3O3GA

T. maritima rnase h2 in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
total genus 81
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3gA00
5HBMA 1WLJA 1J5OA 3DM2A 1HYSA 1RT6A 4KB0A 3JYTA 4AHUA 3DLBA 2DY4A 3D45A 4YFUA 1RDCA 4OKEA 2FBXA 4K8ZA 3TI0A 1KVAA 1VSHA 1ZBHA 2Z1GA 3LZJA 2KZMA 3RMCA 3SUOA 5J2MA 3RRGA 4KREA 3AVNA 1LWCA 1IKVA 3NH0A 1S1TA 4O44A 3PV8A 4NYFA 4DQQA 1S1UA 3SNNA 1QTMA 1Y97A 5J2QA 3AVAA 3LP0A 1YTAA 3DMJA 4MQ3A 3V9XA 2IGIA 4CJQA 4UQGA 1QSLA 3RWUA 1UA1A 2KFZA 3HK2A 2GBZA 2F96A 3EZ5A 4PQUA 5J2PA 1CXUA 1TVRA 4DG1A 1LWFA 1IKYA 1BIZA 2IS3A 1WAJA 4DQSA 5J1EA 1R0AA 1C0UA 3K2PA 3MEGA 1S6PA 3V1OA 5D3GA 2OYQA 5CYMA 1YT3A 4FZYA 4HVJA 4DTXA 3PUFA 3K5LA 3P83D 3VQPA 1NK4A 1HNVA 3DLRA 3TARA 3I0SA 2ETJA 1SUQA 1RTDA 1KVBA 1TL1A 4I2PA 4PA1A 5HP1A 1BIUA 2YNGA 4N76A 1U45A 3RMAA 1RT1A 2WOMA 2OPPA 2G8WA 4CJ5A 5KRSA 4IFYA 3LP3A 4C8LA 1DTQA 1FK9A 4KAZA 3M8PA 4DTUA 1KFDA 1F21A 4ZTFA 4B9TA 4FJIA 3HVRA 1EXQA 4NCGA 4Y1CA 3SUPA 2OZMA 4OLBA 2WONA 1HNIA 1RBSA 3LANA 1WSJA 5I42A 4G1QA 3SV3A 3OVNA 4KI6A 3OY9A 1RT5A 4E1MA 3TAMA 1VRUA 1CLQA 3O3GA 4GVMA 1S1XA 1NK6A 4PY5A 1REVA 3ITHA 1ZBLA 4N56A 3LWLA 3HP6A 3AVLA 1XHXA 4Q0BA 2BDPA 3TAQA 2PY5A 3PY8A 4LSNA 4CHPA 1S1VA 2FC0A 1LW2A 4CEZA 1T8EA 4KB1A 1WSIA 1C6VA 3OS1A 2BANA 3ZT3A 3CYMA 4CERA 3AVBA 1T05A 1L3SA 1RT7A 1Z26A 2E6LA 1VSIA 4OKJA 1QE1A 1L3TA 3IS9A 5FDLA 1UAXA 3M8RA 2VG7A 4DTJA 4FM1A 4FJ8A 3DRSA 5HRPA 4FM2A 3OYJA 3KK1A 1WNSA 4O5BA 1HQUA 4W5QA 4CJTA 3C6UA 4DSFA 1LAWA 1BQMA 1UOCA 1KFSA 4N5SA 2XY6A 4DSIA 2G8FA 4CJUA 3PX4A 2FBTA 4M3RA 4CJWA 1YTUA 1WAFA 4CGGA 4OLAA 4EZ9A 3T3FA 4KRFA 1SL1A 3ZSVA 1RBTA 2HNZA 3NH2A 3KD1E 3VN5A 3A2FA 4DTSA 1ZBUA 3VQ6A 1U47A 1QSYA 5C25A 1BL3A 3TAGA 4B9VA 1SL0A 4IG0A 3WNFA 3PO4A 4KO0A 4LSLA 4GW6A 1NJWA 4Z4IA 2JGUA 1QQCA 3S3NA 4FJLA 1BI4A 2VWKA 2BGGA 3L2QA 4NCAA 2YKNA 4OGCA 3P5JA 1XI1A 2HHXA 1QS4A 2B6AA 5KTQA 3HYFA 4CE9A 2KW4A 3RMDA 1L3VA 1NJYA 3SZ2A 4L8RB 4RG8A 4NCBA 4LY7A 4BDZA 4GMJB 3SUNA 4M3ZA 3V4IA 2AJQA 4IBNA 1RDDA 4W5RA 4DFKA 1CXQA 5CY4A 2DTUA 1A5VA 5KGXA 4FLZA 3QO9A 3K59A 