3O4NA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain in mes buffer ph 6.0
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
133
Chain Sequence
QIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPASKQGELLAKAMYALNHF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
3H1 (69-71)EMPTYS2 (76-82)TI1 (82-85)S1 (60-67)TI2 (83-86)TVIa1 (71-74)TIV1 (72-75)3H2 (124-126)AH2 (129-138)S3 (88-93)AH1 (98-112)TVIII1 (93-96)S4 (117-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
total genus 47
structure length 133
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4nA00
4FZYA 1LAWA 1UAXA 1RBRA 3OYKA 4M3UA 2HNZA 3O3FA 4CEOA 1FK9A 3AO4A 3HJFA 4CE9A 3QINA 3VQ4A 4CJ5A 4DS4A 3V1QA 1UA0A 4KHQA 1CXUA 2QKBA 1BGXT 3M8RA 3IG1A 3HT3A 4DSJA 4HTUA 4E3SA 3TAEA 3FFIA 1JL2A 4FJ7A 3AVIA 1RT7A 1GOAA 2D0AA 3RMAA 3PUFA 3K59A 4CHOA 3OY9A 3C6UA 4E1MA 3V6DA 4CK1A 4LH5A 4DU1A 1EP4A 4GVMA 3ZSOA 1S5JA 1C1AA 4MFBA 5T7BA 1T7PA 1HRHA 4CK2A 3NH1A 4MQ3A 4PA1A 3HPGA 4O55A 4OKEA 1S1VA 4CJLA 4FJLA 4Z4EA 3TWHA 4E19A 1R0AA 4FW2A 3OYAA 3KKRA 1ASUA 2E4LA 4OKJA 3G0ZA 4CFDA 1S1XA 4FCYA 1QQCA 1CXQA 3LAKA 3L2WA 4BDYA 3OVNA 1S6PA 1U45A 1NK9A 2G8UA 4NCBA 1JLFA 2I5JA 2HW3A 4DSLA 3NFAA 1JL1A 3NGIA 4B8CA 2KW4A 3AVFA 3JYTA 1JLEA 1RBSA 3T19A 5KGXA 3AVJA 3QETA 3T3FA 2PZSA 1RNHA 3NH2A 4C8MA 4KTZA 3LAMA 3V1RA 3K5MA 4DTMA 3SJJA 5HRSA 1NKCA 1TKTA 1L3UA 1SL1A 3HYFA 4LY7A 4FVMA 4FZZA 3LWLA 2YV0X 4FM2A 1S1WA 4CEQA 1C0MA 3SPYA 4DQPA 1TKXA 4E0DA 2HHXA 1TK5A 1HQEA 5FRNA 1KFSA 3DLBA 1HNVA 1SKRA 3AVBA 4FJGA 1NOZA 2FBYA 3V81A 1KLMA 4IFVA 3K57A 3ZSVA 3OJUA 3IAYA 3RRHA 2RN2A 1DLOA 5FDLA 3S3OA 2HMIA 3EZ5A 1I39A 3OYJA 4KKOA 3ZT0A 4CJQA 3OJSA 4FK2A 1QSSA 4Z4GA 3QIPA 4LSLA 3WNFA 5J2QA 1ZYQA 1WAFA 2JGUA 