3MXJA

Crystal structure of the mtrex1 apoprotein
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
229
structure length
210
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALEPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 71
structure length 210
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2010-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mxjA01
2KW4A 4CGIA 2B6AA 3KK2A 3AA2A 3AVCA 4DSJA 4Z0UA 3HPOA 4M41A 1VRUA 1SL0A 1BCMA 1BIUA 4CJEA 1ASUA 4CK2A 3S9HA 1U45A 1RBUA 2NUBA 1KSPA 4M42A 2QKBA 4QCLA 3RMAA 4AH9A 4CF2A 1JLGA 3V81A 4M3UA 3QLHA 4DMNA 4B3OA 1J5OA 4C8NA 2XY8A 3KKSA 3HP6A 4DTSA 4KFBA 1LWCA 4H4OA 4PA1A 4CK3A 3PX4A 1N6QA 1RTDA 3DLHA 2OZMA 3DOLA 4K8XA 2XRIA 2PYJA 1WLJA 2E6LA 4CJVA 3SQ0A 4Q0BA 3CM5A 4DU1A 2Z1JA 4CEZA 4I7FA 4IKFA 5HP1A 1HPZA 2QK9A 5C42A 3EYZA 2YHAA 1R0AA 3SPYA 1HMVA 3KD5E 2P5GA 2DY4A 3V1RA 1NOYA 4KHUA 1TK8A 3M8QA 3MXIA 3SQ2A 1CXQA 3VQQA 4B9TA 4EZ9A 1B92A 2IAJA 3SUPA 4CIGA 3CFPA 4AHSA 4CGJA 1IH7A 4E7IA 4KPYA 1C0TA 1VRTA 4IG0A 1QTMA 1Y97A 4FYDA 2XO7A 5K14A 4KAZA 4QOZB 1SL1A 1RTIA 1KLNA 3H08A 2OPPA 2KTQA 4DFKA 3NF8A 3MEDA 3LP2A 4HUEA 1Q9YA 3CYMA 4FJNA 1D8YA 1RT4A 3RMDA 3THVA 4E1MA 1VSKA 1S1TA 1RDBA 4CJ5A 1SKRA 2BDPA 4KHWA 2AJQA 4FJGA 1A5XA 3B6OA 4DSEA 3AVAA 2XY5A 3D0PA 2GBZA 2EX3A 3TAPA 2IS3A 1S1VA 4FJ5A 3HVRA 4FJJA 1JLEA 1G15A 3L2QA 1HRHA 3P5JA 1HQUA 1X9SA 4DWIA 3AO1A 4FZXC 2ITGA 1ASVA 4DQSA 1HYZA 2OYQA 4YFUA 4HUFA 1D5AA 1Q9XA 3TWHA 4CGDA 3PUFA 1VSHA 3EY1A 3C6UA 1X1PA 4JLHA 1KLMA 4NYFA 4KB1A 4FZYA 4CESA 4BWMA 3VQ9A 4M3ZA 2PYLA 3HK2A 4FLWA 3AO2A 3ZT2A 3CM6A 4DSIA 4RW9A 1T7PA 2WOMA 4E7HA 4C8OA 4FXDA 2A1RA 3ISNC 2P1JA 2HHTA 1ITGA 4DF4A 3KLFA 1BI4A 1KVBA 2DFEA 