3O4NA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain in mes buffer ph 6.0
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
133
Chain Sequence
QIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPASKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords integrase
total genus 47
structure length 133
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4nA00
3DLKA 1HNVA 4DMNA 3CM6A 4FZZA 4KHYA 4F3OA 1ASVA 3D45A 1NJWA 1T8EA 2HHVA 4W5NA 4H8KA 1IKXA 4DTUA 1BI4A 4JLHA 2QKKA 4FLUA 1U49A 3RWUA 4OGCA 4CJTA 4DTNA 2G8HA 3LALA 1TK0A 2RN2A 4ZHRA 1TL1A 1J9AA 4AHCA 4Z4HA 3AA2A 5E41A 3CFRA 4FJIA 3QIOA 4KRFA 4NYNA 3IS9A 1SL0A 4N56A 3TAEA 4DTRA 2HHSA 3VQCA 4CFCA 4DTPA 1NK8A 4M3XA 1C1AA 1N5YA 2QXFA 3LPTA 3NH0A 2XY8A 3V9WA 4E3SA 3RRGA 4F2SA 4F3TA 1LW2A 1BIZA 4CJWA 1CXUA 4FLWA 3QNNA 2VWJA 4M3TA 4W5TA 1TKXA 1JLQA 2IDOA 3PX4A 4OLBA 4XIUA 4H4MA 2HNYA 4GW6A 4MQ3A 2R7YA 4LSLA 2VG7A 3NF9A 2AJQA 4TSXA 5FRMA 4E7HA 2ZQBA 4PQUA 4BACA 4FJLA 3CM5A 4C8KA 4KI4A 3D0PA 1VSEA 3KKSA 3ZT3A 4KREA 3O4QA 4IFYA 3TAPA 3NBPA 4DFKA 1RT4A 1RT1A 4CEDA 4CEZA 3SJJA 1CXQA 4ICLA 3LP0A 3DRPA 1S1VA 3KTQA 4CEAA 3O3FA 4CFAA 1LWCA 4FW1A 4AHTA 2FBXA 1QTMA 4NYFA 4O44A 4CIGA 2HW3A 3HVTA 3WNFA 1S9EA 3M8RA 3HM9A 2XY7A 4AILC 3CFPA 4B9SA 1UWBA 2FBYA 3OY9A 2E6MA 5D3GA 2D0BA 1WSHA 3U6FA 1C1CA 3QESA 3AA3A 4CJQA 4Z0UA 4PUOA 5FROA 2YNGA 3NFAA 5CZ2A 3QLHA 3KLHA 3SV3A 1YTUA 4RG8A 2XY5A 2KZZA 3RMBA 2BDPA 4FK2A 1C0UA 4ID1A 2HVHA 3PUFA 2FC0A 3ZT4A 3K59A 3KD5E 1Z26A 2HVIA 1LAWA 4CHYA 4N47A 4CJ5A 1L3TA 4Q0BA 2YHBA 1NK5A 4QCLA 4RW9A 4FJ7A 3K5NA 1TK5A 4DQSA 4FJ8A 1IH7A 3AV9A 3HYFA 1BIUA 4CK2A 3TAQA 5CYMA 1SKRA 4KB0A 1S1TA 1WSJA 1EXQA 3V9XA 3NCIA 1WSGA 1LAVA 5JS1A 4KAZA 4W5RA 4FJ5A 4W5OA 4HCCA 4I9QA 2NUBA 1RTHA 4FM1A 1IKYA 3M8PA 4CEFA 1K6YA 4LH4A 3I0RA 3AO5A 3VA0A 3OS1A 4K8ZA 3OJUA 4HCBA 4UQGA 3NH1A 3P5JA 2A1SA 4B9MA 1U48A 1G15A 4AH9A 3QEPA 3ALYA 3OYNA 1CLQA 4Y1DA 1SV5A 