3O4NA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain in mes buffer ph 6.0
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
133
Chain Sequence
QIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPASKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords integrase
total genus 47
structure length 133
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4nA00
1UOCA 3M8RA 4DSFA 4DFJA 3CG7A 5KGWA 1UWBA 4CK1A 1HNIA 4CE9A 4E89A 1QSYA 4GMJB 1Z25A 3K59A 4CESA 3ZSXA 1FKOA 3PO5A 3HPOA 1NJXA 1JXBA 3S3MA 2RPIA 4DTMA 3K58A 4DQIA 1NK5A 5HP1A 1DTTA 1SV5A 5J2PA 4AILC 5JS2A 4XIUA 4HVJA 4BDYA 3ALYA 1J53A 1WN7A 1RTJA 2B4JA 3QINA 4KV8A 4CEFA 3MAQA 2HNDA 1VSEA 3AO1A 3VA3A 2XRIA 1TKTA 1S6PA 1RILA 3AA4A 3MEEA 4YNQA 4FJ5A 4DTJA 3F9KA 4M42A 2D5RA 1L3TA 1ZYQA 4W5TA 3QETA 1TK8A 2RKIA 2YKMA 4CCHA 1BIZA 1X9WA 4C8KA 1EP4A 3ZSVA 1N6QA 2KFZA 1LW2A 3DLEA 3ZT2A 4RW7A 1SKRA 3V9XA 4FZZA 1EX4A 3DRRA 3DRPA 4KTWA 3ZT3A 1JLEA 3SUPA 1WLJA 4KHQA 4FW2A 4HCBA 3LP0A 1BQMA 3VQ8A 2XHBA 3HL8A 2PYLA 4ZTFA 4Z4HA 3OYLA 2B5JA 2D0CA 3I0RA 4F4KA 3AVBA 2VWJA 1IG9A 1ASVA 4FZYA 1LV5A 2KQ2A 3SJJA 3AVJA 3HSTB 1ITGA 4NYFA 3NF8A 3VQ5A 1UAXA 1NKCA 3C6TA 1S5JA 2KZMA 1TL1A 4MFBA 1QSSA 3RMDA 4FJLA 3K5MA 1HJRA 1SUQA 2XO7A 3AVKA 3G0ZA 3JYTA 3WNEA 3CYMA 3E01A 4FM1A 3V4IA 3SUNA 2ZQBA 4B9VA 3KD1E 4CGHA 1LWEA 3MEDA 4R5PA 3V6DA 3WNGA 4BE1A 4FYDA 4M41A 4FLVA 4Z4EA 1JXEA 2YNGA 3LP1A 2WOMA 1RDDA 1S9EA 4E7LA 2OZMA 4DTSA 1RBTA 1S1UA 4B9NA 1D8YA 3V81A 2QKBA 1KVAA 1TKZA 4H4MA 1RTHA 2GBZA 3K5LA 3V1RA 3P5JA 4LSLA 4CFAA 5CZ2A 3HVRA 2DFEA 4M3TA 3NGIA 1X1PA 4FJ8A 2YV0X 4OGCA 3HVTA 1VK0A 3SV4A 3THVA 3AVAA 2KZZA 2HHXA 4Q5VA 3KD5E 3LZJA 4FJNA 1BCMA 2ETJA 4E19A 4JRPA 3IS9A 1YTAA 4DU4A 1RT2A 2HHTA 1VSHA 3OY9A 4B9UA 3M8PA 1C1AA 1HYVA 4CFCA 3S3NA 2FBTA 2OYQA 4F2SA 4E0DA 2G8IA 5C25A 3LPUA 4KREA 3TAGA 3SQ0A 3AA5X 4CJPA 1TAUA 3ZT1A 4CEZA 5SZTA 2HNZA 1QE1A 4CJLA 1U49A 1LWCA 2ZE2A 4DTUA 3L2RA 3FFIA 4CGGA 4LD0A 4H8KA 3NE6A 3AO4A 3DOKA 3TAFA 3OYGA 1BI4A 2KTQA 1QS4A 3ASMA 4JS5A 3SI6A 1JLFA 4Z4FA 2FC0A 4KKOA 3HP6A 4Z4IA 1NJWA 3WNHA 4CHZA 1NK9A 4IDKA 3DLHA 1SL0A 1Y97A 1KFSA 1YTUA 4NCGA 