3MXMA

Trex1 3' exonuclease v201d aicardi-goutieres syndrome mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASSPGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDDLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
total genus 77
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2010-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mxmA01
4CJQA 4J2AA 1NJXA 4ZTFA 4Z4GA 4AHTA 4AHCA 3QNOA 3VQ7A 3ZSXA 2JLEA 3EYZA 1KRPA 3M8SA 3SQ0A 1TL3A 2WOMA 3NF7A 4CGIA 4E1NA 3DMJA 1YT3A 3OYNA 2P5GA 3RWUA 1L5UA 4M42A 4FXDA 4I2PA 1LAVA 2YNIA 3VQ6A 2RPIA 2DFFA 1YVUA 3OJSA 3AA2A 2PZSA 4RG8A 4CHNA 5J2QA 1GOBA 3SNNA 3D45A 4FZXC 4CECA 2X6SA 3OYHA 2VG5A 3B6PA 3U6FA 3SUOA 2HHXA 2KZZA 3PX0A 1BI4B 4OJRA 4CFBA 2QKBA 4QAGA 3AO4A 4NCBA 1JLFA 1ASWA 1MU2A 4ZTJA 2IS3A 2YHAA 1NK4A 3NGYA 4MQ3A 3T19A 2HB5A 3K5LA 2FBYA 2D5RA 1J9AA 1RBRA 4DQSA 4AHSA 3NF8A 4CEDA 1TK0A 4KHNA 3H08A 1SUQA 4DSJA 3OJUA 2XY7A 1TAQA 2HHSA 4DSKA 3G0ZA 3L2QA 4OKJA 3O4QA 2OPPA 4ELTA 2HNZA 3AVBA 4AH9A 3S9HA 2A1RA 1D9DA 1CZ9A 3QINA 5CYQA 4KHSA 3DRRA 1C1AA 3TR8A 4N5SA 1L3UA 1TKTA 3M8RA 1NK0A 1VSEA 4N47A 4CJUA 3MEDA 1U48A 4B9SA 5JS1A 2YKNA 4CIGA 3K59A 4O0IA 4LD0A 1TK8A 1SKSA 1D8YA 3QO9A 1S1TA 4M3UA 3V9UA 2G8VA 4CJWA 3HYFA 3HK2A 2R7YA 2QK9A 3VQ8A 4PUOA 3P5JA 1RBVA 4Z0UA 3AVLA 3T3FA 4B9VA 2ITGA 2YV0X 1JLQA 2HHVA 3TWHA 1RDCA 1LWFA 2D0BA 3QEPA 4KI6A 1CLQA 2P5OA 2E6MA 4M3RA 3ULDA 3DM2A 3C6TA 4DLEA 1IKWA 1QHTA 1WSFA 3AVFA 4DFKA 3TANA 1NKEA 2DY4A 1SL2A 3C94A 5CY4A 3SJJA 1T8EA 2HHWA 3HPHA 3VQAA 2IAJA 1RTDA 4FJMA 3L2UA 4B08A 3K2PA 5CZ2A 3AVAA 3V9ZA 1CXUA 4CJTA 4CHZA 2QXFA 3PV8A 4J2DA 3WNEA 4FJHA 4IKFA 4DQIA 3B6OA 2NUBA 2HVIA 4BWMA 1JXBA 4DU4A 2X78A 2B5JA 4ZHRA 