4OVLA 4DQIA 1TGOA 1IKYA 1W9HA 3U3YA 5FRNA 4ZTFA 4CIEA 3DLEA 1YVUA 1LAWA 4F2SA 3SI6A 4CEAA 4EP5A 2FBXA 3AVJA 1I3AA 1WNSA 4HHTA 2OPQA 4B8AB 1TKDA 3AVFA 4PQUA 3ZSWA 4NYNA 1UOCA 1VSFA 5HRPA 3TAMA 3HL8A 5I42A 3K5OA 3NH0A 1WAFA 4FVMA 3PX6A 3DLGA 2VG7A 3L2VA 4LSLA 4FK0A 2HW3A 4CJ4A 2HHUA 1LW0A 2GV9A 3DM2A 3P83D 1REVA 3OYNA 4AHVA 4DFPA 1QS4A 2P5OA 1BISA 4AHTA 2JGUA 2JLEA 4CECA 4HUGA 1D9FA 4M3YA 3C95A 1Z25A 4CEDA 1NK4A 3KJVA 3MEEA 3AVLA 5FROA 4CF1A 4FLXA 4DTMA 1B9DA 1KTQA 1DLOA 1JXEA 4G1QA 4KKOA 3OYEA 2W42A 4DSKA 1YTAA 3AVIA 1I39A 2F8TA 4B08A 1XI1A 1SKSA 5KGXA 4KO0A 1TK5A 3VQAA 3PX0A 1JLBA 1KVAA 2FBTA 4J2AA 4CEOA 2Y1IA 4W5NA 3ZT4A 3TARA 1U49A 1EXQA 3KK3A 4FLVA 3BGRA 4K8ZA 4L8RB 5DMRA 1TKZA 3ZT3A 1LV5A 4RW8A 2IC3A 2BANA 3OS2A 3OYHA 3OYJA 3L2UA 4B9UA 4ELUA 3OYAA 4FJHA 2YNHA 3V9SA 3AVMA 3RRGA 3ZSQA 4TSXA 4FK4A 3LP1A 3DOKA 1L5UA 1RT1A 4KTWA 1RT3A 5SZTA 4FJKA 5HROA 3D45A 3I8DA 1BIZA 3DLRA 4FW2A 3U3GA 4M45A 2Y1JA 3NH2A 4CHQA 4CIFA 1KFDA 3MXJA 4CEFA 2F8SA 1UA1A 1C0MA 1KVCA 4C8KA 2FBVA 4CERA 2A1SA 4OLAA 5KTQA 1S1WA 3M8PA 1L3SA 2VWJA 2Z1HA 4FJMA 5KGWA 2VG5A 3QEIA 4E3SA 5HRRA 4E7JA 5J2MA 4GW6A 4PUOA 3LWLA 1S9EA 2OPRA 4IG3A 1SL2A 3NGIA 3QIOA 4ELVA 4M3TA 4KHQA 1TKTA 4DTOA 4DTJA 4LD0A 4ZHRA 1QQCA 3SYZA 3NGYA 3SUOA 1VSLA 1BQNA 2G8KA 4IFYA 1NK7A 1GOBA 3HYFA 1YT3A 4AHUA 3I0SA 4KB0A 2DFFA 2Z1IA 4DLEA 5SWMA 4LY7A 3AVKA 3VQCA 3OYCA 3K5MA 3SQ1A 3QETA 5KRTA 4BACA 4OKEA 1EX4A 1RTHA 2PZSA 1A5WA 4LH4A 3E01A 3T1AA 1NK6A 4Q5VA 1RT5A 3V1QA 4F2RA 3O4QA 3LPUA 5D3GA 2O4IA 2DTUA 1MU2A 1NK0A 4WE1A 3HVTA 3SQ4A 1ZBHA 1C1AA 4PY5A 3RMCA 1SKWA 3WNFA 2QKKA 3QESA 2YNIA 2YKNA 4IDKA 2ZQBA 4Z4FA 1JL1A 3LANA 3TAGA 4OPKA 2D0AA 3PO5A 4W5RA 1A5VA 3S3NA 3ZSVA 