The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
49
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF17144 | Ribosomal_L5e | Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAE P; 3CCE N; 1VQO N; 3CCJ N; 5DM6 L; 1VQ5 N; 5DM7 L; 1KQS M; 1QVF M; 3CCQ N; 3G71 N; 1VQ6 N; 1N8R O; 3OW2 M; 2ZJP L; 3CCM N; 1S72 N; 5GAG P; 1QVG M; 2ZJR L; 1KD1 O; 5HL7 L; 3DLL L; 5GAD P; 4WF9 L; 3CXC M; 2ZJQ L; 3PIO L; 1M90 O; 1VQ7 N; 1VQL N; 3I56 N; 1Q7Y O; 3CPW M; 1YJ9 N; 1K8A O; 1M1K O; 5JVG L; 3CCU N; 1YI2 N; 1VQ9 N; 3PIP L; 5H1S Q; 1VQ8 N; 1YJW N; 4WFA L; 3CCL N; 5JVH L; 1VQP N; 3CC2 N; 3CCV N; 1W2B M; 3I55 N; 1ILY A; 1YHQ N; 2QA4 N; 3CME N; 5MLC Q; 3G6E N; 3CD6 N; 1YIJ N; 1VQM N; 3CF5 L; 1Q86 O; 1OVY A; 3G4S N; 4WFN L; 1YIT N; 1Q82 O; 3CC7 N; 4IO9 L; 1VQ4 N; 4IOC L; 4WFB L; 3J7Z O; 1YJN N; 1NJI O; 1KC8 O; 4U67 L; 4UY8 O; 3CMA N; 1VQN N; 2OTL N; 1K73 O; 2QEX N; 4WCE L; 1Q81 O; 1JJ2 M; 3CC4 N; 2OTJ N; 1VQK N; 3CCS N; 4IOA L; 5GAH P; 3CCR N; 1K9M O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A41 A; 2QW9 A; 4BDP A; 4IFV A; 3TAF A; 4CZK A; 1Q9Y A; 2DFF A; 2YJF A; 4JN4 A; 4CJ3 A; 4HVJ A; 1HNZ K; 4BVO A; 3OYK A; 1QSS A; 2G8H A; 2HBM A; 3KTQ A; 4J2E A; 1MWK A; 3TI0 A; 1BIS A; 1EET A; 4DF8 A; 2OZM A; 3A8Y A; 4BR4 A; 2F4V K; 5FRM A; 2LSN A; 2WUS A; 4CJS A; 3ZX0 A; 4Z94 A; 5KPT A; 2A40 A; 3DI6 A; 1N8R O; 1D9F A; 2ZJP L; 3DOL A; 1N5Y A; 4W5N A; 3GBT A; 3MN5 A; 1HQE A; 3OYA A; 4CED A; 2ZJR L; 4FJX A; 2GTD A; 2PAV A; 3OBW A; 1UAX A; 4GMJ B; 3PIO L; 1HKC A; 4CJF A; 4GY2 B; 1GLE G; 4YDU A; 3AVG A; 1NK0 A; 3WQT A; 3VA3 A; 3V9S A; 1RT3 A; 3ZSZ A; 2H3G X; 2NZT A; 2Q2R A; 3C94 A; 3U3G A; 2O8F B; 3SUO A; 4C1N K; 1TK8 A; 1B9D A; 4DV7 K; 4CER A; 2IIR A; 3PO5 A; 2QWN A; 5H1S Q; 4JKB A; 2GWJ A; 2PYL A; 1CZB A; 4L3Q A; 4JI1 K; 1ZBU A; 4CHN A; 1OH5 A; 1YXQ A; 2NNW A; 1BQM A; 5AZJ A; 3VQB A; 5JVH L; 4EHU A; 1JXE A; 3H1V X; 1LW2 A; 3I55 N; 