3NGZA

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (gc) with one mg in the active site
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngzA00
4CJQA 3DLEA 4DG1A 4BE2A 3NDKA 1WLJA 4N47A 2G8FA 3MAQA 1IKXA 1EETA 3HM9A 3VQEA 5J2QA 4DU3A 1UOCA 3NF7A 2KTQA 4CFAA 1RDBA 4OKJA 2W42A 1HNVA 3PX6A 4RW7A 3AA3A 1I39A 1VSKA 2Z1IA 3DLGA 4CFDA 1Z26A 1C1CA 2D5RA 4KFBA 3RRHA 1TAQA 2VWKA 3CM6A 1JLBA 5T7BA 3B6PA 4CE9A 2G8HA 4BWJA 3OS0A 4L8RB 4CESA 4JS4A 2A1SA 1X9MA 3NH0A 4NYNA 5C24A 4O0IA 5FRNA 4M3ZA 4W5OA 3VA0A 2HNDA 4CIEA 2RF2A 4GVMA 2ATQA 1VRTA 3IAYA 1UWBA 4J2EA 1S1WA 2PYLA 4KAZA 1JLFA 3DYAA 1QTMA 4C8MA 2BANA 1NJYA 2G8UA 3VA3A 4DF4A 3M8RA 2YHBA 5KRTA 4HUGA 3QEWA 3NAEA 3SUQA 2YV0X 4N41A 3KD5E 2WONA 2BDPA 3NF9A 3ZCMA 3ZSWA 3SZ2A 3U3YA 4EZ6A 4H8KA 4DTPA 4LH4A 4FJJA 4M42A 3O3GA 2IC3A 3TR8A 3I0SA 2DFFA 3O3FA 4C8OA 3HO1A 4KTWA 4M45A 1JLQA 3E01A 4E19A 4DTXA 2WOMA 3CYMA 4MFBA 4BE1A 4NCGA 4KB0A 3K57A 1CZ9A 4OLAA 3K58A 2HHVA 4CIGA 4M3XA 4KTQA 3AVNA 1HPZA 2E6LA 3IS9A 3OYKA 1TK8A 4B9VA 3BDPA 3HJFA 1TAUA 4CEBA 4G1QA 1KFSA 1VSMA 3NE6A 1W9HA 3AVAA 4CERA 4OJRA 3P5JA 3OYNA 3TAQA 2IGIA 1QE1A 4PQUA 4KHWA 3HP9A 4FM0A 1EX4A 2XO7A 1BQMA 2DFEA 2B5JA 3LZIA 2P1JA 4AHVA 3I8DA 1NK8A 4OKEA 1BL3A 1SL2A 1TKTA 4HVJA 2RPIA 3RTVA 1WNSA 3ZSVA 3VQBA 3AVKA 3AO5A 3O3HA 1NKCA 4CF1A 4N76A 4DSFA 1JLCA 1RTJA 4QAGA 3ZT1A 4CJVA 3ZSXA 3NCIA 1W0HA 1XWLA 1LWCA 4FJIA 1NK5A 1BCOA 3KLIA 3IG1A 1BI4A 3VQDA 3SUPA 3KK3A 4C8NA 4FLYA 1U48A 4CJSA 4CEQA 4DLGA 4ELUA 3EY1A 3P83D 3L2WA 5K14A 1GOCA 4CJFA 3OY9A 3B6OA 3SPZA 3PY8A 2YNIA 1WAJA 4Y1CA 3EYZA 1C0UA 2R7YA 3RR8A 4FK0A 1TKXA 3V9UA 3NH1A 4DMNA 4XIUA 1T03A 2OPQA 1KLMA 1A5XA 1WSJA 3FFIA 1X1PA 1K6YA 4H4MA 4CGGA 1HQEA 1KTQA 4KI4A 3CG7A 4CF8A 4DF8A 1N5YA 4CJ4A 1BQNA 1WAFA 1RDDA 1WSEA 2HB5A 1RBVA 3OJUA 3QO9A 4DQSA 1DLOA 2OZSA 1JLEA 3DI6A 2P51A 1SKRA 1UA0A 3HPGA 3V1RA 4HHTA 2HHSA 4ELTA 2OPPA 4CF9A 5JS2A 1NOZA 4GW6A 4OPJA 1WN7A 3SJJA 2DTUA 3QIOA 4Y1DA 2Z1HA 1LAVA 2ZQBA 1RT6A 5EU7A 2ZD1A 3WNFA 3AVHA 3KJVA 1RILA 3KLHA 3AA5X 1D8YA 1X9SA 3HK2A 2GBZA 4W5RA 4W5NA 2PZSA 