3NH1A

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (tagg) with two mg in the active site
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 59
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh1A00
4DTXA 1N5YA 4B08A 4Q5VA 1TKTA 3VQ4A 4CHOA 3OYMA 5FRNA 3G10A 5SZTA 1HNIA 4FLWA 2HHVA 2BE2A 3NGYA 3CYMA 4F8RA 4FJHA 1BGXT 1QTMA 3HP9A 5JS2A 1L3UA 3LAKA 3TAEA 4CF0A 3OYBA 2FBTA 3VQBA 4CEBA 4RW8A 1KVCA 2D0BA 3DYAA 2ZD1A 4DFMA 2QK9A 4CFAA 1XHZA 4ELTA 4FM2A 4DU4A 4KB0A 3QNOA 1SL2A 3HT3A 4RW4A 3LANA 4BE0A 3V1QA 2Y1IA 1TV6A 4I9QA 4CEFA 1NJWA 2O4GA 4N76A 4PUOA 4XIUA 1T7PA 5KGWA 2HHXA 1RT1A 3NF7A 2YHBA 5KGXA 4JLHA 1S5JA 1VSMA 1VSHA 3KK1A 4L8RB 4LH4A 4KI6A 2HW3A 5CYMA 1BQNA 1S1XA 1ZBFA 2HNZA 4C8OA 3KIOA 2DY4A 4DS4A 4DFKA 4B9SA 4FJXA 4CHZA 1MU2A 3DRRA 1FKPA 2Q3SA 3K5OA 3AO4A 4FZXC 4FK4A 4HUGA 2E6MA 4DFJA 4N41A 4FJGA 3V9WA 4JRPA 4DU1A 3K57A 1BIUA 1RBUA 5HROA 1RT6A 4CJEA 4FJ8A 2D0AA 3SUPA 1S6PA 3OYEA 4DTMA 3QESA 2HVIA 2OPPA 4FJNA 2KFZA 3L2UA 4CHNA 4ID5A 1KSPA 4OPKA 3C94A 3QIPA 4DTOA 3PV8A 2YNFA 3ZCMA 3OY9A 3OYDA 2P5GA 4CGDA 1C0MA 2Z1GA 1C6VA 4B9LA 4DTUA 3IS9A 1S1VA 2HVHA 1ITGA 4CIFA 1F21A 3AVAA 2KZMA 5K14A 2QKKA 2RPIA 4FJMA 3VQCA 4O4GA 3CFRA 3OYNA 2HHTA 1UWBA 2GBZA 4CFDA 4KHNA 1EXQA 1L3VA 4BWJA 4AHUA 2XRIA 4CF8A 3OYHA 3L2VA 1ZBIA 4F3OA 5HRSA 2PYJA 1C1AA 4DS5A 2X78A 4AHVA 1RBVA 1K6YA 1NOYA 4DTJA 4ZTFA 1NKEA 1NJXA 1CZ9A 2JGUA 4O5BA 3V81A 3E01A 4F3TA 4FLVA 2DTUA 4M41A 1L3SA 3SQ0A 1HQUA 2WONA 3KLGA 3C6TA 4KTZA 3ZSYA 1WAFA 5C42A 1T03A 2PY5A 4B9NA 3V9XA 3IAYA 3G0ZA 1BI4B 4CK3A 3QEXA 3QEPA 4E7LA 4DSIA 3DLRA 2YKNA 4PWDA 3AVJA 3KLFA 3ALYA 3M8PA 2FC0A 1SKWA 3U3GA 2ITGA 4J2EA 4FXDA 1T05A 2YKMA 3HYFA 4MFBA 1SKRA 2P5OA 4DSLA 1T8EA 1SL0A 3AVNA 3OJUA 2IS3A 3D0PA 4C8LA 3LAMA 4E3SA 1VSDA 1LAVA 2YNGA 2Z1IA 4JS5A 1G15A 3ULDA 3BDPA 5CZ1A 3PX0A 2KTQA 1HPZA 3DOLA 1D9FA 5J1EA 2IOCA 3QIOA 2OA8A 1U45A 3NF6A 4FZYA 4CGJA 3OYFA 4KREA 1YTUA 1RT7A 2A1RA 1GOCA 1WSHA 4KV8A 3DM2A 4FW2A 5T7BA 1C1CA 2E6LA 1IKXA 1RDBA 3TR8A 2R7YA 2XO7A 3SUOA 4FZZA 4OLAA 1BCOA 1LAWA 1EP4A 1GOBA 1NJYA 4IG0A 2AJQA 4CFCA 