The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
246
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structure length |
216
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Chain Sequence |
LITDQSREEFDILRYSTLNTNAYDYFGKTLYVYLDPAGTGVAAVGAYRHQFLIYGLEHFFLSESSEVAIAECAAHMIISVLSLHPYLDELRIAVEGNTNQAAAVRIACLIRQSVQSSTLIRVLFYHTPDQNHIEQPFYLMGRDKALAVEQFISRFNSGYIKASQELVSYTIKLSHDPIEYLLEQIQNLHRSDDLIIAVIMATYLCDDIHAIRFRVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Human herpesvirus 5
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| publication title |
Structure and inhibition of herpesvirus DNA packaging terminase nuclease domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TERMINASE SUBUNIT UL89 PROTEIN
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| total genus |
70
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| structure length |
216
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| sequence length |
246
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-05-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IOX A; 3N4Q A; 3N4P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1D8Y A; 3CJ7 A; 2HF4 A; 3OBY A; 3V9Z A; 3MEC A; 1EX4 A; 3QML A; 4FSV A; 4E1N A; 3AGR A; 2JWK A; 3CD6 N; 1TKT A; 1IO2 A; 4B1U B; 4Q0B A; 4M3X A; 3IG1 A; 4KH6 A; 5AQQ A; 4X64 K; 1WSE A; 4DUZ K; 2QK9 A; 1W2B M; 3EZW A; 2P9L A; 1S1X A; 3MK6 A; 1YAG A; 4DTP A; 3FZF A; 2G8U A; 3OS0 A; 1BUP A; 2F8T A; 4KHQ A; 2HB5 A; 1U49 A; 4FPA A; 1GLL O; 1MA9 B; 3U8X A; 4FOE A; 1NKC A; 2E2Q A; 3OBW A; 2WON A; 1IBK K; 3SQ2 A; 3F9K A; 2YHY A; 1IKV A; 4FJ8 A; 1IG8 A; 3ZT3 A; 5C15 A; 5EOY A; 4BR7 A; 2P9S A; 3T7Z A; 1WNS A; 4CJP A; 3NGI A; 3D2F A; 1R59 O; 3CCV N; 4O5F A; 1RDB A; 4B9L A; 1TAU A; 4Z4E A; 2O8D A; 3DYA A; 3T3F A; 4DQS A; 4IG0 A; 3P38 A; 4DTR A; 2GWK A; 4EHT A; 5E84 A; 2GEL A; 4DTM A; 3BDP A; 3EL2 A; 2ZM6 K; 1ILY A; 1X9J A; 4LFB K; 1J5O A; 4DSF A; 2GBZ A; 2WBN A; 4OKK A; 3RVC A; 3ALY A; 4MDB A; 3CF5 L; 1RT7 A; 1DTT A; 4DS4 A; 3CC4 N; 1E4F T; 4DV7 K; 4C8O A; 1W0H A; 3HT3 A; 