3NF9A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf9A00
5HRRA 4CFBA 4FJIA 2KW4A 1LAWA 3L3UA 4NCGA 1JL2A 3AVCA 3LANA 5DMRA 3VQBA 2BDPA 3OJUA 3S3OA 1Q9XA 2HB5A 3NF9A 1LWCA 3D45A 2P1JA 2OZMA 1VSHA 3MXIA 3O3GA 4DU1A 3QNNA 4QOZB 1UWBA 4KHSA 2F8SA 3OYIA 3TAFA 1U45A 3RTVA 1ASWA 3M8QA 4DTOA 1HYSA 1QS4A 4CGGA 1NKEA 3HVTA 4DSJA 2HHTA 1IKYA 4CJQA 4CIGA 1I3AA 2GUIA 1EXQA 3LP1A 3QIOA 2XY5A 4CEBA 5CY4A 4CHPA 1ZBFA 1RCHA 1SL0A 1NK9A 5JS1A 2D0CA 4E1NA 3V4IA 3NE6A 4E89A 5J2NA 3PY8A 4OGEA 1UA1A 1RNHA 4G1QA 4OPKA 1JLAA 1WAJA 3AVJA 2ATQA 1SKRA 4FLUA 2P5GA 1R0AA 4B9UA 4FZXC 4DF4A 1UA0A 3QEPA 4F3OA 1C1BA 3KLEA 2IC3A 1UOCA 1IG9A 2DFEA 1RTDA 3I0RA 1S9GA 3DM2A 4IBNA 3AO3A 4HUEA 4B3OA 3AVNA 4M3ZA 4OJRA 3QIPA 1K6YA 4Y1DA 4B9TA 1WAFA 1L3SA 3S3NA 3VQCA 3HT3A 4DTNA 3HYFA 4I9LA 3SYZA 3DLRA 1SL2A 2QKBA 4M3UA 4Q0BA 2B4JA 2JLEA 1CZ9A 3SCXA 3KKRA 3HPHA 2IAJA 3NGIA 2YV0X 1S5JA 4CE9A 3KLFA 2R7YA 4BDPA 1Z26A 3ALYA 2DTUA 4CHOA 4AH9A 2FBVA 1MU2A 2IDOA 1UAXA 5T7BA 3TAGA 2X78A 3MXJA 2OPRA 3AA2A 3K5MA 1X9WA 1FXXA 1RDDA 2DFFA 3VQEA 1IKVA 2D0BA 3OS2A 3P1GA 1DLOA 2DY4A 4HUFA 4E3SA 1KSPA 4OLAA 4AHVA 3HP9A 3OYKA 1J53A 4CFCA 1IO2A 4KTWA 1S1VA 3P5JA 3T3FA 1XC9A 5HRSA 3CQ8A 2HHWA 2XY7A 3PO5A 5HBMA 1TK0A 5EU7A 3PV8A 3ZSZA 3LAMA 4FVMA 2PYLA 2W42A 3U6FA 4HHTA 4OKJA 4F2RA 3SQ1A 4CK3A 2QKKA 4F2SA 3LPTA 3PX0A 4RW7A 1YTAA 3ITHA 3DLEA 3CFOA 3VQ9A 2X6NA 4LSLA 4JRPA 3SZ2A 1HYZA 4KFBA 2Z1IA 3OYEA 1KTQA 1QHTA 3AA3A 4CJUA 4CJVA 3V81A 4DLGA 2IS3A 4ID1A 4FLXA 2VWKA 2Z1HA 4ELUA 3SUOA 4M3WA 1Y97A 5CZ2A 1DTTA 4LD0A 4AHRA 4N76A 4E19A 2G8VA 3AVAA 4NCAA 4FM2A 4BWMA 4I2QA 1HQUA 4DQPA 1YTUA 2O4GA 1J9AA 1VSLA 4KO0A 4ZHRA 1WSHA 4DF8A 4PA1A 3DMJA 1RDCA 1U4BA 1XHZA 3ZSYA 1KVAA 3LP0A 1KVBA 4FM1A 3B6OA 2KTQA 4C8KA 1BISA 3TI0A 1RBUA 2KFNA 4IG0A 3VQ4A 3RMBA 2OA8A 2E6MA 1A5WA 3KK1A 2YNIA 1GOBA 2HMIA 3NAEA 2YNFA 2KFZA 4FJ7A 5HP1A 3HL8A 2LSNA 3WNEA 3KJVA 3SV3A 1A5VA 4N47A 4KKOA 4N5SA 1ZBUA 4EP5A 1KFDA 3LPUA 3O4QA 4W5TA 3E01A 5I42A 3V1OA 3AV9A 1WLJA 4O4GA 3NDKA 1D9DA 1CZBA 4B9VA 3SPYA 4EZ6A 3ZT3A 1NOYA 