The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
246
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structure length |
216
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Chain Sequence |
LITDQSREEFDILRYSTLNTNAYDYFGKTLYVYLDPAGTGVAAVGAYRHQFLIYGLEHFFLSESSEVAIAECAAHMIISVLSLHPYLDELRIAVEGNTNQAAAVRIACLIRQSVQSSTLIRVLFYHTPDQNHIEQPFYLMGRDKALAVEQFISRFNSGYIKASQELVSYTIKLSHDPIEYLLEQIQNLHRSDDLIIAVIMATYLCDDIHAIRFRVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and inhibition of herpesvirus DNA packaging terminase nuclease domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Human herpesvirus 5
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| molecule keywords |
TERMINASE SUBUNIT UL89 PROTEIN
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| total genus |
70
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| structure length |
216
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| sequence length |
246
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-05-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3N4Q A; 3N4P A; 4IOX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IIR A; 5IT9 O; 3CC4 N; 1V4T A; 2ZJQ L; 4FM2 A; 3IUC A; 1N8R O; 4Y0W A; 2D0P A; 1RNH A; 3TPQ A; 4DS4 A; 2VYP A; 4UQG A; 4BRH A; 1SQK A; 3ZET A; 1YTA A; 3DXK B; 1RDW X; 2RHK A; 5AQK A; 2G8K A; 4M3Z A; 2I7P A; 1CZA N; 2NRV A; 2GWK A; 2NZT A; 4YOT A; 3HP6 A; 3TAG A; 4CES A; 3SLC A; 4CK1 A; 3CCS N; 3K2P A; 3LP3 A; 1M1K O; 3HM9 A; 3QML A; 4CEF A; 3TSP A; 3M6G A; 4BVO A; 1TL1 A; 1A5X A; 3BF3 A; 1WUA A; 4O0J A; 1JCF A; 3QFP A; 4AHV A; 4CF8 A; 5I3U A; 1VSM A; 3K9J A; 4CFB A; 1NKB A; 3SUP A; 2AJQ A; 3WXI A; 1CLQ A; 4Z4I A; 4BRO A; 3AVB A; 3P83 D; 5I42 A; 3NH2 A; 3V9X A; 4IOA L; 3S9H A; 5J2M A; 2FLO A; 3C0B A; 1U49 A; 1YJN N; 2KLA A; 3SUQ A; 4A62 A; 4E1M A; 5E26 A; 3TI0 A; 4OO1 J; 1ESV A; 2KTQ A; 3MXM A; 4FZZ A; 1GLB G; 1YJW N; 3D0P A; 5KRS A; 5HL7 L; 4E7H A; 1GLD G; 3RRH A; 1C0F A; 3VEX A; 2R7Y A; 4HTU A; 1TGO A; 2QK9 A; 3ZEU B; 4HCB A; 1Q9X A; 4FZX C; 3ITH A; 5FRM A; 3LDQ A; 