3O3HA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and manganese ions
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
total genus 80
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3hA00
4RW9A 3OS1A 3LWLA 4F8RA 2A1RA 1EKEA 4H4OA 3DRPA 5FRNA 1LAWA 4E0DA 1T8EA 1KLMA 3NF9A 2FBTA 1BISA 3C6UA 2QK9A 4O0IA 2BE2A 4DLGA 1RNHA 2ZE2A 2G8FA 3OYMA 3LDSA 1TL3A 1VSEA 1W9HA 1ZBUA 4ZHRA 3K58A 1T03A 4Y1CA 1L3VA 3RMAA 1VSIA 2RF2A 4OPJA 3RMDA 3NH1A 3AVMA 3QLHA 1TKZA 1WSGA 3QETA 5J2QA 1K6YA 4O4GA 1C1CA 3NGZA 2XY8A 4DTXA 2R7YA 3TWHA 1ITGA 1A5VA 4DF8A 4JRPA 3LP1A 1BQMA 4CEOA 4E89A 2LSNA 4PA1A 4CF2A 3PV8A 3O3FA 1QE1A 1RCHA 4KV8A 2B4JA 3ZT2A 4F2SA 4FCYA 4GW6A 3RWUA 1L3SA 1NK8A 3DLHA 2VG5A 4K8ZA 1TGOA 1ZBHA 3F73A 4DFPA 3L3UA 3OYJA 4M3RA 3PX4A 5CYMA 5I3UA 3QESA 4KHWA 2HHXA 4CGIA 4K8XA 4KI4A 2O4IA 1LWFA 4FJLA 4AILC 3HK2A 5EU7A 1HYVA 3G10A 4CEEA 4DTNA 1D9DA 4B9SA 1HYSA 4OGEA 3LP2A 3EZ5A 4CIFA 1QS4A 2KFZA 3B6PA 5DK5A 3HSTB 3OYAA 4W5NA 3VQEA 3KLGA 3DM2A 2FBVA 2IOCA 3G0ZA 1TV6A 2B6AA 4NYNA 4C8NA 5KI6A 5HRPA 2E6LA 3HPOA 4FLVA 4PUOA 4CERA 2Z1JA 1FKOA 4M45A 1WAJA 1J54A 1RBTA 2KQ2A 3V9ZA 1RT4A 3NHGA 3NFAA 1S9EA 4E7HA 1Y97A 1X9WA 4Z4FA 3TABA 4HVJA 1C1BA 2YNHA 4M3TA 4FM2A 1HYZA 2P5OA 4DFMA 4Z4EA 2G8KA 5DMRA 4FXDA 4Z4GA 1QHTA 5KRSA 1UA1A 1RT6A 4W5OA 3AA2A 2X78A 4B3OA 4O55A 2KW4A 3FFIA 3BGRA 4DTSA 2ZD1A 4BE2A 3NBPA 3ZSXA 1NK4A 3CQ8A 1RDBA 1T7PA 4DS4A 1FK9A 1RILA 4N56A 2YNGA 3B6OA 3O4NA 1RBVA 4CESA 4CJUA 1X9MA 2QKKA 4FZZA 3LZJA 1J9AA 3QO9A 4E7IA 4M3WA 4DLEA 4AHSA 1RT1A 2YNFA 2HNDA 3LAMA 4GMJB 2VG6A 4CGDA 1B92A 4MFBA 3OS2A 4BWJA 4HUEA 5KGWA 3K5OA 3OYEA 3RMCA 3NF7A 3T3FA 2XY5A 3VQ8A 1VSDA 4IKFA 3TAMA 3S9HA 1HQEA 1KLNA 4CEDA 4E1NA 4WE1A 3NDKA 3L2VA 2P51A 4DU1A 4FJGA 4HHTA 2Y1JA 4CIGA 3K5LA 4KTZA 1IKVA 2HNZA 3AO4A 1HNVA 3QEWA 4ID5A 4Z4HA 1GOBA 4N41A 4FYDA 3ZCMA 1JKHA 4FLUA 3RRGA 3P83D 1J53A 1WSHA 2DFFA 