3MXMA

Trex1 3' exonuclease v201d aicardi-goutieres syndrome mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASSPGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDDLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
total genus 77
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2010-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mxmA01
2P51A 3HM9A 2Y1JA 3ZT1A 1JLQA 1U47A 5C25A 2KFZA 1SUQA 3NDKA 1F21A 1JL2A 1C0TA 3QEIA 1FKPA 3OVNA 4KHQA 1KCFA 4K8XA 3HPHA 1UA0A 5T7BA 1I39A 4E19A 4FK4A 1HYSA 3WNFA 2BANA 4KTWA 1RTHA 1WNSA 3RWUA 1Z25A 3AVHA 4ELTA 3QEPA 1XHZA 1RTDA 3CM6A 3RTVA 3HJFA 1JKHA 2HHVA 3DLEA 4RW6A 4DTJA 2EHGA 2DFFA 1FKOA 3SPYA 2KQ2A 3SPZA 4CGDA 4CEZA 3AVJA 4AHTA 4B8AB 1NK5A 1RDBA 3AVAA 3I0RA 3ZCMA 5C42A 3KD5E 4FJNA 2OPPA 4O0IA 4CJVA 2PZSA 1WN7A 4IFVA 3DI6A 1VSDA 2E4LA 4IBNA 3SV4A 1W9HA 3KJVA 1NK7A 2X74A 4K8ZA 4C8MA 4ZHRA 2B6AA 1SKWA 4DU1A 4B9TA 4Z4EA 4WE1A 3TR8A 1BHLA 2KZMA 3KK3A 3DOLA 3HL8A 4LH5A 4FLTA 4Z4FA 1RT6A 4OVLA 4CF8A 3LANA 4CHNA 1RBVA 3ZT4A 4CIFA 1LWEA 1NJZA 2HNYA 3LALA 1L5UA 4CECA 3PX6A 3SUQA 4FZXC 2F8SA 1WSGA 4CEEA 2FBYA 4CFCA 4HHTA 4DFKA 2GV9A 2PY5A 1BGXT 1KVBA 1QTMA 3P5JA 4GMJB 3U3YA 3OYNA 1NK0A 4KHNA 3KD1E 4OKKA 2WOMA 3RMAA 1QQCA 3MEGA 3OYLA 4FJJA 1S6QA 1KLNA 1RT7A 3MEEA 4CJUA 2G8UA 3K5MA 4KHUA 1RILA 1RBTA 1UA1A 3TABA 1WAFA 1TK5A 4O0JA 4R5PA 3V9XA 1WLJA 3M8RA 2PYJA 1VSMA 1L3UA 2OPSA 3NBPA 3ZSZA 3M8SA 4F3TA 1VSJA 3LP0A 3O4NA 4DTUA 4M45A 4AHRA 3HPGA 1HQUA 1U4BA 4CHYA 4M3UA 1D8YA 4CCHA 2A1RA 4XIUA 3TAEA 1RT5A 2X6SA 3KKSA 4O5BA 4I2QA 3NGZA 1L3SA 1C0UA 3RR8A 4OPKA 4HCCA 3ZSWA 4FLZA 1B9DA 3U3GA 3OS0A 3PX4A 4KI6A 2HB5A 1VSEA 1VK0A 4BE1A 1LV5A 5C24A 3O3GA 3CQ8A 4CFBA 