3NH2A

Crystal structure of rnase t in complex with a stem dna with a 3' overhang
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
207
structure length
202
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 62
structure length 202
sequence length 207
chains with identical sequence B, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh2A00
4E7JA 2G8HA 1WSIA 3AA4A 2FBXA 3IS9A 4CEBA 2DTUA 4GW6A 4AHRA 1VSDA 1YTAA 4DFJA 1LAWA 3ZSVA 3OVNA 3DLBA 3RR7A 1C1AA 4ZHRA 3TWHA 3L8BA 4CFBA 4ZTJA 1SL2A 4N47A 1S1WA 3K57A 2RF2A 5EU7A 2P1JA 1WN7A 1QSLA 4FJJA 3TARA 4RW8A 4QAGA 4J2EA 4CCHA 1A5XA 4FZYA 1VRUA 1IG9A 1WSFA 4DTMA 3ZT3A 4KI4A 4PA1A 2PYLA 4BACA 1XI1A 1HPZA 3NFAA 4OJRA 4CIEA 2NUBA 3SPZA 1RT7A 4NCBA 3RMBA 4AHVA 3QEXA 4DU4A 4IFVA 2A1SA 3V9XA 5CYQA 3ZSOA 2G8WA 3QEVA 3U6FA 4B9NA 1TK8A 1EX4A 1TVRA 3PY8A 4J2AA 1S1VA 4KO0A 2OA8A 4HCBA 4EZ6A 3L3UA 3FFIA 1VSJA 1IKXA 3MEGA 3PUFA 1JKHA 1RBTA 4IFYA 1NKEA 1W9HA 4Q5VA 4CHNA 3AV9A 3SQ0A 4Z4EA 3KLFA 1X9SA 1KCFA 3PX6A 4FLYA 1UA0A 3AA3A 3OYCA 3NAEA 4FJXA 4ZTFA 1LWEA 2YKNA 4RG8A 1C0MA 5KI6A 1W0HA 3HP9A 3SQ4A 1RDDA 4LY7A 4CJ4A 3HO1A 4F3OA 1YT3A 1IKYA 3AVBA 5KRSA 3VA0A 3V9ZA 4BWMA 5FDLA 5J1EA 2ZE2A 3CFPA 3L2RA 4DQQA 5HRSA 4E1NA 3P1GA 3AO5A 3OYHA 1U47A 4HCCA 3HPGA 3THVA 2HHUA 3QNNA 3HJFA 4CJUA 4B9TA 1J5OA 1KVAA 4FZXC 3CG7A 3H08A 2D0AA 3M8QA 3TR8A 3ZSXA 3TAPA 2OYQA 2O4IA 4HUFA 4DF4A 2HW3A 1L5UA 3HVTA 3UIQA 5FROA 3ZT2A 3E01A 1R0AA 4PWDA 1RBUA 2RPIA 2YNHA 3DI6A 4I2QA 4CEEA 3L2QA 3CFRA 3SV3A 2HHQA 4DFPA 3SV4A 4OGEA 4W5QA 4FLXA 1BISA 2Z1HA 3A2FA 1NK4A 2G8IA 2XO7A 2D0BA 4M3RA 3S3MA 1KLNA 2BDPA 2BGGA 3IRXA 1S1TA 4HTUA 2ITGA 3KD5E 3LANA 1J53A 5HRRA 3VQ7A 4BE2A 3SJJA 4KHQA 5J2QA 