3O3FA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and magnesium ions
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
total genus 82
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3fA00
3SUPA 5HP1A 4B9SA 3OYEA 2OYQA 4FJIA 4FJHA 3RRGA 1RDCA 1SUQA 3QEXA 4W5NA 4KHWA 4NCAA 1S9GA 4LH4A 3V1RA 3SQ4A 3AO1A 2HHQA 5CZ1A 3S3MA 2GBZA 1FK9A 3KKSA 3DLHA 1IH7A 3C94A 3IS9A 3JSMA 4DSJA 5DK5A 2XO7A 4F4KA 4C8LA 4O4GA 3HO1A 1D9FA 4DTJA 1F21A 4FJNA 2HNYA 4CF0A 4CJTA 4CK1A 3QETA 3AVNA 4B9VA 2HHWA 1CXUA 4FJ9A 1J9AA 1WSIA 1RBRA 1W9HA 2Y1JA 1SKRA 1WN7A 4K8ZA 3OYDA 4BDPA 3L8BA 3AVLA 4M41A 4Y1DA 3IAYA 1GOCA 4CEOA 4FM1A 1NJWA 3SJJA 1L3TA 3RWUA 4DTUA 5I42A 3DRSA 3I0SA 3QEVA 4FLZA 2VG6A 3QNNA 1WSGA 3CFPA 3SZ2A 2ZE2A 4BWMA 3TI0A 1WSJA 2HNZA 1DTTA 4DSLA 4Z4IA 5KRTA 2OPRA 3K5NA 3T1AA 4DF8A 3VQDA 3SPZA 3U6FA 2Z1GA 3L3UA 2XHBA 2XRIA 3K5OA 4LD0A 3QESA 1I3AA 1S1WA 3WNGA 1S5JA 4DS5A 1XHZA 2BDPA 4FJXA 1VSFA 1VRTA 1XHXA 4JS5A 4KHYA 4CK2A 4OLBA 1T03A 4UQGA 4DLGA 4KB0A 1HPZA 3L2RA 1BQMA 4KFBA 3RMAA 3VQCA 3NF8A 1IKWA 1TKZA 3K58A 3V9ZA 2RKIA 3CYMA 1RT4A 1X9WA 4FVMA 4C8KA 1UWBA 3VA3A 3V1OA 4LY7A 4N76A 1KFDA 5C25A 2XY7A 3M8QA 3ITHA 2KZZA 2X74A 3L3VA 4CJQA 2HHSA 2AJQA 3KJVA 1TVRA 4LSNA 4JRQA 3V9SA 3S9HA 1Z25A 3O4QA 2ZD1A 2DY4A 3WNFA 1CLQA 3MEGA 2A1RA 4KPYA 4CGIA 4IKFA 4CJ5A 3ZT3A 4W5TA 4IFVA 3V9WA 4FCYA 2IDOA 4KTQA 4HCBA 4KHSA 3OYHA 1A5XA 1J54A 2RPIA 2X6SA 3M8PA 5EU7A 4O55A 3SV3A 2Z1JA 4DTOA 1SKSA 4N41A 3MXJA 2B5JA 2YNGA 4B8AB 2G8IA 1B92A 1Z26A 3CM5A 1TL1A 1ZBFA 3S3NA 1SKWA 1KVAA 1LV5A 1C1BA 3QERA 4FJKA 3ALYA 2E6LA 4JRPA 4O44A 4FZYA 1RNHA 1GOBA 1LAVA 4CESA 4H8KA 4C8NA 5T7BA 4FM2A 4E3SA 1NKBA 1TV6A 5SZTA 2HB5A 2OPPA 4M3RA 4CFDA 3OJSA 4HTUA 4FM0A 4J2BA 3NGZA 1S1XA 1VSLA 1EX4A 3L2QA 1TKDA 3HXMA 5SWMA 4GW6A 3THVA 3V9XA 1IKYA 4WE1A 3PX0A 3O4NA 4R5PA 1SV5A 4IFYA 4RW4A 1L3VA 3HVRA 4B9TA 4DSIA 3DOLA 1NJXA 4KO0A 