHA 4JKGA 4W5RA 1DTTA 1I3AA 2HOEA 3DXMB 5J2QA 4OGEA 4QS7A 3CMAN 3VEYA 3I56N 1OH7A 4Y1CA 1Z25A 3CCSN 5HRPA 2QW9A 1MWMA 4JEPA 3VQBA 4KB0A 4N56A 4U7BA 3VTIA 2OANA 3IAYA 1BQMA 1TKXA 1C0MA 4BR4A 1LAVA 1U6ZA 3CCUN 3KLFA 1Q18A 1HNIA 4AQYK 2HHTA 2FBTA 4DU4A 1HQEA 3OA9A 2HB5A 2HNZA 3ENOA 3VF6A 3VEOA 4E7HA 4M3ZA 2VWBA 3HM8A 1ZBIA 3ULEA 1JLGA 3CQ8A 5JMVA 4WQ4C 5ADXH 3THXB 4AM7A 2PFUA 3KLHA 5LMNK 1D9FA 5HRNA 4FW1A 4CJKA 4DV0K 3I55N 3T7ZA 4E1JA 3KWIA 5FDLA 4IDKA 4CZHA 3VEVA 4CEDA 3PX4A 3L0QA 5BRFA 4GV6A 3MEEA 4C1NI 2WFBA 1ASUA 3SBTA 1SKWA 2O8BA 1VSDA 4BROA 1N36K 2GV9A 3V1OA 3D6RA 4BRIA 4RW6A 4OLBA 3H3NO 3TAFA 3OYIA 4KHYA 2HHWA 2OTJN 1SZ2A 1YHQN 4H0XB 3AA3A 3VQAA 3HP6A 1D8YA 2FBYA 1BI4B 4C1NK 4CZEA 5DK5A 4I2PA 2OA8A 5AFUA 1DTQA 4CK1A 1YJWN 2QWRA 2Y1IA 4ISEA 1JKHA 2Q2RA 4WQ5A 2Q1NA 4DQPA 3SAGA 5AQGA 1FKOA 3SUOA 5AQIA 4Z4EA 1XNRK 3E9OA 4B9QA 4JI4K 2KFNA 1OH6A 3QBWA 4CBUA 1WSEA 4B8CA 1EXQA 2Y1JA 3AVIA 3AV9A 4JKCA 4LFBK 1DKGD 3TAGA 1RDDA 5DMRA 1P8ZA 5FPMA 4AHTA 1BA1A 2CGJA 4OX9K 1CXQA 3UKUA 1QE1A 1GLLO 4PL7A 2A40A 3UB5A 3VQ9A 3IRXA 5AQKA 3ZSRA 3HZ6A 5BR8K 1T6DA 4DSIA 4O44A 1O13A 3DLHA 3PUFA 4YDUA 4O0IA 3ENHA 5AQJA 5BRDA 4CJVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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