3NH0A

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (aac)
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 64
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh0A00
4FK4A 3G10A 3HJFA 2X78A 3QIPA 3CG7A 3KK2A 4FJXA 3G0ZA 1DLOA 4OJRA 2XO7A 4O5BA 4ELVA 3AVAA 4M3TA 3OVNA 4C8LA 4ZTFA 4RW6A 1JXBA 2PY5A 4FK0A 1VSEA 4OKJA 5T7BA 2D0CA 1S1VA 3RMDA 2OZSA 1JLCA 5HLFA 2YNFA 5SWMA 4CJKA 5D3GA 1UOCA 1HNVA 3RTVA 4DU1A 3QETA 1EETA 3LP1A 4O0JA 4E0DA 3NBPA 2KW4A 2E6LA 3SUPA 4FJJA 4M42A 1U48A 1BIZA 3QO9A 1KTQA 1KLNA 1IKXA 4O55A 4OPKA 1WAFA 3OYKA 3HO1A 2DFHA 3TAMA 3S9HA 4C8OA 3OJUA 4QCLA 4DTPA 4I7FA 5HBMA 3SQ4A 2IAJA 3SPZA 1UA1A 2ZE2A 4DFPA 1RDBA 1Q9YA 3ISNC 2B5JA 4KTWA 3ZCMA 3SQ0A 4CIFA 1C0MA 3NCIA 4Z0UA 3QEWA 1XC9A 4FJHA 4RW8A 1CLQA 4FLXA 3KK1A 1WSFA 3WNHA 3ZSQA 4HUEA 3AVKA 4FJIA 4FW2A 3VQ4A 3ITHA 3D45A 1D5AA 3WNEA 4DTSA 4Y1DA 2YHAA 3DI6A 4DSFA 1R0AA 1J53A 1TK5A 2P5GA 5CYQA 3B6PA 1YT3A 1TKXA 1YTAA 4CGJA 1X9MA 1ZBUA 2GBZA 3V9UA 2Z1JA 2RPIA 3TAFA 2G8VA 2HMIA 1RT7A 1HYSA 4N41A 3KTQA 1RTDA 1LWFA 4W5NA 3NAEA 1C6VA 3OYFA 4HVJA 1KFSA 3NH0A 1VK0A 1TAUA 3AVJA 3VQQA 3KK3A 3PX4A 3P83D 3LANA 5E41A 4BE1A 3THVA 3AVLA 3AO1A 3OY9A 1NKCA 1SUQA 4CJWA 2Y1IA 1QHTA 4DTJA 4DSIA 1CXUA 4NCGA 3I8DA 4FM0A 1A5WA 3AVCA 1CZ9A 2Q3SA 3QLHA 2JGUA 3NGZA 1W9HA 1KRPA 1WSGA 4DG1A 3CM5A 5J2PA 3U6FA 1L3UA 1TL1A 2YV0X 3K5OA 4OGEA 2PZSA 2KFNA 1Z25A 3V4IA 3SI6A 4CJTA 5J2MA 4RW9A 1QQCA 2PYLA 4KI4A 4CF0A 4E3SA 4CJVA 3QNNA 3DRRA 3AVHA 4DFMA 3NF9A 4J2AA 1FKOA 3DOLA 3MEDA 1UA0A 1IG9A 1U4BA 4B9NA 1JXEA 3O4QA 3HP9A 1JLQA 3NHGA 2KTQA 2VWKA 4KI6A 1HYVA 4M3RA 4F2RA 1LAVA 2Z1HA 3DLKA 3O4NA 2P5OA 4B08A 2X74A 4CK1A 3KLEA 1B92A 2B4JA 4AHCA 3HXMA 3SYZA 1HRHA 1QSSA 1S6PA 5HRNA 1RT5A 3SUQA 4KHNA 4FM1A 4DSLA 4E19A 4FCYA 5HRSA 4OVLA 5J1EA 3HVTA 3P5JA 3HP6A 1VSLA 1I39A 1X9SA 4CCHA 1CZBA 2HHSA 3V9XA 2KFZA 1JLBA 2IDOA 4FK2A 4M3UA 1CXQA 4KTZA 5KGXA 3SJJA 4BWMA 4JS5A 4H4MA 4JS4A 3LP0A 3NGYA 3SV4A 3VA0A 3KIOA 2EX3A 3OS1A 1LAWA 2FBVA 3TR8A 4OPJA 4E89A 3TAQA 4K8ZA 1KVCA 1IH7A 3OS0A 1C0UA 2YNHA 4I9LA 2DFFA 1NOZA 3DOKA 2HNDA 