4HUFA 3AVGA 4FZXC 4KB1A 3BDPA 4O0JA 1NOYA 3PV8A 2YHAA 4EP5A 4KREA 2BANA 3VQPA 4CJUA 3RMBA 2JLEA 1JL2A 1S1VA 4QOZB 4OKJA 3AO4A 1KFSA 2QK9A 1BL3A 5HRSA 2R7YA 5FDLA 4Z4CA 1FXXA 3C95A 2FC0A 3ISNC 1IG9A 3AVIA 1RT1A 1JLFA 1S6PA 1QSSA 1KRPA 1C1AA 2F96A 3DOKA 3PY8A 4FJ8A 4MFBA 1S1TA 1KLMA 1RT7A 3HPGA 5CYQA 4CIGA 3RRHA 3OYLA 1NKCA 1JLQA 2HHTA 4DU3A 3DLKA 3I0RA 3K2PA 3O3GA 3NH0A 4FJ5A 4DU1A 4DQPA 3TAMA 1WLJA 1NK4A 3KD1E 1JLGA 2D0AA 4DF4A 1S1UA 2FBTA 4N47A 1NJYA 1GOAA 4CGGA 4DLEA 3AA3A 4LH5A 2PY5A 3OYFA 4DMNA 1Q9XA 1ZBIA 4KAZA 3LAKA 4FW1A 3HK2A 1BCMA 1DTQA 2IAJA 4B3OA 3AO5A 1IKXA 2WONA 4HVJA 3SUQA 1JLCA 1XC9A 1TK5A 5HRNA 4F8RA 1KTQA 1B9FA 1RTJA 4ICLA 3HT3A 1C0MA 1RT6A 3LAMA 1O1WA 4E7IA 4NYNA 3KK3A 4CGJA 3B6OA 3TAPA 3HL8A 5KI6A 4FJ7A 2ITGA 4JLHA 4FJJA 1ASUA 1QQCA 1VSIA 1WSEA 2RF2A 3AVJA 3MXIA 1QSLA 4FW2A 4E1MA 4CJLA 3AVHA 3CM6A 3KTQA 3IG1A 3LALA 1HNVA 4I9LA 1RDDA 4H4MA 4Z4HA 1JKHA 5CZ2A 1ITGA 4E7HA 1VSEA 2G8UA 1HJRA 2LSNA 3DM2A 5KGXA 1YVUA 2OPSA 4ELUA 4CF9A 4XIUA 4CJSA 1D8YA 3OYIA 4CIEA 3LZJA 1KLNA 3VQAA 2G8KA 3AA4A 4PY5A 3DYAA 2VG7A 4AHTA 1YTUA 1L3SA 2YKNA 3ZSQA 4N56A 1LW0A 3PO5A 4FK4A 2VWJA 2IS3A 1U49A 2FBYA 3UIQA 2KQ2A 1T8EA 4E1NA 3BGRA 2DFEA 2G8VA 3OVNA 1BQNA 2EHGA 2X6NA 4KHNA 4CEDA 4M42A 2ETJA 3EYZA 3RR7A 4CEEA 3V4IA 1ZBHA 3HM9A 4AH9A 2B6AA 2D5RA 1S6QA 4O5BA 4HCCA 1NJZA 1WSFA 1RT2A 3DI6A 1RDBA 4M3XA 1C0TA 3VQ6A 3SI6A 3KLIA 4E7JA 3SNNA 1HNIA 3U3GA 4EZ9A 4KKOA 4KV8A 1BCOA 3NF6A 5KTQA 4CEFA 2YNHA 4IBNA 1QHTA 3HYFA 3V1QA 1BHLA 5CYMA 5FRNA 3KK1A 2F8TA 4FZZA 4GMJB 4J2EA 4PUOA 3U3YA 3PUFA 2KTQA 2HVIA 1NK0A 4F3TA 1U47A 4CCHA 4HHTA 5E41A 3OYGA 2IC3A 5J2QA 1CXQA 3E01A 4BE1A 1K6YA 5KRSA 3NFAA 3VQ7A 3ZSWA 4OPJA 4KI6A 4M3TA 4CEAA 3KLFA 3I8DA 1SL1A 3ZT1A 4FLXA 1A5WA 1YTAA 1WSHA 3PO4A 4OKEA 3OS2A 4FJGA 4CHYA 4RW7A 3O3FA 4DTMA 3LWMA 1RT5A 4DSEA 4ZHRA 1ASVA 4C8OA 1KVBA 4FYDA 2DFFA 4OGCA 2G8HA 4G1QA 