3MXMA

Trex1 3' exonuclease v201d aicardi-goutieres syndrome mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
LPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASSPGSRKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDDLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
total genus 77
structure length 226
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2010-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3mxmA01
1NK0A 3B6PA 5JS2A 3VQ8A 4BE0A 4CECA 3AA3A 4DSKA 1IKXA 1RDBA 3AO1A 3QETA 3V9SA 2VG6A 5HROA 3SV4A 4FYDA 1JLFA 4RW4A 3RR7A 2D5RA 3F73A 3VQBA 5FRNA 2BE2A 1SL2A 1EETA 1A5XA 3CYMA 3E01A 4FZZA 3OS2A 4KHWA 2O4IA 1X1PA 3VQ5A 3AVFA 3VQ6A 4JS4A 4NYFA 4CHYA 2F96A 4HUEA 4GVMA 3LAKA 2ZE2A 3SYZA 3ZCMA 4CGJA 3SUNA 1JL1A 4N41A 3TI0A 3BGRA 3DI6A 4CEBA 3DLEA 4AHTA 3VQ4A 2OPQA 1S1TA 1C1CA 3SUOA 4FLZA 2G8IA 3P83D 4E1NA 5J2MA 1NKEA 5J2QA 3BDPA 1SKSA 4B9NA 1S5JA 3S3MA 3CG7A 4DSEA 2XY7A 1ASUA 3PX4A 5HP1A 1XC9A 1QSYA 4IBNA 1SL1A 2HNYA 3DYAA 2BDPA 4DSLA 1JLCA 5HRPA 1T05A 2ZD1A 5I3UA 2HHVA 4Z4HA 3SQ2A 4I7FA 1N6QA 3HPHA 4CJRA 4KAZA 3SJJA 1QS4A 5J1EA 4PY5A 4OVLA 1KCFA 1S1UA 3HXMA 1HPZA 2HHTA 3DRRA 1L3VA 4FJ8A 4E7HA 1S9EA 4DLEA 3SI6A 4FJMA 4N76A 1VSHA 3OYGA 1X9WA 4M3RA 3KLIA 2OPSA 4ZHRA 3OYNA 2D0AA 4RW7A 3P1GA 3C6UA 3RMDA 4KHSA 3HO1A 3L2UA 3OYBA 2HB5A 1JKHA 1KLMA 2YKNA 3AVJA 3NBPA 1JLBA 1KVCA 4CGHA 4CF9A 1TK5A 2PYLA 4M3WA 3T1AA 1SKWA 4KHNA 4HUGA 1NK5A 2YHBA 1WN7A 1NK7A 3U3GA 1UOCA 3VQAA 3CFRA 4M3UA 2E4LA 3LPUA 3C94A 4FJ5A 3DOLA 4DTSA 4EZ9A 3CQ8A 2IGIA 1J5OA 1NK9A 4QCLA 3NH0A 1UWBA 3RR8A 3VQEA 2FBVA 5HRSA 4CF2A 4I2PA 3HK2A 4JLHA 1UA0A 3OYLA 2ITGA 3DRSA 3TAMA 3HP9A 1WSEA 3OS1A 1JLGA 4BE1A 4NCAA 1XHXA 4JRPA 3B6OA 