3NH1A

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (tagg) with two mg in the active site
Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H2 (10-12)TIV1 (12-15)AH2 (92-110)AH3 (122-136)S1 (17-26)TI2 (31-34)TI1 (30-33)TII1 (65-68)S3 (52-61)TI4 (81-84)S2 (36-46)EMPTYAH1 (72-78)TI6 (85-88)AH4 (151-159)S4 (114-119)TIV2 (119-122)TIV3 (138-141)TI7 (144-147)AH5 (164-171)AH6 (183-204)TII2 (179-182)TI9 (177-180)3H1 (5-7)TI5 (84-87)S5 (149-150)TI8 (176-179)TI3 (47-50)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 59
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh1A00
1Q9XA 1T03A 1YT3A 4FJGA 4B9VA 4FJIA 2LSNA 4FK2A 3VN5A 3HXMA 3K5NA 2XY8A 4DSJA 1J54A 4IDKA 4O55A 4N41A 2Y1JA 2GBZA 3PO4A 3PX6A 1ZBIA 2IOCA 4CGIA 3AVAA 2G8VA 5K14A 3AA2A 4BDYA 3LZIA 4CF0A 1RILA 1BI4B 3LWLA 5HLFA 4ELVA 3NGZA 2KQ2A 3SV4A 2ZQBA 4DS5A 1T7PA 2HHTA 2DFFA 1JLCA 2G8IA 4RW9A 4J2BA 1F21A 2YHBA 2P1JA 4LH4A 4DSIA 2DY4A 1VSLA 3OYGA 2EX3A 1BL3A 4B8CA 1WNSA 1TVRA 2Z1HA 2HNYA 5J1EA 4OVLA 3ZT2A 3S9HA 1X9WA 3TAFA 5JS1A 1JLFA 1TAQA 3E01A 3CM5A 3M8QA 3HVTA 3RWUA 4N47A 3HJFA 4LY7A 1S1WA 2O4GA 1VK0A 3LP0A 2X78A 2P5GA 3PX0A 1VSKA 2FBTA 4CCHA 1XI1A 2HMIA 4B9MA 1S1XA 5KGXA 1ASWA 1RBRA 4HUEA 2Q3SA 4CEBA 1TK0A 2OZMA 4KHYA 3NFAA 3OYIA 1LW0A 4E19A 3KLEA 1HYZA 1KCFA 3AO1A 3QETA 2B6AA 1L3VA 4F2RA 1NJWA 4Z4IA 4G1QA 1RTHA 2R7YA 3TI0A 3DLGA 3DOKA 2D0AA 3OYBA 4FJ9A 4PUOA 1BIUA 2Y1IA 4B3OA 1IKXA 1VSIA 2VG6A 4O44A 4IFYA 4RW4A 3HO1A 4AILC 4FXDA 4IG0A 2RKIA 3OS1A 4M41A 1I39A 4E7IA 3LAKA 4W5RA 3TARA 4FLZA 5CY4A 3LP2A 1KSPA 3HPGA 4IBNA 4CJEA 2DFEA 3KD1E 4CEZA 1NK8A 1JL2A 2GV9A 4CIGA 1QSYA 1RT5A 1QHTA 3L2RA 4Y1DA 3HM9A 3D0PA 1YTUA 3G10A 2I5JA 3RMCA 4O0JA 4PA1A 2HHSA 3VQ4A 1TV6A 3AVLA 4DFPA 