4B9NA 3VQ4A 4GMJB 4EP4A 4CGGA 3HPGA 4E7LA 2P51A 4KV8A 3HM9A 1O1WA 1QSYA 4KHNA 2X78A 2ETJA 4CF8A 2HVHA 3LP3A 1CLQA 1C1CA 1HYSA 2GUIA 4CFAA 4AILC 1T05A 4AHRA 2OA8A 3NF9A 4JS4A 3KKRA 3VQ5A 1KCFA 1W0HA 3HT3A 3L2RA 3L8BA 3SZ2A 3QEPA 4LH5A 2YNGA 4RW6A 3NF7A 4E1NA 3NBPA 3P1GA 4N56A 2D0CA 2XY7A 1YTUA 3KTQA 2QXFA 3AO3A 3NCIA 1GOAA 3NDKA 3NH1A 5FRMA 3TABA 3UIQA 4ID5A 3VQDA 3LAMA 3OYGA 3NHGA 3A2FA 2DFHA 2HNZA 3G10A 1SUQA 3AA4A 3MAQA 1BCOA 3ULDA 1BI4B 4FLUA 4I9LA 1EETA 3NFAA 3VN5A 4CFBA 4OKJA 4CFDA 4OJRA 4B8CA 4CJQA 2ZD1A 3RTVA 1T03A 4FJ9A 4RG8A 3DRSA 2PY5A 1JLCA 3WNHA 1S9GA 3LALA 4DFJA 1XHXA 3OS1A 4EZ6A 4HCBA 3S3MA 1TK0A 5C24A 2RF2A 3OYLA 2HHVA 4N41A 5I3UA 3SV3A 1BL3A 4N5SA 2B4JA 1RCHA 1VSIA 3DRRA 5CZ2A 3ZSOA 4CJFA 3AVBA 3AO5A 4HVJA 1RT2A 4DTXA 3S3OA 1UA0A 2BGGA 4ZTJA 1RT6A 3KIOA 3OYMA 2R7YA 4F3TA 1BQMA 3F73A 4BE2A 3I0RA 4N47A 3L3VA 4JRPA 3TAQA 3AA3A 1J9AA 1ZBFA 2X74A 4I2PA 3IAYA 3DMJA 2O4GA 3WNEA 1QSSA 4B9VA 1BHLA 4KHYA 4CJLA 2E4LA 1WSIA 4CEEA 4KI4A 1LWEA 2IDOA 1CZ9A 1RTJA 1RBSA 4H8KA 4F8RA 4RW4A 3KLEA 1QE1A 3DI6A 3HP9A 2D0BA 4Z4CA 4JS5A 1NKCA 4IFVA 2IOCA 3SNNA 4CJUA 4QAGA 3JSMA 3V9XA 3SUNA 3SJJA 3V4IA 1EKEA 1TL1A 1RBRA 3BDPA 1VK0A 4BDPA 3ZT1A 4CJPA 4XIUA 4BDZA 1TKXA 2YHBA 4BE0A 5CZ1A 2KQ2A 4FLTA 4DF8A 3T19A 3RMBA 2X6NA 3K2PA 1S1XA 1Q8IA 3VQ8A 4W5TA 1VSEA 4C8LA 4F3OA 4W5OA 3L2WA 3TR8A 3TI0A 3TANA 1FKPA 4F4KA 3LAKA 4C8MA 1UWBA 2FBYA 3ZT0A 1K6YA 3RWUA 3OYIA 3QINA 4I9QA 4CHZA 3OJSA 5J2PA 4CFCA 3HSTB 4CEQA 3PY8A 4R5PA 3LZIA 1C0UA 4B9LA 2X6SA 3CFRA 3ZSZA 4OGCA 3V1OA 4YNQA 3FFIA 4DS4A 3HO1A 1KRPA 2B5JA 4DTRA 3QERA 3LPTA 4O0JA 5CYMA 4FLZA 4E0DA 5KI6A 4CF0A 1B9FA 1L3UA 3OYBA 2F96A 4CHNA 5HRSA 4LSNA 1VSJA 1U04A 1ZBLA 2HHSA 