3NF7A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf7A00
4CJLA 1QTMA 3C6UA 4E7LA 1JLFA 4CK2A 1HRHA 3P5JA 4O0IA 4IG3A 3NCIA 4C8LA 4F3TA 4DLEA 3KD1E 1LWFA 1SV5A 4FM0A 4FK4A 1TKZA 3AA2A 1SL0A 3RMBA 4CGIA 4Z4IA 4IFYA 3A2FA 3MEGA 3V6DA 3K5LA 4B9TA 3OYFA 4LSLA 2G8HA 3KIOA 4BWJA 3QEIA 4DQIA 4RW9A 5HRRA 2YNIA 3QO9A 3MEDA 4DLGA 4DFKA 4DSKA 4FJIA 1BQNA 3AO4A 3I8DA 1A5WA 4BE2A 1XI1A 4FLVA 3LANA 4CJ3A 2QXFA 3BGRA 3O4QA 3RRGA 4M3TA 4QAGA 1NK5A 4QCLA 3HYFA 4FW2A 3OYNA 1WSIA 4LD0A 3ZSOA 1X9MA 4CGJA 1RT7A 2WOMA 3TAEA 1YTAA 5E41A 4FLUA 2A1RA 1D5AA 1VSLA 3P1GA 2IS3A 4FZYA 3ISNC 1VSIA 4CEAA 2XHBA 3QEWA 2VWJA 3SQ2A 1RTIA 2QKKA 3UIQA 1TL3A 2E6MA 1U04A 1VRUA 3HM9A 3OYKA 4OVLA 3LZJA 4OGCA 1REVA 3AVHA 4OKEA 5CY4A 1ZBHA 3S9HA 1RDBA 4JS5A 4F2SA 1QSSA 3ZT1A 2F8SA 4CERA 5C25A 4M41A 3AA3A 4KHUA 2QKBA 4ELUA 4KB0A 4N56A 4LY7A 3JYTA 3C6TA 4KHSA 4H8KA 3LZIA 2KTQA 1JXBA 2Z1HA 2AJQA 4FZXC 5SZTA 3PV8A 4DSIA 4F8RA 4OLAA 3RMCA 4KREA 2XRIA 4FJ7A 4OGEA 4Q0BA 4AILC 2LSNA 1NKCA 4AHTA 1RBRA 4E19A 1KCFA 2WONA 3L3UA 2E4LA 2DY4A 2HNZA 2Z1IA 3FFIA 2Y1IA 4DU3A 3AVAA 4JRPA 1Q9XA 3V9XA 1L3SA 4FJNA 1D9FA 3VQ5A 1WSGA 3MXMA 2R7YA 5DMRA 4PY5A 4JRQA 4FXDA 4DTRA 4KHWA 3OJSA 4N5SA 1NOYA 2PZSA 3HJFA 4DSLA 1BGXT 2X74A 1C1BA 2KQ2A 3ZCMA 2OPQA 3ZT4A 4M3WA 2OPSA 1Q9YA 1TKDA 1XWLA 4OPKA 2OA8A 3ALYA 1NKBA 5KRSA 1TGOA 4DS4A 1JLEA 4CEBA 4CJEA 3K57A 2XY8A 1K6YA 4F4KA 3QIOA 3NH1A 1LW0A 4WE1A 3L8BA 1HQEA 1WLJA 3IG1A 5HROA 4CJSA 2HHUA 4JS4A 1S9EA 3RMAA 3OYCA 1Z26A 1NJYA 3LPUA 1KSPA 1WN7A 4J2BA 4FJ5A 1BL3A 4DTOA 2ITGA 1RT2A 2FC0A 4Z0UA 4C8OA 2O4GA 1JXEA 3OYJA 4OKJA 4CK1A 4BE1A 1L3UA 2IGIA 3NF6A 3C94A 1JLAA 4Z4GA 1WSFA 4CGDA 3S3OA 3VA0A 1BCMA 3I0RA 1VSDA 2YNGA 5CYQA 5DK5A 3ZT0A 1VSKA 1UA1A 1RDDA 2YHAA 2Z1JA 3C95A 1X1PA 5CZ2A 4DTSA 1CXUA 1TK0A 3LPTA 3PX6A 1HYVA 3TANA 4KRFA 2NUBA 3IAYA 2B6AA 2XO7A 2FBYA 1YT3A 2G8IA 3P83D 1U48A 4C8KA 3KKRA 4PA1A 5KTQA 3QLHA 4YFUA 1EXQA 4NCGA 1VK0A 5FROA 3O3FA 3HVRA 3SJJA 3I0SA 4GMJB 3M8PA 5HP1A 1XHZA 4O44A 2PYJA 3K5NA 3MECA 4Z4CA 5T7BA 3EY1A 1T7PA 1VRTA 3LAKA 