3NF7A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf7A00
4M3YA 4B9MA 4EP5A 4CHQA 1T03A 4F3TA 4DQIA 4QOZB 1RDBA 1S1XA 5CYQA 3LANA 3LPUA 1B92A 1RBVA 3KLEA 5DK5A 3U6FA 1S6QA 1W0HA 2ZD1A 4RW9A 4F4KA 3K58A 2YNHA 3M8PA 4E7KA 2JLEA 5HBMA 3HT3A 1NJYA 3D45A 1BQNA 2WOMA 3P1GA 4E1NA 3KLHA 3SUQA 4CIEA 1NKBA 5KI6A 4CIFA 4CGDA 4HTUA 3PY8A 3VA0A 2O4GA 3CG7A 3AVLA 4O55A 4B3OA 1S9GA 2D5RA 1C0MA 4HCCA 1TGOA 3ITHA 4B8AB 4DTPA 3SQ4A 4FLYA 2HNDA 1VRTA 4CHOA 3AVKA 4JS5A 2KW4A 5K14A 3DRSA 3SPZA 1RILA 1EX4A 4DSFA 4CJWA 3ZSRA 3NCIA 3NBPA 1REVA 5HRRA 2KFZA 3V1RA 3UIQA 1BL3A 2BANA 4FLZA 4FJXA 1ZBHA 1KVBA 4ICLA 3EZ5A 4CHNA 3NDKA 3V9SA 3QESA 3HM9A 4B9VA 1R0AA 2IAJA 4W5OA 3ZT3A 3MAQA 3QEVA 4RG8A 4DU3A 4CK2A 2GBZA 4E1MA 2W42A 3K5MA 3RTVA 5KRSA 1RT1A 1ITGA 3O4QA 3HP6A 3SV4A 3AO2A 1RT2A 3WNHA 2KZMA 3K57A 4O44A 3TAMA 3E01A 4BE1A 4KKOA 4DLEA 1BHLA 3HPGA 4KHNA 5FRNA 5HRSA 4HCBA 5JS2A 3DOLA 3WNEA 4ELTA 4RW8A 2DFFA 4FM0A 4NCAA 3ALYA 4ID1A 2GUIA 1HQUA 3LWLA 4E3SA 3SQ0A 3OS0A 3RMDA 3V1QA 1CZ9A 1WSJA 3DRRA 4DTXA 2LSNA 4K8ZA 2Q3SA 3V9ZA 1KLMA 3RRGA 4M3ZA 2HB5A 3VQ5A 3HJFA 3RMCA 5C42A 1C0TA 4GW6A 3QEWA 1U49A 4OPJA 1NKCA 4Z4GA 4AHCA 4KTQA 3G10A 1C1BA 1JXEA 4H4MA 2D0BA 2G8HA 2F96A 1Z26A 5JS1A 4BWJA 4CF2A 4KI6A 2WONA 3DRPA 3MEGA 3O3GA 2QKBA 1RCHA 1RT3A 1Q9XA 1KRPA 2RF2A 5DMRA 4F2RA 3SCXA 1B9FA 4DQRA 2XY6A 1SKRA 4BE2A 4LSLA 4QAGA 3DLEA 4CJLA 1Q8IA 1Z25A 3M8SA 3OY9A 4GMJB 1FK9A 4DSEA 4CFAA 3OYDA 3NGYA 4M3TA 3AO3A 3DYAA 4GVMA 3QETA 2OZSA 4F3OA 3ZT1A 1C6VA 3ZSVA 1A5XA 1JL2A 3WNGA 4AHVA 3TABA 4FJLA 3AVHA 1RT5A 1SKWA 4CJTA 1D5AA 2OPQA 2X6SA 4LH4A 4O5BA 3OYJA 4CHPA 2HHWA 2I5JA 5FROA 3IS9A 1DTQA 3LZIA 2HHTA 3AA2A 1JLAA 1HRHA 1KVAA 4KV8A 2E6LA 2QXFA 4AHTA 1NOZA 4KO0A 1L3VA 4FYDA 4NYNA 3MXJA 3NE6A 3VQDA 4FJMA 3BDPA 4FZZA 3AVFA 3S3NA 4FJGA 2RN2A 3IRXA 4CJPA 3CYMA 3I8DA 3OYGA 1XHXA 2OYQA 3SJJA 1NK5A 4E19A 1NOYA 4CJSA 4W5QA 5KGWA 2BDPA 3RR8A 4FCYA 4E0DA 3VQQA 3DLGA 4HVJA 1HNVA 3QINA 4CFDA 3KKSA 4YFUA 4FLXA 3V9XA 2YHBA 3C6UA 4CJVA 4AHUA 3OYIA 3SUNA 1BQMA 4FJNA 4OLAA 4OVLA 3ZT4A 1QTMA 4DLGA 4Z4IA 3RRHA 3NF7A 3B6OA 3CFPA 1VSFA 4IKFA 3PX4A 1CZBA 3QEXA 1BCMA 2D0CA 3NH0A 3OJSA 2Y1JA 3ZSOA 4FM2A 4BDYA 3EY1A 3VQAA 3ZSWA 4YNQA 1HQEA 4CEFA 1EXQA 2YKNA 4KHQA 2D0AA 2HNYA 2Z1HA 3O4NA 3NFAA 5SZTA 4FM1A 4DF8A 2OZMA 3KD1E 3QLHA 4UQGA 4DTSA 3SUPA 3ASMA 2FC0A 3DLBA 3KD5E 5CYMA 4CGIA 4E7JA 3AO5A 4CFBA 1U04A 4C8MA 1VSDA 3ZSXA 3LPTA 4G1QA 1I3AA 1SV5A 3QIPA 1RTIA 4BDPA 4E89A 4FXDA 2QKKA 4CEAA 3L2UA 3SZ2A 4PQUA 1MU2A 1F21A 2YNIA 4JRPA 2ZQBA 2YV0X 3F9KA 3QO9A 3S3OA 1HPZA 2Z1JA 1RBTA 4RW6A 4NCBA 1JLEA 3ZSZA 4ID5A 4E7HA 1X1PA 1I39A 2XO7A 2B5JA 1IH7A 3DLHA 1BCOA 4WE1A 3H08A 3HVTA 2DFEA 3LZJA 3L2VA 1U47A 1RTDA 3V81A 3HK2A 2F8TA 3V4IA 4Y1CA 1D8YA 4DF4A 3OYBA 4RW4A 4LD0A 3KK1A 1SL0A 1S5JA 3RWUA 4JRQA 4FJ9A 4DQQA 4CESA 3AVGA 1RTJA 3SQ2A 4CJKA 3K2PA 1ZBLA 1RBRA 3VN5A 4B9UA 5C24A 2HVIA 4C8OA 1RBUA 4B9LA 1WSHA 1TKTA 3TARA 1VSLA 2Z1IA 2VWKA 2HHUA 3SNNA 4ZHRA 2ZE2A 1T8EA 1YT3A 3QIOA 4FVMA 5KTQA 4L8RB 5KGXA 4NCGA 2VG7A 3MEEA 4CEOA 1NK0A 1JLFA 3OVNA 4KPYA 1UOCA 2XY5A 4CEDA 4MQ3A 1VRUA 1WSGA 4IFVA 2XY7A 4DFJA 1BI4A 4DWIA 1WSIA 3V6DA 4OLBA 4Q0BA 3KLFA 4PWDA 1GOBA 1TAUA 3KKRA 1D9FA 4DFMA 3NGIA 4N41A 3QNNA 4B9TA 3I0RA 3T3FA 3CFOA 1JLBA 1S1UA 3O3HA 2YNFA 4AHSA 5J2QA 4Z4EA 1J5OA 4FJ7A 4DU1A 3TAGA 3JSMA 4O4GA 4FZXC 4B9NA 3NGZA 1UA0A 1HJRA 4AILC 4B9SA 1IKWA 4BDZA 2EX3A 4BWMA 4CGHA 3AVIA 5HRNA 1UA1A 4KI4A 4H4OA 4QCLA 3HSTB 3BGRA 2PY5A 4CF0A 1L3UA 3TANA 2EHGA 1KTQA 3S3MA 1YVUA 1NJZA 4EZ9A 5C25A 1NK8A 3IAYA 4HUEA 4PY5A 4FK0A 1SL1A 2KQ2A 3SV3A 4CK1A 3EYZA 4KB1A 2Y1IA 1WSEA 1TL1A 3L2RA 4M42A 4OJRA 1ZBUA 4CGGA 2ATQA 5I42A 3LAMA 3TAPA 3SUOA 