3P1GA

Crystal structure of the xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) rnase h domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Inhibition Studies of the RNase H Function of Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xenotropic Murine Leukemia Virus-Related Virus (XMRV) RNase
molecule tags Transcription
source organism Xenotropic mulv-related virus
total genus 49
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p1gA00
2P5GA 2KTQA 1KLNA 2JGUA 1LWFA 1NK6A 4CFAA 4Z4CA 4CGJA 3HM9A 3NCIA 2HNZA 3PX6A 1VSMA 4KPYA 4CJSA 1CZBA 2BGGA 2B4JA 1JLCA 3BGRA 5KI6A 3CM6A 4JLHA 4I9LA 2VG6A 5HRPA 3K2PA 3SQ4A 5SWMA 1Q9XA 4B9LA 3L3VA 3DLGA 4DTJA 2ETJA 1LV5A 2PY5A 5HRRA 4FM1A 2F8TA 4CHNA 1S5JA 4EZ9A 2OYQA 4FLUA 4FYDA 4F3OA 3DRSA 4E7IA 3K5NA 3VQBA 1KVAA 1LW2A 1WSGA 4EP4A 4KHYA 3SYZA 1J54A 1UWBA 2O4GA 2G8VA 3AA3A 4Z4GA 1JL1A 2Y1IA 1VRUA 1YT3A 4KTZA 4CJEA 3KD1E 1KLMA 1S9EA 3VQ6A 4I2PA 3RTVA 2X74A 1RT5A 3IS9A 3PY8A 5E41A 5CYMA 1J53A 1IKYA 3NGYA 3TWHA 3RMCA 4KHUA 3V1OA 3OS0A 3PUFA 4DF4A 3OYLA 4H4MA 4Q5VA 3KK1A 1JLGA 5FDLA 4CJLA 3K5OA 1I3AA 4NYNA 4FJGA 4Z4FA 3M8QA 3T19A 3ASMA 3OY9A 2QKKA 4B9NA 1DTTA 1UOCA 3V1QA 4OLAA 4Q0BA 4CJFA 3T3FA 4W5OA 3ZSQA 4NCAA 5CZ2A 1IKWA 2RPIA 1JL2A 1SV5A 3DLKA 4CEAA 3LWMA 4KHWA 3AVLA 4M3UA 3KLEA 2JLEA 3E01A 4R5PA 1SKRA 3TAMA 4IBNA 4AHVA 3QERA 3DRRA 4FLVA 5J2PA 3U6FA 4W5QA 1R0AA 2G8HA 3I8DA 4B9UA 3I0SA 1W0HA 1RT1A 3NF7A 3NDKA 1XWLA 3DLHA 4CEOA 3EYZA 4C8NA 3CM5A 2P5OA 3CQ8A 4H8KA 2OPQA 3CYMA 3HP6A 3V1RA 4DU3A 3TI0A 1C6VA 1XHXA 1BI4B 4E19A 2A1SA 3UIQA 4OJRA 3HXMA 5FRMA 4E1MA 5KGWA 1LWCA 3L3UA 4O4GA 3K5MA 5HLFA 1L3VA 4CCHA 4F2RA 1TAQA 4AHTA 2X78A 1NOYA 2HHQA 5HBMA 3P83D 2E6MA 3PX4A 1BHLA 