3OW2M

Crystal structure of enhanced macrolide bound to 50s ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ow2M00
2ZJPL 5GAGP 5HL7L 3G71N 1KC8O 5GADP 1Q82O 1KD1O 1KQSM 4IOCL 3CMAN 4WCEL 1VQ4N 1K9MO 1VQKN 5GAHP 1VQ7N 2QA4N 3CXCM 1YIJN 1VQPN 1JJ2M 1Q86O 1VQ8N 3CCRN 3PIPL 1YI2N 3OW2M 1S72N 5MLCQ 4WF9L 3CCVN 1YITN 1NJIO 5JVHL 1W2BM 1Q81O 4IO9L 3CMEN 4IOAL 1OVYA 1Q7YO 3CCUN 3CCEN 3PIOL 1YJWN 4U67L 3DLLL 1QVFM 2ZJRL 3CD6N 1N8RO 3CC4N 2QEXN 1YJNN 1ILYA 3CF5L 1VQLN 1K8AO 1VQ9N 3CCMN 3CC2N 3I56N 5DM6L 5H1SQ 1YHQN 3G6EN 3G4SN 1VQON 3CCLN 1YJ9N 1K73O 3J7ZO 5DM7L 2OTLN 2ZJQL 4WFAL 2OTJN 1M90O 3CCJN 1QVGM 1VQ6N 3I55N 5GAEP 4WFBL 4UY8O 1VQMN 1M1KO 4WFNL 3CC7N 3CPWM 5JVGL 1VQNN 3CCSN 3CCQN 1VQ5N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM6A 1DEJA 3AVMA 3SPYA 3MXMA 2P1JA 3EZWA 3FZHA 4B8CA 2YKMA 4FSVA 4QCLA 4FVUA 3CJ1A 3SQ4A 4KHUA 4DR6K 3MEDA 1SKRA 5BR9A 3QEWA 1FKPA 4LFCK 3ISNC 1VSMA 2IIRA 1JLGA 2WUSA 1XMOK 1JJ2M 2F96A 1QQCA 4AH9A 4H0VB 3KK7A 3ENHA 2P9IB 4FW1A 3HI0A 4DR4K 2DFEA 3VGKA 3EZ5A 4FLZA 4M42A 4YFUA 1LWFA 5AZJB 3OYBA 3J8AA 4CJEA 3F9MA 5JVHL 3F9KA 2W40A 4CBXA 3AVAA 4K8ZA 2Z1HA 1KRPA 4K42A 3OYEA 4FJIA 4FJ9A 4CCHA 4N56A 4ELUA 4OLBA 3DLLL 1F21A 4BC5A 3HOTA 1X9WA 4FJGA 2JGUA 4IG0A 1ATNA 3AVGA 4C1NK 4YORA 4OVLA 3EE9A 4ELTA 2GWJA 1BHLA 3NH2A 4PKIA 2OTLN 1RT7A 4BRLA 1MWMA 4JV5K 5HRPA 4DSFA 3QETA 3NGIA 5J2NA 2OTJN 2W6LA 3C94A 4ZTJA 2HHHK 2BH1A 1C0TA 3BDPA 3S9HA 1T6DA 3UKRB 1S1UA 1RT1A 3E01A 4M63C 3Q7BA 4W5OA 4DTMA 3A2FA 4TSXA 3ZT0A 5C10A 1RTDA 1RBRA 2Q31A 3HOSA 3D0PA 2E6LA 1U2VA 5KTQA 5GADP 3V81A 1JLQA 3Q7CA 1S1TA 3AV9A 5JS1A 3A5MC 1VRUA 1I94K 3IMXA 3D2EA 1REVA 3SBTA 2UUAK 2PBDA 1VQ7N 1JLBA 3RRGA 1KLNA 3C6TA 5A2QO 3OJSA 4MFBA 4ISEA 5BN8A 4FJ7A 3MCAB 3MWPA 1GLDG 3IAYA 3THVA 3GDQA 3RTVA 1Q86O 2G8WA 1KAYA 5C24A 3OYLA 4LF5K 4RW4A 3ZSRA 2V52B 1HUXA 1NK0A 4J2AA 3IUCA 3WXMB 3KLEA 4B1ZA 1TUYA 4BQZA 1T3VA 2QW9A 1BQNA 4CECA 3HM8A 4FWKA 4XH5A 1IKXA 1CLQA 1A5XA 4JLHA 5EXWA 3CCEN 2V51B 3HP9A 1BIZA 3SYZA 1BQMA 2G8IA 1HKGA 2AP1A 4JRPA 3KHYA 