3O3FA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and magnesium ions
Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (2-11)AH5 (128-151)EMPTYS1 (14-20)TI3 (178-181)TI1 (21-24)AH6 (157-160)TI'1 (160-163)S3 (65-72)AH3 (74-80)TVIII3 (204-207)AH4 (82-96)TVIII2 (113-116)TVIII1 (97-100)S4 (103-107)3H2 (123-125)S5 (117-120)TII2 (120-123)O1 (155-157)TI2 (152-155)AH7 (166-175)O2 (163-165)AH10 (208-220)TI4 (182-185)AH9 (194-203)S2 (29-36)AH8 (186-191)3H1 (46-48)AH2 (51-64)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 82
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3fA00
2P5GA 4EZ9A 4CJKA 5SWMA 4CGDA 3TR8A 1NK0A 3V9SA 3RMCA 4CFAA 5K14A 4E7IA 1NJYA 1TAUA 4CECA 4CJSA 1S1TA 1WSGA 1S1WA 1VSDA 3CG7A 1SL0A 3LP1A 3PUFA 2YNHA 4Z0UA 3OJSA 2D0AA 3TAGA 1D9DA 2HHUA 2HB5A 3U3GA 4TSXA 3AVCA 3T19A 4JS4A 1S1UA 5DMRA 1ZBLA 3NH0A 1TK8A 1A5WA 2A1SA 2QKKA 1HQUA 2YKNA 4OKKA 2XO7A 4M3WA 4DWIA 4CJ5A 4Z4GA 1VSFA 3C94A 1JXEA 1S6QA 4ID5A 4CJQA 4DTXA 4Z4HA 3K59A 4FK4A 1WNSA 3I0SA 3AV9A 4KTZA 4DSLA 1WSFA 3QEPA 1RDDA 4PY5A 1XHZA 1NOZA 4CEAA 4CGHA 5C42A 3ZSZA 1QSYA 1KLMA 4CHNA 1NK6A 3SQ4A 4LH5A 2DTUA 1Q9XA 5HRNA 2HHSA 4IG0A 3OYBA 4N41A 3HJFA 2EX3A 4AHSA 2VWJA 3AVBA 4OKJA 2KFZA 3OYNA 1TVRA 3OYJA 4O0IA 1RDBA 1B92A 1S6PA 3P1GA 3O4NA 2VG5A 4IBNA 4CJ4A 1JLEA 3U6FA 1KRPA 2VG7A 4LSLA 1TV6A 4Z4EA 4GVMA 3AVHA 3TABA 4CIEA 4DS5A 1D9FA 2R7YA 2QK9A 3NDKA 4B8AB 4EP5A 1TGOA 1QHTA 4FLXA 3S9HA 3DRSA 4CESA 4FM2A 3DRRA 3QIOA 4J2BA 3SJJA 2W42A 3RRHA 2KW4A 1TKDA 3PO4A 2OA8A 2HHVA 3LWMA 5HLFA 2AJQA 4W5TA 1VSIA 1C6VA 5J2PA 1JL2A 3M8QA 4L8RB 2G8HA 1RT4A 2YKMA 2PY5A 5DK5A 4JLHA 3SQ2A 2FBTA 3MECA 3SV3A 1JKHA 2PZSA 2YHBA 1JL1A 1EETA 3O3HA 3OYGA 4HCBA 1BIZA 3SPZA 1NKCA 1C1AA 4FZYA 3KTQA 