The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
120
|
structure length |
120
|
Chain Sequence |
PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVTETIQRFAWR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| total genus |
33
|
| structure length |
120
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| sequence length |
120
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EE8 A; 3EE9 A; 3P31 A; 2GX9 A; 3F5T A; 3O9U A; 2KKZ A; 3P39 A; 4OPH A; 3OA9 A; 3RVC A; 3M5R A; 3O9Q A; 3KWG A; 4OPA A; 3O9S A; 3D6R A; 3KWI A; 3O9R A; 3L4Q A; 2RHK A; 3O9T A; 3P38 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OPS A; 5AQP A; 3VQ9 A; 1IBL K; 1UA0 A; 4NLB A; 1TK0 A; 1SZ2 A; 1U6Z A; 4BGA A; 1ZBU A; 5J2P A; 1RT4 A; 1JXE A; 1D9F A; 3L3V A; 2KQ2 A; 3CM5 A; 3ZSV A; 2QKK A; 3OW2 M; 1NGC A; 1S5J A; 4HTU A; 3BDP A; 4FWQ A; 1O13 A; 2X6S A; 3WXI A; 4DSJ A; 1A5W A; 4IEI A; 1SS6 A; 3BZK A; 1IJJ A; 4DSL A; 4O8K A; 2RPI A; 3S3O A; 4CVN E; 2P9L A; 3L2V A; 2IGI A; 1MWK A; 3KLF A; 3F73 A; 1CZB A; 2Y1J A; 1WOQ A; 3TAP A; 2P9U A; 4Z4E A; 2D0P A; 4FLW A; 4C8O A; 4IG3 A; 1RT2 A; 5E84 A; 4IXC A; 1Q8I A; 1BG3 A; 4KTZ A; 4HWI A; 5TKY A; 4DR7 K; 4KH6 A; 1JJ2 M; 1ASV A; 1DTQ A; 1MU2 A; 4BWJ A; 1RDU A; 2HHS A; 3LAN A; 4DV6 K; 3J7A P; 4GV6 A; 2QA4 N; 2FBX A; 3IAY A; 3FZL A; 4DF8 A; 3LPU A; 4NCG A; 1HYV A; 5CYQ A; 4FYD A; 4QS9 A; 1H1V A; 1QZ5 A; 3SJH A; 3FE1 A; 2W6K A; 1TGO A; 4CEC A; 3SAH A; 4DQ8 A; 3CFR A; 5E26 A; 1EX4 A; 4CI6 A; 5GAG P; 3RVC A; 4DFM A; 3VQC A; 3OS1 A; 4B08 A; 5AQT A; 2DFH A; 3VEN A; 1S1W A; 5BPL A; 4QS8 A; 2VWK A; 5F0X A; 1LW0 A; 3I56 N; 4EIA A; 3L8B A; 3KD1 E; 2HBJ A; 1NU0 A; 1EXQ A; 3M8R A; 3H3N O; 1DGK N; 3P31 A; 3CCR N; 2E1Z A; 1GLL O; 1HPM A; 3C6H A; 3VTH A; 1XNQ K; 2PY5 A; 5KPZ A; 4X64 K; 3VGM A; 5AQL A; 4ICL A; 1BI4 A; 3U9Z A; 3DXK B; 4JKF A; 4DV7 K; 1JKH A; 3H46 O; 3KK7 A; 5C2F A; 4CHO A; 3ATU A; 4E7J A; 1SQK A; 4FJH A; 1J5O A; 4B8A B; 4A2A A; 4PL7 A; 3TAR A; 1RBS A; 1TKT A; 4H4O A; 3I33 A; 2VQE K; 1BUP A; 3AVL A; 3IMX A; 4I2Q A; 5AR0 A; 1ESV A; 4KTW A; 3PLA A; 3C94 A; 2VWJ A; 2JWL A; 1HQU A; 4W5N A; 1FW6 A; 1KAZ A; 1QSY A; 1TYQ B; 