2X6SA 3QERA 3WNGA 2HMIA 4DLGA 4M3ZA 2E4LA 3C94A 4O5BA 4B08A 4E7IA 1L3VA 1DTTA 2Q3SA 3KIOA 4KO0A 1NK7A 4DS5A 3VN5A 5DK5A 3TWHA 2PYJA 4DU4A 1JXEA 3KLGA 1N6QA 1S1WA 3DOKA 1RTIA 2OYQA 4CHNA 4EZ6A 3LAMA 3C6UA 1B9DA 4OGEA 4CF0A 4DSLA 2O4IA 3TAMA 3VQAA 4QOZB 1HJRA 4PA1A 3EYZA 2YV0X 1J54A 4CJVA 4Z4EA 2EHGA 3IG1A 4Z4CA 1RCHA 1RT5A 2D0CA 3M8SA 3LP3A 1W0HA 4JRQA 3AVJA 1LWFA 1VSIA 2WOMA 4CEQA 4CFDA 1LV5A 1JL1A 5DMRA 4KHSA 2BE2A 1U04A 4DG1A 3K58A 1X9MA 4M3UA 1QSLA 3S3OA 4CJEA 4CJSA 3AO4A 2PY5A 4CGGA 1TAUA 3C95A 1B92A 5FDLA 3L2RA 3L2WA 3SYZA 4DU1A 1KLNA 4N5SA 4B9UA 3RMCA 4KHQA 2F8TA 4CHOA 1ZBLA 1DTQA 3MEGA 3NF6A 4C8MA 3B6OA 4J2BA 2DTUA 1BI4B 4HHTA 1UA0A 3HK2A 4KKOA 3WNHA 4FZYA 5C25A 3HL8A 1SL1A 1TK8A 1BCOA 4B3OA 4FYDA 1HYSA 2HHWA 3DRSA 3S3MA 1QHTA 1RBVA 4H4OA 4M3RA 4DSIA 1ZBUA 1IKWA 1HYVA 1C6VA 3O4NA 1IO2A 3NGIA 4FM2A 4FJNA 2DFHA 4FLXA 3LANA 3OJSA 4DTXA 4CHZA 1RNHA 1TVRA 3ZT1A 4FJMA 1TGOA 3V9SA 1R0AA 4E0DA 4KHNA 3U3GA 1RILA 1YT3A 2X74A 1S1XA 4CGFA 3KD1E 3CQ8A 4FW2A 3MAQA 4ZTJA 2ZD1A 4FJ9A 3SQ0A 2OPPA 3KK3A 2A1RA 4NCGA 4E1MA 1S9GA 4RW7A 1C0TA 3V1QA 4FM0A 1L3SA 2PZSA 2KFZA 4C8OA 1VSLA 3NDKA 4BDPA 3O3HA 4DTMA 1BGXT 4BWJA 1WSFA 2OA8A 4OVLA 1A5VA 2KTQA 1CZBA 5HRNA 5EU7A 3HPOA 4FLTA 4B9VA 1HPZA 1LWEA 3AA4A 4RW4A 4CF1A 3RTVA 3ZSZA 4DF8A 4IG0A 1WAFA 3K5MA 2B5JA 3ZSQA 4FK0A 4ELTA 2F8SA 1RTDA 3DM2A 4AHVA 4M41A 2KZMA 2D5RA 1BQMA 3VQ5A 1VRUA 4CF8A 4F4KA 1VSMA 4CJ4A 2E6LA 4AHRA 1X9SA 2HNZA 3OYCA 2HHTA 3V9ZA 4C8LA 4KI6A 4FJGA 4FK4A 3RMAA 2VG6A 3FFIA 1JLFA 1UAXA 2WONA 3VQEA 4MFBA 4I9LA 3NHGA 3AO3A 1JLCA 3NGYA 4E7JA 3P83D 3SUPA 1T03A 4DSKA 1GOAA 4GMJB 3PO4A 5CY4A 3OYHA 1ZBFA 2JLEA 1HQEA 4YFUA 2OZSA 3IAYA 4DQPA 4DSJA 4CERA 4ELVA 2KFNA 2IC3A 4L8RB 3L3UA 1VK0A 3ZT2A 4OPKA 1VSKA 1O1WA 3NE6A 2IOCA 3SZ2A 4M3YA 2HHXA 1SKSA 1NKCA 4AHSA 3DMJA 5SWMA 1XHXA 3E01A 1GOCA 4DQIA 4PY5A 1FXXA 1MU2A 1Q8IA 3KLIA 3K5LA 2HHUA 3MXJA 1U4BA 4OKEA 3PY8A 1REVA 1YTAA 