3SNNA 4B8CA 4K8ZA 1S9EA 3AA3A 4IDKA 3ZSRA 1X9SA 1C0UA 4HCCA 3AVKA 5C24A 1B92A 3QEWA 1VSFA 4OKEA 1U4BA 1IKWA 1JKHA 4DQRA 3SUQA 3QEVA 3K58A 1WN7A 2ATQA 4FCYA 3RRGA 1WSEA 2VG5A 4CEDA 3MEDA 1LW0A 4Z4GA 4FYDA 1TL1A 1FKOA 3AA5X 4CJVA 1ASVA 2BANA 4CIGA 1VRTA 4NCBA 4M3XA 3EY1A 3C6UA 3DLHA 4CJRA 2QKBA 3K5MA 4CHQA 2ZE2A 3ZSOA 3V9SA 4OPJA 3SV4A 1YVUA 2Y1JA 1ZBHA 3O3HA 1JLEA 3VQ9A 1BI4A 3VQ7A 3ZSVA 3TAMA 4R5PA 4E0DA 1S9GA 4FJKA 2XY8A 4OKKA 1XI1A 2KZZA 1VSIA 4CJUA 3DLKA 4HHTA 4KKOA 4W5OA 4CCHA 1D5AA 1DLOA 3AVCA 1WSIA 1RDCA 4NYFA 4CIEA 1DTQA 3LWMA 1QSLA 3KTQA 3EYZA 5DMRA 1N6QA 2W42A 1QS4A 4M3YA 4DF4A 4DMNA 3QO9A 2G8VA 1CXQA 3VQ5A 2EX3A 2OPRA 4E7IA 4J2AA 1XHXA 3OYJA 3RRHA 4RW6A 1IH7A 2DFEA 4J2DA 3O4QA 1KLMA 3KKSA 4IFYA 1W0HA 2G8UA 5HRNA 1JXEA 2RN2A 4CJQA 1FK9A 3WNEA 2HHUA 3ASMA 4AH9A 3WNHA 3ZT3A 3K2PA 3SJJA 5I42A 3CM5A 1TAUA 1NK0A 3DRSA 2F8TA 4LSNA 1JLGA 3MEGA 5KRSA 1IG9A 3SYZA 4DSEA 4CJ4A 3DLGA 3AVGA 4QOZB 4BWMA 1D8YA 4FLZA 4I7FA 3QINA 5CZ2A 4FM0A 4I2PA 4LSLA 4KHSA 4NYNA 1B9FA 2G8KA 3MAQA 2P1JA 3SQ4A 2OZMA 1IKVA 4M3TA 1KFSA 2GV9A 3NBPA 5FROA 4IBNA 3ZT0A 1DTTA 3L3UA 3S9HA 3SPZA 1LW2A 1NKCA 3ZSQA 2OZSA 1BISA 4YNQA 3QETA 4BDYA 4Z4EA 3OVNA 2YNHA 3B6PA 1VK0A 3TAGA 3B6OA 2I5JA 2P51A 2QXFA 1EETA 1RT4A 4GW6A 3WNFA 4CFBA 1Z25A 1A5XA 3AO5A 3OYGA 3PO4A 1JLFA 4DLGA 4E7HA 5HRPA 3NAEA 1QE1A 3LZIA 5EU7A 3P1GA 2X6SA 1KVAA 4CF2A 5HLFA 4H4OA 1QQCA 4WE1A 4NCAA 3QNNA 1RTHA 3CFPA 4KRFA 1J54A 2KW4A 5J2MA 1JL2A 3RR8A 2NUBA 4DSKA 1RT5A 3HP6A 4FLTA 3JSMA 3UIQA 4KAZA 1EKEA 3A2FA 4M3ZA 4DFPA 1JLQA 3AVHA 4CK1A 1NK8A 4FJ9A 3VQ8A 4I2QA 3MXJA 3VQAA 4G1QA 4Z4CA 2HNDA 2E4LA 2OPSA 4N56A 1VRUA 1NK9A 5CYQA 3SV3A 3OYAA 2G8IA 1RT2A 4B8AB 2KFNA 3P5JA 1CXUA 4O55A 3TARA 2LSNA 4H8KA 3RTVA 3ZSXA 3DMJA 1I3AA 3NFAA 4FLUA 1D9DA 4FJ7A 3KD1E 3AVFA 1ASUA 3H08A 3DRPA 4CGFA 3L2QA 3K5LA 3M8RA 1KVBA 4E89A 1X9MA 3C95A 4BACA 4FJJA 4CECA 3AO3A 1J9AA 4LD0A 3KLEA 3ZT2A 4CJKA 1TAQA 3LP2A 1RILA 1S1UA 4I9LA 3AVBA 3ZT4A 3QEIA 2YHAA 4CF1A 4CJTA 4GVMA 1ZBLA 3P83D 1IKYA 3ZSZA 4C8KA 1KTQA 3QERA 1L3TA 5HBMA 1HNVA 3THVA 1U48A 1SL1A 4E19A 1L5UA 