1VSFA 2Q3SA 3L3VA 5EU7A 1RTDA 3DRSA 4HVJA 2F8SA 2O4GA 3OYBA 1L3TA 4KHYA 1BI4B 1RBUA 4O5BA 1NK8A 3AVGA 2P5OA 3AV9A 1C6VA 3DMJA 5J1EA 4HUGA 1BCMA 4E7KA 2HHUA 1Q8IA 1D5AA 3BGRA 1XWLA 1TK8A 4ZHRA 4HCBA 1EXQA 1UOCA 4E89A 4JS5A 4CF2A 4CJEA 4AHSA 5DMRA 1S6QA 2D0CA 3H08A 3QNNA 3SQ2A 4OJRA 4EZ6A 3ASMA 1G15A 3V4IA 1JLGA 3D45A 1KCFA 1VRTA 4ID1A 4CHZA 3OYDA 4Z0UA 2WONA 4DQSA 3TI0A 3VQDA 1BHLA 3TAMA 1QSLA 3F73A 3DRRA 3ITHA 3NCIA 2HHSA 3I0SA 1WSHA 5I42A 2A1SA 5FROA 4R5PA 1SKWA 4DQIA 3LPTA 3OYCA 1RDAA 3HVTA 3VA3A 2IDOA 4JRQA 4E7LA 1LV5A 1JXEA 2X6SA 4GMJB 4DSEA 2VWJA 2YHBA 3AO2A 4DSFA 3NF8A 2PY5A 3LPUA 3I8DA 1YVUA 4OLBA 4CJWA 1TKZA 3F9KA 2PYLA 4IG0A 3PO5A 4DWIA 4IKFA 4KHWA 4I9LA 2XRIA 1Z25A 4CFCA 1HYSA 3MEDA 2XY7A 2VWKA 4N47A 4M3RA 4DTXA 2PYJA 3AA4A 1X9MA 4J2AA 4KREA 1SL0A 2OZSA 4PQUA 3B6OA 3SUNA 4B08A 4AHUA 3SYZA 1D9DA 3KK2A 3K5LA 4DTRA 2O4IA 3MEGA 4J2BA 3AO5A 4XIUA 4FJHA 3RMCA 2ITGA 1U04A 4CHQA 3QNOA 3ISNC 4W5TA 2FBXA 1TL1A 4G1QA 4JRPA 3KD5E 3P1GA 4BDPA 4CERA 1T05A 3QLHA 4DTSA 5CYQA 3QERA 3HK2A 1BIUA 3O4NA 2KFZA 3SZ2A 4FJ5A 1X1PA 1N5YA 2QKKA 3VQEA 3MXJA 4NYNA 1T8EA 1BL3A 1QTMA 2HB5A 1B9DA 1RTJA 4Q5VA 4M3YA 1WSEA 3LDSA 3P5JA 4FLXA 2G8FA 3AA2A 1C0UA 4J2DA 4FLTA 3NBPA 3HVRA 4FJ8A 3OYIA 3SUOA 3LP2A 4FM0A 3ZSRA 2YKNA 3O3HA 2P1JA 3QEVA 4ZTJA 4FK4A 1TV6A 3RTVA 4FYDA 4KTWA 1VK0A 3KLIA 1JXBA 4ELVA 4HCCA 4DTJA 5KTQA 4H4MA 3KLHA 3EYZA 3L3UA 3MAQA 4E1NA 3QEPA 2YNIA 4W5NA 4RG8A 1RDCA 1EX4A 1QE1A 1RTIA 2YHAA 3M8QA 4CGIA 3TR8A 4PUOA 4RW7A 2DFFA 1JLCA 3LALA 3S9HA 3NF7A 4DFJA 3SCXA 4H8KA 2VG6A 2P5GA 4BDZA 5CY4A 4UQGA 2YNGA 3QO9A 3NE6A 1GOCA 3ZT1A 2KZZA 4QAGA 4ZTFA 1MU2A 1XC9A 3SI6A 2ETJA 1QSYA 2W42A 1B92A 1ZBLA 5HBMA 4FLVA 1TAQA 3SUQA 3M8SA 4DSIA 4DS5A 2VG7A 3ALYA 4EP5A 5KI6A 