3NF7A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf7A00
1JL2A 4FJ5A 4CF1A 1L3TA 1VSDA 4Y1CA 1HPZA 2VWJA 2QXFA 3AA3A 4FZXC 3LZJA 4DSLA 3ZT2A 5CZ1A 1UWBA 4M45A 1SKRA 2YHAA 3DOLA 3L2VA 3MXIA 1U04A 4CF0A 1EXQA 1WN7A 3SZ2A 1RBVA 1KFSA 4ZTJA 3V1QA 3ZSWA 1DTQA 3ZT3A 2HVIA 3VQQA 3O3FA 4DS4A 3PO5A 1JXBA 3NBPA 3LANA 1WSGA 4PUOA 4N76A 1A5XA 4QCLA 3AO1A 1XI1A 3KK2A 4M3XA 4W5RA 4EP4A 1FKOA 4CJLA 4AHUA 3LP2A 1S6QA 3LWMA 1FK9A 3QNOA 1X9WA 1WLJA 3KD5E 4FM2A 3RTVA 4CEAA 3TARA 2I5JA 1BI4A 1IKVA 4FYDA 4NYNA 4CEOA 1RDBA 1WSEA 5D3GA 4FJLA 3SCXA 2ITGA 3NH0A 4RG8A 3AVJA 3AVHA 1KFDA 4HTUA 1TV6A 4ICLA 3SV3A 3PX4A 4FLVA 4CIEA 3KTQA 3HP9A 2D0AA 4DQIA 3WNHA 3V9ZA 4FK2A 5K14A 1J9AA 4CGIA 2FBTA 5HRRA 3HK2A 1JLQA 4IG3A 3V9XA 1NKEA 1ITGA 2ATQA 3HVTA 4FJHA 3LP0A 4HUFA 4CJRA 3QEXA 4C8MA 1IO2A 4C8NA 3M8SA 2PY5A 1S9EA 4E1NA 3QNNA 5J2MA 4CHQA 2LSNA 3ZT0A 3M8QA 4Z4IA 3C6UA 4UQGA 4ELVA 1NK4A 1F21A 3NF7A 3SQ1A 3AVBA 4KV8A 4KFBA 1QHTA 2Z1IA 4KKOA 4CESA 3TAPA 1A5VA 2A1RA 3SUNA 3K5LA 3MEGA 3K58A 4KRFA 4OLAA 2HNZA 4DTJA 5KI6A 5JS1A 4CIGA 1JLFA 3OS1A 1Z25A 4EZ6A 2D0BA 4M41A 2IAJA 4FVMA 2HHQA 3VQ9A 1C1BA 4CE9A 4DF8A 1X9SA 1B92A 4FW2A 1VK0A 3KLGA 3VQ8A 4AHRA 5J1EA 1BQNA 2YKMA 4DLGA 4DTUA 4CJFA 3LPUA 1TKZA 4WE1A 1T03A 3EZ5A 2XY5A 3KJVA 4JS4A 4FZZA 3NH1A 4DSFA 3V9UA 4CJPA 3QIOA 3NFAA 3SYZA 1UA1A 1QS4A 3BGRA 2OYQA 1EKEA 2YHBA 3CM6A 2KFZA 1NJZA 5I3UA 3TI0A 2OPRA 3VQ6A 3DLKA 3OYLA 3OYHA 1BIUA 1NOZA 3E01A 5C24A 3VA0A 4E89A 4DQQA 4FJ7A 2D0CA 3OJUA 1YTAA 2XY8A 4ZTFA 3OJSA 1VSHA 2PYLA 1JLCA 1QSSA 2FC0A 1RT4A 1UOCA 2HHXA 3JSMA 2GUIA 4B9TA 5SZTA 1TL3A 4FLWA 2FBXA 3PO4A 1FKPA 1ASUA 1CXQA 4MQ3A 4OPKA 3V6DA 1QSLA 4F4KA 3LDSA 1BCOA 4JS5A 5HP1A 3DLEA 4HHTA 1JLEA 2VG6A 4BE1A 2XRIA 2KFNA 1TKDA 1VSEA 3TANA 3A2FA 1TL1A 1W9HA 3RRHA 2O4GA 1RDCA 4DU1A 4E3SA 3KLIA 3WNGA 4CGDA 3QERA 3TAMA 3SQ2A 3SI6A 3RR7A 1C0TA 1WSHA 1CLQA 3IRXA 3O3HA 2G8VA 1HYZA 4DTNA 4BDYA 4ID5A 3VQDA 1FXXA 1Y97A 2IGIA 4OVLA 1A5WA 3SPYA 2RF2A 1RTIA 5KRSA 5E41A 1RT1A 2PYJA 4HUEA 2KQ2A 1S9GA 3AVKA 1KTQA 4CEFA 1VSFA 3LWLA 