3NGYA

Crystal structure of rnase t (e92g mutant)
Total Genus 60

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (9-14)EMPTYTI2 (31-34)TI'1 (14-17)TI1 (30-33)S4 (114-119)S1 (17-26)S3 (52-61)TI3 (47-50)AH7 (183-204)S2 (36-46)TI4 (81-84)TIV1 (85-88)AH3 (92-109)TVIII1 (138-141)O1 (11-112)AH5 (151-159)AH6 (164-171)TIV4 (179-182)3H1 (177-179)AH2 (72-78)TI5 (84-87)S5 (143-150)TIV2 (119-122)AH4 (122-136)TII1 (65-68)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 60
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngyA00
4GMJB 2P5GA 3ZSYA 1U48A 4FJNA 3NF6A 4DFJA 1KTQA 1RT6A 1WSFA 1FKOA 5C24A 2HHQA 1QSLA 3OYGA 3NF8A 4NCAA 3RWUA 1T05A 1L3VA 4M3WA 1Z26A 1UWBA 3LALA 4B9TA 3WNGA 4LSNA 3LWLA 4OLAA 3LWMA 3MEEA 4FJHA 3ZCMA 3OS2A 3D45A 1SV5A 3HVRA 2YKNA 4KHYA 5FDLA 1NKCA 1VSKA 4CEEA 1QHTA 3TANA 3DLEA 4K8ZA 1YTUA 1EXQA 3AVHA 3LZJA 1RBSA 3OYJA 1S1UA 3AVAA 3HJFA 4KREA 4E1MA 1YT3A 4KTZA 4IBNA 4BWJA 4FCYA 1HPZA 4E3SA 2Y1JA 1WN7A 1HYZA 3L2UA 4FK2A 3MECA 1QE1A 4HCCA 3AVJA 5KTQA 3NHGA 4FM0A 4DU1A 3C95A 3SUNA 2X74A 3DI6A 1NJZA 1LV5A 4C8KA 4DQPA 3IAYA 4KRFA 1BI4B 1RT5A 3AO3A 3ITHA 5KGXA 1NOZA 2OPSA 2G8WA 4KHWA 4LH5A 1HYSA 1U04A 3OYBA 3RRHA 2HNDA 3ZT1A 4CEOA 1WLJA 1I3AA 3AVLA 3SQ1A 3AO4A 1C1CA 4FW2A 3TAEA 4BACA 4E7JA 4FJ7A 4BDPA 2YV0X 3VQDA 1KRPA 4O4GA 2D0AA 1U45A 3QEXA 3CFOA 3G0ZA 4DTSA 4CJVA 4B8CA 3ZSZA 3AA2A 3S9HA 4E7KA 3VQ5A 2IC3A 4YFUA 5K14A 2G8UA 3NGIA 2DFHA 4CGDA 4RW6A 3KIOA 4FJIA 1LW2A 2XO7A 2HHTA 1HNIA 3KD1E 1HNVA 2Q3SA 1ZBFA 4C8LA 4CESA 2Z1JA 4M45A 1VSHA 2P5OA 3TAFA 4CEFA 5J2MA 3OYFA 4GW6A 4DTMA 3DLBA 4F2RA 4OKKA 3LAKA 2QXFA 3KJVA 3OS0A 1XI1A 4F2SA 3AA5X 1NK4A 1SKRA 5HRRA 4I2PA 4N5SA 1JLGA 4ICLA 2VWKA 4CHOA 2IAJA 1KLNA 3NCIA 1QSYA 3DLHA 3M8PA 2OZMA 3AO1A 1RT3A 1GOCA 1L3UA 3VQ4A 3KLIA 1NK6A 4MQ3A 3E01A 3L3UA 2GUIA 1WAJA 4O44A 3VQ7A 4NYFA 4NCGA 3QEWA 3MXIA 2B5JA 3RMAA 1KSPA 4B9VA 1ZBIA 4OPJA 4HUEA 4OKEA 2XRIA 4E19A 2XY7A 2RPIA 3LAMA 4AHSA 3VA0A 