The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
|
sequence length |
121
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structure length |
121
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAWRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| total genus |
34
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| structure length |
121
|
| sequence length |
121
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EE8 A; 3F5T A; 3M5R A; 3OA9 A; 3D6R A; 3P31 A; 3O9U A; 3O9R A; 3KWI A; 2KKZ A; 4OPA A; 2RHK A; 3O9Q A; 3KWG A; 3L4Q A; 3RVC A; 3EE9 A; 3P39 A; 3O9T A; 4OPH A; 3P38 A; 3O9S A; 2GX9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DTO A; 3C0B A; 1MDU B; 4UY8 O; 3R3L A; 4AM7 A; 3THW A; 5F0X A; 4WQ4 A; 2F9W A; 5EOY A; 1NKB A; 3G0Z A; 5AQM A; 2KFN A; 3O8M A; 1NGG A; 2CGK A; 5BRE A; 3KLG A; 1HUX A; 4KHP K; 3WNG A; 2X6S A; 3O1B A; 4DQQ A; 4KV8 A; 3ZSQ A; 3HM8 A; 1M1K O; 3KLE A; 4JS5 A; 2NRT A; 2E2Q A; 3VET A; 1WOQ A; 1CXQ A; 1ZC6 A; 3LM2 A; 3AVK A; 3GE1 A; 4O8K A; 4M45 A; 5GAG P; 2E6L A; 2NUB A; 3DLB A; 4ILJ A; 3GG4 A; 1NU0 A; 4DSF A; 3J7Y P; 4LF9 K; 5HBM A; 5KI6 A; 3MDQ A; 1CZB A; 3QET A; 4JI2 K; 2P51 A; 1KQS M; 2QEX N; 2O8F B; 3VQ5 A; 4CJV A; 3LP2 A; 1QTM A; 1LW0 A; 1RDU A; 4W5R A; 1Z05 A; 1I3A A; 1HKB A; 1OVQ A; 4JI4 K; 1L3U A; 1HMV A; 5AZJ A; 1ZXO A; 4AM6 A; 4YOY A; 4BE1 A; 2ETJ A; 3SMS A; 4CJL A; 3TTF A; 1YIJ N; 1Z26 A; 2OA8 A; 2VGN A; 1HYS A; 2HHQ A; 4DTJ A; 5BN8 A; 3SV4 A; 5FPD A; 1HNI A; 2E88 A; 3M8P A; 3S3O A; 4CVN E; 5J1E A; 4RW6 A; 2QI2 A; 4BC4 A; 4ZTJ A; 3VEV A; 4B1Y B; 1O1W A; 3IRX A; 1RBR A; 1TYQ A; 3R6M A; 4MFB A; 4CJR A; 5BRF A; 2YNH A; 4PWD A; 1C1B A; 4KTZ A; 4H0X B; 2XY6 A; 1U2V A; 4ILG B; 3CFR A; 4N5S A; 4DR5 K; 4WQ5 A; 5EX5 A; 4BQL A; 3LDQ A; 2RHK A; 3E9O A; 3KIO A; 2B5J A; 5I3U A; 3HBT A; 3RSE A; 3BGR A; 2YHA A; 1VSE A; 3EL2 A; 1EQY A; 3P39 A; 3L3U A; 4CZI A; 3P1G A; 2A1R A; 3JYT A; 1QS4 A; 1NGE A; 3NF6 A; 3ZSO A; 