3MXI | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
sequence length	231
structure length	219
Chain Sequence	TLPHGHMQTLIFLNLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALESQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3728027569271535__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3728027569271535__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3MXI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3728027569271535__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3728027569271535","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3MXI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3728027569271535__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/dna
source organism	Mus musculus
publication title	X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants rcsb
molecule keywords	Three prime repair exonuclease 1
total genus	78
structure length	219
sequence length	231
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date	2010-05-07

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	3mxiA01

5CY4A 3KD5E 1HYZA 3DYAA 3KLFA 2XY7A 2KZZA 1WSGA 3IAYA 2JLEA 5CZ2A 4AHCA 3VQEA 4ELVA 4G1QA 1C0MA 2HVHA 4IBNA 4CFAA 4K8ZA 2E4LA 1REVA 3LZIA 4CJLA 4FLZA 3V4IA 3S3OA 1C6VA 3ZSRA 4EZ6A 2O4GA 1LW2A 4CEOA 4JRPA 1WNSA 3K2PA 1TV6A 4LY7A 4CFDA 1BI4A 4CHQA 4AILC 3NHGA 4Z4FA 4GVMA 4HUFA 2PYJA 4CHNA 2KQ2A 5E41A 3HJFA 1LAWA 4IFYA 3T1AA 2OPRA 4CHYA 1KFSA 4FXDA 2HHVA 2KZMA 4FZYA 1JLCA 1YVUA 2XY6A 1KFDA 2ITGA 3VA0A 3FFIA 3AO3A 3T19A 1B92A 2GUIA 4KV8A 2VWJA 1S6QA 1XC9A 4ELTA 2ZD1A 1U48A 1QSSA 4OKEA 1WN7A 4N5SA 2GV9A 3AVGA 3ZSZA 3DLBA 4DSJA 4EP4A 4DSKA 4DFJA 4N56A 3AA5X 1JLBA 4OLAA 4E7HA 4CEAA 1HMVA 4OPJA 3KLGA 3AA4A 4DTRA 1CZ9A 3VQ5A 4OLBA 1RT4A 1S1VA 4CERA 4DTOA 3JYTA 3TAGA 4CIFA 4DU4A 3OYGA 4CE9A 3S3NA 1I3AA 3AO4A 1KLMA 4KKOA 4FLVA 2OPPA 4FJ8A 1EXQA 4TSXA 3QEXA 2GBZA 3MECA 1JLQA 3L3UA 1TK8A 2G8HA 4C8MA 4CJ4A 2RF2A 4CF8A 3ZCMA 3OYEA 3HVRA 1HQEA 3P5JA 3TAEA 1VSIA 5JS1A 3DRPA 4CECA 3NF7A 3NBPA 1BQNA 4AHRA 