1L3TA 2DTUA 1RNHA 3OY9A 3K57A 1C6VA 1IKXA 1RBTA 3ASMA 1HJRA 5JS2A 1JLCA 5E41A 3NH2A 2HHSA 3HK2A 5J1EA 3OYHA 5KRTA 2F8TA 4Q5VA 3RMCA 4R5PA 1RBVA 3C94A 4CGJA 1C1AA 1NK7A 1O1WA 3V9ZA 3O3GA 3HPHA 3V81A 4CHYA 1NOYA 1FXXA 2VWJA 1TL1A 1NJXA 1BIZA 2KW4A 5EU7A 4CE9A 4CK2A 3JSMA 4DFMA 2O4IA 1J9AA 4CERA 1RTIA 3V9WA 1NK0A 3PX6A 3K5OA 3V9UA 3LP0A 2B4JA 3WNFA 2GV9A 4CHNA 4FLXA 4IFYA 4DS4A 1KVCA 4B08A 4DFPA 2BGGA 2KZMA 5CY4A 1JLEA 4Z4GA 1WSHA 1X1PA 3M8SA 3O4QA 4W5NA 4KTWA 3ULDA 5FRMA 3H08A 1S9EA 2VG7A 1N5YA 4WE1A 3HO1A 3VQAA 5HBMA 2OPQA 2R7YA 4F3TA 1RTDA 3U3YA 1KVBA 2KZZA 3HT3A 2XHBA 3SUQA 4CFDA 3PX4A 4GVMA 2FBXA 1X9WA 1BHLA 3RTVA 2BANA 4M3RA 3HM9A 3C6TA 3A2FA 1VSLA 3KLHA 3PO4A 4CJRA 4FJGA 3CYMA 1BQNA 4DFKA 4BE1A 2XY5A 1N6QA 4CF1A 3KK1A 4Z0UA 4Z4IA 4DU4A 4CJKA 4Z4CA 3PO5A 2HHWA 4B8AB 3NE6A 3MAQA 1S1VA 2YNGA 3L8BA 4DLGA 4CECA 4DTUA 4CIGA 3SQ0A 4CHQA 4PA1A 1S1TA 4CJTA 5SWMA 1NKBA 4FLVA 4CJFA 3L3VA 3DYAA 4KB0A 2YHBA 3TAMA 4DTOA 3HPOA 4DMNA 4CFAA 4CHZA 4FLYA 3WNEA 1SL2A 4OKJA 1KCFA 3T1AA 4L8RB 3LPTA 4CJEA 4CJQA 4DF4A 1BQMA 1WSJA 3QIOA 3QEVA 1UA0A 4J2BA 1S5JA 3QNNA 2DY4A 5KRSA 3S3NA 3LP2A 3B6PA 4M42A 3HYFA 3O3HA 4FYDA 1HQUA 1D9DA 4DSIA 1ZBLA 4KHNA 4CEQA 4CFBA 1D5AA 4FLWA 4FZXC 2Z1GA 1RTJA 1TAQA 3OYMA 4HVJA 4DG1A 1DLOA 3OYKA 4F3OA 5J2PA 4IKFA 4BWMA 3OYLA 3K58A 1RT7A 1TKXA 1CZBA 4W5RA 1D8YA 1K6YA 3OYCA 1J5OA 3M8RA 2OA8A 1R0AA 3UIQA 1J54A 1ZBUA 3OYEA 1RILA 5I3UA 2I5JA 1NKEA 1IG9A 1NK5A 3TWHA 1CLQA 1QSSA 5J2QA 1S6PA 1A5WA 1BGXT 3MXJA 1WAFA 4YNQA 3K5NA 4CHPA 4E7HA 1TAUA 1LW0A 3VQ9A 3VQCA 1EX4A 4CF0A 1DTTA 1YTAA 4FZZA 4M3XA 4FW1A 4CGGA 2HNZA 3BDPA 2JGUA 4RW7A 4B9MA 3DRSA 1C1BA 4CIEA 1NJYA 1C0MA 2EHGA 3RR8A 1VSJA 3AVCA 4Y1CA 3DM2A 4FJLA 1WNSA 4RW8A 1I39A 5CYMA 1VRUA 3VN5A 2IS3A 3TAPA 2ZQBA 3VQEA 2IDOA 4F4KA 1B92A 3QEPA 3SUOA 1JL2A 1JKHA 1RDAA 1VSFA 1A5VA 3ZT4A 5J2NA 2XY6A 3LP3A 4N76A 3G10A 2KFNA 4OLBA 2RKIA 3OS1A 3K59A 2HVIA 4KHSA 4CEAA 4E7LA 1RT1A 3KTQA 2QKBA 4B3OA 