The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
121
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structure length |
121
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAWRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| total genus |
34
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| structure length |
121
|
| sequence length |
121
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RVC A; 4OPH A; 2KKZ A; 2RHK A; 3L4Q A; 3F5T A; 3EE9 A; 3O9R A; 3O9T A; 3O9U A; 3P38 A; 3P39 A; 3O9Q A; 3M5R A; 3D6R A; 4OPA A; 3KWI A; 3EE8 A; 3O9S A; 2GX9 A; 3P31 A; 3KWG A; 3OA9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XMO K; 3RSE A; 1G15 A; 1UA0 A; 4ISG A; 4Z4H A; 4PHT X; 3CCS N; 3O4W A; 4OGE A; 3TR8 A; 3QEV A; 4UY8 O; 2WTU A; 1RTD A; 4BRD A; 3VTH A; 5JS2 A; 2A5X A; 3TAG A; 4QOZ B; 2IS3 A; 1TKX A; 3KWI A; 1HNX K; 1S5J A; 1ZBF A; 2ZD1 A; 1N6Q A; 4FVU A; 3F9K A; 2QTD A; 1I39 A; 3WNH A; 3M8P A; 4K41 A; 1EWR A; 3DOL A; 1RDA A; 3LDS A; 2G8K A; 4GV9 A; 4OKK A; 1ASW A; 5KPR A; 1JL2 A; 3FZF A; 4FWQ A; 2E2Q A; 3MWP A; 5LMN K; 1VQ8 N; 1U2V A; 1GOC A; 4ID1 A; 4BR5 A; 5TKW A; 1LAW A; 2YV0 X; 4CF9 A; 2OTL N; 3V9S A; 4KHW A; 2ZQB A; 5BRH A; 2VCP A; 3LP2 A; 1KVC A; 3D45 A; 3CC2 N; 3MN6 A; 3P38 A; 4PL8 A; 1C0T A; 1KTQ A; 3S3N A; 3SQ2 A; 3AVK A; 3L2U A; 5DM7 L; 3VQP A; 4O0I A; 4H5N A; 3BGR A; 1N36 K; 4B1Y B; 2Y1J A; 4OJR A; 5AZJ A; 4R5P A; 4YDU A; 1OH8 A; 1NK9 A; 2CGL A; 3U4L A; 4E1N A; 1X1P A; 4DV1 K; 4KTZ A; 4QS8 A; 5FDL A; 4CBW A; 4JYA K; 5CR4 A; 2VQF K; 4Z0U A; 3M8S A; 4CD1 A; 1NNE A; 3CCQ N; 2WBN A; 3RMC A; 1G99 A; 4CEZ A; 2EX3 A; 3AVH A; 3DRP A; 4IDK A; 4BY9 C; 4IG0 A; 1TVR A; 2KFN A; 3OYH A; 3TI0 A; 1ZC6 A; 1QSL A; 2XO7 A; 3K2P A; 1X9M A; 1L3V A; 2IVP A; 2W41 A; 1RDC A; 3UKU A; 1QTM A; 4W5N A; 3L2V A; 3VQA A; 2CH6 A; 4DU4 A; 4AHT A; 3TPQ A; 1X3N A; 1NK0 A; 2X78 A; 2FXU A; 3MWT A; 2PZS A; 4ELU A; 4BVP A; 1NOZ A; 2P9N B; 2O8E A; 3LAN A; 1FW6 A; 3FR0 A; 4DV6 K; 1L3U A; 2VG7 A; 1WAJ A; 2YX6 A; 1WSH A; 3LWM A; 3OYI A; 4MO4 A; 3G25 A; 3KVG A; 3VQE A; 2PYL A; 4BR9 A; 1FKP A; 3AA2 A; 4LF8 K; 3J8A A; 4M63 C; 4C8N A; 4Q0B A; 3EEQ A; 3QIO A; 