4I9LA 3ZCMA 3OYCA 4Z4HA 4B9UA 1S5JA 3NBPA 3JSMA 1VSEA 4BWMA 3NCIA 4CJFA 4KTQA 3V1RA 4OPKA 1KLNA 2PYLA 2P5GA 3HXMA 2IDOA 3F9KA 4E7LA 4AHRA 1NK7A 1BI4B 4E1NA 3K5NA 3DOKA 3AVGA 1A5WA 2X74A 1K6YA 3AVFA 1IKXA 1QHTA 4J2EA 1HMVA 4KFBA 3OYMA 3QEXA 4KHQA 3S3MA 3KK3A 3QIPA 4ID1A 3MXMA 1SKSA 3ASMA 4FVMA 4FJ7A 2YHBA 4E19A 3CQ8A 5SZTA 1RBRA 3OYFA 4B08A 4M45A 4Z4GA 1NOZA 4DQIA 3NHGA 4BACA 3VQ9A 5KGWA 4CIFA 4CGHA 3ZSQA 3ULDA 3WNEA 4RW4A 4AHCA 4CECA 4CJPA 4CJRA 2BE2A 4M3TA 1JXEA 3L8BA 3V6DA 4FK2A 3DOLA 3S3OA 4JS5A 1FKOA 3NAEA 4BE0A 4FXDA 3S9HA 3MEDA 1L5UA 4DQRA 1L3UA 3OYNA 2YNIA 4YNQA 4B8AB 3QEWA 3OJSA 2E4LA 2Y1IA 4HCBA 1VRTA 4CEAA 3QNOA 3L2WA 1VSMA 1C1BA 1B92A 3SQ2A 3SCXA 2OPQA 3CM6A 5JS1A 4DU1A 1KRPA 2QXFA 4RW8A 2OPSA 3HPOA 1TK5A 3KTQA 3AV9A 4FLXA 2EHGA 3O4QA 4LD0A 3SI6A 1XHZA 1WN7A 1TAQA 4E7HA 3ISNC 1TAUA 5HLFA 1T03A 4HHTA 3TANA 3HSTB 1WSEA 4B9SA 3L3VA 4F3TA 3AVIA 4LH4A 3VQ4A 4OPJA 4F2SA 2G8UA 1S9GA 3ZT0A 2HHUA 4LH5A 4F3OA 3TABA 1S9EA 1NJZA 4CF1A 1TK8A 3VQBA 3CFPA 3QEVA 3HT3A 3SPYA 3G10A 4C8KA 3L3UA 3LP2A 1B9DA 1CZ9A 3B6PA 4CHQA 1T7PA 4DSEA 3HO1A 4FYDA 3TWHA 1HPZA 3T1AA 2Z1IA 4KHSA 1EP4A 1FKPA 1JKHA 3IG1A 4FJ9A 4QOZB 2YHAA 5DK5A 5DMRA 5CYQA 4DU3A 5KRTA 2P1JA 2G8VA 4J2BA 4KHUA 4I7FA 3V81A 3QINA 4CHZA 4CHNA 4CESA 4B9NA 3LP1A 2P5OA 4KPYA 3OYHA 3DLEA 3M8QA 1JLBA 2RPIA 1JLFA 3V9SA 4E3SA 4CIGA 3SUQA 1NK5A 4FJNA 2HVIA 1Q9YA 4CJLA 3AO3A 1U4BA 4F2RA 1ZBFA 3WNGA 3AVCA 3OYLA 1HJRA 2OPRA 2A1RA 1MU2A 4EP4A 3RR8A 3WNHA 3RMBA 2HVHA 4O0IA 4CF8A 4AH9A 3CFOA 1IO2A 2DFEA 1BCOA 1N5YA 2VG5A 1RDBA 4ELTA 4Z4EA 1HYZA 1XC9A 1NK9A 4MFBA 3VA0A 3ZT1A 5I3UA 4CFAA 3MXIA 1HQEA 3L2RA 3TAFA 4FK0A 2KFNA 2F8TA 4FW2A 1C0MA 1RTHA 3K5MA 3VQDA 1RCHA 4BDYA 2FBYA 3AVHA 3LPTA 3NF9A 3TR8A 4CGIA 3SQ0A 3ALYA 2GUIA 1KVCA 4FLTA 4E0DA 1LW0A 4QAGA 1HYVA 4E7JA 3TAEA 1BISA 1YVUA 1NOYA 1WSFA 4Q5VA 1RBUA 3KLGA 5JS2A 4HTUA 3OYKA 4CFBA 2VG6A 3BDPA 2O4GA 1FXXA 1RTIA 3OYDA 3V9ZA 4H4MA 1VSDA 3PO5A 2D0CA 5FROA 1U48A 5C42A 4FM0A 1SKWA 2ITGA 2D5RA 4ID5A 1Q9XA 4F8RA 1KTQA 4CJ3A 2HHTA 3DLGA 1JLQA 5C24A 3U3GA 3TAPA 5FRMA 3V1QA 