3OYDA 1JL1A 1UAXA 1HQEA 3NF9A 2Y1IA 2G8HA 3KKRA 2DFFA 4M3ZA 4FK0A 1REVA 2Z1HA 4W5OA 1W9HA 4QOZB 3AVBA 3CQ8A 3QEIA 3HSTB 4C8NA 4DQRA 1IO2A 1T03A 3TR8A 3L2QA 1X9SA 3DLGA 4RW4A 3AVGA 4Z4HA 4CIFA 3SV4A 4AHVA 4DQSA 1CZ9A 2HVHA 3DOLA 5FROA 3MEGA 4OJRA 4FVMA 2KQ2A 4HTUA 1XHZA 2RF2A 4CEDA 3NDKA 4BDZA 4Y1DA 3SCXA 4G1QA 4FZYA 3RR7A 5HROA 5HP1A 2EX3A 1QQCA 4DLEA 4FLZA 1G15A 3KKSA 3KLGA 1FKPA 1YVUA 3TAQA 4QAGA 4CCHA 3OJSA 4XIUA 2A1SA 4F8RA 4Z4FA 1RDCA 3F9KA 4J2DA 1T8EA 3B6OA 5KGWA 3P83D 3RRGA 4M3TA 1ZBHA 2G8IA 4CEZA 4W5QA 3PY8A 3LDSA 3U6FA 4HHTA 3BGRA 4DTJA 3IS9A 4EZ9A 4JS5A 1RBUA 2X6NA 1S9GA 3PX0A 4PY5A 4Q0BA 4E7IA 4H4MA 3KK2A 3QESA 2JLEA 5T7BA 3SJJA 2OZSA 2OPPA 1GOAA 2FBVA 2F96A 1Y97A 1BCOA 1T7PA 4I9LA 4PQUA 3HPGA 1FK9A 4AHRA 3EZ5A 2OYQA 4C8OA 2PZSA 3RMDA 1RTHA 2OPRA 2PY5A 1W0HA 3K2PA 3ZSRA 1LWFA 4ZTJA 1TK8A 3OYNA 4N56A 4FM1A 4KI6A 3AVMA 4H8KA 3ALYA 3AVKA 3HP6A 1C0TA 4BE0A 5I42A 3LPUA 4IFVA 2HMIA 3AA4A 2QK9A 3ZSVA 4CF8A 3OJUA 4JS4A 1HYVA 3V1OA 4FLTA 1VSIA 2FBTA 3KLEA 2YNIA 1WSGA 4O0JA 2P51A 1JLBA 2O4GA 3M8QA 2ZD1A 2D0BA 3S3OA 1U47A 4DSJA 4OGEA 4PUOA 4LY7A 5D3GA 4BE2A 3LANA 3V9SA 4I9QA 3DOKA 3ZSXA 5SZTA 2HNYA 1EP4A 1IH7A 2YKMA 3KK3A 3NAEA 5DMRA 3KLFA 1U49A 1S1WA 1NK8A 1SL1A 2NUBA 3AVNA 1TK5A 3ZSOA 4ELVA 1KLMA 4CK1A 5HRPA 3NH1A 3SNNA 5HRNA 1C0UA 2P1JA 1Z25A 1EKEA 1ASVA 3C6UA 4CGFA 3CM5A 3CFPA 3LZIA 2BE2A 3QLHA 1KVAA 2E4LA 5CZ2A 5C42A 3AO2A 1UOCA 3V4IA 3MXMA 4ZHRA 2X6SA 3L2RA 3EYZA 2F8SA 4HUGA 3V1RA 3K5MA 4OPKA 4EP4A 3SUPA 1IKYA 1VSEA 2ZE2A 2XY8A 3ISNC 1GOBA 2X78A 2YNHA 4H4OA 2A1RA 2WOMA 3I0SA 4HUFA 4QCLA 3O4NA 4IDKA 5FRNA 4DU3A 4CJ5A 1X9MA 1RCHA 4E0DA 1CXUA 4O5BA 5DK5A 3TI0A 4E1NA 1BIUA 3SPYA 1TGOA 1TK0A 4DWIA 4CGHA 3DRPA 3SQ4A 3CG7A 2QKKA 1SKSA 1B9DA 3SYZA 1Q8IA 3V1QA 4DTPA 2PYJA 3AO5A 3FFIA 3SPZA 4ID1A 4J2EA 4CJLA 2IGIA 4FJ5A 3QIPA 4OGCA 1BI4A 4KO0A 1L3SA 1JLAA 4B9LA 1JLFA 4RW9A 3D0PA 2E6MA 1L5UA 3AVIA 2YHAA 2GBZA 3ZT3A 2HHUA 4CFCA 4KB1A 4CF2A 4NCBA 