2X78A 3VQ4A 5HRPA 4DTXA 3AVNA 4DFPA 3AA2A 1IKYA 3KK3A 3KD1E 5KTQA 2HHWA 3K5OA 3U3GA 4FZYA 3EY1A 4KO0A 3HXMA 3MEEA 3CQ8A 3K5NA 3DLBA 1RT2A 1DLOA 3DLHA 2KW4A 4CHPA 2DTUA 4LY7A 3OYAA 2OPQA 1EP4A 1G15A 4OGCA 5J2QA 2HHVA 1WSJA 1REVA 3VQBA 3RMCA 3L2UA 3WNFA 3QESA 1NK5A 1B9DA 3HPOA 2RKIA 5JS2A 2OPSA 2Y1JA 1D9FA 4EP5A 1RILA 3LAKA 3L2WA 1SKSA 1Q9YA 3VQ5A 1L3SA 3T19A 1J5OA 4KTZA 1S1VA 4DG1A 5HBMA 4CF9A 3NE6A 2AJQA 1RT7A 4Z4FA 4Z4EA 1QE1A 4DSKA 2G8IA 2KTQA 5DK5A 4DTSA 3DMJA 1DTTA 3OS0A 4CJWA 4B8CA 4FLUA 4OGEA 3NHGA 4CECA 3VQPA 1HNVA 3HPHA 4F8RA 3MEDA 4O5BA 3EYZA 5KRTA 1NK0A 3AVMA 3DLRA 3F73A 1S1TA 2BE2A 1NK7A 1D8YA 3PX0A 3AA4A 3ZCMA 2PZSA 5FRNA 2EHGA 4O0IA 4DTPA 3SUPA 1HMVA 4JLHA 3DRSA 3OYJA 3SV4A 2IDOA 3V1RA 4CGFA 3L8BA 4CEEA 3AVIA 1XC9A 3SNNA 3K57A 2QKKA 2X74A 4N56A 3O3GA 1Q9XA 3HO1A 3CM5A 3TR8A 2HHUA 4PQUA 1VRTA 4DTRA 1GOAA 4FK0A 4YFUA 4Z4GA 1JXEA 4DTMA 1L3UA 4IBNA 3RR8A 5C25A 2A1SA 3ZSXA 4W5NA 3AVFA 4LSLA 3HL8A 3AO4A 3NCIA 3S3OA 4B9SA 4DTOA 1C0UA 3KIOA 4RW7A 3G0ZA 4CJ5A 3RMDA 1SL2A 2HW3A 4IDKA 3TAQA 4E7JA 1NJYA 4M3WA 3NGYA 4FJGA 3DM2A 2DFHA 5FROA 4KHSA 4LH4A 5T7BA 3OYDA 3TAEA 1N5YA 4BDPA 3DI6A 5CY4A 4IKFA 4F3OA 3RMBA 4C8OA 4CGGA 3KLEA 2DY4A 3OYBA 1KCFA 3FFIA 4DQSA 1SUQA 4NCGA 1VSIA 4PWDA 3PUFA 2HNDA 4CJEA 1GOBA 1RBTA 4DFJA 2WOMA 3PY8A 4KTQA 1I39A 1RT3A 2OPPA 3IS9A 4IFYA 3OYFA 4CEZA 3NDKA 4C8KA 1S1XA 2OZSA 4DSJA 3CFOA 1LV5A 4CGHA 3H08A 3TAFA 4CJTA 4F3TA 1NKCA 1WSFA 5CYMA 4FLYA 2W42A 1SKWA 3KLFA 2ZQBA 4J2AA 4CHZA 4E7KA 4DQPA 1YVUA 1TGOA 2VWKA 2XY6A 4IFVA 3BDPA 1TKTA 4CJQA 4FJKA 3MXJA 1VSJA 4KTWA 1RDDA 3DLGA 3VQ7A 1QQCA 3ZSVA 3OYGA 4RW9A 3NGIA 2YKNA 1RTDA 4F2SA 3ULDA 4HCCA 3THVA 1LW0A 2QKBA 4O0JA 5CYQA 2GBZA 3VQCA 1T8EA 4CHYA 4OKJA 5J2PA 3QEWA 3V81A 4AHCA 3K5MA 2X6NA 3P83D 3PX6A 2FBVA 4BDZA 2HHSA 2B6AA 4E7IA 4ID1A 4NYFA 4FJIA 4JRQA 4B3OA 4KAZA 1J53A 1SV5A 3P1GA 4KI4A 4CJ4A 1IG9A 2QK9A 3CG7A 4CJSA 4C8LA 1T7PA 4NCAA 1RT6A 4DU3A 4AHVA 1BIZA 1RNHA 1ZBUA 4YNQA 1WAJA 4OPJA 1RBUA 3ZSOA 3DYAA 2G8HA 5EU7A 4CJ3A 1JKHA 5FRMA 4M3UA 3UIQA 2YNIA 