1NJXA 4O44A 1JL1A 4DTMA 3O4QA 3OYDA 5HROA 3RR7A 5FDLA 2VG5A 3WNHA 4OKKA 3OJSA 3C94A 1U45A 2BDPA 4O0IA 4E0DA 4FJ5A 3QLHA 3T3FA 4FJIA 2G8FA 3K5LA 4DU1A 1C0UA 1KRPA 3V9UA 4IG3A 3LANA 3VQQA 3EZ5A 4HCBA 3LALA 4AH9A 1RBTA 4B9LA 2E6MA 4N47A 3VQBA 3HT3A 1K6YA 3KLHA 4DU3A 1FK9A 4FW2A 2Y1JA 1XHZA 4CK1A 1BQMA 1RT3A 4CJ5A 1QSYA 2KTQA 5K14A 4KHYA 4B8CA 1QHTA 3ZSQA 3AV9A 3CQ8A 1VSMA 1HYSA 4DFPA 3DLGA 2X74A 4FJNA 4M3YA 2PYLA 4DQRA 3OS0A 3TARA 3NFAA 3KKRA 3ZSVA 3NDKA 1IG9A 3SCXA 1ZBIA 5CZ1A 4FJJA 4RW4A 3LWMA 3MEDA 4CFBA 3SV3A 1QSLA 4FJLA 2Z1HA 2HHXA 1NJYA 5HRRA 1JLAA 2XO7A 4BWMA 4E89A 3NGZA 4FW1A 3S9HA 2P1JA 4CF1A 4CJFA 1ZBFA 4M42A 1JL2A 4QAGA 3D0PA 4M3XA 4CJSA 3V9ZA 3DLKA 3MEEA 3TAQA 1TVRA 5I42A 3HO1A 2BANA 3CYMA 1S1WA 3M8PA 3KLEA 4WE1A 4H4OA 1JXBA 3B6PA 1TKDA 4PY5A 3PO4A 4I2QA 3B6OA 4XIUA 3ULDA 1RILA 3QIPA 4AHUA 4CEZA 4BDYA 2OA8A 4M3TA 1NOYA 3ZT4A 2XHBA 3QO9A 3VQPA 3KK2A 1T7PA 3HL8A 4B3OA 1VSHA 3LPUA 1J54A 1B9DA 4NYFA 4CCHA 3IG1A 3LPTA 3PV8A 3OYJA 4ICLA 3CM5A 4FM1A 2Z1IA 2HHSA 4O4GA 2F8SA 4KREA 1JLEA 3VQCA 3OS1A 2OPSA 2P51A 5J2QA 1T8EA 3CFRA 5HRNA 1BIZA 4CHZA 3LZJA 2R7YA 2KFZA 1TL1A 3AO2A 1RT5A 4EP5A 3O3GA 1C1BA 4E7IA 2ATQA 3U6FA 4N76A 2IDOA 4ID1A 1U47A 3VQ4A 3S3MA 4B9SA 1BCMA 1DTTA 3K57A 1RT7A 3TABA 3KK1A 4DQIA 2YNIA 2WONA 4ID5A 5DK5A 4DF8A 4FJXA 3KTQA 2HVIA 3U3YA 2I5JA 3OYKA 2IS3A 2G8KA 2Q3SA 4KAZA 3HSTB 4Z4IA 4MQ3A 1Q8IA 1NK9A 4CF0A 1BGXT 3AVCA 4F2SA 1BIUA 1IKWA 1A5VA 4RW7A 4DQPA 3SPZA 3O4NA 1SKRA 1WLJA 3HPHA 3LP0A 3NAEA 1RDAA 4KHQA 3DRRA 3KKSA 3HM9A 4HUGA 4DQQA 4ZTFA 3TAMA 2YV0X 3MAQA 1Q9YA 3VQ6A 4DG1A 1D9FA 4NCAA 4CHPA 4M3ZA 4E3SA 4F3TA 3NH1A 4KO0A 4B08A 4YFUA 4KTZA 2OZMA 4Z0UA 2D0CA 4OJRA 1JXEA 3QNOA 5J1EA 1YTUA 3SZ2A 1O1WA 3F9KA 3E01A 1S1TA 4BWJA 4LD0A 1HQUA 4B8AB 4Q0BA 3SUNA 1TAUA 3K5NA 2A1RA 3OYCA 3DLEA 3WNGA 2X6NA 1HRHA 1QTMA 4DFMA 2F96A 2RN2A 4BACA 1KTQA 1D5AA 1CXUA 1KCFA 4M3RA 1SKSA 2P5GA 2HHTA 4JLHA 4CIEA 1Z25A 4DFKA 5KI6A 1VSFA 3SQ1A 2YNFA 2G8IA 2DY4A 4RG8A 4I2PA 2DFFA 3QIOA 4DQSA 1JLFA 1TK0A 5SZTA 4Z4GA 1FKPA 4DS4A 3O3FA 4DWIA 