3NFAA

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nfaA00
4LH5A 1WNSA 3ZSVA 3T1AA 5J2QA 4PUOA 5CZ2A 2OPQA 4JRPA 1UA1A 4CJTA 1GOAA 1RBVA 4FJIA 4BWMA 3QEIA 2EHGA 3P1GA 1CZ9A 4FVMA 3HPGA 3OYNA 5T7BA 3SQ1A 2KTQA 1JLCA 4M3RA 4FM2A 3V9UA 3TAGA 4KHSA 3AVNA 4FJ9A 2ETJA 4B9MA 2HHWA 3ZT1A 3NCIA 4ELVA 3OVNA 3JYTA 1B92A 4O0IA 2EX3A 5D3GA 3HL8A 4AHCA 3VN5A 3LP3A 3DLHA 4KRFA 1MU2A 3QESA 1X1PA 3WNHA 3VQ7A 4C8KA 5C42A 2IC3A 3KLGA 2HHUA 1K6YA 5I42A 4ZTJA 4DU4A 2JLEA 4ICLA 1D9FA 4L8RB 3CQ8A 1IKXA 1B9FA 2ZQBA 1RT5A 2YHBA 3NF9A 1JLEA 4LH4A 1IKYA 3OYAA 4FLXA 1TVRA 4DTPA 1NK6A 2KFNA 2DY4A 3KLEA 4KTQA 1KVCA 4RW9A 3I0RA 3VQEA 3ZSZA 1C1CA 4CFBA 4CFDA 3VQQA 3QEXA 1DTTA 1S5JA 4B08A 1LV5A 1KFSA 1S6QA 4CEDA 2Z1IA 4JLHA 4M3YA 4DSLA 1EX4A 1X9MA 4O44A 3C6UA 1FXXA 3VQPA 3F73A 3CFRA 2X74A 4DFPA 2BDPA 3RRGA 1O1WA 3HJFA 4J2AA 4FJKA 4IG3A 3G10A 3O3FA 2BANA 4QAGA 4GMJB 4W5RA 4E89A 3VQ4A 1ASVA 1Q9YA 3AO2A 3F9KA 4KB1A 3RMCA 1VSHA 1X9SA 1DTQA 5J1EA 1BHLA 1TKZA 3D45A 5J2PA 1UWBA 1QHTA 4B9LA 4DSIA 3CM5A 1NKBA 4W5TA 1B9DA 4G1QA 2X6SA 1C0UA 1HNVA 1TK5A 4OKEA 4FLUA 4F4KA 1RTJA 3TI0A 1KVBA 1S1UA 5JS2A 4AHUA 1BL3A 1RDAA 3O3HA 3NHGA 1W0HA 4FLWA 3P83D 4FZYA 3A2FA 5FDLA 2D0AA 4CK2A 4CJUA 4CIFA 3D0PA 1WN7A 4DTXA 1D9DA 2IAJA 4B3OA 4W5OA 3B6OA 4DMNA 3NFAA 4OKJA 3NDKA 1REVA 2Z1JA 3L2RA 2ZD1A 3DYAA 3JSMA 2B6AA 4OGCA 1U04A 4XIUA 1KSPA 4HCCA 4FJ7A 3L3VA 5CYQA 4KV8A 3SQ2A 4YFUA 2F8TA 4CJWA 3SUPA 1L3UA 4CK3A 3FFIA 1LAVA 3AVFA 4O0JA 2IGIA 3OJSA 2VG6A 2YKNA 3T3FA 4KI4A 3OJUA 3DLRA 4CGHA 3L2WA 1S1VA 4DF8A 4HTUA 4CJRA 3SPYA 1SUQA 4CEQA 1CXQA 1KFDA 4ID1A 1R0AA 5KRSA 4Y1DA 4J2BA 4IFYA 4LD0A 1FKPA 4CJEA 4KFBA 3ZSOA 3OYFA 3QEPA 3MXIA 4NYFA 2YKMA 2HNZA 4NCBA 1C0MA 4CJQA 3L8BA 2RN2A 1RT7A 3KKSA 5C25A 3DRSA 4OVLA 1F21A 3IRXA 4FLTA 3KK3A 4OGEA 4FLYA 1TKDA 4AILC 1RTDA 1TL3A 1RDBA 1YTAA 4IKFA 4BACA 4DTUA 3SNNA 1J54A 1TL1A 3AO1A 2XY5A 2HMIA 4O55A 4IBNA 3WNEA 4CK1A 4CJKA 3CYMA 3AO3A 3M8RA 1L3SA 1Q9XA 1JLAA 1VSMA 3U3YA 4E7HA 4CIEA 1BIZA 3ZSQA 4C8LA 1T03A 3L2UA 3LP1A 3LP2A 4RG8A 1EKEA 5CY4A 4C8MA 