3NF7 | Genus

Total Genus 56

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	56
sequence length	153
structure length	149
Chain Sequence	SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7294728365935135__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7294728365935135__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3NF7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7294728365935135__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7294728365935135","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3NF7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7294728365935135__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design pubmed doi rcsb
molecule keywords	Integrase
total genus	56
structure length	149
sequence length	153
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2010-06-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	3nf7A00

4W5TA 5EU7A 4CJPA 4CGFA 1YTUA 3DRPA 3HK2A 2KQ2A 2OYQA 3NF8A 4KV8A 4E1NA 1SKSA 2IDOA 3VA0A 3KLHA 3ZCMA 1ITGA 3AV9A 2ITGA 2P1JA 4CEDA 3QEIA 1RBRA 1U4BA 1NJXA 4HCBA 2KFZA 1D8YA 2FBXA 1DLOA 3IS9A 1RDCA 5FDLA 4AHSA 3LWLA 3LAMA 4NCBA 5KTQA 1VK0A 1CLQA 1TKDA 4CJ4A 3ZT4A 1IH7A 4DQRA 4IFYA 3HL8A 4GMJB 3AVCA 1RT5A 1VSKA 3MEEA 4BWMA 3DOLA 3CYMA 3CQ8A 1T05A 4ELTA 4CHPA 3CG7A 3S3MA 1NJYA 5HLFA 1FK9A 1RDDA 2AJQA 1VSIA 3LANA 1N5YA 2YNHA 1JLQA 3ITHA 1NOZA 4FW1A 4KHNA 3M8RA 1FKPA 3DYAA 4Z0UA 5K14A 3AVKA 4E1MA 3V4IA 1FKOA 4JLHA 3NAEA 2BGGA 1D5AA 2Q3SA 3V1OA 3OS0A 3ZSRA 1UA1A 3PX0A 3RTVA 1XHZA 1X9WA 1RNHA 2O4IA 2KZMA 4PUOA 1C0MA 2OPSA 3O3GA 5KRSA 3ZSZA 2YKNA 1YVUA 3ALYA 4CJ3A 1NKCA 3NF6A 4CK3A 5C42A 4HHTA 3PO5A 4C8KA 5D3GA 2I5JA 4CFBA 1WSIA 4E7KA 2HHTA 3T3FA 1QS4A 1JL1A 3AVMA 4KKOA 3KTQA 2DFEA 3KLEA 4J2DA 3O3HA 3ZSYA 1BCMA 2X78A 4AHVA 2NUBA 1G15A 4F3TA 4I2QA 3WNFA 3ZSVA 1VSDA 2WONA 4FJHA 2QK9A 1BI4A 4B9NA 2KZZA 3AO1A 4LD0A 1NKBA 1GOAA 4I9QA 3U6FA 2YKMA 2BDPA 4CEQA 4OJRA 4FW2A 2YHAA 3AO2A 4Y1DA 4CF0A 1NK7A 1HNVA 2D0BA 3VQ4A 1B9FA 1BI4B 2BANA 3KLIA 1TL3A 4RW4A 3V9WA 1KRPA 1UWBA 3AA3A 3OS1A 3OYLA 4Z4FA 1X9SA 4DU1A 4BDPA 4OLAA 2HNYA 3V1QA 5HRPA 4K8ZA 2A1SA 3AVIA 3KK3A 3L2QA 3SNNA 1BIUA 4DFKA 1HYVA 3TAFA 4DSKA 2XHBA 4L8RB 3OYFA 4DG1A 2WOMA 1IKXA 1TV6A 4LH4A 2FC0A 2EX3A 4LH5A 4KI4A 