3KLHA 3TAPA 3VQ5A 4J2EA 1KSPA 1BIZA 2D0CA 4AHTA 2IGIA 4FJIA 4I9QA 1S5JA 4CFCA 1ZBIA 1VSMA 3LANA 4CJTA 3OJSA 1L3UA 2XRIA 4FW2A 4OGCA 3AVLA 3LAKA 4W5RA 4KPYA 1KVBA 2G8WA 2Z1GA 2YKNA 3L3VA 4JS5A 4DFJA 3QEPA 1NK7A 1IG9A 2E4LA 4IBNA 2G8HA 3ZSZA 1NOZA 5FROA 4GVMA 3T19A 4CF0A 3SI6A 4KHQA 1Z26A 5SWMA 3MECA 3VQAA 1WAFA 4BDPA 3U3GA 4N47A 3OS0A 3OYFA 1UA0A 3JYTA 1NJZA 3AO5A 2X6SA 1YTAA 3O3HA 3MEGA 4FZXC 4Y1DA 1BIUA 5HBMA 1YT3A 3DLEA 3V81A 1N5YA 4FJJA 1NK6A 2OPPA 3AVHA 2E6MA 1MU2A 1BI4A 1XHZA 4M3ZA 4YNQA 4DTJA 2XY6A 2ETJA 4EZ6A 4CK3A 1JLGA 1VSKA 4B9LA 1SKRA 4FK2A 4FVMA 1KCFA 1TVRA 3OYNA 3AVGA 3KD5E 3D0PA 3LALA 1VSLA 4MQ3A 2RPIA 3VA3A 4FJHA 1DLOA 4JS4A 3NH0A 5J1EA 3LPUA 3U6FA 4KHUA 3CFPA 1S1XA 3D45A 3U3YA 4DSLA 3NAEA 3RTVA 2RN2A 1XWLA 1C0UA 3AA5X 2DTUA 1EP4A 3QEXA 2QKBA 4B9UA 1S6QA 4AHVA 4CJRA 1RDAA 3V9SA 1NK9A 4EZ9A 3SQ2A 1LW0A 1NJYA 1TK0A 1D9FA 4BDZA 3LZIA 1DTQA 4DSFA 1JXBA 3ZT4A 3PO4A 4Q0BA 2WOMA 4IDKA 3AA4A 1SKSA 4FK0A 4B9NA 4B9TA 3T1AA 2A1SA 1LAVA 3OYHA 5FRMA 3AVAA 2FC0A 3CG7A 1L3TA 4M3XA 4IFVA 3PUFA 1ZBLA 1CZBA 2G8VA 2D0BA 1XI1A 5J2NA 2YNIA 5C25A 1QSSA 3AVCA 1U48A 2Q3SA 3KK2A 1BGXT 1RDCA 4CF1A 1VSJA 3CFRA 4KO0A 4HUFA 4E19A 1JLAA 2HHQA 3NE6A 3PX6A 3PY8A 4KHYA 5JS1A 2HMIA 1LWEA 3HPHA 3VQQA 3ZT1A 3TANA 2GV9A 3I8DA 4ID1A 1TKDA 1S9GA 5HRSA 4CEBA 4E7KA 1BQNA 4I9LA 5FDLA 4CJQA 3SJJA 1U47A 4E7LA 1RT7A 4RW7A 4FW1A 4KFBA 1CXUA 5SZTA 1C0MA 1JLCA 4FZYA 2W42A 4DU4A 3AVKA 2OPSA 1IKWA 1RTHA 2KZMA 1IKYA 3DOKA 3LPTA 3JSMA 5HRRA 4DQPA 4C8MA 4ELUA 2O4GA 4EP5A 3AVNA 5HP1A 1JLBA 3MXJA 3K57A 3HJFA 1VSHA 4DSEA 1RT2A 2F96A 1NKEA 4LSLA 4NYFA 4I2QA 4LH4A 3VQ6A 4Z4CA 3IS9A 5D3GA 1O1WA 2JGUA 3LP0A 1EXQA 2X6NA 4NCAA 4CHOA 4CIEA 1C6VA 2VG7A 3K2PA 4DG1A 3ULDA 3KLEA 1TAQA 3NF8A 2I5JA 1ASUA 4CJVA 3V9XA 4DQSA 1U4BA 1RTDA 1VK0A 3BDPA 4F2RA 4DS5A 4QOZB 2B5JA 3DLRA 4YFUA 4FM0A 3MXIA 1WSIA 4FJ5A 2YV0X 3AO1A 4LSNA 4CJFA 