3JYTA 4CHOA 3K57A 3DLEA 4Q5VA 2P51A 2Y1IA 3TAFA 3AA2A 4KTZA 1IO2A 2OPQA 4CHZA 1ZBLA 2QKBA 1X1PA 4E0DA 4DFKA 4DFMA 1KVCA 3KKRA 4EZ6A 4NCGA 1DLOA 1U45A 3QNOA 4RW9A 3HP9A 1G15A 5HROA 4ELVA 1U4BA 4DSFA 3NGYA 1MU2A 4H4OA 4DFJA 1EETA 4I7FA 4M45A 3VA0A 2Z1HA 1C0UA 3IRXA 3VQ8A 1U04A 4CJKA 4BDZA 2XY8A 4B08A 4DTRA 1RT3A 4LSLA 1LWCA 3OYAA 4CGFA 3QEWA 1HMVA 1C6VA 1JLBA 2WOMA 3VQ4A 3PX6A 3QLHA 4BWJA 3EZ5A 1L5UA 2E4LA 5K14A 4AHUA 1N5YA 4W5QA 2FBXA 2B4JA 3D0PA 2G8WA 4CHPA 2YHBA 1VK0A 1EKEA 2IOCA 3TR8A 4W5OA 2PYJA 2HHUA 5JS1A 3RMCA 4CF2A 3LDSA 2Q3SA 3B6PA 4FLWA 4YFUA 1RBUA 4E7LA 4DQRA 4I9QA 4EP4A 4CHQA 1BIZA 2YNFA 3TAQA 3ZCMA 3NHGA 4M3ZA 1J53A 3HJFA 2E6MA 2YV0X 3VQ9A 4AHSA 4CJVA 4YNQA 3C6TA 4M3UA 3NE6A 3G10A 1VSKA 3LP0A 1CZBA 1WAJA 1LWEA 3KLHA 3EY1A 4HUEA 4CFBA 3LZIA 3KLEA 4CJ3A 1RCHA 1IKVA 1WNSA 1LW2A 3SCXA 3V81A 4CERA 4BACA 4B9NA 4L8RB 3AO3A 4KTWA 3AVFA 4Y1CA 5DMRA 4QAGA 3LPTA 4BE2A 1NK5A 3DLRA 1TKTA 1QS4A 3QINA 3F73A 4DTSA 3ZSZA 4B8CA 3RMDA 3S3OA 3NBPA 4AHRA 2QKKA 2P5OA 4J2AA 2D0CA 4CJEA 2PYLA 3DRRA 4TSXA 1UAXA 2F8SA 2KFNA 3SQ1A 2P1JA 3SV4A 1EXQA 1NK7A 3QO9A 3AVAA 3K5MA 4ZTJA 1RTHA 3HPOA 1QTMA 3AV9A 3SQ0A 1BIUA 3L2WA 4NYFA 4E89A 1TK0A 2P5GA 5HRPA 1UOCA 4QCLA 1NK6A 1REVA 1VSDA 3AVKA 1ZYQA 1RILA 4DQQA 4OLAA 3FFIA 4RW8A 3OY9A 2O4IA 4F2SA 2GV9A 3NH1A 1WAFA 2DFHA 4CFAA 4CJ4A 3H08A 4RG8A 5J1EA 3HP6A 5C42A 1LWFA 2BE2A 3OJUA 4ELTA 1A5VA 4J2DA 2DTUA 1X9MA 4CIFA 3NGIA 3NH2A 3OS0A 4AHCA 3CQ8A 4CF1A 3OYJA 4FLTA 2PZSA 1Y97A 4CF8A 3ZSXA 3K5LA 2D0BA 1BI4A 1Q8IA 1VSMA 3DLGA 4DFPA 4M3WA 2HVHA 1S9EA 3VQ5A 3QEPA 1TAUA 3T3FA 5HLFA 4OGEA 1JLEA 2VG5A 1U48A 1NKEA 3L2UA 3OYBA 1RTDA 2RN2A 4PQUA 4CEZA 4N5SA 4HUGA 2FBVA 4IG3A 5C24A 1UA0A 4CEBA 1ZBUA 2XY6A 4DTPA 3HVTA 2HHXA 1B9DA 2KZMA 1QE1A 3OYCA 3NAEA 5D3GA 3TAGA 2GUIA 1EP4A 4ID5A 3CG7A 3ZT2A 4FJLA 4M3YA 3TARA 4OPKA 2QXFA 3LWLA 2HNDA 3T19A 3KLGA 3NDKA 2I5JA 4FLYA 