1KCFA 3MXIA 3HYFA 3NF8A 3PX6A 4M3XA 1XI1A 2DY4A 2X78A 1TAQA 4HHTA 3KJVA 1KFSA 1L5UA 3QEPA 2X74A 4M41A 3V9WA 3PO4A 4B08A 4ZTFA 4M3UA 1BI4B 5I3UA 4CJ4A 2Z1GA 3JYTA 1NK6A 1DLOA 1W9HA 1NJWA 4C8LA 1L3TA 4DSJA 2HW3A 4FJKA 1LW2A 4PA1A 2A1SA 4CEEA 1RBSA 4OGEA 2RPIA 3AV9A 3L3VA 3ZT2A 1BISA 1RNHA 1RDCA 2QK9A 3HVRA 4O0JA 3DMJA 2PYJA 4FJHA 2X6NA 4CECA 3TWHA 4RW7A 5FRMA 1NJXA 4FLUA 1LV5A 1WAFA 1TVRA 3PUFA 4LH5A 3DOKA 4IBNA 4AHRA 2FBVA 1U4BA 2HHSA 1K6YA 1VSEA 3AVMA 4CERA 4O0IA 2AJQA 1WNSA 3T19A 2O4IA 4M3RA 1TK0A 3WNFA 3RR7A 4KB0A 1FKOA 1VSHA 1ASVA 1ASWA 2IS3A 4CJ3A 2YKMA 4CJUA 4W5NA 4J2BA 2P1JA 2DTUA 4N76A 2VG5A 3OYLA 1RT6A 1RTHA 3QNOA 1NKEA 3ZSYA 5T7BA 4HUGA 3TI0A 3IG1A 2IGIA 4LY7A 3TAQA 3KK2A 3M8RA 3NAEA 1J53A 1KVCA 2ETJA 3SI6A 3NF9A 4Q5VA 4DSIA 4KHSA 1EP4A 1CXUA 3AA4A 4M45A 4B8CA 2F8SA 1SUQA 1QQCA 1KFDA 5J2NA 1HNIA 2VG6A 4E7LA 3L3UA 1WAJA 2OPPA 3NF6A 4CHZA 4CJFA 4LSNA 1TK8A 3OS1A 3VQ9A 1FKPA 5CZ1A 4ELVA 3DM2A 4I9QA 5KRTA 1X9WA 4FLWA 2G8UA 4I7FA 4KFBA 4DFPA 4IFYA 1XWLA 3THVA 1JLCA 4DSKA 1S9EA 3MEDA 3LDSA 4JS4A 1YTAA 4KHUA 2XHBA 4CGJA 1TV6A 2BE2A 1ASUA 3CM6A 1LWFA 4Z0UA 3ZSQA 1IKXA 5CZ2A 4FJ5A 1TKXA 3SPYA 3K5OA 4J2EA 1TKZA 2G8FA 1QS4A 1WN7A 2G8IA 3AO1A 2XY8A 3NHGA 5J2MA 2ITGA 3AVNA 1KLNA 3PO5A 3HPOA 1DTTA 1LW0A 3OYAA 3HPHA 1T05A 1LAWA 2BGGA 1S1TA 3VQPA 4J2DA 1ZBFA 1EETA 3NH2A 2IDOA 1U45A 4JLHA 1VSIA 3AA5X 1IKYA 3LP0A 3VQ4A 4FJJA 4DFKA 1B9DA 1O1WA 3PX0A 4XIUA 3AO4A 3O3FA 3OJUA 3C94A 3AVCA 4CEZA 4DTRA 4N47A 3AVAA 3DLKA 2RKIA 1TL3A 4CJ5A 1RT4A 4DTMA 1KSPA 2FBTA 3LWMA 4FW1A 4FJIA 1X9SA 2G8WA 1CXQA 2KZZA 3LP3A 3D0PA 2FBYA 2PYLA 4DG1A 4IG0A 4KHWA 4Z4HA 1NK7A 4DTJA 1RT7A 1QSLA 1GOCA 3DLRA 2OPSA 3M8QA 2HMIA 4FK2A 2B4JA 2VWJA 3S9HA 3ZCMA 4FK4A 3VQCA 4CF1A 2P5OA 3C6TA 1SL2A 3OYNA 3TAEA 4FZYA 3VQ7A 4E7IA 1QSSA 4DS5A 1JLGA 5HRPA 4NYFA 3U3YA 1ZBIA 