4HTUA 3KK2A 4B9MA 4B9SA 3WNFA 2HHTA 3OYKA 1FXXA 4CJUA 1RT6A 3P5JA 4K8ZA 3AVMA 3LZIA 3IAYA 2IC3A 3VQPA 2DY4A 1CXUA 3ITHA 3DI6A 3OJUA 3KTQA 4FJIA 4M3RA 3LAKA 3ZSVA 4CEBA 4KHSA 1BISA 2RKIA 3DRPA 1ZBIA 1JLBA 1BIUA 1RDCA 4OPJA 1JXEA 4EZ6A 3ALYA 2RF2A 1YVUA 4CF1A 3TABA 1T8EA 3F73A 4CGFA 3AVBA 4W5RA 4ZTJA 1EETA 3VQQA 1C0MA 4CGIA 3V9WA 4DFJA 1HYZA 4BWJA 4FW2A 1ZBHA 4CJPA 4DSIA 3B6OA 2YNIA 1UA0A 3NE6A 3OYDA 2HHVA 2YKNA 4EP5A 2D5RA 4M42A 1KFSA 3T1AA 1EXQA 3KJVA 3VQCA 1CLQA 1RT7A 4F8RA 2YHAA 3QETA 1VSHA 4CHPA 4HHTA 3L8BA 2HB5A 2OPRA 2WOMA 2YNFA 4BDZA 3THVA 2HHXA 1DLOA 1L3UA 4KKOA 3LPTA 2KW4A 3C94A 1RILA 5KRSA 1U49A 1BQNA 1WNSA 3DM2A 1WAJA 1VSEA 4AILC 3V6DA 3SUOA 3M8RA 4M3TA 4CEZA 3RMDA 2B5JA 3AA5X 4KHNA 4DLEA 4B9TA 4CEFA 2HNDA 3TANA 4KAZA 4DQQA 3ZSXA 4FLTA 3O3HA 4E7LA 4CIFA 4DTPA 2GUIA 4BWMA 2IS3A 4JRQA 3PX0A 5K14A 3O3FA 1D9FA 2AJQA 2YHBA 2XY6A 3MXIA 2PZSA 3QO9A 1NK8A 1TKDA 1RBRA 5FROA 3LP3A 3TAFA 3S9HA 3TAQA 2R7YA 1LAWA 2XHBA 2B6AA 4O55A 3HL8A 2KFNA 4M45A 4XIUA 1FKPA 5KTQA 1TKZA 2IOCA 1NK7A 1SL2A 5J2NA 3QIPA 4FK2A 2HHUA 2HHSA 4OGCA 2OPSA 4AHSA 4E1NA 2YNGA 3L2WA 3K5LA 1S9GA 4DLGA 4FJ7A 1QSYA 1HNIA 3OYFA 2E6LA 4YNQA 4CEQA 1N5YA 1RBSA 4CIGA 4FJXA 4DFMA 3AA2A 4I7FA 1SKWA 4PY5A 3OYBA 4DG1A 5KGXA 3K57A 1HQEA 4FXDA 1TKTA 1EKEA 1RT4A 1U04A 2EHGA 3ISNC 1JXBA 3SPYA 1X9MA 3LANA 1C1AA 1XHZA 4NYFA 4CK2A 3HSTB 4CERA 4CJ4A 3SNNA 4CGHA 3QNOA 3D45A 5JS2A 4W5NA 3ULDA 3OYIA 3LP0A 5C24A 4C8MA 4N41A 3LDSA 4FW1A 3VQAA 1J9AA 1L3TA 1XC9A 3LAMA 1X9WA 2VWJA 1IH7A 4Z0UA 1L5UA 4CK1A 2KZMA 4HUFA 3NHGA 4NCBA 4CF0A 4C8OA 1YTUA 3L2QA 3V9ZA 2HVIA 4PQUA 3HVTA 1RBTA 1B9FA 3O3GA 2X6NA 3JYTA 2Y1JA 4RW4A 3AO2A 4Z4IA 3WNGA 4BACA 4B8CA 2PYLA 4KO0A 4KRFA 2GV9A 4F3TA 