3NGZA

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (gc) with one mg in the active site
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngzA00
2IDOA 1R0AA 1D9DA 1N5YA 3C6TA 4ID1A 5DK5A 1QSLA 3K5MA 4FJ5A 3KLFA 2ETJA 4CGHA 5KRTA 3L2VA 2BGGA 3P1GA 1RDCA 2KW4A 4G1QA 4IG3A 1RT1A 1LW2A 4M3RA 1NKBA 3DLHA 4FCYA 3IAYA 1HYSA 4LSLA 1TGOA 3THVA 5CYMA 3AA3A 4AH9A 2OPSA 3NF7A 4HCCA 1J53A 2YKNA 4Z4EA 4KREA 4DQRA 2KFZA 3NF8A 3SUPA 2P1JA 4CHOA 3S3NA 3LALA 3ZSOA 1LWFA 3L2QA 4H4OA 1FK9A 3PUFA 1KRPA 4M42A 4FJ7A 3HL8A 3O4QA 4E0DA 1UA1A 3V9UA 2GBZA 2IS3A 2RPIA 1TV6A 3AA5X 3OYAA 3OYEA 4HUGA 1N6QA 2G8IA 2HVIA 3WNEA 2HHQA 1G15A 4WE1A 1HMVA 4FJLA 4DU4A 2DFHA 4W5TA 3OS1A 4MQ3A 4Q0BA 1YVUA 3T19A 4E7KA 2E6MA 4KTQA 4AHVA 2QKBA 1TL3A 3C6UA 3HP9A 5KTQA 4HTUA 3KLGA 1U48A 3K5LA 5C42A 5KRSA 4Y1CA 2ZQBA 4OKJA 1RILA 3OJUA 2O4GA 3MEDA 5HP1A 3SV4A 2DY4A 1EXQA 1Y97A 2Z1HA 3M8SA 3AVJA 4N76A 4I2PA 1RT3A 1JLQA 5HRSA 3TI0A 2X78A 4KHQA 3NH0A 1NK7A 1VSHA 1IKVA 3O3FA 4N56A 3M8RA 1SV5A 3RRGA 3VQ8A 1EX4A 5K14A 4B9VA 3KIOA 3E01A 3LZJA 3CYMA 3K59A 4O55A 3QIOA 4N47A 1HQUA 3VQ5A 4CEAA 3SZ2A 2KFNA 5JS1A 1S5JA 4FLYA 4AHUA 3AO2A 2BANA 4CEDA 1B9DA 3ASMA 3MEGA 4B9LA 4M3TA 3TARA 3A2FA 1KLMA 1WSEA 3NFAA 3O4NA 4LSNA 3ITHA 4M3YA 1C1AA 3OYNA 2VG5A 1Z25A 3HPGA 3OJSA 1VSDA 4DTJA 1L3TA 4Y1DA 3RTVA 4ZTFA 1CZBA 1RDDA 4GVMA 5HROA 2PY5A 1JLBA 4OLAA 1HJRA 3KJVA 5T7BA 1T8EA 3TAEA 1RT6A 3EY1A 2G8KA 4CGJA 1RTDA 4CEBA 1XI1A 3QETA 5I42A 3SPYA 2YHAA 1SL1A 3IS9A 1BHLA 4FLVA 1BIUA 1NK8A 1CLQA 3DYAA 2EX3A 3ZSZA 1UWBA 4CHZA 1KSPA 1ASVA 3LAKA 4MFBA 4KHWA 3ZT1A 3MXJA 1XHZA 1YTUA 1IH7A 4NCBA 1SKRA 1J5OA 3LP1A 4QCLA 2O4IA 1S9EA 3OYBA 2DFFA 2D0AA 3I0SA 4DFMA 4DSFA 5J2MA 3NF6A 4EZ6A 3OYKA 5CZ2A 1C6VA 1NOZA 4DSJA 3QEIA 1WSFA 3HPHA 2PYJA 3ISNC 3TABA 1LW0A 4CHPA 3OS2A 2FBVA 2HB5A 4C8OA 2YKMA 4CERA 4CFBA 4W5QA 4DLEA 