4Q0BA 3AO3A 2FBVA 2HW3A 4E19A 4NCGA 1HNIA 3LAMA 3NAEA 1D8YA 3K2PA 3TI0A 4B9NA 4EZ6A 4W5NA 4CJFA 4E7KA 4KV8A 1U04A 4RW6A 1C0MA 4CJ3A 1TKXA 4JRPA 1TL1A 4O55A 4DLGA 4OPJA 4DSEA 3K5MA 3AO5A 3SUOA 4O5BA 1A5XA 4CHQA 1K6YA 4LH4A 1BCOA 3ISNC 2GV9A 4KTWA 4LSNA 5HRRA 4M41A 4CGFA 4W5RA 4E3SA 3QERA 3TARA 1KLNA 2BDPA 4DSIA 1QS4A 4FJXA 4YNQA 4KRFA 1LW2A 3VQEA 3VQ6A 3HO1A 3AA5X 3ZT0A 3AVLA 4Z4CA 4K8ZA 1BQNA 3V6DA 3MXMA 2PYJA 4LD0A 1CZBA 1GOBA 3MEDA 4KHWA 5KGWA 4H4MA 4W5OA 4CEEA 3O3GA 4FLTA 4CJPA 4DTMA 2GBZA 3VQ7A 4BDYA 3QEVA 3THVA 3TWHA 1SL1A 1QQCA 1EP4A 4F3TA 4XIUA 4F4KA 3M8PA 4RW7A 2XY7A 3OYMA 3TANA 1WN7A 4C8NA 1XI1A 3HK2A 4ICLA 2IDOA 3ZSQA 1S9GA 1KVAA 3PV8A 2F8TA 2FC0A 3SYZA 4DTNA 1BISA 4KI4A 1REVA 1B9DA 2ZD1A 1DLOA 3CM6A 3NFAA 3OS0A 1TAQA 1FKPA 3WNGA 3V81A 1JLCA 4CERA 4CJUA 1Q9YA 1KFSA 1IH7A 4CGJA 4FJHA 1RBTA 4DTPA 4RW4A 3KJVA 4BE0A 1TL3A 4IDKA 5T7BA 3M8SA 3VQ9A 3L8BA 4KHQA 3B6OA 4CJTA 4AILC 4B9UA 4KI6A 3PY8A 2ZE2A 1CLQA 4CFBA 1FKOA 4CK2A 1ASWA 2DY4A 4DSJA 3O4QA 1F21A 1RTHA 4CIFA 4DU4A 1RT2A 4B9MA 4FJIA 3F9KA 2YNFA 3L2RA 3MEEA 1BHLA 4FJ8A 4DTRA 1VRTA 4M3UA 3NF6A 4I2PA 3ZSWA 3NH2A 4K8XA 1JLQA 4I9QA 3L2VA 4CF0A 4H4OA 4CGGA 4DMNA 3OYIA 3QNOA 1EX4A 3HXMA 2F8SA 3EZ5A 1NJXA 1WSJA 1L5UA 1S9EA 2IGIA 1HJRA 3DM2A 2OPQA 1BGXT 3MXIA 1RT6A 3KLIA 3EY1A 3D0PA 2Y1JA 2HHQA 1A5VA 4BWMA 2ETJA 3F73A 1T03A 3ZSYA 3LAKA 4FJLA 1T8EA 1RILA 4FLVA 3SPYA 4CEBA 1UA1A 2HHXA 1J54A 4FM1A 3QEXA 3S3OA 3VQ5A 4KTQA 3M8RA 4Q5VA 4FJJA 2DFHA 1YTUA 3AVIA 4RW9A 3L3VA 3E01A 3KLGA 3JSMA 4B9SA 2HVIA 1MU2A 4OPKA 1L3UA 4JRQA 1KTQA 1HRHA 1ZBIA 3RRGA 1NKBA 4ELUA 3VQBA 4DFJA 3RMDA 3K5NA 4CE9A 4IKFA 1WAFA 3RTVA 4CF9A 2YNGA 4WE1A 4BE2A 4PUOA 4N76A 4O0JA 4N5SA 3A2FA 1VSMA 1RT3A 3HPOA 1TKTA 1FK9A 1KFDA 3LP0A 