4JD2 A; 4G1Q A; 2VGN A; 2VWK A; 3LDN A; 5ADX H; 2I7N A; 2YHA A; 1B92 A; 4O5B A; 2P9P A; 4R79 A; 4LSL A; 4FW2 A; 3ZX0 A; 4I9Q A; 2BUP A; 3QIN A; 4FOI A; 3V1O A; 3WUH A; 3VEW A; 2HHH K; 2O4I A; 4FLY A; 3J7Y P; 1YAG A; 3MEG A; 3RMA A; 1NGA A; 3SNN A; 4M45 A; 3OYE A; 4B1Z A; 1U6Z A; 2FSN A; 5DM6 L; 3N4P A; 4CK3 A; 3Q7B A; 2VYP A; 2OZS A; 4JHD A; 3LDO A; 3PIP L; 4DQS A; 5LJV A; 1WSF A; 4X64 K; 4RTF D; 3AO2 A; 3CXC M; 2A1S A; 1VQN N; 2NNW A; 3AVL A; 3C7N B; 4ID5 A; 3ZSX A; 2CGK A; 3L0Q A; 5FLX O; 3HOS A; 3DXM B; 4ISE A; 4EP4 A; 4FLT A; 3V4I A; 2JWK A; 2YKN A; 1NJW A; 1XQS C; 2UXC K; 4LFB K; 3DRS A; 3AVC A; 5IT9 O; 3V9U A; 5J2P A; 3NF9 A; 1WB9 A; 4M7Y A; 1WN7 A; 3O9R A; 3L2R A; 1KLN A; 3PX4 A; 3KLG A; 1K8A O; 4BRL A; 2DFE A; 4DMN A; 1YTA A; 1JCF A; 4GY2 B; 1Q9Y A; 2HBM A; 1RDB A; 1NJI O; 2QKK A; 5AQL A; 1VQ6 N; 3ZSO A; 5BRD A; 4CVN E; 2NLX A; 1HMV A; 5FPN A; 3DJC A; 4OPH A; 3TTC A; 4DLE A; 5LY3 A; 5LL6 Z; 3FZK A; 1RT1 A; 3AVN A; 4HWI A; 3OJS A; 1QVF M; 4DR6 K; 5MLC Q; 3ZEU B; 5CZ1 A; 2OCE A; 1ASV A; 1GOB A; 3U3G A; 2PY5 A; 1U04 A; 1MWM A; 1YXQ A; 3J80 O; 3TTF A; 5KQ8 A; 2QWR A; 3LPU A; 1D8Y A; 3LPT A; 3J81 O; 4YOV A; 2P9U B; 3JXU A; 3HM8 A; 5M1F A; 3FZM A; 2GV9 A; 3WEE A; 2O8D A; 4DV5 K; 3VES A; 4FWO A; 2P9I B; 5AQU A; 1W9H A; 1Z26 A; 4E7H A; 2O4G A; 3SJH A; 4H5T A; 5AQT A; 5AZI A; 3B6O A; 3DLG A; 1SKW A; 1J9A A; 2Q2R A; 4GVE A; 1SL2 A; 2XY6 A; 1ILY A; 4FM1 A; 3OS2 A; 5BPL A; 3R9P A; 3AY9 A; 4CZJ A; 3NMU A; 3H1V X; 3CCM N; 3QFU A; 3V81 A; 4I6M B; 4CEC A; 3BUZ B; 1ZXO A; 1W97 L; 1BOT O; 3SLC A; 4E7I A; 5DMR A; 1OH5 A; 2E8A A; 4O44 A; 2GX9 A; 4DR4 K; 3H08 A; 4FJ8 A; 3CI5 A; 3WXJ A; 2OA8 A; 4JI8 K; 3MEC A; 4I2Q A; 1L3T A; 3RR7 A; 2YJF A; 5AQM A; 1RNH A; 3UIQ A; 2O8F B; 2QKB A; 2ZE2 A; 1HKC A; 3HT3 A; 1NMN A; 4JKF A; 3VQ6 A; 3AVF A; 4XIU A; 3I0R A; 4J8F A; 4OPA A; 1NGD A; 3AA3 A; 1SAZ A; 4GKJ K; 3CD6 N; 1M90 O; 1OVQ A; 3WXI A; 2QEX N; 3T1Y K; 4B3O A; 3QEW A; 4ZHR A; 4N76 A; 3SUQ A; 1TKD A; 3PY8 A; 3BEX A; 3NE6 A; 3EZ5 A; 2ZWH A; 4Z4G A; 1HQU A; 1NGG A; 4YOR A; 3PSF A; 5HRP A; 1S6Q A; 3KJV A; 4KH6 A; 5CYM A; 2RPI A; 3D2E B; 4KH4 A; 3SCX A; 4N5S A; 2F8S A; 