3VQPA 3OYJA 2HHXA 4MQ3A 1N5YA 4CEAA 4CJ4A 4MFBA 4LSNA 1C0MA 3TWHA 4B08A 3AO5A 3PX4A 4KRFA 1ZBHA 4DTXA 2YKMA 4Z4IA 1Z25A 4E7IA 3DLHA 5K14A 4FJGA 3KLGA 2NUBA 4H4MA 4FZYA 4CF8A 2XHBA 1XHXA 4N56A 1S1WA 4FJJA 3G0ZA 4FXDA 2GV9A 3QEXA 2ETJA 4CJLA 1U48A 1BIUA 4DSKA 1BQMA 1NJZA 4IG3A 4GMJB 4FLTA 4CGFA 3CFPA 2RN2A 4OKKA 1CXQA 1TL3A 3DYAA 4OPJA 4HTUA 3SUQA 1KLNA 4KHQA 3ULDA 3BGRA 3HP6A 1NJWA 3DRSA 1JXBA 1NKCA 3SI6A 2P5OA 4FJ9A 1LAVA 3EY1A 3ZSRA 4ID5A 4CEOA 3RRGA 4DQIA 4XIUA 1QQCA 3PX6A 1L5UA 4F3TA 4FLWA 4C8NA 4CJTA 1KFSA 3ZCMA 4BACA 3OYBA 3M8SA 3ZSQA 3LP2A 3MEEA 1RBSA 4KV8A 4KTZA 4KREA 5DK5A 3CYMA 2YNHA 5KGWA 4DQQA 1KRPA 4KHWA 3TARA 4FYDA 3QERA 1T7PA 1S1XA 4CJPA 4CF9A 4FLZA 1TV6A 1Q8IA 2I5JA 3LAKA 3QO9A 4LY7A 3ZSXA 4CGDA 3HXMA 3K5LA 1RBVA 4F4KA 3S9HA 3QLHA 4M41A 4TSXA 3V9XA 3KTQA 3K5NA 4KHUA 1KLMA 2VG6A 3RRHA 3AO2A 4YFUA 4M3XA 4KPYA 2JGUA 3C6TA 1NKBA 5D3GA 2IOCA 2HNZA 4UQGA 1LW0A 3OYNA 1ZBLA 2B6AA 3DLKA 4W5OA 1HYVA 4FJLA 4PWDA 3V1RA 4RW6A 1W0HA 1ZBIA 2AJQA 1VSJA 3K59A 3OS0A 3BDPA 5CZ1A 4CFAA 1BCMA 4M3YA 4H4OA 3DLBA 5HROA 3TANA 3DRPA 5KI6A 5HLFA 1C1AA 3VN5A 4K8XA 2FBYA 1CLQA 3OYMA 3OJSA 3RR7A 1TK5A 3K57A 4RG8A 3SQ2A 5CYMA 2XY6A 2A1SA 1IH7A 3AVBA 4BDZA 4DU3A 1EP4A 3VA3A 3F9KA 4ZTJA 3ZT1A 3IG1A 3S3MA 1X9SA 3TR8A 2B5JA 4EP4A 4OKEA 4JLHA 1JXEA 3O4NA 1JLFA 1F21A 1L3UA 4IFVA 4FK4A 4FJXA 3LWMA 4CHYA 4BE1A 4AHUA 1TK8A 3A2FA 3QNOA 1RTJA 1RILA 3AO1A 4RW4A 3NBPA 1LWFA 1SL1A 3MXMA 2G8KA 1VK0A 3I0SA 2ZD1A 2GBZA 3DRRA 1J5OA 1HNIA 4DSFA 4DFKA 1NJXA 2ZQBA 3AVHA 1BL3A 3F73A 4CJ3A 4CGIA 2OZSA 1CXUA 5FDLA 3HVRA 3CFRA 4KHNA 1KVCA 2KZMA 1A5XA 3AA5X 3OYAA 2G8FA 4E7KA 1XWLA 4CERA 4DTPA 4BWJA 1RT7A 3VQ6A 3B6PA 4CGHA 4J2EA 2ZE2A 1TVRA 1TAQA 4RW8A 1T03A 3NH2A 1C0UA 1TGOA 4R5PA 1T05A 2G8IA 3RMCA 5J2MA 4E1MA 3NHGA 1U47A 4CFDA 1RDBA 1B9FA 4FK0A 4CF2A 1C1CA 1JLCA 1S6PA 1D5AA 4DTMA 4KI4A 1VSFA 1WSJA 4CHZA 3AO4A 3KK3A 4BDYA 4FJMA 3L2WA 1BGXT 3L2UA 2E6LA 4GW6A 3LDSA 3KLHA 4M3TA 2FBTA 1BHLA 2X6SA 4I7FA 4CJEA 5J1EA 4Z4GA 1FKPA 4C8OA 2YKNA 1HMVA 3OYGA 3HPOA 1KCFA 1WSFA 