3H46 O; 1JLB A; 4FJJ A; 5GAH P; 3HL8 A; 3QEI A; 2XY7 A; 1XNQ K; 4IJA A; 5IT9 O; 4CFC A; 4CJF A; 4M3T A; 1HYS A; 1S9E A; 4CK1 A; 4BDZ A; 2QW9 A; 1NJX A; 1KAX A; 1BQN A; 5EXW A; 1NGG A; 1VSF A; 4AHS A; 4J2E A; 4B9S A; 1TVR A; 4BRK A; 2NRH A; 5AQU A; 2HOE A; 4DFJ A; 4FWQ A; 4H0X B; 3SUO A; 1TYQ B; 5C2F A; 1XHZ A; 4GVM A; 3MXI A; 5BRE A; 3NF8 A; 2QWO A; 4GV3 A; 3QEV A; 4FK0 A; 3F2K A; 4DR1 K; 2A1S A; 1JKH A; 3HVR A; 3U4L A; 4GMJ B; 1RBT A; 3EN9 A; 4MDA A; 4H5W A; 3RR8 A; 1C0T A; 3FZK A; 4BRI A; 5FRN A; 4CD1 A; 4QS9 A; 3SBG A; 4ELT A; 4YOX A; 3HBT A; 1VQN N; 2E4L A; 1KXP A; 1RTJ A; 3OS1 A; 1TK5 A; 1V4S A; 3GL1 A; 4JS4 A; 4Z4G A; 4DB3 A; 2DTU A; 1Q82 O; 2O4I A; 4RW8 A; 3VER A; 4X62 K; 3VEW A; 4I7F A; 4ZTF A; 3HJF A; 5CE3 A; 1DEJ A; 3QFU A; 3HP9 A; 4FK4 A; 2D4W A; 1HLU A; 4GVE A; 2QEX N; 2GTD A; 3VGL A; 4CZH A; 4CZJ A; 1EP4 A; 3UB5 A; 4DV3 K; 2BAN A; 1OH7 A; 4MLH A; 3T69 A; 2V7Y A; 3D2F B; 1RT3 A; 1LOT B; 5AQI A; 3SPZ A; 4IFE A; 4BE2 A; 2O8B B; 5MLC Q; 3ZLJ A; 2E2P A; 4JKA A; 1RCH A; 1HYV A; 3LP2 A; 4OO1 J; 4FJK A; 1GLB G; 4HUF A; 3HM9 A; 3JXU A; 3K5N A; 2P9I B; 2QTD A; 3CCM N; 3L2Q A; 4GV6 A; 1BI4 B; 3O5B A; 4CEO A; 1IG9 A; 2OPS A; 2KFZ A; 3SNN A; 2VG5 A; 4G1Q A; 1FJG K; 4KFB A; 2QWN A; 1Q9Y A; 2PYJ A; 4F8R A; 2IGI A; 3QEP A; 5T7B A; 4BR2 A; 1Q7Y O; 1QVG M; 4O8U A; 3TAN A; 4B9M A; 4DQ8 A; 1IV0 A; 1Y64 A; 4DUY K; 2VWB A; 3V9W A; 4DU3 A; 4YOT A; 3CFP A; 1XC3 A; 4K0K K; 4N47 A; 3ZEU B; 3OYH A; 3VTH A; 2P5O A; 3OW2 M; 5I9E B; 4BR4 A; 5FRM A; 5AQN A; 3WNH A; 4DSI A; 2Z1G A; 3ULE A; 3BUZ B; 4LF5 K; 2ATQ A; 4YNQ A; 4FPB A; 3FLC O; 4WFA L; 3UIQ A; 3EE8 A; 1NK9 A; 2HNY A; 4FZX C; 4A57 A; 4Y1D A; 4ELV A; 2F4V K; 2OPP A; 3CHW A; 3V9S A; 3QBX A; 2P9K A; 3QLH A; 4FZY A; 4LF9 K; 2XHB A; 2F7T A; 4DF8 A; 3GDQ A; 3VGM A; 3AAR A; 4CJU A; 3PLA A; 4AQY K; 3QER A; 3WNE A; 5M1N A; 3AA5 X; 3J80 O; 3G4S N; 3MCA B; 3MWT A; 4KV8 A; 3WQU A; 1ZYQ A; 4WE1 A; 3PX0 A; 3QB0 A; 4CIF A; 1EO1 A; 5M1F A; 5H1S Q; 3IMX A; 4J8F A; 4FWS A; 3QIC A; 1Z26 A; 2FBT A; 3MN5 A; 3UKR A; 4Z0U A; 4JI7 K; 3BZK A; 4OLB A; 4XH5 A; 2GX9 A; 