The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
122
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structure length |
122
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRSS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| total genus |
33
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| structure length |
122
|
| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O9Q A; 3RVC A; 3KWI A; 3O9R A; 2KKZ A; 2GX9 A; 3EE9 A; 3P38 A; 3L4Q A; 4OPH A; 3O9T A; 3O9S A; 3O9U A; 3KWG A; 3F5T A; 4OPA A; 3M5R A; 3P39 A; 3OA9 A; 3EE8 A; 2RHK A; 3D6R A; 3P31 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XMO K; 3O9Q A; 1HKC A; 4DMN A; 4FSV A; 4IEE A; 4CIE A; 1U04 A; 1NJY A; 3CG7 A; 4R79 A; 4RW9 A; 1RBT A; 1ZYQ A; 4Q0B A; 5KGX A; 4OPJ A; 5JVG L; 3WUH A; 4K8Z A; 3K9J A; 4E7H A; 3M6G A; 3CD6 N; 3DOK A; 2OZS A; 5KI6 A; 1T6D A; 2NRZ A; 2VYP A; 3ZX2 A; 5E84 A; 5I9E B; 1N6Q A; 1QZ5 A; 4JKD A; 4KFB A; 2A42 A; 3HPH A; 2YJF A; 3KK7 A; 4CIG A; 4CZE A; 1JCF A; 2X6S A; 3FFI A; 4ZTJ A; 3NBP A; 3SUO A; 3BY5 A; 4FWM A; 3A5L C; 3IUC A; 3CHW A; 4JKE A; 1BDG A; 4DF4 A; 3WEE B; 1Q81 O; 3KLG A; 3CFO A; 4IOC L; 4H0P A; 3QEW A; 4E7L A; 5SZT A; 2GEM A; 4BRL A; 1HYV A; 1S6P A; 4O44 A; 2KW4 A; 2F9W A; 4BG8 A; 2QXL A; 1NGE A; 4JS5 A; 2IC3 A; 1OH5 A; 2FC0 A; 1ASW A; 1X1P A; 2X78 A; 1SV5 A; 1XHZ A; 2KQ2 A; 5JIC A; 5JLF A; 3HYF A; 3HPG A; 3THY B; 5HOO A; 1WOQ A; 2E2O A; 1VSI A; 2ZGZ A; 4LFA K; 1SS6 A; 3MN6 A; 4BQL A; 3CCR N; 3ZSR A; 3DRS A; 3S3N A; 3UIQ A; 2W40 A; 3VET A; 3C0B A; 2IIR A; 4PUO A; 4JHD A; 2FF6 A; 3ATU A; 3IRX A; 4CGD A; 1NJX A; 5C12 A; 2NRV A; 3PV8 A; 4AF1 A; 5D3G A; 3MXI A; 1HKB A; 4BRG A; 3RSE A; 3CER A; 4KO0 A; 1JLG A; 2KHO A; 3MEE A; 5B8H A; 3KKS A; 5GAE P; 4KHP K; 4W5R A; 2F8S A; 4RCH A; 5FPE A; 5SWM A; 1T44 A; 2P9K A; 4IG0 A; 3LL3 A; 4DTN A; 4O4G A; 4OKE A; 5AQF A; 1U2V B; 2E5L K; 1U47 A; 3U4L A; 2O8C A; 1LAW A; 3ITH A; 1M1K O; 2E4L A; 3O1B A; 1S1U