3OVNA

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
143
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 143
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ovnA00
1LAWA 2IAJA 3HJFA 4DQQA 3M8SA 3CQ8A 5HRSA 4CHZA 3QIOA 3OYLA 1I3AA 1WSFA 3PV8A 2G8KA 4FM2A 2BGGA 3VQAA 3VQ8A 2Z1GA 5C25A 1DTTA 3VQ6A 4RG8A 3RMCA 3OYJA 4E7KA 3HT3A 3TAPA 3NGIA 3V81A 1FXXA 2P5OA 2XO7A 1WSJA 2BDPA 4CGHA 2OPQA 3KLHA 3VQPA 3ZSWA 3OYCA 3V4IA 3AVLA 1F21A 3P5JA 4ELUA 3E01A 3VQEA 4BE1A 5JS2A 3LALA 3PUFA 4M3TA 2OA8A 3K2PA 3PY8A 4OLBA 1JLCA 1EXQA 3DLKA 4PA1A 3AVKA 3KK2A 4B9MA 4IBNA 4CEDA 1RDDA 1J53A 1DLOA 3KLEA 1Q8IA 1YVUA 4FJ7A 2HNZA 1SUQA 3LP1A 1D8YA 1TKTA 1JLGA 1VSHA 4B8AB 3QEPA 4DFKA 4LY7A 1Y97A 1HYVA 4GW6A 1DTQA 2XRIA 2E6LA 5J1EA 3OYIA 3QESA 3QEXA 4WE1A 4PWDA 2AJQA 3TAEA 1HNIA 4CGFA 4JRQA 4M3XA 4Z4IA 3KD5E 4JS5A 1HYZA 3ZT1A 4IDKA 5J2MA 4FJNA 2B6AA 3SQ1A 4FXDA 4NCAA 4DTOA 4CHOA 2JGUA 1L5UA 2Z1IA 1TAUA 4L8RB 4DSKA 3SPYA 3ISNC 1HJRA 3AVJA 3WNEA 4DTXA 3VA3A 1U04A 4BDPA 4E3SA 3HPGA 4CHYA 4DTMA 1XHZA 2O4IA 2GUIA 4KHUA 4IKFA 2I5JA 2HHTA 3SUQA 4KTQA 3LP0A 2OZSA 1TL3A 2VG6A 3C95A 4DQIA 1TKDA 3VQDA 4Z4FA 3SYZA 3H08A 1KVAA 3DOKA 2P1JA 5CZ2A 1LW2A 1RT3A 3NH1A 1ZBLA 1EETA 1TGOA 1RT2A 3LZJA 4JLHA 4FM0A 2Q3SA 2W42A 2HB5A 4AILC 1TKXA 4E1NA 3LDSA 3SPZA 3PO4A 3D45A 3RRHA 3HPHA 4KHNA 1LAVA 1WSHA 1Q9YA 1BIUA 3SZ2A 3TABA 4H4MA 4KFBA 2G8WA 2DFFA 4OKKA 5FDLA 3MXJA 1SL2A 3DRRA 3AVAA 5KI6A 3TI0A 3L2UA 4C8LA 1FKOA 4CJEA 2KFZA 4B9VA 1HPZA 3SQ2A 3I0SA 3TWHA 1K6YA 1IG9A 3DLHA 4GMJB 1A5VA 1W0HA 3MEDA 3OS1A 3JYTA 1RTHA 3M8PA 1L3VA 4KI6A 4FLXA 2QKBA 1IKXA 4CJ5A 1RDAA 5HRRA 1W9HA 3HVRA 1S9GA 4M42A 1HQEA 2KW4A 2DFHA 4DTPA 3RR8A 5EU7A 3KJVA 1RCHA 4HUGA 1N6QA 4DQPA 3A2FA 4QCLA 3ZSOA 2BE2A 1KVBA 2RKIA 1T8EA 3THVA 2GV9A 3UIQA 4FLVA 1RTDA 4HCBA 4LSLA 3NE6A 1Q9XA 5JS1A 2A1RA 1J5OA 2OYQA 2O4GA 4EZ6A 1C0UA 1IH7A 4AHSA 2QXFA 3DMJA 4H4OA 5CZ1A 3SV4A 1NOZA 1REVA 1D5AA 4F4KA 3AO4A 4FLWA 3T1AA 3OYNA 2Z1HA 1WLJA 3S3MA 4NYNA 3MEEA 4CF1A 3ZCMA 4OVLA 1JLQA 4CF2A 4J2EA 4AHUA 4Y1CA 3LPTA 3L8BA 3DI6A 3WNFA 4OGEA 4CJKA 