1HX1 A; 2ZJQ L; 4CJE A; 1F21 A; 1KAZ A; 1GLE G; 3SBG A; 4B1X B; 1TL3 A; 4NYF A; 3A8Y A; 1EXQ A; 4R5P A; 1TK5 A; 1K8K A; 3O4N A; 3THW B; 2GWJ A; 3BP8 A; 3HJF A; 2G8V A; 2VQE K; 3TAM A; 2RKI A; 1LAV A; 1NJZ A; 4DUY K; 3QES A; 3T1A A; 1XHZ A; 2D0P A; 1Z25 A; 3AVN A; 5FPE A; 3I8D A; 3RRG A; 1JLQ A; 2KKZ A; 1OH7 A; 2GV9 A; 4A5A A; 4QS7 A; 4N41 A; 2ZWH A; 4KHS A; 4CZL A; 1RCH A; 3RMA A; 4OLA A; 4CHP A; 4G1Q A; 3CJA A; 1K8A O; 4OPH A; 3ZSW A; 2Q31 A; 4KI4 A; 2F4V K; 1G99 A; 1SKW A; 3HK2 A; 1YUW A; 4BRA A; 5KTQ A; 4CEQ A; 3NF8 A; 1QQN A; 5AQV A; 2FSN A; 1LAW A; 2EHG A; 5AQQ A; 4HWI A; 1WSG A; 5C42 A; 3CQ8 A; 3UIQ A; 4CK2 A; 1XNR K; 1VSI A; 1NG9 A; 2IVO A; 2WON A; 3CPW M; 1NWK A; 5AQI A; 4DS4 A; 2ZD1 A; 3FZF A; 2A41 A; 1BU6 O; 2OTL N; 4C1N I; 4FJG A; 4FJ9 A; 2B4J A; 3AGK A; 3TU5 A; 4IG3 A; 3SUP A; 5AZJ B; 1VQ4 N; 3N4P A; 4E1J A; 2HHS A; 4XH5 A; 3SLC A; 4U7B A; 1X9J A; 3PY8 A; 2BGG A; 4CBU A; 1G15 A; 3O4W A; 2H3G X; 3CJ1 A; 5AQO A; 2QW9 A; 3AVM A; 1S1X A; 2WBN A; 1NGC A; 1IH7 A; 1D9F A; 2A3Z A; 3MMV A; 2BDP A; 4BDY A; 2JLE A; 4XH1 A; 4CF1 A; 4FVM A; 4DR1 K; 1MWK A; 3R1X A; 5KGX A; 1TYQ B; 2JWK A; 4V19 S; 1Q9X A; 3VF6 A; 4PL8 A; 5AQH A; 3V6D A; 3QB0 A; 3VEW A; 3KJV A; 1U2V B; 5AQL A; 3ZT0 A; 1RT4 A; 3TAF A; 3O1W A; 4DQS A; 4JI5 K; 1NMD A; 3F9K A; 2HW3 A; 3AAP A; 4B9V A; 4X62 K; 1N32 K; 1BUP A; 1JCF A; 3RSE B; 4JK7 A; 4BRC A; 3DYA A; 3DOL A; 3ZSR A; 3B8A X; 3K5L A; 3B6P A; 3DLG A; 2E20 A; 5BRH A; 5AQS A; 1JLB A; 3ENO A; 2VYP A; 2FSK A; 4FXD A; 1SS6 A; 3KD1 E; 1NK7 A; 4K42 A; 5CY4 A; 1C0G A; 3NVK A; 1C6V A; 3VA3 A; 4B9L A; 3GDQ A; 1GOC A; 3Q7B A; 1WAF A; 1HLU A; 2EWS A; 2F9T A; 2VG7 A; 2Q0U A; 3SPY A; 3CJ7 A; 3WQT A; 4YNQ A; 3ZSX A; 5C12 A; 3AA2 A; 1K8K B; 3RR8 A; 4EHU A; 3PIP L; 3VEN A; 4CGH A; 4ZHR A; 4ELT A; 5CE3 A; 1IV0 A; 2PY5 A; 1LWC A; 2NRX A; 3WXM B; 4R79 A; 2FC0 A; 1UWB A; 3FZH A; 4YFU A; 1EWR A; 3L2W A; 1NOZ A; 4MLE A; 4JKB A; 4Q5V A; 1S1T A; 3CQX A; 3I55 N; 4E7L A; 4A2B