3NF9A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf9A00
3DRRA 3LAKA 3RRHA 4FLZA 1C6VA 3SV3A 3VQ8A 4GVMA 3ZSRA 5C25A 4FLTA 1S9EA 4B9MA 3OYLA 4DLEA 3HM9A 1W0HA 1S1TA 3C94A 3LP3A 1XC9A 1CXQA 4CEDA 2DTUA 1UA1A 4FJ7A 3KIOA 2HMIA 4OLAA 1WSJA 3DOKA 2NUBA 4OGCA 3EZ5A 1BQNA 1C0TA 1HQEA 4NYFA 3AVBA 4Y1DA 3V9ZA 1RT1A 4FK2A 4DQIA 2RN2A 3WNFA 4UQGA 4DSJA 2X6NA 5SWMA 5J1EA 3OY9A 2VWKA 3KD1E 4DTNA 3DLKA 4FZXC 1VSJA 3VA3A 1DTQA 3NHGA 1VSKA 4R5PA 5J2MA 4ELVA 2HHXA 3TARA 2DFFA 1W9HA 3KKSA 1IO2A 2YHAA 4KTZA 5KRTA 3HPHA 4DU1A 3QO9A 4MQ3A 4I2QA 3AVAA 3ZT3A 1WAFA 1GOCA 3TR8A 4CEOA 4CK2A 3JYTA 4O4GA 3ALYA 1UA0A 3D45A 2G8VA 1NJYA 1DTTA 1RBVA 1HMVA 3SUNA 1S6PA 2PZSA 3PO4A 1KFSA 4FJ9A 4KI4A 4BDZA 3SUQA 3PY8A 3ZT2A 5KGWA 4FJMA 2D0AA 3TAEA 1J9AA 3TAMA 2HHSA 3T19A 4B9NA 4O5BA 3QETA 3M8QA 1YTAA 4N76A 1KCFA 3AVFA 3OS0A 1NKEA 3LDSA 1TV6A 3K5NA 3ULDA 4PUOA 1IKXA 1JLQA 4W5QA 2BGGA 4KREA 1T7PA 2I5JA 2YNFA 3NF7A 3K58A 3OYJA 4C8LA 2HHTA 1ZBIA 3HT3A 4E7KA 1QSSA 4CJQA 1A5XA 3L8BA 2BDPA 4KHQA 1HNIA 3KK1A 3G0ZA 3DLHA 2VG6A 1HQUA 4FJXA 4B3OA 1G15A 4AHCA 3V9UA 4KKOA 1VSHA 3ZT0A 3MXMA 2W42A 4QOZB 4Z0UA 4H8KA 2B6AA 4FK0A 3K2PA 1S1XA 3HP6A 4FM2A 2OZMA 4MFBA 4KV8A 4N56A 5J2PA 1LWCA 2XRIA 3AVCA 3V81A 3PX4A 1SL2A 2F8SA 1JKHA 3O3FA 4J2DA 3FFIA 1N6QA 1FKPA 2IAJA 1N5YA 3CM6A 1FXXA 1WSFA 3AVJA 3NGZA 2G8KA 1VRTA 4H4MA 4CJ4A 1NKCA 4AHRA 4QCLA 3QEPA 1TVRA 2QXFA 2OPRA 3AV9A 3V4IA 3KTQA 3ZSZA 3AO4A 4CJSA 4DF8A 3DRSA 1BL3A 3ITHA 3ZSWA 4FLWA 2XY5A 3PX6A 1WSEA 2KTQA 1ASUA 2EHGA 1VSLA 4O44A 2ATQA 3DRPA 4BACA 4JLHA 4E7LA 4DQQA 4CEEA 3O4NA 3TAGA 2Y1JA 1ZBLA 1T8EA 3NGYA 4L8RB 2IC3A 2OPSA 3IS9A 4O0JA 1YTUA 1CXUA 3SPZA 4W5NA 3L3UA 3SQ0A 3L2VA 4HCBA 3CFOA 3VQ7A 4OGEA 4OJRA 1X9MA 4NCGA 3BDPA 3OYNA 4CK1A 1TAUA 3LWMA 4F8RA 4O55A 2HHVA 2VG5A 4WE1A 3VQQA 2DFEA 1RDAA 2FBYA 4DG1A 3SQ2A 4JS5A 1TL3A 3IAYA 1JLGA 2E6MA 1WN7A 4RW6A 5KRSA 3V9WA 3OYIA 3VQAA 4CFCA 4CJRA 3CM5A 4B08A 1J54A 3DMJA 3G10A 4PQUA 5HRNA 4FVMA 2Z1HA 4O0IA 3OYHA 3HPOA 2B4JA 2HB5A 5T7BA 5HRPA 3MEDA 4CGHA 2PY5A 2HHQA 4NYNA 4J2AA 