The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
122
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structure length |
122
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRSS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Transient Homotypic Interaction Model for the Influenza A Virus NS1 Protein Effector Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| total genus |
33
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| structure length |
122
|
| sequence length |
122
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3D6R A; 3O9S A; 3RVC A; 3O9T A; 3P38 A; 3L4Q A; 3P31 A; 3P39 A; 3O9Q A; 3KWG A; 2RHK A; 3O9U A; 3EE8 A; 2GX9 A; 2KKZ A; 3F5T A; 3OA9 A; 3KWI A; 3M5R A; 3O9R A; 4OPH A; 3EE9 A; 4OPA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ESV A; 2P9U B; 4BWM A; 4CGF A; 2DFE A; 1HNZ K; 1U4B A; 1DKG D; 2NRX A; 3OYE A; 4GKJ K; 4EFH A; 1D8Y A; 1K6Y A; 3LL3 A; 3KWG A; 3THY A; 3CCL N; 4ICL A; 1K8K B; 5CHI A; 2P51 A; 1NJI O; 3VQ8 A; 4MO5 A; 2ZM6 K; 4KHW A; 3TSQ A; 4V19 S; 3PSF A; 4YOY A; 1QS4 A; 3OYH A; 2V52 B; 3CQ8 A; 3QIC A; 4FJL A; 1VQK N; 5KPR A; 4YOU A; 3ZT0 A; 3BP8 A; 2WBN A; 3RR8 A; 3G71 N; 1GOB A; 1OKJ A; 2NZT A; 4DG1 A; 4CZI A; 3HSC A; 1VQ9 N; 4KRE A; 1J5O A; 5JMV A; 1Z25 A; 4FLX A; 2YJF A; 2AP1 A; 2YHX A; 4BC5 A; 2ZWH A; 1RT4 A; 4CJ3 A; 2HHT A; 4BR7 A; 1RTH A; 3BDP A; 1GOA A; 3SBT A; 4GV9 A; 4FLU A; 4B8C A; 2QXF A; 2UXB K; 2YHW A; 2QWM A; 1WSG A; 4CBW A; 2RN2 A; 4CZM A; 5JLH A; 4FZZ A; 1KVB A; 1TL3 A; 5GIO A; 2IGI A; 1DGK N; 3MMV A; 1C0G A; 4JEP A; 1Q9X A; 3A5M C; 2XRI A; 2XY6 A; 1H1V A; 1KXP A; 1NK7 A; 4N47 A; 3LP1 A; 1U48 A; 4DB3 A; 4JNE A; 3VQQ A; 3LWL A; 4LFA K; 4UQG A; 3E66 A; 1HNI A; 4BDZ A; 2JLE A; 3FGU A; 2NRR A; 3D2E A; 2QI2 A; 1U04 A; 1VSF A; 4ILH A; 1SZ2 A; 4B8A B; 5AQO A; 3SK3 A; 4WYB A; 4RW9 A; 5EXW A; 3T19 A; 1V4S A; 1NGA A; 1NG9 A; 2A1R A; 3VQC A; 1ZBH A; 4BDY A; 2B4J A; 1S1X A; 2YNF A; 3DLE A; 4FK4 A; 2FSK A; 3W0L A; 1YTU A; 2O8E