1CZ9A 4CHNA 2VWKA 3F9KA 1NJXA 3K5MA 3DYAA 1SL1A 2KZZA 1J5OA 3AVIA 2YHAA 3AVBA 4CGFA 4FLYA 3TI0A 1L5UA 1N6QA 2EX3A 4OLBA 1TKTA 1SL2A 1HNIA 4IG3A 1CLQA 3MAQA 2ZQBA 4DSKA 2GUIA 4W5TA 4FLZA 4CJPA 3NGYA 3O4QA 4ICLA 4N76A 4UQGA 2VWJA 2HHWA 1YTUA 4KI6A 2RKIA 3L2RA 3O3GA 3KLIA 1EETA 4TSXA 4KREA 5CZ2A 3LP3A 5J2PA 4DWIA 1U04A 3L2QA 1TK5A 1C0TA 3IAYA 4FJKA 4KB1A 1TL1A 3WNGA 4PWDA 1BHLA 4CF8A 5I42A 4CGGA 3ZSOA 1IO2A 3CFOA 2BDPA 2DFEA 4M3YA 4KTQA 3DMJA 1HQUA 3HXMA 3EYZA 4RW4A 4IG0A 2HHUA 4O5BA 4DQIA 1QQCA 1D8YA 1UAXA 5E41A 1GOCA 3OVNA 4CK2A 3OYLA 5KGXA 5KRTA 3M8PA 4E3SA 4DTMA 3HPGA 1G15A 1X1PA 3VQCA 4HTUA 3SUQA 2IAJA 4OJRA 3M8QA 4ELTA 1U45A 3DRRA 1WSFA 4AHCA 3C94A 1KFDA 3QEIA 4AHRA 1RBRA 4W5QA 3K59A 4N5SA 4HCCA 1SV5A 3MEEA 3ZSRA 4CFDA 4R5PA 1NKCA 4B8AB 1RT3A 3CM5A 3P1GA 4LD0A 4DU3A 3DLGA 2Y1IA 3SQ4A 1NKBA 4FJ7A 4FJNA 4CGJA 1A5XA 3V4IA 1ASVA 1HMVA 3V1RA 3WNFA 1WSJA 4AH9A 4CE9A 4L8RB 5C24A 4JLHA 3WNHA 4CJKA 2HVIA 3SUPA 1R0AA 2OZMA 2WONA 4DF4A 2OPRA 3ITHA 3ALYA 3P5JA 3S3OA 2PZSA 4KRFA 4Z0UA 3ZSVA 3SV3A 2P5GA 4HCBA 2F8SA 3AV9A 4ELVA 4I7FA 4RW8A 3SUOA 4DQQA 1ZYQA 1SKWA 2HHVA 1RTIA 3OYBA 3OYDA 3AO2A 3QEVA 1Q9YA 3OY9A 2KFNA 4CJ3A 4DSIA 3THVA 4M42A 4IFYA 4ZTJA 4CCHA 4KTWA 4E7JA 3C6TA 4CFBA 4Z4IA 1Z25A 4CHPA 2KTQA 1WNSA 4G1QA 1XHXA 1VSFA 5JS2A 1LWCA 3KJVA 1ZBFA 3ZT3A 3TAFA 3VN5A 4B9MA 3V1OA 1TAUA 3HVRA 4B9VA 4CHZA 3S3MA 4FJMA 3HM9A 3SQ1A 3EY1A 3TARA 3KK3A 2JLEA 1NK0A 3VA0A 4FJXA 4H8KA 2PYLA 1VRUA 2X74A 4CJLA 3ZSYA 4BDYA 1RTJA 2QXFA 5K14A 4F4KA 1SL0A 4CGHA 1S1WA 1RT5A 4KKOA 3M8RA 4BE1A 3IG1A 3SUNA 3SCXA 2HHTA 4KAZA 4FK4A 3CYMA 3V9UA 1RBSA 1W0HA 3SPZA 2YHBA 1U49A 4DMNA 2HNYA 4ZTFA 4OKEA 3DRSA 2D0AA 3HVTA 3MEDA 3QIOA 1RBUA 3VQBA 3QERA 3VQ9A 2BGGA 3OYCA 1HPZA 3VQ4A 3OYIA 2BANA 2DFHA 1HJRA 4NCGA 2XHBA 3DOLA 1REVA 1NJWA 1LV5A 3AVJA 2P1JA 4CECA 3CM6A 1WSEA 1BL3A 1B9DA 1A5WA 3HP6A 3PX0A 4O0JA 3ZT0A 3ASMA 