3O9QA

Effector domain of ns1 from a/pr/8/34 containing a w187a mutation
Total Genus 34

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAWRS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTII'1 (112-115)S1 (88-91)S3 (115-120)TI1 (94-97)TI2 (95-98)TI3 (96-99)TI4 (97-100)S2 (107-112)TVIII1 (104-107)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Protein binding
source organism Influenza a virus
publication title A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nonstructural protein 1
total genus 34
structure length 121
sequence length 121
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3o9qA00
3RVCA 3EE9A 3EE8A 3F5TA 3P39A 3O9QA 3KWIA 2KKZA 3M5RA 3O9TA 3P38A 3D6RA 4OPHA 3OA9A 2RHKA 3O9SA 4OPAA 3KWGA 2GX9A 3P31A 3O9UA 3L4QA 3O9RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CF5L 5BPMA 1S72N 1JLFA 4MLEA 4CD1A 5CYMA 1YAGA 3VQ7A 2E5LK 4CF2A 4H5RA 3VF4A 4BRPA 5I42A 4AM7A 2OPSA 2GV9A 2A40A 4JI5K 3V1QA 3D2FA 2F8TA 3T69A 4CHQA 1YJWN 4F3TA 4DR7K 2BH1A 4J8FA 3SAHA 2YNGA 1S1TA 2GWJA 1X9WA 2HF3A 4QCLA 5C10A 4OGCA 5JLHA 3GG4A 1VSMA 3ZYYX 4JKGA 3E9PA 3HJFA 3SQ0A 1YITN 4BACA 4DQSA 4IZ9A 3OYCA 3WNEA 3FE1A 4FJ8A 3VEOA 2QWNA 3SPZA 4BY9C 4WFBL 4FO0A 3OYJA 5LMNK 3KLFA 3TAEA 3AVIA 1ZBSA 4O8KA 3SBTA 1N5YA 4AQYK 1KXPA 3A0IX 1TAUA 4JI4K 4O5BA 3QICA 3MWPA 4CIEA 4CECA 1HJRA 1NK4A 4YFUA 2NRTA 1HNWK 3SQ2A 1NGGA 2QKBA 2NRZA 1OH7A 3O9UA 3TANA 4BRIA 4CZLA 3HXMA 4L3QA 1QQOA 3PV8A 1KFSA 1GLLO 3AVFA 3CJ7A 3OYKA 2QXFA 4KHQA 2P9KB 1SL2A 4FLTA 3SV3A 3P39A 1KVCA 4AHRA 3LDQA 4DU3A 3F9MA 4IOCL 3DRSA 1S9EA 4GVMA 1E3MA 4BR9A 5IT9O 2FF6A 3P31A 1BHLA 1NG9A 1K8KA 4JV5K 3CI5A 3ULEA 4N56A 2X6NA 3CCMN 4H5WA 2NNWA 1R0AA 5AQOA 3O08A 3QBWA 3DAWA 2ZJRL 3D6RA 2B6AA 1JLGA 2O4GA 3WXJA 4BDYA 4CD3A 