2IC3A 4AHUA 3SCXA 4IG3A 4FXDA 4CHYA 1WNSA 1VRUA 4Q5VA 1NJXA 4FJ9A 3AA2A 4DMNA 3NH2A 3K57A 1NK5A 4ZHRA 1ASWA 4IG0A 3DMJA 1T8EA 2BE2A 3IS9A 4L8RB 3OYMA 3AVBA 3C94A 1HYZA 4DS5A 1RTJA 2XY6A 5DMRA 1GOBA 3O3HA 1SL2A 3RMAA 3VQ7A 4ELTA 1QE1A 1K6YA 3L2UA 2E6MA 4CJEA 1BI4B 5J2QA 1NK4A 1RT3A 4FYDA 2XY5A 4CHPA 3SQ1A 4RW4A 4HTUA 2FC0A 1MU2A 3OYGA 4CFDA 2YNIA 3RMCA 2F96A 3DLRA 4CFCA 4AHVA 3AA3A 4FLZA 4B9VA 4KV8A 4CJPA 3VN5A 5FRNA 3V81A 4OKEA 2HB5A 1U49A 3DLEA 4CF9A 3NE6A 1KVAA 1WAJA 2BANA 4DQPA 1WSJA 2LSNA 2HHUA 1TL3A 4CEDA 4CE9A 4DQRA 2DTUA 2HHTA 1BQMA 4CJRA 4HHTA 3ZT4A 1WLJA 4CESA 3AA4A 1ZBFA 4I2QA 4B8CA 3EY1A 3PO5A 5C42A 3PY8A 4CIEA 3RRGA 3U3GA 4E7KA 4BWJA 4CEAA 3KJVA 1NKEA 1BQNA 2YKNA 4CGGA 3PUFA 4HUFA 3OYEA 4IFYA 1WSEA 1SL1A 4OLBA 3OYNA 4FZXC 3OYDA 4Q0BA 2I5JA 1HQUA 3VQDA 2OPPA 4CJFA 4XIUA 4TSXA 4BACA 4FVMA 3QERA 3U3YA 4FJMA 4KHSA 1HNIA 3LZJA 4NCAA 4CJLA 4KPYA 4CEEA 4EP4A 1BISA 1HMVA 1A5VA 4M3ZA 2P1JA 3KD1E 1NK8A 2KQ2A 4MFBA 1QSYA 3V9WA 2G8FA 2Z1IA 4ID1A 4B9UA 3C6UA 3HK2A 4NYFA 3HM9A 4E7HA 1XI1A 3C95A 4BDPA 1SKRA 4E7LA 2FBXA 3AO2A 3DRPA 1VRTA 3P1GA 4KHQA 1QS4A 4C8KA 4LH5A 2JLEA 3AVIA 4FLWA 3I0RA 4OLAA 2HVIA 4W5TA 4B9LA 3L2QA 1RTIA 4CK2A 3LAKA 4Z4EA 5CYMA 3SV3A 2G8KA 4IBNA 1L3TA 3RR7A 1BCMA 3NH1A 1T03A 3DLBA 5JS1A 1EKEA 3IRXA 1U04A 1O1WA 2OA8A 3C6TA 4CJSA 3OYCA 3HT3A 3AO3A 2OZMA 1LW2A 2XY7A 4HUGA 3T1AA 3VA3A 3QNOA 3ZSXA 3V9ZA 1I3AA 2D5RA 3ZT2A 3VQEA 4YFUA 1S1XA 2XY8A 2YKMA 3FFIA 3S3NA 1IKVA 1TK0A 4AHTA 1NKBA 4O44A 3TWHA 2F8TA 3JSMA 3OYAA 4KRFA 2HVHA 3HPHA 4GMJB 1ITGA 3LPUA 3AV9A 1UWBA 1TVRA 2GUIA 5KI6A 3LWMA 3SNNA 1RT6A 4W5RA 4ZTJA 1QSLA 2G8HA 3VQPA 4DSJA 3VQBA 3QINA 4CHQA 3NF8A 3UIQA 1NK0A 4KAZA 1S9EA 4H8KA 1S1WA 4NYNA 3TAGA 5HP1A 3VQ9A 3L2RA 4Z4HA 4DF4A 1S1UA 1KSPA 3ZT0A 1D8YA 1GOCA 1JLAA 3NF7A 4FLYA 2GV9A 1GOAA 1Q9XA 1Q8IA 4IFVA 3CM6A 4Z4GA 1N5YA 1RT2A 3L3VA 4CIGA 4AILC 3ZSRA 4E1NA 3HPOA 1B9DA 2IGIA 3DLGA 2A1RA 4DQIA 4M3WA 2FBYA 2AJQA 4DF8A 1JKHA 3HSTB 1RCHA 2ATQA 2X6NA 4AHRA 1NJYA 2G8WA 4PWDA 2KZMA 5FROA 1SV5A 5C25A 4GW6A 2XHBA 4RG8A 4N56A 4ICLA 3MAQA 4KB0A 1ZBHA 