A; 3DXK B; 3K0S A; 2O8F B; 2IAJ A; 3E66 A; 4PKG A; 3ZX3 A; 2VWB A; 3T1H K; 1IKX A; 2VGN A; 4I7F A; 2F96 A; 1RT3 A; 3LWL A; 4EAH D; 1XQS C; 3PSI A; 4FLY A; 1DGK N; 3VGK A; 5J2Q A; 3M8R A; 1RBU A; 1BO5 O; 4ISG A; 1YJ9 N; 5H1S Q; 3VQB A; 4CHO A; 1KXP A; 1HQU A; 2P51 A; 5FPM A; 2QKK A; 5F1X A; 2YHY A; 3O1W A; 1XNQ K; 4FPB A; 2CH6 A; 3C94 A; 3LZJ A; 1N33 K; 4CEO A; 4YDU A; 3AVL A; 1ZBI A; 2YCH A; 2PFU A; 2ASM A; 1OKJ A; 3H1Q A; 3VF4 A; 4DV6 K; 2HHS A; 4OLA A; 1Z6R A; 2O8E B; 1CZA N; 4CEC A; 4DHY A; 4DR6 K; 3GOI A; 1LOT B; 1JXB A; 5M1Q A; 1FKP A; 1KAX A; 5BRD A; 4H4M A; 4FJK A; 5M1P A; 1E3M A; 1EET A; 4B9N A; 1KC8 O; 5ADX H; 4ID1 A; 2DFE A; 4FM0 A; 4FZX C; 3KLE A; 1VSK A; 3HOT A; 2HNY A; 4HHT A; 3QDK A; 3H46 O; 4OLB A; 3ZSW A; 3K5N A; 1JLA A; 2HBM A; 4IBN A; 4DS4 A; 3BF1 A; 4NLC A; 3RR7 A; 3HJF A; 5I42 A; 3CCU N; 2B4J A; 1XHX A; 3J8A A; 4X62 K; 1ASU A; 1TK8 A; 3VA0 A; 2QK9 A; 4Z4I A; 4FLV A; 3L4I A; 3UE5 A; 3AVM A; 1LWC A; 1T6C A; 4B3M K; 1TL1 A; 3MAQ A; 3FFK B; 2G8I A; 2FSK A; 3TAM A; 2HHW A; 4I9L A; 1XUP O; 3NF9 A; 3B8A X; 2P9I B; 3ZCM A; 3SMS A; 2Q97 A; 4CJL A; 4CGJ A; 3QET A; 4CZF A; 4NCA A; 3TR8 A; 3J7Z O; 1T05 A; 4CJT A; 5BR9 A; 4JI7 K; 1ZXO A; 1GOC A; 4CF9 A; 3VEX A; 4CJU A; 3WXL A; 4CZK A; 3NF7 A; 1IBM K; 2PYL A; 5HRS A; 1YAG A; 5HRP A; 3TAG A; 4WYB A; 4CJ3 A; 4K42 A; 3O4W A; 1NK5 A; 1BA1 A; 4LH4 A; 3F9M A; 4NXM K; 1NKC A; 4OPK A; 2NUB A; 2V51 B; 3U3Y A; 3TAQ A; 5GAG P; 1JCG A; 3FGU A; 1TKT A; 1IKV A; 4BR4 A; 5IWA K; 2CGJ A; 3A0I X; 2YX6 A; 2E1Z A; 5C2D A; 4BE2 A; 3TAE A; 2KZZ A; 5HBM A; 1VSD A; 3F9K A; 3HP6 A; 4K0K K; 3DYA A; 1JLC A; 3KD5 E; 4L8R B; 3SQ1 A; 4QAG A; 1TYQ A; 2Q31 A; 1TVR A; 1CXU A; 3IAY A; 4IXC A; 4F2R A; 3KLH A; 4JRP A; 3LAK A; 2QEX N; 2ZJQ L; 2P9L B; 1H1V A; 4ZTF A; 3K5O A; 1K6Y A; 3PSF A; 3NVK A; 3K5L A; 4ELU A; 5EXW A; 3ZEU B; 3NH2 A; 2Q36 A; 3V1R A; 1GOB A; 2WC9 A; 3MX5 A; 4CJQ A; 3ZT3 A; 1WSJ A; 2BH1 A; 3J81 O; 1VQO N; 1NGG A; 3I0S