2A1RA 1T7PA 1RDDA 2E6MA 3RMBA 3PV8A 4DSLA 1A5WA 3MECA 1U48A 1VSJA 3MXMA 3KTQA 1HYVA 3T1AA 4KTWA 1C1AA 4CJRA 4EZ6A 3KK3A 4KTZA 4CIGA 4W5TA 4IG3A 4H8KA 3P5JA 3ZT0A 5J2PA 3B6PA 4OGCA 4ELUA 2PZSA 5EU7A 2R7YA 4C8KA 2P51A 4DMNA 3CFRA 1VK0A 1LWEA 4CF9A 3AA3A 3VA3A 1S6PA 3V9UA 4KAZA 4MFBA 1LAVA 3QEIA 1TK5A 4Z4FA 1BIUA 4OKJA 3TR8A 2HHXA 5HROA 2FBXA 3C95A 3L2QA 4F8RA 3P83D 3NH1A 2HHQA 1JXBA 1Y97A 4KREA 3CM5A 4DTOA 2G8KA 3SQ1A 4IDKA 4FW2A 3OS2A 2IOCA 1HYZA 4CJEA 4DTNA 1GOAA 3K5NA 4PUOA 5CY4A 4J2AA 4KRFA 1HMVA 4ZTJA 1X9MA 2KTQA 1TKDA 1IG9A 3LALA 1S1VA 3KLGA 3G0ZA 3VQ8A 3K5LA 3OYHA 4I9LA 3OYEA 2JGUA 1NK9A 2G8VA 4OKKA 5FDLA 1JKHA 1D9DA 1G15A 3OYCA 3CQ8A 5HLFA 4CK3A 2OPRA 3LP2A 5D3GA 3L2WA 1S1WA 3FFIA 4C8NA 4K8XA 4Y1DA 4AH9A 3RMAA 3DI6A 4KHYA 1YTUA 1WLJA 2DFHA 1J9AA 1J54A 3HP9A 2IC3A 4N56A 4DQPA 4M3WA 4DS4A 4CGFA 2E4LA 3L8BA 5E41A 1C1CA 1UWBA 3K59A 2NUBA 3I0SA 4BACA 4DU4A 4BE0A 1L3SA 4CHYA 4FLTA 1JLQA 3A2FA 3LP1A 1N6QA 4FJ8A 3V1OA 5J1EA 3AVJA 4W5RA 3U3GA 3AVBA 4I2PA 4CF8A 1C0UA 1N5YA 3KIOA 3OYMA 2KFNA 4Z4CA 3TAFA 1EKEA 4CE9A 5SWMA 3F73A 4FLVA 1UAXA 4F2SA 1BIZA 4CJQA 1A5VA 1SKSA 2YNGA 3KLIA 1HYSA 2HNZA 1VSKA 4N5SA 4I2QA 1QHTA 1VSMA 4CCHA 1FXXA 3OYFA 1CLQA 4OKEA 2HHVA 1ZYQA 4R5PA 1Q9YA 1NK4A 4CEQA 1JL1A 3HO1A 1IKVA 2HVHA 4TSXA 3HL8A 3SYZA 1XHZA 4HUFA 2B6AA 4CFCA 3VQ6A 3OYKA 3VQBA 3HXMA 4DTUA 2XRIA 3QERA 4EP4A 2GV9A 1XC9A 3ISNC 1WSFA 1IO2A 3ULDA 5HP1A 2OA8A 1QE1A 4OPKA 4DQSA 4CEBA 1BGXT 1LWCA 2YHAA 3LAKA 1QSYA 3VQEA 1RDAA 2P5GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HMPA 4EP5A 3ULEA 1S1XA 4K41A 4IFEA 3KLEA 3J81O 4FL9A 1NGEA 2V7YA 2YNHA 3M8PA 1BQNA 2JWKA 4B3OA 1S9GA 4BR4A 1KAXA 1VRTA 3AVKA 5E84A 1EX4A 4WQ4C 3NCIA 3VPZA 3NBPA 1VQPN 1KVBA 3QESA 3NDKA 4CHNA 3HM9A 4JHDA 3ZT3A 3K9JA 2P9PB 4DU3A 2GBZA 2O8EA 4PL7A 3K5MA 3RTVA 3SMPA 