1FKOA 4AHSA 3OYMA 1Q9YA 4PWDA 1NK0A 4FW2A 3SNNA 1QTMA 4DTRA 2YNHA 4H4OA 1X1PA 2PYJA 2ITGA 2ZQBA 1A5VA 1S5JA 5CZ2A 3NE6A 4K8ZA 1U48A 4FK4A 4CHYA 1KTQA 3LPTA 3ZSXA 3S3MA 1X9SA 3C6UA 2IGIA 3OYCA 4M41A 1VSFA 2KQ2A 4HUFA 2A1SA 4B9VA 1JLBA 1LWFA 2QKBA 3I0SA 1JXEA 4DTUA 1KSPA 2KFZA 1SV5A 1NJZA 1SKSA 1L3UA 3DLBA 4M45A 1Y97A 3NGIA 1VSEA 2RF2A 4TSXA 4B9UA 4FLVA 4FZZA 1B92A 4OPJA 5HP1A 1C1BA 1Z25A 4EP5A 3IRXA 4E3SA 3RR8A 4EZ9A 3A2FA 1L3SA 2R7YA 3V9SA 4OVLA 4FJKA 1BQMA 4N5SA 3OYBA 3RMBA 3PV8A 4DWIA 3ZT1A 1UWBA 3HJFA 1ZBUA 2Y1IA 3L3VA 1KLNA 3AA2A 1RTHA 4KHUA 1HYSA 4PY5A 1L5UA 1RDDA 4DU4A 3O4QA 3LZJA 3F9KA 4J2EA 1BCOA 1LAVA 5CZ1A 5K14A 4DTPA 3MXIA 1XI1A 1EP4A 5E41A 3M8SA 3AO3A 3L2WA 3RMAA 1NK5A 5DMRA 4CFAA 2AJQA 2YKNA 1CLQA 3O3GA 1KVBA 4E7JA 4KFBA 4Q0BA 3LP2A 4CJKA 4DTJA 1T05A 2Q3SA 1WNSA 4K8XA 3CG7A 3LWLA 3V6DA 3KJVA 1SL0A 2DY4A 4DFMA 2HW3A 3PX0A 4IKFA 4NCBA 1RBUA 4FJJA 3SYZA 3QIOA 1TK8A 1D9DA 5CY4A 3SI6A 4DTSA 4ZTFA 1ZBHA 1XWLA 4I9LA 2F8TA 4W5RA 3SUOA 2HVHA 2YNIA 3ZSYA 1EX4A 2IOCA 3CFPA 2ETJA 3KLIA 4CJUA 4DFJA 2YNGA 1NK4A 2F96A 3NH2A 4KAZA 1TK0A 1TKTA 4KB0A 1RBTA 1LAWA 4CJLA 2O4IA 4F2RA 3VQ9A 1HPZA 1KFDA 1VRUA 3NBPA 4CIFA 3KLFA 4W5OA 4LSNA 1NK7A 1I3AA 3KLEA 3ISNC 4OKKA 3DLRA 5JS1A 3QIPA 2Z1GA 1R0AA 4FCYA 3HSTB 5DK5A 4CJVA 1T03A 3U3GA 4FM1A 1TKXA 4CEBA 1RT3A 1VK0A 4KHWA 3QINA 4OKEA 5J2NA 4FZYA 2QKKA 3LP1A 1JL1A 3KLHA 4CJEA 4DSIA 4FJNA 3AO2A 2G8HA 3VN5A 4Z4EA 1KVAA 3SV4A 3KK2A 1K6YA 3S9HA 3AA4A 1U49A 4CF8A 3PO5A 3K5MA 3AVHA 3HPGA 3RWUA 3B6PA 4HUGA 3SPYA 4ICLA 1VSMA 1GOAA 4RW7A 1YT3A 3CFRA 1L3TA 3NF8A 3ZSOA 3OJUA 4CGGA 4CEAA 4Y1CA 2GV9A 5EU7A 1Q9XA 3D0PA 5CYMA 3SCXA 4OLBA 3OYAA 3SJJA 3WNGA 4JRPA 3C95A 4Z4IA 4KRFA 4F4KA 3RTVA 1BIZA 3U3YA 2OPPA 1Q8IA 2BE2A 2GUIA 4C8NA 4FXDA 4RW8A 2XO7A 4KHYA 4NCAA 5D3GA 4DLGA 1QQCA 1BISA 3KD5E 2KZMA 1EETA 2OZSA 3M8PA 3OVNA 3NF6A 3ZT4A 3RR7A 1SL1A 4JRQA 4DSFA 2EX3A 4BDYA 3QERA 4M3WA 2E4LA 1VSIA 2D0BA 3LPUA 2X6SA 4M3TA 3K5LA 3JSMA 2YV0X 5JS2A 3V9XA 4DFKA 4F3TA 1YVUA 4ID5A 3MAQA 1IKYA 4CHOA 1XHZA 5HRSA 4IG0A 