3OYIA 1YVUA 2IS3A 3KLIA 4DTNA 2B4JA 2DFEA 2ITGA 2FBXA 4FJMA 4KB0A 1I3AA 1LWCA 3RMAA 1BQNA 4DFMA 1RDDA 4M41A 1HQUA 4FM1A 3SQ4A 3VA3A 3NH1A 4KREA 3HPHA 4DSEA 4KHWA 2YNFA 2G8WA 4BDYA 4DQQA 4FXDA 1EETA 4DS4A 2P5OA 1HYVA 5KTQA 2NUBA 2PYJA 1ASUA 1WAJA 3AVJA 4BE2A 4DQRA 1S9GA 3SI6A 2DTUA 4DF4A 2YNIA 3TR8A 3VA0A 2OZMA 4YNQA 3MEEA 3QNOA 4B9VA 3I0SA 3DLEA 1WSGA 2PY5A 3HO1A 3SYZA 3KLFA 1BCMA 3LWLA 2O4GA 3V9XA 4I2PA 3QO9A 4BE0A 4HVJA 3C6TA 4JRQA 3K2PA 4NCAA 1QS4A 5DK5A 3KJVA 3K57A 1U48A 1VK0A 4CEEA 3V9ZA 3AO4A 4HCBA 4FJNA 1KLNA 4E0DA 1LW0A 2Q3SA 2G8KA 5DMRA 4DU1A 3DI6A 1J5OA 1RTHA 4CHYA 1JLGA 4CHNA 1NK9A 3DM2A 4K8XA 1NKCA 4DFKA 4CJ4A 3I8DA 4DFJA 3WNFA 1Q8IA 1BQMA 5HBMA 4CFCA 4OLBA 1G15A 4LSLA 4HUFA 4CERA 4CGIA 2HHVA 3AV9A 1RBTA 3DOLA 1TKTA 4F2RA 4W5QA 1WSIA 1TAUA 4KHNA 4FM0A 4BWJA 2P1JA 2OZSA 1X9WA 1HRHA 4QCLA 1RBRA 3C94A 3THVA 2F96A 1CXUA 3ZSWA 4OPKA 4EZ9A 4CGDA 2HW3A 4DG1A 1XC9A 2OA8A 2OPSA 3ZT0A 1Z26A 2XRIA 1JXEA 3HYFA 3LAKA 3OS1A 2Y1JA 1U47A 2RF2A 1S9EA 3AO5A 3NF6A 1VRUA 3O4NA 4M3UA 2KZZA 1HMVA 3OYJA 2KW4A 3M8PA 4KKOA 1XHXA 4ELTA 4OLAA 4CJLA 4H8KA 3TAPA 4DTOA 4M45A 2WOMA 3PX0A 3TANA 4AHVA 5KRTA 4AHTA 4Z0UA 1Z25A 3K5OA 1NKEA 2HHTA 3E01A 2R7YA 2A1RA 1CLQA 4I2QA 3ZSYA 3QINA 2O4IA 1Y97A 1LAWA 3AVKA 3LZIA 4PQUA 3LWMA 2W42A 2QK9A 3RMDA 5HROA 3P5JA 4ELUA 3ISNC 5C24A 4O5BA 4FYDA 2D0CA 4PA1A 4HUGA 3MEDA 4HUEA 1XHZA 1VSFA 3AVGA 3V9WA 1GOBA 1KTQA 3MECA 5CYMA 1VSDA 5HRNA 5JS1A 1LW2A 2ZE2A 2VWKA 2G8FA 1HNIA 4FK4A 4EP5A 3TABA 4DQSA 1N6QA 3NF8A 1SL1A 3UIQA 3BGRA 3PX4A 1HJRA 4B9TA 5HP1A 2JGUA 2HVHA 2RKIA 3NE6A 2IDOA 1RT1A 4UQGA 1RBUA 3AVBA 3O4QA 4CF2A 4N56A 4R5PA 4N5SA 1QQCA 2OPRA 3OYMA 4E7IA 4CCHA 2DFHA 4CFAA 3AA3A 3L2QA 4FK0A 1VSJA 3LAMA 4DLGA 1RILA 4F2SA 1RT6A 1C1AA 3IS9A 4DQPA 4CJPA 1RT4A 3QETA 3SQ0A 2BGGA 4AHRA 4E3SA 1NOYA 4FJXA 1NJXA 3OYEA 1C0TA 4Q0BA 4AHSA 2BE2A 3HSTB 4KTWA 2GUIA 3OS2A 4Z4EA 1GOCA 2GBZA 3HVRA 1VSKA 1L5UA 2HVIA 3V1OA 3U3GA 4KHQA 1N5YA 3ZT3A 3HT3A 5SZTA 3VQ9A 1QTMA 3CM6A 2YNGA 3OYGA 1J53A 2OYQA 1S6PA 3AA5X 2G8HA 4M42A 1JL2A 4GW6A 