1J53A 3I0RA 2BE2A 3NBPA 3ITHA 4FM0A 4DMNA 2A1SA 3ZT4A 4BE2A 1VSFA 3T19A 4HUGA 4DTPA 4L8RB 3LPUA 4NYFA 2HNZA 3MEEA 3OS2A 3NF9A 1MU2A 1Z25A 1XHXA 1CZBA 4M42A 2YNFA 3IAYA 4DSFA 2X6NA 3FFIA 3V9WA 3RTVA 4DQIA 4BDPA 1ZBHA 4B9UA 2KTQA 3V9UA 3SCXA 2FBVA 4M3XA 4WE1A 3VQCA 1NJZA 1NKBA 3I8DA 3U6FA 4JLHA 1TKXA 3MXMA 3LANA 4QOZB 2EHGA 4KO0A 4EP5A 4CGFA 2HHUA 4C8MA 3VQ8A 4M45A 1NK6A 3BDPA 3HK2A 4KHNA 3ALYA 1LWFA 1K6YA 4FLVA 4W5NA 4DFJA 1S6QA 3OYDA 2IC3A 1BCOA 4CESA 4K8ZA 2RN2A 4DTNA 4M3ZA 4CJTA 1R0AA 4RW6A 1JXEA 3QEWA 3NF6A 1NK5A 3UIQA 3QIOA 3SUPA 4FJKA 4OLAA 3MECA 3ASMA 3AO4A 4B9LA 4Z4GA 3SQ0A 1RTIA 3VQEA 3MXJA 3K5LA 4Z4FA 4CEDA 4I7FA 4O5BA 4RG8A 4FM2A 4DF4A 2DTUA 1BCMA 5FROA 4CJSA 1SKSA 4CJ5A 1NK4A 4FJ7A 1J5OA 4N76A 4CJQA 3OYHA 3SZ2A 1KTQA 2QKBA 1DTQA 5C24A 1S1TA 3HL8A 4RW7A 1JXBA 3DLKA 3PUFA 1RCHA 4M3RA 1RBSA 2VWJA 4KHSA 4CEEA 4KHUA 3OYMA 4KI6A 4FZYA 1CZ9A 5HRNA 4QAGA 3DRRA 3L2UA 4C8KA 4C8LA 4FZXC 5CZ1A 4BE1A 3IG1A 1C0UA 4ID1A 2BDPA 4GMJB 1U4BA 1VRTA 3ISNC 3VQAA 3K5MA 1L5UA 2QK9A 4DLEA 3HPHA 1HNVA 4IFVA 4CJVA 4DTUA 3TABA 3ULDA 4FJ5A 1X9SA 3QEIA 1J9AA 1RT3A 3L3VA 2Z1IA 3KK2A 1WSJA 4E7HA 4FK4A 5DK5A 4KHWA 3NAEA 2X74A 4DTOA 2A1RA 1IG9A 3DOLA 3QEPA 3CG7A 4QCLA 4GVMA 1TKTA 3NE6A 1NK0A 1ASVA 3SPZA 1IO2A 1FKOA 1TK5A 2YNIA 4CHZA 3V81A 2F96A 1RTJA 2F8SA 3AV9A 4B9NA 3QO9A 3ZSRA 3KTQA 3BGRA 3ZSYA 4J2DA 3AVGA 4MFBA 3V9SA 4DU1A 4PQUA 1HNIA 3OJUA 4E7KA 3TAGA 1UOCA 3L3UA 2IDOA 4DTMA 4KV8A 4OGCA 2PZSA 2FC0A 1HYSA 1VSHA 3VA3A 2QXFA 3P1GA 4EZ6A 4CK2A 3AVBA 4OKKA 3KKSA 2FBYA 1FKPA 2VG5A 1EKEA 3CQ8A 1KRPA 1ASUA 3MAQA 4FW2A 4DFKA 1WLJA 3SPYA 3VQQA 4KFBA 1CXQA 4FZZA 5J2PA 3LALA 4FLYA 1TL3A 4J2AA 3NH2A 4CHNA 1RBTA 3WNHA 4ID5A 5T7BA 3L8BA 1KVBA 1RNHA 3S3NA 4AHTA 4CJPA 4GW6A 4FW1A 