3NF8A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf8A00
3HVTA 1TL3A 2YHBA 3KKRA 4I9QA 2ITGA 3AVMA 5HRNA 3HO1A 2EHGA 1RBUA 3OYMA 4ZTJA 4M3YA 1KVAA 1KLNA 4Z4HA 4FW1A 3NDKA 3MXMA 2RKIA 3QO9A 2P5OA 1SUQA 4RW6A 3V9ZA 1RT5A 4O5BA 1QSYA 4ICLA 3TANA 4KB0A 1NJXA 5C42A 1S6QA 4CJPA 3AO4A 3NCIA 2XY5A 3ISNC 4J2DA 3VQPA 1JXBA 2Z1HA 4WE1A 3AA5X 3QLHA 4N76A 1FKPA 1NKEA 3QNNA 1FK9A 2I5JA 2BE2A 3CM5A 3VN5A 4UQGA 3OYBA 1CXUA 4QAGA 1DTTA 2HB5A 4F3TA 3SZ2A 4KREA 3NGIA 5E41A 4IFVA 3VA3A 1TAUA 4FVMA 3VQEA 4DMNA 1ZYQA 3DLKA 4DTUA 3BDPA 3QERA 1VK0A 1WAJA 4DWIA 1U47A 4W5RA 1NK4A 3KD1E 3OYJA 1JLFA 1QQCA 4CFDA 1VSIA 2FC0A 4CF0A 3TI0A 1BGXT 1NK0A 4KTWA 1WSGA 3L2RA 4FLWA 1S1VA 2R7YA 4PQUA 3OYHA 4C8KA 4FJXA 4M41A 4LH4A 1SL1A 4PY5A 4W5NA 5KGXA 4DF4A 1TKTA 2OPQA 3MAQA 2YNHA 1JLEA 3CQ8A 4E7HA 5D3GA 4CHYA 1RDCA 4ID1A 4AHVA 4BWMA 4DTSA 3ZT4A 4FLVA 3O4QA 4CJ5A 4CEZA 1ASWA 3AVKA 4E19A 3KJVA 3QEWA 3LAMA 4CJQA 2XY6A 5JS2A 1NK6A 4FJNA 1BI4B 1S1UA 5HRPA 4CJKA 2O4GA 1RT2A 4NYFA 3K2PA 3EY1A 3LP1A 3M8PA 4CJ4A 5K14A 1EX4A 4E7LA 1VSMA 1JLQA 4KAZA 3KKSA 3VQBA 3CG7A 3LZJA 3MXIA 3QIOA 4N5SA 4RG8A 1BL3A 1WN7A 3AA2A 1RDDA 3CFOA 4OKJA 4DQSA 3SNNA 4FJ7A 3SQ1A 2X74A 2YKMA 5SWMA 4AHSA 2GUIA 3AO5A 4CF2A 1S1WA 1LAWA 1EP4A 1VSHA 3VQDA 4CJ3A 3NH1A 4E89A 1U49A 2Z1GA 2YV0X 1LWFA 2XY8A 4CGHA 4OPKA 4NCGA 5FRMA 3D0PA 1TK0A 3OJUA 4HHTA 3T1AA 4CJSA 3OVNA 3IAYA 4C8NA 4FLXA 3S3OA 2F96A 3NH0A 3ZSWA 1BQMA 4MFBA 3AVBA 4IG3A 1R0AA 5J1EA 3WNEA 1JLGA 2Y1IA 4KB1A 4Z4EA 2XHBA 2X6NA 2G8VA 5SZTA 4DFKA 3HP9A 4KV8A 1SKRA 4B9TA 4CHPA 4LSLA 1RILA 1SKWA 2BGGA 4CIGA 1LW0A 4BACA 4YFUA 1DLOA 4OGCA 4FZYA 1CZ9A 3TAMA 1U48A 1QS4A 4DU1A 1BHLA 4B9MA 1Q9XA 3KTQA 3ALYA 1UA1A 2KZMA 2RN2A 4IBNA 4AHUA 1F21A 4FK4A 2HHUA 2PY5A 1QTMA 3V9SA 4JRQA 3NGYA 1X1PA 1C0MA 4KTZA 3ZSYA 2IDOA 1QSSA 1KSPA 4F3OA 2P51A 5CZ1A 1X9SA 3K5NA 4JS5A 1S1TA 3O3FA 1TK5A 3CM6A 3SPZA 3F73A 1BCOA 1GOBA 3HSTB 4AH9A 3ZT0A 4J2AA 2G8WA 4FXDA 1XWLA 3VQ9A 1U04A 2F8SA 1L3TA 4K8ZA 3LAKA 3LANA 3ZCMA 1B9FA 3HVRA 1RCHA 4I2PA 4BE1A 4CGGA 2HHWA 4EP4A 3U6FA 