3MDQA

Crystal structure of an exopolyphosphatase (chu_0316) from cytophaga hutchinsonii atcc 33406 at 1.50 a resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
QRIGVIDMGTNTFHLLITDIVNDRPHTLVNEKSAVGLGKGGITKGFITEEAMDRALDTLKKFRVILDEHAVVHVIATGTSAVRSGSNKQVLIDRIKKEVNIDVEVIDGAREAELIFRGVQQAVPMEDHISLAMDIGGGSVEFIIGNKNEILWKQSFEIGGQRLIDRFHVHDPMREDDRVMMHNYFDEVLVPLEKAINTWRPTQLIGCSGTFDTLAEMNIQHHREKIALEKQTSYLLSLPDFNRLRKQLVASTRRERLAIAGMIELRADMVVVAICLIEHVLKLVSTNAITVSTYSLKEGVLYTMLDGVKVGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an Exopolyphosphatase (CHU_0316) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 1.50 A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Cytophaga hutchinsonii
molecule keywords Exopolyphosphatase
total genus 102
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2010-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mdqA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3mdqA02
3VGMA 2FSJA 4ISFA 4CBXA 3ZX3A 4FWQA 4EHUA 5ELZA 4EIAA 5ADXH 3EO3A 3HSCA 1BG3A 5FPEA 4FWOA 3WXIA 5AZJB 4BRDA 3FZLA 2GWJA 2H3GX 4IO8A 2BUPA 4FOIA 1NBWA 2VYPA 4BREA 2ASOA 5BREA 2ITMA 3H3OB 3FZMA 3D2FA 3VEYA 1JCEA 3RSEB 4IXCA 5BPNA 1KAZA 1HJOA 2QXLA 3IFRA 4BRCA 1DKGD 3VGLA 4BROA 3C7NA 2A42A 3U8XA 2P9NB 4H5RA 2D4WA 1D4XA 4H0OA 4JNEA 4BVPA 4H0YB 4ISGA 2FXUA 3LDQA 5BRDA 1RDWX 2V7ZA 2GUPA 5FPMA 4BRHA 3AY9A 1NGEA 4LC9B 5BN9A 4BR5A 3O08A 1X9JA 4MLHA 3O6WA 3A0IX 5KPZA 3MN9A 4M7YA 1C0FA 3D2FB 1OKJA 4Z94A 4BGBA 1SQKA 2P9SB 1ATNA 5KPTA 3WQUA 3D7EO 4K43A 3WEEB 3LDPA 3QBXA 3W0LA 3A5MC 1HKBA 1NGCA 3EKUA 1HUXA 4H5TA 3VEZA 3ZX2A 3MCPA 4PKGA 3QB0A 1GLDG 1NLVA 3IUCA 5JLHA 4XEIA 2KHOA 3L0QA 4K25A 2QWOA 2W41A 4CI6A 5JICA 2Q31A 4L3QA 4IWVA 2NRHA 4H5NA 3FE1A 2V51B 3CETA 1ATRA 3AAQA 3CJAA 4CZKA 3QBWA 3H46O 4H0TB 3VESA 3VETA 1BA1A 4EHTA 3EZWA 2D0OA 2HF4A 5EXWA 3VPZA 1GLAG 5KQ8A 2HF3A 3VEXA 4BG8A 3ENHA 1V4SA 4B1VA 1Y64A 4BC4A 3VF4A 2YCHA 2A5XA 3B8AX 4AM6A 1YXQA 1XUPO 1QQMA 3VEOA 1DGKN 3FZKA 5BRHA 3FLCO 3M3ZA 4H0VB 5JLFA 1WUAA 2YI1A 4B1YB 1GLLO 3U4LA 1NGGA 2I7PA 4PKHA 3R8EA 5F1XA 4WQ4A 5E26A 4FPBA 1U2VA 4H5WA 3FFKB 3JS6A 