3NH0A

Crystal structure of rnase t in complex with a non-preferred ssdna (aac)
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 64
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh0A00
2G8VA 1KCFA 2KZZA 1SL1A 1IKVA 4KFBA 3KK1A 3VA3A 2O4IA 1JLBA 3B6PA 4DTUA 1GOBA 3VQ5A 4CK3A 2G8UA 2IDOA 4DSLA 3NH2A 3P83D 1S1TA 3SQ4A 3ZSWA 1Z26A 3CM6A 4FVMA 1UOCA 3VQ8A 1U48A 4QCLA 3I8DA 3OYDA 3PO4A 1TGOA 4E89A 3MEDA 4DSEA 3RMAA 1TKXA 1KTQA 3AO5A 3AVAA 4DLEA 4CEOA 4FLZA 1RDBA 1X9MA 3KJVA 4F8RA 3DLRA 3MEEA 1WSHA 1RT2A 3ISNC 1NKCA 2HHXA 1C0TA 1DLOA 4H4MA 4RW7A 4CIEA 5J2MA 4M41A 3K59A 3TAEA 4FLYA 3SPYA 2G8FA 3DOLA 4NCBA 1HYZA 3V4IA 4LY7A 3HP6A 1S9GA 4AHCA 2PYJA 3QIOA 2QK9A 1VSKA 3HVRA 3DRRA 3KLFA 3DMJA 4B9VA 2GV9A 1VK0A 4N5SA 1JLAA 4JLHA 4E1MA 1N6QA 1X9WA 1D9FA 4I7FA 4DU4A 3V81A 2F8SA 2OYQA 1ZBIA 4DMNA 1ASVA 1ASUA 4L8RB 1S1VA 1EXQA 1IKXA 4HCBA 1ITGA 3HSTB 1LW0A 1EX4A 3KD1E 4CIGA 4AHRA 1JLFA 2RKIA 3ULDA 4B9MA 3CG7A 1R0AA 1J53A 4B8AB 3HPHA 1D5AA 1LWEA 3CYMA 5DK5A 3T1AA 4KHQA 2OPRA 2B4JA 3AA5X 2X74A 1WSFA 4CIFA 4KO0A 3HPOA 3DI6A 5FRNA 2RPIA 4CFAA 1TK5A 1XC9A 3ZT4A 4Q0BA 2DTUA 2OZSA 3ZT1A 1T7PA 3QNOA 4OJRA 1S6PA 1RTJA 2XRIA 4BE1A 2XY7A 1WLJA 3LZIA 1RBTA 4HCCA 2HHVA 3NCIA 3M8QA 4HUGA 1VRTA 4K8ZA 3MEGA 4C8OA 3QETA 4CHOA 3MXMA 4Z4GA 2XY5A 3AVLA 1IG9A 1I3AA 2FC0A 5CYQA 3OYAA 3TAGA 2YNGA 4KKOA 4M42A 3OY9A 1RTHA 4C8KA 1HJRA 4PQUA 1BGXT 5SWMA 2XY8A 2F8TA 1G15A 1D8YA 3OYIA 1XI1A 3SV4A 4CK1A 3LP2A 1UA0A 4B9NA 2E6MA 4OKEA 3QERA 3FFIA 1BIUA 4B3OA 4KB1A 1B92A 1REVA 3OYEA 3C6UA 3DM2A 2G8HA 2HHUA 1QSLA 4DQIA 1YTAA 3AVBA 4M3YA 4CGJA 1Q8IA 3EZ5A 1J54A 4B9LA 3DLEA 2YKNA 1BI4A 2VG5A 4O55A 3EY1A 3LALA 3K57A 4DQSA 4EZ9A 3D45A 2P1JA 1HQEA 4C8MA 4W5TA 5HP1A 3RMCA 3DLHA 4N41A 3SV3A 2D0AA 4CGFA 3DLBA 2KFZA 1RBRA 1U47A 4DTNA 1WNSA 2BDPA 2Y1JA 3NGZA 1K6YA 3TAPA 4JRPA 4DSKA 2QKBA 1NKBA 1TKZA 2D5RA 3TAMA 4I2QA 4CGIA 1D9DA 1RBVA 1TK0A 4JS5A 1LV5A 1RT4A 5FDLA 1BCMA 1C1CA 3HP9A 2G8IA 4E19A 3LP1A 4FJHA 2KQ2A 1C6VA 2IGIA 3AVIA 4DF8A 1A5XA 3L3UA 3T3FA 3CQ8A 3WNHA 1TKTA 2OPQA 4DTXA 1VSFA 3HL8A 3NF6A 1KSPA 