4CHNA 1RT5A 3NGZA 3L8BA 4E1NA 1W0HA 2ETJA 4O44A 3L4QA 4NB4A 4CIFA 4CJKA 3I56N 2Y1IA 4E7LA 4BRFA 3K58A 3C0BA 4C8KA 3NFAA 5EXWA 1T7PA 1TKTA 3TAMA 1BG3A 1UAXA 2O8BB 3B8AX 1RGIA 3CC7N 1X9MA 1LCUA 3AO1A 2NUBA 1YJ9N 3FZLA 5AZJB 4LH4A 2A1RA 2O8CB 2ZWHA 5F2RA 3VQ4A 2HSTA 4IKFA 2E20A 4K8XA 4KI4A 2Q2RA 3QLHA 2W6LA 4FZXC 3AVMA 3CCVN 4EP5A 4JI2K 5KPRA 1NK7A 1CZAN 4CF1A 2CH6A 4I6MA 3VQ5A 4BRAA 3KTQA 2A41A 2QI2A 4W5OA 1KFDA 3DLGA 5A2QO 1C0GA 2NRXA 4A2AA 4OVLA 4ZHRA 2YCHA 2QXLA 3V1RA 1NOZA 1S1WA 3HP9A 3J7ZO 4FYDA 1X3MA 4B08A 4E0DA 4B3MK 1XHZA 1LOTB 4PKIA 1BA1A 4LF5K 1TL1A 4M3RA 3FZHA 3EE8A 4OX9K 4FLYA 4JKEA 4BR2A 1E4GT 3ZX0A 1FKPA 3HL8A 1HKBA 2FF3B 5C15A 3SUPA 1N33K 2QWLA 4LC9B 2E2PA 4CCHA 4CEFA 3HPOA 3UKUA 2P9SB 4FWMA 4JD2B 5DK5A 4DV4K 3OS0A 2NZTA 3UB5A 2RE2A 4KB0A 1QHAA 4PA1A 2CGLA 4JHDA 3G71N 3KD5E 4C1NK 4EHTA 3TSQA 2F9WA 3OJUA 2PY5A 2H3GX 1YTUA 3J7AP 5GAEP 4H0VB 4FJ9A 3R9PA 4RW7A 2KZMA 1Y97A 3QB0A 1SKSA 4FJHA 2QM1A 3ZSZA 4FK4A 3LL3A 3DXKA 1K8AO 4A59A 3MX2A 3SYZA 3DLRA 5BN8A 3QFUA 3QEVA 4LFCK 4NXMK 2HHUA 1QSYA 1WSJA 3ENBA 4CZMA 2P9UA 1RTHA 3CC4N 4CK3A 2EWSA 5GADP 2DFEA 3HO1A 2PFUA 4E89A 4JI8K 1D4XA 3CJAA 4FK2A 4OPHA 2WC9A 1VQNN 2W42A 4FW1A 1Q9XA 2D4WA 2Z1HA 5AQWA 3OS2A 5KGXA 3O9SA 5E84A 3RSEB 3L4IA 1JJ2M 3F2KA 3WEEB 1VQ4N 1VQLN 4FZZA 4GVEA 1BUPA 5EVZA 2YNHA 1RT2A 4CJPA 3QEIA 4BRCA 3NE6A 5CZ1A 2P9IB 3ULDA 5LL6Z 4CFAA 4FJKA 3TAFA 3WUHA 3EN9A 4DUYK 3D2EB 4CW7B 1C0TA 2B5JA 3A5OC 2ASOA 1TK5A 4FXDA 5AJ3K 2FSNA 3JSMA 1U6ZA 4LD0A 3ZSOA 4FJ7A 2VG7A 2GTDA 1D8YA 4WFNL 5FRNA 4CGHA 2UXCK 5ADXA 1VQON 1TK8A 5BPLA 1IG8A 2E88A 4B1VA 4B1WB 4JKHA 5C24A 3THYB 3V4IA 1YTAA 3ASMA 3P38A 1EWRA 4MDAA 1T6CA 4K25A 1LW0A 5EU7A 5BPNA 2VCPA 3D45A 4JKBA 3S3OA 4IO8A 2RN2A 2G8IA 2P9LB 3LDLA 1RCHA 1X1PA 1VQ7N 4BRQA 