3NGYA

Crystal structure of rnase t (e92g mutant)
Total Genus 60

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 60
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngyA00
1HYSA 1TGOA 2DY4A 4NCAA 4FVMA 4KKOA 2FBVA 4IKFA 4CJUA 3WNEA 2DFHA 3AA2A 2BANA 4E19A 4ZHRA 2W42A 4FJXA 4Q0BA 4DF4A 4ZTJA 1UA1A 2P1JA 3VQ8A 4QOZB 4FLUA 4KI6A 4C8OA 4DTPA 3LALA 1S1VA 4GVMA 2G8VA 3ZSRA 1BCOA 4CFBA 4F2RA 3PX6A 3ULDA 3LP0A 1TV6A 3DLRA 4KB0A 4DU4A 1VRUA 1N5YA 1BQMA 1RBSA 4KFBA 2D0AA 4CJSA 4E7IA 4C8LA 3CFPA 4OGEA 2OPRA 2YV0X 4IDKA 2Z1HA 3OYFA 3VQ5A 4M3UA 4CEFA 4Z4FA 4CGDA 1JL1A 1Z25A 1WSHA 1BQNA 4E7LA 4FLVA 1X9WA 1O1WA 2QKKA 5J1EA 4DTRA 3DMJA 1KVAA 3V9SA 1X9SA 1Q9YA 3LANA 3HPGA 1W9HA 3SQ4A 1N6QA 2A1SA 3VQ7A 4CGJA 4HVJA 1VSHA 2XY7A 1EETA 3UIQA 1LWFA 3VQPA 5C42A 3P83D 3BDPA 2QK9A 1ZYQA 3AO5A 4AHRA 2E4LA 3O4NA 3S3MA 1DTTA 4FJ7A 4BDZA 3L2VA 4CK3A 4XIUA 3SUOA 3M8QA 2RPIA 3AA4A 1S6QA 4B9NA 4K8XA 1SV5A 2VG5A 1QQCA 3M8SA 1Y97A 3MEEA 4DFPA 2HNZA 3JSMA 4B9VA 4CJ5A 4FJHA 3V6DA 1C0MA 2A1RA 3SI6A 2F8TA 3QETA 4DWIA 1WNSA 1LWEA 3NAEA 3K5MA 1HNIA 4CJVA 1Q8IA 3F73A 4BDYA 4CJ3A 3AVLA 3ALYA 2KFZA 2X78A 3HYFA 2F8SA 1HMVA 1RT4A 2RN2A 3C6UA 4CJKA 4DU1A 1C0UA 3S9HA 1T7PA 4Z4IA 1RT6A 3OJUA 3MEDA 3QEXA 4DLEA 3DLEA 2DTUA 4FJ5A 1K6YA 1RTJA 1TL1A 1JLGA 2VWKA 3AVMA 3WNFA 3QINA 1JLBA 4EP5A 4ID5A 1NK0A 1QSSA 1R0AA 2KTQA 3OYLA 4OKJA 3OYCA 1LV5A 4RW9A 4CECA 4E7KA 2HHTA 4DTUA 1S1TA 4CFDA 4Z4EA 1RT2A 4FLTA 3OYGA 1T03A 2P5OA 1L3VA 1EKEA 1U47A 1TL3A 3NF9A 4PA1A 4CHPA 1SKWA 1LAVA 1VRTA 2YKNA 3ZSQA 3LPTA 1TK0A 3KLIA 1SL1A 3MECA 4QCLA 1S6PA 4CERA 3NH0A 5HP1A 3DM2A 5E41A 2AJQA 3AVNA 4DG1A 4BE1A 3QO9A 2YHBA 4HUFA 4FW1A 5CYQA 4CJQA 4IBNA 1JLQA 4CHOA 1JKHA 1F21A 2FBXA 1XWLA 3MXMA 3RMBA 1A5VA 2Z1JA 3DI6A 5KGWA 3ZSOA 3HSTB 3DOLA 3QEPA 4FJKA 2HW3A 5C24A 2B4JA 1X9MA 1TAUA 1SUQA 4KTZA 2HMIA 4F3TA 1DTQA 4BWJA 4FJIA 4HCCA 3PX4A 5HRRA 