3VQ8A 4OKKA 4J2BA 4E7JA 2PYJA 1VSDA 1JL2A 3LALA 1L5UA 1ASUA 1BGXT 3K5NA 4OGCA 3OYJA 3SUOA 1NOYA 4O4GA 3KD5E 4KO0A 1DTTA 4KTQA 4CJ4A 3OYIA 3PX6A 1XWLA 4CFBA 2RF2A 5I42A 2RKIA 3MXMA 1RT1A 5FRMA 4CGFA 4W5OA 4CGIA 3V6DA 3QEXA 1BL3A 2YHBA 3T19A 4KHWA 1XHZA 2ZQBA 3QEIA 1NJZA 4Z4IA 3LDSA 4FJ5A 2DFEA 3AVGA 4F3TA 3SZ2A 4DU4A 4DFKA 4CEZA 1TKDA 4UQGA 1UAXA 2XRIA 3HPGA 4EZ9A 4M45A 4DFJA 1RDDA 3EYZA 4F3OA 4CF2A 2ETJA 4DLGA 1TV6A 4FLVA 1ZBLA 3HYFA 1IKWA 4EP5A 1JLGA 4FLTA 1Y97A 4ELUA 1LV5A 1RTHA 1RILA 3BGRA 1RDAA 3V9SA 1NK9A 3V1OA 4AHSA 4G1QA 4BE0A 3K5LA 4CHOA 4DLEA 5KRTA 3PX0A 3IAYA 2G8IA 4FZYA 2VG5A 4FW1A 4IDKA 4HCCA 1LWEA 4FJ7A 1ZBIA 4N76A 1JL1A 1KCFA 3K5MA 2HW3A 3ZSWA 1WN7A 2W42A 1W0HA 3M8PA 3KLIA 3H08A 4FLUA 4DWIA 1IKYA 2WONA 3CFRA 1U47A 1X1PA 1REVA 1FKPA 2HNZA 4CHZA 2FBTA 1ZYQA 2A1SA 3AVNA 3AA5X 3TARA 3NF6A 1J9AA 2VG6A 1HQEA 3SQ2A 1L3VA 4FZZA 3V1RA 1SL0A 3KLGA 2HHQA 4CEBA 2BGGA 4LSLA 5EU7A 3QIOA 3ASMA 1FXXA 1RBVA 3KKRA 4WE1A 4CJQA 2WOMA 4CFAA 2R7YA 3EZ5A 5JS2A 1L3SA 3S3MA 4B9TA 5K14A 4FM2A 3NFAA 1KLMA 2E4LA 1S6QA 5KGWA 4CGDA 1YTUA 2IS3A 2OPRA 4RW7A 5HROA 1KVBA 1TK8A 4PUOA 4HCBA 1T05A 1C1CA 4FJNA 1RBTA 4CEOA 4DTOA 3ZT3A 1EX4A 3CQ8A 3PV8A 1LWCA 1RBUA 3LP2A 4DQSA 1G15A 2G8UA 1HJRA 1B9FA 1BI4A 3LP3A 5CZ2A 3SPYA 5KRSA 4EZ6A 4QOZB 4Y1CA 1DTQA 4KFBA 4F8RA 4CJUA 1NK6A 2YNGA 3V1QA 3O3GA 3RRHA 3MEGA 4DTMA 4F2SA 2HHWA 1RNHA 1C1AA 1TKTA 4LD0A 4ID5A 4KKOA 4DTXA 1RBRA 2Y1JA 3TI0A 4NCBA 4R5PA 3ZSVA 1SKWA 3DLHA 5HRRA 2D0AA 1Z26A 3CYMA 2HNYA 2HHXA 4CF1A 3LPTA 3TAPA 3WNFA 2EHGA 3DRSA 4LSNA 1S9GA 2OPQA 4PA1A 1QTMA 1S5JA 4BE2A 3TABA 1D9FA 1VSIA 3E01A 3M8RA 4CGHA 3NGIA 2QK9A 2BDPA 1C1BA 4B9MA 4CJ3A 4CJ5A 1RDCA 2O4GA 3MXIA 4KREA 2O4IA 1VSKA 3CFPA 5J2NA 3AVFA 4QAGA 1EP4A 1WSIA 1A5XA 1VSFA 2QXFA 5CY4A 3OS2A 1RT4A 4FJ8A 2DY4A 4DTRA 3BDPA 1BHLA 3LZIA 4FJGA 4KB1A 3KLFA 4H4OA 1SKSA 3ALYA 3WNGA 4I9QA 2QKBA 2B6AA 4JRQA 1EXQA 4B3OA 4JRPA 1TKZA 2VWJA 2KZZA 1RBSA 1WSHA 4CEFA 4CECA 4LH4A 4PY5A 4LY7A 3IG1A 3ULDA 3TAEA 5DK5A 2X6SA 4I2PA 2ZD1A 1N6QA 3F73A 4DSEA 3F9KA 3ZSYA 3AO5A 3VQCA 4C8MA 2VG7A 