4CGJA 4CGGA 1RBSA 4NYNA 1CZBA 3SUOA 1RT3A 3AVMA 1VSIA 1IO2A 4CE9A 4CESA 3KK2A 3M8QA 1NK7A 1ZBHA 3TAEA 1EP4A 3MXMA 1WSJA 2LSNA 4IFVA 4EZ6A 3LP0A 4W5NA 2VG7A 3TAMA 4CEFA 1JLQA 3U6FA 4F3TA 3VQDA 4M3TA 3QIOA 4FZZA 3S9HA 1VSLA 3L2VA 3SV4A 4C8NA 3DRPA 4B8AB 1TK8A 5KGWA 4PWDA 3KKRA 3SV3A 1D5AA 4CJSA 1U45A 1U49A 1RTIA 4CJFA 3EZ5A 3OS0A 3EY1A 3HP9A 3KLHA 3V1QA 3SZ2A 1QSSA 4M3ZA 1S1XA 2XY7A 5HRRA 5HLFA 4F3OA 4J2DA 4KPYA 1L3TA 1HYZA 3DRRA 4RW7A 1ZBIA 4Z4GA 3CFPA 2IOCA 1KRPA 4N41A 3V4IA 4Q5VA 4H4OA 4CJ3A 2WONA 4O4GA 3RR8A 3SJJA 4KHYA 2KZMA 2FBVA 3IAYA 1SKWA 3M8SA 3AVAA 1XWLA 3SUNA 3EYZA 1KLMA 1ITGA 3SPZA 2VWJA 1A5VA 3VQBA 3KK1A 3WNGA 4FW1A 2FBYA 2PYLA 2HHXA 1LWEA 2E6LA 3B6PA 1SL0A 4FJ5A 3MAQA 2FBTA 1RDCA 4CJVA 4IG0A 1T7PA 3C95A 1QSYA 3VQ8A 1NJZA 2RPIA 3S3NA 2A1SA 3SCXA 3VQ5A 1BISA 4RW4A 4QOZB 2X78A 3V9SA 4KO0A 3ITHA 2KQ2A 3K58A 1JXBA 4CHOA 2PZSA 2I5JA 2HNDA 3S3MA 4FW2A 4E7KA 1FKOA 1NK4A 4ZHRA 3HPOA 3T19A 3DLKA 1T8EA 1SL2A 3ZSXA 4I7FA 1NOZA 4FJ8A 1BIUA 4CECA 4DTJA 1EXQA 1SKRA 1J9AA 4CF8A 1NK8A 3HM9A 4FLVA 1NJYA 2G8UA 3NF7A 3RTVA 3DOKA 4JS4A 4CEOA 3TAQA 3DMJA 4N47A 1XI1A 4KAZA 4CHQA 3NH0A 4I9LA 4DWIA 4FK2A 5K14A 3AVIA 3L3UA 4CF9A 3NBPA 4FLZA 4H4MA 5J2MA 3ULDA 4CF1A 1IH7A 1A5WA 3G0ZA 3PV8A 4FJHA 1UAXA 5KGXA 2HHQA 5FROA 3VQAA 2YHAA 4LY7A 5SWMA 3O3GA 3OY9A 1ZYQA 4KI6A 1HYSA 2XY6A 1BCOA 1JL1A 3K5NA 3LZJA 1D8YA 1KCFA 3ZT4A 1L3VA 4Z4FA 4Z4HA 3OYCA 3MXJA 3LDSA 4BDPA 1DLOA 1TAQA 1HQEA 1ZBFA 1WSEA 2DFFA 3CG7A 3LALA 3AVHA 4TSXA 4CF0A 5HRSA 1BI4B 3V81A 1T05A 2Y1IA 4KTZA 1TK0A 1HPZA 1FK9A 4IDKA 4E1MA 4CHPA 4JS5A 5FRNA 1KVAA 1ZBLA 3DLBA 3VQCA 3LANA 4J2EA 3NGZA 2B5JA 4C8OA 1TV6A 1C1BA 3RMBA 1BI4A 2YNHA 4CGFA 3AA4A 1JLBA 1WSFA 3LPUA 2P5GA 1NK0A 4N76A 4E7JA 3NGIA 2Z1GA 4M3XA 2X6NA 1C6VA 2XHBA 3TAFA 1IG9A 1SV5A 4FZXC 3V1RA 4E1NA 3KD1E 1QSLA 2QKKA 3ZSRA 1I39A 4B9SA 4EP4A 3K5LA 3AVLA 4Z4IA 4AH9A 5KI6A 1WAFA 4CEAA 4MFBA 5I3UA 4OKKA 2G8VA 1JLFA 4CHZA 4F8RA 3K5MA 1YT3A 4MQ3A 3HP6A 3QERA 3LPTA 3ZT2A 4CIGA 3IG1A 4OJRA 4CJ5A 4DTRA 2HB5A 4B8CA 1RCHA 3CFOA 5CZ1A 5HRPA 