3CIPA 4CEEA 4JYAK 3DXMA 3ZSXA 4HUEA 5JS2A 1HQUA 4BRIA 4YOWA 2VG5A 2PYLA 1SQKA 5DM6L 1RBVA 4FOIA 4M7YA 2KZMA 4CERA 5AQLA 5KPRA 2VG6A 4JN4A 4H0XB 4HUFA 1NK8A 3JAMO 2Q0UA 3THYA 1VSDA 2YI1A 3P31A 2KFNA 1IKYA 2ZJQL 4B1UB 3O3FA 4B9UA 1T05A 3O8MA 4AHUA 1QVGM 5C2DA 4C8LA 3HYFA 1OH8A 5BPMA 4Y0WA 3KK2A 1JXBA 5BPNA 3TR8A 1VQMN 2IVOA 2W41A 1XHZA 4DR2K 1BA1A 1YXQA 3B6PA 3QLHA 4GV6A 4PY5A 1YTAA 3VQEA 4CZJA 4RW9A 1IJJA 4BG8A 3CCSN 2W42A 4AF1A 4C1NI 2O8BA 2ZJPL 3ZSWA 5EY4A 1KC8O 3D2EB 4A59A 4E1JA 1Q82O 1N5YA 1VAZA 3CJ9A 3MN6A 2P9SA 4DHYA 2QWNA 4E0DA 1GLCG 2F8TA 4I2PA 5F2RA 3T1AA 2FXUA 3J81O 2O8FB 1VQ8N 5AQYA 3QIPA 1NGFA 3UIQA 3RMAA 1HYZA 4K0KK 1BU6O 3VEOA 1BO5O 3AO1A 4DB3A 3SMSA 4DWIA 3OJUA 4DG1A 1VHXA 1TKZA 1OH6A 4EP4A 4GW6A 1T7PA 2ZQBA 4MO5A 1RNHA 2WC9A 2BE2A 3CFRA 5AQWA 3IG1A 3DRPA 2OPRA 1QSLA 4CJVA 3C0BA 2XHBA 1L3SA 4FM0A 3ZCMA 1ZBSA 3L3UA 5AQIA 3OYGA 3DXMB 5LL6Z 1NBWA 1RFQA 4FW2A 4K8XA 4FPBA 4KRFA 3BEXA 2QKKA 2HF3A 4LFBK 4DV6K 1D4XA 1GLLO 4DTNA 4FJNA 5AFUA 2XO7A 1KAZA 1MWKA 1X1PA 3THYB 4J2DA 3SQ0A 1EXQA 4AHSA 5AQGA 3L4IA 1VQON 4XIUA 4A61A 3SZ2A 3ZX2A 2Y1JA 2QTDA 3OTOK 4E3SA 1YT3A 5TKWA 1QQNA 1M90O 4DSIA 1ZBFA 1RT5A 1L5UA 1RT4A 3VEZA 1JLAA 3H3OB 4CIGA 3AO5A 1HMVA 1SKWA 4O5BA 3QERA 5F0XA 2IAJA 1BWFO 3DRRA 4BVPA 3K58A 1U6ZA 4OGCA 3R1XA 4FWOA 2O8BB 3CC7N 3CPWM 3KK1A 3HM9A 1WAFA 4FK2A 4CD3A 4DTJA 4DSEA 3KWGA 1VSLA 3H6EA 3L8BA 1NKBA 2GTDA 3VMFB 4F3TA 2P9SB 2X78A 4DMNA 1FKOA 4O8UA 4BRHA 2UUCK 3CI5A 5GINA 2P9LA 1ZBHA 4FXDA 4CEZA 1S3XA 3D6RA 3RMDA 1RBTA 4QS8A 2HHSA 1NWKA 2E4LA 4ISFA 3P1GA 4FOEA 5BR8K 1YIJN 3O3HA 3A5OC 3AVBA 2RHKA 3QICA 3VQBA 3TPQA 4LF4K 3PX0A 1KVCA 3ZEUA 1YVNA 3DXKA 2IGIA 1CZAN 4KTZA 2G8HA 4CZMA 1J5EK 5JLHA 3VPZA 4KREA 3K2PA 3OYNA 3QDKA 2KTQA 3BZKA 1BISA 3ENBA 3L2QA 3OYIA 5BRHA 1Q7YO 4IEEA 4H0TB 5IT9O 1EKEA 1NJWA 1GLJO 5EX5A 5SWMA 3IFRA 4JKCA 1KLMA 2F8SA 3SI6A 4H5NA 4RW6A 2ZJRL 3CD6N 2HHTA 4N5SA 1KVBA 1Z6RA 4DV1K 1ATSA 4JK9A 4CEAA 4N76A 2ASPA 2QEXN 1ILYA 4KV8A 4F2RA 4LF8K 3EL2A 2ASOA 1X9MA 2OA8A 3EKSA 1S6PA 4CEQA 3SNNA 