3HL8A 1TGOA 3OJSA 3AVMA 2Z1GA 4DS4A 5C24A 3L2WA 4N5SA 3O3FA 4FJLA 4MQ3A 1VSJA 3LAMA 4DSKA 3M8QA 3VQ6A 4PQUA 5KTQA 4K8XA 1KFDA 4CERA 2HHVA 1U45A 3ZT1A 1X9WA 3NDKA 3MECA 1BIUA 4YNQA 1JLEA 1VSMA 4M41A 1F21A 1J54A 4B8AB 4C8NA 4FJKA 4M3YA 4W5QA 4DTUA 3ZSOA 3HVRA 3TANA 1T7PA 3QEVA 4CEQA 3KKSA 4B9SA 1VSHA 1YVUA 3OYBA 2QKKA 3B6OA 2ITGA 4JLHA 4KHYA 3L8BA 1LW0A 3K2PA 3T3FA 3I0SA 4Z4CA 3K58A 3CFOA 2IOCA 1TAQA 4GVMA 4DQQA 4KHUA 4E7IA 1BCOA 3RR8A 4CK3A 5HRPA 4O0IA 1FK9A 3RMBA 4J2DA 3SUNA 1XHXA 3D0PA 3M8SA 3S3OA 2D0BA 1JLFA 3DM2A 2RN2A 2F8SA 2NUBA 4BDZA 4DTNA 4N47A 4DU3A 1D9DA 2OYQA 3K59A 3JYTA 3OYLA 3QESA 3OYHA 3VQAA 3L3UA 3VQ5A 3KLHA 4F4KA 1S1TA 3MXJA 4Z4FA 1C0TA 4J2EA 1NK7A 3L2VA 3QEPA 1ASVA 1HPZA 4M3XA 4E1MA 1IO2A 3ZSZA 1J5OA 5FDLA 5SZTA 4IKFA 3PO4A 4BDYA 3LWLA 5I3UA 4AH9A 2P51A 4CHNA 5CZ1A 3DYAA 2OPSA 3A2FA 3AO4A 3MEEA 1NJWA 4CF8A 3RWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G10A 2X78A 3VGKA 3QIPA 3CG7A 2XO7A 1OVYA 4O5BA 4FWQA 2E88A 3OVNA 2PY5A 1VSEA 3VESA 2YNFA 1UOCA 3BP8A 2ASOA 3QETA 3VMFB 3NBPA 4GVEA 5AQWA 3SUPA 4FJJA 4M42A 4CW7B 3M5RA 4OPKA 3TSPA 4BRCA 2P9SB 3I8BA 3MK6A 3TAMA 3R6MA 4A5BA 5HBMA 3SPZA 2IAJA 2ZE2A 4DFPA 3ZCMA 3SQ0A 4CIFA 1N36K 1XC9A 4Z0UA 5GAEP 2ITMA 4RW8A 1GLJO 3KK1A 3ZSQA 1OKJA 1TUYA 3AARA 4DV0K 1YITN 3D45A 1D5AA 4DTSA 1TK5A 3L0QA 5CYQA 1TKXA 4DV5K 3VGMA 1WBDA 3A5OC 5FPNA 3KTQA 3NAEA 1KFSA 1VK0A 4WQ5A 5E41A 4BE1A 3CPWM 4YOYA 3OY9A 1SUQA 3ZEUB 4DCHA 1QHTA 3U9ZA 4FM0A 1E3MA 4JK8A 3K0SA 2YJFA 4J8FA 1T44A 2CGKA 2PZSA 4OGEA 4B1YB 3AGRA 1U2VB 1O13A 1QQCA 2KLAA 4CF0A 1FKOA 3MEDA 1JXEA 3O4QA 3U8XA 2ZJPL 3I33A 3M1FA 3CCUN 1LAVA 2Z1HA 4A62A 2P5OA 5M1PA 3O1WA 4B1UB 5DM7L 3KLEA 1VQLN 4JKDA 3CCJN 4AHCA 5GIOA 3IKMA 3HRGA 1RT5A 1X9JA 4FM1A 1NJIO 5FPMA 4BC4A 1X9SA 2HHSA 4LFBK 5BR8K 2QWNA 1CXQA 4KTZA 3WXLA 1P8ZA 3SJJA 4BWMA 3VA0A 4BR9A 3NGYA 5M1KA 5FPDA 5AZJB 4NO7A 4E89A 5C12A 1NG9A 1KVCA 1IH7A 1C0UA 2HHHK 3TPQA 3P39A 4AHUA 3SCXA 4FXDA 4FJ9A 1NJXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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