A; 1ATN A; 4FPB A; 4CI6 A; 1NKE A; 4GV6 A; 4H0Y B; 3OHR A; 4CZM A; 3TAR A; 4JNE A; 4CJT A; 1NK9 A; 2A42 A; 3WEE A; 3EKU A; 5HLF A; 3QIO A; 4GV3 A; 2IAJ A; 2ZE2 A; 3VTI A; 4DFM A; 4F9O A; 4JRP A; 1ZBH A; 1MA9 B; 3MXJ A; 3OBY A; 4CZH A; 4YDU A; 3MEC A; 3V1R A; 5TKW A; 5AFU H; 2FBY A; 4FJN A; 4JD2 A; 5LMU K; 3BUZ B; 1BIU A; 3R8E A; 1Q18 A; 2YKM A; 1ASU A; 4YOU A; 3M8S A; 3TAG A; 2HBM A; 2VWJ A; 4FJM A; 4IKF A; 2W40 A; 1JLC A; 4EP5 A; 3MK6 A; 3VA0 A; 4O44 A; 4FM0 A; 4YOW A; 1NJI O; 1J6Z A; 2RN2 A; 3D7E O; 2O4G A; 1BA1 A; 4DFP A; 4CFA A; 3F2K A; 4IEE A; 1XQS C; 4Z4I A; 4CEB A; 3CD6 N; 1X3N A; 4F2S A; 2DFF A; 5HOO A; 5HRO A; 2PFU A; 5EU7 A; 4BC5 A; 3HPO A; 1SQK A; 2G8W A; 5JS2 A; 2J4R A; 4O5F A; 3WNF A; 4DTP A; 3ZLJ A; 5HRP A; 5FRM A; 1U04 A; 3V9X A; 3AVJ A; 1VQ5 N; 4CJS A; 2VWB A; 3MWP A; 2E6M A; 4JRQ A; 3TAN A; 3ZCM A; 3L2R A; 4CZF A; 4FOE A; 2WOM A; 5KPZ A; 3S3N A; 2QXF A; 4LFB K; 1CXU A; 4CBX A; 4H5V A; 4E7J A; 4DB3 A; 1TL1 A; 2VGM A; 1UA1 A; 4FJ8 A; 2GBZ A; 3L2V A; 2ITG A; 2IOC A; 4GNI A; 1RT5 A; 4DQ8 A; 4RG8 A; 4LSL A; 4DV6 K; 5GAH P; 2D0A A; 1KC8 O; 4DV2 K; 3OYK A; 1RBU A; 1OKJ A; 4BAC A; 4ICL A; 2A1S A; 3ZX0 A; 5KRT A; 2QKB A; 5CZ2 A; 3K5M A; 3V1Q A; 4HCC A; 3VQE A; 2KFZ A; 3LDN A; 3QBX A; 3JXU A; 3PX4 A; 1RTJ A; 2Z1H A; 4PHT X; 4H5R A; 1RIL A; 2P1J A; 4JI7 K; 1IJJ A; 3MED A; 3RVC A; 3M1F A; 3ZT3 A; 1UA0 A; 4B3T K; 4FZZ A; 1D8Y A; 4BR4 A; 4YY3 K; 3OYG A; 4FLU A; 1E4G T; 5E26 A; 1QE1 A; 4FWP A; 3QFU A; 4I2Q A; 1Q81 O; 1D4X A; 4IDH A; 4WFN L; 4BY9 C; 2Q3S A; 4AHU A; 3AVA A; 3E1Y A; 3CPE A; 3DJC A; 3SQ4 A; 2D1K A; 4OPJ A; 3LDP A; 3PX0 A; 3RRH A; 1YJ9 N; 4CJW A; 3C7N A; 4DR4 K; 3CM6 A; 5SZT A; 1IKX A; 4LSN A; 3EE9 A; 1DKG D; 4I9L A; 3CM5 A; 3CCR N; 5M1O A; 3RMC A; 3AA5 X; 3TAQ A; 1BIS A; 1N34 K; 3CME N; 4OGC A; 4LFC K; 3WEE B; 3ULD A; 2PYL A; 4CJP A; 1RT1 A; 3WXJ A; 1BA0 A; 2YHX A; 3OS2 A; 1LV5 A; 3J80 O; 2ZQB A; 4BE2 A; 4FLY A; 4JD2 B; 2VQF K; 1FXX A; 1W0H A; 4JLH