2EX3A 3V9UA 4FK0A 2YNIA 2XY5A 4Z4GA 2O4GA 3TAEA 1RBSA 1VSJA 4FLVA 3PX4A 4DQIA 4W5RA 1SL2A 3KD5E 4K8XA 2NUBA 3ZT4A 1YT3A 4CGDA 4PA1A 4BE0A 4CJRA 3TABA 4Z4FA 2OZSA 4CECA 4F3OA 2HHVA 3F9KA 1JL1A 4I2PA 1W0HA 3VQBA 3SUNA 4FLUA 3ZSYA 4CJPA 2OZMA 1NK8A 3DMJA 3C6UA 1T7PA 4FJMA 4FK2A 3M8SA 1SL0A 1HQEA 4GVMA 1TAQA 1R0AA 2HW3A 2YKMA 3HPHA 2W42A 4I2QA 1HRHA 4C8MA 4BDYA 4IG0A 3VQEA 1JLAA 3KIOA 1J5OA 3MEDA 3NCIA 1TGOA 4KRFA 4AHVA 1RTIA 1N6QA 2G8FA 3ZSRA 5J2NA 2OA8A 3VQQA 5FROA 3M8RA 3ZSVA 1C1CA 3AVBA 3QIPA 4IDKA 4DS4A 1RDAA 3LP1A 3MECA 2ATQA 3DRPA 4B9LA 3ZT0A 4CEQA 4CK3A 3O3HA 4DWIA 4B9UA 4KHQA 4OVLA 4ID1A 3OYNA 1HYVA 4E19A 3MAQA 4DQSA 2KFZA 4OKKA 4CE9A 1CZ9A 3OYKA 2X78A 4Z4EA 1RBTA 3K59A 1Q9YA 5J2MA 1RBVA 4MQ3A 3L2VA 3WNHA 2A1SA 1D5AA 5KGWA 1VSHA 5I3UA 4DG1A 3HSTB 3VN5A 3SUOA 1FKOA 4AILC 4CFCA 4CJFA 3A2FA 1HYZA 3P1GA 4CHNA 1UA1A 1NK9A 1TKXA 3QIOA 5CY4A 1X9SA 3D45A 1L3UA 1QSYA 1JXBA 3ASMA 3P83D 5HRRA 4KHUA 1HQUA 3OS1A 5FRMA 3SYZA 3LP3A 2HMIA 3LANA 3AO2A 3RR8A 4Z0UA 1BI4B 2KW4A 3NF7A 1KCFA 4DTNA 3ZSOA 3G0ZA 3AVCA 1JXEA 4PWDA 1BISA 5JS2A 4JS4A 3QEIA 1XWLA 1FKPA 2ZQBA 4KI4A 1TK8A 4NCBA 1VRUA 1NOZA 3LP2A 3P5JA 4RW6A 4DTXA 3MXMA 3SQ2A 1ASWA 4FXDA 3AVMA 3ULDA 5HBMA 3CFRA 3NF9A 3WNEA 4CJWA 3TANA 1D9DA 2BGGA 3V6DA 4F2RA 3TWHA 2IGIA 1XI1A 3RTVA 3LPUA 1TL3A 1LAWA 3DLBA 3AA5X 4DSKA 3KK2A 3MEEA 2JGUA 4OJRA 4DU4A 1HYSA 2VWKA 1T05A 5J2PA 3CFOA 4O0IA 1BGXT 1I39A 4E7KA 1KSPA 4Q0BA 3SPYA 3OYMA 4CGHA 4B9MA 2Z1IA 4ZTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUCK 3OYEA 1SUQA 3AAQA 2CH5A 4KHWA 3EEQA 4X64K 3O9RA 3S3MA 1FK9A 4WQ5C 3C94A 5DK5A 4F4KA 4O4GA 4FWNA 1LCUA 1GLAG 3THYB 4DTJA 4IEIA 4CJTA 4CK1A 2VQFK 3AVNA 4YY3K 3UKRA 1WSIA 2F9WA 1P8ZA 3VTHA 3AVLA 1GOCA 3CC7N 1FJGK 3EL2A 1L3TA 5I42A 3QNNA 3DXKA 3RSEA 2P9UA 3TI0A 4NB4A 4BWMA 4DSLA 1R59O 1HUXA 2OPRA 3L3UA 3QBWA 3DWLA 2P9IA 1S5JA 1VSFA 2O8FA 4KB0A 