5T7BA 4NCBA 4UQGA 2EHGA 5J2QA 4HTUA 2G8HA 1RNHA 5FDLA 5C25A 1XHZA 2LSNA 4FJIA 4NCGA 4ELTA 2KFZA 3QEVA 1S5JA 2ATQA 1TAQA 4FK2A 4OKKA 1IG9A 1IO2A 1D9DA 4Y1CA 1N5YA 1RDCA 4KI6A 4Z4HA 1WSJA 3VQ6A 2HVIA 4CJ3A 3VQEA 3VA3A 3V9UA 1FXXA 3AVHA 3K5LA 3IRXA 1TVRA 3V9ZA 3OYKA 1X9MA 2HNDA 3EZ5A 4BE1A 1ZYQA 4CEBA 1RT7A 4CJSA 3HXMA 3HJFA 4KTQA 4CHYA 2XHBA 3T3FA 3C94A 3G0ZA 3ALYA 3OJUA 1ZBUA 3NF6A 3M8RA 4BDYA 3M8SA 4CE9A 4GVMA 3MEGA 4FJXA 1TAUA 3NAEA 5J2NA 2YNFA 4E89A 1RILA 1U47A 4J2BA 3O3GA 2YV0X 3DLKA 2Q3SA 1J53A 3O3FA 3LDSA 1TV6A 3AVNA 3B6PA 3LP0A 4FM2A 4N76A 5JS1A 2HB5A 5DK5A 4DTUA 5HRNA 1IKXA 4O55A 1NJYA 3KD1E 4ID1A 1JLAA 1S6PA 4CK1A 4DQQA 3RRHA 4DU4A 4CHOA 3VQ7A 3QO9A 3K57A 4FJ8A 3AVGA 1XC9A 1T8EA 3AO4A 1LW2A 2KZMA 2OZSA 3V6DA 4FM1A 2RKIA 4DSFA 3CFOA 2OPSA 1LAVA 4I2QA 3NE6A 2KFNA 2FC0A 2E6MA 1LWFA 1WSHA 4B9MA 2HNYA 4MQ3A 1HQEA 4FM0A 5CYQA 2VWKA 4CGFA 4M3WA 3ZCMA 1VSMA 3DRPA 1HNIA 3KLIA 3VQBA 4Z4IA 4KTZA 4FZZA 1NK9A 1NKEA 3AA5X 4O44A 1VSDA 3AV9A 3LWMA 3JYTA 1WSFA 4DLGA 1WSEA 4CGHA 3MXMA 2G8WA 4HCCA 2HHWA 1WAJA 5HBMA 1NK8A 3PO4A 4DFMA 4IBNA 2BE2A 3K59A 1X9WA 1NK5A 3RR8A 3WNGA 1RBVA 4KHSA 4CJTA 1FKOA 4JRQA 5EU7A 2VG6A 1QHTA 4O0IA 3SCXA 3ZSXA 4CHPA 2G8IA 1DTQA 3O4NA 3QIPA 4BWJA 3KK1A 3TAFA 1ZBIA 4KREA 3MECA 3C6TA 4FLYA 1Z26A 4OGEA 3U6FA 3F9KA 1NKBA 1JXBA 4E7KA 4DQPA 5CY4A 4AHCA 4PWDA 2WONA 4FW1A 3K58A 1NJXA 3ITHA 4MFBA 5HLFA 4H4MA 3SUQA 3CG7A 1U48A 4J2DA 4W5QA 3QNOA 4CF9A 3V9WA 4DU3A 2D5RA 3SPZA 2G8UA 3KLHA 1WN7A 1CZBA 1RDAA 3DYAA 3OS0A 3SV4A 1L3TA 3DLBA 4DS5A 3NGZA 1CXUA 4CJWA 3OYFA 2G8VA 2Z1GA 1EP4A 4O4GA 3OY9A 1DTTA 1NOZA 4OLBA 3HPHA 4DQRA 4FJ7A 4Z4GA 3QNNA 3TAEA 1IKVA 4Y1DA 3QEXA 1QSLA 4E19A 1WSGA 4M3XA 1S6QA 5JS2A 