2CH6A 4FOEA 1TUUA 3IDHA 1NGDA 4BQZA 4BRNA 2IVNA 4FO0A 4JD2A 2IVOA 3CQXA 2E1YA 1TUYA 1SZ2A 3O80A 4O5FA 4BRGA 3UKUB 5AQZA 4YDUA 3QFPA 1E4GT 4BR2A 2CGKA 4CD3A 1H1VA 3AARA 4BRAA 3G25A 3AAPA 3GDQA 5AQYA 4IJNA 3WQTA 1KAYA 5AQHA 3U9ZA 5I9EB 2UYTA 1GLFO 1V4TA 4CZEA 1C0GA 1KXPA 3A5OC 4MO4A 3EN9A 5EY4A 2FSNA 1XQSC 1U2VB 4BG9A 4K41A 4A61A 5LY3A 1CZAN 3GG4A 4I6MA 3FGUA 4JN4A 4QS9A 2P9SA 2F9TA 4DCHA 4FWMA 2A3ZA 3WEEA 2P9IA 2QW9A 4JD2B 3TPQA 4ISEA 3ZX0A 4CBWA 2QWPA 1BOTO 1ATSA 1NGFA 5AQFA 2P9LB 3KVGA 2E88A 1R59O 3H1VX 5FPDA 2BTFA 1S3XA 1HLUA 4QS7A 1EQYA 5AQRA 3MK6A 2YHXA 2E2QA 3FZFA 2GTDA 2ASMA 4H03B 2E8AA 4IZ9A 4BC5A 3ATUA 1IG8A 4CJ7A 3SJHA 4HWIA 1JCGA 1HX1A 3CERA 4I6MB 4BRLA 3CI5A 4M63C 1NGAA 3H45C 2P9IB 2GEMA 3CQYA 4WYBA 5AQWA 2YJEA 3ULEA 2E1ZA 1GLBG 3W3DA 1BU6O 1T44A 1ZC6A 4CBUA 3VEWA 1WOQA 5LJVA 4PKIA 1LOTB 4FL9A 4B1ZA 2QM1A 3H1QA 2CGLA 3VF2A 1T6DA 2ZWHA 3MN7A 4B1UB 4BRPA 4JAXA 1ZXOA 4XH4A 4EAHD 3BF3A 1HPMA 3CJ7A 4WQ5A 4BRQA 2V7YA 3ZETA 2QWLA 4FWKA 4BQLA 3ID8A 3IMXA 1J6ZA 3ENOA 2AA4A 1P8ZA 4FWPA 1NMDA 4MO5A 4QS8A 3U9DA 4CZIA 4CZHA 5AQOA 3SMSA 3HBTA 1S22A 2GWKA 5AQIA 2E20A 2P9UA 3ULEB 2AP1A 4CZFA 4HTLA 4CD1A 5AQJA 3A5LC 5CE3A 2CGJA 4BRKA 2A41A 4CZMA 5BPLA 3FZHA 1YAGA 2WUSA 3CHWA 1HKCA 3QDKA 1BO5O 2Q0RA 1NGBA 4B1WB 4BGAA 5AFUH 3UKUA 1QZ5A 2ZF5O 3VOVA 3ZETB 3VGKA 1NWKA 5EX5A 3CJCA 4JHDB 3HTVA 4FWLA 3GBTA 2Q1NA 2W40A 1BDGA 3DAWA 2D0PA 2ZGYA 4IJAA 3R9PA 2QWRA 3I8BA 4BR9A 3F9MA 4NO7A 3QFUA 4WQ4C 5AQGA 3O1BA 2HOEA 3A5NC 5AZIA 2P9UB 4BC3A 5F2RA 5KPRA 3HI0A 3LM9A 2YJFA 3KZBA 3WT0A 3MN5A 3QICA 1X3NA 4BRIA 1KAXA 2Q2RA 3EL2A 5BN8A 3UB5A 4BR7A 3LM2A 3M6GA 2P9LA 5BRFA 2CH5A 3A8YA 3LDNA 4YDUC 1SAZA 4FWNA 1NGJA 4RTFD 1MDUB 1K8KA 3C0BA 3BEXA 1G99A 3D2EA 4RCHA 2EWSA 2I7NA 4GY2B 3VERA 2J4RA 5AZIB 3M1FA 3WXJA 3GL1A 2GELA 4BRMA 4DB3A 2IIRA 5BR9A 5F0XA 1RFQA 2VCPA 1Z6RA 3L4IA 1XC3A 1TYQA 4BVOA 3BP8A 3BUZB 3R6MA 4CZJA 5AFUA 2QWNA 3WXKA 5AQUA 2OANA 1ESVA 3CIPA 2E2NA 5AQMA 1MWMA 1K8KB 4E1JA 2DPNA 3O4WA 2FF6A 3D2EB 3L6QA 4CZLA 1QQNA 4EFHA 1BUPA 2E2OA 2FF3B 5AQLA 4FSVA 1HKGA 2FLOA 3CJ1A 3FR0A 5AQSA 3SK3A 1T6CA 1BA0A 5EOYA 4H5VA 1TYQB 3S41A 