4I6M B; 4JS4 A; 3U9D A; 3OBW A; 4RW8 A; 3SQ1 A; 3VQQ A; 2P9S A; 5LY3 A; 2P9U A; 3AVK A; 4M3X A; 4BRN A; 4CCH A; 4F2R A; 4C8N A; 5SWM A; 4JYA K; 1XUP O; 1FKP A; 1H1V A; 4FW1 A; 4BRF A; 3NGZ A; 4F4K A; 3AA4 A; 4K42 A; 1TUY A; 4BWM A; 1LOT B; 2QW9 A; 4J2A A; 1QZ6 A; 1RBV A; 2E6M A; 3VF2 A; 4DV1 K; 4FLZ A; 3A5M C; 3SAH A; 2KFZ A; 3M5R A; 3J7Z O; 1T6C A; 4Z0U A; 3NH1 A; 1E4G T; 1RBT A; 4KPY A; 4NXM K; 4IFV A; 4IFE A; 3WNH A; 1T03 A; 1ATN A; 4DQI A; 1S1U A; 1K9M O; 3UKU B; 2IVO A; 2P9N B; 4BDZ A; 3ZSW A; 4K8X A; 1NJW A; 4MDB A; 1ATR A; 2D4W A; 5GIP A; 1KTQ A; 4XIU A; 3DYA A; 2GBZ A; 3OA9 A; 3ASM A; 3C6H A; 3PO4 A; 4DV7 K; 5FPD A; 4DSJ A; 4FJ7 A; 3MXJ A; 3I56 N; 1BCM A; 4CJT A; 4FLV A; 1XC9 A; 3ZET B; 5AQR A; 4FSV A; 5HBM A; 3ZLJ A; 4JV5 K; 2O8F B; 3MDQ A; 2RPI A; 1HPZ A; 3K5O A; 5AQH A; 3ID8 A; 2V7Y A; 4LY7 A; 5M1Q A; 3J80 O; 4A57 A; 1K6Y A; 1KVA A; 1J54 A; 3H3O B; 4HUF A; 4QS8 A; 2QWM A; 3CFO A; 3SBG A; 4GKJ K; 3KJV A; 1W97 L; 4QOZ B; 3KKR A; 2UXB K; 5FRO A; 3QIN A; 3TSU A; 1L3S A; 4M3U A; 3AVN A; 4OGC A; 3PSF A; 5JMV A; 3NBP A; 3M8Q A; 4CGG A; 3V9Z A; 5BRD A; 4CF1 A; 1N32 K; 3HOS A; 4NCA A; 3QDK A; 3CJ1 A; 4Z4C A; 3KD5 E; 4CBW A; 4BE1 A; 1BI4 A; 4X66 K; 4WQ4 C; 1VQO N; 4A59 A; 4CGJ A; 4H0P A; 4UY8 O; 4O44 A; 4CGD A; 5LL6 Z; 1S22 A; 4OKK A; 3C6T A; 1WNS A; 3FZL A; 4GV9 A; 3FFK B; 5C2D A; 2OZS A; 4FLW A; 1TK5 A; 1N5Y A; 1JXE A; 2HBL A; 4CEQ A; 4BRD A; 2P9U B; 4JKE A; 4IWV A; 1YAG A; 4DFK A; 3PUF A; 1NGC A; 4OPA A; 4BWJ A; 3ULE B; 3NE6 A; 1FKO A; 2NRR A; 2UXD K; 4O55 A; 3KK2 A; 4FW2 A; 3VGL A; 1VHX A; 4LC9 B; 4B1W B; 4FOE A; 3AO3 A; 4E7K A; 4BGB A; 5M1K A; 3OYG A; 2P5O A; 1KXP A; 5TKW A; 2E8A A; 1IKW A; 2AP1 A; 2B5J A; 1XHX A; 4DFP A; 2X6N A; 1SUQ A; 4B3M K; 3V4I A; 1T6D A; 2IOC A; 4DQ8 A; 3Q7C A; 4CJL A; 1HNI A; 4RTF D; 3FGU A; 3QO9 A; 2O4I A; 5C0Y A; 2XY6 A; 1TV6 A; 2IVP A; 3SPY A; 5AFU H; 5AQY A; 3LZI A; 3ZT2 A; 4AH9 A; 2Q97 A; 1IKY A; 2QKB A; 5AZI A; 3NAE A; 1VSE A; 4DQP A; 3SMS A; 3NCI A; 1Z25 A; 3JYT A; 3OYM A; 4KHS A; 1S72 N; 3DM2 A; 3UIQ A; 5CYQ A; 1VQ9 N; 1ASV A; 1TAQ A; 2KZM