1U04A 2YNFA 4E7IA 1VSIA 4GW6A 1XI1A 4O44A 3PX0A 1XC9A 3SQ2A 5JS1A 4NCAA 1IKXA 1B92A 4FJXA 1D5AA 3SUOA 1NK6A 2E4LA 4B9MA 4LH5A 4IFVA 4HUGA 1EXQA 3QIPA 3KK3A 1JLCA 4PUOA 5I3UA 4DTNA 1NJYA 3QEXA 2G8HA 1HYSA 1DTQA 4ELUA 3NGYA 3P1GA 1NK7A 4JS4A 4CJ3A 3VQCA 3L2WA 3PUFA 3DRSA 2OPPA 1VSMA 3DI6A 5CYQA 1BI4B 3NCIA 3RWUA 4N76A 1HNVA 4DG1A 1L3SA 1RNHA 3C94A 3OYDA 4O5BA 1C0MA 3VA0A 4CJRA 1HYZA 2XY7A 4QCLA 2HHUA 3VQQA 2YNIA 3IAYA 1X9MA 4PWDA 5FDLA 3TR8A 2VWKA 3OYFA 1NK0A 4DQPA 2VG6A 1CZBA 1LAVA 1YT3A 1ZBFA 3HYFA 1LW0A 2HHVA 2E6LA 3MEGA 4H4OA 3VQAA 5KRSA 2W42A 3CQ8A 4DWIA 4E1MA 2Z1GA 3RMAA 1TGOA 3V9WA 4CEDA 4CIEA 1G15A 4AH9A 1BIUA 4FLYA 1K6YA 4DS4A 4C8LA 1U48A 1L3UA 2OZSA 3U3YA 4N56A 3EY1A 2QXFA 4DMNA 3QNOA 2G8UA 3KLEA 1CLQA 3SPYA 2GUIA 3U6FA 4RW9A 2QKKA 3D0PA 2NUBA 1VSKA 4AHVA 3OYMA 5SWMA 1U45A 1NKBA 1IKWA 2OPQA 3NAEA 3LDSA 1JLGA 2G8KA 3VQPA 1BQNA 3ZT0A 1JKHA 3AVCA 3NHGA 5C24A 2HMIA 4DFPA 4N5SA 3OYBA 4KI4A 3LANA 4DQSA 4F8RA 3TAMA 1RT4A 1QQCA 3VQ7A 1QHTA 2P1JA 3K2PA 4ICLA 5DK5A 1X9SA 3CM5A 3K5OA 3OS0A 3HO1A 3AVGA 1T7PA 3OYEA 3RR7A 1RDCA 5T7BA 5J2MA 1NK4A 4N41A 3CFRA 4DSJA 1BL3A 1WSGA 4BDPA 4KPYA 2G8FA 3AVNA 3VQ6A 4CGFA 1ASUA 2QK9A 2HVHA 4G1QA 3T3FA 2PYJA 1WSJA 4FXDA 5FRNA 2LSNA 2HNYA 4KO0A 1TKXA 3PY8A 2P5OA 4DU3A 1C1BA 5HRPA 1XHXA 1JL1A 3KLFA 1ASWA 4FCYA 3L2UA 2F8SA 1KLMA 4RW8A 2FBYA 3DMJA 4CHYA 4OKKA 1S1WA 2YKNA 4DTXA 4Z4CA 4DTPA 4F3OA 3ZSQA 4O4GA 2HW3A 3DLRA 3RMCA 4J2AA 1S1XA 2KW4A 1C0TA 4CIFA 3VN5A 2X78A 1J5OA 4CIGA 3HXMA 5J2QA 4DSIA 3SV3A 1U4BA 3OYHA 1LWFA 4E7JA 3KKRA 1Z26A 4I2QA 2G8VA 2ATQA 4FK2A 4KHWA 4OKEA 4CEAA 1A5VA 1CXUA 4HCCA 4DQRA 4ID5A 1FXXA 4CERA 4DLGA 3B6OA 5J2NA 3OJUA 2B6AA 4BDZA 1UA0A 4KAZA 1VRUA 1RBRA 4CGIA 1LAWA 1NK8A 1I3AA 3QIOA 3EZ5A 3MXMA 3KIOA 4FJGA 4LH4A 5KI6A 3MXJA 2O4GA 4KHSA 1MU2A 4IG3A 4KI6A 4CJKA 4QOZB 1KSPA 4ELVA 4BE0A 1BISA 4AHUA 1BCOA 3IG1A 2OPRA 1WSFA 3DM2A 4FLZA 4FJMA 4FLWA 4L8RB 2JLEA 1HQUA 2ZD1A 3ZSOA 3S9HA 1WSEA 2E6MA 4KHNA 3K57A 3IRXA 4DS5A 3DYAA 3LAMA 2DFFA 4O0JA 5I42A 1R0AA 3P83D 4QAGA 2DTUA 4IG0A 1JL2A 4JRQA 3RR8A 4CEBA 2O4IA 3M8SA 2IOCA 1SKSA 4KHYA 4CJQA 4FM2A 3SCXA 3PO4A 