A; 3AVB A; 3ZSX A; 1G15 A; 5AQX A; 4EP4 A; 3BY5 A; 1A5V A; 2Z1I A; 3SLC A; 2ASP A; 2I7N A; 2FXU A; 1CXU A; 2NRW A; 4EZ9 A; 1WSJ A; 2ASM A; 2OTL N; 2HOE A; 1NNE A; 1I94 K; 2ZGY A; 1L3S A; 3CD6 N; 1SV5 A; 4RW6 A; 3MAQ A; 3EO3 A; 1RTJ A; 3U3G A; 4CHQ A; 1YJ9 N; 1JCF A; 1NU0 A; 3OBW A; 5FDL A; 4BR0 A; 4N56 A; 2ITG A; 5E26 A; 3CM5 A; 3TI0 A; 2Y1I A; 1WBD A; 3CC2 N; 3RRG A; 2ATQ A; 3ATV A; 3DXK A; 4DF4 A; 5B8H A; 2VYP A; 4IFY A; 3LP0 A; 1JL1 A; 2UUB K; 1I39 A; 1NWK A; 3V1O A; 3EKS A; 4JRP A; 1RDA A; 3AAR A; 1IBM K; 3OYK A; 1RDC A; 3EL2 A; 4JHD A; 4FLY A; 3NGZ A; 4E7J A; 3J7A P; 3ZSY A; 2J4R A; 2FBT A; 4CGG A; 2EWS A; 3R8E A; 3HZ6 A; 1Y64 A; 1NLV A; 4JKG A; 2O8F B; 3UIQ A; 5DMR A; 2O4G A; 3UKR B; 2YV0 X; 5HP1 A; 3OYB A; 4U67 L; 2GWJ A; 4FJI A; 1B9F A; 3KIO A; 3QEX A; 4Z4C A; 3OYA A; 3CQY A; 2UYT A; 1LV5 A; 1HJO A; 3LM2 A; 4F3T A; 3AO5 A; 4ZTF A; 4CFC A; 3AVL A; 3HTV A; 3QEI A; 1WSF A; 2Q3S A; 4JI6 K; 1VQ7 N; 1X9S A; 4PUO A; 1TKD A; 5HL7 L; 3T1A A; 4CJR A; 4BRK A; 3IAY A; 1SQK A; 3VQD A; 1VRT A; 3DLG A; 3MWP A; 4DR7 K; 2NLX A; 3MCA B; 4LSN A; 3M3Z A; 3RSE B; 1RDW X; 3J81 O; 3AVG A; 4K41 A; 3IKM A; 4LF5 K; 4DCH A; 4DLE A; 2ZQB A; 2YKM A; 3L2U A; 1VSE A; 2NRT A; 1DTQ A; 2Q31 A; 3SAG A; 2WON A; 3ULD A; 1TV6 A; 4NXN K; 1XC9 A; 3PX0 A; 4NCA A; 4IOX A; 3IUC A; 5TKY A; 4RW4 A; 3OVN A; 1TL1 A; 4IJN A; 4I2P A; 4B3O A; 1J53 A; 3S3M A; 3VEW A; 5E41 A; 2QWL A; 3FZL A; 3NH1 A; 2OPQ A; 2F9T A; 5KRS A; 2YNG A; 1L5U A; 2G8F A; 4B1X B; 3FE1 A; 3J80 O; 2D0O A; 5FLX O; 4H0Y B; 3CPW M; 4MLH A; 1LW2 A; 3EZW A; 1ZYQ A; 3M5R A; 4YDU C; 3SMP A; 3T69 A; 1NGH A; 4C8N A; 2O8B A; 3I55 N; 2O8C A; 4IWV A; 3S3O A; 2BUP A; 1R0A A; 1IH7 A; 2A6A A; 3ZSR A; 3MN7 A; 3AA3 A; 4IOA L; 2RE2 A; 3MN6 A; 3HOT A; 1VQ8 N; 1RNH A; 4PQU A; 3VEZ A; 2WUS A; 3OYI A; 4KHP K; 2HVI A; 1T05 A; 1TUU A; 3MED A; 2IVP A; 1QHA A; 4LH5 A; 1KVA A; 3V81 A; 3CFO A; 4BWJ A; 4IDK A; 3DLL L; 3O3G A; 5BPN A; 3ULE A; 3EE9 A; 3HT3 A; 1NJX A; 3GG4 A; 2P9L B; 3DXM