3NGZA

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (gc) with one mg in the active site
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngzA00
2D0AA 3BGRA 4KO0A 3HVTA 4C8KA 3DYAA 4M41A 4C8NA 3EZ5A 5J2QA 4F2RA 1QTMA 3VQCA 3L2RA 3WNHA 3KJVA 4OPKA 1D9FA 3U3YA 1ITGA 5KI6A 3SPZA 1JXEA 1QSLA 3AVKA 3DLEA 1KFSA 4DTJA 3OS0A 4N41A 5HROA 1RT2A 1WNSA 3OYHA 2R7YA 3QETA 4DTXA 1C1AA 3DOKA 1BIZA 5HLFA 5SZTA 4JS4A 3NF9A 4AHTA 1WSHA 3ZT0A 4KHYA 3AO2A 4DSFA 1RCHA 1EETA 5HP1A 3CYMA 4PWDA 2D0CA 3TR8A 1VSHA 4CJFA 3TAQA 2E6MA 3FFIA 2RKIA 3OJUA 3B6OA 3MEEA 3KD1E 4CESA 3HM9A 4HTUA 4BE2A 4AHVA 1L3SA 2O4IA 3PO5A 2HNZA 4FJGA 4NCBA 1GOCA 1LW2A 3CFRA 4BDZA 4B9NA 4M3ZA 4B3OA 1IKYA 1RBUA 4CJRA 3KLGA 3ASMA 2XY6A 4Z4IA 2FC0A 3M8QA 3UIQA 2X6SA 3P83D 1RBVA 3U6FA 4DG1A 4PY5A 3NFAA 4FJ5A 5CYMA 5CYQA 4CEQA 2EHGA 1MU2A 4HCBA 3T3FA 4DTSA 3V9UA 3D45A 1W0HA 1L3UA 3CM6A 3L8BA 4B9TA 4B9UA 5CZ1A 4CEFA 4W5TA 3AVIA 3LP0A 3LP1A 3OYEA 2FBTA 2WONA 3AVLA 2FBVA 3LAKA 4RG8A 1TVRA 3VQPA 4CF2A 1T7PA 5I42A 3K2PA 3T19A 3HPHA 4C8OA 3O4NA 1WSJA 4W5QA 1KLNA 2HVHA 4W5RA 3KK1A 1NOZA 1JKHA 4FK4A 1JXBA 2IOCA 3CM5A 1CXUA 3ZSOA 2D5RA 3OYMA 5J1EA 3NDKA 3TARA 1T05A 2QKKA 4I9QA 1GOAA 4N47A 4DTUA 3TI0A 2X6NA 3ZSWA 3WNGA 1U47A 4FXDA 1HMVA 5D3GA 3HPGA 3V1RA 4J2AA 3DLHA 1VSFA 2DFFA 5HRPA 4O4GA 1SKRA 3KTQA 4DSJA 4CJUA 3SQ4A 4FJ9A 4CK3A 3PX4A 1NJXA 3DLGA 3IAYA 3ZSRA 3QEVA 4KHQA 4MFBA 1JL1A 1RT7A 1ZBFA 4CJ3A 5DMRA 4CJTA 4FM2A 3TAGA 4FLZA 1XWLA 4DSKA 1JLBA 3HSTB 3K5OA 3VA0A 4FJJA 3VQ9A 1VK0A 4E7JA 1S1VA 3DOLA 3IRXA 3KKRA 2X78A 3TWHA 3V6DA 3A2FA 1FXXA 1CZ9A 3KK3A 1D8YA 1HYVA 1KRPA 2KZZA 1BHLA 4CEEA 3HP6A 1C1BA 3NGZA 3NGYA 5CZ2A 3HL8A 1R0AA 4OLBA 2KFZA 2ITGA 3ZSYA 1SL0A 5HRSA 4QAGA 3K5MA 3G10A 1T8EA 4J2EA 2IC3A 2HHXA 1S9GA 4FW1A 4FZXC 4E3SA 2GUIA 3LAMA 1RDDA 1Y97A 3NBPA 1TL3A 4OKEA 4KHSA 1ZBHA 1IKXA 3SUOA 4N76A 3AVFA 3CQ8A 3AVJA 2F8SA 1XI1A 3OS2A 3QIPA 1ZBIA 3MEDA 3O3FA 4W5NA 3OYAA 4CGFA 3SQ2A 2OPSA 2JLEA 4FM1A 3QLHA 5SWMA 5J2MA 2PY5A 3SZ2A 2AJQA 1IKVA 1C0UA 2Q3SA 3C94A 1NK0A 1J5OA 4KHUA 4KREA 1HYSA 1T03A 3VQEA 