4Z4GA 4OLBA 5CY4A 3WNHA 1BISA 2IS3A 4FLTA 1LV5A 1ASWA 2KW4A 4JLHA 3RWUA 2ETJA 4CF0A 3OYBA 4Z4IA 1KVBA 3KLEA 2O4GA 3NGZA 3QNOA 4DSKA 5J1EA 4DFMA 3D0PA 3CFOA 2OA8A 4PUOA 5CZ2A 3SCXA 1S9EA 5DK5A 1VSFA 2HHUA 1LAWA 1VSHA 4FK4A 2Y1IA 3OYFA 4Z4FA 3S3MA 3LAKA 1NOYA 3V9ZA 3AVGA 4I9QA 2KFNA 3ZSRA 5KI6A 1VK0A 3SV4A 4FYDA 4B08A 4CJ3A 3SV3A 1C1AA 5E41A 2VG6A 3NH2A 4FZXC 3HVTA 3MXJA 5KRSA 5HRSA 4FCYA 2G8VA 3ZSZA 4KO0A 4ELVA 1JXEA 1VSJA 3LANA 4CJEA 1QSSA 4IKFA 4FM2A 2QK9A 1BGXT 3T19A 3RRGA 3ZSYA 3HP6A 2YKMA 1J54A 3LWMA 5HROA 5HRNA 1JL1A 3TABA 3V4IA 3HYFA 1RT3A 3LWLA 4KPYA 2VG7A 1RBRA 3ALYA 4I2PA 2Y1JA 4Z0UA 1D9FA 3OYAA 3AVIA 1J5OA 4Z4CA 1HMVA 4CJTA 1RT7A 4HTUA 4FJ8A 4O55A 4DFPA 3L2UA 1NK6A 3LDSA 4CGJA 1RTIA 3KKSA 4IG3A 1RT4A 3SI6A 2QKKA 1SKSA 4QCLA 3DRSA 2HMIA 3I0RA 4FJ9A 1ASVA 1F21A 1XHXA 1FK9A 1YVUA 1ZBFA 3QEIA 4DSJA 2KFZA 3IRXA 4EP5A 1BI4B 3AVMA 4W5QA 4FJGA 1IKVA 5DMRA 1QS4A 1A5VA 5C42A 3K2PA 3T1AA 3K59A 1JKHA 1L3VA 2VWJA 4KHQA 4AH9A 2HW3A 4O0JA 3OS2A 4F2RA 1KCFA 3G0ZA 4W5TA 4O44A 3NFAA 1ZBUA 3TAMA 3CM5A 3NF8A 2DFHA 4ID1A 2XHBA 3CFRA 3DMJA 4BACA 1U4BA 1Q9XA 4RW6A 4B9MA 1NK9A 2KZZA 3S3OA 3V9WA 3TWHA 4F8RA 1VSDA 3QERA 3DLBA 2OYQA 1C0MA 3S9HA 4KRFA 3DLKA 2Z1GA 3LPUA 1U49A 1IKWA 3VQAA 5J2NA 1TL1A 3VQ9A 4CHOA 2FC0A 4E7IA 2XRIA 3K5OA 2EX3A 4DQRA 2YHAA 2FBYA 3SNNA 4HUFA 4CGHA 4OVLA 4J2AA 3PX4A 3KK1A 1LWFA 4OGCA 3OYHA 4B8CA 4LD0A 3HPOA 1HJRA 2KQ2A 4R5PA 2OPRA 4JS5A 4CHZA 1B9DA 3QEVA 3WNEA 1CXQA 3D45A 1QSYA 4EZ9A 1A5WA 3LP2A 2YNHA 3DRPA 4CHPA 4EP4A 1DTTA 3DLRA 2HNYA 2D0AA 4CHYA 4DS4A 4FJ5A 4NYFA 4CEDA 1L3SA 3LP3A 4B9UA 1O1WA 1FXXA 2F8TA 4PWDA 4DSLA 1TK5A 3AO3A 2OPSA 4CJLA 1T8EA 2EHGA 1DTQA 3QNNA 4FVMA 2X78A 4E1NA 4DSIA 4FJHA 2RN2A 4IG0A 3KKRA 4Q5VA 1D9DA 1JXBA 1BIZA 3LP0A 5KGWA 4KREA 4IBNA 4AHRA 3PX0A 3LAMA 2G8IA 4AILC 1S1XA 3PO4A 3V9SA 3AA4A 3PV8A 1C1BA 3ZT3A 3K5LA 4DS5A 1NK0A 4DTOA 1RNHA 3THVA 3SQ0A 1S5JA 3OYDA 4CCHA 2B4JA 1Q8IA 3KIOA 2HHWA 2HHTA 4CJ5A 3OYGA 3AVBA 3SQ4A 1RCHA 2OZMA 4CEZA 4E7HA 1GOAA 2PY5A 1JL2A 4CK2A 4K8ZA 5CYQA 3VQ7A 5I3UA 3NGIA 4UQGA 3RR7A 3V1QA 4E7LA 