4DS5A 1WN7A 4Z4HA 1YVUA 3UIQA 4FW1A 2HHVA 1SKSA 2HHUA 4OVLA 4AHTA 2X74A 4PY5A 4DS4A 4B9MA 3JYTA 2HVIA 2YNGA 1RT5A 3LP3A 4AILC 3OS1A 4DU4A 1B92A 3NGYA 3WNHA 1J54A 3EYZA 2HW3A 4J2BA 2FBXA 1G15A 4E7HA 2OPSA 3LZJA 4ELVA 1L3VA 4KHYA 1RT4A 4CIEA 4Z4FA 1IKXA 1FKOA 4BE0A 1N6QA 3OYCA 4B8AB 5KTQA 3VA0A 3FFIA 1WNSA 3AVGA 4NYNA 4JS4A 1VRTA 3C94A 3ZSWA 3KK2A 1QSYA 3MEDA 3VQ7A 4CIFA 3V9SA 3ZT4A 2OPPA 3QEIA 3EZ5A 3OY9A 3TAEA 4AHCA 4B9SA 4CJSA 1D8YA 4DTSA 2Y1IA 1YT3A 5JS2A 4CJFA 4CJWA 1WSEA 3DOLA 4DLEA 2KQ2A 3MAQA 5FRNA 1RTIA 2E4LA 2VWJA 1VSDA 3NGZA 1GOAA 4CEQA 1HQEA 3V9UA 3SQ4A 1RTHA 1JLEA 3WNGA 4J2DA 1BCOA 3MECA 2FC0A 4W5QA 3LWLA 4K8ZA 1SKWA 1XI1A 3PUFA 1BI4A 1SUQA 4B9LA 4LH4A 1D9FA 4BE2A 1NOZA 4NCBA 3DLGA 4CJKA 1W9HA 1NJYA 1LW2A 4Z4EA 1TAUA 3CM6A 5CYQA 2G8HA 3MEGA 3QEWA 4WE1A 1LWEA 1S1TA 4I2PA 3THVA 4CEFA 1QTMA 4C8MA 3QEVA 3AVMA 4O0IA 1VSMA 3AVFA 3H08A 3ZSVA 4CEDA 1O1WA 5C42A 3U3GA 5KGXA 3NH0A 4CCHA 2XY8A 1GOCA 1NK7A 3RR8A 2XRIA 4HCCA 4ZTFA 1HRHA 4W5NA 4Y1CA 1EX4A 3VQAA 4CK2A 2HHQA 3L8BA 2HHSA 3KKSA 4CK1A 4Z4CA 4KB0A 3LALA 2VG5A 1ASUA 3C6UA 2VG7A 1DTQA 4CGJA 4Z0UA 4DSLA 3NF6A 3OYDA 2PZSA 4FJ5A 4O0JA 2D5RA 1VSKA 2EX3A 1ZYQA 1LV5A 4DQRA 3P83D 1IKWA 3JSMA 4FJ8A 4DWIA 2HNYA 3OVNA 4HCBA 1TKXA 2BGGA 1JLGA 2RF2A 3ISNC 2OYQA 3HO1A 4DFMA 4IDKA 3RMDA 2WONA 4CHQA 3IS9A 4DG1A 4E0DA 1TL1A 2HVHA 1RDAA 3RMAA 2D0AA 2EHGA 2XO7A 3C95A 3NFAA 3D0PA 3L3VA 3K2PA 4NYFA 5J2QA 4O5BA 4FJNA 4M45A 3KD5E 4B8CA 3SNNA 5SZTA 3KD1E 4DSIA 4DMNA 3AVIA 1JL1A 3OYHA 2IGIA 3G10A 4FCYA 3K5OA 1REVA 3U3YA 2HNDA 3ZT2A 4FK2A 4E7JA 4DSEA 3SUNA 2RPIA 2QXFA 2Z1GA 1SV5A 3SJJA 1NK4A 5E41A 2A1RA 1EKEA 3PO4A 5FROA 4DFJA 4ELTA 1TKZA 4C8LA 3HJFA 4L8RB 1ITGA 4CEEA 4CECA 3T19A 4M42A 2WOMA 1NK6A 1Q9YA 1RT3A 3K58A 5I3UA 3SPZA 3V6DA 1BQNA 4QAGA 3L2QA 3L2RA 3NCIA 3AA4A 4CF0A 2OPQA 3L2VA 3ZT0A 3SUPA 4F8RA 4LH5A 1S1UA 3WNFA 4ICLA 2KZZA 1RT6A 4CJRA 4CJ5A 2G8UA 3CM5A 4OGCA 2PYJA 1VSIA 4DQSA 4FZZA 4QCLA 1EETA 3IAYA 3DI6A 1BIZA 5HRPA 4CESA 4J2AA 5HRNA 1S6QA 4OLBA 1HPZA 2DFHA 2YHAA 3HK2A 1HJRA 1QSSA 4PUOA 