4O4GA 3SUOA 3DRPA 3V1RA 5C42A 3AVHA 3F9KA 3QINA 4CEFA 1T8EA 5HRSA 4H4OA 3NHGA 1JLBA 3M8SA 4BDZA 1EXQA 4E7LA 2B5JA 3NCIA 2G8HA 3NGIA 1EX4A 4JS4A 3OJSA 4R5PA 1LAWA 1NKEA 1SKRA 2JGUA 3S3MA 4FLUA 3QNNA 4BE0A 4FLTA 2XRIA 4ELUA 3KD5E 3RMDA 4DTRA 3RRGA 1S1VA 4KPYA 3OYAA 4NCAA 4CFDA 3V9ZA 1NK7A 4DQRA 4FYDA 2HHQA 3O3GA 4IG3A 3AVFA 3ZCMA 4AHRA 4Y1CA 4AHUA 1IKWA 3AVJA 1N6QA 2PYJA 2RF2A 3LDSA 1SL0A 3CYMA 1S9GA 4CFBA 5CZ2A 3OYFA 3NDKA 1IH7A 1HYVA 3AVCA 1LV5A 4I9QA 1FK9A 1B9DA 2YHAA 2RPIA 3SQ2A 2XO7A 1T05A 4AHVA 1VRUA 3LP1A 4CJRA 4OLBA 1LW2A 1QQCA 4HVJA 2YNHA 3O3FA 4CEOA 2KZZA 4FJXA 4LD0A 1BGXT 1O1WA 1D8YA 1CLQA 1D5AA 3G0ZA 3EY1A 3V1QA 4LH5A 1X1PA 3NF8A 2Z1GA 3O3HA 5KGWA 2G8UA 2VWKA 3PV8A 1Z26A 1U45A 4M3YA 4CF9A 3ZSVA 1ITGA 4FK0A 4ICLA 3MEGA 4CGDA 4B08A 1L3UA 4F2SA 3KK3A 4CEAA 1XWLA 4DQSA 5I3UA 4ZTJA 4PWDA 1NK9A 4KHQA 1U04A 5KI6A 3VQ7A 1BQNA 3VA0A 4DLGA 4KRFA 4ZHRA 4CECA 1B9FA 1WSFA 1A5XA 3QEXA 3K57A 1Q9YA 4CHOA 4CGJA 1QSSA 3C94A 4CGHA 2ATQA 3DMJA 1NOYA 5C25A 4EZ9A 4NCBA 3VQPA 5JS2A 4HUFA 1LWEA 3ZT0A 2OPRA 3O4NA 2D0BA 3OYEA 1WSIA 3CM6A 3OS0A 2ETJA 3SNNA 1D9FA 1WSEA 4C8OA 3D45A 2OPSA 1RT1A 2X6SA 1JLGA 2B4JA 4CF2A 1VSMA 3I0SA 1S6PA 1LAVA 4DG1A 3K58A 2NUBA 3DLEA 4RW8A 4OPKA 3TANA 2HHXA 1RDAA 3JSMA 4CEQA 3SV3A 1JLAA 4AHSA 5J2NA 4KREA 2JLEA 1N5YA 1X9MA 1TKDA 2KZMA 3HVRA 3MEDA 4KTZA 3NH1A 4M3TA 4Z4CA 2BGGA 1SL1A 1A5VA 1YTAA 3CFPA 5I42A 2KFNA 1UWBA 1REVA 4DSKA 3QIPA 1SKWA 3QLHA 2BANA 2OA8A 1Q8IA 3QEVA 4E1NA 3CFRA 1GOCA 1BHLA 1RT4A 3DLBA 4CJKA 4N56A 1FXXA 4I2QA 3TAEA 3PY8A 2F8TA 1KVAA 4KTQA 4CJFA 3THVA 3KLIA 3AVKA 3C6TA 5DMRA 3TAPA 4FJNA 4Z4EA 4JRPA 1GOAA 1GOBA 4XIUA 1L3SA 3KLFA 5CYQA 3AA3A 3AVIA 4DS4A 2E6LA 2HNDA 3HP6A 2O4IA 2ZE2A 3MXIA 4CHQA 3SYZA 3ZSZA 3ZSOA 4FLWA 