4CJ5A 2Q3SA 4DQQA 2HMIA 4TSXA 4H8KA 4KRFA 3KLHA 1TL1A 4CJWA 3LWLA 3HXMA 2GUIA 1ITGA 3K5OA 1KFSA 3M8PA 2VG7A 4CHZA 3G10A 5HBMA 1N6QA 5D3GA 3G0ZA 4DU4A 4FJHA 5KRSA 2D0BA 1ZBIA 2YNFA 3L2UA 3ALYA 1S6PA 2Z1HA 4CJRA 4DF8A 3QEVA 5HLFA 4C8LA 4FK0A 3AV9A 4DSJA 3AO5A 1LW2A 5DK5A 4DFMA 1VRUA 2YHBA 1S1TA 4B9LA 1C1AA 2YV0X 3T3FA 2VWKA 3OYMA 4B9SA 4KTZA 1ZYQA 3KLIA 4CEOA 4CJKA 1NJXA 1LW0A 3AO4A 4CESA 2OZMA 2RN2A 2HHXA 3SUOA 3ZSVA 4RG8A 4FJMA 3DRSA 1EETA 3VQ7A 3KK2A 1UOCA 2FBVA 4YNQA 3OYJA 3CFRA 2FBTA 2IC3A 4E7IA 3TAGA 1LAVA 3PY8A 4DWIA 4FK2A 4CJFA 4CJQA 4BACA 2HVHA 4DTMA 4J2AA 4H4MA 4FM0A 3AVMA 4PQUA 2YNGA 3S3OA 4B9NA 3L2VA 3RRGA 2EX3A 1BL3A 4F2RA 4N41A 1VSIA 1WSJA 4OKJA 3VQ4A 2IS3A 3OJSA 1WSHA 1KTQA 3B6OA 3EZ5A 1HMVA 1TK0A 4PWDA 3TAPA 4M3RA 3MAQA 1NOZA 5CYQA 2FBXA 3NH2A 3E01A 3VQEA 5FRMA 4FJ7A 1IKYA 3DYAA 4OGEA 2HVIA 4OPJA 3ISNC 3C6UA 3IAYA 2I5JA 3L2RA 1QSLA 1R0AA 4CF0A 5FDLA 4DTSA 1X9MA 1S1XA 3V9UA 4N47A 3C94A 1SL0A 3AA4A 4Z4HA 3VQQA 2IDOA 3B6PA 1ZBFA 5J2MA 3I0SA 3SCXA 3HVRA 1U48A 3L3VA 1HYVA 1BI4A 3LPUA 3VQ9A 1J5OA 2P1JA 1RT1A 1VSFA 4W5NA 2B5JA 4CHQA 4M3YA 1RDDA 1Y97A 1JXEA 4FJXA 3NH0A 3OYEA 1X9SA 1HNVA 4KFBA 5HRRA 1T03A 2ZQBA 3QIPA 4DG1A 2XY7A 4ELUA 4M3XA 3LZJA 1S1WA 1NOYA 2G8FA 4NCBA 3V81A 4CIGA 1BIUA 1VRTA 1U49A 3PV8A 3IS9A 1Q9XA 2XY6A 4PUOA 2W42A 1EKEA 2Z1IA 4OKEA 2HNZA 2O4IA 3K5LA 5DMRA 3V9WA 3SUPA 3ZSRA 2YNIA 4DTRA 1A5WA 2B4JA 1RT3A 4CK1A 3DRRA 4Q0BA 3NCIA 3LAKA 1RBUA 1J53A 5I3UA 1BI4B 1JLCA 4DS5A 1B92A 4DTOA 1BIZA 2YKNA 4ID1A 4FM2A 3SQ4A 1YVUA 3U6FA 3HPOA 3AVGA 3OYDA 3AA5X 4ELVA 1RTIA 1UWBA 1Q9YA 1T05A 4DS4A 2BDPA 1B9FA 1SL2A 1G15A 3VQ6A 2R7YA 1N5YA 3CG7A 5CZ2A 1RT4A 1KSPA 4QCLA 5JS1A 4RW7A 1WAJA 3OYGA 