3NH2A

Crystal structure of rnase t in complex with a stem dna with a 3' overhang
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
207
structure length
202
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 62
structure length 202
sequence length 207
chains with identical sequence B, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh2A00
1D8YA 2DFEA 5KGWA 1S9GA 1BIZA 2OPRA 1BHLA 1W9HA 3D0PA 5HP1A 3V9ZA 1KTQA 3MECA 1HYZA 2YKMA 1C0UA 4CF9A 3V81A 1CXUA 4CEDA 1EX4A 4KREA 4E1NA 4AH9A 4OJRA 1S1TA 4CEQA 4DSJA 1L3VA 1TKTA 1IO2A 4ICLA 3ZT2A 4W5TA 4C8LA 2RPIA 4DQPA 4HCCA 4OKJA 4Q0BA 4CFBA 4FXDA 4M3XA 3G10A 3IG1A 4AILC 4E0DA 1WSEA 3DOLA 4HUEA 2QK9A 4EZ9A 4BDPA 2RKIA 3K59A 3RMBA 4W5RA 1S1XA 1YVUA 4AHRA 3V9UA 3AVKA 3LAKA 1TKZA 5I3UA 4DTPA 2RN2A 2OZMA 4OVLA 3KD5E 4CGHA 2G8UA 3L3UA 3OS0A 2F8TA 2B5JA 4KHQA 2HB5A 1U49A 3I0SA 1C1BA 1S6PA 1SL2A 3V1OA 1NKCA 3CG7A 2EX3A 2WONA 4IFVA 4CGJA 3OY9A 2AJQA 3SQ2A 3F9KA 1WSHA 3MEGA 2D0AA 3QEWA 3E01A 2D5RA 1IKVA 3PX6A 1JLAA 3ZSOA 4FJ8A 3VQ6A 1NK5A 3HO1A 3ZCMA 3ZT3A 3F73A 3NDKA 5DMRA 4N5SA 1FXXA 5HRNA 1SKWA 1JLCA 1WNSA 4CJPA 1EXQA 3NGIA 3AVGA 3V4IA 1SKRA 3DLHA 3PV8A 4N41A 1B9DA 2FC0A 4KO0A 4B8AB 4CFDA 4E7LA 5HRRA 4F3OA 4OLAA 4UQGA 3SV3A 3CYMA 3CFOA 4CGFA 3VQ4A 1RDBA 4CFAA 1X1PA 1D9FA 4B9LA 4Z4EA 3DM2A 1TAUA 1XHXA 1QSLA 3DLRA 3DYAA 4NYFA 3THVA 3DLEA 3T3FA 1VRUA 1YTAA 4DQSA 4IG0A 4CF0A 1TV6A 4DTRA 5SZTA 5HBMA 4QAGA 4CF1A 1CXQA 4IDKA 3DI6A 4MQ3A 4DTMA 3BDPA 4DFPA 3NF6A 2YNIA 2R7YA 4HHTA 2G8VA 3DRPA 1VSMA 2Q3SA 2OYQA 3OYGA 2FBYA 1S1VA 4CIEA 3LP1A 4DSFA 1J5OA 4J2DA 4LSNA 4HTUA 2GBZA 4OKKA 1NK6A 1X9SA 4I2QA 4KAZA 1WLJA 4E7JA 3ALYA 2HNDA 4DS4A 1RT7A 1DTTA 3VQ8A 3KKSA 2XY5A 