4N47A 1JXEA 1NK9A 4E89A 3PUFA 3OYIA 2KFZA 2YNFA 4DTNA 4BDYA 3S3MA 3NGZA 1RT2A 4CGIA 4N41A 2G8VA 3P5JA 3MEDA 1KFDA 5KI6A 4CJUA 3SZ2A 1ZYQA 4I2QA 4MFBA 1KFSA 4FJ8A 4C8MA 2AJQA 4FJJA 4DSLA 3WNHA 4DF8A 4KV8A 3DMJA 4FJMA 1B9FA 1IKVA 1SUQA 1VK0A 3IG1A 1VRTA 4DS5A 2PYLA 3CM6A 2ETJA 1LWCA 4KHUA 1BCMA 3OVNA 2G8KA 4AHCA 1HRHA 3CFRA 1JXBA 4CJPA 3PV8A 4TSXA 4AHUA 4CJSA 1TKDA 1Q9XA 4UQGA 4FXDA 1RDBA 2HHVA 3QO9A 3T19A 3P1GA 1XC9A 3AVFA 2E6LA 1TKZA 2WONA 4B9SA 3NF7A 1S1XA 2LSNA 1TL3A 1ASUA 4DSFA 3QERA 4M3YA 4O0IA 1J53A 3VQQA 4KFBA 4K8XA 1A5XA 4ZTFA 1TKTA 1XWLA 1VSMA 5CZ1A 1ASWA 3TABA 2HW3A 4I7FA 3SV3A 3DLKA 4CJWA 4CJ3A 4KHQA 2KTQA 3K5LA 4CF9A 3DRRA 4J2AA 3LP1A 3ZSQA 2G8FA 3SQ2A 1CXQA 1LAVA 4IG3A 4AILC 2DFEA 3HXMA 5CYQA 3VQPA 2ATQA 4KKOA 4NYNA 4O55A 5C25A 4CK3A 4FJ9A 4JLHA 3TAGA 1EETA 3QNOA 1MU2A 4IG0A 2VG6A 3ZSWA 4W5TA 1LAWA 1S6QA 2D0CA 4DTRA 1UA1A 4DTXA 4M3UA 1WSEA 5HRSA 3L2VA 3KD5E 2FBYA 1BISA 3THVA 2FC0A 3EY1A 4M41A 4LH4A 1ITGA 3SI6A 4DQIA 3VQ6A 3NGYA 1SKWA 2Z1IA 4JRPA 4KPYA 4Z4EA 1F21A 2VG5A 3TARA 4EZ6A 4FJXA 1BL3A 2D5RA 3V9XA 4CJ4A 3T3FA 4FLUA 3RMBA 1NJWA 4ELUA 5JS1A 4PWDA 1DTQA 1JLQA 3AA3A 1U4BA 4RG8A 4AHTA 4FM2A 3VQBA 3VQ8A 3V6DA 1XHXA 1TV6A 4DSEA 4B9UA 2ITGA 4AH9A 1LWEA 1VSDA 1RDDA 4FK4A 4FJKA 1D9FA 4KI4A 4KAZA 3AV9A 1HMVA 3ZT2A 3F73A 3QETA 4ELTA 4B9NA 5HLFA 4LD0A 3QINA 2BDPA 3HVTA 4EP5A 3ZT0A 3VA3A 2HB5A 3NFAA 3OYAA 4OVLA 1WSIA 2W42A 1SL0A 2RN2A 4DQQA 4DSKA 1Q9YA 3JYTA 1TVRA 4HCBA 4LSLA 3NBPA 3HP9A 3NH0A 1RT4A 4KTQA 2HHXA 1IKWA 4ID5A 3O3FA 1RBRA 3U3GA 4CEBA 3DLRA 2B6AA 3L2WA 1QTMA 1QS4A 3IRXA 4JRQA 3I0RA 3I8DA 2IOCA 3HL8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GMJB 3ZETA 4LF7K 1U48A 2O8FB 3FZKA 4B1UB 4CD1A 4M3WA 1UWBA 1T3VA 4LSNA 3LWLA 3BZKA 3OS2A 4LFAK 1J6ZA 1VSKA 5KPZA 3TANA 3AVHA 3LZJA 3OYJA 4KTZA 5BR9A 3L2UA 2D1KA 4KHPK 4HCCA 3AVJA 5KTQA 5F1XA 3J81O 3EE9A 3C95A 4FM0A 4DU1A 3SUNA 3OW2M 5EXWA 1QVGM 2G8WA 5GADP 1U04A 4CJ7A 2J4RA 