4O0JA 4W5QA 1T03A 4EZ6A 4M3XA 1ITGA 4CJPA 1HYSA 5K14A 4OLAA 1RTJA 4KTWA 1L3TA 1ZBIA 1DLOA 1FKPA 2JGUA 3DRPA 4BWMA 5KRSA 4FJHA 4C8LA 1VSEA 4KI4A 5HBMA 4EP5A 5SZTA 4DQQA 4J2AA 3ZSRA 4G1QA 3QEWA 3G10A 3DLBA 1KVBA 5C25A 3LWLA 3EYZA 5T7BA 1R0AA 2G8VA 4OPKA 1WSGA 3SPYA 1RT1A 1WSJA 3NGYA 2FBYA 3RWUA 4E89A 3ZT0A 3AVNA 4QAGA 3U6FA 1W0HA 2R7YA 4N56A 1B9DA 4HUFA 1C1BA 1JLAA 3MXIA 3JYTA 2RF2A 4OKKA 1NJYA 1CLQA 4DFPA 5HLFA 4E7KA 2EHGA 2DFEA 3L3UA 2OA8A 4YNQA 2YNFA 3O3FA 4DTNA 4CHQA 4E3SA 1HQUA 3AO4A 3ZT4A 1RILA 4O0IA 1VSKA 1L3UA 3LPTA 2KQ2A 1D9FA 3RRGA 2Y1JA 2FC0A 3AA5X 3NFAA 4I9LA 3VQQA 4CJFA 4W5OA 3THVA 1HMVA 1IH7A 1FXXA 1VSIA 3M8PA 5C24A 4CJSA 2YNGA 3V81A 3OYAA 4K8XA 4R5PA 3KTQA 1RT3A 3OY9A 4DMNA 1NK4A 2KTQA 4C8MA 1RTDA 1LW2A 4CEDA 3HT3A 4BDYA 3DOKA 2XO7A 1VRUA 4IFYA 1REVA 1WSFA 3OYEA 1VSFA 4DU1A 1S1WA 3ISNC 4FJ7A 3AVLA 2IDOA 3K5LA 3QESA 1RDCA 3VQPA 4Z4FA 4QOZB 3D45A 1BGXT 2P5OA 2RN2A 1L3SA 1NOYA 4FXDA 3SUPA 2GV9A 1U04A 1HNVA 2QK9A 1JXEA 4B9VA 3AVMA 2HHXA 1CXQA 1Z25A 1KFSA 4W5TA 2YNHA 3FFIA 3V4IA 3SV3A 3LP1A 2P1JA 3K5OA 1KLNA 2NUBA 3OJUA 1J53A 1U47A 2Z1GA 2HMIA 3SPZA 1S1VA 4CIGA 3IG1A 2O4GA 3AO3A 4LD0A 4CJ3A 4BDZA 3IAYA 3SQ4A 2IOCA 4AHVA 4B3OA 2OYQA 4DQRA 4DLGA 1I3AA 4CJ4A 4Z4CA 4N5SA 1QQCA 4CJUA 3ZSOA 4CK3A 1YT3A 4LH4A 1SKRA 3ASMA 3KIOA 3VN5A 2PZSA 4DQIA 1O1WA 1GOCA 4DFMA 3RRHA 3M8SA 1TV6A 2ETJA 4ZTFA 4AHSA 3NGZA 3S3OA 3L2WA 3V9UA 3NF6A 3VQ7A 4CF8A 3EZ5A 1C0MA 1BQNA 1QE1A 4O5BA 4CHZA 1L5UA 1N5YA 5D3GA 3I0RA 4CERA 4CJEA 1RTIA 3O3GA 3EY1A 4CFAA 2XRIA 1WSIA 4FLXA 4H4MA 1TKXA 4IG0A 2X74A 3ZSYA 3OYMA 3OYFA 1C0TA 2EX3A 3KLHA 3PX0A 4CGIA 3D0PA 3DLRA 1CZ9A 2ZQBA 3ITHA 3SUQA 3L2VA 1D8YA 1J54A 1RCHA 1TL3A 3ALYA 2KZZA 5I42A 3KD5E 4DS5A 