4W5O A; 1HUX A; 2DPN A; 1JXB A; 1GLC G; 4KI4 A; 3AO5 A; 1EWR A; 3M3Z A; 4Z4H A; 3GE1 A; 2F9W A; 4CER A; 1A5X A; 4AHT A; 2O4G A; 2OTL N; 3QIO A; 1RNH A; 1NU0 A; 1JLF A; 1RDU A; 5KI6 A; 1SS6 A; 4FZZ A; 5AR0 A; 3AO1 A; 1T7P A; 1F21 A; 5M1K A; 5AQK A; 3OYN A; 3P39 A; 3VF6 A; 1NKE A; 4BWM A; 1KFS A; 4FWO A; 5AQZ A; 3OVN A; 4CJT A; 3CCS N; 1NGE A; 1GLJ O; 3T1H K; 1QTM A; 4ILJ A; 4B1W B; 4CF8 A; 1UA1 A; 4CHY A; 4BGB A; 4R79 A; 4CEB A; 1FW6 A; 5KRS A; 3BEX A; 2UUA K; 3A5L C; 1X9W A; 1BIS A; 4M3R A; 2D0P A; 4CVN E; 1JL1 A; 3RMA A; 4CCH A; 3BZC A; 5F1X A; 3GG4 A; 4BWJ A; 3O1W A; 5GIO A; 1XC9 A; 3VPZ A; 1Q8I A; 1WSF A; 1X9M A; 4ISG A; 4B3T K; 4YOU A; 4WF9 L; 4PKH A; 4I9L A; 4BC3 A; 1K8K B; 1VQM N; 2XY6 A; 4UY8 O; 5AZJ A; 2HHQ A; 4KPY A; 5E41 A; 3V1R A; 2IVN A; 3QO9 A; 5KPT A; 1WAF A; 4E1M A; 1GOB A; 3CCQ N; 1VQP N; 1YTU A; 4JRP A; 1ASU A; 3FZL A; 2O8C B; 2YCH A; 3NVK A; 3O4N A; 3KLF A; 3NH0 A; 1TL1 A; 4DV6 K; 4FJG A; 4BRG A; 2HVI A; 1C0F A; 3S41 A; 2ZGY A; 2E2N A; 4AM6 A; 4Z4I A; 1HNW K; 2W42 A; 4FVM A; 3KK3 A; 4KHN A; 3BY5 A; 5CZ1 A; 2KW4 A; 3G6E N; 4X65 K; 2ASP A; 1K6Y A; 3DLL L; 3SZ2 A; 4Z94 A; 1HPZ A; 1YHQ N; 2G8H A; 4M7X A; 3EY1 A; 5CYM A; 5FPE A; 1ASW A; 4DV0 K; 4BE1 A; 5HRS A; 1ZBL A; 4FLZ A; 2Z1J A; 3BF1 A; 5ADX H; 4FJM A; 1MWM A; 3SJH A; 3JAM O; 4FM0 A; 2A6A A; 3MEE A; 4N56 A; 3CM5 A; 1Q18 A; 1ATR A; 3O6W A; 4LFC K; 4JHD A; 4LF6 K; 2YHX A; 1W7A A; 4NYN A; 4B1V A; 3OS2 A; 2JLE A; 3KLH A; 4ID5 A; 5C12 A; 4B1X B; 2NUB A; 1KD1 O; 2D0O A; 5HP1 A; 1BIZ A; 1IJJ A; 2OPR A; 3VMF B; 3D0P A; 1HYZ A; 3JS6 A; 1C0U A; 2NRR A; 4CED A; 4OJR A; 4CEQ A; 4EAH D; 5AQJ A; 4DSJ A; 2E20 A; 4WYB A; 4HCC A; 1NGF A; 4BR0 A; 1NGA A; 2CGJ A; 3L4I A; 4BRE A; 4AIL C; 1QHA A; 4BDP A; 3K59 A; 3RMB A; 3T1Y K; 3AVK A; 1TKZ A; 4DKW A; 4GKJ K; 4RCH A; 1OH6 A; 3KD5 E; 4CGH A; 3CQY A; 3ID8 A; 1RDW X; 3I8B A; 1SL2 A; 4BRO A; 3CG7 A; 2EX3 A; 3CJ1 A; 5KQ8 A; 1JLA A; 1NK5 A; 3NDK A; 4IEI A; 2V7Z A; 5DMR A; 1ATN A; 1FXX A; 3SLC A; 1JLC A; 1SKR A; 1EXQ A; 1SAZ A; 3AVG A; 4N41 A; 3PV8 A; 1GLA G; 2FC0 A; 4I6M A; 4B8A B; 4F3O