3N4QA

Human cytomegalovirus terminase nuclease domain, mn soaked
Total Genus 70

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
246
structure length
216
Chain Sequence
LITDQSREEFDILRYSTLNTNAYDYFGKTLYVYLDPAGTGVAAVGAYRHQFLIYGLEHFFLSESSEVAIAECAAHMIISVLSLHPYLDELRIAVEGNTNQAAAVRIACLIRQSVQSSTLIRVLFYHTPDQNHIEQPFYLMGRDKALAVEQFISRFNSGYIKASQELVSYTIKLSHDPIEYLLEQIQNLHRSDDLIIAVIMATYLCDDIHAIRFRVS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
source organism Human herpesvirus 5
publication title Structure and inhibition of herpesvirus DNA packaging terminase nuclease domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TERMINASE SUBUNIT UL89 PROTEIN
total genus 70
structure length 216
sequence length 246
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.320 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3n4qA00
3N4QA 4IOXA 3N4PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YY3K 4WCEL 3TARA 4KTWA 3EZWA 5KGXA 3DWLA 3LDOA 5K14A 3O3HA 1KCFA 4QAGA 3MWTA 4IJAA 3EE9A 4JLHA 2UXBK 4FK0A 1WOQA 1RBUA 3MAQA 3D0PA 5I42A 4FJKA 4ISGA 3KLGA 2XRIA 3T1AA 1HYSA 3J7AP 4KHUA 4IXCA 1DTTA 2E4LA 2ZGZA 4DSJA 1W9HA 1KTQA 3VEXA 3VERA 3CMEN 3H3OB 1QQCA 3W3DA 2O8FA 3SJJA 1U47A 1HKGA 4IBNA 3UIQA 5AQSA 3F5TA 3WNFA 3DJCA 3CCLN 4FLWA 3HOSA 3NCIA 4YOYA 2P9PB 3FZMA 1IKYA 4Z4IA 2F7TA 1UWBA 4YORA 3NHGA 2QWRA 1NKBA 4IWVA 3WXKA 1ATSA 3LPUA 5TKYA 1C0TA 4XH5A 1WBDA 1QS4A 2PFUA 4BDYA 4KFBA 3UKUA 1YJ9N 4FJLA 4IO8A 1JCFA 4FM2A 2GTDA 1ILYA 3IRXA 3SUQA 3AVMA 4WFAL 1DTQA 2UYTA 4JHDB 4O4GA 1NGJA 1RTJA 3QEVA 3G10A 4C1NI 3SAGA 4YDUA 3SBTA 4U67L 4OJRA 1YTAA 1VSIA 3F2KA 3NF9A 4DV5K 4CFAA 3ZCMA 1S6PA 4B3OA 4BRFA 4CJVA 4K0KK 2YHXA 3WT0A 3HPOA 1NGDA 4XEIA 1OH7A 1WAJA 1N33K 3A5NC 4GV3A 1JJ2M 3AA3A 2GBZA 4BR5A 4B3TK 4KI4A 3S3OA 1WUAA 2D0CA 3OY9A 5AQFA 4BDZA 4IFVA 4RTFD 2YV0X 3SZ2A 5C24A 4FK4A 3HVRA 3KLHA 3QEWA 1L3UA 