A; 1TAU A; 3SNN A; 4MQ3 A; 2A42 A; 2VG5 A; 2DFH A; 1D4X A; 3A0I X; 5KGW A; 3U9Z A; 3D2E B; 2B5J A; 1EKE A; 3Q7C A; 4OX9 K; 4WCE L; 1VQ6 N; 3PO5 A; 1ASU A; 1NGG A; 1V4T A; 1RDB A; 3QML A; 1HNX K; 3E9O A; 4DV1 K; 3UB5 A; 1BCO A; 3NCI A; 1WB9 A; 4FJH A; 3I33 A; 5BPM A; 1GOC A; 2QWO A; 2QKB A; 4WQ4 A; 4AQY K; 3H1V X; 3ZT2 A; 1J6Z A; 4O0I A; 3D0P A; 3HPG A; 1YF5 L; 2O8E B; 5D3G A; 2ETJ A; 4J2D A; 1FKP A; 3CIP A; 4LF6 K; 1QZ6 A; 3D45 A; 4BRQ A; 3EKU A; 4WE1 A; 1KLN A; 1KRP A; 5HRS A; 2BDP A; 3L8B A; 1WAF A; 2V51 B; 5FPM A; 4AHT A; 3OS1 A; 4GVM A; 4DFK A; 4ELT A; 3V6D A; 3RVC A; 3DAW A; 2W41 A; 3A5L C; 2Z1J A; 2E2P A; 2QK9 A; 4DV7 K; 2BGG A; 1LOT B; 3MXM A; 3SAH A; 3DXK B; 3D2F A; 2E20 A; 4Z4F A; 3O80 A; 1T6C A; 5J2P A; 3OYC A; 4JHD B; 3WEE A; 3CF5 L; 3CQX A; 4E3S A; 4CF9 A; 4JKG B; 2ITM A; 1HKB A; 3DLK A; 4BDP A; 5C2D A; 4ISE A; 4NLC A; 2VCP A; 4DQ8 A; 4CIF A; 1S1W A; 2YHA A; 2FLO A; 3AO3 A; 3QBX A; 4OKK A; 3OYL A; 4RCH A; 5HBM A; 3PV8 A; 4B9M A; 4AHS A; 3SPY A; 3SJH A; 3KLG A; 3M8P A; 3SUN A; 4M3R A; 3CCQ N; 4FJX A; 2D4W A; 4B3S K; 5CZ1 A; 1ATS A; 4CEB A; 3AAP A; 3I8D A; 1LAV A; 3HBT A; 4CK1 A; 3FZM A; 1B9D A; 3O08 A; 3WQU A; 4OKJ A; 4BRD A; 2PFU A; 1G99 A; 3LAK A; 4CJ5 A; 3LDO A; 1N33 K; 3L6Q A; 1O13 A; 3OYJ A; 3PX4 A; 5KRT A; 2F9W A; 1OH7 A; 2KKZ A; 4BE2 A; 3U6F A; 3TAN A; 4M3Z A; 4YOV A; 1NMD A; 3KKS A; 4CF2 A; 3GOI A; 3O1B A; 4WQ5 A; 1KLM A; 3U8X A; 3MXI A; 5LMU K; 1WSI A; 3D7E O; 3UE5 A; 3EEQ A; 4EHU A; 1JLA A; 1XUP O; 2GTD A; 5EOY A; 5FRO A; 3P4I A; 1KAZ A; 4ILJ A; 4ZHR A; 5ELZ A; 4U7B A; 2O8B B; 1UA0 A; 4FM0 A; 3DJC A; 1W0H A; 2FBY A; 4BR9 A; 2ZJP L; 2O8C B; 3AVC A; 2PAV A; 1FK9 A; 1CXQ A; 3BGR A; 3ZLJ A; 1RIL A; 3V9W A; 3TSU A; 2ZGZ A; 3GDQ A; 4DSK A; 1YVN A; 3AVK A; 3QIP A; 3C7N A; 4B3T K; 1KAX A; 1N32 K; 4E7K A; 1IBK K; 4HWI A; 1XQS C; 4XIU A; 5C15 A; 2E2Q A; 2Q0U A; 1BOT O; 4DR4 K; 4RW7 A; 1MWM A; 2F96 A; 3S41 A; 4DU1 A; 4FZX C; 1DTT A; 1MDU B; 4JK8 A; 4BRF A; 3ULE B; 2V7Y A; 4PL8 