2HW3A 1NJXA 3S3OA 2FBTA 2O4GA 5DMRA 1YTUA 1NOYA 3VQAA 4W5QA 3JSMA 4DQQA 1T8EA 5HRRA 3PX0A 4Z0UA 4CF2A 1GOCA 3NHGA 4ELTA 1KFDA 1JXEA 2RN2A 4DTJA 3QLHA 4M3TA 3TARA 4QAGA 3F73A 5J2PA 2G8KA 3QEXA 5SZTA 4IKFA 4N76A 5CZ2A 3VQCA 3SQ2A 4KTZA 4DTMA 4ELVA 2QKKA 4CJFA 4DLGA 1CXUA 4IDKA 5D3GA 4DFKA 1NK6A 4FZZA 5JS2A 4CJPA 1JLCA 3OJUA 4Q5VA 2WONA 2EHGA 1FKOA 2BANA 2YV0X 1VSHA 2ZQBA 4DU3A 3RRGA 3S3MA 1Y97A 1L3TA 4CF9A 2DFEA 3TR8A 3U3GA 4JRQA 4KPYA 3IG1A 4FW1A 4E7JA 2JGUA 3B6OA 4CEZA 3LWLA 2PY5A 3K5MA 3OYMA 1XHZA 4FJ7A 2PZSA 2Z1HA 4AHTA 1EETA 5HRNA 3KLEA 3K58A 3AA2A 3CFOA 4Z4EA 4DQRA 2Y1IA 4HVJA 4DS4A 3S9HA 1TK8A 3OS0A 4BACA 2NUBA 3QEPA 1BQNA 3VQPA 1TAUA 4RG8A 2PYLA 1HNIA 4CJLA 1J9AA 1LW2A 4F2RA 2OPPA 4ZHRA 4BWMA 2DFHA 3S3NA 4M3ZA 1WN7A 3WNEA 3V9UA 4YNQA 2QXFA 2YHBA 3LP0A 1JLEA 3AVHA 3HJFA 3NF9A 3SNNA 1IO2A 2Z1GA 3LAKA 3VQEA 3VQ7A 5C24A 5CYMA 3DLGA 2VWKA 3A2FA 3NGYA 3SI6A 1LWCA 4B9UA 2D0BA 3KKRA 3WNGA 1S1UA 3ZSQA 3VQDA 1JLGA 5E41A 2D0CA 2HVIA 3DRPA 3V9SA 3THVA 4CGDA 4FCYA 1QTMA 1KLMA 3OYCA 4CJRA 2HNZA 1ZBFA 2E6LA 3CFRA 4CHNA 3L2UA 4DFPA 3RMBA 3SUOA 3OYFA 4FW2A 1WAFA 4WE1A 4EP5A 1KVCA 3NE6A 1NK7A 1L3UA 3PX4A 4Z4CA 4IFYA 3AVKA 2IOCA 4OPJA 1DTTA 3HVTA 4RW8A 3TI0A 3AO2A 4M3XA 4RW6A 3H08A 2ETJA 1U49A 3EYZA 1UA1A 4OVLA 3ZSRA 1L5UA 3M8PA 4N47A 4BE2A 4E7HA 4DWIA 2VWJA 5EU7A 2R7YA 4DU1A 4M3WA 1FKPA 4AH9A 1WSEA 3NH1A 1WAJA 3NBPA 3PUFA 4HTUA 4FJKA 1B9DA 1S1XA 3D0PA 1C1AA 1HYVA 1RBUA 3OYLA 4CEQA 4CHQA 1FK9A 3NGIA 3ZSOA 4DS5A 4Z4IA 3K5OA 2XY6A 4PUOA 3ITHA 4OKKA 1F21A 1HQUA 4I9QA 4LSNA 4FLXA 1I39A 5KRTA 3LWMA 3AO3A 1S9EA 4OGCA 1KVBA 3C95A 4NYFA 4MFBA 2ATQA 3HK2A 1RDDA 2HMIA 2IC3A 4FLTA 3SQ1A 5I3UA 2YNFA 5KTQA 1ZBHA 1BIZA 2HNYA 2EX3A 4I9LA 4B9TA 4CJKA 4FLVA 3V6DA 4CCHA 3DOKA 4CERA 2KZMA 1VSMA 1NK0A 1QSSA 2HHQA 3AO4A 5HRPA 1WSJA 3AVFA 3KK2A 3RRHA 2HB5A 1LAVA 4CF0A 4CJ3A 5JS1A 3VQ9A 4CJTA 4CHPA 3O3GA 1EKEA 1UAXA 1JL2A 4FLWA 4E7LA 3NH0A 3DRSA 3VQBA 3ZCMA 1FXXA 3OYBA 3VA0A 4DSJA 4CK2A 3L2QA 1VSDA 3HPGA 3ZSZA 3T19A 4EZ6A 3ZSVA 4KTWA 5KGWA 1CZ9A 3PX6A 1LAWA 2I5JA 4CF1A 4MQ3A 5J2QA 5C25A 1HNVA 