1YIJN 3NE6A 1YITN 3I0SA 3VGLA 1NJYA 1A5XA 3G4SN 2OZSA 2GUIA 4BRGA 4CJPA 3WEEB 5EOYA 5F1XA 3SQ1A 1M1KO 3P1GA 4CIFA 3AA5X 5BN8A 4HTLA 2F96A 2D0BA 1QSLA 3L2VA 3ISNC 3NGYA 2RHKA 1U4BA 3OHRA 3SV3A 1C0UA 2G8HA 1KVCA 3K58A 3G0ZA 2A40A 2YHAA 3AA2A 1TK0A 1VSDA 4FJIA 3AO2A 1HYVA 3O9SA 5KQDA 4FYDA 3P5JA 2JGUA 4CJWA 3AAPA 1RTDA 2E2OA 3QNOA 2HHTA 4B9LA 4B9TA 1SL2A 3N4PA 3ZSWA 1REVA 4ILJA 4DFKA 3VQEA 1RT6A 2P9KA 2P5GA 5FRMA 4FLZA 3VQCA 4I9QA 4LF6K 5JVHL 5ADXH 4DFJA 1KFDA 4B1YB 5AQLA 4WQ5C 2IVPA 3TABA 4LF7K 3CERA 5GADP 1LWEA 3H1QA 4OPKA 4DWIA 4LH5A 4DTJA 1VQ6N 5HBMA 1S3XA 3LAKA 4OVLA 3TSQA 4ID1A 2DFFA 1HR0K 4HUEA 3WNGA 3OA9A 2OTJN 2PY5A 3D6RA 4OKKA 5HLFA 4BREA 2OPSA 2D0OA 2DY4A 4JD2A 1SKWA 3KTQA 4DR1K 4JKCA 3L4QA 3MEGA 4X66K 4H5VA 4BGBA 3O3FA 3IAYA 4E1JA 1CLQA 1BGXT 4CHNA 3W0LA 3WXLA 3OYBA 4B3RK 1B9DA 4DTUA 4NCAA 2NRXA 4JN4A 4DG1A 1C1BA 3K5MA 1E4GT 3V9XA 4YFUA 2W40A 1SUQA 2NLXA 2NRTA 3J80O 4KRFA 3EKSA 2V7ZA 3V9SA 1D9FA 4JI4K 4MQ3A 4A2AA 2KFZA 3C7NA 2P9IB 1WSFA 4JNEA 2BANA 1BISA 3VF2A 4K43A 1KVBA 2OPPA 1JKHA 2FF6A 1HNZK 4FJ9A 4E7KA 3SUNA 2ZD1A 4DV2K 4IOXA 4DFMA 3CM5A 1VQ9N 1QVFM 1IV0A 1L5UA 2F9TA 3AVKA 4DR2K 1RTHA 2VWKA 3AAQA 4ID5A 2ZM6K 4HHTA 2YI1A 4NXMK 1Q9YA 3VA0A 3NF6A 4CZHA 3CPWM 1TL1A 2A3ZA 4RWTA 2NRRA 1ZYQA 5J2NA 1GLLO 5ADXA 3U3GA 1TAQA 3G25A 2KTQA 2QWPA 3BF1A 5AQRA 5JMVA 2FF3B 3O1BA 4AHCA 3C65A 3CJ7A 5CHIA 4Z4EA 2O8DA 3MXJA 4YNQA 3OYDA 2QTDA 3R9PA 3A0IX 3KK3A 3WXJA 4DTOA 5FRNA 4M63C 1C0FA 4CJ5A 1TL3A 4R79A 3AVFA 3RSEA 1W2BM 3NH2A 3P38A 4M7XA 2OPRA 1ASVA 3U4LA 1RBVA 2OPQA 1EWRA 4FJ8A 3IDHA 4BG9A 4CJRA 1S22A 3VTIA 5FROA 4E1NA 4F3TA 3ENOA 4CHOA 1Y97A 1FXXA 1UAXA 3L3VA 5D3GA 4DS4A 3TANA 3VGKA 1WAFA 1T05A 1D5AA 4O55A 1VQON 4CEDA 4LFBK 3NH0A 2A1SA 3LP1A 3O4QA 1JLGA 1QTMA 1TKDA 1YVUA 4MDAA 3KLEA 2XY7A 5HRPA 4FXDA 4DQQA 1K8AO 3A5MC 4B9SA 3ATVA 5AQUA 2X74A 1XWLA 4GV9A 5AQYA 1KQSM 3VQ8A 4DHYA 3ULDA 