4HTUA 4BE2A 3QEXA 3TI0A 1S1WA 2G8UA 2HNZA 4J2BA 4FLXA 3L2UA 3UIQA 1IKVA 4HHTA 4DFPA 4OPKA 3NCIA 1BIUA 2B5JA 1DLOA 3C6TA 1NK9A 4KTQA 1C1AA 1EKEA 1LW2A 4OKJA 1NKBA 3T3FA 4IG3A 1RT7A 2OPQA 1RDBA 4LY7A 3VQPA 1RTDA 2D5RA 3SQ1A 4CCHA 1ITGA 1JLEA 3S3OA 3V1RA 2GBZA 4IFYA 1CZ9A 2ZD1A 1TKZA 4CGFA 2HVIA 4KPYA 4CHNA 5I3UA 4CHZA 4CGIA 1IKWA 3VQ4A 4DMNA 1C1CA 3K5OA 1RTIA 2JLEA 4KTWA 1UAXA 4B9TA 3SUPA 4KB1A 4HCCA 4RG8A 1U45A 1SKRA 3ZSQA 3DYAA 5FROA 3RRGA 3ZSVA 4CJWA 1S1VA 2VWJA 5J2QA 4C8OA 4F2SA 3AVKA 3DLGA 4CF9A 1C0UA 1LWEA 1HRHA 1C0MA 2LSNA 2YKMA 1RT5A 4CFBA 4HVJA 4YFUA 2WONA 3KLGA 4M3YA 1HJRA 2ZE2A 4E89A 4BDPA 1RBRA 4DU3A 4E19A 1JLCA 1S1UA 3OYFA 3QEVA 1NK8A 1QHTA 1ASVA 3VQCA 3AVLA 2BANA 2A1RA 4QAGA 3T1AA 3CYMA 1HNVA 4CJ5A 2D0CA 3K57A 3OYGA 2HHUA 4B8AB 4RW4A 1HYZA 1S9GA 4Z4FA 2FBVA 3TANA 1TGOA 2X78A 4FJ8A 2G8IA 4EP4A 3RMDA 4EZ6A 4BE1A 3AO5A 1Z26A 3LAMA 1U47A 1RDCA 4DTOA 4LH5A 3VQBA 4DQRA 1TK5A 1TL1A 4F3OA 1FK9A 4CF2A 1IH7A 2FBTA 3QEIA 4B9LA 5HLFA 3NFAA 3TAFA 4LD0A 4Z4CA 2O4GA 4CEQA 4XIUA 1MU2A 3NAEA 1QSLA 4DS5A 2RPIA 3WNHA 4AILC 1BCMA 4ID1A 1D5AA 4CHPA 1HYVA 4DTXA 4I9QA 1U4BA 3AA3A 1ZYQA 4CESA 3VA0A 4ZHRA 1QSYA 3VQ6A 4CGJA 1LW0A 3MXJA 3LANA 1GOBA 3HO1A 3IG1A 3OYEA 4DSLA 5CYQA 4CEFA 4CJPA 1IG9A 1NK6A 4ELTA 3WNEA 3EYZA 2HNYA 4FJHA 4BE0A 1BHLA 2DFHA 1XHXA 4IDKA 4PA1A 4E7IA 4DF4A 4ELUA 4FJGA 5FRNA 4M3RA 3LZIA 4FM0A 4CF1A 3SZ2A 3L2RA 5HBMA 3V1OA 3AVGA 2PYLA 4DTMA 3TWHA 2KW4A 1J5OA 2Z1IA 4AHVA 3EY1A 4YNQA 4DQSA 1QS4A 4DQPA 4CEZA 5HROA 1RTJA 2WOMA 5KGXA 3SQ4A 1BI4A 2QK9A 3NF9A 1RBSA 1SKWA 2XHBA 2OA8A 3E01A 1WSHA 1EXQA 3S3NA 4CF0A 3CQ8A 4FLUA 3F73A 1RNHA 4FLYA 3QESA 5I42A 3P1GA 1BGXT 5FRMA 4E1NA 3VQ5A 4FJIA 1J53A 4B8CA 4JS4A 4W5TA 3QNNA 4E0DA 4Q5VA 4FYDA 4C8MA 1RT2A 1SUQA 4CHQA 3AVMA 4LSLA 2P5GA 1JXBA 3AVIA 3PUFA 3DLEA 4M42A 2P1JA 3P5JA 5C42A 2KFNA 3MECA 4B9SA 3O3HA 3RMCA 4IFVA 4DSKA 3U6FA 1X9WA 1D9FA 3DI6A 3AO1A 3QEWA 4AHTA 5FDLA 1U04A 4FW1A 4CE9A 1NOYA 4KHNA 3HVRA 3LP0A 2P51A 2FBXA 4GMJB 4Z4GA 4CERA 3TABA 1REVA 3KK3A 1NJWA 4N41A 1RCHA 4BWMA 4AHUA 