2OZMA 1VSIA 3P1GA 4FJ9A 4LSNA 3L2RA 3ZT3A 3RRHA 3CG7A 5FRMA 2KFNA 3LWMA 1YTUA 3FFIA 1Z26A 1A5WA 4O44A 3NDKA 1KRPA 3DLHA 3RWUA 5CZ2A 1BI4B 4CJLA 1VSJA 4H4MA 3VQ9A 4FK0A 3ZSZA 3ZSWA 1WLJA 4DQSA 2OPQA 2F96A 3NE6A 3KKRA 4HTUA 1HNVA 4O0IA 4O55A 2BGGA 4CJEA 4RG8A 3OYMA 4I2PA 3MAQA 2X6NA 3G0ZA 4CEZA 4UQGA 3CQ8A 4DFMA 2GBZA 2WONA 2ITGA 5FROA 1TKZA 2EX3A 3ZT1A 3HJFA 3V9WA 3HO1A 1CLQA 3RMAA 1RBUA 3D45A 2D0BA 3LP2A 4CE9A 4FZZA 2HHUA 4IFYA 1GOCA 3NHGA 4ELUA 3DRSA 3SNNA 2D5RA 2ZE2A 3PV8A 2IAJA 3HT3A 1LW2A 3V1RA 4ELTA 4I7FA 3DYAA 3AO1A 1TK8A 4QAGA 4AH9A 4W5NA 4KO0A 3VA0A 4DTXA 2Y1IA 3TAMA 1S9EA 4EP4A 3L2QA 3L8BA 4FLYA 1T05A 2JGUA 4DMNA 1KFSA 3EYZA 4DSLA 4KB1A 3SPYA 3QIOA 4DTMA 3U6FA 2HNYA 1ZBHA 1W0HA 3HK2A 3KK1A 2IGIA 4RW7A 1IKYA 4B9MA 3NFAA 1LW0A 3NGYA 4CF2A 3QEWA 4B9SA 4AHSA 4CHZA 4HUGA 1KCFA 3KLHA 3AVKA 1VSDA 4HUEA 3DOKA 4DFJA 1J54A 1RILA 3QNOA 1YVUA 4J2DA 1GOAA 4M41A 4E1MA 3KLGA 2BDPA 3O4QA 3NF6A 2IC3A 1NJYA 3P5JA 4FK2A 1TKXA 2KQ2A 2EHGA 5KRTA 3AV9A 2G8FA 3KKSA 5SWMA 3MXJA 1HJRA 3AO3A 4RW8A 4W5TA 3JYTA 4CCHA 3SJJA 4FZYA 1REVA 4ICLA 3U3YA 1XHXA 4M3RA 4N41A 2R7YA 4JLHA 5CY4A 3OYHA 3AVGA 3HM9A 3IS9A 2BE2A 4DTNA 1D9DA 1B9DA 4I9QA 4J2AA 4CHQA 4L8RB 2P51A 1CZ9A 4M3ZA 4OLAA 3LZIA 1J5OA 2Z1GA 4C8NA 1WSIA 2XRIA 3QLHA 3SQ2A 5D3GA 1HRHA 2KW4A 1ITGA 4CEOA 4ID1A 3SV3A 4CGGA 4B9UA 4LY7A 1ZBUA 3B6PA 3AVCA 3ZT0A 4CK1A 2HHWA 3ZSVA 4KHNA 4CF8A 3S3NA 3ASMA 2IS3A 4CJWA 4CJTA 4CJ4A 1ASWA 4NCGA 2PYLA 1ASUA 3VQDA 3V4IA 1T8EA 5FRNA 4MQ3A 4CGFA 3OYAA 3SYZA 3G10A 4BWMA 3QNNA 3NH2A 1GOBA 3LP1A 4OLBA 3VQQA 4AHVA 1BGXT 3H08A 4FCYA 3SCXA 4JS5A 2HVIA 4DSIA 3QEIA 2PYJA 3HP9A 2XHBA 4OPJA 5JS1A 2FBTA 1RDBA 1KFDA 3MEGA 4NYNA 3NBPA 3T19A 3PO4A 4CK2A 3LP3A 3OYDA 4W5RA 4E0DA 4M3WA 4KHWA 3BGRA 4MFBA 4OVLA 3OJSA 4RW4A 1VSMA 4PWDA 3EZ5A 3HL8A 3K59A 3SQ0A 4H4OA 1NJXA 1L5UA 2HHSA 3AA3A 3K5NA 5HROA 1VSKA 3RRGA 4FLZA 3L2WA 