A; 4CER A; 2DFF A; 3DRR A; 4AHR A; 1VQ4 N; 4IZ9 A; 3O4N A; 4FJL A; 2FBY A; 3H6E A; 3TSU A; 5C15 A; 2HW3 A; 4EP5 A; 2XY8 A; 2YHX A; 2XHB A; 2RKI A; 4CJK A; 3GDQ A; 2GUI A; 3TU5 A; 4J2B A; 3SI6 A; 3VES A; 4FJM A; 4FW1 A; 2WUS A; 3TSQ A; 1LAV A; 3AA2 A; 4N76 A; 4DS5 A; 3MXJ A; 2E20 A; 1SL1 A; 3THX A; 1KD1 O; 4LFB K; 1U4B A; 3E1Y A; 1MWK A; 4N41 A; 3NH1 A; 4WF9 L; 1DTQ A; 2O4G A; 3VTH A; 4DV5 K; 3RWU A; 4HWI A; 4BWJ A; 1VSM A; 4BRI A; 4Z4G A; 5I3U A; 5AQM A; 3J7Y P; 5K14 A; 3S9H A; 4DTO A; 4HUG A; 4CEE A; 3G6E N; 3SYZ A; 4A59 A; 3LDQ A; 3KHY A; 5KRT A; 3QLH A; 1RTI A; 4OGE A; 3UKU A; 4FLZ A; 3AVB A; 3OS2 A; 3KK2 A; 4U7B A; 2OYQ A; 3D2E B; 2WFB A; 3C6U A; 4CFC A; 4IDH A; 4PHT X; 4G9Z A; 1OVY A; 4I6M A; 2XO7 A; 1L3U A; 2DPN A; 3P4I A; 2QWM A; 2FSJ A; 3CME N; 4BDY A; 1C1B A; 2YHW A; 2Z1H A; 3MN7 A; 3AA4 A; 3E9O A; 3SNN A; 3OS1 A; 5JVH L; 2W42 A; 1EO1 A; 4DSK A; 3DM2 A; 5T7B A; 3MEC A; 1X3N A; 2ZM6 K; 1BCO A; 1NGC A; 2F7T A; 4DTX A; 1HNZ K; 1XWL A; 1BI4 B; 2HBJ A; 4K25 A; 3DWL A; 4FJI A; 1QHT A; 4LFC K; 5KGW A; 2BDP A; 1C0G A; 4HCC A; 1FK9 A; 1L5U A; 3E9P A; 3SUN A; 3C65 A; 1HKG A; 4BRK A; 2QA4 N; 1LW2 A; 4F4K A; 3OYK A; 1J54 A; 4FWO A; 3HT3 A; 3EKU A; 3A8Y A; 2P9U A; 3VEY A; 4M41 A; 4WFA L; 3RRG A; 3LP2 A; 4MO4 A; 5BN9 A; 3ZSO A; 3CC2 N; 1GLL O; 4JS4 A; 2OA8 A; 5LJW A; 1XNR K; 4NLB A; 4FZZ A; 3SUP A; 3D2F A; 1BWF O; 4JKG A; 4CGF A; 1HNV A; 5AQN A; 3DLE A; 4EZ6 A; 1OH6 A; 1QSY A; 3ID6 A; 3SAH A; 2KLA A; 3AVI A; 4IO8 A; 4ICL A; 4ELT A; 3SV3 A; 3VN5 A; 4FXD A; 3SBG A; 2Q2R A; 3TWH A; 3NAE A; 2E2N A; 3TTF A; 1LWF A; 1KVA A; 4K43 A; 4CJS A; 1L3V A; 2X74 A; 4CJR A; 3EE9 A; 4JI5 K; 1J9A A; 4KHQ A; 3L8B A; 4RW4 A; 1GOA A; 4Z0U A; 1K73 O; 4BDP A; 3RR8 A; 3C6A A; 5FRO A; 3VEV A; 1Z25 A; 4J8F A; 5ELZ A; 2OCE A; 3VQA A; 2PBD A; 1P8Z A; 2ZJP L; 4DV1 K; 4CED A; 4RW6 A; 4CBX A; 2G8H A; 4CHN A; 1RDW X; 4EHT A; 4DSE A; 4FLX A; 2GWK A; 4Z4H A; 1BIZ A; 2X6N A; 3AGK A; 4HUF A; 3NGZ A; 1K9M O; 3LAM A; 3KWG A; 5FPD A; 3ZSY A; 2ZGY A; 4FK2 A; 3L6Q A; 1KFD A; 3QBW A; 1BCM A; 1DKG D; 1Q82 O; 1J5E K; 4FJG A; 3NHG A; 4XH1 A; 3VEO A; 2OPR A; 1RT4 A; 4KRE A; 5AQR A; 1QVF M; 3CC7 N; 3PO5 A; 4B9U A; 3CCM N; 3VQD A; 3PY8 A; 4E1N A; 4DSF A; 2ASP A; 2D0A A; 2E2Q A; 5FDL A; 1VQP N; 3C7N B; 1M90 O; 1GLJ O; 5AQG A; 2ZJR L; 3L2R A; 2HVH A; 3NMU A; 3VGL A; 2Y1I A; 5CR4 A; 1S6Q A; 3U6F A; 4DWI A; 4QS7 A; 3P31 A; 4BE0 A; 1NK4 A; 3I0R A; 2O8B B; 4C23 A; 1K8K A; 2YJE A; 1GLB G; 2I5J A; 4JNE A; 4NYF A; 3A5O C; 2A1R A; 2QW9 A; 4FK0 A; 2WBN A; 1WBB A; 1HPM A; 4H0V B; 1X9W A; 4OPA A; 1ATR A; 4FZY A; 1NGH A; 4E7I A; 3R8E A; 1I39 A; 3U8X A; 2D1K A; 2ATQ A; 1RDB A; 4TSX A; 3QEX A; 3PO4 A; 3S41 A; 3Q7B A; 3LDN A; 4DV3 K; 3VQ7 A; 4CCH A; 1NJZ A; 4JI1 K; 4FM1 A; 3VQ4 A; 2HOE A; 4DTJ A; 3TTD A; 3AVF A; 4WQ5 A; 1KVC A; 1YF5 L; 3R6M A; 3SV4 A; 4DR3 K; 4KHU A; 1KQS M; 2EHG A; 5JLH A; 1SQK A; 5FPN A; 1KAZ A; 2V52 B; 2D0C A; 2AJQ A; 2QM1 A; 1RBV A; 3SMP A; 2E8A A; 1NK0 A; 3ZSX A; 4E1M A; 2PY5 A; 4B9V A; 1VQ5 N; 4BRM A; 3ULE A; 1RT2 A; 4ISF A; 2D0O A; 4CF8 A; 3G0Z A; 3FZK A; 2ZWH A; 4FJ5 A; 3PUF A; 1JKH A; 1UA0 A; 1O13 A; 4PQU A; 3D0P A; 4X64 K; 1BUP A; 4C8L A; 3FZL A; 3CF5 L; 3I8B A; 5CYM A; 4CGG A; 3ZYY X; 3VGM A; 2FF3 B; 3WT0 A; 4O0J A; 2XRI A; 3B6O A; 5CY4 A; 1HJO A; 3K2P A; 3NF6 A; 1IO2 A; 3AY9 A; 1N32 K; 4DQR A; 3TTC A; 3I56 N; 1QZ6 A; 5KPT A; 3A2F A; 1C1A A; 1BA0 A; 3F5T A; 3NDK A; 1WAJ A; 4CES A; 4M3T A; 1D5A A; 2IS3 A; 3D6R A; 4H4O A; 3EKS A; 2GTD A; 1RT1 A; 3O3H A; 3OW2 M; 3H3N O; 3OYL A; 3BF3 A; 5GAH P; 5EOY A; 1F21 A; 3THY A; 3MEG A; 1C6V A; 3HBT A; 3SJJ A; 1C0U A; 4DFK A; 2B6A A; 4Z4F A; 4B3R K; 4CFA A; 3EZ5 A; 4MLH A; 3ENH A; 3CFP A; 1IBK K; 4YOY A; 4MDB A; 3G4S N; 2P5G A; 4AHS A; 3NH0 A; 1TKD A; 1DT9 A; 5J2P A; 2HF4 A; 3GL1 A; 3VEN A; 1EQY A; 4FWR A; 1TV6 A; 2WTU A; 4ELV A; 4BRC A; 4KAZ A; 3LM9 A; 3HTV A; 2ITG A; 4M63 C; 2YHB A; 5AFU H; 1IJJ A; 3P38 A; 3L3U A; 