3KD1E 1WN7A 3RR8A 3IRXA 4OVLA 1X9SA 2HW3A 4QAGA 4CEZA 3KLFA 4DTUA 2DY4A 3OYGA 1S1TA 3HO1A 3RMBA 4XIUA 3LWMA 1NK5A 3SYZA 1BI4B 4FLXA 3L8BA 3VQ7A 1JL1A 2ATQA 5CZ1A 4F3OA 3ISNC 1GOAA 4J2DA 1CXQA 1T05A 3HT3A 4KHNA 3RR7A 2G8UA 1YVUA 4EP4A 3KK1A 2HHSA 5HRNA 3WNEA 3NH2A 4HUGA 3KIOA 3ZSQA 3V1QA 2G8IA 3K5NA 1EX4A 4J2AA 1FKPA 3A2FA 1FXXA 5CYQA 4FLTA 3QNNA 1WLJA 4B08A 1KRPA 2PYJA 1JLEA 2IDOA 4OKJA 4RW6A 2OPQA 4CHYA 4J2BA 2F8TA 4CJEA 4CF9A 4DTRA 5J2MA 1JLFA 3KTQA 1KVCA 1JXEA 2FBYA 3NCIA 1QSLA 3OJUA 1ASWA 4KB0A 3I0RA 2AJQA 1IKXA 4I2PA 4PY5A 2EHGA 3AVFA 5HLFA 2IS3A 2OZSA 4DTOA 3HYFA 3DI6A 4BACA 3TAQA 3SQ0A 3L2WA 2XO7A 3SNNA 1Q9XA 4B8CA 4LH5A 3NGIA 3KKRA 3TAGA 1XC9A 3DLKA 2PY5A 4KHSA 3V9WA 1S1VA 4DFKA 4M3UA 3AO3A 3S3NA 4DTPA 1UWBA 2GBZA 4CFAA 4M41A 4OLAA 3L2UA 4O44A 2OYQA 1BCOA 1KVAA 2Z1IA 4AHUA 1TK8A 2HB5A 4QCLA 4DSJA 4FJ9A 3QNOA 4BE0A 1B9FA 1D5AA 3QIPA 4CEQA 3AA3A 2ITGA 3KKSA 4RG8A 4F3TA 2D5RA 1LW2A 1RDDA 4CK1A 1NOYA 3HP9A 4NCBA 2Z1HA 3PO5A 1DTTA 1UOCA 4FM1A 3I0SA 3OYKA 2HVHA 4CJWA 2YKMA 3SV4A 3SZ2A 5HROA 4CEAA 2IC3A 4FLWA 1BCMA 4OKKA 4H4MA 3ZSWA 3MXMA 1I3AA 3VQPA 3NF6A 3C95A 5CY4A 3DLBA 4C8LA 1HRHA 1TKXA 4E1MA 3SPYA 3TAEA 2FBXA 5C42A 5T7BA 1VRTA 3UIQA 3VQDA 1KFSA 1I39A 4CHQA 4OPKA 3H08A 3RRHA 1F21A 1JLQA 1KTQA 3E01A 1IH7A 3QINA 1Q8IA 4CJ4A 1SUQA 1QTMA 1C1AA 1S1UA 1JL2A 4PQUA 4CJSA 4DQRA 3M8SA 4CJ5A 3TR8A 2OA8A 1S6PA 3HL8A 4BWMA 4JRQA 2NUBA 2XY7A 4CEFA 5KTQA 4LY7A 1QSYA 4C8KA 4C8OA 4FJ8A 3V6DA 4Q5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWOA 3QFUA 3OS1A 4F8RA 1VQPN 1LAWA 2QWLA 1T8EA 4C1NI 2QK9A 1BISA 4JI5K 3ENBA 3J7YP 1RNHA 4YHHK 3LDSA 1ZBUA 1W9HA 2VYPA 3EL2A 4DV6K 4JKHA 1L3VA 3NH1A 3EZWA 4PKIA 4BQLA 1K6YA 3LP1A 4IEIA 4PA1A 1QE1A 4KV8A 2B4JA 3ZT2A 5M1OA 3W0LA 2ZJPL 4DFPA 3VMFB 5CYMA 5I3UA 3QESA 1T6CA 4YORA 4K8XA 3GG4A 4AILC 1SQKA 5EU7A 1HYVA 4YDUC 4CEEA 2E1YA 3EZ5A 4CIFA 1HKBA 