3G10A 4AHSA 3NDKA 4FZXC 3OYAA 3BGRA 4F3TA 4HUFA 3DLKA 2BANA 1D9DA 2PZSA 1HMVA 3NF6A 3AVMA 2F8TA 2HHQA 4CJEA 4NYNA 3O3HA 4DTOA 4LY7A 4C8OA 4FLUA 3RRHA 3NF9A 3HP9A 3O4NA 4IFYA 4RG8A 3RTVA 1JLAA 3L2VA 4CJ4A 2IS3A 3C95A 2EHGA 4W5RA 2JGUA 4CF1A 1Q9XA 3VQ9A 3T1AA 3QEPA 2G8WA 3HPGA 3DLGA 5HLFA 4BE2A 3LWLA 3QERA 4DQQA 2Z1HA 1TV6A 4OPKA 4YFUA 3ZSZA 4BWMA 4CGJA 2A1SA 1TK5A 4CF0A 5KRTA 1TKDA 1REVA 3SQ1A 3TAQA 1RDAA 4I9LA 4J2DA 1VSFA 3CFOA 1XHZA 4M3YA 3HK2A 3L3VA 4RW6A 1RT3A 4CF2A 3TARA 4BWJA 4DF8A 1T8EA 3QEIA 3OVNA 4CK2A 3DOLA 3VQBA 5C42A 3VQ4A 3ZSRA 1RT7A 1C6VA 3I8DA 4I9QA 2XY5A 1B9DA 1S9GA 4N47A 3NFAA 2XY6A 4Y1CA 3K5NA 3SQ4A 4WE1A 5CZ1A 3AVLA 1HQEA 4EZ9A 4B8AB 4E7HA 4CEOA 3NF7A 3OYNA 4HHTA 4FLTA 3MECA 4DU1A 4I7FA 1A5XA 4M3ZA 1RBSA 5KGXA 4CECA 3UIQA 1T03A 4OLAA 4E7KA 4KRFA 1SKWA 2YHBA 3PX4A 3RRGA 3QEWA 2HVIA 4LSNA 4OJRA 1GOAA 3HPHA 4CK3A 4CEQA 3QESA 3OS2A 4FLXA 5HBMA 1U47A 1VSDA 4ZTJA 2GV9A 4HUEA 5HROA 2X74A 1QSLA 4FK4A 1RCHA 4DF4A 5EU7A 2BGGA 2VG5A 4FK0A 3C6UA 3TI0A 3AVHA 4O0IA 1L5UA 1D9FA 4DFKA 1JLBA 2IAJA 1IH7A 3M8QA 3ZCMA 3QNNA 3JSMA 4CJ5A 3EYZA 4K8XA 4FJ7A 3KLGA 3SYZA 4K8ZA 2HHSA 3VQDA 1I39A 3LALA 3OYJA 1WAJA 2P5GA 3KK2A 1VSLA 3D45A 3H08A 3V1QA 4EZ6A 1KVCA 4CJUA 3TWHA 3O3FA 1N5YA 1W9HA 2F96A 4PQUA 4I2PA 3AVFA 2P51A 3S3OA 2IC3A 4FJIA 1J54A 1RT5A 3L3UA 5FROA 3TAPA 4NCBA 3LZIA 1A5WA 1IKYA 3NH0A 1IKVA 2YNHA 1CXQA 2FBXA 3ZSWA 1RBUA 3QLHA 4OGEA 4OVLA 2AJQA 1RT1A 1WSHA 3OYKA 4FW1A 4B8CA 4FJJA 2IDOA 2R7YA 4CJFA 1CZ9A 1BHLA 5E41A 1RBVA 2RF2A 3I0SA 4HTUA 1TVRA 1YVUA 3KKSA 4IBNA 2YHAA 4AHRA 4PY5A 1O1WA 3V9UA 3TABA 1S6QA 1S1VA 1DLOA 2Y1IA 4O55A 1WNSA 3OS1A 2BE2A 4CF8A 1UA1A 1HRHA 4M3WA 4DSLA 3KLHA 2Q3SA 1C1CA 4M3XA 3QO9A 2IGIA 1ZBIA 4E1NA 3LPTA 1KLNA 2BDPA 5DMRA 1ZBHA 1Q8IA 3B6PA 4OPJA 3L2QA 3TANA 4CF9A 4FJKA 1W0HA 3CM6A 3KLIA 3CFPA 4JLHA 4M3RA 1FK9A 4KTZA 3RMBA 5HRRA 1J9AA 2HB5A 2XY8A 3NGZA 4Y1DA 3V9ZA 3QEVA 4ZHRA 1L3VA 4BACA 3ISNC 4J2EA 3AO3A 3F73A 4CHPA 3V9SA 1KVBA 1EETA 4Q0BA 4RW4A 5HRNA 4B08A 1B9FA 3T19A 3OYCA 4ELTA 2X6SA 3ULDA 4CJSA 1BGXT 1GOBA 4ID1A 3AA2A 4UQGA 4KB0A 3SPZA 4J2BA 4FJ9A 4AHCA 1KRPA 1SL2A 4CJTA 1NJZA 