4ELVA 1S1WA 3KKSA 3SYZA 4EZ6A 1RDAA 3MEEA 4DTPA 1EKEA 3V9UA 4AILC 5HRSA 1RBVA 3LAKA 1QSSA 4CGFA 1BGXT 2D0AA 4B9LA 5J2NA 4IG3A 3QNNA 2XHBA 4CIEA 4ZHRA 4CHOA 3ZT2A 5EU7A 3I8DA 1JXBA 4CGDA 4HUGA 3PX0A 1N6QA 2B5JA 4CK3A 3L2VA 3QEIA 1SKRA 2G8KA 4B8CA 4FJGA 4FW1A 2IAJA 4E89A 4DFJA 1NKBA 1LAVA 4RW6A 1D9FA 4DQPA 5FRNA 3ZSYA 1DLOA 4CK2A 3IRXA 3SJJA 1GOCA 3DI6A 1NK8A 3ZSXA 3KLIA 2QK9A 4CEOA 3VA3A 1ASUA 4M3YA 3HP9A 2B4JA 3LPUA 1KLMA 3AA5X 4KTZA 1NK0A 2ATQA 4RW7A 3SQ1A 2JLEA 3H08A 5HRNA 3MAQA 4B3OA 1X9SA 1TKZA 2W42A 4F4KA 1SV5A 1IH7A 3HPGA 4Z4FA 3ZSOA 3DLKA 3LWMA 3AVKA 3VQ5A 4DSJA 3EYZA 4DS4A 4DS5A 2Z1HA 3L2UA 4CEBA 3NGYA 4DMNA 5CZ1A 1I3AA 5K14A 2ZE2A 3HL8A 3QESA 3KKRA 4FJXA 1HRHA 4CJVA 3KD5E 2I5JA 2DFFA 4DSLA 4JRQA 3KJVA 4AHTA 4AHSA 2VWJA 3OJUA 1ZYQA 2KZZA 2PYJA 3LALA 1GOBA 2RN2A 2OA8A 4KHNA 2NUBA 3OS2A 2R7YA 1ZBIA 2KTQA 1TKTA 3K5OA 2XO7A 1J53A 1DTTA 3RR7A 2HHSA 3V9WA 4OGEA 1S6QA 4KKOA 4I9QA 3I0RA 3SV4A 2QKKA 3CFRA 2YV0X 2A1SA 4FJJA 1VSFA 3G0ZA 1TKXA 5CZ2A 3LDSA 3UIQA 4AHVA 4H4OA 4CFCA 1IG9A 3OS0A 4N47A 1KSPA 4CEQA 1JLGA 1U04A 4C8OA 3B6OA 4CEDA 3MECA 3KIOA 4O55A 1UA0A 1C1CA 4DFMA 3ZSZA 3OYAA 2YKMA 3FFIA 4M41A 3NGIA 4ZTJA 1D8YA 4C8MA 1X9MA 2F8SA 3P1GA 4K8XA 2HHQA 1G15A 1B9FA 1VSKA 1WSGA 1JLCA 3ZT4A 4CEEA 4DF4A 2YNFA 4I2QA 4DF8A 4CHYA 3AVJA 4KV8A 1J54A 1Q8IA 3ZSWA 2HHVA 3O3HA 1W9HA 4NYNA 2P51A 3D0PA 4DTOA 2PZSA 3AA4A 3O4NA 4O4GA 5KI6A 3VQAA 4DTMA 4FZXC 4J2DA 4HUEA 4PUOA 2X6NA 3KK2A 3LZIA 3VQCA 1EX4A 4CCHA 5E41A 3O3FA 4QCLA 4CF2A 2QKBA 2Y1JA 4CFDA 1O1WA 2G8HA 1A5XA 4DSKA 4M3XA 3SQ4A 3PX6A 3KLHA 1GOAA 4DTRA 1RT2A 4O0JA 3DRPA 4FJ5A 1BCMA 4HCCA 2KQ2A 1ASVA 1C1AA 2IOCA 1XWLA 1NKEA 3AO1A 2HNDA 3QERA 3CM5A 3NH1A 2XRIA 3NF7A 4BDPA 3IAYA 4CJKA 1TKDA 4JS4A 2Q3SA 3NF6A 2D0BA 2XY8A 4DLEA 4IFVA 3DRRA 2FBVA 1J9AA 4OKKA 4FLVA 1X1PA 4KHYA 4DLGA 1TL3A 3AVMA 4C8NA 4CJSA 4BE2A 3QEPA 1NJXA 3VQEA 1RT4A 3NF8A 2YNHA 2RF2A 1RILA 4FLUA 1X9WA 2GV9A 3CG7A 4KTWA 4Y1DA 3EY1A 4J2AA 4KHWA 3HVTA 3RRHA 4IKFA 1IKWA 4CK1A 1WSHA 2HW3A 1CZBA 4M3WA 4DTNA 4H8KA 2HHWA 4OVLA 1VSLA 1LWEA 2EX3A 2LSNA 