1WAJA 3PX4A 4OLAA 2G8KA 3MXIA 4I2QA 3PX0A 2BE2A 5HROA 3CM5A 3NHGA 3TAGA 4F2SA 4Z4FA 1IG9A 1C0TA 3DI6A 2Y1JA 1CZBA 4DQQA 4DG1A 4L8RB 3ZSZA 1W0HA 3KJVA 3PO4A 3RMDA 4KB1A 2XY6A 1IKWA 3MXMA 1S9GA 2IGIA 3CYMA 3AO3A 3AVHA 2A1RA 4K8ZA 5DK5A 4DU3A 5J2NA 3ZSWA 2G8VA 1NKEA 3VQ8A 1YTAA 3T1AA 1WSIA 2GUIA 3PY8A 3P83D 2B6AA 2X6NA 1KLNA 4I2PA 4Z4IA 4CHPA 4B9UA 1IKXA 1ZBUA 4JS4A 2KZMA 1IO2A 3TAPA 3OS1A 3TABA 1JLAA 1KVAA 1FXXA 4JLHA 3RR7A 4KTQA 2HHQA 1WSFA 3E01A 4DSKA 4CJFA 1HYZA 1BISA 1VSIA 4DMNA 2D5RA 1VSMA 3AVKA 3KTQA 1RDDA 2ZD1A 4AHVA 1UA1A 1O1WA 4ELTA 4HHTA 1VSHA 2X74A 4W5RA 3HL8A 4WE1A 1W9HA 1BQMA 4OGEA 4NCGA 3V1OA 1RBTA 3AA5X 2QK9A 4CGJA 4E7JA 1HMVA 2BANA 1VSJA 3G10A 4TSXA 4CJPA 2XY5A 3L2VA 1VSEA 1CZ9A 3VQ7A 2LSNA 3SNNA 4RW4A 1J53A 1L5UA 4ID5A 3L2RA 3LP0A 5C24A 3ZT3A 4CJUA 3V9SA 4FLYA 4DFMA 2HHWA 3LWMA 5CYMA 1LW0A 1Q9YA 1J5OA 4CIGA 1ZBHA 4CJ3A 5I3UA 1U47A 3HPOA 1Z26A 4ELUA 5SZTA 1EKEA 4BACA 1WNSA 4KB0A 3RRGA 3NGYA 4E7HA 1HQUA 4B9MA 1JLQA 4Y1DA 2FBTA 3OS0A 3L8BA 4Z4HA 4QCLA 2HHTA 1UWBA 3LP3A 1RT5A 2ATQA 2FC0A 2X78A 3DLGA 4FJXA 3O4QA 2Z1HA 1XI1A 1TAUA 1LAVA 3D0PA 4B9LA 4C8OA 4BE0A 3TAFA 4BE2A 3CG7A 1RT2A 4FM1A 5J2PA 4RW9A 1Q9XA 4LH4A 4KHUA 3HPHA 2OA8A 3U6FA 4AH9A 4AHRA 4F4KA 4KAZA 1BCOA 4RW8A 4N56A 4CJVA 2OPSA 4GW6A 1RT4A 3VQ5A 3ZSXA 1KFDA 4FJKA 4KV8A 3OYEA 1I3AA 4N5SA 4F8RA 3V9UA 1TL3A 4O0IA 3QIOA 3AVNA 4M45A 3OYFA 3DYAA 3CFOA 1XHZA 1N6QA 3NDKA 4QOZB 4OKKA 3V9WA 3SQ1A 1WSGA 1TK0A 4CGFA 4NCAA 3KLGA 4AHTA 3VQBA 1RT3A 4LD0A 3LANA 3CM6A 3KD1E 1SV5A 3DOKA 4DTNA 4Q0BA 1IH7A 4CJTA 1A5XA 4DLEA 1L3SA 1S1UA 2B4JA 1RBVA 1KVCA 1LWFA 4I7FA 3SV4A 1T03A 4FXDA 2Z1GA 4B9NA 2ZQBA 1KTQA 3ULDA 1VRUA 2EHGA 5CZ2A 3TARA 1KRPA 2B5JA 1VSLA 3DLEA 3PX6A 2RF2A 1NK7A 5SWMA 4CECA 