3NF8A 5KRSA 2PY5A 3NH1A 1C0TA 3ASMA 4FJHA 3OYFA 4DFPA 3TABA 4EZ9A 3OYLA 2G8WA 3RWUA 4O44A 1X1PA 4O55A 4HUGA 3SQ0A 5FRMA 2O4IA 1TKTA 4FM0A 3KLIA 1RBRA 4CEZA 4W5RA 4Q5VA 3O3HA 3V9ZA 1I39A 2Z1JA 4PQUA 1U49A 1RT2A 4B9NA 4H8KA 3HM9A 4DTRA 3CG7A 4M3RA 3TAMA 4DTUA 4KAZA 1U04A 2Q3SA 4AHSA 1C6VA 3HSTB 3VQ8A 1VSEA 4YNQA 3T1AA 4FW2A 1ASVA 3VQ5A 3O3FA 3LZIA 2P51A 5J2PA 3SV4A 1TKDA 4GVMA 3AVLA 3QESA 4IKFA 3V9WA 1JKHA 1WSGA 4N41A 2F8TA 1L3TA 3HPGA 1VRUA 4FJKA 5SWMA 1WSIA 4E7LA 4FLVA 2RKIA 1NK5A 1RBTA 3M8RA 3IRXA 3ZSOA 4FLYA 1S9EA 5KRTA 4KB1A 1JLQA 1QE1A 2F96A 3I8DA 3TAQA 4CF1A 4KI6A 1QSLA 2QK9A 1X9MA 1JLBA 5C25A 4CHNA 3VQQA 4JS5A 3TAPA 3V1QA 3KIOA 1HNVA 1FK9A 3AVKA 2BANA 3NF7A 4JRQA 3QETA 2BE2A 2ITGA 2Y1JA 4KTQA 4RW9A 4IFYA 1T8EA 4DTJA 1NK0A 1BI4B 3QINA 3VQDA 1NK8A 1RT1A 3M8PA 5C24A 4I9QA 3DOKA 2YHBA 4HVJA 1B9DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLDG 4FJIA 4NCGA 1JL2A 3AVCA 1JJ2M 2QXLA 3S3OA 4B1YB 1LWCA 2A41A 2P1JA 2OZMA 3ZETB 3O3GA 5FPNA 4KHSA 3ENBA 4BGBA 4DTOA 2HHTA 1KAXA 4DSJA 1GLAG 3UKUB 2XY5A 2OA8A 1EXQA 3THYA 4CHPA 5JS1A 1ZBFA 1NK9A 2ASPA 2D0CA 4E1NA 3NE6A 2V7YA 3PY8A 4OGEA 1RNHA 4YDUA 1R0AA 4CVNE 4BG9A 3QEPA 3KLEA 1UOCA 5BPMA 3CERA 3DM2A 4IBNA 3AO3A 1QHAA 3AVNA 1K6YA 4Y1DA 4R79A 3VQCA 3S3NA 1W97L 3HYFA 4KBOA 4I9LA 3SYZA 1CZ9A 3SCXA 5AQZA 1Q81O 3G71N 2WC9A 3KLFA 4JI2K 3ALYA 3K9KA 4DQ8A 4K43A 2IDOA 3UE5A 2O8EA 3AA2A 3J80O 1FXXA 1RDDA 5M1FA 3OS2A 1NGGA 4E3SA 4U67L 3QMLA 1KSPA 4AHVA 3OYKA 1IO2A 1KD1O 4KTWA 3PIOL 3P5JA 4CD3A 3T3FA 1MWKA 3AARA 5HBMA 2GX9A 3SBGA 4FVMA 4HHTA 4OKJA 1GLBG 3LPTA 5FPDA 3DLEA 4DFJA 1VQ5N 1HYZA 2QWRA 4KFBA 3OYEA 3V81A 1BU6O 1VQMN 1WOQA 2IS3A 4ID1A 2NRTA 5FPMA 4PL8A 2FLOA 3D2EA 4AHRA 3AVAA 3KWIA 1HQUA 1RFQA 1VSLA 1YUWA 4ZHRA 1U4BA 4FWLA 3A8YA 3CCRN 3LP0A 4FM1A 4H5TA 4YOVA 3CF5L 3RMBA 2WUSA 4BR7A 2YNFA 4CBWA 4IOAL 3CHWA 3KJVA 1A5VA 4EP5A 3LPUA 3O4QA 1S72N 3R3LA 3E01A 4W5TA 5KPRA 4EZ6A 3ZT3A 3CCVN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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