1ZBUA 1C0UA 3A2FA 3C6UA 4G1QA 4E1MA 4DLGA 4FM1A 4W5TA 3LPTA 4CHQA 3KK3A 2O4IA 4J2EA 4OVLA 4R5PA 1KVAA 3NE6A 4KHQA 2E4LA 2KTQA 4EP4A 4CF2A 5KGXA 2VWJA 3TAGA 3VQEA 4N56A 3AO3A 5I3UA 1VSMA 2Z1JA 3LP0A 4BE0A 1KSPA 3DLGA 1WLJA 5HBMA 3ZT0A 3TAFA 4B9UA 4HCBA 2Z1GA 1U47A 4M41A 3RMDA 3ZSRA 2GV9A 4KHUA 1I3AA 3CM5A 5FROA 2HHQA 4CF8A 3NH1A 5DK5A 3HP9A 4GVMA 4E3SA 1S1WA 3CYMA 3LPUA 3LWMA 4DS4A 3S3NA 3ZT1A 1KVBA 3PO5A 3OS0A 5EU7A 4FK4A 1NKCA 4M3WA 1BCOA 1N6QA 4C8LA 4CK2A 1NK6A 1RT1A 4RW7A 3KIOA 4LH4A 3RMBA 3DRSA 4LSLA 4IBNA 1NK7A 1X9SA 3ALYA 1W9HA 1HYZA 1ITGA 3QESA 5HRNA 3RTVA 3K57A 4BACA 4CJKA 3QERA 1Q8IA 1ASVA 1RT2A 4DFMA 4E0DA 4M3ZA 1S1XA 1TKDA 3KD5E 3MXMA 3KKRA 4I9LA 4CFDA 1TKZA 1TK5A 1EXQA 4J2BA 1VSDA 3HVTA 3OYAA 4M3XA 3LAKA 4WE1A 3T1AA 1IKVA 3NF9A 4DTNA 4BDPA 1XWLA 1BIUA 1DTTA 3I8DA 4DMNA 5FRNA 3D0PA 3OYDA 4QCLA 3OYJA 4H8KA 4DTUA 1XC9A 3AVJA 4MFBA 1QSYA 3PY8A 3F73A 3NCIA 5SZTA 3LZJA 1S9GA 1U45A 2OPRA 4KB1A 4NYNA 4IDKA 4IG0A 3PO4A 3LANA 1ZBLA 4CEFA 2BE2A 3AA4A 1Z26A 2FBXA 4CJ4A 4CHOA 4UQGA 4E7LA 1KFDA 1N5YA 2KW4A 3CG7A 1BGXT 3QIPA 1RBTA 4RW4A 3ZT4A 3OY9A 3OYLA 4CGHA 2OPSA 5J2MA 1JLEA 3TAMA 4CGFA 4F8RA 4Q0BA 4F2RA 3AVMA 3I0RA 3HSTB 3AVHA 4KHWA 2IGIA 3ZSWA 4XIUA 3OYGA 5K14A 4BWJA 2VG7A 4JS5A 3SPZA 1Z25A 2RN2A 4FLUA 4CK3A 1LWEA 1FK9A 3SV4A 4Z4FA 4OKKA 3MXJA 4Z4EA 1WSEA 2HHTA 1SL1A 1BL3A 3HM9A 3ZT2A 4B9TA 1RT6A 1K6YA 3RMAA 3AA3A 4I2QA 1A5XA 4LSNA 1JLCA 1WAFA 4CEBA 3V9WA 3KLFA 3MAQA 3TABA 4IFYA 1NK9A 4PQUA 2HNYA 4DTOA 5I42A 3OYMA 3LDSA 3V9XA 3SQ1A 1VK0A 1WSJA 3AO5A 4KHYA 5CYMA 4DF4A 2BDPA 3SQ2A 4NYFA 3RRGA 2HHUA 2WONA 3NH0A 4M3TA 3ZSOA 1VSFA 2OA8A 1LW2A 1QS4A 1W0HA 4ELUA 3NAEA 4KTQA 4CF0A 4FJNA 1GOCA 4LY7A 1UOCA 