2E2OA 4Z4HA 4O5FA 4C8MA 1NGFA 4FPBA 4FOEA 3SMSA 3E9OA 3UE5A 4CZFA 1Q8IA 2DFHA 5D3GA 1XQSC 2FC0A 5AQQA 4HTUA 4KHWA 4HTLA 1U47A 3KK1A 5KTQA 3P1GA 3LP1A 3TTCA 4CEAA 4BWJA 2G8WA 5EX5A 3O9RA 4AF1A 5KPTA 4DHYA 1D9DA 3OY9A 1QE1A 2KKZA 1L3UA 1S6PA 4FLZA 3UKRA 3A5LC 3V6DA 3VQPA 3BP8A 3KKRA 4JKDA 1HKCA 2QEXN 4BR7A 1QVFM 1NJXA 2BGGA 3AA4A 3ZSVA 4CZIA 3CHWA 1VSLA 1NKBA 4CZGA 1UWBA 4AM6A 4IDHA 1U2VA 3CQYA 1JCFA 2QWPA 1JCGA 1ZC6A 3EZ5A 4BREA 3K5LA 3PX6A 1T6DA 4A2BA 4LSNA 1HYSA 1WOQA 4CFDA 3AA5X 2HNZA 3E66A 1EXQA 3QEWA 4FJGA 3M6GA 4DLGA 2HBKA 3U6FA 1B9FA 1J53A 3PO5A 4OPAA 3MMVA 1C1BA 1GLAG 5AR0A 2QWMA 5MLCQ 1T05A 3L2WA 2ZGYA 2D0CA 4B3TK 4KFBA 4BGAA 1KC8O 4KREA 3K5MA 5CE3A 5FROA 1SQKA 1JLEA 3MN7A 3CMEN 3THWB 2VQFK 3H3NO 2NRHA 3TTDA 4C8NA 3M3ZA 3VQBA 4ZTFA 4CF0A 3OJSA 3MCAB 4KB1A 4FZYA 4CHOA 5BN9A 3AVLA 4FJ5A 3DWLA 3RMBA 4JI0K 1EKEA 3CJ1A 2XY7A 4K43A 1YT3A 1Q7YO 1XMQK 4PL7A 4BRLA 3TU5A 1DTQA 1BA0A 4KO0A 1BI4A 4BR0A 2NRRA 4Q5VA 2UU9K 1Q86O 3LZJA 1SZ2A 4F9OA 3IS9A 5H1SQ 3FGUA 2UYTA 4FVMA 3K57A 3CJCA 1Q81O 1NBWA 3G10A 2O8DB 5GIOA 4FOIA 1SKRA 3VQ6A 2Q31A 4FWKA 3RVCA 3NDKA 1Z26A 2RF2A 4PUOA 3ATVA 4H0TB 1YIJN 4G9ZA 2G8HA 3KZBA 4YOYA 3C6HA 4XIUA 1DLOA 4HUEA 4DR6K 1QQNA 1HR0K 2PBDA 4JS4A 1J6ZA 2ITMA 3VPZA 4KHUA 1QS4A 3SUQA 4KRFA 5C12A 1N6QA 4BC2A 2QWRA 4DV0K 1HYZA 3VQQA 4DTXA 1UA0A 4Q0BA 3AVJA 4DSEA 4I9QA 1QZ6A 1ESVA 1BIUA 2JWLA 2YJFA 3VEXA 3TTFA 5BRFA 1TUUA 2IC3A 4N5SA 3DLBA 3EKSA 3VGMA 3I8DA 3PX0A 4UY8O 3ENOA 1OH5A 1RDDA 3CJBA 5F1XA 3WXMB 1VAZA 2P9NA 3CC2N 2V7YA 1WB9A 4B8AB 4DS4A 3ZSYA 4Y1CA 3KLIA 2FBTA 3L2UA 4GKKK 3OYIA 1CXUA 1QHTA 2X78A 5KRTA 5KI6A 4EZ9A 2UXDK 2Z1IA 3JXUA 4BVOA 1T3VA 3I33A 5BR8K 3BDPA 4HVJA 2NLXA 2HHVA 4IFEA 5TKWA 4DF8A 3BGRA 3EKUA 3O5BA 4CJFA 3C6AA 2A3ZA 2KW4A 3ID6A 2IAJA 