5KGXA 1NK4A 4R5PA 1KFSA 3TABA 4KHUA 3PO5A 2BGGA 3AVJA 3L2RA 3OS1A 4O5BA 4ICLA 4DTOA 3O3HA 2ZE2A 2F96A 3L2WA 1U04A 3O3FA 4QOZB 4CEBA 4FJMA 4FYDA 4NCAA 4OLBA 3QEVA 4FK4A 4M3UA 1KRPA 1IH7A 2BE2A 2HHTA 3OYHA 4PWDA 1KLNA 2XHBA 2G8WA 2YKMA 3O4NA 5KRSA 3OYJA 4BDPA 3NDKA 2A1SA 3SUNA 1NOZA 1W9HA 3AVNA 4EP4A 2LSNA 1ZYQA 4E3SA 1SL2A 1XWLA 3LAMA 1TAQA 4W5RA 4DTRA 3O4QA 1NK8A 1SKWA 2HHSA 1U4BA 1BISA 3V1RA 4O0JA 3OYGA 4CFBA 4E7IA 3M8SA 1NJYA 3KLIA 1RDCA 1VSLA 1MU2A 1VRUA 3HM9A 5T7BA 4CJEA 4CJSA 4FJ9A 2ITGA 4GVMA 3V1QA 2P5OA 3CFPA 1HPZA 2AJQA 4O44A 3L3VA 4KB0A 3V9WA 5CY4A 2FBVA 4FXDA 3QO9A 1RT5A 4RW4A 1CZBA 1RILA 3L8BA 4UQGA 4HHTA 4M3RA 4B08A 1RT3A 3LPUA 2E4LA 3MECA 1RNHA 2XO7A 3ZSYA 1Z25A 4HUEA 4FJJA 3G0ZA 3QESA 5J1EA 4LH5A 3OVNA 1WSGA 1X1PA 3ASMA 4FLUA 1ZBLA 4LSLA 5HRSA 3LANA 5HBMA 4FM1A 5J2NA 1X9SA 4J2BA 3TAQA 4J2EA 4CE9A 4LH4A 3NF7A 4CHYA 2GBZA 3RR7A 4Z4HA 1A5WA 4FJGA 3ALYA 1BQMA 1RT6A 4AILC 5FRMA 1JKHA 3ZT3A 1HRHA 1TL3A 4CEDA 4CJQA 4DF4A 1RCHA 1IKWA 2JLEA 2RF2A 4OKJA 1RT7A 3E01A 3AVGA 3CM5A 1ZBUA 4CECA 3LDSA 4DQPA 3KKSA 4OPKA 5HLFA 2HNDA 1WSIA 3ZT2A 3V9ZA 4FM2A 4K8XA 3P1GA 4KV8A 3LPTA 2FBXA 3L2VA 3V9XA 1A5VA 4AHUA 4TSXA 4N56A 4H8KA 3PY8A 3SUPA 4KHWA 2KFNA 1DTQA 2OZMA 4E0DA 1Q9XA 3NFAA 3HO1A 1VSEA 3K5LA 4F2SA 1VSIA 2YNHA 4BWJA 2DFFA 1QS4A 4E7KA 3BGRA 4FZXC 3IRXA 1SV5A 2Q3SA 3SQ0A 1QQCA 4NYNA 2W42A 4B8CA 3KLHA 4F3OA 4F4KA 2HHWA 4CESA 3SCXA 4KRFA 4G1QA 3LZJA 4FJNA 5KI6A 2KTQA 3AA3A 4CHZA 4KAZA 2IS3A 3HT3A 1EP4A 3F9KA 4RW9A 1RDAA 3VQ6A 4DG1A 2KW4A 3HXMA 4KTQA 3VQ4A 4FK2A 4KHYA 1RTIA 1L3VA 1HMVA 4GW6A 4CJ5A 3MXJA 4O0IA 4CJWA 3JYTA 4NCGA 4B9SA 3KK3A 3C6TA 1QE1A 1S6QA 2OA8A 4DSIA 3AA4A 3DLKA 3U6FA 3AV9A 3WNFA 3SJJA 1QSYA 2X6NA 4IG0A 4DTPA 4J2DA 4ID1A 4CEEA 3AO1A 4KREA 2WOMA 4IFVA 4FM0A 4ID5A 4ZTFA 4Z4FA 2YNIA 2GUIA 2X78A 3MXIA 3ZSXA 4FJ5A 3I0SA 3P5JA 3IAYA 2VG6A 3AVCA 3BDPA 4FK0A 4BDZA 3QINA 3AVMA 4E1NA 1TV6A 4DFJA 4KHNA 3M8RA 3OYNA 4FZYA 2YHAA 1BI4B 1O1WA 3QIPA 4AHSA 4XIUA 3PV8A 2X6SA 4C8LA 1TL1A 4CFDA 1HYSA 3LP3A 2IAJA 3RTVA 5C42A 4CEFA 4PY5A 2Z1IA 5K14A 1NJZA 1U45A 3IS9A 1GOAA 