4DSEA 4DTSA 3VQCA 3H08A 2ZE2A 3OYLA 2XY8A 3OVNA 1RT2A 3V9XA 4CGFA 4FJKA 4YFUA 3T3FA 2PYJA 3UIQA 4KHUA 2QKBA 4DFKA 1FKOA 1B92A 4RW4A 1X9WA 4FLUA 1NK4A 3HPHA 3KTQA 1NK7A 1TL3A 3LZJA 4E0DA 3JYTA 4CEOA 1LW2A 1J53A 4OGEA 2BGGA 1RTHA 5FROA 1HRHA 3ITHA 4CIFA 1S9GA 1WSGA 1BIUA 2Z1JA 4CK3A 1T05A 3VQ5A 4BE0A 4OPKA 1EKEA 5HLFA 5SZTA 4FLVA 3S3NA 4FJ7A 1Z25A 3JSMA 3BGRA 3ZT2A 4DQIA 4NCAA 3C95A 4DTMA 4B9TA 1C6VA 2YNFA 1XHZA 1KLNA 4HCBA 4K8XA 3MECA 4BDZA 4CEEA 4KTZA 4WE1A 4E89A 4FJLA 3SUOA 3RMBA 4KHYA 1S1TA 2E4LA 3LALA 1TV6A 4FW2A 4IFVA 4RG8A 1I3AA 3OJSA 1LW0A 4AHUA 3KLGA 3TAFA 4I7FA 1D5AA 1ZBHA 5CYMA 4DTNA 3SYZA 2A1RA 3MXIA 4AHCA 2HVIA 1NKBA 1TVRA 3L2VA 1T7PA 2D0CA 4J2DA 4DU4A 1TKZA 5HRPA 4B8AB 4DTRA 4FJMA 3TANA 1RBTA 2RKIA 2FBXA 4OKKA 5J2MA 3RMDA 3SPYA 1Q9YA 4CFBA 4CF2A 1QHTA 4I9LA 3VQQA 4CEFA 4FW1A 1YT3A 2JGUA 1VSLA 3C94A 3G10A 4KV8A 3VQ6A 3OYMA 3NHGA 1XI1A 1QSLA 3CQ8A 4DQPA 4Z4HA 4KKOA 1KFDA 3QLHA 1ZBIA 5HRRA 5KGXA 3TAGA 3KD1E 1TGOA 1VSEA 2YKNA 1KVAA 3HSTB 5I42A 3V6DA 3V1OA 4CJRA 3RMAA 3MEEA 1NKEA 4ZHRA 4FJXA 3ZT0A 1EXQA 4M3UA 1RBSA 1L3TA 3QIPA 1HQUA 5C25A 1TKDA 2BE2A 3RMCA 4PA1A 2G8KA 3L3VA 3SQ1A 1IH7A 1MU2A 4M3RA 1C0TA 5CZ1A 1WSHA 1UAXA 3OS1A 3TAPA 3ULDA 1CZBA 1UA1A 1REVA 1U45A 4F3TA 1S1UA 2YNGA 1RTDA 1NJZA 1IKYA 5KTQA 3QETA 3DOLA 4Q0BA 4TSXA 4ZTJA 1KRPA 3VQ8A 3DOKA 4E7JA 3AVCA 3SUNA 2I5JA 4N56A 1HYZA 3M8SA 1U47A 4CECA 2FBTA 1KVCA 4IDKA 4LSNA 4CFCA 3QEXA 1QQCA 4DTUA 1N6QA 3WNGA 4LY7A 2IOCA 3OYJA 4JRPA 2X6NA 1CLQA 3ZSQA 4CK1A 4CGIA 3U3GA 2JLEA 1HYSA 1LWEA 3VN5A 2NUBA 3EZ5A 5D3GA 1S6QA 4CJKA 3NGYA 3CFPA 4I2QA 3SQ2A 4KHSA 4CJWA 4CJPA 3QESA 1WSFA 4F3OA 4BDYA 5J2PA 2VG5A 4E7KA 1WSIA 1R0AA 4DWIA 3HL8A 1IG9A 2E6MA 1RDAA 3V81A 4BDPA 3QINA 3DM2A 4FM1A 4B9LA 4FJNA 4YNQA 3L2RA 1S1VA 4Z4EA 4CJUA 3OYIA 4F4KA 2X74A 3NBPA 3AVLA 1EP4A 4FLXA 3TARA 1SL1A 1Y97A 3OYEA 1S6PA 4HCCA 3TAEA 3MEGA 4CEAA 3F73A 1SL0A 3A2FA 3C6TA 3O4QA 4LH5A 1BHLA 2FBVA 3AA2A 1YTUA 2LSNA 1L5UA 1HNIA 3ISNC 1FKPA 1NJWA 4B9NA 3L3UA 3K5MA 2F96A 1GOBA 4DQQA 3KLFA 5FRMA 2O4IA 2AJQA 5FDLA 3ZT4A 4GMJB 4FZZA 