1TUY A; 3QIP A; 4AHT A; 3QER A; 1OH6 A; 2O8E B; 3P38 A; 2YHX A; 1NWK A; 2ZGZ A; 3HST B; 3BEX A; 5EU7 A; 4FLU A; 4H0P A; 3KK2 A; 2A5X A; 3AVH A; 2KHO A; 5FPN A; 3HPO A; 2OA8 A; 3EO3 A; 3QET A; 1L3V A; 1VSL A; 1J54 A; 1HKB A; 3J81 O; 2B6A A; 5BPN A; 4JK7 A; 1LV5 A; 4B9L A; 3E9P A; 1YJ9 N; 1U45 A; 1EET A; 1W9H A; 1HKC A; 4OLA A; 3QIO A; 1KFS A; 4ZTF A; 3CCS N; 4DR4 K; 1YIJ N; 3OYH A; 1NGD A; 4NB4 A; 4CJQ A; 1JLB A; 3W3D A; 4BR4 A; 1N32 K; 2E2O A; 4CGI A; 1BDG A; 5KGX A; 5AQR A; 4KHP K; 3ULE B; 4ISG A; 4F3T A; 1IBM K; 3L2U A; 2GWJ A; 3SQ0 A; 2QWL A; 4G1Q A; 4AH9 A; 1ATN A; 1X9W A; 3V1R A; 3VER A; 2VCP A; 3LDL A; 1RT3 A; 4CF2 A; 3PX0 A; 5HRR A; 4CHY A; 1MA9 B; 1Y64 A; 4E1M A; 4HTL A; 2I7N A; 2RKI A; 3FGU A; 4BQZ A; 3QEP A; 4FWM A; 4I6M A; 3I8B A; 3SCX A; 4KHN A; 4Z4F A; 3CI5 A; 1VSJ A; 3D6R A; 4FJX A; 4CFB A; 2Z1G A; 1NKE A; 3PO5 A; 1CZA N; 3TTD A; 4DR1 K; 5SZT A; 4LFA K; 1DT9 A; 2XHB A; 3SBG A; 4CGF A; 3THY A; 2UUB K; 1LAV A; 2QWP A; 4CJ3 A; 5AQI A; 3K5L A; 3NH0 A; 3I55 N; 5ADX H; 2PFU A; 4IFV A; 1WN7 A; 3OYL A; 3JSM A; 5JVG L; 1NKC A; 4CGD A; 2HNY A; 3DRP A; 3AAQ A; 1NM1 A; 3MWP A; 1X9J A; 2IVP A; 4BR7 A; 1NG9 A; 4DTS A; 2HOE A; 1WAF A; 3ULD A; 2XRI A; 4O8U A; 3SZ2 A; 3G6E N; 3TAM A; 5AQK A; 2ZE2 A; 4DTR A; 2DFE A; 3CER A; 4IKF A; 1NMD A; 4CJS A; 1NJY A; 2ETJ A; 4FPB A; 4M3Z A; 2GUP A; 5B8H A; 2W41 A; 4E3S A; 1JCF A; 1U04 A; 1G99 A; 1S1U A; 2I7P A; 1EWR A; 5C42 A; 1VQ7 N; 2QKB A; 4BRM A; 3SPY A; 4PY5 A; 3AVB A; 5HOO A; 3THX A; 3OJU A; 1VQ8 N; 4DG1 A; 3WQT A; 2Q3S A; 2XY5 A; 4WF9 L; 3CXC M; 3U3Y A; 4Z4C A; 1BI4 B; 3KJV A; 1B9D A; 1NJX A; 5J2N A; 1KAY A; 4YOW A; 1NGI A; 4JS5 A; 1BQM A; 1Q82 O; 3VQ7 A; 3PSI A; 4CE9 A; 3SV3 A; 3EE9 A; 4FJN A; 3M3Z A; 2BUP A; 4CIG A; 3G25 A; 1I94 K; 1S6P A; 4AHR A; 5J2Q A; 3GOI A; 2F96 A; 5F2R A; 2OPP A; 3C65 A; 3T1A A; 3T3F A; 5AQJ A; 4BRD A; 2HHQ A; 4CEE A; 1RDA A; 1KQS M; 4CHP A; 1BGX T; 2Q2R A; 1P8Z A; 3CHW A; 3CJA A; 3HZ6 A; 5LJV A; 2P9P A; 4DS4 A; 3SUP A; 1FJG K; 4LF5 K; 4RW6 A; 2PBD A; 3A5N C; 3HBT A; 5CY4 A; 4UY8 O; 5M1Q A; 3U4L A; 4DQR A; 1XMQ K; 3S3M A; 3HXM A; 1S22 A; 3NF9 A; 4MO5 A; 1KC8 O; 2XO7 A; 1OH7 A; 