The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
121
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structure length |
121
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAWRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| total genus |
34
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| structure length |
121
|
| sequence length |
121
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EE8 A; 3KWI A; 3F5T A; 3P38 A; 3O9R A; 3RVC A; 3KWG A; 3O9U A; 2GX9 A; 3L4Q A; 4OPA A; 3OA9 A; 2RHK A; 3D6R A; 4OPH A; 2KKZ A; 3O9S A; 3M5R A; 3P31 A; 3O9Q A; 3P39 A; 3O9T A; 3EE9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IVP A; 4AH9 A; 4I6M A; 2OPQ A; 3BF1 A; 4FJK A; 2Q97 A; 1B9D A; 4J2E A; 2G8U A; 2HND A; 4DU4 A; 2OA8 A; 4IJA A; 2DY4 A; 4KI4 A; 4JLH A; 1W9H A; 2XY8 A; 4YOY A; 1WBB A; 5FRN A; 1IKW A; 3TTD A; 3OYC A; 1HRH A; 4FWO A; 3ZLJ A; 4CGG A; 2KHO A; 4W5T A; 1EQY A; 4RCH A; 5AQG A; 3LAM A; 4FOI A; 3EL2 A; 3T69 A; 3ZSR A; 3BY5 A; 3QEX A; 4CCH A; 1J5O A; 4C1N K; 1L3V A; 1HYV A; 1J5E K; 2KW4 A; 4HHT A; 3AVF A; 4WQ4 C; 5IWA K; 4FM2 A; 2UYT A; 3NH2 A; 4KI6 A; 3CYM A; 3J80 O; 2ZJP L; 2QWR A; 3E01 A; 4FJH A; 3NF8 A; 4M7Y A; 4CFB A; 3KK3 A; 4CJK A; 1Q8I A; 1NKE A; 3SUN A; 4FM1 A; 3SAF A; 3MX5 A; 2G8V A; 3D7E O; 3SMP A; 4DHY A; 3ZEU A; 4FJJ A; 4LD0 A; 5AQR A; 3O08 A; 3SQ0 A; 2VWB A; 2X6S A; 1C6V A; 1G99 A; 4PL7 A; 1YTA A; 4OX9 K; 5JS2 A; 2V52 B; 1Z6R A; 5AQZ A; 4C8M A; 4Z4F A; 4EP5 A; 3PUF A; 2E2N A; 1VQM N; 4CK2 A; 4BRK A; 1CZ9 A; 4OVL A; 1EP4 A; 4B3O A; 3KK2 A; 3ZYY X; 3G25 A; 4LF9 K; 4B9S A; 4Z4C A; 3MAQ A; 2OTL N; 5M1O A; 4E1M A; 2KTQ A; 1Z25 A; 1HNX K; 4KHS A; 2P9P A; 2NUB A; 4WFA L; 1VQ4 N; 3ISN C; 3CM5 A; 4KTW A; 4BC5 A; 3LDS A; 4DV6 K; 1RDD A; 3AVB A; 1X9W A; 4W5O A; 3LAN A; 5CZ2 A; 4F3T A; 4WE1 A; 4FZX C; 1NWK A; 3MN7 A; 1UA1 A; 1XNR K; 4KPY A; 3L2U A; 4FWN A; 3DLL L; 3OVN A; 1QS4 A; 4DLE A; 3KLF A; 4LC9 B; 4KHQ A; 4DKW A; 4KV8 A; 