1FK9A 1RT2A 4C8LA 2HNYA 1A5WA 1KVCA 3L2RA 2NUBA 5HROA 4J2DA 3HT3A 2DFFA 4I9QA 4KI6A 2D0AA 2XY8A 4DTSA 1J5OA 2G8IA 3KIOA 4CEDA 3DYAA 4DSEA 1RTHA 3RRHA 3OYNA 4FZXC 1JLEA 4QAGA 4CJRA 1KSPA 4B3OA 3IRXA 4CJQA 4IFVA 4CJKA 4L8RB 1U45A 2G8FA 4B08A 1T05A 3OVNA 4KI4A 1B92A 4CHOA 2F8SA 1VSJA 3I0RA 4GVMA 3AVFA 1TK8A 3RR7A 2HW3A 3KLFA 3PO4A 4CESA 2P1JA 1ASUA 3ZCMA 5J2QA 3CFPA 1Z26A 3TAPA 2RN2A 1CXQA 1Q8IA 1ASWA 2OZMA 3ZT0A 4J2EA 3OYCA 3SUQA 1NK0A 4FCYA 4FLZA 4O0IA 4CE9A 3OYGA 1JLAA 4BE0A 4M3WA 3HJFA 3MEGA 4JS5A 1TK0A 1X9SA 3F9KA 1NOZA 3KK3A 1B9DA 4ELUA 4KTQA 1TKXA 3QEVA 1RDBA 3HO1A 4C8KA 3VA3A 1HYVA 3MXJA 4UQGA 3MAQA 4M3XA 4KTWA 3SQ1A 1NKCA 1BIZA 4GMJB 4KHQA 1WSHA 4LSNA 3SPZA 2XO7A 3O4QA 1D9DA 1U48A 3LP2A 1LAVA 4FJNA 1C0TA 4AHCA 3QEPA 2KFZA 3OYEA 4QOZB 4LH5A 1TK5A 3WNHA 1HRHA 1C1BA 1KVBA 4RW7A 5CYQA 3VQ8A 3P1GA 5C25A 4AHUA 3AO1A 3U3GA 1NKEA 3C6TA 3MEEA 1GOCA 3NF6A 3TR8A 1NKBA 4OVLA 3QIOA 4LY7A 4HCCA 1HNVA 1HJRA 1LW0A 3V4IA 1N6QA 3D0PA 3C6UA 2D0CA 4CF9A 3KLIA 4CK3A 3C95A 3EZ5A 2FBVA 3ZSRA 3KKRA 3WNEA 5HRSA 2IAJA 2VG5A 3CG7A 4KV8A 1LWEA 1I39A 4OKJA 4E7HA 3OS2A 1IKXA 3RR8A 3QEIA 3NFAA 2OZSA 1S1WA 1HPZA 1C0UA 4FJJA 3OYAA 2Z1JA 3AO3A 3RMAA 1NJZA 1WLJA 4CJ3A 4N47A 3AO5A 3MECA 1S1TA 2YNHA 4IG3A 4O5BA 1QSLA 4OGEA 3FFIA 3SV3A 5EU7A 4MFBA 3SUPA 1Z25A 3HPGA 1RCHA 3VQEA 4FM0A 4DTXA 3MEDA 4LSLA 4I2QA 4IDKA 4NCGA 4CECA 4CF2A 2IGIA 3NF9A 3NH1A 3V9UA 4FJ8A 1BGXT 4E89A 4ZHRA 2ITGA 3NH2A 1IKVA 1L3SA 1JLFA 1YTAA 3CFRA 2HMIA 3OYMA 2ATQA 1BCMA 3KLGA 1NK9A 3PV8A 2PYJA 1QHTA 2BE2A 2BDPA 3L2UA 4HCBA 1NJYA 4B8AB 5J2MA 1JLQA 1WSIA 3NGIA 5HP1A 1BL3A 4CJTA 1UA1A 4IFYA 2QXFA 3SJJA 3K58A 3ZSZA 3V9XA 1VSIA 3VQ7A 1F21A 1A5XA 1VSKA 2FBXA 2GBZA 3AVAA 3LP1A 3TARA 2ZQBA 