A; 4C8M A; 4YOV A; 4KB1 A; 3NDK A; 3NGY A; 1OH8 A; 3RMB A; 4W5T A; 2UUB K; 1WSH A; 2ZWH A; 3SQ4 A; 2AA4 A; 2DFE A; 3M3Z A; 3PV8 A; 4H0T B; 2W6K A; 4JKA A; 3VA3 A; 3SAG A; 1C0G A; 2RE2 A; 2B4J A; 3L6Q A; 4N41 A; 1NK6 A; 4JK7 A; 3DXM B; 4CK2 A; 1KCF A; 4KB0 A; 3CPW M; 4C8L A; 1K8K A; 3THV A; 1P8Z A; 3QIC A; 3EKS A; 4CBX A; 1B9D A; 1YUW A; 2GUP A; 1NGG A; 4LSL A; 1NWK A; 3F73 A; 1ZC6 A; 5M1P A; 1T05 A; 4BQL A; 1KAZ A; 3KLI A; 3JXU A; 4CZI A; 2BGG A; 3L2W A; 3MEC A; 2HNZ A; 2VCP A; 3RTV A; 4BR7 A; 4B3R K; 3R1X A; 3B6P A; 1FXX A; 4Z4E A; 4JKD A; 4Q5V A; 2HHX A; 3AVF A; 2NLX A; 1BI4 B; 2VGN A; 1RGI A; 5C24 A; 3ZX3 A; 1UA0 A; 1KLM A; 3L2Q A; 2KW4 A; 3HTV A; 3QBX A; 1TVR A; 3OYB A; 3E9P A; 2E2N A; 2P9K B; 1QQO A; 3KWG A; 3F9M A; 4CJ3 A; 1C1B A; 3DLB A; 4YOY A; 4FO0 A; 4LSN A; 4B9Q A; 2XY8 A; 3TR8 A; 2CH6 A; 2QXL A; 3P4I A; 4A2A A; 3OS1 A; 3CJ7 A; 4KH5 A; 1GOC A; 4I9L A; 2QTD A; 3AVI A; 4B9V A; 1L3T A; 1YXQ A; 1YJ9 N; 4FWO A; 3QEP A; 4FLX A; 3UE5 A; 3DLG A; 3A2F A; 3PIO L; 4DTX A; 4FJK A; 2QWR A; 3DMJ A; 3SI6 A; 3NF6 A; 2E4L A; 4OVL A; 3R9P A; 1MWK A; 5EU7 A; 4N47 A; 2HVH A; 2XY5 A; 4JKG A; 3H3N O; 5HRP A; 2G8V A; 5BPM A; 4C8K A; 4FPB A; 3K5N A; 5KQD A; 1RFQ A; 3VEW A; 3THW B; 3SJH A; 3F2K A; 4YFU A; 1SS6 A; 1JJ2 M; 3VA0 A; 1TK0 A; 1KC8 O; 3SBT A; 4DSF A; 1JLQ A; 2ZD1 A; 4BRE A; 1NGB A; 4YNQ A; 2FSK A; 1KAY A; 4JI2 K; 2FF6 A; 5AZI B; 1CZ9 A; 2ETJ A; 2I7N A; 1Q86 O; 1EQY A; 4X64 K; 3VQB A; 3CM5 A; 2ASP A; 1QQM A; 4LD0 A; 5BRE A; 2QI2 A; 5AR0 A; 4C8O A; 1DEJ A; 1BQN A; 4NLB A; 4BRL A; 5GAD P; 4BRQ A; 4CF9 A; 4RW9 A; 1UAX A; 3J7Y P; 1U04 A; 3MEE A; 3IFR A; 1VK0 A; 4PL7 A; 3CD6 N; 3F5T A; 3AA5 X; 1JLG A; 1NK7 A; 4B8A B; 4KO0 A; 2A40 A; 4C1N K; 4DFJ A; 5JVG L; 3O3F A; 4DU1 A; 1BQM A; 2GV9 A; 3D2E A; 3CM6 A; 4ILG B; 1K8K B; 5GIN A; 3BY5 A; 1QVF M; 4PUO A; 4CJP A; 3LWL A; 3H1V X; 1JLE A; 2NRH A; 4CD3 A; 4FL9 A; 4NYF A; 3MN9 A; 2OA8 A; 4F8R A; 4CHO A; 5F2R A; 2YNH A; 1UOC A; 2FBV A; 2HHQ A; 1NJI O; 1RDD A; 2PYL A; 5FPM A; 4KHP K; 2O8C A; 4LH5 A; 4JI1 K; 2VGM A; 3QET A; 1WBD A; 4WF9 L; 1NGH A; 