1L3SA 1L3TA 4N41A 4M3UA 3QEIA 4BWJA 3ZT2A 2LSNA 1WAJA 2VG7A 3LANA 4CJFA 3ULDA 4DTSA 1GOCA 1ITGA 5HRPA 3EZ5A 2YV0X 5KRTA 2RPIA 3NFAA 3PX4A 3OJSA 2PYLA 1KCFA 2VG5A 1RDCA 4C8MA 3VA0A 3OY9A 3OS2A 4HHTA 3ALYA 3L2WA 1ZBHA 2YKMA 4AHRA 1A5XA 4KB1A 4CJPA 4CJ3A 4HCCA 1RTIA 5SZTA 4DF8A 3NF9A 1CXQA 1VSEA 2OZMA 3C6TA 3T19A 4CEAA 1XC9A 4FJHA 4UQGA 4OGCA 3IS9A 4KREA 3TAGA 3AO2A 5HBMA 3U3GA 1BI4A 4KPYA 2YNFA 4I2QA 5J2QA 2Y1IA 1TK0A 4OLAA 3HO1A 4CFAA 4AHTA 1JL1A 2FBVA 1VRTA 3ZT3A 3K5OA 1BIZA 4N56A 3KKSA 3QNNA 3ZSXA 3AO5A 3D0PA 4I9QA 4CJUA 4E19A 2WOMA 3K59A 3LPUA 4DSEA 1NJYA 3V9XA 1KVCA 3OVNA 3OJUA 2YNHA 4BE2A 5I3UA 4KHSA 2JLEA 5KTQA 4DU3A 3QEVA 3QETA 2B4JA 5FROA 4E7LA 2X74A 3VN5A 3V9UA 4FZZA 1UWBA 4M41A 1ZBUA 2XY7A 2HHQA 4F3TA 3EYZA 4CEFA 4CHPA 3HP6A 4EP4A 3U3YA 4CEQA 4O55A 4W5OA 3DRPA 1KFSA 4KRFA 5SWMA 5HP1A 4AHCA 3DLEA 3LZIA 4CJSA 3LWMA 1S1WA 1RBVA 4FLUA 4NCGA 4CIFA 4E7HA 4CGIA 4F8RA 4CIGA 3PX0A 3RMBA 1BHLA 1ASWA 1C1CA 4CESA 4N5SA 1YTUA 4PY5A 3VQBA 1NOYA 4EP5A 3NAEA 3ZSQA 3O3FA 1TL1A 1KLNA 3SI6A 1S1VA 3ASMA 4CFDA 4W5QA 4K8XA 1YTAA 3DLBA 2RF2A 4CF8A 4O0JA 4ELVA 4N76A 3SUPA 4B9LA 1CZBA 4KHQA 1WSIA 2B5JA 1D9DA 2DFEA 4B8CA 1VK0A 3LWLA 5I42A 4CHNA 4E7IA 4DU1A 1VSMA 1I39A 1UOCA 3IG1A 4IG0A 1NKEA 4CCHA 2HVHA 1Z25A 5E41A 2D0CA 4B3OA 3C6UA 4CEBA 4KO0A 2D5RA 5CYMA 3HXMA 4CECA 4YNQA 1QQCA 4I9LA 1RNHA 4DMNA 3RWUA 1NJZA 1XWLA 2QK9A 4DTNA 2IS3A 1TK5A 2IDOA 1RT7A 3OYKA 2XY8A 1RT1A 3M8RA 4LD0A 1BCOA 1L3UA 4M45A 4F2RA 1ASUA 2GBZA 4DSJA 4ICLA 2KZZA 3QINA 3NF6A 3CM6A 3HPOA 2NUBA 1SL1A 1T05A 2D0BA 3LP3A 4JS4A 4E0DA 3L2QA 2ZD1A 4FJ9A 4O5BA 1KTQA 3NH2A 2HNDA 4RW9A 4CFBA 3NH0A 3QNOA 1HQUA 1QSSA 1TVRA 3HVTA 1BCMA 4DQSA 4M3ZA 3V1QA 3JSMA 1B9DA 1CXUA 1J9AA 5DK5A 2FBTA 2PYJA 3HK2A 2XY6A 3DOLA 3KLGA 4DS5A 1SKRA 4F3OA 3AO1A 3SQ0A 4YFUA 1KRPA 3IRXA 1C0MA 1U49A 2P51A 1NK8A 1S1XA 3CFOA 1XI1A 4CJ4A 3KD1E 4E7JA 3TAMA 5KRSA 3OYEA 3L2VA 4LSNA 2E4LA 3BGRA 4PUOA 4XIUA 1VSDA 1HMVA 3DLGA 3HP9A 3NHGA 3SCXA 4QOZB 2G8FA 1NKBA 3NGZA 3RR7A 3OYAA 1X9WA 3AVNA 1BQMA 2YHBA 3L3VA 2YKNA 1UA0A 2G8UA 3VQ9A 4DSFA 1C1AA 2HHXA 