3VQAA 3LWLA 4CJVA 3KTQA 1LW2A 4E19A 3O3GA 1W0HA 4C8OA 4EZ6A 1NK7A 3HT3A 4BE0A 4J2BA 4DF4A 3S9HA 1C1CA 1JLBA 2HHTA 4FJJA 1GOAA 3HSTB 4NCGA 2G8IA 3HL8A 3QEIA 2XY7A 4DTXA 1JXEA 3SPYA 3AA4A 1NK8A 2G8KA 4CHNA 3AVIA 4CFCA 4CJFA 4CHQA 4CJ3A 2YNHA 4M3TA 4DQRA 4DLGA 4CF2A 1S9EA 4CK1A 1HYSA 3QIPA 4FLWA 3DRRA 2HW3A 1BCMA 4BDZA 4DTSA 1NJXA 1Z25A 4CK3A 3HK2A 1BQNA 1RDDA 4KRFA 1VSFA 4AHSA 4J2EA 4B9SA 1TVRA 3BGRA 3AO3A 4H4MA 4KI6A 1J53A 4N76A 3PO5A 3ZSQA 4DFJA 2E6MA 2YHBA 3SUOA 1QE1A 4KB1A 3QETA 4DFMA 1WSIA 3M8QA 4O0JA 5J2QA 1TL3A 3AVAA 3SJJA 1XHZA 1JL2A 1WN7A 3ZSVA 3SQ0A 4GVMA 4OGCA 4DTJA 3MXIA 3NF8A 2QXFA 2D0CA 3QEVA 1HJRA 1QHTA 4FK0A 4DTUA 2KZMA 1RT4A 3VA0A 2A1SA 2BGGA 1JKHA 3HVRA 1MU2A 1ITGA 3QESA 1HMVA 4B9VA 1S5JA 3KKRA 4CGIA 4GMJB 4YFUA 1RBTA 4CJEA 3HPHA 3LZIA 2B4JA 1TK0A 4ID1A 3RR8A 1ASVA 1C0MA 2VG7A 5HLFA 1C0TA 4B9TA 5FRNA 1EKEA 3QINA 3NGZA 4FM2A 4ELTA 2RF2A 3VN5A 3VQDA 4KTZA 2E4LA 1LWFA 3IRXA 2XRIA 1RTJA 3OS1A 1TK5A 3NE6A 1RILA 1CZBA 3P83D 4JS4A 4Z4GA 4FW2A 1RT5A 4B3OA 2DTUA 1A5VA 4O4GA 3LPTA 3TAMA 4FJHA 2O4IA 4RW8A 4DFKA 2PYLA 3EYZA 3I0RA 2F96A 3VQQA 4CJWA 1EETA 4I7FA 4CJ4A 4DTOA 3P1GA 4ZTFA 4DSKA 4FJXA 5D3GA 3HJFA 3L8BA 2YKNA 2G8WA 3HP9A 4F4KA 5SWMA 4F2SA 4Z4FA 4PA1A 1UOCA 3C6TA 1RT2A 4FK4A 5HRPA 5KTQA 3NAEA 3KLGA 2Y1IA 4FLVA 2KQ2A 4O55A 2PZSA 4C8MA 1EP4A 4E89A 4AHCA 2XO7A 1SUQA 3LP0A 2BANA 4DMNA 1QSSA 4Y1CA 1J54A 1RBSA 3WNFA 1RT3A 1NOZA 3AA2A 4I2PA 2XY8A 1U4BA 5DK5A 3I8DA 3SPZA 3JSMA 3AVFA 3AVMA 1RBRA 4FJNA 5JS1A 4K8ZA 4BE2A 5FROA 3NH2A 3HPGA 3TAEA 1DTQA 4DSLA 3L3VA 1VSIA 3DLBA 2I5JA 2BDPA 3OYCA 4B9NA 2YV0X 1RCHA 1HYVA 3LP2A 4TSXA 1U48A 4FJKA 4DLEA 1ZBIA 3K2PA 1RDAA 4HUFA 3OYEA 3HM9A 4R5PA 3SCXA 3LALA 