2VWKA 3SUQA 1EX4A 4M3UA 2FBXA 4BE1A 3OYBA 1CZBA 1L3TA 3RR8A 2RKIA 3OYIA 4CEEA 4CF9A 4CEFA 3L2VA 1X9SA 1A5WA 3DI6A 3AVHA 4FM0A 1J5OA 3SQ0A 1IH7A 1SL1A 5FRMA 3PUFA 4C8NA 4Z4HA 1D9DA 3LP1A 1IO2A 2G8UA 4FK2A 4Y1DA 2Z1JA 2XY5A 4KI4A 3V1RA 4CGFA 1C0TA 1J9AA 4NCGA 4FLWA 3L3VA 1ZBLA 1NJWA 1DLOA 3CM6A 4FCYA 4H8KA 1VSDA 3MXMA 3AVKA 3LP2A 1WSFA 3ALYA 2HB5A 4CGHA 3K5MA 4W5QA 3ZSOA 3ZT3A 4KHWA 4CFCA 4GMJB 1U49A 1RT2A 3QERA 4C8LA 4HCCA 1X9MA 4CJTA 3OYMA 4DTUA 4DF4A 2FC0A 1Q9XA 4FZXC 3I8DA 1I39A 1EP4A 5HLFA 5HBMA 4JS4A 2HNZA 3LWLA 3OVNA 5KTQA 3SJJA 4KHUA 4FLXA 3ZSXA 3KJVA 2Y1IA 1N5YA 4JRQA 1X9WA 1L3SA 4DSIA 3C95A 3HK2A 2O4IA 1NK6A 2OPQA 3VQ9A 4EZ9A 1VSEA 2DFHA 2FBYA 4FM2A 3VQ8A 3HYFA 2D0BA 3BGRA 2X6SA 4H4MA 1EETA 4LSNA 1WSEA 4E1NA 3O3HA 4OVLA 1ASWA 3VN5A 1BI4B 3NF6A 3HXMA 3V1QA 4ZHRA 3ZT0A 4PWDA 4CJ3A 4IDKA 5EU7A 5C24A 2JGUA 3WNFA 3K5OA 3SNNA 5FRNA 1T03A 4E7KA 3U3GA 1L3UA 4B9UA 3EYZA 4CIGA 3NE6A 3RTVA 3CG7A 4GW6A 3AO5A 4K8XA 2HHWA 4Z4CA 5J2PA 4FJHA 3QETA 3NF9A 1VSLA 1EKEA 1BCOA 1UWBA 4PA1A 4AHTA 1IKVA 1RT1A 1A5XA 3PY8A 3VA3A 1ZBHA 4CK3A 3AVBA 3L2QA 3UIQA 2PY5A 4IFVA 4CJEA 3SYZA 1SL2A 1J53A 3HP9A 2ZQBA 4DSLA 4F2RA 2W42A 1RTDA 1SL0A 1LAVA 1RBVA 2B6AA 3NH2A 1MU2A 4BE0A 3DMJA 1FXXA 4Z4EA 1TKTA 4PQUA 3VQAA 3NGYA 1QQCA 4B9MA 1ASVA 1BISA 1S6PA 3QINA 2YNHA 4DS5A 4DTJA 3PX0A 3ITHA 2OYQA 3KLIA 4OGCA 4FZZA 1TK5A 1QE1A 1XHXA 3G0ZA 3AVNA 4LH4A 5C25A 1YTAA 1KSPA 4CJVA 2ZE2A 3DOKA 4F3OA 1RDBA 1TGOA 4C8KA 3NH0A 3KIOA 4QCLA 3D45A 4RW9A 4HTUA 4PUOA 4HUEA 3RMAA 1WSJA 3SV4A 4YNQA 5KRSA 3OYFA 5HP1A 4I7FA 4W5OA 4KB1A 1UA1A 2BGGA 3SI6A 1RCHA 1LWFA 1SUQA 5J2NA 3QNNA 1NK4A 3ISNC 3H08A 2DTUA 2YHAA 3AO1A 3NGIA 3V9WA 4J2BA 3QEIA 4O0JA 4AHSA 3F73A 2PZSA 3AA3A 3AVLA 3RWUA 1NK8A 3V1OA 3THVA 1R0AA 4NCBA 1Z26A 3SQ2A 1NK5A 4CGGA 3DM2A 3V81A 1WAJA 3RRGA 3VQ7A 1B9FA 1RDCA 2XRIA 1IKYA 3M8SA 3LAMA 4FVMA 4CK2A 4J2AA 1SV5A 1HPZA 3I0RA 1IKXA 4R5PA 2EX3A 4M45A 4L8RB 1G15A 2XY8A 3MXJA 1VSKA 2QKBA 3L2WA 3RMCA 3RMBA 4CHOA 3DRSA 3V6DA 3CFOA 3HPGA 4CESA 1X1PA 3AVJA 5JS2A 4DTPA 3QESA 4KHSA 1HJRA 