3NHGA 4BDPA 1X9WA 4B3OA 3KLFA 2BGGA 4FJ5A 1IKXA 4I9LA 1C6VA 4C8NA 2LSNA 4BWJA 3QNOA 1XI1A 2HHSA 1U45A 4CF1A 3FFIA 4DLEA 4DF4A 3MXIA 4ID5A 1KVAA 4CJLA 1RDCA 2G8KA 1WSEA 3NFAA 2G8WA 4F4KA 4FLYA 3LWMA 3EY1A 3QIOA 4YFUA 2OPQA 2VG5A 3M8QA 1IKVA 4FZZA 1BQNA 1X1PA 1Q8IA 2IGIA 3NF8A 3TAFA 1VSLA 3NAEA 5HRPA 4FJGA 4Z4CA 4LH4A 4E7KA 4AILC 1YT3A 2X78A 3ZSQA 4FW2A 4ZTJA 4Z4GA 3OYBA 3ZSYA 4IG0A 3BGRA 1CXQA 4KAZA 4FM1A 4I2PA 4EP5A 4DQPA 1NKEA 2NUBA 1NJYA 3DMJA 4FVMA 1TV6A 1FK9A 4CIEA 4BE2A 4E7JA 1RBSA 1TKTA 3KK1A 5HP1A 3IRXA 1KFDA 4Y1CA 2OZSA 3K2PA 5FROA 4KPYA 4KHSA 1IH7A 4B9MA 3V9SA 1D9DA 4PY5A 3SZ2A 1RBRA 1S9GA 3VQCA 5FRNA 1A5XA 1IO2A 4CGJA 4FCYA 1NKBA 2ZE2A 3F9KA 1U04A 1QHTA 4N76A 2HHWA 5SZTA 2D5RA 2WONA 4NCGA 4FJKA 4NCAA 3CYMA 4I7FA 3L8BA 4G1QA 4CJSA 4Q5VA 1WSIA 4E89A 3SI6A 4ZTFA 1NK4A 1LWCA 3HSTB 1QSYA 4ICLA 1HJRA 3F73A 5SWMA 4DQSA 3AVFA 3MXJA 3OYKA 3V9ZA 1QSSA 4KB1A 4Z4IA 4MQ3A 2KZZA 4LD0A 2E6MA 3PX0A 3SNNA 1NJWA 4HUFA 4CHPA 4F8RA 4JLHA 4W5OA 4C8KA 4OLAA 4DTPA 3D45A 1GOAA 3ULDA 4KV8A 2OYQA 4KHWA 3AVKA 4CF9A 1BQMA 4LSNA 3HK2A 4HCBA 3L3UA 1TKXA 4CJPA 1HNIA 3L2QA 3SV3A 1NK8A 4FYDA 1ASVA 1UAXA 2HHUA 4O55A 3HYFA 3KTQA 3LAMA 2O4GA 2HNDA 4RW8A 4CGGA 1DLOA 3VQAA 3C95A 2F8TA 5KGXA 3KLEA 4DTXA 3DLGA 3OYFA 2XRIA 1XHXA 1S9EA 3NH1A 1HPZA 4B8CA 4E1NA 1NKCA 4E3SA 4M3WA 4KHYA 1CLQA 2HHTA 3AO3A 4RW4A 4KTQA 1S1UA 3QINA 3LPTA 3KIOA 3NF7A 2ZD1A 3AO1A 4DSIA 4BE0A 1IKWA 1TL3A 3AVNA 4CFDA 4OLBA 4AH9A 1A5VA 3RRHA 1K6YA 1LAWA 4Z0UA 4CEQA 1CZ9A 3TAMA 4CJ4A 3K58A 3V1QA 4CEAA 5J2QA 3S3MA 1TAUA 3P83D 4HTUA 3C6TA 1JL1A 4HUEA 4DSLA 5JS2A 1BISA 3V4IA 4CHOA 4EZ9A 1O1WA 4JRPA 4CGHA 2KTQA 4QOZB 2D0AA 1NK9A 5CYMA 2GBZA 3DRPA 1TAQA 4CF2A 4F3OA 