3ZT0A 3OS0A 3O3GA 5I42A 4EP5A 4LH5A 3D0PA 2Z1JA 1SKRA 3L2UA 4W5NA 4AHCA 1VSHA 1XWLA 4FJMA 2P5OA 3OYIA 4FK2A 4F2RA 4CFAA 3OYAA 3WNHA 4FLUA 3OYMA 4HUGA 4FM2A 1YTUA 2PZSA 4F2SA 4C8NA 4YFUA 4KTQA 5KRTA 2IC3A 1G15A 4CEOA 1WAFA 4GVMA 1Q9XA 2ZD1A 4CEDA 2DFFA 3LDSA 3NGZA 4TSXA 1F21A 1JL2A 3VQ8A 1SL1A 1JLEA 1EETA 4CJVA 4E19A 1S6PA 3C95A 1NK9A 4KB1A 2VG6A 1J9AA 4OLAA 1LWCA 4FLZA 3S9HA 1NK8A 4FW1A 1VRTA 4OGCA 1HNIA 5C42A 1RT2A 4L8RB 2E4LA 1VSFA 4DLEA 4OPJA 1BIZA 1BHLA 3OYKA 3M8SA 1IKVA 1JXEA 2OPSA 4CJQA 4Z4CA 3DRPA 1TK5A 1RDBA 2QXFA 5JS1A 3KK2A 3KKSA 4W5OA 2KFNA 1L3TA 4BDPA 4B9MA 2ATQA 2OPRA 4EP4A 4FJKA 3OYJA 3HXMA 3MXMA 3CQ8A 1NJWA 5CZ2A 4KB0A 4M3UA 2QKBA 3C6TA 3CFOA 1TL3A 3KK1A 2HHSA 3PO4A 4JRPA 1QE1A 3NE6A 3P5JA 2DFEA 1SKWA 2KTQA 1DLOA 1KVBA 5T7BA 3T3FA 1D5AA 3AVMA 3V1OA 1NKBA 3OJSA 4DTUA 3HT3A 3SQ1A 4E7KA 1C1CA 3T1AA 4BDZA 1C0TA 1WSJA 4RW7A 1REVA 1HJRA 4CJFA 3O4QA 4N76A 3VQAA 3I0SA 4AH9A 5J2NA 2E6LA 1S9GA 1JLAA 2GBZA 3VQPA 4CJSA 3HM9A 1VSEA 4E7LA 4DTSA 1NK0A 1NOZA 3LP2A 3KJVA 3VQDA 4NCGA 4OKKA 5CY4A 4ID1A 5J2PA 1B92A 1VK0A 3VQBA 4OPKA 1RBRA 4DFKA 4M3TA 1JL1A 4M41A 1HNVA 3V1QA 1WSHA 2FC0A 4CF9A 3LZJA 1LW2A 4Z4IA 2B6AA 1A5VA 2KZMA 1C6VA 3SZ2A 3KLHA 4FVMA 4H4OA 5FRNA 3ZT4A 4CFCA 1B9DA 1WSEA 3L2WA 3ZT1A 4FJGA 3RWUA 2IGIA 3O3FA 2GV9A 4FM0A 3OYGA 2FBTA 2Z1GA 3T19A 1SV5A 4KHWA 3D45A 5C24A 2X6SA 4CE9A 2XHBA 3K5NA 2ZQBA 4RW4A 1VSKA 2R7YA 3NHGA 2P5GA 3KLEA 1C1BA 1ASUA 1FKOA 4IG0A 5FRMA 3DLGA 2YV0X 5J2MA 1NK5A 3OYDA 2IAJA 4FJIA 1RTIA 4N41A 4PY5A 1KTQA 2KZZA 1KVCA 5HP1A 3AVGA 3KK3A 3EYZA 3LALA 4B9UA 4LH4A 2HHTA 1WAJA 3WNGA 1N5YA 1HRHA 1HYSA 4IDKA 2F8TA 3OS2A 3TABA 1U04A 2RKIA 2YKMA 3DOLA 3SUQA 4O4GA 3NF8A 4N5SA 3ULDA 