3K57A 1ZBHA 4DTNA 4PQUA 3TR8A 4J2AA 3IS9A 3VQBA 3K5NA 4IKFA 3L2QA 4DU1A 3VQCA 5CZ2A 1KCFA 5C42A 3ZSXA 4DQIA 1BI4B 2P51A 4CEOA 4FLTA 4B8CA 4B9UA 1IG9A 4H8KA 3SUPA 1HQUA 2B6AA 2OPSA 1I39A 4EP5A 3L2WA 3V6DA 3RWUA 1Q9XA 2HVHA 2KFZA 3SNNA 3VA3A 1R0AA 2VG5A 4G1QA 2HNZA 4IFYA 4KFBA 4I9QA 3TAQA 4K8XA 1NK4A 4RG8A 4KHSA 1DLOA 4M42A 2QKBA 1Q9YA 4FK2A 2PYJA 4F8RA 2IGIA 3QEPA 1IKXA 1HNVA 4W5QA 3OYIA 2G8FA 3TAPA 3L2VA 5T7BA 4FW1A 1IKWA 3DOKA 5KGXA 3AVLA 2X78A 4FJIA 2ETJA 4LH4A 3K5MA 3SQ1A 4C8NA 3NGYA 3K58A 1BI4A 3U3YA 1NOYA 1RT6A 4ZTJA 1XI1A 4M3ZA 2X6NA 3PX4A 1REVA 1XWLA 4B08A 3JYTA 1UA0A 4FJ9A 4CJKA 3OYMA 3TANA 4B9MA 1L3SA 1NJYA 3OYAA 3OJUA 1RBVA 1LAVA 4E7KA 3M8SA 3SI6A 3V9WA 5J2MA 1L3TA 1NJZA 4HVJA 4DU3A 3CFPA 4RW4A 3KLIA 3NH1A 4N47A 3OYHA 4HUGA 3ULDA 1C1AA 3C6UA 1J9AA 2BE2A 2P5OA 4KTQA 4RW9A 4FM1A 5K14A 4NCAA 5C25A 5FRMA 3V1QA 3C94A 3WNHA 3TWHA 4DSIA 2Z1GA 5C24A 2HHWA 4CE9A 3TABA 4M3WA 4FCYA 2ATQA 4YNQA 1VSKA 4QOZB 3WNGA 4BACA 5J2NA 3KJVA 1N6QA 2OZSA 3UIQA 4AHVA 3VQ5A 1NK9A 3VQEA 3ASMA 1TAQA 3K5OA 3U6FA 1G15A 3AVJA 4L8RB 2HNYA 4FZXC 4W5NA 3PO4A 3SV4A 1S6QA 2IAJA 4Y1DA 4ELVA 3RMCA 1WAJA 2OPQA 1CZ9A 2OPPA 3IAYA 1B92A 1JLGA 3V9SA 4Q5VA 1IH7A 4FLYA 1B9FA 3QLHA 1L3UA 1TKXA 2XHBA 4FZYA 4DF8A 3VQ9A 1VK0A 1O1WA 4M41A 4CJUA 3ISNC 4CJSA 3QERA 1KLMA 3WNEA 1KRPA 2GUIA 1NK0A 3KD1E 3AA5X 2E6LA 2IDOA 3LP3A 1RDCA 3KK2A 1I3AA 3AVHA 4KV8A 1ZYQA 3LAMA 3DMJA 4WE1A 3PX0A 1RTDA 4CIFA 3NF7A 1SL0A 3FFIA 2JGUA 1U47A 4LD0A 1Z26A 2FBTA 2X74A 3AV9A 3D45A 4KTWA 1VSEA 3AVBA 3P5JA 4Z0UA 3KLEA 3EZ5A 3OYFA 1HNIA 4E7HA 2HMIA 4OLBA 3CM6A 4CGDA 4W5OA 2PY5A 1RBUA 1NJWA 3RRGA 4DG1A 1JXBA 2P1JA 4KI4A 3AO5A 3QEXA 2Z1HA 4Z4HA 4KB0A 3OYLA 4CECA 4CIGA 