1RT1A 3HP6A 1WOQA 3ZYYX 4O44A 4KKOA 3WNEA 3DOLA 3DXMA 1J5EK 3ALYA 2GUIA 2FSNA 4E3SA 4QS9A 4GVEA 3RMDA 3V1QA 3DRRA 4YORA 2LSNA 3QB0A 1QZ6A 1G99A 3I33A 5C42A 1C0TA 2W6LA 3QEWA 1NKCA 1C1BA 2WONA 3MEGA 3O3GA 3D2FB 1RCHA 1Q9XA 1KRPA 3SCXA 1B9FA 4A5AA 4BE2A 3MCAB 2F9WA 4LF6K 4DSEA 4CFAA 3AO3A 4GVMA 4M7YA 2E2PA 1A5XA 4AHVA 1XQSC 3GBTA 4B1XB 1D5AA 1YJ9N 1IJJA 2QW9A 5JMVA 3LZIA 2HHTA 3AA2A 1KVAA 2E6LA 1NOZA 3MXJA 3GDQA 3VERA 3HRGA 4FZZA 2RN2A 2F9TA 1ZXOA 4B3MK 1T44A 1NK5A 5BRDA 3RR8A 1HNVA 4CFDA 3KKSA 2YHBA 3C6UA 3SUNA 3FZKA 2ASOA 3AAQA 4OLAA 4JKGA 3SAHA 1BWFO 5AQSA 3M1FA 3CFPA 1NGJA 3B6OA 3QEXA 1BCMA 4IZ9A 3ZSOA 4FM2A 4WFBL 3VQAA 5DM7L 2D0AA 2HNYA 5SZTA 4DF8A 3NFAA 4FM1A 5ADXH 4C8MA 1VSDA 3LPTA 1P8ZA 3CCJN 4H0XB 3SZ2A 4IDHA 3AAPA 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 1U6Z A;  3MCP A;  4KAZ A;  3H45 C;  3V9U A;  4MFB A;  1TK5 A;  4OKJ A;  5HRO A;  1GLE G;  2FBX A;  3P83 D;  2HHQ A;  4BRP A;  4KRE A;  2KHO A;  1SZ2 A;  1NGB A;  3CC2 N;  3UKU A;  4CJE A;  4DTN A;  3L0Q A;  4J2A A;  4NXM K;  4GV9 A;  2HOE A;  3LAL A;  3VQ8 A;  4CD1 A;  3OYE A;  4H0P A;  2G8V A;  5FDL A;  1D9D A;  1G15 A;  3LP2 A;  1OH7 A;  4HTL A;  5AQP A;  4K25 A;  1WLJ A;  2E2Q A;  1J9A A;  1VQ8 N;  4DQP A;  4DS4 A;  4CD3 A;  3OW2 M;  1YVN A;  2YHX A;  3LP1 A;  4FJ8 A;  3SBT A;  3AVJ A;  4CF8 A;  1C0U A;  1GLB G;  3OYM A;  2QWM A;  2KFN A;  3A0I X;  4FLV A;  1QVF M;  3U8X A;  1BIZ A;  1SKS A;  2Q31 A;  3O9T A;  1HYS A;  4BRE A;  2HNZ A;  4DR1 K;  1VSK A;  4OKE A;  2HHV A;  4A59 A;  4CEQ A;  1E3M A;  1JL1 A;  1IKV A;  3D6R A;  3VQ6 A;  5LMN K;  2XRI A;  2GV9 A;  3L6Q A;  4U67 L;  3ENO A;  5HP1 A;  1QE1 A;  3E9P A;  4DQS A;  4X65 K;  2JWL A;  2YHA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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