A; 3CYM A; 1YJ9 N; 3DLR A; 3P31 A; 5AFU H; 3TTC A; 4CF0 A; 1QQM A; 1GLF O; 3DI6 A; 2D1K A; 1E3M A; 4DFP A; 4F9O A; 3NF6 A; 3WQT A; 4HHT A; 2KKZ A; 2P9P B; 4O8K A; 2QWL A; 3OYG A; 2FBY A; 2WTU A; 4JKH A; 4YOY A; 4ISF A; 1NK6 A; 4XH1 A; 4KAZ A; 3ZX3 A; 2HND A; 2FSN A; 3VQA A; 1LW2 A; 4E19 A; 4QS8 A; 4BQL A; 5AQS A; 1NK7 A; 4BE0 A; 3S9H A; 3CJ9 A; 3HST B; 3WXM B; 2G8I A; 2P9N B; 3VEX A; 4JKG B; 4DTX A; 3QBW A; 1NK8 A; 4CHN A; 2PFU A; 4JHD B; 2YNH A; 4XEI A; 4CJ3 A; 4CF2 A; 3DRR A; 1K8A O; 3WXL A; 4DTS A; 3HK2 A; 4CK3 A; 4JI5 K; 4CJ7 A; 2IIR A; 3AO3 A; 5BRD A; 1J53 A; 3J81 O; 1IBM K; 2E6M A; 2YHB A; 1NGH A; 1IBL K; 4H03 B; 4DFM A; 3M8Q A; 3LM9 A; 3DWL A; 4O0J A; 3VF2 A; 5AQG A; 5AQO A; 5LJW A; 3ZYY X; 4PL7 A; 4OGC A; 4DTJ A; 2D0C A; 4BR5 A; 1HJR A; 1VHX A; 1SQK A; 1ITG A; 3C7N B; 3F5T A; 4YFU A; 2ZJR L; 2B4J A; 4IEE A; 1TK0 A; 2UYT A; 4ID1 A; 1TYQ A; 2VG7 A; 3FR0 A; 5HLF A; 4B9T A; 1EKE A; 1OH5 A; 1EQY A; 3SAG A; 3IDH A; 3PIO L; 3IRX A; 4GV9 A; 3P83 D; 1A5V A; 3TAM A; 4WFB L; 5LL6 Z; 4DFK A; 4IOC L; 4FJ9 A; 2F96 A; 3VQQ A; 4DTO A; 3P1G A; 4JKE A; 3L8B A; 2NLX A; 1VQK N; 4Z4F A; 4PA1 A; 3NAE A; 2PZS A; 5EY4 A; 3SBT A; 4IXC A; 1SUQ A; 4DMN A; 2YJF A; 3O08 A; 1RBS A; 3WNF A; 2VYP A; 3AA2 A; 4I2P A; 4I6M B; 5HOO A; 1U4B A; 5DK5 A; 3AVF A; 5BPL A; 1MWK A; 3HPG A; 3KK7 A; 4JK9 A; 4JI3 K; 4A61 A; 4YOR A; 3L3V A; 1VSI A; 2I5J A; 2QI2 A; 2BDP A; 2YV0 X; 3CJB A; 4TSX A; 4DLE A; 1ZBI A; 3K2P A; 4CZE A; 3SCX A; 3OHR A; 3LAL A; 4BRC A; 3VQB A; 4IKF A; 1BOT O; 5FLX O; 4WQ5 A; 5CZ2 A; 4DQI A; 3ZSX A; 5F0X A; 1M90 O; 2B6A A; 3V6D A; 2O8B A; 1Q9X A; 2AA4 A; 1YF5 L; 1R0A A; 2HNZ A; 4I9Q A; 4KHS A; 1J6Z A; 4RG8 A; 4M42 A; 3HI0 A; 2H3G X; 2G8F A; 3FZH A; 3L2V A; 1IKW A; 2E8A A; 2P9I A; 3K5M A; 4H0P A; 1WUA A; 1BI4 A; 3K58 A; 3U3Y A; 1RT6 A; 4ZTJ A; 2X6N A; 1VQ7 N; 1XWL A; 3JYT A; 4CJK A; 5GAD P; 4BQZ A; 3OYA A; 1RBV A; 3U9Z A; 4RW4 A; 3KLI A; 2A5X A; 3IKM A; 3ULD A; 1C1A A; 3C6U A; 4GY2 B; 1J9A A; 3IUC A; 5C25 A; 3RSE A; 3C94 A; 3TAB A; 4M3W A; 4FCY A; 4QOZ B; 1VSK A; 4RWT A; 3WNG A; 3IFR A; 4RTF D; 