3KLEA 2OZMA 1VRTA 1XHXA 4CEEA 1HQUA 4CJ5A 4CEQA 1NJZA 2I5JA 3QEVA 1FKPA 1RCHA 1B92A 3NGIA 3FFIA 4CIEA 3HL8A 3OYKA 3VQ5A 1NK8A 4DG1A 1VSLA 3ZSQA 4C8KA 1J53A 4CIFA 3CFRA 5HROA 1HYSA 2OPQA 3C95A 3DRPA 4CF9A 1VSHA 4FVMA 4DTMA 4Q5VA 3LP1A 1TKXA 3RR7A 4AHVA 4OPKA 3SYZA 2YNFA 5KI6A 3CM6A 2YNHA 4F4KA 1BHLA 3I0SA 1QQCA 4FZYA 1BCMA 4Y1DA 4CCHA 1TAUA 4FM0A 3ZT3A 2HW3A 2X6NA 2RKIA 1FKOA 3QETA 4CJFA 5E41A 3AVKA 3TI0A 2FBTA 4NCAA 5C25A 1NKBA 1SKWA 4FW1A 3DLRA 3LALA 3KD1E 4KAZA 4DFJA 4W5NA 1JLAA 1NJWA 3NFAA 1Q9YA 3MEGA 4IFVA 1ZBHA 4DFPA 1X9WA 3KLHA 3L3VA 5J2PA 1Y97A 4Z4CA 3V9SA 4FK0A 3TARA 4FK2A 2FC0A 4DSFA 4OLBA 4DTSA 4FJGA 2D0AA 1X1PA 4FZZA 4DQQA 1JXEA 3O4NA 2Y1IA 1TL1A 1TVRA 3E01A 4BE2A 1KVCA 3QNNA 3HPOA 2D0CA 3V1RA 3SZ2A 3SQ4A 3NDKA 4W5OA 4B3OA 4Z4HA 4OKEA 4JRQA 4L8RB 4DQPA 3PX4A 1C0MA 4DU1A 4CFCA 1HNVA 4E7HA 4GMJB 4B8CA 1Q9XA 1T05A 4FLXA 3AVGA 2JGUA 3TAQA 4DQRA 4DF8A 4O55A 1IKXA 4FLZA 4DTPA 4CJ3A 3L3UA 2ZQBA 1U4BA 1RILA 1QSLA 2F96A 3NBPA 1T03A 4EZ6A 4F3TA 1EETA 1B9DA 4N41A 1QTMA 2B6AA 3L8BA 3WNHA 4O4GA 2EX3A 4DSLA 3F9KA 4PY5A 5HLFA 4B9NA 2YHBA 3ZSYA 3OYCA 4BDZA 1KFSA 4FJKA 4FJ7A 3DLHA 2G8IA 1G15A 3WNFA 3JYTA 4C8MA 2KFZA 4FCYA 4FW2A 4HVJA 4E19A 2XY5A 4CJVA 2OYQA 1RDBA 4FLVA 3AO2A 3U3YA 3SUQA 3KLIA 4O5BA 4CJSA 2IC3A 3SI6A 1IG9A 2VG6A 5HP1A 2GUIA 4KB0A 3IAYA 1NOZA 3VQPA 2YKMA 4JLHA 4F3OA 3KTQA 1TGOA 5KGWA 1RT5A 1S6PA 2XO7A 2FBVA 4RW8A 1BQMA 1HPZA 2BANA 4FJIA 2KZMA 3AA5X 4FJ5A 1CXQA 4KKOA 3G10A 3LP2A 4CJEA 5KRTA 3HP6A 1ZBIA 5FRMA 4W5QA 3V81A 4JS4A 4TSXA 2B4JA 3AVIA 4FJLA 2KQ2A 1KCFA 4CHYA 4CJRA 1BIZA 3TAPA 1I39A 2LSNA 1J5OA 2P51A 3EY1A 1B9FA 3AO1A 3VQCA 3OS2A 2AJQA 4KO0A 1BQNA 4KV8A 1IKYA 2DTUA 3S3OA 4E7IA 3V4IA 