2BH1 A; 2HMI A; 2HOE A; 3TTF A; 5CZ1 A; 3U3G A; 1SZ2 A; 2D0B A; 2ZWH A; 4H0Y B; 4ISF A; 3QEV A; 1VQ7 N; 5CY4 A; 2AA4 A; 2O8E A; 4LSL A; 2IDO A; 4RTF D; 4FWP A; 1HNI A; 5AJ3 K; 2OZS A; 4CGF A; 3UKR A; 4CZG A; 4OPJ A; 3D2F B; 2P9L A; 2HF4 A; 3VQQ A; 4CE9 A; 2VG6 A; 4WF9 L; 2FXU A; 4HWI A; 4JS5 A; 4DLG A; 1HNV A; 4FK4 A; 3LZI A; 1NGH A; 5C2D A; 1N5Y A; 3S3M A; 4DV4 K; 3UKU B; 1TKZ A; 2ASP A; 1MDU B; 2YHB A; 4CZI A; 4QS8 A; 4CJ5 A; 4MLE A; 1WNS A; 3DXK A; 3CQX A; 4L3Q A; 3FZL A; 3ATV A; 1UOC A; 4MO4 A; 4BR7 A; 5BRF A; 1P8Z A; 3TAE A; 3PSI A; 4BAC A; 3ENB A; 3WXM B; 4KFB A; 1RNH A; 1T03 A; 2E2P A; 1SS6 A; 2P9U B; 4H4O A; 2VQF K; 2KFN A; 4YDU A; 1RFQ A; 4CF8 A; 1WN7 A; 3O1B A; 2W6L A; 3QFP A; 5HP1 A; 4OKJ A; 3P31 A; 3DRP A; 3MXI A; 4IJN A; 3G0Z A; 2D0C A; 4GMJ B; 4DSE A; 4CF0 A; 2O8D B; 5J2Q A; 3A8Y A; 3L6Q A; 2Q0R A; 1C0U A; 2QWL A; 3P38 A; 3H45 C; 4DR1 K; 2FBX A; 1NK5 A; 2O4I A; 3MWP A; 4FWR A; 3D45 A; 3VES A; 3HTV A; 4BY9 C; 4CHZ A; 2RF2 A; 4NYN A; 3E1Y A; 2FLO A; 4CJR A; 3CME N; 2UUB K; 5GAH P; 1N32 K; 4FM0 A; 3CCM N; 4YNQ A; 3A5L C; 2A41 A; 4B08 A; 1TKX A; 3U8X A; 3ZSZ A; 3RMD A; 2NZT A; 2W42 A; 3RVC A; 2P9S A; 4BG9 A; 3CQY A; 4KB0 A; 3KWG A; 1S3X A; 4Y0W A; 3QES A; 3EZ5 A; 1S9E A; 2E1Y A; 4ICL A; 4EZ6 A; 2QA4 N; 4JK8 A; 4JNE A; 3WNH A; 4FOE A; 4I7F A; 1J54 A; 2ZM6 K; 3PX6 A; 5FPN A; 1JLG A; 1C0F A; 5AQQ A; 5FPE A; 1EX4 A; 2BGG A; 3AVI A; 3CJA A; 4B1Y B; 3IDH A; 3DWL A; 4JRP A; 4DTS A; 4CEA A; 1DKG D; 4O44 A; 3AAQ A; 5JIC A; 1BQN A; 1IJJ A; 1YIT N; 1K8A O; 2JWL A; 1L3T A; 2P9N B; 4LFA K; 4RG8 A; 1JJ2 M; 4WQ5 A; 1L3S A; 4YY3 K; 3SMS A; 2VCP A; 3J7A P; 5BPN A; 3C0B A; 4FK0 A; 2O8B A; 4FJI A; 3V4I A; 5J2M A; 4AM6 A; 4CI6 A; 1K6Y A; 1NK6 A; 1JCG A; 1NJY A; 2VQE K; 1EXQ A; 3KLI A; 4FZY A; 2E20 A; 2YHY A; 1ILY A; 5AQY A; 1U6Z A; 5SWM A; 1BU6 O; 1T6C A; 5AQM A; 2A1S A; 1ZBS A; 4JD2 B; 1KC8 O; 4DB3 A; 3C6A A; 3MN6 A; 4KTQ A; 1HYS A; 5ELZ A; 5AR0 A; 4B9N A; 1Z26 A; 4DSK A; 