4N76A 4CGDA 2RPIA 4C8KA 4M41A 2E6LA 3NF9A 3HXMA 1A5VA 2YKMA 3RWUA 4KO0A 5J2MA 4IBNA 2BDPA 4CFBA 1Y97A 4CCHA 2QXFA 4NYFA 2KTQA 4KRFA 4CEFA 1K6YA 3UIQA 5KGWA 4CJRA 3EY1A 3CFRA 4M3ZA 3VQQA 1SL2A 2BGGA 2EX3A 1SUQA 3KIOA 4F3TA 2G8HA 3KLEA 1NJWA 3OYHA 4EZ9A 4M42A 4E7IA 3HP6A 3M8PA 2XY8A 3ZT2A 3DOLA 1NK4A 4CHYA 4DTPA 1HJRA 4BWMA 4DF8A 1D8YA 4FJIA 1XHXA 3S3MA 5HRNA 2IAJA 4AILC 4LSNA 3ZCMA 3VQPA 3WNGA 4AHCA 4KPYA 1QS4A 3CQ8A 2DFEA 2HHVA 1ASVA 2FBVA 4BE1A 4I9QA 3U3YA 2DTUA 4OPKA 4N41A 1KVBA 4IDKA 1NK0A 2G8WA 2VG5A 3HSTB 3L2UA 1X9SA 2IS3A 2JLEA 4DFKA 2NUBA 4Y1CA 4KFBA 3VQCA 4W5QA 4DTOA 1RTHA 3NH0A 4CHNA 5KRTA 4C8LA 1IKYA 4OGCA 1TKDA 4Z4CA 1NKBA 3TAQA 3AVAA 4DF4A 4YNQA 5KRSA 4DFPA 3WNEA 3SUPA 1JLBA 4IG3A 3VQ9A 3PV8A 3SQ0A 1SKSA 2IOCA 3I0RA 1RILA 4CJSA 3OYNA 4CEEA 4KHSA 3QESA 1BQNA 4CEBA 4K8XA 3L2QA 1WSJA 3AO1A 1A5WA 4FW1A 4H4OA 5CZ1A 4PY5A 2HVHA 1F21A 3DM2A 5JS2A 4HUEA 3NGZA 2Y1IA 3THVA 3AA3A 2GBZA 3O3GA 1WLJA 4CEZA 3QEXA 4FK0A 4M3WA 1LWCA 4DQRA 3ZT4A 3IRXA 4ICLA 2HVIA 1BIZA 3OYGA 3VA0A 4FJJA 4BWJA 1C1BA 1RCHA 4CF1A 3NF6A 1TVRA 4FZXC 4B8AB 1IKVA 4CF0A 2XO7A 2GV9A 3MECA 3NAEA 4DTUA 1U49A 3IS9A 1REVA 5JS1A 4PWDA 2OZMA 1ZBFA 3HM9A 2Z1IA 5HP1A 4CEAA 1TGOA 4O44A 4W5OA 4RW6A 2HNYA 4CIFA 4EP4A 3QEWA 2YNFA 1WN7A 1RT6A 3SQ4A 3SPZA 1J54A 1S9EA 4CIEA 3LZJA 1DTQA 1NK6A 1C1CA 3SV3A 1VSDA 4KI4A 4DLGA 3A2FA 3DRPA 3MEEA 4IFYA 5C42A 4DU4A 1NOYA 1DTTA 4CGGA 2F8TA 3DLKA 2KFNA 3LZIA 4B9SA 4CFAA 3U3GA 3C94A 3V9XA 1JKHA 4B9TA 4F3OA 3ZSQA 1HPZA 2OPPA 5E41A 1LWEA 5FRMA 4FJMA 3KLFA 2KQ2A 4OPJA 4CJ4A 1FKOA 3VQAA 4M3TA 3RMBA 4CK3A 4FJ9A 2IC3A 1QHTA 1B9FA 4C8NA 4FLWA 4HUFA 1X9WA 4CF8A 3K5NA 2E6MA 1YT3A 4FJNA 3HO1A 2Z1JA 1J9AA 3C6TA 4CGHA 4CF9A 5D3GA 2YNHA 4CESA 1RT1A 2D0BA 4J2EA 2G8IA 