4JS5A 4CERA 4ZHRA 1A5XA 4AHTA 1LWEA 3B6OA 1SV5A 2O4GA 2FBVA 3ITHA 3ZT0A 4DU4A 1T05A 3QIOA 1RNHA 3HP6A 1D9DA 4M3YA 3LWMA 2HHXA 3ZSWA 1JLFA 2IC3A 3H08A 5KI6A 4BDYA 2HHUA 4CHPA 4FZZA 5FDLA 1NKBA 1KVAA 2A1RA 2QKKA 4FJ7A 3AO1A 1T7PA 1F21A 3OYNA 3RRHA 3QNNA 1NKEA 3RR7A 2DY4A 4IG3A 4BWMA 3VQPA 1SL1A 3O3HA 1KFSA 4CJLA 4CJTA 1HRHA 3OVNA 2KTQA 1HQEA 1QTMA 4GW6A 4CJRA 2VG6A 3OYKA 4CF8A 4CHZA 1KVBA 3A2FA 1UA1A 4CHYA 4F2RA 2ZE2A 4OKEA 4O0IA 4CEBA 5KRSA 5EU7A 4Z4CA 3MAQA 4O5BA 2YHAA 4IBNA 3TARA 2DFFA 1CLQA 3K5LA 4OGEA 3PUFA 3AVNA 1BISA 3CFRA 4M3RA 4E3SA 1U45A 1X9WA 3S3OA 1VRTA 1TK8A 4CJQA 5KRTA 3S3NA 4MFBA 3HXMA 1JL1A 3L2RA 4E7IA 3RMAA 2YNGA 2P5GA 4CCHA 4FJLA 1UAXA 3AA3A 3DRSA 3HYFA 4BWJA 3LPUA 2FBXA 3TAFA 3ZSYA 1GOCA 5CY4A 1XC9A 4F3TA 1UWBA 1C6VA 3ZT1A 3MXJA 1LV5A 4NCBA 1Q8IA 4FYDA 1WSFA 3ZSRA 1S1WA 3RTVA 1X9MA 4CHOA 3CQ8A 4C8KA 1KSPA 4I9LA 4JRQA 3ZSZA 4PUOA 2ZD1A 2XY6A 1JLQA 1VSDA 3TAGA 4LY7A 1L5UA 2D0BA 4CEEA 3SUNA 4ELUA 4DQQA 2IS3A 2HHQA 1QQCA 1T03A 4KPYA 3TI0A 4CJ5A 5E41A 3NF9A 1LWCA 1BL3A 3V1RA 1U04A 4CEFA 4FLUA 3S3MA 4FJ5A 3QO9A 1RTIA 2KFNA 1WAFA 4E1MA 1GOBA 2ITGA 1QSYA 1Y97A 1YTUA 3RMDA 4CESA 4JRPA 3SYZA 1LW0A 3SUQA 1ASUA 5CYQA 4DWIA 4H4OA 3KK1A 3PY8A 2VWKA 4DS5A 2Z1IA 3O4NA 1WSGA 1WSJA 1TL1A 3NH0A 3KLFA 1N5YA 3DLGA 2IOCA 4CK2A 4KHWA 4FJGA 2VWJA 1ZBFA 4LSLA 4CEAA 2HVIA 3LZJA 4QCLA 1RT1A 4O44A 3NCIA 4Z4IA 2W42A 3AO4A 1JLEA 4FVMA 4RW7A 3KK3A 3NHGA 4KHNA 2LSNA 4JLHA 2F8SA 3AO2A 1BCOA 2X6SA 2GV9A 5CZ1A 3U3GA 4XIUA 1VSJA 2KW4A 3OYBA 1KLNA 2OA8A 5J1EA 1K6YA 3SZ2A 3OYJA 3HVTA 3LDSA 1HPZA 3O3FA 4RW6A 1IKYA 2Y1JA 1SKSA 3NBPA 2G8HA 3NFAA 2EHGA 3EY1A 3M8RA 4DSEA 4M3UA 5CYMA 3ZT4A 5HROA 1S1UA 3LANA 3T1AA 1LAWA 1ASWA 