3UIQA 4W5RA 4CE9A 5E41A 2F96A 3MEDA 2RF2A 2IOCA 4UQGA 2QK9A 4E7LA 2Z1GA 1Z26A 5EU7A 3OY9A 1BCOA 3K5NA 3L2WA 4E7HA 4DSFA 3PUFA 4DTNA 1VSKA 3VQ5A 5CZ1A 3OYHA 3AA3A 3ZSXA 1CZBA 4DFJA 4KO0A 3T1AA 2XHBA 3ITHA 3QNNA 1TGOA 1VSHA 3MXMA 3D0PA 3ZT0A 1RNHA 1CXUA 1ZBUA 3OYAA 3DM2A 1T8EA 4FJ9A 1JLGA 3OJUA 4B08A 3V1RA 2ATQA 2DFEA 4BDYA 2QKBA 3O4QA 3AVCA 3RMBA 4J2EA 1TKDA 3DOKA 3WNHA 5J2PA 2XO7A 3THVA 4E1MA 3RR7A 4JS5A 3SQ2A 4W5QA 3HP6A 4FJLA 4M3ZA 3K57A 2KW4A 4LY7A 4CJ3A 4FLXA 4DU3A 3PO4A 3SJJA 1ASWA 4NYNA 3LDSA 3BDPA 4M42A 3LZIA 5KI6A 2Y1IA 2HW3A 4C8OA 4IDKA 3OS2A 3AVLA 1JLEA 1RCHA 5KRTA 1SKSA 1KRPA 4EP4A 1HRHA 1D5AA 2AJQA 3LP1A 3DLKA 5K14A 4CK2A 3VQDA 3SYZA 4FLWA 4CK3A 2ITGA 2BE2A 2RPIA 3KLGA 3QERA 3LP3A 4J2BA 4BDZA 1KLMA 1IG9A 1C1BA 4OJRA 3TARA 4EZ6A 2E6LA 3JYTA 2YHAA 1ZBLA 3K59A 3SUNA 1QE1A 3IG1A 5KTQA 1LWFA 3RMDA 4MFBA 3VA3A 4DFPA 2KFNA 1DTQA 1W0HA 3KKRA 3CM5A 3NF9A 3OS1A 3SQ0A 1I3AA 3S3NA 4J2DA 4AHVA 3VQBA 4FZYA 3CFPA 3QEWA 1MU2A 3VQ8A 5CY4A 3VA0A 3TWHA 4QAGA 4CEFA 3MECA 3S9HA 5HRNA 3A2FA 2VWJA 3VQPA 3NGYA 2RKIA 4CJEA 3QLHA 1RT2A 3H08A 4L8RB 3HO1A 4KREA 3HP9A 3I8DA 1RTJA 3T19A 4Y1DA 2XY8A 1JLFA 3P1GA 4KKOA 5I42A 3LP2A 4CGFA 3ZT3A 2FC0A 4FJIA 3QEXA 4IKFA 4FLVA 4I9QA 2G8IA 3DLRA 4H4OA 4M3TA 1GOBA 4IG3A 3OYCA 3V6DA 1TVRA 1D9FA 2G8VA 1T7PA 2X6NA 2XY5A 3ASMA 3AA2A 4B9UA 1JLAA 2A1SA 4CEBA 3O3FA 4JRQA 1J9AA 4GVMA 3TAQA 4CERA 3TANA 1BCMA 1ZBHA 1REVA 3V1OA 3AO2A 4O44A 1S1VA 3RMCA 2HHQA 1HQEA 4AHCA 2YNHA 1SV5A 5KGWA 4HVJA 4DSEA 4CEDA 5HRSA 2JGUA 3HVTA 4PA1A 3QO9A 2PYLA 4CGIA 3O3HA 3HT3A 5HROA 4B9VA 1RDAA 1WSFA 4N5SA 2DY4A 1DTTA 3DLBA 1EP4A 2DFHA 1SKRA 2DTUA 4OGCA 1C1CA 2JLEA 1XC9A 2D0CA 4GW6A 1HYZA 3WNEA 5J1EA 4FXDA 