3T3F A; 1QQN A; 3AO4 A; 3THY B; 1IJJ A; 1TL3 A; 4WFB L; 2OPQ A; 4CCH A; 4KRF A; 2BH1 A; 3SJJ A; 3WT0 A; 3HYF A; 5CZ2 A; 5I42 A; 2HHW A; 2O8C B; 4CED A; 3ZT1 A; 1RDW X; 5M1N A; 1S1U A; 3THV A; 3IFR A; 3ZT0 A; 4W5Q A; 4IOX A; 2NRZ A; 4BC4 A; 1VQP N; 4EHU A; 2JLE A; 4DR1 K; 3K9J A; 3ATV A; 1KRP A; 2HF4 A; 4H03 B; 3NH1 A; 1RTJ A; 4FM0 A; 4N56 A; 1NKB A; 3D7E O; 3KIO A; 3C65 A; 4KTQ A; 1RBV A; 3T69 A; 4M41 A; 5GAE P; 3A5O C; 2RF2 A; 5FPD A; 1NU0 A; 4DLG A; 1RDD A; 4KI4 A; 2KW4 A; 3K0S A; 1YF5 L; 4KO0 A; 4FVM A; 4FL9 A; 4KH5 A; 1X9W A; 5AQO A; 4E7J A; 4XH4 A; 4BRA A; 3MXM A; 4YOW A; 1YTU A; 1S1T A; 2Q97 A; 2ASO A; 2P9S A; 3RSE B; 1ATS A; 4KAZ A; 3SQ1 A; 4Z4E A; 1NKC A; 3O8M A; 3AVB A; 3I55 N; 3VQ4 A; 4EIA A; 3CCR N; 3GDQ A; 1QQC A; 3O3F A; 5EY4 A; 4CZK A; 4B3T K; 1BA0 A; 1BA1 A; 1S1V A; 3BY5 A; 2Q1N A; 3R6M A; 5F1X A; 4B1U B; 5JIC A; 4DF4 A; 2HF3 A; 1OH6 A; 1REV A; 4F8R A; 1ZYQ A; 4CGH A; 4JN4 A; 3SUP A; 2G8I A; 4HCC A; 4LC9 B; 4H0T B; 3DXK A; 4BWJ A; 3ZX3 A; 4H0V B; 1RTH A; 3HVT A; 2ITG A; 2W6L A; 1QQM A; 2E2O A; 4ILJ A; 4FWP A; 3FLC O; 3DI6 A; 2D0A A; 1V4S A; 4EZ9 A; 4FJN A; 1Q81 O; 5TKY A; 1VSD A; 3A8Y A; 2XHB A; 1U2V B; 3QO9 A; 2W42 A; 4BDZ A; 2HHS A; 2PAV A; 4OVL A; 4CJE A; 2VWJ A; 4DSL A; 3ISN C; 4E7K A; 2Q31 A; 3DWL A; 2G8W A; 3AAR A; 3M8Q A; 4IFV A; 4JLH A; 1RIL A; 3DLK A; 4JI0 K; 1HRH A; 3OYG A; 3OYL A; 4BRM A; 5M1K A; 2A1R A; 1XUP O; 3DOK A; 2IVN A; 2BGG A; 4BG8 A; 1J6Z A; 5B8H A; 3NGY A; 5J2Q A; 4C8K A; 4LF6 K; 3I8D A; 4M3U A; 3MDQ A; 1OVY A; 4DV7 K; 3TSP A; 1K8K A; 3MX5 A; 3WQT A; 1B9D A; 4M3Y A; 4PQU A; 4Q5V A; 3FGU A; 3CJA A; 4O8K A; 1QZ5 A; 2PBD A; 4FLX A; 1NJY A; 1EO1 A; 4CGD A; 4JI6 K; 5BPN A; 4W5R A; 3SI6 A; 4DTN A; 1JLG A; 4FLU A; 3H1Q A; 2G8F A; 4PL7 A; 4HUF A; 3CM6 A; 5HRO A; 4OO1 J; 2NRW A; 3CQX A; 3EO3 A; 2ZM6 K; 1CXU A; 4CFD A; 3HPH A; 1MWK A; 3CJB A; 4DR5 K; 4QAG A; 4NXM K; 4FWK A; 4L3Q A; 1CZB A; 4CJV A; 4TSX A; 1TK8 A; 3UKU B; 1WSG A; 1S72 N; 4BRF A; 1JXB A; 2ZJP L; 3HK2 A; 2E2N A; 3SUO A; 2FBV A; 3W0L A; 4M7X A; 1ATN A; 3NGZ A; 2O8E B; 4PKG A; 1GOA A; 1JCE A; 4IKF A; 1GLF O; 3T1H K; 5E41 A; 4B8A B; 2HOE A; 2UXD K; 1NOY A; 4JD2 