3WNEA 4DG1A 3K59A 5J2MA 3CG7A 1WSEA 4C8MA 5HRPA 1VSMA 2OZMA 4KAZA 1Y97A 2HW3A 4O0JA 3TAMA 3VQBA 4BDPA 4H4OA 4OKKA 4KPYA 4E1MA 4N41A 4FJJA 5K14A 1ZBFA 4HUEA 1CZ9A 3SQ0A 1J54A 1O1WA 3HP6A 4HCBA 4KTQA 4KI6A 3IRXA 4LSNA 3U3YA 4CEDA 4FJLA 4NYFA 1X9SA 5KGXA 3ZSWA 4ID5A 3ZSVA 4E7KA 3DOLA 1SL2A 2PYLA 2HVIA 1FXXA 4AHUA 2OPRA 3LWLA 2P1JA 4DFJA 3TARA 4KHYA 4B9MA 1SKRA 4TSXA 2X6SA 4CHZA 3SUQA 3HSTB 4B3OA 3NF8A 1YVUA 4KB1A 2B5JA 4CIFA 1J53A 4FZZA 3U6FA 3NDKA 1B92A 2P5OA 2IOCA 4DQSA 2W42A 3V81A 3AVIA 3LAMA 1J5OA 1KTQA 2ETJA 4UQGA 2P5GA 3DRSA 1WAFA 2VWKA 3B6PA 3CFOA 1RCHA 4N47A 4CJ5A 2YHBA 3OYEA 3KK3A 3DRRA 4MFBA 2G8WA 1RT3A 2ZE2A 2ZQBA 4CJ4A 4FJHA 4BACA 5HLFA 3S3NA 3BDPA 1B9DA 2RKIA 1RT6A 2IAJA 1MU2A 2JLEA 4CJQA 3F73A 3V9WA 1QSLA 4F2RA 5KI6A 3VQQA 4M3XA 5EU7A 2HHTA 3QERA 5SWMA 2KZZA 4CHYA 4CCHA 4EZ6A 3T19A 4I9LA 4CEEA 3L2RA 3VQ6A 3VQCA 1B9FA 1UAXA 2QK9A 4PUOA 3LP0A 4BWMA 2E6LA 4FJ8A 1C0TA 3LP3A 3ZT3A 3OS1A 3SUPA 1NJZA 3WNHA 3H08A 2HMIA 4B9LA 4CGHA 4M3RA 4W5NA 1GOAA 3SI6A 1LWEA 3DLGA 2KW4A 3ITHA 3ZT2A 1VSFA 3KLIA 4DF4A 3SNNA 3ASMA 2ATQA 1ASUA 2Q3SA 3V9ZA 4IBNA 4KO0A 3MXIA 3S3MA 1RT5A 4ID1A 3AA5X 1EX4A 4AHCA 4ZTFA 1ZYQA 4Z4EA 3AVJA 1RBTA 5FRMA 2KFZA 3LP2A 3AO3A 2RN2A 1KRPA 5J2NA 1IH7A 3PO5A 2HHVA 3DLEA 1LAWA 3SCXA 1I39A 4CEZA 5CYMA 3IS9A 4GVMA 1D8YA 3NGYA 3SUOA 3T1AA 3B6OA 2I5JA 3VQ4A 4CFAA 2DFEA 5I42A 5KRTA 3OYGA 2HVHA 1UWBA 4RW6A 1WAJA 2VG5A 4CF0A 3TWHA 4FLZA 1NJWA 3SPYA 4ICLA 1YTUA 3HVTA 4NCAA 1S9GA 2D0CA 3DOKA 4CGGA 1JL2A 4CF2A 4DU1A 3RRHA 4FJGA 1TK5A 3DI6A 4ZTJA 3RWUA 3EYZA 3L2UA 1UOCA 3VQAA 3HXMA 4B9VA 4K8ZA 4CFDA 3NAEA 3JSMA 1G15A 1VSJA 1N5YA 3HO1A 1RBUA 4FM2A 3K2PA 2G8UA 1RTJA 4CJFA 3HPOA 1QQCA 4FLYA 1HPZA 4CEFA 4CHPA 1RDAA 2HNYA 4ELVA 4PWDA 3WNGA 3K58A 4DFMA 3ZSRA 3V1QA 4CJTA 4CHNA 3RR8A 1U4BA 3OYBA 3KLEA 1D9DA 1JLCA 1RDCA 2O4IA 3OJUA 1WSJA 4CJRA 3PY8A 3TR8A 3NHGA 3V1OA 3AA4A 4CE9A 3K5MA 1RT1A 1W9HA 1L5UA 3KLHA 4DMNA 4FLXA 1CLQA 4ZHRA 3HK2A 3AVFA 4QOZB 2RF2A 4CJWA 3CM6A 1ASWA 3NF9A 3D45A 3AVMA 4CHQA 3KJVA 3CFPA 3OYIA 4IDKA 1T8EA 