1CZ9A 3V6DA 4CGJA 1EP4A 3VQCA 5HROA 1JLEA 5CY4A 4Z4CA 1KLMA 2HHWA 1VSKA 4C8OA 2ZE2A 4LH5A 3NCIA 1ZBFA 3KIOA 4B9UA 1N5YA 4DTUA 3AVMA 4BE0A 3AA2A 3DM2A 1VSIA 2G8VA 1JLBA 4FJKA 3AO3A 4M3WA 4FJMA 1B92A 4MQ3A 1U4BA 1XHXA 3AA4A 5DMRA 4HUFA 3TARA 4F2SA 4FJIA 5KGWA 4DSIA 2D0AA 4FM1A 3QIPA 3V1RA 2DTUA 1SKWA 3MAQA 2YNIA 3RMDA 2YHAA 3KLFA 2X6NA 3BDPA 4FVMA 2HVIA 3QERA 4IG3A 4JRPA 1KSPA 5T7BA 3CFRA 4DFPA 4B9SA 1JL2A 4ZTJA 1RBRA 3WNHA 4FJGA 3SUOA 1HNVA 1WSGA 2XY5A 4G1QA 4PQUA 4FK4A 1VSJA 2VWJA 1U48A 3M8QA 3O4NA 4FJ5A 1R0AA 1BQNA 3T3FA 5K14A 2Y1JA 3MXIA 3S3NA 4FLYA 2PY5A 4CJRA 2F96A 4FZXC 4KI4A 4DWIA 4DLEA 3K58A 2IC3A 4CJWA 1RBSA 1HRHA 3SJJA 1IKYA 2ATQA 1RILA 3VQ5A 1IKVA 1YT3A 4C8KA 2OPRA 1QSYA 2RN2A 3NBPA 4CERA 4ID1A 1EKEA 4CF0A 1QE1A 2KQ2A 4KTWA 4BDYA 1ZYQA 3MECA 2OPSA 3V9ZA 1TAQA 1GOAA 2FBYA 1S5JA 4E89A 4DLGA 3KLIA 3KK3A 3F9KA 5FRNA 1JLFA 4CJQA 1B9FA 4DTRA 1X9MA 4M3YA 3DLRA 4CEZA 4DU4A 2F8TA 3DRSA 4FJ8A 1J54A 1JXBA 4W5RA 1HYSA 1QS4A 3V1OA 4ZHRA 3ZT4A 2P5GA 4OKJA 1NK0A 3AVCA 1RTJA 1TV6A 3SUNA 4IFYA 4J2DA 2YNGA 3MXMA 4OPJA 1VRUA 1S6QA 2HHVA 3O3GA 4O44A 1QHTA 4Z4HA 4Z4EA 1GOBA 3RMAA 3MEGA 2KZMA 2KFNA 2HHSA 3RRGA 2E6MA 1JLAA 4W5TA 3AVIA 1UAXA 1S1UA 4ELTA 3SQ4A 3WNGA 5C42A 2XHBA 1NK6A 2PZSA 4Q0BA 4CIEA 4BACA 5FRMA 1SKSA 4DS4A 4M3RA 1KFDA 3OYFA 4FLTA 4W5NA 4GVMA 1LV5A 1NJWA 3V9SA 5CYQA 4CK1A 5KGXA 3K5MA 1LW0A 3G10A 4B08A 3QEWA 1C6VA 4BDZA 1U45A 1JXEA 4C8NA 1SL0A 1O1WA 4FJLA 4CJVA 1RBUA 4AH9A 1SV5A 4DSLA 3OYGA 3TR8A 4CF9A 1TKZA 1S1TA 3G0ZA 4CFCA 4NYFA 2ZQBA 2ETJA 1QTMA 2EHGA 3O3HA 4I2PA 3OYDA 4KKOA 1TK8A 4KAZA 3I8DA 3B6PA 3OS0A 4IFVA 1NK4A 3DYAA 3PX6A 3VQQA 3L3UA 4O0IA 3EY1A 4J2BA 4RW6A 1LWCA 1T7PA 4FW1A 1NK7A 1S6PA 1UA1A 1BISA 3VQ7A 1MU2A 2A1SA 2BANA 3CFPA 3AV9A 1U47A 4DG1A 3LAKA 4FW2A 3S9HA 1IO2A 2IGIA 3HM9A 3SV3A 3ZSRA 4CJLA 4CK2A 3TANA 3ZSYA 3OYMA 3I0RA 1ZBIA 1RDBA 1X9SA 5J2NA 3OYBA 1NK9A 1C0TA 2ITGA 3OYHA 1Z26A 4B9NA 4OKEA 3S3OA 2G8HA 1LWEA 2EX3A 2QKKA 2OPPA 1BGXT 1BI4B 3HYFA 5HRNA 1C1BA 4KHYA 4OJRA 1BL3A 3ZT0A 3FFIA 3NF8A 4BWMA 5C24A 4DF4A 4MFBA 3IAYA 4KTZA 4RW4A 