4M7XA 3CJBA 3MDQA 3ZEUA 5B8HA 2HMPA 4PL7A 3SMPA 3OHRA 2YHYA 1X3MA 5AQPA 2NLXA 4Y0WA 2F9WA 1DEJA 2YHWA 3MN6A 3UKRA 5KQDA 1RGIA 4XH5A 3CJ9A 3O5BA 2D1KA 2IVPA 5AQQA 4MLEA 5LJWA 3GE1A 3QMLA 4WQ5C 5AQTA 4A62A 3VF6A 2Q36A 3TU5A 1NGHA 3H3NO 4JHDA 3C7NB 3LL3A 3P4IA 5EVZA 3JXUA 5JMVA 3DJCA 3WXLA 3ATVA 3O1WA 1NM1A 5AQKA 4H0PA 2PBDA 3ZEUB 3DXMA 3VEVA 4RWTA 5ADXA 4KBOA 2P9PA 3WUHA 3UE5A 3MMVA 1ZBSA 4F9OA 1YUWA 5AQNA 3UKRB 4DQ8A 3GOIA 2A40A 1Q18A 4FPAA 5E84A 2QWMA 1QHAA 2ASPA 3LDLA 3H6EA 3EKSA 4FWSA 4O8KA 3DXKA 5FPNA 2V52B 1GLJO 2FSKA 2Q97A 5TKYA 4NB4A 2P9KA 4B9QA 1IJJA 3SLCA 4FWRA 3VENA 2QWQA 2VWBA 5AQXA 1GLCG 4GNIA 3DXMB 3O8MA 4B1XB 2P9PB 4C23A 4BRFA 4J8FA 2PAVA 4AM7A 3DWLA 4DHYA 1MA9B 2ZGZA 2Q0UA 1LCUA 4BR4A 3J8AA 1QZ6A 1BWFO 5BPMA 1E4FT 4A2BA 4CZGA 1GLEG 1U6ZA 3LDOA 5AZJA 2NZTA 2E2PA 3DXKB 3I33A 5AR0A 4PL8A 2P9KB 3HM8A 4BR0A 3KHYA 4XH1A 3RSEA 1Z05A 5AQVA 4K42A 1JCFA 1YVNA 4BC2A 4A2AA 1NGIA 1MWKA 2A6AA 2P9NA 3HZ6A 1QQOA 3BF1A 4H0XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF9A 3VGMA 4FM1A 4CBXA 3AVJA 4CK2A 3G6EN 2FBYA 4ID5A 4FZZA 3AVKA 3MCAB 4CJ5A 3HSCA 1BG3A 4CJTA 4N76A 4BRDA 2VG7A 4IO8A 3BGRA 2BUPA 1NBWA 4EZ9A 4BREA 2ITMA 1VQ4N 1JCEA 1FJGK 1RBRA 1IKVA 2YHBA 2EHGA 2QXLA 4BRCA 4FLTA 3SQ4A 3C7NA 2HHWA 3U8XA 4GVEA 2P9NB 4CJFA 4M3UA 1CLQA 3LDQA 2V7ZA 1WAJA 3V1RA 2GUPA 2X74A 3RMAA 3ZLJA 4CFBA 4MDBA 3O08A 1LWFA 4CE9A 3NH1A 1VQLN 3HOTA 3EEQA 4MLHA 3J7ZO 3O6WA 5C25A 4B3OA 1E3MA 4RW8A 3D2FB 4DV5K 4BGBA 3K2PA 4M3RA 1HJRA 5KPTA 3D7EO 3NGIA 4FLXA 3I56N 3QBXA 4FJMA 3W0LA 2G8IA 1EKEA 2F4VK 4KTZA 1HKBA 1NGCA 1NJWA 4M3TA 3E9LA 4DQSA 3E9OA 1S1TA 3CG7A 4KB0A 3ZX2A 4HHTA 3KKSA 3LP3A 4C8OA 4PKGA 3TAEA 1VSKA 2OPSA 2BDPA 4BY9C 4CJSA 4CHOA 4OGCA 4UY8O 3OW2M 4H5NA 3FE1A 2V51B 3CETA 1ATRA 1WLJA 3AAQA 3F9KA 3OYKA 4B8CA 1NNEA 3E1YA 4H0TB 1BA1A 3EZWA 3QLHA 4CFAA 1VAZA 2HF3A 3V9WA 4BG8A 3ENHA 4X65K 4CEEA 4DFJA 1B9DA 1QS4A 4ICLA 1YXQA 3VEOA 3THXB 4X66K 4Y1CA 4IEEA 1DGKN 3V1OA 5BRHA 3FLCO 4OPKA 1U48A 4J2BA 3M8RA 3M3ZA 1T8EA 4LSNA 5JLFA 2UXDK 1RT1A 5GIPA 4CESA 4B1YB 2DFHA 2OPQA 1VRUA 3ENBA 3DLEA 4ILGB 3S3OA 3JS6A 3OS0A 4B9SA 3TAFA 1OH5A 