3HYFA 1NOZA 3KKRA 3MEEA 3VQEA 4DSEA 2OYQA 2E6LA 1WAJA 1B9DA 2KZZA 4G1QA 4AH9A 1KVCA 2HNDA 2X74A 1VSDA 1QE1A 2YHBA 3ZCMA 3TAPA 2XY8A 4CJFA 2Z1JA 4FJLA 1S6QA 3V1QA 2IDOA 4HUEA 1JLFA 4Z4HA 3NH1A 3DM2A 4CECA 4CIEA 3OYKA 4N47A 1L3VA 2G8FA 4I7FA 4ZTJA 2VG7A 3BGRA 1B9FA 4CIGA 2FC0A 4C8KA 3NDKA 3DOLA 3TAQA 3AA5X 1ASWA 1KLMA 3HL8A 4LH4A 2IS3A 4CGDA 3AVNA 3OJSA 1TKDA 3I0RA 4CJ3A 4BWJA 3M8RA 3LALA 4KO0A 3B6OA 3OS1A 4E7HA 1WSIA 1O1WA 1KRPA 3QLHA 2G8WA 1F21A 1JLAA 1RT4A 1BI4B 3HK2A 4E1MA 1WSGA 3P83D 3K59A 2RKIA 3QNOA 2XY7A 1LV5A 4M3XA 4M3ZA 5KI6A 1TAQA 1JL2A 1CZBA 4CFDA 3HXMA 4RW9A 3I8DA 4KHSA 3MEGA 2JGUA 5SZTA 2HHWA 5KTQA 1A5WA 1RILA 3OYDA 1NJXA 1WLJA 1UOCA 4GW6A 4M3UA 3THVA 3OS2A 2XY6A 3ASMA 3H08A 4CK3A 1I39A 3VQDA 1D8YA 4KI6A 3NH0A 4IBNA 4I2PA 5HRRA 5C24A 4CJTA 2P5OA 4FJ5A 1RT6A 4DS4A 3HP9A 3L2QA 1ZBFA 3HVTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLZA 3ZSRA 3ZETA 4B9MA 3VETA 5BPNA 3I56N 3J8AA 1S1TA 1XC9A 2E5LK 3CQYA 4B3MK 5TKWA 2HMIA 4JI6K 2NUBA 4NYFA 3CCQN 4KH6A 3KD1E 3OY9A 4DTNA 3DLKA 4MO5A 1VSJA 2GUPA 3D7EO 3EEQA 3VA3A 5J2MA 2HHXA 4MO4A 4LFCK 1W9HA 1M1KO 4I2QA 4JI8K 4CK2A 3VENA 5AQKA 4PKGA 3KVGA 3I33A 3SUNA 5AFUH 1MWMA 3SUQA 3ZT2A 2P9PA 3H45C 3P38A 1J9AA 4E1JA 2QM1A 2HHSA 4B9NA 4O5BA 3QETA 1KCFA 2I7PA 3AVFA 4ILJA 3IUCA 3K5NA 3ULDA 1NG9A 5A2QO 3R9PA 4W5QA 1Q82O 4BRNA 2YNFA 2J4RA 1ZBIA 3HT3A 4E7KA 1QSSA 4CJQA 1A5XA 1HNIA 3DLHA 4QS7A 3VGKA 4B3OA 4KKOA 3ZT0A 4R79A 2O8FA 2HHHK 4FWNA 3SAHA 4Z0UA 4H8KA 4DQ8A 3K2PA 4MFBA 4KV8A 3PX4A 3CPWM 3CETA 4J2DA 1QVGM 4DCHA 1FKPA 3MCPA 3NGZA 2G8KA 1VRTA 3D2EA 4BVOA 4Z94A 4BC3A 2D1KA 3G25A 4ISFA 2QXFA 2OPRA 3V4IA 4BG8A 4DF8A 3PX6A 3ZSWA 1VSLA 4O44A 2ATQA 2Y1JA 2IVOA 4DQQA 4CEEA 1T8EA 2IC3A 5AZIB 1IV0A 4O0JA 2O8EB 3SPZA 2GX9A 3L3UA 3SQ0A 5BR8K 4BRHA 3CFOA 3WXIA 4ISGA 4LF5K 1E4FT 3OYNA 2O8CA 4BRIA 3LWMA 2UXDK 2P9UB 4WE1A 4O8UA 1TL3A 3MMVA 4RW6A 5KRSA 4FL9A 1GLFO 5JVGL 3CM5A 4B08A 3DMJA 4PQUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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