4TSXA 3KK1A 4FCYA 1D9FA 4EZ9A 1JKHA 3NDKA 4CGDA 3RTVA 4DQRA 3C94A 4H8KA 4CK3A 1X1PA 3KTQA 2FC0A 1EX4A 3K5NA 2Z1JA 4R5PA 4B9TA 2HNYA 3PO5A 3AVBA 3AVGA 4LH4A 3VQ4A 2IOCA 4Q5VA 4FZYA 3CYMA 1WSEA 4K8ZA 2FBXA 4CGGA 1S9EA 4AHVA 1WAFA 3AVHA 4RW7A 3HL8A 4CHQA 4J2AA 1CLQA 4NCBA 3L2RA 4DFJA 4N47A 4FLZA 4E1MA 1VSLA 3V9WA 4KV8A 1VSFA 4HUEA 3AA5X 4CJTA 3F73A 4KB0A 4Z0UA 4KHWA 1ASVA 4FK2A 2X6SA 3CM5A 3KKRA 4QAGA 1LWFA 3P1GA 1A5WA 4FK0A 1WN7A 2VWKA 4O4GA 2X78A 3ITHA 4DTJA 1NJXA 4FYDA 3ZSVA 3NGYA 2F8SA 1FK9A 4CEEA 3SNNA 3O4QA 3TAQA 3P83D 1RT4A 4ZTFA 2WONA 3QLHA 4RW8A 2KTQA 1FKPA 3QO9A 5HLFA 1RBTA 2HHUA 4HTUA 3HSTB 4Y1DA 4OPKA 2HW3A 2G8IA 3AVFA 1RT5A 3LAMA 3LP2A 3ZSZA 4CEOA 1WNSA 5D3GA 1T03A 2DY4A 4HVJA 2HMIA 4FJJA 1NKCA 3AA3A 1NK5A 2R7YA 4I7FA 3U6FA 4Z4GA 1G15A 4ID5A 3TAFA 3B6OA 3NF7A 4CE9A 3K5LA 5J2PA 4FJXA 1QSLA 1RT6A 3K57A 4DFMA 1IKWA 3CG7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IAJA 3HJFA 4CHZA 3QIOA 3OYLA 1I3AA 4DV6K 4BRCA 3LL3A 4BR4A 1NWKA 1DTTA 3RMCA 3OYJA 4E7KA 3O4WA 3NGIA 3IKMA 5JVGL 1FXXA 2Q36A 1WSJA 2OPQA 3P5JA 1QZ5A 3VQEA 3ENHA 3S41A 3PUFA 3EE9A 4CD3A 4M3TA 4M63C 4OLBA 3JAMO 1JLCA 1Q18A 4I6MA 5JLHA 1RDDA 3DJCA 1Q8IA 4FJ7A 1SUQA 3CCRN 1JLGA 3QEPA 4YOTA 4DFKA 1NLVA 1N33K 4GW6A 3CD6N 1DTQA 4NXMK 4H0XB 2ZJPL 2E2NA 3CMAN 4Z4IA 1XUPO 2B6AA 4UY8O 2JGUA 4L8RB 3T7ZA 3W0LA 3ISNC 1HJRA 3WNEA 1N32K 4BROA 4CHYA 3CCJN 2P9IB 4DTMA 1HX1A 2HHTA 4KTQA 3LP0A 1XMOK 3VQDA 4JD2B 4YOYA 3SYZA 4AQYK 3H08A 1KVAA 2KKZA 5EOYA 1EETA 4NLCA 1XMQK 2Q3SA 2HB5A 3HPHA 3EN9A 1WSHA 3U9ZA 1BIUA 3SZ2A 4OKKA 3MXJA 5GAEP 4C8LA 3L2UA 1FKOA 3DLHA 3SAFA 4B1UB 3JYTA 1RTHA 3CCMN 4EHTA 1YXQA 4EAHD 3CJAA 3KHYA 4CJ5A 2YHYA 1V4SA 5HL7L 4DTPA 4OPHA 3KJVA 4CW7B 4HUGA 4H0YB 2BE2A 3UIQA 4FLVA 3QFUA 4KBOA 4FPAA 4LSLA 4BVPA 3NE6A 4CBUA 2D0OA 3H1VX 2OYQA 2UXCK 4FOEA 4GV3A 2VWBA 5AQMA 4F4KA 4FLWA 4PL7A 5CE3A 3S3MA 5AQYA 3ZCMA 2BH1A 4AHUA 3LPTA 3DI6A 3QEIA 3ZT2A 2VG7A 3G6EN 1GOCA 1ITGA 3EZ5A 2YV0X 4YOUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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