1KRPA 1U49A 2HHQA 5E41A 1U04A 3D45A 2RKIA 4UQGA 4O44A 3K5NA 3CG7A 3VN5A 4CGIA 3F73A 3KKRA 4E1NA 1W9HA 4RG8A 2WOMA 3VQQA 3V9UA 3M8SA 1RT3A 3LP3A 2XY7A 4K8XA 1NK7A 1RBRA 3LP0A 5JS1A 4FK2A 3AVIA 1RTIA 1RBSA 3ITHA 4AHTA 1QSSA 4BDPA 4CEZA 4J2BA 4DSJA 5HP1A 3HM9A 3DI6A 4M45A 3AO1A 3SZ2A 2FBYA 4CF9A 2VG6A 3NCIA 1TK8A 4E7JA 2G8WA 2HHWA 1ZBUA 4YFUA 3I8DA 1ZYQA 3MXMA 4CESA 4CJWA 4CHYA 4HUEA 4O0JA 1NK4A 4JS4A 4CEAA 3TI0A 4Q0BA 3NE6A 2XY6A 3OS2A 3OYKA 3LPUA 5J2NA 1FXXA 1O1WA 1XWLA 4FK0A 3V6DA 3TANA 3S3NA 3KK2A 4PQUA 2Z1HA 1C0TA 1Q9XA 4O0IA 3HVTA 3PUFA 2B6AA 1HYVA 3S3MA 1B9DA 4Z4HA 4HTUA 4DTSA 3WNGA 1J5OA 4DQPA 4KHWA 1HJRA 1C1BA 3VQPA 1YTAA 3RMDA 4C8NA 3HXMA 4F2SA 4ELUA 3SQ2A 4KHQA 3TAPA 3HJFA 1UOCA 2VWJA 2KQ2A 5DK5A 2XHBA 3HPOA 4DF8A 4F2RA 1HMVA 3K59A 1QSYA 1LWCA 4OKJA 3KJVA 1WNSA 4TSXA 3DLEA 1UAXA 4Y1DA 2YNIA 3V9ZA 3HPHA 3T19A 4CJ3A 4OLBA 4IG3A 1Y97A 4BE2A 4HCBA 3L2RA 4AHSA 1RCHA 3LALA 3V1RA 1LV5A 4DTPA 3TAFA 3AV9A 4BE1A 3NF9A 3T1AA 3S3OA 1RBTA 3PX6A 2BDPA 1A5VA 1WSGA 4GMJB 1TKDA 3TWHA 3RWUA 1X1PA 4LH5A 3RMCA 3L8BA 1A5WA 5J2QA 2HMIA 2YV0X 2RF2A 1REVA 4ICLA 2ZQBA 3EZ5A 3VQDA 1TVRA 3NGZA 3MXIA 3BGRA 4CEOA 5KTQA 3MECA 4Z4IA 4FJIA 4FM1A 1NK5A 4DWIA 3HO1A 1WAJA 2EHGA 3OJSA 3KK3A 2HHSA 5J2PA 1HRHA 4OGEA 3M8QA 3ZT1A 1X9WA 1BQMA 3NH2A 3OS1A 5KRTA 3RMAA 4W5RA 4KHUA 1VSJA 1RDAA 4FW1A 3MEEA 4CHPA 1NJZA 1WSJA 2G8HA 3AVLA 1KFDA 3F9KA 1RNHA 1YT3A 4AHRA 1VSEA 1GOAA 2HB5A 3VA0A 4OVLA 1UA1A 1KLNA 4Z4FA 1IO2A 1SKSA 1SV5A 1TL3A 4RW7A 4F4KA 2BGGA 2FBXA 3SI6A 4B9TA 4ELVA 4HUFA 1Q8IA 1UA0A 1U47A 3IRXA 4AHCA 2VWKA 4IKFA 1R0AA 2Z1JA 3HL8A 2HNYA 3OYIA 3CQ8A 3U3YA 2IDOA 4FJLA 3I0SA 3TABA 4B9VA 4PY5A 4CJLA 2D5RA 2IAJA 4N47A 3DOKA 3VQEA 5SWMA 1RTJA 3PO5A 5D3GA 2G8FA 1HYZA 1VSKA 3FFIA 4CJ5A 4CJFA 2O4IA 1RTDA 4Z0UA 2B5JA 3KD5E 1WLJA 3HPGA 3CM6A 4W5TA 4N5SA 4DLEA 4PA1A 4KHYA 4CERA 4M3RA 2D0CA 3I0RA 2ETJA 4DU3A 1JLBA 3LPTA 3L2WA 1NKBA 2GUIA 4RW9A 3OYCA 5KI6A 3ISNC 4QAGA 4KTWA 4E7KA 1Q9YA 3ZSWA 1BIZA 3SPYA 4Y1CA 4C8MA 1TK0A 2X74A 4EP5A 4BDZA 4OJRA 5C25A 1TKXA 2OYQA 4ZTJA 1HQEA 4CE9A 5CY4A 3PX4A 1NOZA 3VA3A 