3ITH A; 2YNF A; 4DTJ A; 2QWP A; 1HKG A; 3M3Z A; 1YIJ N; 1YAG A; 5AQK A; 4PHT X; 1TAU A; 2D5R A; 2O4G A; 1BO5 O; 5AFU H; 3ZX0 A; 1KFS A; 4BWM A; 3E9P A; 3NGY A; 3NCI A; 2Y1I A; 4K43 A; 3OA9 A; 4K41 A; 2QM1 A; 4BE0 A; 2HVH A; 4IG3 A; 4MDB A; 2CGJ A; 5BPL A; 4KRE A; 1TUY A; 2IGI A; 3LDQ A; 2BAN A; 4BE2 A; 3ALY A; 3NH0 A; 1CXU A; 3TU5 A; 1WLJ A; 1X9J A; 4EP4 A; 1SKR A; 1SL2 A; 2EX3 A; 4DCH A; 3L2Q A; 3VEN A; 5JVG L; 4IZ9 A; 4FJ9 A; 1C0G A; 1CLQ A; 1WB9 A; 3EO3 A; 2O8F B; 3ULD A; 4M3X A; 4IG0 A; 1FW6 A; 4RW7 A; 3C65 A; 4BC4 A; 2A40 A; 3UKU A; 3SNN A; 4IOX A; 1X3N A; 5AQI A; 2QKK A; 2YJF A; 4JI4 K; 3WXI A; 1RTI A; 2X6N A; 4FJX A; 4GV3 A; 3ZX3 A; 3JXU A; 3V9S A; 3M6G A; 4CGD A; 2E1Z A; 3A5O C; 5BR9 A; 3V1O A; 4LF4 K; 3HK2 A; 5T7B A; 4DSF A; 3EN9 A; 1D4X A; 4OJR A; 3C6T A; 1OH8 A; 2P5O A; 1GLJ O; 3PIO L; 2FBV A; 3HRG A; 4K25 A; 3ASM A; 2EHG A; 3FZK A; 1W7A A; 1BG3 A; 1YXQ A; 4AHT A; 3TSQ A; 2O8D A; 1I39 A; 3NDK A; 1C1B A; 3VOV A; 4PUO A; 3ZT1 A; 3AVC A; 3NHG A; 1ATS A; 5GIN A; 4GW6 A; 3KKR A; 4KO0 A; 4WFN L; 1K9M O; 2Q0U A; 3J7Z O; 3CC4 N; 3F2K A; 3KLH A; 3QNN A; 5LJW A; 4CJL A; 2G8K A; 3AVA A; 3FZH A; 4M3T A; 4CBU A; 4BRE A; 3CJC A; 1WOQ A; 4AHU A; 3SUP A; 1XHZ A; 1SL0 A; 3BF3 A; 4CBX A; 1QQN A; 4BRH A; 1DTQ A; 2PY5 A; 4AIL C; 3NFA A; 4JYA K; 4LF8 K; 4LH4 A; 3FR0 A; 1YT3 A; 5EXW A; 2HB5 A; 5GAG P; 4BRO A; 1XQS C; 3ZEU B; 5HL7 L; 1YVU A; 3K5M A; 4B3R K; 1IKX A; 4BRQ A; 5BRE A; 3LL3 A; 3WNG A; 3HPG A; 3NVK A; 1NGJ A; 4A57 A; 2PYJ A; 3AO4 A; 4KHP K; 4IO8 A; 2G8W A; 3DOK A; 4YHH K; 1B9F A; 3CQ8 A; 3HP9 A; 3O9T A; 2P9N A; 4FVM A; 4RWT A; 3S41 A; 3CFR A; 4Z4H A; 4LFB K; 4FZZ A; 1NGB A; 4ID5 A; 3FGU A; 2QWQ A; 3G71 N; 5I3U A; 2X78 A; 1Z05 A; 4TSX A; 3MCP A; 4G1Q A; 3ATU A; 1GLC G; 3PX0 A; 3CJB A; 1XI1 A; 3THY A; 3VF4 A; 4FSV A; 1QQO A; 1S6Q A; 3HBT A; 2HST A; 2EWS A; 4JD2 A; 2XRI A; 3PX4 A; 1FKP A; 1JLA A; 4DV2 K; 2F8S A; 3KK1 A; 2XY5 A; 1VRU A; 1HJO A; 2W40 A; 3G6E N; 2NRX