3OS1A 3MAQA 1D8YA 4KHNA 3M8RA 3AA5X 3MEDA 2VWKA 3LWMA 2XY6A 2QKKA 4CF1A 1HYZA 3NDKA 1BGXT 1QTMA 1I3AA 2Z1IA 2D5RA 4FJ9A 1TV6A 1BCOA 4FK0A 3RMCA 1VSIA 3VQ6A 2BE2A 1LWFA 4CGHA 4GMJB 4H8KA 4AHSA 3O3HA 3HPOA 3SUNA 4E3SA 3LP0A 2XRIA 1U49A 3DLEA 3V81A 4K8XA 3HPHA 3JSMA 3TI0A 1MU2A 5HROA 3QNOA 4OKJA 2I5JA 4J2BA 4AHUA 4E0DA 3KKRA 4DSIA 4DU3A 1EXQA 4CJEA 3DM2A 4B8AB 3QO9A 4IG3A 1T03A 3MEEA 4HHTA 1RT1A 1ASWA 4CJPA 1QHTA 4DTRA 4FJHA 4CHZA 4I9QA 4FYDA 4DQIA 1S6QA 4F3TA 2HVHA 1CLQA 4BWJA 5C25A 4KHUA 4ELTA 2KW4A 2HNDA 3RTVA 4B9SA 1KFDA 5I3UA 3TAGA 4FZZA 3HK2A 1U45A 1NOYA 4XIUA 3NH0A 4JS4A 3TAFA 3AVKA 4B9LA 3VQ4A 2X6NA 4DMNA 4E1MA 4FLTA 4KPYA 3OYLA 4BE1A 3SYZA 4CJ5A 3AO2A 1XC9A 3VQ9A 4BE0A 1VSMA 3KD1E 3LAKA 3LP1A 4CGJA 1JLGA 2OPQA 3DOKA 1S1UA 1RBSA 2IDOA 4CHYA 4FXDA 1JLBA 3CM5A 3QINA 2WOMA 4B08A 3P83D 1RT4A 4DS4A 3B6OA 1L3SA 3PO5A 2OPPA 2QK9A 3DMJA 4JRQA 3NGYA 4FLWA 1ITGA 2RN2A 4OKEA 4DG1A 1FK9A 3OJUA 3S3OA 3HL8A 1Q8IA 3O4NA 3K5OA 1J54A 1LAVA 1YVUA 3QIPA 3L2VA 1BL3A 3AO4A 3AVHA 4DTJA 1SKSA 1L3UA 1NK7A 2HHWA 4FK4A 4I7FA 3MXIA 4KTWA 1RT3A 1Y97A 1QSSA 3VQ5A 2G8UA 4EZ9A 4B8CA 1QQCA 3HSTB 2F8SA 2DY4A 4FCYA 1SUQA 3U3GA 4F8RA 3RRHA 3QEPA 3K5LA 2BANA 3NF9A 4CEZA 3CYMA 3QESA 4DQPA 5SZTA 1RDCA 3BGRA 1UWBA 3ITHA 3V4IA 1Q9YA 3OY9A 4OVLA 3LWLA 4RW9A 4F4KA 4KREA 3NBPA 2ETJA 4N56A 1A5WA 4DLGA 2G8KA 4W5RA 4CF8A 3OYBA 1IH7A 3DYAA 4CGFA 4DFMA 3VA3A 2KQ2A 3SCXA 3JYTA 3AVJA 1TKZA 1I39A 1WSGA 3B6PA 1T8EA 1DTTA 1KSPA 2OZSA 3PX4A 4DTOA 4PQUA 5HRNA 3AVLA 4DTPA 2Y1IA 1WNSA 4CGIA 1BCMA 5KTQA 4DS5A 2A1RA 1TGOA 2YNGA 2G8FA 4FJLA 1X9WA 4B9VA 1NK6A 1RNHA 3LPTA 4E7IA 3HVRA 2OZMA 4KHYA 3ZSZA 4CHQA 4Z4HA 4CJ3A 3VQEA 3IAYA 3L3VA 3SQ2A 1IO2A 1BI4A 