2G8UA 4CFAA 1DLOA 2RF2A 3U3GA 1SKRA 4KFBA 1NK5A 3L2VA 3ITHA 3KLGA 4DTRA 4DSIA 1S6QA 1WSHA 4FLWA 1QE1A 1C1CA 1S1VA 2ZE2A 5J1EA 4I9QA 2X74A 4CEZA 1WSGA 4DWIA 1RT7A 3O3FA 3P1GA 1C0TA 4C8NA 4E89A 3THVA 1WAJA 3HXMA 3OYEA 2HNDA 1RTIA 3DLEA 4ICLA 3ZSVA 3RRHA 2ZD1A 3AVNA 5T7BA 1UWBA 4FJ8A 4YFUA 1NOYA 2PYJA 3OYFA 1KLMA 1EKEA 4BE1A 2GBZA 1HYVA 3AVCA 5CZ1A 1UA1A 4C8OA 1VSIA 2XHBA 1F21A 1HNIA 2PYLA 3AV9A 3UIQA 4EP5A 5J2NA 5JS2A 2HVHA 3VQBA 1QSSA 1J54A 1RBUA 3KKSA 3M8PA 1SV5A 1T7PA 1WNSA 5C24A 2YNGA 3BGRA 3K5OA 3ZSZA 3MECA 1REVA 5DMRA 1FXXA 1BISA 3NHGA 1EX4A 4DTXA 3VN5A 1KTQA 1S1UA 1JKHA 3QLHA 4CERA 1RDDA 1HMVA 1CZBA 2EHGA 4HUFA 2G8KA 1TV6A 3S3MA 4AHRA 3OVNA 4CGGA 3MEEA 3KK1A 3HVRA 3P83D 3HJFA 1U04A 5D3GA 1HJRA 3K5NA 3CFPA 2Z1HA 3V1OA 5KRSA 4OPJA 1XHZA 2PY5A 1D5AA 1NJYA 1GOAA 3DOLA 2G8WA 2DFEA 3OS1A 3LAMA 3LWLA 3O3HA 4O44A 3PUFA 3DLBA 3CFOA 3K58A 1JL1A 1WN7A 3O3GA 4AHUA 1YTUA 4K8XA 4Z4IA 1UAXA 3BDPA 1U49A 1JL2A 1D9FA 1HRHA 3LP3A 4KRFA 1HQEA 1A5VA 1A5WA 2Q3SA 3DI6A 4I7FA 4RW6A 5FDLA 4CEAA 4FLTA 2QKKA 4PWDA 3OYBA 4ID1A 3V1QA 1RNHA 4NCGA 4CE9A 1RTJA 3DLKA 3VQQA 3K5MA 4JRPA 2Y1JA 4KREA 4FLYA 4AILC 3SCXA 1R0AA 1S5JA 4E7JA 3QIOA 4CF1A 3L2RA 4IG3A 4W5RA 3SV3A 1X9MA 2G8FA 1C1BA 3SUPA 1SL0A 3DOKA 1LWCA 4M3YA 1RBSA 1JLGA 1VSKA 2IOCA 3IG1A 4DTJA 4EZ9A 4KTWA 3VA0A 4H4OA 1KLNA 4CGJA 3IRXA 2E6LA 3VQ9A 1LV5A 2OZSA 2ETJA 3QEIA 4CJLA 3PX6A 3EZ5A 4Y1CA 1JLBA 4H4MA 5HRSA 5KTQA 3SPYA 1LAWA 3ASMA 1L3TA 4B9MA 4FYDA 3KK2A 1RT4A 3DYAA 1L3VA 1EP4A 2O4GA 3SUNA 1RT3A 4B8AB 5C42A 3KJVA 4DS5A 2W42A 2BGGA 4CJPA 3IS9A 4HUGA 3HO1A 4QOZB 4CEOA 3VQ4A 1BI4A 3ISNC 2XRIA 4RW9A 3NH2A 3NF6A 1ZYQA 4ELVA 3VA3A 4HCCA 1O1WA 4FJJA 2F8SA 4N76A 1C6VA 2XY8A 