4K8X A; 3RSE B; 4HUG A; 3TAE A; 3K57 A; 4JI6 K; 1WAF A; 2QWO A; 3CD6 N; 1N34 K; 5BPL A; 3SCX A; 3U4L A; 4A57 A; 4N56 A; 3NFA A; 1IKX A; 2VWK A; 3NDK A; 2DPN A; 1TK5 A; 5BR9 A; 2KFZ A; 4IO9 L; 3DMJ A; 4WQ4 C; 3J7Z O; 4K42 A; 2YHB A; 3IRX A; 3NGI A; 1RTD A; 3QB0 A; 4ISG A; 4FPA A; 4PQU A; 3OYD A; 2HHV A; 3NVK A; 2IC3 A; 2O8D B; 4B9N A; 3O9R A; 4B9U A; 4JKG A; 3CCS N; 1WSE A; 4E7I A; 3R8E A; 4FK2 A; 3EO3 A; 4H4M A; 3D7E O; 1XUP O; 4ICL A; 4CEC A; 1YAG A; 4BRN A; 4I6M A; 4DR7 K; 4NB4 A; 4KH4 A; 3RR7 A; 3OYG A; 1BA1 A; 3P5J A; 3L2Q A; 4LF7 K; 3I8D A; 2E88 A; 4CEZ A; 3M1F A; 4M7X A; 1K8K B; 3ZX2 A; 2KKZ A; 1J53 A; 4KHN A; 3K5O A; 4C8K A; 3OS1 A; 3TAM A; 3W3D A; 1TKT A; 1U04 A; 3OYJ A; 3ID8 A; 5AQI A; 3O1W A; 3THW A; 3O1B A; 1SUQ A; 3C6A A; 4FLX A; 3D2F A; 2QWP A; 3KLG A; 3CYM A; 4LF6 K; 5TKY A; 3G10 A; 3ULE B; 4YOT A; 4LFA K; 2O4I A; 3O3H A; 4JK8 A; 4BR2 A; 3CHW A; 3CJA A; 4HUE A; 1EXQ A; 3ZSV A; 4H03 B; 1D9D A; 4JI0 K; 3LAN A; 3L2R A; 4BC3 A; 3LP3 A; 2QM1 A; 4BRO A; 1IJJ A; 3CJB A; 1ZBS A; 3R3L A; 1IKV A; 3AO2 A; 1N36 K; 2F8T A; 1NGD A; 3HPG A; 4BDY A; 3VQ5 A; 3VQQ A; 4XH1 A; 3AVI A; 4H5V A; 1J54 A; 2XHB A; 1D4X A; 3DRP A; 3T3F A; 4E7K A; 3RMB A; 1EX4 A; 2HBJ A; 3CC2 N; 2WOM A; 3KLI A; 3DLR A; 2HHW A; 3FZL A; 1GLB G; 4CEE A; 4CBU A; 3TAB A; 4RW7 A; 3FZF A; 5HLF A; 4ILH A; 2CH5 A; 3BDP A; 1JCE A; 1IBL K; 4LFC K; 2XO7 A; 4M3R A; 3CPE A; 3TWH A; 1RDD A; 2P9L A; 3E9O A; 3PUF A; 3IG1 A; 1GLJ O; 2XY6 A; 3M8S A; 4BC5 A; 4JV5 K; 4JRP A; 3R1X A; 4DHY A; 1ITG A; 4CE9 A; 4JKA A; 1NOY A; 3NAE A; 4FOI A; 1K73 O; 2VYP A; 1UA1 A; 3NH2 A; 3OTO K; 5AFU A; 4OPK A; 2KZZ A; 2A6A A; 2W40 A; 4FWO A; 3LZI A; 2D0O A; 1Z25 A; 2P9P B; 4BRQ A; 3HZ6 A; 3LWL A; 1RCH A; 3C7N B; 3O9U A; 2FBV A; 4NXN K; 3OHR A; 4AF1 A; 1REV A; 1NK5 A; 3ZET A; 3KLF A; 3LAK A; 3VQC A; 2B6A A; 1D8Y A; 4CHO A; 1VQ5 N; 2O8C A; 4I9L A; 4JKH A; 4MQ3 A; 1VSE A; 4ZTJ A; 2Q36 A; 3M6G A; 4Z0U A; 3BGR A; 3MN6 A; 3CET A; 3D6R A; 4CW7 B; 1KXP A; 4ILG B; 4B1Y B; 1RBU A; 4FJ7 A; 3EE9 A; 4CFB A; 3MDQ A; 2OA8 A; 3DLL L; 1H1V A; 4MLH A; 1YF5 L; 1HNV A; 2Q1N A; 3T1H K; 3HST B; 4JI4 K; 3SQ0 A; 1WSG A; 1LAW A; 1XHX A; 4CEA A; 5HP1 A; 2IS3 A; 4EP4 A; 1KFS A; 3PO4 A; 3N4P A; 4W5O A; 4H0V B; 4Z4F A; 4DTX A; 1ATS A; 2O8C B; 2FBX A; 4JLH A; 3NF6 A; 2RHK A; 3I8B A; 4FJ5 A; 5AQP A; 5AFU H; 4C23 A; 3KZB A; 4FYD A; 2YNF A; 3ZEU A; 2P9I B; 1SKS A; 3ZT0 A; 1QQN A; 3CCL N; 3VA0 A; 1T6C A; 1BQN A; 5BPM A; 1S1W A; 3SPY A; 4IFY A; 3HP6 A; 3A5O C; 4H0T B; 3VEO A; 1W2B M; 2PZS A; 1KVA A; 1KAZ A; 1FKP A; 2GV9 A; 3SPZ A; 4K25 A; 2VG6 A; 1IH7 A; 3AA4 A; 4FLT A; 2G8W A; 2VCP A; 4M45 A; 1L5U A; 3BEX A; 3CER A; 2KLA A; 5HBM A; 4F3T A; 1WSH A; 1C1C A; 1ZXO A; 5C2F A; 3J80 O; 1NJI O; 3UE5 A; 2KFN A; 4FK4 A; 3PLA A; 3LDP A; 4KRF A; 3VQP A; 4KB1 A; 1Q81 O; 4O0I A; 3W0L A; 1N6Q A; 4DFP A; 5LY3 A; 2JWL A; 1RDB A; 1T44 A; 3DOK A; 4BGA A; 4HUF A; 4JS5 A; 1ZBF A; 4CZJ A; 4FLW A; 3CIP A; 4L8R B; 4DSF A; 1B9F A; 4A59 A; 2QXL A; 3THV A; 2WFB A; 5C10 A; 5KGX A; 1NKC A; 4BRE A; 3LL3 A; 3O08 A; 4DV0 K; 1KQS M; 1W97 L; 5SZT A; 3DXM A; 1BL3 A; 2E2P A; 1NGC A; 5GAG P; 1QVG M; 3N4Q A; 1GLA G; 3VF4 A; 2KQ2 A; 5BRH A; 3ULD A; 2O8B A; 1TL3 A; 1SL0 A; 3U9D A; 4B3M K; 4DV2 K; 4GV9 A; 1NK9 A; 1QSL A; 1TKX A; 1VQ7 N; 3HO1 A; 4BVP A; 1NGH A; 3VF6 A; 1JL2 A; 2P9N A; 3CQY A; 4AHR A; 5TKW A; 4XEI A; 2A5X A; 4IJN A; 5AQN A; 4CJT A; 3KKS A; 2Y1J A; 2P9S A; 4E7L A; 3HT3 A; 1VQ9 N; 2I7P A; 3THY B; 1JLB A; 3E1Y A; 4BR9 A; 4MO4 A; 5CE3 A; 5AQH A; 1EQY A; 3K2P A; 3NCI A; 1KRP A; 3SK3 A; 2O8B B; 1L3V A; 3VQD A; 1S6Q A; 3UKR B; 3GL1 A; 1SQK A; 3U8X A; 1YHQ N; 2OCE A; 1BIZ A; 2CH6 A; 3OA9 A; 2GX9 A; 3A2F A; 4CFA A; 4NO7 A; 1WOQ A; 1C0M A; 3KLE A; 1HRH A; 3S41 A; 5AQU A; 1NGE A; 4H8K A; 2Q0U A; 1SKR A; 3O6W A; 5KRT A; 2ZM6 K; 1NOZ A; 5J1E A; 5J2Q A; 1RFQ A; 1YJN N; 