4AHU A; 1QSL A; 4AHS A; 1NKB A; 3OYD A; 4CER A; 3O9S A; 3P1G A; 4QOZ B; 4Q5V A; 4CFD A; 2OPR A; 1ZXO A; 3V1O A; 3MXJ A; 5DMR A; 3T7Z A; 1BL3 A; 3P5J A; 1HMV A; 1I39 A; 1VSF A; 1UOC A; 4IZ9 A; 2HHX A; 4FM2 A; 4CJP A; 1GOA A; 1NK8 A; 4I9L A; 4LFC K; 5GAE P; 5F1X A; 3HVT A; 3O9Q A; 2AJQ A; 2YV0 X; 3L2W A; 4FL9 A; 1RGI A; 4ILG B; 4ILJ A; 1RT5 A; 1D8Y A; 4K8Z A; 5DK5 A; 4A59 A; 4KB1 A; 3U9D A; 1C0F A; 1B92 A; 2GX9 A; 4DU3 A; 3RR7 A; 4B1U B; 5HRN A; 3V4I A; 5HL7 L; 3R8E A; 3ZX3 A; 2HVH A; 2P9I A; 3QBX A; 1YHQ N; 1IKX A; 1T6C A; 4I6M B; 2FSJ A; 4WFN L; 3THV A; 2EX3 A; 4KBO A; 3KLG A; 2ATQ A; 3QEW A; 2QWQ A; 3HK2 A; 4KFB A; 1RBT A; 4EP4 A; 1N36 K; 2E2Q A; 3DLR A; 1X3N A; 4KAZ A; 5C10 A; 4MDA A; 2EWS A; 1C0T A; 3AVN A; 5J2M A; 4B3M K; 1NJW A; 3DI6 A; 4B9V A; 3THY B; 3NGY A; 5AJ3 K; 1C1A A; 3NFA A; 3M6G A; 2Q0U A; 3RSE A; 3O9R A; 1GOB A; 3J7Y P; 3CCJ N; 3ZET A; 4DSF A; 3KZB A; 3AVM A; 4Z94 A; 4CF0 A; 1B9F A; 3VA3 A; 1VSK A; 4BRN A; 3R9P A; 1NK5 A; 1O1W A; 3SMS A; 2GEM A; 3A0I X; 1WSG A; 4WQ4 C; 2O8C B; 3O5B A; 5LMN K; 4NCB A; 3SQ1 A; 5LMU K; 4KRF A; 3AY9 A; 3DRR A; 4CJU A; 5AQZ A; 5TKW A; 3M8P A; 1NK4 A; 3P83 D; 1ZBH A; 2DY4 A; 1KCF A; 3OS2 A; 1KXP A; 1I3A A; 3H45 C; 1HNX K; 3WT0 A; 4IO8 A; 3O08 A; 4YFU A; 2A1S A; 1Z25 A; 2FF6 A; 3THX B; 3MMV A; 3OYN A; 3LAL A; 5AQQ A; 1S9E A; 3AVI A; 4DFK A; 2HF3 A; 2VGN A; 1C0M A; 5GIN A; 5M1N A; 3DLL L; 3BF1 A; 1BIZ A; 3EKU A; 4CZF A; 3IDH A; 1WSJ A; 4PQU A; 1NGA A; 5FRM A; 5FPD A; 4H5N A; 4J8F A; 3DLB A; 4FW2 A; 1VQP N; 3AO1 A; 4H0T B; 4KH4 A; 4DMN A; 4CZL A; 3O4Q A; 1X9S A; 4FLT A; 2YKM A; 4MFB A; 4CF8 A; 4B3O A; 2W40 A; 4C23 A; 1VSD A; 5AQV A; 4FJK A; 1YXQ A; 3A5O C; 3KKR A; 1TKX A; 4XIU A; 4CZG A; 3TWH A; 4I2P A; 2G8F A; 3ZT1 A; 2RE2 A; 4KHW A; 4DV2 K; 1NGJ A; 5AFU A; 2GUI A; 4CW7 B; 5T7B A; 2R7Y A; 4BDP A; 3SV4 A; 1D4X A; 3ZEU A; 1Z6R A; 3O3F A; 1WNS A; 3EY1 A; 4WFB L; 3LPT A; 4AM6 A; 4E0D A; 2KFN A; 1VSM A; 3MX2 A; 4OGC A; 4WYB A; 3SQ2 A; 1GLD G; 3AAP A; 5AQW A; 4RW9 A; 1LAW A; 2NRR A; 3CMA N; 5BRD A; 2ASM A; 3CCQ N; 1SKW A; 1SUQ A; 2RF2 A; 3V1Q A; 3KLH A; 3ZSR A; 4BC4 A; 1NOZ A; 3A8Y A; 5BN9 A; 3DAW A; 3MDQ A; 