4I7FA 4CIGA 5J2NA 3B6PA 3MXJA 1RBUA 4E89A 5HROA 3QNNA 4KHNA 3NF7A 4FZZA 1LW0A 3TAFA 5KI6A 1RBVA 3V9WA 4E1MA 3QO9A 2XY5A 2HNDA 1D5AA 3O3FA 3CQ8A 1RBRA 4E7LA 1IKWA 3T1AA 4DFMA 2B6AA 3QINA 4KB0A 1VSHA 1BI4A 4MQ3A 3AVNA 4DTJA 4DQPA 4HCCA 5C24A 3WNFA 2RKIA 5CY4A 5FRNA 3C6TA 2OZMA 4CK1A 2HNZA 2X78A 4DLEA 2E4LA 4RW8A 3MEGA 4CK3A 2JGUA 2G8UA 4EP4A 2BANA 2F96A 3HSTB 4HUFA 1QSLA 3MAQA 3ITHA 3D45A 2G8VA 4HHTA 3G0ZA 1SV5A 3K5OA 5SZTA 4FJNA 2YV0X 3OVNA 4FW2A 4AHTA 4DG1A 4DU3A 3QIPA 1SUQA 2Z1GA 4AHUA 4HVJA 1C0TA 1U47A 2XY6A 3V9XA 3SQ0A 5CZ1A 4F2RA 4FYDA 1JLAA 1BQMA 3ALYA 4CJEA 2P5OA 3KKSA 2YHAA 3OYCA 1G15A 3TAPA 4JS5A 1VSEA 1WSIA 4KHYA 2OPRA 3V1RA 4DSFA 2VWKA 3ZT3A 1S1VA 4FLYA 1DTQA 4CEFA 4E7HA 1RCHA 4CHZA 5J1EA 4QAGA 4OLAA 1DTTA 1JXBA 1GOAA 2KTQA 2DFEA 1W0HA 2D0CA 4C8MA 5FRMA 1T7PA 2RN2A 3KK1A 3OYFA 4MFBA 2B5JA 4CEQA 3OS1A 4QCLA 4E7JA 1R0AA 4FZXC 1YTAA 1XWLA 4DFPA 3RMBA 3RWUA 1HNVA 2BGGA 3NGYA 3TAQA 4M45A 4CHYA 3KK2A 5CYMA 2WONA 4OKEA 1X9SA 1ZBHA 1S1XA 1VSJA 1Z25A 3KIOA 1I3AA 1YVUA 4CJRA 4CHPA 3NGIA 3OYEA 2RF2A 3L3UA 1WAJA 4Z4FA 5FDLA 1WLJA 3EYZA 3KKRA 1ZBUA 1NK5A 3VA3A 3HVRA 2YNIA 3CFPA 4DQQA 3K57A 3C95A 3K58A 4HTUA 3VN5A 3OYKA 4DFKA 1YT3A 2FBXA 1N5YA 5KGXA 3L2QA 3LZIA 3LZJA 4DU1A 4R5PA 1IKVA 2B4JA 4Y1CA 3VQ8A 4YFUA 2OYQA 3DOLA 1JLBA 4RG8A 2DFFA 5J2MA 3SUPA 4W5QA 4ELVA 2RPIA 3AVAA 3AVGA 4OGCA 3NH1A 3QEIA 3QLHA 4FLZA 2OPSA 1UOCA 5EU7A 4KHSA 4ZTJA 2E6LA 3HPGA 3SQ1A 3DLRA 4I2QA 4O4GA 1GOCA 4CEZA 3S3MA 1BIUA 4FJGA 4NYFA 1BI4B 5KTQA 3AO4A 2IOCA 3NBPA 1IKXA 3NHGA 3AVMA 3VQCA 4O44A 4CEOA 4F8RA 1C1BA 1KCFA 3VA0A 4DTSA 3LP2A 1JLFA 2O4GA 3HP9A 1RTIA 3RMAA 3WNEA 4M3RA 1CXUA 1NK8A 4CCHA 2D5RA 1J9AA 3KD1E 1W9HA 4KO0A 1BCMA 5D3GA 4N56A 2Z1JA 4DQSA 1L3SA 1BL3A 1WSHA 