4CJTA 4IFYA 1L3TA 4O4GA 4AHUA 4FLUA 4JS4A 3WNGA 1ASUA 1J54A 4W5TA 3OYIA 1SL1A 3NGIA 3AVBA 3PO5A 2OA8A 3AVIA 3DLHA 3JSMA 2ETJA 2IAJA 4DSKA 4KI4A 1EX4A 4BWMA 2P5GA 1YTUA 4KB0A 3CFOA 3ZSOA 3ZT2A 4DQIA 4RW9A 4HUGA 1KVCA 2QXFA 1YTAA 1FXXA 2VG6A 3NE6A 2P5OA 1L3VA 4F2SA 4FJ8A 1JXBA 4CFAA 3NF6A 3EYZA 2Z1JA 4AHSA 4DLGA 3SQ1A 2G8HA 3VN5A 3QESA 4E0DA 4NYFA 3TI0A 1JLBA 4DMNA 4FW1A 1EXQA 2YKMA 5J2NA 1C0MA 1TK8A 4N56A 4DQRA 4LSLA 1XWLA 2QKKA 4M41A 2OPRA 1TKZA 1GOCA 3QETA 1NK6A 1QS4A 1S5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HM9A 3O9RA 1Q18A 1C0TA 4OPAA 2E5LK 3O9TA 1KCFA 3KWGA 3AGKA 5T7BA 1RTHA 1WNSA 2P9PB 4CZEA 3RWUA 4R79A 1RTDA 1JKHA 3K9JA 3VTIA 3DLEA 4DTJA 3RSEB 1SZ2A 4L3QA 4CEZA 3AVAA 4YDUC 1VQ9N 3EKSA 4CJVA 1IJJA 3HSCA 4IFVA 1WBDA 1YXQA 3SV4A 1NK7A 2X74A 2ASPA 5KPRA 4B1WB 4DU1A 1SKWA 4FWNA 3HTVA 3DOLA 4Z4FA 4CHNA 1ATSA 4FZXC 1MDUB 3ENOA 2QA4N 2F8SA 4FWSA 5LJWA 3HOSA 2PY5A 3NVMA 3T1HK 1CZAN 4LF8K 3OHRA 2WOMA 4X64K 3MEGA 1S6QA 1C0FA 5KPZA 4YOWA 4YOUA 1RBTA 2ZJRL 3TABA 3NVKA 1D4XA 2PYJA 2NZTA 2OCEA 1P8ZA 3OTOK 5AQQA 3HPGA 2NRWA 3E9LA 4CZFA 1NJIO 4BGBA 3NGZA 1C0UA 4GY2B 4OPKA 1YVNA 3OS0A 2FSJA 2NRVA 4BREA 3PX4A 3C6HA 4UY8O 5MLCQ 4WYBA 2Q3SA 2HMIA 4KRFA 3KLHA 2PFUA 1K8KB 3HXMA 2GUIA 1ITGA 3K5OA 2GX9A 3DXKA 4PL7A 5IWAK 3G10A 3G0ZA 3VEVA 1N32K 4FWRA 3ALYA 4FK0A 4DF8A 3AV9A 5DK5A 2CGKA 1S1TA 2YV0X 3BY5A 3T3FA 3UB5A 3OYMA 3D2FA 3KLIA 2P9LB 3IFRA 1LW0A 3AO4A 4CESA 2RN2A 2YHWA 4RG8A 3VGMA 3PY8A 5GAGP 4E7IA 2IC3A 4JHDB 4DTMA 3VOVA 2QWOA 4J2AA 3THXA 4HWIA 3L2VA 2ZJQL 1J5EK 4BRLA 3SAGA 1N36K 3VQ4A 4XEIA 1TK0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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