5K14 A; 5KTQ A; 3WXL A; 4CJL A; 1VK0 A; 5FDL A; 1A5V A; 3VEW A; 1TAQ A; 5CZ1 A; 1XUP O; 4NYF A; 1NK9 A; 2G8V A; 1HLU A; 1GLE G; 4FWO A; 4YDU C; 3LDQ A; 3SUO A; 3OA9 A; 3DYA A; 1BA1 A; 4BWM A; 2IDO A; 4CEO A; 3ZLJ A; 2VG7 A; 5IT9 O; 3ITH A; 4JYA K; 3JS6 A; 3K5M A; 1GLJ O; 1RBR A; 1KVB A; 4FO0 A; 1RT6 A; 4M7Y A; 5DM6 L; 3TAQ A; 3SQ4 A; 3VOV A; 2QTD A; 1ZC6 A; 5EVZ A; 4KV8 A; 3VQQ A; 4PWD A; 3ZT0 A; 4FSV A; 1RBV A; 3AV9 A; 3VQE A; 4H03 B; 4DU4 A; 3L6Q A; 2P9I B; 3KWG A; 5C0Y A; 2UYT A; 1BU6 O; 1XQS C; 3EYZ A; 2D0A A; 2O8B A; 2W42 A; 3BF3 A; 1L5U A; 3EEQ A; 3DLH A; 5AZJ A; 1XWL A; 3GBT A; 4LF8 K; 2NLX A; 3DOL A; 1ASW A; 1SV5 A; 3PY8 A; 3ASM A; 4NLC A; 4FPA A; 4CZM A; 5BRF A; 2RN2 A; 3PX4 A; 5JLH A; 5AZI B; 4YOU A; 3AO3 A; 2G8H A; 3M1F A; 3DMJ A; 3VF4 A; 1Q9Y A; 3TSQ A; 4DFJ A; 4JHD A; 2O4I A; 2HMP A; 3RSE B; 3RMA A; 3PSF A; 4FLZ A; 3D2E A; 4PUO A; 4E19 A; 5C12 A; 3CQX A; 4C8N A; 3AO5 A; 2KW4 A; 3AO4 A; 1FKO A; 2P9S A; 2WON A; 3RRG A; 2V7Z A; 3MXI A; 4M42 A; 3TSP A; 3OYK A; 1BCM A; 3CC7 N; 4K43 A; 2D1K A; 4AM7 A; 4X62 K; 1Q81 O; 3ZX0 A; 3T1H K; 4YY3 K; 3QIC A; 1NGE A; 4WE1 A; 1R59 O; 3PIO L; 3TAB A; 2FC0 A; 1K8K A; 3VF2 A; 3QEV A; 3PX6 A; 3BGR A; 2UXC K; 2IAJ A; 3K0S A; 2G8W A; 4B9S A; 4FM0 A; 1KFD A; 4JI6 K; 3L3U A; 3CCE N; 2CGL A; 3KVG A; 3O80 A; 1E4F T; 3DLG A; 2GEL A; 1M90 O; 4OLB A; 3DLE A; 4EP5 A; 2CH5 A; 4BE2 A; 4ZTJ A; 1HJR A; 1YIT N; 4B9N A; 4W5Q A; 5GAH P; 1S6Q A; 4CZI A; 2UUA K; 4JRP A; 1RT7 A; 1U2V A; 5I42 A; 1W2B M; 3G0Z A; 3LP2 A; 3H6E A; 2P1J A; 1KSP A; 1CXU A; 5AQM A; 4DQP A; 3HPG A; 4A62 A; 4Z0U A; 1QVF M; 4H5W A; 3TR8 A; 4UQG A; 1J6Z A; 4B3S K; 4FZX C; 1RTH A; 2ZJR L; 4MO4 A; 3UKR A; 2P51 A; 3TAF A; 5EX5 A; 4XH5 A; 2G8I A; 1QHA A; 2A6A A; 2QWN A; 2ZGY A; 1EQY A; 4DUY K; 4K42 A; 4DFP A; 4DTX A; 2QK9 A; 1Q9X A; 4FK0 A; 4CHN A; 3ZEU B; 2Z1I A; 3O9U A; 5H1S Q; 4DV4 K; 4IJN A; 2ZD1 A; 1WB9 A; 4Z4G A; 4O0I A; 3C0B A; 5JS1 A; 3OVN A; 5MLC Q; 2P9K A; 3K5N A; 1EP4 A; 3ID6 A; 4H4M A; 2OYQ A; 2VG6 A; 1YJN N; 4FWL A; 3B6P A; 4OGE A; 1HJO A; 4GKK K; 3TTC A; 3EL2 A; 2NRV A; 3WEE A; 1WSF A; 3G71 N; 5FRO A; 3AGR A; 2VGM A; 3C7N B; 1RCH A; 3ZT4 