4CK1A 4OKJA 1Y97A 3O3GA 1DLOA 2X78A 3QO9A 2DY4A 3DLBA 1B9FA 3AVMA 1A5XA 3T1AA 4CJFA 3OYKA 3V9UA 3RMDA 4N76A 4Z4FA 1KVAA 3HP6A 4DLEA 4Y1CA 1Z25A 4IFVA 3T19A 3EZ5A 3M8QA 3NH2A 3RR7A 3KJVA 3K57A 3S3NA 3AA5X 3AVFA 1KRPA 3KLFA 1C0MA 3VQ6A 4CEOA 3JYTA 4E7LA 1CZ9A 3DLRA 4CFBA 1T05A 3SPZA 3SCXA 1RBTA 4DSEA 3U3YA 4KTQA 1XWLA 1FK9A 3AVGA 2QKBA 3HJFA 5T7BA 2VG5A 2KW4A 3PO5A 3HXMA 3V1OA 2KQ2A 5J2MA 1X9WA 1D8YA 4JRPA 2OPSA 4J2EA 4DSFA 3VQBA 4DQRA 4CF2A 1TKZA 4FLYA 1I39A 1Q9XA 4Z4IA 4B9NA 4I2PA 4I7FA 4DS4A 3T3FA 1ZYQA 4FLVA 1HNIA 3TARA 1JXBA 1IG9A 3THVA 4BE2A 5J2QA 4QAGA 4OPJA 4KV8A 4DF4A 4M45A 4EP4A 4FVMA 3QEXA 3OYJA 3PX0A 3AVHA 3V4IA 1RBRA 2FBVA 2YNIA 3OYMA 3L2VA 1WSIA 1RDCA 3TABA 3KK2A 2GUIA 4CHQA 3LWLA 3TAFA 1TKDA 4EP5A 1L3UA 1JLEA 2EX3A 2HNDA 2G8VA 2XRIA 1BCMA 4AHUA 4KTWA 4JS5A 3DLEA 3SV4A 1KTQA 4FJXA 3ITHA 4KPYA 4CJKA 4DTSA 2B6AA 1NK9A 4O0IA 5KRSA 3ULDA 4RW6A 4CGDA 4DWIA 4FZXC 3ZSYA 3MEEA 5HRRA 3IRXA 3QIPA 3QEIA 2BANA 2YHAA 3QEVA 4F2RA 2HHQA 4HUFA 3VA3A 4FJJA 3L2QA 1NK4A 4J2AA 4LH5A 3NF8A 1VSHA 3A2FA 5HLFA 1NOZA 4CIFA 4E19A 3AVAA 3TAGA 3V6DA 3DI6A 3SI6A 3WNEA 2G8KA 2VWKA 3JSMA 4DTOA 3ASMA 2ETJA 2OZMA 2GBZA 1RT7A 1U47A 4CJPA 4J2DA 1EX4A 4CE9A 5KRTA 4E89A 2YKMA 2ZE2A 3NF7A 4FJKA 1KLMA 3AVLA 1KCFA 2RF2A 1IKVA 2GV9A 4FLZA 3AVNA 2ATQA 2W42A 2XHBA 1T7PA 3G0ZA 3HP9A 3DRRA 2RPIA 3I0SA 2XO7A 3LZJA 3K5OA 3LZIA 3CYMA 4LSNA 3NGZA 3LP1A 4OKKA 4YNQA 3ZSVA 1NKBA 3LPUA 1KFDA 3AVCA 2P5OA 3H08A 4C8NA 3S9HA 2QK9A 4GVMA 3K2PA 1WAJA 2Y1JA 3PV8A 1FKOA 3TR8A 5HBMA 2P5GA 5SZTA 1BL3A 3MXIA 2G8UA 4OJRA 1X1PA 1I3AA 4RW8A 3SNNA 3OS2A 1LW0A 1KVBA 3MEDA 5JS2A 1KVCA 3F9KA 3OYAA 3TANA 4N41A 4FXDA 1BHLA 4FCYA 1S6QA 2PYLA 1NOYA 3KK1A 4LD0A 3RR8A 1RDDA 5J1EA 3I8DA 2RKIA 4DTJA 4DFPA 3BGRA 1D9FA 1KFSA 2BGGA 4OLAA 2Z1JA 3HSTB 3SUOA 1JLBA 1XC9A 1S5JA 2Z1GA 4CEBA 1TV6A 2IGIA 1TL3A 1WSEA 2OPRA 3CFOA 5K14A 4BWMA 1NJXA 1SKWA 1D9DA 1Q9YA 3DLHA 1UOCA 4CK3A 1FKPA 