1TV6A 4DSKA 4IG0A 4JS4A 4FLYA 4CEEA 2A1RA 4DTRA 3M8PA 4FM2A 4DQIA 1RBUA 1NK5A 1RTIA 3NAEA 4CHYA 1KFDA 2QKBA 2HVHA 2DFEA 4H4OA 2G8UA 2WONA 2ZD1A 1KRPA 1QSSA 1S1UA 3VN5A 4CFBA 1ASVA 3JSMA 4FZZA 4E0DA 4BE2A 4FJMA 2VWKA 1NJWA 3NGZA 1NK4A 2OPPA 5I3UA 1D5AA 1SKSA 3NF8A 4OKEA 3OS1A 1QTMA 1WAFA 1K6YA 4BDYA 4E7KA 1D8YA 1S1XA 2X6SA 4DSJA 4DS4A 1VK0A 3KD5E 1HMVA 3M8SA 4M41A 4JRPA 2IDOA 4CGDA 4DMNA 4FVMA 4DQRA 3QLHA 3ZT4A 4FLXA 2XRIA 3VQ5A 4OKKA 4RG8A 3SI6A 4CHZA 5HRNA 1VSDA 1A5VA 2Z1HA 4ID1A 4ICLA 4AH9A 3QNNA 1S1VA 3AVCA 4W5TA 2G8WA 1UAXA 1VSFA 4FZYA 3KLHA 4DTUA 5FRNA 2KZZA 4DS5A 2O4IA 3QEWA 4HVJA 3ZT3A 3ZT2A 3DLEA 4DF8A 1NJXA 3AVJA 1ZBUA 4DTMA 1O1WA 1RTJA 4ID5A 4ELTA 4J2BA 3AVHA 3CFOA 2FBTA 4CHQA 1IO2A 3VA0A 1EP4A 4N76A 4RW6A 1RDDA 3QEXA 4F2SA 4QCLA 3G0ZA 3BDPA 1WSJA 2VG7A 4PUOA 1Y97A 4DTNA 4HUEA 3K59A 3HPOA 3AVKA 3KKSA 2DFHA 1ITGA 3LPUA 3QESA 3SZ2A 1HYSA 4ELVA 3DLBA 4LD0A 3A2FA 4PA1A 5J1EA 3HK2A 2F96A 1TGOA 1BQMA 3AA4A 4Y1CA 1FKOA 3S3NA 4MQ3A 4BE1A 4PWDA 2I5JA 3AO4A 1S6QA 2DTUA 4DQSA 1T7PA 1HQUA 2HHWA 2LSNA 3EY1A 3DLRA 3DOLA 3NBPA 4Y1DA 3RMBA 3ZSWA 1W9HA 4TSXA 4HUGA 2BANA 1QQCA 4WE1A 2EX3A 1KTQA 3TAGA 3HPHA 1TL3A 4B9VA 1KCFA 1U47A 1RDAA 1TAUA 4O0JA 2E4LA 2XY7A 1GOAA 1JKHA 4N5SA 3O4NA 1TL1A 4O44A 3ZSYA 3TAEA 3B6PA 4DQPA 3HYFA 1SUQA 5C42A 3V9SA 4FJ9A 3AVNA 5JS1A 1ZBFA 1SL0A 4LH4A 4K8XA 5T7BA 5CY4A 3U3YA 1S6PA 4BDPA 4E3SA 4OLBA 1VRTA 3VQ4A 4CJ5A 3H08A 3LWLA 4RW8A 4FJHA 3ZT1A 1RTDA 4DSLA 4DU4A 4Z4EA 2YKMA 1RBVA 1SL1A 2FC0A 4F4KA 4DU1A 3HP9A 4CIEA 1G15A 4YFUA 3L2VA 3SV4A 4FJ5A 4IKFA 3V81A 5I42A 1RNHA 2FBYA 1EX4A 1WN7A 2Z1IA 4OPKA 3RRGA 5D3GA 4Z4HA 4KB1A 3SQ2A 2QK9A 1CZ9A 3PO5A 2D0BA 3QINA 3S3OA 5DMRA 4FK4A 1XI1A 3RWUA 3DMJA 1VSLA 