4AHSA 4CJVA 3D0PA 1BCOA 3KLGA 1BI4A 3M8SA 1XC9A 1HYSA 4L8RB 1NK7A 1Q8IA 3CFRA 4I7FA 1TL1A 4KV8A 1KVAA 1TV6A 3K5OA 1T03A 1C1CA 3PO4A 1L3TA 3SQ1A 4DSFA 3NGIA 4B8CA 3O4NA 3DYAA 3SV4A 1DTQA 4OLBA 1IKXA 3RTVA 2Y1JA 3AO5A 3SPZA 3L3VA 3OS2A 1TKTA 4I2PA 4J2AA 3VQ9A 4CF9A 4HCCA 1IKYA 4J2EA 2A1SA 3SYZA 2YKMA 3MXJA 1HJRA 3AVBA 1S1UA 1QSYA 1KVCA 1RNHA 3SQ4A 3VQDA 4CECA 1RTDA 1BI4B 4RW7A 3SUNA 2FBXA 4N76A 4BDYA 3HPHA 4DWIA 4FJKA 4KI4A 1A5VA 4DS5A 2FBTA 4NYNA 3VQPA 4KTWA 1JLQA 2OYQA 1KFDA 2DTUA 4EZ9A 1U45A 1NK9A 1C0MA 4FJMA 1QS4A 1FKOA 4HVJA 4FYDA 5C42A 5JS1A 2PY5A 1S1TA 2XY6A 3L2VA 1DLOA 4JLHA 3KTQA 4KTZA 4GW6A 4CJKA 2BE2A 2Z1GA 1L3VA 1KLNA 3OYDA 3V4IA 3V1RA 1WNSA 3NE6A 1BIUA 4LH5A 1LW2A 4CEOA 4O55A 3ZSZA 1HNIA 3AVNA 4E7HA 4CESA 4EP5A 2KZMA 1DTTA 5HBMA 3SZ2A 4Z4HA 3QNNA 3G10A 3KD5E 4B08A 1CZBA 1HQUA 4M3ZA 3DRPA 4CF8A 4W5TA 1NK0A 4K8XA 4CFBA 1LWCA 5JS2A 4B9NA 1TVRA 2DFHA 2D0BA 3PX0A 2HNDA 3OYAA 1C6VA 1QE1A 1RBSA 1F21A 2EX3A 4IFVA 2KFNA 1TKXA 3OY9A 1RBVA 2X78A 4NCBA 4AH9A 4FCYA 4CF1A 3VQ7A 3NGZA 1A5XA 1CXQA 3OYLA 3QETA 4LH4A 3VQ8A 3M8QA 1RILA 4Q5VA 4DTNA 1BQMA 1TK8A 3G0ZA 2OPPA 3E01A 4FLTA 2VG7A 1NKEA 1VSHA 3L2WA 1QHTA 1LV5A 1HNVA 3AO2A 2JGUA 1S5JA 3NBPA 4I2QA 4W5OA 2YKNA 1WSHA 2HHWA 3VA3A 1KVBA 3QNOA 5I3UA 4PQUA 1Z25A 3MAQA 4FM1A 3DMJA 1X9WA 2GV9A 1FK9A 1EETA 1ASVA 4DF8A 3TAQA 3O3GA 1J9AA 4M42A 4DSEA 4DQRA 4KFBA 2XY5A 1GOCA 3PUFA 3CQ8A 4MQ3A 1C1AA 4Y1CA 4DQQA 1VSEA 4FW1A 2VG6A 3F9KA 5HRSA 3SV3A 4E7JA 4HUFA 3NH2A 3QEXA 3DLHA 4Z4FA 4EP4A 3DLKA 3LWMA 4FK2A 3MEEA 1U49A 4CIEA 3TI0A 2GUIA 3AO1A 4DTXA 4CEQA 2RPIA 3ZSYA 4ELTA 3QEVA 2EHGA 4DTPA 1SUQA 1KFSA 3DLRA 1NK6A 3OYHA 2FBVA 4CHOA 3AVCA 4CGFA 1ZBLA 1SL1A 1LAVA 2BDPA 4DQPA 2HHQA 4DU4A 2F8TA 4F3OA 4I9QA 4DTMA 4E7IA 4RW8A 5HRNA 3THVA 1BIZA 3QINA 3QESA 1RT4A 4R5PA 2YNFA 3KK1A 1I3AA 3KKSA 4G1QA 4C8NA 3HP9A 1BISA 4H4MA 3AVLA 4FVMA 1TAQA 3T3FA 3DLBA 4B9SA 1HMVA 5FRNA 4HHTA 3TAGA 2BGGA 3V9SA 1S6QA 3RR7A 2IC3A 5J2PA 4CFCA 4DFPA 4M3YA 2OZSA 1FKPA 2D5RA 4M45A 4M3UA 4W5RA 3TAFA 3ULDA 1JKHA 4BE0A 4E89A 3VQEA 