4WFB L; 3NF7 A; 4MDB A; 1S3X A; 3EEQ A; 1NGI A; 3ZT2 A; 4CZL A; 5ADX H; 5I42 A; 3LDO A; 3EKU A; 4FW1 A; 1BI4 A; 4JKC A; 3MCP A; 3QIN A; 5M1O A; 3FZH A; 4FWN A; 3KWG A; 2Z1H A; 4DS5 A; 3MEE A; 3AV9 A; 4KI4 A; 3CCE N; 4CHQ A; 4BR7 A; 3QFU A; 4OGE A; 3HSC A; 3ZX3 A; 5LMU K; 3AO5 A; 4CJV A; 2QXF A; 4CZI A; 5EU7 A; 3V9U A; 3UKU B; 3AGR A; 3WEE A; 1G99 A; 3CCM N; 4DU3 A; 2F9T A; 1DEJ A; 4FWR A; 4JHD A; 4W5T A; 2Q0R A; 5AQV A; 1I39 A; 4M7Y A; 4BRL A; 4I2P A; 1UOC A; 3AO3 A; 1XC3 A; 1EO1 A; 1XMQ K; 5AQW A; 4BQZ A; 4JAX A; 3SMS A; 2FBY A; 1L3U A; 2HNY A; 1T05 A; 2UU9 K; 1LAV A; 2G8V A; 4B9T A; 3J8A A; 1F21 A; 4CZG A; 1W0H A; 4FJI A; 4FW2 A; 3AO1 A; 2OPP A; 4JI3 K; 2YHX A; 3KWI A; 3ATV A; 4DFM A; 4WE1 A; 3HXM A; 4H5N A; 4BRD A; 1OH7 A; 4JD2 B; 4F3O A; 1QQC A; 5J2M A; 2NRW A; 2HMI A; 1OH8 A; 3S3N A; 1KCF A; 1NMD A; 2ETJ A; 1S1X A; 2HW3 A; 1EWQ A; 3CJC A; 1E4F T; 1VQM N; 1RT1 A; 1OVY A; 3QDK A; 2XY8 A; 2QWM A; 4M3U A; 2ASM A; 1NK4 A; 4FJG A; 4ID1 A; 2GBZ A; 3JS6 A; 2E8A A; 3B6P A; 4J2B A; 2IOC A; 4O5B A; 1KFD A; 4DV5 K; 3VET A; 1VQK N; 3F73 A; 1TAQ A; 1BA0 A; 2Y1I A; 1ATN A; 2P9K B; 4CEF A; 1HNX K; 4FWP A; 4DKW A; 4OPJ A; 4KAZ A; 4IFE A; 2D5R A; 2F96 A; 3QER A; 3RRG A; 4FLV A; 1BCM A; 4IEI A; 1KAX A; 4LSN A; 3SAH A; 4N41 A; 3QNO A; 4ZTF A; 3NHG A; 4AHT A; 3JYT A; 4FL9 A; 1CXQ A; 2V7Y A; 3WNH A; 3ZSQ A; 4E1M A; 4KTZ A; 4B9V A; 2I7N A; 4B1Z A; 5FPD A; 1Z6R A; 2ITG A; 3VGK A; 4NCA A; 4EZ6 A; 5J2N A; 4BRF A; 4IDH A; 4CZE A; 4IKF A; 3VQ6 A; 1NU0 A; 4IO8 A; 5C0Y A; 2HF4 A; 3U6F A; 3WNF A; 4EIA A; 2QKB A; 1VSJ A; 5AZI B; 1DT9 A; 5AQM A; 4A5B A; 4AIL C; 3P38 A; 3EN9 A; 2QWL A; 2A1R A; 3OYH A; 4DV4 K; 2OPQ A; 3PSI A; 3ZLJ A; 2YKN A; 4RWT A; 2YHY A; 3V9Z A; 5KQ8 A; 3HM9 A; 4CGG A; 3CFR A; 4DS4 A; 2VWJ A; 1U48 A; 5CZ2 A; 3SQ4 A; 3MAQ A; 1VSH A; 1Q18 A; 4LC9 B; 1QSY A; 3QES A; 3ZSY A; 4QCL A; 4KHW A; 3TTD A; 3AVM A; 1VSI A; 1DGK N; 3B8A X; 