3K59A 4CJEA 2DY4A 4WE1A 3WNGA 4B8AB 4CHZA 3K57A 3CFPA 1HQUA 2PZSA 3HO1A 1TKTA 3B6OA 3DI6A 2E6LA 2Z1HA 3ZT1A 4F4KA 4KHQA 4CHOA 4CEBA 3QNNA 3L3UA 3MEDA 3QEVA 1RT3A 4DTUA 1EX4A 4KFBA 3SQ0A 1Q9XA 3DLHA 3V9SA 1RT6A 3PO4A 1DTQA 3SI6A 1IKVA 1TKZA 4O4GA 5KGWA 3NCIA 4FCYA 3RMAA 1T8EA 3VQPA 4EP4A 3NH1A 3HVTA 4BE0A 1FXXA 3HSTB 2D0AA 4Q5VA 3WNHA 3K5NA 2O4GA 5FRMA 3KLFA 1RTJA 4DF4A 1XWLA 3VQAA 2P51A 1KLMA 1RT2A 4E3SA 4CFDA 1NK8A 1RDBA 4PQUA 2HVIA 4OLBA 3SUQA 1NKEA 1A5VA 1MU2A 2VWKA 2DFHA 3VQEA 4OKJA 1O1WA 4M3RA 4Z4HA 1KVCA 1RT4A 4OPJA 1NK0A 4ID5A 5KI6A 3V1RA 1UOCA 4PA1A 4Z4IA 3DM2A 4CJWA 1R0AA 3NF9A 1GOBA 3KKRA 3O3FA 4M45A 4CEAA 4B08A 3AO4A 4C8NA 2HHQA 1WSJA 3ZSXA 3SZ2A 5SWMA 4IFVA 4CJVA 1TK8A 4C8LA 1ASWA 1KVBA 2GBZA 3KK2A 1HYZA 3AA5X 4FLYA 3QEWA 4DQIA 3MXJA 1T7PA 3ISNC 1C6VA 5DK5A 4Z4GA 1BQMA 2HNZA 4DLEA 3RR7A 4CJQA 1JLFA 2GV9A 1Z26A 4NYFA 3HJFA 3IG1A 2QKBA 1I3AA 1BHLA 3RMCA 1VRUA 1KSPA 4KRFA 3OYIA 4DQQA 4CEOA 4CF2A 4XIUA 3NGYA 2OZMA 4KB0A 4ZTJA 5J2PA 3MXMA 4CHYA 4JS4A 1S9EA 3OS2A 3D0PA 5JS2A 3EZ5A 1S1VA 3O4NA 4H4OA 1B9DA 2VG6A 3VQQA 1L5UA 3NDKA 4FJ5A 1ZBHA 2HHWA 5KGXA 3S3OA 2RPIA 4W5QA 4CJUA 4KPYA 3NHGA 3M8SA 1ZYQA 4BE1A 1KLNA 5CZ1A 4CERA 5JS1A 1NK4A 1U04A 3DRRA 1A5XA 4FYDA 2YHBA 3AVBA 1RTIA 4DTXA 4RW6A 2DTUA 3AVLA 3PUFA 3AVAA 3OYCA 4KHUA 3QEPA 2KTQA 1LAWA 4JS5A 2ZQBA 4M3YA 4GW6A 2G8KA 3G10A 4F3OA 4CGHA 4DFMA 3D45A 2PYJA 4FZXC 3LALA 2W42A 5HBMA 3VQ9A 3ZT3A 4ICLA 4OGCA 3LZIA 1JLCA 3KLGA 3T1AA 4J2EA 2YV0X 1SL1A 5HRNA 4GVMA 1Q9YA 5C24A 4CHQA 4CJTA 4CEFA 1JLAA 1IKWA 3QO9A 3E01A 4DMNA 3LP1A 1KCFA 3RRHA 4FJ7A 3VQ8A 4FVMA 4MQ3A 2B6AA 1XI1A 2FBTA 2KW4A 1J9AA 3DRSA 3DMJA 4IDKA 4BE2A 3V6DA 3TAEA 3C94A 4CEEA 4CJKA 3EY1A 3CFOA 1S1WA 4BWJA 2XY7A 1LW2A 4DSJA 4ZTFA 1C1AA 1F21A 1LW0A 4KO0A 2YNIA 4CGJA 3ZSWA 4CJLA 1HPZA 4CF8A 1KTQA 1HRHA 4O44A 5SZTA 1EP4A 3QIOA 3SUPA 1VSJA 3WNEA 4HCCA 4KTWA 3AVFA 1VSLA 1SKRA 4R5PA 4M3ZA 2VWJA 4FXDA 3TAMA 4KTQA 4CIEA 3V9ZA 4O0IA 2IGIA 2HW3A 4B9SA 3AO5A 4HUFA 1LV5A 1GOCA 1RT7A 2D5RA 2IC3A 3LP3A 2G8HA 1VSMA 4B9MA 1X1PA 1S6PA 3ZSOA 1C0TA 4OGEA 3K5LA 1UAXA 3LWMA 1LWEA 4HUEA 1EKEA 3MAQA 4FLVA 3QEXA 3SPYA 3RR8A 1WNSA 3QLHA 1SUQA 4DQSA 2B5JA 4CF1A 1TKXA 4KAZA 1Z25A 3I0RA 4AH9A 3JYTA 1HYSA 1JL2A 2ZD1A 1C1CA 1DTTA 1C1BA 3AVGA 4FJNA 4NCAA 