2G8VA 3WNFA 4IKFA 1BHLA 5KGWA 4KKOA 1JLBA 4KHQA 4O5BA 3VN5A 4HUGA 1XHXA 2X6NA 4CJPA 5CZ1A 4DTUA 3NH0A 1NOZA 3RMDA 4BDZA 4FJ9A 1ITGA 3PX4A 2HHSA 5FDLA 3EZ5A 3CM5A 2B4JA 1JLGA 3HPGA 3LP1A 4RG8A 4HTUA 4CK3A 4E3SA 4DTJA 3QEPA 3KK2A 1JL1A 3M8RA 1T05A 1N6QA 3CYMA 3NF7A 1GOBA 1S1WA 3OS0A 2G8FA 3HT3A 4OJRA 1C0UA 2IDOA 2D0AA 3DM2A 2G8KA 2XY7A 4O4GA 2HHXA 1S1XA 4B8AB 4FLWA 2P51A 4CJUA 5D3GA 1S1VA 2F96A 4E1NA 1S6PA 3U3GA 3KLFA 1IKWA 1NK4A 1EP4A 2DFFA 4AHRA 2BANA 1ZBIA 3QIPA 3ZSXA 2YNHA 3OVNA 3V9UA 4AHVA 1SKWA 3AV9A 1KLMA 4RW4A 2ZD1A 1IO2A 4KHNA 1ZBUA 5C24A 3LALA 2YV0X 3ZSQA 3NFAA 3HL8A 5J1EA 4W5QA 1IG9A 1NK8A 3OYMA 4FJXA 1RTHA 1HYZA 2HB5A 3L2QA 3O3HA 2GBZA 4IG0A 1U47A 4FK0A 4XIUA 4DSJA 4J2DA 1IKVA 1TAUA 5J2QA 1W0HA 4YNQA 4E0DA 1R0AA 1NJXA 4CIGA 1UA0A 1SKSA 1EKEA 3TABA 3TAPA 3AVKA 3LDSA 4Y1DA 4B9UA 4OPJA 3AVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EKSA 3NCIA 4F3TA 3P5JA 1HUXA 4C8LA 4V19S 1GLFO 3FFKB 3A0IX 3KD1E 1LWFA 1EWQA 3WXJA 4BC2A 5KQ8A 4Z4IA 2YCHA 5AR0A 3K5LA 4B9TA 3OYFA 4CZIA 5LMUK 2PAVA 4JD2A 4DFKA 1X3NA 2E2PA 2NLXA 4DLGA 4H0YB 4FJIA 1BQNA 3I8DA 1A5WA 4BRKA 1U6ZA 3LANA 5F0XA 3BGRA 1NK5A 3HYFA 1NGGA 4LD0A 1DKGD 2WOMA 5BPMA 1VSLA 4DR7K 3PIPL 3CIPA 3UIQA 3HM9A 3SBGA 4G9ZA 3OYKA 4OVLA 4OKEA 4A2AA 4DUYK 1QSSA 3ZT1A 4CERA 4MDBA 3AA3A 4GKJK 4KB0A 3LDLA 4CBWA 4DR1K 2Z1HA 4FZXC 3PV8A 2QEXN 4KREA 4JN4A 4E19A 3CCRN 4CZMA 2Y1IA 1Q9XA 3MXMA 4PY5A 2NNWA 4JRQA 1NGDA 4KHWA 4X65K 2Q0RA 4DSLA 2X74A 1C1BA 2OPQA 3ZT4A 1BO5O 2OA8A 1BWFO 4DS4A 2XY8A 3QIOA 5AQJA 3A8YA 2V52B 4O5FA 3L8BA 1HQEA 3THXA 4ILJA 3RMAA 3OYCA 2H3GX 3LPUA 4YOXA 5GAHP 4FJ5A 1BL3A 4B1VA 1RT2A 2UU9K 3VTHA 3OYJA 3MK6A 3WXKA 3C94A 1JLAA 1IBMK 4Z4GA 4CGDA 3VA0A 5BN8A 3WQTA 2F9TA 3PIOL 2YNGA 5DK5A 3ZT0A 2E1ZA 2Z1JA 1TK0A 4U67L 3P83D 1U48A 4BY9C 3KKRA 4YFUA 1EXQA 3O9SA 2PYJA 3K5NA 1T7PA 4DG1A 5J2MA 2HW3A 1Y97A 1T3VA 3TAMA 1HKBA 2V51B 3IDHA 4OKKA 5K14A 4HUEA 4KTQA 3SQ0A 1O1WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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