B; 2YNF A; 2QW9 A; 3M5R A; 1FXX A; 3MN7 A; 3QEP A; 2QWL A; 4H5W A; 3ZYY X; 3HTV A; 4IDH A; 4DSI A; 1JXE A; 3O5B A; 2P9P B; 1LOT B; 1GLL O; 4CZM A; 5FRM A; 4CD3 A; 1BGX T; 3VQ5 A; 4A61 A; 1WLJ A; 1KAZ A; 1QHT A; 4N47 A; 4BRE A; 3LAK A; 4A5B A; 2ZJQ L; 3ZSW A; 3THX A; 5AQF A; 4FK2 A; 1TKT A; 3I33 A; 1JLQ A; 1T3V A; 3SQ4 A; 2PFU A; 3CQY A; 5BR9 A; 5EVZ A; 3H45 C; 1OKJ A; 1CZ9 A; 3P5J A; 4B3S K; 1T7P A; 2O8B A; 3NVM A; 1C6V A; 3IDH A; 2HBL A; 4RW7 A; 3CYM A; 1YVU A; 4JI2 K; 1KD1 O; 1Q18 A; 4DSJ A; 4H0P A; 1N34 K; 3QET A; 2YNH A; 1BG3 A; 1HYZ A; 5FRN A; 1KCF A; 2QWM A; 2IVO A; 4DQR A; 1KFD A; 3C95 A; 2FBY A; 3LDP A; 1CXQ A; 4WF9 L; 4DSE A; 3KK7 A; 3O9T A; 3O9U A; 2JGU A; 1U45 A; 4FK4 A; 2X6S A; 3O9Q A; 1K9M O; 4XH1 A; 4B9U A; 3ID6 A; 4B3R K; 3AVI A; 4FLV A; 3TAR A; 2IC3 A; 2V7Y A; 1NK5 A; 4CJL A; 1X9J A; 1QZ6 A; 2HHX A; 1IKX A; 4MLE A; 2VWB A; 3MAQ A; 1LV5 A; 1VK0 A; 4AHR A; 3VF6 A; 2W6K A; 4J2E A; 1ATR A; 2Z1I A; 3SZ2 A; 1FK9 A; 3VN5 A; 1N33 K; 5CYQ A; 4KHN A; 4A57 A; 1TYQ A; 2F4V K; 2KQ2 A; 1WSE A; 3KHY A; 3CF5 L; 3DAW A; 4ZTJ A; 5SWM A; 2QA4 N; 3O80 A; 1WNS A; 1EWQ A; 4DR2 K; 4RW6 A; 2A42 A; 4BQL A; 4CIF A; 3MXJ A; 4ELV A; 3PV8 A; 3K57 A; 4CW7 B; 4JKB A; 3CCJ N; 3OYJ A; 1Q7Y O; 2YNG A; 4CJW A; 2ZGY A; 3CM5 A; 3ZSR A; 1BUP A; 5E26 A; 2NZT A; 2FF3 B; 3WEE B; 2A3Z A; 2O8D B; 3K9K A; 4B1W B; 1BQM A; 3VQ9 A; 1BCM A; 3MX2 A; 4H8K A; 1N8R O; 1BL3 A; 5AZI B; 4DKW A; 4B9Q A; 1D4X A; 3G0Z A; 4CZI A; 1T44 A; 3TAN A; 3H6E A; 4FJX A; 3IG1 A; 4DTX A; 2KZZ A; 2CGJ A; 3HO1 A; 2ZJR L; 2E2P A; 2DFF A; 1QHA A; 4K43 A; 4A2A A; 3UKR A; 1VQM N; 3FFK B; 3TWH A; 1VQ4 N; 2OPR A; 3EE8 A; 2D0B A; 4IFE A; 5HRS A; 2UU9 K; 4YOU A; 1HKG A; 3OYF A; 1VSL A; 5KGW A; 3N4Q A; 4J2A A; 1B9F A; 1NGE A; 2J4R A; 3ZSZ A; 4CJ7 A; 4F4K A; 5EOY A; 3OY9 A; 4DFJ A; 3L4Q A; 4FZY A; 4JI7 K; 3QEX A; 1A5W A; 3JSM A; 3NVK A; 1TL1 A; 1YT3 A; 2HNZ A; 5HLF A; 1X9S A; 1T05 A; 5BPM A; 5BR8 K; 4CF1 A; 1NGH A; 4A5A A; 4DS5 A; 3RMB A; 4PKI A; 4WQ4 C; 4LD0 A; 2DY4 A; 4L8R B; 4BDY A; 4LY7 A; 1KC8 O; 1F21 A; 3OJU A; 3F9M A; 3KKS A; 3VF2 A; 1LCU A; 3EY1 A; 1TAU A; 3MED A; 3QB0 A; 1A5X A; 4GVM A; 3VQB A; 1Q86 O; 