2X6SA 1LWEA 2OZSA 3KK1A 3CG7A 5KI6A 4KPYA 2JLEA 4FK2A 1C1BA 1HNIA 4ZHRA 3DMJA 2OYQA 3DRPA 2XY8A 2VWJA 3PX4A 4F3OA 1RT5A 1KVAA 4BDYA 3MAQA 1A5XA 3P5JA 4DTRA 1RDAA 4EZ9A 1BCMA 4DTOA 3VN5A 1VSJA 2FC0A 4NYFA 4ICLA 4CFDA 4HUFA 1BI4A 4DU3A 4DTPA 1S1UA 4KHNA 3SYZA 1RBVA 5HLFA 3AA2A 4BE1A 1QSSA 4DS4A 1KCFA 3MXIA 4JRPA 4CHYA 1JLEA 2W42A 4B3OA 1KVBA 4ELTA 2F8TA 1B92A 2X6NA 4CJSA 3MXMA 4B9UA 1JL1A 3V9ZA 2YNHA 3QEVA 1L3UA 4FJGA 1CZ9A 1WNSA 4KFBA 4ZTJA 3SUOA 3LANA 1T03A 3D45A 4CJRA 4CEQA 4FW1A 4B9TA 4KI6A 1RNHA 2OA8A 3OYCA 3AVFA 2YHBA 4FK4A 3PX0A 1QHTA 2BE2A 4NYNA 3S9HA 4CEZA 5J1EA 4YFUA 1JLFA 4IDKA 1RBSA 3VQDA 2G8HA 4OGCA 4F4KA 1ZBHA 1FKPA 2HNDA 1BQNA 5CY4A 1YTAA 3V9SA 3C94A 3AVGA 1HQEA 4PA1A 2Y1IA 1JLGA 3HXMA 1VSIA 3QESA 3KTQA 3AVMA 4E1MA 5HRRA 2GUIA 1A5WA 2X74A 3MEEA 4CJ5A 3JYTA 3PO5A 3KD1E 1S6PA 3AA4A 2IOCA 4FLTA 4OKEA 1NKEA 2Z1IA 3KD5E 1B9FA 3L3UA 3LP0A 3VQBA 3V6DA 4R5PA 4PY5A 1RTJA 2G8FA 2HHVA 2ITGA 1KVCA 4I9LA 1RT4A 4AILC 3VQEA 2FBYA 4FZYA 1W0HA 3VQPA 1HNVA 1FXXA 1RCHA 1WAFA 3NDKA 4OGEA 1X9WA 3RWUA 4CE9A 1ZBUA 3OYIA 1TKXA 1IKYA 3NGZA 1EKEA 4AHTA 3V81A 3IG1A 2OPQA 3V1OA 4KB1A 3VQAA 1LWCA 1T7PA 3TANA 4E89A 3AVIA 4EP4A 5HRNA 1XWLA 2HMIA 4LH5A 3NF9A 3LP2A 3LWMA 1BI4B 3HYFA 3VQ4A 3ZSVA 1KLNA 5FRNA 3KK2A 4CJWA 1I39A 1TKTA 4E19A 3DOKA 1S1VA 3V1QA 4UQGA 2HVHA 4XIUA 1WSHA 4BDZA 3SQ1A 4DSKA 3DLEA 3L8BA 3VQ7A 4CECA 4FXDA 2KTQA 3ULDA 4E7IA 3RMDA 4C8KA 3TAMA 2RKIA 1EP4A 4Z4FA 2ZD1A 2G8VA 4E7LA 1S9GA 1WSGA 3SCXA 4N41A 1DTQA 1DLOA 4O4GA 1DTTA 3AVAA 4QAGA 2G8WA 1I3AA 1QSYA 1TL1A 4KHYA 4FM2A 2QKKA 1WN7A 1SL0A 4B9NA 3CFOA 3M8PA 3HO1A 4RW9A 4L8RB 3WNFA 3KLHA 3TR8A 1HPZA 3AVCA 1C0TA 4FLWA 2A1SA 4CJQA 3SQ4A 4CIGA 4CJUA 1D5AA 1WLJA 3K5OA 1JXBA 2BDPA 2YNIA 4DFKA 4CEOA 1Q8IA 1VSEA 3SQ2A 3DRSA 1JLAA 3U6FA 4F3TA 4W5NA 2I5JA 4W5OA 4FYDA 3BGRA 4CF8A 4CFAA 3ZT2A 4FLXA 3K58A 