5J1EA 3PV8A 1NJZA 4ICLA 3CQ8A 3OVNA 1NJWA 3ASMA 1S1UA 1C1BA 4RW7A 3OYDA 1U4BA 1SV5A 1XWLA 4Z4EA 1TL3A 5E41A 1KFSA 3IS9A 1JL2A 1FK9A 4CJKA 4FCYA 1L3VA 2XY6A 4FJLA 1ASWA 1BGXT 3LZJA 3K5NA 3ZSRA 1F21A 4OPJA 1JLQA 5KRSA 2ZE2A 2I5JA 4DG1A 3IG1A 1JKHA 1IKWA 1HJRA 2YKMA 3VA0A 4DTPA 4DTNA 3QEWA 1HNVA 2IGIA 1UAXA 3O3HA 4CJRA 1J54A 2HHXA 2RPIA 4CCHA 4O5BA 4KRFA 2RN2A 4NCAA 1RBTA 3ZSYA 2G8FA 2HHQA 4B9SA 1GOCA 4DSLA 2KZZA 1JLFA 4M3RA 3VQPA 3KLGA 2HMIA 1RDDA 1C6VA 3RR7A 4J2EA 3L3UA 1HYVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P4IA 4NB4A 3VERA 3AVCA 4DSJA 2QKBA 4QCLA 1KSPA 4M42A 4XH1A 4CF2A 3V81A 4MO5A 2XY8A 3T69A 4BY9C 4PL8A 1Z05A 1GLDG 4KFBA 1RTDA 2E1ZA 4B1XB 4BRLA 4Q0BA 2GWKA 4JI6K 3EYZA 3KD5E 1NOYA 4KHUA 3SQ2A 2IAJA 3RSEB 2UUCK 2E2PA 1VRTA 1QTMA 5EOYA 4FYDA 3Q7BA 5K14A 4AF1A 4UY8O 1KLNA 3H08A 3W0LA 3MEDA 3LP2A 4HUEA 4WQ4C 4FJNA 4CJ5A 4JI5K 4KHWA 2XY5A 4KBOA 1DKGD 1K9MO 2IS3A 3EO3A 3PSIA 4FJJA 1JLEA 4FWPA 3P5JA 1HQUA 2ITGA 4M7YA 1HYZA 4AM7A 1U2VB 4PL7A 2QXLA 3DWLA 1X1PA 1NGEA 1KLMA 4KB1A 4FZYA 3C7NA 4J8FA 4C8OA 4B1UB 1BI4A 2KLAA 1KVBA 2DFEA 3AY9A 1XQSC 3WT0A 1W9HA 1TUYA 1KXPA 2BTFA 4YOTA 1I3AA 1Q18A 3AVJA 3EEQA 2OPQA 4B8AB 1XUPO 1K8AO 3ZLJA 1K8KB 4OX9K 5HRPA 3QICA 3HL8A 3NH0A 4ILJA 5AQIA 1WAFA 1YXQA 4FWSA 5BRHA 5HOOA 2HW3A 3P83D 2IVOA 4JHDB 1FJGK 5GAGP 3VGLA 2P5OA 4AHTA 2JGUA 4BRAA 1Z25A 3KJVA 3AVLA 5FROA 4FLXA 4IZ9A 1B9DA 4KKOA 3OYEA 3L0QA 1YTAA 3AVIA 1I39A 2Q2RA 2F8TA 4B08A 1XI1A 2YI1A 1QQMA 4J2AA 4CEOA 3ENBA 4W5NA 1U49A 5H1SQ 4FLVA 3BGRA 4K8ZA 2BANA 3OS2A 1C0FA 3AARA 3ID8A 2ZJQL 3KWIA 3ZSQA 3LP1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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