4I2QA 5FROA 1Q9YA 4B9SA 2HVIA 1BI4A 1T8EA 4FJGA 3WNGA 2E6LA 3MXMA 3NF9A 1Q9XA 3M8QA 1HRHA 3SZ2A 4B8CA 4DSFA 4AILC 4W5NA 1EP4A 1IKYA 4MQ3A 4CE9A 1QHTA 2WONA 3L3VA 4UQGA 4DTXA 3U3YA 1UAXA 4DQSA 1RT4A 4CJVA 4ELUA 3AVIA 1RBSA 4FW2A 2D0CA 1HYVA 2AJQA 1HJRA 1LWEA 4M3ZA 3CFPA 2G8UA 2HHSA 3P5JA 4RG8A 5DMRA 2RKIA 3K2PA 3K5MA 2HHUA 4CJTA 4BACA 1RT5A 3NGIA 2QKKA 2IS3A 3ZSVA 2JLEA 2HHQA 3O4NA 1U4BA 2B4JA 1NKBA 1TVRA 5CY4A 4CEFA 3NH2A 1D5AA 2G8KA 3KD1E 3QEIA 2IAJA 3KK3A 3NDKA 1U48A 3AVKA 3F9KA 1TAUA 1J9AA 2Z1IA 3QEPA 4BDPA 1SV5A 1BQMA 3HSTB 4CHPA 4M3TA 4DU4A 1VSJA 3ZSZA 3QINA 2D0BA 1D9DA 3LAMA 2HW3A 3C6TA 2OPPA 4OKJA 3HP6A 4L8RB 4J2BA 2RPIA 2BGGA 4DS4A 3DLKA 3ZT1A 4FLTA 3OJSA 5HRRA 1LAWA 1NOZA 2X6SA 3TAEA 4FM2A 1TKDA 4KI6A 1NK6A 1GOAA 1EXQA 4NYNA 2VG7A 3OYIA 1BCOA 1ASVA 1WAFA 3WNFA 4F3TA 1RT7A 4TSXA 3K57A 2BANA 1TKTA 4FLWA 2X78A 4DG1A 2XHBA 4GW6A 4F4KA 1IKWA 3V9WA 2HNZA 2OZSA 3PX6A 4E0DA 2Z1HA 4FJIA 1BISA 1Z26A 3VQ9A 4B9UA 4OKEA 1G15A 4O4GA 4O55A 3AO2A 1SL0A 2GBZA 4F8RA 1EX4A 2HVHA 3NF7A 3V1RA 3SCXA 4CJKA 4GMJB 2FBXA 3MEDA 4CFCA 4DSJA 4BWJA 1JLQA 2DFHA 3LWMA 1C1AA 3TAPA 1VSDA 4CJLA 4NCBA 3HPOA 1IG9A 4Y1DA 2GUIA 3ZSQA 3KLGA 3OYCA 3K58A 1TKZA 4FZYA 4C8KA 4B9MA 3RMBA 1YTUA 1B9FA 3QEXA 1Q8IA 1X9SA 3V9XA 1TGOA 3OYDA 2B6AA 4CGDA 1NK8A 1NJZA 4CCHA 4FM0A 1WSHA 1LWFA 3I0SA 4AHCA 4M3YA 3PO5A 4HCBA 4KB0A 4KKOA 3K59A 3HJFA 4DTRA 3ZSWA 3TWHA 1T7PA 4IG3A 1S6QA 1W9HA 4CJWA 3KJVA 1ZBFA 3HVTA 1NKCA 2XY8A 4PUOA 4IFVA 3PO4A 1S9GA 4C8NA 1RBRA 3PV8A 1TL1A 2P5GA 4CFDA 3KK2A 4F2SA 4DTMA 1XWLA 1ZYQA 3AVGA 3AA2A 3LZIA 1QSSA 4CHNA 4KHQA 3TANA 4DWIA 4Z4GA 4Z4IA 1WNSA 4M42A 3NF8A 5CYMA 3AV9A 3TR8A 4KRFA 4KPYA 4ID5A 4DU3A 4B08A 3MAQA 4BE2A 4CF0A 2X6NA 5FRMA 