4J2EA 1ZYQA 3G0ZA 3B6OA 1EETA 1VSFA 4H8KA 1SUQA 3QERA 2XY6A 4FJ9A 2HW3A 2KZZA 3SPZA 4O44A 3MECA 2XO7A 1QTMA 3NAEA 1S6QA 4JS4A 3QLHA 4CFCA 3KKSA 4DSIA 3AVKA 3U3GA 4FVMA 2GV9A 1L3SA 4EP5A 4M3XA 5J2NA 4AHRA 5FROA 3VQCA 3RMBA 3SI6A 3PV8A 1MU2A 4HCBA 1LAVA 4N5SA 4K8XA 2IGIA 2HNZA 2OZMA 2A1RA 4QOZB 1LAWA 3ZT3A 2YV0X 4AHCA 1JKHA 1C0MA 4FJHA 4ELUA 3OYJA 4FLZA 1A5VA 1QE1A 1HYVA 3AO3A 1ASWA 3RR7A 4E3SA 1L3VA 2XY7A 3ALYA 1GOCA 4LD0A 1VRUA 1Q9YA 1IKWA 3ZCMA 5HRPA 2HNYA 4GW6A 1J54A 3OY9A 4CK1A 3NE6A 3ZSXA 3OYHA 1TK8A 2Z1JA 4CIFA 3AVLA 3ZSWA 3SV3A 1X9SA 2E6LA 5D3GA 1VRTA 3P83D 3V9XA 4IFVA 1XHXA 4DWIA 2VG7A 1SKWA 2KQ2A 4F2SA 3L2RA 1KFDA 1ITGA 2B5JA 4FM1A 3HP6A 3L3VA 2Y1JA 4M45A 4DMNA 3AO4A 4I2QA 4KTZA 1BL3A 1F21A 4FJMA 4FJXA 3CFRA 1VSLA 2R7YA 4DF4A 3SQ0A 3K5NA 4CJKA 4OPJA 1NJWA 4KHUA 2F8SA 1ZBIA 3LPUA 5DMRA 4CEEA 2F96A 4F2RA 3IRXA 3VQ9A 3LPTA 5CYQA 3ZT4A 4YNQA 1W9HA 2XHBA 4CGGA 4LY7A 3TWHA 2ATQA 3NCIA 1UA0A 1XC9A 1U45A 4CGIA 4CJPA 4HUEA 4DQSA 2D0CA 3H08A 3DLRA 3HSTB 3ZSRA 4PQUA 2WOMA 3DOLA 3CFPA 4FZZA 5SZTA 1IKXA 4OKKA 4PWDA 4Z4CA 4I9QA 3RRHA 1T05A 2QK9A 4RW7A 4BE2A 2DFEA 1S1XA 4KAZA 4FJIA 3EZ5A 2NUBA 4DQIA 3LAMA 4B9MA 5C24A 2PZSA 4Q5VA 2P5GA 5EU7A 2YNGA 3NGIA 3V1RA 1CXUA 1RT2A 4BDPA 4H4MA 3SUQA 4ID5A 3OS0A 3CM5A 3F9KA 3RMCA 4CJ3A 4O5BA 4RW6A 3RMAA 3L2WA 3NH1A 4PUOA 4LH4A 1TKDA 4RW8A 4K8ZA 2JGUA 1KTQA 3ZSQA 3AO5A 4Z4HA 1TAQA 5KGWA 4O0IA 3NHGA 3VA3A 1NJXA 2P5OA 4J2BA 2E4LA 1K6YA 3S3OA 3BDPA 1X9MA 1TAUA 4KV8A 4IBNA 4DTXA 2RF2A 4DTMA 2IAJA 4RW4A 1BISA 4HVJA 2D0BA 4BACA 3WNGA 3OVNA 4B9SA 4DG1A 3OYLA 3RR8A 2HHTA 2XRIA 3SNNA 1NK5A 4B8AB 4C8LA 1FKOA 2DTUA 2Q3SA 5FRMA 1RDBA 3AO1A 4CK2A 1HYZA 4E1NA 4KRFA 1JL2A 4GMJB 4DS5A 3I0RA 3AV9A 3KLEA 3D0PA 3FFIA 3JSMA 4CHNA 3M8QA 4JRQA 4DFPA 5C25A 3OYDA 3TAFA 3NGYA 3VQ6A 1GOBA 2EHGA 1ZBFA 2D5RA 4CJFA 1KFSA 1RBTA 3HK2A 