A; 4W5Q A; 1B9F A; 3VGL A; 3KK1 A; 1FJG K; 3THY A; 3H3N O; 1IBL K; 4CHY A; 3SJH A; 4DR7 K; 3NAE A; 1UAX A; 1SZ2 A; 4J2D A; 3AVG A; 4CES A; 1VQN N; 2P9S B; 1KFD A; 1H1V A; 3CCV N; 3NH1 A; 4O0J A; 3VQ8 A; 1REV A; 4FJL A; 2GEL A; 4CGI A; 3D2F A; 3CI5 A; 1TK8 A; 4HCB A; 3LAM A; 4DSL A; 3AVI A; 4MLH A; 4EAH D; 4K41 A; 1U49 A; 3LDL A; 2IVP A; 3KHY A; 3LDO A; 3K2P A; 1RDC A; 4CFB A; 3O08 A; 2YNI A; 1Y64 A; 3H6E A; 4N76 A; 4BG9 A; 3TWH A; 1K6Y A; 4L3Q A; 2IS3 A; 1UOC A; 3ZYY X; 4LF5 K; 3NMU A; 3D45 A; 1WSH A; 1OVY A; 1X9S A; 2GWK A; 2HF3 A; 1NGF A; 3HYF A; 3PO4 A; 1W2B M; 4L8R B; 4PA1 A; 1QSS A; 3EEQ A; 5BPM A; 4K43 A; 1B92 A; 5GIN A; 4HUG A; 2UU9 K; 4FLV A; 2DY4 A; 2YJE A; 1FK9 A; 2ITM A; 2ZGY A; 2HBJ A; 3VQD A; 5CYM A; 4O55 A; 3AA3 A; 3VQC A; 4DF8 A; 3O9T A; 4CHO A; 4FL9 A; 2F96 A; 2PAV A; 5BPL A; 2FBT A; 4CHQ A; 3J81 O; 1QVG M; 2YCH A; 4CJ7 A; 4Z0U A; 3KLH A; 4FOI A; 4JYA K; 3VF2 A; 3ENB A; 2ZGZ A; 3NF9 A; 3UB5 A; 4DG1 A; 3QIP A; 5C0Y A; 3LM9 A; 4X66 K; 4CW7 B; 1HPZ A; 4DSJ A; 4M42 A; 4J2B A; 2YV0 X; 3BDP A; 4FLW A; 3VOV A; 3HSC A; 5FPN A; 4H0O A; 1XUP O; 3ASM A; 3SBT A; 3MWT A; 3WT0 A; 4JKE A; 2HBK A; 4KB1 A; 3OYL A; 1Z6R A; 4JK8 A; 3N4Q A; 1GOB A; 5AQJ A; 1VQ8 N; 4EP4 A; 1TUU A; 3QEI A; 4BR9 A; 4PL7 A; 1KTQ A; 3L3V A; 1IBK K; 3DRS A; 1VSJ A; 4H4O A; 3C7N B; 3K5N A; 4ELV A; 3NE6 A; 3VEZ A; 3OYM A; 1YTU A; 4AHV A; 3NGZ A; 2UXB K; 1BCM A; 4BRG A; 2F8T A; 5F2R A; 4DUZ K; 4C8K A; 3F73 A; 3SZ2 A; 4EFH A; 1JLA A; 3DWL A; 3U4L A; 1R0A A; 2E1Y A; 4W5N A; 3F9M A; 3G10 A; 1FW6 A; 4QCL A; 2HB5 A; 4LF4 K; 4CE9 A; 4FJ5 A; 3UKU A; 3LAL A; 2V52 B; 5HRR A; 4KO0 A; 3THY B; 4CCH A; 3I8B A; 3VQ6 A; 4CD3 A; 3HO1 A; 4DFK A; 3O5B A; 4FCY A; 5CR4 A; 3KVG A; 3EZ5 A; 3AAQ A; 3ATV A; 2HHX A; 3R9P A; 2NRR A; 2QWO A; 4JK9 A; 2RPI A; 5JLH A; 4FM2 A; 3AVC A; 1I94 K; 1QHT A; 4CEO A; 2P5G A; 3D2F B; 3S41 A; 3RR7 A; 4UQG A; 3P4I A; 3DRR A; 3SYZ A; 3G6E N; 4DU3 A; 3DLH A; 3FR0 A; 1SKR A; 2UXD K; 1NGB A; 