4HTUA 1X9MA 4BDPA 4DFPA 2IS3A 4O55A 2XO7A 2QXFA 3V81A 3P83D 2BDPA 3QEVA 2E4LA 3V4IA 3K5OA 4B8CA 2IAJA 4FJ8A 4HVJA 3HM9A 4CEBA 3V9XA 2OA8A 2G8KA 1WLJA 2PYJA 1JLCA 4Z4FA 1RBVA 4RW9A 4O0IA 4K8XA 1KRPA 2HHXA 1YVUA 1TVRA 5CYMA 3DLGA 3VQ5A 1CXQA 1VRUA 3SQ0A 1NKBA 4OVLA 3DM2A 4GVMA 3ZSRA 4PUOA 3K59A 3DRSA 3M8SA 4KHQA 3IS9A 4CFBA 4B9SA 4KI4A 4H8KA 2OZMA 1XHZA 3HJFA 4CESA 2Z1JA 4O0JA 5EU7A 4W5TA 4OJRA 4E1NA 2IC3A 3DYAA 4CHZA 1D9FA 1KCFA 4AHTA 1J9AA 4CF1A 4DSLA 3RRGA 1D8YA 1VSFA 2VWJA 3OS2A 3RMDA 4KFBA 4GW6A 1BIZA 1HYSA 1XHXA 2Y1JA 1UA0A 1C0UA 2HVIA 2XRIA 2KTQA 4IDKA 3U3GA 3V1RA 3T3FA 1IH7A 4AHCA 1SL2A 2ZE2A 4OGEA 1LW2A 4CEEA 2DFEA 1B92A 3S9HA 1J5OA 3PO4A 4B9LA 4FJHA 1JLAA 1A5WA 1YTAA 1N5YA 3LWMA 1WAFA 1QSLA 3AA3A 1GOCA 4FJLA 1IKVA 2HNDA 3AO3A 3VQAA 5HP1A 3IRXA 3SV3A 3DOKA 1FKOA 1UAXA 1IO2A 3LP2A 4J2EA 1IKWA 1UOCA 4LSNA 4DTXA 4CJTA 4F2SA 2X6SA 3ZT3A 4CJUA 1JXEA 1Z25A 4GMJB 4C8LA 3DLEA 2G8HA 3I0RA 4E7IA 4Y1DA 2YNFA 4DG1A 3M8RA 4JLHA 1RBSA 4E3SA 4DSJA 1BQNA 3NF6A 3PX4A 3HL8A 1C1BA 3NE6A 3TAEA 3KLFA 4N41A 2D5RA 5CY4A 3ZSVA 4DFMA 3EZ5A 4DSKA 4M3UA 1YT3A 1EXQA 3CYMA 1IG9A 5T7BA 5J2PA 3CFRA 2HW3A 3SJJA 3RR7A 1VSDA 5HRRA 4JS4A 3H08A 4CFCA 4E7JA 1T03A 3O3GA 2QKKA 4CFAA 2HMIA 4FM2A 1HMVA 4LY7A 4BE2A 3QNOA 4N56A 1NK5A 3AVLA 1HYZA 3LP3A 3WNFA 1KVCA 4MQ3A 3ZSZA 3AVIA 4NCAA 4DSFA 3AA4A 3SQ2A 4O44A 4RW4A 3AVCA 4OKEA 4DS4A 3OS0A 4OLBA 1KLMA 1RTDA 3NF7A 2AJQA 3LPTA 1FXXA 1HRHA 2ATQA 4PA1A 4BWJA 4CEQA 3AVNA 4J2BA 1NK8A 4KPYA 3RTVA 3PO5A 1U45A 1C6VA 3VQQA 4M3WA 1CZBA 4C8OA 4OPJA 3QEPA 2DFFA 4W5QA 1TKDA 1TV6A 2FBVA 2ZD1A 4EP5A 4KHSA 4L8RB 4FYDA 1Q9YA 3RMBA 5HBMA 4CK1A 1QHTA 3G10A 3NHGA 1L3VA 1RTHA 1BI4A 2OPSA 1UWBA 4CJFA 1T8EA 2OYQA 4NCBA 4KI6A 4HUEA 2OPPA 3OYAA 4DS5A 3QESA 4FJJA 2LSNA 4XIUA 1GOAA 3TAQA 1SKSA 3QIPA 2FBXA 3AO2A 1T05A 3B6OA 4CGFA 2EX3A 3HXMA 1HQUA 1WSFA 3V1QA 3OS1A 3F9KA 2VG7A 3NFAA 3I8DA 3OYDA 3AVJA 1Z26A 1RNHA 4G1QA 4C8MA 1LWCA 3L3VA 3VQ6A 2W42A 3RWUA 4I2QA 4CJRA 3L2VA 2DY4A 1VSLA 3DLHA 3OYNA 5I42A 4O4GA 3NAEA 4ZTFA 1LAVA 2RPIA 3D45A 