A; 1X1P A; 2ZM6 K; 5JS2 A; 3VEY A; 3Q7B A; 4JEP A; 1C6V A; 2VWB A; 2O8F A; 2IOC A; 1JCG A; 2ITM A; 1E3M A; 4CJW A; 1NOY A; 2P5G A; 1N33 K; 4DSI A; 3AVF A; 1P90 A; 3WNF A; 1QHT A; 4BC3 A; 4FM1 A; 2E20 A; 4IOX A; 2QM1 A; 5SWM A; 4E7H A; 2FBY A; 4E1N A; 4BVP A; 4Z4I A; 1WSH A; 4BDY A; 4M63 C; 3Q7C A; 4JS4 A; 3KLE A; 5AQH A; 5ADX A; 3FFK B; 4WCE L; 4CCH A; 3GL1 A; 3OBW A; 4JI1 K; 4CBX A; 4EFH A; 1VQO N; 4BVO A; 4I9Q A; 2O8B B; 3LP0 A; 3CJ7 A; 2YCH A; 3ID8 A; 4LSL A; 5AZJ B; 4FWK A; 1KVC A; 2PYJ A; 4IBN A; 4F4K A; 4DR6 K; 1JLC A; 3I0R A; 4OPK A; 4FVU A; 2NRH A; 2DPN A; 2P9L B; 1RTJ A; 1T8E A; 4KHY A; 3ZT3 A; 1BWF O; 2P9U B; 5AQU A; 3NAE A; 1VQL N; 1QSS A; 2BAN A; 3M5R A; 4AHC A; 3CET A; 3L2Q A; 4JHD B; 4CK3 A; 4OPJ A; 4GV3 A; 1T7P A; 3LZJ A; 4DUZ K; 1NJI O; 2QW9 A; 4GVE A; 4CJT A; 1FKP A; 3D2E B; 4A5A A; 4CD3 A; 3A5L C; 4CEB A; 1KVA A; 3V9U A; 4RW4 A; 4L3Q A; 1XMO K; 4WQ4 A; 3SYZ A; 1JL2 A; 3O8M A; 4C8M A; 3K5O A; 2V7Y A; 3D7E O; 4EAH D; 1DLO A; 5FPE A; 4GW6 A; 3O4N A; 4FOE A; 1EWQ A; 4U67 L; 4KB0 A; 2JWK A; 4JLH A; 1NMN A; 1WSI A; 3CJC A; 3J80 O; 5BRH A; 3OTO K; 5CZ2 A; 3WXK A; 4ELV A; 4IEE A; 5HP1 A; 1JLA A; 4E7I A; 3NGZ A; 1GLB G; 4B1Y B; 4FJG A; 1HNZ K; 2NRW A; 4FW1 A; 3RMC A; 3TAE A; 3TU5 A; 4CBW A; 3C6A A; 2F9T A; 4JI7 K; 4RG8 A; 4N41 A; 4JI3 K; 1W97 L; 3SPZ A; 1LCU A; 4CF1 A; 1U2V B; 2FXU A; 3EN9 A; 5C24 A; 1ITG A; 3O4W A; 3MAQ A; 4BAC A; 3BP8 A; 2I5J A; 4JRQ A; 2F9W A; 4TSX A; 2EHG A; 3D2F A; 4A57 A; 4AIL C; 1L3S A; 1S1V A; 3NCI A; 3UKR B; 2HVI A; 3LP1 A; 1VQ6 N; 2VQF K; 1KLM A; 3SMP A; 3KLI A; 4CJV A; 3L4Q A; 1VHX A; 5BN8 A; 4BC5 A; 1MWM A; 1LW2 A; 3KIO A; 1JCE A; 4J2A A; 3UE5 A; 4JNE A; 4G9Z A; 1OH8 A; 1RT1 A; 4E1J A; 4DSE A; 3AA3 A; 1TL3 A; 1L3U A; 2QI2 A; 5BRE A; 1Z05 A; 1BOT O; 3HSC A; 4BGB A; 5I9E B; 4E89 A; 4IFY A; 3L2R A; 1RTI A; 3ENB A; 4X66 K; 2P9K B; 4DLG A; 1U4B A; 3QEI A; 3V6D A; 3LDS A; 4H5R A; 3WNH A; 4ILH A; 5HRS A; 4F8R A; 5FRN A; 2ASO A; 3ZCM A; 3WEE B; 4WFA L; 1HRH A; 2FLO A; 3LWM A; 1Q86 O; 2X78 A; 2YHA A; 4BRQ A; 4CEA A; 4DV3 K; 3S9H A; 1NJZ A; 4YDU A; 4YOX A; 1MDU B; 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