2XY6A 3TAEA 4B9LA 1WSIA 4PA1A 4CESA 2F8TA 4HHTA 1LW0A 4M45A 3WNGA 4KI4A 1ASUA 4KTZA 1VRUA 4DU3A 4FM2A 2IDOA 1IO2A 3M8QA 1IH7A 2A1SA 2Z1IA 3MXIA 3RR8A 4K8ZA 5SWMA 4DSEA 4KPYA 3HPGA 5HRPA 4HTUA 4ID5A 2P1JA 1S9EA 4CGDA 3QEXA 1L3SA 4FJ9A 2HMIA 3OYIA 2KFNA 3QEWA 4OGCA 5HRRA 1YTAA 3VQDA 4GW6A 1ZBFA 4YNQA 4FJXA 1VSJA 1DTQA 3CQ8A 3V6DA 4HUEA 1UA0A 3L2WA 3NGZA 4F2SA 3ZCMA 1XI1A 1RDAA 4CK1A 4O0JA 4BDYA 4OLAA 3HT3A 1RTHA 2DFHA 2G8HA 3JSMA 2ATQA 4OGEA 3LZIA 4CHPA 4E7KA 3RMCA 2VWKA 4LH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AFUA 4JD2B 4J2AA 5LMNK 4ZTFA 3DXMA 4AHCA 3VQ7A 3HM8A 3DJCA 4E1NA 4BRNA 3OYNA 4FXDA 1L5UA 1LAVA 3BEXA 3AA2A 2YHWA 3CMEN 3FZMA 3D45A 3SUOA 4BGBA 2VG5A 4LF9K 3PX0A 4BRPA 4QAGA 4NCBA 3R3LA 1U6ZA 1ASWA 1NK4A 4JNEA 4MQ3A 3T19A 2ZJPL 1RBRA 4AHSA 3NF8A 3H08A 5BRDA 4A5AA 3AVBA 1D9DA 4CZIA 5C2FA 3CCMN 2GUPA 3FLCO 3TR8A 3CERA 1BA1A 1TKTA 5LJWA 3M8RA 5H1SQ 3UKRB 4N47A 3MEDA 4BRLA 5AZIB 4F2SA 4DR6K 4B1ZA 3SAGA 4CJWA 4H5RA 5AQNA 4M7XA 4LFAK 3AVLA 2ITGA 4MLEA 1H1VA 4C23A 1MWKA 2W40A 2O8DA 5I9EB 4M3RA 2E8AA 1QHTA 1SQKA 2P9SB 4ISGA 1NKEA 1SL2A 3BF1A 2QI2A 3L2UA 3K2PA 3AVAA 1YIJN 3WNEA 4FJHA 4CVNE 4RCHA 2NUBA 2HVIA 1JCEA 4DLGA 4E1MA 3LPTA 4J2EA 3THXA 3M6GA 1KVAA 4IWVA 3NE6A 4KHQA 3CPEA 3AO3A 1KSPA 4BGAA 3TAFA 1WLJA 3ZT0A 2CGKA 3RMDA 3ZSRA 2F9WA 1U2VA 3MMVA 3D2FA 3CYMA 2F9TA 3LWMA 3ZT1A 1KVBA 1CZAN 3PO5A 3FZHA 3VTHA 5EU7A 4FK4A 4EIAA 4C8LA 1RT1A 4YHHK 3DRSA 5CR4A 1W9HA 1HYZA 3QESA 4M63C 3RTVA 5BREA 2KHOA 3K57A 2HOEA 4CJKA 4E0DA 2O8FB 1S1XA 4O8KA 2Q0UA 1TKDA 4I9LA 1TKZA 4U7BA 1TK5A 4AQYK 4BRQA 3OYAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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