1VSFA 2G8WA 4KB1A 1QQCA 2IAJA 2P1JA 4DFMA 4CJUA 1RT6A 2Z1IA 5HROA 3VQQA 2YNFA 2HB5A 3ISNC 1S1UA 3LDSA 1SUQA 4IG3A 4KTZA 2FBTA 2G8FA 3BDPA 4CIEA 1XHZA 1JLGA 1ZBHA 5HRSA 4CESA 4R5PA 3CG7A 3PX6A 2Z1HA 3DOLA 3OVNA 4FJHA 4NCAA 1W9HA 4KFBA 2YNHA 4HUGA 1NK0A 2YKNA 3OYGA 2XY6A 4LY7A 1TAQA 1EP4A 3SUQA 1EETA 3L3VA 5CZ1A 4KHUA 2G8IA 2OPQA 1VSJA 4PWDA 4HTUA 3KLEA 3G10A 1JLAA 3OYEA 3DLGA 1VSDA 3SUNA 1SL2A 1QSSA 3SQ2A 1J53A 3F73A 1EKEA 1YVUA 1A5WA 4IDKA 2O4GA 3VQ9A 3OYBA 1J5OA 5KI6A 3B6PA 3HT3A 3UIQA 3EY1A 3OYIA 4CEEA 3OS0A 1U45A 1NJYA 4ZTFA 1F21A 3MECA 5C42A 4BE1A 4BE0A 2B4JA 3VQPA 3TI0A 4NCBA 4KHWA 1GOBA 1VRTA 1BISA 3HPGA 3SPYA 1ASUA 1JKHA 1QSYA 3HO1A 3OYFA 1RBUA 4CECA 4CF9A 3L8BA 1ASWA 3QETA 3V81A 3VQ4A 5C24A 3VQ7A 4K8XA 4DQQA 1QE1A 4F8RA 4IKFA 3ZT0A 2ITGA 3ZSWA 1ITGA 5KGWA 1L5UA 3LWMA 1BQNA 4G1QA 1ZBIA 3AVKA 3AVIA 1RTJA 4DFJA 2JGUA 3L2UA 2X6NA 1RBSA 3HPHA 4CCHA 4B9LA 1HQUA 1WN7A 5J2NA 5FRNA 3RRHA 3ZSOA 3V1RA 4BDZA 2DFFA 1C1BA 5HRPA 4CJLA 4CGHA 3NAEA 5KGXA 5CYQA 3SQ1A 3SQ4A 1QS4A 4CJ3A 4CHPA 3AO2A 4EZ9A 4DU3A 4ID5A 4CGIA 4HUEA 4HVJA 4M42A 4Z4GA 4O0JA 1KSPA 2F96A 4WE1A 4CGJA 4W5QA 2Y1IA 1UA1A 1HMVA 2D0AA 4B8AB 4O4GA 3QNOA 5KTQA 1S6PA 1RDBA 4IBNA 1XI1A 3KKRA 4B8CA 1HYZA 1TKTA 1JL2A 2LSNA 4O55A 3VQDA 1NKEA 4E7KA 3VQ8A 3QEWA 4E1NA 3OYLA 1WNSA 5HP1A 3QINA 1NJZA 3P1GA 3ZSXA 2I5JA 3AVBA 3AO1A 4JS4A 3MXMA 4BDYA 2DFEA 1WLJA 3LAKA 4CJRA 3ZCMA 4ELUA 2P51A 1NK6A 3ZSRA 4M3WA 5I42A 1RT2A 3HVRA 1RDAA 3DYAA 5I3UA 4B9TA 4Q5VA 1D5AA 3C6TA 5J2PA 3LP2A 1RT3A 1HRHA 3OYDA 4I2QA 2IS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DMNA 4DQ8A 4KHYA 3OHRA 1S22A 5AQJA 1T8EA 3K9KA 3QFPA 4H8KA 1BI4A 1U49A 4DTNA 1BU6O 1FJGK 1KD1O 4JKEA 1J9AA 3AA2A 3CFRA 4CFCA 3A0IX 1C1AA 3O8MA 4FWKA 2VYPA 3RRGA 2PFUA 1LW2A 3DXMB 5AQWA 4FLWA 3J80O 5BPMA 4W5TA 4IEIA 3PX4A 4LFBK 3CCSN 2YHWA 5AQPA 2O8DA 3F9MA 3IMXA 5FRMA 4PQUA 1SQKA 3KKSA 4KREA 3O4QA 3TAPA 3NBPA 