1HNWK 2GEMA 4HHTA 3ULEA 3F5TA 1Q8IA 4BRQA 2FBXA 4BE1A 2A5XA 4YY3K 2FBTA 1NGCA 4DTOA 1HR0K 3HZ6A 2KKZA 4ID1A 1NJZA 3K9JA 1NG9A 1QSYA 2YNIA 4DTUA 1ITGA 2D5RA 5FDLA 3VQAA 4B3RK 3VQ5A 3BF3A 2D0PA 2KQ2A 2ZD1A 1FJGK 4CESA 3P4IA 1D9FA 4LH5A 2HVIA 2KLAA 3LM9A 4O8KA 1TL3A 2NLXA 3THXA 3ZSZA 1RILA 2P9LB 3SJHA 3CCQN 1XQSC 4JI1K 4DQRA 3AA5X 1IKVA 4CJKA 3RMBA 1KQSM 1K8KB 5KPZA 4CHPA 2E1ZA 1ESVA 1RT2A 4FJ5A 2QWOA 3DJCA 4M3TA 1NK5A 4O4GA 3ZEUB 3RR7A 3VOVA 2O8CB 3MX5A 2PAVA 1BA0A 3LAKA 4BC2A 3ATVA 3H45C 2F7TA 1WSGA 1JCFA 2HMPA 1ZBLA 3C95A 4HTLA 2YHXA 1KCFA 3NF8A 4CF9A 4R5PA 1YTUA 3MN5A 3O9RA 1T6CA 4C8OA 4Z0UA 1TV6A 1NJIO 3GOIA 1X3MA 4IOAL 4DSKA 3R3LA 5FRNA 4N47A 4AHRA 4O5FA 4HCCA 2QKBA 2NRRA 3EE8A 2X6SA 5HROA 1GLAG 4IFEA 1YJWN 4DQSA 2WTUA 3OS0A 1C1AA 1P90A 1JL2A 4YOYA 3TWHA 1LV5A 1YJNN 4JKEA 2O4GA 4DCHA 5M1OA 2ASMA 3CC2N 3M8QA 2QXLA 3M5RA 3G6EN 4IZ9A 4M3XA 3J7ZO 3TAMA 3MK6A 1RT3A 4DV4K 3G0ZA 3FE1A 4FWSA 5FROA 4OKKA 5M1FA 4Y1DA 4B3TK 3SPZA 2IDOA 1Q9YA 3I33A 4H4MA 2IS3A 5AQPA 2E2QA 5M1NA 1Q9XA 3THXB 1N32K 4Q0BA 3J80O 2O4IA 4FLVA 1SUQA 3M8PA 2Q97A 4PUOA 5DMRA 3VQ9A 4NXMK 1RT6A 3CFOA 1VQNN 1VQ5N 4FLTA 2F9TA 4DKWA 3ZT1A 4CFAA 3EYZA 3OYAA 1X9SA 3WEEA 4DS4A 4CGJA 5EU7A 5HP1A 4Z4HA 3NHGA 4KI6A 3VA0A 2VYPA 1QQMA 1O13A 4FWNA 2RPIA 1BCMA 4W5TA 1HYSA 4QS9A 3PIPL 3EO3A 2D0CA 3OW2M 4DU3A 1YI2N 5HOOA 4ZTFA 4DR3K 5LJWA 5KRTA 3P38A 1JCGA 3SBGA 1Y97A 3I8BA 4FK0A 5T7BA 4BE0A 4WE1A 3CQ8A 1TVRA 1C1BA 1NGJA 1H1VA 1QZ5A 3SAHA 3JSMA 3FZFA 2OPSA 4IBNA 2UXDK 4J8FA 3K57A 1RDWX 4CF1A 1TKXA 1WSJA 2IOCA 3I8DA 4BACA 4CK1A 1N34K 2G8FA 1VQ9N 5J1EA 2ZGZA 4YDUC 4KTQA 4BRMA 5CY4A 4CF2A 2YJFA 4FLUA 3CJBA 3O4WA 5FLXO 4MQ3A 4GNIA 4GKJK 3ATUA 1RBUA 3LP1A 4Q5VA 2HNDA 3HTVA 2Q0RA 2O8DA 4WQ5A 3AVJA 5HRNA 4A62A 2G8UA 4DSJA 4DQQA 1V4TA 4BWMA 1S9GA 3O3GA 3VEWA 4FM2A 1DLOA 3I0RA 3LAMA 5KPTA 1U45A 1GLBG 3WEEB 1RDCA 1XWLA 3DI6A 3NAEA 2KHOA 5BREA 3ZLJA 2YNGA 3DAWA 3W3DA 1JLEA 4ISGA 5CZ2A 1R0AA 3OHRA 4FK4A 1WN7A 1WBDA 4LF6K 2YKNA 3AO2A 3ID8A 3OYKA 5AQVA 2NNWA 3PUFA 4JK8A 5BN9A 3CXCM 3ZT4A 