1RCHA 3ASMA 2FBYA 2HHXA 1TAQA 4O0JA 1VSLA 3OYNA 2Y1JA 4DSEA 4ELVA 3AVNA 5D3GA 3KTQA 3V9SA 1RDAA 4C8KA 1CXQA 3LP3A 4CJTA 1LW0A 2G8VA 4C8MA 3RRGA 3F9KA 4FJ5A 4PUOA 1L3VA 3ZSWA 4W5TA 1LV5A 3LPUA 4DTXA 1NJXA 4CHPA 4I2PA 4LSNA 2HMIA 3V9WA 1RILA 3I8DA 2JLEA 1TK0A 1BQNA 4O0IA 3AVIA 2HNZA 4MFBA 4CF2A 3QETA 2XY5A 4QCLA 2AJQA 4IBNA 3U3YA 4AHTA 4BDYA 1HQUA 3DLRA 4FW2A 3ZCMA 3HP6A 5K14A 3K59A 1ZBUA 4KV8A 3F73A 3PX0A 1U4BA 2WONA 4B3OA 3VQQA 3AVFA 4O44A 4CERA 3QEIA 1QSYA 4CGDA 2F96A 4E7HA 1U48A 2HNYA 4M42A 2IS3A 2EHGA 4R5PA 4Z4FA 4G1QA 5HBMA 1EKEA 4O55A 4DTNA 1O1WA 4KAZA 4FJNA 1Z25A 1JLQA 2B4JA 4WE1A 4DU1A 3WNEA 2PY5A 2HVIA 1UA1A 1ZBFA 5KGWA 3AA2A 3DLKA 3NH1A 2HB5A 5DMRA 4ICLA 4DSLA 1WLJA 1T7PA 1TKDA 1EP4A 1K6YA 4UQGA 1BI4B 3EY1A 3SNNA 1RTJA 2B5JA 1N6QA 4CK2A 4CESA 1BQMA 4Z4GA 1RT5A 3TANA 3V1RA 3DLHA 4FM1A 1GOBA 3VQCA 1RTDA 3SPYA 1TKTA 4Y1CA 4KFBA 4Z0UA 3SUOA 1JLCA 3AVCA 3C6UA 3AO3A 1TKXA 3ISNC 1XHZA 4J2DA 2D0CA 3I0RA 2HHVA 2YHBA 2YNFA 4RW6A 3TAEA 4JLHA 4FJ8A 1KLMA 4CFDA 1KRPA 3NCIA 4O5BA 4DSKA 2VG7A 1HQEA 4CJWA 1TL1A 3MXJA 4KTZA 3NGIA 4AILC 1ASVA 1CXUA 1IKWA 3S3NA 5SWMA 4ID5A 2W42A 4KI6A 1FKPA 1RBVA 4CF0A 3CM6A 2YHAA 1NKCA 3SUPA 3RR8A 4DWIA 4Y1DA 1JXBA 1Z26A 3PV8A 5E41A 4CJKA 3QIOA 4YNQA 4DSJA 1JLFA 5KGXA 2EX3A 1HYVA 4LD0A 3EZ5A 1GOCA 4FLVA 2XY7A 1D9FA 2VWJA 4CK1A 3LZIA 4CEQA 1ZBHA 1TAUA 1T05A 3M8PA 2PYJA 4NYNA 4CEFA 1B9FA 4I9LA 3G10A 1CZ9A 2JGUA 1NJYA 5HLFA 4Q0BA 1NJZA 3RMDA 4DF8A 1KFSA 1RTHA 1FXXA 4CHOA 3TAMA 1UOCA 5DK5A 3RMAA 4K8ZA 4OLBA 4CECA 3DRRA 4CJLA 3K5MA 3NF7A 4HVJA 1CZBA 3ZSRA 3V9UA 3OYFA 4KHSA 3AVAA 5JS2A 1ZYQA 4CGGA 3KLIA 1S9EA 1S5JA 2O4GA 1RT6A 2E6MA 4LSLA 3SI6A 2Q3SA 2KFZA 1UAXA 3KLGA 3QLHA 2FBVA 