3L2UA 1KVCA 3C95A 3VQ7A 3QNOA 4CGGA 1ZBUA 1FKOA 4KKOA 4BE1A 2HHSA 1TGOA 5HRSA 3HPOA 1ZBLA 2DFHA 4FLZA 4EP4A 2Z1JA 3AVCA 5J2PA 1YT3A 3KIOA 4FM0A 4FJMA 4N56A 3MEEA 5JS2A 1FK9A 3CM5A 4FLXA 4KHYA 1BGXT 4CEZA 3MXMA 1TKDA 4PWDA 3G0ZA 4LH5A 4KHUA 1T8EA 5I42A 4NYNA 3OJSA 4HCBA 3OS2A 2JLEA 3V9XA 1D5AA 1A5WA 1RTHA 2WOMA 3B6PA 4OPJA 2ZQBA 3KLHA 3O4QA 3DLKA 4ID5A 4M45A 4OPKA 4PY5A 3M8PA 1BQMA 3T19A 3MEDA 3SQ4A 1VSHA 2KZZA 4AHUA 1FKPA 2YNFA 1BIUA 1QS4A 1KFDA 1VSLA 2HHVA 2NUBA 3OYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D8YA 3CJ7A 2HF4A 3OBYA 3V9ZA 3MECA 1EX4A 3QMLA 4FSVA 4E1NA 3AGRA 2JWKA 3CD6N 1TKTA 1IO2A 4B1UB 4Q0BA 4M3XA 3IG1A 4KH6A 5AQQA 4X64K 1WSEA 4DUZK 2QK9A 1W2BM 3EZWA 2P9LA 1S1XA 3MK6A 1YAGA 4DTPA 3FZFA 2G8UA 3OS0A 1BUPA 2F8TA 4KHQA 2HB5A 1U49A 4FPAA 1GLLO 1MA9B 3U8XA 4FOEA 1NKCA 2E2QA 3OBWA 2WONA 1IBKK 3SQ2A 3F9KA 2YHYA 1IKVA 4FJ8A 1IG8A 3ZT3A 5C15A 5EOYA 4BR7A 2P9SA 3T7ZA 1WNSA 4CJPA 3NGIA 3D2FA 1R59O 3CCVN 4O5FA 1RDBA 4B9LA 1TAUA 4Z4EA 2O8DA 3DYAA 3T3FA 4DQSA 4IG0A 3P38A 4DTRA 2GWKA 4EHTA 5E84A 2GELA 4DTMA 3BDPA 3EL2A 2ZM6K 1ILYA 1X9JA 4LFBK 1J5OA 4DSFA 2GBZA 2WBNA 4OKKA 3RVCA 3ALYA 4MDBA 3CF5L 1RT7A 1DTTA 4DS4A 3CC4N 1E4FT 4DV7K 4C8OA 1W0HA 3HT3A 3H46O 1JLBA 4FJJA 5GAHP 3HL8A 3QEIA 2XY7A 1XNQK 4IJAA 5IT9O 4CFCA 4CJFA 4M3TA 1HYSA 1S9EA 4CK1A 4BDZA 2QW9A 1NJXA 1KAXA 1BQNA 5EXWA 1NGGA 1VSFA 4AHSA 4J2EA 4B9SA 1TVRA 4BRKA 2NRHA 5AQUA 2HOEA 4DFJA 4FWQA 4H0XB 3SUOA 1TYQB 5C2FA 1XHZA 4GVMA 3MXIA 5BREA 3NF8A 2QWOA 4GV3A 3QEVA 4FK0A 3F2KA 4DR1K 2A1SA 1JKHA 3HVRA 3U4LA 4GMJB 1RBTA 3EN9A 4MDAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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