A; 1BCM A; 1VSK A; 4ID1 A; 5ADX A; 1LW2 A; 4H0O A; 4CJ7 A; 3OTO K; 1VQO N; 1RDB A; 2D1K A; 4FW1 A; 1HNZ K; 4HCC A; 3QFU A; 2O8E B; 3DLR A; 1VQN N; 4YFU A; 2AP1 A; 2ITG A; 3H08 A; 1NK8 A; 3UKR B; 2O8C A; 3F9M A; 4CJE A; 5M1N A; 1KVA A; 5KGX A; 1BDG A; 4FWL A; 4FCY A; 2YV0 X; 4FYD A; 3WQT A; 1ZBH A; 3VQ8 A; 1BCO A; 2HMP A; 4XH5 A; 2WFB A; 3JAM O; 4KAZ A; 5C0Y A; 3MN9 A; 2E4L A; 3FE1 A; 3AO2 A; 4CIE A; 2O8F A; 3WEE B; 3OYF A; 2PBD A; 4PKI A; 3QET A; 1NJZ A; 2R7Y A; 4DTU A; 5LJV A; 3MN5 A; 4BGA A; 4W5N A; 1XNQ K; 3CF5 L; 1QE1 A; 4E89 A; 3DLB A; 4NO7 A; 4N47 A; 3CHW A; 3QEW A; 1YHQ N; 1RDU A; 4DTM A; 3D6R A; 1RTD A; 3CIP A; 4BE1 A; 2WTU A; 4BDY A; 2PZS A; 3H3O B; 4N76 A; 4FVU A; 4GVM A; 4PKH A; 5AQL A; 3TAQ A; 1E4F T; 3CD6 N; 3EE9 A; 3O5B A; 2HHV A; 2FSK A; 3PSF A; 1NGE A; 3OYN A; 4LH5 A; 3VQ7 A; 3L4I A; 1RBS A; 3O3G A; 3CCV N; 3I33 A; 2YKM A; 3IMX A; 1EO1 A; 4BRL A; 3HM9 A; 2DFF A; 4FLU A; 3AO5 A; 4YOV A; 4CZK A; 2YX6 A; 3SBG A; 3R8E A; 1HKB A; 3IS9 A; 4LSN A; 2Q2R A; 2YNH A; 1BGX T; 3NF9 A; 3VQ5 A; 1NK0 A; 2KZZ A; 4J2B A; 3LDN A; 3O3H A; 2HHS A; 4CFD A; 5J1E A; 3K59 A; 3CFP A; 4LF7 K; 3QBX A; 2P9S B; 3ZSX A; 5C25 A; 1NGI A; 3ZSY A; 3NAE A; 3L8B A; 3CCU N; 1TGO A; 2FC0 A; 3E9O A; 3KD1 E; 1UWB A; 2Q31 A; 2BTF A; 4QAG A; 4BR2 A; 1HPM A; 4A2B A; 3LZJ A; 1IV0 A; 4F4K A; 4MQ3 A; 4BRF A; 4H0P A; 1ZBU A; 1Y64 A; 1TKD A; 1HYZ A; 1QHA A; 3QNO A; 1ZXO A; 3QBW A; 1WSI A; 3VPZ A; 4NCG A; 3BEX A; 3FZF A; 2V7Y A; 3ULE A; 2F7T A; 4M42 A; 5FLX O; 4QCL A; 4HUE A; 1YTU A; 1T8E A; 4CZM A; 3RMA A; 3O4Q A; 1Q82 O; 4JKA A; 1QSL A; 2GUP A; 2FSN A; 3DXM B; 3BZC A; 1QSY A; 3P4I A; 1E3M A; 1A5X A; 5FRO A; 3AVL A; 2O8B B; 1RTH A; 5FPD A; 3ZSQ A; 4CVN E; 4BG8 A; 4FLY A; 1SKS A; 3CJ9 A; 4DUZ K; 2F9T A; 4C8L A; 1ZBI A; 4FW2 A; 1ASU A; 3IUC A; 3NH1 A; 4BRP A; 3EE8 A; 3W3D A; 1J53 A; 2P5G A; 4AHR A; 1HR0 K; 2OPP A; 3MXJ A; 1H1V A; 4H5N A; 4RW9 A; 2A1R A; 3FFK B; 4O55 A; 1L5U A; 1T7P A; 3SQ1 A; 1RBT