3GDQA 4DFKA 1RT1A 4CEDA 3SJJA 4ICLA 3LP0A 1R59O 1K73O 4NYFA 3CFPA 4BRKA 3VERA 3QESA 1T6CA 5FROA 4DV1K 3SV3A 3RMBA 3ID8A 1C0UA 4A2BA 1EWRA 4H0OA 3ZT4A 3KD5E 1L3TA 3ULEB 4Q0BA 2NLXA 3QICA 1J5EK 3K5NA 1ZBSA 4I6MA 4KB0A 1WSJA 3WT0A 1EXQA 3CCMN 2AP1A 4W5RA 5JMVA 3HZ6A 4HCCA 4BR5A 1RTHA 1IKYA 1ZXOA 4CEFA 4ILGB 2JWLA 2A1SA 1U48A 1G15A 4AH9A 4FOEA 4IDHA 4Y1DA 2X6SA 3WNGA 1GLAG 3VGLA 4JI6K 2Q3SA 1NK7A 1NBWA 3A8YA 4DS5A 2E2OA 4EAHD 1N6QA 3G71N 3SBGA 3T1HK 2YX6A 4DSLA 1HJRA 3ZEUA 4Z4EA 2D0CA 1RT5A 1LWFA 1VSIA 2VGMA 5AR0A 4CD1A 4CFDA 3L6QA 5DMRA 2ASPA 2W6LA 3U8XA 3QDKA 4K0KK 3EKUA 4CJSA 2PY5A 5JLHA 3C95A 5FDLA 2UXBK 4DU1A 4B9UA 2A40A 4J2BA 1BI4B 3GE1A 3O6WA 3WNHA 3VGMA 5C25A 1TK8A 1OH5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DMN A;  4DQ8 A;  4KHY A;  3OHR A;  1S22 A;  5AQJ A;  1T8E A;  3K9K A;  3QFP A;  4H8K A;  1BI4 A;  1U49 A;  4DTN A;  1BU6 O;  1FJG K;  1KD1 O;  4JKE A;  1J9A A;  3AA2 A;  3CFR A;  4CFC A;  3A0I X;  1C1A A;  3O8M A;  4FWK A;  2VYP A;  3RRG A;  2PFU A;  1LW2 A;  3DXM B;  5AQW A;  4FLW A;  3J80 O;  5BPM A;  4W5T A;  4IEI A;  3PX4 A;  4LFB K;  3CCS N;  2YHW A;  5AQP A;  2O8D A;  3F9M A;  3IMX A;  5FRM A;  4PQU A;  1SQK A;  3KKS A;  4KRE A;  3O4Q A;  3TAP A;  3NBP A;  3GDQ A;  4DFK A;  1RT1 A;  4CED A;  3SJJ A;  4ICL A;  3LP0 A;  1R59 O;  1K73 O;  4NYF A;  3CFP A;  4BRK A;  3VER A;  3QES A;  1T6C A;  5FRO A;  4DV1 K;  3SV3 A;  3RMB A;  3ID8 A;  1C0U A;  4A2B A;  1EWR A;  4H0O A;  3ZT4 A;  3KD5 E;  1L3T A;  3ULE B;  4Q0B A;  2NLX A;  3QIC A;  1J5E K;  3K5N A;  1ZBS A;  4I6M A;  4KB0 A;  1WSJ A;  3WT0 A;  1EXQ A;  3CCM N;  2AP1 A;  4W5R A;  5JMV A;  3HZ6 A;  4HCC A;  4BR5 A;  1RTH A;  1IKY A;  1ZXO A;  4CEF A;  4ILG B;  2JWL A;  2A1S A;  1U48 A;  1G15 A;  4AH9 A;  4FOE A;  4IDH A;  4Y1D A;  2X6S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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