A; 2RHK A; 3MK6 A; 1VSI A; 5F1X A; 4JI2 K; 3DXM B; 1BG3 A; 4CIE A; 1JXB A; 4IO9 L; 1HPM A; 4KI6 A; 1XNQ K; 2FSJ A; 3G25 A; 3LP3 A; 3TAF A; 1KQS M; 5C2F A; 3CC4 N; 2X6S A; 4H8K A; 2D1K A; 4CFD A; 1SL0 A; 3CCJ N; 1VSJ A; 4CFB A; 3L4Q A; 4FM2 A; 4OGC A; 4BVO A; 4K25 A; 4DU4 A; 5J2N A; 1LWF A; 1NGD A; 1OH8 A; 1WUA A; 5M1K A; 5AR0 A; 5HRO A; 5DM7 L; 4FK2 A; 1XMO K; 2ZE2 A; 3T1H K; 1NK6 A; 3BZC A; 1BA0 A; 3QFU A; 1ATR A; 3CCR N; 3PUF A; 1UAX A; 4OLB A; 3KK3 A; 5I3U A; 4DKW A; 1BGX T; 4YOX A; 4MDB A; 3HL8 A; 3WNH A; 3ISN C; 4IEI A; 3VQA A; 3NF9 A; 4XH5 A; 4RW8 A; 1BI4 A; 1ZBI A; 3B6O A; 3B6P A; 2VWJ A; 5AQP A; 3ZEU A; 4E7I A; 3EZ5 A; 3ID8 A; 5JVH L; 3MWT A; 4M3Y A; 1HQU A; 3LZI A; 4DTU A; 4W5Q A; 1BDG A; 3H45 C; 3E01 A; 1C0U A; 4A57 A; 1B92 A; 1J5E K; 1EWQ A; 4C1N K; 1LWC A; 4CEO A; 4GW6 A; 1EP4 A; 3VQB A; 4KO0 A; 4AHV A; 3MCP A; 3WEE B; 4DWI A; 4HUF A; 1DEJ A; 4JRQ A; 1XC3 A; 2X6N A; 1ZBU A; 4JKF A; 2HF3 A; 3LDS A; 4FWN A; 4MO4 A; 3G0Z A; 3B8A X; 3CJ1 A; 2P9S A; 3O9T A; 3NAE A; 2DTU A; 4HTU A; 4CGI A; 3ZYY X; 4CVN E; 1NBW A; 3CM6 A; 4CE9 A; 1NJZ A; 3CER A; 3CFR A; 3JAM O; 3ZX3 A; 2QWP A; 3Q7B A; 4AIL C; 3KHY A; 3O4W A; 3E9L A; 3VMF B; 3ITH A; 2P9N A; 3O5B A; 4DV6 K; 4KB0 A; 4CF8 A; 2FSN A; 3OJS A; 3K9J A; 3GBT A; 4KTW A; 3HXM A; 5AFU A; 3ZET A; 4ELV A; 1LCU A; 1ZBS A; 3P1G A; 1S1T A; 2HNY A; 3QBW A; 1S6P A; 3K5M A; 1O1W A; 1WLJ A; 5KI6 A; 3U4L A; 2Z1G A; 3L3V A; 3VA3 A; 4OJR A; 4FWQ A; 3CMA N; 3UKU A; 3DOK A; 3C6U A; 1ZBL A; 1GLC G; 4DTO A; 1OVQ A; 5F2R A; 2A5X A; 2D5R A; 1J54 A; 4E0D A; 1RDD A; 3L2Q A; 4B9S A; 3QEP A; 5EY4 A; 5GIN A; 2P9L A; 1C0T A; 3G10 A; 3TAE A; 2F4V K; 2LSN A; 3HI0 A; 4DSI A; 1NK5 A; 3ZSZ A; 2E5L K; 4DR1 K; 1HYS A; 4H4M A; 5AQR A; 5KQ8 A; 3PIO L; 2Q36 A; 3DLR A; 2GBZ A; 3ZSV A; 4LF4 K; 3C95 A; 3P38 A; 4WFB L; 1VQM N; 2AJQ A; 3C7N B; 4L3Q A; 4PKG A; 2HBJ A; 1C0F A; 2PY5 A; 4A5A A; 3DMJ A; 2X74 A; 3MEG A; 4O4G A; 2VG6 A; 3KK1 A; 3FZH A; 3QER A; 3AVF A; 4JKC A; 4E7L A; 4JI0 K; 