2EX3A 3HJFA 3AVIA 1TAQA 3HT3A 3KJVA 2DFHA 3AA3A 4DTRA 3V1OA 5D3GA 4M45A 4DSEA 4W5NA 1HPZA 3LAKA 1SL1A 4EP5A 1GOCA 3AO5A 5CY4A 4CHOA 3AV9A 4DSKA 4KTQA 4KHUA 4Z4GA 2HHWA 3U3GA 2DY4A 4B9LA 3NH1A 1JLQA 4CFBA 4FJHA 3NH2A 4CHNA 2Y1JA 1Q9YA 1WSIA 3LP2A 4CGDA 4F2RA 5CYMA 4MQ3A 1RTIA 5K14A 1NOZA 3MXIA 4DLEA 1FKPA 4CEEA 4B9TA 1TL3A 4PA1A 1XWLA 1EKEA 1RT6A 4OKJA 1F21A 3ITHA 1KCFA 3LP3A 1QTMA 3TAEA 5HRSA 3OJSA 3O4QA 1NKEA 1NOYA 3OYIA 4E3SA 3DLBA 4OLBA 4CHQA 2X6NA 1VSJA 2Z1IA 1TK0A 3KK1A 1T05A 1IO2A 4CJVA 5KTQA 3PX6A 4B9SA 1ZBLA 4IKFA 4AHTA 2FBVA 1C0UA 4W5QA 4Z0UA 1S1TA 4FM0A 4C8NA 2OA8A 4KFBA 1RTDA 1WAFA 3ZSYA 2PY5A 2OPSA 3A2FA 2A1RA 2D0AA 2WONA 3SNNA 1ZBUA 3NBPA 3AO2A 3LWMA 3PV8A 2RN2A 3BDPA 4W5OA 1KTQA 3SUQA 2VG7A 5J1EA 4CFDA 3HM9A 4CJWA 4TSXA 4KB1A 3ZT4A 5FRMA 4B3OA 2I5JA 3VQEA 4C8MA 1VRTA 3WNFA 3KTQA 4FVMA 3L8BA 3O3GA 4DFMA 4EP4A 2Z1JA 4GVMA 1KFDA 4M3UA 2KFNA 1RDBA 2ITGA 2D0BA 3SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCLN 1QSYA 2O8FB 4GMJB 1X3NA 3K59A 4OO1J 1IBMK 3ZSXA 3P39A 4M63C 3ID8A 2QWNA 3KK7A 3K58A 1SV5A 5J2PA 1Z6RA 5JVHL 1J53A 1WN7A 1RTJA 2B4JA 1S22A 3QINA 2HNDA 3Q7BA 4JAXA 4WQ4A 3CCEN 5LMNK 4M42A 2D5RA 5F1XA 2NRTA 4W5TA 2RKIA 1BIZA 1X9WA 2ASPA 3JXUA 4DKWA 3DLEA 3RSEB 2V52B 5M1NA 3SUPA 4BR5A 3DRPA 5AQJA 4FW2A 3LP0A 1BQMA 4ILJA 5KQ8A 2DPNA 2PYLA 2QWQA 1YJNN 2B5JA 5AJ3K 3I0RA 1IG9A 1ASVA 1XMQK 4YDUC 4JK8A 2QW9A 4FJLA 3K5MA 3WNEA 2QM1A 5M1QA 2IVOA 1LWEA 4R5PA 3V6DA 4BE1A 4FLVA 1JXEA 1S9EA 4H0PA 4M7XA 4DHYA 4IDHA 3V81A 4X65K 1KVAA 4B1UB 2HBJA 3O5BA 3VEXA 4WCEL 3K5LA 4JI3K 2DFEA 5EX5A 2YV0X 3HVTA 1BU6O 3H6EA 3THVA 2QA4N 2KZZA 4JRPA 2ETJA 4IOCL 3IS9A 3M8PA 2G8IA 4E0DA 5C25A 3TAGA 3U8XA 4MLEA 5AQWA 1TAUA 3ZT1A 2E1YA 1QZ5A 4CJLA 2YJFA 3VEYA 4EIAA 4KH6A 3OYGA 1BI4A 3A5MC 4Z4FA 5LJWA 4JNEA 5HL7L 5GAHP 1SL0A 4IOAL 1YTUA 5TKYA 1U04A 2P9KB 1XI1A 3GL1A 4FJXA 1KD1O 1D5AA 1NK6A 3AGRA 4LH5A 1EXQA 3QIPA 3O1BA 3KK3A 5I3UA 2P9NA 1T44A 1NGFA 3CC7N 3MX2A 3VMFB 3P1GA 4CBUA 4B1XB 3NCIA 3RWUA 1BI4B 4DB3A 4DV0K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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