3IKM A; 1NKB A; 4CK2 A; 3FLC O; 3HXM A; 2RN2 A; 4LF4 K; 4A61 A; 4JHD B; 3CXC M; 1WSE A; 1ZBF A; 3K9K A; 2UUA K; 3JS6 A; 3P5J A; 1SL2 A; 2RF2 A; 4DQP A; 4DF8 A; 3DXK A; 4OJR A; 5AQW A; 3ZLJ A; 3RSE B; 2VQE K; 3RVC A; 4PY5 A; 3UKR A; 2V7Z A; 4KTQ A; 4CJW A; 3QML A; 2KFZ A; 4O5B A; 1RT5 A; 3AVN A; 4WQ4 C; 2P9K B; 3IS9 A; 1HJR A; 5LMN K; 4AQY K; 3DLB A; 4XEI A; 3MMV A; 3K58 A; 1KLM A; 5KRS A; 3WQT A; 3VA3 A; 2GUP A; 3NE6 A; 4FWP A; 2O8C B; 3SPY A; 3CC4 N; 3AVG A; 1BHL A; 5AZI A; 2P9S A; 1UA1 A; 1MDU B; 5AQT A; 4B1Y B; 4QS8 A; 3OBW A; 3RTV A; 3KLF A; 4BRN A; 4F3T A; 5GAD P; 4JI3 K; 4LF5 K; 4Y1D A; 2W41 A; 4KH4 A; 4MDA A; 5EX5 A; 1ZBU A; 5TKY A; 2BGG A; 4M3X A; 2ITM A; 1NG9 A; 1S72 N; 4DV4 K; 3OJU A; 4DR7 K; 1YJW N; 4YHH K; 1J6Z A; 1QTM A; 4LF8 K; 5GIN A; 1NK9 A; 5CE3 A; 2KKZ A; 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4M3U A; 2NRR A; 1RT6 A; 4BRH A; 4QOZ B; 1GLD G; 1IKY A; 2A3Z A; 1RTD A; 2I7N A; 5J2N A; 4GV3 A; 3O3G A; 1QS4 A; 3PX0 A; 2EX3 A; 3OYF A; 1HPZ A; 4QCL A; 5HP1 A; 3P83 D; 5AQQ A; 3MN5 A; 3CJ1 A; 3AVH A; 3CPE A; 3EZW A; 4JD2 A; 3ZET A; 5KPR A; 1N36 K; 1RIL A; 3OA9 A; 3SBT A; 3QO9 A; 1G99 A; 3ISN C; 1TYQ B; 3VQE A; 2H3G X; 3R1X A; 3MED A; 4N56 A; 3U3G A; 1TKX A; 4IFE A; 1T8E A; 1IH7 A; 1WSF A; 4CJ4 A; 4CFD A; 4N5S A; 3LM2 A; 1GLC G; 1S9E A; 3MDQ A; 4ILG B; 4CEQ A; 3H08 A; 4E7J A; 5AQS A; 4OX9 K; 3L4Q A; 1IG9 A; 4H03 B; 4XIU A; 1ZBS A; 1RDC A; 4LD0 A; 4JKB A; 5AQX A; 3DLH A; 3DMJ A; 5MLC Q; 1S3X A; 1RTJ A; 3DI6 A; 3THW A; 4H0X B; 5BRE A; 2A40 A; 4CZI A; 2AP1 A; 4KKO A; 4B3S K; 1UAX A; 4WCE L; 5M1O A; 4DQS A; 4A2B A; 2A5X A; 4IKF A; 4CJF A; 2BE2 A; 4RWT A; 1HMV A; 3G71 N; 3THX B; 3KTQ A; 3D2E A; 4BWM A; 1EXQ A; 2V7Y A; 2NZT A; 1DLO A; 3M8Q A; 4BRQ A; 1C1C A; 3KVG A; 4MO5 A; 4LSN A; 4GKK K; 4G1Q A; 4FK4 A; 3VQP A; 2B5J A; 5AR0 A; 4M3R A; 3CCJ N; 4GVM A; 5JMV A; 3UKU B; 1HYZ A; 5C25 A; 5FRN A; 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