5AFU A; 3L2W A; 4IWV A; 3GBT A; 3O3H A; 5C2F A; 3O4Q A; 4MFB A; 3V9Z A; 1ZBU A; 3WXL A; 2KHO A; 3NCI A; 1NJZ A; 3KWG A; 4BC5 A; 1VSI A; 3PIO L; 1NGF A; 1Z6R A; 2YHY A; 4WFN L; 3VGK A; 4DTU A; 3SBT A; 3L3U A; 1VRU A; 2GWJ A; 3AAQ A; 4FPB A; 1BU6 O; 4WQ4 A; 3WQU A; 3I56 N; 3FFI A; 4DV2 K; 1VQL N; 3L6Q A; 2NRH A; 1BCO A; 2HHT A; 2W40 A; 1JLF A; 4M3X A; 3VMF B; 1UAX A; 1IBL K; 2HW3 A; 4NB4 A; 1E3M A; 1NMD A; 4CEB A; 1RT5 A; 4DV0 K; 1IG9 A; 4FJ7 A; 2Y1I A; 4CBX A; 3OYK A; 3P4I A; 1IV0 A; 2E1Y A; 4FJH A; 2UUB K; 4J2B A; 3OYC A; 3ZCM A; 4IXC A; 1HNV A; 1WBB A; 3V6D A; 4E0D A; 4KRE A; 3HP9 A; 2VG5 A; 2EWS A; 3AVM A; 3NF7 A; 1RT2 A; 2F8T A; 3K5L A; 2IIR A; 4CES A; 3IUC A; 2VQE K; 1VRT A; 1HNI A; 4XH5 A; 5AJ3 K; 5FRO A; 4OPJ A; 5BN9 A; 4BGA A; 4BRN A; 4CHZ A; 1HKB A; 2P9K A; 2RHK A; 3QLH A; 2V7Z A; 3CME N; 1NLV A; 3VEV A; 2XY8 A; 1HNZ K; 4DG1 A; 4JI1 K; 4M3T A; 2G8V A; 4FPA A; 4DWI A; 4E1J A; 5I3U A; 3NH2 A; 4IEE A; 4IJA A; 2ZF5 O; 3DM2 A; 5GIP A; 1VSJ A; 3O9S A; 4K42 A; 4C1N K; 4FWR A; 4DTO A; 5HRR A; 4ZTF A; 1HJR A; 2D0O A; 4B08 A; 3MK6 A; 1WSJ A; 2VGM A; 4CEO A; 3HOT A; 3ZSQ A; 3I8B A; 3QEI A; 4BR0 A; 1KFS A; 4NLB A; 4CJF A; 4CJP A; 4KKO A; 5AQI A; 3ZX2 A; 3F73 A; 4F2S A; 4QCL A; 2WFB A; 2Q36 A; 1IBK K; 3DXK B; 2YJE A; 3KK3 A; 3LP0 A; 3HL8 A; 4MLH A; 5AQN A; 3D2F A; 3QNO A; 5KI6 A; 3M8R A; 4OKJ A; 4OGC A; 1S1X A; 3SV4 A; 1LWF A; 3SMS A; 3S9H A; 4DSK A; 4V19 S; 4EHT A; 1N5Y A; 1BO5 O; 2P9N A; 4FZZ A; 4DV4 K; 3K5O A; 4A2B A; 4DCH A; 2HVI A; 3E1Y A; 3VQ8 A; 1VQO N; 1NK6 A; 1S1W A; 5JLF A; 1KAY A; 1VSK A; 2YCH A; 2Z1H A; 4EP5 A; 1SQK A; 3BP8 A; 3SAH A; 4DFP A; 3L4I A; 3TSU A; 3ATU A; 4Z4F A; 1YJN N; 2JWL A; 3QIP A; 1J5E K; 3CIP A; 3EN9 A; 1ASU A; 1VQ5 N; 3TAM A; 1T6D A; 1U49 A; 2WOM A; 3TAB A; 1QQO A; 1VQK N; 2PYJ A; 3CCE N; 3PX0 A; 4JK7 A; 3RTV A; 1EKE A; 2ZGZ A; 4F9O A; 3HBT A; 3VEO A; 4Y0W A; 1K8K B; 1UWB A; 1K6Y A; 4ISF A; 3THW A; 3QIC A; 3ZT3 A; 5HL7 L; 3OS0 A; 3CFP A; 3LAM A; 1MA9 B; 4CJT A; 3OYB A; 3V1R A; 4RCH A; 2HMI A; 2WC9 A; 4M3W A; 1NM1 A; 5C2D A; 2QXL A; 3AO1 A; 2AJQ A; 1I3A A; 4LF9 K; 4NLC A; 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