4FZZA 1BCMA 1L3UA 1O1WA 1RT4A 2DTUA 4FJIA 4EZ9A 2YHAA 3SUQA 2YKNA 5C24A 1QE1A 3KK1A 1CLQA 4YNQA 4KHYA 4EZ6A 1TL1A 3QEIA 4FZXC 1Q8IA 1RTIA 1SL0A 5I3UA 3SQ4A 1TKZA 3C6TA 4HCCA 2KQ2A 3NF8A 4CK2A 4CE9A 3SUPA 1LV5A 4F8RA 4QCLA 1KVBA 1JKHA 2HHTA 2VWKA 3DLBA 3MXJA 1NJZA 1VSEA 4KHWA 2KW4A 4HUFA 4QOZB 5FDLA 4FLTA 4DTPA 5J2QA 4DQIA 1WSHA 2FBTA 3HP6A 3SV4A 3MEGA 2D0CA 4CJVA 4DU4A 4FJMA 4TSXA 4HCBA 4E0DA 1NK7A 2NUBA 2GBZA 3C94A 1ASVA 3DRPA 1REVA 4Q0BA 2D0BA 1JLBA 3NBPA 4BDYA 1WSIA 4Z4CA 4DF8A 3RMAA 4E7KA 3THVA 3TABA 4M3TA 4CECA 2HHVA 3HPOA 3OJSA 1VSJA 2FBYA 1I3AA 3P5JA 3SUNA 3IG1A 3AVHA 5DMRA 4M3RA 3KIOA 5KTQA 4W5OA 1NJYA 3LDSA 3ULDA 1RT6A 3L3UA 4ID5A 1HNVA 4F4KA 4CGDA 4KHUA 3ZSQA 1HQEA 1J53A 1ITGA 1JL2A 5DK5A 4DTMA 2HVHA 3ZT1A 3V9UA 2A1SA 4AHRA 3KLHA 2B6AA 2E6LA 4DTJA 4ELUA 3V1OA 1XC9A 4CJLA 4CHNA 1A5VA 3HYFA 3WNGA 3A2FA 2G8UA 1U4BA 3DMJA 3C95A 5HRSA 5CZ2A 5C25A 4FW2A 4IG0A 3VQ8A 5KRTA 4DLEA 1ZBHA 2WONA 4ELVA 4CEDA 4NYNA 1ASUA 3MEDA 3P1GA 5KGWA 3V9WA 1D9DA 3LP0A 3UIQA 4FJGA 2DFHA 5FRNA 4AILC 2VG6A 2HNZA 1NK9A 3MEEA 1NJWA 3BGRA 1G15A 2HHSA 2KZZA 1RDAA 2JLEA 4DQPA 1TAQA 3TR8A 1ZBUA 3FFIA 2PYLA 1RBRA 3KLGA 3E01A 3VQCA 2D0AA 3DI6A 4HUGA 4BE0A 3SYZA 2B5JA 1LWEA 3O4NA 2VG5A 3TWHA 3K5MA 3KLIA 1S6PA 2P5GA 3JYTA 3LALA 4CEAA 2JGUA 2PZSA 1C1AA 2HHQA 1WSEA 3KK2A 4DSIA 3HK2A 2ETJA 4H4OA 3AVGA 4CIFA 4I7FA 1T7PA 4M42A 3TAPA 1J54A 3AVFA 3PX6A 4DTNA 3S3MA 3KLEA 3SI6A 3C6UA 1C1CA 3DLRA 5CYQA 3L2QA 4LH5A 1WSJA 4CF8A 4KRFA 1EKEA 5KI6A 2KFNA 3V6DA 4FJ5A 4DSEA 1VSKA 4Z4GA 2KFZA 1IKXA 3VA0A 5KRSA 4PWDA 2F8TA 4M3XA 3L2WA 4FM1A 5J2MA 3ZT2A 4DU3A 4FK0A 4B3OA 4CCHA 3L8BA 5FROA 2WOMA 4Y1CA 4Z4IA 3K58A 4CEFA 3LWLA 4IKFA 4DQRA 3M8QA 4F2RA 1NOYA 4OLAA 1YTUA 4H4MA 3K5LA 4FLZA 1DTQA 1HNIA 1L3SA 3PY8A 3RR8A 4FJKA 3OYEA 1HYVA 3OYFA 5J2NA 3KD5E 4KHNA 2QK9A 4ZHRA 2A1RA 1KFDA 3LZIA 3DOLA 3AVAA 3L2UA 4FCYA 3QETA 1KFSA 3PX0A 4CGIA 1RT3A 1IKYA 3HPGA 4CERA 1HJRA 3SUOA 4CHOA 3NGZA 4RW8A 1S1XA 4B9NA 3PUFA 4FJ9A 3NF9A 3OYLA 4RW7A 3HPHA 4KO0A 2BANA 2OPRA 4CJWA 4B9VA 4DQQA 1I39A 1S5JA 