1ASVA 3OS1A 3QNOA 4DF4A 4QCLA 4DWIA 2FBXA 4CHPA 1RTHA 4H4MA 3SQ1A 1NKBA 2I5JA 4DU4A 2GV9A 3KKSA 3TAMA 4RW9A 3OYGA 2PYJA 4OLAA 2DY4A 4CGIA 4H4OA 1TKDA 3MEGA 3M8RA 1BQNA 5HRRA 4FVMA 4FLVA 1GOBA 3VQQA 3QEIA 3VQBA 3K5NA 1HJRA 3QEXA 1U4BA 5KGWA 4PA1A 1Q9XA 1C0MA 4M3WA 4UQGA 2NUBA 4M3UA 3QO9A 1D9DA 3VQ5A 4M3RA 4PUOA 2HHSA 3ZSVA 3P5JA 4ID1A 4HVJA 4R5PA 4KHNA 3S3MA 4CIEA 3QEPA 2HW3A 3DRPA 4FZYA 4DSLA 3SV4A 2DTUA 1NOYA 1TV6A 4XIUA 4E0DA 4OJRA 3PX6A 3SPYA 4ZTFA 2PZSA 4CHQA 1YT3A 2OZMA 4LSLA 4NYNA 1S6QA 1QE1A 3L3UA 1QSYA 2Z1JA 2GBZA 5DK5A 1UWBA 3NH0A 3M8SA 1SKSA 2P5OA 4ELTA 4Z4FA 3NH1A 2E6LA 3NF7A 3RMCA 4H8KA 4KRFA 5FRMA 3NE6A 2Y1JA 3OYLA 2ATQA 3IG1A 2HHVA 4N5SA 2YKMA 4K8ZA 4FJ8A 1W9HA 3BDPA 3AVCA 3E01A 4EZ6A 4CEAA 1BIUA 2OPPA 2P1JA 4CHNA 3RR8A 1KCFA 3DRSA 2QKBA 5HRNA 3OJSA 1NK6A 2KQ2A 4B9SA 1BGXT 4M3TA 2VG7A 3OYFA 1A5XA 2Y1IA 2RPIA 3K57A 4CFBA 1KTQA 4CEZA 3ZT4A 1HPZA 3M8PA 4E7LA 3SUPA 1QSSA 1TGOA 2BE2A 3OYNA 1LAWA 4ICLA 4N56A 3KK2A 2HHUA 3P1GA 1RTIA 4CJKA 1WLJA 4Q5VA 2KW4A 3JYTA 3L2VA 3F73A 2RN2A 4FJKA 4CJPA 4CGGA 4DFKA 2F96A 2HHQA 2FBYA 4AHUA 1VSLA 2VWKA 4CK2A 3HO1A 1TK8A 1LWEA 3SQ0A 1B92A 2Z1HA 4NCGA 3DI6A 4DSEA 5KGXA 4DTPA 3VQ4A 1U48A 1HNIA 2HB5A 1Z26A 2HHTA 3NAEA 1G15A 3EYZA 2VG5A 3O4QA 4KI6A 4W5OA 1RILA 1S6PA 3LANA 1RTDA 2F8TA 2YHAA 3NH2A 1RBTA 3SCXA 1RBSA 3QERA 1RT4A 4O0JA 4JLHA 4O55A 4CCHA 1C6VA 1BCMA 3HPOA 4FLTA 4FZZA 3ZSXA 2IS3A 3I0SA 2DFEA 3U3GA 1U04A 3RWUA 3K58A 3WNEA 1S1XA 2IGIA 4B9MA 3VQ7A 4F2SA 1FKOA 4I2PA 3V9WA 3V1OA 4E7IA 4DQPA 1YVUA 1WSEA 3CFOA 4OPJA 3TABA 1YTUA 1SKWA 1C0TA 1RDAA 1VRUA 3AVNA 4LY7A 4F3TA 1JLAA 4GW6A 3SYZA 2XY8A 2OPRA 1WSGA 3PX0A 4KHWA 1RDBA 2JGUA 3AV9A 1LW0A 5JS2A 3L2WA 3KD5E 3AVMA 1NK5A 2B6AA 3AVBA 4OVLA 4CJ5A 1SL2A 1NJZA 5C42A 4KB0A 3VQ8A 4FK2A 2BANA 2G8HA 3HP9A 3VN5A 3PO4A 2QK9A 1DTQA 2XHBA 1EXQA 3TAEA 1LWFA 1NJWA 1HRHA 5FROA 4CJ4A 2ETJA 3I8DA 3LWMA 1TK0A 4FJ7A 1UA0A 4B9LA 2YNFA 1ZYQA 4BWJA 1IG9A 3KLHA 1IKWA 3OYCA 5E41A 2IDOA 1HNVA 3RMBA 2HVIA 4DQRA 1N5YA 4FJMA 4LD0A 1Z25A 4FLWA 4YFUA 4HCCA 3O3HA 2ZQBA 4E7HA 4IDKA 4BDPA 1XHXA 