3CJB A; 1OVY A; 2OYQ A; 1J9A A; 4JAX A; 4BRC A; 5JS1 A; 4CJV A; 1IO2 A; 4PKH A; 4FXD A; 3M1F A; 2QWN A; 1YJW N; 4RWT A; 3W3D A; 1HMV A; 3TTD A; 5AQN A; 1Q86 O; 4CJK A; 3F2K A; 3QET A; 4HCC A; 1D9F A; 2E2N A; 3MN9 A; 4ISF A; 3SUQ A; 1SUQ A; 2X78 A; 3LPU A; 4A2A A; 3A5O C; 3SUO A; 3QEW A; 3H1Q A; 1RTD A; 5M1F A; 1GLE G; 4QAG A; 1R59 O; 3MEE A; 3KVG A; 4I9Q A; 4W5N A; 4FJK A; 3RWU A; 4J8F A; 4BY9 C; 5T7B A; 2YKN A; 4CJ4 A; 4CEZ A; 3CET A; 3O6W A; 1YAG A; 4QS8 A; 3KTQ A; 1L3U A; 1RT3 A; 1RBT A; 3QDK A; 3AGK A; 1QVG M; 4E1M A; 3O3H A; 4CZL A; 1RBS A; 4B9Q A; 2ZJR L; 1QSS A; 1X3M A; 1VQP N; 4R79 A; 2KZM A; 1U6Z A; 4O55 A; 4C8K A; 1BI4 B; 3THX A; 3KK2 A; 3HPH A; 1YHQ N; 3DRS A; 1MWK A; 3AAQ A; 3TSP A; 3SV4 A; 4Y0W A; 3DWL A; 5KPZ A; 3ZEU B; 5FRN A; 4KI4 A; 1LWE A; 5GAH P; 2HMI A; 1VSH A; 3K9K A; 2G8W A; 1YTA A; 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1YIJ N; 5H1S Q; 4DQI A; 4H5W A; 3GE1 A; 4IO8 A; 2YNH A; 4JYA K; 1EXQ A; 4B9V A; 2IS3 A; 4FWM A; 3IFR A; 4AHR A; 4FW2 A; 3HYF A; 2XO7 A; 1IJJ A; 2V7Z A; 4GY2 B; 3O1W A; 3M6G A; 4BR5 A; 2Q0R A; 2CH6 A; 5BN9 A; 4C23 A; 2O8D A; 4EZ6 A; 3LP2 A; 1S9G A; 3ZCM A; 1QSL A; 4FWK A; 1YI2 N; 3HRG A; 1TKX A; 2CH5 A; 5TKW A; 4W5O A; 3HP6 A; 1S9E A; 5C0Y A; 1Q7Y O; 4C8O A; 3NVK A; 4E19 A; 4CF1 A; 5AQS A; 1Q82 O; 4H5R A; 3TPQ A; 1BL3 A; 1NJW A; 4KHN A; 1JLC A; 3OTO K; 3RTV A; 3TWH A; 4BE1 A; 2FF3 B; 2XHB A; 4CD1 A; 5E84 A; 1QQC A; 4J2E A; 1K8A O; 1JLB A; 3P5J A; 4CER A; 4N76 A; 2CGJ A; 4CHY A; 5DM6 L; 1YIT N; 5HRR A; 3CCE N; 2P9P A; 4H0O A; 4BRO A; 5J2Q A; 1EQY A; 4JKH A; 3SCX A; 4ISG A; 4DFJ A; 4LF9 K; 4CEA A; 3K5N A; 1GLB G; 2IVO A; 4IJA A; 3SPZ A; 3ID6 A; 3HPO A; 4KB1 A; 1X3N A; 2KLA A; 1NGJ A; 3VEN A; 1NKE A; 4O5B A; 5M1O A; 3DRP A; 4BRH A; 2P5O A; 3SAF A; 4EHT A; 2D0B A; 4IG3 A; 3NMU A; 3S9H A; 4CJU A; 1IKW A; 2UUA K; 2VQF K; 3THX B; 1JXE A; 3SUP A; 5JVG L; 1IKY A; 3TAG A; 2NRH A; 2PZS A; 3QEV A; 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