4DTRA 4B08A 4CK3A 4KKOA 5HLFA 5JS1A 1ZBFA 4FLYA 4B8AB 3WNHA 4DTOA 1BIUA 3PV8A 1NKCA 3QINA 4JRPA 4R5PA 3SPYA 4KTQA 3OYIA 3EYZA 1W0HA 4Z0UA 3KK3A 1D5AA 3CFPA 3LPUA 2HNYA 1X9WA 4CEOA 4CF9A 3ASMA 3U3YA 3RMCA 1VRTA 1MU2A 1Y97A 2Z1IA 1RT7A 4LD0A 3VQ4A 1RDBA 4BDZA 3S3NA 2IGIA 2ZQBA 4FLUA 3VQ7A 1XI1A 3SCXA 4DLGA 4M3ZA 4B9UA 2IOCA 3ITHA 2B4JA 1RTJA 1RT1A 4OKKA 3OYGA 1C0TA 1RBTA 2XY7A 3AO1A 2YNGA 1ZBLA 3ZSXA 3TAFA 3I0SA 4CJEA 1HPZA 4DFJA 3OY9A 4I9LA 4E1MA 2Q3SA 3K57A 4M45A 2O4IA 4CHQA 4CGJA 3TARA 4IFYA 1WNSA 1N6QA 2G8FA 3RRHA 4FM0A 5HROA 1NOZA 3JSMA 3QEXA 2X78A 1JL1A 1S9EA 4ELTA 2OZSA 1W9HA 1BISA 2YNIA 4CIEA 3AV9A 2E6MA 3OYCA 3ZSOA 3HT3A 4N47A 3B6PA 2RF2A 3T19A 2QKBA 3O3HA 3DRRA 2G8IA 1K6YA 1TKXA 1TK8A 4FK2A 1TGOA 1SV5A 3TAGA 3G0ZA 1ZBIA 2P1JA 3NH2A 1KTQA 1B9DA 2GV9A 1EETA 1S9GA 3OYKA 1A5XA 3MECA 1L5UA 4Q5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X3MA 3T69A 4YOUA 1TL3A 4H0YB 4ZTJA 4M3YA 1KD1O 4H5NA 4BVOA 4WQ5C 1KLNA 3WXKA 3CJ9A 4B1VA 3NDKA 3MXMA 1SUQA 3EL2A 4ICLA 4KB0A 1NJXA 4PKHA 4JKDA 4FVUA 1Q81O 1JXBA 3AAPA 2HHHK 4N76A 2HOEA 1NKEA 2A42A 3QNNA 5AQWA 1FK9A 3L4QA 2ZGZA 3CCRN 3CM5A 1T6CA 4UQGA 2VQFK 1W2BM 1DTTA 2HB5A 4F3TA 2GELA 4E1JA 3Q7CA 3AARA 2QWRA 4DMNA 1ZYQA 4DTUA 3GOIA 1VK0A 1WAJA 4W5RA 3ZYYX 1VSIA 5GADP 4CD3A 3TI0A 1NK0A 4KTWA 4LC9B 1MWMA 2E2NA 5EY4A 4LH4A 2OTLN 5KGXA 4CD1A 4O5FA 3VTHA 2ASOA 1IV0A 3MN9A 4E7HA 3SAFA 1RDCA 4DTSA 3CJ1A 4CEZA 3QEWA 1HPMA 4IOCL 1RT2A 4NYFA 4AM6A 3LP1A 3VOVA 4DHYA 4E7LA 4B3SK 4JI6K 4RG8A 3AA2A 4DQSA 3SNNA 4FJ7A 4GV9A 2X74A 5SWMA 2A41A 3NMUA 4JI4K 2GWKA 1LWFA 2XY8A 3D0PA 4HHTA 4CJSA 4PHTX 1EWQA 3CCSN 3L6QA 4FLXA 4B9QA 3O9TA 4BVPA 2JWLA 3RVCA 2KLAA 3C7NB 4MFBA 4LFCK 3F5TA 3WNEA 1BO5O 3LL3A 4H0XB 5M1NA 2Y1IA 2XHBA 2G8VA 5SZTA 4KV8A 4CHPA 3CI5A 1RILA 1SKWA 1W7AA 4IJNA 1LW0A 2A40A 1DLOA 1CZ9A 1W97L 4DU1A 1J6ZA 4H5TA 1Q9XA 3KTQA 3ALYA 2IIRA 1LOTB 4AHUA 1F21A 4KTZA 3I55N 2IDOA 1VQON 2P51A 1TUYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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