4FLTA 4N41A 1XI1A 4B9TA 1NOZA 2Z1GA 4FJ9A 1VRUA 4J2EA 4CEQA 1NJZA 3LP3A 4KPYA 1U4BA 4CJQA 1D8YA 4FJKA 2QXFA 2A1SA 2KW4A 1FKOA 3IRXA 3OS2A 3OYLA 2HHQA 3RMDA 3TANA 4OKJA 5CYQA 3OYHA 4HVJA 3LAKA 4Y1CA 2HW3A 4OPKA 1F21A 1UOCA 2NUBA 1GOCA 1RBUA 2X78A 4MFBA 3ASMA 4RW8A 4E7LA 4FK4A 3ZT2A 2LSNA 3V9XA 3SUPA 1HNVA 4M41A 4FLUA 3DLRA 3K59A 2FBVA 4M3WA 5D3GA 3P1GA 1RNHA 3MEGA 4FK0A 1LWEA 2VG7A 2BE2A 4I9LA 4F8RA 1ITGA 1VSJA 5KGWA 3OYAA 3IS9A 2B4JA 4IKFA 4LSLA 4CJWA 3HP6A 1C1AA 2YKMA 1WAFA 4FLYA 4KI6A 4LH5A 1RDDA 3ZT1A 3TI0A 1GOAA 2VG6A 1WSHA 4C8OA 3JSMA 1TKZA 4CGIA 4NYNA 2HMIA 3HVTA 3AVFA 1W9HA 1L3VA 4DTNA 4E19A 4BDZA 2IOCA 1U04A 4O5BA 4BE2A 1JKHA 4CJRA 3NF8A 4KTWA 1W0HA 1S9GA 3NCIA 5DMRA 3QEVA 3KK3A 5FROA 1NK0A 3ZSYA 4CGDA 1S1XA 4W5TA 2IGIA 3V9SA 4ELUA 3I0SA 1TKXA 3SUOA 4BDPA 4CEDA 3QEWA 2D5RA 2DFEA 3AVAA 4J2DA 4I9QA 2YKNA 5J2MA 3PX4A 1RTJA 4CJPA 5HRSA 3TAPA 4W5NA 5KRTA 3HPOA 4CEBA 1YT3A 1XWLA 2YHBA 1HYVA 3RRHA 2P5OA 4KRFA 1UAXA 3OJUA 3PO5A 1RBSA 2E6LA 4DTSA 1UA0A 3LDSA 1VK0A 5HRPA 4Q5VA 1JLGA 4FJMA 1BL3A 4CGJA 4DLGA 1KLNA 3ZSWA 4B9NA 1CXQA 1TL3A 2HNDA 3G10A 2IC3A 4O55A 3WNEA 3DLHA 4KFBA 3CFPA 1BHLA 3PX6A 1NK7A 3MXIA 2IAJA 3L8BA 3C6UA 4DLEA 3KD1E 4QOZB 5I3UA 1QS4A 3DOLA 4FYDA 1TAQA 3K58A 4KHNA 1KVAA 3L2UA 1ASUA 1GOBA 2OZSA 2EHGA 2ETJA 3L2RA 5C42A 5SWMA 1RBRA 1RT6A 3M8RA 1HNIA 1S9EA 3QEPA 4JS5A 1T05A 1NKCA 4IG0A 4B9VA 4HHTA 1KVBA 3EY1A 4E7JA 3TAFA 1NKEA 2F8TA 1S1UA 3AVMA 1NKBA 1VRTA 4OGEA 3C6TA 4DTXA 3OY9A 4ZTJA 2G8VA 2RPIA 3VQDA 2QK9A 3TR8A 4FJ7A 1Y97A 3OYNA 1LW0A 1ZBUA 1S5JA 1WSIA 2B5JA 2FBTA 1L5UA 3AA2A 4UQGA 2G8WA 1DTQA 4KTQA 4DMNA 4DSEA 1N6QA 4CJKA 3A2FA 1CLQA 2YNGA 3AVIA 5T7BA 3M8QA 1RTHA 1LV5A 1LWCA 4CF2A 2QKKA 1SKWA 4AHVA 2WOMA 5KGXA 2D0AA 3SPYA 3TWHA 1ZYQA 2HNYA 1KVCA 4KB0A 4FJGA 4F4KA 2KFNA 2AJQA 4RW6A 5CYMA 2HHUA 3BDPA 3P83D 1RTIA 4E1MA 4CJUA 4W5RA 4DSFA 3SQ4A 1C1CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1GOB A;  2OZS A;  2EHG A;  2ETJ A;  3L2R A;  5C42 A;  5SWM A;  1RBR A;  1RT6 A;  3M8R A;  1HNI A;  1S9E A;  3QEP A;  