3CCV N; 1LW0 A; 1JLG A; 4IDK A; 4B1V A; 3OYC A; 3QET A; 3T69 A; 2XY7 A; 3SMP A; 3QEI A; 3DLB A; 1GOA A; 1C1B A; 1MA9 B; 3LP0 A; 2BH1 A; 5E41 A; 4WFN L; 4QS7 A; 1YIT N; 3KVG A; 4CJ4 A; 1J6Z A; 4B3R K; 2AJQ A; 1NK8 A; 2UUC K; 1GLC G; 2YI1 A; 5AQQ A; 3MED A; 3V81 A; 3KKR A; 3PX6 A; 2O8E A; 4CGJ A; 1CLQ A; 4O4G A; 1KAY A; 1Z05 A; 1XNQ K; 1LV5 A; 3NH1 A; 1ZBI A; 1HJO A; 1FW6 A; 5CR4 A; 2A1S A; 2F8S A; 4OKK A; 2O4G A; 2R7Y A; 5FRN A; 3GG4 A; 3ENB A; 4GKJ K; 4BWJ A; 5AZJ B; 3ZT1 A; 5JS1 A; 3OW2 M; 1X3M A; 4HCC A; 3TR8 A; 1BHL A; 2IVN A; 1TYQ A; 3K9K A; 3DRR A; 3MEC A; 3QEW A; 4DTR A; 2EWS A; 1TKD A; 2D0B A; 1IKY A; 5HRR A; 4M3T A; 2B5J A; 3QBW A; 3VTI A; 2O8E B; 2IAJ A; 4AHS A; 2NRZ A; 3KK2 A; 5GAD P; 5EVZ A; 4PA1 A; 1T8E A; 1XHZ A; 4BRP A; 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3KHY A; 3VER A; 3CXC M; 2DY4 A; 3L0Q A; 1OKJ A; 2P1J A; 3EZW A; 5M1P A; 1WSI A; 3NH0 A; 2HVI A; 2P9L B; 4QOZ B; 5AQO A; 2X6N A; 4PHT X; 1NMN A; 1HPZ A; 3EZ5 A; 3SBG A; 1W9H A; 5F1X A; 3JSM A; 5D3G A; 3O4W A; 4WQ5 A; 3DXK A; 3VGL A; 3WXL A; 4AHU A; 3AVL A; 3UIQ A; 4BR5 A; 4DLE A; 1BG3 A; 3G0Z A; 1QQO A; 2FLO A; 4NLC A; 4CD3 A; 2BGG A; 1HNW K; 3VN5 A; 1YTU A; 5KRS A; 1BO5 O; 1V4T A; 2J4R A; 2Z1I A; 3H6E A; 3IFR A; 5AQR A; 3OYL A; 1R0A A; 3ZET B; 1XQS C; 4E19 A; 3QO9 A; 3C6U A; 4MFB A; 4CFC A; 1EWR A; 4A2A A; 3VQA A; 3PV8 A; 3MX5 A; 5BN8 A; 1NK7 A; 5C25 A; 1MU2 A; 1TK0 A; 1Q82 O; 3F5T A; 3JXU A; 3JAM O; 3DAW A; 4IOC L; 3CM5 A; 2E2O A; 3R9P A; 1HUX A; 3VQ7 A; 2OTL N; 4PUO A; 3G25 A; 1NGG A; 3P31 A; 4CCH A; 4KHP K; 4H0X B; 3QEP A; 3QBX A; 4FLZ A; 1NKB A; 5SWM A; 1YTA A; 4E7J A; 2FXU A; 3T1A A; 4TSX A; 5GAH P; 4DTJ A; 1FJG K; 4LH4 A; 3KIO A; 4E89 A; 1NGJ A; 4A5A A; 1I94 K; 1JXB A; 4B1X B; 1VQO N; 3L6Q A; 5AQY A; 3P83 D; 4C8N A; 3HK2 A; 4M3X A; 3ZEU B; 4GVM A; 2QKK A; 2G8U A; 3GE1 A; 4JI8 K; 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