A; 4A2A A; 4MLH A; 1ASW A; 2BUP A; 3DAW A; 3OYL A; 4ILG B; 3DYA A; 4RW4 A; 4KKO A; 5E41 A; 2UXB K; 4H5R A; 1ZC6 A; 1E4G T; 4B9Q A; 3HO1 A; 3T1A A; 4JKG A; 5AQO A; 4A62 A; 4JKD A; 4IXC A; 3TTC A; 2XHB A; 3VQ9 A; 4LF6 K; 2HHQ A; 4JN4 A; 4PKG A; 3K9K A; 4CEQ A; 4AHC A; 1VSJ A; 3O4N A; 1LAW A; 1SKW A; 2OPS A; 5K14 A; 3Q7C A; 2BDP A; 4CHO A; 4AHV A; 3I0S A; 4N5S A; 4BC3 A; 1VHX A; 4WYB A; 4IFV A; 1TL3 A; 1ESV A; 3LDL A; 4E1J A; 3KLG A; 1CXQ A; 1RTJ A; 1HJR A; 4JI8 K; 5CYQ A; 1K73 O; 1YJN N; 4ILJ A; 3DLG A; 5HRP A; 4FJ8 A; 3H6E A; 3V9W A; 5AQF A; 4RW6 A; 2P1J A; 1NJI O; 5HLF A; 4GKK K; 1JXB A; 3WEE A; 5AQN A; 4B3S K; 3E66 A; 3RSE A; 4H5W A; 3QLH A; 1NMN A; 3AO3 A; 3KIO A; 4CJQ A; 3O9S A; 3AO1 A; 4IDK A; 4FWS A; 4DV3 K; 1XMQ K; 3TAP A; 3AGK A; 3A5N C; 3VEO A; 3AVG A; 3B8A X; 1JCF A; 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1QTM A; 2AJQ A; 4DTX A; 3OYB A; 4KHY A; 1VAZ A; 2GEM A; 2PFU A; 4M3Z A; 4IOA L; 1HPZ A; 2ZQB A; 1UAX A; 5CR4 A; 3IG1 A; 1U48 A; 3OHR A; 2XO7 A; 3C6U A; 1ZBF A; 4JKF A; 1DT9 A; 1T6D A; 3TAM A; 3LP3 A; 5TKW A; 1TV6 A; 2QTD A; 2YI1 A; 5GIP A; 4ISE A; 4G9Z A; 3T1H K; 3AVM A; 4E7H A; 2HBJ A; 4BQZ A; 4YOW A; 3R3L A; 4FO0 A; 5AQH A; 4DR5 K; 3SV3 A; 1JLE A; 2O8C B; 2I7P A; 3O9Q A; 4DV7 K; 3E9L A; 2ATQ A; 3QIC A; 1W2B M; 1J6Z A; 3U6F A; 2HF3 A; 3K57 A; 1RT3 A; 4DV0 K; 2YNI A; 4RW8 A; 3GDQ A; 3SZ2 A; 3O3F A; 5CYM A; 3DLH A; 4BR4 A; 3VEV A; 4PWD A; 1NM1 A; 3O9U A; 2CGL A; 3BDP A; 3VEX A; 4IBN A; 1KVC A; 3MWT A; 1LV5 A; 4H0T B; 5FRM A; 1RT2 A; 3LP2 A; 4FJM A; 4Z4G A; 4DV5 K; 1TKT A; 3AA3 A; 4BR9 A; 4H5V A; 3OS0 A; 4DS4 A; 2I5J A; 3V9Z A; 4B1U B; 4CJV A; 3K9J A; 1MWM A; 4O0I A; 1NOZ A; 4Z0U A; 1TUU A; 2VWJ A; 4CJT A; 1C1C A; 3EZW A; 1QSS A; 4CZE A; 3V81 A; 4ELU A; 3VTH A; 3AA4 A; 4FLZ A; 5D3G A; 3F9K A; 4DTP A; 3VER A; 3DLK A; 3C7N B; 3WNF A; 1NKB A; 4CEC A; 1GLE G; 4FL9 A; 3MX2 A; 4CBW A; 3JSM A; 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