4JS5 A;  1T05 A;  1NKC A;  4IG0 A;  4B9V A;  4HHT A;  1KVB A;  3EY1 A;  4E7J A;  3TAF A;  1NKE A;  2F8T A;  1S1U A;  3AVM A;  1NKB A;  1VRT A;  4OGE A;  3C6T A;  4DTX A;  3OY9 A;  4ZTJ A;  2G8V A;  2RPI A;  3VQD A;  2QK9 A;  3TR8 A;  4FJ7 A;  1Y97 A;  3OYN A;  1LW0 A;  1ZBU A;  1S5J A;  1WSI A;  2B5J A;  2FBT A;  1L5U A;  3AA2 A;  4UQG A;  2G8W A;  1DTQ A;  4KTQ A;  4DMN A;  4DSE A;  1N6Q A;  4CJK A;  3A2F A;  1CLQ A;  2YNG A;  3AVI A;  5T7B A;  3M8Q A;  1RTH A;  1LV5 A;  1LWC A;  4CF2 A;  2QKK A;  1SKW A;  4AHV A;  2WOM A;  5KGX A;  2D0A A;  3SPY A;  3TWH A;  1ZYQ A;  2HNY A;  1KVC A;  4KB0 A;  4FJG A;  4F4K A;  2KFN A;  2AJQ A;  4RW6 A;  5CYM A;  2HHU A;  3BDP A;  3P83 D;  1RTI A;  4E1M A;  4CJU A;  4W5R A;  4DSF A;  3SQ4 A;  1C1C A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DYA A;  4DV5 K;  3KLF A;  2XY7 A;  1WSG A;  2QM1 A;  3FLC O;  2JLE A;  4AHC A;  4RWT A;  4G1Q A;  5IT9 O;  1W97 L;  1REV A;  4FLZ A;  3V4I A;  1XUP O;  1C6V A;  2O4G A;  4DR4 K;  1NMN A;  2CGK A;  4B1U B;  4HUF A;  4FZY A;  4C23 A;  3UKU B;  3DJC A;  4ELT A;  1U48 A;  4DFJ A;  4N56 A;  3M1F A;  2QWM A;  4JKC A;  1RGI A;  4DTR A;  1CZ9 A;  3VQ5 A;  2P9I B;  5GAG P;  3AAR A;  4A2A A;  4OLB A;  1RT4 A;  3TSP A;  3KZB A;  3TAG A;  3JAM O;  3OYG A;  1I3A A;  3AO4 A;  5FLX O;  3MEC A;  3JXU A;  4CW7 B;  4EIA A;  5AJ3 K;  4E1J A;  1E4F T;  2RF2 A;  5BRF A;  3TAE A;  1HQE A;  1VSI A;  4JKG A;  5AQW A;  2NNW A;  1GLL O;  5FDL A;  2E1Y A;  4LFC K;  3R9P A;  3T3F A;  3VQQ A;  2CH6 A;  4DU3 A;  2O8B A;  2Y1J A;  4FW2 A;  1RT3 A;  4CJ5 A;  1QSY A;  4CZI A;  1VSM A;  1HYS A;  3ID8 A;  3DLG A;  4M3Y A;  4DV7 K;  5M1F A;  3TAR A;  3NDK A;  2VYP A;  4A59 A;  4FWN A;  5CZ1 A;  1DEJ A;  4PL7 A;  4OPH A;  3CQY A;  5E26 A;  4H5R A;  4E89 A;  4H0V B;  3CHW A;  4L3Q A;  4A57 A;  4M42 A;  1JL2 A;  3OBW A;  4XH5 A; 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3MXIA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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