4MQ3A 1X9MA 1QS4A 3ZSQA 4NCAA 1XHXA 2X78A 3NH2A 3G0ZA 4KRFA 3C94A 4E89A 4HUEA 3WNFA 5CYMA 4DSFA 1D9DA 3LAMA 1DTQA 4M3WA 2YNIA 4KKOA 1ZBIA 3VN5A 3NF6A 4NYFA 4CEAA 4C8LA 4ELUA 1ZBLA 2X74A 5CZ1A 2DFHA 4C8OA 2IOCA 4DQSA 4CJRA 5HRPA 4H4MA 3MECA 4M3XA 4CIGA 1S1XA 4IKFA 3AO1A 3OYEA 3K58A 3TAQA 1X1PA 4QOZB 3HYFA 4DQRA 2XY8A 3ALYA 1BIUA 2P51A 3K2PA 3QEWA 4M3ZA 2LSNA 1GOAA 3V6DA 3BDPA 4CIFA 1HMVA 2VG5A 4JS5A 4FJ7A 3IG1A 1C0UA 4CK3A 3QERA 4M3YA 3DRSA 3ZSYA 2GUIA 1SL0A 4M45A 3KIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWKA 1WSIA 3AA4A 3MX2A 1YAGA 2DTUA 4DFJA 3RR7A 4ZHRA 3L8BA 4EIAA 4N47A 1S1WA 3THWA 5DM6L 2P1JA 4FJJA 4J2EA 3VOVA 1WSFA 1LOTB 3MWTA 4KI4A 3O9UA 1XI1A 2BH1A 3CCQN 2P9NB 3THXB 3QICA 3ZSOA 4GV6A 4B9NA 1TK8A 4J2AA 3E1YA 1S1VA 3UKUA 5BPLA 2OA8A 3L3UA 3FFIA 5AQYA 5F0XA 1IKXA 1WOQA 2QWMA 2P9SA 3PUFA 1JKHA 4H5WA 1W9HA 4CVNE 4CHNA 3IKMA 5TKWA 4Z4EA 2IIRA 3DWLA 1UA0A 3JXUA 3OYCA 4JI7K 4FJXA 1LWEA 4RG8A 1C0MA 4DR3K 3ID6A 3K9JA 1IKYA 3AVBA 5KRSA 3VA0A 3MN9A 4WF9L 3SMPA 3THWB 3CFPA 4DQQA 4V19S 3P1GA 1GLCG 1NU0A 3AO5A 4FO0A 4QS7A 2HHUA 4A2BA 4CJUA 1KVAA 3M8QA 3TAPA 4DF4A 2HW3A 1DGKN 1L5UA 5FROA 5BREA 3ZT2A 1HJOA 4PWDA 4I2QA 2PBDA 3A2FA 4ILJA 2P9SB 2BDPA 1HLUA 2BGGA 4DQ8A 2UUAK 2VQFK 2ITGA 3VQ7A 3SJJA 3CPEA 3THYA 3QMLA 3O3GA 2P9UA 3D0PA 1SKRA 3L2UA 4FJMA 5KPRA 3MN7A 1QQNA 3OYAA 3WNHA 4UY8O 1YTUA 1JCFA 3E66A 1JCEA 3A8YA 2HBLA 2QA4N 5FPEA 4TSXA 1SL1A 2FF3B 3VQ8A 4CJVA 4JEPA 3C95A 1NK9A 4OLAA 4FLZA 4JKBA 1T44A 1HNIA 3EE9A 4L8RB 5C12A 4EAHD 3OYKA 3CPWM 2D4WA 3FZKA 4Z4CA 3KHYA 1RDBA 4JI6K 1HX1A 5JVHL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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