4LH4A 1YT3A 4CZEA 2KZMA 4FWQA 5FPDA 3HSTB 4YDUC 3D45A 3M8QA 2OZMA 4FJGA 3DRRA 3HTVA 1E3MA 1LV5A 4BRLA 1Q81O 4DV6K 3TAFA 4GV6A 4CZLA 3CFPA 3LL3A 1S1XA 4OKJA 1QHAA 4E7IA 2KQ2A 3VGMA 1N34K 3L2RA 2HHQA 4B9QA 1IKVA 4FZYA 3IMXA 4Z4FA 4M45A 3QNNA 4B08A 3I8BA 3NGZA 1ZBSA 4CJTA 1LAWA 3ZETA 2P9KB 1HLUA 2BUPA 5M1KA 1BO5O 2JWKA 3GE1A 4F8RA 4I2QA 3NH1A 5HOOA 4RW6A 1VSMA 2D0AA 4C8KA 4AHTA 1T44A 3P4IA 4DU4A 3PV8A 3LDSA 2B6AA 3E9LA 3THXA 1DT9A 1TUYA 3GBTA 3OW2M 4C8MA 1NMNA 3TR8A 3JAMO 5H1SQ 4F4KA 4JD2B 2HOEA 4DKWA 5KTQA 5J2PA 2ITGA 1CXUA 1LW2A 4FW1A 3GDQA 3ID6A 1Z26A 4KB1A 3WNEA 4G9ZA 4CCHA 5AQIA 3H46O 2VQFK 3K9JA 1U2VB 3OYEA 4KHSA 1ZBLA 3B8AX 4L3QA 4C23A 3VPZA 2HF4A 4MO5A 3HYFA 1HNVA 3HPGA 2YHBA 4CEQA 1NKEA 4W5OA 2P9NA 3M1FA 5JLHA 4XH4A 2Q3SA 1TAUA 4HWIA 3CCEN 3C7NB 1IH7A 2QWMA 3L2WA 3MX2A 3G6EN 3J8AA 1ASWA 2Q0UA 5DMRA 3E9OA 4CF8A 3I0RA 3U3YA 4FJJA 5DM7L 3MEEA 5JLFA 4QS7A 3D2FB 3FZKA 3KJVA 3CC4N 1L3SA 4FM1A 1X9SA 1VSKA 2FC0A 3CJ9A 4ZHRA 1NGGA 2XO7A 3IS9A 3VEVA 3ZX0A 3SI6A 4PA1A 1EQYA 3AVAA 2IAJA 3VETA 3HM8A 4M3RA 2QEXN 4M3YA 4HVJA 2A41A 1BDGA 3KLIA 3P83D 3S3MA 2Q97A 3OYKA 4BC2A 3CJ1A 3CETA 3O80A 3ZT4A 4DV1K 3SQ0A 2O8DB 4FJ7A 1YUWA 1OVQA 2W6LA 3K0SA 4DV3K 4PUOA 1HPZA 4C8NA 4FM0A 4IFYA 3NDKA 3RSEB 1KAZA 1RBRA 3ITHA 4JKBA 4CZJA 3OJSA 5CY4A 2UUAK 1JLAA 2GEMA 1IJJA 1QHTA 1JL1A 4B3MK 1QSYA 2H3GX 5KGWA 2YNHA 3ATUA 2FBTA 3KVGA 3H45C 2YJFA 3TTCA 4DTNA 1L3VA 4CHQA 4IG3A 3PSIA 4DQIA 3HOTA 4NB4A 1RGIA 2E1ZA 4JKDA 4JRQA 2B5JA 1FK9A 3AVIA 4F2SA 1BA1A 4FWKA 1Y64A 3KKRA 5IWAK 3V1OA 1XC9A 4CFCA 4BRQA 3Q7CA 2I5JA 4CEOA 1VRTA 5MLCQ 3QEIA 1VHXA 3O5BA 4B3SK 3KWGA 4X64K 4DUZK 3BEXA 1VK0A 3C0BA 2I7NA 4OGCA 3CCRN 4BACA 4DLEA 1C1CA 1BIZA 3PUFA 5JICA 3CCJN 3J7ZO 3U9ZA 2V7YA 4ILHA 2LSNA 3CCUN 3FFIA 3FZFA 4B8AB 4CJ7A 3EZ5A 4CGIA 2RN2A 2E6LA 3P39A 2QWNA 4CBUA 3V81A 1NKCA 2Z1GA 4N5SA 3QMLA 5KQ8A 4KH5A 1XQSC 3ZX3A 3TAPA 3J7YP 