3AVM A; 3RMC A; 4B9S A; 3CJA A; 4WFB L; 4M41 A; 5AQT A; 4FJL A; 3VQC A; 1LWC A; 2J4R A; 4R79 A; 3SQ2 A; 4I6M A; 5AQF A; 1FK9 A; 1D8Y A; 2I5J A; 2YHY A; 2O8E A; 1NGI A; 4WQ5 C; 4CZL A; 1BDG A; 1Q9Y A; 2NRT A; 3TAQ A; 5HP1 A; 1O1W A; 1HX1 A; 2JWK A; 3BEX A; 4FWQ A; 3H08 A; 2YHB A; 5D3G A; 4BC3 A; 5F0X A; 1ZBL A; 1TYQ A; 1U47 A; 2CGJ A; 1HYZ A; 3WNE A; 1RT7 A; 1S6Q A; 5KQ8 A; 3O1W A; 4BR4 A; 4EP5 A; 3SYZ A; 4CD1 A; 1KD1 O; 2YKN A; 4CZK A; 1C6V A; 2F9T A; 3VGK A; 4EAH D; 1T7P A; 1B92 A; 1GOA A; 3OYI A; 4OLA A; 1MWM A; 4YHH K; 3QNN A; 3O9R A; 1BIZ A; 3VER A; 2QEX N; 1TKD A; 2NNW A; 2HST A; 4CJ4 A; 4GMJ B; 1NJY A; 1N36 K; 4GV6 A; 3WNF A; 3MX2 A; 2QWO A; 4DHY A; 1VRT A; 4FJH A; 3DLR A; 3LAK A; 1HR0 K; 4G9Z A; 5JS1 A; 2QKK A; 4JKG B; 4PA1 A; 1EKE A; 4IKF A; 3HP9 A; 1KVB A; 4NB4 A; 3T1H K; 2FXU A; 3CF5 L; 1IBK K; 4DTO A; 5H1S Q; 3SCX A; 4IOX A; 2D0O A; 2NRX A; 3VTH A; 4ILJ A; 3BDP A; 1HNX K; 4BRG A; 3THX B; 2E88 A; 1U45 A; 2HNY A; 1X9S A; 2KQ2 A; 2W40 A; 3WXK A; 4ZTF A; 1O13 A; 4I7F A; 3DLH A; 3VOV A; 4FWR A; 1W9H A; 1XHZ A; 5EOY A; 4PY5 A; 3M8S A; 4JI8 K; 2O8F A; 2HHW A; 1QSS A; 2O8B A; 4BRP A; 4FK0 A; 4LFB K; 2VG6 A; 3O4Q A; 4CIF A; 4WFA L; 4CJF A; 4E7I A; 3OYD A; 1FJG K; 2HMP A; 3BUZ B; 4B1Z A; 2B6A A; 3WQT A; 4JRQ A; 5AFU A; 3TU5 A; 2Z1G A; 3RVC A; 2HHH K; 4DR1 K; 3DLK A; 2OZM A; 4DWI A; 1Q81 O; 1TKT A; 1N6Q A; 4BRK A; 1Z05 A; 4CEZ A; 5ADX H; 3D2E B; 2QWP A; 3OYJ A; 4B1X B; 3NHG A; 4Q0B A; 3RWU A; 4CIG A; 4BG9 A; 3HL8 A; 3S3M A; 1HYV A; 2YI1 A; 2Q1N A; 4M3Y A; 2UXC K; 1KFD A; 3QB0 A; 1HJO A; 3MED A; 4KV8 A; 1RDU A; 4CJV A; 3ZSO A; 4W5O A; 3KWI A; 4DU4 A; 1Z26 A; 4JN4 A; 5BPN A; 5JS2 A; 3HXM A; 1HNZ K; 4DTR A; 1BGX T; 1UWB A; 4FLT A; 1QVG M; 2O8C B; 3QES A; 3HYF A; 1X9W A; 3L0Q A; 3UB5 A; 3WXM B; 3FZF A; 3QLH A; 1D9D A; 2E2O A; 4W5N A; 2O8E B; 1S1W A; 1VQ5 N; 4MO4 A; 3O6W A; 3WUH A; 2UUA K; 4J2E A; 3GG4 A; 4Z4H A; 4ISF A; 3T1Y K; 3ULE A; 1XMO K; 1MU2 A; 4ELV A; 5HRS A; 2YKM A; 4M3T A; 1IBM K; 3MXI A; 4AHT A; 4KAZ A; 1J5E K; 5E41 A; 3CCR N; 1RIL A; 4E1N A; 1TYQ B; 3THY A; 4OGE A; 