4FO0A 2UUAK 3AA4A 3CQXA 4CHZA 1SZ2A 3FFIA 1QVGM 3CCRN 3CMEN 1EO1A 4CHYA 2HBMA 5AQZA 4FCYA 4BR2A 1KD1O 3AARA 3G25A 1WBBA 3GDQA 2E6LA 2P5OA 4IJNA 3WQTA 4OLBA 1KAYA 1RT3A 3U9ZA 3HRGA 5C10A 2G8FA 1VSHA 2GUIA 3TI0A 3NF8A 1KXPA 3RR8A 2FSNA 1XQSC 5LY3A 1HMVA 1X9SA 1NKBA 3B6PA 1NJIO 1UA0A 4LSLA 4FLUA 3TPQA 3ZX0A 1TK0A 5JVGL 1NGFA 1S6QA 2E88A 1R59O 3KVGA 3LAKA 4Z4FA 1EQYA 4FK0A 1XMOK 2E2QA 3QNNA 1HRHA 4LF7K 4DR7K 2Z1GA 4BWMA 4E1NA 1P90A 5C12A 4LF9K 2G8KA 3SJHA 4CGGA 1HX1A 3CERA 3SAGA 4BRLA 3QEIA 2G8VA 3C6AA 4HCCA 3KD5E 1NGAA 3O4QA 5CR4A 2KFZA 3TANA 2GEMA 3CQYA 4WYBA 3ULEA 1GLBG 3W3DA 1EWQA 5JS2A 5LJVA 4BE1A 1LOTB 2KZZA 1S5JA 3H1QA 1RTIA 2CGLA 1BQMA 3ZSQA 4DUYK 4KHSA 2QI2A 3Q7BA 4JAXA 3TAQA 2V7YA 3D45A 2VGNA 4BQLA 2GX9A 2AA4A 4FWPA 3VQ5A 1B92A 1HNWK 5AQOA 3SMSA 4EP4A 3VTIA 3TABA 4BDZA 2XY7A 4KAZA 3L2RA 4CIFA 4JKFA 4KH5A 4HTLA 2O8FA 4BE2A 2Q3SA 3S9HA 4JV5K 3A5LC 5CE3A 4DTJA 1VSIA 2CGJA 4FLWA 4BRKA 1BIUA 3HT3A 3FZHA 3TTDA 1HKCA 2IC3A 4CCHA 3C65A 5AFUH 1RDDA 1QZ5A 3SBGA 1W97L 1TAUA 4NCAA 5EX5A 4DTMA 3KK1A 4JHDB 3AGKA 4FWLA 3VA3A 2Q1NA 3DAWA 3R9PA 4J2EA 3RMBA 3I8BA 3O9QA 5KGWA 2HOEA 4A5AA 3KK2A 3LDSA 3TAGA 1S9EA 1SUQA 3HI0A 1Q7YO 3LM9A 1RT7A 3MN5A 3HVTA 3QICA 1X3NA 1HYSA 4DWIA 3UB5A 4B3SK 2P9LA 5BRFA 3LDNA 1JLGA 4C1NK 4RTFD 3JAMO 3C0BA 3WXMB 5D3GA 4NXNK 3K9JA 3BEXA 1G99A 4FJLA 1VK0A 1YJ9N 4FW2A 4CF9A 3M8SA 4GY2B 2HHVA 4DSLA 3VA0A 1N5YA 2GELA 1F21A 3MXMA 4DB3A 2IIRA 3CYMA 1RFQA 1RTHA 4FM0A 1N32K 3QEVA 5AFUA 1FKOA 4FXDA 4JS4A 4FJGA 1S1UA 1YTAA 3MXIA 2HVHA 4JYAK 3TTCA 4E7JA 4DTOA 4DTNA 1RDCA 4FLZA 2WBNA 3L6QA 3CCQN 4EFHA 3CCJN 1KQSM 4JKBA 4N41A 4M41A 3AO2A 5AQSA 3ZSXA 1T6CA 1BA0A 5EOYA 4GMJB 5CYMA 1L3SA 4YOXA 4KPYA 3CXCM 2JLEA 4PL7A 3OHRA 4H4MA 2RE2A 2NLXA 1K9MO 2YHWA 4OKEA 5KQDA 3TSPA 4XH5A 3O5BA 3OJSA 3K9KA 1WBDA 4MLEA 4N5SA 3GE1A 4WQ5C 4A62A 3K5LA 3VF6A 4H4OA 3H3NO 3LL3A 1HPZA 5EVZA 3V1QA 5JMVA 4E1MA 1TK5A 1ZBHA 2HHHK 4GKKK 3QESA 2O8BB 1NM1A 5J1EA 3EZ5A 4JRPA 4H0PA 4AHSA 4HCBA 4RWTA 3VEVA 3ZT4A 5ADXA 4KBOA 2P9PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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