5HP1A 5HBMA 1J9AA 2Q3SA 3VQPA 1RT1A 3K5NA 2HNZA 2KZMA 4CHNA 3ZSOA 1VSIA 4LSLA 4E1MA 1KSPA 2HHQA 2XY7A 3MEDA 3DLHA 5SWMA 3M8PA 4M41A 1SUQA 4ZTFA 1RBUA 4CGDA 3M8QA 1TK0A 4KHNA 4BWMA 1YTAA 1G15A 4RW8A 3L2QA 4JRQA 3QEPA 4FLZA 2ITGA 4FXDA 1IO2A 1BCMA 2HVHA 2GUIA 4NCBA 4O5BA 2G8WA 4C8KA 4DTJA 3HVRA 2IAJA 2GV9A 1RT5A 1SKWA 2DY4A 2B6AA 3AO4A 4ICLA 4HUEA 3TI0A 4RW9A 4KB1A 4B3OA 1NJXA 1SV5A 1RDCA 3U6FA 1ASUA 2HHXA 3F9KA 3PO5A 2P5GA 4MQ3A 1JLAA 4AHTA 4J2BA 3MXMA 4M3YA 1HYVA 5JS1A 3AVFA 4IFYA 3OYCA 4DLEA 3NF6A 4DU1A 4FZYA 4C8LA 4B9SA 1B9FA 3ASMA 4AHSA 3L8BA 4O4GA 3HXMA 2P5OA 2D0BA 4DFJA 4KI6A 1U04A 3HT3A 4M3WA 3VQ4A 2QXFA 3C6UA 1JLGA 4M3TA 1VRUA 4PY5A 2XY5A 4E3SA 4H4OA 3LP1A 1XC9A 3O4NA 2F8SA 1ZBLA 3PUFA 1L3UA 4CHQA 4FLWA 3AO1A 2X6SA 3AVJA 4FK2A 4ID5A 3KK2A 3LPTA 4N5SA 4QOZB 2IDOA 3DRRA 3AV9A 1ITGA 3AO2A 3P1GA 1ZYQA 4F2SA 2XY6A 1CXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLEA 4OX9K 1WLJA 4JKEA 4N47A 1LCUA 3HM9A 5J2QA 4DU3A 1QQOA 4QS9A 1RDBA 3PX6A 1I39A 5AQUA 5AZIA 1C1CA 5E84A 3ZEUA 5T7BA 3CMEN 3B6PA 4YOTA 3M3ZA 4NYNA 5C24A 5M1PA 2HNDA 4CIEA 2RF2A 3CC4N 3IAYA 1UWBA 4KH6A 2PYLA 1HKGA 4IDHA 3R8EA 1QVFM 4HUGA 1GLEG 3DLLL 5FPNA 2WONA 5GIOA 2BH1A 5I9EB 4B3TK 2IC3A 4FWQA 2FSKA 4C8OA 4YOUA 4M45A 3E01A 4DTXA 4E19A 4MFBA 4JI5K 4BE1A 4EAHD 4BRMA 4KH4A 3O80A 4KTQA 2P9LB 3IS9A 1TK8A 2ZM6K 4CD3A 4K43A 1W9HA 3NE6A 4OJRA 4BQZA 3TAQA 2JWLA 3U4LA 4JYAK 4FM0A 4PL7A 4B1UB 2DFEA 3MN7A 1OVYA 1K8KA 1BL3A 1XC3A 1WNSA 3ZSVA 3VQBA 3AO5A 3DXKA 4CJVA 3ZSXA 3NCIA 3EZWA 1LWCA 2P9KA 5BR8K 4C8NA 1JJ2M 3MX5A 3GOIA 5JICA 4BRCA 5AR0A 4CJFA 4BVPA 2UXDK 2E8AA 1TKXA 2P9UB 3NH1A 4DV4K 1KLMA 1WSJA 3FFIA 4CF8A 1WSEA 4IO8A 5C0YA 2ZGYA 2OZSA 1JLEA 1UA0A 4HHTA 4ELTA 1D4XA 5JS2A 4GW6A 3SJJA 1OVQA 1T05A 3WNFA 3AVHA 1RILA 3KLHA 3HK2A 2GBZA 4LFBK 2PZSA 4ILJA 3J8AA 5CY4A 1YVNA 3WNHA 1NG9A 1XNQK 2OCEA 2O8FA 3OYBA 4DV2K 3KLEA 1EWQA 4DFMA 5CZ2A 3SCXA 2ZGZA 3THWB 4FK4A 1NJIO 3U9ZA 1NOYA 5C12A 3BF3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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