1ZBFA 3TAQA 4CJPA 1B92A 1EXQA 4OJRA 4F4KA 3O3HA 1JLAA 2O4GA 3M8RA 4DSKA 4KAZA 2E6LA 1RCHA 4LD0A 1QTMA 4TSXA 1S9GA 4CGHA 4BE2A 2O4IA 5EU7A 2D0CA 4PQUA 2ZQBA 2WOMA 3VQ6A 4Q5VA 1L3SA 4CEAA 1J53A 4KTWA 1C6VA 1RBTA 4W5OA 2OYQA 5FDLA 1QSYA 3SUNA 1KSPA 4CGIA 2YNHA 1ASVA 1FXXA 3VQ4A 3CYMA 1IKXA 1NK4A 4B9TA 3KK3A 4DQQA 5KRSA 4EZ9A 2XO7A 4W5QA 3L2UA 3TAGA 4CHYA 4JRPA 1RT1A 3TANA 3ZSXA 3VQBA 3KK2A 4FM0A 1EX4A 3ZCMA 4O5BA 1UWBA 3I0SA 3WNHA 5KI6A 4R5PA 2HNDA 4FJGA 3ZSYA 4FJ8A 4FYDA 1LAWA 3EY1A 4ELVA 1NK6A 5T7BA 3CFRA 3LZJA 1NK7A 3O3GA 1XC9A 3SUQA 1RTIA 4WE1A 1HPZA 4KV8A 2FC0A 3CM6A 2G8KA 3O3FA 3OS1A 3KD5E 4EZ6A 3I0RA 4J2BA 1FK9A 4IFVA 1HQEA 3AO4A 4DSJA 4Z4GA 1QHTA 4FJMA 4RW6A 1YTAA 3K57A 4FK4A 4YNQA 3OS0A 1JXEA 4N76A 1C1AA 1RDDA 3TAPA 1G15A 3NF7A 3C94A 2X74A 4B9LA 2X6SA 3AA5X 3OS2A 5K14A 1QE1A 1MU2A 3HVRA 2GUIA 4CJFA 3RMDA 1DLOA 3QEVA 2HHXA 2RF2A 3TI0A 1RT5A 4CF9A 5HRSA 1JL2A 3D0PA 3I8DA 2YNIA 1L3UA 2I5JA 4DTJA 4B3OA 4E7HA 4J2EA 1UAXA 4OKEA 3AVIA 1BISA 5J2MA 1U45A 4FJJA 3SPZA 1IKVA 2QXFA 3VQAA 2QKBA 3QIPA 3QESA 1NKEA 1C0TA 1CZBA 3DRPA 5J2PA 3OYIA 3AVHA 1U04A 2DFEA 4LH4A 3SZ2A 1QS4A 1U48A 4FJLA 2Q3SA 5J2QA 3E01A 5HLFA 2HB5A 1L3TA 4F2SA 1IO2A 4G1QA 4CFAA 1WSFA 4K8ZA 3VQEA 3T1AA 1C1BA 1CXUA 2VG6A 1HYZA 4CHNA 3ZT4A 1D9FA 1ZBIA 2KZZA 3NCIA 1TAQA 3PX0A 1Q9XA 3HVTA 1IG9A 4O0JA 3V9UA 3DLKA 1NKCA 2OZSA 3HPHA 1TVRA 1UA0A 1NJWA 2LSNA 2HHQA 2YHAA 4DF8A 4KHUA 3KIOA 4CEDA 3SUPA 4M3YA 3U3GA 1J9AA 3V9ZA 3OYBA 3K2PA 3L3VA 3WNGA 3OYEA 4FLXA 3LPUA 1JLCA 4DSFA 2PY5A 4O4GA 4IG3A 4Y1DA 1S1XA 1BHLA 4KHSA 4PY5A 2B6AA 3VN5A 3VQCA 1JXBA 3A2FA 4CEEA 1KTQA 3RR8A 4F3OA 4JRQA 4GW6A 3RTVA 2DFFA 3AVJA 4M3XA 4KHYA 3DRRA 1S1UA 1B9FA 1D5AA 4CFCA 3OYJA 4LSLA 5C25A 3VA3A 4N5SA 1U4BA 4N56A 3L3UA 4CF1A 2HVHA 3TABA 4FM1A 3AVFA 1VK0A 4C8MA 1NK9A 4C8KA 4FXDA 4CEBA 5J2NA 3RR7A 1BL3A 2G8HA 4F8RA 2NUBA 4DS5A 1RNHA 1RT7A 2RKIA 4Z4HA 