2A40A 4FZZA 1EWQA 1ASUA 3DWLA 1EWRA 3RSEA 4CIEA 3AVKA 3DOLA 3VF6A 3J7YP 4R79A 4G1QA 4B3SK 1GOCA 1D8YA 1FW6A 2HVHA 3S41A 3PV8A 2RKIA 3MX2A 2HW3A 5AQSA 3KKRA 2BUPA 4CEBA 4WF9L 3NF9A 2YCHA 1NGDA 4DQ8A 5CHIA 3OYJA 3WQTA 3BGRA 2QWMA 3AO3A 2WFBA 3T3FA 3VTIA 3C7NA 3QIOA 3PO5A 5C42A 3L2VA 3KLGA 2QK9A 3IDHA 1QVFM 2BDPA 4FWQA 4QS7A 2PY5A 4AHVA 1Q18A 1O1WA 1N8RO 1CXUA 3F2KA 3RVCA 4CEOA 3MAQA 3DLHA 4PKHA 3VF4A 1Z05A 2O8FA 5CR4A 4J2BA 1XMQK 3CERA 3CCMN 4YOXA 1K6YA 1RBSA 4H0OA 5C2FA 3AGKA 1HX1A 4DFPA 2Q36A 2WOMA 1W7AA 4E19A 2CGKA 3QESA 1TUUA 3FGUA 1IKWA 1SV5A 1KVAA 4B08A 2O8DB 3KJVA 3OYHA 1LCUA 4JK7A 4FJLA 4DQIA 1X3NA 5FPEA 4ILGB 4RW8A 4BDZA 1A5VA 2WONA 2D0OA 2XY8A 3QINA 4NXNK 3K9KA 5TKYA 3HL8A 1WSFA 4Y1CA 5AFUH 4YHHK 5KQ8A 4JKGA 4JNEA 1U48A 2ZE2A 1G99A 3ID6A 1KD1O 2D0BA 2NRVA 5C0YA 3B6OA 3AARA 3RSEB 2E1YA 3TARA 2HSTA 1KSPA 4CGDA 4MO4A 4BQLA 1LOTB 5AJ3K 4DTPA 4KO0A 1VSHA 4FLWA 3SAFA 5LMUK 3LM2A 3HXMA 4JHDA 2F4VK 3SCXA 1RTIA 3QNNA 2VWJA 2YX6A 3LPUA 3C7NB 1YITN 3K5OA 1NKEA 1JCEA 1KFSA 1UA1A 4ILHA 4A2BA 4MDBA 4IO9L 3TSPA 4BDPA 2VQFK 3O08A 4C23A 4CHQA 4JEPA 1IG8A 1YF5L 2HB5A 3VENA 1HJRA 1ASWA 1TYQA 4WYBA 1MDUB 4DQPA 2P9PA 3VERA 1EP4A 3U9DA 3QNOA 3O4QA 4KBOA 1GLFO 5I9EB 2DY4A 3MN7A 3CC4N 5AQJA 4H4OA 4WQ4C 2ETJA 2ZF5O 4B1YB 4BRAA 4H8KA 3L0QA 1GOAA 4HCBA 3CQYA 4Z4EA 3K0SA 2ZWHA 2BTFA 3DOKA 4JI3K 3SV3A 4WFAL 3NE6A 1C1CA 2EX3A 3QBWA 3C65A 4WFBL 4W5QA 4NCGA 3QO9A 4A57A 4Z4CA 1EX4A 1HQEA 2GWKA 4CF0A 1S1XA 4M3RA 4WFNL 3VEVA 4FJXA 3H08A 1BOTO 4JKGB 3L2WA 4CIFA 3QB0A 2CGJA 1A5WA 4KH5A 4DV0K 2B6AA 2VCPA 5GAGP 1BI4A 4JI8K 4FJ8A 4AM6A 4BVOA 4ZHRA 4DF4A 2HHWA 5JMVA 2HMIA 4IDHA 2HHVA 4DTXA 4FZYA 4DLGA 2ZM6K 3U9ZA 2HNZA 4FWMA 1C0GA 4XH4A 4ICLA 1EQYA 2GELA 4JI7K 4A2AA 3F73A 4I2QA 4JHDB 2CH5A 2A1SA 3RMCA 4YOVA 2Q2RA 3ENOA 2QXFA 4M41A 2DFFA 3ZSVA 1CXQA 5FPNA 1U49A 4H5VA 3KLFA 3V4IA 1TK8A 4NYFA 4KHPK 3O1WA 2B4JA 3OYCA 1TL1A 3HBTA 2E2NA 3CM5A 5JICA 3CJAA 4FVMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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