1REVA 3OYFA 4FZXC 4CJTA 4IFYA 4C8NA 3SJJA 1WAJA 1RBRA 3TAQA 4OLBA 4TSXA 4M3ZA 1SKSA 3EYZA 1TKZA 3NH2A 1D8YA 1YT3A 1TK0A 2PYLA 3DLBA 2OPRA 4DLGA 3AVNA 1VK0A 4CJVA 4CJLA 2XY5A 3S3MA 1UOCA 4JS5A 2QXFA 4B8CA 4CF1A 3F73A 3QIPA 1QS4A 4I7FA 3T3FA 3K2PA 4FK0A 3VA0A 1J9AA 1C1CA 3LP3A 4O0JA 1RTIA 4DQQA 1NOYA 1CXQA 4W5RA 4DSEA 4KTWA 1WSIA 1X1PA 3G10A 3I8DA 1NK9A 3OYMA 1UAXA 3DRRA 3OYGA 3V4IA 4CF2A 1C0UA 4HHTA 3PY8A 1VSKA 4KI4A 2HHXA 4DTNA 3DI6A 1S1TA 3DLGA 5I3UA 4Z4GA 4C8MA 4CEFA 1NK4A 4BE0A 4FJ8A 2IC3A 3T1AA 2HHUA 4IG0A 3CM6A 4FJJA 4JLHA 3V9WA 1ZBLA 4FJKA 3LDSA 5J2PA 3HVTA 2WONA 3TAGA 4NCGA 5JS2A 4DTSA 3U3YA 4CJEA 1TK5A 4M41A 4AHSA 4DSLA 4DU1A 1IO2A 4Z4IA 1NK6A 3WNHA 4E7JA 1Z26A 2B4JA 4OJRA 1BIZA 3QEPA 1NKCA 1NJYA 1D9FA 4M3UA 3QO9A 4CHQA 4CCHA 1VSMA 1HRHA 2LSNA 3QEXA 2HHWA 1Q9XA 1NJZA 5KGXA 1GOAA 3ZT0A 3TAPA 1U04A 1BGXT 3HJFA 4ELVA 4CGDA 3QNOA 5E41A 4M3WA 4J2AA 3B6PA 3L2UA 2FBTA 1TVRA 1ASUA 2VWKA 5CZ1A 1RT7A 2ZE2A 2FBXA 3QEWA 4CESA 4OVLA 3NBPA 3KK3A 3SUNA 3DLKA 3VQQA 2HHSA 3QINA 4FJNA 1S1WA 3KKRA 2KZMA 1U49A 4CJ4A 4DFJA 3AVHA 3HVRA 2B6AA 3O3HA 4NCAA 4FW2A 4CIEA 4FM0A 1JLCA 4CF0A 2P51A 1BCOA 3LZIA 4CGFA 2YNFA 2RN2A 2G8UA 4E7HA 3PO4A 4BWJA 1L5UA 4F8RA 1WSJA 1BQMA 1JXEA 4DTUA 1O1WA 3AVBA 3C95A 4KO0A 3O3GA 5J2QA 4KB0A 3CQ8A 3HPOA 3LWLA 1SL2A 4CK3A 4FLUA 3PX6A 4KKOA 1U4BA 1RBUA 5HBMA 1LV5A 3ZSYA 1U47A 3DM2A 1RTHA 3KLIA 5FDLA 4RG8A 2AJQA 4CF9A 4Z0UA 3K57A 2VG6A 4OPKA 4J2DA 4DQPA 1NK0A 1QQCA 3HM9A 4IKFA 3QNNA 5SWMA 4BWMA 4KHSA 1IG9A 2OPPA 4DF8A 4B08A 2Z1GA 3HT3A 3UIQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9DA 1N5YA 2NRXA 5DK5A 3K5MA 4GV3A 1OVYA 5M1KA 3E9LA 4CGHA 4MLEA 2ZWHA 4M3RA 1RT1A 1T6DA 3THVA 5CYMA 4QS9A 2OPSA 3NF7A 3E66A 2QWPA 3NF8A 3S3NA 5KQ8A 4GV9A 1LWFA 3L2QA 1M90O 4DR6K 4GVEA 4JKDA 4FJ7A 1NLVA 2QXLA 1UA1A 2PBDA 4GKJK 3V9UA 4HUGA 4MQ3A 