3AVLA 3GDQA 4BACA 1M1KO 2YV0X 4O4GA 3QEXA 3F9MA 3ENBA 3VPZA 3CC7N 4CGDA 5FPDA 4RW6A 1HNIA 2P9LA 3KD1E 2Q3SA 1HKBA 4M45A 3TAFA 2ASMA 4GW6A 3VEVA 2WUSA 3FGUA 1XI1A 4ILHA 1JLGA 2GWKA 4NXMK 1RT3A 1NK6A 4PL8A 3L3UA 4KH5A 3QB0A 4L3QA 5BRFA 1WAJA 4NYFA 3EE8A 3RMAA 1KSPA 4HUEA 5EY4A 3D2EB 2RPIA 4BVOA 2DTUA 3SMPA 1RBTA 3ASMA 5JS2A 5E41A 5M1PA 5FPEA 2UXDK 2F9WA 3L0QA 3V9ZA 3VGMA 4CHYA 1NOYA 5JMVA 1NJXA 3JSMA 4DFMA 5AFUH 2FF6A 2Q2RA 2Q97A 4M63C 3V9WA 1T6CA 3V9UA 5C0YA 4CHNA 2GV9A 4U67L 4FLXA 4IFYA 4DS4A 4DFPA 1JLEA 3CERA 1NG9A 1X1PA 2YHYA 3ULDA 3VF6A 3H08A 5AQKA 4X66K 1N5YA 4WE1A 2UYTA 2P9NB 3TSQA 4F3TA 1KVBA 5AQXA 3MN5A 4CFDA 2E2OA 3C6TA 3A2FA 3ZETB 4FJGA 4JKBA 4DFKA 2CH5A 2XY5A 4CF1A 3KK1A 4Z0UA 5AQFA 4Z4CA 1BOTO 3EL2A 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4CF8A 3E9LA 1TYQA 5DM6L 2FBTA 1ATNA 2YNIA 5GINA 1ATSA 5GAEP 4BE2A 3LANA 4EAHD 3V9SA 4I9QA 3O5BA 3O9SA 1VQ4N 3KK3A 1IH7A 3WXMB 3EKUA 3MX2A 5DMRA 1U49A 1SL1A 1S1WA 4JI3K 1TK5A 4ELVA 5HRPA 1T6DA 2F8TA 3R6MA 3VERA 1EKEA 1BA1A 3GL1A 1RGIA 1KVAA 2QTDA 3AO2A 1IG8A 4ZHRA 2QWLA 4JHDA 3SUPA 2ZE2A 1GLCG 4HUFA 4QCLA 2ZWHA 3IMXA 1CXUA 1YVNA 1YI2N 5DK5A 4DWIA 4V19S 3CG7A 1B9DA 3SYZA 2NNWA 4J2EA 4OGCA 4KO0A 4I6MB 1L3SA 2E6MA 4DV7K 2BUPA 3MX5A 3MDQA 3LDOA 2D0OA 4N47A 3IDHA 2KFZA 3C7NB 2QA4N 2YNFA 2WTUA 4BDYA 1E3MA 5KI6A 3SZ2A 1KFDA 3EO3A 4I2QA 4FJJA 1YIJN 4JI0K 1B9FA 1IKVA 4DS5A 2FXUA 1VRTA 3IG1A 4XEIA 1LWCA 4BR7A 1HRHA 1S3XA 5KPRA 2YX6A 2ZGZA 4UQGA 4NLBA 2Q31A 2UXBK 3FZLA 2WONA 3R8EA 3G6EN 1WOQA 3VQQA 3LL3A 1TKTA 2JWLA 2P9UB 3DLKA 4DQ8A 3ULEA 3ENHA 3ZSQA 1CXQA 1LAVA 4IG3A 1KAZA 4DR2K 2HBJA 4KH6A 1K8KA 3I55N 4JK7A 2ATQA 4NYNA 4O55A 4CK3A 1BWFO 3CCEN 2CH6A 4W5TA 1S6QA 2NZTA 1WSEA 5HRSA 3L2VA 3LDNA 3THVA 2FC0A 4LH4A 3SI6A 4DQIA 3GE1A 4H5NA 5AQVA 4IWVA 3CMAN 4BRMA 2D5RA 3T3FA 4FLUA 2KKZA 4FM2A 1XUPO 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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