2G8FA 1HQUA 1G15A 3OYNA 4IKFA 2HHWA 3HSTB 4OKEA 1VSEA 3V6DA 5J2MA 1RDCA 2Z1JA 3QESA 1XHZA 3RMBA 3U3YA 3KLGA 3ZT1A 2IAJA 4DSEA 4CJLA 2KW4A 3S3OA 4Z4HA 2E4LA 4KKOA 3TR8A 4KB1A 2YKMA 1U48A 3OVNA 4CK1A 3VQDA 1S9EA 4W5OA 4B9TA 1U49A 4ELTA 2OPQA 1C1BA 4DQPA 3EYZA 2WONA 3SUQA 3AA5X 5SZTA 3M8RA 1L3TA 4CGGA 4F3OA 1JL1A 1RDDA 1EP4A 3P83D 4TSXA 3ZT3A 2W42A 1A5WA 3V1OA 3T3FA 1QS4A 1JLQA 1WSGA 1KFSA 3DLHA 1IKVA 5FRMA 4Z0UA 3P5JA 2E6MA 3KLHA 4CFCA 4E3SA 1UA0A 4DU4A 1ZBLA 4CK3A 4FJLA 4MQ3A 1WAJA 1CXUA 4OPJA 1ZYQA 3K5OA 1NJYA 1HPZA 3HT3A 3M8PA 4Q5VA 4F4KA 4FJ8A 4AH9A 4B9SA 1UA1A 5HP1A 4FVMA 2OZSA 4PY5A 3OY9A 2YNGA 4O0IA 1BQMA 1HQEA 2D5RA 2YKNA 1NOZA 2D0CA 3KKRA 3L2WA 3V9XA 2PY5A 4HCCA 1KFDA 2AJQA 3H08A 3CFOA 1S1UA 2P51A 3RRHA 5HROA 3TAQA 4M3UA 1C0MA 1RBUA 1TKZA 2GUIA 4E7JA 4CJ4A 4M3WA 2OYQA 2G8WA 3AVMA 3OYCA 3B6OA 4FJMA 4E0DA 4W5TA 2G8KA 1C6VA 2QKKA 3WNGA 1SL2A 4KI4A 3LP3A 1KLMA 5J2QA 4B8AB 4F3TA 2VG7A 4EP4A 4DQQA 1U47A 1BI4A 1RBVA 4I2PA 5HRPA 3SJJA 2XHBA 4LSNA 4E1MA 1XC9A 3HP9A 3U3GA 4LSLA 3ZSQA 4DF8A 2ITGA 3C95A 3SQ4A 3VQ9A 1NKCA 3DM2A 4ZTFA 1QE1A 4UQGA 1BIZA 3PO5A 1RT2A 2HVHA 4DWIA 1W0HA 1WAFA 3QNOA 4KB0A 1SV5A 3K59A 2HB5A 1S5JA 1KLNA 4E89A 3DLRA 3NH0A 4C8NA 3RR7A 5E41A 4JS5A 3RMAA 2OPPA 3LPTA 3K2PA 4K8XA 2HW3A 3KIOA 4KTWA 4NYNA 1KVCA 1HMVA 4CHYA 3TWHA 3V4IA 3SQ1A 2PYLA 2DFHA 3KK1A 3OYLA 5SWMA 4FJJA 3IRXA 3EZ5A 4YNQA 4DSLA 5FDLA 4CJUA 1TGOA 1VSDA 1JLEA 3HYFA 4CE9A 3VQ6A 4YFUA 3LWMA 1SUQA 4DTJA 5EU7A 4DTXA 4FJHA 4W5QA 1RT6A 2IS3A 4AHCA 1RTDA 1RDBA 4HCBA 4CIEA 4CHPA 1QSLA 4DU3A 1UAXA 2KFZA 1TAUA 3HPOA 1LWCA 2HHVA 3O4QA 3L2VA 3RR8A 3LZJA 3DYAA 1DLOA 4OJRA 2XY5A 3SI6A 4F8RA 1IKYA 3DI6A 3T1AA 1RT7A 1B92A 2HVIA 1C1AA 3NF7A 4NCGA 1TL1A 4H4MA 3AO2A 4FLXA 2WOMA 2P5OA 