5C25A 1HYVA 3B6PA 5HLFA 5HRRA 2DFHA 1CLQA 3HP9A 3OS2A 2AJQA 3TANA 2OYQA 3K5OA 3AVCA 1ASWA 3AVMA 4CEDA 4YFUA 2WOMA 1GOBA 3K2PA 1L3VA 3ZSYA 1U4BA 3C95A 3K58A 4FLZA 1ZBIA 3V9ZA 3VQ6A 2F96A 1FKPA 1BI4A 2OPRA 3KK1A 5HRPA 3JSMA 4KI6A 1RDBA 1EETA 3S3NA 2DY4A 2ZE2A 1NJZA 3WNHA 2OPQA 3BDPA 1VSKA 5K14A 3DLHA 3RR8A 1S1TA 1KSPA 4KHNA 4B9VA 1HNIA 2R7YA 4FLUA 4B3OA 4OVLA 1ITGA 2P51A 4O4GA 3OYMA 3KK3A 2RKIA 2XHBA 4F2RA 4M3XA 4O0JA 2HNDA 3DLRA 3VN5A 1D9FA 3CFPA 1YTUA 1NJXA 3AVLA 3LP1A 1LW2A 4CJKA 3OYLA 1NJYA 3KKSA 1NK5A 1U48A 3QEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DAWA 5AQUA 1UAXA 1RBRA 3OYKA 1OH5A 4M3UA 4IO8A 3O1WA 3HJFA 3GOIA 4F9OA 4UY8O 2QKBA 3HOTA 3WXIA 4HTUA 4E3SA 1HR0K 4DR5K 3FFIA 4EHUA 5AQQA 1GOAA 1RGIA 4EIAA 3OY9A 4E1MA 3K59A 5LMNK 4LH5A 1XNQK 4MFBA 5IT9O 5GIOA 3HPGA 4BRGA 4DR2K 4CJLA 4FJLA 1IBLK 1VQ9N 4FW2A 1ASUA 4YOWA 1QQCA 5M1KA 3RVCA 3R1XA 1BWFO 1SZ2A 4FOEA 4NCBA 2P9IA 2CGKA 2HW3A 4DSLA 4CZGA 1G99A 4ISFA 4YOVA 4BVPA 1CZAN 3ENBA 3QETA 3VENA 3NH2A 1MWMA 4B1ZA 4LF5K 3LAMA 3K5MA 3SJJA 4BQLA 4LFCK 3ZYYX 2YX6A 2NRRA 1SL1A 3HYFA 1N36K 3LWLA 4CEQA 2QM1A 1IBMK 3ENOA 1TK5A 1KFSA 1HNVA 3MMVA 2QWQA 4PHTX 1SKRA 3MWPA 3V81A 3CJ7A 1NGHA 2RN2A 2VGNA 3S3OA 3FLCO 2HMPA 4IXCA 1I39A 4DUYK 4WFNL 4K0KK 1K8KB 4X65K 4Z4GA 3QIPA 5J2QA 1WAFA 5EU7A 4HVJA 1ZXOA 2A3ZA 2ASPA 5KQDA 4O5BA 3AVGA 2P5OA 1C6VA 2HBJA 1BCMA 2HHUA 1Q8IA 1XWLA 2YJEA 1EXQA 4E89A 4AHSA 3ID8A 1G15A 1IJJA 3ASMA 3THYB 1JLGA 3D45A 3TI0A 1VQ4N 4LFAK 2ASMA 3OYDA 4Z0UA 2WONA 4DQSA 1QSLA 3F73A 4JKCA 3C7NA 3I0SA 4PL8A 1SKWA 4CZLA 3WEEA 4I6MA 2IDOA 3SAGA 1JXEA 1GLFO 4GMJB 5A2QO 4DSFA 1GLEG 2PY5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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