3QBXA 2HBLA 3VA0A 1BDGA 1RILA 3MEEA 4CJ5A 1VSDA 4JKAA 4KV8A 1RBVA 5HP1A 3MXMA 3G0ZA 4CZHA 3B6OA 2FSKA 1MWKA 3THXB 3RTVA 3OS1A 4FJIA 2J4RA 4RCHA 3ZETA 2ZJPL 4OJRA 2XHBA 4Z94A 5CY4A 4CGGA 3GDQA 3T1HK 5AQUA 1LWEA 4DUZK 3HM9A 4LFAK 1C0FA 1KAXA 2PYJA 2YHAA 1VSJA 4OLBA 1U4BA 3M8PA 1NOYA 3VESA 4I2QA 2IOCA 4B3RK 3T1AA 2OTJN 3R3LA 4WQ5C 1ASUA 3VF2A 4KKOA 3RR7A 4LF7K 1CZ9A 3AA3A 4C8LA 1IBMK 3O4NA 4F4KA 3E01A 4JLHA 3PX4A 3CIPA 3Q7BA 2F96A 3SLCA 4YDUC 4CGFA 4C1NI 3SAFA 3QESA 1HNZK 3GOIA 3CQXA 3MK6A 4DR2K 4ELUA 2IS3A 3LZIA 4KPYA 4KH6A 3D2FB 3OBWA 3SJJA 4BR5A 1QQMA 4H03B 3B6PA 4OO1J 4R5PA 1RDBA 1HMVA 4DV6K 4A5AA 3HI0A 2WONA 1TL3A 2KTQA 4E3SA 4BWMA 4MFBA 3PIOL 3FZFA 4B1YB 3BEXA 4JKGB 3LANA 4M7XA 1NK9A 4CJQA 4DQRA 3ZLJA 1LWCA 3GE1A 4IG3A 1LW2A 1A5WA 2UXBK 3H1QA 3MN9A 1NK0A 3KKSA 2GUPA 2JGUA 1EO1A 1J5EK 4JYAK 5I3UA 4WCEL 4CVNE 5DMRA 1YJNN 5AQLA 4FM2A 1S1VA 4M3XA 2UUAK 2IVNA 4DQIA 1WSHA 3AY9A 1WLJA 3ZX3A 2W6KA 1QVGM 4K0KK 3MWTA 3M8SA 3K0SA 1RDWX 2PYLA 3E1YA 4F3OA 1VQ6N 4B1ZA 4FM0A 3AVNA 3H6EA 3LP0A 4IEEA 3RMDA 4CEBA 1VRUA 1Q82O 2NRWA 2YNFA 4ZTJA 1VQ8N 3MAQA 1YVNA 3PSIA 4JKFA 1YF5L 5KGWA 1NJWA 4FLWA 3VEWA 2YI1A 4DR1K 3LDOA 1C6VA 1TK0A 1ASWA 1DTTA 3VERA 5HRNA 3NH2A 3ISNC 4YOXA 4QS9A 1IBLK 1OH6A 3MN5A 5HL7L 4CBUA 4BRMA 1K8KB 1WSIA 2BTFA 2E4LA 4CHZA 2Q0UA 3L2RA 3ULEB 5EOYA 1BWFO 3K59A 3SCXA 1YI2N 3RRGA 1KD1O 1CLQA 3SUNA 4DV7K 2O8EA 4CZEA 1KVBA 4BRNA 3C94A 4M7YA 2D0BA 2X6SA 4JK7A 4OKJA 3P83D 3KHYA 5AQNA 4ILGB 1EX4A 1JXBA 3AO3A 5AQKA 5AQVA 4JEPA 1JXEA 2CGJA 4EHUA 3GBTA 3NH1A 4PY5A 1BQNA 1IO2A 3G6EN 4Z0UA 2YKNA 3IRXA 4EP4A 4FWLA 2I7NA 2IDOA 1NGHA 1KTQA 4WQ4C 4CEDA 4JKCA 1S22A 1BU6O 3ZSRA 5EY4A 3K5NA 3U4LA 3C7NA 4KHYA 2O8FA 2KZZA 2AP1A 4BE2A 4I6MB 2CGKA 3DOKA 5J2NA 2E1YA 3IAYA 2DPNA 5E26A 4CFBA 