2OZSA 3KLIA 5FRNA 3CFPA 3MXJA 3DLBA 1WN7A 3SV3A 4CJSA 3ZSZA 4E19A 4CK1A 3LZJA 1EKEA 1WAFA 3DLKA 3ZSQA 4E1MA 1X9SA 1JLGA 2WOMA 3T1AA 4CHZA 3LDSA 4FLYA 1KVCA 3K5LA 2HNYA 3QEWA 4B9VA 3DMJA 3S9HA 4KTWA 1RDCA 1QQCA 5EU7A 4BWMA 1B9DA 3V9XA 3CG7A 4FJIA 1A5WA 5HBMA 3SNNA 2YV0X 4LH4A 4IG3A 1RTJA 2OPQA 4FLUA 3LPUA 4FJNA 1IH7A 2A1SA 1RT1A 4HUEA 3OYDA 2P5GA 4E7KA 2E4LA 3WNFA 4DMNA 4DS5A 4JRQA 4Y1DA 3L2QA 3HK2A 4IFYA 4DSIA 2XO7A 4CE9A 4CJVA 2HMIA 2IAJA 3MXIA 4F3OA 4RW7A 4NCAA 1WSIA 3NGIA 1CZBA 3ULDA 1X9WA 4I2QA 1REVA 2A1RA 1KLMA 1ASWA 4M42A 3MAQA 1WSFA 4DF8A 1F21A 3F9KA 1LV5A 1I39A 4AHCA 4ELVA 1TKZA 1X1PA 3HXMA 4CEDA 4CHOA 4Z4HA 4EZ9A 4OGEA 4YNQA 4CEBA 4Z4CA 3HVRA 4EP4A 3KLEA 4QOZB 3G0ZA 3TANA 4J2DA 4BACA 4FJHA 2BGGA 4GVMA 4DQQA 2HNDA 1Q8IA 1ASUA 4IBNA 3OY9A 3EY1A 3KIOA 4OGCA 1KFDA 4ZHRA 4M3YA 3C6UA 3HYFA 3V4IA 4G1QA 4JS5A 1L3TA 4F4KA 3IS9A 4BE0A 1C1CA 3LALA 3ZT1A 4DLEA 2Z1IA 1KVBA 4KTZA 4OKJA 3V9ZA 2W42A 4DS4A 3DLRA 2VG6A 1Q9YA 4DU3A 3AA2A 1NJYA 4O0IA 4GMJB 2LSNA 4DQIA 1KVAA 4KAZA 4FK0A 4IKFA 3OYBA 3S3OA 4IFVA 1J9AA 2XY7A 2G8UA 1DLOA 1JL2A 2XRIA 1S5JA 1LAVA 4O44A 1S1TA 1TAUA 4CERA 4DFPA 4L8RB 3PV8A 4RW6A 5I3UA 4TSXA 4M45A 1VSJA 3ZT3A 3L3VA 2HHWA 3QIOA 2KFNA 2ZD1A 1BI4B 1S9EA 4FM0A 4Z4EA 4DFJA 1O1WA 1JLCA 2DFHA 3V81A 1NKEA 4E1NA 4HUGA 3AVAA 3HT3A 2P51A 1S1UA 1SV5A 3AO1A 4CGDA 2PYLA 3PY8A 1VSIA 1X9MA 1XC9A 1K6YA 3NHGA 3D0PA 4F8RA 1TL1A 4DTMA 3LP3A 4CJEA 1EX4A 1QS4A 1B9FA 3AA4A 3V9SA 4DQSA 1VRTA 4AHRA 1J54A 4DLGA 4KPYA 4CF1A 3SUNA 4C8LA 3VQ6A 1HYZA 4ELUA 1BCOA 1BL3A 3AA3A 1LWCA 3ISNC 1A5VA 1FK9A 5KTQA 4CF8A 1N6QA 1S1WA 1WAJA 2B5JA 4CIGA 4DTNA 3NF6A 1RT5A 1NK7A 3AVHA 3VA3A 1NK4A 2G8KA 2YHBA 3TAFA 2XY5A 2ZE2A 4PQUA 1EP4A 3RMDA 3DM2A 3SJJA 2YNHA 4JRPA 1I3AA 4NYFA 3V1QA 4CF0A 4AILC 1ZBLA 3NCIA 3L2UA 1L5UA 3VQAA 4CHYA 3OYIA 4OKKA 4FJLA 5K14A 5JS1A 1DTTA 1RT6A 4RW4A 4CGHA 2KTQA 3HJFA 4CJQA 3LPTA 4KTQA 3LWLA 3RRHA 5C24A 4Z4GA 4EP5A 4BDYA 3QNNA 1JLEA 3O3GA 3ZT2A 4LH5A 3TAPA 3RR7A 2Z1GA 4DTOA 4IG0A 3K59A 4AH9A 4KB1A 1ZBUA 4CJLA 1CXQA 1XHZA 1FKPA 1TAQA 3C6TA 3OVNA 4AHSA 