4DTPA 4K8ZA 1HNWK 3ZT0A 5HROA 4B9MA 2NRVA 1P90A 4M3ZA 3ZETB 1V4SA 1HNIA 4IG0A 5SWMA 3S3NA 5DK5A 4AHRA 4AF1A 3M8PA 3AARA 2P9LA 5M1OA 1TKZA 3VF4A 3THWA 3A8YA 4FJNA 1G15A 2E5LK 2FBVA 3THXB 2NUBA 3QLHA 1A5VA 2VYPA 4FZZA 1NMDA 3VN5A 1C0MA 3NBPA 4ELVA 3HPHA 2X6NA 2QXLA 3AVCA 4DQSA 4OPJA 1NNEA 2R7YA 2BH1A 5GAHP 4KHQA 3ENBA 4DR7K 4JS4A 4HCBA 4WQ4A 3WQTA 3PX4A 5AQKA 2O4GA 4B1VA 4CZIA 5CZ2A 4NXNK 4H03B 3ZT2A 2P9SA 4E1MA 1KXPA 4A59A 4A2BA 1NGCA 4XH1A 4Y1CA 3VQDA 3T7ZA 2I7PA 1WN7A 2IDOA 3SJHA 1WSJA 4H5TA 4JKHA 2D1KA 3LZJA 2CGLA 1N8RO 3OYHA 3C6AA 2ITMA 3M8RA 5CYMA 1VSHA 1SKRA 5BREA 1H1VA 5AQHA 4EZ6A 4DTSA 4DV7K 3THYA 5AQWA 1NU0A 4CJLA 1M90O 5C15A 3RRHA 3HJFA 4I2PA 3LDLA 5A2QO 4PL8A 4BE2A 3M5RA 2BDPA 4AQYK 4Z4GA 5HP1A 3V9UA 1XHXA 4E7HA 4BRIA 4OLAA 2O8EA 3GL1A 5C2DA 1ZBFA 5AFUH 1HJOA 1I94K 4A62A 3CD6N 3OS0A 1Q7YO 3ZSYA 3BUZB 4FOEA 2X6SA 2CGKA 4BG8A 2F9WA 5TKWA 3D2EB 5J2MA 2NRHA 1CZ9A 4EP5A 4RCHA 4B9UA 3KKSA 1NGBA 4E89A 1K73O 3MEDA 1IG9A 1KLNA 4JI1K 4DUYK 1YHQN 3MDQA 2PAVA 3UB5A 3ALYA 2P9UA 1OVYA 1NJIO 4B1UB 2RE2A 2Q31A 1S5JA 4H0VB 1I3AA 3ZSRA 3FLCO 5ELZA 4EZ9A 5J1EA 2OTLN 1Z25A 1GLAG 4MLEA 3SQ4A 2FBYA 4BC3A 2Z1IA 2HB5A 1SL1A 4KBOA 3N4QA 1KRPA 1X1PA 2ASMA 3AV9A 3HVTA 3TAQA 4H0PA 5AQVA 4HCCA 3VOVA 1R0AA 5AZIA 2ASOA 1U6ZA 4MLHA 4CK2A 4FZXC 1U04A 3KIOA 3DLRA 4YOUA 3AVGA 5J2QA 3Q7BA 1RT7A 4DF4A 2QI2A 1T7PA 4E3SA 4B9VA 4JK9A 4HUFA 3C6TA 1BU6O 1JL2A 1KAXA 3OTOK 1HYZA 4BRAA 1BQNA 3UKRB 5GAGP 4FL9A 2E88A 4BY9C 3VQPA 3SQ2A 2Y1IA 4Q0BA 3L0QA 3V1QA 1EXQA 3AGKA 3B6PA 1FKOA 3KK7A 3V9WA 1HPMA 3O9RA 1LOTB 1X3MA 4M42A 2F4VK 5C10A 5EU7A 2VGNA 2HHXA 4KTZA 1NBWA 2E8AA 4WFNL 2UXDK 2WTUA 4V19S 4CGGA 4JYAK 2HVIA 1F21A 1KVAA 4H0YB 4MFBA 4Y1DA 4AILC 1YF5L 1VRUA 2A5XA 3KK2A 1J6ZA 1K6YA 3ZLJA 4IZ9A 2DPNA 4FK2A 4H0TB 1HQUA 3C6UA 4H5NA 1K8KA 1NGIA 3RMDA 3MXMA 2KLAA 3EY1A 3DXMA 4DR3K 3LDQA 4FJ5A 3DLEA 2ETJA 2O8FB 3THWB 2GV9A 