1JKHA 3FFIA 4ELUA 1L3TA 1RTDA 4FLTA 1HQEA 2HNDA 2HHUA 3VQDA 4E89A 1NOYA 1VSFA 4CGGA 3L2UA 3RMBA 4M3TA 3TI0A 3MEGA 4KHSA 3QIPA 3DLEA 4DFJA 3NH0A 1WSGA 3OYHA 4CHNA 1B92A 4N5SA 2XY6A 3F9KA 1QSYA 1BISA 1CZ9A 3G0ZA 3DLGA 3HYFA 4CJ5A 1RT1A 5J2NA 3SQ4A 2G8VA 4IKFA 3UIQA 4FLZA 1HMVA 4Q0BA 4AHCA 4KI6A 4Z4CA 3OYAA 3O4QA 4B8CA 4DU3A 4F8RA 1BCOA 5J2QA 2FBYA 1LWCA 4CGDA 3HVRA 4AHUA 1VSEA 4DTRA 4FK2A 1NK6A 4CECA 5KRTA 3TANA 4FJ9A 3QETA 3U3YA 4J2AA 3TAQA 3IRXA 3LDSA 1NJZA 1D9FA 2XY5A 3S3NA 4DTNA 4B9LA 3DLRA 1W9HA 3HP6A 1JLGA 2FBVA 3KKSA 4O55A 4W5RA 4E7LA 3QESA 2PYLA 2P5GA 4FJJA 4O5BA 4FZYA 2Z1JA 4DTOA 2OZSA 2HVHA 3HXMA 1CZBA 3LPUA 3P83D 3EYZA 4DS5A 2OPRA 5HROA 4FJKA 4DWIA 4BDZA 2LSNA 3K5MA 3KK1A 1ASVA 2RKIA 3L3VA 4H8KA 3V9XA 3DLBA 1S1TA 3TARA 3SQ2A 1TK5A 1SKWA 1LWFA 2YNFA 4CGIA 4TSXA 4DTJA 1IKYA 4JRPA 2P5OA 3NF7A 1TAUA 3C6UA 1W0HA 2IS3A 2X6SA 1WLJA 3NFAA 4C8OA 3P5JA 2Z1IA 5J1EA 5T7BA 3VQ7A 4DU4A 3K5OA 3A2FA 1JLBA 4KHYA 4OVLA 1JXBA 1L3UA 2XRIA 1SL0A 1J5OA 2A1RA 1RBUA 4M42A 1KFDA 5E41A 3LP0A 4QAGA 4FK0A 4OKKA 3SUOA 4I9LA 4ELVA 3U3GA 2ATQA 4DF8A 4DSIA 4IG3A 5HRSA 3JSMA 3PV8A 1X9MA 4LSNA 1S5JA 2KFNA 4HTUA 4HUGA 4FM1A 3OYBA 4IG0A 4NCGA 5HP1A 3C6TA 4KREA 4DQPA 4RW7A 4CF9A 4CIGA 2GUIA 4YNQA 4FJIA 5CZ2A 3OJUA 4B9TA 4JRQA 2R7YA 4DTPA 4E0DA 3T19A 4N56A 3TAGA 4CFAA 4W5OA 4RW8A 2HMIA 2RF2A 3NGZA 5HRRA 3SPZA 2PY5A 1KVAA 4FJMA 4FM0A 1TL1A 2ZE2A 1S1UA 4M3XA 3TWHA 1N6QA 4LSLA 3OY9A 1KFSA 1RILA 1U47A 3LP2A 3OYKA 1YTAA 4FLWA 4M3UA 2YNGA 3CM5A 3OYEA 4QOZB 4CE9A 2QXFA 3K2PA 3L2WA 1C0UA 4DFPA 3L2VA 1I39A 5DMRA 2JLEA 3OYGA 3VQBA 1EETA 4HVJA 4CIFA 1ZBUA 3L2RA 1SL2A 2HHSA 1D9DA 4E19A 1EXQA 1RBSA 4YFUA 4FZZA 3SV3A 4AILC 3F73A 3OYJA 3V81A 1LAVA 2X74A 3NGIA 4DS4A 3AVJA 4E7HA 2F8SA 3LZJA 3TABA 1NJWA 4FJLA 1HNIA 1QE1A 3P1GA 4CFCA 3OYNA 1ZBLA 4AHRA 4BACA 2OPPA 3HM9A 5I3UA 4OPKA 1S6QA 1HJRA 5C25A 3QNOA 3OJSA 4FJGA 4F2RA 1YT3A 4KTZA 4CK2A 4CJRA 4KHWA 4I2PA 4CCHA 1ZBFA 3S9HA 3ZT0A 1BL3A 4M3WA 1WAJA 2IAJA 1WSFA 4O0JA 3SV4A 3TAPA 4RW9A 3CFRA 2F8TA 2BE2A 4DTMA 1A5WA 1TVRA 3IAYA 3NE6A 1VSHA 3AA2A 2Y1JA 1U45A 1NK5A 3CM6A 2HB5A 3VN5A 4IBNA 3I8DA 5FRNA 3RMDA 2ETJA 4G1QA 1QSLA 3BDPA 3AVHA 2X6NA 2XO7A 4DTSA 2HHXA 2VG7A 5FROA 3SCXA 2G8WA 2OPQA 2G8UA 1U48A 3RWUA 2EHGA 1WAFA 1QHTA 3KIOA 1QQCA 