1C0TA 3AA3A 4JLHA 3KLEA 1W0HA 1NKCA 4XIUA 2RKIA 4EP5A 1EETA 3ZSRA 3M8SA 3VQ8A 4PWDA 4W5TA 3NGZA 3OYBA 4DWIA 4JRPA 4Z0UA 4Z4CA 1D5AA 1LV5A 4B9MA 3C94A 2XY7A 4ELUA 2HNYA 4CEFA 3OYGA 2HMIA 4M42A 4FZZA 4OJRA 3NE6A 3AO2A 1Z25A 3U3YA 4W5OA 4CJ4A 2DFHA 4WE1A 3HM9A 4HUFA 3AA2A 5HRRA 4FLYA 4DFPA 3U6FA 4RW9A 1ITGA 1TK0A 3AO4A 1U49A 4N41A 3QIOA 3DLHA 3DYAA 1ASWA 1RNHA 3QLHA 5HROA 3C6TA 4FCYA 4DU4A 3HJFA 3NDKA 3F73A 2ZD1A 1VSJA 2Z1JA 4CGJA 3AO5A 3OYEA 1RTJA 4ICLA 5T7BA 3LAMA 4TSXA 4FJHA 2G8IA 2IC3A 2X6SA 3HPHA 3OYIA 4W5NA 4FK4A 2O4IA 3THVA 3VQQA 3NFAA 3BGRA 3MXJA 1JLAA 1TV6A 2X78A 3T19A 3KLFA 4FJKA 4BWJA 4M3UA 2HB5A 4E7KA 5SWMA 2OZSA 4R5PA 4CJEA 4KI4A 4E7IA 1RT3A 1JL2A 3K58A 3K57A 3SPZA 1SL2A 1BHLA 4CF9A 3QETA 4CF0A 1D9DA 1UWBA 4BE1A 4FJMA 2ZQBA 3VQ7A 1BQNA 1I39A 1VK0A 3RTVA 2E6MA 1TGOA 4FLWA 1JL1A 2XY5A 3C95A 3E01A 1JLEA 1KCFA 4IDKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HBMA 1NGJA 2P9SB 4CD3A 1RDCA 2FBXA 1VSHA 1K8KB 2Q97A 4QS8A 3RMCA 3SUOA 1S1TA 3HOSA 3PV8A 3WUHA 3SNNA 1S1UA 3J7YP 5EXWA 5J2QA 3R8EA 1Q82O 3V9XA 2IGIA 4UQGA 1Z6RA 2GBZA 2F96A 4PL7A 3TTFA 3EZ5A 1CXUA 1TVRA 3I55N 4BRMA 3Q7CA 4M7YA 5J1EA 3THWA 3FZFA 4LF6K 4GKJK 2O8FA 2OYQA 2HF3A 4G9ZA 3KWGA 3DLRA 1JCFA 3DAWA 1KVBA 3CCSN 3O9TA 1QHAA 4BRQA 4N76A 3RMAA 1TYQB 4CJ5A 2P9IB 4IFYA 3T69A 2YJEA 3M8PA 4B9TA 1QVFM 2VGNA 3ZX3A 1WSJA 1XC3A 4DUYK 2BH1A 4G1QA 2FSKA 4CJ7A 4E1MA 1VQ5N 1REVA 3AAQA 5GAGP 3LWLA 4V19S 1P90A 3VEWA 4LSNA 1KQSM 5F2RA 2GTDA 3OS1A 2QWQA 5BN9A 5FPMA 1NWKA 3CYMA 3AVBA 1L3SA 4OKJA 4A2BA 3CMAN 1L3TA 4KBOA 1UAXA 4DTJA 2JWKA 4FJ8A 3R1XA 5E84A 4O5BA 1HQUA 3C6UA 1QZ5A 4DSFA 3RSEB 1KFSA 4CJUA 4QS9A 4YOXA 2QTDA 4PL8A 3T3FA 1S22A 5EVZA 2OTLN 5AZJA 1GLDG 3VN5A 1JCEA 1BL3A 1BG3A 4JHDB 4Z4IA 3WNFA 4BREA 2JGUA 1X3MA 1BI4A 2IIRA 4OGCA 3UKRB 1XI1A 1QS4A 2YHYA 3HYFA 1QQNA 3RMDA 4H0TB 3VGKA 2QWOA 4GMJB 2AJQA 5AQXA 5AQMA 2DTUA 1A5VA 4DV0K 4FLZA 3QO9A 2CGLA 3CCEN 4B9UA 2KLAA 5AQOA 4DV3K 2UXCK 4FWPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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