5I3UA 2P5GA 2ZD1A 2PZSA 1RBRA 1SL0A 4HCBA 3V9XA 4CIFA 4KRFA 1KLMA 4FW2A 4DLGA 4N47A 1HQUA 4H8KA 1IH7A 1WSJA 2ETJA 1RTHA 5DMRA 4Z0UA 5CZ1A 3V81A 1NJZA 1NKBA 1D8YA 3V1OA 3NGZA 2ATQA 3S3OA 1WN7A 3PUFA 3KLFA 1HYVA 4NCBA 5HRPA 3HXMA 3C6TA 4FJNA 2FBYA 2YNGA 1I39A 3K5LA 2XY8A 1C1CA 4OKKA 5DK5A 3ZT2A 1BIUA 3SQ1A 1IKWA 2VWJA 3OY9A 4E7JA 4DQRA 1WAFA 4DTOA 3TR8A 3KD1E 3ITHA 5KTQA 4CIEA 2OA8A 3LAKA 3DLBA 1I3AA 5KGXA 1JLEA 2JLEA 2B5JA 3TAEA 3PO5A 3K58A 1XI1A 4KHQA 3CM5A 4IG0A 4DS4A 4M45A 3IG1A 3OYNA 4I2QA 4JS4A 3IAYA 3T3FA 1TKTA 1WAJA 3CFOA 1S5JA 4E1NA 4KPYA 3LWLA 2XY5A 3QERA 3M8PA 3V1QA 1A5XA 2Z1IA 4BACA 2YKMA 4FM2A 4ZTFA 2KZMA 3HPOA 3LAMA 4CF0A 1VSFA 4AHTA 4BDPA 1RDAA 1RTDA 1BI4A 1SL2A 3HP6A 3SV4A 1CXQA 1RBVA 1XHZA 4DQPA 1JLFA 4Z4CA 3NH1A 4DFKA 1YT3A 1UOCA 4CESA 1NK5A 4CIGA 4M42A 3OYKA 4KTQA 3MXIA 1SKRA 4DSEA 4DTSA 3LDSA 4DU3A 3TWHA 1KLNA 4BE0A 1KVBA 4CJRA 3AVBA 1NK8A 2IDOA 4LH5A 1VSLA 2GV9A 1ZBLA 4YFUA 1NOYA 1QSLA 2HHVA 2OPSA 1KVCA 1S1WA 1VSEA 2OPPA 3RMCA 4KREA 3AO2A 1TK5A 3K5OA 3NGIA 1BIZA 1BCMA 4AILC 3PY8A 4DQIA 1LWCA 3KTQA 4AHUA 3NF8A 5HBMA 2XY6A 1RDCA 2G8WA 2G8UA 4PUOA 4Y1CA 5SZTA 2G8IA 1FKPA 1EP4A 4OPKA 4CEQA 1X1PA 3AVAA 1FKOA 5JS2A 3OVNA 4NYFA 4E3SA 1WSGA 1TKDA 4I9LA 4AHCA 3C95A 4GMJB 3ISNC 4OGCA 3TAFA 1SKSA 1RT3A 3IRXA 3THVA 2IOCA 4FLWA 2E6MA 4FZXC 4B08A 3B6OA 4E89A 4M3TA 3TARA 1U49A 4B8AB 1NOZA 3DLGA 3F9KA 2Y1JA 4HHTA 3KLEA 2YNFA 2VG7A 5HRNA 3KJVA 4B8CA 5CYMA 1WSEA 4KI4A 5I42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HYSA 4NCAA 2FBVA 4CJUA 3WNEA 4FJXA 2BANA 4K41A 4Q0BA 4ZTJA 3VQ8A 4BRPA 4C8OA 1VHXA 1HKBA 4CFBA 2QEXN 3PX6A 3LP0A 3DLRA 4KB0A 3OHRA 4DU4A 1VRUA 1N5YA 2UUCK 1RBSA 4C8LA 3GE1A 1YI2N 5BN8A 3OYFA 1JL1A 1VQ4N 1X9WA 2YJEA 3N4PA 1TYQA 2A1SA 2P9NB 5AQVA 4C1NI 1EETA 3P39A 2ASMA 2YHXA 4BVOA 3CETA 4BR7A 3S3MA 1DTTA 5AQNA 4FJ7A 4BDZA 1Q86O 4A2BA 3DAWA 3M8QA 4H5NA 