2KFZA 2FSJA 3HSTB 3OYAA 4W5NA 3VQEA 3KLGA 3CC7N 2Q2RA 5HRPA 4FLVA 4PUOA 1WAJA 2KQ2A 3E9OA 1RT4A 4Z4FA 5F0XA 4FM2A 2P5OA 4BREA 4JI2K 4Z4EA 1IV0A 3ZLJA 5AZJA 1SAZA 4FWPA 3NBPA 2F9WA 3CQ8A 3WQUA 1RILA 3B6OA 1RBVA 4CESA 2QTDA 1J9AA 4E7IA 1J6ZA 2KKZA 4CGDA 4MFBA 3EKSA 1GLBG 4AQYK 3K5OA 4FWQA 3RMCA 3NF7A 4B1UB 3MCPA 4IKFA 1KLNA 3L2VA 3WT0A 4DV0K 1HNVA 3QEWA 4Z4HA 1GOBA 3ZCMA 1JKHA 4FWOA 1S22A 3VEOA 1J53A 4IZ9A 2O8BA 1YJWN 1WBDA 3VQ5A 3WUHA 1NJIO 4WQ4C 2IGIA 3AGKA 2HBKA 4IO9L 1KQSM 4A2BA 2VQFK 3AVLA 1KVBA 4EFHA 3FZMA 1NK7A 2G8WA 3L3VA 4XH4A 1NOZA 5FROA 3T19A 4PL7A 1P90A 1WAFA 4BDPA 4N47A 1NJZA 3AO5A 3H3OB 4Y1DA 3GDQA 5M1FA 1YT3A 4R79A 4BR5A 3V81A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QWO A;  3QFU A;  3OS1 A;  4F8R A;  1VQP N;  1LAW A;  2QWL A;  1T8E A;  4C1N I;  2QK9 A;  1BIS A;  4JI5 K;  3ENB A;  3J7Y P;  1RNH A;  4YHH K;  3LDS A;  1ZBU A;  1W9H A;  2VYP A;  3EL2 A;  4DV6 K;  4JKH A;  1L3V A;  3NH1 A;  3EZW A;  4PKI A;  4BQL A;  1K6Y A;  3LP1 A;  4IEI A;  4PA1 A;  1QE1 A;  4KV8 A;  2B4J A;  3ZT2 A;  5M1O A;  3W0L A;  2ZJP L;  4DFP A;  3VMF B;  5CYM A;  5I3U A;  3QES A;  1T6C A;  4YOR A;  4K8X A;  3GG4 A;  4AIL C;  1SQK A;  5EU7 A;  1HYV A;  4YDU C;  4CEE A;  2E1Y A;  3EZ5 A;  4CIF A;  1HKB A;  2KFZ A;  2FSJ A;  3HST B;  3OYA A;  4W5N A;  3VQE A;  3KLG A;  3CC7 N;  2Q2R A;  5HRP A;  4FLV A;  4PUO A;  1WAJ A;  2KQ2 A;  3E9O A;  1RT4 A;  4Z4F A;  5F0X A;  4FM2 A;  2P5O A;  4BRE A;  4JI2 K;  4Z4E A;  1IV0 A;  3ZLJ A;  5AZJ A;  1SAZ A;  4FWP A;  3NBP A;  2F9W A;  3CQ8 A;  3WQU A;  1RIL A;  3B6O A;  1RBV A;  4CES A;  2QTD A;  1J9A A;  4E7I A;  1J6Z A;  2KKZ A;  4CGD A;  4MFB A;  3EKS A;  1GLB G;  4AQY K;  3K5O A;  4FWQ A;  3RMC A;  3NF7 A;  4B1U B;  3MCP A;  4IKF A;  1KLN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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