1VRTA 3NGYA 4GVMA 3K59A 4DTSA 4B9NA 1IKVA 4DSJA 1ASWA 3QLHA 4DU3A 3OYDA 4DTMA 3SUQA 1TKXA 3QIPA 3H08A 4DSFA 4DSKA 1VSEA 2ATQA 3OYLA 3NAEA 4FJGA 1W9HA 3QNNA 5EU7A 2XY8A 4M3WA 4FJLA 1A5XA 3S3OA 3TWHA 3ALYA 3ASMA 5J2NA 2E6MA 4CEZA 4E19A 3PO5A 1WSHA 1RT2A 2D5RA 2FC0A 3HVTA 4BE1A 2G8IA 4KHUA 2HNYA 2XO7A 2D0BA 3OYHA 1NJWA 5E41A 3PO4A 1ZBUA 2GV9A 2Z1HA 4DS5A 3QEVA 1BGXT 3QEWA 2QKBA 2VG5A 4BDZA 2AJQA 4OPJA 1U4BA 3KIOA 4ZTFA 1UOCA 1TGOA 2P51A 3OYKA 3HXMA 1UA0A 1S1WA 2KFZA 4HHTA 4RW8A 3ZCMA 3KTQA 1JKHA 1QE1A 3NH2A 2OPPA 3VQ6A 4CEBA 4FCYA 2YV0X 4DLEA 3BDPA 4K8ZA 3PX6A 1SKSA 2E4LA 1YTUA 1WLJA 2QXFA 3OYBA 3RRHA 3V6DA 1NK5A 4Z4CA 1RNHA 4B9UA 4DQIA 3RWUA 4I9QA 4PY5A 4FJJA 1LWFA 3TARA 1S1TA 3HK2A 3RR7A 4E7LA 1IKWA 2F8SA 3AVCA 3AA2A 4LSNA 4Y1CA 4NCGA 3KD5E 3MEGA 4WE1A 3PUFA 4ID5A 4RW6A 3DLGA 2HHSA 3PY8A 5FRMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IDHA 3RSEB 5CZ2A 2OPQA 4CJTA 4NLBA 4BRLA 4BWMA 4FJIA 3KWGA 1JCGA 2A42A 5FPMA 3SQ1A 5E84A 3O9UA 3RSEA 4FM2A 3WQUA 3ZT1A 3MX2A 4ELVA 2EX3A 1SAZA 5I42A 4DU4A 2JLEA 3P4IA 1IKXA 4LH4A 4A2AA 2UXDK 1WB9A 2FLOA 1JLEA 4DTPA 4LFCK 4FPAA 1S5JA 4X66K 5BRFA 4JKGB 1X9MA 3R3LA 5AQJA 1O1WA 4E1JA 5JLFA 3G10A 1YVNA 2NRWA 4E89A 4W5RA 4YOVA 3VQ4A 1ASVA 3AO2A 3SMPA 5AFUA 4JKGA 1WBBA 4KB1A 3RMCA 1DTQA 4DR3K 1BHLA 2ASMA 3D45A 3GBTA 3U8XA 5J2PA 3MWTA 2QWPA 4FSVA 1HNVA 2Q97A 3O8MA 4A57A 1RTJA 1S1UA 4FLWA 4WCEL 4FZYA 3A2FA 2D0AA 2PBDA 4BRIA 1WN7A 1D9DA 2IAJA 2HBLA 2JWLA 5AQIA 1Z05A 3B6OA 4DMNA 5LMNK 2Z1JA 3JSMA 4OGCA 1U04A 3L3VA 3VGKA 3SUPA 4CK3A 1HLUA 1XQSC 2YKNA 3DLRA 3DXMB 1R0AA 4ID1A 4YY3K 3UB5A 2CH5A 4IFYA 4EAHD 3CHWA 4LF7K 3CIPA 4RCHA 1RT7A 3DXMA 5JLHA 3IRXA 4AILC 4GKJK 3SNNA 4IBNA 4LF4K 3CYMA 3M8RA 1Q9XA 2VGNA 1VQ8N 4BR4A 3L2UA 1YVUA 2IS3A 1Y64A 4H5WA 2Q0RA 1YJ9N 4KB0A 1ATSA 3RMAA 2UUAK 4DFMA 4ISGA 4M41A 1HQUA 5AQRA 4JK8A 3SQ4A 3H6EA 2G8WA 4BDYA 5KQDA 3A0IX 1YIJN 2P5OA 1HYVA 3CC2N 1ASUA 4BE2A 1QHAA 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 4E19 A;  3PO5 A;  1WSH A;  1RT2 A;  2D5R A;  2FC0 A;  3HVT