3VQPA 1U48A 4DQRA 1UA0A 3DI6A 4OLBA 1FXXA 2ZQBA 1VK0A 2HHTA 3JYTA 2KZZA 3IAYA 1HMVA 4B9LA 4AHRA 4F2SA 1J53A 2X74A 2FBYA 1NJZA 4J2DA 4BWJA 2X6NA 3KLEA 1LAVA 3HPHA 1U45A 1HPZA 4B9TA 3ZT2A 5I3UA 3SI6A 3BDPA 3VQQA 4KHUA 2IC3A 3ZT4A 4CF2A 3PO5A 1XHXA 1RTJA 1IO2A 3QETA 4CJVA 4KB1A 4FJ9A 2O4IA 1I39A 5HP1A 4B3OA 3LPTA 2A1RA 4C8LA 3HP6A 2LSNA 2QKBA 3ZSVA 3DLGA 3HL8A 3OYLA 4E0DA 2Y1IA 3ZT1A 1HYVA 4KREA 2G8FA 1QSSA 1RDCA 2G8WA 4AH9A 4CF1A 3I8DA 4BACA 1J5OA 4BDPA 3AO2A 1SL2A 1UWBA 1XC9A 1X9WA 2Z1IA 4FK2A 3LDSA 4DQIA 4FJKA 4FM0A 3OS2A 3DYAA 1EXQA 3QEWA 3G10A 4M3XA 3L2UA 1Q8IA 5JS2A 1VSLA 2IAJA 3PX6A 1HYZA 3KLHA 3ZSXA 1Z26A 2IS3A 3UIQA 4F3OA 4M3TA 4Z4IA 4HUGA 2P1JA 2QXFA 3AVKA 1T05A 2HVHA 2WOMA 3CYMA 4FK0A 3S3NA 3HM9A 3ZSRA 2XHBA 3ZSOA 4FCYA 2D0BA 2Q3SA 3BGRA 3HYFA 1NJWA 5CYQA 2HHWA 4G1QA 4ZTFA 1LV5A 4ELTA 4KPYA 4FXDA 5C25A 3CM5A 4C8OA 4CF8A 1RT1A 1RT5A 1QE1A 4FW1A 4KKOA 4CJLA 1C0UA 1UAXA 3AA2A 3OYHA 3SV4A 4DF8A 3OY9A 3RR8A 1L3TA 1ASUA 3L2WA 4FLWA 4J2EA 3DOKA 5I42A 1HYSA 3K5LA 4OVLA 3SUNA 3TAMA 3VQ4A 2XY8A 1IKYA 4B8CA 5HBMA 4AHCA 3ULDA 3V9ZA 2X6SA 2G8IA 2HNYA 4DSKA 1NK4A 4B9VA 1ZBFA 2ATQA 3SNNA 4B08A 1EKEA 3OYDA 2PYLA 3LANA 2VG6A 2BE2A 3LPUA 3CFRA 1LWFA 1RDAA 1HQEA 3ZCMA 5JS1A 4PA1A 3NE6A 4IFVA 4KFBA 1WSEA 1RBSA 1U49A 1X1PA 2E6MA 3DLEA 4LY7A 3WNHA 3PX0A 1X9MA 1QTMA 3P5JA 1RTDA 3OYAA 3KK3A 4CFDA 1ZYQA 1KVBA 4FJMA 3V1OA 1TK5A 3KD5E 2Z1HA 5KRTA 3IS9A 3DMJA 4FJ7A 4M3ZA 3HVTA 3P83D 1TK0A 4DTUA 1NOYA 3T3FA 4CHOA 1S5JA 3LP3A 3C6UA 4AHVA 4DTOA 3V1QA 1RT7A 2JLEA 4GMJB 4CEDA 1NK7A 4DF4A 3NGZA 3AVJA 3V9UA 1Y97A 4FVMA 1VRUA 3SCXA 3IRXA 5CZ2A 4H8KA 3VQDA 5HRPA 4FLUA 4UQGA 3LALA 3SZ2A 2KZMA 4E1NA 1TKZA 2EHGA 2GUIA 4BE1A 4M42A 3DRPA 1NKEA 3RR7A 4C8KA 5E41A 3DLBA 4DS4A 3CFOA 