4E7KA 3QFUA 3KLGA 3K5LA 4IEEA 4Y1CA 4AF1A 2ZQBA 2W40A 3MEDA 5HP1A 2DY4A 1EXQA 4I2PA 4DV3K 1JLQA 3TI0A 1VQLN 4KHQA 3O3FA 3M8RA 1SV5A 3VQ8A 1EX4A 5K14A 4B9VA 1P8ZA 3E01A 5F0XA 3R8EA 3K59A 4N47A 3LDOA 3VQ5A 1B9DA 3ASMA 5EX5A 1GLCG 4DTJA 2UYTA 1NMNA 4OLAA 1JLBA 4CZEA 4DV7K 3KJVA 1HKBA 5EVZA 5T7BA 3THWA 1T8EA 3IFRA 3ATVA 3BF3A 4UY8O 2G8KA 1EWRA 3SPYA 2YHAA 3AGRA 1NK8A 2EX3A 1ASVA 3LAKA 1YTUA 3ZT1A 3WXIA 1GLJO 2D4WA 1RDWX 4NCBA 4BRLA 3LP1A 2DFFA 5C10A 5J2MA 3D2FB 3NF6A 4AM6A 3OYKA 4BC3A 2ZM6K 2PYJA 3TABA 3ULEA 3FE1A 3CG7A 5KI6A 3FZMA 1NU0A 4FK2A 1SZ2A 2XY8A 1P90A 1KVAA 4WQ5C 3I56N 4BDYA 4DV1K 3P5JA 4EZ9A 1BCMA 4CFDA 3EZWA 3DXMB 4KHNA 3SYZA 5HLFA 3AA2A 3CC4N 4B1VA 2HF3A 4BR5A 4KBOA 3VENA 3QEVA 1BUPA 1TUYA 1OKJA 1CZ9A 3SUOA 3D45A 4B9TA 4BVOA 4LF5K 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 3OYM A;  3OYG A;  1ATR A;  2NRV A;  3PY8 A;  1VSK A;  3UKU A;  4KI4 A;  1QZ6 A;  2P9U B;  3DI6 A;  1BDG A;  1S1T A;  3DLG A;  1VQ9 N;  1T3V A;  4Z4G A;  5E26 A;  1NK4 A;  2HHU A;  5BPM A;  3CM6 A;  3VEV A;  4FJJ A;  1ZBL A;  4A5A A;  3IUC A;  2HBK A;  1T6C A;  1TK5 A;  4FWP A;  2WFB A;  1NK6 A;  1BIZ A;  4DV6 K;  1D9F A;  3W3D A;  5GAH P;  2OAN A;  4M7Y A;  1BGX T;  4BG8 A;  4CGD A;  4J2A A;  3B6P A;  3L2U A;  1TVR A;  2VWK A;  3VF6 A;  3L0Q A;  1NM1 A;  3KK3 A;  2NRW A;  5AQH A;  3QIN A;  4BG9 A;  3ZX2 A;  3HM8 A;  4CJ4 A;  3G4S N;  4YHH K;  2O8D B;  4HTL A;  1BCO A;  3PIP L;  3WEE A;  1IBM K;  1WSJ A;  1BQM A;  1JXE A;  4RWT A;  4KB0 A;  3CQ8 A;  4WFB L;  4FOE A;  3HPO A;  1JCG A;  3LWL A;  3PX6 A;  4KKO A;  3A5L C;  1RBU A;  1Y64 A;  3UKU B;  5HBM A;  1LV5 A;  3ZSY A;  1U47 A;  4O8U A;  4JKH A;  1QVF M;  4DR3 K;  3K57 A;  2HBM A;  3HM9 A;  3UIQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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