1TAQ A; 3K5O A; 3L0Q A; 3U6F A; 4L8R B; 2QA4 N; 3ZEU A; 1S6Q A; 1IH7 A; 4JD2 A; 1B9F A; 2ZWH A; 2QWR A; 3I55 N; 1KRP A; 1NK0 A; 2E6L A; 2Q0R A; 1HKC A; 1RDC A; 4KH4 A; 4ISE A; 3LAM A; 2RHK A; 3DMJ A; 3LDL A; 1RTD A; 1YIJ N; 5TKY A; 4U7B A; 1VQL N; 1SL0 A; 3E9L A; 3DXM B; 3E9O A; 3AV9 A; 3D45 A; 5EX5 A; 2E5L K; 5KPR A; 3CPE A; 3AGK A; 3KLE A; 3OYF A; 4WFN L; 1VQ9 N; 1NJW A; 4EIA A; 4CZF A; 3CCL N; 1KAY A; 3QEX A; 4JYA K; 1OVY A; 3C6A A; 3H3O B; 4CEC A; 4CZG A; 4JS5 A; 4ZHR A; 3B6O A; 1BO5 O; 4L3Q A; 4DU4 A; 1SZ2 A; 1D9D A; 3LWM A; 3ZSW A; 1NGI A; 4H0V B; 1DT9 A; 1VQ4 N; 5FDL A; 1NKB A; 1KVA A; 2QKK A; 2UUB K; 3QNN A; 1NJI O; 3HTV A; 3RR7 A; 3VQP A; 4U67 L; 4CJL A; 3J7A P; 1HRH A; 3HM8 A; 2ASM A; 1QVF M; 4FWP A; 3C0B A; 4CJR A; 1WB9 A; 3OYK A; 4F2R A; 3A2F A; 4OKE A; 5EU7 A; 3MAQ A; 4O5B A; 4EHU A; 2YHA A; 4IBN A; 4GKK K; 1CLQ A; 2FXU A; 3PUF A; 4E3S A; 3CC2 N; 1JJ2 M; 1TK8 A; 4CJQ A; 5KRT A; 3S3N A; 3CPW M; 4MFB A; 3L2R A; 2P5G A; 4FJL A; 2HBM A; 3DRS A; 3HYF A; 1YJW N; 2HST A; 4F3T A; 3I56 N; 3ZT1 A; 2W41 A; 3D2E B; 3O1B A; 4E1J A; 5JLH A; 3AAQ A; 4FWN A; 3RSE B; 1BA0 A; 1NBW A; 3MN7 A; 4JRQ A; 4JAX A; 1L5U A; 2D0B A; 3K9J A; 1Q81 O; 2Q2R A; 4DQQ A; 1QQC A; 4CJ5 A; 1RTI A; 3A5N C; 2ITG A; 4BRA A; 2ZJQ L; 1QSY A; 3RMD A; 4JD2 B; 4LC9 B; 3SYZ A; 4BC5 A; 2HMP A; 5CYQ A; 3H1Q A; 1K8K A; 2VGN A; 2CGL A; 2OCE A; 1N5Y A; 4KHW A; 3DLG A; 4CK2 A; 1ZBF A; 4LSL A; 4CEA A; 5AJ3 K; 4JK7 A; 2F8S A; 1BCO A; 4XIU A; 5AQV A; 1ATS A; 4A62 A; 2V51 B; 2O8C A; 3MN6 A; 3L6Q A; 3NFA A; 2EHG A; 2ZGZ A; 3M8R A; 3CXC M; 4DSE A; 2VQE K; 1D4X A; 3TSQ A; 3L2U A; 4JV5 K; 3C95 A; 2NZT A; 4HTL A; 4CGG A; 1FKO A; 4KKO A; 2HHS A; 2DFH A; 4EP4 A; 1YT3 A; 1BG3 A; 3CMA N; 3O80 A; 3KIO A; 4CZL A; 4KHY A; 1TKD A; 2HBK A; 1LCU A; 3AY9 A; 3G0Z A; 4LH5 A; 4IZ9 A; 1T8E A; 5I42 A; 3OJS A; 2HHH K; 3TSP A; 1BA1 A; 4H0O A; 1WBD A; 3V9X A; 1D5A A; 1RTH A; 2WOM A; 2WC9 A; 3O4Q A; 3DLK A; 1P8Z A; 4CBX A; 3D7E O; 4CZM A; 4BR9 A; 2O8E B; 1KFD A; 3HOT A; 5AQY A; 2DFE A; 5KGW A; 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