1ZYQ A; 1Q86 O; 3VQQ A; 3ENH A; 4M3W A; 5ADX A; 4CER A; 4B3O A; 1V4T A; 3VTH A; 1HJR A; 3DLR A; 3SK3 A; 3KKS A; 4KTQ A; 4HUE A; 2R7Y A; 4Y1C A; 1RBS A; 1GLJ O; 1EKE A; 4WFB L; 1NMN A; 3IAY A; 5D3G A; 5JIC A; 1I39 A; 4FJX A; 4KHU A; 4CBW A; 2B6A A; 3KK3 A; 4KAZ A; 5J2M A; 4AQY K; 1T7P A; 4B1W B; 4IEI A; 3P83 D; 3HVR A; 4M7X A; 4C23 A; 3OY9 A; 1WNS A; 3RTV A; 2DFH A; 4OKJ A; 3CF5 L; 4E1N A; 2CH5 A; 4F8R A; 4K8X A; 1M90 O; 2O8D A; 5HL7 L; 1J5E K; 1KFS A; 4CEC A; 1XMO K; 4WF9 L; 3FZM A; 1VQ9 N; 5T7B A; 2BTF A; 4FLX A; 1W9H A; 2YHY A; 2E5L K; 2BAN A; 4FWQ A; 2HOE A; 1WN7 A; 1QVF M; 3PLA A; 1ZBU A; 4NLC A; 1GLB G; 1DEJ A; 4KTW A; 3LAN A; 1NK0 A; 4HUF A; 4H5T A; 1NGI A; 2QXL A; 3KD5 E; 1TKD A; 3WUH A; 5BR8 K; 4M3T A; 4RWT A; 1HQU A; 3KWG A; 3L4Q A; 2HMI A; 4O8U A; 4XEI A; 5KPR A; 4E7H A; 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3K59 A; 3VQ7 A; 2RF2 A; 3O9S A; 3QER A; 5C15 A; 4YOR A; 2O8D B; 4BGB A; 3NCI A; 4FYD A; 5FLX O; 5AQU A; 4DQR A; 4E19 A; 1QQO A; 1BIZ A; 4OPA A; 1VQ6 N; 2OPR A; 4CIG A; 1JKH A; 4DR2 K; 3CJC A; 1Q8I A; 1NK4 A; 4BC3 A; 4IO8 A; 4H5W A; 3A2F A; 4J8F A; 1Q9Y A; 3J8A A; 4DWI A; 4DTU A; 4WYB A; 3AGR A; 1DTT A; 3B6O A; 3KLI A; 4I6M B; 4WQ4 C; 2VCP A; 1JL1 A; 3E9L A; 3ZSZ A; 2ATQ A; 2XRI A; 1BQN A; 3A0I X; 1X1P A; 3WXL A; 2FBX A; 3VEY A; 4IOX A; 3CG7 A; 1WUA A; 1BHL A; 4YOV A; 2YKN A; 1ZBI A; 3OYJ A; 2EX3 A; 4KRF A; 4CZK A; 4KH6 A; 1RDB A; 2AJQ A; 4KH5 A; 1S6Q A; 2HNZ A; 4MQ3 A; 4NCA A; 2AP1 A; 4CFD A; 4M3R A; 2WTU A; 3U6F A; 3T19 A; 3CCS N; 1IO2 A; 2P9S A; 2KHO A; 2F7T A; 2QK9 A; 1S22 A; 3L2Q A; 4CF8 A; 1TKT A; 3HL8 A; 3NGY A; 4KFB A; 1XMQ K; 1N5Y A; 4KKO A; 1HYV A; 5AQY A; 4DV3 K; 4LH4 A; 3O80 A; 4B9T A; 3MAQ A; 4Q0B A; 4NB4 A; 5DMR A; 2Y1I A; 4YOT A; 3G25 A; 2BH1 A; 5JMV A; 1NBW A; 4O0I A; 1RTD A; 1QQM A; 5J2P A; 1RDA A; 2YNF A; 4K25 A; 2P9N B; 4CZE A; 2HHT A; 3HPG A; 1VSF A; 1C0U A; 4E7I A; 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