4BE0A 1VQMN 3TSPA 1V4TA 3VEYA 4M3UA 3N4PA 2F7TA 3R1XA 2HF4A 4HCBA 4CERA 1SAZA 1KAZA 5J2QA 3LM9A 3OYNA 4CEEA 3S41A 3M1FA 3VQAA 2XO7A 3C6TA 3NH0A 1WN7A 1U48A 1K6YA 3HPHA 4HUFA 1Z05A 4FLXA 3VN5A 5AZIA 1TAQA 3OYEA 3V9ZA 1TUYA 3N4QA 3NF9A 4BQLA 1M1KO 3HOTA 1KRPA 4OPJA 2BE2A 3SK3A 3ZX2A 3EO3A 3SQ1A 4OPKA 4DWIA 1W7AA 2O4IA 2FBVA 3VGKA 5AQRA 2GWKA 2KQ2A 1U45A 4JHDB 2UUCK 1RT1A 3CCEN 2G8KA 1FJGK 2D5RA 5C25A 5LMUK 1JCEA 2KFNA 1XI1A 3LAMA 2JLEA 1ASVA 4CIGA 1ZBIA 1C0MA 3H3OB 1S3XA 3L3VA 3O9TA 5SZTA 4DTMA 3BY5A 4Y0WA 3KLGA 4MO5A 2G8FA 4FWRA 3SUOA 4MLHA 5FPDA 2P9UB 4H4OA 3NVKA 4XH5A 2HVHA 4FW2A 1MDUB 4CGIA 1NGJA 3O8MA 3RSEA 3CM6A 4J2DA 4A57A 3QINA 3AAPA 4FPAA 3SI6A 4V19S 2PAVA 3CPEA 4BG8A 1T03A 3HRGA 2P9PA 4HUGA 2IVOA 3ZSWA 3CPWM 2P9IA 1I3AA 4IJNA 4U7BA 3AARA 3NBPA 1P90A 4B9VA 1RFQA 3VOVA 3BZKA 2Q3SA 4CEQA 3CG7A 2YV0X 4CF9A 4FJJA 3MEGA 2VGNA 1VSIA 5AQIA 1VQKN 1XMOK 3SNNA 3S3MA 3HK2A 3EL2A 4CJWA 4Z4GA 4KAZA 1RDCA 3QFPA 4DTRA 3FLCO 4IFVA 2Y1JA 2Z1JA 3FFIA 3V81A 3U8XA 3VMFB 3ITHA 2AA4A 3KVGA 3HSCA 3CYMA 4FLVA 1F21A 4DLEA 4DFMA 3VF6A 4E7IA 3VQDA 1LAVA 3AGKA 2HB5A 1J9AA 4C23A 1OKJA 1BL3A 2WFBA 4X65K 2V7ZA 1BISA 3O3FA 1TYQA 3U3YA 4JI1K 3HVRA 4Z4FA 2Q0RA 3DJCA 1GLBG 1L5UA 4OLAA 1NLVA 3SZ2A 4AHCA 4H0PA 5HLFA 1XNQK 5FPMA 4AHTA 1JKHA 2E6MA 4HWIA 1I94K 4JI3K 4B1UB 3DRPA 2DY4A 3OYGA 4M42A 1IV0A 1KLNA 1S9GA 1QZ5A 5FPNA 4CEZA 4DG1A 3AGRA 3D7EO 4GV6A 1TKDA 5AQHA 1FXXA 1OVQA 4CJEA 4M63C 3NF8A 4Z4IA 1ZBFA 3SPYA 2F4VK 3M8RA 3UKRB 2A42A 4NO7A 3DXMB 1BCOA 5HROA 4NLCA 5SWMA 2RKIA 2VYPA 3VTHA 1VK0A 3WT0A 1X3NA 4BR4A 3R8EA 1U2VB 2W40A 3I0SA 1JL1A 3KIOA 1TVRA 4CHPA 3HOSA 3QIOA 1JLAA 3G4SN 1U04A 3HPGA 3PUFA 3LDNA 1VHXA 3CFRA 4YY3K 3KWIA 1N32K 2OPRA 2EHGA 2FSJA 3CCJN 1UA1A 2QK9A 3IMXA 1GLJO 1VQPN 3AA2A 4M3YA 