1SV5A 2VG5A 3C6AA 3M8SA 4M7XA 3OW2M 4DFPA 4IWVA 2HNZA 4B9VA 2CH6A 4FJHA 2E1ZA 3K5MA 2KLAA 3F73A 4CJ3A 2F8SA 4DV4K 1C0UA 3S9HA 3O1WA 1RT6A 1K8AO 4FJ5A 1JLGA 1X9JA 4GY2B 3VGMA 3WNFA 4JKFA 4EP5A 4JI8K 3OYCA 4CECA 5KPZA 4Z4EA 1RT2A 3OYGA 3K9JA 3NF9A 5AQSA 3MECA 3O9UA 5E41A 2AJQA 3AVNA 4BE1A 4AM6A 2P9UA 3HZ6A 3QO9A 4JAXA 4BRGA 2J4RA 1F21A 2HBJA 2QWOA 3HSTB 4XH1A 4KTZA 4ILGB 4BWJA 3HRGA 4HCCA 2OZMA 3P1GA 2V7ZA 5IT9O 4LSNA 4ISEA 5FRMA 3LWMA 2ZM6K 1YTUA 3FFIA 4HWIA 1Z26A 1A5WA 4O44A 1KRPA 3DLHA 3RWUA 3CCMN 1X3MA 2CGLA 3TTDA 3WEEB 3NE6A 4Y0WA 2I7PA 4O0IA 3OA9A 4I2PA 3FZKA 3I56N 3C0BA 1VQ9N 3HO1A 2O8CA 3CCSN 1YUWA 3OBWA 4H0VB 3DRSA 3L6QA 3CCJN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HYS A;  4NCA A;  2FBV A;  4CJU A;  3WNE A;  4FJX A;  2BAN A;  4K41 A;  4Q0B A;  4ZTJ A;  3VQ8 A;  4BRP A;  4C8O A;  1VHX A;  1HKB A;  4CFB A;  2QEX N;  3PX6 A;  3LP0 A;  3DLR A;  4KB0 A;  3OHR A;  4DU4 A;  1VRU A;  1N5Y A;  2UUC K;  1RBS A;  4C8L A;  3GE1 A;  1YI2 N;  5BN8 A;  3OYF A;  1JL1 A;  1VQ4 N;  1X9W A;  2YJE A;  3N4P A;  1TYQ A;  2A1S A;  2P9N B;  5AQV A;  4C1N I;  1EET A;  3P39 A;  2ASM A;  2YHX A;  4BVO A;  3CET A;  4BR7 A;  3S3M A;  1DTT A;  5AQN A;  4FJ7 A;  4BDZ A;  1Q86 O;  4A2B A;  3DAW A;  3M8Q A;  4H5N A;  1SV5 A;  2VG5 A;  3C6A A;  3M8S A;  4M7X A;  3OW2 M;  4DFP A;  4IWV A;  2HNZ A;  4B9V A;  2CH6 A;  4FJH A;  2E1Z A;  3K5M A;  2KLA A;  3F73 A;  4CJ3 A;  2F8S A;  4DV4 K;  1C0U A;  3S9H A;  3O1W A;  1RT6 A;  1K8A O;  4FJ5 A;  1JLG A;  1X9J A;  4GY2 B;  3VGM A;  3WNF A;  4JKF A;  4EP5 A;  4JI8 K;  3OYC A;  4CEC A;  5KPZ A;  4Z4E A;  1RT2 A;  3OYG A;  3K9J A;  3NF9 A;  5AQS A;  3MEC A;  3O9U A;  5E41 A;  2AJQ A;  3AVN A;  4BE1 A;  4AM6 A;  2P9U A;  3HZ6 A;  3QO9 A;  4JAX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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