1TAQA 1LAVA 4CEOA 3K5NA 4FLYA 5J2PA 4FVMA 3V1OA 5KGWA 2YV0X 3AVBA 3SQ1A 3OVNA 2G8WA 4CEQA 2QKBA 4J2EA 4B9LA 4CJ5A 4E7IA 1KSPA 5HRNA 3OS0A 1S6PA 3NHGA 3ULDA 4FJKA 1ASWA 3I8DA 3UIQA 2KZMA 4AHRA 3SNNA 4K8ZA 4FCYA 1QSLA 4KHYA 4Y1CA 2VG5A 3LP3A 4CEZA 1BCMA 3DM2A 4RW9A 1TK0A 3QIPA 1KFDA 1RT2A 1C6VA 3M8RA 1RTHA 4KV8A 3QNOA 1A5WA 3MXJA 1S1XA 3ZT2A 5CYQA 2OPRA 3NE6A 4ZTJA 3V6DA 2I5JA 3HM9A 1NJWA 4W5RA 3TAFA 4DSIA 4FZXC 2XY5A 1CZBA 4CEAA 4E7LA 1JXBA 1LWCA 4CHOA 4FK0A 1VSMA 5KGXA 3DLGA 4N47A 4KTQA 2YKMA 4LSLA 1FK9A 5EU7A 3LALA 4OLBA 1ZBHA 3LP2A 5FDLA 3WNHA 3QIOA 5E41A 1TK8A 1LV5A 4FJ9A 3AVAA 4DTUA 1B92A 2KFZA 4JRQA 3AA4A 3V1QA 1HYZA 3TARA 4AH9A 2XY6A 3QLHA 4LY7A 3WNEA 3CFOA 4DTJA 4KB1A 4DFKA 1VK0A 4ELVA 5CZ1A 1YVUA 4IDKA 2DTUA 3NAEA 1LW0A 4OJRA 2A1SA 4Q5VA 4KFBA 4NCGA 3O3HA 3SQ0A 1X9MA 4KHUA 4DTPA 1DTTA 1RDAA 1BIUA 3LANA 4FLUA 4I9QA 4YFUA 3V9ZA 3HYFA 4PQUA 3LDSA 2G8FA 3PUFA 5KTQA 4OGEA 3L2RA 1F21A 1DTQA 4FLVA 3AVHA 4CJQA 2Q3SA 3MECA 4B8AB 2A1RA 1JLEA 5DK5A 4CGFA 3T19A 1Y97A 4CIFA 2E6MA 4E1MA 3OYKA 3JSMA 4IKFA 4FK2A 4KO0A 4CFBA 1C0UA 2VWJA 1QTMA 3VQCA 2DY4A 3LP0A 1K6YA 3S9HA 4ELTA 4FW1A 3KK1A 4JS5A 2VWKA 2IC3A 4HTUA 3PY8A 3KLFA 3O4QA 1YTAA 5CZ2A 3QEVA 3RMAA 4HCCA 2PY5A 3VA3A 1NJXA 1A5VA 5JS1A 1FKOA 4Z0UA 4CEEA 4HHTA 3TAGA 3RTVA 1HNIA 4CGGA 3TABA 3IS9A 1HQEA 4RW8A 4FJLA 4EP4A 4Z4EA 1IKVA 2W42A 3DMJA 4PWDA 4B9TA 1U49A 4Q0BA 1BIZA 4LSNA 1RBUA 3A2FA 2KW4A 4RW6A 3HL8A 1WAJA 4J2DA 4M45A 2P51A 2F8TA 3KLEA 2PYJA 4AHUA 3T3FA 2HHWA 1MU2A 4MFBA 1RT6A 3OYJA 4WE1A 1RBTA 4O44A 3NH1A 2Y1IA 3TAQA 4F2RA 4F3OA 1I39A 1KVAA 4FJNA 2B5JA 3HVRA 3QO9A 3RMCA 4HVJA 3G0ZA 1SUQA 3NCIA 4PA1A 4DFJA 3S3NA 1KTQA 2ATQA 4LH5A 3H08A 3KKSA 4C8OA 2LSNA 2YHAA 3MEEA 