3VQ5 A; 1EX4 A; 1RT3 A; 4CHN A; 2GEM A; 1SKS A; 5C10 A; 1VQN N; 3PX6 A; 5LMN K; 3O3H A; 4JS5 A; 4EIA A; 4K25 A; 4CJE A; 2G8U A; 1YIJ N; 1ZBU A; 3SUN A; 4H0O A; 5CYM A; 2VQF K; 3LAL A; 4EHU A; 2KFN A; 3CCU N; 1ZBI A; 1HKG A; 1Q18 A; 2X74 A; 2IC3 A; 3B8A X; 5T7B A; 4N56 A; 4DKW A; 4CFC A; 3O4W A; 3TSQ A; 4HUE A; 4OPH A; 3OYF A; 5GAH P; 4JKC A; 1SKW A; 3AO1 A; 3EKU A; 2GWJ A; 1VSI A; 4YDU C; 2QWL A; 2QWQ A; 3NF8 A; 3VEZ A; 3SV3 A; 3DOL A; 2WFB A; 5C42 A; 3ZCM A; 2CH5 A; 2ATQ A; 4CBU A; 1MDU B; 4JHD A; 4CZF A; 4J2D A; 4LF9 K; 3OW2 M; 2X6S A; 3GE1 A; 3QFU A; 2HBJ A; 3L8B A; 5TKY A; 4B9L A; 3MCP A; 2E5L K; 5AQM A; 1EET A; 4AHC A; 5BN8 A; 1TK8 A; 4R5P A; 4CER A; 2GX9 A; 3GL1 A; 4LF4 K; 3CMA N; 4B8C A; 4H4M A; 1DGK N; 3AO5 A; 5KGW A; 1QHA A; 1T3V A; 3AVJ A; 3O9T A; 3CET A; 3ALY A; 3LM9 A; 2OTJ N; 3RR8 A; 4Y1C A; 4O0I A; 1JL1 A; 2QWN A; 1XNR K; 1EWR A; 3O80 A; 4XH4 A; 2O8B B; 4GY2 B; 1RDC A; 3CCJ N; 4ICL A; 5AQL A; 4NO7 A; 4IBN A; 1NMD A; 3TWH A; 2QA4 N; 3L3U A; 1HJR A; 1WSE A; 2KKZ A; 3DXM A; 3VPZ A; 4CE9 A; 4BY9 C; 1HPM A; 3I33 A; 5EXW A; 3EN9 A; 3LDO A; 4LF7 K; 3MWT A; 4E3S A; 2EX3 A; 4CEO A; 3PO5 A; 5FRN A; 1HYS A; 1REV A; 2ZF5 O; 5K14 A; 1HKC A; 3VN5 A; 1OVQ A; 1WB9 A; 2Y1I A; 5J2P A; 3CQY A; 3U6F A; 4J8F A; 4DB3 A; 1YVN A; 1IG8 A; 3HPG A; 3ENH A; 2PY5 A; 4KFB A; 4B3T K; 4JLH A; 3LWM A; 1WSI A; 4JI7 K; 1L3V A; 4OKE A; 2XO7 A; 3ATV A; 1Z6R A; 3MAQ A; 1XMQ K; 3LAN A; 4ELT A; 4CHZ A; 5AQN A; 1J53 A; 4BC2 A; 4IO9 L; 3GBT A; 4FYD A; 4FWM A; 3KKS A; 2PBD A; 4IJA A; 5B8H A; 1WSJ A; 1CXQ A; 3QER A; 2P1J A; 1NMN A; 3O3G A; 2BAN A; 1JKH A; 3AO4 A; 1LW0 A; 3ZSX A; 4FK2 A; 2P9K A; 3RMA A; 3DOK A; 2HVI A; 5DK5 A; 4AM6 A; 4WQ4 A; 4FVM A; 3VEN A; 1EP4 A; 4FWS A; 1JLA A; 2W6L A; 2YNF A; 2E1Y A; 4JI6 K; 3PX0 A; 2OPQ A; 3THY B; 3NGI A; 1F21 A; 3CFR A; 5AQP A; 5BR9 A; 3O1B A; 4A5A A; 2WOM A; 1VSF A; 4YOU A; 4IJN A; 1KAX A; 4DQR A; 3SMP A; 3P5J A; 3LL3 A; 2A42 A; 4H8K A; 1NGF A; 3ZYY X; 4KHN A; 1R0A A; 1U4B A; 4C23 A; 3R8E A; 4CZJ A; 1XI1 A; 4N76 A; 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