4RW9A 4DWIA 2P51A 1X1PA 3VQ9A 4DFKA 4DFPA 3MXMA 4KFBA 1REVA 2KQ2A 3IG1A 5DK5A 4DTOA 2ZE2A 3NH0A 1U4BA 4M3ZA 1C1CA 1T03A 4GW6A 1Q9YA 2OA8A 1RT3A 4CF8A 2YV0X 4FLWA 3ZSOA 4E7JA 1TVRA 1QS4A 5KRTA 4FK0A 3DOKA 4J2AA 3SUNA 4FJKA 1MU2A 3AV9A 4G1QA 1ZYQA 4FJLA 4M3YA 2Z1GA 3OJSA 3LZJA 2Q3SA 2G8KA 4ZTFA 5SZTA 4CGGA 1QE1A 1BI4A 1DTQA 1WSEA 1BCOA 4AHRA 3HVRA 3SCXA 3SQ0A 4N56A 3AVIA 3AVGA 3LALA 4CJVA 4KREA 3VQDA 3OYJA 4KB0A 5CZ1A 1ZBLA 2XY5A 3G10A 4CFCA 2W42A 1GOBA 1WSFA 4CFDA 4DSFA 3OYHA 1IG9A 4CJWA 3S3MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MDAA 4BRGA 1NK6A 4YDUA 2UYTA 3D2EB 5AQTA 1C0FA 4JLHA 4I9LA 4B9LA 5SWMA 3KWIA 4B1UB 1GLJO 4F3OA 2QA4N 4E7IA 4EFHA 4LF9K 2Q1NA 1ILYA 4Z4GA 1N33K 4GKJK 2Y1IA 3MN5A 3SAHA 1NU0A 1BUPA 3QBXA 5C12A 4GV6A 3IS9A 1N8RO 4MLHA 2E2NA 3TWHA 4KHUA 3ULEA 4DF4A 4H4MA 1T3VA 3GOIA 3T19A 3ASMA 4B9NA 4H0VB 1UOCA 3V1QA 5CZ2A 3LWMA 2PBDA 3C0BA 1YJWN 4CBWA 3O1BA 1XUPO 4AHVA 4W5QA 4AM7A 1Z6RA 3NDKA 1XWLA 3CM5A 3HP6A 3ZEUA 4QS7A 3H3OB 4DU3A 1BI4B 4OJRA 1LWCA 3F9MA 3P4IA 2UU9K 1NOYA 4HTUA 1DGKN 3CCLN 4JAXA 2NRRA 4AM6A 1FXXA 3NMUA 1RT6A 5AQWA 2IC3A 4YY3K 1YITN 3VERA 1WBBA 1XQSC 4FJIA 5C0YA 3W0LA 4CEBA 3SAFA 4WQ4C 2I7PA 3CC7N 1IBKK 3TABA 5FPMA 5AQIA 3F73A 4ZTJA 1HNZK 3VQQA 1C0MA 4DFJA 4PL7A 4BWJA 2VGMA 4FW2A 4DSIA 1UA0A 2GEMA 4PL8A 1EXQA 3LL3A 3T1AA 4KHPK 4JI2K 4F8RA 2YHAA 3EL2A 1VSHA 3QBWA 4AF1A 3L8BA 2O8BA 4WQ4A 4KKOA 2KW4A 4H0XB 1EWQA 2YCHA 1RILA 5KRSA 5AQVA 5C2FA 1LCUA 3M8RA 2B5JA 5BRHA 3A0IX 3TANA 1OH5A 4DQQA 5LJVA 3OBWA 3LM9A 4BWMA 1HKCA 2AJQA 5K14A 5ADXA 3U9DA 2XY6A 2F9WA 3M3ZA 1NK8A 1NGCA 2R7YA 2B6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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