4H8KA 2XY6A 1RT4A 3E1YA 4CZKA 1UA0A 4ZTFA 3DRSA 1T03A 3LP3A 2BTFA 2A1RA 1BOTO 1RDAA 3QIPA 3BZKA 1RBSA 3MMVA 3HK2A 3CM6A 3MCAB 1W97L 5EXWA 4C8OA 5AQGA 1WSGA 2XHBA 1CZAN 1NK0A 3UKUB 2NNWA 2P9SB 1JLQA 4KV8A 2QXFA 3QICA 4J8FA 3HM9A 4DF8A 3SK3A 1TGOA 4ILGB 3IKMA 3VQ9A 3QB0A 4DB3A 3CC2N 3CC7N 4Z94A 4OPAA 4FVMA 5KPRA 4J2AA 1D9DA 4QS9A 3AO1A 3M8SA 3RR8A 4DR5K 2EWSA 1RBTA 4DTRA 5BN9A 4GY2B 2ZF5O 3DAWA 4N56A 2F8SA 5FPNA 1ZC6A 5GIPA 2YNIA 3AVJA 3S9HA 2F8TA 1J53A 4BRKA 4DTXA 3KK1A 3WXMB 1SL0A 4M3TA 1ZBHA 3OYNA 1RDUA 2O8EB 2HHUA 4JEPA 3VA3A 3CJAA 1HUXA 3CCSN 2V52B 1OH8A 1TKXA 5IT9O 3DXKA 2VG7A 3ZEUA 3TI0A 3HXMA 3LZIA 1T8EA 2A42A 2ASPA 3RR7A 1HRHA 4DU1A 3QERA 5JVGL 3CQYA 2AJQA 1BA0A 4ZTJA 4WQ4C 2YKMA 1GOAA 4I6MA 3T1YK 2P9UB 4FJXA 2CH5A 4DFPA 2RF2A 1JLBA 3BP8A 4B9NA 3E01A 4E7JA 4IOAL 2HNZA 4YOTA 2D5RA 4H4OA 3TAMA 1EETA 4YOXA 5EX5A 4DMNA 4FLYA 1KC8O 3GOIA 4CHYA 2P51A 1RDCA 1EKEA 3O9QA 3R6MA 4ELUA 5AZIB 3AO5A 3MCPA 1S1WA 3EYZA 3I33A 3OVNA 2V51B 5JS2A 2KHOA 1CZBA 1IO2A 5BR9A 4X65K 4JRPA 5B8HA 3A5LC 3LDPA 5EVZA 1FJGK 5AZJA 1VQ5N 5FLXO 3RWUA 5C0YA 5LJVA 4JI5K 4C1NK 5BPNA 4CHZA 2HMIA 2YCHA 4DSEA 4IEEA 3H6EA 4IKFA 3GG4A 2Z1JA 2QKKA 1XMQK 2G8UA 5KRTA 3T1HK 1RILA 3IFRA 3CFOA 4B8CA 1BCMA 3MWPA 4WE1A 3SLCA 2KKZA 3KWIA 4CGDA 3AVBA 5AQNA 4G1QA 3VTHA 5JS1A 3QDKA 4HTUA 4RW8A 2QK9A 2QM1A 2CGJA 4A61A 2HHWA 4F2RA 4RW7A 2ATQA 2HBJA 3VMFB 1EP4A 4K41A 2DFHA 4CGHA 4H5WA 4BWMA 4W5RA 4BR9A 3FZHA 4CF0A 3SUPA 4O0JA 4ELTA 1GLEG 4FPBA 1XNRK 4CJFA 3L8BA 3V6DA 1IKXA 3TSPA 3VF6A 4GVMA 1N6QA 2G8FA 4FVUA 1RNHA 3K2PA 3U9DA 3RMBA 4DCHA 1BIUA 3DYAA 3DOLA 3PO5A 4O8KA 3TAGA 3QEPA 5CYQA 1NK7A 2ZGYA 3DRPA 3U8XA 2GWJA 4O5BA 3B6OA 3VQ5A 1J9AA 3L6QA 5E41A 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 3N4Q A;  4IOX A;  3N4P A; 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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