1C1CA 4NCGA 1HNIA 4FWPA 4JAXA 4AHUA 1A5XA 1FW6A 5FRMA 3F73A 3AVGA 5JVHL 3LPTA 5M1NA 1BIZA 5M1OA 4KBOA 4HHTA 3HVTA 1RDAA 4LF8K 2YHWA 3NVMA 4BE1A 2I5JA 1BQMA 4XEIA 2XY6A 3VQ8A 4DSJA 3QO9A 5AQGA 3CERA 4YOTA 2YHBA 4ICLA 2Q97A 3H1VX 3LWMA 4B9TA 3T7ZA 3A5MC 3MCPA 4DFPA 3WQUA 1WAFA 3OYAA 1RT7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RVC A;  3EE9 A;  3EE8 A;  3F5T A;  3P39 A;  3O9Q A;  3KWI A;  2KKZ A;  3M5R A;  3O9T A;  3P38 A;  3D6R A;  4OPH A;  3OA9 A;  2RHK A;  3O9S A;  4OPA A;  3KWG A;  2GX9 A;  3P31 A;  3O9U A;  3L4Q A;  3O9R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CF5 L;  5BPM A;  1S72 N;  1JLF A;  4MLE A;  4CD1 A;  5CYM A;  1YAG A;  3VQ7 A;  2E5L K;  4CF2 A;  4H5R A;  3VF4 A;  4BRP A;  5I42 A;  4AM7 A;  2OPS A;  2GV9 A;  2A40 A;  4JI5 K;  3V1Q A;  3D2F A;  2F8T A;  3T69 A;  4CHQ A;  1YJW N;  4F3T A;  4DR7 K;  2BH1 A;  4J8F A;  3SAH A;  2YNG A;  1S1T A;  2GWJ A;  1X9W A;  2HF3 A;  4QCL A;  5C10 A;  4OGC A;  5JLH A;  3GG4 A;  1VSM A;  3ZYY X;  4JKG A;  3E9P A;  3HJF A;  3SQ0 A;  1YIT N;  4BAC A;  4DQS A;  4IZ9 A;  3OYC A;  3WNE A;  3FE1 A;  4FJ8 A;  3VEO A;  2QWN A;  3SPZ A;  4BY9 C;  4WFB L;  4FO0 A;  3OYJ A;  5LMN K;  3KLF A;  3TAE A;  3AVI A;  1ZBS A;  4O8K A;  3SBT A;  1N5Y A;  4AQY K;  1KXP A;  3A0I X;  1TAU A;  4JI4 K;  4O5B A;  3QIC A;  3MWP A;  4CIE A;  4CEC A;  1HJR A;  1NK4 A;  4YFU A;  2NRT A;  1HNW K;  3SQ2 A;  1NGG A;  2QKB A;  2NRZ A;  1OH7 A;  3O9U A;  3TAN A;  4BRI A;  4CZL A;  3HXM A;  4L3Q A;  1QQO A;  3PV8 A;  1KFS A;  1GLL O;  3AVF A;  3CJ7 A;  3OYK A;  2QXF A;  4KHQ A;  2P9K B;  1SL2 A;  4FLT A;  3SV3 A;  3P39 A;  1KVC A;  4AHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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