4DLGA 1HPZA 3L2RA 4FOEA 4A61A 3GE1A 4FWPA 4FVMA 3VA3A 3D2EA 3V1OA 1GLFO 4DV7K 2X74A 3L3VA 4DR4K 2HHSA 1KAZA 5LJVA 3V9SA 1QVGM 2HMPA 2A1RA 4WQ4A 3VEOA 5BN8A 1T44A 1MWKA 2QWMA 5JMVA 1HKBA 3MWPA 2IDOA 4KTQA 4HCBA 4KHSA 4GKJK 5EY4A 1J54A 1DGKN 2RPIA 2X6SA 3L4IA 5EU7A 5C2FA 5CR4A 2YNGA 2G8IA 1Z26A 1TL1A 5C12A 3BF1A 4FJKA 3ALYA 3W3DA 1GOBA 1C0GA 3MWTA 4H8KA 4IOAL 1TV6A 5SZTA 3CMAN 4HTUA 4J2BA 3HI0A 3NGZA 2FSJA 1TKDA 3THVA 1J5EK 3V9XA 4IFYA 1YHQN 3HVRA 4DSIA 3DOLA 1VHXA 4HUFA 4KB1A 2E1ZA 5JLHA 4O0JA 3PV8A 2YHAA 4KREA 4JK8A 4CJUA 3RMBA 2JLEA 3E9LA 4CZMA 3D7EO 5FDLA 3ISNC 1IG9A 1S6PA 3DOKA 4FJ8A 3PY8A 2E1YA 2P9NA 1C0FA 3HPGA 4CIGA 1XNRK 3OYLA 1NKCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2UUC K;  3OYE A;  1SUQ A;  3AAQ A;  2CH5 A;  4KHW A;  3EEQ A;  4X64 K;  3O9R A;  3S3M A;  1FK9 A;  4WQ5 C;  3C94 A;  5DK5 A;  4F4K A;  4O4G A;  4FWN A;  1LCU A;  1GLA G;  3THY B;  4DTJ A;  4IEI A;  4CJT A;  4CK1 A;  2VQF K;  3AVN A;  4YY3 K;  3UKR A;  1WSI A;  2F9W A;  1P8Z A;  3VTH A;  3AVL A;  1GOC A;  3CC7 N;  1FJG K;  3EL2 A;  1L3T A;  5I42 A;  3QNN A;  3DXK A;  3RSE A;  2P9U A;  3TI0 A;  4NB4 A;  4BWM A;  4DSL A;  1R59 O;  1HUX A;  2OPR A;  3L3U A;  3QBW A;  3DWL A;  2P9I A;  1S5J A;  1VSF A;  2O8F A;  4KB0 A;  4DLG A;  1HPZ A;  3L2R A;  4FOE A;  4A61 A;  3GE1 A;  4FWP A;  4FVM A;  3VA3 A;  3D2E A;  3V1O A;  1GLF O;  4DV7 K;  2X74 A;  3L3V A;  4DR4 K;  2HHS A;  1KAZ A;  5LJV A;  3V9S A;  1QVG M;  2HMP A;  2A1R A;  4WQ4 A;  3VEO A;  5BN8 A;  1T44 A;  1MWK A;  2QWM A;  5JMV A;  1HKB A;  3MWP A;  2IDO A;  4KTQ A;  4HCB A;  4KHS A;  4GKJ K;  5EY4 A;  1J54 A;  1DGK N;  2RPI A;  2X6S A;  3L4I A;  5EU7 A;  5C2F A;  5CR4 A;  2YNG A;  2G8I A;  1Z26 A;  1TL1 A;  5C12 A;  3BF1 A;  4FJK A;  3ALY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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