4LD0A 2B6AA 1ASWA 2P51A 4JS4A 2P5GA 1KVAA 1JL1A 1C0UA 3VN5A 4O4GA 5CZ1A 2VG7A 4W5OA 3OYKA 3U3YA 4CF8A 3QNNA 1TKDA 3NAEA 1N5YA 1NK5A 4AHVA 1BHLA 3SPZA 3VQQA 2ZD1A 4DFMA 1L3SA 3SYZA 3KD5E 1RT1A 4DSFA 4PA1A 1C0MA 4BDYA 3MAQA 3DYAA 1JXBA 4CJUA 2A1RA 1T05A 3NF8A 1NKEA 1RTDA 1SKRA 4J2AA 3TANA 4W5NA 1RBSA 1UWBA 1LWFA 3TWHA 3QEIA 3QEWA 3RMDA 4Y1DA 1QHTA 4Y1CA 4C8NA 3RWUA 3G10A 4F3TA 4DTSA 2OPSA 2HVHA 1IKYA 1J5OA 1BL3A 1VSJA 1YVUA 4CGHA 4CFCA 1T03A 1SUQA 4HUFA 3SUQA 1CXQA 1Q9YA 4KI4A 3HYFA 2B5JA 1S5JA 1NK9A 4CGGA 2Z1JA 1XHXA 3V1OA 4IG3A 4H4OA 4FJXA 3TAFA 4OGEA 1NJWA 3KTQA 5HROA 4GMJB 3OJSA 1SKSA 3RR8A 1CLQA 4FJIA 1W0HA 1TVRA 3K5NA 3C94A 3OS2A 3KIOA 1S1WA 4YFUA 4KI6A 4M45A 5I42A 4ZTJA 4ELUA 4CJVA 4FJLA 1JLQA 2FBYA 3I0RA 5FROA 4OLAA 1C1BA 4BE0A 3UIQA 4FJ8A 4CEAA 3KLGA 1BCOA 4KHSA 1B9FA 1YT3A 3SZ2A 4IBNA 4CJ4A 3K2PA 2DY4A 3ZT0A 4I2PA 1SL0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SAFA 1SL1A 3BZCA 4KFBA 2O4IA 1GOBA 4EAHD 4DCHA 3OHRA 2A42A 2WTUA 3VQ8A 1U48A 4QCLA 3OYDA 4E89A 3MEDA 3THWB 3AVAA 5F2RA 1X9MA 3BP8A 1VQ5N 1WSHA 1NKCA 3ISNC 1WB9A 3TAEA 2ZGZA 2G8FA 3HSCA 1S22A 4NCBA 4X62K 1V4SA 3HP6A 1VQON 4AHCA 1HPMA 3HVRA 4B9VA 4AM7A 4JLHA 2E2OA 1X9WA 1D9FA 4GKKK 5GIOA 4DU4A 3V81A 4BRMA 1GLCG 1EXQA 4HCBA 3CCQN 1EX4A 4CIGA 4X66K 4AHRA 4JI2K 3ULDA 3FR0A 4B9MA 3CG7A 3HPHA 1Q82O 1VQ6N 2B4JA 5AQNA 1WSFA 5BPNA 4BR5A 3BUZB 3DI6A 5FRNA 1XC9A 2A3ZA 1VQMN 2DTUA 1N34K 2XY5A 4XEIA 3AVLA 1I3AA 2FC0A 5HOOA 3CCRN 3O9SA 2XY8A 4DV2K 1XI1A 3FZMA 1HNWK 4OKEA 4CBXA 1B92A 2HHUA 2G8HA 1HLUA 4DQIA 2QWNA 4IWVA 4CGJA 1J54A 1NGAA 3DLEA 1BI4A 1K8KB 1NGGA 3D45A 1XNQK 4CZMA 4C8MA 4JKGB 3RMCA 1ATSA 2KFZA 2KLAA 2ASMA 3DXMB 2Y1JA 1OVQA 4JRPA 1NKBA 1T6CA 1NGIA 2RE2A 4WQ5A 1BCMA 1HJOA 3L0QA 1NGFA 4B3MK 3D6RA 3TPQA 4FWOA 2E1YA 2O8FA 4FWNA 4DTXA 1KSPA 3S3OA 4JKDA 5DMRA 1YTUA 1NOYA 4W5QA 4JI0K 1T8EA 4Z0UA 4CF2A 1IG8A 2RN2A 4IO9L 4DTJA 4WF9L 2FSNA 4WQ4A 1ZC6A 4QAGA 3F73A 5J2PA 3QEXA 4IKFA 3VQCA 3SQ2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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