2KFNA 1ASVA 3TAEA 1RNHA 4OJRA 2OPPA 1LWCA 5HRSA 3VQAA 4QOZB 4CFCA 3ASMA 3AA3A 1LAWA 5KRSA 1U4BA 3I0RA 3IG1A 4NYNA 4CGIA 4CJWA 4GW6A 1KVCA 4Y1DA 4PWDA 2ITGA 4J2AA 3OJUA 1CXQA 3FFIA 2P51A 3PX4A 3LWLA 1C1CA 2OZSA 1SKRA 1O1WA 4PQUA 1SKWA 3DLHA 3U3YA 4KAZA 3V4IA 1JLGA 4FJ5A 5J2QA 1L3VA 3AA4A 3H08A 5FROA 2KQ2A 4ZHRA 3DLKA 1NK9A 1IG9A 4N47A 3NF9A 4M3YA 3AO1A 3HT3A 1KSPA 2I5JA 2XRIA 3KLFA 3SUQA 1VSKA 3AVFA 1N6QA 2HMIA 1SKSA 3NF8A 3NCIA 4HUEA 4BDZA 3QESA 2G8KA 4NCAA 2NUBA 1B9FA 1ITGA 1CZ9A 4ID1A 4IFYA 4IG3A 4I9LA 4OGEA 1LWEA 4NCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGDA 3TR8A 1V4SA 3VEZA 4WCEL 3V9SA 4CFAA 3H1VX 4E7IA 3RMCA 5C12A 4B1VA 1NJYA 3AY9A 4CECA 5BRFA 1TAUA 5EXWA 1S1WA 1SL0A 3LP1A 3VF4A 5AQVA 4A2AA 3CXCM 2A1SA 2IVOA 3PSFA 2O8BB 4DV1K 1JXEA 1JCEA 4OPHA 3K59A 2O8DB 1RDDA 4CEAA 1QSYA 2PBDA 5C2DA 1Q9XA 3G6EN 2VWJA 3EE8A 3OYNA 1SS6A 4O0IA 3T7ZA 1B92A 3O4NA 1MWMA 4CJ4A 3U6FA 1XC3A 2VG7A 4LSLA 1D9FA 2R7YA 4B8AB 4EP5A 3WQUA 1QHTA 3S9HA 4J2BA 2KW4A 5GIPA 5F2RA 2OA8A 5LL6Z 2A41A 4W5TA 4B9QA 1JL2A 3M8QA 5C2FA 2HF4A 1RT4A 4H5RA 1JL1A 1HNXK 4Q0BA 3WT0A 3AO3A 2FBVA 1GLEG 1D8YA 1HNIA 3LAMA 5AZJB 3NAEA 4W5NA 4B9NA 3UE5A 2ZM6K 4RW6A 1TKXA 3E9LA 4DSEA 4O5BA 4GV3A 3K9KA 1K6YA 2QI2A 4CGFA 4JKBA 2ZJPL 3A5OC 1NGEA 3VMFB 2YHXA 1BA0A 3ZT0A 5IWAK 4LFAK 3ZX2A 4K8ZA 3MXMA 1CZBA 4HWIA 3VTHA 4CJPA 3G25A 4FWPA 3HZ6A 3OYMA 1TUUA 3EL2A 1KVAA 3SYZA 5AQWA 1BISA 4KI4A 1REVA 4IOAL 1B9DA 2ZD1A 4FWNA 4CJUA 3RSEB 1RBTA 2Q2RA 2F7TA 3KJVA 4A61A 3VQ9A 4BROA 4CJTA 4BGAA 2RE2A 1ESVA 4B9UA 2NNWA 4BC4A 3U4LA 2FXUA 1ASWA 3SAFA 1NGGA 2DY4A 4H0TB 3R3LA 4CIFA 4PL7A 4DV7K 3F9KA 2YNFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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