3NHGA 3L3VA 1NK6A 3PY8A 3HK2A 5FRMA 4KTQA 3AA2A 3HVRA 1BL3A 4KPYA 1HYSA 3JYTA 4H4MA 4B9UA 4CGGA 3LDSA 3T3FA 4B3OA 2FBVA 2PZSA 1S6QA 5FDLA 1VSLA 3NH1A 3KLHA 4FLYA 3QLHA 4CJPA 4JRQA 3AO2A 4HVJA 4IFVA 4DQSA 3HSTB 1BHLA 4CEQA 4M3WA 3O3GA 4B9MA 1JXBA 4ID1A 3O3FA 1S1TA 3RR7A 4KFBA 3VQ6A 1JLAA 2OPQA 2JLEA 2F96A 4EZ6A 1EX4A 1LWEA 1BCMA 1JL1A 3OYLA 4KO0A 4LY7A 4M42A 3KLIA 1SUQA 3O4NA 4W5QA 3OS0A 4CJSA 5I3UA 2IGIA 4DQQA 1KCFA 2A1SA 1WSFA 3LP1A 3RMBA 3IG1A 2F8SA 4DTRA 4DTNA 3TAQA 3AA4A 4FVMA 4CEEA 2IC3A 1TK5A 1LWFA 4KI4A 1RDDA 3SCXA 1TKZA 4CK2A 4CGHA 3LZJA 4AILC 4OGCA 4E1MA 4EP4A 4M3UA 4W5NA 1Z26A 4DSFA 2DFHA 4FJ5A 5HRRA 2PYLA 1I39A 3NGIA 3SUNA 1J53A 2B4JA 2XY5A 4MQ3A 3NDKA 4KB1A 4QCLA 3SQ1A 1TGOA 2VG7A 3AVMA 1S1WA 4NCGA 1QHTA 3NF8A 4ZHRA 3U6FA 4EZ9A 1CLQA 3NH0A 1ASWA 3V4IA 3CFOA 1JLCA 3V1OA 4DQIA 3DLBA 4FLXA 1XC9A 3LWLA 4DG1A 2X6NA 2DFFA 1CZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N5YA 3JAMO 4FPAA 2FSJA 2H3GX 4BRAA 3NGYA 4EHUA 1L3UA 2FBTA 3VQBA 1E4GT 3ENBA 2D0BA 1WBBA 4CFAA 4ELTA 4FM2A 4KB0A 3QNOA 1OKJA 3CD6N 4RW4A 1TV6A 4I9QA 1ILYA 3J7ZO 4CEFA 2O4GA 4K42A 4XIUA 3T1HK 1WOQA 1RT1A 3NF7A 3L6QA 5KGXA 2QWMA 4L8RB 4KI6A 5CYMA 1ZBFA 5AQJA 4DS4A 4FJXA 2YHWA 4CHZA 4FK4A 1Q18A 2ZJQL 2Q2RA 3SUPA 3OYEA 1RFQA 4K41A 1HUXA 4JI1K 1JJ2M 4CHNA 4BVPA 4DTOA 4JKDA 3VERA 4CZMA 2YNFA 3GG4A 4OPAA 1C0MA 2Z1GA 1C6VA 1DT9A 4B9LA 4DTUA 2QKKA 3PIOL 3VQCA 4O4GA 3CFRA 1UWBA 4CFDA 3G4SN 3L2VA 5HRSA 2NZTA 2PYJA 3CI5A 4DTJA 1CZ9A 2JGUA 4F3TA 3E01A 5JLFA 4FSVA 4FLVA 2DTUA 4JI7K 1HQUA 1VHXA 3ZSYA 1WAFA 3O9RA 3IAYA 4CK3A 4XH1A 3VMFB 5BREA 4CZHA 3M8PA 1SKWA 3IFRA 1T05A 4DSLA 2ITMA 4U67L 3AVNA 3OJUA 4C8LA 1DGKN 4H03B 3O1BA 3DOLA 2OTLN 3SAHA 2HSTA 3QIOA 4FZYA 5BN9A 4QS8A 2A1RA 1WSHA 1W7AA 4IFEA 2E6LA 1IKXA 3SUOA 4OLAA 3W3DA 4BRMA 2P9NB 3TSUA 1K8KA 3P39A 4H0YB 3THYB 4IDKA 3BF1A 2E8AA 4HCCA 1M90O 4IOAL 1JKHA 1WN7A 2ATQA 2VG5A 2UYTA 4CEDA 4BRCA 3A5OC 4CJVA 1SS6A 2BANA 2IVNA 2CGKA 4NCBA 3EY1A 1Y64A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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