2ZD1A 3VQ5A 5KTQA 3SUNA 3AA4A 1NJXA 3AO5A 4BWMA 1WSHA 1HRHA 1WN7A 3KJVA 4I9LA 4H8KA 3QERA 5HBMA 4FCYA 4DFMA 1C0TA 1Y97A 1TK8A 4CF1A 2IGIA 5KRTA 3WNFA 4DTSA 3ZSWA 1D9DA 4KAZA 2FBXA 1BISA 4JRQA 1VSJA 1JKHA 1W9HA 1EETA 5HRRA 3WNEA 4N5SA 2XY7A 5CYMA 3LAMA 5KRSA 2YV0X 1DTTA 3TAMA 5D3GA 4BWJA 3NGYA 4CERA 4CF8A 4OGEA 3JYTA 3L2QA 4CJWA 4CFAA 2XY6A 3DRSA 3AO3A 5FRNA 3VQBA 4J2EA 1YVUA 4Q0BA 1ZBFA 4CJ3A 3ZSXA 3IS9A 3OYKA 3AVNA 4CIFA 3F73A 4HHTA 3A2FA 4FM1A 1HJRA 1C1CA 3C6UA 4HTUA 3PX4A 4OKJA 1I3AA 3B6PA 1QTMA 4BACA 1ZBUA 3OYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9XA 2PBDA 4B9QA 1GLFO 4FJGA 5LMUK 2V52B 4FK2A 1BG3A 2XY8A 3MN6A 4O55A 1GLBG 4IOAL 2NNWA 1T3VA 2D1KA 5K14A 4BDYA 4CF0A 4JI0K 3LWLA 4ELVA 1JLCA 4FWMA 5JLFA 4DSIA 1BL3A 2KLAA 3C7NB 5C15A 1X9WA 3TAFA 3E01A 3M8QA 3RWUA 3LDNA 1VQ6N 4YOYA 4AQYK 1YIJN 1S1WA 2F7TA 3CJ1A 5MLCQ 4JI1K 1XI1A 4B9MA 5IWAK 2UXDK 3BY5A 2Q3SA 1N33K 4KHYA 3NFAA 1LW0A 3KLEA 4JKFA 1HYZA 1KCFA 3QETA 2B6AA 3ZX0A 4BREA 2R7YA 2CGKA 3DOKA 2ZGZA 2D0AA 2OTLN 4PUOA 2O8EB 4O44A 4NO7A 4IG0A 1TUYA 2RKIA 1I39A 3LAKA 4FLZA 4CJEA 4WF9L 1NGAA 4CEZA 1JL2A 3F5TA 3RVCA 3D0PA 1NGEA 2I5JA 3DJCA 4O0JA 2P9PA 1TV6A 4DFPA 4H0YB 3I0RA 4MLEA 2BE2A 3CC4N 3ITHA 2FSKA 2A1SA 1VSFA 2E5LK 4O8KA 4LF7K 3LPUA 2HNZA 3MEEA 3NF9A 1I94K 1QQNA 1XHXA 4JKCA 1RDWX 2UXBK 3JAMO 2X6NA 4AM7A 1LOTB 3FFIA 3RTVA 4B9UA 2FBVA 4M3XA 4V19S 1TKXA 3MXMA 4QOZB 2EHGA 4CGFA 4C8MA 1QZ5A 2IIRA 4GY2B 5AQXA 4GVEA 3HK2A 1HNXK 4FLVA 4W5NA 4BGBA 3FGUA 1S6QA 4A5AA 2E2QA 3N4QA 5AQNA 4FJKA 2DPNA 3MX5A 4WFNL 4I7FA 4DF4A 2ASPA 4N76A 4CJ5A 3O1WA 1VQON 1KTQA 2QKBA 1DGKN 3HL8A 4RW7A 4M7XA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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