4DSLA 4RG8A 3SJJA 4EZ9A 1IG9A 3K58A 1T03A 4MFBA 1QTMA 1CXUA 1TAQA 3VQ5A 3DOKA 3PY8A 2Y1IA 3HP9A 2E6MA 1JXEA 1XHXA 1RBTA 4QCLA 1L3SA 1UA0A 3SQ1A 2RN2A 2Z1GA 3AO3A 3L8BA 3HPHA 5CY4A 4NYNA 4B9UA 3OYMA 3AVNA 3NBPA 3HPOA 1WSHA 3MXIA 2F96A 4I7FA 4EZ6A 2JGUA 4C8MA 3VQCA 1Q8IA 4FM2A 4N76A 3V9UA 3KD5E 1IO2A 1BGXT 1RBVA 3ASMA 3H08A 4CJSA 3THVA 1L3VA 4B9VA 1J54A 3M8QA 4OKEA 1ASUA 4CJFA 4DLGA 3SUNA 2D0CA 3BGRA 4M41A 3TR8A 4B3OA 4FLUA 4KB1A 3DLKA 5CYQA 3M8PA 2G8FA 4FJXA 4J2BA 1SV5A 4FK4A 1RCHA 4DSEA 1K6YA 2IOCA 4DSFA 3KD1E 4H4MA 1RTHA 5I42A 4ID1A 2HHVA 3SYZA 3VQ6A 4PWDA 4W5NA 1ZBIA 4E7IA 4N47A 2VG5A 1WSEA 2DFFA 3RRGA 3HT3A 4Y1CA 1RDAA 1BQNA 3LPTA 1VRTA 1XC9A 1U49A 3C95A 3B6PA 4BDYA 3PX6A 4LY7A 3ZSQA 4AHTA 2OA8A 1BIZA 1S1XA 4K8XA 3MECA 4PY5A 4EP5A 4Z4EA 2XY8A 3AA4A 4ZHRA 1WN7A 4CEZA 2B4JA 3LAKA 3ZT2A 3HPGA 3PX4A 3VA3A 2G8IA 3KJVA 3I0SA 3OYDA 3QERA 1NK9A 1JLEA 1TK0A 1QSSA 4CESA 3ULDA 4F2SA 1Y97A 5CYMA 5J2MA 4CK1A 4FJ8A 4E7JA 3OVNA 4N41A 1J53A 2QKKA 1CXQA 1REVA 3QINA 4FLXA 2E4LA 3NH2A 1S9GA 4UQGA 1TGOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JWL A;  4ILG B;  1YTU A;  4FWK A;  3DRP A;  4KV8 A;  2IDO A;  4KH5 A;  4CED A;  5IWA K;  1OVY A;  1U4B A;  4HCB A;  2FBX A;  3AAR A;  4K41 A;  3J7Y P;  5KTQ A;  1ZBS A;  1TKD A;  4CJ4 A;  1IH7 A;  4DQR A;  1NGJ A;  4GMJ B;  4IFY A;  3WXJ A;  2E5L K;  4JKC A;  1RT5 A;  4BWM A;  4A5B A;  3H1V X;  1T05 A;  4B3T K;  3CG7 A;  3CF5 L;  1FK9 A;  1VSI A;  3KK7 A;  1V4S A;  3ITH A;  4FW1 A;  3E1Y A;  3VMF B;  4KHN A;  5K14 A;  3CJB A;  4JLH A;  3QML A;  5TKY A;  2Q3S A;  3OS0 A;  1UA1 A;  3TTD A;  3ZSR A;  3HI0 A;  2O4I A;  1FW6 A;  1YAG A;  1C0M A;  3ZSZ A;  3CC4 N;  1YVU A;  1X3N A;  4CJ3 A;  1BG3 A;  4CK3 A;  1NNE A;  4E7K A;  4KKO A;  2DFE A;  3WUH A;  4AHV A;  3H6E A;  3KWI A;  1BI4 A;  2OTL N;  2P9N A;  3D6R A;  1M1K O;  2ZJR L;  3U6F A;  3IFR A;  4CEQ A;  3AO2 A;  2D0B A;  2BAN A;  2Q0U A;  3K9J A;  1GLJ O;  4BDP A;  4OLA A;  3NVM A;  5HRP A;  3AVI A;  4L8R B;  5JLF A;  3TAF A;  4FWM A;  2WOM A;  1IKX A;  3LDP A;  4LH4 A;  2FC0 A;  4LH5 A;  4R79 A;  5GIN A;  4KI4 A;  5AQX A;  3K59 A;  4ISF A; 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3NF7A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations