The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
49
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF17144 | Ribosomal_L5e | Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCS N; 3DLL L; 3CC4 N; 4UY8 O; 5DM6 L; 3CCU N; 1YHQ N; 5GAE P; 3I55 N; 3CCR N; 1OVY A; 1Q82 O; 3CCV N; 1YIT N; 1KC8 O; 1KQS M; 5GAG P; 1Q81 O; 1K73 O; 1YJ9 N; 2ZJQ L; 1VQ6 N; 3CC7 N; 2QEX N; 3CXC M; 3G71 N; 2ZJR L; 3PIP L; 1VQP N; 1NJI O; 4U67 L; 4WFB L; 1VQ7 N; 5DM7 L; 3J7Z O; 5JVG L; 1QVF M; 1VQ8 N; 4WFN L; 3CC2 N; 1VQ4 N; 1YJW N; 1VQM N; 3CCQ N; 3CCM N; 1N8R O; 4IO9 L; 1VQL N; 1VQO N; 5MLC Q; 4IOC L; 1VQ5 N; 1K9M O; 2OTL N; 2QA4 N; 2OTJ N; 5H1S Q; 1YI2 N; 1QVG M; 3I56 N; 1Q7Y O; 5GAD P; 4WFA L; 3CD6 N; 3OW2 M; 3PIO L; 1M90 O; 1VQ9 N; 3CCJ N; 3CCE N; 3CCL N; 1YIJ N; 3CPW M; 1M1K O; 1ILY A; 1YJN N; 1K8A O; 1JJ2 M; 1VQK N; 5GAH P; 3CME N; 1VQN N; 1Q86 O; 3G6E N; 1S72 N; 4WCE L; 2ZJP L; 3CMA N; 3G4S N; 4WF9 L; 1KD1 O; 5HL7 L; 4IOA L; 1W2B M; 5JVH L; 3CF5 L; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NGA A; 1QS4 A; 2JGU A; 1KAX A; 3ZET A; 1HKC A; 1NJX A; 1R0A A; 4JI0 K; 4BGB A; 2J4R A; 4RWT A; 1ASU A; 5AQY A; 2OYQ A; 3I8B A; 4IFV A; 3TAR A; 1WOQ A; 4BWM A; 3D2F A; 5I9E B; 2G8F A; 4DTN A; 3VPZ A; 1GLJ O; 1SKS A; 3THY B; 5AQO A; 3GDQ A; 1DTT A; 2QWL A; 1KVB A; 1VQP N; 3IKM A; 1NWK A; 4WFB L; 3SUP A; 2GBZ A; 2HST A; 3O9U A; 3KLH A; 2P9N A; 3CJA A; 3O8M A; 4BRF A; 2O8F B; 2B5J A; 3IAY A; 3HST B; 2ASM A; 4XH1 A; 2Q36 A; 3RRH A; 1JCF A; 2CH6 A; 5AQP A; 3LDN A; 3VQ6 A; 1WN7 A; 1IBL K; 3BDP A; 5BRF A; 3L3U A; 5HOO A; 1FKO A; 4LSN A; 4CHZ A; 2VQF K; 3I33 A; 4KHU A; 3MK6 A; 4JKH A; 4CZL A; 4E7I A; 4F3T A; 3MX2 A; 3MX5 A; 2G8H A; 3TSU A; 1RDD A; 1ASV A; 1GLD G; 4B1U B; 2KQ2 A; 3A5N C; 4GNI A; 1SL2 A; 3L3V A; 4CJL A; 1QZ5 A; 4LD0 A; 3THW B; 4CK1 A; 4YOU A; 5IT9 O; 5M1P A; 1FW6 A; 1FK9 A; 3OJU A; 2QKK A; 1NU0 A; 3FFI A; 3M3Z A; 2F8T A; 1RDU A; 2HVI A; 5AQW A; 3KZB A; 3S41 A; 4ZTF A; 1ZBU A; 4RW7 A; 2HBJ A; 4JKA A; 2UXC K; 3CCL N; 1BG3 A; 4B1V A; 5AQX A; 1U2V A; 2VG5 A; 2GWK A; 1P90 A; 3CPW M; 2V7Y A; 1M1K O; 2A5X A; 3QES A; 4J2E A; 5AQN A; 1VQK N; 4IFY A; 3R9P A; 2D0P A; 3QDK A; 4M3X A; 3ZEU B; 1SKR A; 3WXL A; 5C15 A; 3OYD A; 2IC3 A; 2E88 A; 5AQT A; 3ULE B; 3VEV A; 4DR6 K; 1HQE A; 2UUB K; 4OJR A; 3V9W A; 5HL7 L; 3AVK A; 1NMD A; 3K2P A; 5KGW A; 3H46 O; 4JNE A; 3G25 A; 1RBT A; 3GOI A; 3HI0 A; 3U3G A; 2P9L A; 1X9S A; 1RT3 A; 4KRE A; 3VQP A; 1HRH A; 3Q7B A; 4MDA A; 3WT0 A; 2BDP A; 3A5M C; 3V6D A; 2IIR A; 1KQS M; 2W42 A; 2CGL A; 4B9Q A; 3MAQ A; 4H0O A; 2YHW A; 1EXQ A; 1RT6 A; 3MED A; 1T3V A; 3PUF A; 1S1U A; 1EQY A; 2HHS A; 3CXC M; 4C8M A; 2KTQ A; 2EX3 A; 5CZ2 A; 4AQY K; 4OPK A; 5K14 A; 5CY4 A; 2YKM A; 1SV5 A; 3O5B A; 4DQP A; 1SQK A; 3E1Y A; 3AVH A; 5J2P A; 1VQ4 N; 2YHA A; 5GIO A; 4KI6 A; 1VSM A; 2IGI A; 4X66 K; 3O4Q A; 3W0L A; 1KLM A; 4PY5 A; 4CEO A; 2GTD A; 4NB4 A; 4BC5 A; 1IJJ A; 2A1S A; 2NRH A; 2X74 A; 4PKG A; 3SAG A; 1XHZ A; 5EOY A; 1ZC6 A; 3RR8 A; 2P9K A; 1QVG M; 4E1N A; 2XY5 A; 4KHS A; 4DMN A; 4LFA K; 3UIQ A; 2FF3 B; 3WNH A; 1O13 A; 3NF9 A; 3BGR A; 3TAF A; 1FXX A; 4YOX A; 3ZSZ A; 4FJ8 A; 4ZHR A; 4FJ9 A; 3EY1 A; 3OW2 M; 4LFC K; 4KO0 A; 3E01 A; 3NHG A; 3CCE N; 4HTU A; 4CK3 A; 1HPM A; 5AFU A; 4OLA A; 4JK7 A; 4CK2 A; 1ITG A; 3RVC A; 3FZH A; 1U45 A; 4JAX A; 3B8A X; 3A5O C; 3ULD A; 2JWK A; 2Q1N A; 3KWI A; 1NKE A; 4B9U A; 1NOZ A; 3KD1 E; 3NH1 A; 3JXU A; 3QIO A; 2A42 A; 2VCP A; 4ISF A; 1N34 K; 1WAF A; 1BCM A; 4CEZ A; 2Q0U A; 3SV3 A; 5CYM A; 2CH5 A; 2A41 A; 3AVC A; 4RG8 A; 1J5E K; 4WF9 L; 3B6P A; 3NF6 A; 3OYL A; 2GEM A; 4CJQ A; 1S9E A; 2E6L A; 4UY8 O; 4HVJ A; 4H0T B; 4WQ5 A; 1Y64 A; 3ASM A; 3DI6 A; 1RTD A; 1KC8 O; 1NJY A; 1LWC A; 3DRR A; 3S9H A; 4GV9 A; 4FWR A; 1RFQ A; 3V9Z A; 3QFP A; 5C24 A; 3OTO K; 1HKG A; 5AQR A; 5BN8 A; 4BQL A; 4FJM A; 3NDK A; 4YOV A; 3NCI A; 1TYQ A; 1W7A A; 1X9M A; 3LDP A; 3ZT4 A; 4KPY A; 3AA5 X; 4DU4 A; 3V9S A; 3AVG A; 3HO1 A; 4A62 A; 4M7Y A; 4NCA A; 5JVG L; 1MDU B; 1NJW A; 1XUP O; 1RTJ A; 1LAW A; 4FW2 A; 3HPO A; 2G8I A; 3AVN A; 1G99 A; 1KFD A; 1S9G A; 5AZI A; 2OPS A; 4A5A A; 1Z26 A; 3O9T A; 4CEC A; 4Z4C A; 2YKN A; 3ZX3 A; 3LP0 A; 1J9A A; 4OO1 J; 4BRK A; 4LFB K; 4H0V B; 1C0U A; 2H3G X; 3DLR A; 2W41 A; 3TTF A; 1N5Y A; 3SJJ A; 1KAZ A; 1N33 K; 4Z4F A; 3VQ5 A; 4PA1 A; 5JMV A; 3LWL A; 1WSI A; 3VEY A; 4CHQ A; 4CJT A; 2ZF5 O; 2HBL A; 4CHP A; 4W5Q A; 4NXM K; 3DLB A; 3KLF A; 1JLC A; 3M8S A; 1HNZ K; 4B9S A; 1LAV A; 1CZA N; 4KB1 A; 3A2F A; 2D0A A; 3DAW A; 3VEX A; 4JV5 K; 5GIP A; 4H4O A; 1HMV A; 3AY9 A; 3CJ1 A; 2FC0 A; 3TSQ A; 3QER A; 2CGJ A; 3JYT A; 1LW0 A; 4CW7 B; 1SS6 A; 3AA4 A; 3CME N; 2OPQ A; 1HR0 K; 3E9L A; 1ZBL A; 3CFP A; 3LDL A; 1S72 N; 4WCE L; 2JWL A; 4DQS A; 3OYB A; 4GMJ B; 2DTU A; 3CMA N; 1SL1 A; 3SUQ A; 3THX B; 3NH2 A; 4JD2 A; 4A61 A; 4ICL A; 4FVM A; 4YNQ A; 4O8K A; 4FSV A; 5DM6 L; 1IKY A; 2FF6 A; 2IVO A; 3UE5 A; 3ATV A; 3WQT A; 1NK0 A; 2I7P A; 4F8R A; 1C0M A; 1MU2 A; 4YOT A; 3VF6 A; 1WSE A; 2P51 A; 2Q2R A; 5F2R A; 5GAG P; 4DFM A; 2XHB A; 1C0T A; 4FL9 A; 4M7X A; 1RDW X; 4TSX A; 3JSM A; 4FZX C; 2YNI A; 2HF4 A; 1RDC A; 2O8B B; 4DTR A; 2NNW A; 3VA0 A; 1HYV A; 1L3T A; 4H5W A; 1K8K B; 4H5T A; 4KBO A; 1UAX A; 2PYL A; 5B8H A; 3CC2 N; 4QS9 A; 3HOT A; 2HNZ A; 5FRN A; 2QWM A; 3AVA A; 3LP3 A; 4ELU A; 3C6A A; 4BRD A; 3PLA A; 4B9L A; 3KKS A; 4X62 K; 5LJV A; 1BQM A; 1JCE A; 4LC9 B; 2QA4 N; 4N56 A; 3M8R A; 1XNQ K; 3NGY A; 4QCL A; 2P9S B; 4JKF A; 3O4W A; 2YHX A; 5H1S Q; 1QSY A; 2D0B A; 2XO7 A; 1O1W A; 3SUO A; 4FM1 A; 3QB0 A; 3AVF A; 4DG1 A; 4KRF A; 5KRS A; 5KPT A; 3OYF A; 2QXL A; 2FBY A; 3RSE B; 3SPY A; 1M90 O; 1RTI A; 4PUO A; 1A5X A; 4M63 C; 5HP1 A; 1HNI A; 1QQN A; 4BR9 A; 4DV2 K; 5TKY A; 4Y1C A; 3SPZ A; 4HHT A; 4FWL A; 3C7N A; 4DSE A; 4BDY A; 3OYC A; 3KIO A; 3K57 A; 5E84 A; 5HBM A; 4IO8 A; 3L4I A; 3G0Z A; 3DXM B; 1VRU A; 1S1T A; 1TKD A; 3OYK A; 4DV5 K; 1Q9Y A; 1HJR A; 1NOY A; 1YTU A; 2X6S A; 3C6U A; 5EVZ A; 3FR0 A; 5JVH L; 3HBT A; 1NNE A; 4CJF A; 1C0G A; 1YUW A; 4CHY A; 1NK7 A; 4Y0W A; 3OBW A; 2ASP A; 4DV3 K; 1ASW A; 3ZT3 A; 4B8A B; 5KTQ A; 3SQ2 A; 3CI5 A; 3CQ8 A; 4BG9 A; 2HOE A; 4F2R A; 4F4K A; 1WNS A; 4JK9 A; 3FGU A; 1NGI A; 2E2O A; 1T44 A; 3VA3 A; 3SYZ A; 2HB5 A; 3U9Z A; 4Z0U A; 4BVO A; 4BRP A; 4EHT A; 2NRR A; 3V4I A; 5DM7 L; 1RBS A; 4FLY A; 2NZT A; 3SBT A; 1NGC A; 4BR5 A; 5EY4 A; 5AQI A; 1UWB A; 2YJE A; 4F2S A; 