A;  4BE1 A;  2G8I A;  4KHU A;  2HNY A;  2XO7 A;  2D0B A;  3OYH A;  1NJW A;  5E41 A;  3PO4 A;  1ZBU A;  2GV9 A;  2Z1H A;  4DS5 A;  3QEV A;  1BGX T;  3QEW A;  2QKB A;  2VG5 A;  4BDZ A;  2AJQ A;  4OPJ A;  1U4B A;  3KIO A;  4ZTF A;  1UOC A;  1TGO A;  2P51 A;  3OYK A;  3HXM A;  1UA0 A;  1S1W A;  2KFZ A;  4HHT A;  4RW8 A;  3ZCM A;  3KTQ A;  1JKH A;  1QE1 A;  3NH2 A;  2OPP A;  3VQ6 A;  4CEB A;  4FCY A;  2YV0 X;  4DLE A;  3BDP A;  4K8Z A;  3PX6 A;  1SKS A;  2E4L A;  1YTU A;  1WLJ A;  2QXF A;  3OYB A;  3RRH A;  3V6D A;  1NK5 A;  4Z4C A;  1RNH A;  4B9U A;  4DQI A;  3RWU A;  4I9Q A;  4PY5 A;  4FJJ A;  1LWF A;  3TAR A;  1S1T A;  3HK2 A;  3RR7 A;  4E7L A;  1IKW A;  2F8S A;  3AVC A;  3AA2 A;  4LSN A;  4Y1C A;  4NCG A;  3KD5 E;  3MEG A;  4WE1 A;  3PUF A;  4ID5 A;  4RW6 A;  3DLG A;  2HHS A;  3PY8 A;  5FRM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IDH A;  3RSE B;  5CZ2 A;  2OPQ A;  4CJT A;  4NLB A;  4BRL A;  4BWM A;  4FJI A;  3KWG A;  1JCG A;  2A42 A;  5FPM A;  3SQ1 A;  5E84 A;  3O9U A;  3RSE A;  4FM2 A;  3WQU A;  3ZT1 A;  3MX2 A;  4ELV A;  2EX3 A;  1SAZ A;  5I42 A;  4DU4 A;  2JLE A;  3P4I A;  1IKX A;  4LH4 A;  4A2A A;  2UXD K;  1WB9 A;  2FLO A;  1JLE A;  4DTP A;  4LFC K;  4FPA A;  1S5J A;  4X66 K;  5BRF A;  4JKG B;  1X9M A;  3R3L A;  5AQJ A;  1O1W A;  4E1J A;  5JLF A;  3G10 A;  1YVN A;  2NRW A;  4E89 A;  4W5R A;  4YOV A;  3VQ4 A;  1ASV A;  3AO2 A;  3SMP A;  5AFU A;  4JKG A;  1WBB A;  4KB1 A;  3RMC A;  1DTQ A;  4DR3 K;  1BHL A;  2ASM A;  3D45 A;  3GBT A;  3U8X A;  5J2P A;  3MWT A;  2QWP A;  4FSV A;  1HNV A;  2Q97 A;  3O8M A;  4A57 A;  1RTJ A;  1S1U A;  4FLW A;  4WCE L;  4FZY A;  3A2F A;  2D0A A;  2PBD A;  4BRI A;  1WN7 A;  1D9D A;  2IAJ A;  2HBL A;  2JWL A;  5AQI A;  1Z05 A;  3B6O A;  4DMN A;  5LMN K;  2Z1J A;  3JSM A;  4OGC A;  1U04 A;  3L3V A;  3VGK A;  3SUP A;  4CK3 A;  1HLU A;  1XQS C;  2YKN A;  3DLR A;  3DXM B;  1R0A A;  4ID1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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