4NCBA 4H4OA 2XHBA 4HCBA 2BANA 3NF8A 2G8KA 2F8TA 4BWJA 1HRHA 1KVAA 3ZSRA 4CEBA 2G8UA 3NF6A 1TK5A 1BI4B 1TKXA 4OJRA 4DS5A 5C42A 2WONA 1SL0A 4J2EA 4HUGA 4E1MA 1W0HA 3NAEA 1TAQA 4HVJA 3AO3A 2XO7A 1ZBFA 4FLTA 4CFBA 1ZBIA 1TAUA 1D5AA 2JGUA 4L8RB 3ZT4A 1RBRA 4CHNA 1BHLA 4AHSA 3L3UA 3L2QA 4H8KA 3LPTA 1LW2A 2JLEA 4DMNA 4E19A 3D45A 2FBYA 3O4NA 1TK0A 2GV9A 4RW4A 3I0RA 4DSEA 1NJXA 1B9FA 2P5OA 2B4JA 3S3MA 1U48A 3RMAA 3VQAA 3I8DA 4BACA 4CEQA 3HM9A 3ZT1A 4DQRA 2YV0X 3L2RA 1KLNA 2DFEA 4GMJB 4FJNA 1QSYA 4FJ9A 4B9NA 4QOZB 4OLBA 3QINA 1C1AA 3KK1A 2ETJA 1S6PA 1BISA 3OYIA 4PA1A 4PY5A 4B9VA 3SPZA 3V4IA 4N47A 2IC3A 3AVGA 3S3NA 2Z1HA 4O44A 4DFKA 3NGZA 4AILC 4KHWA 3IG1A 1XWLA 1KLMA 2F96A 3C95A 3G10A 4AH9A 4AHTA 3VN5A 4Q5VA 3OYNA 1XHXA 3AVAA 4IG0A 4BE0A 4E7LA 3SUOA 1O1WA 4KREA 4ELTA 3ZSQA 2HNYA 4CGJA 2YNFA 3ZSZA 4Q0BA 5J2NA 4RW6A 1S1UA 2Z1GA 3KKSA 3C6TA 4N41A 4CF8A 5FDLA 2B5JA 4BWMA 1KVCA 4DFMA 2Y1IA 2ZE2A 1BL3A 3DRRA 3I0SA 4FLXA 1RTJA 3B6OA 3NH2A 3VA3A 1U47A 4B9MA 1HYSA 1EETA 1NK9A 4JRPA 2HVHA 3MAQA 4DF4A 3V1OA 1U49A 3AV9A 4LSNA 3O4QA 1WSIA 3M8PA 1CZ9A 4FM1A 1LWCA 4KHNA 1VSMA 1UA0A 4G1QA 4J2DA 3VQEA 3AO2A 3P5JA 1KSPA 4CFCA 1VSKA 1RBSA 1ASWA 2E6LA 3K59A 3D0PA 1XHZA 2BDPA 4KI6A 2Z1JA 1LWEA 2DFFA 3SQ0A 4M3ZA 4K8XA 1S1WA 4F2RA 1HJRA 1Q8IA 3OYMA 1U45A 4FJJA 4FJXA 4M42A 2G8WA 1HQEA 3F9KA 3AVCA 4CJKA 1HYVA 4KHUA 4EZ9A 1NK6A 4FJMA 2VG5A 4FK4A 4B08A 3OS2A 3U6FA 4W5TA 2XY7A 1WAFA 4CK2A 4TSXA 1CXUA 3HT3A 2P1JA 1LAVA 2X6SA 3LAMA 4FW1A 1NKBA 1TVRA 1TK8A 1BCMA 4Z4HA 1Z26A 1ZBLA 3SUQA 4I7FA 3SJJA 3TAGA 4J2BA 4CHOA 4KPYA 1WNSA 5DMRA 3DOKA 4LD0A 4M3RA 4KHQA 4M3TA 3HPGA 3KKRA 2OA8A 1VSLA 2O4IA 1ZBHA 1J54A 3HVRA 5I42A 3AVLA 1ZYQA 4B9LA 4CERA 3AA5X 3HSTB 4W5OA 4KHYA 5CZ2A 1T05A 4H4MA 4Z4CA 4DU4A 1R0AA 2YNHA 2G8FA 3OVNA 4M3YA 5HRSA 4RW8A 5SWMA 5HROA 4DSIA 1S5JA 1RDAA 3DRPA 1MU2A 5KGXA 1YT3A 3CFRA 3MECA 1X9MA 3IAYA 3KLHA 4XIUA 3RRGA 5KGWA 3LALA 1VRUA 2HHTA 3U3YA 1HNIA 3ALYA 3CYMA 4I2QA 4OKKA 4CJVA 4CF2A 3OYKA 5HLFA 4DWIA 3QETA 3OYEA 4I9QA 3QLHA 1BQMA 1LAWA 4B8AB 2NUBA 4LH5A 