2ITM A; 4CHN A; 4B3S K; 4B9V A; 5EU7 A; 4IOX A; 3LAM A; 1RNH A; 1TKZ A; 1OVQ A; 2KFZ A; 4RW8 A; 3AO4 A; 2FBX A; 1L5U A; 4FLZ A; 5LY3 A; 2VG6 A; 2QWP A; 2OA8 A; 3IG1 A; 2ATQ A; 2D0O A; 2O8C B; 3MEC A; 3AVM A; 4RTF D; 1DT9 A; 1DTQ A; 1T6D A; 3H08 A; 4WE1 A; 1U6Z A; 4DR1 K; 3EZW A; 2QI2 A; 3TAN A; 1QQC A; 2P1J A; 4FWS A; 4FJL A; 4JI3 K; 5HLF A; 5AQJ A; 4K0K K; 3T1H K; 3SQ1 A; 1CZB A; 3OYN A; 2P9U B; 4DLE A; 3SQ4 A; 1MWK A; 4MLH A; 1KFS A; 3KJV A; 2HHX A; 3EE9 A; 3TAB A; 4A57 A; 3P4I A; 2DFF A; 3AVB A; 1U04 A; 3SMP A; 2BTF A; 4CJ3 A; 5E26 A; 3CQY A; 3V1R A; 3ZLJ A; 2E5L K; 2W6K A; 4CER A; 1W0H A; 1J6Z A; 3SUN A; 1SZ2 A; 4JLH A; 1T05 A; 4DLG A; 2WON A; 3NFA A; 2QM1 A; 4CJP A; 3CCS N; 4CZJ A; 2XY7 A; 4FJ7 A; 3SI6 A; 3OBY A; 4B9N A; 2PBD A; 4GV3 A; 3F5T A; 2PYJ A; 5SZT A; 1OH7 A; 4AHR A; 1DKG D; 2XY6 A; 3CM6 A; 3VEN A; 2FXU A; 1BIS A; 3MWP A; 4ILH A; 4I2P A; 3LDQ A; 1VSI A; 5C42 A; 3OS2 A; 4B9T A; 5FPN A; 4DTS A; 4C8L A; 3D2F B; 3G71 N; 1L3V A; 3K5O A; 3I8D A; 4CEE A; 2G8U A; 1VQ7 N; 2E2N A; 1IH7 A; 3QIP A; 2YV0 X; 4LY7 A; 1NMN A; 2O8D B; 3CCQ N; 5DK5 A; 4IO9 L; 3MN7 A; 4BC4 A; 2ASO A; 3ZT0 A; 3H3O B; 3RRG A; 1H1V A; 3OYJ A; 4BR7 A; 2D4W A; 4H0Y B; 4DTP A; 3DJC A; 3SAF A; 5GIN A; 1OH6 A; 3O4N A; 4AHV A; 1JCG A; 1QE1 A; 1VSH A; 3VET A; 5BPM A; 4JRP A; 3CFO A; 4CJW A; 1WUA A; 4QS8 A; 5M1Q A; 3EE8 A; 4JI5 K; 3FE1 A; 5AR0 A; 3VEO A; 2ZWH A; 3ENO A; 4KHQ A; 3QEP A; 3D2E B; 4G1Q A; 3CD6 N; 4GV6 A; 4C8N A; 3OYH A; 3WEE A; 3LAL A; 3L2V A; 4CZF A; 1HNX K; 4EIA A; 3IFR A; 4Z4H A; 4DR2 K; 3AO2 A; 2GX9 A; 3UKU B; 2O4G A; 3KWG A; 3P1G A; 2A3Z A; 2PAV A; 4NCG A; 4IZ9 A; 4ILG B; 4BRQ A; 4DF8 A; 3P31 A; 4PL7 A; 4YHH K; 1CXQ A; 3SK3 A; 4F3O A; 4C1N K; 4WQ4 A; 3QIN A; 3TWH A; 3DLK A; 4EP5 A; 3MCA B; 3EL2 A; 3T3F A; 5AQZ A; 5KPZ A; 4Q0B A; 1P8Z A; 4FZY A; 4NXN K; 4IFE A; 3VER A; 4AM7 A; 1XHX A; 3ID8 A; 3H1V X; 2OPR A; 3H45 C; 3OHR A; 4B3T K; 3ZSX A; 4IDK A; 4JS5 A; 3ENH A; 3T1A A; 4B1Y B; 1RT1 A; 3A8Y A; 4EZ9 A; 1TK0 A; 3CG7 A; 2P9L B; 4BGA A; 1QHA A; 3HPG A; 4QS7 A; 4AIL C; 5TKW A; 4CF1 A; 3QET A; 1D9F A; 4CJV A; 1TUY A; 4CIE A; 