2YNIA 4Y1CA 1IO2A 2EX3A 4K8XA 3AA5X 4J2BA 3MXMA 1NK8A 3DRRA 3AVGA 2RF2A 3B6PA 4CIFA 4RW8A 4CF9A 3ALYA 4I7FA 3PUFA 4KV8A 1NK9A 1RBRA 5CY4A 1QHTA 1UAXA 3C95A 1JLFA 2D0BA 3MECA 4DFMA 3RMAA 1RT3A 3H08A 1VSEA 1BISA 2G8VA 2OYQA 5J2PA 2G8WA 1D5AA 2G8IA 1HQEA 2B4JA 4KFBA 1KSPA 4M3XA 3SI6A 3JSMA 1UA1A 4FJXA 4CFAA 2KZMA 3OYJA 3S3NA 1L3VA 4LSNA 1NKCA 3I0RA 4KKOA 4KI4A 4DU1A 3AO5A 1BQMA 4I9LA 1CLQA 4CFCA 1BI4A 4BE1A 2YNGA 4CFDA 1SL1A 2BDPA 1HQUA 4WE1A 3VQDA 4CECA 4CGJA 4Z0UA 4O5BA 3OYKA 4HHTA 2G8FA 4FYDA 1U49A 1JLQA 1RNHA 4DTRA 4HUFA 3ITHA 3AO3A 2YKNA 5J2NA 5FDLA 1U45A 4E89A 1VSMA 3KLFA 2VWJA 4Q0BA 4FLXA 4CJWA 1SUQA 3THVA 4FW2A 4MQ3A 3RTVA 2OA8A 3AO4A 5C25A 3RRGA 2O4GA 3QINA 5T7BA 4B8CA 2QXFA 1VSKA 3LP2A 4C8MA 4B8AB 3NF8A 5KRSA 1TKTA 5KRTA 1YTAA 4ID5A 3LZIA 4FCYA 3QESA 4ZTJA 1J53A 1TK5A 1UOCA 3ZCMA 4CEOA 1TKXA 4B08A 1VSDA 3SUQA 2X74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFCK 3HVTA 4U67L 5AQYA 4M41A 5J2QA 3KJVA 3CCEN 2GELA 3QBWA 4H0VB 3U3YA 3O9TA 2P9LA 3AVKA 2WC9A 4DTJA 4N41A 4C23A 1RT2A 1WNSA 3QFPA 1GLAG 1C1AA 1BIZA 3U4LA 3R6MA 3T7ZA 2IVOA 3NF9A 1WSHA 4YY3K 3CYMA 2HOEA 4CBXA 2D0CA 4CJFA 3TAQA 4GKKK 3B6OA 3MEEA 2YHWA 3TSPA 1IG8A 1ATSA 3HM9A 4BE2A 4IOXA 3R8EA 4FJGA 1ILYA 3WQUA 3HTVA 3WXIA 1BUPA 4CZMA 3UIQA 3FLCO 5AQIA 4M63C 3U6FA 4DG1A 5LMUK 3NFAA 3N4PA 3P39A 3CCJN 4FJ5A 5CYMA 3P38A 3T3FA 1W0HA 3CM6A 4B9TA 5AFUA 3LP1A 2FBVA 4RG8A 4JI3K 1DGKN 5I42A 4C8OA 1WSJA 4CZEA 2HVHA 4FK4A 4M42A 3ZSOA 3OYMA 3THXB 4IWVA 1GOAA 1RDWX 1KAZA 1HMVA 3DLHA 1ZC6A 4O4GA 3DJCA 4FJ9A 4CJUA 2FF3B 4CK3A 3PX4A 1NJXA 1JL1A 4JKDA 4BROA 4CJTA 3TAGA 4DSKA 3MMVA 3CCQN 2NRRA 1R59O 4BG8A 4E7JA 3DOLA 2FSNA 2X78A 3V6DA 3A2FA 3KK3A 1N34K 3CCVN 1BHLA 4NB4A 2QWPA 2IIRA 3EN9A 3CJCA 1OH7A 1SL0A 2IC3A 3AAPA 4FW1A 2HHXA 3EKUA 4E3SA 4EFHA 3NBPA 4N76A 3U9ZA 3AVJA 2HSTA 3O3FA 2F7TA 4CGFA 4ILGB 3LDQA 5J2MA 2PY5A 2HBJA 4CBUA 4KREA 1VQ4N 4RWTA 3GOIA 4QCLA 1RTHA 3SQ1A 3CIPA 2ZJQL 2DY4A 3MEGA 2A41A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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