1KRPA 4CIFA 4DLEA 2ZD1A 1L3VA 3LP3A 1C6VA 3QO9A 1D9DA 1RT5A 3CFPA 1ASVA 4GVMA 4I2PA 3C94A 4ZHRA 3HYFA 3TWHA 1GOCA 3LP1A 3HP6A 4CJUA 1IH7A 3JYTA 3HJFA 2F8SA 4CFAA 4E7HA 1NOYA 4R5PA 1X1PA 1C0MA 4CK3A 3OYCA 2RN2A 1RCHA 2HB5A 4E0DA 1YTUA 3QEPA 2Q3SA 4KB1A 3NF9A 4I9LA 4O4GA 3TABA 4Y1DA 1JLBA 1JL1A 1UAXA 3ASMA 2HMIA 2D5RA 1SL1A 3LZIA 2VG7A 4FXDA 2P51A 4K8ZA 1KVBA 3ISNC 3S9HA 4CCHA 2E6MA 2YNGA 1K6YA 4OKEA 3V9SA 1U4BA 3QIPA 4FM0A 2R7YA 3OY9A 3V9WA 1CZBA 3ZSYA 1I3AA 4ELUA 2BGGA 4CEDA 4QAGA 4CK1A 1IKXA 3K2PA 3SQ4A 4B9UA 1RTHA 1BGXT 1JLAA 3ITHA 3WNEA 4N5SA 4W5QA 3QEIA 1NJWA 4BE2A 2IOCA 1JLGA 4Z0UA 3B6PA 1EX4A 4KB0A 3T3FA 2EX3A 3T1AA 1L5UA 1QTMA 2IS3A 1NK8A 3PV8A 4O55A 4FJ8A 4CFDA 1HQUA 3M8RA 3MXMA 4MFBA 4FCYA 1IKWA 2KZZA 2P5GA 2RPIA 2OZMA 2KZMA 3AO5A 4FLZA 1LWFA 3L3VA 5HRNA 2E4LA 1C1CA 3RWUA 1N6QA 3QEVA 4GW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BY9C 4CF1A 2FXUA 1VSDA 3WXJA 4Z94A 4FWKA 1C0FA 1NJIO 5EOYA 1UWBA 3O9UA 4ZTJA 3V1QA 2ZWHA 2HVIA 3FE1A 4PUOA 1A5XA 4QCLA 3CJCA 3KK2A 3A5NC 4M3XA 4W5RA 4CJLA 2QWPA 1FK9A 1HR0K 2GUPA 3EN9A 1WB9A 4BQZA 3A5LC 1RDBA 1ZBSA 3AAPA 4DV6K 5AQFA 2ITGA 3SCXA 1KFDA 3PX4A 4CIEA 3KTQA 2D0AA 3HRGA 4IEEA 3JAMO 4F9OA 3V9ZA 4FK2A 4LF8K 5K14A 1J9AA 4YOXA 3L6QA 2P9KB 4ILGB 4HUFA 3NVKA 3M8SA 1S9EA 2IVNA 3R8EA 5J2MA 2I7PA 2WFBA 4CHQA 1KAYA 1F21A 3SQ1A 1QVGM 3ZX2A 5KI6A 3WT0A 3OS1A 2YHYA 4FWQA 4BRAA 4EZ6A 2HHQA 4H0XB 1JCFA 4CE9A 3C6AA 3KLGA 4AHRA 2YCHA 1BQNA 4DLGA 4RWTA 3LPUA 1T03A 4JI8K 4FZZA 4JS4A 3NH1A 3NFAA 1GLCG 1QS4A 2OYQA 1EKEA 2YHBA 1T3VA 4AF1A 4M63C 3CERA 5I3UA 3HI0A 3DLKA 3OYHA 1BIUA 1NOZA 2ZF5O 4EHUA 4FJ7A 4M7XA 1JLCA 1UOCA 2Q0RA 3FZLA 3JSMA 1Q86O 2VYPA 1OVQA 2FBXA 1FKPA 4B1ZA 4F4KA 1N33K 5GIOA 3PLAA 2CGJA 3A0IX 4JS5A 5HP1A 3DLEA 4HHTA 4BE1A 5M1QA 1VSEA 1W9HA 3RRHA 3DXMA 3RR7A 1IV0A 3KLIA 3WNGA 3QERA 1CLQA 1HYZA 4JD2B 1NGIA 4BDYA 4MDBA 5C0YA 3VQDA 1FXXA 4BC2A 2A42A 4OVLA 1A5WA 4O8UA 5AQTA 1RTIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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