2ZQB A; 4JI7 K; 5M1K A; 1JLQ A; 1GOC A; 1WAJ A; 5AQM A; 3O9R A; 1T7P A; 3E66 A; 1I3A A; 2KW4 A; 1TK5 A; 3THW A; 1Q9X A; 2WBN A; 3OYM A; 2O8E B; 1VHX A; 3KKR A; 4N76 A; 4AHT A; 1N36 K; 2Q0R A; 4KTZ A; 3J7Z O; 2Z1G A; 2VGN A; 1S22 A; 4DR7 K; 5C2F A; 4J2A A; 3V9X A; 4J2B A; 3CET A; 5AQH A; 3OYI A; 4I6M A; 4E7J A; 5MLC Q; 1K9M O; 1KAY A; 4BDZ A; 3SLC A; 3PO5 A; 4H5R A; 3K9J A; 4DV4 K; 4H0X B; 3DWL A; 4CHO A; 3J81 O; 3QEV A; 2IDO A; 3OJS A; 3L6Q A; 4PKI A; 2OZS A; 2P9I A; 1KVA A; 1RBV A; 4JKC A; 2ITG A; 4PHT X; 4DR5 K; 5J1E A; 1L3S A; 4OLB A; 4C23 A; 3LAN A; 2B4J A; 1T6C A; 1XNR K; 1V4T A; 5FRM A; 5AQK A; 3NF7 A; 1V4S A; 3UKR B; 3FLC O; 5GAH P; 3VTI A; 1VQN N; 4ISG A; 4YOR A; 3FZM A; 3MN5 A; 3P5J A; 4FLW A; 1NK6 A; 3BF3 A; 3HZ6 A; 5F1X A; 4BE0 A; 2BGG A; 2KFN A; 4YFU A; 3TSP A; 4CJR A; 3K0S A; 3PY8 A; 3VQC A; 4W5T A; 3O3G A; 4RW4 A; 3ATU A; 1NG9 A; 2GWJ A; 1BI4 B; 4YOY A; 4W5N A; 3CF5 L; 4QOZ B; 1RIL A; 2FSK A; 5J2M A; 3DRP A; 4OPA A; 3CFR A; 1U4B A; 5AQQ A; 4YDU C; 3I55 N; 4CJE A; 3N4P A; 3TAG A; 3VQ8 A; 4EHU A; 1XMQ K; 2YNF A; 2NRZ A; 3WQU A; 3PX4 A; 1S1X A; 3MXI A; 3K5L A; 3CHW A; 4CBW A; 3V81 A; 5AQV A; 1QZ6 A; 3MEE A; 3LZI A; 3HOS A; 2VWJ A; 5AQF A; 3DLG A; 4DSJ A; 3L2W A; 5CHI A; 2WOM A; 1EWQ A; 2R7Y A; 4H8K A; 4M42 A; 4FK0 A; 3ZCM A; 1NGH A; 2OPP A; 2ZD1 A; 1E4G T; 1TV6 A; 3J7A P; 3ZSV A; 2YCH A; 4HUF A; 3OYG A; 3HP6 A; 3SQ0 A; 3QLH A; 3C6H A; 2QW9 A; 2FSJ A; 1X9W A; 3SJH A; 4ELT A; 3GG4 A; 4BVP A; 5AZI B; 3DLE A; 5EX5 A; 1GLL O; 5AJ3 K; 2JLE A; 5CE3 A; 3QO9 A; 1J5O A; 2HHU A; 4O44 A; 4B1W B; 4H0P A; 4KHY A; 3HP9 A; 2HHH K; 1S6Q A; 4DV1 K; 4OX9 K; 2RPI A; 4DS5 A; 4LH5 A; 5KPR A; 3U9D A; 1ZBH A; 4MFB A; 1BOT O; 2V52 B; 4AHU A; 4CJU A; 4PQU A; 3EKU A; 5HRR A; 1C1B A; 3GE1 A; 4C1N I; 2ZM6 K; 4FVU A; 2D0C A; 4DQR A; 2E8A A; 3SAH A; 2HNY A; 3DXK A; 4DU3 A; 3PO4 A; 3LPT A; 4FJI A; 4JRQ A; 4AM6 A; 4DUZ K; 1HUX A; 2YI1 A; 3BY5 A; 4FPB A; 2HND A; 4OPJ A; 4ID5 A; 4E1M A; 5J2Q A; 1WBB A; 1HNV A; 1VSE A; 3ZT2 A; 1TL3 A; 3O08 A; 2EHG A; 3EKS A; 3G4S N; 4MLE A; 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