4H4OA 3ZSXA 4CK2A 3L8BA 4KREA 1BHLA 3HPGA 1RDDA 4H8KA 1ZBLA 4CESA 2YNIA 4DQPA 1RNHA 3AO5A 2FBTA 5KI6A 4E7JA 3CM6A 4CF1A 3QERA 3OYHA 4DF4A 1VSLA 1BL3A 2Z1JA 3C95A 3MEGA 1KRPA 3DLHA 4FJXA 2F8SA 3CM5A 3AVCA 1XI1A 2HNDA 3L2QA 3VA0A 2DFFA 3IRXA 4CIEA 4FK4A 4FM1A 2QXFA 4XIUA 3ZT3A 2WOMA 5J2NA 4CK1A 4DTOA 4OPJA 3QNNA 1VRTA 4DF8A 1GOBA 3KKRA 3LZJA 4OGCA 4E19A 1JL2A 1CXUA 1BI4B 4ICLA 1U45A 3VQDA 1RBVA 1EKEA 1ZBUA 4ID1A 1UA1A 2G8HA 2OZMA 1XHZA 4FJJA 4KTZA 1IO2A 5KRTA 5C42A 4M41A 5SWMA 1WLJA 2KFNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK0A 2JWLA 2Q1NA 1R59O 3ZX2A 5FPMA 4FYDA 2NRVA 2P9KB 1SL2A 1A5XA 3E01A 2O4IA 1X1PA 3AVFA 4CHYA 2QWLA 4GVMA 3SUNA 1NGAA 1U2VA 3DLEA 3IDHA 1N32K 4CZKA 4E1NA 5J2MA 4JI7K 5M1QA 3HOSA 4B9NA 1S5JA 3S3MA 4LF7K 2A42A 3NVMA 4DSLA 2KFZA 1LCUA 1QQMA 1JLCA 1T05A 5I3UA 1T6CA 4Z4HA 4RWTA 3SQ2A 2HHVA 2P9LB 4CJRA 4KAZA 3T7ZA 1QS4A 4X65K 3I55N 4QS8A 5C15A 2HHTA 2E2OA 4BRPA 1S9EA 4DLEA 1VSHA 4DR4K 4M3RA 3KLIA 3OYNA 2D0AA 2D1KA 5LY3A 3K9JA 5LL6Z 3RMDA 1QQOA 1KLMA 2O8DA 2YKNA 3NBPA 2PYLA 5TKWA 4BRGA 4R79A 4KHNA 2YHBA 2V7YA 3WXLA 1UOCA 4M3UA 3LPUA 4DR1K 3DOLA 3F5TA 2QXLA 4QCLA 3NH0A 3RR8A 1NU0A 3A5LC 1NM1A 5A2QO 1XHXA 1S3XA 4O0JA 1T03A 3CI5A 3CQXA 4DCHA 1L3TA 3D2FA 1FKPA 4BWMA 3DAWA 4KI4A 3L6QA 3ZSRA 4LF8K 4GVEA 1WUAA 2F9WA 5AQKA 4DQ8A 1WSJA 1XNQK 1EO1A 3A5MC 3BUZB 1W0HA 1WOQA 3O9UA 4N56A 3OW2M 4MLHA 1C1BA 1NJYA 2QM1A 4EHUA 2O8FB 4E7KA 4KH4A 4YNQA 4DTNA 4CHQA 3VF2A 1HQUA 3AO4A 1RILA 1KAZA 1VSKA 1L3UA 1W97L 2Y1JA 3VESA 2QWPA 4I9LA 4WQ4A 5EY4A 4W5OA 2E2NA 1IH7A 5C24A 4WYBA 3OYAA 4BRMA 4A2AA 1VHXA 1VQLN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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